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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
 105                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
 106                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
 107                                                                 column 9 of GFF file)
 108                                                         </li>
 109                                                         <li>
 110                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
 111                                                                 sequences
 112                                                         </li>
 113                                                         <li>
 114                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 115                                                                 details
 116                                                         </li>
 117                                                         <li>
 118                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 119                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 120                                                         </li>
 121                                                         <li>
 122                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 123                                                                 dialog
 124                                                         </li>
 125                                                 </ul>
 126                                         </li>
 127                                         <li>
 128                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 129                                                 tree and PCA calculations
 130                                         </li>
 131                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 132             <ul>
 133                                                         <li>
 134                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 135                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 136                                                         </li>
 137                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 138                                                                 drop-down menus</li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 141                                                                 incrementally
 142                                                         </li>
 143                                                         <li>
 144                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 145                                                         </li>
 146                                                 </ul>
 147                                         </li>
 148                                         <li>
 149                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 150                                         </li>
 151                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 152                                         <ul>
 153                                                         <li>
 154                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 155                                                                 multiple groups when working with large alignments
 156                                                         </li>
 157                                                         <li>
 158                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 159                                                                 Stockholm files
 160                                                         </li>
 161                                                 </ul>
 162                                         <li><strong>User Interface</strong>
 163                                         <ul>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 166                                                                 view
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 170                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 171                                                                 default (can be changed in user preferences)
 172                                                         </li>
 173                                                         <li>
 174                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 175                                                                 to the Overwrite Dialog
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 179                                                                 sequences are hidden
 180                                                         </li>
 181                                                         <li>
 182                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 183                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 184                                                         </li>
 185                                                         <li>
 186                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 187                                                                 labels
 188                                                         </li>
 189                                                         <li>
 190                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 191                                                                 when in wrapped mode
 192                                                         </li>
 193                                                         <li>
 194                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 195                                                                 annotation
 196                                                         </li>
 197                                                         <li>
 198                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 199                                                         </li>
 200                                                         <li>
 201                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 202                                                                 panel
 203                                                         </li>
 204                                                         <li>
 205                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 206                                                                 popup menu
 207                                                         </li>
 208                                                         <li>
 209                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 210                                                         <li>
 211                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 212
 213
 214                                                 </ul></li>
 215                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 216                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 217                                                 <ul>
 218                                                         <li>
 219                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 220                                                                 trapping CMD-Q
 221                                                         </li>
 222                                                 </ul></li>
 223                                 </ul>
 224         <em>Deprecations</em>
 225         <ul>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 228             capabilities removed from the Jalview Desktop
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 232             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 233             and XML based data retrieval clients</li>
 234           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 235           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 236         </ul> <em>Documentation</em>
 237                                 <ul>
 238                                         <li>
 239                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 240                                                 not supported in EPS figure export
 241                                         </li>
 242                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 243         <ul>
 244                 <li>
 245                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 246                                         </li>
 247                                         <li><!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 248                                         <li>
 249                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 250                                                 gradle-eclipse
 251                                         </li>
 252           <li><!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729 -->
 253           Atlassian Bamboo continuous integration for
 254             unattended Test Suite execution</li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 257             operations</li>
 258           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 259           <li><!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to markdown (with HTML rendering)</li>
 260         </ul>
 261       </td>
 262                         <td align="left" valign="top">
 263                                 <ul>
 264                                         <li>
 265                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 266                                         </li>
 267                                         <li>
 268                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 269                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 270                                         </li>
 271                                         <li>
 272                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 273                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 274                                         </li>
 275                                         <li>
 276                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 277                                                 monospaced font
 278                                         </li>
 279                                         <li>
 280                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 281                                                 project involving multiple views
 282                                         </li>
 283                                         <li>
 284                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 285                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 286                                                 Annotation dialog hides columns
 287                                         </li>
 288                                         <li>
 289                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 290                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 291                                                 one view, then making another selection in the other view
 292                                         </li>
 293                                         <li>
 294                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 295                                                 columns
 296                                         </li>
 297                                         <li>
 298                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 299                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 300                                         </li>
 301                                         <li>
 302                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 303                                                 overview updates with large alignments
 304                                         </li>
 305                                         <li>
 306                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 307                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 308                                                 mouse moved to the left of the first column
 309                                         </li>
 310                                         <li>
 311                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 312                                                 hidden column marker via scale popup menu
 313                                         </li>
 314                                         <li>
 315                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 316                                                 doesn't tell users the invalid URL
 317                                         </li>
 318                                         <li>
 319                                                 <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group on
 320                                                 export as Jalview features file
 321                                         </li>
 322                                         <li>
 323                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 324                                                 score from view
 325                                         </li>
 326                                         <li>
 327                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 328                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 329                                         </li>
 330                                         <li>
 331                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 332                                                 when columns are hidden
 333                                         </li>
 334                                         <li>
 335                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 336                                                 Columns by Annotation description
 337                                         </li>
 338                                         <li>
 339                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 340                                                 out of Scale or Annotation Panel
 341                                         </li>
 342                                         <li>
 343                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 344                                                 scale panel
 345                                         </li>
 346                                         <li>
 347                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 348                                                 alignment down
 349                                         </li>
 350                                         <li>
 351                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 352                                                 scale panel
 353                                         </li>
 354                                         <li>
 355                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 356                                                 Page Up in wrapped mode
 357                                         </li>
 358                                         <li>
 359                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 360                                         </li>
 361                                         <li>
 362                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 363                                         </li>
 364                                         <li>
 365                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 366                                                 on opening an alignment
 367                                         </li>
 368                                         <li>
 369                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 370                                                 Colour menu
 371                                         </li>
 372                                         <li>
 373                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 374                                                 different groups in the alignment are selected
 375                                         </li>
 376                                         <li>
 377                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 378                                                 correctly in menu
 379                                         </li>
 380                                         <li>
 381                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 382                                                 threshold limit
 383                                         </li>
 384                                         <li>
 385                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 386                                                 threshold gets 'unrounded'
 387                                         </li>
 388                                         <li>
 389                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 390                                                 colour
 391                                         </li>
 392                                         <li>
 393                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 394                                         </li>
 395                                         <li>
 396                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 397                                         </li>
 398                                         <li>
 399                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 400                                                 Tree font
 401                                         </li>
 402                                         <li>
 403                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 404                                                 project file
 405                                         </li>
 406                                         <li>
 407                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 408                                                 shown in complementary view
 409                                         </li>
 410                                         <li>
 411                                                 <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on
 412                                                 peptide sequence
 413                                         </li>
 414                                         <li>
 415                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 416                                                 without normalisation
 417                                         </li>
 418                                         <li>
 419                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 420                                                 of report
 421                                         </li>
 422                                         <li>
 423                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 424                                         </li>
 425                                 </ul> <em>Editing</em>
 426                                 <ul>
 427                                         <li>
 428                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 429                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 430                                                 sequence
 431                                         </li>
 432                                         <li>
 433                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 434                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 435                                                 removed (Known defect since 2.10)
 436                                         </li>
 437                                         <li>
 438                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 439                                                 dialog corrupts dataset sequence
 440                                         </li>
 441                                         <li>
 442                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 443                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 444                                         </li>
 445
 446                                 </ul>
 447                                 <em>New Known Defects</em>
 448                                 <ul>
 449                                         <li>
 450                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 451                                                 regions of protein alignment.
 452                                         </li>
 453                                         <li>
 454                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 455                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 456                                         </li>
 457                                         <li>
 458                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 459                                                 'New View'
 460                                         </li>
 461                                         <li>
 462                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 463                                                 columns within hidden columns
 464                                         </li>
 465                                         <li>
 466                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 467                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 468                                                 region
 469                                         </li>
 470                                         <li>
 471                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 472                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 473                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 474                                                 create a Score filter instead.
 475                                         </li>
 476                                          <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 477             <ul>
 478               <li>
 479               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 480
 481             </ul></li>
 482
 483                                 </ul>
 484                         </td>
 485                 </tr>
 486     <tr>
 487     <td width="60" nowrap>
 488       <div align="center">
 489         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 490       </div>
 491     </td>
 492     <td><div align="left">
 493         <em></em>
 494         <ul>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 497               InstallAnywhere increased to 1G.
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 501               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 502               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 503                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 504                 properties file.</em>
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 508               API and sequence data now imported as JSON.
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 512               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 513               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 514               property.
 515             </li>
 516           </ul>
 517           <em>Development</em>
 518           <ul>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 521               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 522                 Clover</a>
 523             </li>
 524           </ul>
 525         </div></td>
 526     <td><div align="left">
 527         <em></em>
 528         <ul>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 531               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 532               alignment.
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 536               annotation displayed.
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 540               for newly created group when 'Apply to all groups'
 541               selected
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 545               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 546               visible.
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 550               when sequences are selected in exported view.</em>
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 554               aren't rendered with correct colour.
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 558               types of knotted RNA secondary structure.
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 562               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 563               do not start at 1.
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 567               annotation when columns are inserted into an alignment,
 568               and when exporting as Stockholm flatfile.
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 572               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 573               treated as RNA secondary structure.
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 577               (not .jar) when saving a jalview project file.
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 581               transfers focus to previous window on OSX
 582             </li>
 583           </ul>
 584           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 585           <ul>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 588               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 589               box.
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 593               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 594               'look and feel' which has improved compatibility with the
 595               latest version of OSX.
 596             </li>
 597           </ul>
 598         </div>
 599     </td>
 600     </tr>
 601     <tr>
 602       <td width="60" nowrap>
 603         <div align="center">
 604           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 605             <em>7/06/2018</em></strong>
 606         </div>
 607       </td>
 608       <td><div align="left">
 609           <em></em>
 610           <ul>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 613               annotation retrieved from Uniprot
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 617               onto the Jalview Desktop
 618             </li>
 619           </ul>
 620         </div></td>
 621       <td><div align="left">
 622           <em></em>
 623           <ul>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 626               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 630               right-hand column parsed correctly
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 634               not alignment area in exported graphic
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 638               window has input focus
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 642               annotation added to view (Windows)
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 646               network connectivity is poor
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 650               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 651                 the currently open URL and links from a page viewed in
 652                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 653                 you are using Edge, only links in the page can be
 654                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 655                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 656             </li>
 657           </ul>
 658           <em>New Known Defects</em>
 659           <ul>
 660             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 661           </ul>
 662         </div></td>
 663     </tr>
 664     <tr>
 665       <td width="60" nowrap>
 666         <div align="center">
 667           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 668         </div>
 669       </td>
 670       <td><div align="left">
 671           <em></em>
 672           <ul>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 675               for disabling automatic superposition of multiple
 676               structures and open structures in existing views
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 680               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 681               adjust them.
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 685               Ensembl services
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 689               and lots of hidden columns
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 693               of features (particularly when transparency is disabled)
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 697               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 698               generally available
 699             </li>
 700           </ul>
 701           </div>
 702       </td>
 703       <td><div align="left">
 704           <ul>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 707               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 711               overlapping alignment panel
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 715               sequence as gaps
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 719               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 720               UTR
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 724               factor annotation not added to sequence when local PDB
 725               file associated with it by drag'n'drop or structure
 726               chooser
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 730               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 734               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 738               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 742               columns in annotation row
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 746               honored in batch mode
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 750               for structures added to existing Jmol view
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 754               entries after importing project with multiple views
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 758               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 759               with negative residue numbers or missing residues fails
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 763               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 764               as generated by CONSURF)
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 768               tooltip doesn't include a text description of mutation
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 772               structure and/or overview windows are also shown
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 776               very slow for alignments with large numbers of sequences
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 780               with 'StringIndexOutOfBounds'
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 784               platforms running Java 10
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 788               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 789             </li>
 790           </ul>
 791           <em>Applet</em>
 792           <ul>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 795               should copy the group consensus when popup is opened on it
 796             </li>
 797           </ul>
 798           <em>Batch Mode</em>
 799           <ul>
 800           <li>
 801             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 802           </li>
 803           </ul>
 804           <em>New Known Defects</em>
 805           <ul>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 808               editing a large alignment and overview is displayed
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 812               repeatedly after a series of edits even when the overview
 813               is no longer reflecting updates
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 817               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 818               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 819               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 820             </li>
 821                                                 <li>
 822                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 823                                                         option gives blank output
 824                                                 </li>
 825                                         </ul>
 826         </div>
 827           </td>
 828     </tr>
 829     <tr>
 830       <td width="60" nowrap>
 831         <div align="center">
 832           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 833         </div>
 834       </td>
 835       <td><div align="left">
 836           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 837               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 838       <td><div align="left">
 839           <em>Desktop</em><ul>
 840           <ul>
 841             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 842             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 843             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 844             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 845             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 846             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 847             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 848           </ul>
 849           </div>
 850       </td>
 851     </tr>
 852     <tr>
 853       <td width="60" nowrap>
 854         <div align="center">
 855           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 856         </div>
 857       </td>
 858       <td><div align="left">
 859           <em></em>
 860           <ul>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 863               rendering of sequence features
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 867               429 rate limit request hander
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 871               their colours have changed
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 875               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 879               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 883               view from Ensembl locus cross-references
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 887               Alignment report
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 891               feature can be disabled
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 895               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 899               Uniprot
 900             </li>
 901           </ul>
 902           <em>Scripting</em>
 903           <ul>
 904             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 905             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 906               percent identity scores for current alignment.</li>
 907           </ul>
 908           <em>Testing and Deployment</em>
 909           <ul>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 912             </li>
 913           </ul>
 914         </div></td>
 915       <td><div align="left">
 916           <em>General</em>
 917           <ul>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 920               threshold text field doesn't trigger an update to the
 921               alignment view
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 925               strings in parallel
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 929               alignment window is closed
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 933               group visibility
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 937               takes a long time in Cursor mode
 938             </li>
 939           </ul>
 940           <em>Desktop</em>
 941           <ul>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 944               cannot be viewed in Chimera
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 948               CDS/Protein view
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 952               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 953               Search Dialogs
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 963               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 967               scrolling right in unwapped alignment view
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 971               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 972               database
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 976               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 980               features of same type and group to be selected for
 981               amending
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 985               alignments when hidden columns are present
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 989               displaying several structures
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 993               moving a window
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 997               within the Jalview desktop on OSX
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1001               when in wrapped alignment mode
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1005               hand end of alignment
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1009               each selected sequence do not have correct start/end
1010               positions
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1014               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1018               restoring project until a new view is created
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1022               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1023               configured (since 2.10.2b2)
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1027               position is adjusted
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1031               in a multi-chain structure when viewing alignment
1032               involving more than one chain (since 2.10)
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1036               if new selection moves alignment window
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1040               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1044               that produces correctly annotated transcripts and products
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1048               doesn't update associated structure view
1049             </li>
1050           </ul>
1051           <em>Applet</em><br />
1052           <ul>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1055               closing alignment panel
1056             </li>
1057           </ul>
1058           <em>BioJSON</em><br />
1059           <ul>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1062               non-positional features
1063             </li>
1064           </ul>
1065           <em>New Known Issues</em>
1066           <ul>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1069               sequence features correctly (for many previous versions of
1070               Jalview)
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1074               using cursor in wrapped panel other than top
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1078               graduated colour threshold
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1082               always preserve numbering and sequence features
1083             </li>
1084           </ul>
1085           <em>Known Java 9 Issues</em>
1086           <ul>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1089               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1090               9.01, OSX 10.10)
1091             </li>
1092           </ul>
1093         </div></td>
1094     </tr>
1095     <tr>
1096       <td width="60" nowrap>
1097         <div align="center">
1098           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1099             <em>2/10/2017</em></strong>
1100         </div>
1101       </td>
1102       <td><div align="left">
1103           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1104           <ul>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1107             </li>
1108             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1109             </li>
1110           </ul>
1111         </div></td>
1112       <td><div align="left">
1113         </div></td>
1114     </tr>
1115     <tr>
1116       <td width="60" nowrap>
1117         <div align="center">
1118           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1119             <em>7/9/2017</em></strong>
1120         </div>
1121       </td>
1122       <td><div align="left">
1123           <em></em>
1124           <ul>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1127               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1128               white)
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1132               Preferences
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1136               in size and progress bar shown as higher resolution
1137               overview is recalculated
1138             </li>
1139
1140           </ul>
1141         </div></td>
1142       <td><div align="left">
1143           <em></em>
1144           <ul>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1147               column region row by row
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1151               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1155               format setting is unticked
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1159               if group has show boxes format setting unticked
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1163               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1164               include sequences and columns not currently displayed
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1168               assemblies are imported via CIF file
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1172               displayed when threshold or conservation colouring is also
1173               enabled.
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1177               server version
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1181               dragging a selected region off the visible region of the
1182               alignment
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1186               colourscheme to all groups in a view
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1190               initially after font size change using the Font chooser or
1191               middle-mouse zoom
1192             </li>
1193           </ul>
1194         </div></td>
1195     </tr>
1196     <tr>
1197       <td width="60" nowrap>
1198         <div align="center">
1199           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1200         </div>
1201       </td>
1202       <td><div align="left">
1203           <em>Calculations</em>
1204           <ul>
1205
1206             <li>
1207               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1208               ungapped positions in each column of the alignment.
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1212               a calculation dialog box
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1216               and memory efficiency (~30x faster)
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1220               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1221               and other calculations
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1225               files within the Jalview codebase
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1229               Similarity may have different topology due to increased
1230               precision
1231             </li>
1232           </ul>
1233           <em>Rendering</em>
1234           <ul>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1237               model for alignments and groups
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1241               scripts
1242             </li>
1243           </ul>
1244           <em>Overview</em>
1245           <ul>
1246             <li>
1247               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1248               with alignment and overview windows
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1252               overview
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1256               omitted in Overview
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1260               adjustment of visible position
1261             </li>
1262           </ul>
1263
1264           <em>Data import/export</em>
1265           <ul>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1268               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1272               annotation input/output via stockholm flatfile
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1276               extension when importing structure files without embedded
1277               names or PDB accessions
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1281               format sequence substitution matrices
1282             </li>
1283           </ul>
1284           <em>User Interface</em>
1285           <ul>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1288               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1289               the application.
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1293               via Overview or sequence motif search operations
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1297               opened by double clicking gaps within sequence feature
1298               extent
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1302               aligned positions were available to create a 3D structure
1303               superposition.
1304             </li>
1305           </ul>
1306           <em>3D Structure</em>
1307           <ul>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1310               coloured in linked structure views
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1314               file-based command exchange
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1318               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1319               structures are already available for sequences
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1323               the Jalview project rather than downloaded again when the
1324               project is reopened.
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1328               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1329               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1330                 Feature</strong>)
1331             </li>
1332           </ul>
1333           <em>Web Services</em>
1334           <ul>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1340               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1341               Analysis services
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1345               cross-references provided by identifiers.org and the
1346               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1347             </li>
1348           </ul>
1349
1350           <em>Scripting</em>
1351           <ul>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1354               identifying file formats (instead of String constants)
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1358               efficiency when counting all displayed features (not
1359               backwards compatible with 2.10.1)
1360             </li>
1361           </ul>
1362           <em>Example files</em>
1363           <ul>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1366               included in the example feature file
1367             </li>
1368           </ul>
1369           <em>Documentation</em>
1370           <ul>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1373               with the built-in Java help viewer
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1377               sequence description' option
1378             </li>
1379           </ul>
1380           <em>Test Suite</em>
1381           <ul>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1384               Uniprot REST Free Text Search Client
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1391               during tests
1392             </li>
1393           </ul>
1394         </div></td>
1395       <td><div align="left">
1396           <em>Calculations</em>
1397           <ul>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1400               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1401               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1402             </li>
1403             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1404               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1405               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1406               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1407               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1408               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1409               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1410               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1411               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1412               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1413               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1414               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1415               // for 2.10.1 mode <br />
1416               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1417               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1418                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1419                 calculations (not recommended)</em></li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1422               scaling of branch lengths for trees computed using
1423               Sequence Feature Similarity.
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1427               generating output report when working with highly
1428               redundant alignments
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1432               right of selected region when gaps present on right-hand
1433               boundary
1434             </li>
1435           </ul>
1436           <em>User Interface</em>
1437           <ul>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1440               doesn't reselect a specific sequence's associated
1441               annotation after it was used for colouring a view
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1445               opened on a region of alignment without groups
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1449               of an alignment with overlapping groups
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1453               name and description match
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1457               hidden regions results in incorrect hidden regions
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1461               changing colour does not apply Conservation slider value
1462               to all groups
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1466               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1470               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1474               gaps before start of features
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1478               restored to UI when feature colour is edited
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1482               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1486               as graduate feature colour settings are modified via the
1487               dialog box
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1491               when a group defined on the alignment is resized
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1495               wrapped view result in positional status updates
1496             </li>
1497
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1500               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1504               alignment included gapped columns
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1508               widgets don't permanently disappear
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1512               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1513               T-Coffee column reliability scores)
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1517               sequence feature on gaps only
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1521               button from a Find inherit previously defined feature type
1522               rather than the Find query string
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1526               exporting tree calculated in Jalview
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1530               and then revealing them reorders sequences on the
1531               alignment
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1535               doesn't update to reflect available set of groups after
1536               interactively adding or modifying features
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1540               Linux
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1544               only excluded gaps in current sequence and ignored
1545               selection.
1546             </li>
1547           </ul>
1548           <em>Rendering</em>
1549           <ul>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1552               erratically when hidden rows or columns are present
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1556               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1557               sequence colouring
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1561               colour and group colour menu for protein alignments
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1565               reflect currently selected view or group's shading
1566               thresholds
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1570               when rendered on overview and structures when opacity at
1571               100%
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1575               overview when features overlaid on alignment
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1579               recovered correctly from Jalview project file
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1583               (automatically via preferences) are different to the main
1584               alignment panel
1585             </li>
1586           </ul>
1587           <em>Data import/export</em>
1588           <ul>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1591               load
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1595               added after a sequence was imported are not written to
1596               Stockholm File
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1600               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1604               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1608               with lightGray or darkGray via features file (but can
1609               specify lightgray)
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1613               when alignment view imported from project
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1617               structure and sequences extracted from structure files
1618               imported via URL and viewed in Jmol
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1622               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1623               the project is loaded and the structure viewed
1624             </li>
1625           </ul>
1626           <em>Web Services</em>
1627           <ul>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1630               release of Ensembl v.88
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1634               appear enabled in Preferences->Connections
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1638               removed from console output
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1642               Ensembl by Peptide ID
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1646               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1647               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1648               due to 'null' string rather than empty string used for
1649               residues with no corresponding PDB mapping).
1650             </li>
1651           </ul>
1652           <em>Application UI</em>
1653           <ul>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1656               menu
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1660               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1661               new documentation and tooltips added)
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1665               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1669               new features are added to alignment
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1673               changes to feature colours via the Amend features dialog
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1677               edit graduated feature colour via amend features dialog
1678               box
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1682               selection menu changes colours of alignment views
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1686               from alignment calculation workers after alignment has
1687               been closed
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1691               groups now 'Create Group'
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1695               Create/Undefine group doesn't always work
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1699               shown again after pressing 'Cancel'
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1703               adjusts start position in wrap mode
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1707               ambiguous amino acids
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1711               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1712               proteins
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1716               Defined' don't appear in Colours menu
1717             </li>
1718           </ul>
1719           <em>Applet</em>
1720           <ul>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1723               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1727               overview or linked structure view
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1731               work (since 2.8)
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1735               user-defined colourscheme doesn't restore original
1736               colourscheme
1737             </li>
1738           </ul>
1739           <em>Test Suite</em>
1740           <ul>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1743               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1747               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1748               problems with deep array comparison equality asserts in
1749               successive versions of TestNG
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1753               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1754             </li>
1755           </ul>
1756           <em>New Known Issues</em>
1757           <ul>
1758             <li>
1759               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1760               phase after a sequence motif find operation
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1764               containing just upper and lower case letters are
1765               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1769               reliably from eggnog Ortholog database
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1773               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1774               to mark columns containing highlighted regions.
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1778               doesn't always add secondary structure annotation.
1779             </li>
1780           </ul>
1781         </div>
1782     <tr>
1783       <td width="60" nowrap>
1784         <div align="center">
1785           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1786         </div>
1787       </td>
1788       <td><div align="left">
1789           <em>General</em>
1790           <ul>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1793               for all consensus calculations
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1797               3rd Oct 2016)
1798             </li>
1799             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1800               for 2016-2017</li>
1801           </ul>
1802           <em>Application</em>
1803           <ul>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1806               set of database cross-references, sorted alphabetically
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1810               from database cross references. Users with custom links
1811               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1812                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1816               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1817               Chimera session
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1821               the Chimera it is connected to is shut down
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1825               columns menu item to mark columns containing highlighted
1826               regions (e.g. from structure selections or results of a
1827               Find operation)
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1831               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1832               MSAviewer
1833             </li>
1834           </ul>
1835         </div></td>
1836       <td>
1837         <div align="left">
1838           <em>General</em>
1839           <ul>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1842               are not coloured or thresholded according to percent
1843               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1847               hydrophobic
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1851               threshold, amino acid properties)
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1855               reported as mapped to residues in a structure file in the
1856               View Mapping report
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1860               could be added multiple times to a sequence
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1864               bond features shown as two highlighted residues rather
1865               than a range in linked structure views, and treated
1866               correctly when selecting and computing trees from features
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1870               cross-references are matched to database name regardless
1871               of case
1872             </li>
1873
1874           </ul>
1875           <em>Application</em>
1876           <ul>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1879               names without regular expressions also offer links from
1880               Sequence ID
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1884               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1885               update Jalview configuration
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1889               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1893               files with similarly named sequences if dropped onto the
1894               alignment
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1898               entries where more chains exist in the PDB accession than
1899               are reported in the SIFTS file
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1903               the structure view when displayed with Chimera
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1907               panel's View->Show Chains submenu
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1911               work for wrapped alignment views
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1915               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1919               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1920               first annotation row
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1924               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1928               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1929             </li>
1930             <!-- JAL-2319 -->
1931             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1932             coordindate data
1933             </li>
1934           </ul>
1935           <!--           <em>New Known Issues</em>
1936           <ul>
1937             <li></li>
1938           </ul> -->
1939         </div>
1940       </td>
1941     </tr>
1942     <td width="60" nowrap>
1943       <div align="center">
1944         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1945           <em>25/10/2016</em></strong>
1946       </div>
1947     </td>
1948     <td><em>Application</em>
1949       <ul>
1950         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1951           view if structures already loaded</li>
1952         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1953           structure views</li>
1954       </ul></td>
1955     <td>
1956       <div align="left">
1957         <em>General</em>
1958         <ul>
1959           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1960             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1961           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1962             example sequences/projects/trees</li>
1963         </ul>
1964         <em>Application</em>
1965         <ul>
1966           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1967             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1968           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1969             without timeout for structures with multiple models or
1970             multiple sequences in alignment</li>
1971           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1972             PDB ID HEADER line</li>
1973           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1974             is performed</li>
1975           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1976             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1977           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1978           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1979             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1980             option</li>
1981           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1982             is created on the alignment</li>
1983           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1984             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1985             pop-up menu</li>
1986         </ul>
1987         <em>Build and deployment</em>
1988         <ul>
1989           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1990             tags</li>
1991         </ul>
1992         <em>New Known Issues</em>
1993         <ul>
1994           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1995             on Windows</li>
1996         </ul>
1997       </div>
1998     </td>
1999     </tr>
2000     <tr>
2001       <td width="60" nowrap>
2002         <div align="center">
2003           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2004         </div>
2005       </td>
2006       <td><em>General</em>
2007         <ul>
2008           <li>
2009             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2010           </li>
2011           <li>
2012             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2013             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2014             better PDB parsing.
2015           </li>
2016           <li>
2017             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2018             reference sequence
2019           </li>
2020           <li>
2021             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2022             mousing over sequence associated annotation
2023           </li>
2024           <li>
2025             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2026             for manual entry
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2030             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2031             for each column
2032           </li>
2033           <li>
2034             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2035             showing or hiding columns containing a feature
2036           </li>
2037           <li>
2038             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2039             group and sequence associated annotation labels
2040           </li>
2041           <li>
2042             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2043             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2044             dialogs
2045           </li>
2046
2047         </ul> <em>Application</em>
2048         <ul>
2049           <li>
2050             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2051             gene/transcript view
2052           </li>
2053           <li>
2054             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2055             dialog
2056           </li>
2057           <li>
2058             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2059             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2060           </li>
2061           <li>
2062             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2063             Pfam sources to xfam.org
2064           </li>
2065           <li>
2066             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2067           </li>
2068           <li>
2069             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2070             over sequences in Jalview
2071           </li>
2072           <li>
2073             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2074             regions in ENA and EMBL
2075           </li>
2076           <li>
2077             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2078             for record retrieval via ENA rest API
2079           </li>
2080           <li>
2081             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2082             complement operator
2083           </li>
2084           <li>
2085             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2086             groovy script execution
2087           </li>
2088           <li>
2089             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2090             alignment window's Calculate menu
2091           </li>
2092           <li>
2093             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2094             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2095           </li>
2096           <li>
2097             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2098             calculation workers from groovy scripts
2099           </li>
2100           <li>
2101             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2102             Jalview projects
2103           </li>
2104           <li>
2105             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2106             associations are now saved/restored from project
2107           </li>
2108           <li>
2109             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2110             before sequence fetcher is opened
2111           </li>
2112           <li>
2113             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2114             database chooser opens a sequence fetcher
2115           </li>
2116           <li>
2117             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2118             the UniProt REST API
2119           </li>
2120           <li>
2121             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2122             the news reader opening
2123           </li>
2124           <li>
2125             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2126             querying stored in preferences
2127           </li>
2128           <li>
2129             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2130             search results
2131           </li>
2132           <li>
2133             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2134           </li>
2135           <li>
2136             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2137             menu for nucleotide sequences
2138           </li>
2139           <li>
2140             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2141             and feature counts preserves alignment ordering (and
2142             debugged for complex feature sets).
2143           </li>
2144           <li>
2145             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2146             viewing structures with Jalview 2.10
2147           </li>
2148           <li>
2149             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2150             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2151             Ensembl Genomes REST API
2152           </li>
2153           <li>
2154             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2155             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2156             (Ensembl)
2157           </li>
2158           <li>
2159             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2160             sequences
2161           </li>
2162           <li>
2163             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2164             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2165             data from external database records.
2166           </li>
2167           <li>
2168             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2169             efficient recovery of sequence coding and alignment
2170             annotation relationships.
2171           </li>
2172         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2173         <ul>
2174           <li>
2175             -- JAL---
2176           </li>
2177         </ul> --></td>
2178       <td>
2179         <div align="left">
2180           <em>General</em>
2181           <ul>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2184               menu on OSX
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2188               includes graduated colourschemes
2189             </li>
2190             <li>
2191               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2192               working with big alignments and lots of hidden columns
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2196               at right of alignment window
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2200               contents
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2204               for DNA alignments
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2208               based tree calculation
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2212               unconserved enabled for group on alignment
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2216               set as reference
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2220               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2221               annotation
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2225               hidden columns present
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2229               user created annotation added to alignment
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2233               '()' base pair annotation
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2237               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2238               Consensus
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2242               feature not working
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2246               beginning of sequence
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2250               entry 3a6s
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2254               from a tree when t-coffee scores are shown
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2258               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2262               some structures
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2266               to Clustal, PIR and PileUp output
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2270               not visible causes alignment window to repaint
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2274               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2275               scores associated with features and annotation rows
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2279               calculation should be case independent
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2283               columns
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2287               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2288               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2292               problems when reference sequence defined and 'show
2293               non-conserved' enabled
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2297               load even when Consensus calculation is disabled
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2301               alignment does nothing
2302             </li>
2303           </ul>
2304           <em>Application</em>
2305           <ul>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2308               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2309               yet fixed for El Capitan)
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2313               output when running on non-gb/us i18n platforms
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2317               hidden sequences as flat-file alignment
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2321               launching Chimera
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2325               (also hotfix for 2.9.0b2)
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2329               reference sequence defined
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2333               alignments and views when revealing hidden columns
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2337               view in a cDNA/Protein splitframe
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2341               sequence from project when only one sequence is
2342               represented
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2346               in Structure Chooser
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2350               structure consensus didn't refresh annotation panel
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2354               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2358               dialogs format columns correctly, don't display array
2359               data, sort columns according to type
2360             </li>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2363               file chooser is cancelled during an image export
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2367               sequence name containing special characters
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2371               case insensitive
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2375               formatting don't wrap
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2379               truncated so L looks like I in consensus annotation
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2383               currently displayed features for the current selection or
2384               view
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2388               after fetching cross-references, and restoring from
2389               project
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2393               followed in the structure viewer
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2397               splitframe not restored from project
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2401               trailing end of protein alignment in transcript/product
2402               splitview when pad-gaps not enabled by default
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2406               is case dependent
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2410               article has been read (reopened issue due to
2411               internationalisation problems)
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2415               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2416               cross-references
2417             </li>
2418
2419             <li>
2420               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2421               alignment as HTML
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2425               multiple structures are shown for one or more sequences.
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2429               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2430               is enabled.
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2434               specific PDB id for sequence
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2438               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2439               columns' is disabled.
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2443               selects lowest rather than highest resolution structures
2444               for each sequence
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2448               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2452               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2456               after clicking on it to create new annotation for a
2457               column.
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2461               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2462             </li>
2463             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2464             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2465           </ul>
2466           <em>Applet</em>
2467           <ul>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2470               hidden columns present before start of sequence
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2474               (JSON jars)
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2478               sequences are hidden in applet
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2482               deployment on examples pages.
2483             </li>
2484           </ul>
2485         </div>
2486       </td>
2487     </tr>
2488     <tr>
2489       <td width="60" nowrap>
2490         <div align="center">
2491           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2492             <em>16/10/2015</em></strong>
2493         </div>
2494       </td>
2495       <td><em>General</em>
2496         <ul>
2497           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2498             jars</li>
2499         </ul></td>
2500       <td>
2501         <div align="left">
2502           <em>Application</em>
2503           <ul>
2504             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2505               shown when tree is partitioned</li>
2506             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2507               multiple cDNA/Protein split views</li>
2508           </ul>
2509         </div>
2510       </td>
2511     </tr>
2512     <tr>
2513       <td width="60" nowrap>
2514         <div align="center">
2515           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2516             <em>8/10/2015</em></strong>
2517         </div>
2518       </td>
2519       <td><em>General</em>
2520         <ul>
2521           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2522             2.9</li>
2523         </ul> <em>Application</em>
2524         <ul>
2525           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2526           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2527           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2528         </ul> <em>Applet</em>
2529         <ul>
2530           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2531         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2532         <ul>
2533           <li>
2534             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2535             suite
2536           </li>
2537         </ul></td>
2538       <td>
2539         <div align="left">
2540           <em>General</em>
2541           <ul>
2542             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2543               incorrect when sequence start > 1</li>
2544             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2545               documentation</li>
2546             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2547             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2548               loading a features file containing HTML tags in feature
2549               description</li>
2550
2551           </ul>
2552           <em>Application</em>
2553           <ul>
2554             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2555               reimport</li>
2556             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2557               with 'trim retrieved sequences'</li>
2558             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2559               deleting selected columns</li>
2560             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2561               JNLP templates for webstart launch</li>
2562             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2563               unreleased structures for download or viewing</li>
2564             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2565               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2566             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2567               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2568             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2569               recovered from jalview project</li>
2570             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2571               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2572               alignment view</li>
2573             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2574               color schemes from BioJSON</li>
2575           </ul>
2576           <em>Applet</em>
2577           <ul>
2578             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2579               frame</li>
2580             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2581           </ul>
2582         </div>
2583       </td>
2584     </tr>
2585     <tr>
2586       <td><div align="center">
2587           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2588         </div></td>
2589       <td><em>General</em>
2590         <ul>
2591           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2592             alignments:
2593             <ul>
2594               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2595                 and DNA alignment views</li>
2596               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2597                 cDNA alignment views</li>
2598               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2599                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2600               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2601                 protein sequences</li>
2602             </ul>
2603           </li>
2604           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2605           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2606             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2607           <li>New alignment annotation file statements for
2608             reference sequences and marking hidden columns</li>
2609           <li>Reference sequence based alignment shading to
2610             highlight variation</li>
2611           <li>Select or hide columns according to alignment
2612             annotation</li>
2613           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2614           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2615             acid conservation row</li>
2616           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2617         </ul> <em>Application</em>
2618         <ul>
2619           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2620             <ul>
2621               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2622                 view with cDNA/Protein</li>
2623               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2624                 sequences are placed in the same alignment</li>
2625               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2626                 projects</li>
2627             </ul>
2628           </li>
2629
2630           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2631           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2632             Jalview windows</li>
2633
2634           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2635           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2636           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2637             be shown in VARNA</li>
2638
2639           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2640             as the active selected region</li>
2641
2642           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2643             similarity</li>
2644           <li>New Export options
2645             <ul>
2646               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2647                 region export in flat file generation</li>
2648
2649               <li>Export alignment views for display with the <a
2650                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2651
2652               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2653               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2654                 alignment figures to HTML</li>
2655           </li>
2656           <li>3D structure retrieval and display
2657             <ul>
2658               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2659                 Search API</li>
2660               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2661                 PDB structures for a sequence set</li>
2662             </ul>
2663           </li>
2664
2665           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2666             predictions</li>
2667           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2668             for one or a group of sequences</li>
2669           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2670             from the JPred4 web server</li>
2671           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2672             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2673             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2674           </li>
2675           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2676             VARNA 2D Structure'</li>
2677           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2678             Structure ..."</li>
2679
2680         </ul> <em>Applet</em>
2681         <ul>
2682           <li>New layout for applet example pages</li>
2683           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2684             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2685           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2686             Protein alignments</li>
2687         </ul> <em>Development and deployment</em>
2688         <ul>
2689           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2690           <li>Include installation type and git revision in build
2691             properties and console log output</li>
2692           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2693             storing BioJsMSA Templates</li>
2694           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2695         </ul></td>
2696       <td>
2697         <!-- <em>General</em>
2698         <ul>
2699         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2700         <ul>
2701           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2702           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2703           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2704             predictions are not highlighted in amber</li>
2705           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2706             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2707           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2708             associated structure views</li>
2709           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2710             width checkbox not enabled</li>
2711           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2712             creating user defined colours</li>
2713           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2714             mappings for just that viewer's sequences</li>
2715           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2716             multiple models in Chimera</li>
2717           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2718             over Jmol structure</li>
2719           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2720             output to text box</li>
2721           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2722             have incorrect sequence start/end</li>
2723           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2724             Jalview fails</li>
2725           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2726             work for nucleotide</li>
2727           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2728             to a grey/invisible alignment window</li>
2729           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2730             imports to different position</li>
2731           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2732             on some platforms</li>
2733           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2734             populated</li>
2735           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2736             console if Chimera has been opened</li>
2737           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2738           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2739             retrieved</li>
2740           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2741           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2742             either sequence shows on first structure</li>
2743           <li>'Show annotations' options should not make
2744             non-positional annotations visible</li>
2745           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2746             in right place after 'view flanking regions'</li>
2747           <li>File Save As type unset when current file format is
2748             unknown</li>
2749           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2750             projects</li>
2751           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2752             responsive</li>
2753           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2754             several views on same alignment</li>
2755           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2756           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2757             spaces</li>
2758         </ul> <em>Applet</em>
2759         <ul>
2760           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2761           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2762             descriptions containing angle brackets</li>
2763         </ul> <em>General</em>
2764         <ul>
2765           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2766             via jalview annotation file</li>
2767           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2768             with RNA secondary structure</li>
2769           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2770             translation doesn't work.</li>
2771           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2772           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2773             positions</li>
2774           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2775             choosing 1pt font</li>
2776           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2777             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2778             'h'</li>
2779           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2780             new feature</li>
2781           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2782             order dependent</li>
2783           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2784             sequences</li>
2785           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2786         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2787         <ul>
2788           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2789             www.jalview.org</li>
2790         </ul> <em>Application Known issues</em>
2791         <ul>
2792           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2793           <li>Misleading message appears after trying to delete
2794             solid column.</li>
2795           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2796             version launches</li>
2797           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2798             fails with a sequence mismatch</li>
2799           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2800             scrolling alignment to right</li>
2801           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2802             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2803           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2804             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2805           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2806             ultra-high resolution</li>
2807           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2808             quality and conservation</li>
2809           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2810             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2811         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2812         <ul>
2813           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2814           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2815             window is being resized</li>
2816
2817         </ul>
2818       </td>
2819     </tr>
2820     <tr>
2821       <td><div align="center">
2822           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2823         </div></td>
2824       <td><em>General</em>
2825         <ul>
2826           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2827             Certum.PL.</li>
2828           <li>Features and annotation preserved when performing
2829             pairwise alignment</li>
2830           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2831             imported/exported/displayed</li>
2832           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2833             protein secondary structure</li>
2834           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2835               post-hoc with 2.9 release</em>)
2836           </li>
2837
2838         </ul> <em>Application</em>
2839         <ul>
2840           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2841             with 3D structures</li>
2842           <li>Support for parsing RNAML</li>
2843           <li>Annotations menu for layout
2844             <ul>
2845               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2846               <li>place sequence annotation above/below alignment
2847                 annotation</li>
2848             </ul>
2849           <li>Output in Stockholm format</li>
2850           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2851             translation</li>
2852           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2853           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2854             shared between alignments</li>
2855           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2856             Jalview</li>
2857           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2858             all or current selection</li>
2859           <li>disorder and secondary structure predictions
2860             available as dataset annotation</li>
2861           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2862
2863
2864           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2865             alignments from Rfam</li>
2866           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2867
2868           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2869             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2870           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2871           <li>include installation type in build properties and
2872             console log output</li>
2873           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2874             annotation</li>
2875         </ul></td>
2876       <td>
2877         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2878         <ul>
2879           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2880             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2881           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2882             alignment</li>
2883           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2884           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2885           <li>Double click on sequence associated annotation
2886             selects only first column</li>
2887           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2888             leaves shown in tree</li>
2889           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2890             properly</li>
2891           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2892           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2893             screen and buttons not visible</li>
2894           <li>author list isn't updated if already written to
2895             Jalview properties</li>
2896           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2897             from database</li>
2898           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2899           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2900             browser search window</li>
2901           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2902             in feature settings dialog</li>
2903           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2904             desktop</li>
2905           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2906             pass validation</li>
2907           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2908             fit on screen</li>
2909           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2910             tooltip</li>
2911           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2912             defined user preset</li>
2913           <li>MSA web services warns user if they were launched
2914             with invalid input</li>
2915           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2916             Java 8</li>
2917           <li>
2918             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2919             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2920             created
2921           </li>
2922
2923         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2924         <ul>
2925         </ul> <em>General</em>
2926         <ul>
2927         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2928         <ul>
2929           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2930             memory allocation</li>
2931           <li>launchApp service doesn't automatically open
2932             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2933           <li>
2934             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2935             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2936             1.7_055 is available
2937           </li>
2938         </ul> <em>Application Known issues</em>
2939         <ul>
2940           <li>
2941             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2942             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2943             alignment to right
2944           </li>
2945           <li>
2946             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2947             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2948             with large number of ID
2949           </li>
2950           <li>
2951             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2952             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2953             start/end
2954           </li>
2955           <li>
2956             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2957             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2958             structure tracks are rearranged
2959           </li>
2960           <li>
2961             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2962             invalid rna structure positional highlighting does not
2963             highlight position of invalid base pairs
2964           </li>
2965           <li>
2966             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2967             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2968             project from alignment window file menu
2969           </li>
2970           <li>
2971             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2972             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2973             structures
2974           </li>
2975           <li>
2976             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2977             colour by RNA Helices not enabled when user created
2978             annotation added to alignment
2979           </li>
2980           <li>
2981             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2982             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2983           </li>
2984         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2985         <ul>
2986           <li>
2987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2988             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2989           </li>
2990           <li>
2991             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2992             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2993           </li>
2994
2995           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2996             when selected</li>
2997         </ul>
2998       </td>
2999     </tr>
3000     <tr>
3001       <td><div align="center">
3002           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3003         </div></td>
3004       <td>
3005         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3006         <em>General</em>
3007         <ul>
3008           <li>Internationalisation of user interface (usually
3009             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3010           <li>Define/Undefine group on current selection with
3011             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3012           <li>Improved group creation/removal options in
3013             alignment/sequence Popup menu</li>
3014           <li>Sensible precision for symbol distribution
3015             percentages shown in logo tooltip.</li>
3016           <li>Annotation panel height set according to amount of
3017             annotation when alignment first opened</li>
3018         </ul> <em>Application</em>
3019         <ul>
3020           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3021             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3022           <li>Select columns containing particular features from
3023             Feature Settings dialog</li>
3024           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3025             sequences</li>
3026           <li>Update Jalview project format:
3027             <ul>
3028               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3029               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3030                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3031               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3032                 colouring</li>
3033             </ul>
3034           </li>
3035           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3036             (PAM250)</li>
3037           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3038             flanking regions for an alignment</li>
3039         </ul>
3040       </td>
3041       <td>
3042         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3043         <ul>
3044           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3045             running after job is cancelled</li>
3046           <li>cannot export features from alignments imported from
3047             Jalview/VAMSAS projects</li>
3048           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3049             float values</li>
3050           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3051             have 'display all symbols' flag set</li>
3052           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3053             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3054           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3055             Jalview</li>
3056           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3057             Lion/Webstart</li>
3058           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3059           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3060           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3061             alignment onto desktop</li>
3062           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3063             'extract scores' function</li>
3064           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3065             alignment window</li>
3066           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3067             performing IUPred disorder prediction</li>
3068           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3069             changing 'normalise logo' display setting</li>
3070           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3071             nothing matches query</li>
3072           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3073             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3074           </li>
3075           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3076             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3077           </li>
3078           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3079             Jalview's menu</li>
3080           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3081             'invalid literal/length code'</li>
3082           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3083             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3084           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3085             colourscheme</li>
3086
3087         </ul> <em>Applet</em>
3088         <ul>
3089           <li>Remove group option is shown even when selection is
3090             not a group</li>
3091           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3092             don't affect groups</li>
3093           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3094             colourscheme name</li>
3095           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3096             Annotation panel is not displayed</li>
3097           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3098             embedded windows</li>
3099         </ul> <em>Other</em>
3100         <ul>
3101           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3102             single sequence were not calculated</li>
3103           <li>annotation files that contain only groups imported as
3104             annotation and junk sequences</li>
3105           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3106             recognised as PFAM or BLC</li>
3107           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3108             doesn't affect background (2.8.0b1)
3109           <li></li>
3110           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3111           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3112             trailing gaps</li>
3113           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3114             registered correctly on import</li>
3115           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3116             certain alignments</li>
3117           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3118             existing annotation based 'use original colours'
3119             colourscheme loses original colours setting</li>
3120         </ul>
3121       </td>
3122     </tr>
3123     <tr>
3124       <td><div align="center">
3125           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3126             <em>30/1/2014</em></strong>
3127         </div></td>
3128       <td>
3129         <ul>
3130           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3131             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3132             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3133             open source project).
3134           </li>
3135           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3136           <li>Output in Stockholm format</li>
3137           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3138           <li>Export/import group and sequence associated line
3139             graph thresholds</li>
3140           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3141             ambiguity codes</li>
3142           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3143             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3144             works</li>
3145           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3146         </ul> <em>Other improvements</em>
3147         <ul>
3148           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3149           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3150             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3151           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3152             files</li>
3153           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3154           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3155             link but no description</li>
3156           <li>Select primary source when selecting authority in
3157             database fetcher GUI</li>
3158           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3159             Jalview</li>
3160           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3161         </ul>
3162       </td>
3163       <td>
3164         <ul>
3165           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3166             displayed</li>
3167           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3168             secondary structure annotation line</li>
3169           <li>Sequence database accessions not imported when
3170             fetching alignments from Rfam</li>
3171           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3172             identical IDs</li>
3173           <li>View all structures does not always superpose
3174             structures</li>
3175           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3176             reflect user or preset settings</li>
3177           <li>Null pointer exceptions for some services without
3178             presets or adjustable parameters</li>
3179           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3180             discover PDB xRefs</li>
3181           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3182             features with DAS</li>
3183           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3184             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3185           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3186             residue follows a gap</li>
3187           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3188             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3189           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3190             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3191           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3192             annotation already exists on alignment</li>
3193           <li>oninit javascript function should be called after
3194             initialisation completes</li>
3195           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3196             alignment window display</li>
3197           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3198           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3199             to annotation file</li>
3200           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3201             groups created</li>
3202           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3203             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3204           <li>Pressing return several times causes Number Format
3205             exceptions in keyboard mode</li>
3206           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3207             correct partitions for input data</li>
3208           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3209           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3210           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3211           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3212             mode</li>
3213           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3214             changes one row&#39;s threshold</li>
3215           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3216             doesn&#39;t open</li>
3217           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3218             quality histograms</li>
3219         </ul>
3220       </td>
3221     </tr>
3222     <tr>
3223       <td><div align="center">
3224           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3225         </div></td>
3226       <td><em>Application</em>
3227         <ul>
3228           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3229             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3230           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3231             preferences</li>
3232           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3233             in Jalview alignment window</li>
3234           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3235             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3236           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3237             RNA and ambiguity codes</li>
3238
3239           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3240           <li>Support fetching and database reference look up
3241             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3242             refs')</li>
3243           <li>Jalview project improvements
3244             <ul>
3245               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3246                 flag for annotation</li>
3247               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3248                 alignment</li>
3249               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3250                 Jalview project</li>
3251
3252             </ul>
3253           </li>
3254           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3255           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3256             running</li>
3257           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3258           <li>visual indication that web service results are still
3259             being retrieved from server</li>
3260           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3261             starts up for first time</li>
3262           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3263             services</li>
3264           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3265             client library</li>
3266           <li>Examples directory and Groovy library included in
3267             InstallAnywhere distribution</li>
3268         </ul> <em>Applet</em>
3269         <ul>
3270           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3271             visualization applet example</li>
3272         </ul> <em>General</em>
3273         <ul>
3274           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3275           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3276             defaults</li>
3277           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3278             calculation</li>
3279           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3280             matrices
3281           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3282             in HTML</li>
3283           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3284             structure contacts</li>
3285           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3286           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3287           <li>Parse sequence associated secondary structure
3288             information in Stockholm files</li>
3289           <li>HTML Export database accessions and annotation
3290             information presented in tooltip for sequences</li>
3291           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3292             style RNA alignment files</li>
3293           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3294             alignment</li>
3295           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3296             shade each sequence according to its associated alignment
3297             annotation</li>
3298           <li>New Jalview Logo</li>
3299         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3300         <ul>
3301           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3302           <li>New Website!</li>
3303         </ul></td>
3304       <td><em>Application</em>
3305         <ul>
3306           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3307             wsdbfetch REST service</li>
3308           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3309           <li>Filetype associations not installed for webstart
3310             launch</li>
3311           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3312             job execution in full once it is complete</li>
3313           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3314             uploaded via ali_file parameter</li>
3315           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3316           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3317           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3318             submitted for prediction</li>
3319           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3320             desktop window</li>
3321           <li>Putting fractional value into integer text box in
3322             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3323           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3324             windows 7</li>
3325           <li>View all structures fails with exception shown in
3326             structure view</li>
3327           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3328             escaped in a platform independent way</li>
3329           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3330             using proxy</li>
3331           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3332             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3333           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3334             failure when java web start temporary file caching is
3335             disabled</li>
3336           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3337             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3338           <li>Errors during processing of command line arguments
3339             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3340           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3341             DAS sources in sequence fetcher</li>
3342           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3343             dialog is shown</li>
3344           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3345           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3346           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3347           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3348             on OSX Mountain Lion</li>
3349           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3350             sequences with alignment annotation are pasted into the
3351             alignment</li>
3352           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3353             when loaded from Jalview project</li>
3354           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3355           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3356             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3357           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3358             associated with all views</li>
3359           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3360             annotation rows to new window</li>
3361         </ul> <em>Applet</em>
3362         <ul>
3363           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3364             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3365           <li>loading features via javascript API automatically
3366             enables feature display</li>
3367           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3368             work</li>
3369         </ul> <em>General</em>
3370         <ul>
3371           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3372           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3373             and then deselected</li>
3374           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3375           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3376             coloured with clustalx</li>
3377           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3378             exceptions and redraw errors</li>
3379           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3380             reconfigured view</li>
3381           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3382             colour</li>
3383           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3384             for lots of labels</li>
3385         </ul>
3386     </tr>
3387     <tr>
3388       <td>
3389         <div align="center">
3390           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3391         </div>
3392       </td>
3393       <td><em>Application</em>
3394         <ul>
3395           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3396           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3397           <li>View/alignment association menu to enable user to
3398             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3399             its colours/correspondences from</li>
3400           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3401           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3402             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3403           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3404           <li>Annotation row column label formatting attributes
3405             stored in project file</li>
3406           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3407             rows preserved in Jalview project file</li>
3408           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3409             saved using Desktop window menu</li>
3410           <li>Visual indication that command line arguments are
3411             still being processed</li>
3412           <li>Groovy script execution from URL</li>
3413           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3414             preferences</li>
3415           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3416             alignment with sequences that have high similarity and
3417             matching IDs</li>
3418           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3419           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3420             structures in same window</li>
3421           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3422           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3423             analysis function in its own submenu</li>
3424         </ul> <em>Applet</em>
3425         <ul>
3426           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3427             groups</li>
3428           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3429           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3430           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3431           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3432           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3433             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3434           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3435           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3436             parameters are treated as such</li>
3437           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3438             <ul>
3439               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3440               <li>Javascript callbacks for
3441                 <ul>
3442                   <li>Applet initialisation</li>
3443                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3444                 </ul>
3445               </li>
3446               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3447                 functions</li>
3448               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3449               <li>javascript structure viewer harness to pass
3450                 messages between Jmol and Jalview when running as
3451                 distinct applets</li>
3452               <li>sortBy method</li>
3453               <li>Set of applet and application examples shipped
3454                 with documentation</li>
3455               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3456                 javascript message exchange</li>
3457             </ul>
3458         </ul> <em>General</em>
3459         <ul>
3460           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3461             multiple alignments</li>
3462           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3463           <li>User configurable link to enable redirects to a
3464             www.Jalview.org mirror</li>
3465           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3466           <li>Configurable newline string when writing alignment
3467             and other flat files</li>
3468           <li>Allow alignment annotation description lines to
3469             contain html tags</li>
3470         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3471         <ul>
3472           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3473             examples</li>
3474           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3475             using a web service before displaying the result in the
3476             Jalview desktop</li>
3477           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3478           <li>Ant target to publish example html files with applet
3479             archive</li>
3480           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3481           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3482         </ul></td>
3483       <td><em>Application</em>
3484         <ul>
3485           <li>User defined colourscheme throws exception when
3486             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3487           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3488             dialog for valid filename/format</li>
3489           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3490           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3491             P37173</li>
3492           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3493             which sequence is to be associated with the file</li>
3494           <li>Find All raises null pointer exception when query
3495             only matches sequence IDs</li>
3496           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3497           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3498             2.4 cannot be loaded</li>
3499           <li>Filetype associations not installed for webstart
3500             launch</li>
3501           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3502             with sequences in different alignments do not get coloured
3503             by their associated sequence</li>
3504           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3505             not preserved when project is loaded</li>
3506           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3507             stored in Jalview project</li>
3508           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3509             Jalview project</li>
3510           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3511           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3512             by conservation</li>
3513           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3514             created on new view</li>
3515           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3516             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3517           <li>Alignment quality not updated after alignment
3518             annotation row is hidden then shown</li>
3519           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3520             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3521           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3522             properly</li>
3523           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3524             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3525           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3526           <li>Structures imported from file and saved in project
3527             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3528           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3529             job execution in full once it is complete</li>
3530         </ul> <em>Applet</em>
3531         <ul>
3532           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3533             annotation rows are displayed</li>
3534           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3535             codebase</li>
3536           <li>View follows highlighting does not work for positions
3537             in sequences</li>
3538           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3539           <li>Export features raises exception when no features
3540             exist</li>
3541           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3542             for javascript api is modified when separator string
3543             provided as parameter</li>
3544           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3545             alignment with no existing selection</li>
3546           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3547             to applet&#39;s codebase</li>
3548           <li>Status bar not updated after finished searching and
3549             search wraps around to first result</li>
3550           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3551             several Jalview applets causes race conditions and memory
3552             leaks</li>
3553           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3554             not sent from Jmol in applet</li>
3555           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3556             applet API fatally hang browser</li>
3557         </ul> <em>General</em>
3558         <ul>
3559           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3560             position with wrapped view and hidden regions</li>
3561           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3562             with/without hidden columns</li>
3563           <li>Sequence length given in alignment properties window
3564             is off by 1</li>
3565           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3566             import PDB like structure files</li>
3567           <li>Positional search results are only highlighted
3568             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3569           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3570           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3571             given sequence position</li>
3572           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3573             output</li>
3574           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3575             from nucleotide chains correctly</li>
3576           <li>Structure colours not updated when tree partition
3577             changed in alignment</li>
3578           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3579             parsed in interleaved stockholm</li>
3580           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3581             state</li>
3582           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3583             properly</li>
3584           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3585             properly associated with their pdb files</li>
3586         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3587         <ul>
3588           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3589             ApplyCopyright tool</li>
3590         </ul></td>
3591     </tr>
3592     <tr>
3593       <td>
3594         <div align="center">
3595           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3596         </div>
3597       </td>
3598       <td><em>Application</em>
3599         <ul>
3600           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3601             contact web services</li>
3602           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3603             service job window</li>
3604           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3605         </ul></td>
3606       <td>
3607         <ul>
3608           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3609             pir file emitted by Jalview</li>
3610           <li>Existing feature settings transferred to new
3611             alignment view created from cut'n'paste</li>
3612           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3613             parsing PDB files</li>
3614           <li>Consensus and conservation annotation rows
3615             occasionally become blank for all new windows</li>
3616           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3617             in wrapped view mode</li>
3618         </ul> <em>Application</em>
3619         <ul>
3620           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3621             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3622           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3623             parameter names</li>
3624           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3625             is down</li>
3626         </ul>
3627       </td>
3628     </tr>
3629     <tr>
3630       <td>
3631         <div align="center">
3632           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3633         </div>
3634       </td>
3635       <td><em>Application</em>
3636         <ul>
3637           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3638             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3639             (JABAWS)
3640           </li>
3641           <li>Web Services preference tab</li>
3642           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3643             preferences</li>
3644           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3645           <li>Superpose structures using associated sequence
3646             alignment</li>
3647           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3648             viewer</li>
3649         </ul> <em>Applet</em>
3650         <ul>
3651           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3652             link out mechanism</li>
3653         </ul> <em>Other</em>
3654         <ul>
3655           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3656             series 12</li>
3657           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3658             require Java 1.5</li>
3659           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3660             sequence annotation files</li>
3661           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3662             type colour specification</li>
3663           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3664             script to check if it being run in an interactive session or
3665             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3666         </ul></td>
3667       <td>
3668         <ul>
3669           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3670             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3671         </ul> <em>Application</em>
3672         <ul>
3673           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3674             selected Regions menu item</li>
3675           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3676             part of a valid accession ID</li>
3677           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3678             runs out of memory</li>
3679           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3680             analysis results</li>
3681           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3682             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3683           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3684         </ul> <em>Applet</em>
3685         <ul>
3686           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3687             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3688             defined.</li>
3689         </ul>
3690       </td>
3691     </tr>
3692     <tr>
3693       <td>
3694         <div align="center">
3695           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3696         </div>
3697       </td>
3698       <td></td>
3699       <td>
3700         <ul>
3701           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3702             sequence IDs</li>
3703           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3704             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3705           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3706             import correctly</li>
3707           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3708             number of columns are hidden</li>
3709           <li>annotation label popup menu not providing correct
3710             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3711             present</li>
3712           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3713             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3714           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3715             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3716
3717         </ul> <em>Applet</em>
3718         <ul>
3719           <li>annotation panel disappears when annotation is
3720             hidden/removed</li>
3721         </ul> <em>Application</em>
3722         <ul>
3723           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3724             alignment opened where annotation panel is visible but no
3725             annotations are present on alignment</li>
3726           <li>pasted region containing hidden columns is
3727             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3728           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3729             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3730           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3731             selected Rregions menu item.</li>
3732           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3733             'Un' or 'Non'conserved</li>
3734           <li>Sequence feature settings are being shared by
3735             multiple distinct alignments</li>
3736           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3737             changed</li>
3738           <li>double click on group annotation to select sequences
3739             does not propagate to associated trees</li>
3740           <li>Mac OSX specific issues:
3741             <ul>
3742               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3743                 window background</li>
3744               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3745                 name set correctly</li>
3746               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3747                 save feature colourscheme button</li>
3748             </ul>
3749           </li>
3750         </ul>
3751       </td>
3752     </tr>
3753     <tr>
3754
3755       <td>
3756         <div align="center">
3757           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3758         </div>
3759       </td>
3760       <td><em>New Capabilities</em>
3761         <ul>
3762           <li>URL links generated from description line for
3763             regular-expression based URL links (applet and application)
3764
3765           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3766             menu</li>
3767           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3768             structures</li>
3769           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3770             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3771           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3772             average score or total feature count for each sequence.</li>
3773           <li>Shading features by score or associated description</li>
3774           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3775             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3776           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3777             hide everything but the currently selected region.</li>
3778           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3779         </ul> <em>Application</em>
3780         <ul>
3781           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3782             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3783           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3784             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3785           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3786             database references and protein_name is parsed as
3787             description line (BioSapiens terms).</li>
3788           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3789             references in sequence ID tooltip from View menu in
3790             application.</li>
3791           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3792       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3793           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3794             conservation plots</li>
3795           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3796             and visualized as sequence logos</li>
3797           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3798             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3799           </li>
3800           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3801             when a new tree is opened.</li>
3802           <li>Jalview Java Console</li>
3803           <li>Better placement of desktop window when moving
3804             between different screens.</li>
3805           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3806             consensus annotation</li>
3807           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3808             Workflows</li>
3809           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3810             <ul>
3811               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3812                 used to preserve views, structures, and tree display
3813                 settings)</li>
3814               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3815                 command line</li>
3816               <li>Sharing of selected regions between views and
3817                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3818               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3819             </ul></li>
3820         </ul> <em>Applet</em>
3821         <ul>
3822           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3823           <li>New Parameters
3824             <ul>
3825               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3826                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3827                 opened.</li>
3828               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3829                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3830               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3831                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3832               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3833                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3834                 view</li>
3835               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3836                 increase the height or width of a cell in the alignment
3837                 grid relative to the current font size.</li>
3838             </ul>
3839           </li>
3840           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3841             tooltip</li>
3842         </ul> <em>Other</em>
3843         <ul>
3844           <li>Features format: graduated colour definitions and
3845             specification of feature scores</li>
3846           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3847             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3848             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3849           <li>XML formats extended to support graduated feature
3850             colourschemes, group associated annotation, and profile
3851             visualization settings.</li></td>
3852       <td>
3853         <ul>
3854           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3855             rather than description</li>
3856           <li>Non-positional features are now included in sequence
3857             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3858             visibility in tooltip).</li>
3859           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3860           <li>Added URL embedding instructions to features file
3861             documentation.</li>
3862           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3863             'X' in peptide product</li>
3864           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3865             sequence ID and sequence string and query strings do not
3866             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3867           <li>AMSA files only contain first column of
3868             multi-character column annotation labels</li>
3869           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3870             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3871             exported and re-imported)</li>
3872           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3873             name</li>
3874           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3875             as subsequence matches, and correctly reports total number
3876             of both.</li>
3877           <li>Application:
3878             <ul>
3879               <li>Better handling of exceptions during sequence
3880                 retrieval</li>
3881               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3882                 link text excludes the start_end suffix</li>
3883               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3884                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3885               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3886               <li>Sequence description lines properly shared via
3887                 VAMSAS</li>
3888               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3889                 data sources</li>
3890               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3891                 completes before alignment figures are generated.</li>
3892               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3893                 first time.</li>
3894               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3895                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3896               <li>User defined group colours properly recovered
3897                 from Jalview projects.</li>
3898             </ul>
3899           </li>
3900         </ul>
3901       </td>
3902
3903     </tr>
3904     <tr>
3905       <td>
3906         <div align="center">
3907           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3908         </div>
3909       </td>
3910       <td>
3911         <ul>
3912           <li>Experimental support for google analytics usage
3913             tracking.</li>
3914           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3915         </ul>
3916       </td>
3917       <td>
3918         <ul>
3919           <li>Race condition in applet preventing startup in
3920             jre1.6.0u12+.</li>
3921           <li>Exception when feature created from selection beyond
3922             length of sequence.</li>
3923           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3924           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3925             all sequences with a given id</li>
3926           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3927             ID string searches</li>
3928           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3929             alignment to fail with exception</li>
3930         </ul> <em>Application Issues</em>
3931         <ul>
3932           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3933           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3934             data sources</li>
3935         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3936         <ul>
3937           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3938             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3939           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3940             version (java class versioning error fixed)</li>
3941         </ul>
3942       </td>
3943     </tr>
3944     <tr>
3945       <td>
3946
3947         <div align="center">
3948           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3949         </div>
3950       </td>
3951       <td><em>User Interface</em>
3952         <ul>
3953           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3954             translation and protein products</li>
3955           <li>Linked highlighting of structure associated with
3956             residue mapping to codon position</li>
3957           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3958             and 'clear' button</li>
3959           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3960             Tools menu</li>
3961           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3962             numeric data in description line</li>
3963           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3964           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3965             of sequence</li>
3966         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3967         <ul>
3968           <li>JPred3 web service</li>
3969           <li>Prototype sequence search client (no public services
3970             available yet)</li>
3971           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3972             PFAM</li>
3973           <li>URL Links created for matching database cross
3974             references as well as sequence ID</li>
3975           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3976         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3977         <ul>
3978           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3979             databases</li>
3980           <li>Generalised database reference retrieval and
3981             validation to all fetchable databases</li>
3982           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3983             sequence command</li>
3984         </ul> <em>Import and Export</em>
3985         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3986         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3987           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3988         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3989           File</li>
3990         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3991           triplet as name of colourscheme</li>
3992         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3993         <ul>
3994           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3995           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3996             alignments (experimental)</li>
3997           <li>Create new or select existing session to join</li>
3998           <li>load and save of vamsas documents</li>
3999         </ul> <em>Application command line</em>
4000         <ul>
4001           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4002             from applet)</li>
4003           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4004             of DAS servers to query for alignment features</li>
4005           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4006             that are also automatically queried for features</li>
4007           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4008             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4009         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4010         <ul>
4011           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4012             application (when using &quot;View in full
4013             application&quot;)</li>
4014         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4015         <ul>
4016           <li>feature group display control parameter</li>
4017           <li>debug parameter</li>
4018           <li>showbutton parameter</li>
4019         </ul> <em>Applet API methods</em>
4020         <ul>
4021           <li>newView public method</li>
4022           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4023           <li>Feature display control methods</li>
4024           <li>get list of currently selected sequences</li>
4025         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4026         <ul>
4027           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4028           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4029             Jalview release.</li>
4030           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4031             property controls execution of obfuscator</li>
4032           <li>Build target for generating source distribution</li>
4033           <li>Debug flag for javacc</li>
4034           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4035             jalview.bin.Cache</li>
4036           <li>Continuous Build Integration for stable and
4037             development version of Application, Applet and source
4038             distribution</li>
4039         </ul></td>
4040       <td>
4041         <ul>
4042           <li>selected region output includes visible annotations
4043             (for certain formats)</li>
4044           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4045             for editing</li>
4046           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4047           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4048           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4049           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4050             comments</li>
4051           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4052             filenames containing a ':'</li>
4053           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4054             global sequence features</li>
4055           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4056             references from alignment sequences goes to zero</li>
4057           <li>Close of tree branch colour box without colour
4058             selection causes cascading exceptions</li>
4059           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4060           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4061             file parsing fails.</li>
4062           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4063           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4064             not a valid output format</li>
4065           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4066             vamsas</li>
4067           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4068           <li>error messages passed up and output when data read
4069             fails</li>
4070           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4071             sequence is edited</li>
4072           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4073             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4074           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4075             filetype</li>
4076           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4077             import fixed for PFAM records</li>
4078           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4079             window list</li>
4080           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4081             can be read and written correctly to annotation file</li>
4082           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4083             correctly</li>
4084           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4085             non-italic font for representatives in Applet</li>
4086           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4087             Macs.</li>
4088           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4089             Applet)</li>
4090           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4091             due to null pointer exceptions</li>
4092           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4093             first column of alignment</li>
4094           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4095             July 2008</li>
4096           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4097             file is case-insensitive</li>
4098           <li>Sequence features read from Features file appended to
4099             all sequences with matching IDs</li>
4100           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4101             containing a sub-sequence</li>
4102           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4103           <li>feature and annotation file applet parameters
4104             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4105           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4106           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4107             splash-screen version check to complete</li>
4108           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4109             when passing them to the launchApp service</li>
4110           <li>display name and local features preserved in results
4111             retrieved from web service</li>
4112           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4113             sequence fetcher initialisation</li>
4114           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4115             dasobert DAS client</li>
4116           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4117             association</li>
4118           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4119             sequences
4120           </li>
4121         </ul>
4122       </td>
4123     </tr>
4124     <tr>
4125       <td>
4126         <div align="center">
4127           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4128         </div>
4129       </td>
4130       <td>
4131         <ul>
4132           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4133           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4134           <li>Slide sequences</li>
4135           <li>Edit sequence in place</li>
4136           <li>EMBL CDS features</li>
4137           <li>DAS Feature mapping</li>
4138           <li>Feature ordering</li>
4139           <li>Alignment Properties</li>
4140           <li>Annotation Scores</li>
4141           <li>Sort by scores</li>
4142           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4143         </ul>
4144       </td>
4145       <td>
4146         <ul>
4147           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4148           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4149           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4150           <li>Feature group display state in XML</li>
4151           <li>Feature ordering in XML</li>
4152           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4153           <li>Stockholm alignment properties</li>
4154           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4155           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4156           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4157           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4158         </ul>
4159       </td>
4160
4161     </tr>
4162     <tr>
4163       <td>
4164         <div align="center">
4165           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4166         </div>
4167       </td>
4168       <td>
4169         <ul>
4170           <li>Non standard characters can be read and displayed
4171           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4172             applet via textbox
4173           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4174             name &amp; description
4175           <li>Preference setting to display sequence name in
4176             italics
4177           <li>Annotation file format extended to allow
4178             Sequence_groups to be defined
4179           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4180             specified in preferences
4181           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4182             sequences
4183         </ul>
4184       </td>
4185       <td>
4186         <ul>
4187           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4188             installed
4189           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4190           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4191         </ul>
4192       </td>
4193     </tr>
4194     <tr>
4195       <td>
4196         <div align="center">
4197           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4198         </div>
4199       </td>
4200       <td>
4201         <ul>
4202           <li>Multiple views on alignment
4203           <li>Sequence feature editing
4204           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4205           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4206           <li>Background dependent text colour
4207           <li>Right align sequence ids
4208           <li>User-defined lower case residue colours
4209           <li>Format Menu
4210           <li>Select Menu
4211           <li>Menu item accelerator keys
4212           <li>Control-V pastes to current alignment
4213           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4214           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4215           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4216
4217           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4218         </ul>
4219       </td>
4220       <td>
4221         <ul>
4222           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4223           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4224             calculations
4225           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4226             edits
4227           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4228             of alignment)
4229           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4230
4231           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4232             display correctly
4233           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4234           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4235             analysis results
4236           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4237             &#8739;
4238           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4239           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4240           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4241
4242         </ul>
4243       </td>
4244     </tr>
4245     <tr>
4246       <td>
4247         <div align="center">
4248           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4249         </div>
4250       </td>
4251       <td>
4252         <ul>
4253           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4254         </ul>
4255       </td>
4256       <td>
4257         <ul>
4258           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4259             sequence id panel has been resized</li>
4260           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4261             rendered</li>
4262           <li>Annotation files with sequence references - all
4263             elements in file are relative to sequence position</li>
4264           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4265         </ul>
4266       </td>
4267     </tr>
4268     <tr>
4269       <td>
4270         <div align="center">
4271           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4272         </div>
4273       </td>
4274       <td>
4275         <ul>
4276           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4277           <li>DAS Feature fetching</li>
4278           <li>Hide sequences and columns</li>
4279           <li>Export Annotations and Features</li>
4280           <li>GFF file reading / writing</li>
4281           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4282             files</li>
4283           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4284           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4285           <li>Applet can launch the full application</li>
4286           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4287             required)</li>
4288           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4289           <li>Applet can load sequences from parameter
4290             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4291           </li>
4292         </ul>
4293       </td>
4294       <td>
4295         <ul>
4296           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4297           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4298           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4299         </ul>
4300       </td>
4301     </tr>
4302     <tr>
4303       <td>
4304         <div align="center">
4305           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4306         </div>
4307       </td>
4308       <td>
4309         <ul>
4310           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4311           <li>Choose to match case when searching</li>
4312           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4313             expand the visible width and height of the alignment</li>
4314         </ul>
4315       </td>
4316       <td>
4317         <ul>
4318           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4319         </ul>
4320       </td>
4321     </tr>
4322     <tr>
4323       <td>
4324         <div align="center">
4325           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4326         </div>
4327       </td>
4328       <td>&nbsp;</td>
4329       <td>
4330         <ul>
4331           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4332           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4333             value</li>
4334         </ul>
4335       </td>
4336     </tr>
4337     <tr>
4338       <td>
4339         <div align="center">
4340           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4341         </div>
4342       </td>
4343       <td>
4344         <ul>
4345           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4346           <li>Keyboard editing</li>
4347           <li>Create sequence features from searches</li>
4348           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4349             alignments</li>
4350           <li>Features file allows grouping of features</li>
4351           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4352           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4353           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4354         </ul>
4355       </td>
4356       <td>
4357         <ul>
4358           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4359           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4360             descriptions saved.</li>
4361         </ul>
4362       </td>
4363     </tr>
4364     <tr>
4365       <td>
4366         <div align="center">
4367           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4368         </div>
4369       </td>
4370       <td>
4371         <ul>
4372           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4373           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4374           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4375             name for file output</li>
4376           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4377           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4378             used for HTML form input</li>
4379         </ul>
4380       </td>
4381       <td>
4382         <ul>
4383           <li>HTML output writes groups and features</li>
4384           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4385           <li>File IO bugs</li>
4386         </ul>
4387       </td>
4388     </tr>
4389     <tr>
4390       <td>
4391         <div align="center">
4392           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4393         </div>
4394       </td>
4395       <td>
4396         <ul>
4397           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4398           <li>More options for PCA viewer</li>
4399         </ul>
4400       </td>
4401       <td>
4402         <ul>
4403           <li>GUI bugs resolved</li>
4404           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4405         </ul>
4406       </td>
4407     </tr>
4408     <tr>
4409       <td height="63">
4410         <div align="center">
4411           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4412         </div>
4413       </td>
4414       <td>
4415         <ul>
4416           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4417           <li>Jar files are executable</li>
4418           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4419         </ul>
4420       </td>
4421       <td>
4422         <ul>
4423           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4424           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4425           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4426         </ul>
4427       </td>
4428     </tr>
4429     <tr>
4430       <td>
4431         <div align="center">
4432           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4433         </div>
4434       </td>
4435       <td>
4436         <ul>
4437           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4438         </ul>
4439       </td>
4440       <td>
4441         <ul>
4442           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4443         </ul>
4444       </td>
4445     </tr>
4446     <tr>
4447       <td>
4448         <div align="center">
4449           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4450         </div>
4451       </td>
4452       <td>
4453         <ul>
4454           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4455             size</li>
4456         </ul>
4457       </td>
4458       <td>
4459         <ul>
4460           <li>Improved JPred client reliability</li>
4461           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4462         </ul>
4463       </td>
4464     </tr>
4465     <tr>
4466       <td>
4467         <div align="center">
4468           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4469         </div>
4470       </td>
4471       <td>
4472         <ul>
4473           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4474           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4475           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4476             to Colour Menu</li>
4477           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4478           <li>Unix users can set default web browser</li>
4479           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4480           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4481         </ul>
4482       </td>
4483       <td>
4484         <ul>
4485           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4486         </ul>
4487       </td>
4488     </tr>
4489     <tr>
4490       <td>
4491         <div align="center">
4492           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4493         </div>
4494       </td>
4495       <td>&nbsp;</td>
4496       <td>
4497         <ul>
4498           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4499             alignment order.</li>
4500         </ul>
4501       </td>
4502     </tr>
4503     <tr>
4504       <td>
4505         <div align="center">
4506           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4507         </div>
4508       </td>
4509       <td>
4510         <ul>
4511           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4512           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4513           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4514             annotations.</li>
4515           <li>Version and build date written to build properties
4516             file.</li>
4517           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4518             at launch of Jalview.</li>
4519         </ul>
4520       </td>
4521       <td>
4522         <ul>
4523           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4524           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4525           <li>Can remove groups one by one.</li>
4526           <li>Filechooser icons installed.</li>
4527           <li>Finder ignores return character when searching.
4528             Return key will initiate a search.<br>
4529           </li>
4530         </ul>
4531       </td>
4532     </tr>
4533     <tr>
4534       <td>
4535         <div align="center">
4536           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4537         </div>
4538       </td>
4539       <td>
4540         <ul>
4541           <li>New codebase</li>
4542         </ul>
4543       </td>
4544       <td>&nbsp;</td>
4545     </tr>
4546   </table>
4547   <p>&nbsp;</p>
4548 </body>
4549 </html>