help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>15/09/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  66             residue in cursor mode
  67           </li>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  70             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  71           </li>
  72           <li>
  73             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  74             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  75             improved compatibility with JalviewJS
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  79             alignments from Pfam and Rfam
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  83             import (no longer based on .gz extension)
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  90             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  91             EMBL flat file
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  95             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  96             saving or making backup files.
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 100             <ul>
 101               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 102               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 103             </ul>
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 107             when running on Linux (Requires Java 11+)
 108           </li>
 109         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 110         <ul>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 113             through a system property
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 117             line help for configuring Jalview's memory
 118           </li>
 119         </ul>
 120       </td>
 121       <td align="left" valign="top">
 122         <ul>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 125             but not calculated and no protein or DNA score models are
 126             available for tree/PCA calculation when launched with
 127             Turkish language locale
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 131             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 135             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 139             sequence under the cursor
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 143             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 147             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 148             '%s'" on the console
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 152             when there are both local and complementary features mapped
 153             to the position under the cursor
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 157             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 161             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 165             internationalised text for some messages and log output
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 169             hidden gapped columns
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 173             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 177             specifying output format when exporting an alignment via the
 178             command line
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 182             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 183             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 184             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 185             file again, and if that fails, delete the original file and
 186             save in place.)
 187           </li>
 188         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 189         <ul>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 192             first time for a version that has different jars to the
 193             previous launched version.
 194           </li>
 195         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 196         <ul>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 199             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 200             OutOfMemory error.
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 204             monitor the release channel
 205           </li>
 206         </ul> <em>New Known defects</em>
 207         <ul>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 210             are ordered differently when shown on alignment and in
 211             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 212           </li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 215             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 216             works for the top left quadrant of the alignment window
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 220             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 224             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 225           </li>
 226         </ul>
 227       </td>
 228     </tr>
 229     <tr>
 230       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 231           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 232           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 233       <td align="left" valign="top">
 234         <ul>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 237             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 238             for display in alignments, on structure views (including
 239             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 240             export.
 241           </li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 244             exported and re-imported as GFF3 files
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 248             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 252             validation while parsing
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 256             position if reopened
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 260             of associated view
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 264             enabled by default
 265           </li>
 266           <li>
 267             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 268             tooltips and menus
 269           </li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 272             with no feature types visible
 273           </li>
 274           <li>
 275           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 276           </li>
 277         </ul><em>Jalview Installer</em>
 278             <ul>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 281             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 285           </li>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 288           </li>
 289               <li>
 290                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 291               <li>
 292                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 293         </ul> <em>Release processes</em>
 294         <ul>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 300           </li>
 301         </ul> <em>Build System</em>
 302         <ul>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 308             report
 309           </li>
 310         </ul>
 311         <em>Groovy Scripts</em>
 312             <ul>
 313           <li>
 314             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 315             to stdout containing the consensus sequence for each
 316             alignment in a Jalview session
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 320             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 321             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 322           </li>
 323         </ul>
 324       </td>
 325       <td align="left" valign="top">
 326         <ul>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 329             'Show hidden markers' option is not ticked
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 333             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 334             jalview preferences or properties file
 335           </li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 338             'Show Sequence Features' option is not ticked
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 342             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 343             features are visible
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 347             equal when split frame is first opened
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 351             correct after editing a sequence's start position
 352           </li>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 355             with annotation and exceptions thrown when only a few
 356             columns shown in wrapped mode
 357           </li>
 358           <li>
 359             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 360             wrapped alignment figure with annotations
 361           </li>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 364             ID fails with ClassCastException
 365           </li>
 366           <li>
 367             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 368             Project
 369           </li>
 370           <li>
 371             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 372             feature settings dialog also selects columns
 373           </li>
 374           <li>
 375             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 376             IllegalArgumentException in some circumstances
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 380             opened for a view
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 384             alignment window is closed
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 388             help documentation for 2.11.0 release
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 392             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 393             Uniprot Accession
 394           </li>
 395         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 396         <ul>
 397           <li>
 398             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 399             PDB/Uniprot search panel
 400           </li>
 401         </ul> <em>Installer</em>
 402         <ul>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 405             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 406           </li>
 407         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 408         <ul>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 411             repository
 412           </li>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 415             memory
 416           </li>
 417         </ul> <em>New Known Issues</em>
 418         <ul>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 421             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 422             command line
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 426             clipped in headless figure export when Right Align option
 427             enabled
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 431             'Source' in console output
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 435             bamboo server but run fine locally.
 436           </li>
 437         </ul>
 438       </td>
 439     </tr>
 440     <tr>
 441       <td width="60" align="center" nowrap>
 442           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 443             <em>04/07/2019</em></strong>
 444       </td>
 445       <td align="left" valign="top">
 446         <ul>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 449             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 450             source project) rather than InstallAnywhere
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 454             settings, receive over the air updates and launch specific
 455             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 456               Rings' GetDown</a>)
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 460             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 464             arguments and switch between different getdown channels
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 468             or alignment files
 469           </li>
 470
 471           <li>
 472             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 473             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 476             'Translate as cDNA'</li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 479           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 480             <ul>
 481                       <li>
 482             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 483             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 484           <li>
 485                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 486                 features can be filtered and shaded according to any
 487                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 488                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 489                 file)
 490               </li>
 491               <li>
 492                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 493                 stored and restored from Jalview Projects
 494               </li>
 495               <li>
 496                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 497                 recognise variant features
 498               </li>
 499               <li>
 500                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 501                 sequences (also coloured red by default)
 502               </li>
 503               <li>
 504                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 505                 details
 506               </li>
 507               <li>
 508                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 509                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 510               </li>
 511               <li>
 512                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 513                 dialog
 514               </li>
 515             </ul>
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 519             tree and PCA calculations
 520           </li>
 521           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 522             <ul>
 523               <li>
 524                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 525                 and Viewer state saved in Jalview Project
 526               </li>
 527               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 528                 drop-down menus</li>
 529               <li>
 530                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 531                 incrementally
 532               </li>
 533               <li>
 534                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 535               </li>
 536             </ul>
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 540           </li>
 541           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 542           <ul>
 543               <li>
 544                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 545                 multiple groups when working with large alignments
 546               </li>
 547               <li>
 548                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 549                 Stockholm files
 550               </li>
 551             </ul>
 552           <li><strong>User Interface</strong>
 553           <ul>
 554               <li>
 555                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 556                 view
 557               </li>
 558               <li>
 559                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 560                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 561                 default (can be changed in user preferences)
 562               </li>
 563               <li>
 564                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 565                 to the Overwrite Dialog
 566               </li>
 567               <li>
 568                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 569                 sequences are hidden
 570               </li>
 571               <li>
 572                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 573                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 574               </li>
 575               <li>
 576                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 577                 labels
 578               </li>
 579               <li>
 580                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 581                 when in wrapped mode
 582               </li>
 583               <li>
 584                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 585                 annotation
 586               </li>
 587               <li>
 588                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 589               </li>
 590               <li>
 591                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 592                 panel
 593               </li>
 594               <li>
 595                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 596                 popup menu
 597               </li>
 598               <li>
 599               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 600               <li>
 601               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 602
 603
 604             </ul></li>
 605             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 606           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 607             <ul>
 608               <li>
 609                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 610                 trapping CMD-Q
 611               </li>
 612             </ul></li>
 613         </ul>
 614         <em>Deprecations</em>
 615         <ul>
 616           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 617             capabilities removed from the Jalview Desktop
 618           </li>
 619           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 620             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 621             and XML based data retrieval clients</li>
 622           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 623           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 624         </ul> <em>Documentation</em>
 625         <ul>
 626           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 627             not supported in EPS figure export
 628           </li>
 629           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 630         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 631         <ul>
 632           <li>
 633           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 634           </li>
 635       <li>
 636       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 637           <li>
 638           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 639             gradle-eclipse
 640           </li>
 641           <li>
 642           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 643             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 644             execution
 645           </li>
 646           <li>
 647           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 648             operations
 649           </li>
 650           <li>
 651           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 652             issues resolved
 653           </li>
 654           <li>
 655           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 656             markdown (with HTML rendering)
 657           </li>
 658           <li>
 659           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 660           </li>
 661           <li>
 662           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 663             versions of Jalview
 664           </li>
 665         </ul>
 666       </td>
 667       <td align="left" valign="top">
 668         <ul>
 669           <li>
 670             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 671           </li>
 672           <li>
 673             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 674             superposition in Jmol fail on Windows
 675           </li>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 678             structures for sequences with lots of PDB structures
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 682             monospaced font
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 686             project involving multiple views
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 690             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 691             Annotation dialog hides columns
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 695             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 696             one view, then making another selection in the other view
 697           </li>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 700             columns
 701           </li>
 702           <li>
 703             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 704             Settings and Jalview Preferences panels
 705           </li>
 706           <li>
 707             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 708             overview with large alignments
 709           </li>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 712             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 713             mouse moved to the left of the first column
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 717             hidden column marker via scale popup menu
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 721             doesn't tell users the invalid URL
 722           </li>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 725             score from view
 726           </li>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 729             show cross references or Fetch Database References are shown in
 730             red in original view
 731           </li>
 732           <li>
 733             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 734             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 735           </li>
 736           <li>
 737             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 738             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 742             when columns are hidden
 743           </li>
 744           <li>
 745             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 746             Columns by Annotation description
 747           </li>
 748           <li>
 749             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 750             out of Scale or Annotation Panel
 751           </li>
 752           <li>
 753             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 754             scale panel
 755           </li>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 758             alignment down
 759           </li>
 760           <li>
 761             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 762             scale panel
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 766             Page Up in wrapped mode
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 770           </li>
 771           <li>
 772             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 773           </li>
 774           <li>
 775             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 776             on opening an alignment
 777           </li>
 778           <li>
 779             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 780             Colour menu
 781           </li>
 782           <li>
 783             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 784             different groups in the alignment are selected
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 788             correctly in menu
 789           </li>
 790           <li>
 791             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 792             threshold limit
 793           </li>
 794           <li>
 795             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 796             threshold gets 'unrounded'
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 800             colour
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 804           </li>
 805           <li>
 806             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 807           </li>
 808           <li>
 809             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 810             Tree font
 811           </li>
 812           <li>
 813             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 814             project file
 815           </li>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 818             shown in complementary view
 819           </li>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 822             without normalisation
 823           </li>
 824           <li>
 825             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 826             of report
 827           </li>
 828           <li>
 829             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 830           </li>
 831           <li>
 832           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 833           </li>
 834         </ul> <em>Editing</em>
 835         <ul>
 836           <li>
 837             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 838             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 839             sequence
 840           </li>
 841           <li>
 842             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 843             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 844             removed (Known defect since 2.10)
 845           </li>
 846           <li>
 847             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 848             dialog corrupts dataset sequence
 849           </li>
 850           <li>
 851             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 852             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 853           </li>
 854         </ul> <em>Datamodel</em>
 855         <ul>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 858             sequence's End is greater than its length
 859           </li>
 860         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 861           general release)</em>
 862         <ul>
 863           <li>
 864             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 865           </li>
 866         </ul> <em>New Known Defects</em>
 867         <ul>
 868         <li>
 869         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 870         </li>
 871         <li>
 872           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 873           regions of protein alignment.
 874         </li>
 875         <li>
 876           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 877           is restored from a Jalview 2.11 project
 878         </li>
 879         <li>
 880           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 881           'New View'
 882         </li>
 883         <li>
 884           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 885           columns within hidden columns
 886         </li>
 887         <li>
 888           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 889           window after dragging left to select columns to left of visible
 890           region
 891         </li>
 892         <li>
 893           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 894           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 895           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 896           create a Score filter instead.
 897         </li>
 898         <li>
 899         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 900         <li>
 901         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 902         </li>
 903         <li>
 904           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 905           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 906         </li>
 907         </ul>
 908         <em>Java 11 Specific defects</em>
 909           <ul>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 912               alphabetically when saved
 913             </li>
 914         </ul>
 915       </td>
 916     </tr>
 917     <tr>
 918     <td width="60" nowrap>
 919       <div align="center">
 920         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 921       </div>
 922     </td>
 923     <td><div align="left">
 924         <em></em>
 925         <ul>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 928               InstallAnywhere increased to 1G.
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 932               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 933               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 934                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 935                 properties file.</em>
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 939               API and sequence data now imported as JSON.
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 943               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 944               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 945               property.
 946             </li>
 947           </ul>
 948           <em>Development</em>
 949           <ul>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 952               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 953                 Clover</a>
 954             </li>
 955           </ul>
 956         </div></td>
 957     <td><div align="left">
 958         <em></em>
 959         <ul>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 962               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 963               alignment.
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 967               annotation displayed.
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 971               for newly created group when 'Apply to all groups'
 972               selected
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 976               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 977               visible.
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 981               when sequences are selected in exported view.</em>
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 985               aren't rendered with correct colour.
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 989               types of knotted RNA secondary structure.
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 993               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 994               do not start at 1.
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 998               annotation when columns are inserted into an alignment,
 999               and when exporting as Stockholm flatfile.
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1003               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1004               treated as RNA secondary structure.
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1008               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1012               transfers focus to previous window on OSX
1013             </li>
1014           </ul>
1015           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1016           <ul>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1019               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1020               box.
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1024               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1025               'look and feel' which has improved compatibility with the
1026               latest version of OSX.
1027             </li>
1028           </ul>
1029         </div>
1030     </td>
1031     </tr>
1032     <tr>
1033       <td width="60" nowrap>
1034         <div align="center">
1035           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1036             <em>7/06/2018</em></strong>
1037         </div>
1038       </td>
1039       <td><div align="left">
1040           <em></em>
1041           <ul>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1044               annotation retrieved from Uniprot
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1048               onto the Jalview Desktop
1049             </li>
1050           </ul>
1051         </div></td>
1052       <td><div align="left">
1053           <em></em>
1054           <ul>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1057               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1061               right-hand column parsed correctly
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1065               not alignment area in exported graphic
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1069               window has input focus
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1073               annotation added to view (Windows)
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1077               network connectivity is poor
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1081               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1082                 the currently open URL and links from a page viewed in
1083                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1084                 you are using Edge, only links in the page can be
1085                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1086                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1087             </li>
1088           </ul>
1089           <em>New Known Defects</em>
1090           <ul>
1091             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1092           </ul>
1093         </div></td>
1094     </tr>
1095     <tr>
1096       <td width="60" nowrap>
1097         <div align="center">
1098           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1099         </div>
1100       </td>
1101       <td><div align="left">
1102           <em></em>
1103           <ul>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1106               for disabling automatic superposition of multiple
1107               structures and open structures in existing views
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1111               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1112               adjust them.
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1116               Ensembl services
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1120               and lots of hidden columns
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1124               of features (particularly when transparency is disabled)
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1128               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1129               generally available
1130             </li>
1131           </ul>
1132           </div>
1133       </td>
1134       <td><div align="left">
1135           <ul>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1138               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1142               overlapping alignment panel
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1146               sequence as gaps
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1150               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1151               UTR
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1155               factor annotation not added to sequence when local PDB
1156               file associated with it by drag'n'drop or structure
1157               chooser
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1161               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1165               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1169               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1173               columns in annotation row
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1177               honored in batch mode
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1181               for structures added to existing Jmol view
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1185               entries after importing project with multiple views
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1189               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1190               with negative residue numbers or missing residues fails
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1194               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1195               as generated by CONSURF)
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1199               tooltip doesn't include a text description of mutation
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1203               structure and/or overview windows are also shown
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1207               very slow for alignments with large numbers of sequences
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1211               with 'StringIndexOutOfBounds'
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1215               platforms running Java 10
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1219               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1220             </li>
1221           </ul>
1222           <em>Applet</em>
1223           <ul>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1226               should copy the group consensus when popup is opened on it
1227             </li>
1228           </ul>
1229           <em>Batch Mode</em>
1230           <ul>
1231           <li>
1232             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1233           </li>
1234           </ul>
1235           <em>New Known Defects</em>
1236           <ul>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1239               editing a large alignment and overview is displayed
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1243               repeatedly after a series of edits even when the overview
1244               is no longer reflecting updates
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1248               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1249               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1250               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1254               option gives blank output
1255             </li>
1256           </ul>
1257         </div>
1258           </td>
1259     </tr>
1260     <tr>
1261       <td width="60" nowrap>
1262         <div align="center">
1263           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1264         </div>
1265       </td>
1266       <td><div align="left">
1267           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1268               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1269       <td><div align="left">
1270           <em>Desktop</em><ul>
1271           <ul>
1272             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1273             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1274             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1275             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1276             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1277             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1278             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1279           </ul>
1280           </div>
1281       </td>
1282     </tr>
1283     <tr>
1284       <td width="60" nowrap>
1285         <div align="center">
1286           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1287         </div>
1288       </td>
1289       <td><div align="left">
1290           <em></em>
1291           <ul>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1294               rendering of sequence features
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1298               429 rate limit request hander
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1302               their colours have changed
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1306               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1310               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1314               view from Ensembl locus cross-references
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1318               Alignment report
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1322               feature can be disabled
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1326               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1330               Uniprot
1331             </li>
1332           </ul>
1333           <em>Scripting</em>
1334           <ul>
1335             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1336             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1337               percent identity scores for current alignment.</li>
1338           </ul>
1339           <em>Testing and Deployment</em>
1340           <ul>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1343             </li>
1344           </ul>
1345         </div></td>
1346       <td><div align="left">
1347           <em>General</em>
1348           <ul>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1351               threshold text field doesn't trigger an update to the
1352               alignment view
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1356               strings in parallel
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1360               alignment window is closed
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1364               group visibility
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1368               takes a long time in Cursor mode
1369             </li>
1370           </ul>
1371           <em>Desktop</em>
1372           <ul>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1375               cannot be viewed in Chimera
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1379               CDS/Protein view
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1383               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1384               Search Dialogs
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1394               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1398               scrolling right in unwapped alignment view
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1402               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1403               database
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1407               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1411               features of same type and group to be selected for
1412               amending
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1416               alignments when hidden columns are present
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1420               displaying several structures
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1424               moving a window
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1428               within the Jalview desktop on OSX
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1432               when in wrapped alignment mode
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1436               hand end of alignment
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1440               each selected sequence do not have correct start/end
1441               positions
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1445               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1449               restoring project until a new view is created
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1453               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1454               configured (since 2.10.2b2)
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1458               position is adjusted
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1462               in a multi-chain structure when viewing alignment
1463               involving more than one chain (since 2.10)
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1467               if new selection moves alignment window
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1471               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1475               that produces correctly annotated transcripts and products
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1479               doesn't update associated structure view
1480             </li>
1481           </ul>
1482           <em>Applet</em><br />
1483           <ul>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1486               closing alignment panel
1487             </li>
1488           </ul>
1489           <em>BioJSON</em><br />
1490           <ul>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1493               non-positional features
1494             </li>
1495           </ul>
1496           <em>New Known Issues</em>
1497           <ul>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1500               sequence features correctly (for many previous versions of
1501               Jalview)
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1505               using cursor in wrapped panel other than top
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1509               graduated colour threshold
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1513               always preserve numbering and sequence features
1514             </li>
1515           </ul>
1516           <em>Known Java 9 Issues</em>
1517           <ul>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1520               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1521               9.01, OSX 10.10)
1522             </li>
1523           </ul>
1524         </div></td>
1525     </tr>
1526     <tr>
1527       <td width="60" nowrap>
1528         <div align="center">
1529           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1530             <em>2/10/2017</em></strong>
1531         </div>
1532       </td>
1533       <td><div align="left">
1534           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1535           <ul>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1538             </li>
1539             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1540             </li>
1541           </ul>
1542         </div></td>
1543       <td><div align="left">
1544         </div></td>
1545     </tr>
1546     <tr>
1547       <td width="60" nowrap>
1548         <div align="center">
1549           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1550             <em>7/9/2017</em></strong>
1551         </div>
1552       </td>
1553       <td><div align="left">
1554           <em></em>
1555           <ul>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1558               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1559               white)
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1563               Preferences
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1567               in size and progress bar shown as higher resolution
1568               overview is recalculated
1569             </li>
1570
1571           </ul>
1572         </div></td>
1573       <td><div align="left">
1574           <em></em>
1575           <ul>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1578               column region row by row
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1582               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1586               format setting is unticked
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1590               if group has show boxes format setting unticked
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1594               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1595               include sequences and columns not currently displayed
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1599               assemblies are imported via CIF file
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1603               displayed when threshold or conservation colouring is also
1604               enabled.
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1608               server version
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1612               dragging a selected region off the visible region of the
1613               alignment
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1617               colourscheme to all groups in a view
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1621               initially after font size change using the Font chooser or
1622               middle-mouse zoom
1623             </li>
1624           </ul>
1625         </div></td>
1626     </tr>
1627     <tr>
1628       <td width="60" nowrap>
1629         <div align="center">
1630           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1631         </div>
1632       </td>
1633       <td><div align="left">
1634           <em>Calculations</em>
1635           <ul>
1636
1637             <li>
1638               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1639               ungapped positions in each column of the alignment.
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1643               a calculation dialog box
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1647               and memory efficiency (~30x faster)
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1651               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1652               and other calculations
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1656               files within the Jalview codebase
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1660               Similarity may have different topology due to increased
1661               precision
1662             </li>
1663           </ul>
1664           <em>Rendering</em>
1665           <ul>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1668               model for alignments and groups
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1672               scripts
1673             </li>
1674           </ul>
1675           <em>Overview</em>
1676           <ul>
1677             <li>
1678               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1679               with alignment and overview windows
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1683               overview
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1687               omitted in Overview
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1691               adjustment of visible position
1692             </li>
1693           </ul>
1694
1695           <em>Data import/export</em>
1696           <ul>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1699               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1703               annotation input/output via stockholm flatfile
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1707               extension when importing structure files without embedded
1708               names or PDB accessions
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1712               format sequence substitution matrices
1713             </li>
1714           </ul>
1715           <em>User Interface</em>
1716           <ul>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1719               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1720               the application.
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1724               via Overview or sequence motif search operations
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1728               opened by double clicking gaps within sequence feature
1729               extent
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1733               aligned positions were available to create a 3D structure
1734               superposition.
1735             </li>
1736           </ul>
1737           <em>3D Structure</em>
1738           <ul>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1741               coloured in linked structure views
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1745               file-based command exchange
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1749               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1750               structures are already available for sequences
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1754               the Jalview project rather than downloaded again when the
1755               project is reopened.
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1759               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1760               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1761                 Feature</strong>)
1762             </li>
1763           </ul>
1764           <em>Web Services</em>
1765           <ul>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1771               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1772               Analysis services
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1776               cross-references provided by identifiers.org and the
1777               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1778             </li>
1779           </ul>
1780
1781           <em>Scripting</em>
1782           <ul>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1785               identifying file formats (instead of String constants)
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1789               efficiency when counting all displayed features (not
1790               backwards compatible with 2.10.1)
1791             </li>
1792           </ul>
1793           <em>Example files</em>
1794           <ul>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1797               included in the example feature file
1798             </li>
1799           </ul>
1800           <em>Documentation</em>
1801           <ul>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1804               with the built-in Java help viewer
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1808               sequence description' option
1809             </li>
1810           </ul>
1811           <em>Test Suite</em>
1812           <ul>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1815               Uniprot REST Free Text Search Client
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1822               during tests
1823             </li>
1824           </ul>
1825         </div></td>
1826       <td><div align="left">
1827           <em>Calculations</em>
1828           <ul>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1831               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1832               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1833             </li>
1834             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1835               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1836               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1837               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1838               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1839               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1840               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1841               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1842               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1843               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1844               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1845               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1846               // for 2.10.1 mode <br />
1847               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1848               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1849                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1850                 calculations (not recommended)</em></li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1853               scaling of branch lengths for trees computed using
1854               Sequence Feature Similarity.
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1858               generating output report when working with highly
1859               redundant alignments
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1863               right of selected region when gaps present on right-hand
1864               boundary
1865             </li>
1866           </ul>
1867           <em>User Interface</em>
1868           <ul>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1871               doesn't reselect a specific sequence's associated
1872               annotation after it was used for colouring a view
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1876               opened on a region of alignment without groups
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1880               of an alignment with overlapping groups
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1884               name and description match
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1888               hidden regions results in incorrect hidden regions
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1892               changing colour does not apply Conservation slider value
1893               to all groups
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1897               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1901               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1905               gaps before start of features
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1909               restored to UI when feature colour is edited
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1913               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1917               as graduate feature colour settings are modified via the
1918               dialog box
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1922               when a group defined on the alignment is resized
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1926               wrapped view result in positional status updates
1927             </li>
1928
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1931               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1935               alignment included gapped columns
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1939               widgets don't permanently disappear
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1943               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1944               T-Coffee column reliability scores)
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1948               sequence feature on gaps only
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1952               button from a Find inherit previously defined feature type
1953               rather than the Find query string
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1957               exporting tree calculated in Jalview
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1961               and then revealing them reorders sequences on the
1962               alignment
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1966               doesn't update to reflect available set of groups after
1967               interactively adding or modifying features
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1971               Linux
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1975               only excluded gaps in current sequence and ignored
1976               selection.
1977             </li>
1978           </ul>
1979           <em>Rendering</em>
1980           <ul>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1983               erratically when hidden rows or columns are present
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1987               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1988               sequence colouring
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1992               colour and group colour menu for protein alignments
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1996               reflect currently selected view or group's shading
1997               thresholds
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2001               when rendered on overview and structures when opacity at
2002               100%
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2006               overview when features overlaid on alignment
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2010               recovered correctly from Jalview project file
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2014               (automatically via preferences) are different to the main
2015               alignment panel
2016             </li>
2017           </ul>
2018           <em>Data import/export</em>
2019           <ul>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2022               load
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2026               added after a sequence was imported are not written to
2027               Stockholm File
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2031               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2035               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2039               with lightGray or darkGray via features file (but can
2040               specify lightgray)
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2044               when alignment view imported from project
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2048               structure and sequences extracted from structure files
2049               imported via URL and viewed in Jmol
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2053               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2054               the project is loaded and the structure viewed
2055             </li>
2056           </ul>
2057           <em>Web Services</em>
2058           <ul>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2061               release of Ensembl v.88
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2065               appear enabled in Preferences->Connections
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2069               removed from console output
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2073               Ensembl by Peptide ID
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2077               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2078               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2079               due to 'null' string rather than empty string used for
2080               residues with no corresponding PDB mapping).
2081             </li>
2082           </ul>
2083           <em>Application UI</em>
2084           <ul>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2087               menu
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2091               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2092               new documentation and tooltips added)
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2096               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2100               new features are added to alignment
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2104               changes to feature colours via the Amend features dialog
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2108               edit graduated feature colour via amend features dialog
2109               box
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2113               selection menu changes colours of alignment views
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2117               from alignment calculation workers after alignment has
2118               been closed
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2122               groups now 'Create Group'
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2126               Create/Undefine group doesn't always work
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2130               shown again after pressing 'Cancel'
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2134               adjusts start position in wrap mode
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2138               ambiguous amino acids
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2142               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2143               proteins
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2147               Defined' don't appear in Colours menu
2148             </li>
2149           </ul>
2150           <em>Applet</em>
2151           <ul>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2154               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2158               overview or linked structure view
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2162               work (since 2.8)
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2166               user-defined colourscheme doesn't restore original
2167               colourscheme
2168             </li>
2169           </ul>
2170           <em>Test Suite</em>
2171           <ul>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2174               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2175             </li>
2176             <li>
2177               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2178               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2179               problems with deep array comparison equality asserts in
2180               successive versions of TestNG
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2184               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2185             </li>
2186           </ul>
2187           <em>New Known Issues</em>
2188           <ul>
2189             <li>
2190               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2191               phase after a sequence motif find operation
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2195               containing just upper and lower case letters are
2196               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2200               reliably from eggnog Ortholog database
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2204               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2205               to mark columns containing highlighted regions.
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2209               doesn't always add secondary structure annotation.
2210             </li>
2211           </ul>
2212         </div>
2213     <tr>
2214       <td width="60" nowrap>
2215         <div align="center">
2216           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2217         </div>
2218       </td>
2219       <td><div align="left">
2220           <em>General</em>
2221           <ul>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2224               for all consensus calculations
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2228               3rd Oct 2016)
2229             </li>
2230             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2231               for 2016-2017</li>
2232           </ul>
2233           <em>Application</em>
2234           <ul>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2237               set of database cross-references, sorted alphabetically
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2241               from database cross references. Users with custom links
2242               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2243                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2247               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2248               Chimera session
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2252               the Chimera it is connected to is shut down
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2256               columns menu item to mark columns containing highlighted
2257               regions (e.g. from structure selections or results of a
2258               Find operation)
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2262               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2263               MSAviewer
2264             </li>
2265           </ul>
2266         </div></td>
2267       <td>
2268         <div align="left">
2269           <em>General</em>
2270           <ul>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2273               are not coloured or thresholded according to percent
2274               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2278               hydrophobic
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2282               threshold, amino acid properties)
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2286               reported as mapped to residues in a structure file in the
2287               View Mapping report
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2291               could be added multiple times to a sequence
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2295               bond features shown as two highlighted residues rather
2296               than a range in linked structure views, and treated
2297               correctly when selecting and computing trees from features
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2301               cross-references are matched to database name regardless
2302               of case
2303             </li>
2304
2305           </ul>
2306           <em>Application</em>
2307           <ul>
2308             <li>
2309               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2310               names without regular expressions also offer links from
2311               Sequence ID
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2315               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2316               update Jalview configuration
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2320               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2324               files with similarly named sequences if dropped onto the
2325               alignment
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2329               entries where more chains exist in the PDB accession than
2330               are reported in the SIFTS file
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2334               the structure view when displayed with Chimera
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2338               panel's View->Show Chains submenu
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2342               work for wrapped alignment views
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2346               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2350               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2351               first annotation row
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2355               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2356             </li>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2359               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2360             </li>
2361             <!-- JAL-2319 -->
2362             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2363             coordindate data
2364             </li>
2365           </ul>
2366           <!--           <em>New Known Issues</em>
2367           <ul>
2368             <li></li>
2369           </ul> -->
2370         </div>
2371       </td>
2372     </tr>
2373     <td width="60" nowrap>
2374       <div align="center">
2375         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2376           <em>25/10/2016</em></strong>
2377       </div>
2378     </td>
2379     <td><em>Application</em>
2380       <ul>
2381         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2382           view if structures already loaded</li>
2383         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2384           structure views</li>
2385       </ul></td>
2386     <td>
2387       <div align="left">
2388         <em>General</em>
2389         <ul>
2390           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2391             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2392           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2393             example sequences/projects/trees</li>
2394         </ul>
2395         <em>Application</em>
2396         <ul>
2397           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2398             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2399           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2400             without timeout for structures with multiple models or
2401             multiple sequences in alignment</li>
2402           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2403             PDB ID HEADER line</li>
2404           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2405             is performed</li>
2406           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2407             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2408           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2409           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2410             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2411             option</li>
2412           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2413             is created on the alignment</li>
2414           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2415             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2416             pop-up menu</li>
2417         </ul>
2418         <em>Build and deployment</em>
2419         <ul>
2420           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2421             tags</li>
2422         </ul>
2423         <em>New Known Issues</em>
2424         <ul>
2425           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2426             on Windows</li>
2427         </ul>
2428       </div>
2429     </td>
2430     </tr>
2431     <tr>
2432       <td width="60" nowrap>
2433         <div align="center">
2434           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2435         </div>
2436       </td>
2437       <td><em>General</em>
2438         <ul>
2439           <li>
2440             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2441           </li>
2442           <li>
2443             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2444             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2445             better PDB parsing.
2446           </li>
2447           <li>
2448             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2449             reference sequence
2450           </li>
2451           <li>
2452             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2453             mousing over sequence associated annotation
2454           </li>
2455           <li>
2456             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2457             for manual entry
2458           </li>
2459           <li>
2460             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2461             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2462             for each column
2463           </li>
2464           <li>
2465             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2466             showing or hiding columns containing a feature
2467           </li>
2468           <li>
2469             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2470             group and sequence associated annotation labels
2471           </li>
2472           <li>
2473             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2474             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2475             dialogs
2476           </li>
2477
2478         </ul> <em>Application</em>
2479         <ul>
2480           <li>
2481             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2482             gene/transcript view
2483           </li>
2484           <li>
2485             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2486             dialog
2487           </li>
2488           <li>
2489             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2490             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2494             Pfam sources to xfam.org
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2498           </li>
2499           <li>
2500             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2501             over sequences in Jalview
2502           </li>
2503           <li>
2504             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2505             regions in ENA and EMBL
2506           </li>
2507           <li>
2508             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2509             for record retrieval via ENA rest API
2510           </li>
2511           <li>
2512             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2513             complement operator
2514           </li>
2515           <li>
2516             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2517             groovy script execution
2518           </li>
2519           <li>
2520             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2521             alignment window's Calculate menu
2522           </li>
2523           <li>
2524             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2525             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2526           </li>
2527           <li>
2528             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2529             calculation workers from groovy scripts
2530           </li>
2531           <li>
2532             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2533             Jalview projects
2534           </li>
2535           <li>
2536             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2537             associations are now saved/restored from project
2538           </li>
2539           <li>
2540             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2541             before sequence fetcher is opened
2542           </li>
2543           <li>
2544             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2545             database chooser opens a sequence fetcher
2546           </li>
2547           <li>
2548             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2549             the UniProt REST API
2550           </li>
2551           <li>
2552             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2553             the news reader opening
2554           </li>
2555           <li>
2556             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2557             querying stored in preferences
2558           </li>
2559           <li>
2560             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2561             search results
2562           </li>
2563           <li>
2564             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2565           </li>
2566           <li>
2567             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2568             menu for nucleotide sequences
2569           </li>
2570           <li>
2571             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2572             and feature counts preserves alignment ordering (and
2573             debugged for complex feature sets).
2574           </li>
2575           <li>
2576             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2577             viewing structures with Jalview 2.10
2578           </li>
2579           <li>
2580             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2581             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2582             Ensembl Genomes REST API
2583           </li>
2584           <li>
2585             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2586             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2587             (Ensembl)
2588           </li>
2589           <li>
2590             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2591             sequences
2592           </li>
2593           <li>
2594             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2595             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2596             data from external database records.
2597           </li>
2598           <li>
2599             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2600             efficient recovery of sequence coding and alignment
2601             annotation relationships.
2602           </li>
2603         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2604         <ul>
2605           <li>
2606             -- JAL---
2607           </li>
2608         </ul> --></td>
2609       <td>
2610         <div align="left">
2611           <em>General</em>
2612           <ul>
2613             <li>
2614               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2615               menu on OSX
2616             </li>
2617             <li>
2618               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2619               includes graduated colourschemes
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2623               working with big alignments and lots of hidden columns
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2627               at right of alignment window
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2631               contents
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2635               for DNA alignments
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2639               based tree calculation
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2643               unconserved enabled for group on alignment
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2647               set as reference
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2651               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2652               annotation
2653             </li>
2654             <li>
2655               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2656               hidden columns present
2657             </li>
2658             <li>
2659               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2660               user created annotation added to alignment
2661             </li>
2662             <li>
2663               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2664               '()' base pair annotation
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2668               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2669               Consensus
2670             </li>
2671             <li>
2672               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2673               feature not working
2674             </li>
2675             <li>
2676               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2677               beginning of sequence
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2681               entry 3a6s
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2685               from a tree when t-coffee scores are shown
2686             </li>
2687             <li>
2688               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2689               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2693               some structures
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2697               to Clustal, PIR and PileUp output
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2701               not visible causes alignment window to repaint
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2705               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2706               scores associated with features and annotation rows
2707             </li>
2708             <li>
2709               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2710               calculation should be case independent
2711             </li>
2712             <li>
2713               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2714               columns
2715             </li>
2716             <li>
2717               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2718               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2719               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2720             </li>
2721             <li>
2722               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2723               problems when reference sequence defined and 'show
2724               non-conserved' enabled
2725             </li>
2726             <li>
2727               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2728               load even when Consensus calculation is disabled
2729             </li>
2730             <li>
2731               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2732               alignment does nothing
2733             </li>
2734           </ul>
2735           <em>Application</em>
2736           <ul>
2737             <li>
2738               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2739               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2740               yet fixed for El Capitan)
2741             </li>
2742             <li>
2743               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2744               output when running on non-gb/us i18n platforms
2745             </li>
2746             <li>
2747               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2748               hidden sequences as flat-file alignment
2749             </li>
2750             <li>
2751               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2752               launching Chimera
2753             </li>
2754             <li>
2755               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2756               (also hotfix for 2.9.0b2)
2757             </li>
2758             <li>
2759               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2760               reference sequence defined
2761             </li>
2762             <li>
2763               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2764               alignments and views when revealing hidden columns
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2768               view in a cDNA/Protein splitframe
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2772               sequence from project when only one sequence is
2773               represented
2774             </li>
2775             <li>
2776               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2777               in Structure Chooser
2778             </li>
2779             <li>
2780               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2781               structure consensus didn't refresh annotation panel
2782             </li>
2783             <li>
2784               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2785               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2786             </li>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2789               dialogs format columns correctly, don't display array
2790               data, sort columns according to type
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2794               file chooser is cancelled during an image export
2795             </li>
2796             <li>
2797               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2798               sequence name containing special characters
2799             </li>
2800             <li>
2801               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2802               case insensitive
2803             </li>
2804             <li>
2805               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2806               formatting don't wrap
2807             </li>
2808             <li>
2809               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2810               truncated so L looks like I in consensus annotation
2811             </li>
2812             <li>
2813               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2814               currently displayed features for the current selection or
2815               view
2816             </li>
2817             <li>
2818               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2819               after fetching cross-references, and restoring from
2820               project
2821             </li>
2822             <li>
2823               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2824               followed in the structure viewer
2825             </li>
2826             <li>
2827               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2828               splitframe not restored from project
2829             </li>
2830             <li>
2831               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2832               trailing end of protein alignment in transcript/product
2833               splitview when pad-gaps not enabled by default
2834             </li>
2835             <li>
2836               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2837               is case dependent
2838             </li>
2839             <li>
2840               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2841               article has been read (reopened issue due to
2842               internationalisation problems)
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2846               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2847               cross-references
2848             </li>
2849
2850             <li>
2851               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2852               alignment as HTML
2853             </li>
2854             <li>
2855               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2856               multiple structures are shown for one or more sequences.
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2860               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2861               is enabled.
2862             </li>
2863             <li>
2864               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2865               specific PDB id for sequence
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2869               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2870               columns' is disabled.
2871             </li>
2872             <li>
2873               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2874               selects lowest rather than highest resolution structures
2875               for each sequence
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2879               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2880             </li>
2881             <li>
2882               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2883               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2884             </li>
2885             <li>
2886               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2887               after clicking on it to create new annotation for a
2888               column.
2889             </li>
2890             <li>
2891               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2892               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2893             </li>
2894             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2895             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2896           </ul>
2897           <em>Applet</em>
2898           <ul>
2899             <li>
2900               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2901               hidden columns present before start of sequence
2902             </li>
2903             <li>
2904               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2905               (JSON jars)
2906             </li>
2907             <li>
2908               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2909               sequences are hidden in applet
2910             </li>
2911             <li>
2912               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2913               deployment on examples pages.
2914             </li>
2915           </ul>
2916         </div>
2917       </td>
2918     </tr>
2919     <tr>
2920       <td width="60" nowrap>
2921         <div align="center">
2922           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2923             <em>16/10/2015</em></strong>
2924         </div>
2925       </td>
2926       <td><em>General</em>
2927         <ul>
2928           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2929             jars</li>
2930         </ul></td>
2931       <td>
2932         <div align="left">
2933           <em>Application</em>
2934           <ul>
2935             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2936               shown when tree is partitioned</li>
2937             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2938               multiple cDNA/Protein split views</li>
2939           </ul>
2940         </div>
2941       </td>
2942     </tr>
2943     <tr>
2944       <td width="60" nowrap>
2945         <div align="center">
2946           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2947             <em>8/10/2015</em></strong>
2948         </div>
2949       </td>
2950       <td><em>General</em>
2951         <ul>
2952           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2953             2.9</li>
2954         </ul> <em>Application</em>
2955         <ul>
2956           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2957           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2958           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2959         </ul> <em>Applet</em>
2960         <ul>
2961           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2962         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2963         <ul>
2964           <li>
2965             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2966             suite
2967           </li>
2968         </ul></td>
2969       <td>
2970         <div align="left">
2971           <em>General</em>
2972           <ul>
2973             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2974               incorrect when sequence start > 1</li>
2975             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2976               documentation</li>
2977             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2978             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2979               loading a features file containing HTML tags in feature
2980               description</li>
2981
2982           </ul>
2983           <em>Application</em>
2984           <ul>
2985             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2986               reimport</li>
2987             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2988               with 'trim retrieved sequences'</li>
2989             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2990               deleting selected columns</li>
2991             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2992               JNLP templates for webstart launch</li>
2993             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2994               unreleased structures for download or viewing</li>
2995             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2996               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2997             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2998               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2999             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3000               recovered from jalview project</li>
3001             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3002               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3003               alignment view</li>
3004             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3005               color schemes from BioJSON</li>
3006           </ul>
3007           <em>Applet</em>
3008           <ul>
3009             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3010               frame</li>
3011             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3012           </ul>
3013         </div>
3014       </td>
3015     </tr>
3016     <tr>
3017       <td><div align="center">
3018           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3019         </div></td>
3020       <td><em>General</em>
3021         <ul>
3022           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3023             alignments:
3024             <ul>
3025               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3026                 and DNA alignment views</li>
3027               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3028                 cDNA alignment views</li>
3029               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3030                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3031               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3032                 protein sequences</li>
3033             </ul>
3034           </li>
3035           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3036           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3037             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3038           <li>New alignment annotation file statements for
3039             reference sequences and marking hidden columns</li>
3040           <li>Reference sequence based alignment shading to
3041             highlight variation</li>
3042           <li>Select or hide columns according to alignment
3043             annotation</li>
3044           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3045           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3046             acid conservation row</li>
3047           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3048         </ul> <em>Application</em>
3049         <ul>
3050           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3051             <ul>
3052               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3053                 view with cDNA/Protein</li>
3054               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3055                 sequences are placed in the same alignment</li>
3056               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3057                 projects</li>
3058             </ul>
3059           </li>
3060
3061           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3062           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3063             Jalview windows</li>
3064
3065           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3066           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3067           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3068             be shown in VARNA</li>
3069
3070           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3071             as the active selected region</li>
3072
3073           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3074             similarity</li>
3075           <li>New Export options
3076             <ul>
3077               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3078                 region export in flat file generation</li>
3079
3080               <li>Export alignment views for display with the <a
3081                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3082
3083               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3084               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3085                 alignment figures to HTML</li>
3086           </li>
3087           <li>3D structure retrieval and display
3088             <ul>
3089               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3090                 Search API</li>
3091               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3092                 PDB structures for a sequence set</li>
3093             </ul>
3094           </li>
3095
3096           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3097             predictions</li>
3098           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3099             for one or a group of sequences</li>
3100           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3101             from the JPred4 web server</li>
3102           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3103             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3104             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3105           </li>
3106           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3107             VARNA 2D Structure'</li>
3108           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3109             Structure ..."</li>
3110
3111         </ul> <em>Applet</em>
3112         <ul>
3113           <li>New layout for applet example pages</li>
3114           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3115             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3116           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3117             Protein alignments</li>
3118         </ul> <em>Development and deployment</em>
3119         <ul>
3120           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3121           <li>Include installation type and git revision in build
3122             properties and console log output</li>
3123           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3124             storing BioJsMSA Templates</li>
3125           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3126         </ul></td>
3127       <td>
3128         <!-- <em>General</em>
3129         <ul>
3130         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3131         <ul>
3132           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3133           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3134           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3135             predictions are not highlighted in amber</li>
3136           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3137             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3138           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3139             associated structure views</li>
3140           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3141             width checkbox not enabled</li>
3142           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3143             creating user defined colours</li>
3144           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3145             mappings for just that viewer's sequences</li>
3146           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3147             multiple models in Chimera</li>
3148           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3149             over Jmol structure</li>
3150           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3151             output to text box</li>
3152           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3153             have incorrect sequence start/end</li>
3154           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3155             Jalview fails</li>
3156           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3157             work for nucleotide</li>
3158           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3159             to a grey/invisible alignment window</li>
3160           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3161             imports to different position</li>
3162           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3163             on some platforms</li>
3164           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3165             populated</li>
3166           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3167             console if Chimera has been opened</li>
3168           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3169           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3170             retrieved</li>
3171           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3172           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3173             either sequence shows on first structure</li>
3174           <li>'Show annotations' options should not make
3175             non-positional annotations visible</li>
3176           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3177             in right place after 'view flanking regions'</li>
3178           <li>File Save As type unset when current file format is
3179             unknown</li>
3180           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3181             projects</li>
3182           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3183             responsive</li>
3184           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3185             several views on same alignment</li>
3186           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3187           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3188             spaces</li>
3189         </ul> <em>Applet</em>
3190         <ul>
3191           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3192           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3193             descriptions containing angle brackets</li>
3194         </ul> <em>General</em>
3195         <ul>
3196           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3197             via jalview annotation file</li>
3198           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3199             with RNA secondary structure</li>
3200           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3201             translation doesn't work.</li>
3202           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3203           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3204             positions</li>
3205           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3206             choosing 1pt font</li>
3207           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3208             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3209             'h'</li>
3210           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3211             new feature</li>
3212           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3213             order dependent</li>
3214           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3215             sequences</li>
3216           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3217         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3218         <ul>
3219           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3220             www.jalview.org</li>
3221         </ul> <em>Application Known issues</em>
3222         <ul>
3223           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3224           <li>Misleading message appears after trying to delete
3225             solid column.</li>
3226           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3227             version launches</li>
3228           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3229             fails with a sequence mismatch</li>
3230           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3231             scrolling alignment to right</li>
3232           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3233             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3234           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3235             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3236           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3237             ultra-high resolution</li>
3238           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3239             quality and conservation</li>
3240           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3241             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3242         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3243         <ul>
3244           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3245           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3246             window is being resized</li>
3247
3248         </ul>
3249       </td>
3250     </tr>
3251     <tr>
3252       <td><div align="center">
3253           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3254         </div></td>
3255       <td><em>General</em>
3256         <ul>
3257           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3258             Certum.PL.</li>
3259           <li>Features and annotation preserved when performing
3260             pairwise alignment</li>
3261           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3262             imported/exported/displayed</li>
3263           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3264             protein secondary structure</li>
3265           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3266               post-hoc with 2.9 release</em>)
3267           </li>
3268
3269         </ul> <em>Application</em>
3270         <ul>
3271           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3272             with 3D structures</li>
3273           <li>Support for parsing RNAML</li>
3274           <li>Annotations menu for layout
3275             <ul>
3276               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3277               <li>place sequence annotation above/below alignment
3278                 annotation</li>
3279             </ul>
3280           <li>Output in Stockholm format</li>
3281           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3282             translation</li>
3283           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3284           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3285             shared between alignments</li>
3286           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3287             Jalview</li>
3288           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3289             all or current selection</li>
3290           <li>disorder and secondary structure predictions
3291             available as dataset annotation</li>
3292           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3293
3294
3295           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3296             alignments from Rfam</li>
3297           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3298
3299           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3300             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3301           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3302           <li>include installation type in build properties and
3303             console log output</li>
3304           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3305             annotation</li>
3306         </ul></td>
3307       <td>
3308         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3309         <ul>
3310           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3311             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3312           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3313             alignment</li>
3314           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3315           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3316           <li>Double click on sequence associated annotation
3317             selects only first column</li>
3318           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3319             leaves shown in tree</li>
3320           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3321             properly</li>
3322           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3323           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3324             screen and buttons not visible</li>
3325           <li>author list isn't updated if already written to
3326             Jalview properties</li>
3327           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3328             from database</li>
3329           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3330           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3331             browser search window</li>
3332           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3333             in feature settings dialog</li>
3334           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3335             desktop</li>
3336           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3337             pass validation</li>
3338           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3339             fit on screen</li>
3340           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3341             tooltip</li>
3342           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3343             defined user preset</li>
3344           <li>MSA web services warns user if they were launched
3345             with invalid input</li>
3346           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3347             Java 8</li>
3348           <li>
3349             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3350             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3351             created
3352           </li>
3353
3354         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3355         <ul>
3356         </ul> <em>General</em>
3357         <ul>
3358         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3359         <ul>
3360           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3361             memory allocation</li>
3362           <li>launchApp service doesn't automatically open
3363             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3364           <li>
3365             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3366             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3367             1.7_055 is available
3368           </li>
3369         </ul> <em>Application Known issues</em>
3370         <ul>
3371           <li>
3372             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3373             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3374             alignment to right
3375           </li>
3376           <li>
3377             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3378             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3379             with large number of ID
3380           </li>
3381           <li>
3382             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3383             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3384             start/end
3385           </li>
3386           <li>
3387             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3388             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3389             structure tracks are rearranged
3390           </li>
3391           <li>
3392             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3393             invalid rna structure positional highlighting does not
3394             highlight position of invalid base pairs
3395           </li>
3396           <li>
3397             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3398             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3399             project from alignment window file menu
3400           </li>
3401           <li>
3402             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3403             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3404             structures
3405           </li>
3406           <li>
3407             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3408             colour by RNA Helices not enabled when user created
3409             annotation added to alignment
3410           </li>
3411           <li>
3412             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3413             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3414           </li>
3415         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3416         <ul>
3417           <li>
3418             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3419             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3420           </li>
3421           <li>
3422             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3423             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3424           </li>
3425
3426           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3427             when selected</li>
3428         </ul>
3429       </td>
3430     </tr>
3431     <tr>
3432       <td><div align="center">
3433           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3434         </div></td>
3435       <td>
3436         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3437         <em>General</em>
3438         <ul>
3439           <li>Internationalisation of user interface (usually
3440             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3441           <li>Define/Undefine group on current selection with
3442             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3443           <li>Improved group creation/removal options in
3444             alignment/sequence Popup menu</li>
3445           <li>Sensible precision for symbol distribution
3446             percentages shown in logo tooltip.</li>
3447           <li>Annotation panel height set according to amount of
3448             annotation when alignment first opened</li>
3449         </ul> <em>Application</em>
3450         <ul>
3451           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3452             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3453           <li>Select columns containing particular features from
3454             Feature Settings dialog</li>
3455           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3456             sequences</li>
3457           <li>Update Jalview project format:
3458             <ul>
3459               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3460               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3461                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3462               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3463                 colouring</li>
3464             </ul>
3465           </li>
3466           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3467             (PAM250)</li>
3468           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3469             flanking regions for an alignment</li>
3470         </ul>
3471       </td>
3472       <td>
3473         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3474         <ul>
3475           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3476             running after job is cancelled</li>
3477           <li>cannot export features from alignments imported from
3478             Jalview/VAMSAS projects</li>
3479           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3480             float values</li>
3481           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3482             have 'display all symbols' flag set</li>
3483           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3484             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3485           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3486             Jalview</li>
3487           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3488             Lion/Webstart</li>
3489           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3490           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3491           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3492             alignment onto desktop</li>
3493           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3494             'extract scores' function</li>
3495           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3496             alignment window</li>
3497           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3498             performing IUPred disorder prediction</li>
3499           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3500             changing 'normalise logo' display setting</li>
3501           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3502             nothing matches query</li>
3503           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3504             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3505           </li>
3506           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3507             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3508           </li>
3509           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3510             Jalview's menu</li>
3511           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3512             'invalid literal/length code'</li>
3513           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3514             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3515           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3516             colourscheme</li>
3517
3518         </ul> <em>Applet</em>
3519         <ul>
3520           <li>Remove group option is shown even when selection is
3521             not a group</li>
3522           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3523             don't affect groups</li>
3524           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3525             colourscheme name</li>
3526           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3527             Annotation panel is not displayed</li>
3528           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3529             embedded windows</li>
3530         </ul> <em>Other</em>
3531         <ul>
3532           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3533             single sequence were not calculated</li>
3534           <li>annotation files that contain only groups imported as
3535             annotation and junk sequences</li>
3536           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3537             recognised as PFAM or BLC</li>
3538           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3539             doesn't affect background (2.8.0b1)
3540           <li></li>
3541           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3542           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3543             trailing gaps</li>
3544           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3545             registered correctly on import</li>
3546           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3547             certain alignments</li>
3548           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3549             existing annotation based 'use original colours'
3550             colourscheme loses original colours setting</li>
3551         </ul>
3552       </td>
3553     </tr>
3554     <tr>
3555       <td><div align="center">
3556           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3557             <em>30/1/2014</em></strong>
3558         </div></td>
3559       <td>
3560         <ul>
3561           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3562             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3563             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3564             open source project).
3565           </li>
3566           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3567           <li>Output in Stockholm format</li>
3568           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3569           <li>Export/import group and sequence associated line
3570             graph thresholds</li>
3571           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3572             ambiguity codes</li>
3573           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3574             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3575             works</li>
3576           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3577         </ul> <em>Other improvements</em>
3578         <ul>
3579           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3580           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3581             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3582           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3583             files</li>
3584           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3585           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3586             link but no description</li>
3587           <li>Select primary source when selecting authority in
3588             database fetcher GUI</li>
3589           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3590             Jalview</li>
3591           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3592         </ul>
3593       </td>
3594       <td>
3595         <ul>
3596           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3597             displayed</li>
3598           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3599             secondary structure annotation line</li>
3600           <li>Sequence database accessions not imported when
3601             fetching alignments from Rfam</li>
3602           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3603             identical IDs</li>
3604           <li>View all structures does not always superpose
3605             structures</li>
3606           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3607             reflect user or preset settings</li>
3608           <li>Null pointer exceptions for some services without
3609             presets or adjustable parameters</li>
3610           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3611             discover PDB xRefs</li>
3612           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3613             features with DAS</li>
3614           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3615             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3616           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3617             residue follows a gap</li>
3618           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3619             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3620           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3621             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3622           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3623             annotation already exists on alignment</li>
3624           <li>oninit javascript function should be called after
3625             initialisation completes</li>
3626           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3627             alignment window display</li>
3628           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3629           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3630             to annotation file</li>
3631           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3632             groups created</li>
3633           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3634             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3635           <li>Pressing return several times causes Number Format
3636             exceptions in keyboard mode</li>
3637           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3638             correct partitions for input data</li>
3639           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3640           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3641           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3642           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3643             mode</li>
3644           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3645             changes one row&#39;s threshold</li>
3646           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3647             doesn&#39;t open</li>
3648           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3649             quality histograms</li>
3650         </ul>
3651       </td>
3652     </tr>
3653     <tr>
3654       <td><div align="center">
3655           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3656         </div></td>
3657       <td><em>Application</em>
3658         <ul>
3659           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3660             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3661           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3662             preferences</li>
3663           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3664             in Jalview alignment window</li>
3665           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3666             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3667           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3668             RNA and ambiguity codes</li>
3669
3670           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3671           <li>Support fetching and database reference look up
3672             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3673             refs')</li>
3674           <li>Jalview project improvements
3675             <ul>
3676               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3677                 flag for annotation</li>
3678               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3679                 alignment</li>
3680               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3681                 Jalview project</li>
3682
3683             </ul>
3684           </li>
3685           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3686           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3687             running</li>
3688           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3689           <li>visual indication that web service results are still
3690             being retrieved from server</li>
3691           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3692             starts up for first time</li>
3693           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3694             services</li>
3695           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3696             client library</li>
3697           <li>Examples directory and Groovy library included in
3698             InstallAnywhere distribution</li>
3699         </ul> <em>Applet</em>
3700         <ul>
3701           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3702             visualization applet example</li>
3703         </ul> <em>General</em>
3704         <ul>
3705           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3706           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3707             defaults</li>
3708           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3709             calculation</li>
3710           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3711             matrices
3712           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3713             in HTML</li>
3714           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3715             structure contacts</li>
3716           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3717           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3718           <li>Parse sequence associated secondary structure
3719             information in Stockholm files</li>
3720           <li>HTML Export database accessions and annotation
3721             information presented in tooltip for sequences</li>
3722           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3723             style RNA alignment files</li>
3724           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3725             alignment</li>
3726           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3727             shade each sequence according to its associated alignment
3728             annotation</li>
3729           <li>New Jalview Logo</li>
3730         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3731         <ul>
3732           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3733           <li>New Website!</li>
3734         </ul></td>
3735       <td><em>Application</em>
3736         <ul>
3737           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3738             wsdbfetch REST service</li>
3739           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3740           <li>Filetype associations not installed for webstart
3741             launch</li>
3742           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3743             job execution in full once it is complete</li>
3744           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3745             uploaded via ali_file parameter</li>
3746           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3747           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3748           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3749             submitted for prediction</li>
3750           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3751             desktop window</li>
3752           <li>Putting fractional value into integer text box in
3753             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3754           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3755             windows 7</li>
3756           <li>View all structures fails with exception shown in
3757             structure view</li>
3758           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3759             escaped in a platform independent way</li>
3760           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3761             using proxy</li>
3762           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3763             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3764           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3765             failure when java web start temporary file caching is
3766             disabled</li>
3767           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3768             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3769           <li>Errors during processing of command line arguments
3770             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3771           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3772             DAS sources in sequence fetcher</li>
3773           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3774             dialog is shown</li>
3775           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3776           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3777           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3778           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3779             on OSX Mountain Lion</li>
3780           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3781             sequences with alignment annotation are pasted into the
3782             alignment</li>
3783           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3784             when loaded from Jalview project</li>
3785           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3786           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3787             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3788           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3789             associated with all views</li>
3790           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3791             annotation rows to new window</li>
3792         </ul> <em>Applet</em>
3793         <ul>
3794           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3795             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3796           <li>loading features via javascript API automatically
3797             enables feature display</li>
3798           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3799             work</li>
3800         </ul> <em>General</em>
3801         <ul>
3802           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3803           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3804             and then deselected</li>
3805           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3806           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3807             coloured with clustalx</li>
3808           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3809             exceptions and redraw errors</li>
3810           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3811             reconfigured view</li>
3812           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3813             colour</li>
3814           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3815             for lots of labels</li>
3816         </ul>
3817     </tr>
3818     <tr>
3819       <td>
3820         <div align="center">
3821           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3822         </div>
3823       </td>
3824       <td><em>Application</em>
3825         <ul>
3826           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3827           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3828           <li>View/alignment association menu to enable user to
3829             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3830             its colours/correspondences from</li>
3831           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3832           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3833             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3834           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3835           <li>Annotation row column label formatting attributes
3836             stored in project file</li>
3837           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3838             rows preserved in Jalview project file</li>
3839           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3840             saved using Desktop window menu</li>
3841           <li>Visual indication that command line arguments are
3842             still being processed</li>
3843           <li>Groovy script execution from URL</li>
3844           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3845             preferences</li>
3846           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3847             alignment with sequences that have high similarity and
3848             matching IDs</li>
3849           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3850           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3851             structures in same window</li>
3852           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3853           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3854             analysis function in its own submenu</li>
3855         </ul> <em>Applet</em>
3856         <ul>
3857           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3858             groups</li>
3859           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3860           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3861           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3862           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3863           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3864             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3865           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3866           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3867             parameters are treated as such</li>
3868           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3869             <ul>
3870               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3871               <li>Javascript callbacks for
3872                 <ul>
3873                   <li>Applet initialisation</li>
3874                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3875                 </ul>
3876               </li>
3877               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3878                 functions</li>
3879               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3880               <li>javascript structure viewer harness to pass
3881                 messages between Jmol and Jalview when running as
3882                 distinct applets</li>
3883               <li>sortBy method</li>
3884               <li>Set of applet and application examples shipped
3885                 with documentation</li>
3886               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3887                 javascript message exchange</li>
3888             </ul>
3889         </ul> <em>General</em>
3890         <ul>
3891           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3892             multiple alignments</li>
3893           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3894           <li>User configurable link to enable redirects to a
3895             www.Jalview.org mirror</li>
3896           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3897           <li>Configurable newline string when writing alignment
3898             and other flat files</li>
3899           <li>Allow alignment annotation description lines to
3900             contain html tags</li>
3901         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3902         <ul>
3903           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3904             examples</li>
3905           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3906             using a web service before displaying the result in the
3907             Jalview desktop</li>
3908           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3909           <li>Ant target to publish example html files with applet
3910             archive</li>
3911           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3912           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3913         </ul></td>
3914       <td><em>Application</em>
3915         <ul>
3916           <li>User defined colourscheme throws exception when
3917             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3918           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3919             dialog for valid filename/format</li>
3920           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3921           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3922             P37173</li>
3923           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3924             which sequence is to be associated with the file</li>
3925           <li>Find All raises null pointer exception when query
3926             only matches sequence IDs</li>
3927           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3928           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3929             2.4 cannot be loaded</li>
3930           <li>Filetype associations not installed for webstart
3931             launch</li>
3932           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3933             with sequences in different alignments do not get coloured
3934             by their associated sequence</li>
3935           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3936             not preserved when project is loaded</li>
3937           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3938             stored in Jalview project</li>
3939           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3940             Jalview project</li>
3941           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3942           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3943             by conservation</li>
3944           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3945             created on new view</li>
3946           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3947             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3948           <li>Alignment quality not updated after alignment
3949             annotation row is hidden then shown</li>
3950           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3951             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3952           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3953             properly</li>
3954           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3955             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3956           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3957           <li>Structures imported from file and saved in project
3958             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3959           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3960             job execution in full once it is complete</li>
3961         </ul> <em>Applet</em>
3962         <ul>
3963           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3964             annotation rows are displayed</li>
3965           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3966             codebase</li>
3967           <li>View follows highlighting does not work for positions
3968             in sequences</li>
3969           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3970           <li>Export features raises exception when no features
3971             exist</li>
3972           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3973             for javascript api is modified when separator string
3974             provided as parameter</li>
3975           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3976             alignment with no existing selection</li>
3977           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3978             to applet&#39;s codebase</li>
3979           <li>Status bar not updated after finished searching and
3980             search wraps around to first result</li>
3981           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3982             several Jalview applets causes race conditions and memory
3983             leaks</li>
3984           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3985             not sent from Jmol in applet</li>
3986           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3987             applet API fatally hang browser</li>
3988         </ul> <em>General</em>
3989         <ul>
3990           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3991             position with wrapped view and hidden regions</li>
3992           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3993             with/without hidden columns</li>
3994           <li>Sequence length given in alignment properties window
3995             is off by 1</li>
3996           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3997             import PDB like structure files</li>
3998           <li>Positional search results are only highlighted
3999             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4000           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4001           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4002             given sequence position</li>
4003           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4004             output</li>
4005           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4006             from nucleotide chains correctly</li>
4007           <li>Structure colours not updated when tree partition
4008             changed in alignment</li>
4009           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4010             parsed in interleaved stockholm</li>
4011           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4012             state</li>
4013           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4014             properly</li>
4015           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4016             properly associated with their pdb files</li>
4017         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4018         <ul>
4019           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4020             ApplyCopyright tool</li>
4021         </ul></td>
4022     </tr>
4023     <tr>
4024       <td>
4025         <div align="center">
4026           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4027         </div>
4028       </td>
4029       <td><em>Application</em>
4030         <ul>
4031           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4032             contact web services</li>
4033           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4034             service job window</li>
4035           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4036         </ul></td>
4037       <td>
4038         <ul>
4039           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4040             pir file emitted by Jalview</li>
4041           <li>Existing feature settings transferred to new
4042             alignment view created from cut'n'paste</li>
4043           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4044             parsing PDB files</li>
4045           <li>Consensus and conservation annotation rows
4046             occasionally become blank for all new windows</li>
4047           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4048             in wrapped view mode</li>
4049         </ul> <em>Application</em>
4050         <ul>
4051           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4052             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4053           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4054             parameter names</li>
4055           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4056             is down</li>
4057         </ul>
4058       </td>
4059     </tr>
4060     <tr>
4061       <td>
4062         <div align="center">
4063           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4064         </div>
4065       </td>
4066       <td><em>Application</em>
4067         <ul>
4068           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4069             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4070             (JABAWS)
4071           </li>
4072           <li>Web Services preference tab</li>
4073           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4074             preferences</li>
4075           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4076           <li>Superpose structures using associated sequence
4077             alignment</li>
4078           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4079             viewer</li>
4080         </ul> <em>Applet</em>
4081         <ul>
4082           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4083             link out mechanism</li>
4084         </ul> <em>Other</em>
4085         <ul>
4086           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4087             series 12</li>
4088           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4089             require Java 1.5</li>
4090           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4091             sequence annotation files</li>
4092           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4093             type colour specification</li>
4094           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4095             script to check if it being run in an interactive session or
4096             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4097         </ul></td>
4098       <td>
4099         <ul>
4100           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4101             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4102         </ul> <em>Application</em>
4103         <ul>
4104           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4105             selected Regions menu item</li>
4106           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4107             part of a valid accession ID</li>
4108           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4109             runs out of memory</li>
4110           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4111             analysis results</li>
4112           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4113             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4114           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4115         </ul> <em>Applet</em>
4116         <ul>
4117           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4118             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4119             defined.</li>
4120         </ul>
4121       </td>
4122     </tr>
4123     <tr>
4124       <td>
4125         <div align="center">
4126           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4127         </div>
4128       </td>
4129       <td></td>
4130       <td>
4131         <ul>
4132           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4133             sequence IDs</li>
4134           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4135             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4136           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4137             import correctly</li>
4138           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4139             number of columns are hidden</li>
4140           <li>annotation label popup menu not providing correct
4141             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4142             present</li>
4143           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4144             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4145           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4146             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4147
4148         </ul> <em>Applet</em>
4149         <ul>
4150           <li>annotation panel disappears when annotation is
4151             hidden/removed</li>
4152         </ul> <em>Application</em>
4153         <ul>
4154           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4155             alignment opened where annotation panel is visible but no
4156             annotations are present on alignment</li>
4157           <li>pasted region containing hidden columns is
4158             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4159           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4160             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4161           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4162             selected Rregions menu item.</li>
4163           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4164             'Un' or 'Non'conserved</li>
4165           <li>Sequence feature settings are being shared by
4166             multiple distinct alignments</li>
4167           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4168             changed</li>
4169           <li>double click on group annotation to select sequences
4170             does not propagate to associated trees</li>
4171           <li>Mac OSX specific issues:
4172             <ul>
4173               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4174                 window background</li>
4175               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4176                 name set correctly</li>
4177               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4178                 save feature colourscheme button</li>
4179             </ul>
4180           </li>
4181         </ul>
4182       </td>
4183     </tr>
4184     <tr>
4185
4186       <td>
4187         <div align="center">
4188           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4189         </div>
4190       </td>
4191       <td><em>New Capabilities</em>
4192         <ul>
4193           <li>URL links generated from description line for
4194             regular-expression based URL links (applet and application)
4195
4196           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4197             menu</li>
4198           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4199             structures</li>
4200           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4201             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4202           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4203             average score or total feature count for each sequence.</li>
4204           <li>Shading features by score or associated description</li>
4205           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4206             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4207           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4208             hide everything but the currently selected region.</li>
4209           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4210         </ul> <em>Application</em>
4211         <ul>
4212           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4213             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4214           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4215             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4216           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4217             database references and protein_name is parsed as
4218             description line (BioSapiens terms).</li>
4219           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4220             references in sequence ID tooltip from View menu in
4221             application.</li>
4222           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4223       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4224           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4225             conservation plots</li>
4226           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4227             and visualized as sequence logos</li>
4228           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4229             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4230           </li>
4231           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4232             when a new tree is opened.</li>
4233           <li>Jalview Java Console</li>
4234           <li>Better placement of desktop window when moving
4235             between different screens.</li>
4236           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4237             consensus annotation</li>
4238           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4239             Workflows</li>
4240           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4241             <ul>
4242               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4243                 used to preserve views, structures, and tree display
4244                 settings)</li>
4245               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4246                 command line</li>
4247               <li>Sharing of selected regions between views and
4248                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4249               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4250             </ul></li>
4251         </ul> <em>Applet</em>
4252         <ul>
4253           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4254           <li>New Parameters
4255             <ul>
4256               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4257                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4258                 opened.</li>
4259               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4260                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4261               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4262                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4263               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4264                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4265                 view</li>
4266               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4267                 increase the height or width of a cell in the alignment
4268                 grid relative to the current font size.</li>
4269             </ul>
4270           </li>
4271           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4272             tooltip</li>
4273         </ul> <em>Other</em>
4274         <ul>
4275           <li>Features format: graduated colour definitions and
4276             specification of feature scores</li>
4277           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4278             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4279             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4280           <li>XML formats extended to support graduated feature
4281             colourschemes, group associated annotation, and profile
4282             visualization settings.</li></td>
4283       <td>
4284         <ul>
4285           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4286             rather than description</li>
4287           <li>Non-positional features are now included in sequence
4288             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4289             visibility in tooltip).</li>
4290           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4291           <li>Added URL embedding instructions to features file
4292             documentation.</li>
4293           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4294             'X' in peptide product</li>
4295           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4296             sequence ID and sequence string and query strings do not
4297             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4298           <li>AMSA files only contain first column of
4299             multi-character column annotation labels</li>
4300           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4301             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4302             exported and re-imported)</li>
4303           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4304             name</li>
4305           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4306             as subsequence matches, and correctly reports total number
4307             of both.</li>
4308           <li>Application:
4309             <ul>
4310               <li>Better handling of exceptions during sequence
4311                 retrieval</li>
4312               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4313                 link text excludes the start_end suffix</li>
4314               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4315                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4316               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4317               <li>Sequence description lines properly shared via
4318                 VAMSAS</li>
4319               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4320                 data sources</li>
4321               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4322                 completes before alignment figures are generated.</li>
4323               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4324                 first time.</li>
4325               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4326                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4327               <li>User defined group colours properly recovered
4328                 from Jalview projects.</li>
4329             </ul>
4330           </li>
4331         </ul>
4332       </td>
4333
4334     </tr>
4335     <tr>
4336       <td>
4337         <div align="center">
4338           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4339         </div>
4340       </td>
4341       <td>
4342         <ul>
4343           <li>Experimental support for google analytics usage
4344             tracking.</li>
4345           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4346         </ul>
4347       </td>
4348       <td>
4349         <ul>
4350           <li>Race condition in applet preventing startup in
4351             jre1.6.0u12+.</li>
4352           <li>Exception when feature created from selection beyond
4353             length of sequence.</li>
4354           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4355           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4356             all sequences with a given id</li>
4357           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4358             ID string searches</li>
4359           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4360             alignment to fail with exception</li>
4361         </ul> <em>Application Issues</em>
4362         <ul>
4363           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4364           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4365             data sources</li>
4366         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4367         <ul>
4368           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4369             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4370           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4371             version (java class versioning error fixed)</li>
4372         </ul>
4373       </td>
4374     </tr>
4375     <tr>
4376       <td>
4377
4378         <div align="center">
4379           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4380         </div>
4381       </td>
4382       <td><em>User Interface</em>
4383         <ul>
4384           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4385             translation and protein products</li>
4386           <li>Linked highlighting of structure associated with
4387             residue mapping to codon position</li>
4388           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4389             and 'clear' button</li>
4390           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4391             Tools menu</li>
4392           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4393             numeric data in description line</li>
4394           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4395           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4396             of sequence</li>
4397         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4398         <ul>
4399           <li>JPred3 web service</li>
4400           <li>Prototype sequence search client (no public services
4401             available yet)</li>
4402           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4403             PFAM</li>
4404           <li>URL Links created for matching database cross
4405             references as well as sequence ID</li>
4406           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4407         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4408         <ul>
4409           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4410             databases</li>
4411           <li>Generalised database reference retrieval and
4412             validation to all fetchable databases</li>
4413           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4414             sequence command</li>
4415         </ul> <em>Import and Export</em>
4416         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4417         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4418           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4419         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4420           File</li>
4421         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4422           triplet as name of colourscheme</li>
4423         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4424         <ul>
4425           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4426           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4427             alignments (experimental)</li>
4428           <li>Create new or select existing session to join</li>
4429           <li>load and save of vamsas documents</li>
4430         </ul> <em>Application command line</em>
4431         <ul>
4432           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4433             from applet)</li>
4434           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4435             of DAS servers to query for alignment features</li>
4436           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4437             that are also automatically queried for features</li>
4438           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4439             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4440         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4441         <ul>
4442           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4443             application (when using &quot;View in full
4444             application&quot;)</li>
4445         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4446         <ul>
4447           <li>feature group display control parameter</li>
4448           <li>debug parameter</li>
4449           <li>showbutton parameter</li>
4450         </ul> <em>Applet API methods</em>
4451         <ul>
4452           <li>newView public method</li>
4453           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4454           <li>Feature display control methods</li>
4455           <li>get list of currently selected sequences</li>
4456         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4457         <ul>
4458           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4459           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4460             Jalview release.</li>
4461           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4462             property controls execution of obfuscator</li>
4463           <li>Build target for generating source distribution</li>
4464           <li>Debug flag for javacc</li>
4465           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4466             jalview.bin.Cache</li>
4467           <li>Continuous Build Integration for stable and
4468             development version of Application, Applet and source
4469             distribution</li>
4470         </ul></td>
4471       <td>
4472         <ul>
4473           <li>selected region output includes visible annotations
4474             (for certain formats)</li>
4475           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4476             for editing</li>
4477           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4478           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4479           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4480           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4481             comments</li>
4482           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4483             filenames containing a ':'</li>
4484           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4485             global sequence features</li>
4486           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4487             references from alignment sequences goes to zero</li>
4488           <li>Close of tree branch colour box without colour
4489             selection causes cascading exceptions</li>
4490           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4491           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4492             file parsing fails.</li>
4493           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4494           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4495             not a valid output format</li>
4496           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4497             vamsas</li>
4498           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4499           <li>error messages passed up and output when data read
4500             fails</li>
4501           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4502             sequence is edited</li>
4503           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4504             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4505           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4506             filetype</li>
4507           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4508             import fixed for PFAM records</li>
4509           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4510             window list</li>
4511           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4512             can be read and written correctly to annotation file</li>
4513           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4514             correctly</li>
4515           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4516             non-italic font for representatives in Applet</li>
4517           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4518             Macs.</li>
4519           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4520             Applet)</li>
4521           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4522             due to null pointer exceptions</li>
4523           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4524             first column of alignment</li>
4525           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4526             July 2008</li>
4527           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4528             file is case-insensitive</li>
4529           <li>Sequence features read from Features file appended to
4530             all sequences with matching IDs</li>
4531           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4532             containing a sub-sequence</li>
4533           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4534           <li>feature and annotation file applet parameters
4535             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4536           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4537           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4538             splash-screen version check to complete</li>
4539           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4540             when passing them to the launchApp service</li>
4541           <li>display name and local features preserved in results
4542             retrieved from web service</li>
4543           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4544             sequence fetcher initialisation</li>
4545           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4546             dasobert DAS client</li>
4547           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4548             association</li>
4549           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4550             sequences
4551           </li>
4552         </ul>
4553       </td>
4554     </tr>
4555     <tr>
4556       <td>
4557         <div align="center">
4558           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4559         </div>
4560       </td>
4561       <td>
4562         <ul>
4563           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4564           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4565           <li>Slide sequences</li>
4566           <li>Edit sequence in place</li>
4567           <li>EMBL CDS features</li>
4568           <li>DAS Feature mapping</li>
4569           <li>Feature ordering</li>
4570           <li>Alignment Properties</li>
4571           <li>Annotation Scores</li>
4572           <li>Sort by scores</li>
4573           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4574         </ul>
4575       </td>
4576       <td>
4577         <ul>
4578           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4579           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4580           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4581           <li>Feature group display state in XML</li>
4582           <li>Feature ordering in XML</li>
4583           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4584           <li>Stockholm alignment properties</li>
4585           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4586           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4587           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4588           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4589         </ul>
4590       </td>
4591
4592     </tr>
4593     <tr>
4594       <td>
4595         <div align="center">
4596           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4597         </div>
4598       </td>
4599       <td>
4600         <ul>
4601           <li>Non standard characters can be read and displayed
4602           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4603             applet via textbox
4604           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4605             name &amp; description
4606           <li>Preference setting to display sequence name in
4607             italics
4608           <li>Annotation file format extended to allow
4609             Sequence_groups to be defined
4610           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4611             specified in preferences
4612           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4613             sequences
4614         </ul>
4615       </td>
4616       <td>
4617         <ul>
4618           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4619             installed
4620           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4621           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4622         </ul>
4623       </td>
4624     </tr>
4625     <tr>
4626       <td>
4627         <div align="center">
4628           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4629         </div>
4630       </td>
4631       <td>
4632         <ul>
4633           <li>Multiple views on alignment
4634           <li>Sequence feature editing
4635           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4636           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4637           <li>Background dependent text colour
4638           <li>Right align sequence ids
4639           <li>User-defined lower case residue colours
4640           <li>Format Menu
4641           <li>Select Menu
4642           <li>Menu item accelerator keys
4643           <li>Control-V pastes to current alignment
4644           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4645           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4646           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4647
4648           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4649         </ul>
4650       </td>
4651       <td>
4652         <ul>
4653           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4654           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4655             calculations
4656           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4657             edits
4658           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4659             of alignment)
4660           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4661
4662           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4663             display correctly
4664           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4665           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4666             analysis results
4667           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4668             &#8739;
4669           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4670           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4671           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4672
4673         </ul>
4674       </td>
4675     </tr>
4676     <tr>
4677       <td>
4678         <div align="center">
4679           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4680         </div>
4681       </td>
4682       <td>
4683         <ul>
4684           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4685         </ul>
4686       </td>
4687       <td>
4688         <ul>
4689           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4690             sequence id panel has been resized</li>
4691           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4692             rendered</li>
4693           <li>Annotation files with sequence references - all
4694             elements in file are relative to sequence position</li>
4695           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4696         </ul>
4697       </td>
4698     </tr>
4699     <tr>
4700       <td>
4701         <div align="center">
4702           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4703         </div>
4704       </td>
4705       <td>
4706         <ul>
4707           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4708           <li>DAS Feature fetching</li>
4709           <li>Hide sequences and columns</li>
4710           <li>Export Annotations and Features</li>
4711           <li>GFF file reading / writing</li>
4712           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4713             files</li>
4714           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4715           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4716           <li>Applet can launch the full application</li>
4717           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4718             required)</li>
4719           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4720           <li>Applet can load sequences from parameter
4721             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4722           </li>
4723         </ul>
4724       </td>
4725       <td>
4726         <ul>
4727           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4728           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4729           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4730         </ul>
4731       </td>
4732     </tr>
4733     <tr>
4734       <td>
4735         <div align="center">
4736           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4737         </div>
4738       </td>
4739       <td>
4740         <ul>
4741           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4742           <li>Choose to match case when searching</li>
4743           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4744             expand the visible width and height of the alignment</li>
4745         </ul>
4746       </td>
4747       <td>
4748         <ul>
4749           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4750         </ul>
4751       </td>
4752     </tr>
4753     <tr>
4754       <td>
4755         <div align="center">
4756           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4757         </div>
4758       </td>
4759       <td>&nbsp;</td>
4760       <td>
4761         <ul>
4762           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4763           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4764             value</li>
4765         </ul>
4766       </td>
4767     </tr>
4768     <tr>
4769       <td>
4770         <div align="center">
4771           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4772         </div>
4773       </td>
4774       <td>
4775         <ul>
4776           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4777           <li>Keyboard editing</li>
4778           <li>Create sequence features from searches</li>
4779           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4780             alignments</li>
4781           <li>Features file allows grouping of features</li>
4782           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4783           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4784           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4785         </ul>
4786       </td>
4787       <td>
4788         <ul>
4789           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4790           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4791             descriptions saved.</li>
4792         </ul>
4793       </td>
4794     </tr>
4795     <tr>
4796       <td>
4797         <div align="center">
4798           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4799         </div>
4800       </td>
4801       <td>
4802         <ul>
4803           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4804           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4805           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4806             name for file output</li>
4807           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4808           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4809             used for HTML form input</li>
4810         </ul>
4811       </td>
4812       <td>
4813         <ul>
4814           <li>HTML output writes groups and features</li>
4815           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4816           <li>File IO bugs</li>
4817         </ul>
4818       </td>
4819     </tr>
4820     <tr>
4821       <td>
4822         <div align="center">
4823           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4824         </div>
4825       </td>
4826       <td>
4827         <ul>
4828           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4829           <li>More options for PCA viewer</li>
4830         </ul>
4831       </td>
4832       <td>
4833         <ul>
4834           <li>GUI bugs resolved</li>
4835           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4836         </ul>
4837       </td>
4838     </tr>
4839     <tr>
4840       <td height="63">
4841         <div align="center">
4842           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4843         </div>
4844       </td>
4845       <td>
4846         <ul>
4847           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4848           <li>Jar files are executable</li>
4849           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4850         </ul>
4851       </td>
4852       <td>
4853         <ul>
4854           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4855           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4856           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4857         </ul>
4858       </td>
4859     </tr>
4860     <tr>
4861       <td>
4862         <div align="center">
4863           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4864         </div>
4865       </td>
4866       <td>
4867         <ul>
4868           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4869         </ul>
4870       </td>
4871       <td>
4872         <ul>
4873           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4874         </ul>
4875       </td>
4876     </tr>
4877     <tr>
4878       <td>
4879         <div align="center">
4880           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4881         </div>
4882       </td>
4883       <td>
4884         <ul>
4885           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4886             size</li>
4887         </ul>
4888       </td>
4889       <td>
4890         <ul>
4891           <li>Improved JPred client reliability</li>
4892           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4893         </ul>
4894       </td>
4895     </tr>
4896     <tr>
4897       <td>
4898         <div align="center">
4899           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4900         </div>
4901       </td>
4902       <td>
4903         <ul>
4904           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4905           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4906           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4907             to Colour Menu</li>
4908           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4909           <li>Unix users can set default web browser</li>
4910           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4911           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4912         </ul>
4913       </td>
4914       <td>
4915         <ul>
4916           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4917         </ul>
4918       </td>
4919     </tr>
4920     <tr>
4921       <td>
4922         <div align="center">
4923           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4924         </div>
4925       </td>
4926       <td>&nbsp;</td>
4927       <td>
4928         <ul>
4929           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4930             alignment order.</li>
4931         </ul>
4932       </td>
4933     </tr>
4934     <tr>
4935       <td>
4936         <div align="center">
4937           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4938         </div>
4939       </td>
4940       <td>
4941         <ul>
4942           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4943           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4944           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4945             annotations.</li>
4946           <li>Version and build date written to build properties
4947             file.</li>
4948           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4949             at launch of Jalview.</li>
4950         </ul>
4951       </td>
4952       <td>
4953         <ul>
4954           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4955           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4956           <li>Can remove groups one by one.</li>
4957           <li>Filechooser icons installed.</li>
4958           <li>Finder ignores return character when searching.
4959             Return key will initiate a search.<br>
4960           </li>
4961         </ul>
4962       </td>
4963     </tr>
4964     <tr>
4965       <td>
4966         <div align="center">
4967           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4968         </div>
4969       </td>
4970       <td>
4971         <ul>
4972           <li>New codebase</li>
4973         </ul>
4974       </td>
4975       <td>&nbsp;</td>
4976     </tr>
4977   </table>
4978   <p>&nbsp;</p>
4979 </body>
4980 </html>