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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>22/04/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map 'virtual'
  66             codon features shown on protein (or vice versa) for display
  67             in alignments, on structure views, in feature reports and for export.
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
  71             exported and re-imported as GFF3 files
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
  75             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  79             validation while parsing
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
  83             position if reopened
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
  87             of associated view
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  91             enabled by default
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
  95             tooltips and menus
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
  99             with no feature types visible
 100           </li>
 101         </ul><em>Jalview Installer</em>
 102             <ul>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 105             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 112           </li>
 113               <li>
 114                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 115               <li>
 116                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 117         </ul> <em>Release processes</em>
 118         <ul>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 121           </li>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 124           </li>
 125         </ul> <em>Build System</em>
 126         <ul>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 132             report
 133           </li>
 134         </ul>
 135         <em>Groovy Scripts</em>
 136             <ul>
 137           <li>
 138             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 139             to stdout containing the consensus sequence for each
 140             alignment in a Jalview session
 141           </li>
 142         </ul>
 143       </td>
 144       <td align="left" valign="top">
 145         <ul>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 148             'Show hidden markers' option is not ticked
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 152             'Show Sequence Features' option is not ticked
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 156             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 157             features are visible
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 161             equal when split frame is first opened
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 165             correct after editing a sequence's start position
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 169             with annotation and exceptions thrown when only a few
 170             columns shown in wrapped mode
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 174             wrapped alignment figure with annotations
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 178             ID fails with ClassCastException
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 182             Project
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 186             feature settings dialog also selects columns
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 190             IllegalArgumentException in some circumstances
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 194             opened for a view
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 198             alignment window is closed
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 202             help documentation for 2.11.0 release
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 206             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 207             Uniprot Accession
 208           </li>
 209         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 210         <ul>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 213             PDB/Uniprot search panel
 214           </li>
 215         </ul> <em>Installer</em>
 216         <ul>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 219             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 220           </li>
 221         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 222         <ul>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 225             repository
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 229             memory
 230           </li>
 231         </ul> <em>New Known Issues</em>
 232         <ul>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 235             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 236             command line
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 240             clipped in headless figure export when Right Align option
 241             enabled
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 245             'Source' in console output
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 249             bamboo server but run fine locally.
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3574 -->Filtering features by genomic location (POS) is broken by rounding
 253           </li>
 254         </ul>
 255       </td>
 256     </tr>
 257     <tr>
 258       <td width="60" align="center" nowrap>
 259           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 260             <em>04/07/2019</em></strong>
 261       </td>
 262       <td align="left" valign="top">
 263         <ul>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 266             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 267             source project) rather than InstallAnywhere
 268           </li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 271             settings, receive over the air updates and launch specific
 272             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 273               Rings' GetDown</a>)
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 277             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 281             arguments and switch between different getdown channels
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 285             or alignment files
 286           </li>
 287
 288           <li>
 289             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 290             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 293             'Translate as cDNA'</li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 296           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 297             <ul>
 298                       <li>
 299             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 300             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 301           <li>
 302                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 303                 features can be filtered and shaded according to any
 304                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 305                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 306                 file)
 307               </li>
 308               <li>
 309                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 310                 stored and restored from Jalview Projects
 311               </li>
 312               <li>
 313                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 314                 recognise variant features
 315               </li>
 316               <li>
 317                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 318                 sequences (also coloured red by default)
 319               </li>
 320               <li>
 321                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 322                 details
 323               </li>
 324               <li>
 325                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 326                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 327               </li>
 328               <li>
 329                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 330                 dialog
 331               </li>
 332             </ul>
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 336             tree and PCA calculations
 337           </li>
 338           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 339             <ul>
 340               <li>
 341                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 342                 and Viewer state saved in Jalview Project
 343               </li>
 344               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 345                 drop-down menus</li>
 346               <li>
 347                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 348                 incrementally
 349               </li>
 350               <li>
 351                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 352               </li>
 353             </ul>
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 357           </li>
 358           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 359           <ul>
 360               <li>
 361                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 362                 multiple groups when working with large alignments
 363               </li>
 364               <li>
 365                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 366                 Stockholm files
 367               </li>
 368             </ul>
 369           <li><strong>User Interface</strong>
 370           <ul>
 371               <li>
 372                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 373                 view
 374               </li>
 375               <li>
 376                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 377                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 378                 default (can be changed in user preferences)
 379               </li>
 380               <li>
 381                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 382                 to the Overwrite Dialog
 383               </li>
 384               <li>
 385                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 386                 sequences are hidden
 387               </li>
 388               <li>
 389                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 390                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 391               </li>
 392               <li>
 393                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 394                 labels
 395               </li>
 396               <li>
 397                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 398                 when in wrapped mode
 399               </li>
 400               <li>
 401                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 402                 annotation
 403               </li>
 404               <li>
 405                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 406               </li>
 407               <li>
 408                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 409                 panel
 410               </li>
 411               <li>
 412                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 413                 popup menu
 414               </li>
 415               <li>
 416               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 417               <li>
 418               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 419
 420
 421             </ul></li>
 422             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 423           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 424             <ul>
 425               <li>
 426                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 427                 trapping CMD-Q
 428               </li>
 429             </ul></li>
 430         </ul>
 431         <em>Deprecations</em>
 432         <ul>
 433           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 434             capabilities removed from the Jalview Desktop
 435           </li>
 436           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 437             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 438             and XML based data retrieval clients</li>
 439           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 440           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 441         </ul> <em>Documentation</em>
 442         <ul>
 443           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 444             not supported in EPS figure export
 445           </li>
 446           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 447         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 448         <ul>
 449           <li>
 450           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 451           </li>
 452       <li>
 453       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 454           <li>
 455           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 456             gradle-eclipse
 457           </li>
 458           <li>
 459           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 460             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 461             execution
 462           </li>
 463           <li>
 464           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 465             operations
 466           </li>
 467           <li>
 468           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 469             issues resolved
 470           </li>
 471           <li>
 472           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 473             markdown (with HTML rendering)
 474           </li>
 475           <li>
 476           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 477           </li>
 478           <li>
 479           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 480             versions of Jalview
 481           </li>
 482         </ul>
 483       </td>
 484       <td align="left" valign="top">
 485         <ul>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 491             superposition in Jmol fail on Windows
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 495             structures for sequences with lots of PDB structures
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 499             monospaced font
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 503             project involving multiple views
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 507             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 508             Annotation dialog hides columns
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 512             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 513             one view, then making another selection in the other view
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 517             columns
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 521             Settings and Jalview Preferences panels
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 525             overview with large alignments
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 529             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 530             mouse moved to the left of the first column
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 534             hidden column marker via scale popup menu
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 538             doesn't tell users the invalid URL
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 542             score from view
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 546             show cross references or Fetch Database References are shown in
 547             red in original view
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 551             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 555             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 559             when columns are hidden
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 563             Columns by Annotation description
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 567             out of Scale or Annotation Panel
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 571             scale panel
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 575             alignment down
 576           </li>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 579             scale panel
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 583             Page Up in wrapped mode
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 593             on opening an alignment
 594           </li>
 595           <li>
 596             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 597             Colour menu
 598           </li>
 599           <li>
 600             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 601             different groups in the alignment are selected
 602           </li>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 605             correctly in menu
 606           </li>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 609             threshold limit
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 613             threshold gets 'unrounded'
 614           </li>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 617             colour
 618           </li>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 624           </li>
 625           <li>
 626             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 627             Tree font
 628           </li>
 629           <li>
 630             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 631             project file
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 635             shown in complementary view
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 639             without normalisation
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 643             of report
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 647           </li>
 648           <li>
 649           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 650           </li>
 651         </ul> <em>Editing</em>
 652         <ul>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 655             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 656             sequence
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 660             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 661             removed (Known defect since 2.10)
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 665             dialog corrupts dataset sequence
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 669             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 670           </li>
 671         </ul> <em>Datamodel</em>
 672         <ul>
 673           <li>
 674             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 675             sequence's End is greater than its length
 676           </li>
 677         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 678           general release)</em>
 679         <ul>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 682           </li>
 683         </ul> <em>New Known Defects</em>
 684         <ul>
 685         <li>
 686         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 687         </li>
 688         <li>
 689           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 690           regions of protein alignment.
 691         </li>
 692         <li>
 693           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 694           is restored from a Jalview 2.11 project
 695         </li>
 696         <li>
 697           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 698           'New View'
 699         </li>
 700         <li>
 701           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 702           columns within hidden columns
 703         </li>
 704         <li>
 705           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 706           window after dragging left to select columns to left of visible
 707           region
 708         </li>
 709         <li>
 710           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 711           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 712           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 713           create a Score filter instead.
 714         </li>
 715         <li>
 716         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 717         <li>
 718         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 719         </li>
 720         <li>
 721           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 722           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 723         </li>
 724         </ul>
 725         <em>Java 11 Specific defects</em>
 726           <ul>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 729               alphabetically when saved
 730             </li>
 731         </ul>
 732       </td>
 733     </tr>
 734     <tr>
 735     <td width="60" nowrap>
 736       <div align="center">
 737         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 738       </div>
 739     </td>
 740     <td><div align="left">
 741         <em></em>
 742         <ul>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 745               InstallAnywhere increased to 1G.
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 749               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 750               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 751                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 752                 properties file.</em>
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 756               API and sequence data now imported as JSON.
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 760               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 761               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 762               property.
 763             </li>
 764           </ul>
 765           <em>Development</em>
 766           <ul>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 769               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 770                 Clover</a>
 771             </li>
 772           </ul>
 773         </div></td>
 774     <td><div align="left">
 775         <em></em>
 776         <ul>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 779               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 780               alignment.
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 784               annotation displayed.
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 788               for newly created group when 'Apply to all groups'
 789               selected
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 793               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 794               visible.
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 798               when sequences are selected in exported view.</em>
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 802               aren't rendered with correct colour.
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 806               types of knotted RNA secondary structure.
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 810               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 811               do not start at 1.
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 815               annotation when columns are inserted into an alignment,
 816               and when exporting as Stockholm flatfile.
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 820               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 821               treated as RNA secondary structure.
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 825               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 829               transfers focus to previous window on OSX
 830             </li>
 831           </ul>
 832           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 833           <ul>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 836               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 837               box.
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 841               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 842               'look and feel' which has improved compatibility with the
 843               latest version of OSX.
 844             </li>
 845           </ul>
 846         </div>
 847     </td>
 848     </tr>
 849     <tr>
 850       <td width="60" nowrap>
 851         <div align="center">
 852           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 853             <em>7/06/2018</em></strong>
 854         </div>
 855       </td>
 856       <td><div align="left">
 857           <em></em>
 858           <ul>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 861               annotation retrieved from Uniprot
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 865               onto the Jalview Desktop
 866             </li>
 867           </ul>
 868         </div></td>
 869       <td><div align="left">
 870           <em></em>
 871           <ul>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 874               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 878               right-hand column parsed correctly
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 882               not alignment area in exported graphic
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 886               window has input focus
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 890               annotation added to view (Windows)
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 894               network connectivity is poor
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 898               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 899                 the currently open URL and links from a page viewed in
 900                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 901                 you are using Edge, only links in the page can be
 902                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 903                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 904             </li>
 905           </ul>
 906           <em>New Known Defects</em>
 907           <ul>
 908             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 909           </ul>
 910         </div></td>
 911     </tr>
 912     <tr>
 913       <td width="60" nowrap>
 914         <div align="center">
 915           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 916         </div>
 917       </td>
 918       <td><div align="left">
 919           <em></em>
 920           <ul>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 923               for disabling automatic superposition of multiple
 924               structures and open structures in existing views
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 928               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 929               adjust them.
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 933               Ensembl services
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 937               and lots of hidden columns
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 941               of features (particularly when transparency is disabled)
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 945               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 946               generally available
 947             </li>
 948           </ul>
 949           </div>
 950       </td>
 951       <td><div align="left">
 952           <ul>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 955               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 959               overlapping alignment panel
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 963               sequence as gaps
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 967               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 968               UTR
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 972               factor annotation not added to sequence when local PDB
 973               file associated with it by drag'n'drop or structure
 974               chooser
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 978               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 982               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 986               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 990               columns in annotation row
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 994               honored in batch mode
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 998               for structures added to existing Jmol view
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1002               entries after importing project with multiple views
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1006               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1007               with negative residue numbers or missing residues fails
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1011               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1012               as generated by CONSURF)
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1016               tooltip doesn't include a text description of mutation
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1020               structure and/or overview windows are also shown
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1024               very slow for alignments with large numbers of sequences
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1028               with 'StringIndexOutOfBounds'
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1032               platforms running Java 10
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1036               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1037             </li>
1038           </ul>
1039           <em>Applet</em>
1040           <ul>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1043               should copy the group consensus when popup is opened on it
1044             </li>
1045           </ul>
1046           <em>Batch Mode</em>
1047           <ul>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1050           </li>
1051           </ul>
1052           <em>New Known Defects</em>
1053           <ul>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1056               editing a large alignment and overview is displayed
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1060               repeatedly after a series of edits even when the overview
1061               is no longer reflecting updates
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1065               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1066               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1067               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1071               option gives blank output
1072             </li>
1073           </ul>
1074         </div>
1075           </td>
1076     </tr>
1077     <tr>
1078       <td width="60" nowrap>
1079         <div align="center">
1080           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1081         </div>
1082       </td>
1083       <td><div align="left">
1084           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1085               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1086       <td><div align="left">
1087           <em>Desktop</em><ul>
1088           <ul>
1089             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1090             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1091             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1092             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1093             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1094             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1095             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1096           </ul>
1097           </div>
1098       </td>
1099     </tr>
1100     <tr>
1101       <td width="60" nowrap>
1102         <div align="center">
1103           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1104         </div>
1105       </td>
1106       <td><div align="left">
1107           <em></em>
1108           <ul>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1111               rendering of sequence features
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1115               429 rate limit request hander
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1119               their colours have changed
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1123               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1127               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1131               view from Ensembl locus cross-references
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1135               Alignment report
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1139               feature can be disabled
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1143               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1147               Uniprot
1148             </li>
1149           </ul>
1150           <em>Scripting</em>
1151           <ul>
1152             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1153             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1154               percent identity scores for current alignment.</li>
1155           </ul>
1156           <em>Testing and Deployment</em>
1157           <ul>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1160             </li>
1161           </ul>
1162         </div></td>
1163       <td><div align="left">
1164           <em>General</em>
1165           <ul>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1168               threshold text field doesn't trigger an update to the
1169               alignment view
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1173               strings in parallel
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1177               alignment window is closed
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1181               group visibility
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1185               takes a long time in Cursor mode
1186             </li>
1187           </ul>
1188           <em>Desktop</em>
1189           <ul>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1192               cannot be viewed in Chimera
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1196               CDS/Protein view
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1200               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1201               Search Dialogs
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1211               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1215               scrolling right in unwapped alignment view
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1219               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1220               database
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1224               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1228               features of same type and group to be selected for
1229               amending
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1233               alignments when hidden columns are present
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1237               displaying several structures
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1241               moving a window
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1245               within the Jalview desktop on OSX
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1249               when in wrapped alignment mode
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1253               hand end of alignment
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1257               each selected sequence do not have correct start/end
1258               positions
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1262               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1266               restoring project until a new view is created
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1270               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1271               configured (since 2.10.2b2)
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1275               position is adjusted
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1279               in a multi-chain structure when viewing alignment
1280               involving more than one chain (since 2.10)
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1284               if new selection moves alignment window
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1288               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1292               that produces correctly annotated transcripts and products
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1296               doesn't update associated structure view
1297             </li>
1298           </ul>
1299           <em>Applet</em><br />
1300           <ul>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1303               closing alignment panel
1304             </li>
1305           </ul>
1306           <em>BioJSON</em><br />
1307           <ul>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1310               non-positional features
1311             </li>
1312           </ul>
1313           <em>New Known Issues</em>
1314           <ul>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1317               sequence features correctly (for many previous versions of
1318               Jalview)
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1322               using cursor in wrapped panel other than top
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1326               graduated colour threshold
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1330               always preserve numbering and sequence features
1331             </li>
1332           </ul>
1333           <em>Known Java 9 Issues</em>
1334           <ul>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1337               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1338               9.01, OSX 10.10)
1339             </li>
1340           </ul>
1341         </div></td>
1342     </tr>
1343     <tr>
1344       <td width="60" nowrap>
1345         <div align="center">
1346           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1347             <em>2/10/2017</em></strong>
1348         </div>
1349       </td>
1350       <td><div align="left">
1351           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1352           <ul>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1355             </li>
1356             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1357             </li>
1358           </ul>
1359         </div></td>
1360       <td><div align="left">
1361         </div></td>
1362     </tr>
1363     <tr>
1364       <td width="60" nowrap>
1365         <div align="center">
1366           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1367             <em>7/9/2017</em></strong>
1368         </div>
1369       </td>
1370       <td><div align="left">
1371           <em></em>
1372           <ul>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1375               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1376               white)
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1380               Preferences
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1384               in size and progress bar shown as higher resolution
1385               overview is recalculated
1386             </li>
1387
1388           </ul>
1389         </div></td>
1390       <td><div align="left">
1391           <em></em>
1392           <ul>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1395               column region row by row
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1399               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1403               format setting is unticked
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1407               if group has show boxes format setting unticked
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1411               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1412               include sequences and columns not currently displayed
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1416               assemblies are imported via CIF file
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1420               displayed when threshold or conservation colouring is also
1421               enabled.
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1425               server version
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1429               dragging a selected region off the visible region of the
1430               alignment
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1434               colourscheme to all groups in a view
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1438               initially after font size change using the Font chooser or
1439               middle-mouse zoom
1440             </li>
1441           </ul>
1442         </div></td>
1443     </tr>
1444     <tr>
1445       <td width="60" nowrap>
1446         <div align="center">
1447           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1448         </div>
1449       </td>
1450       <td><div align="left">
1451           <em>Calculations</em>
1452           <ul>
1453
1454             <li>
1455               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1456               ungapped positions in each column of the alignment.
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1460               a calculation dialog box
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1464               and memory efficiency (~30x faster)
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1468               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1469               and other calculations
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1473               files within the Jalview codebase
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1477               Similarity may have different topology due to increased
1478               precision
1479             </li>
1480           </ul>
1481           <em>Rendering</em>
1482           <ul>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1485               model for alignments and groups
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1489               scripts
1490             </li>
1491           </ul>
1492           <em>Overview</em>
1493           <ul>
1494             <li>
1495               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1496               with alignment and overview windows
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1500               overview
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1504               omitted in Overview
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1508               adjustment of visible position
1509             </li>
1510           </ul>
1511
1512           <em>Data import/export</em>
1513           <ul>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1516               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1520               annotation input/output via stockholm flatfile
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1524               extension when importing structure files without embedded
1525               names or PDB accessions
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1529               format sequence substitution matrices
1530             </li>
1531           </ul>
1532           <em>User Interface</em>
1533           <ul>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1536               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1537               the application.
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1541               via Overview or sequence motif search operations
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1545               opened by double clicking gaps within sequence feature
1546               extent
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1550               aligned positions were available to create a 3D structure
1551               superposition.
1552             </li>
1553           </ul>
1554           <em>3D Structure</em>
1555           <ul>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1558               coloured in linked structure views
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1562               file-based command exchange
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1566               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1567               structures are already available for sequences
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1571               the Jalview project rather than downloaded again when the
1572               project is reopened.
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1576               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1577               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1578                 Feature</strong>)
1579             </li>
1580           </ul>
1581           <em>Web Services</em>
1582           <ul>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1588               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1589               Analysis services
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1593               cross-references provided by identifiers.org and the
1594               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1595             </li>
1596           </ul>
1597
1598           <em>Scripting</em>
1599           <ul>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1602               identifying file formats (instead of String constants)
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1606               efficiency when counting all displayed features (not
1607               backwards compatible with 2.10.1)
1608             </li>
1609           </ul>
1610           <em>Example files</em>
1611           <ul>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1614               included in the example feature file
1615             </li>
1616           </ul>
1617           <em>Documentation</em>
1618           <ul>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1621               with the built-in Java help viewer
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1625               sequence description' option
1626             </li>
1627           </ul>
1628           <em>Test Suite</em>
1629           <ul>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1632               Uniprot REST Free Text Search Client
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1639               during tests
1640             </li>
1641           </ul>
1642         </div></td>
1643       <td><div align="left">
1644           <em>Calculations</em>
1645           <ul>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1648               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1649               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1650             </li>
1651             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1652               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1653               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1654               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1655               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1656               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1657               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1658               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1659               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1660               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1661               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1662               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1663               // for 2.10.1 mode <br />
1664               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1665               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1666                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1667                 calculations (not recommended)</em></li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1670               scaling of branch lengths for trees computed using
1671               Sequence Feature Similarity.
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1675               generating output report when working with highly
1676               redundant alignments
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1680               right of selected region when gaps present on right-hand
1681               boundary
1682             </li>
1683           </ul>
1684           <em>User Interface</em>
1685           <ul>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1688               doesn't reselect a specific sequence's associated
1689               annotation after it was used for colouring a view
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1693               opened on a region of alignment without groups
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1697               of an alignment with overlapping groups
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1701               name and description match
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1705               hidden regions results in incorrect hidden regions
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1709               changing colour does not apply Conservation slider value
1710               to all groups
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1714               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1718               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1722               gaps before start of features
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1726               restored to UI when feature colour is edited
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1730               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1734               as graduate feature colour settings are modified via the
1735               dialog box
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1739               when a group defined on the alignment is resized
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1743               wrapped view result in positional status updates
1744             </li>
1745
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1748               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1752               alignment included gapped columns
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1756               widgets don't permanently disappear
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1760               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1761               T-Coffee column reliability scores)
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1765               sequence feature on gaps only
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1769               button from a Find inherit previously defined feature type
1770               rather than the Find query string
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1774               exporting tree calculated in Jalview
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1778               and then revealing them reorders sequences on the
1779               alignment
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1783               doesn't update to reflect available set of groups after
1784               interactively adding or modifying features
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1788               Linux
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1792               only excluded gaps in current sequence and ignored
1793               selection.
1794             </li>
1795           </ul>
1796           <em>Rendering</em>
1797           <ul>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1800               erratically when hidden rows or columns are present
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1804               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1805               sequence colouring
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1809               colour and group colour menu for protein alignments
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1813               reflect currently selected view or group's shading
1814               thresholds
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1818               when rendered on overview and structures when opacity at
1819               100%
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1823               overview when features overlaid on alignment
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1827               recovered correctly from Jalview project file
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1831               (automatically via preferences) are different to the main
1832               alignment panel
1833             </li>
1834           </ul>
1835           <em>Data import/export</em>
1836           <ul>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1839               load
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1843               added after a sequence was imported are not written to
1844               Stockholm File
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1848               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1852               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1856               with lightGray or darkGray via features file (but can
1857               specify lightgray)
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1861               when alignment view imported from project
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1865               structure and sequences extracted from structure files
1866               imported via URL and viewed in Jmol
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1870               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1871               the project is loaded and the structure viewed
1872             </li>
1873           </ul>
1874           <em>Web Services</em>
1875           <ul>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1878               release of Ensembl v.88
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1882               appear enabled in Preferences->Connections
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1886               removed from console output
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1890               Ensembl by Peptide ID
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1894               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1895               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1896               due to 'null' string rather than empty string used for
1897               residues with no corresponding PDB mapping).
1898             </li>
1899           </ul>
1900           <em>Application UI</em>
1901           <ul>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1904               menu
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1908               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1909               new documentation and tooltips added)
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1913               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1917               new features are added to alignment
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1921               changes to feature colours via the Amend features dialog
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1925               edit graduated feature colour via amend features dialog
1926               box
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1930               selection menu changes colours of alignment views
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1934               from alignment calculation workers after alignment has
1935               been closed
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1939               groups now 'Create Group'
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1943               Create/Undefine group doesn't always work
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1947               shown again after pressing 'Cancel'
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1951               adjusts start position in wrap mode
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1955               ambiguous amino acids
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1959               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1960               proteins
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1964               Defined' don't appear in Colours menu
1965             </li>
1966           </ul>
1967           <em>Applet</em>
1968           <ul>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1971               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1975               overview or linked structure view
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1979               work (since 2.8)
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1983               user-defined colourscheme doesn't restore original
1984               colourscheme
1985             </li>
1986           </ul>
1987           <em>Test Suite</em>
1988           <ul>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1991               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1995               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1996               problems with deep array comparison equality asserts in
1997               successive versions of TestNG
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2001               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2002             </li>
2003           </ul>
2004           <em>New Known Issues</em>
2005           <ul>
2006             <li>
2007               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2008               phase after a sequence motif find operation
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2012               containing just upper and lower case letters are
2013               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2017               reliably from eggnog Ortholog database
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2021               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2022               to mark columns containing highlighted regions.
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2026               doesn't always add secondary structure annotation.
2027             </li>
2028           </ul>
2029         </div>
2030     <tr>
2031       <td width="60" nowrap>
2032         <div align="center">
2033           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2034         </div>
2035       </td>
2036       <td><div align="left">
2037           <em>General</em>
2038           <ul>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2041               for all consensus calculations
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2045               3rd Oct 2016)
2046             </li>
2047             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2048               for 2016-2017</li>
2049           </ul>
2050           <em>Application</em>
2051           <ul>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2054               set of database cross-references, sorted alphabetically
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2058               from database cross references. Users with custom links
2059               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2060                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2064               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2065               Chimera session
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2069               the Chimera it is connected to is shut down
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2073               columns menu item to mark columns containing highlighted
2074               regions (e.g. from structure selections or results of a
2075               Find operation)
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2079               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2080               MSAviewer
2081             </li>
2082           </ul>
2083         </div></td>
2084       <td>
2085         <div align="left">
2086           <em>General</em>
2087           <ul>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2090               are not coloured or thresholded according to percent
2091               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2095               hydrophobic
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2099               threshold, amino acid properties)
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2103               reported as mapped to residues in a structure file in the
2104               View Mapping report
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2108               could be added multiple times to a sequence
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2112               bond features shown as two highlighted residues rather
2113               than a range in linked structure views, and treated
2114               correctly when selecting and computing trees from features
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2118               cross-references are matched to database name regardless
2119               of case
2120             </li>
2121
2122           </ul>
2123           <em>Application</em>
2124           <ul>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2127               names without regular expressions also offer links from
2128               Sequence ID
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2132               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2133               update Jalview configuration
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2137               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2141               files with similarly named sequences if dropped onto the
2142               alignment
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2146               entries where more chains exist in the PDB accession than
2147               are reported in the SIFTS file
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2151               the structure view when displayed with Chimera
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2155               panel's View->Show Chains submenu
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2159               work for wrapped alignment views
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2163               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2167               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2168               first annotation row
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2172               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2176               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2177             </li>
2178             <!-- JAL-2319 -->
2179             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2180             coordindate data
2181             </li>
2182           </ul>
2183           <!--           <em>New Known Issues</em>
2184           <ul>
2185             <li></li>
2186           </ul> -->
2187         </div>
2188       </td>
2189     </tr>
2190     <td width="60" nowrap>
2191       <div align="center">
2192         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2193           <em>25/10/2016</em></strong>
2194       </div>
2195     </td>
2196     <td><em>Application</em>
2197       <ul>
2198         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2199           view if structures already loaded</li>
2200         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2201           structure views</li>
2202       </ul></td>
2203     <td>
2204       <div align="left">
2205         <em>General</em>
2206         <ul>
2207           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2208             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2209           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2210             example sequences/projects/trees</li>
2211         </ul>
2212         <em>Application</em>
2213         <ul>
2214           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2215             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2216           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2217             without timeout for structures with multiple models or
2218             multiple sequences in alignment</li>
2219           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2220             PDB ID HEADER line</li>
2221           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2222             is performed</li>
2223           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2224             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2225           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2226           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2227             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2228             option</li>
2229           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2230             is created on the alignment</li>
2231           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2232             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2233             pop-up menu</li>
2234         </ul>
2235         <em>Build and deployment</em>
2236         <ul>
2237           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2238             tags</li>
2239         </ul>
2240         <em>New Known Issues</em>
2241         <ul>
2242           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2243             on Windows</li>
2244         </ul>
2245       </div>
2246     </td>
2247     </tr>
2248     <tr>
2249       <td width="60" nowrap>
2250         <div align="center">
2251           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2252         </div>
2253       </td>
2254       <td><em>General</em>
2255         <ul>
2256           <li>
2257             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2258           </li>
2259           <li>
2260             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2261             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2262             better PDB parsing.
2263           </li>
2264           <li>
2265             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2266             reference sequence
2267           </li>
2268           <li>
2269             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2270             mousing over sequence associated annotation
2271           </li>
2272           <li>
2273             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2274             for manual entry
2275           </li>
2276           <li>
2277             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2278             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2279             for each column
2280           </li>
2281           <li>
2282             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2283             showing or hiding columns containing a feature
2284           </li>
2285           <li>
2286             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2287             group and sequence associated annotation labels
2288           </li>
2289           <li>
2290             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2291             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2292             dialogs
2293           </li>
2294
2295         </ul> <em>Application</em>
2296         <ul>
2297           <li>
2298             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2299             gene/transcript view
2300           </li>
2301           <li>
2302             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2303             dialog
2304           </li>
2305           <li>
2306             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2307             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2308           </li>
2309           <li>
2310             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2311             Pfam sources to xfam.org
2312           </li>
2313           <li>
2314             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2315           </li>
2316           <li>
2317             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2318             over sequences in Jalview
2319           </li>
2320           <li>
2321             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2322             regions in ENA and EMBL
2323           </li>
2324           <li>
2325             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2326             for record retrieval via ENA rest API
2327           </li>
2328           <li>
2329             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2330             complement operator
2331           </li>
2332           <li>
2333             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2334             groovy script execution
2335           </li>
2336           <li>
2337             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2338             alignment window's Calculate menu
2339           </li>
2340           <li>
2341             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2342             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2343           </li>
2344           <li>
2345             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2346             calculation workers from groovy scripts
2347           </li>
2348           <li>
2349             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2350             Jalview projects
2351           </li>
2352           <li>
2353             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2354             associations are now saved/restored from project
2355           </li>
2356           <li>
2357             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2358             before sequence fetcher is opened
2359           </li>
2360           <li>
2361             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2362             database chooser opens a sequence fetcher
2363           </li>
2364           <li>
2365             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2366             the UniProt REST API
2367           </li>
2368           <li>
2369             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2370             the news reader opening
2371           </li>
2372           <li>
2373             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2374             querying stored in preferences
2375           </li>
2376           <li>
2377             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2378             search results
2379           </li>
2380           <li>
2381             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2382           </li>
2383           <li>
2384             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2385             menu for nucleotide sequences
2386           </li>
2387           <li>
2388             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2389             and feature counts preserves alignment ordering (and
2390             debugged for complex feature sets).
2391           </li>
2392           <li>
2393             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2394             viewing structures with Jalview 2.10
2395           </li>
2396           <li>
2397             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2398             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2399             Ensembl Genomes REST API
2400           </li>
2401           <li>
2402             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2403             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2404             (Ensembl)
2405           </li>
2406           <li>
2407             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2408             sequences
2409           </li>
2410           <li>
2411             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2412             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2413             data from external database records.
2414           </li>
2415           <li>
2416             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2417             efficient recovery of sequence coding and alignment
2418             annotation relationships.
2419           </li>
2420         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2421         <ul>
2422           <li>
2423             -- JAL---
2424           </li>
2425         </ul> --></td>
2426       <td>
2427         <div align="left">
2428           <em>General</em>
2429           <ul>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2432               menu on OSX
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2436               includes graduated colourschemes
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2440               working with big alignments and lots of hidden columns
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2444               at right of alignment window
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2448               contents
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2452               for DNA alignments
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2456               based tree calculation
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2460               unconserved enabled for group on alignment
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2464               set as reference
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2468               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2469               annotation
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2473               hidden columns present
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2477               user created annotation added to alignment
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2481               '()' base pair annotation
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2485               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2486               Consensus
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2490               feature not working
2491             </li>
2492             <li>
2493               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2494               beginning of sequence
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2498               entry 3a6s
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2502               from a tree when t-coffee scores are shown
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2506               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2510               some structures
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2514               to Clustal, PIR and PileUp output
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2518               not visible causes alignment window to repaint
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2522               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2523               scores associated with features and annotation rows
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2527               calculation should be case independent
2528             </li>
2529             <li>
2530               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2531               columns
2532             </li>
2533             <li>
2534               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2535               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2536               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2540               problems when reference sequence defined and 'show
2541               non-conserved' enabled
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2545               load even when Consensus calculation is disabled
2546             </li>
2547             <li>
2548               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2549               alignment does nothing
2550             </li>
2551           </ul>
2552           <em>Application</em>
2553           <ul>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2556               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2557               yet fixed for El Capitan)
2558             </li>
2559             <li>
2560               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2561               output when running on non-gb/us i18n platforms
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2565               hidden sequences as flat-file alignment
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2569               launching Chimera
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2573               (also hotfix for 2.9.0b2)
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2577               reference sequence defined
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2581               alignments and views when revealing hidden columns
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2585               view in a cDNA/Protein splitframe
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2589               sequence from project when only one sequence is
2590               represented
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2594               in Structure Chooser
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2598               structure consensus didn't refresh annotation panel
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2602               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2606               dialogs format columns correctly, don't display array
2607               data, sort columns according to type
2608             </li>
2609             <li>
2610               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2611               file chooser is cancelled during an image export
2612             </li>
2613             <li>
2614               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2615               sequence name containing special characters
2616             </li>
2617             <li>
2618               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2619               case insensitive
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2623               formatting don't wrap
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2627               truncated so L looks like I in consensus annotation
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2631               currently displayed features for the current selection or
2632               view
2633             </li>
2634             <li>
2635               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2636               after fetching cross-references, and restoring from
2637               project
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2641               followed in the structure viewer
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2645               splitframe not restored from project
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2649               trailing end of protein alignment in transcript/product
2650               splitview when pad-gaps not enabled by default
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2654               is case dependent
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2658               article has been read (reopened issue due to
2659               internationalisation problems)
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2663               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2664               cross-references
2665             </li>
2666
2667             <li>
2668               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2669               alignment as HTML
2670             </li>
2671             <li>
2672               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2673               multiple structures are shown for one or more sequences.
2674             </li>
2675             <li>
2676               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2677               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2678               is enabled.
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2682               specific PDB id for sequence
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2686               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2687               columns' is disabled.
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2691               selects lowest rather than highest resolution structures
2692               for each sequence
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2696               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2700               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2704               after clicking on it to create new annotation for a
2705               column.
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2709               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2710             </li>
2711             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2712             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2713           </ul>
2714           <em>Applet</em>
2715           <ul>
2716             <li>
2717               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2718               hidden columns present before start of sequence
2719             </li>
2720             <li>
2721               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2722               (JSON jars)
2723             </li>
2724             <li>
2725               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2726               sequences are hidden in applet
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2730               deployment on examples pages.
2731             </li>
2732           </ul>
2733         </div>
2734       </td>
2735     </tr>
2736     <tr>
2737       <td width="60" nowrap>
2738         <div align="center">
2739           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2740             <em>16/10/2015</em></strong>
2741         </div>
2742       </td>
2743       <td><em>General</em>
2744         <ul>
2745           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2746             jars</li>
2747         </ul></td>
2748       <td>
2749         <div align="left">
2750           <em>Application</em>
2751           <ul>
2752             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2753               shown when tree is partitioned</li>
2754             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2755               multiple cDNA/Protein split views</li>
2756           </ul>
2757         </div>
2758       </td>
2759     </tr>
2760     <tr>
2761       <td width="60" nowrap>
2762         <div align="center">
2763           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2764             <em>8/10/2015</em></strong>
2765         </div>
2766       </td>
2767       <td><em>General</em>
2768         <ul>
2769           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2770             2.9</li>
2771         </ul> <em>Application</em>
2772         <ul>
2773           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2774           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2775           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2776         </ul> <em>Applet</em>
2777         <ul>
2778           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2779         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2780         <ul>
2781           <li>
2782             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2783             suite
2784           </li>
2785         </ul></td>
2786       <td>
2787         <div align="left">
2788           <em>General</em>
2789           <ul>
2790             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2791               incorrect when sequence start > 1</li>
2792             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2793               documentation</li>
2794             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2795             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2796               loading a features file containing HTML tags in feature
2797               description</li>
2798
2799           </ul>
2800           <em>Application</em>
2801           <ul>
2802             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2803               reimport</li>
2804             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2805               with 'trim retrieved sequences'</li>
2806             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2807               deleting selected columns</li>
2808             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2809               JNLP templates for webstart launch</li>
2810             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2811               unreleased structures for download or viewing</li>
2812             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2813               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2814             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2815               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2816             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2817               recovered from jalview project</li>
2818             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2819               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2820               alignment view</li>
2821             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2822               color schemes from BioJSON</li>
2823           </ul>
2824           <em>Applet</em>
2825           <ul>
2826             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2827               frame</li>
2828             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2829           </ul>
2830         </div>
2831       </td>
2832     </tr>
2833     <tr>
2834       <td><div align="center">
2835           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2836         </div></td>
2837       <td><em>General</em>
2838         <ul>
2839           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2840             alignments:
2841             <ul>
2842               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2843                 and DNA alignment views</li>
2844               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2845                 cDNA alignment views</li>
2846               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2847                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2848               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2849                 protein sequences</li>
2850             </ul>
2851           </li>
2852           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2853           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2854             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2855           <li>New alignment annotation file statements for
2856             reference sequences and marking hidden columns</li>
2857           <li>Reference sequence based alignment shading to
2858             highlight variation</li>
2859           <li>Select or hide columns according to alignment
2860             annotation</li>
2861           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2862           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2863             acid conservation row</li>
2864           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2865         </ul> <em>Application</em>
2866         <ul>
2867           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2868             <ul>
2869               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2870                 view with cDNA/Protein</li>
2871               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2872                 sequences are placed in the same alignment</li>
2873               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2874                 projects</li>
2875             </ul>
2876           </li>
2877
2878           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2879           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2880             Jalview windows</li>
2881
2882           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2883           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2884           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2885             be shown in VARNA</li>
2886
2887           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2888             as the active selected region</li>
2889
2890           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2891             similarity</li>
2892           <li>New Export options
2893             <ul>
2894               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2895                 region export in flat file generation</li>
2896
2897               <li>Export alignment views for display with the <a
2898                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2899
2900               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2901               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2902                 alignment figures to HTML</li>
2903           </li>
2904           <li>3D structure retrieval and display
2905             <ul>
2906               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2907                 Search API</li>
2908               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2909                 PDB structures for a sequence set</li>
2910             </ul>
2911           </li>
2912
2913           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2914             predictions</li>
2915           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2916             for one or a group of sequences</li>
2917           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2918             from the JPred4 web server</li>
2919           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2920             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2921             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2922           </li>
2923           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2924             VARNA 2D Structure'</li>
2925           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2926             Structure ..."</li>
2927
2928         </ul> <em>Applet</em>
2929         <ul>
2930           <li>New layout for applet example pages</li>
2931           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2932             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2933           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2934             Protein alignments</li>
2935         </ul> <em>Development and deployment</em>
2936         <ul>
2937           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2938           <li>Include installation type and git revision in build
2939             properties and console log output</li>
2940           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2941             storing BioJsMSA Templates</li>
2942           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2943         </ul></td>
2944       <td>
2945         <!-- <em>General</em>
2946         <ul>
2947         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2948         <ul>
2949           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2950           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2951           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2952             predictions are not highlighted in amber</li>
2953           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2954             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2955           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2956             associated structure views</li>
2957           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2958             width checkbox not enabled</li>
2959           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2960             creating user defined colours</li>
2961           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2962             mappings for just that viewer's sequences</li>
2963           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2964             multiple models in Chimera</li>
2965           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2966             over Jmol structure</li>
2967           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2968             output to text box</li>
2969           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2970             have incorrect sequence start/end</li>
2971           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2972             Jalview fails</li>
2973           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2974             work for nucleotide</li>
2975           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2976             to a grey/invisible alignment window</li>
2977           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2978             imports to different position</li>
2979           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2980             on some platforms</li>
2981           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2982             populated</li>
2983           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2984             console if Chimera has been opened</li>
2985           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2986           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2987             retrieved</li>
2988           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2989           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2990             either sequence shows on first structure</li>
2991           <li>'Show annotations' options should not make
2992             non-positional annotations visible</li>
2993           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2994             in right place after 'view flanking regions'</li>
2995           <li>File Save As type unset when current file format is
2996             unknown</li>
2997           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2998             projects</li>
2999           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3000             responsive</li>
3001           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3002             several views on same alignment</li>
3003           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3004           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3005             spaces</li>
3006         </ul> <em>Applet</em>
3007         <ul>
3008           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3009           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3010             descriptions containing angle brackets</li>
3011         </ul> <em>General</em>
3012         <ul>
3013           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3014             via jalview annotation file</li>
3015           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3016             with RNA secondary structure</li>
3017           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3018             translation doesn't work.</li>
3019           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3020           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3021             positions</li>
3022           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3023             choosing 1pt font</li>
3024           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3025             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3026             'h'</li>
3027           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3028             new feature</li>
3029           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3030             order dependent</li>
3031           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3032             sequences</li>
3033           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3034         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3035         <ul>
3036           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3037             www.jalview.org</li>
3038         </ul> <em>Application Known issues</em>
3039         <ul>
3040           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3041           <li>Misleading message appears after trying to delete
3042             solid column.</li>
3043           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3044             version launches</li>
3045           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3046             fails with a sequence mismatch</li>
3047           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3048             scrolling alignment to right</li>
3049           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3050             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3051           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3052             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3053           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3054             ultra-high resolution</li>
3055           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3056             quality and conservation</li>
3057           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3058             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3059         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3060         <ul>
3061           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3062           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3063             window is being resized</li>
3064
3065         </ul>
3066       </td>
3067     </tr>
3068     <tr>
3069       <td><div align="center">
3070           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3071         </div></td>
3072       <td><em>General</em>
3073         <ul>
3074           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3075             Certum.PL.</li>
3076           <li>Features and annotation preserved when performing
3077             pairwise alignment</li>
3078           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3079             imported/exported/displayed</li>
3080           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3081             protein secondary structure</li>
3082           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3083               post-hoc with 2.9 release</em>)
3084           </li>
3085
3086         </ul> <em>Application</em>
3087         <ul>
3088           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3089             with 3D structures</li>
3090           <li>Support for parsing RNAML</li>
3091           <li>Annotations menu for layout
3092             <ul>
3093               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3094               <li>place sequence annotation above/below alignment
3095                 annotation</li>
3096             </ul>
3097           <li>Output in Stockholm format</li>
3098           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3099             translation</li>
3100           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3101           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3102             shared between alignments</li>
3103           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3104             Jalview</li>
3105           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3106             all or current selection</li>
3107           <li>disorder and secondary structure predictions
3108             available as dataset annotation</li>
3109           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3110
3111
3112           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3113             alignments from Rfam</li>
3114           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3115
3116           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3117             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3118           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3119           <li>include installation type in build properties and
3120             console log output</li>
3121           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3122             annotation</li>
3123         </ul></td>
3124       <td>
3125         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3126         <ul>
3127           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3128             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3129           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3130             alignment</li>
3131           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3132           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3133           <li>Double click on sequence associated annotation
3134             selects only first column</li>
3135           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3136             leaves shown in tree</li>
3137           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3138             properly</li>
3139           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3140           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3141             screen and buttons not visible</li>
3142           <li>author list isn't updated if already written to
3143             Jalview properties</li>
3144           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3145             from database</li>
3146           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3147           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3148             browser search window</li>
3149           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3150             in feature settings dialog</li>
3151           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3152             desktop</li>
3153           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3154             pass validation</li>
3155           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3156             fit on screen</li>
3157           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3158             tooltip</li>
3159           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3160             defined user preset</li>
3161           <li>MSA web services warns user if they were launched
3162             with invalid input</li>
3163           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3164             Java 8</li>
3165           <li>
3166             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3167             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3168             created
3169           </li>
3170
3171         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3172         <ul>
3173         </ul> <em>General</em>
3174         <ul>
3175         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3176         <ul>
3177           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3178             memory allocation</li>
3179           <li>launchApp service doesn't automatically open
3180             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3181           <li>
3182             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3183             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3184             1.7_055 is available
3185           </li>
3186         </ul> <em>Application Known issues</em>
3187         <ul>
3188           <li>
3189             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3190             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3191             alignment to right
3192           </li>
3193           <li>
3194             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3195             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3196             with large number of ID
3197           </li>
3198           <li>
3199             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3200             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3201             start/end
3202           </li>
3203           <li>
3204             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3205             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3206             structure tracks are rearranged
3207           </li>
3208           <li>
3209             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3210             invalid rna structure positional highlighting does not
3211             highlight position of invalid base pairs
3212           </li>
3213           <li>
3214             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3215             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3216             project from alignment window file menu
3217           </li>
3218           <li>
3219             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3220             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3221             structures
3222           </li>
3223           <li>
3224             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3225             colour by RNA Helices not enabled when user created
3226             annotation added to alignment
3227           </li>
3228           <li>
3229             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3230             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3231           </li>
3232         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3233         <ul>
3234           <li>
3235             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3236             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3237           </li>
3238           <li>
3239             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3240             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3241           </li>
3242
3243           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3244             when selected</li>
3245         </ul>
3246       </td>
3247     </tr>
3248     <tr>
3249       <td><div align="center">
3250           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3251         </div></td>
3252       <td>
3253         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3254         <em>General</em>
3255         <ul>
3256           <li>Internationalisation of user interface (usually
3257             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3258           <li>Define/Undefine group on current selection with
3259             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3260           <li>Improved group creation/removal options in
3261             alignment/sequence Popup menu</li>
3262           <li>Sensible precision for symbol distribution
3263             percentages shown in logo tooltip.</li>
3264           <li>Annotation panel height set according to amount of
3265             annotation when alignment first opened</li>
3266         </ul> <em>Application</em>
3267         <ul>
3268           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3269             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3270           <li>Select columns containing particular features from
3271             Feature Settings dialog</li>
3272           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3273             sequences</li>
3274           <li>Update Jalview project format:
3275             <ul>
3276               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3277               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3278                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3279               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3280                 colouring</li>
3281             </ul>
3282           </li>
3283           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3284             (PAM250)</li>
3285           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3286             flanking regions for an alignment</li>
3287         </ul>
3288       </td>
3289       <td>
3290         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3291         <ul>
3292           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3293             running after job is cancelled</li>
3294           <li>cannot export features from alignments imported from
3295             Jalview/VAMSAS projects</li>
3296           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3297             float values</li>
3298           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3299             have 'display all symbols' flag set</li>
3300           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3301             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3302           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3303             Jalview</li>
3304           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3305             Lion/Webstart</li>
3306           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3307           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3308           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3309             alignment onto desktop</li>
3310           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3311             'extract scores' function</li>
3312           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3313             alignment window</li>
3314           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3315             performing IUPred disorder prediction</li>
3316           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3317             changing 'normalise logo' display setting</li>
3318           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3319             nothing matches query</li>
3320           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3321             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3322           </li>
3323           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3324             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3325           </li>
3326           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3327             Jalview's menu</li>
3328           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3329             'invalid literal/length code'</li>
3330           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3331             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3332           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3333             colourscheme</li>
3334
3335         </ul> <em>Applet</em>
3336         <ul>
3337           <li>Remove group option is shown even when selection is
3338             not a group</li>
3339           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3340             don't affect groups</li>
3341           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3342             colourscheme name</li>
3343           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3344             Annotation panel is not displayed</li>
3345           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3346             embedded windows</li>
3347         </ul> <em>Other</em>
3348         <ul>
3349           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3350             single sequence were not calculated</li>
3351           <li>annotation files that contain only groups imported as
3352             annotation and junk sequences</li>
3353           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3354             recognised as PFAM or BLC</li>
3355           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3356             doesn't affect background (2.8.0b1)
3357           <li></li>
3358           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3359           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3360             trailing gaps</li>
3361           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3362             registered correctly on import</li>
3363           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3364             certain alignments</li>
3365           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3366             existing annotation based 'use original colours'
3367             colourscheme loses original colours setting</li>
3368         </ul>
3369       </td>
3370     </tr>
3371     <tr>
3372       <td><div align="center">
3373           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3374             <em>30/1/2014</em></strong>
3375         </div></td>
3376       <td>
3377         <ul>
3378           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3379             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3380             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3381             open source project).
3382           </li>
3383           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3384           <li>Output in Stockholm format</li>
3385           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3386           <li>Export/import group and sequence associated line
3387             graph thresholds</li>
3388           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3389             ambiguity codes</li>
3390           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3391             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3392             works</li>
3393           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3394         </ul> <em>Other improvements</em>
3395         <ul>
3396           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3397           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3398             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3399           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3400             files</li>
3401           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3402           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3403             link but no description</li>
3404           <li>Select primary source when selecting authority in
3405             database fetcher GUI</li>
3406           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3407             Jalview</li>
3408           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3409         </ul>
3410       </td>
3411       <td>
3412         <ul>
3413           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3414             displayed</li>
3415           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3416             secondary structure annotation line</li>
3417           <li>Sequence database accessions not imported when
3418             fetching alignments from Rfam</li>
3419           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3420             identical IDs</li>
3421           <li>View all structures does not always superpose
3422             structures</li>
3423           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3424             reflect user or preset settings</li>
3425           <li>Null pointer exceptions for some services without
3426             presets or adjustable parameters</li>
3427           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3428             discover PDB xRefs</li>
3429           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3430             features with DAS</li>
3431           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3432             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3433           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3434             residue follows a gap</li>
3435           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3436             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3437           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3438             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3439           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3440             annotation already exists on alignment</li>
3441           <li>oninit javascript function should be called after
3442             initialisation completes</li>
3443           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3444             alignment window display</li>
3445           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3446           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3447             to annotation file</li>
3448           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3449             groups created</li>
3450           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3451             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3452           <li>Pressing return several times causes Number Format
3453             exceptions in keyboard mode</li>
3454           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3455             correct partitions for input data</li>
3456           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3457           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3458           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3459           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3460             mode</li>
3461           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3462             changes one row&#39;s threshold</li>
3463           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3464             doesn&#39;t open</li>
3465           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3466             quality histograms</li>
3467         </ul>
3468       </td>
3469     </tr>
3470     <tr>
3471       <td><div align="center">
3472           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3473         </div></td>
3474       <td><em>Application</em>
3475         <ul>
3476           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3477             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3478           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3479             preferences</li>
3480           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3481             in Jalview alignment window</li>
3482           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3483             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3484           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3485             RNA and ambiguity codes</li>
3486
3487           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3488           <li>Support fetching and database reference look up
3489             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3490             refs')</li>
3491           <li>Jalview project improvements
3492             <ul>
3493               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3494                 flag for annotation</li>
3495               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3496                 alignment</li>
3497               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3498                 Jalview project</li>
3499
3500             </ul>
3501           </li>
3502           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3503           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3504             running</li>
3505           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3506           <li>visual indication that web service results are still
3507             being retrieved from server</li>
3508           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3509             starts up for first time</li>
3510           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3511             services</li>
3512           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3513             client library</li>
3514           <li>Examples directory and Groovy library included in
3515             InstallAnywhere distribution</li>
3516         </ul> <em>Applet</em>
3517         <ul>
3518           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3519             visualization applet example</li>
3520         </ul> <em>General</em>
3521         <ul>
3522           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3523           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3524             defaults</li>
3525           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3526             calculation</li>
3527           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3528             matrices
3529           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3530             in HTML</li>
3531           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3532             structure contacts</li>
3533           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3534           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3535           <li>Parse sequence associated secondary structure
3536             information in Stockholm files</li>
3537           <li>HTML Export database accessions and annotation
3538             information presented in tooltip for sequences</li>
3539           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3540             style RNA alignment files</li>
3541           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3542             alignment</li>
3543           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3544             shade each sequence according to its associated alignment
3545             annotation</li>
3546           <li>New Jalview Logo</li>
3547         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3548         <ul>
3549           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3550           <li>New Website!</li>
3551         </ul></td>
3552       <td><em>Application</em>
3553         <ul>
3554           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3555             wsdbfetch REST service</li>
3556           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3557           <li>Filetype associations not installed for webstart
3558             launch</li>
3559           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3560             job execution in full once it is complete</li>
3561           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3562             uploaded via ali_file parameter</li>
3563           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3564           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3565           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3566             submitted for prediction</li>
3567           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3568             desktop window</li>
3569           <li>Putting fractional value into integer text box in
3570             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3571           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3572             windows 7</li>
3573           <li>View all structures fails with exception shown in
3574             structure view</li>
3575           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3576             escaped in a platform independent way</li>
3577           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3578             using proxy</li>
3579           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3580             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3581           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3582             failure when java web start temporary file caching is
3583             disabled</li>
3584           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3585             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3586           <li>Errors during processing of command line arguments
3587             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3588           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3589             DAS sources in sequence fetcher</li>
3590           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3591             dialog is shown</li>
3592           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3593           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3594           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3595           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3596             on OSX Mountain Lion</li>
3597           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3598             sequences with alignment annotation are pasted into the
3599             alignment</li>
3600           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3601             when loaded from Jalview project</li>
3602           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3603           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3604             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3605           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3606             associated with all views</li>
3607           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3608             annotation rows to new window</li>
3609         </ul> <em>Applet</em>
3610         <ul>
3611           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3612             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3613           <li>loading features via javascript API automatically
3614             enables feature display</li>
3615           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3616             work</li>
3617         </ul> <em>General</em>
3618         <ul>
3619           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3620           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3621             and then deselected</li>
3622           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3623           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3624             coloured with clustalx</li>
3625           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3626             exceptions and redraw errors</li>
3627           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3628             reconfigured view</li>
3629           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3630             colour</li>
3631           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3632             for lots of labels</li>
3633         </ul>
3634     </tr>
3635     <tr>
3636       <td>
3637         <div align="center">
3638           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3639         </div>
3640       </td>
3641       <td><em>Application</em>
3642         <ul>
3643           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3644           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3645           <li>View/alignment association menu to enable user to
3646             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3647             its colours/correspondences from</li>
3648           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3649           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3650             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3651           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3652           <li>Annotation row column label formatting attributes
3653             stored in project file</li>
3654           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3655             rows preserved in Jalview project file</li>
3656           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3657             saved using Desktop window menu</li>
3658           <li>Visual indication that command line arguments are
3659             still being processed</li>
3660           <li>Groovy script execution from URL</li>
3661           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3662             preferences</li>
3663           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3664             alignment with sequences that have high similarity and
3665             matching IDs</li>
3666           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3667           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3668             structures in same window</li>
3669           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3670           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3671             analysis function in its own submenu</li>
3672         </ul> <em>Applet</em>
3673         <ul>
3674           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3675             groups</li>
3676           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3677           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3678           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3679           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3680           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3681             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3682           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3683           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3684             parameters are treated as such</li>
3685           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3686             <ul>
3687               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3688               <li>Javascript callbacks for
3689                 <ul>
3690                   <li>Applet initialisation</li>
3691                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3692                 </ul>
3693               </li>
3694               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3695                 functions</li>
3696               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3697               <li>javascript structure viewer harness to pass
3698                 messages between Jmol and Jalview when running as
3699                 distinct applets</li>
3700               <li>sortBy method</li>
3701               <li>Set of applet and application examples shipped
3702                 with documentation</li>
3703               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3704                 javascript message exchange</li>
3705             </ul>
3706         </ul> <em>General</em>
3707         <ul>
3708           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3709             multiple alignments</li>
3710           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3711           <li>User configurable link to enable redirects to a
3712             www.Jalview.org mirror</li>
3713           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3714           <li>Configurable newline string when writing alignment
3715             and other flat files</li>
3716           <li>Allow alignment annotation description lines to
3717             contain html tags</li>
3718         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3719         <ul>
3720           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3721             examples</li>
3722           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3723             using a web service before displaying the result in the
3724             Jalview desktop</li>
3725           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3726           <li>Ant target to publish example html files with applet
3727             archive</li>
3728           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3729           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3730         </ul></td>
3731       <td><em>Application</em>
3732         <ul>
3733           <li>User defined colourscheme throws exception when
3734             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3735           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3736             dialog for valid filename/format</li>
3737           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3738           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3739             P37173</li>
3740           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3741             which sequence is to be associated with the file</li>
3742           <li>Find All raises null pointer exception when query
3743             only matches sequence IDs</li>
3744           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3745           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3746             2.4 cannot be loaded</li>
3747           <li>Filetype associations not installed for webstart
3748             launch</li>
3749           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3750             with sequences in different alignments do not get coloured
3751             by their associated sequence</li>
3752           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3753             not preserved when project is loaded</li>
3754           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3755             stored in Jalview project</li>
3756           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3757             Jalview project</li>
3758           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3759           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3760             by conservation</li>
3761           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3762             created on new view</li>
3763           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3764             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3765           <li>Alignment quality not updated after alignment
3766             annotation row is hidden then shown</li>
3767           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3768             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3769           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3770             properly</li>
3771           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3772             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3773           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3774           <li>Structures imported from file and saved in project
3775             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3776           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3777             job execution in full once it is complete</li>
3778         </ul> <em>Applet</em>
3779         <ul>
3780           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3781             annotation rows are displayed</li>
3782           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3783             codebase</li>
3784           <li>View follows highlighting does not work for positions
3785             in sequences</li>
3786           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3787           <li>Export features raises exception when no features
3788             exist</li>
3789           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3790             for javascript api is modified when separator string
3791             provided as parameter</li>
3792           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3793             alignment with no existing selection</li>
3794           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3795             to applet&#39;s codebase</li>
3796           <li>Status bar not updated after finished searching and
3797             search wraps around to first result</li>
3798           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3799             several Jalview applets causes race conditions and memory
3800             leaks</li>
3801           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3802             not sent from Jmol in applet</li>
3803           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3804             applet API fatally hang browser</li>
3805         </ul> <em>General</em>
3806         <ul>
3807           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3808             position with wrapped view and hidden regions</li>
3809           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3810             with/without hidden columns</li>
3811           <li>Sequence length given in alignment properties window
3812             is off by 1</li>
3813           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3814             import PDB like structure files</li>
3815           <li>Positional search results are only highlighted
3816             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3817           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3818           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3819             given sequence position</li>
3820           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3821             output</li>
3822           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3823             from nucleotide chains correctly</li>
3824           <li>Structure colours not updated when tree partition
3825             changed in alignment</li>
3826           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3827             parsed in interleaved stockholm</li>
3828           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3829             state</li>
3830           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3831             properly</li>
3832           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3833             properly associated with their pdb files</li>
3834         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3835         <ul>
3836           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3837             ApplyCopyright tool</li>
3838         </ul></td>
3839     </tr>
3840     <tr>
3841       <td>
3842         <div align="center">
3843           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3844         </div>
3845       </td>
3846       <td><em>Application</em>
3847         <ul>
3848           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3849             contact web services</li>
3850           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3851             service job window</li>
3852           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3853         </ul></td>
3854       <td>
3855         <ul>
3856           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3857             pir file emitted by Jalview</li>
3858           <li>Existing feature settings transferred to new
3859             alignment view created from cut'n'paste</li>
3860           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3861             parsing PDB files</li>
3862           <li>Consensus and conservation annotation rows
3863             occasionally become blank for all new windows</li>
3864           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3865             in wrapped view mode</li>
3866         </ul> <em>Application</em>
3867         <ul>
3868           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3869             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3870           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3871             parameter names</li>
3872           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3873             is down</li>
3874         </ul>
3875       </td>
3876     </tr>
3877     <tr>
3878       <td>
3879         <div align="center">
3880           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3881         </div>
3882       </td>
3883       <td><em>Application</em>
3884         <ul>
3885           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3886             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3887             (JABAWS)
3888           </li>
3889           <li>Web Services preference tab</li>
3890           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3891             preferences</li>
3892           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3893           <li>Superpose structures using associated sequence
3894             alignment</li>
3895           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3896             viewer</li>
3897         </ul> <em>Applet</em>
3898         <ul>
3899           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3900             link out mechanism</li>
3901         </ul> <em>Other</em>
3902         <ul>
3903           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3904             series 12</li>
3905           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3906             require Java 1.5</li>
3907           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3908             sequence annotation files</li>
3909           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3910             type colour specification</li>
3911           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3912             script to check if it being run in an interactive session or
3913             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3914         </ul></td>
3915       <td>
3916         <ul>
3917           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3918             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3919         </ul> <em>Application</em>
3920         <ul>
3921           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3922             selected Regions menu item</li>
3923           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3924             part of a valid accession ID</li>
3925           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3926             runs out of memory</li>
3927           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3928             analysis results</li>
3929           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3930             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3931           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3932         </ul> <em>Applet</em>
3933         <ul>
3934           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3935             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3936             defined.</li>
3937         </ul>
3938       </td>
3939     </tr>
3940     <tr>
3941       <td>
3942         <div align="center">
3943           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3944         </div>
3945       </td>
3946       <td></td>
3947       <td>
3948         <ul>
3949           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3950             sequence IDs</li>
3951           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3952             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3953           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3954             import correctly</li>
3955           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3956             number of columns are hidden</li>
3957           <li>annotation label popup menu not providing correct
3958             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3959             present</li>
3960           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3961             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3962           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3963             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3964
3965         </ul> <em>Applet</em>
3966         <ul>
3967           <li>annotation panel disappears when annotation is
3968             hidden/removed</li>
3969         </ul> <em>Application</em>
3970         <ul>
3971           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3972             alignment opened where annotation panel is visible but no
3973             annotations are present on alignment</li>
3974           <li>pasted region containing hidden columns is
3975             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3976           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3977             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3978           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3979             selected Rregions menu item.</li>
3980           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3981             'Un' or 'Non'conserved</li>
3982           <li>Sequence feature settings are being shared by
3983             multiple distinct alignments</li>
3984           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3985             changed</li>
3986           <li>double click on group annotation to select sequences
3987             does not propagate to associated trees</li>
3988           <li>Mac OSX specific issues:
3989             <ul>
3990               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3991                 window background</li>
3992               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3993                 name set correctly</li>
3994               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3995                 save feature colourscheme button</li>
3996             </ul>
3997           </li>
3998         </ul>
3999       </td>
4000     </tr>
4001     <tr>
4002
4003       <td>
4004         <div align="center">
4005           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4006         </div>
4007       </td>
4008       <td><em>New Capabilities</em>
4009         <ul>
4010           <li>URL links generated from description line for
4011             regular-expression based URL links (applet and application)
4012
4013           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4014             menu</li>
4015           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4016             structures</li>
4017           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4018             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4019           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4020             average score or total feature count for each sequence.</li>
4021           <li>Shading features by score or associated description</li>
4022           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4023             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4024           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4025             hide everything but the currently selected region.</li>
4026           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4027         </ul> <em>Application</em>
4028         <ul>
4029           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4030             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4031           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4032             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4033           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4034             database references and protein_name is parsed as
4035             description line (BioSapiens terms).</li>
4036           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4037             references in sequence ID tooltip from View menu in
4038             application.</li>
4039           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4040       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4041           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4042             conservation plots</li>
4043           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4044             and visualized as sequence logos</li>
4045           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4046             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4047           </li>
4048           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4049             when a new tree is opened.</li>
4050           <li>Jalview Java Console</li>
4051           <li>Better placement of desktop window when moving
4052             between different screens.</li>
4053           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4054             consensus annotation</li>
4055           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4056             Workflows</li>
4057           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4058             <ul>
4059               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4060                 used to preserve views, structures, and tree display
4061                 settings)</li>
4062               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4063                 command line</li>
4064               <li>Sharing of selected regions between views and
4065                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4066               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4067             </ul></li>
4068         </ul> <em>Applet</em>
4069         <ul>
4070           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4071           <li>New Parameters
4072             <ul>
4073               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4074                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4075                 opened.</li>
4076               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4077                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4078               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4079                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4080               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4081                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4082                 view</li>
4083               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4084                 increase the height or width of a cell in the alignment
4085                 grid relative to the current font size.</li>
4086             </ul>
4087           </li>
4088           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4089             tooltip</li>
4090         </ul> <em>Other</em>
4091         <ul>
4092           <li>Features format: graduated colour definitions and
4093             specification of feature scores</li>
4094           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4095             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4096             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4097           <li>XML formats extended to support graduated feature
4098             colourschemes, group associated annotation, and profile
4099             visualization settings.</li></td>
4100       <td>
4101         <ul>
4102           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4103             rather than description</li>
4104           <li>Non-positional features are now included in sequence
4105             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4106             visibility in tooltip).</li>
4107           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4108           <li>Added URL embedding instructions to features file
4109             documentation.</li>
4110           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4111             'X' in peptide product</li>
4112           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4113             sequence ID and sequence string and query strings do not
4114             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4115           <li>AMSA files only contain first column of
4116             multi-character column annotation labels</li>
4117           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4118             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4119             exported and re-imported)</li>
4120           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4121             name</li>
4122           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4123             as subsequence matches, and correctly reports total number
4124             of both.</li>
4125           <li>Application:
4126             <ul>
4127               <li>Better handling of exceptions during sequence
4128                 retrieval</li>
4129               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4130                 link text excludes the start_end suffix</li>
4131               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4132                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4133               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4134               <li>Sequence description lines properly shared via
4135                 VAMSAS</li>
4136               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4137                 data sources</li>
4138               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4139                 completes before alignment figures are generated.</li>
4140               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4141                 first time.</li>
4142               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4143                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4144               <li>User defined group colours properly recovered
4145                 from Jalview projects.</li>
4146             </ul>
4147           </li>
4148         </ul>
4149       </td>
4150
4151     </tr>
4152     <tr>
4153       <td>
4154         <div align="center">
4155           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4156         </div>
4157       </td>
4158       <td>
4159         <ul>
4160           <li>Experimental support for google analytics usage
4161             tracking.</li>
4162           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4163         </ul>
4164       </td>
4165       <td>
4166         <ul>
4167           <li>Race condition in applet preventing startup in
4168             jre1.6.0u12+.</li>
4169           <li>Exception when feature created from selection beyond
4170             length of sequence.</li>
4171           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4172           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4173             all sequences with a given id</li>
4174           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4175             ID string searches</li>
4176           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4177             alignment to fail with exception</li>
4178         </ul> <em>Application Issues</em>
4179         <ul>
4180           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4181           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4182             data sources</li>
4183         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4184         <ul>
4185           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4186             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4187           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4188             version (java class versioning error fixed)</li>
4189         </ul>
4190       </td>
4191     </tr>
4192     <tr>
4193       <td>
4194
4195         <div align="center">
4196           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4197         </div>
4198       </td>
4199       <td><em>User Interface</em>
4200         <ul>
4201           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4202             translation and protein products</li>
4203           <li>Linked highlighting of structure associated with
4204             residue mapping to codon position</li>
4205           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4206             and 'clear' button</li>
4207           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4208             Tools menu</li>
4209           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4210             numeric data in description line</li>
4211           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4212           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4213             of sequence</li>
4214         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4215         <ul>
4216           <li>JPred3 web service</li>
4217           <li>Prototype sequence search client (no public services
4218             available yet)</li>
4219           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4220             PFAM</li>
4221           <li>URL Links created for matching database cross
4222             references as well as sequence ID</li>
4223           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4224         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4225         <ul>
4226           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4227             databases</li>
4228           <li>Generalised database reference retrieval and
4229             validation to all fetchable databases</li>
4230           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4231             sequence command</li>
4232         </ul> <em>Import and Export</em>
4233         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4234         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4235           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4236         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4237           File</li>
4238         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4239           triplet as name of colourscheme</li>
4240         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4241         <ul>
4242           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4243           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4244             alignments (experimental)</li>
4245           <li>Create new or select existing session to join</li>
4246           <li>load and save of vamsas documents</li>
4247         </ul> <em>Application command line</em>
4248         <ul>
4249           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4250             from applet)</li>
4251           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4252             of DAS servers to query for alignment features</li>
4253           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4254             that are also automatically queried for features</li>
4255           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4256             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4257         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4258         <ul>
4259           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4260             application (when using &quot;View in full
4261             application&quot;)</li>
4262         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4263         <ul>
4264           <li>feature group display control parameter</li>
4265           <li>debug parameter</li>
4266           <li>showbutton parameter</li>
4267         </ul> <em>Applet API methods</em>
4268         <ul>
4269           <li>newView public method</li>
4270           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4271           <li>Feature display control methods</li>
4272           <li>get list of currently selected sequences</li>
4273         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4274         <ul>
4275           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4276           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4277             Jalview release.</li>
4278           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4279             property controls execution of obfuscator</li>
4280           <li>Build target for generating source distribution</li>
4281           <li>Debug flag for javacc</li>
4282           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4283             jalview.bin.Cache</li>
4284           <li>Continuous Build Integration for stable and
4285             development version of Application, Applet and source
4286             distribution</li>
4287         </ul></td>
4288       <td>
4289         <ul>
4290           <li>selected region output includes visible annotations
4291             (for certain formats)</li>
4292           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4293             for editing</li>
4294           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4295           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4296           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4297           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4298             comments</li>
4299           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4300             filenames containing a ':'</li>
4301           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4302             global sequence features</li>
4303           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4304             references from alignment sequences goes to zero</li>
4305           <li>Close of tree branch colour box without colour
4306             selection causes cascading exceptions</li>
4307           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4308           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4309             file parsing fails.</li>
4310           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4311           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4312             not a valid output format</li>
4313           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4314             vamsas</li>
4315           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4316           <li>error messages passed up and output when data read
4317             fails</li>
4318           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4319             sequence is edited</li>
4320           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4321             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4322           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4323             filetype</li>
4324           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4325             import fixed for PFAM records</li>
4326           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4327             window list</li>
4328           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4329             can be read and written correctly to annotation file</li>
4330           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4331             correctly</li>
4332           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4333             non-italic font for representatives in Applet</li>
4334           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4335             Macs.</li>
4336           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4337             Applet)</li>
4338           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4339             due to null pointer exceptions</li>
4340           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4341             first column of alignment</li>
4342           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4343             July 2008</li>
4344           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4345             file is case-insensitive</li>
4346           <li>Sequence features read from Features file appended to
4347             all sequences with matching IDs</li>
4348           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4349             containing a sub-sequence</li>
4350           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4351           <li>feature and annotation file applet parameters
4352             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4353           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4354           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4355             splash-screen version check to complete</li>
4356           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4357             when passing them to the launchApp service</li>
4358           <li>display name and local features preserved in results
4359             retrieved from web service</li>
4360           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4361             sequence fetcher initialisation</li>
4362           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4363             dasobert DAS client</li>
4364           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4365             association</li>
4366           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4367             sequences
4368           </li>
4369         </ul>
4370       </td>
4371     </tr>
4372     <tr>
4373       <td>
4374         <div align="center">
4375           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4376         </div>
4377       </td>
4378       <td>
4379         <ul>
4380           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4381           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4382           <li>Slide sequences</li>
4383           <li>Edit sequence in place</li>
4384           <li>EMBL CDS features</li>
4385           <li>DAS Feature mapping</li>
4386           <li>Feature ordering</li>
4387           <li>Alignment Properties</li>
4388           <li>Annotation Scores</li>
4389           <li>Sort by scores</li>
4390           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4391         </ul>
4392       </td>
4393       <td>
4394         <ul>
4395           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4396           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4397           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4398           <li>Feature group display state in XML</li>
4399           <li>Feature ordering in XML</li>
4400           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4401           <li>Stockholm alignment properties</li>
4402           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4403           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4404           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4405           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4406         </ul>
4407       </td>
4408
4409     </tr>
4410     <tr>
4411       <td>
4412         <div align="center">
4413           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4414         </div>
4415       </td>
4416       <td>
4417         <ul>
4418           <li>Non standard characters can be read and displayed
4419           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4420             applet via textbox
4421           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4422             name &amp; description
4423           <li>Preference setting to display sequence name in
4424             italics
4425           <li>Annotation file format extended to allow
4426             Sequence_groups to be defined
4427           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4428             specified in preferences
4429           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4430             sequences
4431         </ul>
4432       </td>
4433       <td>
4434         <ul>
4435           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4436             installed
4437           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4438           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4439         </ul>
4440       </td>
4441     </tr>
4442     <tr>
4443       <td>
4444         <div align="center">
4445           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4446         </div>
4447       </td>
4448       <td>
4449         <ul>
4450           <li>Multiple views on alignment
4451           <li>Sequence feature editing
4452           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4453           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4454           <li>Background dependent text colour
4455           <li>Right align sequence ids
4456           <li>User-defined lower case residue colours
4457           <li>Format Menu
4458           <li>Select Menu
4459           <li>Menu item accelerator keys
4460           <li>Control-V pastes to current alignment
4461           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4462           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4463           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4464
4465           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4466         </ul>
4467       </td>
4468       <td>
4469         <ul>
4470           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4471           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4472             calculations
4473           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4474             edits
4475           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4476             of alignment)
4477           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4478
4479           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4480             display correctly
4481           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4482           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4483             analysis results
4484           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4485             &#8739;
4486           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4487           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4488           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4489
4490         </ul>
4491       </td>
4492     </tr>
4493     <tr>
4494       <td>
4495         <div align="center">
4496           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4497         </div>
4498       </td>
4499       <td>
4500         <ul>
4501           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4502         </ul>
4503       </td>
4504       <td>
4505         <ul>
4506           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4507             sequence id panel has been resized</li>
4508           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4509             rendered</li>
4510           <li>Annotation files with sequence references - all
4511             elements in file are relative to sequence position</li>
4512           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4513         </ul>
4514       </td>
4515     </tr>
4516     <tr>
4517       <td>
4518         <div align="center">
4519           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4520         </div>
4521       </td>
4522       <td>
4523         <ul>
4524           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4525           <li>DAS Feature fetching</li>
4526           <li>Hide sequences and columns</li>
4527           <li>Export Annotations and Features</li>
4528           <li>GFF file reading / writing</li>
4529           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4530             files</li>
4531           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4532           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4533           <li>Applet can launch the full application</li>
4534           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4535             required)</li>
4536           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4537           <li>Applet can load sequences from parameter
4538             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4539           </li>
4540         </ul>
4541       </td>
4542       <td>
4543         <ul>
4544           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4545           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4546           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4547         </ul>
4548       </td>
4549     </tr>
4550     <tr>
4551       <td>
4552         <div align="center">
4553           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4554         </div>
4555       </td>
4556       <td>
4557         <ul>
4558           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4559           <li>Choose to match case when searching</li>
4560           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4561             expand the visible width and height of the alignment</li>
4562         </ul>
4563       </td>
4564       <td>
4565         <ul>
4566           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4567         </ul>
4568       </td>
4569     </tr>
4570     <tr>
4571       <td>
4572         <div align="center">
4573           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4574         </div>
4575       </td>
4576       <td>&nbsp;</td>
4577       <td>
4578         <ul>
4579           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4580           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4581             value</li>
4582         </ul>
4583       </td>
4584     </tr>
4585     <tr>
4586       <td>
4587         <div align="center">
4588           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4589         </div>
4590       </td>
4591       <td>
4592         <ul>
4593           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4594           <li>Keyboard editing</li>
4595           <li>Create sequence features from searches</li>
4596           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4597             alignments</li>
4598           <li>Features file allows grouping of features</li>
4599           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4600           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4601           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4602         </ul>
4603       </td>
4604       <td>
4605         <ul>
4606           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4607           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4608             descriptions saved.</li>
4609         </ul>
4610       </td>
4611     </tr>
4612     <tr>
4613       <td>
4614         <div align="center">
4615           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4616         </div>
4617       </td>
4618       <td>
4619         <ul>
4620           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4621           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4622           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4623             name for file output</li>
4624           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4625           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4626             used for HTML form input</li>
4627         </ul>
4628       </td>
4629       <td>
4630         <ul>
4631           <li>HTML output writes groups and features</li>
4632           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4633           <li>File IO bugs</li>
4634         </ul>
4635       </td>
4636     </tr>
4637     <tr>
4638       <td>
4639         <div align="center">
4640           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4641         </div>
4642       </td>
4643       <td>
4644         <ul>
4645           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4646           <li>More options for PCA viewer</li>
4647         </ul>
4648       </td>
4649       <td>
4650         <ul>
4651           <li>GUI bugs resolved</li>
4652           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4653         </ul>
4654       </td>
4655     </tr>
4656     <tr>
4657       <td height="63">
4658         <div align="center">
4659           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4660         </div>
4661       </td>
4662       <td>
4663         <ul>
4664           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4665           <li>Jar files are executable</li>
4666           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4667         </ul>
4668       </td>
4669       <td>
4670         <ul>
4671           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4672           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4673           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4674         </ul>
4675       </td>
4676     </tr>
4677     <tr>
4678       <td>
4679         <div align="center">
4680           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4681         </div>
4682       </td>
4683       <td>
4684         <ul>
4685           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4686         </ul>
4687       </td>
4688       <td>
4689         <ul>
4690           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4691         </ul>
4692       </td>
4693     </tr>
4694     <tr>
4695       <td>
4696         <div align="center">
4697           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4698         </div>
4699       </td>
4700       <td>
4701         <ul>
4702           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4703             size</li>
4704         </ul>
4705       </td>
4706       <td>
4707         <ul>
4708           <li>Improved JPred client reliability</li>
4709           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4710         </ul>
4711       </td>
4712     </tr>
4713     <tr>
4714       <td>
4715         <div align="center">
4716           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4717         </div>
4718       </td>
4719       <td>
4720         <ul>
4721           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4722           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4723           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4724             to Colour Menu</li>
4725           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4726           <li>Unix users can set default web browser</li>
4727           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4728           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4729         </ul>
4730       </td>
4731       <td>
4732         <ul>
4733           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4734         </ul>
4735       </td>
4736     </tr>
4737     <tr>
4738       <td>
4739         <div align="center">
4740           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4741         </div>
4742       </td>
4743       <td>&nbsp;</td>
4744       <td>
4745         <ul>
4746           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4747             alignment order.</li>
4748         </ul>
4749       </td>
4750     </tr>
4751     <tr>
4752       <td>
4753         <div align="center">
4754           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4755         </div>
4756       </td>
4757       <td>
4758         <ul>
4759           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4760           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4761           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4762             annotations.</li>
4763           <li>Version and build date written to build properties
4764             file.</li>
4765           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4766             at launch of Jalview.</li>
4767         </ul>
4768       </td>
4769       <td>
4770         <ul>
4771           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4772           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4773           <li>Can remove groups one by one.</li>
4774           <li>Filechooser icons installed.</li>
4775           <li>Finder ignores return character when searching.
4776             Return key will initiate a search.<br>
4777           </li>
4778         </ul>
4779       </td>
4780     </tr>
4781     <tr>
4782       <td>
4783         <div align="center">
4784           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4785         </div>
4786       </td>
4787       <td>
4788         <ul>
4789           <li>New codebase</li>
4790         </ul>
4791       </td>
4792       <td>&nbsp;</td>
4793     </tr>
4794   </table>
4795   <p>&nbsp;</p>
4796 </body>
4797 </html>