examples/groovy/alignLoadedFile.groovy

   1 // run an alignment on the current alignFrame
   2 import jalview.ws.jws2.*;
   3 import jalview.datamodel.*;
   4
   5 // First get the JABA service discoverer and see if there are any services.
   6 jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer disc = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer();
   7 while (disc.isRunning()) {
   8 Thread.sleep(50);
   9 }
  10 if (!disc.isRunning() && !disc.hasServices())
  11 {
  12   // discoverer is not running, and has no services - so run it again.
  13   disc.run();
  14 }
  15
  16 for (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.Jws2Instance service: disc.getServices()) {
  17
  18 if (service.serviceType.indexOf("uscle")>-1) {
  19   // now - go through the services if any, and find a Muscle service
  20   def msaf;
  21   try {
  22         msaf = currentAlFrame;
  23   } catch (q) {
  24         // currentAlFrame is not defined - so we were run as an interactive script from the Groovy console
  25         // in that case, just pick the first alignmentFrame in the stack.
  26         msaf = Jalview.getAlignFrames()[0]
  27   };
  28   // Finally start Jalview's JabaWS MSA Client with the alignment from msaf
  29   new MsaWSClient(service, msaf.getTitle(), msaf.gatherSequencesForAlignment(), false,
  30                 true, msaf.getViewport().getAlignment()
  31                 .getDataset(), msaf);
  32   break;
  33 }
  34 }