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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Working with PAE Matrices in Jalview</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27         <p>
  28                 <strong>Working with Predicted Alignment Error Matrices in
  29                         Jalview</strong>
  30         </p>
  31
  32         <p>Predicted Alignment Error (PAE) matrices are produced by
  33                 deep-learning based 3D-structure prediction pipelines such as
  34                 AlphaFold. They reflect how reliably two parts of a model have been
  35                 positioned in space, by giving for each residue the likely error (in
  36                 &Aring;ngstroms) between that residue and every other modelled
  37                 position the pair of residues' real relative position, if the model
  38                 and real 3D structure were superimposed at that residue.</p>
  39         <p>
  40                 Jalview visualises PAE matrices as an alignment annotation track,
  41                 shaded from dark green to white, similar to the encoding used on the
  42                 EBI-AlphaFold website (see <a
  43                         href="https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/O04090">O04090 3D model</a>
  44                 at EBI-AlphaFoldDB).
  45         </p>
  46         <div style="display:flex; flex-wrap:wrap;"align="center" width="100%">
  47         <figure><img src="../structures/epas1_annotdetail.png" height="300"/><figcaption>Alignment of EPAS1 homologs from Human, Rat and Cow, with predicted alignment error shown in Jalview</figcaption></figure>
  48         <figure><img src="../structures/epas1_pae_ebiaf.png" height="300"/><figcaption>Predicted Alignment Error Matrix<br/>from <a href="https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/Q99814">https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/Q99814</a></figcaption></figure>
  49         </div>
  50         <p>
  51                 <strong>Importing PAE Matrices</strong>
  52         </p>
  53         <p>
  54                 Jalview retrieves PAE matrices when importing predicted 3D structures
  55                 from the EBI-AlphaFold database via <a
  56                         href="../features/structurechooser.html">Jalview's structure
  57                         chooser</a> GUI. If you have produced your own models and accompanying
  58                 PAE matrices using a pipeline such as ColabFold, then you can load
  59                 them both together via the <a
  60                         href="../features/structurechooser.html#loadpdbfile">Load PDB
  61                         File</a> dropdown menu in the 3D structure chooser. in a <a
  62                         href="../io/paematrixformat.html">supported PAE format</a>.
  63         </p>
  64         <p>
  65                 The <a href="../features/clarguments-basic.html">Command Line
  66                         Interface</a> also provides a options for importing PAE matrices along
  67                 side models, enabling the automated production of alignment figures
  68                 annotated with PAE matrices and PLDDT scores.
  69         </p>
  70         <p>
  71                 <strong>Showing PAE Matrix Annotations </strong>
  72         </p>
  73         <p>
  74                 When viewing 3D structures from the EBI-AlphaFold database or local 3D
  75                 structures with an associated PAE file, the PAE is imported as <i>Reference
  76                         Annotation</i>, which is not always automatically added to the alignment
  77                 view.
  78         </p>
  79         <p>To show the PAE, right click the sequence and locate the 'Add
  80                 Reference Annotation' entry in the Sequence ID submenu, or select all
  81                 sequences and locate the option in the Selection submenu. You can do
  82                 this in any alignment window (or view) where a sequence with
  83                 associated PAE data appears.</p>
  84         <p></p>
  85         <p>
  86                 <em>Support for visualision and analysis of predicted alignment
  87                         error matrices was added in Jalview 2.11.3. </em>
  88         </p>
  89 </body>
  90 </html>