help/html/features/seqfetch.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence Fetcher</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Sequence Fetcher</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview can retrieve sequences from certain databases using either
  31     the DBFetch service provided by the EMBL European Bioinformatics
  32     Institute, or, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em>
  33     command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).
  34   </p>
  35   <p>The Sequence Fetcher can be opened via the
  36     &quot;File&quot; menu on the main desktop in order to retrieve
  37     sequences as a new alignment, or opened via the &quot;File&quot;
  38     menu of an existing alignment to import additional sequences. There
  39     may be a short delay when the sequence fetcher is first opened,
  40     whilst Jalview compiles the list of available sequence datasources
  41     from the currently defined DAS server registry.</p>
  42   <p>
  43     Every time a new fetcher is opened, you will need to <strong>select the database you want to retrieve
  44       sequences</strong> from the database chooser.
  45   </p>
  46   <img src="selectfetchdb.gif" align="left" width="480" height="204"
  47     alt="Database selection dialog for fetching sequences (introduced in Jalview 2.8)"
  48   >
  49   <p>The databases are shown as a tree, and ordered alphabetically;
  50     tooltips are shown if you mouse over some sources, explaining what
  51     the database will retrieve. You can select one by using the up/down
  52     arrow keys and hitting return, or by double clicking with the mouse.
  53     <br/><em>If you have DAS sources enabled, then you may have several sources
  54     for the same type of sequence identifier, and these will be grouped
  55     together in a sub-branch branch labeled with the identifier.</em></p>
  56   <p>Once you have selected a sequence database, its fetcher dialog
  57     will open. Jalview provides two types of dialog:</p>
  58     <ol><li><strong>The Free-text Search Interface</strong>
  59
  60   <br/>Free-text search clients are provided for PDB (Since 2.9), and
  61     UniProt (Since 2.10). They provide access to each database's own
  62     query system, enabling you to retrieve data by accession, free text
  63     description, or any other type of supported field. For full details,
  64     see each client's help page:
  65   <ul>
  66     <li><a href="pdbsequencefetcher.html">PDB Sequence Fetcher</a></li>
  67     <li><a href="uniprotsequencefetcher.html">UniProt Sequence
  68         Fetcher</a></li>
  69   </ul>
  70   </li>
  71   <li><strong>Accession based sequence retrieval</strong>
  72   <br/>
  73
  74   <img src="seqfetcher.gif" align="center"
  75     alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box"><br/>
  76   To retrieve sequences, simply <strong>enter one or more accession ids</strong> (as a semi-colon
  77   separated list), or press the &quot;Example&quot; button to paste the
  78   example accession for the currently selected database into the
  79   retrieval box. Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the
  80   retrieval.
  81   </li>
  82   </ol>
  83   <p>
  84     <strong>Only retrieving part of a sequence</strong>
  85   </p>
  86   <p>
  87     When using DAS sources (indicated by a &quot;<em>(DAS)</em>&quot;),
  88     you can append a range in addition to a sequence ID. For example, to
  89     retrieve 50 residues starting at position 35 in UNIPROT sequence
  90     P73137 using the UNIPROT DAS server, you would enter
  91     &quot;'P73137:35,84'.<br /> <em>Full support for DAS range
  92       queries was introduced in Jalview 2.8</em>
  93   </p>
  94
  95   <p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL,
  96     UniProt, PFAM, and RFAM) in work for publication, please cite:</p>
  97   <p>
  98     Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate
  99     J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez
 100     R. <br> SOAP-based services provided by the European
 101     Bioinformatics Institute.<br> Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28
 102     (2005) <br> <br>
 103   </p>
 104 </body>
 105 </html>