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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in
 166                                                                 annotations
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 181                                                 </ul></li>
 182                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 183                                                 <ul>
 184                                                         <li>
 185                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 186                                                                 and getdown release channels
 187                                                         </li>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 190                                                                 trapping CMD-Q
 191                                                         </li>
 192                                                 </ul></li>
 193                                 </ul>
 194         <em>Deprecations</em>
 195         <ul>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 198             capabilities removed from the Jalview Desktop
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 202             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 203             and XML based data retrieval clients</li>
 204           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 205           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 206         </ul>
 207         <em>Development and Release Processes</em>
 208         <ul>
 209                                         <li>
 210                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 211                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 212                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 213                                         </li>
 214                                         <li>
 215                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 216                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 217                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 218                                                         Rings' GetDown</a>)
 219                                         </li>
 220                                         <li>
 221                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 222                                         </li>
 223                                         <li>
 224                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 225                                                 gradle-eclipse
 226                                         </li>
 227           <li>
 228           Atlassian Bamboo continuous integration for
 229             unattended Test Suite execution</li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 232             operations</li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (NCList
 235             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 236         </ul>
 237       </td>
 238     <td align="left" valign="top">
 239         <ul>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 248             Jalview project involving multiple views</li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 251             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 252             Annotation dialog hides columns</li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 255             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 256             selection in one view, then making another selection in the
 257             other view</li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 262             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 265             or the overview updates with large alignments</li>
 266           <li>
 267             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 268             region if columns were selected by dragging right-to-left
 269             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 270             <li>
 271             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent
 272             to a hidden column marker via scale popup menu</li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 275             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 278             on export as Jalview features file</li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 281             printed when columns are hidden</li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 286             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 301             opening an alignment</li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 306             different groups in the alignment are selected</li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 331         </ul>
 332         <em>Editing</em>
 333         <ul>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 336             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 337             via 'Edit' sequence</li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 340             sequence features correctly when start of sequence is
 341             removed (Known defect since 2.10)</li>
 342         </ul>
 343         <em>New Known Defects</em>
 344         <ul>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped columns within hidden columns</li>
 351         </ul>
 352       </td>
 353     </tr>
 354     <tr>
 355     <td width="60" nowrap>
 356       <div align="center">
 357         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 358       </div>
 359     </td>
 360     <td><div align="left">
 361         <em></em>
 362         <ul>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 365               InstallAnywhere increased to 1G.
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 369               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 370               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 371                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 372                 properties file.</em>
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 376               API and sequence data now imported as JSON.
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 380               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 381               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 382               property.
 383             </li>
 384           </ul>
 385           <em>Development</em>
 386           <ul>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 389               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 390                 Clover</a>
 391             </li>
 392           </ul>
 393         </div></td>
 394     <td><div align="left">
 395         <em></em>
 396         <ul>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 399               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 400               alignment.
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 404               annotation displayed.
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 408               for newly created group when 'Apply to all groups'
 409               selected
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 413               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 414               visible.
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 418               when sequences are selected in exported view.</em>
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 422               aren't rendered with correct colour.
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 426               types of knotted RNA secondary structure.
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 430               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 431               do not start at 1.
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 435               annotation when columns are inserted into an alignment,
 436               and when exporting as Stockholm flatfile.
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 440               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 441               treated as RNA secondary structure.
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 445               (not .jar) when saving a jalview project file.
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 449               transfers focus to previous window on OSX
 450             </li>
 451           </ul>
 452           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 453           <ul>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 456               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 457               box.
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 461               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 462               'look and feel' which has improved compatibility with the
 463               latest version of OSX.
 464             </li>
 465           </ul>
 466         </div>
 467     </td>
 468     </tr>
 469     <tr>
 470       <td width="60" nowrap>
 471         <div align="center">
 472           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 473             <em>7/06/2018</em></strong>
 474         </div>
 475       </td>
 476       <td><div align="left">
 477           <em></em>
 478           <ul>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 481               annotation retrieved from Uniprot
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 485               onto the Jalview Desktop
 486             </li>
 487           </ul>
 488         </div></td>
 489       <td><div align="left">
 490           <em></em>
 491           <ul>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 494               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 498               right-hand column parsed correctly
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 502               not alignment area in exported graphic
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 506               window has input focus
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 510               annotation added to view (Windows)
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 514               network connectivity is poor
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 518               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 519                 the currently open URL and links from a page viewed in
 520                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 521                 you are using Edge, only links in the page can be
 522                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 523                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 524             </li>
 525           </ul>
 526         </div></td>
 527     </tr>
 528     <tr>
 529       <td width="60" nowrap>
 530         <div align="center">
 531           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 532         </div>
 533       </td>
 534       <td><div align="left">
 535           <em></em>
 536           <ul>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 539               for disabling automatic superposition of multiple
 540               structures and open structures in existing views
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 544               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 545               adjust them.
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 549               Ensembl services
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 553               and lots of hidden columns
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 557               of features (particularly when transparency is disabled)
 558             </li>
 559           </ul>
 560           </div>
 561       </td>
 562       <td><div align="left">
 563           <ul>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 566               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 570               overlapping alignment panel
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 574               sequence as gaps
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 578               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 579               UTR
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 583               factor annotation not added to sequence when local PDB
 584               file associated with it by drag'n'drop or structure
 585               chooser
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 589               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 593               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 597               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 601               columns in annotation row
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 605               honored in batch mode
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 609               for structures added to existing Jmol view
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 613               entries after importing project with multiple views
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 617               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 618               with negative residue numbers or missing residues fails
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 622               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 623               as generated by CONSURF)
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 627               tooltip doesn't include a text description of mutation
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 631               structure and/or overview windows are also shown
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 635               very slow for alignments with large numbers of sequences
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 639               with 'StringIndexOutOfBounds'
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 643               platforms running Java 10
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 647               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 648             </li>
 649           </ul>
 650           <em>Applet</em>
 651           <ul>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 654               should copy the group consensus when popup is opened on it
 655             </li>
 656           </ul>
 657           <em>Batch Mode</em>
 658           <ul>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 661           </li>
 662           </ul>
 663           <em>New Known Defects</em>
 664           <ul>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 667               editing a large alignment and overview is displayed
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 671               repeatedly after a series of edits even when the overview
 672               is no longer reflecting updates
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 676               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 677               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 678               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 679             </li>
 680           </ul>
 681         </div>
 682           </td>
 683     </tr>
 684     <tr>
 685       <td width="60" nowrap>
 686         <div align="center">
 687           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 688         </div>
 689       </td>
 690       <td><div align="left">
 691           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 692               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 693       <td><div align="left">
 694           <em>Desktop</em><ul>
 695           <ul>
 696             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 697             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 698             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 699             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 700             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 701             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 702             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 703           </ul>
 704           </div>
 705       </td>
 706     </tr>
 707     <tr>
 708       <td width="60" nowrap>
 709         <div align="center">
 710           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 711         </div>
 712       </td>
 713       <td><div align="left">
 714           <em></em>
 715           <ul>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 718               rendering of sequence features
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 722               429 rate limit request hander
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 726               their colours have changed
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 730               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 734               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 738               view from Ensembl locus cross-references
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 742               Alignment report
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 746               feature can be disabled
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 750               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 754               Uniprot
 755             </li>
 756           </ul>
 757           <em>Scripting</em>
 758           <ul>
 759             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 760             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 761               percent identity scores for current alignment.</li>
 762           </ul>
 763           <em>Testing and Deployment</em>
 764           <ul>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 767             </li>
 768           </ul>
 769         </div></td>
 770       <td><div align="left">
 771           <em>General</em>
 772           <ul>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 775               threshold text field doesn't trigger an update to the
 776               alignment view
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 780               strings in parallel
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 784               alignment window is closed
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 788               group visibility
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 792               takes a long time in Cursor mode
 793             </li>
 794           </ul>
 795           <em>Desktop</em>
 796           <ul>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 799               cannot be viewed in Chimera
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 803               CDS/Protein view
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 807               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 808               Search Dialogs
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 818               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 822               scrolling right in unwapped alignment view
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 826               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 827               database
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 831               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 835               features of same type and group to be selected for
 836               amending
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 840               alignments when hidden columns are present
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 844               displaying several structures
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 848               moving a window
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 852               within the Jalview desktop on OSX
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 856               when in wrapped alignment mode
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 860               hand end of alignment
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 864               each selected sequence do not have correct start/end
 865               positions
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 869               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 873               restoring project until a new view is created
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 877               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 878               configured (since 2.10.2b2)
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 882               position is adjusted
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 886               in a multi-chain structure when viewing alignment
 887               involving more than one chain (since 2.10)
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 891               if new selection moves alignment window
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 895               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 899               that produces correctly annotated transcripts and products
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 903               doesn't update associated structure view
 904             </li>
 905           </ul>
 906           <em>Applet</em><br />
 907           <ul>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 910               closing alignment panel
 911             </li>
 912           </ul>
 913           <em>BioJSON</em><br />
 914           <ul>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 917               non-positional features
 918             </li>
 919           </ul>
 920           <em>New Known Issues</em>
 921           <ul>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 924               sequence features correctly (for many previous versions of
 925               Jalview)
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 929               using cursor in wrapped panel other than top
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 933               graduated colour threshold
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 937               always preserve numbering and sequence features
 938             </li>
 939           </ul>
 940           <em>Known Java 9 Issues</em>
 941           <ul>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 944               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 945               9.01, OSX 10.10)
 946             </li>
 947           </ul>
 948         </div></td>
 949     </tr>
 950     <tr>
 951       <td width="60" nowrap>
 952         <div align="center">
 953           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 954             <em>2/10/2017</em></strong>
 955         </div>
 956       </td>
 957       <td><div align="left">
 958           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 959           <ul>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 962             </li>
 963             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 964             </li>
 965           </ul>
 966         </div></td>
 967       <td><div align="left">
 968         </div></td>
 969     </tr>
 970     <tr>
 971       <td width="60" nowrap>
 972         <div align="center">
 973           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 974             <em>7/9/2017</em></strong>
 975         </div>
 976       </td>
 977       <td><div align="left">
 978           <em></em>
 979           <ul>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 982               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 983               white)
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 987               Preferences
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 991               in size and progress bar shown as higher resolution
 992               overview is recalculated
 993             </li>
 994
 995           </ul>
 996         </div></td>
 997       <td><div align="left">
 998           <em></em>
 999           <ul>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1002               column region row by row
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1006               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1010               format setting is unticked
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1014               if group has show boxes format setting unticked
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1018               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1019               include sequences and columns not currently displayed
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1023               assemblies are imported via CIF file
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1027               displayed when threshold or conservation colouring is also
1028               enabled.
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1032               server version
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1036               dragging a selected region off the visible region of the
1037               alignment
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1041               colourscheme to all groups in a view
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1045               initially after font size change using the Font chooser or
1046               middle-mouse zoom
1047             </li>
1048           </ul>
1049         </div></td>
1050     </tr>
1051     <tr>
1052       <td width="60" nowrap>
1053         <div align="center">
1054           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1055         </div>
1056       </td>
1057       <td><div align="left">
1058           <em>Calculations</em>
1059           <ul>
1060
1061             <li>
1062               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1063               ungapped positions in each column of the alignment.
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1067               a calculation dialog box
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1071               and memory efficiency (~30x faster)
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1075               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1076               and other calculations
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1080               files within the Jalview codebase
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1084               Similarity may have different topology due to increased
1085               precision
1086             </li>
1087           </ul>
1088           <em>Rendering</em>
1089           <ul>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1092               model for alignments and groups
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1096               scripts
1097             </li>
1098           </ul>
1099           <em>Overview</em>
1100           <ul>
1101             <li>
1102               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1103               with alignment and overview windows
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1107               overview
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1111               omitted in Overview
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1115               adjustment of visible position
1116             </li>
1117           </ul>
1118
1119           <em>Data import/export</em>
1120           <ul>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1123               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1127               annotation input/output via stockholm flatfile
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1131               extension when importing structure files without embedded
1132               names or PDB accessions
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1136               format sequence substitution matrices
1137             </li>
1138           </ul>
1139           <em>User Interface</em>
1140           <ul>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1143               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1144               the application.
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1148               via Overview or sequence motif search operations
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1152               opened by double clicking gaps within sequence feature
1153               extent
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1157               aligned positions were available to create a 3D structure
1158               superposition.
1159             </li>
1160           </ul>
1161           <em>3D Structure</em>
1162           <ul>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1165               coloured in linked structure views
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1169               file-based command exchange
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1173               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1174               structures are already available for sequences
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1178               the Jalview project rather than downloaded again when the
1179               project is reopened.
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1183               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1184               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1185                 Feature</strong>)
1186             </li>
1187           </ul>
1188           <em>Web Services</em>
1189           <ul>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1195               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1196               Analysis services
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1200               cross-references provided by identifiers.org and the
1201               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1202             </li>
1203           </ul>
1204
1205           <em>Scripting</em>
1206           <ul>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1209               identifying file formats (instead of String constants)
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1213               efficiency when counting all displayed features (not
1214               backwards compatible with 2.10.1)
1215             </li>
1216           </ul>
1217           <em>Example files</em>
1218           <ul>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1221               included in the example feature file
1222             </li>
1223           </ul>
1224           <em>Documentation</em>
1225           <ul>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1228               with the built-in Java help viewer
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1232               sequence description' option
1233             </li>
1234           </ul>
1235           <em>Test Suite</em>
1236           <ul>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1239               Uniprot REST Free Text Search Client
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1246               during tests
1247             </li>
1248           </ul>
1249         </div></td>
1250       <td><div align="left">
1251           <em>Calculations</em>
1252           <ul>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1255               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1256               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1257             </li>
1258             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1259               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1260               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1261               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1262               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1263               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1264               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1265               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1266               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1267               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1268               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1269               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1270               // for 2.10.1 mode <br />
1271               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1272               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1273                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1274                 calculations (not recommended)</em></li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1277               scaling of branch lengths for trees computed using
1278               Sequence Feature Similarity.
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1282               generating output report when working with highly
1283               redundant alignments
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1287               right of selected region when gaps present on right-hand
1288               boundary
1289             </li>
1290           </ul>
1291           <em>User Interface</em>
1292           <ul>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1295               doesn't reselect a specific sequence's associated
1296               annotation after it was used for colouring a view
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1300               opened on a region of alignment without groups
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1304               of an alignment with overlapping groups
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1308               name and description match
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1312               hidden regions results in incorrect hidden regions
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1316               changing colour does not apply Conservation slider value
1317               to all groups
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1321               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1325               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1329               gaps before start of features
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1333               restored to UI when feature colour is edited
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1337               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1341               as graduate feature colour settings are modified via the
1342               dialog box
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1346               when a group defined on the alignment is resized
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1350               wrapped view result in positional status updates
1351             </li>
1352
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1355               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1359               alignment included gapped columns
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1363               widgets don't permanently disappear
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1367               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1368               T-Coffee column reliability scores)
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1372               sequence feature on gaps only
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1376               button from a Find inherit previously defined feature type
1377               rather than the Find query string
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1381               exporting tree calculated in Jalview
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1385               and then revealing them reorders sequences on the
1386               alignment
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1390               doesn't update to reflect available set of groups after
1391               interactively adding or modifying features
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1395               Linux
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1399               only excluded gaps in current sequence and ignored
1400               selection.
1401             </li>
1402           </ul>
1403           <em>Rendering</em>
1404           <ul>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1407               erratically when hidden rows or columns are present
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1411               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1412               sequence colouring
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1416               colour and group colour menu for protein alignments
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1420               reflect currently selected view or group's shading
1421               thresholds
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1425               when rendered on overview and structures when opacity at
1426               100%
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1430               overview when features overlaid on alignment
1431             </li>
1432           </ul>
1433           <em>Data import/export</em>
1434           <ul>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1437               load
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1441               added after a sequence was imported are not written to
1442               Stockholm File
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1446               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1450               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1454               with lightGray or darkGray via features file (but can
1455               specify lightgray)
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1459               when alignment view imported from project
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1463               structure and sequences extracted from structure files
1464               imported via URL and viewed in Jmol
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1468               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1469               the project is loaded and the structure viewed
1470             </li>
1471           </ul>
1472           <em>Web Services</em>
1473           <ul>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1476               release of Ensembl v.88
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1480               appear enabled in Preferences->Connections
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1484               removed from console output
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1488               Ensembl by Peptide ID
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1492               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1493               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1494               due to 'null' string rather than empty string used for
1495               residues with no corresponding PDB mapping).
1496             </li>
1497           </ul>
1498           <em>Application UI</em>
1499           <ul>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1502               menu
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1506               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1507               new documentation and tooltips added)
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1511               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1515               new features are added to alignment
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1519               changes to feature colours via the Amend features dialog
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1523               edit graduated feature colour via amend features dialog
1524               box
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1528               selection menu changes colours of alignment views
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1532               from alignment calculation workers after alignment has
1533               been closed
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1537               groups now 'Create Group'
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1541               Create/Undefine group doesn't always work
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1545               shown again after pressing 'Cancel'
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1549               adjusts start position in wrap mode
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1553               ambiguous amino acids
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1557               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1558               proteins
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1562               Defined' don't appear in Colours menu
1563             </li>
1564           </ul>
1565           <em>Applet</em>
1566           <ul>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1569               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1573               overview or linked structure view
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1577               work (since 2.8)
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1581               user-defined colourscheme doesn't restore original
1582               colourscheme
1583             </li>
1584           </ul>
1585           <em>Test Suite</em>
1586           <ul>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1589               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1593               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1594               problems with deep array comparison equality asserts in
1595               successive versions of TestNG
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1599               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1600             </li>
1601           </ul>
1602           <em>New Known Issues</em>
1603           <ul>
1604             <li>
1605               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1606               phase after a sequence motif find operation
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1610               containing just upper and lower case letters are
1611               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1615               reliably from eggnog Ortholog database
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1619               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1620               to mark columns containing highlighted regions.
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1624               doesn't always add secondary structure annotation.
1625             </li>
1626           </ul>
1627         </div>
1628     <tr>
1629       <td width="60" nowrap>
1630         <div align="center">
1631           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1632         </div>
1633       </td>
1634       <td><div align="left">
1635           <em>General</em>
1636           <ul>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1639               for all consensus calculations
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1643               3rd Oct 2016)
1644             </li>
1645             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1646               for 2016-2017</li>
1647           </ul>
1648           <em>Application</em>
1649           <ul>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1652               set of database cross-references, sorted alphabetically
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1656               from database cross references. Users with custom links
1657               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1658                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1662               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1663               Chimera session
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1667               the Chimera it is connected to is shut down
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1671               columns menu item to mark columns containing highlighted
1672               regions (e.g. from structure selections or results of a
1673               Find operation)
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1677               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1678               MSAviewer
1679             </li>
1680           </ul>
1681         </div></td>
1682       <td>
1683         <div align="left">
1684           <em>General</em>
1685           <ul>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1688               are not coloured or thresholded according to percent
1689               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1693               hydrophobic
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1697               threshold, amino acid properties)
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1701               reported as mapped to residues in a structure file in the
1702               View Mapping report
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1706               could be added multiple times to a sequence
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1710               bond features shown as two highlighted residues rather
1711               than a range in linked structure views, and treated
1712               correctly when selecting and computing trees from features
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1716               cross-references are matched to database name regardless
1717               of case
1718             </li>
1719
1720           </ul>
1721           <em>Application</em>
1722           <ul>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1725               names without regular expressions also offer links from
1726               Sequence ID
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1730               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1731               update Jalview configuration
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1735               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1739               files with similarly named sequences if dropped onto the
1740               alignment
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1744               entries where more chains exist in the PDB accession than
1745               are reported in the SIFTS file
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1749               the structure view when displayed with Chimera
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1753               panel's View->Show Chains submenu
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1757               work for wrapped alignment views
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1761               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1765               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1766               first annotation row
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1770               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1774               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1775             </li>
1776             <!-- JAL-2319 -->
1777             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1778             coordindate data
1779             </li>
1780           </ul>
1781           <!--           <em>New Known Issues</em>
1782           <ul>
1783             <li></li>
1784           </ul> -->
1785         </div>
1786       </td>
1787     </tr>
1788     <td width="60" nowrap>
1789       <div align="center">
1790         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1791           <em>25/10/2016</em></strong>
1792       </div>
1793     </td>
1794     <td><em>Application</em>
1795       <ul>
1796         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1797           view if structures already loaded</li>
1798         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1799           structure views</li>
1800       </ul></td>
1801     <td>
1802       <div align="left">
1803         <em>General</em>
1804         <ul>
1805           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1806             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1807           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1808             example sequences/projects/trees</li>
1809         </ul>
1810         <em>Application</em>
1811         <ul>
1812           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1813             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1814           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1815             without timeout for structures with multiple models or
1816             multiple sequences in alignment</li>
1817           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1818             PDB ID HEADER line</li>
1819           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1820             is performed</li>
1821           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1822             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1823           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1824           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1825             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1826             option</li>
1827           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1828             is created on the alignment</li>
1829           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1830             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1831             pop-up menu</li>
1832         </ul>
1833         <em>Build and deployment</em>
1834         <ul>
1835           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1836             tags</li>
1837         </ul>
1838         <em>New Known Issues</em>
1839         <ul>
1840           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1841             on Windows</li>
1842         </ul>
1843       </div>
1844     </td>
1845     </tr>
1846     <tr>
1847       <td width="60" nowrap>
1848         <div align="center">
1849           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1850         </div>
1851       </td>
1852       <td><em>General</em>
1853         <ul>
1854           <li>
1855             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1856           </li>
1857           <li>
1858             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1859             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1860             better PDB parsing.
1861           </li>
1862           <li>
1863             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1864             reference sequence
1865           </li>
1866           <li>
1867             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1868             mousing over sequence associated annotation
1869           </li>
1870           <li>
1871             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1872             for manual entry
1873           </li>
1874           <li>
1875             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1876             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1877             for each column
1878           </li>
1879           <li>
1880             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1881             showing or hiding columns containing a feature
1882           </li>
1883           <li>
1884             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1885             group and sequence associated annotation labels
1886           </li>
1887           <li>
1888             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1889             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1890             dialogs
1891           </li>
1892
1893         </ul> <em>Application</em>
1894         <ul>
1895           <li>
1896             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1897             gene/transcript view
1898           </li>
1899           <li>
1900             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1901             dialog
1902           </li>
1903           <li>
1904             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1905             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1906           </li>
1907           <li>
1908             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1909             Pfam sources to xfam.org
1910           </li>
1911           <li>
1912             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1913           </li>
1914           <li>
1915             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1916             over sequences in Jalview
1917           </li>
1918           <li>
1919             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1920             regions in ENA and EMBL
1921           </li>
1922           <li>
1923             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1924             for record retrieval via ENA rest API
1925           </li>
1926           <li>
1927             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1928             complement operator
1929           </li>
1930           <li>
1931             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1932             groovy script execution
1933           </li>
1934           <li>
1935             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1936             alignment window's Calculate menu
1937           </li>
1938           <li>
1939             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1940             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1941           </li>
1942           <li>
1943             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1944             calculation workers from groovy scripts
1945           </li>
1946           <li>
1947             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1948             Jalview projects
1949           </li>
1950           <li>
1951             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1952             associations are now saved/restored from project
1953           </li>
1954           <li>
1955             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1956             before sequence fetcher is opened
1957           </li>
1958           <li>
1959             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1960             database chooser opens a sequence fetcher
1961           </li>
1962           <li>
1963             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1964             the UniProt REST API
1965           </li>
1966           <li>
1967             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1968             the news reader opening
1969           </li>
1970           <li>
1971             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1972             querying stored in preferences
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1976             search results
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1980           </li>
1981           <li>
1982             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1983             menu for nucleotide sequences
1984           </li>
1985           <li>
1986             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1987             and feature counts preserves alignment ordering (and
1988             debugged for complex feature sets).
1989           </li>
1990           <li>
1991             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1992             viewing structures with Jalview 2.10
1993           </li>
1994           <li>
1995             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1996             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1997             Ensembl Genomes REST API
1998           </li>
1999           <li>
2000             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2001             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2002             (Ensembl)
2003           </li>
2004           <li>
2005             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2006             sequences
2007           </li>
2008           <li>
2009             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2010             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2011             data from external database records.
2012           </li>
2013           <li>
2014             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2015             efficient recovery of sequence coding and alignment
2016             annotation relationships.
2017           </li>
2018         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2019         <ul>
2020           <li>
2021             -- JAL---
2022           </li>
2023         </ul> --></td>
2024       <td>
2025         <div align="left">
2026           <em>General</em>
2027           <ul>
2028             <li>
2029               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2030               menu on OSX
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2034               includes graduated colourschemes
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2038               working with big alignments and lots of hidden columns
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2042               at right of alignment window
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2046               contents
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2050               for DNA alignments
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2054               based tree calculation
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2058               unconserved enabled for group on alignment
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2062               set as reference
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2066               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2067               annotation
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2071               hidden columns present
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2075               user created annotation added to alignment
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2079               '()' base pair annotation
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2083               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2084               Consensus
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2088               feature not working
2089             </li>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2092               beginning of sequence
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2096               entry 3a6s
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2100               from a tree when t-coffee scores are shown
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2104               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2108               some structures
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2112               to Clustal, PIR and PileUp output
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2116               not visible causes alignment window to repaint
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2120               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2121               scores associated with features and annotation rows
2122             </li>
2123             <li>
2124               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2125               calculation should be case independent
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2129               columns
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2133               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2134               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2138               problems when reference sequence defined and 'show
2139               non-conserved' enabled
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2143               load even when Consensus calculation is disabled
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2147               alignment does nothing
2148             </li>
2149           </ul>
2150           <em>Application</em>
2151           <ul>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2154               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2155               yet fixed for El Capitan)
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2159               output when running on non-gb/us i18n platforms
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2163               hidden sequences as flat-file alignment
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2167               launching Chimera
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2171               (also hotfix for 2.9.0b2)
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2175               reference sequence defined
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2179               alignments and views when revealing hidden columns
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2183               view in a cDNA/Protein splitframe
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2187               sequence from project when only one sequence is
2188               represented
2189             </li>
2190             <li>
2191               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2192               in Structure Chooser
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2196               structure consensus didn't refresh annotation panel
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2200               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2204               dialogs format columns correctly, don't display array
2205               data, sort columns according to type
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2209               file chooser is cancelled during an image export
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2213               sequence name containing special characters
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2217               case insensitive
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2221               formatting don't wrap
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2225               truncated so L looks like I in consensus annotation
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2229               currently displayed features for the current selection or
2230               view
2231             </li>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2234               after fetching cross-references, and restoring from
2235               project
2236             </li>
2237             <li>
2238               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2239               followed in the structure viewer
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2243               splitframe not restored from project
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2247               trailing end of protein alignment in transcript/product
2248               splitview when pad-gaps not enabled by default
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2252               is case dependent
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2256               article has been read (reopened issue due to
2257               internationalisation problems)
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2261               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2262               cross-references
2263             </li>
2264
2265             <li>
2266               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2267               alignment as HTML
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2271               multiple structures are shown for one or more sequences.
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2275               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2276               is enabled.
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2280               specific PDB id for sequence
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2284               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2285               columns' is disabled.
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2289               selects lowest rather than highest resolution structures
2290               for each sequence
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2294               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2298               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2302               after clicking on it to create new annotation for a
2303               column.
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2307               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2308             </li>
2309             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2310             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2311           </ul>
2312           <em>Applet</em>
2313           <ul>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2316               hidden columns present before start of sequence
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2320               (JSON jars)
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2324               sequences are hidden in applet
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2328               deployment on examples pages.
2329             </li>
2330           </ul>
2331         </div>
2332       </td>
2333     </tr>
2334     <tr>
2335       <td width="60" nowrap>
2336         <div align="center">
2337           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2338             <em>16/10/2015</em></strong>
2339         </div>
2340       </td>
2341       <td><em>General</em>
2342         <ul>
2343           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2344             jars</li>
2345         </ul></td>
2346       <td>
2347         <div align="left">
2348           <em>Application</em>
2349           <ul>
2350             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2351               shown when tree is partitioned</li>
2352             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2353               multiple cDNA/Protein split views</li>
2354           </ul>
2355         </div>
2356       </td>
2357     </tr>
2358     <tr>
2359       <td width="60" nowrap>
2360         <div align="center">
2361           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2362             <em>8/10/2015</em></strong>
2363         </div>
2364       </td>
2365       <td><em>General</em>
2366         <ul>
2367           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2368             2.9</li>
2369         </ul> <em>Application</em>
2370         <ul>
2371           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2372           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2373           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2374         </ul> <em>Applet</em>
2375         <ul>
2376           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2377         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2378         <ul>
2379           <li>
2380             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2381             suite
2382           </li>
2383         </ul></td>
2384       <td>
2385         <div align="left">
2386           <em>General</em>
2387           <ul>
2388             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2389               incorrect when sequence start > 1</li>
2390             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2391               documentation</li>
2392             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2393             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2394               loading a features file containing HTML tags in feature
2395               description</li>
2396
2397           </ul>
2398           <em>Application</em>
2399           <ul>
2400             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2401               reimport</li>
2402             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2403               with 'trim retrieved sequences'</li>
2404             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2405               deleting selected columns</li>
2406             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2407               JNLP templates for webstart launch</li>
2408             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2409               unreleased structures for download or viewing</li>
2410             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2411               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2412             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2413               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2414             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2415               recovered from jalview project</li>
2416             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2417               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2418               alignment view</li>
2419             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2420               color schemes from BioJSON</li>
2421           </ul>
2422           <em>Applet</em>
2423           <ul>
2424             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2425               frame</li>
2426             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2427           </ul>
2428         </div>
2429       </td>
2430     </tr>
2431     <tr>
2432       <td><div align="center">
2433           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2434         </div></td>
2435       <td><em>General</em>
2436         <ul>
2437           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2438             alignments:
2439             <ul>
2440               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2441                 and DNA alignment views</li>
2442               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2443                 cDNA alignment views</li>
2444               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2445                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2446               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2447                 protein sequences</li>
2448             </ul>
2449           </li>
2450           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2451           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2452             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2453           <li>New alignment annotation file statements for
2454             reference sequences and marking hidden columns</li>
2455           <li>Reference sequence based alignment shading to
2456             highlight variation</li>
2457           <li>Select or hide columns according to alignment
2458             annotation</li>
2459           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2460           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2461             acid conservation row</li>
2462           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2463         </ul> <em>Application</em>
2464         <ul>
2465           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2466             <ul>
2467               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2468                 view with cDNA/Protein</li>
2469               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2470                 sequences are placed in the same alignment</li>
2471               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2472                 projects</li>
2473             </ul>
2474           </li>
2475
2476           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2477           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2478             Jalview windows</li>
2479
2480           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2481           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2482           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2483             be shown in VARNA</li>
2484
2485           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2486             as the active selected region</li>
2487
2488           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2489             similarity</li>
2490           <li>New Export options
2491             <ul>
2492               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2493                 region export in flat file generation</li>
2494
2495               <li>Export alignment views for display with the <a
2496                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2497
2498               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2499               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2500                 alignment figures to HTML</li>
2501           </li>
2502           <li>3D structure retrieval and display
2503             <ul>
2504               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2505                 Search API</li>
2506               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2507                 PDB structures for a sequence set</li>
2508             </ul>
2509           </li>
2510
2511           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2512             predictions</li>
2513           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2514             for one or a group of sequences</li>
2515           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2516             from the JPred4 web server</li>
2517           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2518             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2519             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2520           </li>
2521           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2522             VARNA 2D Structure'</li>
2523           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2524             Structure ..."</li>
2525
2526         </ul> <em>Applet</em>
2527         <ul>
2528           <li>New layout for applet example pages</li>
2529           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2530             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2531           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2532             Protein alignments</li>
2533         </ul> <em>Development and deployment</em>
2534         <ul>
2535           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2536           <li>Include installation type and git revision in build
2537             properties and console log output</li>
2538           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2539             storing BioJsMSA Templates</li>
2540           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2541         </ul></td>
2542       <td>
2543         <!-- <em>General</em>
2544         <ul>
2545         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2546         <ul>
2547           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2548           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2549           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2550             predictions are not highlighted in amber</li>
2551           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2552             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2553           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2554             associated structure views</li>
2555           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2556             width checkbox not enabled</li>
2557           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2558             creating user defined colours</li>
2559           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2560             mappings for just that viewer's sequences</li>
2561           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2562             multiple models in Chimera</li>
2563           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2564             over Jmol structure</li>
2565           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2566             output to text box</li>
2567           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2568             have incorrect sequence start/end</li>
2569           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2570             Jalview fails</li>
2571           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2572             work for nucleotide</li>
2573           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2574             to a grey/invisible alignment window</li>
2575           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2576             imports to different position</li>
2577           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2578             on some platforms</li>
2579           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2580             populated</li>
2581           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2582             console if Chimera has been opened</li>
2583           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2584           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2585             retrieved</li>
2586           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2587           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2588             either sequence shows on first structure</li>
2589           <li>'Show annotations' options should not make
2590             non-positional annotations visible</li>
2591           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2592             in right place after 'view flanking regions'</li>
2593           <li>File Save As type unset when current file format is
2594             unknown</li>
2595           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2596             projects</li>
2597           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2598             responsive</li>
2599           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2600             several views on same alignment</li>
2601           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2602           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2603             spaces</li>
2604         </ul> <em>Applet</em>
2605         <ul>
2606           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2607           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2608             descriptions containing angle brackets</li>
2609         </ul> <em>General</em>
2610         <ul>
2611           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2612             via jalview annotation file</li>
2613           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2614             with RNA secondary structure</li>
2615           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2616             translation doesn't work.</li>
2617           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2618           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2619             positions</li>
2620           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2621             choosing 1pt font</li>
2622           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2623             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2624             'h'</li>
2625           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2626             new feature</li>
2627           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2628             order dependent</li>
2629           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2630             sequences</li>
2631           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2632         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2633         <ul>
2634           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2635             www.jalview.org</li>
2636         </ul> <em>Application Known issues</em>
2637         <ul>
2638           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2639           <li>Misleading message appears after trying to delete
2640             solid column.</li>
2641           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2642             version launches</li>
2643           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2644             fails with a sequence mismatch</li>
2645           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2646             scrolling alignment to right</li>
2647           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2648             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2649           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2650             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2651           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2652             ultra-high resolution</li>
2653           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2654             quality and conservation</li>
2655           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2656             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2657         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2658         <ul>
2659           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2660           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2661             window is being resized</li>
2662
2663         </ul>
2664       </td>
2665     </tr>
2666     <tr>
2667       <td><div align="center">
2668           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2669         </div></td>
2670       <td><em>General</em>
2671         <ul>
2672           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2673             Certum.PL.</li>
2674           <li>Features and annotation preserved when performing
2675             pairwise alignment</li>
2676           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2677             imported/exported/displayed</li>
2678           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2679             protein secondary structure</li>
2680           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2681               post-hoc with 2.9 release</em>)
2682           </li>
2683
2684         </ul> <em>Application</em>
2685         <ul>
2686           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2687             with 3D structures</li>
2688           <li>Support for parsing RNAML</li>
2689           <li>Annotations menu for layout
2690             <ul>
2691               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2692               <li>place sequence annotation above/below alignment
2693                 annotation</li>
2694             </ul>
2695           <li>Output in Stockholm format</li>
2696           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2697             translation</li>
2698           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2699           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2700             shared between alignments</li>
2701           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2702             Jalview</li>
2703           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2704             all or current selection</li>
2705           <li>disorder and secondary structure predictions
2706             available as dataset annotation</li>
2707           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2708
2709
2710           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2711             alignments from Rfam</li>
2712           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2713
2714           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2715             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2716           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2717           <li>include installation type in build properties and
2718             console log output</li>
2719           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2720             annotation</li>
2721         </ul></td>
2722       <td>
2723         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2724         <ul>
2725           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2726             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2727           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2728             alignment</li>
2729           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2730           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2731           <li>Double click on sequence associated annotation
2732             selects only first column</li>
2733           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2734             leaves shown in tree</li>
2735           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2736             properly</li>
2737           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2738           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2739             screen and buttons not visible</li>
2740           <li>author list isn't updated if already written to
2741             Jalview properties</li>
2742           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2743             from database</li>
2744           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2745           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2746             browser search window</li>
2747           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2748             in feature settings dialog</li>
2749           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2750             desktop</li>
2751           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2752             pass validation</li>
2753           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2754             fit on screen</li>
2755           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2756             tooltip</li>
2757           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2758             defined user preset</li>
2759           <li>MSA web services warns user if they were launched
2760             with invalid input</li>
2761           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2762             Java 8</li>
2763           <li>
2764             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2765             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2766             created
2767           </li>
2768
2769         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2770         <ul>
2771         </ul> <em>General</em>
2772         <ul>
2773         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2774         <ul>
2775           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2776             memory allocation</li>
2777           <li>launchApp service doesn't automatically open
2778             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2779           <li>
2780             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2781             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2782             1.7_055 is available
2783           </li>
2784         </ul> <em>Application Known issues</em>
2785         <ul>
2786           <li>
2787             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2788             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2789             alignment to right
2790           </li>
2791           <li>
2792             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2793             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2794             with large number of ID
2795           </li>
2796           <li>
2797             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2798             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2799             start/end
2800           </li>
2801           <li>
2802             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2803             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2804             structure tracks are rearranged
2805           </li>
2806           <li>
2807             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2808             invalid rna structure positional highlighting does not
2809             highlight position of invalid base pairs
2810           </li>
2811           <li>
2812             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2813             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2814             project from alignment window file menu
2815           </li>
2816           <li>
2817             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2818             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2819             structures
2820           </li>
2821           <li>
2822             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2823             colour by RNA Helices not enabled when user created
2824             annotation added to alignment
2825           </li>
2826           <li>
2827             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2828             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2829           </li>
2830         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2831         <ul>
2832           <li>
2833             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2834             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2835           </li>
2836           <li>
2837             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2838             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2839           </li>
2840
2841           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2842             when selected</li>
2843         </ul>
2844       </td>
2845     </tr>
2846     <tr>
2847       <td><div align="center">
2848           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2849         </div></td>
2850       <td>
2851         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2852         <em>General</em>
2853         <ul>
2854           <li>Internationalisation of user interface (usually
2855             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2856           <li>Define/Undefine group on current selection with
2857             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2858           <li>Improved group creation/removal options in
2859             alignment/sequence Popup menu</li>
2860           <li>Sensible precision for symbol distribution
2861             percentages shown in logo tooltip.</li>
2862           <li>Annotation panel height set according to amount of
2863             annotation when alignment first opened</li>
2864         </ul> <em>Application</em>
2865         <ul>
2866           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2867             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2868           <li>Select columns containing particular features from
2869             Feature Settings dialog</li>
2870           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2871             sequences</li>
2872           <li>Update Jalview project format:
2873             <ul>
2874               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2875               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2876                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2877               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2878                 colouring</li>
2879             </ul>
2880           </li>
2881           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2882             (PAM250)</li>
2883           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2884             flanking regions for an alignment</li>
2885         </ul>
2886       </td>
2887       <td>
2888         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2889         <ul>
2890           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2891             running after job is cancelled</li>
2892           <li>cannot export features from alignments imported from
2893             Jalview/VAMSAS projects</li>
2894           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2895             float values</li>
2896           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2897             have 'display all symbols' flag set</li>
2898           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2899             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2900           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2901             Jalview</li>
2902           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2903             Lion/Webstart</li>
2904           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2905           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2906           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2907             alignment onto desktop</li>
2908           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2909             'extract scores' function</li>
2910           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2911             alignment window</li>
2912           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2913             performing IUPred disorder prediction</li>
2914           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2915             changing 'normalise logo' display setting</li>
2916           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2917             nothing matches query</li>
2918           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2919             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2920           </li>
2921           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2922             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2923           </li>
2924           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2925             Jalview's menu</li>
2926           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2927             'invalid literal/length code'</li>
2928           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2929             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2930           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2931             colourscheme</li>
2932
2933         </ul> <em>Applet</em>
2934         <ul>
2935           <li>Remove group option is shown even when selection is
2936             not a group</li>
2937           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2938             don't affect groups</li>
2939           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2940             colourscheme name</li>
2941           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2942             Annotation panel is not displayed</li>
2943           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2944             embedded windows</li>
2945         </ul> <em>Other</em>
2946         <ul>
2947           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2948             single sequence were not calculated</li>
2949           <li>annotation files that contain only groups imported as
2950             annotation and junk sequences</li>
2951           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2952             recognised as PFAM or BLC</li>
2953           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2954             doesn't affect background (2.8.0b1)
2955           <li></li>
2956           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2957           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2958             trailing gaps</li>
2959           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2960             registered correctly on import</li>
2961           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2962             certain alignments</li>
2963           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2964             existing annotation based 'use original colours'
2965             colourscheme loses original colours setting</li>
2966         </ul>
2967       </td>
2968     </tr>
2969     <tr>
2970       <td><div align="center">
2971           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2972             <em>30/1/2014</em></strong>
2973         </div></td>
2974       <td>
2975         <ul>
2976           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2977             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2978             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2979             open source project).
2980           </li>
2981           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2982           <li>Output in Stockholm format</li>
2983           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2984           <li>Export/import group and sequence associated line
2985             graph thresholds</li>
2986           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2987             ambiguity codes</li>
2988           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2989             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2990             works</li>
2991           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2992         </ul> <em>Other improvements</em>
2993         <ul>
2994           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2995           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2996             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2997           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2998             files</li>
2999           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3000           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3001             link but no description</li>
3002           <li>Select primary source when selecting authority in
3003             database fetcher GUI</li>
3004           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3005             Jalview</li>
3006           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3007         </ul>
3008       </td>
3009       <td>
3010         <ul>
3011           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3012             displayed</li>
3013           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3014             secondary structure annotation line</li>
3015           <li>Sequence database accessions not imported when
3016             fetching alignments from Rfam</li>
3017           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3018             identical IDs</li>
3019           <li>View all structures does not always superpose
3020             structures</li>
3021           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3022             reflect user or preset settings</li>
3023           <li>Null pointer exceptions for some services without
3024             presets or adjustable parameters</li>
3025           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3026             discover PDB xRefs</li>
3027           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3028             features with DAS</li>
3029           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3030             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3031           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3032             residue follows a gap</li>
3033           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3034             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3035           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3036             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3037           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3038             annotation already exists on alignment</li>
3039           <li>oninit javascript function should be called after
3040             initialisation completes</li>
3041           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3042             alignment window display</li>
3043           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3044           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3045             to annotation file</li>
3046           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3047             groups created</li>
3048           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3049             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3050           <li>Pressing return several times causes Number Format
3051             exceptions in keyboard mode</li>
3052           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3053             correct partitions for input data</li>
3054           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3055           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3056           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3057           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3058             mode</li>
3059           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3060             changes one row&#39;s threshold</li>
3061           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3062             doesn&#39;t open</li>
3063           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3064             quality histograms</li>
3065         </ul>
3066       </td>
3067     </tr>
3068     <tr>
3069       <td><div align="center">
3070           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3071         </div></td>
3072       <td><em>Application</em>
3073         <ul>
3074           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3075             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3076           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3077             preferences</li>
3078           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3079             in Jalview alignment window</li>
3080           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3081             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3082           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3083             RNA and ambiguity codes</li>
3084
3085           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3086           <li>Support fetching and database reference look up
3087             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3088             refs')</li>
3089           <li>Jalview project improvements
3090             <ul>
3091               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3092                 flag for annotation</li>
3093               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3094                 alignment</li>
3095               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3096                 Jalview project</li>
3097
3098             </ul>
3099           </li>
3100           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3101           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3102             running</li>
3103           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3104           <li>visual indication that web service results are still
3105             being retrieved from server</li>
3106           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3107             starts up for first time</li>
3108           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3109             services</li>
3110           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3111             client library</li>
3112           <li>Examples directory and Groovy library included in
3113             InstallAnywhere distribution</li>
3114         </ul> <em>Applet</em>
3115         <ul>
3116           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3117             visualization applet example</li>
3118         </ul> <em>General</em>
3119         <ul>
3120           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3121           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3122             defaults</li>
3123           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3124             calculation</li>
3125           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3126             matrices
3127           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3128             in HTML</li>
3129           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3130             structure contacts</li>
3131           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3132           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3133           <li>Parse sequence associated secondary structure
3134             information in Stockholm files</li>
3135           <li>HTML Export database accessions and annotation
3136             information presented in tooltip for sequences</li>
3137           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3138             style RNA alignment files</li>
3139           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3140             alignment</li>
3141           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3142             shade each sequence according to its associated alignment
3143             annotation</li>
3144           <li>New Jalview Logo</li>
3145         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3146         <ul>
3147           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3148           <li>New Website!</li>
3149         </ul></td>
3150       <td><em>Application</em>
3151         <ul>
3152           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3153             wsdbfetch REST service</li>
3154           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3155           <li>Filetype associations not installed for webstart
3156             launch</li>
3157           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3158             job execution in full once it is complete</li>
3159           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3160             uploaded via ali_file parameter</li>
3161           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3162           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3163           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3164             submitted for prediction</li>
3165           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3166             desktop window</li>
3167           <li>Putting fractional value into integer text box in
3168             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3169           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3170             windows 7</li>
3171           <li>View all structures fails with exception shown in
3172             structure view</li>
3173           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3174             escaped in a platform independent way</li>
3175           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3176             using proxy</li>
3177           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3178             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3179           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3180             failure when java web start temporary file caching is
3181             disabled</li>
3182           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3183             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3184           <li>Errors during processing of command line arguments
3185             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3186           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3187             DAS sources in sequence fetcher</li>
3188           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3189             dialog is shown</li>
3190           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3191           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3192           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3193           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3194             on OSX Mountain Lion</li>
3195           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3196             sequences with alignment annotation are pasted into the
3197             alignment</li>
3198           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3199             when loaded from Jalview project</li>
3200           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3201           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3202             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3203           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3204             associated with all views</li>
3205           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3206             annotation rows to new window</li>
3207         </ul> <em>Applet</em>
3208         <ul>
3209           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3210             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3211           <li>loading features via javascript API automatically
3212             enables feature display</li>
3213           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3214             work</li>
3215         </ul> <em>General</em>
3216         <ul>
3217           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3218           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3219             and then deselected</li>
3220           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3221           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3222             coloured with clustalx</li>
3223           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3224             exceptions and redraw errors</li>
3225           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3226             reconfigured view</li>
3227           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3228             colour</li>
3229           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3230             for lots of labels</li>
3231         </ul>
3232     </tr>
3233     <tr>
3234       <td>
3235         <div align="center">
3236           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3237         </div>
3238       </td>
3239       <td><em>Application</em>
3240         <ul>
3241           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3242           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3243           <li>View/alignment association menu to enable user to
3244             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3245             its colours/correspondences from</li>
3246           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3247           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3248             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3249           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3250           <li>Annotation row column label formatting attributes
3251             stored in project file</li>
3252           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3253             rows preserved in Jalview project file</li>
3254           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3255             saved using Desktop window menu</li>
3256           <li>Visual indication that command line arguments are
3257             still being processed</li>
3258           <li>Groovy script execution from URL</li>
3259           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3260             preferences</li>
3261           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3262             alignment with sequences that have high similarity and
3263             matching IDs</li>
3264           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3265           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3266             structures in same window</li>
3267           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3268           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3269             analysis function in its own submenu</li>
3270         </ul> <em>Applet</em>
3271         <ul>
3272           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3273             groups</li>
3274           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3275           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3276           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3277           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3278           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3279             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3280           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3281           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3282             parameters are treated as such</li>
3283           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3284             <ul>
3285               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3286               <li>Javascript callbacks for
3287                 <ul>
3288                   <li>Applet initialisation</li>
3289                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3290                 </ul>
3291               </li>
3292               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3293                 functions</li>
3294               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3295               <li>javascript structure viewer harness to pass
3296                 messages between Jmol and Jalview when running as
3297                 distinct applets</li>
3298               <li>sortBy method</li>
3299               <li>Set of applet and application examples shipped
3300                 with documentation</li>
3301               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3302                 javascript message exchange</li>
3303             </ul>
3304         </ul> <em>General</em>
3305         <ul>
3306           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3307             multiple alignments</li>
3308           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3309           <li>User configurable link to enable redirects to a
3310             www.Jalview.org mirror</li>
3311           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3312           <li>Configurable newline string when writing alignment
3313             and other flat files</li>
3314           <li>Allow alignment annotation description lines to
3315             contain html tags</li>
3316         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3317         <ul>
3318           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3319             examples</li>
3320           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3321             using a web service before displaying the result in the
3322             Jalview desktop</li>
3323           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3324           <li>Ant target to publish example html files with applet
3325             archive</li>
3326           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3327           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3328         </ul></td>
3329       <td><em>Application</em>
3330         <ul>
3331           <li>User defined colourscheme throws exception when
3332             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3333           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3334             dialog for valid filename/format</li>
3335           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3336           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3337             P37173</li>
3338           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3339             which sequence is to be associated with the file</li>
3340           <li>Find All raises null pointer exception when query
3341             only matches sequence IDs</li>
3342           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3343           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3344             2.4 cannot be loaded</li>
3345           <li>Filetype associations not installed for webstart
3346             launch</li>
3347           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3348             with sequences in different alignments do not get coloured
3349             by their associated sequence</li>
3350           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3351             not preserved when project is loaded</li>
3352           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3353             stored in Jalview project</li>
3354           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3355             Jalview project</li>
3356           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3357           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3358             by conservation</li>
3359           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3360             created on new view</li>
3361           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3362             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3363           <li>Alignment quality not updated after alignment
3364             annotation row is hidden then shown</li>
3365           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3366             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3367           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3368             properly</li>
3369           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3370             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3371           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3372           <li>Structures imported from file and saved in project
3373             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3374           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3375             job execution in full once it is complete</li>
3376         </ul> <em>Applet</em>
3377         <ul>
3378           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3379             annotation rows are displayed</li>
3380           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3381             codebase</li>
3382           <li>View follows highlighting does not work for positions
3383             in sequences</li>
3384           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3385           <li>Export features raises exception when no features
3386             exist</li>
3387           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3388             for javascript api is modified when separator string
3389             provided as parameter</li>
3390           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3391             alignment with no existing selection</li>
3392           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3393             to applet&#39;s codebase</li>
3394           <li>Status bar not updated after finished searching and
3395             search wraps around to first result</li>
3396           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3397             several Jalview applets causes race conditions and memory
3398             leaks</li>
3399           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3400             not sent from Jmol in applet</li>
3401           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3402             applet API fatally hang browser</li>
3403         </ul> <em>General</em>
3404         <ul>
3405           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3406             position with wrapped view and hidden regions</li>
3407           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3408             with/without hidden columns</li>
3409           <li>Sequence length given in alignment properties window
3410             is off by 1</li>
3411           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3412             import PDB like structure files</li>
3413           <li>Positional search results are only highlighted
3414             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3415           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3416           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3417             given sequence position</li>
3418           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3419             output</li>
3420           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3421             from nucleotide chains correctly</li>
3422           <li>Structure colours not updated when tree partition
3423             changed in alignment</li>
3424           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3425             parsed in interleaved stockholm</li>
3426           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3427             state</li>
3428           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3429             properly</li>
3430           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3431             properly associated with their pdb files</li>
3432         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3433         <ul>
3434           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3435             ApplyCopyright tool</li>
3436         </ul></td>
3437     </tr>
3438     <tr>
3439       <td>
3440         <div align="center">
3441           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3442         </div>
3443       </td>
3444       <td><em>Application</em>
3445         <ul>
3446           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3447             contact web services</li>
3448           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3449             service job window</li>
3450           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3451         </ul></td>
3452       <td>
3453         <ul>
3454           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3455             pir file emitted by Jalview</li>
3456           <li>Existing feature settings transferred to new
3457             alignment view created from cut'n'paste</li>
3458           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3459             parsing PDB files</li>
3460           <li>Consensus and conservation annotation rows
3461             occasionally become blank for all new windows</li>
3462           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3463             in wrapped view mode</li>
3464         </ul> <em>Application</em>
3465         <ul>
3466           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3467             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3468           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3469             parameter names</li>
3470           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3471             is down</li>
3472         </ul>
3473       </td>
3474     </tr>
3475     <tr>
3476       <td>
3477         <div align="center">
3478           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3479         </div>
3480       </td>
3481       <td><em>Application</em>
3482         <ul>
3483           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3484             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3485             (JABAWS)
3486           </li>
3487           <li>Web Services preference tab</li>
3488           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3489             preferences</li>
3490           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3491           <li>Superpose structures using associated sequence
3492             alignment</li>
3493           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3494             viewer</li>
3495         </ul> <em>Applet</em>
3496         <ul>
3497           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3498             link out mechanism</li>
3499         </ul> <em>Other</em>
3500         <ul>
3501           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3502             series 12</li>
3503           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3504             require Java 1.5</li>
3505           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3506             sequence annotation files</li>
3507           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3508             type colour specification</li>
3509           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3510             script to check if it being run in an interactive session or
3511             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3512         </ul></td>
3513       <td>
3514         <ul>
3515           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3516             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3517         </ul> <em>Application</em>
3518         <ul>
3519           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3520             selected Regions menu item</li>
3521           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3522             part of a valid accession ID</li>
3523           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3524             runs out of memory</li>
3525           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3526             analysis results</li>
3527           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3528             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3529           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3530         </ul> <em>Applet</em>
3531         <ul>
3532           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3533             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3534             defined.</li>
3535         </ul>
3536       </td>
3537     </tr>
3538     <tr>
3539       <td>
3540         <div align="center">
3541           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3542         </div>
3543       </td>
3544       <td></td>
3545       <td>
3546         <ul>
3547           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3548             sequence IDs</li>
3549           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3550             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3551           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3552             import correctly</li>
3553           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3554             number of columns are hidden</li>
3555           <li>annotation label popup menu not providing correct
3556             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3557             present</li>
3558           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3559             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3560           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3561             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3562
3563         </ul> <em>Applet</em>
3564         <ul>
3565           <li>annotation panel disappears when annotation is
3566             hidden/removed</li>
3567         </ul> <em>Application</em>
3568         <ul>
3569           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3570             alignment opened where annotation panel is visible but no
3571             annotations are present on alignment</li>
3572           <li>pasted region containing hidden columns is
3573             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3574           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3575             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3576           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3577             selected Rregions menu item.</li>
3578           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3579             'Un' or 'Non'conserved</li>
3580           <li>Sequence feature settings are being shared by
3581             multiple distinct alignments</li>
3582           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3583             changed</li>
3584           <li>double click on group annotation to select sequences
3585             does not propagate to associated trees</li>
3586           <li>Mac OSX specific issues:
3587             <ul>
3588               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3589                 window background</li>
3590               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3591                 name set correctly</li>
3592               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3593                 save feature colourscheme button</li>
3594             </ul>
3595           </li>
3596         </ul>
3597       </td>
3598     </tr>
3599     <tr>
3600
3601       <td>
3602         <div align="center">
3603           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3604         </div>
3605       </td>
3606       <td><em>New Capabilities</em>
3607         <ul>
3608           <li>URL links generated from description line for
3609             regular-expression based URL links (applet and application)
3610
3611           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3612             menu</li>
3613           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3614             structures</li>
3615           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3616             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3617           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3618             average score or total feature count for each sequence.</li>
3619           <li>Shading features by score or associated description</li>
3620           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3621             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3622           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3623             hide everything but the currently selected region.</li>
3624           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3625         </ul> <em>Application</em>
3626         <ul>
3627           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3628             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3629           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3630             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3631           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3632             database references and protein_name is parsed as
3633             description line (BioSapiens terms).</li>
3634           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3635             references in sequence ID tooltip from View menu in
3636             application.</li>
3637           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3638       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3639           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3640             conservation plots</li>
3641           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3642             and visualized as sequence logos</li>
3643           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3644             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3645           </li>
3646           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3647             when a new tree is opened.</li>
3648           <li>Jalview Java Console</li>
3649           <li>Better placement of desktop window when moving
3650             between different screens.</li>
3651           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3652             consensus annotation</li>
3653           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3654             Workflows</li>
3655           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3656             <ul>
3657               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3658                 used to preserve views, structures, and tree display
3659                 settings)</li>
3660               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3661                 command line</li>
3662               <li>Sharing of selected regions between views and
3663                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3664               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3665             </ul></li>
3666         </ul> <em>Applet</em>
3667         <ul>
3668           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3669           <li>New Parameters
3670             <ul>
3671               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3672                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3673                 opened.</li>
3674               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3675                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3676               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3677                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3678               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3679                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3680                 view</li>
3681               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3682                 increase the height or width of a cell in the alignment
3683                 grid relative to the current font size.</li>
3684             </ul>
3685           </li>
3686           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3687             tooltip</li>
3688         </ul> <em>Other</em>
3689         <ul>
3690           <li>Features format: graduated colour definitions and
3691             specification of feature scores</li>
3692           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3693             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3694             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3695           <li>XML formats extended to support graduated feature
3696             colourschemes, group associated annotation, and profile
3697             visualization settings.</li></td>
3698       <td>
3699         <ul>
3700           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3701             rather than description</li>
3702           <li>Non-positional features are now included in sequence
3703             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3704             visibility in tooltip).</li>
3705           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3706           <li>Added URL embedding instructions to features file
3707             documentation.</li>
3708           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3709             'X' in peptide product</li>
3710           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3711             sequence ID and sequence string and query strings do not
3712             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3713           <li>AMSA files only contain first column of
3714             multi-character column annotation labels</li>
3715           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3716             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3717             exported and re-imported)</li>
3718           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3719             name</li>
3720           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3721             as subsequence matches, and correctly reports total number
3722             of both.</li>
3723           <li>Application:
3724             <ul>
3725               <li>Better handling of exceptions during sequence
3726                 retrieval</li>
3727               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3728                 link text excludes the start_end suffix</li>
3729               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3730                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3731               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3732               <li>Sequence description lines properly shared via
3733                 VAMSAS</li>
3734               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3735                 data sources</li>
3736               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3737                 completes before alignment figures are generated.</li>
3738               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3739                 first time.</li>
3740               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3741                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3742               <li>User defined group colours properly recovered
3743                 from Jalview projects.</li>
3744             </ul>
3745           </li>
3746         </ul>
3747       </td>
3748
3749     </tr>
3750     <tr>
3751       <td>
3752         <div align="center">
3753           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3754         </div>
3755       </td>
3756       <td>
3757         <ul>
3758           <li>Experimental support for google analytics usage
3759             tracking.</li>
3760           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3761         </ul>
3762       </td>
3763       <td>
3764         <ul>
3765           <li>Race condition in applet preventing startup in
3766             jre1.6.0u12+.</li>
3767           <li>Exception when feature created from selection beyond
3768             length of sequence.</li>
3769           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3770           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3771             all sequences with a given id</li>
3772           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3773             ID string searches</li>
3774           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3775             alignment to fail with exception</li>
3776         </ul> <em>Application Issues</em>
3777         <ul>
3778           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3779           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3780             data sources</li>
3781         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3782         <ul>
3783           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3784             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3785           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3786             version (java class versioning error fixed)</li>
3787         </ul>
3788       </td>
3789     </tr>
3790     <tr>
3791       <td>
3792
3793         <div align="center">
3794           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3795         </div>
3796       </td>
3797       <td><em>User Interface</em>
3798         <ul>
3799           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3800             translation and protein products</li>
3801           <li>Linked highlighting of structure associated with
3802             residue mapping to codon position</li>
3803           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3804             and 'clear' button</li>
3805           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3806             Tools menu</li>
3807           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3808             numeric data in description line</li>
3809           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3810           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3811             of sequence</li>
3812         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3813         <ul>
3814           <li>JPred3 web service</li>
3815           <li>Prototype sequence search client (no public services
3816             available yet)</li>
3817           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3818             PFAM</li>
3819           <li>URL Links created for matching database cross
3820             references as well as sequence ID</li>
3821           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3822         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3823         <ul>
3824           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3825             databases</li>
3826           <li>Generalised database reference retrieval and
3827             validation to all fetchable databases</li>
3828           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3829             sequence command</li>
3830         </ul> <em>Import and Export</em>
3831         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3832         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3833           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3834         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3835           File</li>
3836         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3837           triplet as name of colourscheme</li>
3838         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3839         <ul>
3840           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3841           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3842             alignments (experimental)</li>
3843           <li>Create new or select existing session to join</li>
3844           <li>load and save of vamsas documents</li>
3845         </ul> <em>Application command line</em>
3846         <ul>
3847           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3848             from applet)</li>
3849           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3850             of DAS servers to query for alignment features</li>
3851           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3852             that are also automatically queried for features</li>
3853           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3854             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3855         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3856         <ul>
3857           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3858             application (when using &quot;View in full
3859             application&quot;)</li>
3860         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3861         <ul>
3862           <li>feature group display control parameter</li>
3863           <li>debug parameter</li>
3864           <li>showbutton parameter</li>
3865         </ul> <em>Applet API methods</em>
3866         <ul>
3867           <li>newView public method</li>
3868           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3869           <li>Feature display control methods</li>
3870           <li>get list of currently selected sequences</li>
3871         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3872         <ul>
3873           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3874           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3875             Jalview release.</li>
3876           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3877             property controls execution of obfuscator</li>
3878           <li>Build target for generating source distribution</li>
3879           <li>Debug flag for javacc</li>
3880           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3881             jalview.bin.Cache</li>
3882           <li>Continuous Build Integration for stable and
3883             development version of Application, Applet and source
3884             distribution</li>
3885         </ul></td>
3886       <td>
3887         <ul>
3888           <li>selected region output includes visible annotations
3889             (for certain formats)</li>
3890           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3891             for editing</li>
3892           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3893           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3894           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3895           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3896             comments</li>
3897           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3898             filenames containing a ':'</li>
3899           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3900             global sequence features</li>
3901           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3902             references from alignment sequences goes to zero</li>
3903           <li>Close of tree branch colour box without colour
3904             selection causes cascading exceptions</li>
3905           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3906           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3907             file parsing fails.</li>
3908           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3909           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3910             not a valid output format</li>
3911           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3912             vamsas</li>
3913           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3914           <li>error messages passed up and output when data read
3915             fails</li>
3916           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3917             sequence is edited</li>
3918           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3919             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3920           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3921             filetype</li>
3922           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3923             import fixed for PFAM records</li>
3924           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3925             window list</li>
3926           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3927             can be read and written correctly to annotation file</li>
3928           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3929             correctly</li>
3930           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3931             non-italic font for representatives in Applet</li>
3932           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3933             Macs.</li>
3934           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3935             Applet)</li>
3936           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3937             due to null pointer exceptions</li>
3938           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3939             first column of alignment</li>
3940           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3941             July 2008</li>
3942           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3943             file is case-insensitive</li>
3944           <li>Sequence features read from Features file appended to
3945             all sequences with matching IDs</li>
3946           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3947             containing a sub-sequence</li>
3948           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3949           <li>feature and annotation file applet parameters
3950             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3951           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3952           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3953             splash-screen version check to complete</li>
3954           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3955             when passing them to the launchApp service</li>
3956           <li>display name and local features preserved in results
3957             retrieved from web service</li>
3958           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3959             sequence fetcher initialisation</li>
3960           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3961             dasobert DAS client</li>
3962           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3963             association</li>
3964           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3965             sequences
3966           </li>
3967         </ul>
3968       </td>
3969     </tr>
3970     <tr>
3971       <td>
3972         <div align="center">
3973           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3974         </div>
3975       </td>
3976       <td>
3977         <ul>
3978           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3979           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3980           <li>Slide sequences</li>
3981           <li>Edit sequence in place</li>
3982           <li>EMBL CDS features</li>
3983           <li>DAS Feature mapping</li>
3984           <li>Feature ordering</li>
3985           <li>Alignment Properties</li>
3986           <li>Annotation Scores</li>
3987           <li>Sort by scores</li>
3988           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3989         </ul>
3990       </td>
3991       <td>
3992         <ul>
3993           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3994           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3995           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3996           <li>Feature group display state in XML</li>
3997           <li>Feature ordering in XML</li>
3998           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3999           <li>Stockholm alignment properties</li>
4000           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4001           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4002           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4003           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4004         </ul>
4005       </td>
4006
4007     </tr>
4008     <tr>
4009       <td>
4010         <div align="center">
4011           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4012         </div>
4013       </td>
4014       <td>
4015         <ul>
4016           <li>Non standard characters can be read and displayed
4017           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4018             applet via textbox
4019           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4020             name &amp; description
4021           <li>Preference setting to display sequence name in
4022             italics
4023           <li>Annotation file format extended to allow
4024             Sequence_groups to be defined
4025           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4026             specified in preferences
4027           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4028             sequences
4029         </ul>
4030       </td>
4031       <td>
4032         <ul>
4033           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4034             installed
4035           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4036           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4037         </ul>
4038       </td>
4039     </tr>
4040     <tr>
4041       <td>
4042         <div align="center">
4043           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4044         </div>
4045       </td>
4046       <td>
4047         <ul>
4048           <li>Multiple views on alignment
4049           <li>Sequence feature editing
4050           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4051           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4052           <li>Background dependent text colour
4053           <li>Right align sequence ids
4054           <li>User-defined lower case residue colours
4055           <li>Format Menu
4056           <li>Select Menu
4057           <li>Menu item accelerator keys
4058           <li>Control-V pastes to current alignment
4059           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4060           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4061           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4062
4063           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4064         </ul>
4065       </td>
4066       <td>
4067         <ul>
4068           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4069           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4070             calculations
4071           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4072             edits
4073           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4074             of alignment)
4075           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4076
4077           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4078             display correctly
4079           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4080           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4081             analysis results
4082           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4083             &#8739;
4084           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4085           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4086           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4087
4088         </ul>
4089       </td>
4090     </tr>
4091     <tr>
4092       <td>
4093         <div align="center">
4094           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4095         </div>
4096       </td>
4097       <td>
4098         <ul>
4099           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4100         </ul>
4101       </td>
4102       <td>
4103         <ul>
4104           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4105             sequence id panel has been resized</li>
4106           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4107             rendered</li>
4108           <li>Annotation files with sequence references - all
4109             elements in file are relative to sequence position</li>
4110           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4111         </ul>
4112       </td>
4113     </tr>
4114     <tr>
4115       <td>
4116         <div align="center">
4117           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4118         </div>
4119       </td>
4120       <td>
4121         <ul>
4122           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4123           <li>DAS Feature fetching</li>
4124           <li>Hide sequences and columns</li>
4125           <li>Export Annotations and Features</li>
4126           <li>GFF file reading / writing</li>
4127           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4128             files</li>
4129           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4130           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4131           <li>Applet can launch the full application</li>
4132           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4133             required)</li>
4134           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4135           <li>Applet can load sequences from parameter
4136             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4137           </li>
4138         </ul>
4139       </td>
4140       <td>
4141         <ul>
4142           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4143           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4144           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4145         </ul>
4146       </td>
4147     </tr>
4148     <tr>
4149       <td>
4150         <div align="center">
4151           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4152         </div>
4153       </td>
4154       <td>
4155         <ul>
4156           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4157           <li>Choose to match case when searching</li>
4158           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4159             expand the visible width and height of the alignment</li>
4160         </ul>
4161       </td>
4162       <td>
4163         <ul>
4164           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4165         </ul>
4166       </td>
4167     </tr>
4168     <tr>
4169       <td>
4170         <div align="center">
4171           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4172         </div>
4173       </td>
4174       <td>&nbsp;</td>
4175       <td>
4176         <ul>
4177           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4178           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4179             value</li>
4180         </ul>
4181       </td>
4182     </tr>
4183     <tr>
4184       <td>
4185         <div align="center">
4186           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4187         </div>
4188       </td>
4189       <td>
4190         <ul>
4191           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4192           <li>Keyboard editing</li>
4193           <li>Create sequence features from searches</li>
4194           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4195             alignments</li>
4196           <li>Features file allows grouping of features</li>
4197           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4198           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4199           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4200         </ul>
4201       </td>
4202       <td>
4203         <ul>
4204           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4205           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4206             descriptions saved.</li>
4207         </ul>
4208       </td>
4209     </tr>
4210     <tr>
4211       <td>
4212         <div align="center">
4213           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4214         </div>
4215       </td>
4216       <td>
4217         <ul>
4218           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4219           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4220           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4221             name for file output</li>
4222           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4223           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4224             used for HTML form input</li>
4225         </ul>
4226       </td>
4227       <td>
4228         <ul>
4229           <li>HTML output writes groups and features</li>
4230           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4231           <li>File IO bugs</li>
4232         </ul>
4233       </td>
4234     </tr>
4235     <tr>
4236       <td>
4237         <div align="center">
4238           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4239         </div>
4240       </td>
4241       <td>
4242         <ul>
4243           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4244           <li>More options for PCA viewer</li>
4245         </ul>
4246       </td>
4247       <td>
4248         <ul>
4249           <li>GUI bugs resolved</li>
4250           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4251         </ul>
4252       </td>
4253     </tr>
4254     <tr>
4255       <td height="63">
4256         <div align="center">
4257           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4258         </div>
4259       </td>
4260       <td>
4261         <ul>
4262           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4263           <li>Jar files are executable</li>
4264           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4265         </ul>
4266       </td>
4267       <td>
4268         <ul>
4269           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4270           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4271           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4272         </ul>
4273       </td>
4274     </tr>
4275     <tr>
4276       <td>
4277         <div align="center">
4278           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4279         </div>
4280       </td>
4281       <td>
4282         <ul>
4283           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4284         </ul>
4285       </td>
4286       <td>
4287         <ul>
4288           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4289         </ul>
4290       </td>
4291     </tr>
4292     <tr>
4293       <td>
4294         <div align="center">
4295           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4296         </div>
4297       </td>
4298       <td>
4299         <ul>
4300           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4301             size</li>
4302         </ul>
4303       </td>
4304       <td>
4305         <ul>
4306           <li>Improved JPred client reliability</li>
4307           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4308         </ul>
4309       </td>
4310     </tr>
4311     <tr>
4312       <td>
4313         <div align="center">
4314           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4315         </div>
4316       </td>
4317       <td>
4318         <ul>
4319           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4320           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4321           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4322             to Colour Menu</li>
4323           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4324           <li>Unix users can set default web browser</li>
4325           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4326           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4327         </ul>
4328       </td>
4329       <td>
4330         <ul>
4331           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4332         </ul>
4333       </td>
4334     </tr>
4335     <tr>
4336       <td>
4337         <div align="center">
4338           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4339         </div>
4340       </td>
4341       <td>&nbsp;</td>
4342       <td>
4343         <ul>
4344           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4345             alignment order.</li>
4346         </ul>
4347       </td>
4348     </tr>
4349     <tr>
4350       <td>
4351         <div align="center">
4352           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4353         </div>
4354       </td>
4355       <td>
4356         <ul>
4357           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4358           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4359           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4360             annotations.</li>
4361           <li>Version and build date written to build properties
4362             file.</li>
4363           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4364             at launch of Jalview.</li>
4365         </ul>
4366       </td>
4367       <td>
4368         <ul>
4369           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4370           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4371           <li>Can remove groups one by one.</li>
4372           <li>Filechooser icons installed.</li>
4373           <li>Finder ignores return character when searching.
4374             Return key will initiate a search.<br>
4375           </li>
4376         </ul>
4377       </td>
4378     </tr>
4379     <tr>
4380       <td>
4381         <div align="center">
4382           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4383         </div>
4384       </td>
4385       <td>
4386         <ul>
4387           <li>New codebase</li>
4388         </ul>
4389       </td>
4390       <td>&nbsp;</td>
4391     </tr>
4392   </table>
4393   <p>&nbsp;</p>
4394 </body>
4395 </html>