help/html/features/uniprotqueryfields.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>UniProtKB query fields</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>UniProtKB query fields</strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     Supported query fields for searching specific data in UniProtKB (see
  32     also <a href="uniprotsequencefetcher.html#text-search">query
  33       syntax</a>).
  34   </p>
  35
  36   <table  border="1" width="95%">
  37   <tr>
  38     <th>Field</th>
  39     <th>Example</th>
  40     <th>Description</th>
  41   </tr>
  42   <tr>
  43     <td>accession</td>
  44     <td>
  45       <code>accession:P62988</code>
  46     </td>
  47     <td>
  48         Lists all entries with the primary or secondary
  49         accession number P62988.
  50     </td>
  51   </tr>
  52   <tr>
  53     <td>active</td>
  54     <td>
  55       <code>active:no </code>
  56     </td>
  57     <td>
  58         Lists all obsolete entries.
  59     </td>
  60   </tr>
  61   <tr>
  62     <td>annotation</td>
  63     <td>
  64       <code>
  65         annotation:(type:non-positional)
  66         <br />
  67         annotation:(type:positional)
  68         <br />
  69         annotation:(type:mod_res "Pyrrolidone carboxylic acid" evidence:experimental)
  70       </code>
  71     </td>
  72     <td>
  73       Lists all entries with:
  74       <ul>
  75         <li>any general annotation (comments [CC])</li>
  76         <li>any sequence annotation (features [FT])</li>
  77         <li>at least one amino acid modified with a Pyrrolidone carboxylic acid group</li>
  78       </ul>
  79     </td>
  80   </tr>
  81   <tr>
  82     <td>author</td>
  83     <td>
  84       <code>
  85         author:ashburner
  86       </code>
  87     </td>
  88     <td>
  89         Lists all entries with at least one reference co-authored by Michael Ashburner.
  90     </td>
  91   </tr>
  92   <tr>
  93     <td>cdantigen</td>
  94     <td>
  95       <code>
  96         cdantigen:CD233
  97       </code>
  98     </td>
  99     <td>
 100         Lists all entries whose cluster of differentiation number is CD233.
 101     </td>
 102   </tr>
 103   <tr>
 104     <td>citation</td>
 105     <td>
 106       <code>
 107         citation:("intracellular structural proteins")
 108         <br />
 109         citation:(author:ashburner journal:nature)
 110         citation:9169874
 111       </code>
 112     </td>
 113     <td>
 114       Lists all entries with a literature citation:
 115       <ul>
 116         <li>containing the phrase "intracellular structural proteins" in either title or abstract</li>
 117         <li>co-authored by Michael Ashburner and published in Nature</li>
 118         <li>with the PubMed identifier 9169874</li>
 119       </ul>
 120     </td>
 121   </tr>
 122   <tr>
 123     <td>cluster</td>
 124     <td>
 125       <code>
 126         cluster:UniRef90_A5YMT3
 127       </code>
 128     </td>
 129     <td>
 130         Lists all entries in the UniRef 90% identity cluster whose
 131         representative sequence is UniProtKB entry A5YMT3.
 132     </td>
 133   </tr>
 134   <tr>
 135         <td>count</td>
 136         <td>
 137                 <code>
 138                         annotation:(type:transmem count:5)<br />
 139                         annotation:(type:transmem count:[5 TO *])<br />
 140                         annotation:(type:cofactor count:[3 TO *])
 141                 </code>
 142         </td>
 143         <td>Lists all entries with:
 144                 <ul>
 145                         <li>exactly 5 transmembrane regions</li>
 146                         <li>5 or more transmembrane regions</li>
 147                         <li>3 or more Cofactor comments</li>
 148                 </ul>
 149         </td>
 150   </tr>
 151   <tr>
 152     <td>created</td>
 153     <td>
 154       <code>
 155         created:[20121001 TO *]<br />
 156         reviewed:yes AND created:[current TO *]
 157       </code>
 158     </td>
 159     <td>
 160         Lists all entries created since October 1st 2012.<br />
 161         Lists all new UniProtKB/Swiss-Prot entries in the last release.
 162     </td>
 163   </tr>
 164   <tr>
 165     <td>database</td>
 166     <td>
 167       <code>
 168         database:(type:pfam)
 169         <br />
 170         database:(type:pdb 1aut)
 171       </code>
 172     </td>
 173     <td>
 174       Lists all entries with:
 175       <ul>
 176         <li>a cross-reference to the Pfam database</li>
 177         <li>a cross-reference to the PDB database entry 1aut</li>
 178       </ul>
 179
 180     </td>
 181   </tr>
 182   <tr>
 183     <td>domain</td>
 184     <td>
 185       <code>
 186         domain:VWFA
 187       </code>
 188     </td>
 189     <td>
 190         Lists all entries with a Von Willebrand factor type A domain described
 191         in the 'Family and Domains' section.
 192     </td>
 193   </tr>
 194   <tr>
 195     <td>ec</td>
 196     <td>
 197       <code>
 198         ec:3.2.1.23
 199       </code>
 200     </td>
 201     <td>
 202         Lists all beta-galactosidases.
 203     </td>
 204   </tr>
 205   <tr>
 206         <td>evidence</td>
 207         <td>
 208                 <code>
 209                         annotation:(type:signal evidence:ECO_0000269)<br />
 210                         (type:mod_res phosphoserine evidence:ECO_0000269)<br />
 211                         annotation:(type:function AND evidence:ECO_0000255)
 212                 </code>
 213         </td>
 214         <td>Lists all entries with:
 215                 <ul>
 216                         <li>a signal sequence whose positions have been experimentally proven</li>
 217                         <li>experimentally proven phosphoserine sites</li>
 218                         <li>a function manually asserted according to rules</li>
 219                 </ul>
 220         </td>
 221   </tr>
 222   <tr>
 223     <td>family</td>
 224     <td>
 225       <code>
 226         family:serpin
 227       </code>
 228     </td>
 229     <td>
 230         Lists all entries belonging to the Serpin family of proteins.
 231     </td>
 232   </tr>
 233   <tr>
 234     <td>fragment</td>
 235     <td>
 236       <code>
 237         fragment:yes
 238       </code>
 239     </td>
 240     <td>
 241         Lists all entries with an incomplete sequence.
 242     </td>
 243   </tr>
 244
 245   <tr>
 246     <td>gene</td>
 247     <td>
 248       <code>
 249         gene:HSPC233
 250       </code>
 251     </td>
 252     <td>
 253         Lists all entries for proteins encoded by gene HSPC233.
 254     </td>
 255   </tr>
 256   <tr>
 257     <td>go</td>
 258     <td>
 259       <code>
 260         go:cytoskeleton
 261         <br />
 262         go:0015629
 263       </code>
 264     </td>
 265     <td>
 266       Lists all entries associated with:
 267       <ul>
 268         <li>a GO term containing the word "cytoskeleton"</li>
 269         <li>the GO term Actin cytoskeleton and any subclasses</li>
 270       </ul>
 271     </td>
 272   </tr>
 273   <tr>
 274     <td>host</td>
 275     <td>
 276       <code>
 277         host:mouse
 278         <br />
 279         host:10090
 280         <br />
 281         host:40674
 282       </code>
 283     </td>
 284     <td>
 285       Lists all entries for viruses infecting:
 286       <ul>
 287         <li>organisms with a name containing the word "mouse"</li>
 288         <li>Mus musculus (Mouse)</li>
 289         <li>all mammals (all taxa classified under the taxonomy node for Mammalia)</li>
 290       </ul>
 291     </td>
 292   </tr>
 293   <tr>
 294     <td>id</td>
 295     <td>
 296       <code>id:P00750</code>
 297     </td>
 298     <td>
 299         Returns the entry with the primary
 300         accession number P00750.
 301     </td>
 302   </tr>
 303   <tr>
 304     <td>inn</td>
 305     <td>
 306       <code>
 307         inn:Anakinra
 308       </code>
 309     </td>
 310     <td>
 311         Lists all entries whose "International Nonproprietary Name" is Anakinra.
 312     </td>
 313   </tr>
 314   <tr>
 315     <td>interactor</td>
 316     <td>
 317       <code>
 318         interactor:P00520
 319       </code>
 320     </td>
 321     <td>
 322         Lists all entries describing interactions with the protein described by
 323         entry P00520.
 324     </td>
 325   </tr>
 326   <tr>
 327     <td>keyword</td>
 328     <td>
 329       <code>
 330         keyword:toxin
 331       </code>
 332     </td>
 333     <td>
 334         Lists all entries associated with the keyword Toxin.
 335     </td>
 336   </tr>
 337   <tr>
 338     <td>length</td>
 339     <td>
 340       <code>
 341         length:[500 TO 700]
 342       </code>
 343     </td>
 344     <td>
 345         Lists all entries describing sequences of length between 500 and 700 residues.
 346     </td>
 347   </tr>
 348   <tr>
 349     <td>lineage</td>
 350     <td />
 351     <td>
 352       This field is a synonym for the field <code>taxonomy</code>.
 353     </td>
 354   </tr>
 355   <tr>
 356     <td>mass</td>
 357     <td>
 358       <code>
 359         mass:[500000 TO *]
 360       </code>
 361     </td>
 362     <td>
 363         Lists all entries describing sequences with a mass of at least 500,000 Da.
 364     </td>
 365   </tr>
 366   <tr>
 367     <td>method</td>
 368     <td>
 369       <code>
 370         method:maldi
 371         <br />
 372         method:xray
 373       </code>
 374     </td>
 375     <td>
 376         Lists all entries for proteins identified by: matrix-assisted laser
 377         desorption/ionization (MALDI), crystallography (X-Ray). The
 378         <code>method</code> field searches names of physico-chemical
 379         identification methods in the 'Biophysicochemical properties' subsection of the 'Function' section, the 'Publications' and
 380         'Cross-references' sections.
 381     </td>
 382   </tr>
 383   <tr>
 384     <td>mnemonic</td>
 385     <td>
 386       <code>
 387         mnemonic:ATP6_HUMAN
 388       </code>
 389     </td>
 390     <td>
 391         Lists all entries with entry name (ID) ATP6_HUMAN. Searches also
 392         obsolete entry names.
 393     </td>
 394   </tr>
 395   <tr>
 396     <td>modified</td>
 397     <td>
 398       <code>
 399         modified:[20120101 TO 20120301]<br />
 400         reviewed:yes AND modified:[current TO *]
 401       </code>
 402     </td>
 403     <td>
 404         Lists all entries that were last modified between January and March 2012.<br />
 405         Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries modified in the last release.
 406     </td>
 407   </tr>
 408   <tr>
 409     <td>name</td>
 410     <td>
 411       <code>
 412         name:"prion protein"
 413       </code>
 414     </td>
 415     <td>
 416         Lists all entries for prion proteins.
 417     </td>
 418   </tr>
 419   <tr>
 420     <td>organelle</td>
 421     <td>
 422       <code>
 423         organelle:Mitochondrion
 424       </code>
 425     </td>
 426     <td>
 427         Lists all entries for proteins encoded by a gene of the mitochondrial
 428         chromosome.
 429     </td>
 430   </tr>
 431   <tr>
 432     <td>organism</td>
 433     <td>
 434       <code>
 435         organism:"Ovis aries"
 436         <br />
 437         organism:9940
 438         <br />
 439         organism:sheep
 440         <br />
 441       </code>
 442     </td>
 443     <td>
 444         Lists all entries for proteins expressed in sheep (first 2 examples) and
 445         organisms whose name contains the term "sheep".
 446     </td>
 447   </tr>
 448
 449   <tr>
 450     <td>plasmid</td>
 451     <td>
 452       <code>
 453         plasmid:ColE1
 454       </code>
 455     </td>
 456     <td>
 457         Lists all entries for proteins encoded by a gene of plasmid ColE1.
 458     </td>
 459   </tr>
 460   <tr>
 461     <td>proteome</td>
 462     <td>
 463       <code>
 464         proteome:UP000005640
 465       </code>
 466     </td>
 467     <td>
 468         Lists all entries from the human proteome.
 469     </td>
 470   </tr>
 471   <tr>
 472     <td>proteomecomponent</td>
 473     <td>
 474       <code>
 475         proteomecomponent:"chromosome 1" and organism:9606
 476       </code>
 477     </td>
 478     <td>
 479         Lists all entries from the human chromosome 1.
 480     </td>
 481   </tr>
 482   <tr>
 483     <td>replaces</td>
 484     <td>
 485       <code>
 486         replaces:P02023
 487       </code>
 488     </td>
 489     <td>
 490         Lists all entries that were created from a merge with entry P02023.
 491     </td>
 492   </tr>
 493   <tr>
 494     <td>reviewed</td>
 495     <td>
 496       <code>
 497         reviewed:yes
 498       </code>
 499     </td>
 500     <td>
 501         Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries.
 502     </td>
 503   </tr>
 504   <tr>
 505     <td>scope</td>
 506     <td>
 507       <code>
 508         scope:mutagenesis
 509       </code>
 510     </td>
 511     <td>
 512         Lists all entries containing a reference that was used to gather
 513         information about mutagenesis.
 514     </td>
 515   </tr>
 516   <tr>
 517     <td>sequence</td>
 518     <td>
 519       <code>
 520         sequence:P05067-9
 521       </code>
 522     </td>
 523     <td>
 524         Lists all entries containing a link to isoform 9 of the sequence
 525         described in entry P05067. Allows searching by specific sequence
 526         identifier.
 527     </td>
 528   </tr>
 529   <tr>
 530     <td>sequence_modified</td>
 531     <td>
 532       <code>
 533         sequence_modified:[20120101 TO 20120301]<br />
 534         reviewed:yes AND sequence_modified:[current TO *]
 535       </code>
 536     </td>
 537     <td>
 538         Lists all entries whose sequences were last modified between January and March 2012.<br />
 539         Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries whose sequences were modified in the last release.
 540     </td>
 541   </tr>
 542   <tr>
 543     <td>source</td>
 544     <td>
 545       <code>
 546         source:intact
 547       </code>
 548     </td>
 549     <td>
 550         Lists all entries containing a GO term whose annotation source is the
 551         IntAct database.
 552     </td>
 553   </tr>
 554   <tr>
 555     <td>strain</td>
 556     <td>
 557       <code>
 558         strain:wistar
 559       </code>
 560     </td>
 561     <td>
 562         Lists all entries containing a reference relevant to strain wistar.
 563     </td>
 564   </tr>
 565   <tr>
 566     <td>taxonomy</td>
 567     <td>
 568       <code>
 569         taxonomy:40674
 570       </code>
 571     </td>
 572     <td>
 573         Lists all entries for proteins expressed in Mammals. This field is used to retrieve
 574         entries for all organisms classified below a given taxonomic node taxonomy classification).
 575     </td>
 576   </tr>
 577   <tr>
 578     <td>tissue</td>
 579     <td>
 580       <code>
 581         tissue:liver
 582       </code>
 583     </td>
 584     <td>
 585         Lists all entries containing a reference describing the protein sequence
 586         obtained from a clone isolated from liver.
 587     </td>
 588   </tr>
 589   <tr>
 590     <td>web</td>
 591     <td>
 592       <code>
 593         web:wikipedia
 594       </code>
 595     </td>
 596     <td>
 597         Lists all entries for proteins that are described in Wikipedia.
 598     </td>
 599   </tr>
 600 </table>
 601
 602 </body>
 603 </html>