examples-jbake/templates/jvl_embeddedWJmol_hdr.ftl

   1 <script src="javascript/deployJava.js"></script>
   2 <script src="jmol/Jmol.js"></script>
   3 <script src="javascript/jquery-1.4.4.min.js"></script>
   4 <script src="javascript/jquery.timer.js"></script>
   5 <script src="javascript/jquery.blockUI.js"></script>
   6 <script src="javascript/jshashtable-2.1.js" language="javascript"></script>
   7 <!-- <script src="archive-min.js" language="javascript"></script>
   8 -->
   9 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
  10 <script language="JavaScript">
  11 // instead of this, we use a custom JmolApplet spec
  12 // jmolInitialize('jmol');
  13 jmolInitialize("","JmolApplet-12.2.4.jar");
  14 function genHref()
  15 {
  16  var s1 = "ml:i@midd..", s2 = "atelcpoueau", s3 = "iomyob.neck", href="";
  17  for(i=0; i<11; i++)
  18  { href = href + s1.charAt(i) + s2.charAt(i) + s3.charAt(i);
  19  }
  20  window.location=href;
  21 }
  22 </script>
  23 <script>
  24  var loglevel=1;
  25  function dbg(lvl,string) {
  26   if (_console && lvl<=loglevel) {_console.value += string + "\n";}
  27  }
  28  var _lastTime=new Date();
  29  var _path;
  30  var _datazip;
  31  var _zip;
  32  var alignA;
  33  var alignB;
  34  var featuresA;
  35  var featuresB;
  36  var pairs;
  37  var atompairs;
  38  var structdata;
  39  var jmolview;
  40  var jvstructassoc;
  41  var modeltofiles = new Array();
  42
  43  function lJvA() {
  44   jvfollower = document.getElementById("jvA");
  45   setConsole(document.getElementById("stdout"));
  46
  47   sep = jvfollower.getSeparator();
  48   //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
  49   linkJvJmol(jvfollower, "jmolView", modeltofiles);
  50  };
  51
  52  var _jvA=new Object();
  53  _jvA.attributes = {
  54   code : 'jalview.bin.JalviewLite',
  55   archive : 'jalviewApplet.jar',
  56   width : '500',
  57   height : '350',
  58   mayscript : 'True',
  59   scriptable: 'True',
  60   id : 'jvA'
  61  };
  62  _jvA.parameters = {
  63    java_arguments : "-Xmx256m",
  64   externalstructureviewer : "true",
  65    oninit : "lJvA",
  66   automaticScrolling : "true",
  67 //  <!-- defaultColour : "Strand Propensity", -->
  68   file : "uniref50_mz.fa",
  69
  70   relaxedidmatch : "true",
  71   debug : "true",
  72   wrap : "false",
  73   // separator : "^",
  74   showAnnotation : "false",
  75   embedded : "true",
  76   showFullId : "false",
  77   RGB : "F2F2FF",
  78   linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
  79   linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
  80   ,
  81   linkLabel_2 : "Uniprot"
  82   ,
  83   linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
  84   APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp",
  85   PDBfile : "1gaq.txt FER1_MAIZE",
  86   permissions : "all-permissions"
  87  };
  88  jmolSetCallback("hoverCallback","_jmolhover");
  89   jmolSetCallback("pickCallback","_jmolpick");
  90   modeltofiles+="1gaq.txt";
  91 </script>