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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 166                                                                 annotation
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 181                                                         <li>
 182                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 183
 184
 185                                                 </ul></li>
 186                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 187                                                 <ul>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 190                                                                 and getdown release channels
 191                                                         </li>
 192                                                         <li>
 193                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 194                                                                 trapping CMD-Q
 195                                                         </li>
 196                                                 </ul></li>
 197                                 </ul>
 198         <em>Deprecations</em>
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 202             capabilities removed from the Jalview Desktop
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 206             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 207             and XML based data retrieval clients</li>
 208           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 209           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 210         </ul>
 211         <em>Development and Release Processes</em>
 212         <ul>
 213                                         <li>
 214                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 215                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 216                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 217                                         </li>
 218                                         <li>
 219                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 220                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 221                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 222                                                         Rings' GetDown</a>)
 223                                         </li>
 224                                         <li>
 225                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 226                                         </li>
 227                                         <li>
 228                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 229                                                 gradle-eclipse
 230                                         </li>
 231           <li>
 232           Atlassian Bamboo continuous integration for
 233             unattended Test Suite execution</li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 236             operations</li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (NCList
 239             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 240         </ul>
 241       </td>
 242     <td align="left" valign="top">
 243         <ul>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 252             Jalview project involving multiple views</li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 255             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 256             Annotation dialog hides columns</li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 259             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 260             selection in one view, then making another selection in the
 261             other view</li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 266             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 269             or the overview updates with large alignments</li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 272             region if columns were selected by dragging right-to-left
 273             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 274             <li>
 275             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent
 276             to a hidden column marker via scale popup menu</li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 279             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 282             on export as Jalview features file</li>
 283                                         <li>
 284                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 285                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 286                                         </li>
 287                                         <li>
 288             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 289             printed when columns are hidden</li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 294             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 309             opening an alignment</li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 314             different groups in the alignment are selected</li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 339         </ul>
 340         <em>Editing</em>
 341         <ul>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 344             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 345             via 'Edit' sequence</li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 348             sequence features correctly when start of sequence is
 349             removed (Known defect since 2.10)</li>
 350         </ul>
 351         <em>New Known Defects</em>
 352         <ul>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 357                                         <li>
 358                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 359                                                 columns within hidden columns
 360                                         </li>
 361                                         <li>
 362                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 363                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 364                                                 region
 365                                         </li>
 366                                 </ul>
 367       </td>
 368     </tr>
 369     <tr>
 370     <td width="60" nowrap>
 371       <div align="center">
 372         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 373       </div>
 374     </td>
 375     <td><div align="left">
 376         <em></em>
 377         <ul>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 380               InstallAnywhere increased to 1G.
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 384               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 385               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 386                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 387                 properties file.</em>
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 391               API and sequence data now imported as JSON.
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 395               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 396               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 397               property.
 398             </li>
 399           </ul>
 400           <em>Development</em>
 401           <ul>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 404               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 405                 Clover</a>
 406             </li>
 407           </ul>
 408         </div></td>
 409     <td><div align="left">
 410         <em></em>
 411         <ul>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 414               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 415               alignment.
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 419               annotation displayed.
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 423               for newly created group when 'Apply to all groups'
 424               selected
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 428               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 429               visible.
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 433               when sequences are selected in exported view.</em>
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 437               aren't rendered with correct colour.
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 441               types of knotted RNA secondary structure.
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 445               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 446               do not start at 1.
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 450               annotation when columns are inserted into an alignment,
 451               and when exporting as Stockholm flatfile.
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 455               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 456               treated as RNA secondary structure.
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 460               (not .jar) when saving a jalview project file.
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 464               transfers focus to previous window on OSX
 465             </li>
 466           </ul>
 467           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 468           <ul>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 471               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 472               box.
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 476               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 477               'look and feel' which has improved compatibility with the
 478               latest version of OSX.
 479             </li>
 480           </ul>
 481         </div>
 482     </td>
 483     </tr>
 484     <tr>
 485       <td width="60" nowrap>
 486         <div align="center">
 487           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 488             <em>7/06/2018</em></strong>
 489         </div>
 490       </td>
 491       <td><div align="left">
 492           <em></em>
 493           <ul>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 496               annotation retrieved from Uniprot
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 500               onto the Jalview Desktop
 501             </li>
 502           </ul>
 503         </div></td>
 504       <td><div align="left">
 505           <em></em>
 506           <ul>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 509               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 513               right-hand column parsed correctly
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 517               not alignment area in exported graphic
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 521               window has input focus
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 525               annotation added to view (Windows)
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 529               network connectivity is poor
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 533               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 534                 the currently open URL and links from a page viewed in
 535                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 536                 you are using Edge, only links in the page can be
 537                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 538                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 539             </li>
 540           </ul>
 541         </div></td>
 542     </tr>
 543     <tr>
 544       <td width="60" nowrap>
 545         <div align="center">
 546           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 547         </div>
 548       </td>
 549       <td><div align="left">
 550           <em></em>
 551           <ul>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 554               for disabling automatic superposition of multiple
 555               structures and open structures in existing views
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 559               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 560               adjust them.
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 564               Ensembl services
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 568               and lots of hidden columns
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 572               of features (particularly when transparency is disabled)
 573             </li>
 574                                                 <li>
 575                                                         <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 576                                                         exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 577                                                         generally available
 578                                                 </li>
 579                                         </ul>
 580           </div>
 581       </td>
 582       <td><div align="left">
 583           <ul>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 586               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 590               overlapping alignment panel
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 594               sequence as gaps
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 598               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 599               UTR
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 603               factor annotation not added to sequence when local PDB
 604               file associated with it by drag'n'drop or structure
 605               chooser
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 609               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 613               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 617               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 621               columns in annotation row
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 625               honored in batch mode
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 629               for structures added to existing Jmol view
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 633               entries after importing project with multiple views
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 637               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 638               with negative residue numbers or missing residues fails
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 642               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 643               as generated by CONSURF)
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 647               tooltip doesn't include a text description of mutation
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 651               structure and/or overview windows are also shown
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 655               very slow for alignments with large numbers of sequences
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 659               with 'StringIndexOutOfBounds'
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 663               platforms running Java 10
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 667               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 668             </li>
 669           </ul>
 670           <em>Applet</em>
 671           <ul>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 674               should copy the group consensus when popup is opened on it
 675             </li>
 676           </ul>
 677           <em>Batch Mode</em>
 678           <ul>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 681           </li>
 682           </ul>
 683           <em>New Known Defects</em>
 684           <ul>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 687               editing a large alignment and overview is displayed
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 691               repeatedly after a series of edits even when the overview
 692               is no longer reflecting updates
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 696               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 697               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 698               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 699             </li>
 700           </ul>
 701         </div>
 702           </td>
 703     </tr>
 704     <tr>
 705       <td width="60" nowrap>
 706         <div align="center">
 707           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 708         </div>
 709       </td>
 710       <td><div align="left">
 711           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 712               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 713       <td><div align="left">
 714           <em>Desktop</em><ul>
 715           <ul>
 716             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 717             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 718             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 719             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 720             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 721             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 722             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 723           </ul>
 724           </div>
 725       </td>
 726     </tr>
 727     <tr>
 728       <td width="60" nowrap>
 729         <div align="center">
 730           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 731         </div>
 732       </td>
 733       <td><div align="left">
 734           <em></em>
 735           <ul>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 738               rendering of sequence features
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 742               429 rate limit request hander
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 746               their colours have changed
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 750               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 754               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 758               view from Ensembl locus cross-references
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 762               Alignment report
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 766               feature can be disabled
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 770               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 774               Uniprot
 775             </li>
 776           </ul>
 777           <em>Scripting</em>
 778           <ul>
 779             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 780             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 781               percent identity scores for current alignment.</li>
 782           </ul>
 783           <em>Testing and Deployment</em>
 784           <ul>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 787             </li>
 788           </ul>
 789         </div></td>
 790       <td><div align="left">
 791           <em>General</em>
 792           <ul>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 795               threshold text field doesn't trigger an update to the
 796               alignment view
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 800               strings in parallel
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 804               alignment window is closed
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 808               group visibility
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 812               takes a long time in Cursor mode
 813             </li>
 814           </ul>
 815           <em>Desktop</em>
 816           <ul>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 819               cannot be viewed in Chimera
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 823               CDS/Protein view
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 827               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 828               Search Dialogs
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 838               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 842               scrolling right in unwapped alignment view
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 846               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 847               database
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 851               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 855               features of same type and group to be selected for
 856               amending
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 860               alignments when hidden columns are present
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 864               displaying several structures
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 868               moving a window
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 872               within the Jalview desktop on OSX
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 876               when in wrapped alignment mode
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 880               hand end of alignment
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 884               each selected sequence do not have correct start/end
 885               positions
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 889               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 893               restoring project until a new view is created
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 897               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 898               configured (since 2.10.2b2)
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 902               position is adjusted
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 906               in a multi-chain structure when viewing alignment
 907               involving more than one chain (since 2.10)
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 911               if new selection moves alignment window
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 915               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 919               that produces correctly annotated transcripts and products
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 923               doesn't update associated structure view
 924             </li>
 925           </ul>
 926           <em>Applet</em><br />
 927           <ul>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 930               closing alignment panel
 931             </li>
 932           </ul>
 933           <em>BioJSON</em><br />
 934           <ul>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 937               non-positional features
 938             </li>
 939           </ul>
 940           <em>New Known Issues</em>
 941           <ul>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 944               sequence features correctly (for many previous versions of
 945               Jalview)
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 949               using cursor in wrapped panel other than top
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 953               graduated colour threshold
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 957               always preserve numbering and sequence features
 958             </li>
 959           </ul>
 960           <em>Known Java 9 Issues</em>
 961           <ul>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 964               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 965               9.01, OSX 10.10)
 966             </li>
 967           </ul>
 968         </div></td>
 969     </tr>
 970     <tr>
 971       <td width="60" nowrap>
 972         <div align="center">
 973           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 974             <em>2/10/2017</em></strong>
 975         </div>
 976       </td>
 977       <td><div align="left">
 978           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 979           <ul>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 982             </li>
 983             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 984             </li>
 985           </ul>
 986         </div></td>
 987       <td><div align="left">
 988         </div></td>
 989     </tr>
 990     <tr>
 991       <td width="60" nowrap>
 992         <div align="center">
 993           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 994             <em>7/9/2017</em></strong>
 995         </div>
 996       </td>
 997       <td><div align="left">
 998           <em></em>
 999           <ul>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1002               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1003               white)
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1007               Preferences
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1011               in size and progress bar shown as higher resolution
1012               overview is recalculated
1013             </li>
1014
1015           </ul>
1016         </div></td>
1017       <td><div align="left">
1018           <em></em>
1019           <ul>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1022               column region row by row
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1026               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1030               format setting is unticked
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1034               if group has show boxes format setting unticked
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1038               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1039               include sequences and columns not currently displayed
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1043               assemblies are imported via CIF file
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1047               displayed when threshold or conservation colouring is also
1048               enabled.
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1052               server version
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1056               dragging a selected region off the visible region of the
1057               alignment
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1061               colourscheme to all groups in a view
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1065               initially after font size change using the Font chooser or
1066               middle-mouse zoom
1067             </li>
1068           </ul>
1069         </div></td>
1070     </tr>
1071     <tr>
1072       <td width="60" nowrap>
1073         <div align="center">
1074           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1075         </div>
1076       </td>
1077       <td><div align="left">
1078           <em>Calculations</em>
1079           <ul>
1080
1081             <li>
1082               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1083               ungapped positions in each column of the alignment.
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1087               a calculation dialog box
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1091               and memory efficiency (~30x faster)
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1095               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1096               and other calculations
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1100               files within the Jalview codebase
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1104               Similarity may have different topology due to increased
1105               precision
1106             </li>
1107           </ul>
1108           <em>Rendering</em>
1109           <ul>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1112               model for alignments and groups
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1116               scripts
1117             </li>
1118           </ul>
1119           <em>Overview</em>
1120           <ul>
1121             <li>
1122               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1123               with alignment and overview windows
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1127               overview
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1131               omitted in Overview
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1135               adjustment of visible position
1136             </li>
1137           </ul>
1138
1139           <em>Data import/export</em>
1140           <ul>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1143               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1147               annotation input/output via stockholm flatfile
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1151               extension when importing structure files without embedded
1152               names or PDB accessions
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1156               format sequence substitution matrices
1157             </li>
1158           </ul>
1159           <em>User Interface</em>
1160           <ul>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1163               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1164               the application.
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1168               via Overview or sequence motif search operations
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1172               opened by double clicking gaps within sequence feature
1173               extent
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1177               aligned positions were available to create a 3D structure
1178               superposition.
1179             </li>
1180           </ul>
1181           <em>3D Structure</em>
1182           <ul>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1185               coloured in linked structure views
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1189               file-based command exchange
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1193               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1194               structures are already available for sequences
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1198               the Jalview project rather than downloaded again when the
1199               project is reopened.
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1203               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1204               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1205                 Feature</strong>)
1206             </li>
1207           </ul>
1208           <em>Web Services</em>
1209           <ul>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1215               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1216               Analysis services
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1220               cross-references provided by identifiers.org and the
1221               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1222             </li>
1223           </ul>
1224
1225           <em>Scripting</em>
1226           <ul>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1229               identifying file formats (instead of String constants)
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1233               efficiency when counting all displayed features (not
1234               backwards compatible with 2.10.1)
1235             </li>
1236           </ul>
1237           <em>Example files</em>
1238           <ul>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1241               included in the example feature file
1242             </li>
1243           </ul>
1244           <em>Documentation</em>
1245           <ul>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1248               with the built-in Java help viewer
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1252               sequence description' option
1253             </li>
1254           </ul>
1255           <em>Test Suite</em>
1256           <ul>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1259               Uniprot REST Free Text Search Client
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1266               during tests
1267             </li>
1268           </ul>
1269         </div></td>
1270       <td><div align="left">
1271           <em>Calculations</em>
1272           <ul>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1275               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1276               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1277             </li>
1278             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1279               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1280               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1281               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1282               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1283               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1284               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1285               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1286               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1287               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1288               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1289               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1290               // for 2.10.1 mode <br />
1291               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1292               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1293                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1294                 calculations (not recommended)</em></li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1297               scaling of branch lengths for trees computed using
1298               Sequence Feature Similarity.
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1302               generating output report when working with highly
1303               redundant alignments
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1307               right of selected region when gaps present on right-hand
1308               boundary
1309             </li>
1310           </ul>
1311           <em>User Interface</em>
1312           <ul>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1315               doesn't reselect a specific sequence's associated
1316               annotation after it was used for colouring a view
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1320               opened on a region of alignment without groups
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1324               of an alignment with overlapping groups
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1328               name and description match
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1332               hidden regions results in incorrect hidden regions
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1336               changing colour does not apply Conservation slider value
1337               to all groups
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1341               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1345               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1349               gaps before start of features
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1353               restored to UI when feature colour is edited
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1357               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1361               as graduate feature colour settings are modified via the
1362               dialog box
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1366               when a group defined on the alignment is resized
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1370               wrapped view result in positional status updates
1371             </li>
1372
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1375               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1379               alignment included gapped columns
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1383               widgets don't permanently disappear
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1387               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1388               T-Coffee column reliability scores)
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1392               sequence feature on gaps only
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1396               button from a Find inherit previously defined feature type
1397               rather than the Find query string
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1401               exporting tree calculated in Jalview
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1405               and then revealing them reorders sequences on the
1406               alignment
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1410               doesn't update to reflect available set of groups after
1411               interactively adding or modifying features
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1415               Linux
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1419               only excluded gaps in current sequence and ignored
1420               selection.
1421             </li>
1422           </ul>
1423           <em>Rendering</em>
1424           <ul>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1427               erratically when hidden rows or columns are present
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1431               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1432               sequence colouring
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1436               colour and group colour menu for protein alignments
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1440               reflect currently selected view or group's shading
1441               thresholds
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1445               when rendered on overview and structures when opacity at
1446               100%
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1450               overview when features overlaid on alignment
1451             </li>
1452           </ul>
1453           <em>Data import/export</em>
1454           <ul>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1457               load
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1461               added after a sequence was imported are not written to
1462               Stockholm File
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1466               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1470               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1474               with lightGray or darkGray via features file (but can
1475               specify lightgray)
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1479               when alignment view imported from project
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1483               structure and sequences extracted from structure files
1484               imported via URL and viewed in Jmol
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1488               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1489               the project is loaded and the structure viewed
1490             </li>
1491           </ul>
1492           <em>Web Services</em>
1493           <ul>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1496               release of Ensembl v.88
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1500               appear enabled in Preferences->Connections
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1504               removed from console output
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1508               Ensembl by Peptide ID
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1512               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1513               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1514               due to 'null' string rather than empty string used for
1515               residues with no corresponding PDB mapping).
1516             </li>
1517           </ul>
1518           <em>Application UI</em>
1519           <ul>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1522               menu
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1526               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1527               new documentation and tooltips added)
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1531               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1535               new features are added to alignment
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1539               changes to feature colours via the Amend features dialog
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1543               edit graduated feature colour via amend features dialog
1544               box
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1548               selection menu changes colours of alignment views
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1552               from alignment calculation workers after alignment has
1553               been closed
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1557               groups now 'Create Group'
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1561               Create/Undefine group doesn't always work
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1565               shown again after pressing 'Cancel'
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1569               adjusts start position in wrap mode
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1573               ambiguous amino acids
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1577               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1578               proteins
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1582               Defined' don't appear in Colours menu
1583             </li>
1584           </ul>
1585           <em>Applet</em>
1586           <ul>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1589               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1593               overview or linked structure view
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1597               work (since 2.8)
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1601               user-defined colourscheme doesn't restore original
1602               colourscheme
1603             </li>
1604           </ul>
1605           <em>Test Suite</em>
1606           <ul>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1609               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1613               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1614               problems with deep array comparison equality asserts in
1615               successive versions of TestNG
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1619               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1620             </li>
1621           </ul>
1622           <em>New Known Issues</em>
1623           <ul>
1624             <li>
1625               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1626               phase after a sequence motif find operation
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1630               containing just upper and lower case letters are
1631               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1635               reliably from eggnog Ortholog database
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1639               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1640               to mark columns containing highlighted regions.
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1644               doesn't always add secondary structure annotation.
1645             </li>
1646           </ul>
1647         </div>
1648     <tr>
1649       <td width="60" nowrap>
1650         <div align="center">
1651           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1652         </div>
1653       </td>
1654       <td><div align="left">
1655           <em>General</em>
1656           <ul>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1659               for all consensus calculations
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1663               3rd Oct 2016)
1664             </li>
1665             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1666               for 2016-2017</li>
1667           </ul>
1668           <em>Application</em>
1669           <ul>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1672               set of database cross-references, sorted alphabetically
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1676               from database cross references. Users with custom links
1677               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1678                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1682               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1683               Chimera session
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1687               the Chimera it is connected to is shut down
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1691               columns menu item to mark columns containing highlighted
1692               regions (e.g. from structure selections or results of a
1693               Find operation)
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1697               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1698               MSAviewer
1699             </li>
1700           </ul>
1701         </div></td>
1702       <td>
1703         <div align="left">
1704           <em>General</em>
1705           <ul>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1708               are not coloured or thresholded according to percent
1709               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1713               hydrophobic
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1717               threshold, amino acid properties)
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1721               reported as mapped to residues in a structure file in the
1722               View Mapping report
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1726               could be added multiple times to a sequence
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1730               bond features shown as two highlighted residues rather
1731               than a range in linked structure views, and treated
1732               correctly when selecting and computing trees from features
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1736               cross-references are matched to database name regardless
1737               of case
1738             </li>
1739
1740           </ul>
1741           <em>Application</em>
1742           <ul>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1745               names without regular expressions also offer links from
1746               Sequence ID
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1750               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1751               update Jalview configuration
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1755               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1759               files with similarly named sequences if dropped onto the
1760               alignment
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1764               entries where more chains exist in the PDB accession than
1765               are reported in the SIFTS file
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1769               the structure view when displayed with Chimera
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1773               panel's View->Show Chains submenu
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1777               work for wrapped alignment views
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1781               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1785               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1786               first annotation row
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1790               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1794               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1795             </li>
1796             <!-- JAL-2319 -->
1797             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1798             coordindate data
1799             </li>
1800           </ul>
1801           <!--           <em>New Known Issues</em>
1802           <ul>
1803             <li></li>
1804           </ul> -->
1805         </div>
1806       </td>
1807     </tr>
1808     <td width="60" nowrap>
1809       <div align="center">
1810         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1811           <em>25/10/2016</em></strong>
1812       </div>
1813     </td>
1814     <td><em>Application</em>
1815       <ul>
1816         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1817           view if structures already loaded</li>
1818         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1819           structure views</li>
1820       </ul></td>
1821     <td>
1822       <div align="left">
1823         <em>General</em>
1824         <ul>
1825           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1826             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1827           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1828             example sequences/projects/trees</li>
1829         </ul>
1830         <em>Application</em>
1831         <ul>
1832           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1833             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1834           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1835             without timeout for structures with multiple models or
1836             multiple sequences in alignment</li>
1837           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1838             PDB ID HEADER line</li>
1839           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1840             is performed</li>
1841           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1842             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1843           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1844           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1845             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1846             option</li>
1847           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1848             is created on the alignment</li>
1849           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1850             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1851             pop-up menu</li>
1852         </ul>
1853         <em>Build and deployment</em>
1854         <ul>
1855           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1856             tags</li>
1857         </ul>
1858         <em>New Known Issues</em>
1859         <ul>
1860           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1861             on Windows</li>
1862         </ul>
1863       </div>
1864     </td>
1865     </tr>
1866     <tr>
1867       <td width="60" nowrap>
1868         <div align="center">
1869           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1870         </div>
1871       </td>
1872       <td><em>General</em>
1873         <ul>
1874           <li>
1875             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1876           </li>
1877           <li>
1878             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1879             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1880             better PDB parsing.
1881           </li>
1882           <li>
1883             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1884             reference sequence
1885           </li>
1886           <li>
1887             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1888             mousing over sequence associated annotation
1889           </li>
1890           <li>
1891             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1892             for manual entry
1893           </li>
1894           <li>
1895             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1896             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1897             for each column
1898           </li>
1899           <li>
1900             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1901             showing or hiding columns containing a feature
1902           </li>
1903           <li>
1904             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1905             group and sequence associated annotation labels
1906           </li>
1907           <li>
1908             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1909             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1910             dialogs
1911           </li>
1912
1913         </ul> <em>Application</em>
1914         <ul>
1915           <li>
1916             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1917             gene/transcript view
1918           </li>
1919           <li>
1920             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1921             dialog
1922           </li>
1923           <li>
1924             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1925             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1926           </li>
1927           <li>
1928             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1929             Pfam sources to xfam.org
1930           </li>
1931           <li>
1932             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1933           </li>
1934           <li>
1935             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1936             over sequences in Jalview
1937           </li>
1938           <li>
1939             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1940             regions in ENA and EMBL
1941           </li>
1942           <li>
1943             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1944             for record retrieval via ENA rest API
1945           </li>
1946           <li>
1947             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1948             complement operator
1949           </li>
1950           <li>
1951             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1952             groovy script execution
1953           </li>
1954           <li>
1955             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1956             alignment window's Calculate menu
1957           </li>
1958           <li>
1959             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1960             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1961           </li>
1962           <li>
1963             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1964             calculation workers from groovy scripts
1965           </li>
1966           <li>
1967             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1968             Jalview projects
1969           </li>
1970           <li>
1971             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1972             associations are now saved/restored from project
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1976             before sequence fetcher is opened
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1980             database chooser opens a sequence fetcher
1981           </li>
1982           <li>
1983             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1984             the UniProt REST API
1985           </li>
1986           <li>
1987             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1988             the news reader opening
1989           </li>
1990           <li>
1991             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1992             querying stored in preferences
1993           </li>
1994           <li>
1995             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1996             search results
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2000           </li>
2001           <li>
2002             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2003             menu for nucleotide sequences
2004           </li>
2005           <li>
2006             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2007             and feature counts preserves alignment ordering (and
2008             debugged for complex feature sets).
2009           </li>
2010           <li>
2011             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2012             viewing structures with Jalview 2.10
2013           </li>
2014           <li>
2015             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2016             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2017             Ensembl Genomes REST API
2018           </li>
2019           <li>
2020             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2021             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2022             (Ensembl)
2023           </li>
2024           <li>
2025             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2026             sequences
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2030             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2031             data from external database records.
2032           </li>
2033           <li>
2034             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2035             efficient recovery of sequence coding and alignment
2036             annotation relationships.
2037           </li>
2038         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2039         <ul>
2040           <li>
2041             -- JAL---
2042           </li>
2043         </ul> --></td>
2044       <td>
2045         <div align="left">
2046           <em>General</em>
2047           <ul>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2050               menu on OSX
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2054               includes graduated colourschemes
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2058               working with big alignments and lots of hidden columns
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2062               at right of alignment window
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2066               contents
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2070               for DNA alignments
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2074               based tree calculation
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2078               unconserved enabled for group on alignment
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2082               set as reference
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2086               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2087               annotation
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2091               hidden columns present
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2095               user created annotation added to alignment
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2099               '()' base pair annotation
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2103               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2104               Consensus
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2108               feature not working
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2112               beginning of sequence
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2116               entry 3a6s
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2120               from a tree when t-coffee scores are shown
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2124               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2128               some structures
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2132               to Clustal, PIR and PileUp output
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2136               not visible causes alignment window to repaint
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2140               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2141               scores associated with features and annotation rows
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2145               calculation should be case independent
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2149               columns
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2153               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2154               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2158               problems when reference sequence defined and 'show
2159               non-conserved' enabled
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2163               load even when Consensus calculation is disabled
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2167               alignment does nothing
2168             </li>
2169           </ul>
2170           <em>Application</em>
2171           <ul>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2174               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2175               yet fixed for El Capitan)
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2179               output when running on non-gb/us i18n platforms
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2183               hidden sequences as flat-file alignment
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2187               launching Chimera
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2191               (also hotfix for 2.9.0b2)
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2195               reference sequence defined
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2199               alignments and views when revealing hidden columns
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2203               view in a cDNA/Protein splitframe
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2207               sequence from project when only one sequence is
2208               represented
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2212               in Structure Chooser
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2216               structure consensus didn't refresh annotation panel
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2220               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2224               dialogs format columns correctly, don't display array
2225               data, sort columns according to type
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2229               file chooser is cancelled during an image export
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2233               sequence name containing special characters
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2237               case insensitive
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2241               formatting don't wrap
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2245               truncated so L looks like I in consensus annotation
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2249               currently displayed features for the current selection or
2250               view
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2254               after fetching cross-references, and restoring from
2255               project
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2259               followed in the structure viewer
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2263               splitframe not restored from project
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2267               trailing end of protein alignment in transcript/product
2268               splitview when pad-gaps not enabled by default
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2272               is case dependent
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2276               article has been read (reopened issue due to
2277               internationalisation problems)
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2281               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2282               cross-references
2283             </li>
2284
2285             <li>
2286               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2287               alignment as HTML
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2291               multiple structures are shown for one or more sequences.
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2295               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2296               is enabled.
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2300               specific PDB id for sequence
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2304               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2305               columns' is disabled.
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2309               selects lowest rather than highest resolution structures
2310               for each sequence
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2314               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2318               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2322               after clicking on it to create new annotation for a
2323               column.
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2327               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2328             </li>
2329             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2330             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2331           </ul>
2332           <em>Applet</em>
2333           <ul>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2336               hidden columns present before start of sequence
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2340               (JSON jars)
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2344               sequences are hidden in applet
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2348               deployment on examples pages.
2349             </li>
2350           </ul>
2351         </div>
2352       </td>
2353     </tr>
2354     <tr>
2355       <td width="60" nowrap>
2356         <div align="center">
2357           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2358             <em>16/10/2015</em></strong>
2359         </div>
2360       </td>
2361       <td><em>General</em>
2362         <ul>
2363           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2364             jars</li>
2365         </ul></td>
2366       <td>
2367         <div align="left">
2368           <em>Application</em>
2369           <ul>
2370             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2371               shown when tree is partitioned</li>
2372             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2373               multiple cDNA/Protein split views</li>
2374           </ul>
2375         </div>
2376       </td>
2377     </tr>
2378     <tr>
2379       <td width="60" nowrap>
2380         <div align="center">
2381           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2382             <em>8/10/2015</em></strong>
2383         </div>
2384       </td>
2385       <td><em>General</em>
2386         <ul>
2387           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2388             2.9</li>
2389         </ul> <em>Application</em>
2390         <ul>
2391           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2392           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2393           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2394         </ul> <em>Applet</em>
2395         <ul>
2396           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2397         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2398         <ul>
2399           <li>
2400             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2401             suite
2402           </li>
2403         </ul></td>
2404       <td>
2405         <div align="left">
2406           <em>General</em>
2407           <ul>
2408             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2409               incorrect when sequence start > 1</li>
2410             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2411               documentation</li>
2412             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2413             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2414               loading a features file containing HTML tags in feature
2415               description</li>
2416
2417           </ul>
2418           <em>Application</em>
2419           <ul>
2420             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2421               reimport</li>
2422             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2423               with 'trim retrieved sequences'</li>
2424             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2425               deleting selected columns</li>
2426             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2427               JNLP templates for webstart launch</li>
2428             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2429               unreleased structures for download or viewing</li>
2430             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2431               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2432             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2433               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2434             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2435               recovered from jalview project</li>
2436             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2437               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2438               alignment view</li>
2439             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2440               color schemes from BioJSON</li>
2441           </ul>
2442           <em>Applet</em>
2443           <ul>
2444             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2445               frame</li>
2446             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2447           </ul>
2448         </div>
2449       </td>
2450     </tr>
2451     <tr>
2452       <td><div align="center">
2453           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2454         </div></td>
2455       <td><em>General</em>
2456         <ul>
2457           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2458             alignments:
2459             <ul>
2460               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2461                 and DNA alignment views</li>
2462               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2463                 cDNA alignment views</li>
2464               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2465                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2466               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2467                 protein sequences</li>
2468             </ul>
2469           </li>
2470           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2471           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2472             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2473           <li>New alignment annotation file statements for
2474             reference sequences and marking hidden columns</li>
2475           <li>Reference sequence based alignment shading to
2476             highlight variation</li>
2477           <li>Select or hide columns according to alignment
2478             annotation</li>
2479           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2480           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2481             acid conservation row</li>
2482           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2483         </ul> <em>Application</em>
2484         <ul>
2485           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2486             <ul>
2487               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2488                 view with cDNA/Protein</li>
2489               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2490                 sequences are placed in the same alignment</li>
2491               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2492                 projects</li>
2493             </ul>
2494           </li>
2495
2496           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2497           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2498             Jalview windows</li>
2499
2500           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2501           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2502           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2503             be shown in VARNA</li>
2504
2505           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2506             as the active selected region</li>
2507
2508           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2509             similarity</li>
2510           <li>New Export options
2511             <ul>
2512               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2513                 region export in flat file generation</li>
2514
2515               <li>Export alignment views for display with the <a
2516                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2517
2518               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2519               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2520                 alignment figures to HTML</li>
2521           </li>
2522           <li>3D structure retrieval and display
2523             <ul>
2524               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2525                 Search API</li>
2526               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2527                 PDB structures for a sequence set</li>
2528             </ul>
2529           </li>
2530
2531           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2532             predictions</li>
2533           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2534             for one or a group of sequences</li>
2535           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2536             from the JPred4 web server</li>
2537           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2538             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2539             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2540           </li>
2541           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2542             VARNA 2D Structure'</li>
2543           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2544             Structure ..."</li>
2545
2546         </ul> <em>Applet</em>
2547         <ul>
2548           <li>New layout for applet example pages</li>
2549           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2550             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2551           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2552             Protein alignments</li>
2553         </ul> <em>Development and deployment</em>
2554         <ul>
2555           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2556           <li>Include installation type and git revision in build
2557             properties and console log output</li>
2558           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2559             storing BioJsMSA Templates</li>
2560           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2561         </ul></td>
2562       <td>
2563         <!-- <em>General</em>
2564         <ul>
2565         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2566         <ul>
2567           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2568           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2569           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2570             predictions are not highlighted in amber</li>
2571           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2572             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2573           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2574             associated structure views</li>
2575           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2576             width checkbox not enabled</li>
2577           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2578             creating user defined colours</li>
2579           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2580             mappings for just that viewer's sequences</li>
2581           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2582             multiple models in Chimera</li>
2583           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2584             over Jmol structure</li>
2585           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2586             output to text box</li>
2587           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2588             have incorrect sequence start/end</li>
2589           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2590             Jalview fails</li>
2591           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2592             work for nucleotide</li>
2593           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2594             to a grey/invisible alignment window</li>
2595           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2596             imports to different position</li>
2597           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2598             on some platforms</li>
2599           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2600             populated</li>
2601           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2602             console if Chimera has been opened</li>
2603           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2604           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2605             retrieved</li>
2606           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2607           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2608             either sequence shows on first structure</li>
2609           <li>'Show annotations' options should not make
2610             non-positional annotations visible</li>
2611           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2612             in right place after 'view flanking regions'</li>
2613           <li>File Save As type unset when current file format is
2614             unknown</li>
2615           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2616             projects</li>
2617           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2618             responsive</li>
2619           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2620             several views on same alignment</li>
2621           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2622           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2623             spaces</li>
2624         </ul> <em>Applet</em>
2625         <ul>
2626           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2627           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2628             descriptions containing angle brackets</li>
2629         </ul> <em>General</em>
2630         <ul>
2631           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2632             via jalview annotation file</li>
2633           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2634             with RNA secondary structure</li>
2635           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2636             translation doesn't work.</li>
2637           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2638           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2639             positions</li>
2640           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2641             choosing 1pt font</li>
2642           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2643             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2644             'h'</li>
2645           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2646             new feature</li>
2647           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2648             order dependent</li>
2649           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2650             sequences</li>
2651           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2652         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2653         <ul>
2654           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2655             www.jalview.org</li>
2656         </ul> <em>Application Known issues</em>
2657         <ul>
2658           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2659           <li>Misleading message appears after trying to delete
2660             solid column.</li>
2661           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2662             version launches</li>
2663           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2664             fails with a sequence mismatch</li>
2665           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2666             scrolling alignment to right</li>
2667           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2668             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2669           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2670             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2671           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2672             ultra-high resolution</li>
2673           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2674             quality and conservation</li>
2675           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2676             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2677         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2678         <ul>
2679           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2680           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2681             window is being resized</li>
2682
2683         </ul>
2684       </td>
2685     </tr>
2686     <tr>
2687       <td><div align="center">
2688           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2689         </div></td>
2690       <td><em>General</em>
2691         <ul>
2692           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2693             Certum.PL.</li>
2694           <li>Features and annotation preserved when performing
2695             pairwise alignment</li>
2696           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2697             imported/exported/displayed</li>
2698           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2699             protein secondary structure</li>
2700           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2701               post-hoc with 2.9 release</em>)
2702           </li>
2703
2704         </ul> <em>Application</em>
2705         <ul>
2706           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2707             with 3D structures</li>
2708           <li>Support for parsing RNAML</li>
2709           <li>Annotations menu for layout
2710             <ul>
2711               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2712               <li>place sequence annotation above/below alignment
2713                 annotation</li>
2714             </ul>
2715           <li>Output in Stockholm format</li>
2716           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2717             translation</li>
2718           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2719           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2720             shared between alignments</li>
2721           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2722             Jalview</li>
2723           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2724             all or current selection</li>
2725           <li>disorder and secondary structure predictions
2726             available as dataset annotation</li>
2727           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2728
2729
2730           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2731             alignments from Rfam</li>
2732           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2733
2734           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2735             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2736           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2737           <li>include installation type in build properties and
2738             console log output</li>
2739           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2740             annotation</li>
2741         </ul></td>
2742       <td>
2743         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2744         <ul>
2745           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2746             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2747           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2748             alignment</li>
2749           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2750           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2751           <li>Double click on sequence associated annotation
2752             selects only first column</li>
2753           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2754             leaves shown in tree</li>
2755           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2756             properly</li>
2757           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2758           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2759             screen and buttons not visible</li>
2760           <li>author list isn't updated if already written to
2761             Jalview properties</li>
2762           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2763             from database</li>
2764           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2765           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2766             browser search window</li>
2767           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2768             in feature settings dialog</li>
2769           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2770             desktop</li>
2771           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2772             pass validation</li>
2773           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2774             fit on screen</li>
2775           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2776             tooltip</li>
2777           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2778             defined user preset</li>
2779           <li>MSA web services warns user if they were launched
2780             with invalid input</li>
2781           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2782             Java 8</li>
2783           <li>
2784             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2785             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2786             created
2787           </li>
2788
2789         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2790         <ul>
2791         </ul> <em>General</em>
2792         <ul>
2793         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2794         <ul>
2795           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2796             memory allocation</li>
2797           <li>launchApp service doesn't automatically open
2798             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2799           <li>
2800             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2801             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2802             1.7_055 is available
2803           </li>
2804         </ul> <em>Application Known issues</em>
2805         <ul>
2806           <li>
2807             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2808             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2809             alignment to right
2810           </li>
2811           <li>
2812             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2813             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2814             with large number of ID
2815           </li>
2816           <li>
2817             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2818             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2819             start/end
2820           </li>
2821           <li>
2822             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2823             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2824             structure tracks are rearranged
2825           </li>
2826           <li>
2827             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2828             invalid rna structure positional highlighting does not
2829             highlight position of invalid base pairs
2830           </li>
2831           <li>
2832             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2833             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2834             project from alignment window file menu
2835           </li>
2836           <li>
2837             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2838             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2839             structures
2840           </li>
2841           <li>
2842             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2843             colour by RNA Helices not enabled when user created
2844             annotation added to alignment
2845           </li>
2846           <li>
2847             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2848             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2849           </li>
2850         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2851         <ul>
2852           <li>
2853             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2854             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2855           </li>
2856           <li>
2857             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2858             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2859           </li>
2860
2861           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2862             when selected</li>
2863         </ul>
2864       </td>
2865     </tr>
2866     <tr>
2867       <td><div align="center">
2868           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2869         </div></td>
2870       <td>
2871         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2872         <em>General</em>
2873         <ul>
2874           <li>Internationalisation of user interface (usually
2875             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2876           <li>Define/Undefine group on current selection with
2877             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2878           <li>Improved group creation/removal options in
2879             alignment/sequence Popup menu</li>
2880           <li>Sensible precision for symbol distribution
2881             percentages shown in logo tooltip.</li>
2882           <li>Annotation panel height set according to amount of
2883             annotation when alignment first opened</li>
2884         </ul> <em>Application</em>
2885         <ul>
2886           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2887             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2888           <li>Select columns containing particular features from
2889             Feature Settings dialog</li>
2890           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2891             sequences</li>
2892           <li>Update Jalview project format:
2893             <ul>
2894               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2895               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2896                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2897               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2898                 colouring</li>
2899             </ul>
2900           </li>
2901           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2902             (PAM250)</li>
2903           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2904             flanking regions for an alignment</li>
2905         </ul>
2906       </td>
2907       <td>
2908         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2909         <ul>
2910           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2911             running after job is cancelled</li>
2912           <li>cannot export features from alignments imported from
2913             Jalview/VAMSAS projects</li>
2914           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2915             float values</li>
2916           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2917             have 'display all symbols' flag set</li>
2918           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2919             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2920           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2921             Jalview</li>
2922           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2923             Lion/Webstart</li>
2924           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2925           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2926           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2927             alignment onto desktop</li>
2928           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2929             'extract scores' function</li>
2930           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2931             alignment window</li>
2932           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2933             performing IUPred disorder prediction</li>
2934           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2935             changing 'normalise logo' display setting</li>
2936           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2937             nothing matches query</li>
2938           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2939             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2940           </li>
2941           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2942             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2943           </li>
2944           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2945             Jalview's menu</li>
2946           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2947             'invalid literal/length code'</li>
2948           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2949             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2950           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2951             colourscheme</li>
2952
2953         </ul> <em>Applet</em>
2954         <ul>
2955           <li>Remove group option is shown even when selection is
2956             not a group</li>
2957           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2958             don't affect groups</li>
2959           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2960             colourscheme name</li>
2961           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2962             Annotation panel is not displayed</li>
2963           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2964             embedded windows</li>
2965         </ul> <em>Other</em>
2966         <ul>
2967           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2968             single sequence were not calculated</li>
2969           <li>annotation files that contain only groups imported as
2970             annotation and junk sequences</li>
2971           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2972             recognised as PFAM or BLC</li>
2973           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2974             doesn't affect background (2.8.0b1)
2975           <li></li>
2976           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2977           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2978             trailing gaps</li>
2979           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2980             registered correctly on import</li>
2981           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2982             certain alignments</li>
2983           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2984             existing annotation based 'use original colours'
2985             colourscheme loses original colours setting</li>
2986         </ul>
2987       </td>
2988     </tr>
2989     <tr>
2990       <td><div align="center">
2991           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2992             <em>30/1/2014</em></strong>
2993         </div></td>
2994       <td>
2995         <ul>
2996           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2997             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2998             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2999             open source project).
3000           </li>
3001           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3002           <li>Output in Stockholm format</li>
3003           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3004           <li>Export/import group and sequence associated line
3005             graph thresholds</li>
3006           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3007             ambiguity codes</li>
3008           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3009             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3010             works</li>
3011           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3012         </ul> <em>Other improvements</em>
3013         <ul>
3014           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3015           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3016             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3017           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3018             files</li>
3019           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3020           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3021             link but no description</li>
3022           <li>Select primary source when selecting authority in
3023             database fetcher GUI</li>
3024           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3025             Jalview</li>
3026           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3027         </ul>
3028       </td>
3029       <td>
3030         <ul>
3031           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3032             displayed</li>
3033           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3034             secondary structure annotation line</li>
3035           <li>Sequence database accessions not imported when
3036             fetching alignments from Rfam</li>
3037           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3038             identical IDs</li>
3039           <li>View all structures does not always superpose
3040             structures</li>
3041           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3042             reflect user or preset settings</li>
3043           <li>Null pointer exceptions for some services without
3044             presets or adjustable parameters</li>
3045           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3046             discover PDB xRefs</li>
3047           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3048             features with DAS</li>
3049           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3050             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3051           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3052             residue follows a gap</li>
3053           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3054             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3055           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3056             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3057           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3058             annotation already exists on alignment</li>
3059           <li>oninit javascript function should be called after
3060             initialisation completes</li>
3061           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3062             alignment window display</li>
3063           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3064           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3065             to annotation file</li>
3066           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3067             groups created</li>
3068           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3069             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3070           <li>Pressing return several times causes Number Format
3071             exceptions in keyboard mode</li>
3072           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3073             correct partitions for input data</li>
3074           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3075           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3076           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3077           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3078             mode</li>
3079           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3080             changes one row&#39;s threshold</li>
3081           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3082             doesn&#39;t open</li>
3083           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3084             quality histograms</li>
3085         </ul>
3086       </td>
3087     </tr>
3088     <tr>
3089       <td><div align="center">
3090           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3091         </div></td>
3092       <td><em>Application</em>
3093         <ul>
3094           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3095             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3096           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3097             preferences</li>
3098           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3099             in Jalview alignment window</li>
3100           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3101             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3102           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3103             RNA and ambiguity codes</li>
3104
3105           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3106           <li>Support fetching and database reference look up
3107             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3108             refs')</li>
3109           <li>Jalview project improvements
3110             <ul>
3111               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3112                 flag for annotation</li>
3113               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3114                 alignment</li>
3115               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3116                 Jalview project</li>
3117
3118             </ul>
3119           </li>
3120           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3121           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3122             running</li>
3123           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3124           <li>visual indication that web service results are still
3125             being retrieved from server</li>
3126           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3127             starts up for first time</li>
3128           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3129             services</li>
3130           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3131             client library</li>
3132           <li>Examples directory and Groovy library included in
3133             InstallAnywhere distribution</li>
3134         </ul> <em>Applet</em>
3135         <ul>
3136           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3137             visualization applet example</li>
3138         </ul> <em>General</em>
3139         <ul>
3140           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3141           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3142             defaults</li>
3143           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3144             calculation</li>
3145           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3146             matrices
3147           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3148             in HTML</li>
3149           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3150             structure contacts</li>
3151           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3152           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3153           <li>Parse sequence associated secondary structure
3154             information in Stockholm files</li>
3155           <li>HTML Export database accessions and annotation
3156             information presented in tooltip for sequences</li>
3157           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3158             style RNA alignment files</li>
3159           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3160             alignment</li>
3161           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3162             shade each sequence according to its associated alignment
3163             annotation</li>
3164           <li>New Jalview Logo</li>
3165         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3166         <ul>
3167           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3168           <li>New Website!</li>
3169         </ul></td>
3170       <td><em>Application</em>
3171         <ul>
3172           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3173             wsdbfetch REST service</li>
3174           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3175           <li>Filetype associations not installed for webstart
3176             launch</li>
3177           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3178             job execution in full once it is complete</li>
3179           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3180             uploaded via ali_file parameter</li>
3181           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3182           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3183           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3184             submitted for prediction</li>
3185           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3186             desktop window</li>
3187           <li>Putting fractional value into integer text box in
3188             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3189           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3190             windows 7</li>
3191           <li>View all structures fails with exception shown in
3192             structure view</li>
3193           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3194             escaped in a platform independent way</li>
3195           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3196             using proxy</li>
3197           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3198             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3199           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3200             failure when java web start temporary file caching is
3201             disabled</li>
3202           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3203             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3204           <li>Errors during processing of command line arguments
3205             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3206           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3207             DAS sources in sequence fetcher</li>
3208           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3209             dialog is shown</li>
3210           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3211           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3212           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3213           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3214             on OSX Mountain Lion</li>
3215           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3216             sequences with alignment annotation are pasted into the
3217             alignment</li>
3218           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3219             when loaded from Jalview project</li>
3220           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3221           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3222             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3223           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3224             associated with all views</li>
3225           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3226             annotation rows to new window</li>
3227         </ul> <em>Applet</em>
3228         <ul>
3229           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3230             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3231           <li>loading features via javascript API automatically
3232             enables feature display</li>
3233           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3234             work</li>
3235         </ul> <em>General</em>
3236         <ul>
3237           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3238           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3239             and then deselected</li>
3240           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3241           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3242             coloured with clustalx</li>
3243           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3244             exceptions and redraw errors</li>
3245           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3246             reconfigured view</li>
3247           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3248             colour</li>
3249           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3250             for lots of labels</li>
3251         </ul>
3252     </tr>
3253     <tr>
3254       <td>
3255         <div align="center">
3256           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3257         </div>
3258       </td>
3259       <td><em>Application</em>
3260         <ul>
3261           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3262           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3263           <li>View/alignment association menu to enable user to
3264             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3265             its colours/correspondences from</li>
3266           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3267           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3268             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3269           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3270           <li>Annotation row column label formatting attributes
3271             stored in project file</li>
3272           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3273             rows preserved in Jalview project file</li>
3274           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3275             saved using Desktop window menu</li>
3276           <li>Visual indication that command line arguments are
3277             still being processed</li>
3278           <li>Groovy script execution from URL</li>
3279           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3280             preferences</li>
3281           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3282             alignment with sequences that have high similarity and
3283             matching IDs</li>
3284           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3285           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3286             structures in same window</li>
3287           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3288           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3289             analysis function in its own submenu</li>
3290         </ul> <em>Applet</em>
3291         <ul>
3292           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3293             groups</li>
3294           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3295           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3296           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3297           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3298           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3299             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3300           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3301           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3302             parameters are treated as such</li>
3303           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3304             <ul>
3305               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3306               <li>Javascript callbacks for
3307                 <ul>
3308                   <li>Applet initialisation</li>
3309                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3310                 </ul>
3311               </li>
3312               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3313                 functions</li>
3314               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3315               <li>javascript structure viewer harness to pass
3316                 messages between Jmol and Jalview when running as
3317                 distinct applets</li>
3318               <li>sortBy method</li>
3319               <li>Set of applet and application examples shipped
3320                 with documentation</li>
3321               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3322                 javascript message exchange</li>
3323             </ul>
3324         </ul> <em>General</em>
3325         <ul>
3326           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3327             multiple alignments</li>
3328           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3329           <li>User configurable link to enable redirects to a
3330             www.Jalview.org mirror</li>
3331           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3332           <li>Configurable newline string when writing alignment
3333             and other flat files</li>
3334           <li>Allow alignment annotation description lines to
3335             contain html tags</li>
3336         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3337         <ul>
3338           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3339             examples</li>
3340           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3341             using a web service before displaying the result in the
3342             Jalview desktop</li>
3343           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3344           <li>Ant target to publish example html files with applet
3345             archive</li>
3346           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3347           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3348         </ul></td>
3349       <td><em>Application</em>
3350         <ul>
3351           <li>User defined colourscheme throws exception when
3352             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3353           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3354             dialog for valid filename/format</li>
3355           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3356           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3357             P37173</li>
3358           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3359             which sequence is to be associated with the file</li>
3360           <li>Find All raises null pointer exception when query
3361             only matches sequence IDs</li>
3362           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3363           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3364             2.4 cannot be loaded</li>
3365           <li>Filetype associations not installed for webstart
3366             launch</li>
3367           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3368             with sequences in different alignments do not get coloured
3369             by their associated sequence</li>
3370           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3371             not preserved when project is loaded</li>
3372           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3373             stored in Jalview project</li>
3374           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3375             Jalview project</li>
3376           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3377           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3378             by conservation</li>
3379           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3380             created on new view</li>
3381           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3382             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3383           <li>Alignment quality not updated after alignment
3384             annotation row is hidden then shown</li>
3385           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3386             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3387           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3388             properly</li>
3389           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3390             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3391           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3392           <li>Structures imported from file and saved in project
3393             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3394           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3395             job execution in full once it is complete</li>
3396         </ul> <em>Applet</em>
3397         <ul>
3398           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3399             annotation rows are displayed</li>
3400           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3401             codebase</li>
3402           <li>View follows highlighting does not work for positions
3403             in sequences</li>
3404           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3405           <li>Export features raises exception when no features
3406             exist</li>
3407           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3408             for javascript api is modified when separator string
3409             provided as parameter</li>
3410           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3411             alignment with no existing selection</li>
3412           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3413             to applet&#39;s codebase</li>
3414           <li>Status bar not updated after finished searching and
3415             search wraps around to first result</li>
3416           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3417             several Jalview applets causes race conditions and memory
3418             leaks</li>
3419           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3420             not sent from Jmol in applet</li>
3421           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3422             applet API fatally hang browser</li>
3423         </ul> <em>General</em>
3424         <ul>
3425           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3426             position with wrapped view and hidden regions</li>
3427           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3428             with/without hidden columns</li>
3429           <li>Sequence length given in alignment properties window
3430             is off by 1</li>
3431           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3432             import PDB like structure files</li>
3433           <li>Positional search results are only highlighted
3434             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3435           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3436           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3437             given sequence position</li>
3438           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3439             output</li>
3440           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3441             from nucleotide chains correctly</li>
3442           <li>Structure colours not updated when tree partition
3443             changed in alignment</li>
3444           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3445             parsed in interleaved stockholm</li>
3446           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3447             state</li>
3448           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3449             properly</li>
3450           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3451             properly associated with their pdb files</li>
3452         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3453         <ul>
3454           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3455             ApplyCopyright tool</li>
3456         </ul></td>
3457     </tr>
3458     <tr>
3459       <td>
3460         <div align="center">
3461           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3462         </div>
3463       </td>
3464       <td><em>Application</em>
3465         <ul>
3466           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3467             contact web services</li>
3468           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3469             service job window</li>
3470           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3471         </ul></td>
3472       <td>
3473         <ul>
3474           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3475             pir file emitted by Jalview</li>
3476           <li>Existing feature settings transferred to new
3477             alignment view created from cut'n'paste</li>
3478           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3479             parsing PDB files</li>
3480           <li>Consensus and conservation annotation rows
3481             occasionally become blank for all new windows</li>
3482           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3483             in wrapped view mode</li>
3484         </ul> <em>Application</em>
3485         <ul>
3486           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3487             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3488           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3489             parameter names</li>
3490           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3491             is down</li>
3492         </ul>
3493       </td>
3494     </tr>
3495     <tr>
3496       <td>
3497         <div align="center">
3498           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3499         </div>
3500       </td>
3501       <td><em>Application</em>
3502         <ul>
3503           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3504             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3505             (JABAWS)
3506           </li>
3507           <li>Web Services preference tab</li>
3508           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3509             preferences</li>
3510           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3511           <li>Superpose structures using associated sequence
3512             alignment</li>
3513           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3514             viewer</li>
3515         </ul> <em>Applet</em>
3516         <ul>
3517           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3518             link out mechanism</li>
3519         </ul> <em>Other</em>
3520         <ul>
3521           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3522             series 12</li>
3523           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3524             require Java 1.5</li>
3525           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3526             sequence annotation files</li>
3527           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3528             type colour specification</li>
3529           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3530             script to check if it being run in an interactive session or
3531             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3532         </ul></td>
3533       <td>
3534         <ul>
3535           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3536             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3537         </ul> <em>Application</em>
3538         <ul>
3539           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3540             selected Regions menu item</li>
3541           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3542             part of a valid accession ID</li>
3543           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3544             runs out of memory</li>
3545           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3546             analysis results</li>
3547           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3548             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3549           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3550         </ul> <em>Applet</em>
3551         <ul>
3552           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3553             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3554             defined.</li>
3555         </ul>
3556       </td>
3557     </tr>
3558     <tr>
3559       <td>
3560         <div align="center">
3561           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3562         </div>
3563       </td>
3564       <td></td>
3565       <td>
3566         <ul>
3567           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3568             sequence IDs</li>
3569           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3570             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3571           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3572             import correctly</li>
3573           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3574             number of columns are hidden</li>
3575           <li>annotation label popup menu not providing correct
3576             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3577             present</li>
3578           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3579             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3580           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3581             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3582
3583         </ul> <em>Applet</em>
3584         <ul>
3585           <li>annotation panel disappears when annotation is
3586             hidden/removed</li>
3587         </ul> <em>Application</em>
3588         <ul>
3589           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3590             alignment opened where annotation panel is visible but no
3591             annotations are present on alignment</li>
3592           <li>pasted region containing hidden columns is
3593             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3594           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3595             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3596           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3597             selected Rregions menu item.</li>
3598           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3599             'Un' or 'Non'conserved</li>
3600           <li>Sequence feature settings are being shared by
3601             multiple distinct alignments</li>
3602           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3603             changed</li>
3604           <li>double click on group annotation to select sequences
3605             does not propagate to associated trees</li>
3606           <li>Mac OSX specific issues:
3607             <ul>
3608               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3609                 window background</li>
3610               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3611                 name set correctly</li>
3612               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3613                 save feature colourscheme button</li>
3614             </ul>
3615           </li>
3616         </ul>
3617       </td>
3618     </tr>
3619     <tr>
3620
3621       <td>
3622         <div align="center">
3623           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3624         </div>
3625       </td>
3626       <td><em>New Capabilities</em>
3627         <ul>
3628           <li>URL links generated from description line for
3629             regular-expression based URL links (applet and application)
3630
3631           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3632             menu</li>
3633           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3634             structures</li>
3635           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3636             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3637           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3638             average score or total feature count for each sequence.</li>
3639           <li>Shading features by score or associated description</li>
3640           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3641             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3642           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3643             hide everything but the currently selected region.</li>
3644           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3645         </ul> <em>Application</em>
3646         <ul>
3647           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3648             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3649           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3650             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3651           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3652             database references and protein_name is parsed as
3653             description line (BioSapiens terms).</li>
3654           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3655             references in sequence ID tooltip from View menu in
3656             application.</li>
3657           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3658       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3659           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3660             conservation plots</li>
3661           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3662             and visualized as sequence logos</li>
3663           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3664             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3665           </li>
3666           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3667             when a new tree is opened.</li>
3668           <li>Jalview Java Console</li>
3669           <li>Better placement of desktop window when moving
3670             between different screens.</li>
3671           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3672             consensus annotation</li>
3673           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3674             Workflows</li>
3675           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3676             <ul>
3677               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3678                 used to preserve views, structures, and tree display
3679                 settings)</li>
3680               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3681                 command line</li>
3682               <li>Sharing of selected regions between views and
3683                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3684               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3685             </ul></li>
3686         </ul> <em>Applet</em>
3687         <ul>
3688           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3689           <li>New Parameters
3690             <ul>
3691               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3692                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3693                 opened.</li>
3694               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3695                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3696               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3697                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3698               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3699                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3700                 view</li>
3701               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3702                 increase the height or width of a cell in the alignment
3703                 grid relative to the current font size.</li>
3704             </ul>
3705           </li>
3706           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3707             tooltip</li>
3708         </ul> <em>Other</em>
3709         <ul>
3710           <li>Features format: graduated colour definitions and
3711             specification of feature scores</li>
3712           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3713             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3714             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3715           <li>XML formats extended to support graduated feature
3716             colourschemes, group associated annotation, and profile
3717             visualization settings.</li></td>
3718       <td>
3719         <ul>
3720           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3721             rather than description</li>
3722           <li>Non-positional features are now included in sequence
3723             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3724             visibility in tooltip).</li>
3725           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3726           <li>Added URL embedding instructions to features file
3727             documentation.</li>
3728           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3729             'X' in peptide product</li>
3730           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3731             sequence ID and sequence string and query strings do not
3732             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3733           <li>AMSA files only contain first column of
3734             multi-character column annotation labels</li>
3735           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3736             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3737             exported and re-imported)</li>
3738           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3739             name</li>
3740           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3741             as subsequence matches, and correctly reports total number
3742             of both.</li>
3743           <li>Application:
3744             <ul>
3745               <li>Better handling of exceptions during sequence
3746                 retrieval</li>
3747               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3748                 link text excludes the start_end suffix</li>
3749               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3750                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3751               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3752               <li>Sequence description lines properly shared via
3753                 VAMSAS</li>
3754               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3755                 data sources</li>
3756               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3757                 completes before alignment figures are generated.</li>
3758               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3759                 first time.</li>
3760               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3761                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3762               <li>User defined group colours properly recovered
3763                 from Jalview projects.</li>
3764             </ul>
3765           </li>
3766         </ul>
3767       </td>
3768
3769     </tr>
3770     <tr>
3771       <td>
3772         <div align="center">
3773           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3774         </div>
3775       </td>
3776       <td>
3777         <ul>
3778           <li>Experimental support for google analytics usage
3779             tracking.</li>
3780           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3781         </ul>
3782       </td>
3783       <td>
3784         <ul>
3785           <li>Race condition in applet preventing startup in
3786             jre1.6.0u12+.</li>
3787           <li>Exception when feature created from selection beyond
3788             length of sequence.</li>
3789           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3790           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3791             all sequences with a given id</li>
3792           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3793             ID string searches</li>
3794           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3795             alignment to fail with exception</li>
3796         </ul> <em>Application Issues</em>
3797         <ul>
3798           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3799           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3800             data sources</li>
3801         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3802         <ul>
3803           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3804             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3805           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3806             version (java class versioning error fixed)</li>
3807         </ul>
3808       </td>
3809     </tr>
3810     <tr>
3811       <td>
3812
3813         <div align="center">
3814           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3815         </div>
3816       </td>
3817       <td><em>User Interface</em>
3818         <ul>
3819           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3820             translation and protein products</li>
3821           <li>Linked highlighting of structure associated with
3822             residue mapping to codon position</li>
3823           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3824             and 'clear' button</li>
3825           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3826             Tools menu</li>
3827           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3828             numeric data in description line</li>
3829           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3830           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3831             of sequence</li>
3832         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3833         <ul>
3834           <li>JPred3 web service</li>
3835           <li>Prototype sequence search client (no public services
3836             available yet)</li>
3837           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3838             PFAM</li>
3839           <li>URL Links created for matching database cross
3840             references as well as sequence ID</li>
3841           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3842         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3843         <ul>
3844           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3845             databases</li>
3846           <li>Generalised database reference retrieval and
3847             validation to all fetchable databases</li>
3848           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3849             sequence command</li>
3850         </ul> <em>Import and Export</em>
3851         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3852         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3853           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3854         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3855           File</li>
3856         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3857           triplet as name of colourscheme</li>
3858         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3859         <ul>
3860           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3861           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3862             alignments (experimental)</li>
3863           <li>Create new or select existing session to join</li>
3864           <li>load and save of vamsas documents</li>
3865         </ul> <em>Application command line</em>
3866         <ul>
3867           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3868             from applet)</li>
3869           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3870             of DAS servers to query for alignment features</li>
3871           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3872             that are also automatically queried for features</li>
3873           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3874             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3875         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3876         <ul>
3877           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3878             application (when using &quot;View in full
3879             application&quot;)</li>
3880         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3881         <ul>
3882           <li>feature group display control parameter</li>
3883           <li>debug parameter</li>
3884           <li>showbutton parameter</li>
3885         </ul> <em>Applet API methods</em>
3886         <ul>
3887           <li>newView public method</li>
3888           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3889           <li>Feature display control methods</li>
3890           <li>get list of currently selected sequences</li>
3891         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3892         <ul>
3893           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3894           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3895             Jalview release.</li>
3896           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3897             property controls execution of obfuscator</li>
3898           <li>Build target for generating source distribution</li>
3899           <li>Debug flag for javacc</li>
3900           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3901             jalview.bin.Cache</li>
3902           <li>Continuous Build Integration for stable and
3903             development version of Application, Applet and source
3904             distribution</li>
3905         </ul></td>
3906       <td>
3907         <ul>
3908           <li>selected region output includes visible annotations
3909             (for certain formats)</li>
3910           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3911             for editing</li>
3912           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3913           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3914           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3915           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3916             comments</li>
3917           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3918             filenames containing a ':'</li>
3919           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3920             global sequence features</li>
3921           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3922             references from alignment sequences goes to zero</li>
3923           <li>Close of tree branch colour box without colour
3924             selection causes cascading exceptions</li>
3925           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3926           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3927             file parsing fails.</li>
3928           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3929           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3930             not a valid output format</li>
3931           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3932             vamsas</li>
3933           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3934           <li>error messages passed up and output when data read
3935             fails</li>
3936           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3937             sequence is edited</li>
3938           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3939             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3940           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3941             filetype</li>
3942           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3943             import fixed for PFAM records</li>
3944           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3945             window list</li>
3946           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3947             can be read and written correctly to annotation file</li>
3948           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3949             correctly</li>
3950           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3951             non-italic font for representatives in Applet</li>
3952           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3953             Macs.</li>
3954           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3955             Applet)</li>
3956           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3957             due to null pointer exceptions</li>
3958           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3959             first column of alignment</li>
3960           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3961             July 2008</li>
3962           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3963             file is case-insensitive</li>
3964           <li>Sequence features read from Features file appended to
3965             all sequences with matching IDs</li>
3966           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3967             containing a sub-sequence</li>
3968           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3969           <li>feature and annotation file applet parameters
3970             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3971           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3972           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3973             splash-screen version check to complete</li>
3974           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3975             when passing them to the launchApp service</li>
3976           <li>display name and local features preserved in results
3977             retrieved from web service</li>
3978           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3979             sequence fetcher initialisation</li>
3980           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3981             dasobert DAS client</li>
3982           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3983             association</li>
3984           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3985             sequences
3986           </li>
3987         </ul>
3988       </td>
3989     </tr>
3990     <tr>
3991       <td>
3992         <div align="center">
3993           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3994         </div>
3995       </td>
3996       <td>
3997         <ul>
3998           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3999           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4000           <li>Slide sequences</li>
4001           <li>Edit sequence in place</li>
4002           <li>EMBL CDS features</li>
4003           <li>DAS Feature mapping</li>
4004           <li>Feature ordering</li>
4005           <li>Alignment Properties</li>
4006           <li>Annotation Scores</li>
4007           <li>Sort by scores</li>
4008           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4009         </ul>
4010       </td>
4011       <td>
4012         <ul>
4013           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4014           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4015           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4016           <li>Feature group display state in XML</li>
4017           <li>Feature ordering in XML</li>
4018           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4019           <li>Stockholm alignment properties</li>
4020           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4021           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4022           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4023           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4024         </ul>
4025       </td>
4026
4027     </tr>
4028     <tr>
4029       <td>
4030         <div align="center">
4031           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4032         </div>
4033       </td>
4034       <td>
4035         <ul>
4036           <li>Non standard characters can be read and displayed
4037           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4038             applet via textbox
4039           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4040             name &amp; description
4041           <li>Preference setting to display sequence name in
4042             italics
4043           <li>Annotation file format extended to allow
4044             Sequence_groups to be defined
4045           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4046             specified in preferences
4047           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4048             sequences
4049         </ul>
4050       </td>
4051       <td>
4052         <ul>
4053           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4054             installed
4055           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4056           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4057         </ul>
4058       </td>
4059     </tr>
4060     <tr>
4061       <td>
4062         <div align="center">
4063           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4064         </div>
4065       </td>
4066       <td>
4067         <ul>
4068           <li>Multiple views on alignment
4069           <li>Sequence feature editing
4070           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4071           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4072           <li>Background dependent text colour
4073           <li>Right align sequence ids
4074           <li>User-defined lower case residue colours
4075           <li>Format Menu
4076           <li>Select Menu
4077           <li>Menu item accelerator keys
4078           <li>Control-V pastes to current alignment
4079           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4080           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4081           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4082
4083           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4084         </ul>
4085       </td>
4086       <td>
4087         <ul>
4088           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4089           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4090             calculations
4091           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4092             edits
4093           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4094             of alignment)
4095           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4096
4097           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4098             display correctly
4099           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4100           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4101             analysis results
4102           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4103             &#8739;
4104           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4105           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4106           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4107
4108         </ul>
4109       </td>
4110     </tr>
4111     <tr>
4112       <td>
4113         <div align="center">
4114           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4115         </div>
4116       </td>
4117       <td>
4118         <ul>
4119           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4120         </ul>
4121       </td>
4122       <td>
4123         <ul>
4124           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4125             sequence id panel has been resized</li>
4126           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4127             rendered</li>
4128           <li>Annotation files with sequence references - all
4129             elements in file are relative to sequence position</li>
4130           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4131         </ul>
4132       </td>
4133     </tr>
4134     <tr>
4135       <td>
4136         <div align="center">
4137           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4138         </div>
4139       </td>
4140       <td>
4141         <ul>
4142           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4143           <li>DAS Feature fetching</li>
4144           <li>Hide sequences and columns</li>
4145           <li>Export Annotations and Features</li>
4146           <li>GFF file reading / writing</li>
4147           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4148             files</li>
4149           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4150           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4151           <li>Applet can launch the full application</li>
4152           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4153             required)</li>
4154           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4155           <li>Applet can load sequences from parameter
4156             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4157           </li>
4158         </ul>
4159       </td>
4160       <td>
4161         <ul>
4162           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4163           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4164           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4165         </ul>
4166       </td>
4167     </tr>
4168     <tr>
4169       <td>
4170         <div align="center">
4171           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4172         </div>
4173       </td>
4174       <td>
4175         <ul>
4176           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4177           <li>Choose to match case when searching</li>
4178           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4179             expand the visible width and height of the alignment</li>
4180         </ul>
4181       </td>
4182       <td>
4183         <ul>
4184           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4185         </ul>
4186       </td>
4187     </tr>
4188     <tr>
4189       <td>
4190         <div align="center">
4191           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4192         </div>
4193       </td>
4194       <td>&nbsp;</td>
4195       <td>
4196         <ul>
4197           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4198           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4199             value</li>
4200         </ul>
4201       </td>
4202     </tr>
4203     <tr>
4204       <td>
4205         <div align="center">
4206           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4207         </div>
4208       </td>
4209       <td>
4210         <ul>
4211           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4212           <li>Keyboard editing</li>
4213           <li>Create sequence features from searches</li>
4214           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4215             alignments</li>
4216           <li>Features file allows grouping of features</li>
4217           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4218           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4219           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4220         </ul>
4221       </td>
4222       <td>
4223         <ul>
4224           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4225           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4226             descriptions saved.</li>
4227         </ul>
4228       </td>
4229     </tr>
4230     <tr>
4231       <td>
4232         <div align="center">
4233           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4234         </div>
4235       </td>
4236       <td>
4237         <ul>
4238           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4239           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4240           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4241             name for file output</li>
4242           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4243           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4244             used for HTML form input</li>
4245         </ul>
4246       </td>
4247       <td>
4248         <ul>
4249           <li>HTML output writes groups and features</li>
4250           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4251           <li>File IO bugs</li>
4252         </ul>
4253       </td>
4254     </tr>
4255     <tr>
4256       <td>
4257         <div align="center">
4258           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4259         </div>
4260       </td>
4261       <td>
4262         <ul>
4263           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4264           <li>More options for PCA viewer</li>
4265         </ul>
4266       </td>
4267       <td>
4268         <ul>
4269           <li>GUI bugs resolved</li>
4270           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4271         </ul>
4272       </td>
4273     </tr>
4274     <tr>
4275       <td height="63">
4276         <div align="center">
4277           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4278         </div>
4279       </td>
4280       <td>
4281         <ul>
4282           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4283           <li>Jar files are executable</li>
4284           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4285         </ul>
4286       </td>
4287       <td>
4288         <ul>
4289           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4290           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4291           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4292         </ul>
4293       </td>
4294     </tr>
4295     <tr>
4296       <td>
4297         <div align="center">
4298           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4299         </div>
4300       </td>
4301       <td>
4302         <ul>
4303           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4304         </ul>
4305       </td>
4306       <td>
4307         <ul>
4308           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4309         </ul>
4310       </td>
4311     </tr>
4312     <tr>
4313       <td>
4314         <div align="center">
4315           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4316         </div>
4317       </td>
4318       <td>
4319         <ul>
4320           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4321             size</li>
4322         </ul>
4323       </td>
4324       <td>
4325         <ul>
4326           <li>Improved JPred client reliability</li>
4327           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4328         </ul>
4329       </td>
4330     </tr>
4331     <tr>
4332       <td>
4333         <div align="center">
4334           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4335         </div>
4336       </td>
4337       <td>
4338         <ul>
4339           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4340           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4341           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4342             to Colour Menu</li>
4343           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4344           <li>Unix users can set default web browser</li>
4345           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4346           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4347         </ul>
4348       </td>
4349       <td>
4350         <ul>
4351           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4352         </ul>
4353       </td>
4354     </tr>
4355     <tr>
4356       <td>
4357         <div align="center">
4358           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4359         </div>
4360       </td>
4361       <td>&nbsp;</td>
4362       <td>
4363         <ul>
4364           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4365             alignment order.</li>
4366         </ul>
4367       </td>
4368     </tr>
4369     <tr>
4370       <td>
4371         <div align="center">
4372           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4373         </div>
4374       </td>
4375       <td>
4376         <ul>
4377           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4378           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4379           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4380             annotations.</li>
4381           <li>Version and build date written to build properties
4382             file.</li>
4383           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4384             at launch of Jalview.</li>
4385         </ul>
4386       </td>
4387       <td>
4388         <ul>
4389           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4390           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4391           <li>Can remove groups one by one.</li>
4392           <li>Filechooser icons installed.</li>
4393           <li>Finder ignores return character when searching.
4394             Return key will initiate a search.<br>
4395           </li>
4396         </ul>
4397       </td>
4398     </tr>
4399     <tr>
4400       <td>
4401         <div align="center">
4402           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4403         </div>
4404       </td>
4405       <td>
4406         <ul>
4407           <li>New codebase</li>
4408         </ul>
4409       </td>
4410       <td>&nbsp;</td>
4411     </tr>
4412   </table>
4413   <p>&nbsp;</p>
4414 </body>
4415 </html>