help/html/features/ensemblsequencefetcher.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Fetching ENSEMBL Data in Jalview</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26
  27   <strong>Fetching ENSEMBL Data in Jalview</strong>
  28   <br /> Jalview Version 2.10 (October 2016) introduced support to
  29   retrieve annotated transcripts, peptides and genomic contigs from
  30   <a href="http://www.ensembl.org">ENSEMBL</a>.
  31   <br />
  32   <img src="selectfetchdb.gif" align="left" width="480" height="204"
  33     alt="Database selection dialog for fetching sequences (introduced in Jalview 2.8)">
  34
  35   <p>
  36     Two types of ENSEMBL source are provided. ENSEMBL queries the main
  37     ENSEMBL warehouse containing data for higher eukaryotes, and
  38     EnsemblGenomes, which queries Ensembl Pathogens, and other
  39     warehouses.<br />
  40     <em>Ensembl support is new in Jalview, and we expect to merge
  41       these sources in a future release.</em>
  42   </p>
  43   <p>
  44     <strong>General Use</strong><br /> If you have a set of Ensembl gene
  45     or transcript IDs, then you can retrieve them <em>via</em> the
  46     sequence fetcher dialog opened after selecting the most appropriate
  47     source (either 'ENSEMBL', or Ensembl Genomes). However, Jalview's
  48     Ensembl client has a couple of additional capabilities:
  49   </p>
  50   <p>
  51     <strong>Retrieving aligned transcripts for a genomic ID</strong>
  52   </p>
  53   <p>If a single genomic identifier is entered in the Ensembl
  54     fetcher, Jalview will return all transcripts and products for the
  55     locus, and display them in a split view - complete with sequence
  56     variant annotation.</p>
  57   <p>
  58     <strong>Retrieving orthologs for a gene ID</strong>
  59   </p>
  60   <p>
  61     If a gene ID is entered (e.g. fox1), Jalview will resolve Ensembl
  62     genomic identifiers for a predefined set of taxa (Mouse, Rat, Human,
  63     Yeast in Jalview 2.10).<br />
  64   </p>
  65   <p>
  66     <strong><a name="ensemblannotation">Ensembl Sequence
  67         Features</a></strong><br /> Jalview 2.10 includes support for the
  68     visualisation and transfer genomic and transcriptomic sequence
  69     features onto protein product sequences. Retrieval of a genomic
  70     locus results in a set of transcripts that are annotated with
  71     nucleotide variant information and exonic regions. By default,
  72     intronic regions will be hidden.
  73   </p>
  74   <p>
  75     <strong><a name="variantvis">Variant information on
  76         Protein Products</a></strong><br />Jalview can translate genomic variant
  77     annotation into protein sequence variant codes for variants
  78     intersecting coding regions of a gene. To see this in action, use
  79     the <strong>Calculate&#8594;Show cross-references</strong> menu to
  80     view protein product sequences for the currently displayed (or
  81     selected) sequences. The same menu allows you to recover Ensembl
  82     exon, transcript and variant information when viewing UniProt
  83     sequences.
  84   </p>
  85   <p>
  86     <strong>Viewing more information about variant annotation</strong><br />
  87     Variants are highlighted as red sequence features on the protein
  88     sequence, with each one reporting all protein sequence variants
  89     observed at that position as a result of the genomic variants.
  90     Right-clicking a variant allows you to open the Ensembl Variants web
  91     page for each variant, via the <strong>Link</strong> submenu.
  92   </p>
  93   <p>
  94     <strong>Work in Progress !</strong><br />In the next few releases,
  95     we hope to improve and extend Jalview's support for working with
  96     Ensembl. If you have any problems, questions or suggestions then
  97     please get in contact with us via the Jalview discussion list.
  98   </p>
  99 </body>
 100 </html>