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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Input/Output</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Input</strong>
  28   </p>
  29   <p>Jalview can read alignment files in any of the following
  30     standard formats:</p>
  31   <p>
  32     <em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  33       NBRF/PIR (including MODELLER variant), Pfam/Stockholm</em>
  34   </p>
  35   <p>
  36     Additionally, whole sets of coloured and annotated alignments and
  37     trees can be read from a <a href="../features/jalarchive.html">Jalview
  38       (jar) format</a> file using <strong>Desktop&#8594;Load
  39       Project</strong>.
  40   </p>
  41   <p>
  42     Press &quot;Control O&quot; to open a file browser, or use the <strong>Desktop&#8594;Input
  43       Alignment</strong> menu to read in alignments from:
  44   </p>
  45   <ul>
  46     <li><strong>From File</strong>: the local file system</li>
  47     <li><strong>From URL</strong>: the web (please use the full
  48       url)</li>
  49     <li><strong>from Textbox</strong>: a copy and paste into the
  50       &quot;Cut &amp; Paste&quot; text window</li>
  51   </ul>
  52   <p>
  53     Jalview will try to recognise the file type automatically (using
  54     some special <a href="fileformats.html">features</a>). If a file is
  55     of an unknown format or there is any other error reading the
  56     alignment file then you will be given an error message. If you think
  57     Jalview really should be able to read your file, then send an email
  58     containing the problem file to help@jalview.org.
  59   </p>
  60   <p>
  61     Jalview can also read Jalview specific files for <a
  62       href="../features/featuresFormat.html"
  63     >sequence features</a> and <a
  64       href="../features/annotationsFormat.html"
  65     >alignment annotation</a>.
  66   </p>
  67   <p>
  68     <strong>Output</strong>
  69   </p>
  70   <p>
  71     Each alignment, whether it is the original or an edited version may
  72     be saved in the standard formats using <strong>File&#8594;Save
  73       As</strong>
  74   </p>
  75   <p>
  76     <em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  77       NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em>
  78   </p>
  79   Jalview will by default append the sequence start and end to each
  80   sequence name, in the format /start-end. If you do not want this
  81   behaviour for a particular file output, open the &quot;Output&quot;
  82   tab on the
  83   <a href="../features/preferences.html">Preferences</a> window where
  84   you can select which file formats you want to append the start and end
  85   sequence positions for. In the case of PIR format, the output tab also
  86   contains a switch for turning on the output of Modeller style
  87   structured description lines.
  88   <p>
  89     Quantitative and symbolic <a href="../features/annotation.html">alignment
  90       annotation</a> can be exported as a comma separated value file by
  91     right clicking on an annotation row under the alignment.
  92   </p>
  93   <p>
  94     You can also save the current set of alignments and their colours,
  95     annotations and trees in a Jalview archive file using <strong>Desktop&#8594;Save
  96       project</strong>.<br>The project data includes the state of any open
  97     structure viewers (Jmol, and <em>since Jalview 2.9</em> also Chimera
  98     and Varna).
  99   </p>
 100   <p>&nbsp;</p>
 101 </body>
 102 </html>