help/html/features/viewingpdbs.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 --!>
  19 <head><title>PDB Viewing</title></head>
  20 <body>
  21 <p><strong>Viewing PDB Structures</strong></p>
  22 <p>Jalview can view protein structures associated with a sequence via the <strong>&quot;Structure&#8594;View
  23   PDB entry:&quot;</strong> entries from a sequence's <a
  24   href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>. This will open an
  25   interactive display of the structure in a new window, or prompt you
  26   to associate the sequence with an existing view of the selected
  27   structure. See the <a href="jmol.html">Jmol PDB viewer</a> help page
  28   for more information about the display.
  29 </p>
  30 <p>To associate PDB files with a sequence, right click on a sequence ID and select
  31   &quot;Structure<strong>&#8594;</strong> Associate Structure with Sequence&quot;,
  32   and one of the submenus:</p>
  33 <ul>
  34   <li>From File - You can load a PDB file from the local machine or network and
  35     associate it with the selected sequence. PDB files associated in this way
  36     will also be saved in the <a href="jalarchive.html">Jalview Archive file</a>. <br>
  37   </li>
  38   <li>Enter PDB Id - Jalview will use WSDBFetch, provided by the EBI, to fetch
  39     the PDB file with the entered Id.<br>
  40   </li>
  41   <li>Discover PDB Ids - Jalview uses WSDBFetch, provided by the EBI, to discover
  42     PDB ids for all the sequences in the alignment which have valid Uniprot names
  43     / accession ids. </li>
  44 </ul>
  45 <p><strong>Importing PDB Entries or files in PDB format</strong><br>
  46 You can retrieve sequences from the PDB using the <a
  47   href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>. Any sequences retrieved with this
  48   service are automatically associated with their source database entry. For PDB
  49   sequences, simply select PDB as the database and enter your known PDB id (appended
  50   with ':' and a chain code, if desired).
  51 <br>Jalview will also read PDB files directly. Simply load in the file
  52 as you would an alignment file. The sequences of any peptide chains
  53 will be extracted from the file and viewed in the alignment window.
  54 <br><em>Note for jalview applet users: due to the applet security
  55 constraints, PDB Files can currently only be imported by cut and paste
  56 of the PDB file text into the text box opened by the 'From File' entry
  57 of the structure menu.</p>
  58 <p><strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
  59 Sequences which have PDB entry or PDB file associations are annotated
  60 with sequence features from a group named with the associated PDB
  61 accession number or file name. Each feature gives the corresponding
  62 PDB Residue Number for each mapped residue in the seuqence. The
  63 display of these features is controlled through the
  64 <strong>&quot;View&#8594;Sequence Features&quot;</strong> menu item
  65 and the <a href="featuresettings.html">Feature Settings dialog
  66 box</a>.</p>
  67 </body>
  68 </html>