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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>17/09/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  66             residue in cursor mode
  67           </li>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  70             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  71           </li>
  72           <li>
  73             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  74             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  75             improved compatibility with JalviewJS
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  79             alignments from Pfam and Rfam
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  83             import (no longer based on .gz extension)
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  90             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  91             EMBL flat file
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  95             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  96             saving or making backup files.
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 100             <ul>
 101               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 102               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 103             </ul>
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 107             when running on Linux (Requires Java 11+)
 108           </li>
 109         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 110         <ul>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 113             through a system property
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 117             line help for configuring Jalview's memory
 118           </li>
 119         </ul>
 120       </td>
 121       <td align="left" valign="top">
 122         <ul>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 125             but not calculated and no protein or DNA score models are
 126             available for tree/PCA calculation when launched with
 127             Turkish language locale
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 131             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 135             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 139             sequence under the cursor
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 143             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 147             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 148             '%s'" on the console
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 152             when there are both local and complementary features mapped
 153             to the position under the cursor
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 157             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 161             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 165             internationalised text for some messages and log output
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 169             hidden gapped columns
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 173             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 177             specifying output format when exporting an alignment via the
 178             command line
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 182             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 183             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 184             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 185             file again, and if that fails, delete the original file and
 186             save in place.)
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 190             via command line
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 194             program and documentation
 195           </li>
 196         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 197         <ul>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 200             first time for a version that has different jars to the
 201             previous launched version.
 202           </li>
 203         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 204         <ul>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 207             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 208             OutOfMemory error.
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 212             monitor the release channel
 213           </li>
 214         </ul> <em>New Known defects</em>
 215         <ul>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 218             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 219             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 220             genome of RNA viruses)
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 224             are ordered differently when shown on alignment and in
 225             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 229             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 230             works for the top left quadrant of the alignment window
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 234             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 238             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 239           </li>
 240         </ul>
 241       </td>
 242     </tr>
 243     <tr>
 244       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 245           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 246           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 247       <td align="left" valign="top">
 248         <ul>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 251             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 252             for display in alignments, on structure views (including
 253             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 254             export.
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 258             exported and re-imported as GFF3 files
 259           </li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 262             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 266             validation while parsing
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 270             position if reopened
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 274             of associated view
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 278             enabled by default
 279           </li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 282             tooltips and menus
 283           </li>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 286             with no feature types visible
 287           </li>
 288           <li>
 289           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 290           </li>
 291         </ul><em>Jalview Installer</em>
 292             <ul>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 295             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 296           </li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 302           </li>
 303               <li>
 304                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 305               <li>
 306                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 307         </ul> <em>Release processes</em>
 308         <ul>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 314           </li>
 315         </ul> <em>Build System</em>
 316         <ul>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 319           </li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 322             report
 323           </li>
 324         </ul>
 325         <em>Groovy Scripts</em>
 326             <ul>
 327           <li>
 328             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 329             to stdout containing the consensus sequence for each
 330             alignment in a Jalview session
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 334             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 335             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 336           </li>
 337         </ul>
 338       </td>
 339       <td align="left" valign="top">
 340         <ul>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 343             'Show hidden markers' option is not ticked
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 347             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 348             jalview preferences or properties file
 349           </li>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 352             'Show Sequence Features' option is not ticked
 353           </li>
 354           <li>
 355             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 356             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 357             features are visible
 358           </li>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 361             equal when split frame is first opened
 362           </li>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 365             correct after editing a sequence's start position
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 369             with annotation and exceptions thrown when only a few
 370             columns shown in wrapped mode
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 374             wrapped alignment figure with annotations
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 378             ID fails with ClassCastException
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 382             Project
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 386             feature settings dialog also selects columns
 387           </li>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 390             IllegalArgumentException in some circumstances
 391           </li>
 392           <li>
 393             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 394             opened for a view
 395           </li>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 398             alignment window is closed
 399           </li>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 402             help documentation for 2.11.0 release
 403           </li>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 406             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 407             Uniprot Accession
 408           </li>
 409         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 410         <ul>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 413             PDB/Uniprot search panel
 414           </li>
 415         </ul> <em>Installer</em>
 416         <ul>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 419             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 420           </li>
 421         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 422         <ul>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 425             repository
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 429             memory
 430           </li>
 431         </ul> <em>New Known Issues</em>
 432         <ul>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 435             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 436             command line
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 440             clipped in headless figure export when Right Align option
 441             enabled
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 445             'Source' in console output
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 449             bamboo server but run fine locally.
 450           </li>
 451         </ul>
 452       </td>
 453     </tr>
 454     <tr>
 455       <td width="60" align="center" nowrap>
 456           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 457             <em>04/07/2019</em></strong>
 458       </td>
 459       <td align="left" valign="top">
 460         <ul>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 463             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 464             source project) rather than InstallAnywhere
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 468             settings, receive over the air updates and launch specific
 469             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 470               Rings' GetDown</a>)
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 474             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 478             arguments and switch between different getdown channels
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 482             or alignment files
 483           </li>
 484
 485           <li>
 486             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 487             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 490             'Translate as cDNA'</li>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 493           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 494             <ul>
 495                       <li>
 496             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 497             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 498           <li>
 499                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 500                 features can be filtered and shaded according to any
 501                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 502                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 503                 file)
 504               </li>
 505               <li>
 506                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 507                 stored and restored from Jalview Projects
 508               </li>
 509               <li>
 510                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 511                 recognise variant features
 512               </li>
 513               <li>
 514                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 515                 sequences (also coloured red by default)
 516               </li>
 517               <li>
 518                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 519                 details
 520               </li>
 521               <li>
 522                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 523                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 524               </li>
 525               <li>
 526                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 527                 dialog
 528               </li>
 529             </ul>
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 533             tree and PCA calculations
 534           </li>
 535           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 536             <ul>
 537               <li>
 538                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 539                 and Viewer state saved in Jalview Project
 540               </li>
 541               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 542                 drop-down menus</li>
 543               <li>
 544                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 545                 incrementally
 546               </li>
 547               <li>
 548                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 549               </li>
 550             </ul>
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 554           </li>
 555           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 556           <ul>
 557               <li>
 558                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 559                 multiple groups when working with large alignments
 560               </li>
 561               <li>
 562                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 563                 Stockholm files
 564               </li>
 565             </ul>
 566           <li><strong>User Interface</strong>
 567           <ul>
 568               <li>
 569                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 570                 view
 571               </li>
 572               <li>
 573                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 574                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 575                 default (can be changed in user preferences)
 576               </li>
 577               <li>
 578                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 579                 to the Overwrite Dialog
 580               </li>
 581               <li>
 582                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 583                 sequences are hidden
 584               </li>
 585               <li>
 586                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 587                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 588               </li>
 589               <li>
 590                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 591                 labels
 592               </li>
 593               <li>
 594                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 595                 when in wrapped mode
 596               </li>
 597               <li>
 598                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 599                 annotation
 600               </li>
 601               <li>
 602                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 603               </li>
 604               <li>
 605                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 606                 panel
 607               </li>
 608               <li>
 609                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 610                 popup menu
 611               </li>
 612               <li>
 613               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 614               <li>
 615               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 616
 617
 618             </ul></li>
 619             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 620           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 621             <ul>
 622               <li>
 623                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 624                 trapping CMD-Q
 625               </li>
 626             </ul></li>
 627         </ul>
 628         <em>Deprecations</em>
 629         <ul>
 630           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 631             capabilities removed from the Jalview Desktop
 632           </li>
 633           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 634             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 635             and XML based data retrieval clients</li>
 636           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 637           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 638         </ul> <em>Documentation</em>
 639         <ul>
 640           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 641             not supported in EPS figure export
 642           </li>
 643           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 644         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 645         <ul>
 646           <li>
 647           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 648           </li>
 649       <li>
 650       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 651           <li>
 652           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 653             gradle-eclipse
 654           </li>
 655           <li>
 656           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 657             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 658             execution
 659           </li>
 660           <li>
 661           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 662             operations
 663           </li>
 664           <li>
 665           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 666             issues resolved
 667           </li>
 668           <li>
 669           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 670             markdown (with HTML rendering)
 671           </li>
 672           <li>
 673           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 674           </li>
 675           <li>
 676           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 677             versions of Jalview
 678           </li>
 679         </ul>
 680       </td>
 681       <td align="left" valign="top">
 682         <ul>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 685           </li>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 688             superposition in Jmol fail on Windows
 689           </li>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 692             structures for sequences with lots of PDB structures
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 696             monospaced font
 697           </li>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 700             project involving multiple views
 701           </li>
 702           <li>
 703             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 704             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 705             Annotation dialog hides columns
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 709             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 710             one view, then making another selection in the other view
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 714             columns
 715           </li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 718             Settings and Jalview Preferences panels
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 722             overview with large alignments
 723           </li>
 724           <li>
 725             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 726             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 727             mouse moved to the left of the first column
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 731             hidden column marker via scale popup menu
 732           </li>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 735             doesn't tell users the invalid URL
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 739             score from view
 740           </li>
 741           <li>
 742             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 743             show cross references or Fetch Database References are shown in
 744             red in original view
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 748             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 752             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 753           </li>
 754           <li>
 755             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 756             when columns are hidden
 757           </li>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 760             Columns by Annotation description
 761           </li>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 764             out of Scale or Annotation Panel
 765           </li>
 766           <li>
 767             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 768             scale panel
 769           </li>
 770           <li>
 771             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 772             alignment down
 773           </li>
 774           <li>
 775             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 776             scale panel
 777           </li>
 778           <li>
 779             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 780             Page Up in wrapped mode
 781           </li>
 782           <li>
 783             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 784           </li>
 785           <li>
 786             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 787           </li>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 790             on opening an alignment
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 794             Colour menu
 795           </li>
 796           <li>
 797             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 798             different groups in the alignment are selected
 799           </li>
 800           <li>
 801             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 802             correctly in menu
 803           </li>
 804           <li>
 805             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 806             threshold limit
 807           </li>
 808           <li>
 809             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 810             threshold gets 'unrounded'
 811           </li>
 812           <li>
 813             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 814             colour
 815           </li>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 818           </li>
 819           <li>
 820             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 821           </li>
 822           <li>
 823             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 824             Tree font
 825           </li>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 828             project file
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 832             shown in complementary view
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 836             without normalisation
 837           </li>
 838           <li>
 839             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 840             of report
 841           </li>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 844           </li>
 845           <li>
 846           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 847           </li>
 848         </ul> <em>Editing</em>
 849         <ul>
 850           <li>
 851             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 852             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 853             sequence
 854           </li>
 855           <li>
 856             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 857             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 858             removed (Known defect since 2.10)
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 862             dialog corrupts dataset sequence
 863           </li>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 866             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 867           </li>
 868         </ul> <em>Datamodel</em>
 869         <ul>
 870           <li>
 871             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 872             sequence's End is greater than its length
 873           </li>
 874         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 875           general release)</em>
 876         <ul>
 877           <li>
 878             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 879           </li>
 880         </ul> <em>New Known Defects</em>
 881         <ul>
 882         <li>
 883         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 884         </li>
 885         <li>
 886           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 887           regions of protein alignment.
 888         </li>
 889         <li>
 890           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 891           is restored from a Jalview 2.11 project
 892         </li>
 893         <li>
 894           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 895           'New View'
 896         </li>
 897         <li>
 898           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 899           columns within hidden columns
 900         </li>
 901         <li>
 902           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 903           window after dragging left to select columns to left of visible
 904           region
 905         </li>
 906         <li>
 907           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 908           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 909           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 910           create a Score filter instead.
 911         </li>
 912         <li>
 913         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 914         <li>
 915         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 916         </li>
 917         <li>
 918           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 919           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 920         </li>
 921         </ul>
 922         <em>Java 11 Specific defects</em>
 923           <ul>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 926               alphabetically when saved
 927             </li>
 928         </ul>
 929       </td>
 930     </tr>
 931     <tr>
 932     <td width="60" nowrap>
 933       <div align="center">
 934         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 935       </div>
 936     </td>
 937     <td><div align="left">
 938         <em></em>
 939         <ul>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 942               InstallAnywhere increased to 1G.
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 946               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 947               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 948                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 949                 properties file.</em>
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 953               API and sequence data now imported as JSON.
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 957               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 958               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 959               property.
 960             </li>
 961           </ul>
 962           <em>Development</em>
 963           <ul>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 966               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 967                 Clover</a>
 968             </li>
 969           </ul>
 970         </div></td>
 971     <td><div align="left">
 972         <em></em>
 973         <ul>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 976               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 977               alignment.
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 981               annotation displayed.
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 985               for newly created group when 'Apply to all groups'
 986               selected
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 990               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 991               visible.
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 995               when sequences are selected in exported view.</em>
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 999               aren't rendered with correct colour.
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1003               types of knotted RNA secondary structure.
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1007               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1008               do not start at 1.
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1012               annotation when columns are inserted into an alignment,
1013               and when exporting as Stockholm flatfile.
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1017               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1018               treated as RNA secondary structure.
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1022               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1026               transfers focus to previous window on OSX
1027             </li>
1028           </ul>
1029           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1030           <ul>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1033               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1034               box.
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1038               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1039               'look and feel' which has improved compatibility with the
1040               latest version of OSX.
1041             </li>
1042           </ul>
1043         </div>
1044     </td>
1045     </tr>
1046     <tr>
1047       <td width="60" nowrap>
1048         <div align="center">
1049           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1050             <em>7/06/2018</em></strong>
1051         </div>
1052       </td>
1053       <td><div align="left">
1054           <em></em>
1055           <ul>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1058               annotation retrieved from Uniprot
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1062               onto the Jalview Desktop
1063             </li>
1064           </ul>
1065         </div></td>
1066       <td><div align="left">
1067           <em></em>
1068           <ul>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1071               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1075               right-hand column parsed correctly
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1079               not alignment area in exported graphic
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1083               window has input focus
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1087               annotation added to view (Windows)
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1091               network connectivity is poor
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1095               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1096                 the currently open URL and links from a page viewed in
1097                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1098                 you are using Edge, only links in the page can be
1099                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1100                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1101             </li>
1102           </ul>
1103           <em>New Known Defects</em>
1104           <ul>
1105             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1106           </ul>
1107         </div></td>
1108     </tr>
1109     <tr>
1110       <td width="60" nowrap>
1111         <div align="center">
1112           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1113         </div>
1114       </td>
1115       <td><div align="left">
1116           <em></em>
1117           <ul>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1120               for disabling automatic superposition of multiple
1121               structures and open structures in existing views
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1125               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1126               adjust them.
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1130               Ensembl services
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1134               and lots of hidden columns
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1138               of features (particularly when transparency is disabled)
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1142               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1143               generally available
1144             </li>
1145           </ul>
1146           </div>
1147       </td>
1148       <td><div align="left">
1149           <ul>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1152               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1156               overlapping alignment panel
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1160               sequence as gaps
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1164               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1165               UTR
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1169               factor annotation not added to sequence when local PDB
1170               file associated with it by drag'n'drop or structure
1171               chooser
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1175               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1179               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1183               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1187               columns in annotation row
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1191               honored in batch mode
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1195               for structures added to existing Jmol view
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1199               entries after importing project with multiple views
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1203               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1204               with negative residue numbers or missing residues fails
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1208               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1209               as generated by CONSURF)
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1213               tooltip doesn't include a text description of mutation
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1217               structure and/or overview windows are also shown
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1221               very slow for alignments with large numbers of sequences
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1225               with 'StringIndexOutOfBounds'
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1229               platforms running Java 10
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1233               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1234             </li>
1235           </ul>
1236           <em>Applet</em>
1237           <ul>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1240               should copy the group consensus when popup is opened on it
1241             </li>
1242           </ul>
1243           <em>Batch Mode</em>
1244           <ul>
1245           <li>
1246             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1247           </li>
1248           </ul>
1249           <em>New Known Defects</em>
1250           <ul>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1253               editing a large alignment and overview is displayed
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1257               repeatedly after a series of edits even when the overview
1258               is no longer reflecting updates
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1262               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1263               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1264               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1268               option gives blank output
1269             </li>
1270           </ul>
1271         </div>
1272           </td>
1273     </tr>
1274     <tr>
1275       <td width="60" nowrap>
1276         <div align="center">
1277           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1278         </div>
1279       </td>
1280       <td><div align="left">
1281           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1282               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1283       <td><div align="left">
1284           <em>Desktop</em><ul>
1285           <ul>
1286             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1287             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1288             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1289             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1290             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1291             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1292             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1293           </ul>
1294           </div>
1295       </td>
1296     </tr>
1297     <tr>
1298       <td width="60" nowrap>
1299         <div align="center">
1300           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1301         </div>
1302       </td>
1303       <td><div align="left">
1304           <em></em>
1305           <ul>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1308               rendering of sequence features
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1312               429 rate limit request hander
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1316               their colours have changed
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1320               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1324               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1328               view from Ensembl locus cross-references
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1332               Alignment report
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1336               feature can be disabled
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1340               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1344               Uniprot
1345             </li>
1346           </ul>
1347           <em>Scripting</em>
1348           <ul>
1349             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1350             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1351               percent identity scores for current alignment.</li>
1352           </ul>
1353           <em>Testing and Deployment</em>
1354           <ul>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1357             </li>
1358           </ul>
1359         </div></td>
1360       <td><div align="left">
1361           <em>General</em>
1362           <ul>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1365               threshold text field doesn't trigger an update to the
1366               alignment view
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1370               strings in parallel
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1374               alignment window is closed
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1378               group visibility
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1382               takes a long time in Cursor mode
1383             </li>
1384           </ul>
1385           <em>Desktop</em>
1386           <ul>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1389               cannot be viewed in Chimera
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1393               CDS/Protein view
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1397               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1398               Search Dialogs
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1408               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1412               scrolling right in unwapped alignment view
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1416               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1417               database
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1421               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1425               features of same type and group to be selected for
1426               amending
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1430               alignments when hidden columns are present
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1434               displaying several structures
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1438               moving a window
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1442               within the Jalview desktop on OSX
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1446               when in wrapped alignment mode
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1450               hand end of alignment
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1454               each selected sequence do not have correct start/end
1455               positions
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1459               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1463               restoring project until a new view is created
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1467               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1468               configured (since 2.10.2b2)
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1472               position is adjusted
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1476               in a multi-chain structure when viewing alignment
1477               involving more than one chain (since 2.10)
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1481               if new selection moves alignment window
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1485               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1489               that produces correctly annotated transcripts and products
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1493               doesn't update associated structure view
1494             </li>
1495           </ul>
1496           <em>Applet</em><br />
1497           <ul>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1500               closing alignment panel
1501             </li>
1502           </ul>
1503           <em>BioJSON</em><br />
1504           <ul>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1507               non-positional features
1508             </li>
1509           </ul>
1510           <em>New Known Issues</em>
1511           <ul>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1514               sequence features correctly (for many previous versions of
1515               Jalview)
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1519               using cursor in wrapped panel other than top
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1523               graduated colour threshold
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1527               always preserve numbering and sequence features
1528             </li>
1529           </ul>
1530           <em>Known Java 9 Issues</em>
1531           <ul>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1534               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1535               9.01, OSX 10.10)
1536             </li>
1537           </ul>
1538         </div></td>
1539     </tr>
1540     <tr>
1541       <td width="60" nowrap>
1542         <div align="center">
1543           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1544             <em>2/10/2017</em></strong>
1545         </div>
1546       </td>
1547       <td><div align="left">
1548           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1549           <ul>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1552             </li>
1553             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1554             </li>
1555           </ul>
1556         </div></td>
1557       <td><div align="left">
1558         </div></td>
1559     </tr>
1560     <tr>
1561       <td width="60" nowrap>
1562         <div align="center">
1563           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1564             <em>7/9/2017</em></strong>
1565         </div>
1566       </td>
1567       <td><div align="left">
1568           <em></em>
1569           <ul>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1572               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1573               white)
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1577               Preferences
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1581               in size and progress bar shown as higher resolution
1582               overview is recalculated
1583             </li>
1584
1585           </ul>
1586         </div></td>
1587       <td><div align="left">
1588           <em></em>
1589           <ul>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1592               column region row by row
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1596               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1600               format setting is unticked
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1604               if group has show boxes format setting unticked
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1608               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1609               include sequences and columns not currently displayed
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1613               assemblies are imported via CIF file
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1617               displayed when threshold or conservation colouring is also
1618               enabled.
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1622               server version
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1626               dragging a selected region off the visible region of the
1627               alignment
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1631               colourscheme to all groups in a view
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1635               initially after font size change using the Font chooser or
1636               middle-mouse zoom
1637             </li>
1638           </ul>
1639         </div></td>
1640     </tr>
1641     <tr>
1642       <td width="60" nowrap>
1643         <div align="center">
1644           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1645         </div>
1646       </td>
1647       <td><div align="left">
1648           <em>Calculations</em>
1649           <ul>
1650
1651             <li>
1652               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1653               ungapped positions in each column of the alignment.
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1657               a calculation dialog box
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1661               and memory efficiency (~30x faster)
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1665               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1666               and other calculations
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1670               files within the Jalview codebase
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1674               Similarity may have different topology due to increased
1675               precision
1676             </li>
1677           </ul>
1678           <em>Rendering</em>
1679           <ul>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1682               model for alignments and groups
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1686               scripts
1687             </li>
1688           </ul>
1689           <em>Overview</em>
1690           <ul>
1691             <li>
1692               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1693               with alignment and overview windows
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1697               overview
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1701               omitted in Overview
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1705               adjustment of visible position
1706             </li>
1707           </ul>
1708
1709           <em>Data import/export</em>
1710           <ul>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1713               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1717               annotation input/output via stockholm flatfile
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1721               extension when importing structure files without embedded
1722               names or PDB accessions
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1726               format sequence substitution matrices
1727             </li>
1728           </ul>
1729           <em>User Interface</em>
1730           <ul>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1733               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1734               the application.
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1738               via Overview or sequence motif search operations
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1742               opened by double clicking gaps within sequence feature
1743               extent
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1747               aligned positions were available to create a 3D structure
1748               superposition.
1749             </li>
1750           </ul>
1751           <em>3D Structure</em>
1752           <ul>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1755               coloured in linked structure views
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1759               file-based command exchange
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1763               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1764               structures are already available for sequences
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1768               the Jalview project rather than downloaded again when the
1769               project is reopened.
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1773               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1774               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1775                 Feature</strong>)
1776             </li>
1777           </ul>
1778           <em>Web Services</em>
1779           <ul>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1785               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1786               Analysis services
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1790               cross-references provided by identifiers.org and the
1791               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1792             </li>
1793           </ul>
1794
1795           <em>Scripting</em>
1796           <ul>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1799               identifying file formats (instead of String constants)
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1803               efficiency when counting all displayed features (not
1804               backwards compatible with 2.10.1)
1805             </li>
1806           </ul>
1807           <em>Example files</em>
1808           <ul>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1811               included in the example feature file
1812             </li>
1813           </ul>
1814           <em>Documentation</em>
1815           <ul>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1818               with the built-in Java help viewer
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1822               sequence description' option
1823             </li>
1824           </ul>
1825           <em>Test Suite</em>
1826           <ul>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1829               Uniprot REST Free Text Search Client
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1836               during tests
1837             </li>
1838           </ul>
1839         </div></td>
1840       <td><div align="left">
1841           <em>Calculations</em>
1842           <ul>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1845               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1846               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1847             </li>
1848             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1849               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1850               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1851               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1852               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1853               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1854               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1855               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1856               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1857               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1858               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1859               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1860               // for 2.10.1 mode <br />
1861               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1862               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1863                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1864                 calculations (not recommended)</em></li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1867               scaling of branch lengths for trees computed using
1868               Sequence Feature Similarity.
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1872               generating output report when working with highly
1873               redundant alignments
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1877               right of selected region when gaps present on right-hand
1878               boundary
1879             </li>
1880           </ul>
1881           <em>User Interface</em>
1882           <ul>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1885               doesn't reselect a specific sequence's associated
1886               annotation after it was used for colouring a view
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1890               opened on a region of alignment without groups
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1894               of an alignment with overlapping groups
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1898               name and description match
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1902               hidden regions results in incorrect hidden regions
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1906               changing colour does not apply Conservation slider value
1907               to all groups
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1911               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1915               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1919               gaps before start of features
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1923               restored to UI when feature colour is edited
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1927               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1931               as graduate feature colour settings are modified via the
1932               dialog box
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1936               when a group defined on the alignment is resized
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1940               wrapped view result in positional status updates
1941             </li>
1942
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1945               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1949               alignment included gapped columns
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1953               widgets don't permanently disappear
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1957               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1958               T-Coffee column reliability scores)
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1962               sequence feature on gaps only
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1966               button from a Find inherit previously defined feature type
1967               rather than the Find query string
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1971               exporting tree calculated in Jalview
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1975               and then revealing them reorders sequences on the
1976               alignment
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1980               doesn't update to reflect available set of groups after
1981               interactively adding or modifying features
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1985               Linux
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1989               only excluded gaps in current sequence and ignored
1990               selection.
1991             </li>
1992           </ul>
1993           <em>Rendering</em>
1994           <ul>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1997               erratically when hidden rows or columns are present
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2001               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2002               sequence colouring
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2006               colour and group colour menu for protein alignments
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2010               reflect currently selected view or group's shading
2011               thresholds
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2015               when rendered on overview and structures when opacity at
2016               100%
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2020               overview when features overlaid on alignment
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2024               recovered correctly from Jalview project file
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2028               (automatically via preferences) are different to the main
2029               alignment panel
2030             </li>
2031           </ul>
2032           <em>Data import/export</em>
2033           <ul>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2036               load
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2040               added after a sequence was imported are not written to
2041               Stockholm File
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2045               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2049               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2053               with lightGray or darkGray via features file (but can
2054               specify lightgray)
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2058               when alignment view imported from project
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2062               structure and sequences extracted from structure files
2063               imported via URL and viewed in Jmol
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2067               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2068               the project is loaded and the structure viewed
2069             </li>
2070           </ul>
2071           <em>Web Services</em>
2072           <ul>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2075               release of Ensembl v.88
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2079               appear enabled in Preferences->Connections
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2083               removed from console output
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2087               Ensembl by Peptide ID
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2091               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2092               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2093               due to 'null' string rather than empty string used for
2094               residues with no corresponding PDB mapping).
2095             </li>
2096           </ul>
2097           <em>Application UI</em>
2098           <ul>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2101               menu
2102             </li>
2103             <li>
2104               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2105               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2106               new documentation and tooltips added)
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2110               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2114               new features are added to alignment
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2118               changes to feature colours via the Amend features dialog
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2122               edit graduated feature colour via amend features dialog
2123               box
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2127               selection menu changes colours of alignment views
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2131               from alignment calculation workers after alignment has
2132               been closed
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2136               groups now 'Create Group'
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2140               Create/Undefine group doesn't always work
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2144               shown again after pressing 'Cancel'
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2148               adjusts start position in wrap mode
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2152               ambiguous amino acids
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2156               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2157               proteins
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2161               Defined' don't appear in Colours menu
2162             </li>
2163           </ul>
2164           <em>Applet</em>
2165           <ul>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2168               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2172               overview or linked structure view
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2176               work (since 2.8)
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2180               user-defined colourscheme doesn't restore original
2181               colourscheme
2182             </li>
2183           </ul>
2184           <em>Test Suite</em>
2185           <ul>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2188               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2189             </li>
2190             <li>
2191               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2192               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2193               problems with deep array comparison equality asserts in
2194               successive versions of TestNG
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2198               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2199             </li>
2200           </ul>
2201           <em>New Known Issues</em>
2202           <ul>
2203             <li>
2204               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2205               phase after a sequence motif find operation
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2209               containing just upper and lower case letters are
2210               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2214               reliably from eggnog Ortholog database
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2218               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2219               to mark columns containing highlighted regions.
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2223               doesn't always add secondary structure annotation.
2224             </li>
2225           </ul>
2226         </div>
2227     <tr>
2228       <td width="60" nowrap>
2229         <div align="center">
2230           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2231         </div>
2232       </td>
2233       <td><div align="left">
2234           <em>General</em>
2235           <ul>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2238               for all consensus calculations
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2242               3rd Oct 2016)
2243             </li>
2244             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2245               for 2016-2017</li>
2246           </ul>
2247           <em>Application</em>
2248           <ul>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2251               set of database cross-references, sorted alphabetically
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2255               from database cross references. Users with custom links
2256               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2257                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2261               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2262               Chimera session
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2266               the Chimera it is connected to is shut down
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2270               columns menu item to mark columns containing highlighted
2271               regions (e.g. from structure selections or results of a
2272               Find operation)
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2276               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2277               MSAviewer
2278             </li>
2279           </ul>
2280         </div></td>
2281       <td>
2282         <div align="left">
2283           <em>General</em>
2284           <ul>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2287               are not coloured or thresholded according to percent
2288               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2292               hydrophobic
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2296               threshold, amino acid properties)
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2300               reported as mapped to residues in a structure file in the
2301               View Mapping report
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2305               could be added multiple times to a sequence
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2309               bond features shown as two highlighted residues rather
2310               than a range in linked structure views, and treated
2311               correctly when selecting and computing trees from features
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2315               cross-references are matched to database name regardless
2316               of case
2317             </li>
2318
2319           </ul>
2320           <em>Application</em>
2321           <ul>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2324               names without regular expressions also offer links from
2325               Sequence ID
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2329               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2330               update Jalview configuration
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2334               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2338               files with similarly named sequences if dropped onto the
2339               alignment
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2343               entries where more chains exist in the PDB accession than
2344               are reported in the SIFTS file
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2348               the structure view when displayed with Chimera
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2352               panel's View->Show Chains submenu
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2356               work for wrapped alignment views
2357             </li>
2358             <li>
2359               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2360               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2364               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2365               first annotation row
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2369               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2373               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2374             </li>
2375             <!-- JAL-2319 -->
2376             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2377             coordindate data
2378             </li>
2379           </ul>
2380           <!--           <em>New Known Issues</em>
2381           <ul>
2382             <li></li>
2383           </ul> -->
2384         </div>
2385       </td>
2386     </tr>
2387     <td width="60" nowrap>
2388       <div align="center">
2389         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2390           <em>25/10/2016</em></strong>
2391       </div>
2392     </td>
2393     <td><em>Application</em>
2394       <ul>
2395         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2396           view if structures already loaded</li>
2397         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2398           structure views</li>
2399       </ul></td>
2400     <td>
2401       <div align="left">
2402         <em>General</em>
2403         <ul>
2404           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2405             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2406           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2407             example sequences/projects/trees</li>
2408         </ul>
2409         <em>Application</em>
2410         <ul>
2411           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2412             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2413           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2414             without timeout for structures with multiple models or
2415             multiple sequences in alignment</li>
2416           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2417             PDB ID HEADER line</li>
2418           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2419             is performed</li>
2420           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2421             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2422           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2423           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2424             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2425             option</li>
2426           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2427             is created on the alignment</li>
2428           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2429             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2430             pop-up menu</li>
2431         </ul>
2432         <em>Build and deployment</em>
2433         <ul>
2434           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2435             tags</li>
2436         </ul>
2437         <em>New Known Issues</em>
2438         <ul>
2439           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2440             on Windows</li>
2441         </ul>
2442       </div>
2443     </td>
2444     </tr>
2445     <tr>
2446       <td width="60" nowrap>
2447         <div align="center">
2448           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2449         </div>
2450       </td>
2451       <td><em>General</em>
2452         <ul>
2453           <li>
2454             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2455           </li>
2456           <li>
2457             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2458             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2459             better PDB parsing.
2460           </li>
2461           <li>
2462             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2463             reference sequence
2464           </li>
2465           <li>
2466             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2467             mousing over sequence associated annotation
2468           </li>
2469           <li>
2470             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2471             for manual entry
2472           </li>
2473           <li>
2474             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2475             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2476             for each column
2477           </li>
2478           <li>
2479             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2480             showing or hiding columns containing a feature
2481           </li>
2482           <li>
2483             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2484             group and sequence associated annotation labels
2485           </li>
2486           <li>
2487             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2488             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2489             dialogs
2490           </li>
2491
2492         </ul> <em>Application</em>
2493         <ul>
2494           <li>
2495             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2496             gene/transcript view
2497           </li>
2498           <li>
2499             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2500             dialog
2501           </li>
2502           <li>
2503             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2504             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2505           </li>
2506           <li>
2507             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2508             Pfam sources to xfam.org
2509           </li>
2510           <li>
2511             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2512           </li>
2513           <li>
2514             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2515             over sequences in Jalview
2516           </li>
2517           <li>
2518             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2519             regions in ENA and EMBL
2520           </li>
2521           <li>
2522             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2523             for record retrieval via ENA rest API
2524           </li>
2525           <li>
2526             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2527             complement operator
2528           </li>
2529           <li>
2530             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2531             groovy script execution
2532           </li>
2533           <li>
2534             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2535             alignment window's Calculate menu
2536           </li>
2537           <li>
2538             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2539             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2543             calculation workers from groovy scripts
2544           </li>
2545           <li>
2546             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2547             Jalview projects
2548           </li>
2549           <li>
2550             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2551             associations are now saved/restored from project
2552           </li>
2553           <li>
2554             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2555             before sequence fetcher is opened
2556           </li>
2557           <li>
2558             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2559             database chooser opens a sequence fetcher
2560           </li>
2561           <li>
2562             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2563             the UniProt REST API
2564           </li>
2565           <li>
2566             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2567             the news reader opening
2568           </li>
2569           <li>
2570             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2571             querying stored in preferences
2572           </li>
2573           <li>
2574             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2575             search results
2576           </li>
2577           <li>
2578             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2579           </li>
2580           <li>
2581             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2582             menu for nucleotide sequences
2583           </li>
2584           <li>
2585             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2586             and feature counts preserves alignment ordering (and
2587             debugged for complex feature sets).
2588           </li>
2589           <li>
2590             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2591             viewing structures with Jalview 2.10
2592           </li>
2593           <li>
2594             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2595             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2596             Ensembl Genomes REST API
2597           </li>
2598           <li>
2599             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2600             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2601             (Ensembl)
2602           </li>
2603           <li>
2604             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2605             sequences
2606           </li>
2607           <li>
2608             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2609             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2610             data from external database records.
2611           </li>
2612           <li>
2613             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2614             efficient recovery of sequence coding and alignment
2615             annotation relationships.
2616           </li>
2617         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2618         <ul>
2619           <li>
2620             -- JAL---
2621           </li>
2622         </ul> --></td>
2623       <td>
2624         <div align="left">
2625           <em>General</em>
2626           <ul>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2629               menu on OSX
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2633               includes graduated colourschemes
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2637               working with big alignments and lots of hidden columns
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2641               at right of alignment window
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2645               contents
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2649               for DNA alignments
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2653               based tree calculation
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2657               unconserved enabled for group on alignment
2658             </li>
2659             <li>
2660               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2661               set as reference
2662             </li>
2663             <li>
2664               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2665               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2666               annotation
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2670               hidden columns present
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2674               user created annotation added to alignment
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2678               '()' base pair annotation
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2682               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2683               Consensus
2684             </li>
2685             <li>
2686               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2687               feature not working
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2691               beginning of sequence
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2695               entry 3a6s
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2699               from a tree when t-coffee scores are shown
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2703               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2707               some structures
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2711               to Clustal, PIR and PileUp output
2712             </li>
2713             <li>
2714               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2715               not visible causes alignment window to repaint
2716             </li>
2717             <li>
2718               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2719               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2720               scores associated with features and annotation rows
2721             </li>
2722             <li>
2723               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2724               calculation should be case independent
2725             </li>
2726             <li>
2727               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2728               columns
2729             </li>
2730             <li>
2731               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2732               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2733               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2737               problems when reference sequence defined and 'show
2738               non-conserved' enabled
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2742               load even when Consensus calculation is disabled
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2746               alignment does nothing
2747             </li>
2748           </ul>
2749           <em>Application</em>
2750           <ul>
2751             <li>
2752               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2753               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2754               yet fixed for El Capitan)
2755             </li>
2756             <li>
2757               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2758               output when running on non-gb/us i18n platforms
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2762               hidden sequences as flat-file alignment
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2766               launching Chimera
2767             </li>
2768             <li>
2769               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2770               (also hotfix for 2.9.0b2)
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2774               reference sequence defined
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2778               alignments and views when revealing hidden columns
2779             </li>
2780             <li>
2781               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2782               view in a cDNA/Protein splitframe
2783             </li>
2784             <li>
2785               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2786               sequence from project when only one sequence is
2787               represented
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2791               in Structure Chooser
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2795               structure consensus didn't refresh annotation panel
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2799               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2803               dialogs format columns correctly, don't display array
2804               data, sort columns according to type
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2808               file chooser is cancelled during an image export
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2812               sequence name containing special characters
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2816               case insensitive
2817             </li>
2818             <li>
2819               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2820               formatting don't wrap
2821             </li>
2822             <li>
2823               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2824               truncated so L looks like I in consensus annotation
2825             </li>
2826             <li>
2827               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2828               currently displayed features for the current selection or
2829               view
2830             </li>
2831             <li>
2832               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2833               after fetching cross-references, and restoring from
2834               project
2835             </li>
2836             <li>
2837               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2838               followed in the structure viewer
2839             </li>
2840             <li>
2841               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2842               splitframe not restored from project
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2846               trailing end of protein alignment in transcript/product
2847               splitview when pad-gaps not enabled by default
2848             </li>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2851               is case dependent
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2855               article has been read (reopened issue due to
2856               internationalisation problems)
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2860               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2861               cross-references
2862             </li>
2863
2864             <li>
2865               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2866               alignment as HTML
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2870               multiple structures are shown for one or more sequences.
2871             </li>
2872             <li>
2873               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2874               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2875               is enabled.
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2879               specific PDB id for sequence
2880             </li>
2881             <li>
2882               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2883               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2884               columns' is disabled.
2885             </li>
2886             <li>
2887               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2888               selects lowest rather than highest resolution structures
2889               for each sequence
2890             </li>
2891             <li>
2892               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2893               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2894             </li>
2895             <li>
2896               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2897               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2898             </li>
2899             <li>
2900               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2901               after clicking on it to create new annotation for a
2902               column.
2903             </li>
2904             <li>
2905               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2906               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2907             </li>
2908             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2909             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2910           </ul>
2911           <em>Applet</em>
2912           <ul>
2913             <li>
2914               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2915               hidden columns present before start of sequence
2916             </li>
2917             <li>
2918               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2919               (JSON jars)
2920             </li>
2921             <li>
2922               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2923               sequences are hidden in applet
2924             </li>
2925             <li>
2926               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2927               deployment on examples pages.
2928             </li>
2929           </ul>
2930         </div>
2931       </td>
2932     </tr>
2933     <tr>
2934       <td width="60" nowrap>
2935         <div align="center">
2936           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2937             <em>16/10/2015</em></strong>
2938         </div>
2939       </td>
2940       <td><em>General</em>
2941         <ul>
2942           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2943             jars</li>
2944         </ul></td>
2945       <td>
2946         <div align="left">
2947           <em>Application</em>
2948           <ul>
2949             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2950               shown when tree is partitioned</li>
2951             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2952               multiple cDNA/Protein split views</li>
2953           </ul>
2954         </div>
2955       </td>
2956     </tr>
2957     <tr>
2958       <td width="60" nowrap>
2959         <div align="center">
2960           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2961             <em>8/10/2015</em></strong>
2962         </div>
2963       </td>
2964       <td><em>General</em>
2965         <ul>
2966           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2967             2.9</li>
2968         </ul> <em>Application</em>
2969         <ul>
2970           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2971           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2972           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2973         </ul> <em>Applet</em>
2974         <ul>
2975           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2976         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2977         <ul>
2978           <li>
2979             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2980             suite
2981           </li>
2982         </ul></td>
2983       <td>
2984         <div align="left">
2985           <em>General</em>
2986           <ul>
2987             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2988               incorrect when sequence start > 1</li>
2989             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2990               documentation</li>
2991             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2992             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2993               loading a features file containing HTML tags in feature
2994               description</li>
2995
2996           </ul>
2997           <em>Application</em>
2998           <ul>
2999             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3000               reimport</li>
3001             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3002               with 'trim retrieved sequences'</li>
3003             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3004               deleting selected columns</li>
3005             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3006               JNLP templates for webstart launch</li>
3007             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3008               unreleased structures for download or viewing</li>
3009             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3010               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3011             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3012               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3013             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3014               recovered from jalview project</li>
3015             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3016               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3017               alignment view</li>
3018             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3019               color schemes from BioJSON</li>
3020           </ul>
3021           <em>Applet</em>
3022           <ul>
3023             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3024               frame</li>
3025             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3026           </ul>
3027         </div>
3028       </td>
3029     </tr>
3030     <tr>
3031       <td><div align="center">
3032           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3033         </div></td>
3034       <td><em>General</em>
3035         <ul>
3036           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3037             alignments:
3038             <ul>
3039               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3040                 and DNA alignment views</li>
3041               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3042                 cDNA alignment views</li>
3043               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3044                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3045               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3046                 protein sequences</li>
3047             </ul>
3048           </li>
3049           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3050           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3051             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3052           <li>New alignment annotation file statements for
3053             reference sequences and marking hidden columns</li>
3054           <li>Reference sequence based alignment shading to
3055             highlight variation</li>
3056           <li>Select or hide columns according to alignment
3057             annotation</li>
3058           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3059           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3060             acid conservation row</li>
3061           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3062         </ul> <em>Application</em>
3063         <ul>
3064           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3065             <ul>
3066               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3067                 view with cDNA/Protein</li>
3068               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3069                 sequences are placed in the same alignment</li>
3070               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3071                 projects</li>
3072             </ul>
3073           </li>
3074
3075           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3076           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3077             Jalview windows</li>
3078
3079           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3080           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3081           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3082             be shown in VARNA</li>
3083
3084           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3085             as the active selected region</li>
3086
3087           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3088             similarity</li>
3089           <li>New Export options
3090             <ul>
3091               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3092                 region export in flat file generation</li>
3093
3094               <li>Export alignment views for display with the <a
3095                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3096
3097               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3098               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3099                 alignment figures to HTML</li>
3100           </li>
3101           <li>3D structure retrieval and display
3102             <ul>
3103               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3104                 Search API</li>
3105               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3106                 PDB structures for a sequence set</li>
3107             </ul>
3108           </li>
3109
3110           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3111             predictions</li>
3112           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3113             for one or a group of sequences</li>
3114           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3115             from the JPred4 web server</li>
3116           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3117             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3118             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3119           </li>
3120           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3121             VARNA 2D Structure'</li>
3122           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3123             Structure ..."</li>
3124
3125         </ul> <em>Applet</em>
3126         <ul>
3127           <li>New layout for applet example pages</li>
3128           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3129             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3130           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3131             Protein alignments</li>
3132         </ul> <em>Development and deployment</em>
3133         <ul>
3134           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3135           <li>Include installation type and git revision in build
3136             properties and console log output</li>
3137           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3138             storing BioJsMSA Templates</li>
3139           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3140         </ul></td>
3141       <td>
3142         <!-- <em>General</em>
3143         <ul>
3144         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3145         <ul>
3146           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3147           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3148           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3149             predictions are not highlighted in amber</li>
3150           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3151             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3152           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3153             associated structure views</li>
3154           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3155             width checkbox not enabled</li>
3156           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3157             creating user defined colours</li>
3158           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3159             mappings for just that viewer's sequences</li>
3160           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3161             multiple models in Chimera</li>
3162           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3163             over Jmol structure</li>
3164           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3165             output to text box</li>
3166           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3167             have incorrect sequence start/end</li>
3168           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3169             Jalview fails</li>
3170           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3171             work for nucleotide</li>
3172           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3173             to a grey/invisible alignment window</li>
3174           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3175             imports to different position</li>
3176           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3177             on some platforms</li>
3178           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3179             populated</li>
3180           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3181             console if Chimera has been opened</li>
3182           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3183           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3184             retrieved</li>
3185           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3186           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3187             either sequence shows on first structure</li>
3188           <li>'Show annotations' options should not make
3189             non-positional annotations visible</li>
3190           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3191             in right place after 'view flanking regions'</li>
3192           <li>File Save As type unset when current file format is
3193             unknown</li>
3194           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3195             projects</li>
3196           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3197             responsive</li>
3198           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3199             several views on same alignment</li>
3200           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3201           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3202             spaces</li>
3203         </ul> <em>Applet</em>
3204         <ul>
3205           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3206           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3207             descriptions containing angle brackets</li>
3208         </ul> <em>General</em>
3209         <ul>
3210           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3211             via jalview annotation file</li>
3212           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3213             with RNA secondary structure</li>
3214           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3215             translation doesn't work.</li>
3216           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3217           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3218             positions</li>
3219           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3220             choosing 1pt font</li>
3221           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3222             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3223             'h'</li>
3224           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3225             new feature</li>
3226           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3227             order dependent</li>
3228           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3229             sequences</li>
3230           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3231         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3232         <ul>
3233           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3234             www.jalview.org</li>
3235         </ul> <em>Application Known issues</em>
3236         <ul>
3237           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3238           <li>Misleading message appears after trying to delete
3239             solid column.</li>
3240           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3241             version launches</li>
3242           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3243             fails with a sequence mismatch</li>
3244           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3245             scrolling alignment to right</li>
3246           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3247             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3248           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3249             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3250           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3251             ultra-high resolution</li>
3252           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3253             quality and conservation</li>
3254           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3255             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3256         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3257         <ul>
3258           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3259           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3260             window is being resized</li>
3261
3262         </ul>
3263       </td>
3264     </tr>
3265     <tr>
3266       <td><div align="center">
3267           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3268         </div></td>
3269       <td><em>General</em>
3270         <ul>
3271           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3272             Certum.PL.</li>
3273           <li>Features and annotation preserved when performing
3274             pairwise alignment</li>
3275           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3276             imported/exported/displayed</li>
3277           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3278             protein secondary structure</li>
3279           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3280               post-hoc with 2.9 release</em>)
3281           </li>
3282
3283         </ul> <em>Application</em>
3284         <ul>
3285           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3286             with 3D structures</li>
3287           <li>Support for parsing RNAML</li>
3288           <li>Annotations menu for layout
3289             <ul>
3290               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3291               <li>place sequence annotation above/below alignment
3292                 annotation</li>
3293             </ul>
3294           <li>Output in Stockholm format</li>
3295           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3296             translation</li>
3297           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3298           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3299             shared between alignments</li>
3300           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3301             Jalview</li>
3302           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3303             all or current selection</li>
3304           <li>disorder and secondary structure predictions
3305             available as dataset annotation</li>
3306           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3307
3308
3309           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3310             alignments from Rfam</li>
3311           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3312
3313           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3314             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3315           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3316           <li>include installation type in build properties and
3317             console log output</li>
3318           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3319             annotation</li>
3320         </ul></td>
3321       <td>
3322         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3323         <ul>
3324           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3325             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3326           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3327             alignment</li>
3328           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3329           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3330           <li>Double click on sequence associated annotation
3331             selects only first column</li>
3332           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3333             leaves shown in tree</li>
3334           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3335             properly</li>
3336           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3337           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3338             screen and buttons not visible</li>
3339           <li>author list isn't updated if already written to
3340             Jalview properties</li>
3341           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3342             from database</li>
3343           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3344           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3345             browser search window</li>
3346           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3347             in feature settings dialog</li>
3348           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3349             desktop</li>
3350           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3351             pass validation</li>
3352           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3353             fit on screen</li>
3354           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3355             tooltip</li>
3356           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3357             defined user preset</li>
3358           <li>MSA web services warns user if they were launched
3359             with invalid input</li>
3360           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3361             Java 8</li>
3362           <li>
3363             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3364             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3365             created
3366           </li>
3367
3368         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3369         <ul>
3370         </ul> <em>General</em>
3371         <ul>
3372         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3373         <ul>
3374           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3375             memory allocation</li>
3376           <li>launchApp service doesn't automatically open
3377             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3378           <li>
3379             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3380             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3381             1.7_055 is available
3382           </li>
3383         </ul> <em>Application Known issues</em>
3384         <ul>
3385           <li>
3386             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3387             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3388             alignment to right
3389           </li>
3390           <li>
3391             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3392             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3393             with large number of ID
3394           </li>
3395           <li>
3396             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3397             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3398             start/end
3399           </li>
3400           <li>
3401             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3402             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3403             structure tracks are rearranged
3404           </li>
3405           <li>
3406             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3407             invalid rna structure positional highlighting does not
3408             highlight position of invalid base pairs
3409           </li>
3410           <li>
3411             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3412             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3413             project from alignment window file menu
3414           </li>
3415           <li>
3416             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3417             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3418             structures
3419           </li>
3420           <li>
3421             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3422             colour by RNA Helices not enabled when user created
3423             annotation added to alignment
3424           </li>
3425           <li>
3426             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3427             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3428           </li>
3429         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3430         <ul>
3431           <li>
3432             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3433             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3434           </li>
3435           <li>
3436             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3437             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3438           </li>
3439
3440           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3441             when selected</li>
3442         </ul>
3443       </td>
3444     </tr>
3445     <tr>
3446       <td><div align="center">
3447           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3448         </div></td>
3449       <td>
3450         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3451         <em>General</em>
3452         <ul>
3453           <li>Internationalisation of user interface (usually
3454             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3455           <li>Define/Undefine group on current selection with
3456             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3457           <li>Improved group creation/removal options in
3458             alignment/sequence Popup menu</li>
3459           <li>Sensible precision for symbol distribution
3460             percentages shown in logo tooltip.</li>
3461           <li>Annotation panel height set according to amount of
3462             annotation when alignment first opened</li>
3463         </ul> <em>Application</em>
3464         <ul>
3465           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3466             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3467           <li>Select columns containing particular features from
3468             Feature Settings dialog</li>
3469           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3470             sequences</li>
3471           <li>Update Jalview project format:
3472             <ul>
3473               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3474               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3475                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3476               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3477                 colouring</li>
3478             </ul>
3479           </li>
3480           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3481             (PAM250)</li>
3482           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3483             flanking regions for an alignment</li>
3484         </ul>
3485       </td>
3486       <td>
3487         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3488         <ul>
3489           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3490             running after job is cancelled</li>
3491           <li>cannot export features from alignments imported from
3492             Jalview/VAMSAS projects</li>
3493           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3494             float values</li>
3495           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3496             have 'display all symbols' flag set</li>
3497           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3498             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3499           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3500             Jalview</li>
3501           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3502             Lion/Webstart</li>
3503           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3504           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3505           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3506             alignment onto desktop</li>
3507           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3508             'extract scores' function</li>
3509           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3510             alignment window</li>
3511           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3512             performing IUPred disorder prediction</li>
3513           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3514             changing 'normalise logo' display setting</li>
3515           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3516             nothing matches query</li>
3517           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3518             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3519           </li>
3520           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3521             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3522           </li>
3523           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3524             Jalview's menu</li>
3525           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3526             'invalid literal/length code'</li>
3527           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3528             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3529           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3530             colourscheme</li>
3531
3532         </ul> <em>Applet</em>
3533         <ul>
3534           <li>Remove group option is shown even when selection is
3535             not a group</li>
3536           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3537             don't affect groups</li>
3538           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3539             colourscheme name</li>
3540           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3541             Annotation panel is not displayed</li>
3542           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3543             embedded windows</li>
3544         </ul> <em>Other</em>
3545         <ul>
3546           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3547             single sequence were not calculated</li>
3548           <li>annotation files that contain only groups imported as
3549             annotation and junk sequences</li>
3550           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3551             recognised as PFAM or BLC</li>
3552           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3553             doesn't affect background (2.8.0b1)
3554           <li></li>
3555           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3556           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3557             trailing gaps</li>
3558           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3559             registered correctly on import</li>
3560           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3561             certain alignments</li>
3562           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3563             existing annotation based 'use original colours'
3564             colourscheme loses original colours setting</li>
3565         </ul>
3566       </td>
3567     </tr>
3568     <tr>
3569       <td><div align="center">
3570           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3571             <em>30/1/2014</em></strong>
3572         </div></td>
3573       <td>
3574         <ul>
3575           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3576             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3577             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3578             open source project).
3579           </li>
3580           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3581           <li>Output in Stockholm format</li>
3582           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3583           <li>Export/import group and sequence associated line
3584             graph thresholds</li>
3585           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3586             ambiguity codes</li>
3587           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3588             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3589             works</li>
3590           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3591         </ul> <em>Other improvements</em>
3592         <ul>
3593           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3594           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3595             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3596           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3597             files</li>
3598           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3599           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3600             link but no description</li>
3601           <li>Select primary source when selecting authority in
3602             database fetcher GUI</li>
3603           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3604             Jalview</li>
3605           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3606         </ul>
3607       </td>
3608       <td>
3609         <ul>
3610           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3611             displayed</li>
3612           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3613             secondary structure annotation line</li>
3614           <li>Sequence database accessions not imported when
3615             fetching alignments from Rfam</li>
3616           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3617             identical IDs</li>
3618           <li>View all structures does not always superpose
3619             structures</li>
3620           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3621             reflect user or preset settings</li>
3622           <li>Null pointer exceptions for some services without
3623             presets or adjustable parameters</li>
3624           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3625             discover PDB xRefs</li>
3626           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3627             features with DAS</li>
3628           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3629             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3630           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3631             residue follows a gap</li>
3632           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3633             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3634           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3635             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3636           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3637             annotation already exists on alignment</li>
3638           <li>oninit javascript function should be called after
3639             initialisation completes</li>
3640           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3641             alignment window display</li>
3642           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3643           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3644             to annotation file</li>
3645           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3646             groups created</li>
3647           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3648             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3649           <li>Pressing return several times causes Number Format
3650             exceptions in keyboard mode</li>
3651           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3652             correct partitions for input data</li>
3653           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3654           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3655           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3656           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3657             mode</li>
3658           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3659             changes one row&#39;s threshold</li>
3660           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3661             doesn&#39;t open</li>
3662           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3663             quality histograms</li>
3664         </ul>
3665       </td>
3666     </tr>
3667     <tr>
3668       <td><div align="center">
3669           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3670         </div></td>
3671       <td><em>Application</em>
3672         <ul>
3673           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3674             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3675           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3676             preferences</li>
3677           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3678             in Jalview alignment window</li>
3679           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3680             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3681           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3682             RNA and ambiguity codes</li>
3683
3684           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3685           <li>Support fetching and database reference look up
3686             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3687             refs')</li>
3688           <li>Jalview project improvements
3689             <ul>
3690               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3691                 flag for annotation</li>
3692               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3693                 alignment</li>
3694               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3695                 Jalview project</li>
3696
3697             </ul>
3698           </li>
3699           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3700           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3701             running</li>
3702           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3703           <li>visual indication that web service results are still
3704             being retrieved from server</li>
3705           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3706             starts up for first time</li>
3707           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3708             services</li>
3709           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3710             client library</li>
3711           <li>Examples directory and Groovy library included in
3712             InstallAnywhere distribution</li>
3713         </ul> <em>Applet</em>
3714         <ul>
3715           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3716             visualization applet example</li>
3717         </ul> <em>General</em>
3718         <ul>
3719           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3720           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3721             defaults</li>
3722           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3723             calculation</li>
3724           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3725             matrices
3726           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3727             in HTML</li>
3728           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3729             structure contacts</li>
3730           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3731           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3732           <li>Parse sequence associated secondary structure
3733             information in Stockholm files</li>
3734           <li>HTML Export database accessions and annotation
3735             information presented in tooltip for sequences</li>
3736           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3737             style RNA alignment files</li>
3738           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3739             alignment</li>
3740           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3741             shade each sequence according to its associated alignment
3742             annotation</li>
3743           <li>New Jalview Logo</li>
3744         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3745         <ul>
3746           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3747           <li>New Website!</li>
3748         </ul></td>
3749       <td><em>Application</em>
3750         <ul>
3751           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3752             wsdbfetch REST service</li>
3753           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3754           <li>Filetype associations not installed for webstart
3755             launch</li>
3756           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3757             job execution in full once it is complete</li>
3758           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3759             uploaded via ali_file parameter</li>
3760           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3761           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3762           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3763             submitted for prediction</li>
3764           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3765             desktop window</li>
3766           <li>Putting fractional value into integer text box in
3767             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3768           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3769             windows 7</li>
3770           <li>View all structures fails with exception shown in
3771             structure view</li>
3772           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3773             escaped in a platform independent way</li>
3774           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3775             using proxy</li>
3776           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3777             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3778           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3779             failure when java web start temporary file caching is
3780             disabled</li>
3781           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3782             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3783           <li>Errors during processing of command line arguments
3784             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3785           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3786             DAS sources in sequence fetcher</li>
3787           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3788             dialog is shown</li>
3789           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3790           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3791           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3792           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3793             on OSX Mountain Lion</li>
3794           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3795             sequences with alignment annotation are pasted into the
3796             alignment</li>
3797           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3798             when loaded from Jalview project</li>
3799           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3800           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3801             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3802           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3803             associated with all views</li>
3804           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3805             annotation rows to new window</li>
3806         </ul> <em>Applet</em>
3807         <ul>
3808           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3809             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3810           <li>loading features via javascript API automatically
3811             enables feature display</li>
3812           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3813             work</li>
3814         </ul> <em>General</em>
3815         <ul>
3816           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3817           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3818             and then deselected</li>
3819           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3820           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3821             coloured with clustalx</li>
3822           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3823             exceptions and redraw errors</li>
3824           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3825             reconfigured view</li>
3826           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3827             colour</li>
3828           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3829             for lots of labels</li>
3830         </ul>
3831     </tr>
3832     <tr>
3833       <td>
3834         <div align="center">
3835           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3836         </div>
3837       </td>
3838       <td><em>Application</em>
3839         <ul>
3840           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3841           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3842           <li>View/alignment association menu to enable user to
3843             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3844             its colours/correspondences from</li>
3845           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3846           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3847             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3848           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3849           <li>Annotation row column label formatting attributes
3850             stored in project file</li>
3851           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3852             rows preserved in Jalview project file</li>
3853           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3854             saved using Desktop window menu</li>
3855           <li>Visual indication that command line arguments are
3856             still being processed</li>
3857           <li>Groovy script execution from URL</li>
3858           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3859             preferences</li>
3860           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3861             alignment with sequences that have high similarity and
3862             matching IDs</li>
3863           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3864           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3865             structures in same window</li>
3866           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3867           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3868             analysis function in its own submenu</li>
3869         </ul> <em>Applet</em>
3870         <ul>
3871           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3872             groups</li>
3873           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3874           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3875           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3876           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3877           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3878             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3879           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3880           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3881             parameters are treated as such</li>
3882           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3883             <ul>
3884               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3885               <li>Javascript callbacks for
3886                 <ul>
3887                   <li>Applet initialisation</li>
3888                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3889                 </ul>
3890               </li>
3891               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3892                 functions</li>
3893               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3894               <li>javascript structure viewer harness to pass
3895                 messages between Jmol and Jalview when running as
3896                 distinct applets</li>
3897               <li>sortBy method</li>
3898               <li>Set of applet and application examples shipped
3899                 with documentation</li>
3900               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3901                 javascript message exchange</li>
3902             </ul>
3903         </ul> <em>General</em>
3904         <ul>
3905           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3906             multiple alignments</li>
3907           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3908           <li>User configurable link to enable redirects to a
3909             www.Jalview.org mirror</li>
3910           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3911           <li>Configurable newline string when writing alignment
3912             and other flat files</li>
3913           <li>Allow alignment annotation description lines to
3914             contain html tags</li>
3915         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3916         <ul>
3917           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3918             examples</li>
3919           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3920             using a web service before displaying the result in the
3921             Jalview desktop</li>
3922           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3923           <li>Ant target to publish example html files with applet
3924             archive</li>
3925           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3926           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3927         </ul></td>
3928       <td><em>Application</em>
3929         <ul>
3930           <li>User defined colourscheme throws exception when
3931             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3932           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3933             dialog for valid filename/format</li>
3934           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3935           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3936             P37173</li>
3937           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3938             which sequence is to be associated with the file</li>
3939           <li>Find All raises null pointer exception when query
3940             only matches sequence IDs</li>
3941           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3942           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3943             2.4 cannot be loaded</li>
3944           <li>Filetype associations not installed for webstart
3945             launch</li>
3946           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3947             with sequences in different alignments do not get coloured
3948             by their associated sequence</li>
3949           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3950             not preserved when project is loaded</li>
3951           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3952             stored in Jalview project</li>
3953           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3954             Jalview project</li>
3955           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3956           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3957             by conservation</li>
3958           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3959             created on new view</li>
3960           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3961             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3962           <li>Alignment quality not updated after alignment
3963             annotation row is hidden then shown</li>
3964           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3965             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3966           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3967             properly</li>
3968           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3969             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3970           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3971           <li>Structures imported from file and saved in project
3972             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3973           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3974             job execution in full once it is complete</li>
3975         </ul> <em>Applet</em>
3976         <ul>
3977           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3978             annotation rows are displayed</li>
3979           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3980             codebase</li>
3981           <li>View follows highlighting does not work for positions
3982             in sequences</li>
3983           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3984           <li>Export features raises exception when no features
3985             exist</li>
3986           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3987             for javascript api is modified when separator string
3988             provided as parameter</li>
3989           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3990             alignment with no existing selection</li>
3991           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3992             to applet&#39;s codebase</li>
3993           <li>Status bar not updated after finished searching and
3994             search wraps around to first result</li>
3995           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3996             several Jalview applets causes race conditions and memory
3997             leaks</li>
3998           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3999             not sent from Jmol in applet</li>
4000           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4001             applet API fatally hang browser</li>
4002         </ul> <em>General</em>
4003         <ul>
4004           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4005             position with wrapped view and hidden regions</li>
4006           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4007             with/without hidden columns</li>
4008           <li>Sequence length given in alignment properties window
4009             is off by 1</li>
4010           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4011             import PDB like structure files</li>
4012           <li>Positional search results are only highlighted
4013             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4014           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4015           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4016             given sequence position</li>
4017           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4018             output</li>
4019           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4020             from nucleotide chains correctly</li>
4021           <li>Structure colours not updated when tree partition
4022             changed in alignment</li>
4023           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4024             parsed in interleaved stockholm</li>
4025           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4026             state</li>
4027           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4028             properly</li>
4029           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4030             properly associated with their pdb files</li>
4031         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4032         <ul>
4033           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4034             ApplyCopyright tool</li>
4035         </ul></td>
4036     </tr>
4037     <tr>
4038       <td>
4039         <div align="center">
4040           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4041         </div>
4042       </td>
4043       <td><em>Application</em>
4044         <ul>
4045           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4046             contact web services</li>
4047           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4048             service job window</li>
4049           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4050         </ul></td>
4051       <td>
4052         <ul>
4053           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4054             pir file emitted by Jalview</li>
4055           <li>Existing feature settings transferred to new
4056             alignment view created from cut'n'paste</li>
4057           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4058             parsing PDB files</li>
4059           <li>Consensus and conservation annotation rows
4060             occasionally become blank for all new windows</li>
4061           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4062             in wrapped view mode</li>
4063         </ul> <em>Application</em>
4064         <ul>
4065           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4066             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4067           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4068             parameter names</li>
4069           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4070             is down</li>
4071         </ul>
4072       </td>
4073     </tr>
4074     <tr>
4075       <td>
4076         <div align="center">
4077           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4078         </div>
4079       </td>
4080       <td><em>Application</em>
4081         <ul>
4082           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4083             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4084             (JABAWS)
4085           </li>
4086           <li>Web Services preference tab</li>
4087           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4088             preferences</li>
4089           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4090           <li>Superpose structures using associated sequence
4091             alignment</li>
4092           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4093             viewer</li>
4094         </ul> <em>Applet</em>
4095         <ul>
4096           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4097             link out mechanism</li>
4098         </ul> <em>Other</em>
4099         <ul>
4100           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4101             series 12</li>
4102           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4103             require Java 1.5</li>
4104           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4105             sequence annotation files</li>
4106           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4107             type colour specification</li>
4108           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4109             script to check if it being run in an interactive session or
4110             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4111         </ul></td>
4112       <td>
4113         <ul>
4114           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4115             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4116         </ul> <em>Application</em>
4117         <ul>
4118           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4119             selected Regions menu item</li>
4120           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4121             part of a valid accession ID</li>
4122           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4123             runs out of memory</li>
4124           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4125             analysis results</li>
4126           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4127             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4128           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4129         </ul> <em>Applet</em>
4130         <ul>
4131           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4132             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4133             defined.</li>
4134         </ul>
4135       </td>
4136     </tr>
4137     <tr>
4138       <td>
4139         <div align="center">
4140           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4141         </div>
4142       </td>
4143       <td></td>
4144       <td>
4145         <ul>
4146           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4147             sequence IDs</li>
4148           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4149             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4150           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4151             import correctly</li>
4152           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4153             number of columns are hidden</li>
4154           <li>annotation label popup menu not providing correct
4155             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4156             present</li>
4157           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4158             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4159           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4160             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4161
4162         </ul> <em>Applet</em>
4163         <ul>
4164           <li>annotation panel disappears when annotation is
4165             hidden/removed</li>
4166         </ul> <em>Application</em>
4167         <ul>
4168           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4169             alignment opened where annotation panel is visible but no
4170             annotations are present on alignment</li>
4171           <li>pasted region containing hidden columns is
4172             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4173           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4174             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4175           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4176             selected Rregions menu item.</li>
4177           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4178             'Un' or 'Non'conserved</li>
4179           <li>Sequence feature settings are being shared by
4180             multiple distinct alignments</li>
4181           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4182             changed</li>
4183           <li>double click on group annotation to select sequences
4184             does not propagate to associated trees</li>
4185           <li>Mac OSX specific issues:
4186             <ul>
4187               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4188                 window background</li>
4189               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4190                 name set correctly</li>
4191               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4192                 save feature colourscheme button</li>
4193             </ul>
4194           </li>
4195         </ul>
4196       </td>
4197     </tr>
4198     <tr>
4199
4200       <td>
4201         <div align="center">
4202           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4203         </div>
4204       </td>
4205       <td><em>New Capabilities</em>
4206         <ul>
4207           <li>URL links generated from description line for
4208             regular-expression based URL links (applet and application)
4209
4210           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4211             menu</li>
4212           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4213             structures</li>
4214           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4215             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4216           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4217             average score or total feature count for each sequence.</li>
4218           <li>Shading features by score or associated description</li>
4219           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4220             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4221           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4222             hide everything but the currently selected region.</li>
4223           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4224         </ul> <em>Application</em>
4225         <ul>
4226           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4227             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4228           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4229             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4230           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4231             database references and protein_name is parsed as
4232             description line (BioSapiens terms).</li>
4233           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4234             references in sequence ID tooltip from View menu in
4235             application.</li>
4236           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4237       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4238           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4239             conservation plots</li>
4240           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4241             and visualized as sequence logos</li>
4242           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4243             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4244           </li>
4245           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4246             when a new tree is opened.</li>
4247           <li>Jalview Java Console</li>
4248           <li>Better placement of desktop window when moving
4249             between different screens.</li>
4250           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4251             consensus annotation</li>
4252           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4253             Workflows</li>
4254           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4255             <ul>
4256               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4257                 used to preserve views, structures, and tree display
4258                 settings)</li>
4259               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4260                 command line</li>
4261               <li>Sharing of selected regions between views and
4262                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4263               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4264             </ul></li>
4265         </ul> <em>Applet</em>
4266         <ul>
4267           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4268           <li>New Parameters
4269             <ul>
4270               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4271                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4272                 opened.</li>
4273               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4274                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4275               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4276                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4277               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4278                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4279                 view</li>
4280               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4281                 increase the height or width of a cell in the alignment
4282                 grid relative to the current font size.</li>
4283             </ul>
4284           </li>
4285           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4286             tooltip</li>
4287         </ul> <em>Other</em>
4288         <ul>
4289           <li>Features format: graduated colour definitions and
4290             specification of feature scores</li>
4291           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4292             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4293             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4294           <li>XML formats extended to support graduated feature
4295             colourschemes, group associated annotation, and profile
4296             visualization settings.</li></td>
4297       <td>
4298         <ul>
4299           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4300             rather than description</li>
4301           <li>Non-positional features are now included in sequence
4302             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4303             visibility in tooltip).</li>
4304           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4305           <li>Added URL embedding instructions to features file
4306             documentation.</li>
4307           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4308             'X' in peptide product</li>
4309           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4310             sequence ID and sequence string and query strings do not
4311             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4312           <li>AMSA files only contain first column of
4313             multi-character column annotation labels</li>
4314           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4315             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4316             exported and re-imported)</li>
4317           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4318             name</li>
4319           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4320             as subsequence matches, and correctly reports total number
4321             of both.</li>
4322           <li>Application:
4323             <ul>
4324               <li>Better handling of exceptions during sequence
4325                 retrieval</li>
4326               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4327                 link text excludes the start_end suffix</li>
4328               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4329                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4330               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4331               <li>Sequence description lines properly shared via
4332                 VAMSAS</li>
4333               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4334                 data sources</li>
4335               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4336                 completes before alignment figures are generated.</li>
4337               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4338                 first time.</li>
4339               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4340                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4341               <li>User defined group colours properly recovered
4342                 from Jalview projects.</li>
4343             </ul>
4344           </li>
4345         </ul>
4346       </td>
4347
4348     </tr>
4349     <tr>
4350       <td>
4351         <div align="center">
4352           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4353         </div>
4354       </td>
4355       <td>
4356         <ul>
4357           <li>Experimental support for google analytics usage
4358             tracking.</li>
4359           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4360         </ul>
4361       </td>
4362       <td>
4363         <ul>
4364           <li>Race condition in applet preventing startup in
4365             jre1.6.0u12+.</li>
4366           <li>Exception when feature created from selection beyond
4367             length of sequence.</li>
4368           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4369           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4370             all sequences with a given id</li>
4371           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4372             ID string searches</li>
4373           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4374             alignment to fail with exception</li>
4375         </ul> <em>Application Issues</em>
4376         <ul>
4377           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4378           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4379             data sources</li>
4380         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4381         <ul>
4382           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4383             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4384           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4385             version (java class versioning error fixed)</li>
4386         </ul>
4387       </td>
4388     </tr>
4389     <tr>
4390       <td>
4391
4392         <div align="center">
4393           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4394         </div>
4395       </td>
4396       <td><em>User Interface</em>
4397         <ul>
4398           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4399             translation and protein products</li>
4400           <li>Linked highlighting of structure associated with
4401             residue mapping to codon position</li>
4402           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4403             and 'clear' button</li>
4404           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4405             Tools menu</li>
4406           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4407             numeric data in description line</li>
4408           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4409           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4410             of sequence</li>
4411         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4412         <ul>
4413           <li>JPred3 web service</li>
4414           <li>Prototype sequence search client (no public services
4415             available yet)</li>
4416           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4417             PFAM</li>
4418           <li>URL Links created for matching database cross
4419             references as well as sequence ID</li>
4420           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4421         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4422         <ul>
4423           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4424             databases</li>
4425           <li>Generalised database reference retrieval and
4426             validation to all fetchable databases</li>
4427           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4428             sequence command</li>
4429         </ul> <em>Import and Export</em>
4430         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4431         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4432           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4433         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4434           File</li>
4435         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4436           triplet as name of colourscheme</li>
4437         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4438         <ul>
4439           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4440           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4441             alignments (experimental)</li>
4442           <li>Create new or select existing session to join</li>
4443           <li>load and save of vamsas documents</li>
4444         </ul> <em>Application command line</em>
4445         <ul>
4446           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4447             from applet)</li>
4448           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4449             of DAS servers to query for alignment features</li>
4450           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4451             that are also automatically queried for features</li>
4452           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4453             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4454         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4455         <ul>
4456           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4457             application (when using &quot;View in full
4458             application&quot;)</li>
4459         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4460         <ul>
4461           <li>feature group display control parameter</li>
4462           <li>debug parameter</li>
4463           <li>showbutton parameter</li>
4464         </ul> <em>Applet API methods</em>
4465         <ul>
4466           <li>newView public method</li>
4467           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4468           <li>Feature display control methods</li>
4469           <li>get list of currently selected sequences</li>
4470         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4471         <ul>
4472           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4473           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4474             Jalview release.</li>
4475           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4476             property controls execution of obfuscator</li>
4477           <li>Build target for generating source distribution</li>
4478           <li>Debug flag for javacc</li>
4479           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4480             jalview.bin.Cache</li>
4481           <li>Continuous Build Integration for stable and
4482             development version of Application, Applet and source
4483             distribution</li>
4484         </ul></td>
4485       <td>
4486         <ul>
4487           <li>selected region output includes visible annotations
4488             (for certain formats)</li>
4489           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4490             for editing</li>
4491           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4492           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4493           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4494           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4495             comments</li>
4496           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4497             filenames containing a ':'</li>
4498           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4499             global sequence features</li>
4500           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4501             references from alignment sequences goes to zero</li>
4502           <li>Close of tree branch colour box without colour
4503             selection causes cascading exceptions</li>
4504           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4505           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4506             file parsing fails.</li>
4507           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4508           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4509             not a valid output format</li>
4510           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4511             vamsas</li>
4512           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4513           <li>error messages passed up and output when data read
4514             fails</li>
4515           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4516             sequence is edited</li>
4517           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4518             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4519           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4520             filetype</li>
4521           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4522             import fixed for PFAM records</li>
4523           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4524             window list</li>
4525           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4526             can be read and written correctly to annotation file</li>
4527           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4528             correctly</li>
4529           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4530             non-italic font for representatives in Applet</li>
4531           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4532             Macs.</li>
4533           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4534             Applet)</li>
4535           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4536             due to null pointer exceptions</li>
4537           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4538             first column of alignment</li>
4539           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4540             July 2008</li>
4541           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4542             file is case-insensitive</li>
4543           <li>Sequence features read from Features file appended to
4544             all sequences with matching IDs</li>
4545           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4546             containing a sub-sequence</li>
4547           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4548           <li>feature and annotation file applet parameters
4549             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4550           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4551           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4552             splash-screen version check to complete</li>
4553           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4554             when passing them to the launchApp service</li>
4555           <li>display name and local features preserved in results
4556             retrieved from web service</li>
4557           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4558             sequence fetcher initialisation</li>
4559           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4560             dasobert DAS client</li>
4561           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4562             association</li>
4563           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4564             sequences
4565           </li>
4566         </ul>
4567       </td>
4568     </tr>
4569     <tr>
4570       <td>
4571         <div align="center">
4572           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4573         </div>
4574       </td>
4575       <td>
4576         <ul>
4577           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4578           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4579           <li>Slide sequences</li>
4580           <li>Edit sequence in place</li>
4581           <li>EMBL CDS features</li>
4582           <li>DAS Feature mapping</li>
4583           <li>Feature ordering</li>
4584           <li>Alignment Properties</li>
4585           <li>Annotation Scores</li>
4586           <li>Sort by scores</li>
4587           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4588         </ul>
4589       </td>
4590       <td>
4591         <ul>
4592           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4593           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4594           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4595           <li>Feature group display state in XML</li>
4596           <li>Feature ordering in XML</li>
4597           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4598           <li>Stockholm alignment properties</li>
4599           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4600           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4601           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4602           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4603         </ul>
4604       </td>
4605
4606     </tr>
4607     <tr>
4608       <td>
4609         <div align="center">
4610           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4611         </div>
4612       </td>
4613       <td>
4614         <ul>
4615           <li>Non standard characters can be read and displayed
4616           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4617             applet via textbox
4618           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4619             name &amp; description
4620           <li>Preference setting to display sequence name in
4621             italics
4622           <li>Annotation file format extended to allow
4623             Sequence_groups to be defined
4624           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4625             specified in preferences
4626           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4627             sequences
4628         </ul>
4629       </td>
4630       <td>
4631         <ul>
4632           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4633             installed
4634           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4635           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4636         </ul>
4637       </td>
4638     </tr>
4639     <tr>
4640       <td>
4641         <div align="center">
4642           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4643         </div>
4644       </td>
4645       <td>
4646         <ul>
4647           <li>Multiple views on alignment
4648           <li>Sequence feature editing
4649           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4650           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4651           <li>Background dependent text colour
4652           <li>Right align sequence ids
4653           <li>User-defined lower case residue colours
4654           <li>Format Menu
4655           <li>Select Menu
4656           <li>Menu item accelerator keys
4657           <li>Control-V pastes to current alignment
4658           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4659           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4660           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4661
4662           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4663         </ul>
4664       </td>
4665       <td>
4666         <ul>
4667           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4668           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4669             calculations
4670           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4671             edits
4672           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4673             of alignment)
4674           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4675
4676           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4677             display correctly
4678           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4679           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4680             analysis results
4681           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4682             &#8739;
4683           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4684           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4685           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4686
4687         </ul>
4688       </td>
4689     </tr>
4690     <tr>
4691       <td>
4692         <div align="center">
4693           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4694         </div>
4695       </td>
4696       <td>
4697         <ul>
4698           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4699         </ul>
4700       </td>
4701       <td>
4702         <ul>
4703           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4704             sequence id panel has been resized</li>
4705           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4706             rendered</li>
4707           <li>Annotation files with sequence references - all
4708             elements in file are relative to sequence position</li>
4709           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4710         </ul>
4711       </td>
4712     </tr>
4713     <tr>
4714       <td>
4715         <div align="center">
4716           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4717         </div>
4718       </td>
4719       <td>
4720         <ul>
4721           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4722           <li>DAS Feature fetching</li>
4723           <li>Hide sequences and columns</li>
4724           <li>Export Annotations and Features</li>
4725           <li>GFF file reading / writing</li>
4726           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4727             files</li>
4728           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4729           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4730           <li>Applet can launch the full application</li>
4731           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4732             required)</li>
4733           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4734           <li>Applet can load sequences from parameter
4735             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4736           </li>
4737         </ul>
4738       </td>
4739       <td>
4740         <ul>
4741           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4742           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4743           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4744         </ul>
4745       </td>
4746     </tr>
4747     <tr>
4748       <td>
4749         <div align="center">
4750           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4751         </div>
4752       </td>
4753       <td>
4754         <ul>
4755           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4756           <li>Choose to match case when searching</li>
4757           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4758             expand the visible width and height of the alignment</li>
4759         </ul>
4760       </td>
4761       <td>
4762         <ul>
4763           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4764         </ul>
4765       </td>
4766     </tr>
4767     <tr>
4768       <td>
4769         <div align="center">
4770           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4771         </div>
4772       </td>
4773       <td>&nbsp;</td>
4774       <td>
4775         <ul>
4776           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4777           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4778             value</li>
4779         </ul>
4780       </td>
4781     </tr>
4782     <tr>
4783       <td>
4784         <div align="center">
4785           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4786         </div>
4787       </td>
4788       <td>
4789         <ul>
4790           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4791           <li>Keyboard editing</li>
4792           <li>Create sequence features from searches</li>
4793           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4794             alignments</li>
4795           <li>Features file allows grouping of features</li>
4796           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4797           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4798           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4799         </ul>
4800       </td>
4801       <td>
4802         <ul>
4803           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4804           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4805             descriptions saved.</li>
4806         </ul>
4807       </td>
4808     </tr>
4809     <tr>
4810       <td>
4811         <div align="center">
4812           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4813         </div>
4814       </td>
4815       <td>
4816         <ul>
4817           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4818           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4819           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4820             name for file output</li>
4821           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4822           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4823             used for HTML form input</li>
4824         </ul>
4825       </td>
4826       <td>
4827         <ul>
4828           <li>HTML output writes groups and features</li>
4829           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4830           <li>File IO bugs</li>
4831         </ul>
4832       </td>
4833     </tr>
4834     <tr>
4835       <td>
4836         <div align="center">
4837           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4838         </div>
4839       </td>
4840       <td>
4841         <ul>
4842           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4843           <li>More options for PCA viewer</li>
4844         </ul>
4845       </td>
4846       <td>
4847         <ul>
4848           <li>GUI bugs resolved</li>
4849           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4850         </ul>
4851       </td>
4852     </tr>
4853     <tr>
4854       <td height="63">
4855         <div align="center">
4856           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4857         </div>
4858       </td>
4859       <td>
4860         <ul>
4861           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4862           <li>Jar files are executable</li>
4863           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4864         </ul>
4865       </td>
4866       <td>
4867         <ul>
4868           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4869           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4870           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4871         </ul>
4872       </td>
4873     </tr>
4874     <tr>
4875       <td>
4876         <div align="center">
4877           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4878         </div>
4879       </td>
4880       <td>
4881         <ul>
4882           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4883         </ul>
4884       </td>
4885       <td>
4886         <ul>
4887           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4888         </ul>
4889       </td>
4890     </tr>
4891     <tr>
4892       <td>
4893         <div align="center">
4894           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4895         </div>
4896       </td>
4897       <td>
4898         <ul>
4899           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4900             size</li>
4901         </ul>
4902       </td>
4903       <td>
4904         <ul>
4905           <li>Improved JPred client reliability</li>
4906           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4907         </ul>
4908       </td>
4909     </tr>
4910     <tr>
4911       <td>
4912         <div align="center">
4913           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4914         </div>
4915       </td>
4916       <td>
4917         <ul>
4918           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4919           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4920           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4921             to Colour Menu</li>
4922           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4923           <li>Unix users can set default web browser</li>
4924           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4925           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4926         </ul>
4927       </td>
4928       <td>
4929         <ul>
4930           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4931         </ul>
4932       </td>
4933     </tr>
4934     <tr>
4935       <td>
4936         <div align="center">
4937           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4938         </div>
4939       </td>
4940       <td>&nbsp;</td>
4941       <td>
4942         <ul>
4943           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4944             alignment order.</li>
4945         </ul>
4946       </td>
4947     </tr>
4948     <tr>
4949       <td>
4950         <div align="center">
4951           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4952         </div>
4953       </td>
4954       <td>
4955         <ul>
4956           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4957           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4958           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4959             annotations.</li>
4960           <li>Version and build date written to build properties
4961             file.</li>
4962           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4963             at launch of Jalview.</li>
4964         </ul>
4965       </td>
4966       <td>
4967         <ul>
4968           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4969           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4970           <li>Can remove groups one by one.</li>
4971           <li>Filechooser icons installed.</li>
4972           <li>Finder ignores return character when searching.
4973             Return key will initiate a search.<br>
4974           </li>
4975         </ul>
4976       </td>
4977     </tr>
4978     <tr>
4979       <td>
4980         <div align="center">
4981           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4982         </div>
4983       </td>
4984       <td>
4985         <ul>
4986           <li>New codebase</li>
4987         </ul>
4988       </td>
4989       <td>&nbsp;</td>
4990     </tr>
4991   </table>
4992   <p>&nbsp;</p>
4993 </body>
4994 </html>