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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in
 166                                                                 annotations
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 181                                                                 of report
 182                                                         </li>
 183                                                 </ul></li>
 184                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 185                                                 <ul>
 186                                                         <li>
 187                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 188                                                                 and getdown release channels
 189                                                         </li>
 190                                                         <li>
 191                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 192                                                                 trapping CMD-Q
 193                                                         </li>
 194                                                 </ul></li>
 195                                 </ul>
 196         <em>Deprecations</em>
 197         <ul>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 200             capabilities removed from the Jalview Desktop
 201           </li>
 202           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 203         </ul>
 204         <em>Development and Release Processes</em>
 205         <ul>
 206                                         <li>
 207                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 208                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 209                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 210                                         </li>
 211                                         <li>
 212                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 213                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 214                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 215                                                         Rings' GetDown</a>)
 216                                         </li>
 217                                         <li>
 218                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 219                                         </li>
 220                                         <li>
 221                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 222                                                 gradle-eclipse
 223                                         </li>
 224           <li>
 225           Atlassian Bamboo continuous integration server for
 226             unattended Test Suite execution</li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 229             operations</li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (new updatable NCList
 232             implementation) used for Sequence Feature collections</li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 235             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 236             and XML based data retrieval clients</li>
 237         </ul>
 238       </td>
 239     <td align="left" valign="top">
 240         <ul>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 249             Jalview project involving multiple views</li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 252             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 253             Annotation dialog hides columns</li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 256             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 257             selection in one view, then making another selection in the
 258             other view</li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 263             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 266             or the overview updates with large alignments</li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 269             region if columns were selected by dragging right-to-left
 270             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 271             <li>
 272             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent
 273             to a hidden column marker via scale popup menu</li>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 276             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 279             on export as Jalview features file</li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 282             printed when columns are hidden</li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 287             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 302             opening an alignment</li>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 307             different groups in the alignment are selected</li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 316           <li>
 317             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 330         </ul>
 331         <em>Editing</em>
 332         <ul>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 335             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 336             via 'Edit' sequence</li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 339             sequence features correctly when start of sequence is
 340             removed (Known defect since 2.10)</li>
 341         </ul>
 342         <em>New Known Defects</em>
 343         <ul>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped columns within hidden columns</li>
 350         </ul>
 351       </td>
 352     </tr>
 353     <tr>
 354     <td width="60" nowrap>
 355       <div align="center">
 356         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 357       </div>
 358     </td>
 359     <td><div align="left">
 360         <em></em>
 361         <ul>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 364               InstallAnywhere increased to 1G.
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 368               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 369               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 370                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 371                 properties file.</em>
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 375               API and sequence data now imported as JSON.
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 379               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 380               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 381               property.
 382             </li>
 383           </ul>
 384           <em>Development</em>
 385           <ul>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 388               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 389                 Clover</a>
 390             </li>
 391           </ul>
 392         </div></td>
 393     <td><div align="left">
 394         <em></em>
 395         <ul>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 398               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 399               alignment.
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 403               annotation displayed.
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 407               for newly created group when 'Apply to all groups'
 408               selected
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 412               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 413               visible.
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 417               when sequences are selected in exported view.</em>
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 421               aren't rendered with correct colour.
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 425               types of knotted RNA secondary structure.
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 429               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 430               do not start at 1.
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 434               annotation when columns are inserted into an alignment,
 435               and when exporting as Stockholm flatfile.
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 439               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 440               treated as RNA secondary structure.
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 444               (not .jar) when saving a jalview project file.
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 448               transfers focus to previous window on OSX
 449             </li>
 450           </ul>
 451           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 452           <ul>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 455               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 456               box.
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 460               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 461               'look and feel' which has improved compatibility with the
 462               latest version of OSX.
 463             </li>
 464           </ul>
 465         </div>
 466     </td>
 467     </tr>
 468     <tr>
 469       <td width="60" nowrap>
 470         <div align="center">
 471           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 472             <em>7/06/2018</em></strong>
 473         </div>
 474       </td>
 475       <td><div align="left">
 476           <em></em>
 477           <ul>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 480               annotation retrieved from Uniprot
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 484               onto the Jalview Desktop
 485             </li>
 486           </ul>
 487         </div></td>
 488       <td><div align="left">
 489           <em></em>
 490           <ul>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 493               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 497               right-hand column parsed correctly
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 501               not alignment area in exported graphic
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 505               window has input focus
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 509               annotation added to view (Windows)
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 513               network connectivity is poor
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 517               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 518                 the currently open URL and links from a page viewed in
 519                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 520                 you are using Edge, only links in the page can be
 521                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 522                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 523             </li>
 524           </ul>
 525         </div></td>
 526     </tr>
 527     <tr>
 528       <td width="60" nowrap>
 529         <div align="center">
 530           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 531         </div>
 532       </td>
 533       <td><div align="left">
 534           <em></em>
 535           <ul>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 538               for disabling automatic superposition of multiple
 539               structures and open structures in existing views
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 543               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 544               adjust them.
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 548               Ensembl services
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 552               and lots of hidden columns
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 556               of features (particularly when transparency is disabled)
 557             </li>
 558           </ul>
 559           </div>
 560       </td>
 561       <td><div align="left">
 562           <ul>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 565               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 569               overlapping alignment panel
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 573               sequence as gaps
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 577               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 578               UTR
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 582               factor annotation not added to sequence when local PDB
 583               file associated with it by drag'n'drop or structure
 584               chooser
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 588               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 592               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 596               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 600               columns in annotation row
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 604               honored in batch mode
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 608               for structures added to existing Jmol view
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 612               entries after importing project with multiple views
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 616               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 617               with negative residue numbers or missing residues fails
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 621               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 622               as generated by CONSURF)
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 626               tooltip doesn't include a text description of mutation
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 630               structure and/or overview windows are also shown
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 634               very slow for alignments with large numbers of sequences
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 638               with 'StringIndexOutOfBounds'
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 642               platforms running Java 10
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 646               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 647             </li>
 648           </ul>
 649           <em>Applet</em>
 650           <ul>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 653               should copy the group consensus when popup is opened on it
 654             </li>
 655           </ul>
 656           <em>Batch Mode</em>
 657           <ul>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 660           </li>
 661           </ul>
 662           <em>New Known Defects</em>
 663           <ul>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 666               editing a large alignment and overview is displayed
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 670               repeatedly after a series of edits even when the overview
 671               is no longer reflecting updates
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 675               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 676               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 677               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 678             </li>
 679           </ul>
 680         </div>
 681           </td>
 682     </tr>
 683     <tr>
 684       <td width="60" nowrap>
 685         <div align="center">
 686           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 687         </div>
 688       </td>
 689       <td><div align="left">
 690           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 691               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 692       <td><div align="left">
 693           <em>Desktop</em><ul>
 694           <ul>
 695             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 696             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 697             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 698             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 699             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 700             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 701             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 702           </ul>
 703           </div>
 704       </td>
 705     </tr>
 706     <tr>
 707       <td width="60" nowrap>
 708         <div align="center">
 709           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 710         </div>
 711       </td>
 712       <td><div align="left">
 713           <em></em>
 714           <ul>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 717               rendering of sequence features
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 721               429 rate limit request hander
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 725               their colours have changed
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 729               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 733               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 737               view from Ensembl locus cross-references
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 741               Alignment report
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 745               feature can be disabled
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 749               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 753               Uniprot
 754             </li>
 755           </ul>
 756           <em>Scripting</em>
 757           <ul>
 758             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 759             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 760               percent identity scores for current alignment.</li>
 761           </ul>
 762           <em>Testing and Deployment</em>
 763           <ul>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 766             </li>
 767           </ul>
 768         </div></td>
 769       <td><div align="left">
 770           <em>General</em>
 771           <ul>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 774               threshold text field doesn't trigger an update to the
 775               alignment view
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 779               strings in parallel
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 783               alignment window is closed
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 787               group visibility
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 791               takes a long time in Cursor mode
 792             </li>
 793           </ul>
 794           <em>Desktop</em>
 795           <ul>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 798               cannot be viewed in Chimera
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 802               CDS/Protein view
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 806               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 807               Search Dialogs
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 817               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 821               scrolling right in unwapped alignment view
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 825               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 826               database
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 830               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 834               features of same type and group to be selected for
 835               amending
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 839               alignments when hidden columns are present
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 843               displaying several structures
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 847               moving a window
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 851               within the Jalview desktop on OSX
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 855               when in wrapped alignment mode
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 859               hand end of alignment
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 863               each selected sequence do not have correct start/end
 864               positions
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 868               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 872               restoring project until a new view is created
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 876               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 877               configured (since 2.10.2b2)
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 881               position is adjusted
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 885               in a multi-chain structure when viewing alignment
 886               involving more than one chain (since 2.10)
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 890               if new selection moves alignment window
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 894               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 898               that produces correctly annotated transcripts and products
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 902               doesn't update associated structure view
 903             </li>
 904           </ul>
 905           <em>Applet</em><br />
 906           <ul>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 909               closing alignment panel
 910             </li>
 911           </ul>
 912           <em>BioJSON</em><br />
 913           <ul>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 916               non-positional features
 917             </li>
 918           </ul>
 919           <em>New Known Issues</em>
 920           <ul>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 923               sequence features correctly (for many previous versions of
 924               Jalview)
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 928               using cursor in wrapped panel other than top
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 932               graduated colour threshold
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 936               always preserve numbering and sequence features
 937             </li>
 938           </ul>
 939           <em>Known Java 9 Issues</em>
 940           <ul>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 943               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 944               9.01, OSX 10.10)
 945             </li>
 946           </ul>
 947         </div></td>
 948     </tr>
 949     <tr>
 950       <td width="60" nowrap>
 951         <div align="center">
 952           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 953             <em>2/10/2017</em></strong>
 954         </div>
 955       </td>
 956       <td><div align="left">
 957           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 958           <ul>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 961             </li>
 962             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 963             </li>
 964           </ul>
 965         </div></td>
 966       <td><div align="left">
 967         </div></td>
 968     </tr>
 969     <tr>
 970       <td width="60" nowrap>
 971         <div align="center">
 972           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 973             <em>7/9/2017</em></strong>
 974         </div>
 975       </td>
 976       <td><div align="left">
 977           <em></em>
 978           <ul>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 981               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 982               white)
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 986               Preferences
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 990               in size and progress bar shown as higher resolution
 991               overview is recalculated
 992             </li>
 993
 994           </ul>
 995         </div></td>
 996       <td><div align="left">
 997           <em></em>
 998           <ul>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1001               column region row by row
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1005               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1009               format setting is unticked
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1013               if group has show boxes format setting unticked
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1017               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1018               include sequences and columns not currently displayed
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1022               assemblies are imported via CIF file
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1026               displayed when threshold or conservation colouring is also
1027               enabled.
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1031               server version
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1035               dragging a selected region off the visible region of the
1036               alignment
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1040               colourscheme to all groups in a view
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1044               initially after font size change using the Font chooser or
1045               middle-mouse zoom
1046             </li>
1047           </ul>
1048         </div></td>
1049     </tr>
1050     <tr>
1051       <td width="60" nowrap>
1052         <div align="center">
1053           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1054         </div>
1055       </td>
1056       <td><div align="left">
1057           <em>Calculations</em>
1058           <ul>
1059
1060             <li>
1061               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1062               ungapped positions in each column of the alignment.
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1066               a calculation dialog box
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1070               and memory efficiency (~30x faster)
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1074               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1075               and other calculations
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1079               files within the Jalview codebase
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1083               Similarity may have different topology due to increased
1084               precision
1085             </li>
1086           </ul>
1087           <em>Rendering</em>
1088           <ul>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1091               model for alignments and groups
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1095               scripts
1096             </li>
1097           </ul>
1098           <em>Overview</em>
1099           <ul>
1100             <li>
1101               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1102               with alignment and overview windows
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1106               overview
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1110               omitted in Overview
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1114               adjustment of visible position
1115             </li>
1116           </ul>
1117
1118           <em>Data import/export</em>
1119           <ul>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1122               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1126               annotation input/output via stockholm flatfile
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1130               extension when importing structure files without embedded
1131               names or PDB accessions
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1135               format sequence substitution matrices
1136             </li>
1137           </ul>
1138           <em>User Interface</em>
1139           <ul>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1142               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1143               the application.
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1147               via Overview or sequence motif search operations
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1151               opened by double clicking gaps within sequence feature
1152               extent
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1156               aligned positions were available to create a 3D structure
1157               superposition.
1158             </li>
1159           </ul>
1160           <em>3D Structure</em>
1161           <ul>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1164               coloured in linked structure views
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1168               file-based command exchange
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1172               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1173               structures are already available for sequences
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1177               the Jalview project rather than downloaded again when the
1178               project is reopened.
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1182               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1183               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1184                 Feature</strong>)
1185             </li>
1186           </ul>
1187           <em>Web Services</em>
1188           <ul>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1194               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1195               Analysis services
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1199               cross-references provided by identifiers.org and the
1200               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1201             </li>
1202           </ul>
1203
1204           <em>Scripting</em>
1205           <ul>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1208               identifying file formats (instead of String constants)
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1212               efficiency when counting all displayed features (not
1213               backwards compatible with 2.10.1)
1214             </li>
1215           </ul>
1216           <em>Example files</em>
1217           <ul>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1220               included in the example feature file
1221             </li>
1222           </ul>
1223           <em>Documentation</em>
1224           <ul>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1227               with the built-in Java help viewer
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1231               sequence description' option
1232             </li>
1233           </ul>
1234           <em>Test Suite</em>
1235           <ul>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1238               Uniprot REST Free Text Search Client
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1245               during tests
1246             </li>
1247           </ul>
1248         </div></td>
1249       <td><div align="left">
1250           <em>Calculations</em>
1251           <ul>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1254               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1255               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1256             </li>
1257             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1258               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1259               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1260               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1261               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1262               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1263               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1264               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1265               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1266               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1267               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1268               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1269               // for 2.10.1 mode <br />
1270               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1271               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1272                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1273                 calculations (not recommended)</em></li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1276               scaling of branch lengths for trees computed using
1277               Sequence Feature Similarity.
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1281               generating output report when working with highly
1282               redundant alignments
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1286               right of selected region when gaps present on right-hand
1287               boundary
1288             </li>
1289           </ul>
1290           <em>User Interface</em>
1291           <ul>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1294               doesn't reselect a specific sequence's associated
1295               annotation after it was used for colouring a view
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1299               opened on a region of alignment without groups
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1303               of an alignment with overlapping groups
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1307               name and description match
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1311               hidden regions results in incorrect hidden regions
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1315               changing colour does not apply Conservation slider value
1316               to all groups
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1320               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1324               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1328               gaps before start of features
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1332               restored to UI when feature colour is edited
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1336               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1340               as graduate feature colour settings are modified via the
1341               dialog box
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1345               when a group defined on the alignment is resized
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1349               wrapped view result in positional status updates
1350             </li>
1351
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1354               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1358               alignment included gapped columns
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1362               widgets don't permanently disappear
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1366               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1367               T-Coffee column reliability scores)
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1371               sequence feature on gaps only
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1375               button from a Find inherit previously defined feature type
1376               rather than the Find query string
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1380               exporting tree calculated in Jalview
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1384               and then revealing them reorders sequences on the
1385               alignment
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1389               doesn't update to reflect available set of groups after
1390               interactively adding or modifying features
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1394               Linux
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1398               only excluded gaps in current sequence and ignored
1399               selection.
1400             </li>
1401           </ul>
1402           <em>Rendering</em>
1403           <ul>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1406               erratically when hidden rows or columns are present
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1410               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1411               sequence colouring
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1415               colour and group colour menu for protein alignments
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1419               reflect currently selected view or group's shading
1420               thresholds
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1424               when rendered on overview and structures when opacity at
1425               100%
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1429               overview when features overlaid on alignment
1430             </li>
1431           </ul>
1432           <em>Data import/export</em>
1433           <ul>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1436               load
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1440               added after a sequence was imported are not written to
1441               Stockholm File
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1445               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1449               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1453               with lightGray or darkGray via features file (but can
1454               specify lightgray)
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1458               when alignment view imported from project
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1462               structure and sequences extracted from structure files
1463               imported via URL and viewed in Jmol
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1467               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1468               the project is loaded and the structure viewed
1469             </li>
1470           </ul>
1471           <em>Web Services</em>
1472           <ul>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1475               release of Ensembl v.88
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1479               appear enabled in Preferences->Connections
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1483               removed from console output
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1487               Ensembl by Peptide ID
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1491               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1492               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1493               due to 'null' string rather than empty string used for
1494               residues with no corresponding PDB mapping).
1495             </li>
1496           </ul>
1497           <em>Application UI</em>
1498           <ul>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1501               menu
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1505               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1506               new documentation and tooltips added)
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1510               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1514               new features are added to alignment
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1518               changes to feature colours via the Amend features dialog
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1522               edit graduated feature colour via amend features dialog
1523               box
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1527               selection menu changes colours of alignment views
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1531               from alignment calculation workers after alignment has
1532               been closed
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1536               groups now 'Create Group'
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1540               Create/Undefine group doesn't always work
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1544               shown again after pressing 'Cancel'
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1548               adjusts start position in wrap mode
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1552               ambiguous amino acids
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1556               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1557               proteins
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1561               Defined' don't appear in Colours menu
1562             </li>
1563           </ul>
1564           <em>Applet</em>
1565           <ul>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1568               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1572               overview or linked structure view
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1576               work (since 2.8)
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1580               user-defined colourscheme doesn't restore original
1581               colourscheme
1582             </li>
1583           </ul>
1584           <em>Test Suite</em>
1585           <ul>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1588               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1592               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1593               problems with deep array comparison equality asserts in
1594               successive versions of TestNG
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1598               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1599             </li>
1600           </ul>
1601           <em>New Known Issues</em>
1602           <ul>
1603             <li>
1604               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1605               phase after a sequence motif find operation
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1609               containing just upper and lower case letters are
1610               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1614               reliably from eggnog Ortholog database
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1618               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1619               to mark columns containing highlighted regions.
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1623               doesn't always add secondary structure annotation.
1624             </li>
1625           </ul>
1626         </div>
1627     <tr>
1628       <td width="60" nowrap>
1629         <div align="center">
1630           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1631         </div>
1632       </td>
1633       <td><div align="left">
1634           <em>General</em>
1635           <ul>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1638               for all consensus calculations
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1642               3rd Oct 2016)
1643             </li>
1644             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1645               for 2016-2017</li>
1646           </ul>
1647           <em>Application</em>
1648           <ul>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1651               set of database cross-references, sorted alphabetically
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1655               from database cross references. Users with custom links
1656               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1657                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1661               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1662               Chimera session
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1666               the Chimera it is connected to is shut down
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1670               columns menu item to mark columns containing highlighted
1671               regions (e.g. from structure selections or results of a
1672               Find operation)
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1676               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1677               MSAviewer
1678             </li>
1679           </ul>
1680         </div></td>
1681       <td>
1682         <div align="left">
1683           <em>General</em>
1684           <ul>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1687               are not coloured or thresholded according to percent
1688               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1692               hydrophobic
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1696               threshold, amino acid properties)
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1700               reported as mapped to residues in a structure file in the
1701               View Mapping report
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1705               could be added multiple times to a sequence
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1709               bond features shown as two highlighted residues rather
1710               than a range in linked structure views, and treated
1711               correctly when selecting and computing trees from features
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1715               cross-references are matched to database name regardless
1716               of case
1717             </li>
1718
1719           </ul>
1720           <em>Application</em>
1721           <ul>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1724               names without regular expressions also offer links from
1725               Sequence ID
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1729               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1730               update Jalview configuration
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1734               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1738               files with similarly named sequences if dropped onto the
1739               alignment
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1743               entries where more chains exist in the PDB accession than
1744               are reported in the SIFTS file
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1748               the structure view when displayed with Chimera
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1752               panel's View->Show Chains submenu
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1756               work for wrapped alignment views
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1760               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1764               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1765               first annotation row
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1769               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1773               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1774             </li>
1775             <!-- JAL-2319 -->
1776             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1777             coordindate data
1778             </li>
1779           </ul>
1780           <!--           <em>New Known Issues</em>
1781           <ul>
1782             <li></li>
1783           </ul> -->
1784         </div>
1785       </td>
1786     </tr>
1787     <td width="60" nowrap>
1788       <div align="center">
1789         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1790           <em>25/10/2016</em></strong>
1791       </div>
1792     </td>
1793     <td><em>Application</em>
1794       <ul>
1795         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1796           view if structures already loaded</li>
1797         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1798           structure views</li>
1799       </ul></td>
1800     <td>
1801       <div align="left">
1802         <em>General</em>
1803         <ul>
1804           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1805             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1806           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1807             example sequences/projects/trees</li>
1808         </ul>
1809         <em>Application</em>
1810         <ul>
1811           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1812             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1813           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1814             without timeout for structures with multiple models or
1815             multiple sequences in alignment</li>
1816           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1817             PDB ID HEADER line</li>
1818           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1819             is performed</li>
1820           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1821             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1822           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1823           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1824             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1825             option</li>
1826           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1827             is created on the alignment</li>
1828           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1829             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1830             pop-up menu</li>
1831         </ul>
1832         <em>Build and deployment</em>
1833         <ul>
1834           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1835             tags</li>
1836         </ul>
1837         <em>New Known Issues</em>
1838         <ul>
1839           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1840             on Windows</li>
1841         </ul>
1842       </div>
1843     </td>
1844     </tr>
1845     <tr>
1846       <td width="60" nowrap>
1847         <div align="center">
1848           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1849         </div>
1850       </td>
1851       <td><em>General</em>
1852         <ul>
1853           <li>
1854             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1855           </li>
1856           <li>
1857             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1858             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1859             better PDB parsing.
1860           </li>
1861           <li>
1862             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1863             reference sequence
1864           </li>
1865           <li>
1866             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1867             mousing over sequence associated annotation
1868           </li>
1869           <li>
1870             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1871             for manual entry
1872           </li>
1873           <li>
1874             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1875             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1876             for each column
1877           </li>
1878           <li>
1879             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1880             showing or hiding columns containing a feature
1881           </li>
1882           <li>
1883             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1884             group and sequence associated annotation labels
1885           </li>
1886           <li>
1887             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1888             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1889             dialogs
1890           </li>
1891
1892         </ul> <em>Application</em>
1893         <ul>
1894           <li>
1895             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1896             gene/transcript view
1897           </li>
1898           <li>
1899             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1900             dialog
1901           </li>
1902           <li>
1903             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1904             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1905           </li>
1906           <li>
1907             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1908             Pfam sources to xfam.org
1909           </li>
1910           <li>
1911             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1912           </li>
1913           <li>
1914             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1915             over sequences in Jalview
1916           </li>
1917           <li>
1918             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1919             regions in ENA and EMBL
1920           </li>
1921           <li>
1922             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1923             for record retrieval via ENA rest API
1924           </li>
1925           <li>
1926             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1927             complement operator
1928           </li>
1929           <li>
1930             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1931             groovy script execution
1932           </li>
1933           <li>
1934             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1935             alignment window's Calculate menu
1936           </li>
1937           <li>
1938             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1939             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1940           </li>
1941           <li>
1942             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1943             calculation workers from groovy scripts
1944           </li>
1945           <li>
1946             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1947             Jalview projects
1948           </li>
1949           <li>
1950             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1951             associations are now saved/restored from project
1952           </li>
1953           <li>
1954             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1955             before sequence fetcher is opened
1956           </li>
1957           <li>
1958             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1959             database chooser opens a sequence fetcher
1960           </li>
1961           <li>
1962             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1963             the UniProt REST API
1964           </li>
1965           <li>
1966             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1967             the news reader opening
1968           </li>
1969           <li>
1970             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1971             querying stored in preferences
1972           </li>
1973           <li>
1974             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1975             search results
1976           </li>
1977           <li>
1978             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1979           </li>
1980           <li>
1981             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1982             menu for nucleotide sequences
1983           </li>
1984           <li>
1985             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1986             and feature counts preserves alignment ordering (and
1987             debugged for complex feature sets).
1988           </li>
1989           <li>
1990             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1991             viewing structures with Jalview 2.10
1992           </li>
1993           <li>
1994             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1995             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1996             Ensembl Genomes REST API
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2000             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2001             (Ensembl)
2002           </li>
2003           <li>
2004             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2005             sequences
2006           </li>
2007           <li>
2008             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2009             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2010             data from external database records.
2011           </li>
2012           <li>
2013             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2014             efficient recovery of sequence coding and alignment
2015             annotation relationships.
2016           </li>
2017         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2018         <ul>
2019           <li>
2020             -- JAL---
2021           </li>
2022         </ul> --></td>
2023       <td>
2024         <div align="left">
2025           <em>General</em>
2026           <ul>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2029               menu on OSX
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2033               includes graduated colourschemes
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2037               working with big alignments and lots of hidden columns
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2041               at right of alignment window
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2045               contents
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2049               for DNA alignments
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2053               based tree calculation
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2057               unconserved enabled for group on alignment
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2061               set as reference
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2065               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2066               annotation
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2070               hidden columns present
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2074               user created annotation added to alignment
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2078               '()' base pair annotation
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2082               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2083               Consensus
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2087               feature not working
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2091               beginning of sequence
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2095               entry 3a6s
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2099               from a tree when t-coffee scores are shown
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2103               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2107               some structures
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2111               to Clustal, PIR and PileUp output
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2115               not visible causes alignment window to repaint
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2119               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2120               scores associated with features and annotation rows
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2124               calculation should be case independent
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2128               columns
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2132               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2133               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2137               problems when reference sequence defined and 'show
2138               non-conserved' enabled
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2142               load even when Consensus calculation is disabled
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2146               alignment does nothing
2147             </li>
2148           </ul>
2149           <em>Application</em>
2150           <ul>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2153               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2154               yet fixed for El Capitan)
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2158               output when running on non-gb/us i18n platforms
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2162               hidden sequences as flat-file alignment
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2166               launching Chimera
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2170               (also hotfix for 2.9.0b2)
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2174               reference sequence defined
2175             </li>
2176             <li>
2177               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2178               alignments and views when revealing hidden columns
2179             </li>
2180             <li>
2181               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2182               view in a cDNA/Protein splitframe
2183             </li>
2184             <li>
2185               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2186               sequence from project when only one sequence is
2187               represented
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2191               in Structure Chooser
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2195               structure consensus didn't refresh annotation panel
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2199               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2203               dialogs format columns correctly, don't display array
2204               data, sort columns according to type
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2208               file chooser is cancelled during an image export
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2212               sequence name containing special characters
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2216               case insensitive
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2220               formatting don't wrap
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2224               truncated so L looks like I in consensus annotation
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2228               currently displayed features for the current selection or
2229               view
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2233               after fetching cross-references, and restoring from
2234               project
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2238               followed in the structure viewer
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2242               splitframe not restored from project
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2246               trailing end of protein alignment in transcript/product
2247               splitview when pad-gaps not enabled by default
2248             </li>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2251               is case dependent
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2255               article has been read (reopened issue due to
2256               internationalisation problems)
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2260               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2261               cross-references
2262             </li>
2263
2264             <li>
2265               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2266               alignment as HTML
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2270               multiple structures are shown for one or more sequences.
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2274               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2275               is enabled.
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2279               specific PDB id for sequence
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2283               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2284               columns' is disabled.
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2288               selects lowest rather than highest resolution structures
2289               for each sequence
2290             </li>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2293               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2297               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2301               after clicking on it to create new annotation for a
2302               column.
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2306               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2307             </li>
2308             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2309             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2310           </ul>
2311           <em>Applet</em>
2312           <ul>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2315               hidden columns present before start of sequence
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2319               (JSON jars)
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2323               sequences are hidden in applet
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2327               deployment on examples pages.
2328             </li>
2329           </ul>
2330         </div>
2331       </td>
2332     </tr>
2333     <tr>
2334       <td width="60" nowrap>
2335         <div align="center">
2336           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2337             <em>16/10/2015</em></strong>
2338         </div>
2339       </td>
2340       <td><em>General</em>
2341         <ul>
2342           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2343             jars</li>
2344         </ul></td>
2345       <td>
2346         <div align="left">
2347           <em>Application</em>
2348           <ul>
2349             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2350               shown when tree is partitioned</li>
2351             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2352               multiple cDNA/Protein split views</li>
2353           </ul>
2354         </div>
2355       </td>
2356     </tr>
2357     <tr>
2358       <td width="60" nowrap>
2359         <div align="center">
2360           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2361             <em>8/10/2015</em></strong>
2362         </div>
2363       </td>
2364       <td><em>General</em>
2365         <ul>
2366           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2367             2.9</li>
2368         </ul> <em>Application</em>
2369         <ul>
2370           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2371           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2372           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2373         </ul> <em>Applet</em>
2374         <ul>
2375           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2376         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2377         <ul>
2378           <li>
2379             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2380             suite
2381           </li>
2382         </ul></td>
2383       <td>
2384         <div align="left">
2385           <em>General</em>
2386           <ul>
2387             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2388               incorrect when sequence start > 1</li>
2389             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2390               documentation</li>
2391             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2392             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2393               loading a features file containing HTML tags in feature
2394               description</li>
2395
2396           </ul>
2397           <em>Application</em>
2398           <ul>
2399             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2400               reimport</li>
2401             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2402               with 'trim retrieved sequences'</li>
2403             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2404               deleting selected columns</li>
2405             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2406               JNLP templates for webstart launch</li>
2407             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2408               unreleased structures for download or viewing</li>
2409             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2410               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2411             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2412               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2413             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2414               recovered from jalview project</li>
2415             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2416               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2417               alignment view</li>
2418             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2419               color schemes from BioJSON</li>
2420           </ul>
2421           <em>Applet</em>
2422           <ul>
2423             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2424               frame</li>
2425             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2426           </ul>
2427         </div>
2428       </td>
2429     </tr>
2430     <tr>
2431       <td><div align="center">
2432           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2433         </div></td>
2434       <td><em>General</em>
2435         <ul>
2436           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2437             alignments:
2438             <ul>
2439               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2440                 and DNA alignment views</li>
2441               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2442                 cDNA alignment views</li>
2443               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2444                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2445               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2446                 protein sequences</li>
2447             </ul>
2448           </li>
2449           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2450           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2451             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2452           <li>New alignment annotation file statements for
2453             reference sequences and marking hidden columns</li>
2454           <li>Reference sequence based alignment shading to
2455             highlight variation</li>
2456           <li>Select or hide columns according to alignment
2457             annotation</li>
2458           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2459           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2460             acid conservation row</li>
2461           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2462         </ul> <em>Application</em>
2463         <ul>
2464           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2465             <ul>
2466               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2467                 view with cDNA/Protein</li>
2468               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2469                 sequences are placed in the same alignment</li>
2470               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2471                 projects</li>
2472             </ul>
2473           </li>
2474
2475           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2476           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2477             Jalview windows</li>
2478
2479           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2480           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2481           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2482             be shown in VARNA</li>
2483
2484           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2485             as the active selected region</li>
2486
2487           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2488             similarity</li>
2489           <li>New Export options
2490             <ul>
2491               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2492                 region export in flat file generation</li>
2493
2494               <li>Export alignment views for display with the <a
2495                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2496
2497               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2498               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2499                 alignment figures to HTML</li>
2500           </li>
2501           <li>3D structure retrieval and display
2502             <ul>
2503               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2504                 Search API</li>
2505               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2506                 PDB structures for a sequence set</li>
2507             </ul>
2508           </li>
2509
2510           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2511             predictions</li>
2512           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2513             for one or a group of sequences</li>
2514           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2515             from the JPred4 web server</li>
2516           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2517             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2518             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2519           </li>
2520           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2521             VARNA 2D Structure'</li>
2522           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2523             Structure ..."</li>
2524
2525         </ul> <em>Applet</em>
2526         <ul>
2527           <li>New layout for applet example pages</li>
2528           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2529             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2530           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2531             Protein alignments</li>
2532         </ul> <em>Development and deployment</em>
2533         <ul>
2534           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2535           <li>Include installation type and git revision in build
2536             properties and console log output</li>
2537           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2538             storing BioJsMSA Templates</li>
2539           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2540         </ul></td>
2541       <td>
2542         <!-- <em>General</em>
2543         <ul>
2544         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2545         <ul>
2546           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2547           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2548           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2549             predictions are not highlighted in amber</li>
2550           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2551             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2552           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2553             associated structure views</li>
2554           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2555             width checkbox not enabled</li>
2556           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2557             creating user defined colours</li>
2558           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2559             mappings for just that viewer's sequences</li>
2560           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2561             multiple models in Chimera</li>
2562           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2563             over Jmol structure</li>
2564           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2565             output to text box</li>
2566           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2567             have incorrect sequence start/end</li>
2568           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2569             Jalview fails</li>
2570           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2571             work for nucleotide</li>
2572           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2573             to a grey/invisible alignment window</li>
2574           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2575             imports to different position</li>
2576           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2577             on some platforms</li>
2578           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2579             populated</li>
2580           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2581             console if Chimera has been opened</li>
2582           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2583           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2584             retrieved</li>
2585           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2586           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2587             either sequence shows on first structure</li>
2588           <li>'Show annotations' options should not make
2589             non-positional annotations visible</li>
2590           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2591             in right place after 'view flanking regions'</li>
2592           <li>File Save As type unset when current file format is
2593             unknown</li>
2594           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2595             projects</li>
2596           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2597             responsive</li>
2598           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2599             several views on same alignment</li>
2600           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2601           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2602             spaces</li>
2603         </ul> <em>Applet</em>
2604         <ul>
2605           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2606           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2607             descriptions containing angle brackets</li>
2608         </ul> <em>General</em>
2609         <ul>
2610           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2611             via jalview annotation file</li>
2612           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2613             with RNA secondary structure</li>
2614           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2615             translation doesn't work.</li>
2616           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2617           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2618             positions</li>
2619           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2620             choosing 1pt font</li>
2621           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2622             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2623             'h'</li>
2624           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2625             new feature</li>
2626           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2627             order dependent</li>
2628           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2629             sequences</li>
2630           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2631         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2632         <ul>
2633           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2634             www.jalview.org</li>
2635         </ul> <em>Application Known issues</em>
2636         <ul>
2637           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2638           <li>Misleading message appears after trying to delete
2639             solid column.</li>
2640           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2641             version launches</li>
2642           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2643             fails with a sequence mismatch</li>
2644           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2645             scrolling alignment to right</li>
2646           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2647             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2648           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2649             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2650           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2651             ultra-high resolution</li>
2652           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2653             quality and conservation</li>
2654           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2655             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2656         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2657         <ul>
2658           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2659           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2660             window is being resized</li>
2661
2662         </ul>
2663       </td>
2664     </tr>
2665     <tr>
2666       <td><div align="center">
2667           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2668         </div></td>
2669       <td><em>General</em>
2670         <ul>
2671           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2672             Certum.PL.</li>
2673           <li>Features and annotation preserved when performing
2674             pairwise alignment</li>
2675           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2676             imported/exported/displayed</li>
2677           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2678             protein secondary structure</li>
2679           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2680               post-hoc with 2.9 release</em>)
2681           </li>
2682
2683         </ul> <em>Application</em>
2684         <ul>
2685           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2686             with 3D structures</li>
2687           <li>Support for parsing RNAML</li>
2688           <li>Annotations menu for layout
2689             <ul>
2690               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2691               <li>place sequence annotation above/below alignment
2692                 annotation</li>
2693             </ul>
2694           <li>Output in Stockholm format</li>
2695           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2696             translation</li>
2697           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2698           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2699             shared between alignments</li>
2700           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2701             Jalview</li>
2702           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2703             all or current selection</li>
2704           <li>disorder and secondary structure predictions
2705             available as dataset annotation</li>
2706           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2707
2708
2709           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2710             alignments from Rfam</li>
2711           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2712
2713           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2714             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2715           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2716           <li>include installation type in build properties and
2717             console log output</li>
2718           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2719             annotation</li>
2720         </ul></td>
2721       <td>
2722         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2723         <ul>
2724           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2725             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2726           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2727             alignment</li>
2728           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2729           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2730           <li>Double click on sequence associated annotation
2731             selects only first column</li>
2732           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2733             leaves shown in tree</li>
2734           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2735             properly</li>
2736           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2737           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2738             screen and buttons not visible</li>
2739           <li>author list isn't updated if already written to
2740             Jalview properties</li>
2741           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2742             from database</li>
2743           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2744           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2745             browser search window</li>
2746           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2747             in feature settings dialog</li>
2748           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2749             desktop</li>
2750           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2751             pass validation</li>
2752           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2753             fit on screen</li>
2754           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2755             tooltip</li>
2756           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2757             defined user preset</li>
2758           <li>MSA web services warns user if they were launched
2759             with invalid input</li>
2760           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2761             Java 8</li>
2762           <li>
2763             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2764             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2765             created
2766           </li>
2767
2768         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2769         <ul>
2770         </ul> <em>General</em>
2771         <ul>
2772         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2773         <ul>
2774           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2775             memory allocation</li>
2776           <li>launchApp service doesn't automatically open
2777             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2778           <li>
2779             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2780             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2781             1.7_055 is available
2782           </li>
2783         </ul> <em>Application Known issues</em>
2784         <ul>
2785           <li>
2786             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2787             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2788             alignment to right
2789           </li>
2790           <li>
2791             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2792             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2793             with large number of ID
2794           </li>
2795           <li>
2796             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2797             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2798             start/end
2799           </li>
2800           <li>
2801             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2802             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2803             structure tracks are rearranged
2804           </li>
2805           <li>
2806             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2807             invalid rna structure positional highlighting does not
2808             highlight position of invalid base pairs
2809           </li>
2810           <li>
2811             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2812             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2813             project from alignment window file menu
2814           </li>
2815           <li>
2816             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2817             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2818             structures
2819           </li>
2820           <li>
2821             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2822             colour by RNA Helices not enabled when user created
2823             annotation added to alignment
2824           </li>
2825           <li>
2826             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2827             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2828           </li>
2829         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2830         <ul>
2831           <li>
2832             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2833             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2834           </li>
2835           <li>
2836             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2837             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2838           </li>
2839
2840           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2841             when selected</li>
2842         </ul>
2843       </td>
2844     </tr>
2845     <tr>
2846       <td><div align="center">
2847           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2848         </div></td>
2849       <td>
2850         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2851         <em>General</em>
2852         <ul>
2853           <li>Internationalisation of user interface (usually
2854             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2855           <li>Define/Undefine group on current selection with
2856             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2857           <li>Improved group creation/removal options in
2858             alignment/sequence Popup menu</li>
2859           <li>Sensible precision for symbol distribution
2860             percentages shown in logo tooltip.</li>
2861           <li>Annotation panel height set according to amount of
2862             annotation when alignment first opened</li>
2863         </ul> <em>Application</em>
2864         <ul>
2865           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2866             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2867           <li>Select columns containing particular features from
2868             Feature Settings dialog</li>
2869           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2870             sequences</li>
2871           <li>Update Jalview project format:
2872             <ul>
2873               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2874               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2875                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2876               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2877                 colouring</li>
2878             </ul>
2879           </li>
2880           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2881             (PAM250)</li>
2882           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2883             flanking regions for an alignment</li>
2884         </ul>
2885       </td>
2886       <td>
2887         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2888         <ul>
2889           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2890             running after job is cancelled</li>
2891           <li>cannot export features from alignments imported from
2892             Jalview/VAMSAS projects</li>
2893           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2894             float values</li>
2895           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2896             have 'display all symbols' flag set</li>
2897           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2898             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2899           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2900             Jalview</li>
2901           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2902             Lion/Webstart</li>
2903           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2904           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2905           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2906             alignment onto desktop</li>
2907           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2908             'extract scores' function</li>
2909           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2910             alignment window</li>
2911           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2912             performing IUPred disorder prediction</li>
2913           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2914             changing 'normalise logo' display setting</li>
2915           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2916             nothing matches query</li>
2917           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2918             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2919           </li>
2920           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2921             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2922           </li>
2923           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2924             Jalview's menu</li>
2925           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2926             'invalid literal/length code'</li>
2927           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2928             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2929           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2930             colourscheme</li>
2931
2932         </ul> <em>Applet</em>
2933         <ul>
2934           <li>Remove group option is shown even when selection is
2935             not a group</li>
2936           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2937             don't affect groups</li>
2938           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2939             colourscheme name</li>
2940           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2941             Annotation panel is not displayed</li>
2942           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2943             embedded windows</li>
2944         </ul> <em>Other</em>
2945         <ul>
2946           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2947             single sequence were not calculated</li>
2948           <li>annotation files that contain only groups imported as
2949             annotation and junk sequences</li>
2950           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2951             recognised as PFAM or BLC</li>
2952           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2953             doesn't affect background (2.8.0b1)
2954           <li></li>
2955           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2956           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2957             trailing gaps</li>
2958           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2959             registered correctly on import</li>
2960           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2961             certain alignments</li>
2962           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2963             existing annotation based 'use original colours'
2964             colourscheme loses original colours setting</li>
2965         </ul>
2966       </td>
2967     </tr>
2968     <tr>
2969       <td><div align="center">
2970           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2971             <em>30/1/2014</em></strong>
2972         </div></td>
2973       <td>
2974         <ul>
2975           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2976             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2977             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2978             open source project).
2979           </li>
2980           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2981           <li>Output in Stockholm format</li>
2982           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2983           <li>Export/import group and sequence associated line
2984             graph thresholds</li>
2985           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2986             ambiguity codes</li>
2987           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2988             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2989             works</li>
2990           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2991         </ul> <em>Other improvements</em>
2992         <ul>
2993           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2994           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2995             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2996           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2997             files</li>
2998           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2999           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3000             link but no description</li>
3001           <li>Select primary source when selecting authority in
3002             database fetcher GUI</li>
3003           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3004             Jalview</li>
3005           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3006         </ul>
3007       </td>
3008       <td>
3009         <ul>
3010           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3011             displayed</li>
3012           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3013             secondary structure annotation line</li>
3014           <li>Sequence database accessions not imported when
3015             fetching alignments from Rfam</li>
3016           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3017             identical IDs</li>
3018           <li>View all structures does not always superpose
3019             structures</li>
3020           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3021             reflect user or preset settings</li>
3022           <li>Null pointer exceptions for some services without
3023             presets or adjustable parameters</li>
3024           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3025             discover PDB xRefs</li>
3026           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3027             features with DAS</li>
3028           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3029             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3030           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3031             residue follows a gap</li>
3032           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3033             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3034           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3035             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3036           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3037             annotation already exists on alignment</li>
3038           <li>oninit javascript function should be called after
3039             initialisation completes</li>
3040           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3041             alignment window display</li>
3042           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3043           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3044             to annotation file</li>
3045           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3046             groups created</li>
3047           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3048             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3049           <li>Pressing return several times causes Number Format
3050             exceptions in keyboard mode</li>
3051           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3052             correct partitions for input data</li>
3053           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3054           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3055           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3056           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3057             mode</li>
3058           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3059             changes one row&#39;s threshold</li>
3060           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3061             doesn&#39;t open</li>
3062           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3063             quality histograms</li>
3064         </ul>
3065       </td>
3066     </tr>
3067     <tr>
3068       <td><div align="center">
3069           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3070         </div></td>
3071       <td><em>Application</em>
3072         <ul>
3073           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3074             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3075           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3076             preferences</li>
3077           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3078             in Jalview alignment window</li>
3079           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3080             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3081           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3082             RNA and ambiguity codes</li>
3083
3084           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3085           <li>Support fetching and database reference look up
3086             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3087             refs')</li>
3088           <li>Jalview project improvements
3089             <ul>
3090               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3091                 flag for annotation</li>
3092               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3093                 alignment</li>
3094               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3095                 Jalview project</li>
3096
3097             </ul>
3098           </li>
3099           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3100           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3101             running</li>
3102           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3103           <li>visual indication that web service results are still
3104             being retrieved from server</li>
3105           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3106             starts up for first time</li>
3107           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3108             services</li>
3109           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3110             client library</li>
3111           <li>Examples directory and Groovy library included in
3112             InstallAnywhere distribution</li>
3113         </ul> <em>Applet</em>
3114         <ul>
3115           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3116             visualization applet example</li>
3117         </ul> <em>General</em>
3118         <ul>
3119           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3120           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3121             defaults</li>
3122           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3123             calculation</li>
3124           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3125             matrices
3126           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3127             in HTML</li>
3128           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3129             structure contacts</li>
3130           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3131           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3132           <li>Parse sequence associated secondary structure
3133             information in Stockholm files</li>
3134           <li>HTML Export database accessions and annotation
3135             information presented in tooltip for sequences</li>
3136           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3137             style RNA alignment files</li>
3138           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3139             alignment</li>
3140           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3141             shade each sequence according to its associated alignment
3142             annotation</li>
3143           <li>New Jalview Logo</li>
3144         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3145         <ul>
3146           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3147           <li>New Website!</li>
3148         </ul></td>
3149       <td><em>Application</em>
3150         <ul>
3151           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3152             wsdbfetch REST service</li>
3153           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3154           <li>Filetype associations not installed for webstart
3155             launch</li>
3156           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3157             job execution in full once it is complete</li>
3158           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3159             uploaded via ali_file parameter</li>
3160           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3161           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3162           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3163             submitted for prediction</li>
3164           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3165             desktop window</li>
3166           <li>Putting fractional value into integer text box in
3167             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3168           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3169             windows 7</li>
3170           <li>View all structures fails with exception shown in
3171             structure view</li>
3172           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3173             escaped in a platform independent way</li>
3174           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3175             using proxy</li>
3176           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3177             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3178           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3179             failure when java web start temporary file caching is
3180             disabled</li>
3181           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3182             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3183           <li>Errors during processing of command line arguments
3184             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3185           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3186             DAS sources in sequence fetcher</li>
3187           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3188             dialog is shown</li>
3189           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3190           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3191           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3192           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3193             on OSX Mountain Lion</li>
3194           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3195             sequences with alignment annotation are pasted into the
3196             alignment</li>
3197           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3198             when loaded from Jalview project</li>
3199           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3200           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3201             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3202           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3203             associated with all views</li>
3204           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3205             annotation rows to new window</li>
3206         </ul> <em>Applet</em>
3207         <ul>
3208           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3209             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3210           <li>loading features via javascript API automatically
3211             enables feature display</li>
3212           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3213             work</li>
3214         </ul> <em>General</em>
3215         <ul>
3216           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3217           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3218             and then deselected</li>
3219           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3220           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3221             coloured with clustalx</li>
3222           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3223             exceptions and redraw errors</li>
3224           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3225             reconfigured view</li>
3226           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3227             colour</li>
3228           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3229             for lots of labels</li>
3230         </ul>
3231     </tr>
3232     <tr>
3233       <td>
3234         <div align="center">
3235           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3236         </div>
3237       </td>
3238       <td><em>Application</em>
3239         <ul>
3240           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3241           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3242           <li>View/alignment association menu to enable user to
3243             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3244             its colours/correspondences from</li>
3245           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3246           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3247             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3248           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3249           <li>Annotation row column label formatting attributes
3250             stored in project file</li>
3251           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3252             rows preserved in Jalview project file</li>
3253           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3254             saved using Desktop window menu</li>
3255           <li>Visual indication that command line arguments are
3256             still being processed</li>
3257           <li>Groovy script execution from URL</li>
3258           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3259             preferences</li>
3260           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3261             alignment with sequences that have high similarity and
3262             matching IDs</li>
3263           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3264           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3265             structures in same window</li>
3266           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3267           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3268             analysis function in its own submenu</li>
3269         </ul> <em>Applet</em>
3270         <ul>
3271           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3272             groups</li>
3273           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3274           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3275           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3276           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3277           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3278             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3279           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3280           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3281             parameters are treated as such</li>
3282           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3283             <ul>
3284               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3285               <li>Javascript callbacks for
3286                 <ul>
3287                   <li>Applet initialisation</li>
3288                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3289                 </ul>
3290               </li>
3291               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3292                 functions</li>
3293               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3294               <li>javascript structure viewer harness to pass
3295                 messages between Jmol and Jalview when running as
3296                 distinct applets</li>
3297               <li>sortBy method</li>
3298               <li>Set of applet and application examples shipped
3299                 with documentation</li>
3300               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3301                 javascript message exchange</li>
3302             </ul>
3303         </ul> <em>General</em>
3304         <ul>
3305           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3306             multiple alignments</li>
3307           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3308           <li>User configurable link to enable redirects to a
3309             www.Jalview.org mirror</li>
3310           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3311           <li>Configurable newline string when writing alignment
3312             and other flat files</li>
3313           <li>Allow alignment annotation description lines to
3314             contain html tags</li>
3315         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3316         <ul>
3317           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3318             examples</li>
3319           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3320             using a web service before displaying the result in the
3321             Jalview desktop</li>
3322           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3323           <li>Ant target to publish example html files with applet
3324             archive</li>
3325           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3326           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3327         </ul></td>
3328       <td><em>Application</em>
3329         <ul>
3330           <li>User defined colourscheme throws exception when
3331             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3332           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3333             dialog for valid filename/format</li>
3334           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3335           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3336             P37173</li>
3337           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3338             which sequence is to be associated with the file</li>
3339           <li>Find All raises null pointer exception when query
3340             only matches sequence IDs</li>
3341           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3342           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3343             2.4 cannot be loaded</li>
3344           <li>Filetype associations not installed for webstart
3345             launch</li>
3346           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3347             with sequences in different alignments do not get coloured
3348             by their associated sequence</li>
3349           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3350             not preserved when project is loaded</li>
3351           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3352             stored in Jalview project</li>
3353           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3354             Jalview project</li>
3355           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3356           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3357             by conservation</li>
3358           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3359             created on new view</li>
3360           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3361             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3362           <li>Alignment quality not updated after alignment
3363             annotation row is hidden then shown</li>
3364           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3365             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3366           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3367             properly</li>
3368           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3369             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3370           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3371           <li>Structures imported from file and saved in project
3372             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3373           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3374             job execution in full once it is complete</li>
3375         </ul> <em>Applet</em>
3376         <ul>
3377           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3378             annotation rows are displayed</li>
3379           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3380             codebase</li>
3381           <li>View follows highlighting does not work for positions
3382             in sequences</li>
3383           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3384           <li>Export features raises exception when no features
3385             exist</li>
3386           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3387             for javascript api is modified when separator string
3388             provided as parameter</li>
3389           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3390             alignment with no existing selection</li>
3391           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3392             to applet&#39;s codebase</li>
3393           <li>Status bar not updated after finished searching and
3394             search wraps around to first result</li>
3395           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3396             several Jalview applets causes race conditions and memory
3397             leaks</li>
3398           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3399             not sent from Jmol in applet</li>
3400           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3401             applet API fatally hang browser</li>
3402         </ul> <em>General</em>
3403         <ul>
3404           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3405             position with wrapped view and hidden regions</li>
3406           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3407             with/without hidden columns</li>
3408           <li>Sequence length given in alignment properties window
3409             is off by 1</li>
3410           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3411             import PDB like structure files</li>
3412           <li>Positional search results are only highlighted
3413             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3414           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3415           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3416             given sequence position</li>
3417           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3418             output</li>
3419           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3420             from nucleotide chains correctly</li>
3421           <li>Structure colours not updated when tree partition
3422             changed in alignment</li>
3423           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3424             parsed in interleaved stockholm</li>
3425           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3426             state</li>
3427           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3428             properly</li>
3429           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3430             properly associated with their pdb files</li>
3431         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3432         <ul>
3433           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3434             ApplyCopyright tool</li>
3435         </ul></td>
3436     </tr>
3437     <tr>
3438       <td>
3439         <div align="center">
3440           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3441         </div>
3442       </td>
3443       <td><em>Application</em>
3444         <ul>
3445           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3446             contact web services</li>
3447           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3448             service job window</li>
3449           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3450         </ul></td>
3451       <td>
3452         <ul>
3453           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3454             pir file emitted by Jalview</li>
3455           <li>Existing feature settings transferred to new
3456             alignment view created from cut'n'paste</li>
3457           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3458             parsing PDB files</li>
3459           <li>Consensus and conservation annotation rows
3460             occasionally become blank for all new windows</li>
3461           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3462             in wrapped view mode</li>
3463         </ul> <em>Application</em>
3464         <ul>
3465           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3466             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3467           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3468             parameter names</li>
3469           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3470             is down</li>
3471         </ul>
3472       </td>
3473     </tr>
3474     <tr>
3475       <td>
3476         <div align="center">
3477           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3478         </div>
3479       </td>
3480       <td><em>Application</em>
3481         <ul>
3482           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3483             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3484             (JABAWS)
3485           </li>
3486           <li>Web Services preference tab</li>
3487           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3488             preferences</li>
3489           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3490           <li>Superpose structures using associated sequence
3491             alignment</li>
3492           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3493             viewer</li>
3494         </ul> <em>Applet</em>
3495         <ul>
3496           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3497             link out mechanism</li>
3498         </ul> <em>Other</em>
3499         <ul>
3500           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3501             series 12</li>
3502           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3503             require Java 1.5</li>
3504           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3505             sequence annotation files</li>
3506           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3507             type colour specification</li>
3508           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3509             script to check if it being run in an interactive session or
3510             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3511         </ul></td>
3512       <td>
3513         <ul>
3514           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3515             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3516         </ul> <em>Application</em>
3517         <ul>
3518           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3519             selected Regions menu item</li>
3520           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3521             part of a valid accession ID</li>
3522           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3523             runs out of memory</li>
3524           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3525             analysis results</li>
3526           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3527             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3528           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3529         </ul> <em>Applet</em>
3530         <ul>
3531           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3532             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3533             defined.</li>
3534         </ul>
3535       </td>
3536     </tr>
3537     <tr>
3538       <td>
3539         <div align="center">
3540           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3541         </div>
3542       </td>
3543       <td></td>
3544       <td>
3545         <ul>
3546           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3547             sequence IDs</li>
3548           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3549             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3550           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3551             import correctly</li>
3552           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3553             number of columns are hidden</li>
3554           <li>annotation label popup menu not providing correct
3555             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3556             present</li>
3557           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3558             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3559           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3560             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3561
3562         </ul> <em>Applet</em>
3563         <ul>
3564           <li>annotation panel disappears when annotation is
3565             hidden/removed</li>
3566         </ul> <em>Application</em>
3567         <ul>
3568           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3569             alignment opened where annotation panel is visible but no
3570             annotations are present on alignment</li>
3571           <li>pasted region containing hidden columns is
3572             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3573           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3574             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3575           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3576             selected Rregions menu item.</li>
3577           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3578             'Un' or 'Non'conserved</li>
3579           <li>Sequence feature settings are being shared by
3580             multiple distinct alignments</li>
3581           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3582             changed</li>
3583           <li>double click on group annotation to select sequences
3584             does not propagate to associated trees</li>
3585           <li>Mac OSX specific issues:
3586             <ul>
3587               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3588                 window background</li>
3589               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3590                 name set correctly</li>
3591               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3592                 save feature colourscheme button</li>
3593             </ul>
3594           </li>
3595         </ul>
3596       </td>
3597     </tr>
3598     <tr>
3599
3600       <td>
3601         <div align="center">
3602           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3603         </div>
3604       </td>
3605       <td><em>New Capabilities</em>
3606         <ul>
3607           <li>URL links generated from description line for
3608             regular-expression based URL links (applet and application)
3609
3610           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3611             menu</li>
3612           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3613             structures</li>
3614           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3615             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3616           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3617             average score or total feature count for each sequence.</li>
3618           <li>Shading features by score or associated description</li>
3619           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3620             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3621           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3622             hide everything but the currently selected region.</li>
3623           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3624         </ul> <em>Application</em>
3625         <ul>
3626           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3627             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3628           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3629             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3630           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3631             database references and protein_name is parsed as
3632             description line (BioSapiens terms).</li>
3633           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3634             references in sequence ID tooltip from View menu in
3635             application.</li>
3636           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3637       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3638           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3639             conservation plots</li>
3640           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3641             and visualized as sequence logos</li>
3642           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3643             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3644           </li>
3645           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3646             when a new tree is opened.</li>
3647           <li>Jalview Java Console</li>
3648           <li>Better placement of desktop window when moving
3649             between different screens.</li>
3650           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3651             consensus annotation</li>
3652           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3653             Workflows</li>
3654           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3655             <ul>
3656               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3657                 used to preserve views, structures, and tree display
3658                 settings)</li>
3659               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3660                 command line</li>
3661               <li>Sharing of selected regions between views and
3662                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3663               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3664             </ul></li>
3665         </ul> <em>Applet</em>
3666         <ul>
3667           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3668           <li>New Parameters
3669             <ul>
3670               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3671                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3672                 opened.</li>
3673               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3674                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3675               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3676                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3677               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3678                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3679                 view</li>
3680               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3681                 increase the height or width of a cell in the alignment
3682                 grid relative to the current font size.</li>
3683             </ul>
3684           </li>
3685           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3686             tooltip</li>
3687         </ul> <em>Other</em>
3688         <ul>
3689           <li>Features format: graduated colour definitions and
3690             specification of feature scores</li>
3691           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3692             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3693             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3694           <li>XML formats extended to support graduated feature
3695             colourschemes, group associated annotation, and profile
3696             visualization settings.</li></td>
3697       <td>
3698         <ul>
3699           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3700             rather than description</li>
3701           <li>Non-positional features are now included in sequence
3702             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3703             visibility in tooltip).</li>
3704           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3705           <li>Added URL embedding instructions to features file
3706             documentation.</li>
3707           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3708             'X' in peptide product</li>
3709           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3710             sequence ID and sequence string and query strings do not
3711             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3712           <li>AMSA files only contain first column of
3713             multi-character column annotation labels</li>
3714           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3715             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3716             exported and re-imported)</li>
3717           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3718             name</li>
3719           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3720             as subsequence matches, and correctly reports total number
3721             of both.</li>
3722           <li>Application:
3723             <ul>
3724               <li>Better handling of exceptions during sequence
3725                 retrieval</li>
3726               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3727                 link text excludes the start_end suffix</li>
3728               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3729                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3730               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3731               <li>Sequence description lines properly shared via
3732                 VAMSAS</li>
3733               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3734                 data sources</li>
3735               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3736                 completes before alignment figures are generated.</li>
3737               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3738                 first time.</li>
3739               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3740                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3741               <li>User defined group colours properly recovered
3742                 from Jalview projects.</li>
3743             </ul>
3744           </li>
3745         </ul>
3746       </td>
3747
3748     </tr>
3749     <tr>
3750       <td>
3751         <div align="center">
3752           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3753         </div>
3754       </td>
3755       <td>
3756         <ul>
3757           <li>Experimental support for google analytics usage
3758             tracking.</li>
3759           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3760         </ul>
3761       </td>
3762       <td>
3763         <ul>
3764           <li>Race condition in applet preventing startup in
3765             jre1.6.0u12+.</li>
3766           <li>Exception when feature created from selection beyond
3767             length of sequence.</li>
3768           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3769           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3770             all sequences with a given id</li>
3771           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3772             ID string searches</li>
3773           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3774             alignment to fail with exception</li>
3775         </ul> <em>Application Issues</em>
3776         <ul>
3777           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3778           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3779             data sources</li>
3780         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3781         <ul>
3782           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3783             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3784           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3785             version (java class versioning error fixed)</li>
3786         </ul>
3787       </td>
3788     </tr>
3789     <tr>
3790       <td>
3791
3792         <div align="center">
3793           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3794         </div>
3795       </td>
3796       <td><em>User Interface</em>
3797         <ul>
3798           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3799             translation and protein products</li>
3800           <li>Linked highlighting of structure associated with
3801             residue mapping to codon position</li>
3802           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3803             and 'clear' button</li>
3804           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3805             Tools menu</li>
3806           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3807             numeric data in description line</li>
3808           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3809           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3810             of sequence</li>
3811         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3812         <ul>
3813           <li>JPred3 web service</li>
3814           <li>Prototype sequence search client (no public services
3815             available yet)</li>
3816           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3817             PFAM</li>
3818           <li>URL Links created for matching database cross
3819             references as well as sequence ID</li>
3820           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3821         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3822         <ul>
3823           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3824             databases</li>
3825           <li>Generalised database reference retrieval and
3826             validation to all fetchable databases</li>
3827           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3828             sequence command</li>
3829         </ul> <em>Import and Export</em>
3830         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3831         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3832           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3833         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3834           File</li>
3835         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3836           triplet as name of colourscheme</li>
3837         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3838         <ul>
3839           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3840           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3841             alignments (experimental)</li>
3842           <li>Create new or select existing session to join</li>
3843           <li>load and save of vamsas documents</li>
3844         </ul> <em>Application command line</em>
3845         <ul>
3846           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3847             from applet)</li>
3848           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3849             of DAS servers to query for alignment features</li>
3850           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3851             that are also automatically queried for features</li>
3852           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3853             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3854         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3855         <ul>
3856           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3857             application (when using &quot;View in full
3858             application&quot;)</li>
3859         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3860         <ul>
3861           <li>feature group display control parameter</li>
3862           <li>debug parameter</li>
3863           <li>showbutton parameter</li>
3864         </ul> <em>Applet API methods</em>
3865         <ul>
3866           <li>newView public method</li>
3867           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3868           <li>Feature display control methods</li>
3869           <li>get list of currently selected sequences</li>
3870         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3871         <ul>
3872           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3873           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3874             Jalview release.</li>
3875           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3876             property controls execution of obfuscator</li>
3877           <li>Build target for generating source distribution</li>
3878           <li>Debug flag for javacc</li>
3879           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3880             jalview.bin.Cache</li>
3881           <li>Continuous Build Integration for stable and
3882             development version of Application, Applet and source
3883             distribution</li>
3884         </ul></td>
3885       <td>
3886         <ul>
3887           <li>selected region output includes visible annotations
3888             (for certain formats)</li>
3889           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3890             for editing</li>
3891           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3892           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3893           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3894           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3895             comments</li>
3896           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3897             filenames containing a ':'</li>
3898           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3899             global sequence features</li>
3900           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3901             references from alignment sequences goes to zero</li>
3902           <li>Close of tree branch colour box without colour
3903             selection causes cascading exceptions</li>
3904           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3905           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3906             file parsing fails.</li>
3907           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3908           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3909             not a valid output format</li>
3910           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3911             vamsas</li>
3912           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3913           <li>error messages passed up and output when data read
3914             fails</li>
3915           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3916             sequence is edited</li>
3917           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3918             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3919           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3920             filetype</li>
3921           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3922             import fixed for PFAM records</li>
3923           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3924             window list</li>
3925           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3926             can be read and written correctly to annotation file</li>
3927           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3928             correctly</li>
3929           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3930             non-italic font for representatives in Applet</li>
3931           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3932             Macs.</li>
3933           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3934             Applet)</li>
3935           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3936             due to null pointer exceptions</li>
3937           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3938             first column of alignment</li>
3939           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3940             July 2008</li>
3941           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3942             file is case-insensitive</li>
3943           <li>Sequence features read from Features file appended to
3944             all sequences with matching IDs</li>
3945           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3946             containing a sub-sequence</li>
3947           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3948           <li>feature and annotation file applet parameters
3949             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3950           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3951           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3952             splash-screen version check to complete</li>
3953           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3954             when passing them to the launchApp service</li>
3955           <li>display name and local features preserved in results
3956             retrieved from web service</li>
3957           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3958             sequence fetcher initialisation</li>
3959           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3960             dasobert DAS client</li>
3961           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3962             association</li>
3963           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3964             sequences
3965           </li>
3966         </ul>
3967       </td>
3968     </tr>
3969     <tr>
3970       <td>
3971         <div align="center">
3972           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3973         </div>
3974       </td>
3975       <td>
3976         <ul>
3977           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3978           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3979           <li>Slide sequences</li>
3980           <li>Edit sequence in place</li>
3981           <li>EMBL CDS features</li>
3982           <li>DAS Feature mapping</li>
3983           <li>Feature ordering</li>
3984           <li>Alignment Properties</li>
3985           <li>Annotation Scores</li>
3986           <li>Sort by scores</li>
3987           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3988         </ul>
3989       </td>
3990       <td>
3991         <ul>
3992           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3993           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3994           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3995           <li>Feature group display state in XML</li>
3996           <li>Feature ordering in XML</li>
3997           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3998           <li>Stockholm alignment properties</li>
3999           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4000           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4001           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4002           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4003         </ul>
4004       </td>
4005
4006     </tr>
4007     <tr>
4008       <td>
4009         <div align="center">
4010           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4011         </div>
4012       </td>
4013       <td>
4014         <ul>
4015           <li>Non standard characters can be read and displayed
4016           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4017             applet via textbox
4018           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4019             name &amp; description
4020           <li>Preference setting to display sequence name in
4021             italics
4022           <li>Annotation file format extended to allow
4023             Sequence_groups to be defined
4024           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4025             specified in preferences
4026           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4027             sequences
4028         </ul>
4029       </td>
4030       <td>
4031         <ul>
4032           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4033             installed
4034           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4035           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4036         </ul>
4037       </td>
4038     </tr>
4039     <tr>
4040       <td>
4041         <div align="center">
4042           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4043         </div>
4044       </td>
4045       <td>
4046         <ul>
4047           <li>Multiple views on alignment
4048           <li>Sequence feature editing
4049           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4050           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4051           <li>Background dependent text colour
4052           <li>Right align sequence ids
4053           <li>User-defined lower case residue colours
4054           <li>Format Menu
4055           <li>Select Menu
4056           <li>Menu item accelerator keys
4057           <li>Control-V pastes to current alignment
4058           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4059           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4060           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4061
4062           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4063         </ul>
4064       </td>
4065       <td>
4066         <ul>
4067           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4068           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4069             calculations
4070           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4071             edits
4072           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4073             of alignment)
4074           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4075
4076           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4077             display correctly
4078           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4079           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4080             analysis results
4081           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4082             &#8739;
4083           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4084           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4085           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4086
4087         </ul>
4088       </td>
4089     </tr>
4090     <tr>
4091       <td>
4092         <div align="center">
4093           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4094         </div>
4095       </td>
4096       <td>
4097         <ul>
4098           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4099         </ul>
4100       </td>
4101       <td>
4102         <ul>
4103           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4104             sequence id panel has been resized</li>
4105           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4106             rendered</li>
4107           <li>Annotation files with sequence references - all
4108             elements in file are relative to sequence position</li>
4109           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4110         </ul>
4111       </td>
4112     </tr>
4113     <tr>
4114       <td>
4115         <div align="center">
4116           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4117         </div>
4118       </td>
4119       <td>
4120         <ul>
4121           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4122           <li>DAS Feature fetching</li>
4123           <li>Hide sequences and columns</li>
4124           <li>Export Annotations and Features</li>
4125           <li>GFF file reading / writing</li>
4126           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4127             files</li>
4128           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4129           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4130           <li>Applet can launch the full application</li>
4131           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4132             required)</li>
4133           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4134           <li>Applet can load sequences from parameter
4135             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4136           </li>
4137         </ul>
4138       </td>
4139       <td>
4140         <ul>
4141           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4142           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4143           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4144         </ul>
4145       </td>
4146     </tr>
4147     <tr>
4148       <td>
4149         <div align="center">
4150           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4151         </div>
4152       </td>
4153       <td>
4154         <ul>
4155           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4156           <li>Choose to match case when searching</li>
4157           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4158             expand the visible width and height of the alignment</li>
4159         </ul>
4160       </td>
4161       <td>
4162         <ul>
4163           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4164         </ul>
4165       </td>
4166     </tr>
4167     <tr>
4168       <td>
4169         <div align="center">
4170           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4171         </div>
4172       </td>
4173       <td>&nbsp;</td>
4174       <td>
4175         <ul>
4176           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4177           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4178             value</li>
4179         </ul>
4180       </td>
4181     </tr>
4182     <tr>
4183       <td>
4184         <div align="center">
4185           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4186         </div>
4187       </td>
4188       <td>
4189         <ul>
4190           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4191           <li>Keyboard editing</li>
4192           <li>Create sequence features from searches</li>
4193           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4194             alignments</li>
4195           <li>Features file allows grouping of features</li>
4196           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4197           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4198           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4199         </ul>
4200       </td>
4201       <td>
4202         <ul>
4203           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4204           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4205             descriptions saved.</li>
4206         </ul>
4207       </td>
4208     </tr>
4209     <tr>
4210       <td>
4211         <div align="center">
4212           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4213         </div>
4214       </td>
4215       <td>
4216         <ul>
4217           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4218           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4219           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4220             name for file output</li>
4221           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4222           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4223             used for HTML form input</li>
4224         </ul>
4225       </td>
4226       <td>
4227         <ul>
4228           <li>HTML output writes groups and features</li>
4229           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4230           <li>File IO bugs</li>
4231         </ul>
4232       </td>
4233     </tr>
4234     <tr>
4235       <td>
4236         <div align="center">
4237           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4238         </div>
4239       </td>
4240       <td>
4241         <ul>
4242           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4243           <li>More options for PCA viewer</li>
4244         </ul>
4245       </td>
4246       <td>
4247         <ul>
4248           <li>GUI bugs resolved</li>
4249           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4250         </ul>
4251       </td>
4252     </tr>
4253     <tr>
4254       <td height="63">
4255         <div align="center">
4256           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4257         </div>
4258       </td>
4259       <td>
4260         <ul>
4261           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4262           <li>Jar files are executable</li>
4263           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4264         </ul>
4265       </td>
4266       <td>
4267         <ul>
4268           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4269           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4270           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4271         </ul>
4272       </td>
4273     </tr>
4274     <tr>
4275       <td>
4276         <div align="center">
4277           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4278         </div>
4279       </td>
4280       <td>
4281         <ul>
4282           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4283         </ul>
4284       </td>
4285       <td>
4286         <ul>
4287           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4288         </ul>
4289       </td>
4290     </tr>
4291     <tr>
4292       <td>
4293         <div align="center">
4294           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4295         </div>
4296       </td>
4297       <td>
4298         <ul>
4299           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4300             size</li>
4301         </ul>
4302       </td>
4303       <td>
4304         <ul>
4305           <li>Improved JPred client reliability</li>
4306           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4307         </ul>
4308       </td>
4309     </tr>
4310     <tr>
4311       <td>
4312         <div align="center">
4313           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4314         </div>
4315       </td>
4316       <td>
4317         <ul>
4318           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4319           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4320           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4321             to Colour Menu</li>
4322           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4323           <li>Unix users can set default web browser</li>
4324           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4325           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4326         </ul>
4327       </td>
4328       <td>
4329         <ul>
4330           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4331         </ul>
4332       </td>
4333     </tr>
4334     <tr>
4335       <td>
4336         <div align="center">
4337           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4338         </div>
4339       </td>
4340       <td>&nbsp;</td>
4341       <td>
4342         <ul>
4343           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4344             alignment order.</li>
4345         </ul>
4346       </td>
4347     </tr>
4348     <tr>
4349       <td>
4350         <div align="center">
4351           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4352         </div>
4353       </td>
4354       <td>
4355         <ul>
4356           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4357           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4358           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4359             annotations.</li>
4360           <li>Version and build date written to build properties
4361             file.</li>
4362           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4363             at launch of Jalview.</li>
4364         </ul>
4365       </td>
4366       <td>
4367         <ul>
4368           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4369           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4370           <li>Can remove groups one by one.</li>
4371           <li>Filechooser icons installed.</li>
4372           <li>Finder ignores return character when searching.
4373             Return key will initiate a search.<br>
4374           </li>
4375         </ul>
4376       </td>
4377     </tr>
4378     <tr>
4379       <td>
4380         <div align="center">
4381           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4382         </div>
4383       </td>
4384       <td>
4385         <ul>
4386           <li>New codebase</li>
4387         </ul>
4388       </td>
4389       <td>&nbsp;</td>
4390     </tr>
4391   </table>
4392   <p>&nbsp;</p>
4393 </body>
4394 </html>