build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 //import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceRegexp
   3 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   4 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   5
   6
   7 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   8
   9 buildscript {
  10   dependencies {
  11     classpath 'org.openclover:clover:4.3.1'
  12     classpath 'org.apache.commons:commons-compress:1.18'
  13   }
  14 }
  15
  16 plugins {
  17   id 'java'
  18   id 'application'
  19   id 'eclipse'
  20   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
  21   id 'com.install4j.gradle' version '7.0.9'
  22 }
  23
  24 repositories {
  25   jcenter()
  26   mavenCentral()
  27   mavenLocal()
  28   flatDir {
  29     dirs gradlePluginsDir
  30   }
  31 }
  32
  33 mainClassName = launcherClass
  34 def cloverInstrDir = file("$buildDir/$cloverSourcesInstrDir")
  35 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  36
  37 if (clover.equals("true")) {
  38   use_clover = true
  39   classes = "$buildDir/$cloverClassesDir"
  40 } else {
  41   use_clover = false
  42   classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  43 }
  44
  45 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  46
  47 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  48 def libDir
  49 def libDistDir
  50 def compile_source_compatibility
  51 def compile_target_compatibility
  52
  53 ext {
  54   // where the getdown channel will be built.
  55   // TODO: consider allowing this expression to  be overridden by -P arg
  56   getdownWebsiteDir = jalviewDir + '/' + getdown_website_dir + '/' + JAVA_VERSION
  57   getdownAppDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_app_dir
  58   getdownJ11libDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_j11lib_dir
  59   getdownResourceDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_resource_dir
  60   getdownLauncher = jalviewDir + '/' + getdown_launcher
  61   getdownFilesDir = jalviewDir + '/' + getdown_files_dir + '/' + JAVA_VERSION + '/'
  62   getdown_app_base = getdown_channel_base+"/"+getdown_channel_name+"/"+JAVA_VERSION+"/"
  63   modules_compileClasspath = fileTree(dir: "$jalviewDir/$j11modDir", include: ["*.jar"])
  64   modules_runtimeClasspath = modules_compileClasspath
  65   gitHash = ""
  66   gitBranch = ""
  67 }
  68
  69 def JAVA_INTEGER_VERSION
  70 def additional_compiler_args = []
  71 // these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
  72 def getdown_alt_java_min_version
  73 // this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
  74 def getdown_alt_multi_java_location
  75 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  76   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  77   libDir = j11libDir
  78   libDistDir = j8libDir
  79   compile_source_compatibility = 1.8
  80   compile_target_compatibility = 1.8
  81   getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java8_min_version
  82   getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java8_txt_multi_java_location
  83 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  84   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  85   libDir = j11libDir
  86   libDistDir = j11libDir
  87   compile_source_compatibility = 11
  88   compile_target_compatibility = 11
  89   getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java11_min_version
  90   getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java11_txt_multi_java_location
  91   additional_compiler_args += [
  92     '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  93     '--add-modules', j11modules
  94   ]
  95 } else {
  96   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
  97 }
  98
  99 sourceSets {
 100
 101   main {
 102     java {
 103       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 104       outputDir = file("$classes")
 105     }
 106
 107     resources {
 108       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 109       srcDirs "$jalviewDir/$libDistDir"
 110     }
 111
 112     jar.destinationDir = file("$jalviewDir/$packageDir")
 113
 114     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 115     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 116
 117     runtimeClasspath = compileClasspath
 118   }
 119   clover {
 120     java {
 121       srcDirs = [ cloverInstrDir ]
 122       outputDir = file("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 123     }
 124
 125     resources {
 126       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 127     }
 128     compileClasspath = configurations.cloverRuntime + files( sourceSets.clover.java.outputDir )
 129     compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 130     compileClasspath += sourceSets.main.compileClasspath
 131     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["**/*.jar"])
 132     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 133
 134     runtimeClasspath = compileClasspath
 135   }
 136
 137   test {
 138     java {
 139       srcDirs "$jalviewDir/$testSourceDir"
 140       outputDir = file("$jalviewDir/$testOutputDir")
 141     }
 142
 143     resources {
 144       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 145     }
 146
 147     compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
 148
 149     if (use_clover) {
 150       compileClasspath += sourceSets.clover.compileClasspath
 151     } else {
 152       compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 153     }
 154     //compileClasspath += sourceSets.main.compileClasspath
 155     //compileClasspath += files( sourceSets.main.resources.srcDirs)
 156     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["**/*.jar"])
 157     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 158
 159     runtimeClasspath = compileClasspath
 160   }
 161 }
 162
 163 // clover bits
 164 dependencies {
 165   if (use_clover) {
 166     cloverCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 167     testCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 168   }
 169 }
 170
 171 configurations {
 172   cloverRuntime
 173   cloverRuntime.extendsFrom cloverCompile
 174 }
 175
 176 eclipse {
 177   project {
 178     name = "Jalview with gradle build"
 179
 180     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 181         'org.eclipse.jdt.groovy.core.groovyNature',
 182         'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 183
 184     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 185     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 186   }
 187
 188   classpath {
 189     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 190     def removeThese = []
 191     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 192         removeThese += it
 193       }
 194     }
 195
 196     minusConfigurations += removeThese
 197     plusConfigurations = [ ]
 198     file {
 199
 200       whenMerged { cp ->
 201         def removeTheseToo = []
 202         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 203         cp.entries.each { entry ->
 204           if (entry.kind == 'src') {
 205             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 206               removeTheseToo += entry
 207             } else {
 208               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 209             }
 210           }
 211         }
 212         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 213
 214         cp.entries += new Output("bin/main")
 215         cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 216         cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 217
 218         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 219         def allPaths = sourceSets.test.compileClasspath + sourceSets.main.compileClasspath
 220         sourceSets.main.compileClasspath.each{
 221           //if ((it.isDirectory() || ! it.exists()) && ! (it.equals(sourceSets.main.java.outputDir))) {
 222           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 223           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 224             // don't add dirs to classpath
 225             return
 226           }
 227           def itPath = it.toString()
 228           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 229             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 230           }
 231           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 232             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 233           } else {
 234             //println("Adding entry "+itPath)
 235             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 236             addedLibPath.put(itPath, true)
 237           }
 238         }
 239
 240         sourceSets.test.compileClasspath.each{
 241           //if ((it.isDirectory() || ! it.exists()) && ! (it.equals(sourceSets.main.java.outputDir))) {
 242           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 243           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 244             // don't add dirs to classpath
 245             return false // groovy "break" in .each loop
 246           }
 247           def itPath = it.toString()
 248           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 249             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 250           }
 251           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 252             // don't duplicate
 253           } else {
 254             def lib = new Library(fileReference(itPath))
 255             // this doesn't work... yet.  Adding test=true attribute using withXml below
 256             //def attrs = new Node(null, 'attributes', ["test":"true"])
 257             //lib.appendNode(attrs) //
 258             cp.entries += lib
 259             addedLibPath.put(itPath, true)
 260           }
 261         }
 262       }
 263
 264       // withXml changes ignored by buildship, these add the "test=true" attribute
 265       withXml {
 266         def node = it.asNode()
 267
 268         def srcTestAttributes
 269         node.children().each{ cpe ->
 270           def attributes = cpe.attributes()
 271           if (attributes.get("kind") == "src" && attributes.get("path") == "test") {
 272             srcTestAttributes = cpe.find { a -> a.name() == "attributes" }
 273             return
 274           }
 275         }
 276         def addTestAttribute = true
 277         srcTestAttributes.each{a ->
 278           if (a.name() == "attribute" && a.attributes().getAt("name") == "test") {
 279             addTestAttribute = false
 280           }
 281         }
 282         if (addTestAttribute) {
 283           srcTestAttributes.append(new Node(null, "attribute", [name:"test", value:"true"]))
 284         }
 285
 286         node.children().each{ cpe ->
 287           def attributes = cpe.attributes()
 288           if (attributes.get("kind") == "lib" && attributes.get("path").startsWith("utils/")) {
 289             cpe.appendNode('attributes')
 290                 .appendNode('attribute', [name:"test", value:"true"])
 291           }
 292         }
 293       } // withXML
 294     } // file
 295
 296     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 297   } // classpath
 298
 299   jdt {
 300     // for the IDE, use java 11 compatibility
 301     sourceCompatibility = 11
 302     targetCompatibility = 11
 303     javaRuntimeName = "JavaSE-11"
 304
 305     file {
 306       withProperties { props ->
 307         def jalview_prefs = new Properties()
 308         def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 309         jalview_prefs.load(ins)
 310         ins.close()
 311         jalview_prefs.forEach { t, v ->
 312           if (props.getAt(t) == null) {
 313             props.putAt(t, v)
 314           }
 315         }
 316       }
 317     }
 318   }
 319
 320   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 321   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 322 }
 323
 324 task cloverInstr() {
 325   // only instrument source, we build test classes as normal
 326   inputs.files files (sourceSets.main.allJava) // , fileTree(dir:"$jalviewDir/$testSourceDir", include: ["**/*.java"]))
 327   outputs.dir cloverInstrDir
 328
 329   doFirst {
 330     delete cloverInstrDir
 331     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 332       "-d", "${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}"]
 333     argsList.addAll(inputs.files.files.collect({ file ->
 334       file.absolutePath
 335     }))
 336     String[] args = argsList.toArray()
 337     println("About to instrument "+args.length +" files")
 338     com.atlassian.clover.CloverInstr.mainImpl(args)
 339   }
 340 }
 341
 342
 343 task cloverReport {
 344   group = "Verification"
 345   description = "Createst the Clover report"
 346   inputs.dir "${buildDir}/clover"
 347   outputs.dir "${reportsDir}/clover"
 348   onlyIf {
 349     file("${buildDir}/clover/clover.db").exists()
 350   }
 351   doFirst {
 352     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 353       "-o", "${reportsDir}/clover"]
 354     String[] args = argsList.toArray()
 355     com.atlassian.clover.reporters.html.HtmlReporter.runReport(args)
 356
 357     // and generate ${reportsDir}/clover/clover.xml
 358     args = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 359       "-o", "${reportsDir}/clover/clover.xml"].toArray()
 360     com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter.runReport(args)
 361   }
 362 }
 363
 364 // end clover bits
 365
 366
 367 compileJava {
 368
 369   doFirst {
 370     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 371     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 372     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 373     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 374   }
 375
 376 }
 377
 378 compileTestJava {
 379   if (use_clover) {
 380     dependsOn compileCloverJava
 381     classpath += configurations.cloverRuntime
 382   } else {
 383     classpath += sourceSets.main.runtimeClasspath
 384   }
 385   doFirst {
 386     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 387     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 388     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 389     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 390   }
 391 }
 392
 393
 394 compileCloverJava {
 395
 396   doFirst {
 397     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 398     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 399     options.compilerArgs += additional_compiler_args
 400     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 401   }
 402   classpath += configurations.cloverRuntime
 403 }
 404
 405 clean {
 406   delete sourceSets.main.java.outputDir
 407 }
 408
 409 cleanTest {
 410   delete sourceSets.test.java.outputDir
 411   delete cloverInstrDir
 412 }
 413
 414 def getDate(format) {
 415   def date = new Date()
 416   //return date.format("dd MMMM yyyy")
 417   return date.format(format)
 418 }
 419
 420 task setGitHash(type: Exec) {
 421   workingDir = jalviewDir
 422   commandLine "git", "rev-parse", "--short", "HEAD"
 423   standardOutput = new ByteArrayOutputStream()
 424   project.ext.gitHash = {
 425     return standardOutput.toString().trim()
 426   }
 427 }
 428
 429 task setGitBranch(type: Exec) {
 430   workingDir = jalviewDir
 431   commandLine "git", "rev-parse", "--abbrev-ref", "HEAD"
 432   standardOutput = new ByteArrayOutputStream()
 433   project.ext.gitBranch = {
 434     return standardOutput.toString().trim()
 435   }
 436 }
 437
 438 task setGitVals {
 439   dependsOn setGitHash
 440   dependsOn setGitBranch
 441 }
 442
 443 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 444   dependsOn setGitVals
 445   inputs.dir("$jalviewDir/$sourceDir")
 446   inputs.dir("$jalviewDir/$resourceDir")
 447   outputFile "$classes/$buildPropertiesFile"
 448   // taking time specific comment out to allow better incremental builds
 449   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
 450   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
 451   property "BUILD_DATE", getDate("dd MMMM yyyy")
 452   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
 453   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+project.ext.gitHash+" ["+project.ext.gitBranch+"]"
 454   outputs.file(outputFile)
 455   outputs.dir("$classes")
 456 }
 457
 458 def buildingHTML = "$jalviewDir/$docDir/building.html"
 459 task deleteBuildingHTML(type: Delete) {
 460   delete buildingHTML
 461 }
 462
 463 task convertBuildingMD(type: Exec) {
 464   dependsOn deleteBuildingHTML
 465   def buildingMD = "$jalviewDir/$docDir/building.md"
 466   def css = "$jalviewDir/$docDir/github.css"
 467
 468   def pandoc = pandoc_exec
 469   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 470   if (! file(pandoc).exists() && hostname.equals("jv-bamboo")) {
 471     pandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 472   }
 473
 474   if (file(pandoc).exists()) {
 475     commandLine pandoc, '-s', '-o', buildingHTML, '--metadata', 'pagetitle="Building Jalview from Source"', '--toc', '-H', css, buildingMD
 476   } else {
 477     commandLine "true"
 478   }
 479
 480   ignoreExitValue true
 481
 482   inputs.file(buildingMD)
 483   inputs.file(css)
 484   outputs.file(buildingHTML)
 485 }
 486 clean {
 487   delete buildingHTML
 488 }
 489
 490 task syncDocs(type: Sync) {
 491   dependsOn convertBuildingMD
 492   def syncDir = "$classes/$docDir"
 493   from fileTree("$jalviewDir/$docDir")
 494   into syncDir
 495
 496 }
 497
 498 def helpFile = "$classes/$helpDir/help.jhm"
 499
 500 task copyHelp(type: Copy) {
 501   def inputDir = "$jalviewDir/$helpParentDir/$helpDir"
 502   def outputDir = "$classes/$helpDir"
 503   from(inputDir) {
 504     exclude '**/*.gif'
 505     exclude '**/*.jpg'
 506     exclude '**/*.png'
 507     filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$', tokens: ['Version-Rel': JALVIEW_VERSION])
 508   }
 509   from(inputDir) {
 510     include '**/*.gif'
 511     include '**/*.jpg'
 512     include '**/*.png'
 513   }
 514   into outputDir
 515
 516   inputs.dir(inputDir)
 517   outputs.files(helpFile)
 518   outputs.dir(outputDir)
 519 }
 520
 521 task syncLib(type: Sync) {
 522   def syncDir = "$classes/$libDistDir"
 523   from fileTree("$jalviewDir/$libDistDir")
 524   into syncDir
 525 }
 526
 527 task syncResources(type: Sync) {
 528   from "$jalviewDir/$resourceDir"
 529   include "**/*.*"
 530   exclude "install4j"
 531   into "$classes"
 532   preserve {
 533     include "**"
 534   }
 535 }
 536
 537 task prepare {
 538   dependsOn syncResources
 539   dependsOn syncDocs
 540   dependsOn copyHelp
 541 }
 542
 543
 544 //testReportDirName = "test-reports" // note that test workingDir will be $jalviewDir
 545 test {
 546   dependsOn prepare
 547   dependsOn compileJava
 548   if (use_clover) {
 549     dependsOn cloverInstr
 550   }
 551
 552   print("Running tests " + (use_clover?"WITH":"WITHOUT") + " clover [clover="+use_clover+"]\n")
 553
 554   useTestNG() {
 555     includeGroups testngGroups
 556     preserveOrder true
 557     useDefaultListeners=true
 558   }
 559
 560   workingDir = jalviewDir
 561   //systemProperties 'clover.jar' System.properties.clover.jar
 562   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 563   targetCompatibility = compile_target_compatibility
 564   jvmArgs += additional_compiler_args
 565   print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 566 }
 567
 568 task buildIndices(type: JavaExec) {
 569   dependsOn copyHelp
 570   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 571   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 572   workingDir = "$classes/$helpDir"
 573   def argDir = "html"
 574   args = [ argDir ]
 575   inputs.dir("$workingDir/$argDir")
 576
 577   outputs.dir("$classes/doc")
 578   outputs.dir("$classes/help")
 579   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/DOCS")
 580   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
 581   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/OFFSETS")
 582   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/POSITIONS")
 583   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/SCHEMA")
 584   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/TMAP")
 585 }
 586
 587 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 588   options.fork = true
 589   classpath = files("$jalviewDir/$utilsDir")
 590   destinationDir = file("$jalviewDir/$utilsDir")
 591   source = fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["HelpLinksChecker.java", "BufferedLineReader.java"])
 592
 593   inputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.java")
 594   inputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.java")
 595   outputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.class")
 596   outputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/BufferedLineReader.class")
 597 }
 598
 599 def helplinkscheckeroutputfile = file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.out")
 600 task linkCheck(type: JavaExec) {
 601   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 602   classpath = files("$jalviewDir/$utilsDir")
 603   main = "HelpLinksChecker"
 604   workingDir = jalviewDir
 605   def help = "$classes/$helpDir"
 606   args = [ "$classes/$helpDir", "-nointernet" ]
 607
 608   doFirst {
 609     helplinkscheckeroutputfile.createNewFile()
 610     standardOutput new FileOutputStream(helplinkscheckeroutputfile, false)
 611   }
 612
 613   outputs.file(helplinkscheckeroutputfile)
 614 }
 615
 616 task cleanPackageDir(type: Delete) {
 617   delete fileTree("$jalviewDir/$packageDir").include("*.jar")
 618 }
 619
 620 jar {
 621   dependsOn linkCheck
 622   dependsOn buildIndices
 623   dependsOn createBuildProperties
 624
 625   manifest {
 626     attributes "Main-Class": mainClass,
 627     "Permissions": "all-permissions",
 628     "Application-Name": "Jalview Desktop",
 629     "Codebase": application_codebase
 630   }
 631
 632   destinationDir = file("$jalviewDir/$packageDir")
 633   archiveName = rootProject.name+".jar"
 634
 635   exclude "cache*/**"
 636   exclude "*.jar"
 637   exclude "*.jar.*"
 638   exclude "**/*.jar"
 639   exclude "**/*.jar.*"
 640
 641   inputs.dir("$classes")
 642   outputs.file("$jalviewDir/$packageDir/$archiveName")
 643 }
 644
 645 task copyJars(type: Copy) {
 646   from fileTree("$classes").include("**/*.jar").include("*.jar").files
 647   into "$jalviewDir/$packageDir"
 648 }
 649
 650 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 651 task syncJars(type: Sync) {
 652   from fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").files
 653   into "$jalviewDir/$packageDir"
 654   preserve {
 655     include jar.archiveName
 656   }
 657 }
 658
 659 task makeDist {
 660   group = "build"
 661   description = "Put all required libraries in dist"
 662   // order of "cleanPackageDir", "copyJars", "jar" important!
 663   jar.mustRunAfter cleanPackageDir
 664   syncJars.mustRunAfter cleanPackageDir
 665   dependsOn cleanPackageDir
 666   dependsOn syncJars
 667   dependsOn jar
 668   outputs.dir("$jalviewDir/$packageDir")
 669 }
 670
 671 task cleanDist {
 672   dependsOn cleanPackageDir
 673   dependsOn cleanTest
 674   dependsOn clean
 675 }
 676
 677 shadowJar {
 678   group = "distribution"
 679   dependsOn makeDist
 680   from ("$jalviewDir/$libDistDir") {
 681     include("*.jar")
 682   }
 683   mainClassName = shadowJarMainClass
 684   mergeServiceFiles()
 685   classifier = "all-"+JAVA_VERSION
 686   minimize()
 687 }
 688
 689 task getdownWebsite() {
 690   group = "distribution"
 691   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
 692   dependsOn makeDist
 693   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
 694   def getdownTextString = ""
 695   def getdownResourceDir = project.ext.getdownResourceDir
 696   def getdownAppDir = project.ext.getdownAppDir
 697   def getdownResourceFilenames = []
 698   doFirst {
 699     // go through properties looking for getdown_txt_...
 700     def props = project.properties.sort { it.key }
 701     props.put("getdown_txt_java_min_version", getdown_alt_java_min_version)
 702     props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdown_alt_multi_java_location)
 703
 704     if (getdown_local == "true") {
 705       getdown_app_base = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 706     }
 707     props.put("getdown_txt_appbase", getdown_app_base)
 708     props.each{ prop, val ->
 709       if (prop.startsWith("getdown_txt_") && val != null) {
 710         if (prop.startsWith("getdown_txt_multi_")) {
 711           def key = prop.substring(18)
 712           val.split(",").each{ v ->
 713             def line = key + " = " + v + "\n"
 714             getdownTextString += line
 715           }
 716         } else {
 717           // file values rationalised
 718           if (val.indexOf('/') > -1) {
 719             def r = null
 720             if (val.indexOf('/') == 0) {
 721               // absolute path
 722               r = file(val)
 723             } else if (val.indexOf('/') > 0) {
 724               // relative path (relative to jalviewDir)
 725               r = file( jalviewDir + '/' + val )
 726             }
 727             if (r.exists()) {
 728               val = getdown_resource_dir + '/' + r.getName()
 729               getdownWebsiteResourceFilenames += val
 730               getdownResourceFilenames += r.getPath()
 731             }
 732           }
 733           def line = prop.substring(12) + " = " + val + "\n"
 734           getdownTextString += line
 735         }
 736       }
 737     }
 738
 739     getdownWebsiteResourceFilenames.each{ filename ->
 740       getdownTextString += "resource = "+filename+"\n"
 741     }
 742     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
 743       copy {
 744         from filename
 745         into project.ext.getdownResourceDir
 746       }
 747     }
 748
 749     def codeFiles = []
 750     makeDist.outputs.files.each{ f ->
 751       if (f.isDirectory()) {
 752         def files = fileTree(dir: f, include: ["*"]).getFiles()
 753         codeFiles += files
 754       } else if (f.exists()) {
 755         codeFiles += f
 756       }
 757     }
 758     codeFiles.sort().each{f ->
 759       def line = "code = " + getdown_app_dir + '/' + f.getName() + "\n"
 760       getdownTextString += line
 761       copy {
 762         from f.getPath()
 763         into project.ext.getdownAppDir
 764       }
 765     }
 766
 767     // NOT USING MODULES YET, EVERYTHING SHOULD BE IN dist
 768     /*
 769      if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 770      def j11libFiles = fileTree(dir: "$jalviewDir/$j11libDir", include: ["*.jar"]).getFiles()
 771      j11libFiles.sort().each{f ->
 772      def line = "code = " + getdown_j11lib_dir + '/' + f.getName() + "\n"
 773      getdownTextString += line
 774      copy {
 775      from f.getPath()
 776      into project.ext.getdownJ11libDir
 777      }
 778      }
 779      }
 780      */
 781
 782     // getdown-launcher.jar should not be in main application class path so the main application can move it when updated.  Listed as a resource so it gets updated.
 783     //getdownTextString += "class = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
 784     getdownTextString += "resource = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
 785     getdownTextString += "class = " + mainClass + "\n"
 786
 787     def getdown_txt = file(project.ext.getdownWebsiteDir + "/getdown.txt")
 788     getdown_txt.write(getdownTextString)
 789
 790     copy {
 791       from getdown_txt
 792       into project.ext.getdownFilesDir
 793     }
 794
 795     copy {
 796       from getdownLauncher
 797       into project.ext.getdownFilesDir
 798     }
 799
 800     copy {
 801       from getdownLauncher
 802       into project.ext.getdownWebsiteDir
 803     }
 804
 805     copy {
 806       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.background_image')
 807       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.error_background')
 808       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.progress_image')
 809       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.icon')
 810       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.mac_dock_icon')
 811       into project.ext.getdownFilesDir + '/' + getdown_resource_dir
 812     }
 813   }
 814
 815   inputs.dir(jalviewDir + '/' + packageDir)
 816   outputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 817   outputs.dir(project.ext.getdownFilesDir)
 818 }
 819
 820 task getdownDigest(type: JavaExec) {
 821   group = "distribution"
 822   description = "Digest the getdown website folder"
 823   dependsOn getdownWebsite
 824   classpath = files(jalviewDir + '/' + getdown_core, jalviewDir+'/'+getdown_launcher)
 825   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
 826   args project.ext.getdownWebsiteDir
 827   inputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 828   outputs.file(project.ext.getdownWebsiteDir + '/' + "digest2.txt")
 829 }
 830
 831 task getdown() {
 832   group = "distribution"
 833   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
 834   dependsOn getdownDigest
 835 }
 836
 837 clean {
 838   delete project.ext.getdownWebsiteDir
 839   delete project.ext.getdownFilesDir
 840 }
 841
 842 install4j {
 843   def install4jHomeDir = "/opt/install4j"
 844   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 845   if (hostname.equals("jv-bamboo")) {
 846     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
 847   } else if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 848     install4jHomeDir = '/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app'
 849     if (! file(install4jHomeDir).exists()) {
 850       install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+install4jHomeDir
 851     }
 852   } else if (OperatingSystem.current().isLinux()) {
 853     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
 854   }
 855   installDir = file(install4jHomeDir)
 856   mediaTypes = Arrays.asList(install4jMediaTypes.split(","))
 857   if (install4jFaster.equals("true")) {
 858     faster = true
 859   }
 860 }
 861
 862 def install4jConf
 863 def macosJavaVMDir
 864 def macosJavaVMTgz
 865 def windowsJavaVMDir
 866 def windowsJavaVMTgz
 867 def install4jDir = "$jalviewDir/$install4jResourceDir"
 868 def install4jConfFile = "jalview-installers-java"+JAVA_VERSION+".install4j"
 869 install4jConf = "$install4jDir/$install4jConfFile"
 870
 871 task copyInstall4jTemplate(type: Copy) {
 872   macosJavaVMDir = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/macos-jre"+JAVA_VERSION+"/jre"
 873   macosJavaVMTgz = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/macos-jre"+JAVA_VERSION+".tar.gz"
 874   windowsJavaVMDir = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/windows-jre"+JAVA_VERSION+"/jre"
 875   windowsJavaVMTgz = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/windows-jre"+JAVA_VERSION+".tar.gz"
 876   from (install4jDir) {
 877     include install4jTemplate
 878     rename (install4jTemplate, install4jConfFile)
 879     filter(ReplaceTokens, beginToken: '', endToken: '', tokens: ['9999999999': JAVA_VERSION])
 880     filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$',
 881       tokens: [
 882         'JAVA_VERSION': JAVA_VERSION,
 883         'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION,
 884         'VERSION': JALVIEW_VERSION,
 885         'MACOS_JAVA_VM_DIR': macosJavaVMDir,
 886         'MACOS_JAVA_VM_TGZ': macosJavaVMTgz,
 887         'WINDOWS_JAVA_VM_DIR': windowsJavaVMDir,
 888         'WINDOWS_JAVA_VM_TGZ': windowsJavaVMTgz,
 889         'INSTALL4JINFOPLISTFILEASSOCIATIONS': install4jInfoPlistFileAssociations,
 890         'COPYRIGHT_MESSAGE': install4jCopyrightMessage,
 891         'MACOS_BUNDLE_ID': install4jMacOSBundleId
 892       ]
 893     )
 894     if (OSX_KEYPASS=="") {
 895       filter(ReplaceTokens, beginToken: 'codeSigning macEnabled="', endToken: '"', tokens: ['true':'codeSigning macEnabled="false"'])
 896       filter(ReplaceTokens, beginToken: 'runPostProcessor="true" ',endToken: 'Processor', tokens: ['post':'runPostProcessor="false" postProcessor'])
 897     }
 898   }
 899   into install4jDir
 900   outputs.files(install4jConf)
 901
 902   doLast {
 903     // include file associations in installer
 904     def installerFileAssociationsXml = file("$install4jDir/$install4jInstallerFileAssociations").text
 905     ant.replaceregexp(
 906       byline: false,
 907       flags: "s",
 908       match: '<action name="EXTENSIONS_REPLACED_BY_GRADLE".*?</action>',
 909       replace: installerFileAssociationsXml,
 910       file: install4jConf
 911     )
 912     /*
 913     // include uninstaller applescript app files in dmg
 914     def installerDMGUninstallerXml = file("$install4jDir/$install4jDMGUninstallerAppFiles").text
 915     ant.replaceregexp(
 916       byline: false,
 917       flags: "s",
 918       match: '<file name="UNINSTALL_OLD_JALVIEW_APP_REPLACED_IN_GRADLE" file=.*?>',
 919       replace: installerDMGUninstallerXml,
 920       file: install4jConf
 921     )
 922     */
 923   }
 924 }
 925
 926 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
 927   group = "distribution"
 928   description = "Create the install4j installers"
 929   dependsOn getdown
 930   dependsOn copyInstall4jTemplate
 931   projectFile = file(install4jConf)
 932   println("Using projectFile "+projectFile)
 933   variables = [majorVersion: version.substring(2, 11), build: 001, OSX_KEYSTORE: OSX_KEYSTORE, JSIGN_SH: JSIGN_SH]
 934   destination = "$jalviewDir/$install4jBuildDir/$JAVA_VERSION"
 935   buildSelected = true
 936
 937   if (OSX_KEYPASS) {
 938     macKeystorePassword=OSX_KEYPASS
 939
 940   }
 941
 942   inputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 943   inputs.file(install4jConf)
 944   inputs.dir(macosJavaVMDir)
 945   inputs.dir(windowsJavaVMDir)
 946   outputs.dir("$jalviewDir/$install4jBuildDir/$JAVA_VERSION")
 947 }
 948
 949 clean {
 950   delete install4jConf
 951 }