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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
 105                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
 106                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
 107                                                                 column 9 of GFF file)
 108                                                         </li>
 109                                                         <li>
 110                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
 111                                                                 sequences
 112                                                         </li>
 113                                                         <li>
 114                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 115                                                                 details
 116                                                         </li>
 117                                                         <li>
 118                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 119                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 120                                                         </li>
 121                                                         <li>
 122                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 123                                                                 dialog
 124                                                         </li>
 125                                                 </ul>
 126                                         </li>
 127           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 128             <ul>
 129                                                         <li>
 130                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 131                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 132                                                         </li>
 133                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 134                                                                 drop-down menus</li>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 137                                                                 incrementally
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 141                                                         </li>
 142                                                 </ul>
 143                                         </li>
 144                                         <li>
 145                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 146                                         </li>
 147                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 148                                         <ul>
 149                                                         <li>
 150                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 151                                                                 multiple groups when working with large alignments
 152                                                         </li>
 153                                                         <li>
 154                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 155                                                                 Stockholm files
 156                                                         </li>
 157                                                 </ul>
 158                                         <li><strong>User Interface</strong>
 159                                         <ul>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 162                                                                 view
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 166                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 167                                                                 default (can be changed in user preferences)
 168                                                         </li>
 169                                                         <li>
 170                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 171                                                                 to the Overwrite Dialog
 172                                                         </li>
 173                                                         <li>
 174                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 175                                                                 sequences are hidden
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 179                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 180                                                         </li>
 181                                                         <li>
 182                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 183                                                                 labels
 184                                                         </li>
 185                                                         <li>
 186                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 187                                                                 when in wrapped mode
 188                                                         </li>
 189                                                         <li>
 190                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 191                                                                 annotation
 192                                                         </li>
 193                                                         <li>
 194                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 195                                                         </li>
 196                                                         <li>
 197                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 198                                                                 panel
 199                                                         </li>
 200                                                         <li>
 201                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 202                                                                 popup menu
 203                                                         </li>
 204                                                         <li>
 205                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 206                                                         <li>
 207                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 208
 209
 210                                                 </ul></li>
 211                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 212                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 213                                                 <ul>
 214                                                         <li>
 215                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 216                                                                 trapping CMD-Q
 217                                                         </li>
 218                                                 </ul></li>
 219                                 </ul>
 220         <em>Deprecations</em>
 221         <ul>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 224             capabilities removed from the Jalview Desktop
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 228             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 229             and XML based data retrieval clients</li>
 230           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 231           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 232         </ul> <em>Documentation</em>
 233                                 <ul>
 234                                         <li>
 235                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 236                                                 not supported in EPS figure export
 237                                         </li>
 238                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 239         <ul>
 240                 <li>
 241                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 242                                         </li>
 243                                         <li>
 244                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 245                                                 gradle-eclipse
 246                                         </li>
 247           <li><!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729 -->
 248           Atlassian Bamboo continuous integration for
 249             unattended Test Suite execution</li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 252             operations</li>
 253           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 254           <li><!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to markdown (with HTML rendering)</li>
 255         </ul>
 256       </td>
 257                         <td align="left" valign="top">
 258                                 <ul>
 259                                         <li>
 260                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 261                                         </li>
 262                                         <li>
 263                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 264                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 265                                         </li>
 266                                         <li>
 267                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 268                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 269                                         </li>
 270                                         <li>
 271                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 272                                                 monospaced font
 273                                         </li>
 274                                         <li>
 275                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 276                                                 project involving multiple views
 277                                         </li>
 278                                         <li>
 279                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 280                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 281                                                 Annotation dialog hides columns
 282                                         </li>
 283                                         <li>
 284                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 285                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 286                                                 one view, then making another selection in the other view
 287                                         </li>
 288                                         <li>
 289                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 290                                                 columns
 291                                         </li>
 292                                         <li>
 293                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 294                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 295                                         </li>
 296                                         <li>
 297                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 298                                                 overview updates with large alignments
 299                                         </li>
 300                                         <li>
 301                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 302                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 303                                                 mouse moved to the left of the first column
 304                                         </li>
 305                                         <li>
 306                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 307                                                 hidden column marker via scale popup menu
 308                                         </li>
 309                                         <li>
 310                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 311                                                 doesn't tell users the invalid URL
 312                                         </li>
 313                                         <li>
 314                                                 <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group on
 315                                                 export as Jalview features file
 316                                         </li>
 317                                         <li>
 318                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 319                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 320                                         </li>
 321                                         <li>
 322                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 323                                                 when columns are hidden
 324                                         </li>
 325                                         <li>
 326                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 327                                                 Columns by Annotation description
 328                                         </li>
 329                                         <li>
 330                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 331                                                 out of Scale or Annotation Panel
 332                                         </li>
 333                                         <li>
 334                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 335                                                 scale panel
 336                                         </li>
 337                                         <li>
 338                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 339                                                 alignment down
 340                                         </li>
 341                                         <li>
 342                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 343                                                 scale panel
 344                                         </li>
 345                                         <li>
 346                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 347                                                 Page Up in wrapped mode
 348                                         </li>
 349                                         <li>
 350                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 351                                         </li>
 352                                         <li>
 353                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 354                                         </li>
 355                                         <li>
 356                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 357                                                 on opening an alignment
 358                                         </li>
 359                                         <li>
 360                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 361                                                 Colour menu
 362                                         </li>
 363                                         <li>
 364                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 365                                                 different groups in the alignment are selected
 366                                         </li>
 367                                         <li>
 368                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 369                                                 correctly in menu
 370                                         </li>
 371                                         <li>
 372                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 373                                                 threshold limit
 374                                         </li>
 375                                         <li>
 376                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 377                                                 threshold gets 'unrounded'
 378                                         </li>
 379                                         <li>
 380                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 381                                                 colour
 382                                         </li>
 383                                         <li>
 384                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 385                                         </li>
 386                                         <li>
 387                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 388                                         </li>
 389                                         <li>
 390                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 391                                                 Tree font
 392                                         </li>
 393                                         <li>
 394                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 395                                                 project file
 396                                         </li>
 397                                         <li>
 398                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 399                                                 shown in complementary view
 400                                         </li>
 401                                         <li>
 402                                                 <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on
 403                                                 peptide sequence
 404                                         </li>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 407                                                 without normalisation
 408                                         </li>
 409                                         <li>
 410                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 411                                                 of report
 412                                         </li>
 413                                         <li>
 414                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 415                                         </li>
 416                                 </ul> <em>Editing</em>
 417                                 <ul>
 418                                         <li>
 419                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 420                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 421                                                 sequence
 422                                         </li>
 423                                         <li>
 424                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 425                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 426                                                 removed (Known defect since 2.10)
 427                                         </li>
 428                                         <li>
 429                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 430                                                 dialog corrupts dataset sequence
 431                                         </li>
 432                                         <li>
 433                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 434                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 435                                         </li>
 436
 437                                 </ul>
 438                                 <em>New Known Defects</em>
 439                                 <ul>
 440                                         <li>
 441                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 442                                                 regions of protein alignment.
 443                                         </li>
 444                                         <li>
 445                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 446                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 447                                         </li>
 448                                         <li>
 449                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 450                                                 'New View'
 451                                         </li>
 452                                         <li>
 453                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 454                                                 columns within hidden columns
 455                                         </li>
 456                                         <li>
 457                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 458                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 459                                                 region
 460                                         </li>
 461                                         <li>
 462                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 463                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 464                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 465                                                 create a Score filter instead.
 466                                         </li>
 467                                          <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 468             <ul>
 469               <li>
 470               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 471
 472             </ul></li>
 473
 474                                 </ul>
 475                         </td>
 476                 </tr>
 477     <tr>
 478     <td width="60" nowrap>
 479       <div align="center">
 480         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 481       </div>
 482     </td>
 483     <td><div align="left">
 484         <em></em>
 485         <ul>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 488               InstallAnywhere increased to 1G.
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 492               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 493               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 494                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 495                 properties file.</em>
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 499               API and sequence data now imported as JSON.
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 503               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 504               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 505               property.
 506             </li>
 507           </ul>
 508           <em>Development</em>
 509           <ul>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 512               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 513                 Clover</a>
 514             </li>
 515           </ul>
 516         </div></td>
 517     <td><div align="left">
 518         <em></em>
 519         <ul>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 522               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 523               alignment.
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 527               annotation displayed.
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 531               for newly created group when 'Apply to all groups'
 532               selected
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 536               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 537               visible.
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 541               when sequences are selected in exported view.</em>
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 545               aren't rendered with correct colour.
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 549               types of knotted RNA secondary structure.
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 553               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 554               do not start at 1.
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 558               annotation when columns are inserted into an alignment,
 559               and when exporting as Stockholm flatfile.
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 563               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 564               treated as RNA secondary structure.
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 568               (not .jar) when saving a jalview project file.
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 572               transfers focus to previous window on OSX
 573             </li>
 574           </ul>
 575           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 576           <ul>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 579               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 580               box.
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 584               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 585               'look and feel' which has improved compatibility with the
 586               latest version of OSX.
 587             </li>
 588           </ul>
 589         </div>
 590     </td>
 591     </tr>
 592     <tr>
 593       <td width="60" nowrap>
 594         <div align="center">
 595           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 596             <em>7/06/2018</em></strong>
 597         </div>
 598       </td>
 599       <td><div align="left">
 600           <em></em>
 601           <ul>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 604               annotation retrieved from Uniprot
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 608               onto the Jalview Desktop
 609             </li>
 610           </ul>
 611         </div></td>
 612       <td><div align="left">
 613           <em></em>
 614           <ul>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 617               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 621               right-hand column parsed correctly
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 625               not alignment area in exported graphic
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 629               window has input focus
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 633               annotation added to view (Windows)
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 637               network connectivity is poor
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 641               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 642                 the currently open URL and links from a page viewed in
 643                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 644                 you are using Edge, only links in the page can be
 645                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 646                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 647             </li>
 648           </ul>
 649         </div></td>
 650     </tr>
 651     <tr>
 652       <td width="60" nowrap>
 653         <div align="center">
 654           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 655         </div>
 656       </td>
 657       <td><div align="left">
 658           <em></em>
 659           <ul>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 662               for disabling automatic superposition of multiple
 663               structures and open structures in existing views
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 667               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 668               adjust them.
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 672               Ensembl services
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 676               and lots of hidden columns
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 680               of features (particularly when transparency is disabled)
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 684               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 685               generally available
 686             </li>
 687           </ul>
 688           </div>
 689       </td>
 690       <td><div align="left">
 691           <ul>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 694               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 698               overlapping alignment panel
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 702               sequence as gaps
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 706               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 707               UTR
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 711               factor annotation not added to sequence when local PDB
 712               file associated with it by drag'n'drop or structure
 713               chooser
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 717               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 721               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 725               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 729               columns in annotation row
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 733               honored in batch mode
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 737               for structures added to existing Jmol view
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 741               entries after importing project with multiple views
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 745               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 746               with negative residue numbers or missing residues fails
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 750               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 751               as generated by CONSURF)
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 755               tooltip doesn't include a text description of mutation
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 759               structure and/or overview windows are also shown
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 763               very slow for alignments with large numbers of sequences
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 767               with 'StringIndexOutOfBounds'
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 771               platforms running Java 10
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 775               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 776             </li>
 777           </ul>
 778           <em>Applet</em>
 779           <ul>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 782               should copy the group consensus when popup is opened on it
 783             </li>
 784           </ul>
 785           <em>Batch Mode</em>
 786           <ul>
 787           <li>
 788             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 789           </li>
 790           </ul>
 791           <em>New Known Defects</em>
 792           <ul>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 795               editing a large alignment and overview is displayed
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 799               repeatedly after a series of edits even when the overview
 800               is no longer reflecting updates
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 804               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 805               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 806               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 807             </li>
 808           </ul>
 809         </div>
 810           </td>
 811     </tr>
 812     <tr>
 813       <td width="60" nowrap>
 814         <div align="center">
 815           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 816         </div>
 817       </td>
 818       <td><div align="left">
 819           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 820               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 821       <td><div align="left">
 822           <em>Desktop</em><ul>
 823           <ul>
 824             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 825             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 826             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 827             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 828             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 829             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 830             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 831           </ul>
 832           </div>
 833       </td>
 834     </tr>
 835     <tr>
 836       <td width="60" nowrap>
 837         <div align="center">
 838           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 839         </div>
 840       </td>
 841       <td><div align="left">
 842           <em></em>
 843           <ul>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 846               rendering of sequence features
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 850               429 rate limit request hander
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 854               their colours have changed
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 858               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 862               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 866               view from Ensembl locus cross-references
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 870               Alignment report
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 874               feature can be disabled
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 878               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 882               Uniprot
 883             </li>
 884           </ul>
 885           <em>Scripting</em>
 886           <ul>
 887             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 888             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 889               percent identity scores for current alignment.</li>
 890           </ul>
 891           <em>Testing and Deployment</em>
 892           <ul>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 895             </li>
 896           </ul>
 897         </div></td>
 898       <td><div align="left">
 899           <em>General</em>
 900           <ul>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 903               threshold text field doesn't trigger an update to the
 904               alignment view
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 908               strings in parallel
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 912               alignment window is closed
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 916               group visibility
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 920               takes a long time in Cursor mode
 921             </li>
 922           </ul>
 923           <em>Desktop</em>
 924           <ul>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 927               cannot be viewed in Chimera
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 931               CDS/Protein view
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 935               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 936               Search Dialogs
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 946               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 950               scrolling right in unwapped alignment view
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 954               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 955               database
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 959               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 963               features of same type and group to be selected for
 964               amending
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 968               alignments when hidden columns are present
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 972               displaying several structures
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 976               moving a window
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 980               within the Jalview desktop on OSX
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 984               when in wrapped alignment mode
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 988               hand end of alignment
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 992               each selected sequence do not have correct start/end
 993               positions
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 997               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1001               restoring project until a new view is created
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1005               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1006               configured (since 2.10.2b2)
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1010               position is adjusted
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1014               in a multi-chain structure when viewing alignment
1015               involving more than one chain (since 2.10)
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1019               if new selection moves alignment window
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1023               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1027               that produces correctly annotated transcripts and products
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1031               doesn't update associated structure view
1032             </li>
1033           </ul>
1034           <em>Applet</em><br />
1035           <ul>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1038               closing alignment panel
1039             </li>
1040           </ul>
1041           <em>BioJSON</em><br />
1042           <ul>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1045               non-positional features
1046             </li>
1047           </ul>
1048           <em>New Known Issues</em>
1049           <ul>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1052               sequence features correctly (for many previous versions of
1053               Jalview)
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1057               using cursor in wrapped panel other than top
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1061               graduated colour threshold
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1065               always preserve numbering and sequence features
1066             </li>
1067           </ul>
1068           <em>Known Java 9 Issues</em>
1069           <ul>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1072               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1073               9.01, OSX 10.10)
1074             </li>
1075           </ul>
1076         </div></td>
1077     </tr>
1078     <tr>
1079       <td width="60" nowrap>
1080         <div align="center">
1081           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1082             <em>2/10/2017</em></strong>
1083         </div>
1084       </td>
1085       <td><div align="left">
1086           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1087           <ul>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1090             </li>
1091             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1092             </li>
1093           </ul>
1094         </div></td>
1095       <td><div align="left">
1096         </div></td>
1097     </tr>
1098     <tr>
1099       <td width="60" nowrap>
1100         <div align="center">
1101           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1102             <em>7/9/2017</em></strong>
1103         </div>
1104       </td>
1105       <td><div align="left">
1106           <em></em>
1107           <ul>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1110               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1111               white)
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1115               Preferences
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1119               in size and progress bar shown as higher resolution
1120               overview is recalculated
1121             </li>
1122
1123           </ul>
1124         </div></td>
1125       <td><div align="left">
1126           <em></em>
1127           <ul>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1130               column region row by row
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1134               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1138               format setting is unticked
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1142               if group has show boxes format setting unticked
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1146               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1147               include sequences and columns not currently displayed
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1151               assemblies are imported via CIF file
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1155               displayed when threshold or conservation colouring is also
1156               enabled.
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1160               server version
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1164               dragging a selected region off the visible region of the
1165               alignment
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1169               colourscheme to all groups in a view
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1173               initially after font size change using the Font chooser or
1174               middle-mouse zoom
1175             </li>
1176           </ul>
1177         </div></td>
1178     </tr>
1179     <tr>
1180       <td width="60" nowrap>
1181         <div align="center">
1182           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1183         </div>
1184       </td>
1185       <td><div align="left">
1186           <em>Calculations</em>
1187           <ul>
1188
1189             <li>
1190               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1191               ungapped positions in each column of the alignment.
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1195               a calculation dialog box
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1199               and memory efficiency (~30x faster)
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1203               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1204               and other calculations
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1208               files within the Jalview codebase
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1212               Similarity may have different topology due to increased
1213               precision
1214             </li>
1215           </ul>
1216           <em>Rendering</em>
1217           <ul>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1220               model for alignments and groups
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1224               scripts
1225             </li>
1226           </ul>
1227           <em>Overview</em>
1228           <ul>
1229             <li>
1230               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1231               with alignment and overview windows
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1235               overview
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1239               omitted in Overview
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1243               adjustment of visible position
1244             </li>
1245           </ul>
1246
1247           <em>Data import/export</em>
1248           <ul>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1251               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1255               annotation input/output via stockholm flatfile
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1259               extension when importing structure files without embedded
1260               names or PDB accessions
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1264               format sequence substitution matrices
1265             </li>
1266           </ul>
1267           <em>User Interface</em>
1268           <ul>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1271               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1272               the application.
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1276               via Overview or sequence motif search operations
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1280               opened by double clicking gaps within sequence feature
1281               extent
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1285               aligned positions were available to create a 3D structure
1286               superposition.
1287             </li>
1288           </ul>
1289           <em>3D Structure</em>
1290           <ul>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1293               coloured in linked structure views
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1297               file-based command exchange
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1301               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1302               structures are already available for sequences
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1306               the Jalview project rather than downloaded again when the
1307               project is reopened.
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1311               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1312               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1313                 Feature</strong>)
1314             </li>
1315           </ul>
1316           <em>Web Services</em>
1317           <ul>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1323               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1324               Analysis services
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1328               cross-references provided by identifiers.org and the
1329               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1330             </li>
1331           </ul>
1332
1333           <em>Scripting</em>
1334           <ul>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1337               identifying file formats (instead of String constants)
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1341               efficiency when counting all displayed features (not
1342               backwards compatible with 2.10.1)
1343             </li>
1344           </ul>
1345           <em>Example files</em>
1346           <ul>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1349               included in the example feature file
1350             </li>
1351           </ul>
1352           <em>Documentation</em>
1353           <ul>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1356               with the built-in Java help viewer
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1360               sequence description' option
1361             </li>
1362           </ul>
1363           <em>Test Suite</em>
1364           <ul>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1367               Uniprot REST Free Text Search Client
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1374               during tests
1375             </li>
1376           </ul>
1377         </div></td>
1378       <td><div align="left">
1379           <em>Calculations</em>
1380           <ul>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1383               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1384               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1385             </li>
1386             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1387               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1388               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1389               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1390               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1391               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1392               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1393               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1394               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1395               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1396               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1397               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1398               // for 2.10.1 mode <br />
1399               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1400               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1401                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1402                 calculations (not recommended)</em></li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1405               scaling of branch lengths for trees computed using
1406               Sequence Feature Similarity.
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1410               generating output report when working with highly
1411               redundant alignments
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1415               right of selected region when gaps present on right-hand
1416               boundary
1417             </li>
1418           </ul>
1419           <em>User Interface</em>
1420           <ul>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1423               doesn't reselect a specific sequence's associated
1424               annotation after it was used for colouring a view
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1428               opened on a region of alignment without groups
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1432               of an alignment with overlapping groups
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1436               name and description match
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1440               hidden regions results in incorrect hidden regions
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1444               changing colour does not apply Conservation slider value
1445               to all groups
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1449               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1453               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1457               gaps before start of features
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1461               restored to UI when feature colour is edited
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1465               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1469               as graduate feature colour settings are modified via the
1470               dialog box
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1474               when a group defined on the alignment is resized
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1478               wrapped view result in positional status updates
1479             </li>
1480
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1483               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1487               alignment included gapped columns
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1491               widgets don't permanently disappear
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1495               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1496               T-Coffee column reliability scores)
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1500               sequence feature on gaps only
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1504               button from a Find inherit previously defined feature type
1505               rather than the Find query string
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1509               exporting tree calculated in Jalview
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1513               and then revealing them reorders sequences on the
1514               alignment
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1518               doesn't update to reflect available set of groups after
1519               interactively adding or modifying features
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1523               Linux
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1527               only excluded gaps in current sequence and ignored
1528               selection.
1529             </li>
1530           </ul>
1531           <em>Rendering</em>
1532           <ul>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1535               erratically when hidden rows or columns are present
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1539               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1540               sequence colouring
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1544               colour and group colour menu for protein alignments
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1548               reflect currently selected view or group's shading
1549               thresholds
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1553               when rendered on overview and structures when opacity at
1554               100%
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1558               overview when features overlaid on alignment
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1562               recovered correctly from Jalview project file
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1566               (automatically via preferences) are different to the main
1567               alignment panel
1568             </li>
1569           </ul>
1570           <em>Data import/export</em>
1571           <ul>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1574               load
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1578               added after a sequence was imported are not written to
1579               Stockholm File
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1583               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1587               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1591               with lightGray or darkGray via features file (but can
1592               specify lightgray)
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1596               when alignment view imported from project
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1600               structure and sequences extracted from structure files
1601               imported via URL and viewed in Jmol
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1605               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1606               the project is loaded and the structure viewed
1607             </li>
1608           </ul>
1609           <em>Web Services</em>
1610           <ul>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1613               release of Ensembl v.88
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1617               appear enabled in Preferences->Connections
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1621               removed from console output
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1625               Ensembl by Peptide ID
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1629               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1630               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1631               due to 'null' string rather than empty string used for
1632               residues with no corresponding PDB mapping).
1633             </li>
1634           </ul>
1635           <em>Application UI</em>
1636           <ul>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1639               menu
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1643               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1644               new documentation and tooltips added)
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1648               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1652               new features are added to alignment
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1656               changes to feature colours via the Amend features dialog
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1660               edit graduated feature colour via amend features dialog
1661               box
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1665               selection menu changes colours of alignment views
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1669               from alignment calculation workers after alignment has
1670               been closed
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1674               groups now 'Create Group'
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1678               Create/Undefine group doesn't always work
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1682               shown again after pressing 'Cancel'
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1686               adjusts start position in wrap mode
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1690               ambiguous amino acids
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1694               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1695               proteins
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1699               Defined' don't appear in Colours menu
1700             </li>
1701           </ul>
1702           <em>Applet</em>
1703           <ul>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1706               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1710               overview or linked structure view
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1714               work (since 2.8)
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1718               user-defined colourscheme doesn't restore original
1719               colourscheme
1720             </li>
1721           </ul>
1722           <em>Test Suite</em>
1723           <ul>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1726               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1730               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1731               problems with deep array comparison equality asserts in
1732               successive versions of TestNG
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1736               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1737             </li>
1738           </ul>
1739           <em>New Known Issues</em>
1740           <ul>
1741             <li>
1742               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1743               phase after a sequence motif find operation
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1747               containing just upper and lower case letters are
1748               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1752               reliably from eggnog Ortholog database
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1756               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1757               to mark columns containing highlighted regions.
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1761               doesn't always add secondary structure annotation.
1762             </li>
1763           </ul>
1764         </div>
1765     <tr>
1766       <td width="60" nowrap>
1767         <div align="center">
1768           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1769         </div>
1770       </td>
1771       <td><div align="left">
1772           <em>General</em>
1773           <ul>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1776               for all consensus calculations
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1780               3rd Oct 2016)
1781             </li>
1782             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1783               for 2016-2017</li>
1784           </ul>
1785           <em>Application</em>
1786           <ul>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1789               set of database cross-references, sorted alphabetically
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1793               from database cross references. Users with custom links
1794               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1795                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1799               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1800               Chimera session
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1804               the Chimera it is connected to is shut down
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1808               columns menu item to mark columns containing highlighted
1809               regions (e.g. from structure selections or results of a
1810               Find operation)
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1814               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1815               MSAviewer
1816             </li>
1817           </ul>
1818         </div></td>
1819       <td>
1820         <div align="left">
1821           <em>General</em>
1822           <ul>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1825               are not coloured or thresholded according to percent
1826               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1830               hydrophobic
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1834               threshold, amino acid properties)
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1838               reported as mapped to residues in a structure file in the
1839               View Mapping report
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1843               could be added multiple times to a sequence
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1847               bond features shown as two highlighted residues rather
1848               than a range in linked structure views, and treated
1849               correctly when selecting and computing trees from features
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1853               cross-references are matched to database name regardless
1854               of case
1855             </li>
1856
1857           </ul>
1858           <em>Application</em>
1859           <ul>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1862               names without regular expressions also offer links from
1863               Sequence ID
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1867               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1868               update Jalview configuration
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1872               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1876               files with similarly named sequences if dropped onto the
1877               alignment
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1881               entries where more chains exist in the PDB accession than
1882               are reported in the SIFTS file
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1886               the structure view when displayed with Chimera
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1890               panel's View->Show Chains submenu
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1894               work for wrapped alignment views
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1898               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1902               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1903               first annotation row
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1907               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1911               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1912             </li>
1913             <!-- JAL-2319 -->
1914             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1915             coordindate data
1916             </li>
1917           </ul>
1918           <!--           <em>New Known Issues</em>
1919           <ul>
1920             <li></li>
1921           </ul> -->
1922         </div>
1923       </td>
1924     </tr>
1925     <td width="60" nowrap>
1926       <div align="center">
1927         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1928           <em>25/10/2016</em></strong>
1929       </div>
1930     </td>
1931     <td><em>Application</em>
1932       <ul>
1933         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1934           view if structures already loaded</li>
1935         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1936           structure views</li>
1937       </ul></td>
1938     <td>
1939       <div align="left">
1940         <em>General</em>
1941         <ul>
1942           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1943             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1944           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1945             example sequences/projects/trees</li>
1946         </ul>
1947         <em>Application</em>
1948         <ul>
1949           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1950             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1951           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1952             without timeout for structures with multiple models or
1953             multiple sequences in alignment</li>
1954           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1955             PDB ID HEADER line</li>
1956           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1957             is performed</li>
1958           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1959             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1960           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1961           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1962             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1963             option</li>
1964           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1965             is created on the alignment</li>
1966           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1967             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1968             pop-up menu</li>
1969         </ul>
1970         <em>Build and deployment</em>
1971         <ul>
1972           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1973             tags</li>
1974         </ul>
1975         <em>New Known Issues</em>
1976         <ul>
1977           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1978             on Windows</li>
1979         </ul>
1980       </div>
1981     </td>
1982     </tr>
1983     <tr>
1984       <td width="60" nowrap>
1985         <div align="center">
1986           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1987         </div>
1988       </td>
1989       <td><em>General</em>
1990         <ul>
1991           <li>
1992             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1993           </li>
1994           <li>
1995             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1996             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1997             better PDB parsing.
1998           </li>
1999           <li>
2000             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2001             reference sequence
2002           </li>
2003           <li>
2004             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2005             mousing over sequence associated annotation
2006           </li>
2007           <li>
2008             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2009             for manual entry
2010           </li>
2011           <li>
2012             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2013             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2014             for each column
2015           </li>
2016           <li>
2017             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2018             showing or hiding columns containing a feature
2019           </li>
2020           <li>
2021             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2022             group and sequence associated annotation labels
2023           </li>
2024           <li>
2025             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2026             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2027             dialogs
2028           </li>
2029
2030         </ul> <em>Application</em>
2031         <ul>
2032           <li>
2033             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2034             gene/transcript view
2035           </li>
2036           <li>
2037             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2038             dialog
2039           </li>
2040           <li>
2041             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2042             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2043           </li>
2044           <li>
2045             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2046             Pfam sources to xfam.org
2047           </li>
2048           <li>
2049             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2050           </li>
2051           <li>
2052             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2053             over sequences in Jalview
2054           </li>
2055           <li>
2056             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2057             regions in ENA and EMBL
2058           </li>
2059           <li>
2060             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2061             for record retrieval via ENA rest API
2062           </li>
2063           <li>
2064             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2065             complement operator
2066           </li>
2067           <li>
2068             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2069             groovy script execution
2070           </li>
2071           <li>
2072             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2073             alignment window's Calculate menu
2074           </li>
2075           <li>
2076             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2077             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2078           </li>
2079           <li>
2080             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2081             calculation workers from groovy scripts
2082           </li>
2083           <li>
2084             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2085             Jalview projects
2086           </li>
2087           <li>
2088             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2089             associations are now saved/restored from project
2090           </li>
2091           <li>
2092             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2093             before sequence fetcher is opened
2094           </li>
2095           <li>
2096             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2097             database chooser opens a sequence fetcher
2098           </li>
2099           <li>
2100             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2101             the UniProt REST API
2102           </li>
2103           <li>
2104             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2105             the news reader opening
2106           </li>
2107           <li>
2108             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2109             querying stored in preferences
2110           </li>
2111           <li>
2112             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2113             search results
2114           </li>
2115           <li>
2116             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2117           </li>
2118           <li>
2119             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2120             menu for nucleotide sequences
2121           </li>
2122           <li>
2123             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2124             and feature counts preserves alignment ordering (and
2125             debugged for complex feature sets).
2126           </li>
2127           <li>
2128             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2129             viewing structures with Jalview 2.10
2130           </li>
2131           <li>
2132             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2133             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2134             Ensembl Genomes REST API
2135           </li>
2136           <li>
2137             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2138             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2139             (Ensembl)
2140           </li>
2141           <li>
2142             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2143             sequences
2144           </li>
2145           <li>
2146             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2147             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2148             data from external database records.
2149           </li>
2150           <li>
2151             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2152             efficient recovery of sequence coding and alignment
2153             annotation relationships.
2154           </li>
2155         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2156         <ul>
2157           <li>
2158             -- JAL---
2159           </li>
2160         </ul> --></td>
2161       <td>
2162         <div align="left">
2163           <em>General</em>
2164           <ul>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2167               menu on OSX
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2171               includes graduated colourschemes
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2175               working with big alignments and lots of hidden columns
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2179               at right of alignment window
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2183               contents
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2187               for DNA alignments
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2191               based tree calculation
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2195               unconserved enabled for group on alignment
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2199               set as reference
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2203               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2204               annotation
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2208               hidden columns present
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2212               user created annotation added to alignment
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2216               '()' base pair annotation
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2220               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2221               Consensus
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2225               feature not working
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2229               beginning of sequence
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2233               entry 3a6s
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2237               from a tree when t-coffee scores are shown
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2241               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2245               some structures
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2249               to Clustal, PIR and PileUp output
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2253               not visible causes alignment window to repaint
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2257               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2258               scores associated with features and annotation rows
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2262               calculation should be case independent
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2266               columns
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2270               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2271               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2275               problems when reference sequence defined and 'show
2276               non-conserved' enabled
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2280               load even when Consensus calculation is disabled
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2284               alignment does nothing
2285             </li>
2286           </ul>
2287           <em>Application</em>
2288           <ul>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2291               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2292               yet fixed for El Capitan)
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2296               output when running on non-gb/us i18n platforms
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2300               hidden sequences as flat-file alignment
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2304               launching Chimera
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2308               (also hotfix for 2.9.0b2)
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2312               reference sequence defined
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2316               alignments and views when revealing hidden columns
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2320               view in a cDNA/Protein splitframe
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2324               sequence from project when only one sequence is
2325               represented
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2329               in Structure Chooser
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2333               structure consensus didn't refresh annotation panel
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2337               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2341               dialogs format columns correctly, don't display array
2342               data, sort columns according to type
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2346               file chooser is cancelled during an image export
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2350               sequence name containing special characters
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2354               case insensitive
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2358               formatting don't wrap
2359             </li>
2360             <li>
2361               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2362               truncated so L looks like I in consensus annotation
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2366               currently displayed features for the current selection or
2367               view
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2371               after fetching cross-references, and restoring from
2372               project
2373             </li>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2376               followed in the structure viewer
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2380               splitframe not restored from project
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2384               trailing end of protein alignment in transcript/product
2385               splitview when pad-gaps not enabled by default
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2389               is case dependent
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2393               article has been read (reopened issue due to
2394               internationalisation problems)
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2398               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2399               cross-references
2400             </li>
2401
2402             <li>
2403               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2404               alignment as HTML
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2408               multiple structures are shown for one or more sequences.
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2412               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2413               is enabled.
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2417               specific PDB id for sequence
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2421               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2422               columns' is disabled.
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2426               selects lowest rather than highest resolution structures
2427               for each sequence
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2431               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2435               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2439               after clicking on it to create new annotation for a
2440               column.
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2444               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2445             </li>
2446             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2447             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2448           </ul>
2449           <em>Applet</em>
2450           <ul>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2453               hidden columns present before start of sequence
2454             </li>
2455             <li>
2456               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2457               (JSON jars)
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2461               sequences are hidden in applet
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2465               deployment on examples pages.
2466             </li>
2467           </ul>
2468         </div>
2469       </td>
2470     </tr>
2471     <tr>
2472       <td width="60" nowrap>
2473         <div align="center">
2474           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2475             <em>16/10/2015</em></strong>
2476         </div>
2477       </td>
2478       <td><em>General</em>
2479         <ul>
2480           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2481             jars</li>
2482         </ul></td>
2483       <td>
2484         <div align="left">
2485           <em>Application</em>
2486           <ul>
2487             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2488               shown when tree is partitioned</li>
2489             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2490               multiple cDNA/Protein split views</li>
2491           </ul>
2492         </div>
2493       </td>
2494     </tr>
2495     <tr>
2496       <td width="60" nowrap>
2497         <div align="center">
2498           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2499             <em>8/10/2015</em></strong>
2500         </div>
2501       </td>
2502       <td><em>General</em>
2503         <ul>
2504           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2505             2.9</li>
2506         </ul> <em>Application</em>
2507         <ul>
2508           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2509           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2510           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2511         </ul> <em>Applet</em>
2512         <ul>
2513           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2514         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2515         <ul>
2516           <li>
2517             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2518             suite
2519           </li>
2520         </ul></td>
2521       <td>
2522         <div align="left">
2523           <em>General</em>
2524           <ul>
2525             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2526               incorrect when sequence start > 1</li>
2527             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2528               documentation</li>
2529             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2530             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2531               loading a features file containing HTML tags in feature
2532               description</li>
2533
2534           </ul>
2535           <em>Application</em>
2536           <ul>
2537             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2538               reimport</li>
2539             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2540               with 'trim retrieved sequences'</li>
2541             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2542               deleting selected columns</li>
2543             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2544               JNLP templates for webstart launch</li>
2545             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2546               unreleased structures for download or viewing</li>
2547             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2548               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2549             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2550               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2551             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2552               recovered from jalview project</li>
2553             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2554               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2555               alignment view</li>
2556             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2557               color schemes from BioJSON</li>
2558           </ul>
2559           <em>Applet</em>
2560           <ul>
2561             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2562               frame</li>
2563             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2564           </ul>
2565         </div>
2566       </td>
2567     </tr>
2568     <tr>
2569       <td><div align="center">
2570           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2571         </div></td>
2572       <td><em>General</em>
2573         <ul>
2574           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2575             alignments:
2576             <ul>
2577               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2578                 and DNA alignment views</li>
2579               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2580                 cDNA alignment views</li>
2581               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2582                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2583               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2584                 protein sequences</li>
2585             </ul>
2586           </li>
2587           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2588           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2589             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2590           <li>New alignment annotation file statements for
2591             reference sequences and marking hidden columns</li>
2592           <li>Reference sequence based alignment shading to
2593             highlight variation</li>
2594           <li>Select or hide columns according to alignment
2595             annotation</li>
2596           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2597           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2598             acid conservation row</li>
2599           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2600         </ul> <em>Application</em>
2601         <ul>
2602           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2603             <ul>
2604               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2605                 view with cDNA/Protein</li>
2606               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2607                 sequences are placed in the same alignment</li>
2608               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2609                 projects</li>
2610             </ul>
2611           </li>
2612
2613           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2614           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2615             Jalview windows</li>
2616
2617           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2618           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2619           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2620             be shown in VARNA</li>
2621
2622           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2623             as the active selected region</li>
2624
2625           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2626             similarity</li>
2627           <li>New Export options
2628             <ul>
2629               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2630                 region export in flat file generation</li>
2631
2632               <li>Export alignment views for display with the <a
2633                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2634
2635               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2636               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2637                 alignment figures to HTML</li>
2638           </li>
2639           <li>3D structure retrieval and display
2640             <ul>
2641               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2642                 Search API</li>
2643               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2644                 PDB structures for a sequence set</li>
2645             </ul>
2646           </li>
2647
2648           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2649             predictions</li>
2650           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2651             for one or a group of sequences</li>
2652           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2653             from the JPred4 web server</li>
2654           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2655             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2656             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2657           </li>
2658           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2659             VARNA 2D Structure'</li>
2660           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2661             Structure ..."</li>
2662
2663         </ul> <em>Applet</em>
2664         <ul>
2665           <li>New layout for applet example pages</li>
2666           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2667             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2668           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2669             Protein alignments</li>
2670         </ul> <em>Development and deployment</em>
2671         <ul>
2672           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2673           <li>Include installation type and git revision in build
2674             properties and console log output</li>
2675           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2676             storing BioJsMSA Templates</li>
2677           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2678         </ul></td>
2679       <td>
2680         <!-- <em>General</em>
2681         <ul>
2682         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2683         <ul>
2684           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2685           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2686           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2687             predictions are not highlighted in amber</li>
2688           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2689             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2690           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2691             associated structure views</li>
2692           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2693             width checkbox not enabled</li>
2694           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2695             creating user defined colours</li>
2696           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2697             mappings for just that viewer's sequences</li>
2698           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2699             multiple models in Chimera</li>
2700           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2701             over Jmol structure</li>
2702           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2703             output to text box</li>
2704           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2705             have incorrect sequence start/end</li>
2706           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2707             Jalview fails</li>
2708           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2709             work for nucleotide</li>
2710           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2711             to a grey/invisible alignment window</li>
2712           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2713             imports to different position</li>
2714           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2715             on some platforms</li>
2716           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2717             populated</li>
2718           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2719             console if Chimera has been opened</li>
2720           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2721           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2722             retrieved</li>
2723           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2724           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2725             either sequence shows on first structure</li>
2726           <li>'Show annotations' options should not make
2727             non-positional annotations visible</li>
2728           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2729             in right place after 'view flanking regions'</li>
2730           <li>File Save As type unset when current file format is
2731             unknown</li>
2732           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2733             projects</li>
2734           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2735             responsive</li>
2736           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2737             several views on same alignment</li>
2738           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2739           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2740             spaces</li>
2741         </ul> <em>Applet</em>
2742         <ul>
2743           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2744           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2745             descriptions containing angle brackets</li>
2746         </ul> <em>General</em>
2747         <ul>
2748           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2749             via jalview annotation file</li>
2750           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2751             with RNA secondary structure</li>
2752           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2753             translation doesn't work.</li>
2754           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2755           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2756             positions</li>
2757           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2758             choosing 1pt font</li>
2759           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2760             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2761             'h'</li>
2762           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2763             new feature</li>
2764           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2765             order dependent</li>
2766           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2767             sequences</li>
2768           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2769         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2770         <ul>
2771           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2772             www.jalview.org</li>
2773         </ul> <em>Application Known issues</em>
2774         <ul>
2775           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2776           <li>Misleading message appears after trying to delete
2777             solid column.</li>
2778           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2779             version launches</li>
2780           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2781             fails with a sequence mismatch</li>
2782           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2783             scrolling alignment to right</li>
2784           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2785             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2786           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2787             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2788           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2789             ultra-high resolution</li>
2790           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2791             quality and conservation</li>
2792           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2793             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2794         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2795         <ul>
2796           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2797           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2798             window is being resized</li>
2799
2800         </ul>
2801       </td>
2802     </tr>
2803     <tr>
2804       <td><div align="center">
2805           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2806         </div></td>
2807       <td><em>General</em>
2808         <ul>
2809           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2810             Certum.PL.</li>
2811           <li>Features and annotation preserved when performing
2812             pairwise alignment</li>
2813           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2814             imported/exported/displayed</li>
2815           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2816             protein secondary structure</li>
2817           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2818               post-hoc with 2.9 release</em>)
2819           </li>
2820
2821         </ul> <em>Application</em>
2822         <ul>
2823           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2824             with 3D structures</li>
2825           <li>Support for parsing RNAML</li>
2826           <li>Annotations menu for layout
2827             <ul>
2828               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2829               <li>place sequence annotation above/below alignment
2830                 annotation</li>
2831             </ul>
2832           <li>Output in Stockholm format</li>
2833           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2834             translation</li>
2835           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2836           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2837             shared between alignments</li>
2838           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2839             Jalview</li>
2840           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2841             all or current selection</li>
2842           <li>disorder and secondary structure predictions
2843             available as dataset annotation</li>
2844           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2845
2846
2847           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2848             alignments from Rfam</li>
2849           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2850
2851           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2852             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2853           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2854           <li>include installation type in build properties and
2855             console log output</li>
2856           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2857             annotation</li>
2858         </ul></td>
2859       <td>
2860         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2861         <ul>
2862           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2863             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2864           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2865             alignment</li>
2866           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2867           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2868           <li>Double click on sequence associated annotation
2869             selects only first column</li>
2870           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2871             leaves shown in tree</li>
2872           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2873             properly</li>
2874           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2875           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2876             screen and buttons not visible</li>
2877           <li>author list isn't updated if already written to
2878             Jalview properties</li>
2879           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2880             from database</li>
2881           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2882           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2883             browser search window</li>
2884           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2885             in feature settings dialog</li>
2886           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2887             desktop</li>
2888           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2889             pass validation</li>
2890           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2891             fit on screen</li>
2892           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2893             tooltip</li>
2894           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2895             defined user preset</li>
2896           <li>MSA web services warns user if they were launched
2897             with invalid input</li>
2898           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2899             Java 8</li>
2900           <li>
2901             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2902             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2903             created
2904           </li>
2905
2906         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2907         <ul>
2908         </ul> <em>General</em>
2909         <ul>
2910         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2911         <ul>
2912           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2913             memory allocation</li>
2914           <li>launchApp service doesn't automatically open
2915             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2916           <li>
2917             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2918             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2919             1.7_055 is available
2920           </li>
2921         </ul> <em>Application Known issues</em>
2922         <ul>
2923           <li>
2924             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2925             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2926             alignment to right
2927           </li>
2928           <li>
2929             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2930             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2931             with large number of ID
2932           </li>
2933           <li>
2934             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2935             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2936             start/end
2937           </li>
2938           <li>
2939             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2940             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2941             structure tracks are rearranged
2942           </li>
2943           <li>
2944             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2945             invalid rna structure positional highlighting does not
2946             highlight position of invalid base pairs
2947           </li>
2948           <li>
2949             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2950             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2951             project from alignment window file menu
2952           </li>
2953           <li>
2954             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2955             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2956             structures
2957           </li>
2958           <li>
2959             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2960             colour by RNA Helices not enabled when user created
2961             annotation added to alignment
2962           </li>
2963           <li>
2964             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2965             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2966           </li>
2967         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2968         <ul>
2969           <li>
2970             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2971             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2972           </li>
2973           <li>
2974             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2975             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2976           </li>
2977
2978           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2979             when selected</li>
2980         </ul>
2981       </td>
2982     </tr>
2983     <tr>
2984       <td><div align="center">
2985           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2986         </div></td>
2987       <td>
2988         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2989         <em>General</em>
2990         <ul>
2991           <li>Internationalisation of user interface (usually
2992             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2993           <li>Define/Undefine group on current selection with
2994             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2995           <li>Improved group creation/removal options in
2996             alignment/sequence Popup menu</li>
2997           <li>Sensible precision for symbol distribution
2998             percentages shown in logo tooltip.</li>
2999           <li>Annotation panel height set according to amount of
3000             annotation when alignment first opened</li>
3001         </ul> <em>Application</em>
3002         <ul>
3003           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3004             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3005           <li>Select columns containing particular features from
3006             Feature Settings dialog</li>
3007           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3008             sequences</li>
3009           <li>Update Jalview project format:
3010             <ul>
3011               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3012               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3013                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3014               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3015                 colouring</li>
3016             </ul>
3017           </li>
3018           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3019             (PAM250)</li>
3020           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3021             flanking regions for an alignment</li>
3022         </ul>
3023       </td>
3024       <td>
3025         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3026         <ul>
3027           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3028             running after job is cancelled</li>
3029           <li>cannot export features from alignments imported from
3030             Jalview/VAMSAS projects</li>
3031           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3032             float values</li>
3033           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3034             have 'display all symbols' flag set</li>
3035           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3036             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3037           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3038             Jalview</li>
3039           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3040             Lion/Webstart</li>
3041           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3042           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3043           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3044             alignment onto desktop</li>
3045           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3046             'extract scores' function</li>
3047           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3048             alignment window</li>
3049           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3050             performing IUPred disorder prediction</li>
3051           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3052             changing 'normalise logo' display setting</li>
3053           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3054             nothing matches query</li>
3055           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3056             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3057           </li>
3058           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3059             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3060           </li>
3061           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3062             Jalview's menu</li>
3063           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3064             'invalid literal/length code'</li>
3065           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3066             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3067           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3068             colourscheme</li>
3069
3070         </ul> <em>Applet</em>
3071         <ul>
3072           <li>Remove group option is shown even when selection is
3073             not a group</li>
3074           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3075             don't affect groups</li>
3076           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3077             colourscheme name</li>
3078           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3079             Annotation panel is not displayed</li>
3080           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3081             embedded windows</li>
3082         </ul> <em>Other</em>
3083         <ul>
3084           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3085             single sequence were not calculated</li>
3086           <li>annotation files that contain only groups imported as
3087             annotation and junk sequences</li>
3088           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3089             recognised as PFAM or BLC</li>
3090           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3091             doesn't affect background (2.8.0b1)
3092           <li></li>
3093           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3094           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3095             trailing gaps</li>
3096           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3097             registered correctly on import</li>
3098           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3099             certain alignments</li>
3100           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3101             existing annotation based 'use original colours'
3102             colourscheme loses original colours setting</li>
3103         </ul>
3104       </td>
3105     </tr>
3106     <tr>
3107       <td><div align="center">
3108           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3109             <em>30/1/2014</em></strong>
3110         </div></td>
3111       <td>
3112         <ul>
3113           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3114             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3115             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3116             open source project).
3117           </li>
3118           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3119           <li>Output in Stockholm format</li>
3120           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3121           <li>Export/import group and sequence associated line
3122             graph thresholds</li>
3123           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3124             ambiguity codes</li>
3125           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3126             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3127             works</li>
3128           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3129         </ul> <em>Other improvements</em>
3130         <ul>
3131           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3132           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3133             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3134           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3135             files</li>
3136           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3137           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3138             link but no description</li>
3139           <li>Select primary source when selecting authority in
3140             database fetcher GUI</li>
3141           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3142             Jalview</li>
3143           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3144         </ul>
3145       </td>
3146       <td>
3147         <ul>
3148           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3149             displayed</li>
3150           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3151             secondary structure annotation line</li>
3152           <li>Sequence database accessions not imported when
3153             fetching alignments from Rfam</li>
3154           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3155             identical IDs</li>
3156           <li>View all structures does not always superpose
3157             structures</li>
3158           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3159             reflect user or preset settings</li>
3160           <li>Null pointer exceptions for some services without
3161             presets or adjustable parameters</li>
3162           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3163             discover PDB xRefs</li>
3164           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3165             features with DAS</li>
3166           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3167             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3168           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3169             residue follows a gap</li>
3170           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3171             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3172           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3173             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3174           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3175             annotation already exists on alignment</li>
3176           <li>oninit javascript function should be called after
3177             initialisation completes</li>
3178           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3179             alignment window display</li>
3180           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3181           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3182             to annotation file</li>
3183           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3184             groups created</li>
3185           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3186             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3187           <li>Pressing return several times causes Number Format
3188             exceptions in keyboard mode</li>
3189           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3190             correct partitions for input data</li>
3191           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3192           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3193           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3194           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3195             mode</li>
3196           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3197             changes one row&#39;s threshold</li>
3198           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3199             doesn&#39;t open</li>
3200           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3201             quality histograms</li>
3202         </ul>
3203       </td>
3204     </tr>
3205     <tr>
3206       <td><div align="center">
3207           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3208         </div></td>
3209       <td><em>Application</em>
3210         <ul>
3211           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3212             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3213           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3214             preferences</li>
3215           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3216             in Jalview alignment window</li>
3217           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3218             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3219           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3220             RNA and ambiguity codes</li>
3221
3222           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3223           <li>Support fetching and database reference look up
3224             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3225             refs')</li>
3226           <li>Jalview project improvements
3227             <ul>
3228               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3229                 flag for annotation</li>
3230               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3231                 alignment</li>
3232               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3233                 Jalview project</li>
3234
3235             </ul>
3236           </li>
3237           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3238           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3239             running</li>
3240           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3241           <li>visual indication that web service results are still
3242             being retrieved from server</li>
3243           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3244             starts up for first time</li>
3245           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3246             services</li>
3247           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3248             client library</li>
3249           <li>Examples directory and Groovy library included in
3250             InstallAnywhere distribution</li>
3251         </ul> <em>Applet</em>
3252         <ul>
3253           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3254             visualization applet example</li>
3255         </ul> <em>General</em>
3256         <ul>
3257           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3258           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3259             defaults</li>
3260           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3261             calculation</li>
3262           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3263             matrices
3264           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3265             in HTML</li>
3266           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3267             structure contacts</li>
3268           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3269           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3270           <li>Parse sequence associated secondary structure
3271             information in Stockholm files</li>
3272           <li>HTML Export database accessions and annotation
3273             information presented in tooltip for sequences</li>
3274           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3275             style RNA alignment files</li>
3276           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3277             alignment</li>
3278           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3279             shade each sequence according to its associated alignment
3280             annotation</li>
3281           <li>New Jalview Logo</li>
3282         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3283         <ul>
3284           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3285           <li>New Website!</li>
3286         </ul></td>
3287       <td><em>Application</em>
3288         <ul>
3289           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3290             wsdbfetch REST service</li>
3291           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3292           <li>Filetype associations not installed for webstart
3293             launch</li>
3294           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3295             job execution in full once it is complete</li>
3296           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3297             uploaded via ali_file parameter</li>
3298           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3299           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3300           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3301             submitted for prediction</li>
3302           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3303             desktop window</li>
3304           <li>Putting fractional value into integer text box in
3305             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3306           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3307             windows 7</li>
3308           <li>View all structures fails with exception shown in
3309             structure view</li>
3310           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3311             escaped in a platform independent way</li>
3312           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3313             using proxy</li>
3314           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3315             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3316           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3317             failure when java web start temporary file caching is
3318             disabled</li>
3319           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3320             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3321           <li>Errors during processing of command line arguments
3322             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3323           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3324             DAS sources in sequence fetcher</li>
3325           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3326             dialog is shown</li>
3327           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3328           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3329           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3330           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3331             on OSX Mountain Lion</li>
3332           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3333             sequences with alignment annotation are pasted into the
3334             alignment</li>
3335           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3336             when loaded from Jalview project</li>
3337           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3338           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3339             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3340           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3341             associated with all views</li>
3342           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3343             annotation rows to new window</li>
3344         </ul> <em>Applet</em>
3345         <ul>
3346           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3347             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3348           <li>loading features via javascript API automatically
3349             enables feature display</li>
3350           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3351             work</li>
3352         </ul> <em>General</em>
3353         <ul>
3354           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3355           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3356             and then deselected</li>
3357           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3358           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3359             coloured with clustalx</li>
3360           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3361             exceptions and redraw errors</li>
3362           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3363             reconfigured view</li>
3364           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3365             colour</li>
3366           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3367             for lots of labels</li>
3368         </ul>
3369     </tr>
3370     <tr>
3371       <td>
3372         <div align="center">
3373           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3374         </div>
3375       </td>
3376       <td><em>Application</em>
3377         <ul>
3378           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3379           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3380           <li>View/alignment association menu to enable user to
3381             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3382             its colours/correspondences from</li>
3383           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3384           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3385             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3386           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3387           <li>Annotation row column label formatting attributes
3388             stored in project file</li>
3389           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3390             rows preserved in Jalview project file</li>
3391           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3392             saved using Desktop window menu</li>
3393           <li>Visual indication that command line arguments are
3394             still being processed</li>
3395           <li>Groovy script execution from URL</li>
3396           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3397             preferences</li>
3398           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3399             alignment with sequences that have high similarity and
3400             matching IDs</li>
3401           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3402           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3403             structures in same window</li>
3404           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3405           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3406             analysis function in its own submenu</li>
3407         </ul> <em>Applet</em>
3408         <ul>
3409           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3410             groups</li>
3411           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3412           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3413           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3414           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3415           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3416             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3417           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3418           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3419             parameters are treated as such</li>
3420           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3421             <ul>
3422               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3423               <li>Javascript callbacks for
3424                 <ul>
3425                   <li>Applet initialisation</li>
3426                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3427                 </ul>
3428               </li>
3429               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3430                 functions</li>
3431               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3432               <li>javascript structure viewer harness to pass
3433                 messages between Jmol and Jalview when running as
3434                 distinct applets</li>
3435               <li>sortBy method</li>
3436               <li>Set of applet and application examples shipped
3437                 with documentation</li>
3438               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3439                 javascript message exchange</li>
3440             </ul>
3441         </ul> <em>General</em>
3442         <ul>
3443           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3444             multiple alignments</li>
3445           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3446           <li>User configurable link to enable redirects to a
3447             www.Jalview.org mirror</li>
3448           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3449           <li>Configurable newline string when writing alignment
3450             and other flat files</li>
3451           <li>Allow alignment annotation description lines to
3452             contain html tags</li>
3453         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3454         <ul>
3455           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3456             examples</li>
3457           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3458             using a web service before displaying the result in the
3459             Jalview desktop</li>
3460           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3461           <li>Ant target to publish example html files with applet
3462             archive</li>
3463           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3464           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3465         </ul></td>
3466       <td><em>Application</em>
3467         <ul>
3468           <li>User defined colourscheme throws exception when
3469             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3470           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3471             dialog for valid filename/format</li>
3472           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3473           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3474             P37173</li>
3475           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3476             which sequence is to be associated with the file</li>
3477           <li>Find All raises null pointer exception when query
3478             only matches sequence IDs</li>
3479           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3480           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3481             2.4 cannot be loaded</li>
3482           <li>Filetype associations not installed for webstart
3483             launch</li>
3484           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3485             with sequences in different alignments do not get coloured
3486             by their associated sequence</li>
3487           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3488             not preserved when project is loaded</li>
3489           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3490             stored in Jalview project</li>
3491           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3492             Jalview project</li>
3493           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3494           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3495             by conservation</li>
3496           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3497             created on new view</li>
3498           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3499             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3500           <li>Alignment quality not updated after alignment
3501             annotation row is hidden then shown</li>
3502           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3503             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3504           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3505             properly</li>
3506           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3507             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3508           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3509           <li>Structures imported from file and saved in project
3510             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3511           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3512             job execution in full once it is complete</li>
3513         </ul> <em>Applet</em>
3514         <ul>
3515           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3516             annotation rows are displayed</li>
3517           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3518             codebase</li>
3519           <li>View follows highlighting does not work for positions
3520             in sequences</li>
3521           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3522           <li>Export features raises exception when no features
3523             exist</li>
3524           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3525             for javascript api is modified when separator string
3526             provided as parameter</li>
3527           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3528             alignment with no existing selection</li>
3529           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3530             to applet&#39;s codebase</li>
3531           <li>Status bar not updated after finished searching and
3532             search wraps around to first result</li>
3533           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3534             several Jalview applets causes race conditions and memory
3535             leaks</li>
3536           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3537             not sent from Jmol in applet</li>
3538           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3539             applet API fatally hang browser</li>
3540         </ul> <em>General</em>
3541         <ul>
3542           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3543             position with wrapped view and hidden regions</li>
3544           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3545             with/without hidden columns</li>
3546           <li>Sequence length given in alignment properties window
3547             is off by 1</li>
3548           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3549             import PDB like structure files</li>
3550           <li>Positional search results are only highlighted
3551             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3552           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3553           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3554             given sequence position</li>
3555           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3556             output</li>
3557           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3558             from nucleotide chains correctly</li>
3559           <li>Structure colours not updated when tree partition
3560             changed in alignment</li>
3561           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3562             parsed in interleaved stockholm</li>
3563           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3564             state</li>
3565           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3566             properly</li>
3567           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3568             properly associated with their pdb files</li>
3569         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3570         <ul>
3571           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3572             ApplyCopyright tool</li>
3573         </ul></td>
3574     </tr>
3575     <tr>
3576       <td>
3577         <div align="center">
3578           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3579         </div>
3580       </td>
3581       <td><em>Application</em>
3582         <ul>
3583           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3584             contact web services</li>
3585           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3586             service job window</li>
3587           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3588         </ul></td>
3589       <td>
3590         <ul>
3591           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3592             pir file emitted by Jalview</li>
3593           <li>Existing feature settings transferred to new
3594             alignment view created from cut'n'paste</li>
3595           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3596             parsing PDB files</li>
3597           <li>Consensus and conservation annotation rows
3598             occasionally become blank for all new windows</li>
3599           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3600             in wrapped view mode</li>
3601         </ul> <em>Application</em>
3602         <ul>
3603           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3604             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3605           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3606             parameter names</li>
3607           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3608             is down</li>
3609         </ul>
3610       </td>
3611     </tr>
3612     <tr>
3613       <td>
3614         <div align="center">
3615           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3616         </div>
3617       </td>
3618       <td><em>Application</em>
3619         <ul>
3620           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3621             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3622             (JABAWS)
3623           </li>
3624           <li>Web Services preference tab</li>
3625           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3626             preferences</li>
3627           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3628           <li>Superpose structures using associated sequence
3629             alignment</li>
3630           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3631             viewer</li>
3632         </ul> <em>Applet</em>
3633         <ul>
3634           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3635             link out mechanism</li>
3636         </ul> <em>Other</em>
3637         <ul>
3638           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3639             series 12</li>
3640           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3641             require Java 1.5</li>
3642           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3643             sequence annotation files</li>
3644           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3645             type colour specification</li>
3646           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3647             script to check if it being run in an interactive session or
3648             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3649         </ul></td>
3650       <td>
3651         <ul>
3652           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3653             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3654         </ul> <em>Application</em>
3655         <ul>
3656           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3657             selected Regions menu item</li>
3658           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3659             part of a valid accession ID</li>
3660           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3661             runs out of memory</li>
3662           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3663             analysis results</li>
3664           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3665             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3666           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3667         </ul> <em>Applet</em>
3668         <ul>
3669           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3670             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3671             defined.</li>
3672         </ul>
3673       </td>
3674     </tr>
3675     <tr>
3676       <td>
3677         <div align="center">
3678           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3679         </div>
3680       </td>
3681       <td></td>
3682       <td>
3683         <ul>
3684           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3685             sequence IDs</li>
3686           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3687             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3688           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3689             import correctly</li>
3690           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3691             number of columns are hidden</li>
3692           <li>annotation label popup menu not providing correct
3693             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3694             present</li>
3695           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3696             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3697           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3698             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3699
3700         </ul> <em>Applet</em>
3701         <ul>
3702           <li>annotation panel disappears when annotation is
3703             hidden/removed</li>
3704         </ul> <em>Application</em>
3705         <ul>
3706           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3707             alignment opened where annotation panel is visible but no
3708             annotations are present on alignment</li>
3709           <li>pasted region containing hidden columns is
3710             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3711           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3712             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3713           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3714             selected Rregions menu item.</li>
3715           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3716             'Un' or 'Non'conserved</li>
3717           <li>Sequence feature settings are being shared by
3718             multiple distinct alignments</li>
3719           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3720             changed</li>
3721           <li>double click on group annotation to select sequences
3722             does not propagate to associated trees</li>
3723           <li>Mac OSX specific issues:
3724             <ul>
3725               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3726                 window background</li>
3727               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3728                 name set correctly</li>
3729               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3730                 save feature colourscheme button</li>
3731             </ul>
3732           </li>
3733         </ul>
3734       </td>
3735     </tr>
3736     <tr>
3737
3738       <td>
3739         <div align="center">
3740           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3741         </div>
3742       </td>
3743       <td><em>New Capabilities</em>
3744         <ul>
3745           <li>URL links generated from description line for
3746             regular-expression based URL links (applet and application)
3747
3748           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3749             menu</li>
3750           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3751             structures</li>
3752           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3753             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3754           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3755             average score or total feature count for each sequence.</li>
3756           <li>Shading features by score or associated description</li>
3757           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3758             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3759           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3760             hide everything but the currently selected region.</li>
3761           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3762         </ul> <em>Application</em>
3763         <ul>
3764           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3765             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3766           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3767             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3768           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3769             database references and protein_name is parsed as
3770             description line (BioSapiens terms).</li>
3771           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3772             references in sequence ID tooltip from View menu in
3773             application.</li>
3774           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3775       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3776           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3777             conservation plots</li>
3778           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3779             and visualized as sequence logos</li>
3780           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3781             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3782           </li>
3783           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3784             when a new tree is opened.</li>
3785           <li>Jalview Java Console</li>
3786           <li>Better placement of desktop window when moving
3787             between different screens.</li>
3788           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3789             consensus annotation</li>
3790           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3791             Workflows</li>
3792           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3793             <ul>
3794               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3795                 used to preserve views, structures, and tree display
3796                 settings)</li>
3797               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3798                 command line</li>
3799               <li>Sharing of selected regions between views and
3800                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3801               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3802             </ul></li>
3803         </ul> <em>Applet</em>
3804         <ul>
3805           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3806           <li>New Parameters
3807             <ul>
3808               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3809                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3810                 opened.</li>
3811               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3812                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3813               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3814                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3815               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3816                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3817                 view</li>
3818               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3819                 increase the height or width of a cell in the alignment
3820                 grid relative to the current font size.</li>
3821             </ul>
3822           </li>
3823           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3824             tooltip</li>
3825         </ul> <em>Other</em>
3826         <ul>
3827           <li>Features format: graduated colour definitions and
3828             specification of feature scores</li>
3829           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3830             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3831             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3832           <li>XML formats extended to support graduated feature
3833             colourschemes, group associated annotation, and profile
3834             visualization settings.</li></td>
3835       <td>
3836         <ul>
3837           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3838             rather than description</li>
3839           <li>Non-positional features are now included in sequence
3840             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3841             visibility in tooltip).</li>
3842           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3843           <li>Added URL embedding instructions to features file
3844             documentation.</li>
3845           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3846             'X' in peptide product</li>
3847           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3848             sequence ID and sequence string and query strings do not
3849             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3850           <li>AMSA files only contain first column of
3851             multi-character column annotation labels</li>
3852           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3853             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3854             exported and re-imported)</li>
3855           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3856             name</li>
3857           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3858             as subsequence matches, and correctly reports total number
3859             of both.</li>
3860           <li>Application:
3861             <ul>
3862               <li>Better handling of exceptions during sequence
3863                 retrieval</li>
3864               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3865                 link text excludes the start_end suffix</li>
3866               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3867                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3868               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3869               <li>Sequence description lines properly shared via
3870                 VAMSAS</li>
3871               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3872                 data sources</li>
3873               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3874                 completes before alignment figures are generated.</li>
3875               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3876                 first time.</li>
3877               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3878                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3879               <li>User defined group colours properly recovered
3880                 from Jalview projects.</li>
3881             </ul>
3882           </li>
3883         </ul>
3884       </td>
3885
3886     </tr>
3887     <tr>
3888       <td>
3889         <div align="center">
3890           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3891         </div>
3892       </td>
3893       <td>
3894         <ul>
3895           <li>Experimental support for google analytics usage
3896             tracking.</li>
3897           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3898         </ul>
3899       </td>
3900       <td>
3901         <ul>
3902           <li>Race condition in applet preventing startup in
3903             jre1.6.0u12+.</li>
3904           <li>Exception when feature created from selection beyond
3905             length of sequence.</li>
3906           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3907           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3908             all sequences with a given id</li>
3909           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3910             ID string searches</li>
3911           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3912             alignment to fail with exception</li>
3913         </ul> <em>Application Issues</em>
3914         <ul>
3915           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3916           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3917             data sources</li>
3918         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3919         <ul>
3920           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3921             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3922           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3923             version (java class versioning error fixed)</li>
3924         </ul>
3925       </td>
3926     </tr>
3927     <tr>
3928       <td>
3929
3930         <div align="center">
3931           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3932         </div>
3933       </td>
3934       <td><em>User Interface</em>
3935         <ul>
3936           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3937             translation and protein products</li>
3938           <li>Linked highlighting of structure associated with
3939             residue mapping to codon position</li>
3940           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3941             and 'clear' button</li>
3942           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3943             Tools menu</li>
3944           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3945             numeric data in description line</li>
3946           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3947           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3948             of sequence</li>
3949         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3950         <ul>
3951           <li>JPred3 web service</li>
3952           <li>Prototype sequence search client (no public services
3953             available yet)</li>
3954           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3955             PFAM</li>
3956           <li>URL Links created for matching database cross
3957             references as well as sequence ID</li>
3958           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3959         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3960         <ul>
3961           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3962             databases</li>
3963           <li>Generalised database reference retrieval and
3964             validation to all fetchable databases</li>
3965           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3966             sequence command</li>
3967         </ul> <em>Import and Export</em>
3968         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3969         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3970           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3971         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3972           File</li>
3973         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3974           triplet as name of colourscheme</li>
3975         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3976         <ul>
3977           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3978           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3979             alignments (experimental)</li>
3980           <li>Create new or select existing session to join</li>
3981           <li>load and save of vamsas documents</li>
3982         </ul> <em>Application command line</em>
3983         <ul>
3984           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3985             from applet)</li>
3986           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3987             of DAS servers to query for alignment features</li>
3988           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3989             that are also automatically queried for features</li>
3990           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3991             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3992         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3993         <ul>
3994           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3995             application (when using &quot;View in full
3996             application&quot;)</li>
3997         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3998         <ul>
3999           <li>feature group display control parameter</li>
4000           <li>debug parameter</li>
4001           <li>showbutton parameter</li>
4002         </ul> <em>Applet API methods</em>
4003         <ul>
4004           <li>newView public method</li>
4005           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4006           <li>Feature display control methods</li>
4007           <li>get list of currently selected sequences</li>
4008         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4009         <ul>
4010           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4011           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4012             Jalview release.</li>
4013           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4014             property controls execution of obfuscator</li>
4015           <li>Build target for generating source distribution</li>
4016           <li>Debug flag for javacc</li>
4017           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4018             jalview.bin.Cache</li>
4019           <li>Continuous Build Integration for stable and
4020             development version of Application, Applet and source
4021             distribution</li>
4022         </ul></td>
4023       <td>
4024         <ul>
4025           <li>selected region output includes visible annotations
4026             (for certain formats)</li>
4027           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4028             for editing</li>
4029           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4030           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4031           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4032           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4033             comments</li>
4034           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4035             filenames containing a ':'</li>
4036           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4037             global sequence features</li>
4038           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4039             references from alignment sequences goes to zero</li>
4040           <li>Close of tree branch colour box without colour
4041             selection causes cascading exceptions</li>
4042           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4043           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4044             file parsing fails.</li>
4045           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4046           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4047             not a valid output format</li>
4048           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4049             vamsas</li>
4050           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4051           <li>error messages passed up and output when data read
4052             fails</li>
4053           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4054             sequence is edited</li>
4055           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4056             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4057           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4058             filetype</li>
4059           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4060             import fixed for PFAM records</li>
4061           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4062             window list</li>
4063           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4064             can be read and written correctly to annotation file</li>
4065           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4066             correctly</li>
4067           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4068             non-italic font for representatives in Applet</li>
4069           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4070             Macs.</li>
4071           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4072             Applet)</li>
4073           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4074             due to null pointer exceptions</li>
4075           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4076             first column of alignment</li>
4077           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4078             July 2008</li>
4079           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4080             file is case-insensitive</li>
4081           <li>Sequence features read from Features file appended to
4082             all sequences with matching IDs</li>
4083           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4084             containing a sub-sequence</li>
4085           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4086           <li>feature and annotation file applet parameters
4087             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4088           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4089           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4090             splash-screen version check to complete</li>
4091           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4092             when passing them to the launchApp service</li>
4093           <li>display name and local features preserved in results
4094             retrieved from web service</li>
4095           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4096             sequence fetcher initialisation</li>
4097           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4098             dasobert DAS client</li>
4099           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4100             association</li>
4101           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4102             sequences
4103           </li>
4104         </ul>
4105       </td>
4106     </tr>
4107     <tr>
4108       <td>
4109         <div align="center">
4110           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4111         </div>
4112       </td>
4113       <td>
4114         <ul>
4115           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4116           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4117           <li>Slide sequences</li>
4118           <li>Edit sequence in place</li>
4119           <li>EMBL CDS features</li>
4120           <li>DAS Feature mapping</li>
4121           <li>Feature ordering</li>
4122           <li>Alignment Properties</li>
4123           <li>Annotation Scores</li>
4124           <li>Sort by scores</li>
4125           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4126         </ul>
4127       </td>
4128       <td>
4129         <ul>
4130           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4131           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4132           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4133           <li>Feature group display state in XML</li>
4134           <li>Feature ordering in XML</li>
4135           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4136           <li>Stockholm alignment properties</li>
4137           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4138           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4139           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4140           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4141         </ul>
4142       </td>
4143
4144     </tr>
4145     <tr>
4146       <td>
4147         <div align="center">
4148           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4149         </div>
4150       </td>
4151       <td>
4152         <ul>
4153           <li>Non standard characters can be read and displayed
4154           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4155             applet via textbox
4156           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4157             name &amp; description
4158           <li>Preference setting to display sequence name in
4159             italics
4160           <li>Annotation file format extended to allow
4161             Sequence_groups to be defined
4162           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4163             specified in preferences
4164           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4165             sequences
4166         </ul>
4167       </td>
4168       <td>
4169         <ul>
4170           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4171             installed
4172           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4173           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4174         </ul>
4175       </td>
4176     </tr>
4177     <tr>
4178       <td>
4179         <div align="center">
4180           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4181         </div>
4182       </td>
4183       <td>
4184         <ul>
4185           <li>Multiple views on alignment
4186           <li>Sequence feature editing
4187           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4188           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4189           <li>Background dependent text colour
4190           <li>Right align sequence ids
4191           <li>User-defined lower case residue colours
4192           <li>Format Menu
4193           <li>Select Menu
4194           <li>Menu item accelerator keys
4195           <li>Control-V pastes to current alignment
4196           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4197           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4198           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4199
4200           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4201         </ul>
4202       </td>
4203       <td>
4204         <ul>
4205           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4206           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4207             calculations
4208           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4209             edits
4210           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4211             of alignment)
4212           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4213
4214           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4215             display correctly
4216           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4217           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4218             analysis results
4219           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4220             &#8739;
4221           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4222           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4223           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4224
4225         </ul>
4226       </td>
4227     </tr>
4228     <tr>
4229       <td>
4230         <div align="center">
4231           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4232         </div>
4233       </td>
4234       <td>
4235         <ul>
4236           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4237         </ul>
4238       </td>
4239       <td>
4240         <ul>
4241           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4242             sequence id panel has been resized</li>
4243           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4244             rendered</li>
4245           <li>Annotation files with sequence references - all
4246             elements in file are relative to sequence position</li>
4247           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4248         </ul>
4249       </td>
4250     </tr>
4251     <tr>
4252       <td>
4253         <div align="center">
4254           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4255         </div>
4256       </td>
4257       <td>
4258         <ul>
4259           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4260           <li>DAS Feature fetching</li>
4261           <li>Hide sequences and columns</li>
4262           <li>Export Annotations and Features</li>
4263           <li>GFF file reading / writing</li>
4264           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4265             files</li>
4266           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4267           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4268           <li>Applet can launch the full application</li>
4269           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4270             required)</li>
4271           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4272           <li>Applet can load sequences from parameter
4273             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4274           </li>
4275         </ul>
4276       </td>
4277       <td>
4278         <ul>
4279           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4280           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4281           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4282         </ul>
4283       </td>
4284     </tr>
4285     <tr>
4286       <td>
4287         <div align="center">
4288           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4289         </div>
4290       </td>
4291       <td>
4292         <ul>
4293           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4294           <li>Choose to match case when searching</li>
4295           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4296             expand the visible width and height of the alignment</li>
4297         </ul>
4298       </td>
4299       <td>
4300         <ul>
4301           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4302         </ul>
4303       </td>
4304     </tr>
4305     <tr>
4306       <td>
4307         <div align="center">
4308           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4309         </div>
4310       </td>
4311       <td>&nbsp;</td>
4312       <td>
4313         <ul>
4314           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4315           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4316             value</li>
4317         </ul>
4318       </td>
4319     </tr>
4320     <tr>
4321       <td>
4322         <div align="center">
4323           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4324         </div>
4325       </td>
4326       <td>
4327         <ul>
4328           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4329           <li>Keyboard editing</li>
4330           <li>Create sequence features from searches</li>
4331           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4332             alignments</li>
4333           <li>Features file allows grouping of features</li>
4334           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4335           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4336           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4337         </ul>
4338       </td>
4339       <td>
4340         <ul>
4341           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4342           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4343             descriptions saved.</li>
4344         </ul>
4345       </td>
4346     </tr>
4347     <tr>
4348       <td>
4349         <div align="center">
4350           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4351         </div>
4352       </td>
4353       <td>
4354         <ul>
4355           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4356           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4357           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4358             name for file output</li>
4359           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4360           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4361             used for HTML form input</li>
4362         </ul>
4363       </td>
4364       <td>
4365         <ul>
4366           <li>HTML output writes groups and features</li>
4367           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4368           <li>File IO bugs</li>
4369         </ul>
4370       </td>
4371     </tr>
4372     <tr>
4373       <td>
4374         <div align="center">
4375           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4376         </div>
4377       </td>
4378       <td>
4379         <ul>
4380           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4381           <li>More options for PCA viewer</li>
4382         </ul>
4383       </td>
4384       <td>
4385         <ul>
4386           <li>GUI bugs resolved</li>
4387           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4388         </ul>
4389       </td>
4390     </tr>
4391     <tr>
4392       <td height="63">
4393         <div align="center">
4394           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4395         </div>
4396       </td>
4397       <td>
4398         <ul>
4399           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4400           <li>Jar files are executable</li>
4401           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4402         </ul>
4403       </td>
4404       <td>
4405         <ul>
4406           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4407           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4408           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4409         </ul>
4410       </td>
4411     </tr>
4412     <tr>
4413       <td>
4414         <div align="center">
4415           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4416         </div>
4417       </td>
4418       <td>
4419         <ul>
4420           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4421         </ul>
4422       </td>
4423       <td>
4424         <ul>
4425           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4426         </ul>
4427       </td>
4428     </tr>
4429     <tr>
4430       <td>
4431         <div align="center">
4432           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4433         </div>
4434       </td>
4435       <td>
4436         <ul>
4437           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4438             size</li>
4439         </ul>
4440       </td>
4441       <td>
4442         <ul>
4443           <li>Improved JPred client reliability</li>
4444           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4445         </ul>
4446       </td>
4447     </tr>
4448     <tr>
4449       <td>
4450         <div align="center">
4451           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4452         </div>
4453       </td>
4454       <td>
4455         <ul>
4456           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4457           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4458           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4459             to Colour Menu</li>
4460           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4461           <li>Unix users can set default web browser</li>
4462           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4463           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4464         </ul>
4465       </td>
4466       <td>
4467         <ul>
4468           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4469         </ul>
4470       </td>
4471     </tr>
4472     <tr>
4473       <td>
4474         <div align="center">
4475           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4476         </div>
4477       </td>
4478       <td>&nbsp;</td>
4479       <td>
4480         <ul>
4481           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4482             alignment order.</li>
4483         </ul>
4484       </td>
4485     </tr>
4486     <tr>
4487       <td>
4488         <div align="center">
4489           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4490         </div>
4491       </td>
4492       <td>
4493         <ul>
4494           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4495           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4496           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4497             annotations.</li>
4498           <li>Version and build date written to build properties
4499             file.</li>
4500           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4501             at launch of Jalview.</li>
4502         </ul>
4503       </td>
4504       <td>
4505         <ul>
4506           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4507           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4508           <li>Can remove groups one by one.</li>
4509           <li>Filechooser icons installed.</li>
4510           <li>Finder ignores return character when searching.
4511             Return key will initiate a search.<br>
4512           </li>
4513         </ul>
4514       </td>
4515     </tr>
4516     <tr>
4517       <td>
4518         <div align="center">
4519           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4520         </div>
4521       </td>
4522       <td>
4523         <ul>
4524           <li>New codebase</li>
4525         </ul>
4526       </td>
4527       <td>&nbsp;</td>
4528     </tr>
4529   </table>
4530   <p>&nbsp;</p>
4531 </body>
4532 </html>