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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  61             <em>02/07/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence features can be filtered and
 105                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
 106                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
 107                                                                 column 9 of GFF file)
 108                                                         </li>
 109                                                         <li>
 110                                                                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 111                                                                 recognise variant features
 112                                                         </li>
 113                                                         <li>
 114                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
 115                                                                 sequences
 116                                                         </li>
 117                                                         <li>
 118                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 119                                                                 details
 120                                                         </li>
 121                                                         <li>
 122                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 123                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 124                                                         </li>
 125                                                         <li>
 126                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 127                                                                 dialog
 128                                                         </li>
 129                                                 </ul>
 130                                         </li>
 131                                         <li>
 132                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 133                                                 tree and PCA calculations
 134                                         </li>
 135                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 136             <ul>
 137                                                         <li>
 138                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 139                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 140                                                         </li>
 141                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 142                                                                 drop-down menus</li>
 143                                                         <li>
 144                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 145                                                                 incrementally
 146                                                         </li>
 147                                                         <li>
 148                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 149                                                         </li>
 150                                                 </ul>
 151                                         </li>
 152                                         <li>
 153                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 154                                         </li>
 155                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 156                                         <ul>
 157                                                         <li>
 158                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 159                                                                 multiple groups when working with large alignments
 160                                                         </li>
 161                                                         <li>
 162                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 163                                                                 Stockholm files
 164                                                         </li>
 165                                                 </ul>
 166                                         <li><strong>User Interface</strong>
 167                                         <ul>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 170                                                                 view
 171                                                         </li>
 172                                                         <li>
 173                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 174                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 175                                                                 default (can be changed in user preferences)
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 179                                                                 to the Overwrite Dialog
 180                                                         </li>
 181                                                         <li>
 182                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 183                                                                 sequences are hidden
 184                                                         </li>
 185                                                         <li>
 186                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 187                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 188                                                         </li>
 189                                                         <li>
 190                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 191                                                                 labels
 192                                                         </li>
 193                                                         <li>
 194                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 195                                                                 when in wrapped mode
 196                                                         </li>
 197                                                         <li>
 198                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 199                                                                 annotation
 200                                                         </li>
 201                                                         <li>
 202                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 203                                                         </li>
 204                                                         <li>
 205                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 206                                                                 panel
 207                                                         </li>
 208                                                         <li>
 209                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 210                                                                 popup menu
 211                                                         </li>
 212                                                         <li>
 213                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 214                                                         <li>
 215                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 216
 217
 218                                                 </ul></li>
 219                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 220                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 221                                                 <ul>
 222                                                         <li>
 223                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 224                                                                 trapping CMD-Q
 225                                                         </li>
 226                                                 </ul></li>
 227                                 </ul>
 228         <em>Deprecations</em>
 229         <ul>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 232             capabilities removed from the Jalview Desktop
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 236             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 237             and XML based data retrieval clients</li>
 238           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 239           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 240         </ul> <em>Documentation</em>
 241                                 <ul>
 242                                         <li>
 243                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 244                                                 not supported in EPS figure export
 245                                         </li>
 246                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 247                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 248         <ul>
 249                 <li>
 250                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 251                                         </li>
 252                                         <li><!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 253                                         <li>
 254                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 255                                                 gradle-eclipse
 256                                         </li>
 257           <li><!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729 -->
 258           Atlassian Bamboo continuous integration for
 259             unattended Test Suite execution</li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 262             operations</li>
 263           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 264           <li><!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to markdown (with HTML rendering)</li>
 265         </ul>
 266       </td>
 267                         <td align="left" valign="top">
 268                                 <ul>
 269                                         <li>
 270                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 271                                         </li>
 272                                         <li>
 273                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 274                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 275                                         </li>
 276                                         <li>
 277                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 278                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 279                                         </li>
 280                                         <li>
 281                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 282                                                 monospaced font
 283                                         </li>
 284                                         <li>
 285                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 286                                                 project involving multiple views
 287                                         </li>
 288                                         <li>
 289                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 290                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 291                                                 Annotation dialog hides columns
 292                                         </li>
 293                                         <li>
 294                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 295                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 296                                                 one view, then making another selection in the other view
 297                                         </li>
 298                                         <li>
 299                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 300                                                 columns
 301                                         </li>
 302                                         <li>
 303                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 304                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 305                                         </li>
 306                                         <li>
 307                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 308                                                 overview updates with large alignments
 309                                         </li>
 310                                         <li>
 311                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 312                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 313                                                 mouse moved to the left of the first column
 314                                         </li>
 315                                         <li>
 316                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 317                                                 hidden column marker via scale popup menu
 318                                         </li>
 319                                         <li>
 320                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 321                                                 doesn't tell users the invalid URL
 322                                         </li>
 323                                         <li>
 324                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 325                                                 score from view
 326                                         </li>
 327                                         <li>
 328                                                 <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 329                                                 show cross references or Fetch Database References are shown in
 330                                                 red in original view
 331                                         </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 334             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 335           </li>
 336                                         <li>
 337                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 338                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 339                                         </li>
 340                                         <li>
 341                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 342                                                 when columns are hidden
 343                                         </li>
 344                                         <li>
 345                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 346                                                 Columns by Annotation description
 347                                         </li>
 348                                         <li>
 349                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 350                                                 out of Scale or Annotation Panel
 351                                         </li>
 352                                         <li>
 353                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 354                                                 scale panel
 355                                         </li>
 356                                         <li>
 357                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 358                                                 alignment down
 359                                         </li>
 360                                         <li>
 361                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 362                                                 scale panel
 363                                         </li>
 364                                         <li>
 365                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 366                                                 Page Up in wrapped mode
 367                                         </li>
 368                                         <li>
 369                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 370                                         </li>
 371                                         <li>
 372                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 373                                         </li>
 374                                         <li>
 375                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 376                                                 on opening an alignment
 377                                         </li>
 378                                         <li>
 379                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 380                                                 Colour menu
 381                                         </li>
 382                                         <li>
 383                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 384                                                 different groups in the alignment are selected
 385                                         </li>
 386                                         <li>
 387                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 388                                                 correctly in menu
 389                                         </li>
 390                                         <li>
 391                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 392                                                 threshold limit
 393                                         </li>
 394                                         <li>
 395                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 396                                                 threshold gets 'unrounded'
 397                                         </li>
 398                                         <li>
 399                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 400                                                 colour
 401                                         </li>
 402                                         <li>
 403                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 404                                         </li>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 407                                         </li>
 408                                         <li>
 409                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 410                                                 Tree font
 411                                         </li>
 412                                         <li>
 413                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 414                                                 project file
 415                                         </li>
 416                                         <li>
 417                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 418                                                 shown in complementary view
 419                                         </li>
 420                                         <li>
 421                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 422                                                 without normalisation
 423                                         </li>
 424                                         <li>
 425                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 426                                                 of report
 427                                         </li>
 428                                         <li>
 429                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 430                                         </li>
 431                                 </ul> <em>Editing</em>
 432                                 <ul>
 433                                         <li>
 434                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 435                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 436                                                 sequence
 437                                         </li>
 438                                         <li>
 439                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 440                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 441                                                 removed (Known defect since 2.10)
 442                                         </li>
 443                                         <li>
 444                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 445                                                 dialog corrupts dataset sequence
 446                                         </li>
 447                                         <li>
 448                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 449                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 450                                         </li>
 451                                 </ul>
 452                                 <em>Datamodel</em>
 453                                 <ul>
 454                                         <li>
 455                                                 <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 456                                                 sequence's End is greater than its length
 457                                         </li>
 458                                 </ul> <em>New Known Defects</em>
 459                                 <ul>
 460                                 <li><!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 461                                 </li>
 462                                         <li>
 463                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 464                                                 regions of protein alignment.
 465                                         </li>
 466                                         <li>
 467                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 468                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 469                                         </li>
 470                                         <li>
 471                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 472                                                 'New View'
 473                                         </li>
 474                                         <li>
 475                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 476                                                 columns within hidden columns
 477                                         </li>
 478                                         <li>
 479                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 480                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 481                                                 region
 482                                         </li>
 483                                         <li>
 484                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 485                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 486                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 487                                                 create a Score filter instead.
 488                                         </li>
 489                                         <li><!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 490                                         <li>
 491                                         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 492                                         </li>
 493                                          <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 494             <ul>
 495               <li>
 496               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 497
 498             </ul></li>
 499
 500                                 </ul>
 501                         </td>
 502                 </tr>
 503     <tr>
 504     <td width="60" nowrap>
 505       <div align="center">
 506         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 507       </div>
 508     </td>
 509     <td><div align="left">
 510         <em></em>
 511         <ul>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 514               InstallAnywhere increased to 1G.
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 518               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 519               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 520                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 521                 properties file.</em>
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 525               API and sequence data now imported as JSON.
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 529               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 530               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 531               property.
 532             </li>
 533           </ul>
 534           <em>Development</em>
 535           <ul>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 538               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 539                 Clover</a>
 540             </li>
 541           </ul>
 542         </div></td>
 543     <td><div align="left">
 544         <em></em>
 545         <ul>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 548               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 549               alignment.
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 553               annotation displayed.
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 557               for newly created group when 'Apply to all groups'
 558               selected
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 562               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 563               visible.
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 567               when sequences are selected in exported view.</em>
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 571               aren't rendered with correct colour.
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 575               types of knotted RNA secondary structure.
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 579               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 580               do not start at 1.
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 584               annotation when columns are inserted into an alignment,
 585               and when exporting as Stockholm flatfile.
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 589               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 590               treated as RNA secondary structure.
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 594               (not .jar) when saving a jalview project file.
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 598               transfers focus to previous window on OSX
 599             </li>
 600           </ul>
 601           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 602           <ul>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 605               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 606               box.
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 610               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 611               'look and feel' which has improved compatibility with the
 612               latest version of OSX.
 613             </li>
 614           </ul>
 615         </div>
 616     </td>
 617     </tr>
 618     <tr>
 619       <td width="60" nowrap>
 620         <div align="center">
 621           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 622             <em>7/06/2018</em></strong>
 623         </div>
 624       </td>
 625       <td><div align="left">
 626           <em></em>
 627           <ul>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 630               annotation retrieved from Uniprot
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 634               onto the Jalview Desktop
 635             </li>
 636           </ul>
 637         </div></td>
 638       <td><div align="left">
 639           <em></em>
 640           <ul>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 643               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 647               right-hand column parsed correctly
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 651               not alignment area in exported graphic
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 655               window has input focus
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 659               annotation added to view (Windows)
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 663               network connectivity is poor
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 667               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 668                 the currently open URL and links from a page viewed in
 669                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 670                 you are using Edge, only links in the page can be
 671                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 672                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 673             </li>
 674           </ul>
 675           <em>New Known Defects</em>
 676           <ul>
 677             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 678           </ul>
 679         </div></td>
 680     </tr>
 681     <tr>
 682       <td width="60" nowrap>
 683         <div align="center">
 684           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 685         </div>
 686       </td>
 687       <td><div align="left">
 688           <em></em>
 689           <ul>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 692               for disabling automatic superposition of multiple
 693               structures and open structures in existing views
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 697               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 698               adjust them.
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 702               Ensembl services
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 706               and lots of hidden columns
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 710               of features (particularly when transparency is disabled)
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 714               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 715               generally available
 716             </li>
 717           </ul>
 718           </div>
 719       </td>
 720       <td><div align="left">
 721           <ul>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 724               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 728               overlapping alignment panel
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 732               sequence as gaps
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 736               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 737               UTR
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 741               factor annotation not added to sequence when local PDB
 742               file associated with it by drag'n'drop or structure
 743               chooser
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 747               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 751               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 755               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 759               columns in annotation row
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 763               honored in batch mode
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 767               for structures added to existing Jmol view
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 771               entries after importing project with multiple views
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 775               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 776               with negative residue numbers or missing residues fails
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 780               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 781               as generated by CONSURF)
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 785               tooltip doesn't include a text description of mutation
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 789               structure and/or overview windows are also shown
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 793               very slow for alignments with large numbers of sequences
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 797               with 'StringIndexOutOfBounds'
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 801               platforms running Java 10
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 805               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 806             </li>
 807           </ul>
 808           <em>Applet</em>
 809           <ul>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 812               should copy the group consensus when popup is opened on it
 813             </li>
 814           </ul>
 815           <em>Batch Mode</em>
 816           <ul>
 817           <li>
 818             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 819           </li>
 820           </ul>
 821           <em>New Known Defects</em>
 822           <ul>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 825               editing a large alignment and overview is displayed
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 829               repeatedly after a series of edits even when the overview
 830               is no longer reflecting updates
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 834               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 835               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 836               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 837             </li>
 838                                                 <li>
 839                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 840                                                         option gives blank output
 841                                                 </li>
 842                                         </ul>
 843         </div>
 844           </td>
 845     </tr>
 846     <tr>
 847       <td width="60" nowrap>
 848         <div align="center">
 849           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 850         </div>
 851       </td>
 852       <td><div align="left">
 853           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 854               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 855       <td><div align="left">
 856           <em>Desktop</em><ul>
 857           <ul>
 858             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 859             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 860             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 861             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 862             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 863             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 864             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 865           </ul>
 866           </div>
 867       </td>
 868     </tr>
 869     <tr>
 870       <td width="60" nowrap>
 871         <div align="center">
 872           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 873         </div>
 874       </td>
 875       <td><div align="left">
 876           <em></em>
 877           <ul>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 880               rendering of sequence features
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 884               429 rate limit request hander
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 888               their colours have changed
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 892               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 896               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 900               view from Ensembl locus cross-references
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 904               Alignment report
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 908               feature can be disabled
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 912               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 916               Uniprot
 917             </li>
 918           </ul>
 919           <em>Scripting</em>
 920           <ul>
 921             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 922             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 923               percent identity scores for current alignment.</li>
 924           </ul>
 925           <em>Testing and Deployment</em>
 926           <ul>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 929             </li>
 930           </ul>
 931         </div></td>
 932       <td><div align="left">
 933           <em>General</em>
 934           <ul>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 937               threshold text field doesn't trigger an update to the
 938               alignment view
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 942               strings in parallel
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 946               alignment window is closed
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 950               group visibility
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 954               takes a long time in Cursor mode
 955             </li>
 956           </ul>
 957           <em>Desktop</em>
 958           <ul>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 961               cannot be viewed in Chimera
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 965               CDS/Protein view
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 969               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 970               Search Dialogs
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 980               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 984               scrolling right in unwapped alignment view
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 988               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 989               database
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 993               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 997               features of same type and group to be selected for
 998               amending
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1002               alignments when hidden columns are present
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1006               displaying several structures
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1010               moving a window
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1014               within the Jalview desktop on OSX
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1018               when in wrapped alignment mode
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1022               hand end of alignment
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1026               each selected sequence do not have correct start/end
1027               positions
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1031               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1035               restoring project until a new view is created
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1039               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1040               configured (since 2.10.2b2)
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1044               position is adjusted
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1048               in a multi-chain structure when viewing alignment
1049               involving more than one chain (since 2.10)
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1053               if new selection moves alignment window
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1057               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1061               that produces correctly annotated transcripts and products
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1065               doesn't update associated structure view
1066             </li>
1067           </ul>
1068           <em>Applet</em><br />
1069           <ul>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1072               closing alignment panel
1073             </li>
1074           </ul>
1075           <em>BioJSON</em><br />
1076           <ul>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1079               non-positional features
1080             </li>
1081           </ul>
1082           <em>New Known Issues</em>
1083           <ul>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1086               sequence features correctly (for many previous versions of
1087               Jalview)
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1091               using cursor in wrapped panel other than top
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1095               graduated colour threshold
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1099               always preserve numbering and sequence features
1100             </li>
1101           </ul>
1102           <em>Known Java 9 Issues</em>
1103           <ul>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1106               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1107               9.01, OSX 10.10)
1108             </li>
1109           </ul>
1110         </div></td>
1111     </tr>
1112     <tr>
1113       <td width="60" nowrap>
1114         <div align="center">
1115           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1116             <em>2/10/2017</em></strong>
1117         </div>
1118       </td>
1119       <td><div align="left">
1120           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1121           <ul>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1124             </li>
1125             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1126             </li>
1127           </ul>
1128         </div></td>
1129       <td><div align="left">
1130         </div></td>
1131     </tr>
1132     <tr>
1133       <td width="60" nowrap>
1134         <div align="center">
1135           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1136             <em>7/9/2017</em></strong>
1137         </div>
1138       </td>
1139       <td><div align="left">
1140           <em></em>
1141           <ul>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1144               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1145               white)
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1149               Preferences
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1153               in size and progress bar shown as higher resolution
1154               overview is recalculated
1155             </li>
1156
1157           </ul>
1158         </div></td>
1159       <td><div align="left">
1160           <em></em>
1161           <ul>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1164               column region row by row
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1168               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1172               format setting is unticked
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1176               if group has show boxes format setting unticked
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1180               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1181               include sequences and columns not currently displayed
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1185               assemblies are imported via CIF file
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1189               displayed when threshold or conservation colouring is also
1190               enabled.
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1194               server version
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1198               dragging a selected region off the visible region of the
1199               alignment
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1203               colourscheme to all groups in a view
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1207               initially after font size change using the Font chooser or
1208               middle-mouse zoom
1209             </li>
1210           </ul>
1211         </div></td>
1212     </tr>
1213     <tr>
1214       <td width="60" nowrap>
1215         <div align="center">
1216           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1217         </div>
1218       </td>
1219       <td><div align="left">
1220           <em>Calculations</em>
1221           <ul>
1222
1223             <li>
1224               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1225               ungapped positions in each column of the alignment.
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1229               a calculation dialog box
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1233               and memory efficiency (~30x faster)
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1237               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1238               and other calculations
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1242               files within the Jalview codebase
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1246               Similarity may have different topology due to increased
1247               precision
1248             </li>
1249           </ul>
1250           <em>Rendering</em>
1251           <ul>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1254               model for alignments and groups
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1258               scripts
1259             </li>
1260           </ul>
1261           <em>Overview</em>
1262           <ul>
1263             <li>
1264               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1265               with alignment and overview windows
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1269               overview
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1273               omitted in Overview
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1277               adjustment of visible position
1278             </li>
1279           </ul>
1280
1281           <em>Data import/export</em>
1282           <ul>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1285               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1289               annotation input/output via stockholm flatfile
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1293               extension when importing structure files without embedded
1294               names or PDB accessions
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1298               format sequence substitution matrices
1299             </li>
1300           </ul>
1301           <em>User Interface</em>
1302           <ul>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1305               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1306               the application.
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1310               via Overview or sequence motif search operations
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1314               opened by double clicking gaps within sequence feature
1315               extent
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1319               aligned positions were available to create a 3D structure
1320               superposition.
1321             </li>
1322           </ul>
1323           <em>3D Structure</em>
1324           <ul>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1327               coloured in linked structure views
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1331               file-based command exchange
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1335               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1336               structures are already available for sequences
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1340               the Jalview project rather than downloaded again when the
1341               project is reopened.
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1345               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1346               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1347                 Feature</strong>)
1348             </li>
1349           </ul>
1350           <em>Web Services</em>
1351           <ul>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1357               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1358               Analysis services
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1362               cross-references provided by identifiers.org and the
1363               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1364             </li>
1365           </ul>
1366
1367           <em>Scripting</em>
1368           <ul>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1371               identifying file formats (instead of String constants)
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1375               efficiency when counting all displayed features (not
1376               backwards compatible with 2.10.1)
1377             </li>
1378           </ul>
1379           <em>Example files</em>
1380           <ul>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1383               included in the example feature file
1384             </li>
1385           </ul>
1386           <em>Documentation</em>
1387           <ul>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1390               with the built-in Java help viewer
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1394               sequence description' option
1395             </li>
1396           </ul>
1397           <em>Test Suite</em>
1398           <ul>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1401               Uniprot REST Free Text Search Client
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1408               during tests
1409             </li>
1410           </ul>
1411         </div></td>
1412       <td><div align="left">
1413           <em>Calculations</em>
1414           <ul>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1417               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1418               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1419             </li>
1420             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1421               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1422               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1423               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1424               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1425               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1426               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1427               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1428               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1429               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1430               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1431               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1432               // for 2.10.1 mode <br />
1433               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1434               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1435                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1436                 calculations (not recommended)</em></li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1439               scaling of branch lengths for trees computed using
1440               Sequence Feature Similarity.
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1444               generating output report when working with highly
1445               redundant alignments
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1449               right of selected region when gaps present on right-hand
1450               boundary
1451             </li>
1452           </ul>
1453           <em>User Interface</em>
1454           <ul>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1457               doesn't reselect a specific sequence's associated
1458               annotation after it was used for colouring a view
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1462               opened on a region of alignment without groups
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1466               of an alignment with overlapping groups
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1470               name and description match
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1474               hidden regions results in incorrect hidden regions
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1478               changing colour does not apply Conservation slider value
1479               to all groups
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1483               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1487               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1491               gaps before start of features
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1495               restored to UI when feature colour is edited
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1499               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1503               as graduate feature colour settings are modified via the
1504               dialog box
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1508               when a group defined on the alignment is resized
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1512               wrapped view result in positional status updates
1513             </li>
1514
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1517               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1521               alignment included gapped columns
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1525               widgets don't permanently disappear
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1529               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1530               T-Coffee column reliability scores)
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1534               sequence feature on gaps only
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1538               button from a Find inherit previously defined feature type
1539               rather than the Find query string
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1543               exporting tree calculated in Jalview
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1547               and then revealing them reorders sequences on the
1548               alignment
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1552               doesn't update to reflect available set of groups after
1553               interactively adding or modifying features
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1557               Linux
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1561               only excluded gaps in current sequence and ignored
1562               selection.
1563             </li>
1564           </ul>
1565           <em>Rendering</em>
1566           <ul>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1569               erratically when hidden rows or columns are present
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1573               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1574               sequence colouring
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1578               colour and group colour menu for protein alignments
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1582               reflect currently selected view or group's shading
1583               thresholds
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1587               when rendered on overview and structures when opacity at
1588               100%
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1592               overview when features overlaid on alignment
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1596               recovered correctly from Jalview project file
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1600               (automatically via preferences) are different to the main
1601               alignment panel
1602             </li>
1603           </ul>
1604           <em>Data import/export</em>
1605           <ul>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1608               load
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1612               added after a sequence was imported are not written to
1613               Stockholm File
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1617               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1621               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1625               with lightGray or darkGray via features file (but can
1626               specify lightgray)
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1630               when alignment view imported from project
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1634               structure and sequences extracted from structure files
1635               imported via URL and viewed in Jmol
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1639               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1640               the project is loaded and the structure viewed
1641             </li>
1642           </ul>
1643           <em>Web Services</em>
1644           <ul>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1647               release of Ensembl v.88
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1651               appear enabled in Preferences->Connections
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1655               removed from console output
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1659               Ensembl by Peptide ID
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1663               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1664               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1665               due to 'null' string rather than empty string used for
1666               residues with no corresponding PDB mapping).
1667             </li>
1668           </ul>
1669           <em>Application UI</em>
1670           <ul>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1673               menu
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1677               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1678               new documentation and tooltips added)
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1682               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1686               new features are added to alignment
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1690               changes to feature colours via the Amend features dialog
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1694               edit graduated feature colour via amend features dialog
1695               box
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1699               selection menu changes colours of alignment views
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1703               from alignment calculation workers after alignment has
1704               been closed
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1708               groups now 'Create Group'
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1712               Create/Undefine group doesn't always work
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1716               shown again after pressing 'Cancel'
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1720               adjusts start position in wrap mode
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1724               ambiguous amino acids
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1728               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1729               proteins
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1733               Defined' don't appear in Colours menu
1734             </li>
1735           </ul>
1736           <em>Applet</em>
1737           <ul>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1740               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1744               overview or linked structure view
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1748               work (since 2.8)
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1752               user-defined colourscheme doesn't restore original
1753               colourscheme
1754             </li>
1755           </ul>
1756           <em>Test Suite</em>
1757           <ul>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1760               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1764               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1765               problems with deep array comparison equality asserts in
1766               successive versions of TestNG
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1770               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1771             </li>
1772           </ul>
1773           <em>New Known Issues</em>
1774           <ul>
1775             <li>
1776               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1777               phase after a sequence motif find operation
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1781               containing just upper and lower case letters are
1782               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1786               reliably from eggnog Ortholog database
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1790               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1791               to mark columns containing highlighted regions.
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1795               doesn't always add secondary structure annotation.
1796             </li>
1797           </ul>
1798         </div>
1799     <tr>
1800       <td width="60" nowrap>
1801         <div align="center">
1802           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1803         </div>
1804       </td>
1805       <td><div align="left">
1806           <em>General</em>
1807           <ul>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1810               for all consensus calculations
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1814               3rd Oct 2016)
1815             </li>
1816             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1817               for 2016-2017</li>
1818           </ul>
1819           <em>Application</em>
1820           <ul>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1823               set of database cross-references, sorted alphabetically
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1827               from database cross references. Users with custom links
1828               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1829                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1833               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1834               Chimera session
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1838               the Chimera it is connected to is shut down
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1842               columns menu item to mark columns containing highlighted
1843               regions (e.g. from structure selections or results of a
1844               Find operation)
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1848               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1849               MSAviewer
1850             </li>
1851           </ul>
1852         </div></td>
1853       <td>
1854         <div align="left">
1855           <em>General</em>
1856           <ul>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1859               are not coloured or thresholded according to percent
1860               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1864               hydrophobic
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1868               threshold, amino acid properties)
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1872               reported as mapped to residues in a structure file in the
1873               View Mapping report
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1877               could be added multiple times to a sequence
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1881               bond features shown as two highlighted residues rather
1882               than a range in linked structure views, and treated
1883               correctly when selecting and computing trees from features
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1887               cross-references are matched to database name regardless
1888               of case
1889             </li>
1890
1891           </ul>
1892           <em>Application</em>
1893           <ul>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1896               names without regular expressions also offer links from
1897               Sequence ID
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1901               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1902               update Jalview configuration
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1906               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1910               files with similarly named sequences if dropped onto the
1911               alignment
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1915               entries where more chains exist in the PDB accession than
1916               are reported in the SIFTS file
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1920               the structure view when displayed with Chimera
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1924               panel's View->Show Chains submenu
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1928               work for wrapped alignment views
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1932               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1936               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1937               first annotation row
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1941               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1945               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1946             </li>
1947             <!-- JAL-2319 -->
1948             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1949             coordindate data
1950             </li>
1951           </ul>
1952           <!--           <em>New Known Issues</em>
1953           <ul>
1954             <li></li>
1955           </ul> -->
1956         </div>
1957       </td>
1958     </tr>
1959     <td width="60" nowrap>
1960       <div align="center">
1961         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1962           <em>25/10/2016</em></strong>
1963       </div>
1964     </td>
1965     <td><em>Application</em>
1966       <ul>
1967         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1968           view if structures already loaded</li>
1969         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1970           structure views</li>
1971       </ul></td>
1972     <td>
1973       <div align="left">
1974         <em>General</em>
1975         <ul>
1976           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1977             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1978           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1979             example sequences/projects/trees</li>
1980         </ul>
1981         <em>Application</em>
1982         <ul>
1983           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1984             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1985           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1986             without timeout for structures with multiple models or
1987             multiple sequences in alignment</li>
1988           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1989             PDB ID HEADER line</li>
1990           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1991             is performed</li>
1992           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1993             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1994           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1995           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1996             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1997             option</li>
1998           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1999             is created on the alignment</li>
2000           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2001             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2002             pop-up menu</li>
2003         </ul>
2004         <em>Build and deployment</em>
2005         <ul>
2006           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2007             tags</li>
2008         </ul>
2009         <em>New Known Issues</em>
2010         <ul>
2011           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2012             on Windows</li>
2013         </ul>
2014       </div>
2015     </td>
2016     </tr>
2017     <tr>
2018       <td width="60" nowrap>
2019         <div align="center">
2020           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2021         </div>
2022       </td>
2023       <td><em>General</em>
2024         <ul>
2025           <li>
2026             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2030             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2031             better PDB parsing.
2032           </li>
2033           <li>
2034             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2035             reference sequence
2036           </li>
2037           <li>
2038             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2039             mousing over sequence associated annotation
2040           </li>
2041           <li>
2042             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2043             for manual entry
2044           </li>
2045           <li>
2046             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2047             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2048             for each column
2049           </li>
2050           <li>
2051             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2052             showing or hiding columns containing a feature
2053           </li>
2054           <li>
2055             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2056             group and sequence associated annotation labels
2057           </li>
2058           <li>
2059             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2060             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2061             dialogs
2062           </li>
2063
2064         </ul> <em>Application</em>
2065         <ul>
2066           <li>
2067             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2068             gene/transcript view
2069           </li>
2070           <li>
2071             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2072             dialog
2073           </li>
2074           <li>
2075             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2076             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2077           </li>
2078           <li>
2079             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2080             Pfam sources to xfam.org
2081           </li>
2082           <li>
2083             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2084           </li>
2085           <li>
2086             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2087             over sequences in Jalview
2088           </li>
2089           <li>
2090             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2091             regions in ENA and EMBL
2092           </li>
2093           <li>
2094             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2095             for record retrieval via ENA rest API
2096           </li>
2097           <li>
2098             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2099             complement operator
2100           </li>
2101           <li>
2102             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2103             groovy script execution
2104           </li>
2105           <li>
2106             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2107             alignment window's Calculate menu
2108           </li>
2109           <li>
2110             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2111             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2112           </li>
2113           <li>
2114             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2115             calculation workers from groovy scripts
2116           </li>
2117           <li>
2118             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2119             Jalview projects
2120           </li>
2121           <li>
2122             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2123             associations are now saved/restored from project
2124           </li>
2125           <li>
2126             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2127             before sequence fetcher is opened
2128           </li>
2129           <li>
2130             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2131             database chooser opens a sequence fetcher
2132           </li>
2133           <li>
2134             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2135             the UniProt REST API
2136           </li>
2137           <li>
2138             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2139             the news reader opening
2140           </li>
2141           <li>
2142             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2143             querying stored in preferences
2144           </li>
2145           <li>
2146             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2147             search results
2148           </li>
2149           <li>
2150             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2151           </li>
2152           <li>
2153             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2154             menu for nucleotide sequences
2155           </li>
2156           <li>
2157             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2158             and feature counts preserves alignment ordering (and
2159             debugged for complex feature sets).
2160           </li>
2161           <li>
2162             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2163             viewing structures with Jalview 2.10
2164           </li>
2165           <li>
2166             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2167             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2168             Ensembl Genomes REST API
2169           </li>
2170           <li>
2171             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2172             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2173             (Ensembl)
2174           </li>
2175           <li>
2176             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2177             sequences
2178           </li>
2179           <li>
2180             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2181             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2182             data from external database records.
2183           </li>
2184           <li>
2185             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2186             efficient recovery of sequence coding and alignment
2187             annotation relationships.
2188           </li>
2189         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2190         <ul>
2191           <li>
2192             -- JAL---
2193           </li>
2194         </ul> --></td>
2195       <td>
2196         <div align="left">
2197           <em>General</em>
2198           <ul>
2199             <li>
2200               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2201               menu on OSX
2202             </li>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2205               includes graduated colourschemes
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2209               working with big alignments and lots of hidden columns
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2213               at right of alignment window
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2217               contents
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2221               for DNA alignments
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2225               based tree calculation
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2229               unconserved enabled for group on alignment
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2233               set as reference
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2237               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2238               annotation
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2242               hidden columns present
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2246               user created annotation added to alignment
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2250               '()' base pair annotation
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2254               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2255               Consensus
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2259               feature not working
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2263               beginning of sequence
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2267               entry 3a6s
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2271               from a tree when t-coffee scores are shown
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2275               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2279               some structures
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2283               to Clustal, PIR and PileUp output
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2287               not visible causes alignment window to repaint
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2291               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2292               scores associated with features and annotation rows
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2296               calculation should be case independent
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2300               columns
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2304               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2305               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2309               problems when reference sequence defined and 'show
2310               non-conserved' enabled
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2314               load even when Consensus calculation is disabled
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2318               alignment does nothing
2319             </li>
2320           </ul>
2321           <em>Application</em>
2322           <ul>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2325               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2326               yet fixed for El Capitan)
2327             </li>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2330               output when running on non-gb/us i18n platforms
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2334               hidden sequences as flat-file alignment
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2338               launching Chimera
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2342               (also hotfix for 2.9.0b2)
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2346               reference sequence defined
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2350               alignments and views when revealing hidden columns
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2354               view in a cDNA/Protein splitframe
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2358               sequence from project when only one sequence is
2359               represented
2360             </li>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2363               in Structure Chooser
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2367               structure consensus didn't refresh annotation panel
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2371               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2375               dialogs format columns correctly, don't display array
2376               data, sort columns according to type
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2380               file chooser is cancelled during an image export
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2384               sequence name containing special characters
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2388               case insensitive
2389             </li>
2390             <li>
2391               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2392               formatting don't wrap
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2396               truncated so L looks like I in consensus annotation
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2400               currently displayed features for the current selection or
2401               view
2402             </li>
2403             <li>
2404               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2405               after fetching cross-references, and restoring from
2406               project
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2410               followed in the structure viewer
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2414               splitframe not restored from project
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2418               trailing end of protein alignment in transcript/product
2419               splitview when pad-gaps not enabled by default
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2423               is case dependent
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2427               article has been read (reopened issue due to
2428               internationalisation problems)
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2432               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2433               cross-references
2434             </li>
2435
2436             <li>
2437               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2438               alignment as HTML
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2442               multiple structures are shown for one or more sequences.
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2446               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2447               is enabled.
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2451               specific PDB id for sequence
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2455               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2456               columns' is disabled.
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2460               selects lowest rather than highest resolution structures
2461               for each sequence
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2465               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2469               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2473               after clicking on it to create new annotation for a
2474               column.
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2478               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2479             </li>
2480             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2481             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2482           </ul>
2483           <em>Applet</em>
2484           <ul>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2487               hidden columns present before start of sequence
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2491               (JSON jars)
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2495               sequences are hidden in applet
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2499               deployment on examples pages.
2500             </li>
2501           </ul>
2502         </div>
2503       </td>
2504     </tr>
2505     <tr>
2506       <td width="60" nowrap>
2507         <div align="center">
2508           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2509             <em>16/10/2015</em></strong>
2510         </div>
2511       </td>
2512       <td><em>General</em>
2513         <ul>
2514           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2515             jars</li>
2516         </ul></td>
2517       <td>
2518         <div align="left">
2519           <em>Application</em>
2520           <ul>
2521             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2522               shown when tree is partitioned</li>
2523             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2524               multiple cDNA/Protein split views</li>
2525           </ul>
2526         </div>
2527       </td>
2528     </tr>
2529     <tr>
2530       <td width="60" nowrap>
2531         <div align="center">
2532           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2533             <em>8/10/2015</em></strong>
2534         </div>
2535       </td>
2536       <td><em>General</em>
2537         <ul>
2538           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2539             2.9</li>
2540         </ul> <em>Application</em>
2541         <ul>
2542           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2543           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2544           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2545         </ul> <em>Applet</em>
2546         <ul>
2547           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2548         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2549         <ul>
2550           <li>
2551             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2552             suite
2553           </li>
2554         </ul></td>
2555       <td>
2556         <div align="left">
2557           <em>General</em>
2558           <ul>
2559             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2560               incorrect when sequence start > 1</li>
2561             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2562               documentation</li>
2563             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2564             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2565               loading a features file containing HTML tags in feature
2566               description</li>
2567
2568           </ul>
2569           <em>Application</em>
2570           <ul>
2571             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2572               reimport</li>
2573             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2574               with 'trim retrieved sequences'</li>
2575             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2576               deleting selected columns</li>
2577             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2578               JNLP templates for webstart launch</li>
2579             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2580               unreleased structures for download or viewing</li>
2581             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2582               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2583             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2584               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2585             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2586               recovered from jalview project</li>
2587             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2588               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2589               alignment view</li>
2590             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2591               color schemes from BioJSON</li>
2592           </ul>
2593           <em>Applet</em>
2594           <ul>
2595             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2596               frame</li>
2597             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2598           </ul>
2599         </div>
2600       </td>
2601     </tr>
2602     <tr>
2603       <td><div align="center">
2604           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2605         </div></td>
2606       <td><em>General</em>
2607         <ul>
2608           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2609             alignments:
2610             <ul>
2611               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2612                 and DNA alignment views</li>
2613               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2614                 cDNA alignment views</li>
2615               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2616                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2617               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2618                 protein sequences</li>
2619             </ul>
2620           </li>
2621           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2622           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2623             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2624           <li>New alignment annotation file statements for
2625             reference sequences and marking hidden columns</li>
2626           <li>Reference sequence based alignment shading to
2627             highlight variation</li>
2628           <li>Select or hide columns according to alignment
2629             annotation</li>
2630           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2631           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2632             acid conservation row</li>
2633           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2634         </ul> <em>Application</em>
2635         <ul>
2636           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2637             <ul>
2638               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2639                 view with cDNA/Protein</li>
2640               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2641                 sequences are placed in the same alignment</li>
2642               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2643                 projects</li>
2644             </ul>
2645           </li>
2646
2647           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2648           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2649             Jalview windows</li>
2650
2651           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2652           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2653           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2654             be shown in VARNA</li>
2655
2656           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2657             as the active selected region</li>
2658
2659           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2660             similarity</li>
2661           <li>New Export options
2662             <ul>
2663               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2664                 region export in flat file generation</li>
2665
2666               <li>Export alignment views for display with the <a
2667                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2668
2669               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2670               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2671                 alignment figures to HTML</li>
2672           </li>
2673           <li>3D structure retrieval and display
2674             <ul>
2675               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2676                 Search API</li>
2677               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2678                 PDB structures for a sequence set</li>
2679             </ul>
2680           </li>
2681
2682           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2683             predictions</li>
2684           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2685             for one or a group of sequences</li>
2686           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2687             from the JPred4 web server</li>
2688           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2689             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2690             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2691           </li>
2692           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2693             VARNA 2D Structure'</li>
2694           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2695             Structure ..."</li>
2696
2697         </ul> <em>Applet</em>
2698         <ul>
2699           <li>New layout for applet example pages</li>
2700           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2701             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2702           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2703             Protein alignments</li>
2704         </ul> <em>Development and deployment</em>
2705         <ul>
2706           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2707           <li>Include installation type and git revision in build
2708             properties and console log output</li>
2709           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2710             storing BioJsMSA Templates</li>
2711           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2712         </ul></td>
2713       <td>
2714         <!-- <em>General</em>
2715         <ul>
2716         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2717         <ul>
2718           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2719           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2720           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2721             predictions are not highlighted in amber</li>
2722           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2723             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2724           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2725             associated structure views</li>
2726           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2727             width checkbox not enabled</li>
2728           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2729             creating user defined colours</li>
2730           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2731             mappings for just that viewer's sequences</li>
2732           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2733             multiple models in Chimera</li>
2734           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2735             over Jmol structure</li>
2736           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2737             output to text box</li>
2738           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2739             have incorrect sequence start/end</li>
2740           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2741             Jalview fails</li>
2742           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2743             work for nucleotide</li>
2744           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2745             to a grey/invisible alignment window</li>
2746           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2747             imports to different position</li>
2748           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2749             on some platforms</li>
2750           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2751             populated</li>
2752           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2753             console if Chimera has been opened</li>
2754           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2755           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2756             retrieved</li>
2757           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2758           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2759             either sequence shows on first structure</li>
2760           <li>'Show annotations' options should not make
2761             non-positional annotations visible</li>
2762           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2763             in right place after 'view flanking regions'</li>
2764           <li>File Save As type unset when current file format is
2765             unknown</li>
2766           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2767             projects</li>
2768           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2769             responsive</li>
2770           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2771             several views on same alignment</li>
2772           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2773           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2774             spaces</li>
2775         </ul> <em>Applet</em>
2776         <ul>
2777           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2778           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2779             descriptions containing angle brackets</li>
2780         </ul> <em>General</em>
2781         <ul>
2782           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2783             via jalview annotation file</li>
2784           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2785             with RNA secondary structure</li>
2786           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2787             translation doesn't work.</li>
2788           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2789           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2790             positions</li>
2791           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2792             choosing 1pt font</li>
2793           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2794             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2795             'h'</li>
2796           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2797             new feature</li>
2798           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2799             order dependent</li>
2800           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2801             sequences</li>
2802           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2803         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2804         <ul>
2805           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2806             www.jalview.org</li>
2807         </ul> <em>Application Known issues</em>
2808         <ul>
2809           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2810           <li>Misleading message appears after trying to delete
2811             solid column.</li>
2812           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2813             version launches</li>
2814           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2815             fails with a sequence mismatch</li>
2816           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2817             scrolling alignment to right</li>
2818           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2819             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2820           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2821             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2822           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2823             ultra-high resolution</li>
2824           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2825             quality and conservation</li>
2826           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2827             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2828         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2829         <ul>
2830           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2831           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2832             window is being resized</li>
2833
2834         </ul>
2835       </td>
2836     </tr>
2837     <tr>
2838       <td><div align="center">
2839           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2840         </div></td>
2841       <td><em>General</em>
2842         <ul>
2843           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2844             Certum.PL.</li>
2845           <li>Features and annotation preserved when performing
2846             pairwise alignment</li>
2847           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2848             imported/exported/displayed</li>
2849           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2850             protein secondary structure</li>
2851           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2852               post-hoc with 2.9 release</em>)
2853           </li>
2854
2855         </ul> <em>Application</em>
2856         <ul>
2857           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2858             with 3D structures</li>
2859           <li>Support for parsing RNAML</li>
2860           <li>Annotations menu for layout
2861             <ul>
2862               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2863               <li>place sequence annotation above/below alignment
2864                 annotation</li>
2865             </ul>
2866           <li>Output in Stockholm format</li>
2867           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2868             translation</li>
2869           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2870           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2871             shared between alignments</li>
2872           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2873             Jalview</li>
2874           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2875             all or current selection</li>
2876           <li>disorder and secondary structure predictions
2877             available as dataset annotation</li>
2878           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2879
2880
2881           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2882             alignments from Rfam</li>
2883           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2884
2885           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2886             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2887           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2888           <li>include installation type in build properties and
2889             console log output</li>
2890           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2891             annotation</li>
2892         </ul></td>
2893       <td>
2894         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2895         <ul>
2896           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2897             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2898           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2899             alignment</li>
2900           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2901           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2902           <li>Double click on sequence associated annotation
2903             selects only first column</li>
2904           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2905             leaves shown in tree</li>
2906           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2907             properly</li>
2908           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2909           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2910             screen and buttons not visible</li>
2911           <li>author list isn't updated if already written to
2912             Jalview properties</li>
2913           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2914             from database</li>
2915           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2916           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2917             browser search window</li>
2918           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2919             in feature settings dialog</li>
2920           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2921             desktop</li>
2922           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2923             pass validation</li>
2924           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2925             fit on screen</li>
2926           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2927             tooltip</li>
2928           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2929             defined user preset</li>
2930           <li>MSA web services warns user if they were launched
2931             with invalid input</li>
2932           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2933             Java 8</li>
2934           <li>
2935             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2936             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2937             created
2938           </li>
2939
2940         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2941         <ul>
2942         </ul> <em>General</em>
2943         <ul>
2944         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2945         <ul>
2946           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2947             memory allocation</li>
2948           <li>launchApp service doesn't automatically open
2949             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2950           <li>
2951             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2952             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2953             1.7_055 is available
2954           </li>
2955         </ul> <em>Application Known issues</em>
2956         <ul>
2957           <li>
2958             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2959             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2960             alignment to right
2961           </li>
2962           <li>
2963             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2964             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2965             with large number of ID
2966           </li>
2967           <li>
2968             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2969             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2970             start/end
2971           </li>
2972           <li>
2973             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2974             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2975             structure tracks are rearranged
2976           </li>
2977           <li>
2978             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2979             invalid rna structure positional highlighting does not
2980             highlight position of invalid base pairs
2981           </li>
2982           <li>
2983             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2984             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2985             project from alignment window file menu
2986           </li>
2987           <li>
2988             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2989             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2990             structures
2991           </li>
2992           <li>
2993             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2994             colour by RNA Helices not enabled when user created
2995             annotation added to alignment
2996           </li>
2997           <li>
2998             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2999             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3000           </li>
3001         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3002         <ul>
3003           <li>
3004             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3005             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3006           </li>
3007           <li>
3008             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3009             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3010           </li>
3011
3012           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3013             when selected</li>
3014         </ul>
3015       </td>
3016     </tr>
3017     <tr>
3018       <td><div align="center">
3019           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3020         </div></td>
3021       <td>
3022         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3023         <em>General</em>
3024         <ul>
3025           <li>Internationalisation of user interface (usually
3026             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3027           <li>Define/Undefine group on current selection with
3028             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3029           <li>Improved group creation/removal options in
3030             alignment/sequence Popup menu</li>
3031           <li>Sensible precision for symbol distribution
3032             percentages shown in logo tooltip.</li>
3033           <li>Annotation panel height set according to amount of
3034             annotation when alignment first opened</li>
3035         </ul> <em>Application</em>
3036         <ul>
3037           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3038             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3039           <li>Select columns containing particular features from
3040             Feature Settings dialog</li>
3041           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3042             sequences</li>
3043           <li>Update Jalview project format:
3044             <ul>
3045               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3046               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3047                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3048               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3049                 colouring</li>
3050             </ul>
3051           </li>
3052           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3053             (PAM250)</li>
3054           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3055             flanking regions for an alignment</li>
3056         </ul>
3057       </td>
3058       <td>
3059         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3060         <ul>
3061           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3062             running after job is cancelled</li>
3063           <li>cannot export features from alignments imported from
3064             Jalview/VAMSAS projects</li>
3065           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3066             float values</li>
3067           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3068             have 'display all symbols' flag set</li>
3069           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3070             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3071           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3072             Jalview</li>
3073           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3074             Lion/Webstart</li>
3075           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3076           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3077           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3078             alignment onto desktop</li>
3079           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3080             'extract scores' function</li>
3081           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3082             alignment window</li>
3083           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3084             performing IUPred disorder prediction</li>
3085           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3086             changing 'normalise logo' display setting</li>
3087           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3088             nothing matches query</li>
3089           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3090             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3091           </li>
3092           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3093             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3094           </li>
3095           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3096             Jalview's menu</li>
3097           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3098             'invalid literal/length code'</li>
3099           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3100             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3101           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3102             colourscheme</li>
3103
3104         </ul> <em>Applet</em>
3105         <ul>
3106           <li>Remove group option is shown even when selection is
3107             not a group</li>
3108           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3109             don't affect groups</li>
3110           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3111             colourscheme name</li>
3112           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3113             Annotation panel is not displayed</li>
3114           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3115             embedded windows</li>
3116         </ul> <em>Other</em>
3117         <ul>
3118           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3119             single sequence were not calculated</li>
3120           <li>annotation files that contain only groups imported as
3121             annotation and junk sequences</li>
3122           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3123             recognised as PFAM or BLC</li>
3124           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3125             doesn't affect background (2.8.0b1)
3126           <li></li>
3127           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3128           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3129             trailing gaps</li>
3130           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3131             registered correctly on import</li>
3132           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3133             certain alignments</li>
3134           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3135             existing annotation based 'use original colours'
3136             colourscheme loses original colours setting</li>
3137         </ul>
3138       </td>
3139     </tr>
3140     <tr>
3141       <td><div align="center">
3142           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3143             <em>30/1/2014</em></strong>
3144         </div></td>
3145       <td>
3146         <ul>
3147           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3148             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3149             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3150             open source project).
3151           </li>
3152           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3153           <li>Output in Stockholm format</li>
3154           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3155           <li>Export/import group and sequence associated line
3156             graph thresholds</li>
3157           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3158             ambiguity codes</li>
3159           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3160             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3161             works</li>
3162           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3163         </ul> <em>Other improvements</em>
3164         <ul>
3165           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3166           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3167             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3168           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3169             files</li>
3170           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3171           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3172             link but no description</li>
3173           <li>Select primary source when selecting authority in
3174             database fetcher GUI</li>
3175           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3176             Jalview</li>
3177           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3178         </ul>
3179       </td>
3180       <td>
3181         <ul>
3182           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3183             displayed</li>
3184           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3185             secondary structure annotation line</li>
3186           <li>Sequence database accessions not imported when
3187             fetching alignments from Rfam</li>
3188           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3189             identical IDs</li>
3190           <li>View all structures does not always superpose
3191             structures</li>
3192           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3193             reflect user or preset settings</li>
3194           <li>Null pointer exceptions for some services without
3195             presets or adjustable parameters</li>
3196           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3197             discover PDB xRefs</li>
3198           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3199             features with DAS</li>
3200           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3201             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3202           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3203             residue follows a gap</li>
3204           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3205             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3206           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3207             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3208           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3209             annotation already exists on alignment</li>
3210           <li>oninit javascript function should be called after
3211             initialisation completes</li>
3212           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3213             alignment window display</li>
3214           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3215           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3216             to annotation file</li>
3217           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3218             groups created</li>
3219           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3220             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3221           <li>Pressing return several times causes Number Format
3222             exceptions in keyboard mode</li>
3223           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3224             correct partitions for input data</li>
3225           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3226           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3227           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3228           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3229             mode</li>
3230           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3231             changes one row&#39;s threshold</li>
3232           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3233             doesn&#39;t open</li>
3234           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3235             quality histograms</li>
3236         </ul>
3237       </td>
3238     </tr>
3239     <tr>
3240       <td><div align="center">
3241           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3242         </div></td>
3243       <td><em>Application</em>
3244         <ul>
3245           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3246             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3247           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3248             preferences</li>
3249           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3250             in Jalview alignment window</li>
3251           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3252             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3253           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3254             RNA and ambiguity codes</li>
3255
3256           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3257           <li>Support fetching and database reference look up
3258             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3259             refs')</li>
3260           <li>Jalview project improvements
3261             <ul>
3262               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3263                 flag for annotation</li>
3264               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3265                 alignment</li>
3266               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3267                 Jalview project</li>
3268
3269             </ul>
3270           </li>
3271           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3272           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3273             running</li>
3274           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3275           <li>visual indication that web service results are still
3276             being retrieved from server</li>
3277           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3278             starts up for first time</li>
3279           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3280             services</li>
3281           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3282             client library</li>
3283           <li>Examples directory and Groovy library included in
3284             InstallAnywhere distribution</li>
3285         </ul> <em>Applet</em>
3286         <ul>
3287           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3288             visualization applet example</li>
3289         </ul> <em>General</em>
3290         <ul>
3291           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3292           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3293             defaults</li>
3294           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3295             calculation</li>
3296           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3297             matrices
3298           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3299             in HTML</li>
3300           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3301             structure contacts</li>
3302           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3303           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3304           <li>Parse sequence associated secondary structure
3305             information in Stockholm files</li>
3306           <li>HTML Export database accessions and annotation
3307             information presented in tooltip for sequences</li>
3308           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3309             style RNA alignment files</li>
3310           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3311             alignment</li>
3312           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3313             shade each sequence according to its associated alignment
3314             annotation</li>
3315           <li>New Jalview Logo</li>
3316         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3317         <ul>
3318           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3319           <li>New Website!</li>
3320         </ul></td>
3321       <td><em>Application</em>
3322         <ul>
3323           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3324             wsdbfetch REST service</li>
3325           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3326           <li>Filetype associations not installed for webstart
3327             launch</li>
3328           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3329             job execution in full once it is complete</li>
3330           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3331             uploaded via ali_file parameter</li>
3332           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3333           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3334           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3335             submitted for prediction</li>
3336           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3337             desktop window</li>
3338           <li>Putting fractional value into integer text box in
3339             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3340           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3341             windows 7</li>
3342           <li>View all structures fails with exception shown in
3343             structure view</li>
3344           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3345             escaped in a platform independent way</li>
3346           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3347             using proxy</li>
3348           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3349             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3350           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3351             failure when java web start temporary file caching is
3352             disabled</li>
3353           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3354             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3355           <li>Errors during processing of command line arguments
3356             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3357           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3358             DAS sources in sequence fetcher</li>
3359           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3360             dialog is shown</li>
3361           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3362           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3363           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3364           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3365             on OSX Mountain Lion</li>
3366           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3367             sequences with alignment annotation are pasted into the
3368             alignment</li>
3369           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3370             when loaded from Jalview project</li>
3371           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3372           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3373             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3374           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3375             associated with all views</li>
3376           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3377             annotation rows to new window</li>
3378         </ul> <em>Applet</em>
3379         <ul>
3380           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3381             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3382           <li>loading features via javascript API automatically
3383             enables feature display</li>
3384           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3385             work</li>
3386         </ul> <em>General</em>
3387         <ul>
3388           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3389           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3390             and then deselected</li>
3391           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3392           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3393             coloured with clustalx</li>
3394           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3395             exceptions and redraw errors</li>
3396           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3397             reconfigured view</li>
3398           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3399             colour</li>
3400           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3401             for lots of labels</li>
3402         </ul>
3403     </tr>
3404     <tr>
3405       <td>
3406         <div align="center">
3407           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3408         </div>
3409       </td>
3410       <td><em>Application</em>
3411         <ul>
3412           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3413           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3414           <li>View/alignment association menu to enable user to
3415             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3416             its colours/correspondences from</li>
3417           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3418           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3419             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3420           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3421           <li>Annotation row column label formatting attributes
3422             stored in project file</li>
3423           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3424             rows preserved in Jalview project file</li>
3425           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3426             saved using Desktop window menu</li>
3427           <li>Visual indication that command line arguments are
3428             still being processed</li>
3429           <li>Groovy script execution from URL</li>
3430           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3431             preferences</li>
3432           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3433             alignment with sequences that have high similarity and
3434             matching IDs</li>
3435           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3436           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3437             structures in same window</li>
3438           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3439           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3440             analysis function in its own submenu</li>
3441         </ul> <em>Applet</em>
3442         <ul>
3443           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3444             groups</li>
3445           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3446           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3447           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3448           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3449           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3450             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3451           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3452           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3453             parameters are treated as such</li>
3454           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3455             <ul>
3456               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3457               <li>Javascript callbacks for
3458                 <ul>
3459                   <li>Applet initialisation</li>
3460                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3461                 </ul>
3462               </li>
3463               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3464                 functions</li>
3465               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3466               <li>javascript structure viewer harness to pass
3467                 messages between Jmol and Jalview when running as
3468                 distinct applets</li>
3469               <li>sortBy method</li>
3470               <li>Set of applet and application examples shipped
3471                 with documentation</li>
3472               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3473                 javascript message exchange</li>
3474             </ul>
3475         </ul> <em>General</em>
3476         <ul>
3477           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3478             multiple alignments</li>
3479           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3480           <li>User configurable link to enable redirects to a
3481             www.Jalview.org mirror</li>
3482           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3483           <li>Configurable newline string when writing alignment
3484             and other flat files</li>
3485           <li>Allow alignment annotation description lines to
3486             contain html tags</li>
3487         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3488         <ul>
3489           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3490             examples</li>
3491           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3492             using a web service before displaying the result in the
3493             Jalview desktop</li>
3494           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3495           <li>Ant target to publish example html files with applet
3496             archive</li>
3497           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3498           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3499         </ul></td>
3500       <td><em>Application</em>
3501         <ul>
3502           <li>User defined colourscheme throws exception when
3503             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3504           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3505             dialog for valid filename/format</li>
3506           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3507           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3508             P37173</li>
3509           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3510             which sequence is to be associated with the file</li>
3511           <li>Find All raises null pointer exception when query
3512             only matches sequence IDs</li>
3513           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3514           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3515             2.4 cannot be loaded</li>
3516           <li>Filetype associations not installed for webstart
3517             launch</li>
3518           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3519             with sequences in different alignments do not get coloured
3520             by their associated sequence</li>
3521           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3522             not preserved when project is loaded</li>
3523           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3524             stored in Jalview project</li>
3525           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3526             Jalview project</li>
3527           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3528           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3529             by conservation</li>
3530           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3531             created on new view</li>
3532           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3533             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3534           <li>Alignment quality not updated after alignment
3535             annotation row is hidden then shown</li>
3536           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3537             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3538           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3539             properly</li>
3540           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3541             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3542           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3543           <li>Structures imported from file and saved in project
3544             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3545           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3546             job execution in full once it is complete</li>
3547         </ul> <em>Applet</em>
3548         <ul>
3549           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3550             annotation rows are displayed</li>
3551           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3552             codebase</li>
3553           <li>View follows highlighting does not work for positions
3554             in sequences</li>
3555           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3556           <li>Export features raises exception when no features
3557             exist</li>
3558           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3559             for javascript api is modified when separator string
3560             provided as parameter</li>
3561           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3562             alignment with no existing selection</li>
3563           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3564             to applet&#39;s codebase</li>
3565           <li>Status bar not updated after finished searching and
3566             search wraps around to first result</li>
3567           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3568             several Jalview applets causes race conditions and memory
3569             leaks</li>
3570           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3571             not sent from Jmol in applet</li>
3572           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3573             applet API fatally hang browser</li>
3574         </ul> <em>General</em>
3575         <ul>
3576           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3577             position with wrapped view and hidden regions</li>
3578           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3579             with/without hidden columns</li>
3580           <li>Sequence length given in alignment properties window
3581             is off by 1</li>
3582           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3583             import PDB like structure files</li>
3584           <li>Positional search results are only highlighted
3585             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3586           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3587           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3588             given sequence position</li>
3589           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3590             output</li>
3591           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3592             from nucleotide chains correctly</li>
3593           <li>Structure colours not updated when tree partition
3594             changed in alignment</li>
3595           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3596             parsed in interleaved stockholm</li>
3597           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3598             state</li>
3599           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3600             properly</li>
3601           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3602             properly associated with their pdb files</li>
3603         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3604         <ul>
3605           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3606             ApplyCopyright tool</li>
3607         </ul></td>
3608     </tr>
3609     <tr>
3610       <td>
3611         <div align="center">
3612           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3613         </div>
3614       </td>
3615       <td><em>Application</em>
3616         <ul>
3617           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3618             contact web services</li>
3619           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3620             service job window</li>
3621           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3622         </ul></td>
3623       <td>
3624         <ul>
3625           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3626             pir file emitted by Jalview</li>
3627           <li>Existing feature settings transferred to new
3628             alignment view created from cut'n'paste</li>
3629           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3630             parsing PDB files</li>
3631           <li>Consensus and conservation annotation rows
3632             occasionally become blank for all new windows</li>
3633           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3634             in wrapped view mode</li>
3635         </ul> <em>Application</em>
3636         <ul>
3637           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3638             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3639           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3640             parameter names</li>
3641           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3642             is down</li>
3643         </ul>
3644       </td>
3645     </tr>
3646     <tr>
3647       <td>
3648         <div align="center">
3649           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3650         </div>
3651       </td>
3652       <td><em>Application</em>
3653         <ul>
3654           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3655             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3656             (JABAWS)
3657           </li>
3658           <li>Web Services preference tab</li>
3659           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3660             preferences</li>
3661           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3662           <li>Superpose structures using associated sequence
3663             alignment</li>
3664           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3665             viewer</li>
3666         </ul> <em>Applet</em>
3667         <ul>
3668           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3669             link out mechanism</li>
3670         </ul> <em>Other</em>
3671         <ul>
3672           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3673             series 12</li>
3674           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3675             require Java 1.5</li>
3676           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3677             sequence annotation files</li>
3678           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3679             type colour specification</li>
3680           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3681             script to check if it being run in an interactive session or
3682             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3683         </ul></td>
3684       <td>
3685         <ul>
3686           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3687             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3688         </ul> <em>Application</em>
3689         <ul>
3690           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3691             selected Regions menu item</li>
3692           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3693             part of a valid accession ID</li>
3694           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3695             runs out of memory</li>
3696           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3697             analysis results</li>
3698           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3699             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3700           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3701         </ul> <em>Applet</em>
3702         <ul>
3703           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3704             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3705             defined.</li>
3706         </ul>
3707       </td>
3708     </tr>
3709     <tr>
3710       <td>
3711         <div align="center">
3712           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3713         </div>
3714       </td>
3715       <td></td>
3716       <td>
3717         <ul>
3718           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3719             sequence IDs</li>
3720           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3721             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3722           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3723             import correctly</li>
3724           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3725             number of columns are hidden</li>
3726           <li>annotation label popup menu not providing correct
3727             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3728             present</li>
3729           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3730             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3731           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3732             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3733
3734         </ul> <em>Applet</em>
3735         <ul>
3736           <li>annotation panel disappears when annotation is
3737             hidden/removed</li>
3738         </ul> <em>Application</em>
3739         <ul>
3740           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3741             alignment opened where annotation panel is visible but no
3742             annotations are present on alignment</li>
3743           <li>pasted region containing hidden columns is
3744             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3745           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3746             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3747           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3748             selected Rregions menu item.</li>
3749           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3750             'Un' or 'Non'conserved</li>
3751           <li>Sequence feature settings are being shared by
3752             multiple distinct alignments</li>
3753           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3754             changed</li>
3755           <li>double click on group annotation to select sequences
3756             does not propagate to associated trees</li>
3757           <li>Mac OSX specific issues:
3758             <ul>
3759               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3760                 window background</li>
3761               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3762                 name set correctly</li>
3763               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3764                 save feature colourscheme button</li>
3765             </ul>
3766           </li>
3767         </ul>
3768       </td>
3769     </tr>
3770     <tr>
3771
3772       <td>
3773         <div align="center">
3774           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3775         </div>
3776       </td>
3777       <td><em>New Capabilities</em>
3778         <ul>
3779           <li>URL links generated from description line for
3780             regular-expression based URL links (applet and application)
3781
3782           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3783             menu</li>
3784           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3785             structures</li>
3786           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3787             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3788           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3789             average score or total feature count for each sequence.</li>
3790           <li>Shading features by score or associated description</li>
3791           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3792             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3793           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3794             hide everything but the currently selected region.</li>
3795           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3796         </ul> <em>Application</em>
3797         <ul>
3798           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3799             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3800           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3801             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3802           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3803             database references and protein_name is parsed as
3804             description line (BioSapiens terms).</li>
3805           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3806             references in sequence ID tooltip from View menu in
3807             application.</li>
3808           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3809       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3810           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3811             conservation plots</li>
3812           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3813             and visualized as sequence logos</li>
3814           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3815             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3816           </li>
3817           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3818             when a new tree is opened.</li>
3819           <li>Jalview Java Console</li>
3820           <li>Better placement of desktop window when moving
3821             between different screens.</li>
3822           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3823             consensus annotation</li>
3824           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3825             Workflows</li>
3826           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3827             <ul>
3828               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3829                 used to preserve views, structures, and tree display
3830                 settings)</li>
3831               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3832                 command line</li>
3833               <li>Sharing of selected regions between views and
3834                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3835               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3836             </ul></li>
3837         </ul> <em>Applet</em>
3838         <ul>
3839           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3840           <li>New Parameters
3841             <ul>
3842               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3843                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3844                 opened.</li>
3845               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3846                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3847               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3848                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3849               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3850                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3851                 view</li>
3852               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3853                 increase the height or width of a cell in the alignment
3854                 grid relative to the current font size.</li>
3855             </ul>
3856           </li>
3857           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3858             tooltip</li>
3859         </ul> <em>Other</em>
3860         <ul>
3861           <li>Features format: graduated colour definitions and
3862             specification of feature scores</li>
3863           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3864             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3865             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3866           <li>XML formats extended to support graduated feature
3867             colourschemes, group associated annotation, and profile
3868             visualization settings.</li></td>
3869       <td>
3870         <ul>
3871           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3872             rather than description</li>
3873           <li>Non-positional features are now included in sequence
3874             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3875             visibility in tooltip).</li>
3876           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3877           <li>Added URL embedding instructions to features file
3878             documentation.</li>
3879           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3880             'X' in peptide product</li>
3881           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3882             sequence ID and sequence string and query strings do not
3883             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3884           <li>AMSA files only contain first column of
3885             multi-character column annotation labels</li>
3886           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3887             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3888             exported and re-imported)</li>
3889           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3890             name</li>
3891           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3892             as subsequence matches, and correctly reports total number
3893             of both.</li>
3894           <li>Application:
3895             <ul>
3896               <li>Better handling of exceptions during sequence
3897                 retrieval</li>
3898               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3899                 link text excludes the start_end suffix</li>
3900               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3901                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3902               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3903               <li>Sequence description lines properly shared via
3904                 VAMSAS</li>
3905               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3906                 data sources</li>
3907               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3908                 completes before alignment figures are generated.</li>
3909               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3910                 first time.</li>
3911               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3912                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3913               <li>User defined group colours properly recovered
3914                 from Jalview projects.</li>
3915             </ul>
3916           </li>
3917         </ul>
3918       </td>
3919
3920     </tr>
3921     <tr>
3922       <td>
3923         <div align="center">
3924           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3925         </div>
3926       </td>
3927       <td>
3928         <ul>
3929           <li>Experimental support for google analytics usage
3930             tracking.</li>
3931           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3932         </ul>
3933       </td>
3934       <td>
3935         <ul>
3936           <li>Race condition in applet preventing startup in
3937             jre1.6.0u12+.</li>
3938           <li>Exception when feature created from selection beyond
3939             length of sequence.</li>
3940           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3941           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3942             all sequences with a given id</li>
3943           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3944             ID string searches</li>
3945           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3946             alignment to fail with exception</li>
3947         </ul> <em>Application Issues</em>
3948         <ul>
3949           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3950           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3951             data sources</li>
3952         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3953         <ul>
3954           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3955             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3956           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3957             version (java class versioning error fixed)</li>
3958         </ul>
3959       </td>
3960     </tr>
3961     <tr>
3962       <td>
3963
3964         <div align="center">
3965           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3966         </div>
3967       </td>
3968       <td><em>User Interface</em>
3969         <ul>
3970           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3971             translation and protein products</li>
3972           <li>Linked highlighting of structure associated with
3973             residue mapping to codon position</li>
3974           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3975             and 'clear' button</li>
3976           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3977             Tools menu</li>
3978           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3979             numeric data in description line</li>
3980           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3981           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3982             of sequence</li>
3983         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3984         <ul>
3985           <li>JPred3 web service</li>
3986           <li>Prototype sequence search client (no public services
3987             available yet)</li>
3988           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3989             PFAM</li>
3990           <li>URL Links created for matching database cross
3991             references as well as sequence ID</li>
3992           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3993         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3994         <ul>
3995           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3996             databases</li>
3997           <li>Generalised database reference retrieval and
3998             validation to all fetchable databases</li>
3999           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4000             sequence command</li>
4001         </ul> <em>Import and Export</em>
4002         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4003         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4004           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4005         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4006           File</li>
4007         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4008           triplet as name of colourscheme</li>
4009         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4010         <ul>
4011           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4012           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4013             alignments (experimental)</li>
4014           <li>Create new or select existing session to join</li>
4015           <li>load and save of vamsas documents</li>
4016         </ul> <em>Application command line</em>
4017         <ul>
4018           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4019             from applet)</li>
4020           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4021             of DAS servers to query for alignment features</li>
4022           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4023             that are also automatically queried for features</li>
4024           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4025             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4026         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4027         <ul>
4028           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4029             application (when using &quot;View in full
4030             application&quot;)</li>
4031         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4032         <ul>
4033           <li>feature group display control parameter</li>
4034           <li>debug parameter</li>
4035           <li>showbutton parameter</li>
4036         </ul> <em>Applet API methods</em>
4037         <ul>
4038           <li>newView public method</li>
4039           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4040           <li>Feature display control methods</li>
4041           <li>get list of currently selected sequences</li>
4042         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4043         <ul>
4044           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4045           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4046             Jalview release.</li>
4047           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4048             property controls execution of obfuscator</li>
4049           <li>Build target for generating source distribution</li>
4050           <li>Debug flag for javacc</li>
4051           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4052             jalview.bin.Cache</li>
4053           <li>Continuous Build Integration for stable and
4054             development version of Application, Applet and source
4055             distribution</li>
4056         </ul></td>
4057       <td>
4058         <ul>
4059           <li>selected region output includes visible annotations
4060             (for certain formats)</li>
4061           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4062             for editing</li>
4063           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4064           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4065           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4066           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4067             comments</li>
4068           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4069             filenames containing a ':'</li>
4070           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4071             global sequence features</li>
4072           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4073             references from alignment sequences goes to zero</li>
4074           <li>Close of tree branch colour box without colour
4075             selection causes cascading exceptions</li>
4076           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4077           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4078             file parsing fails.</li>
4079           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4080           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4081             not a valid output format</li>
4082           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4083             vamsas</li>
4084           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4085           <li>error messages passed up and output when data read
4086             fails</li>
4087           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4088             sequence is edited</li>
4089           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4090             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4091           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4092             filetype</li>
4093           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4094             import fixed for PFAM records</li>
4095           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4096             window list</li>
4097           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4098             can be read and written correctly to annotation file</li>
4099           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4100             correctly</li>
4101           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4102             non-italic font for representatives in Applet</li>
4103           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4104             Macs.</li>
4105           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4106             Applet)</li>
4107           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4108             due to null pointer exceptions</li>
4109           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4110             first column of alignment</li>
4111           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4112             July 2008</li>
4113           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4114             file is case-insensitive</li>
4115           <li>Sequence features read from Features file appended to
4116             all sequences with matching IDs</li>
4117           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4118             containing a sub-sequence</li>
4119           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4120           <li>feature and annotation file applet parameters
4121             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4122           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4123           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4124             splash-screen version check to complete</li>
4125           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4126             when passing them to the launchApp service</li>
4127           <li>display name and local features preserved in results
4128             retrieved from web service</li>
4129           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4130             sequence fetcher initialisation</li>
4131           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4132             dasobert DAS client</li>
4133           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4134             association</li>
4135           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4136             sequences
4137           </li>
4138         </ul>
4139       </td>
4140     </tr>
4141     <tr>
4142       <td>
4143         <div align="center">
4144           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4145         </div>
4146       </td>
4147       <td>
4148         <ul>
4149           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4150           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4151           <li>Slide sequences</li>
4152           <li>Edit sequence in place</li>
4153           <li>EMBL CDS features</li>
4154           <li>DAS Feature mapping</li>
4155           <li>Feature ordering</li>
4156           <li>Alignment Properties</li>
4157           <li>Annotation Scores</li>
4158           <li>Sort by scores</li>
4159           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4160         </ul>
4161       </td>
4162       <td>
4163         <ul>
4164           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4165           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4166           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4167           <li>Feature group display state in XML</li>
4168           <li>Feature ordering in XML</li>
4169           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4170           <li>Stockholm alignment properties</li>
4171           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4172           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4173           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4174           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4175         </ul>
4176       </td>
4177
4178     </tr>
4179     <tr>
4180       <td>
4181         <div align="center">
4182           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4183         </div>
4184       </td>
4185       <td>
4186         <ul>
4187           <li>Non standard characters can be read and displayed
4188           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4189             applet via textbox
4190           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4191             name &amp; description
4192           <li>Preference setting to display sequence name in
4193             italics
4194           <li>Annotation file format extended to allow
4195             Sequence_groups to be defined
4196           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4197             specified in preferences
4198           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4199             sequences
4200         </ul>
4201       </td>
4202       <td>
4203         <ul>
4204           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4205             installed
4206           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4207           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4208         </ul>
4209       </td>
4210     </tr>
4211     <tr>
4212       <td>
4213         <div align="center">
4214           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4215         </div>
4216       </td>
4217       <td>
4218         <ul>
4219           <li>Multiple views on alignment
4220           <li>Sequence feature editing
4221           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4222           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4223           <li>Background dependent text colour
4224           <li>Right align sequence ids
4225           <li>User-defined lower case residue colours
4226           <li>Format Menu
4227           <li>Select Menu
4228           <li>Menu item accelerator keys
4229           <li>Control-V pastes to current alignment
4230           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4231           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4232           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4233
4234           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4235         </ul>
4236       </td>
4237       <td>
4238         <ul>
4239           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4240           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4241             calculations
4242           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4243             edits
4244           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4245             of alignment)
4246           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4247
4248           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4249             display correctly
4250           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4251           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4252             analysis results
4253           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4254             &#8739;
4255           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4256           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4257           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4258
4259         </ul>
4260       </td>
4261     </tr>
4262     <tr>
4263       <td>
4264         <div align="center">
4265           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4266         </div>
4267       </td>
4268       <td>
4269         <ul>
4270           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4271         </ul>
4272       </td>
4273       <td>
4274         <ul>
4275           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4276             sequence id panel has been resized</li>
4277           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4278             rendered</li>
4279           <li>Annotation files with sequence references - all
4280             elements in file are relative to sequence position</li>
4281           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4282         </ul>
4283       </td>
4284     </tr>
4285     <tr>
4286       <td>
4287         <div align="center">
4288           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4289         </div>
4290       </td>
4291       <td>
4292         <ul>
4293           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4294           <li>DAS Feature fetching</li>
4295           <li>Hide sequences and columns</li>
4296           <li>Export Annotations and Features</li>
4297           <li>GFF file reading / writing</li>
4298           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4299             files</li>
4300           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4301           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4302           <li>Applet can launch the full application</li>
4303           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4304             required)</li>
4305           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4306           <li>Applet can load sequences from parameter
4307             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4308           </li>
4309         </ul>
4310       </td>
4311       <td>
4312         <ul>
4313           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4314           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4315           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4316         </ul>
4317       </td>
4318     </tr>
4319     <tr>
4320       <td>
4321         <div align="center">
4322           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4323         </div>
4324       </td>
4325       <td>
4326         <ul>
4327           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4328           <li>Choose to match case when searching</li>
4329           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4330             expand the visible width and height of the alignment</li>
4331         </ul>
4332       </td>
4333       <td>
4334         <ul>
4335           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4336         </ul>
4337       </td>
4338     </tr>
4339     <tr>
4340       <td>
4341         <div align="center">
4342           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4343         </div>
4344       </td>
4345       <td>&nbsp;</td>
4346       <td>
4347         <ul>
4348           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4349           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4350             value</li>
4351         </ul>
4352       </td>
4353     </tr>
4354     <tr>
4355       <td>
4356         <div align="center">
4357           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4358         </div>
4359       </td>
4360       <td>
4361         <ul>
4362           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4363           <li>Keyboard editing</li>
4364           <li>Create sequence features from searches</li>
4365           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4366             alignments</li>
4367           <li>Features file allows grouping of features</li>
4368           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4369           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4370           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4371         </ul>
4372       </td>
4373       <td>
4374         <ul>
4375           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4376           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4377             descriptions saved.</li>
4378         </ul>
4379       </td>
4380     </tr>
4381     <tr>
4382       <td>
4383         <div align="center">
4384           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4385         </div>
4386       </td>
4387       <td>
4388         <ul>
4389           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4390           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4391           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4392             name for file output</li>
4393           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4394           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4395             used for HTML form input</li>
4396         </ul>
4397       </td>
4398       <td>
4399         <ul>
4400           <li>HTML output writes groups and features</li>
4401           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4402           <li>File IO bugs</li>
4403         </ul>
4404       </td>
4405     </tr>
4406     <tr>
4407       <td>
4408         <div align="center">
4409           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4410         </div>
4411       </td>
4412       <td>
4413         <ul>
4414           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4415           <li>More options for PCA viewer</li>
4416         </ul>
4417       </td>
4418       <td>
4419         <ul>
4420           <li>GUI bugs resolved</li>
4421           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4422         </ul>
4423       </td>
4424     </tr>
4425     <tr>
4426       <td height="63">
4427         <div align="center">
4428           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4429         </div>
4430       </td>
4431       <td>
4432         <ul>
4433           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4434           <li>Jar files are executable</li>
4435           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4436         </ul>
4437       </td>
4438       <td>
4439         <ul>
4440           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4441           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4442           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4443         </ul>
4444       </td>
4445     </tr>
4446     <tr>
4447       <td>
4448         <div align="center">
4449           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4450         </div>
4451       </td>
4452       <td>
4453         <ul>
4454           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4455         </ul>
4456       </td>
4457       <td>
4458         <ul>
4459           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4460         </ul>
4461       </td>
4462     </tr>
4463     <tr>
4464       <td>
4465         <div align="center">
4466           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4467         </div>
4468       </td>
4469       <td>
4470         <ul>
4471           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4472             size</li>
4473         </ul>
4474       </td>
4475       <td>
4476         <ul>
4477           <li>Improved JPred client reliability</li>
4478           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4479         </ul>
4480       </td>
4481     </tr>
4482     <tr>
4483       <td>
4484         <div align="center">
4485           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4486         </div>
4487       </td>
4488       <td>
4489         <ul>
4490           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4491           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4492           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4493             to Colour Menu</li>
4494           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4495           <li>Unix users can set default web browser</li>
4496           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4497           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4498         </ul>
4499       </td>
4500       <td>
4501         <ul>
4502           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4503         </ul>
4504       </td>
4505     </tr>
4506     <tr>
4507       <td>
4508         <div align="center">
4509           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4510         </div>
4511       </td>
4512       <td>&nbsp;</td>
4513       <td>
4514         <ul>
4515           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4516             alignment order.</li>
4517         </ul>
4518       </td>
4519     </tr>
4520     <tr>
4521       <td>
4522         <div align="center">
4523           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4524         </div>
4525       </td>
4526       <td>
4527         <ul>
4528           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4529           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4530           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4531             annotations.</li>
4532           <li>Version and build date written to build properties
4533             file.</li>
4534           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4535             at launch of Jalview.</li>
4536         </ul>
4537       </td>
4538       <td>
4539         <ul>
4540           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4541           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4542           <li>Can remove groups one by one.</li>
4543           <li>Filechooser icons installed.</li>
4544           <li>Finder ignores return character when searching.
4545             Return key will initiate a search.<br>
4546           </li>
4547         </ul>
4548       </td>
4549     </tr>
4550     <tr>
4551       <td>
4552         <div align="center">
4553           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4554         </div>
4555       </td>
4556       <td>
4557         <ul>
4558           <li>New codebase</li>
4559         </ul>
4560       </td>
4561       <td>&nbsp;</td>
4562     </tr>
4563   </table>
4564   <p>&nbsp;</p>
4565 </body>
4566 </html>