help/html/menus/popupMenu.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Popup Menu</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Popup Menu</strong><br> <em>This menu is visible when
  29       right clicking either within a selected region on the alignment or
  30       on a selected sequence name. It may not be accessible when in
  31       'Cursor Mode' (toggled with the F2 key).</em><br /> <em><strong>Mac Users:</strong> pressing CTRL whilst clicking
  32         the mouse/track pad is the same as a right-click. See your
  33         system's settings to configure your track-pad's corners to
  34         generate right-clicks.</em>
  35   </p>
  36   <ul>
  37     <li><strong>Selection</strong>
  38       <ul>
  39         <li><a name="sqreport"><strong>Sequence
  40               Details...<br>
  41           </strong></a><em>(Since Jalview 2.8)<br>Open an <a
  42             href="../io/exportseqreport.html"
  43           >HTML report containing the annotation and database cross
  44               references</a>&nbsp;normally shown in the sequence's tooltip.
  45         </em></li>
  46         <li><strong>Show Annotations...<br>
  47         </strong><em>Choose to show (unhide) either All or a selected type
  48             of annotation for the selected sequences. (Since Jalview
  49             2.8.2)</em></li>
  50         <li><strong>Hide Annotations...<br>
  51         </strong><em>Choose to hide either All or a selected type of
  52             annotation for the selected sequences. (Since Jalview 2.8.2)</em></li>
  53         <li><a name="addrefannot"><strong>Add
  54               Reference Annotations<br>
  55           </strong><em>Add to the alignment window any annotations on the
  56               selected sequences which have been read from reference
  57               sources or calculated (for example, secondary structure
  58               derived from 3D structure). (Since Jalview 2.8.2)</em></li>
  59         <li><strong>Edit </strong>
  60           <ul>
  61             <li><strong>Copy</strong><br> <em>Copies the
  62                 selected region. In the applet version, the copied
  63                 sequences are not available to the system clipboard.</em></li>
  64             <li><strong>Cut<br>
  65             </strong><em>Cuts the selected region from the alignment. In the
  66                 applet version, the copied sequences are not available
  67                 to the system clipboard.</em></li>
  68             <li><strong>Edit Sequence</strong><br> <em>Edit
  69                 the selected sequence(s) directly. Spaces will be
  70                 converted to the current gap character.</em></li>
  71             <li><strong>To Upper Case</strong><em><strong><br>
  72               </strong><em>Changes the case of selected region to lower
  73                   case.</em> </em></li>
  74             <li><strong>To Lower Case<br>
  75             </strong><em>Changes the case of selected region to upper case.</em><strong>
  76             </strong></li>
  77             <li><strong>Toggle Case</strong><br> <em>Switches
  78                 the case of all residues within the selected region.</em></li>
  79           </ul></li>
  80         <li><strong>Output to Textbox<br>
  81         </strong><em>The selection area will be output to a a text window in
  82             the selected alignment format. </em></li>
  83         <li><strong><a
  84             href="../features/creatinFeatures.html"
  85           >Create Sequence Feature...</a></strong><br> <em>Opens the
  86             dialog box for creating sequence features over the currently
  87             selected region on each selected sequence.</em></li>
  88         <li><strong>Create Group<br>
  89         </strong><em>This will define a new group from the current
  90             selection.</em><strong> </strong></li>
  91         <li><strong>Remove Group<br>
  92         </strong><em>This will undefine the selected group. </em><strong>
  93         </strong></li>
  94         <li><strong>Edit (New) Group</strong><br> <em>Group
  95             Editing Menu</em> <br />Options in this menu modify the name and
  96           display properties of the currently selected group, or a new
  97           group defined using the current selection.
  98           <ul>
  99             <li><strong>Name: &lt;Group&gt;</strong> or <strong>Edit
 100                 name and description</strong><br> <em>The first entry
 101                 in the menu displays the name for the currently selected
 102                 group, if it has one. Selecting this option opens a
 103                 window allowing the name and description for this group
 104                 to be edited. Click OK to set the new name and
 105                 decription, and cancel to leave the existing name and
 106                 description unchanged.</em></li>
 107             <li><strong>Group Colour<br>
 108             </strong><em>Sets the <a href="../colourSchemes/index.html">colour</a>
 109                 of the group.
 110             </em><strong> </strong></li>
 111             <li><strong>Boxes<br>
 112             </strong><em>If selected the background of a residue within the
 113                 selected group will be coloured according to the
 114                 assigned colour scheme.</em><strong> </strong></li>
 115             <li><strong>Text<br>
 116             </strong><em>If selected the selected group will display text. </em></li>
 117             <li><strong>Colour Text<br>
 118             </strong><em>If selected the selected group will display text in
 119                 a colour slightly darker than the background colour of
 120                 that residue.</em></li>
 121             <li><strong>Border Colour <br>
 122             </strong><em>Selecting this will display a &quot;Colour
 123                 Chooser&quot; window. Select a colour than press OK to
 124                 set the border colour of a group.</em></li>
 125             <li><strong>Show Unconserved<br>
 126             </strong><em>When this is selected, all symbols in the group
 127                 matching the consensus sequence at that column will be
 128                 rendered as a '.', highlighting mutations in the group
 129                 area. </em></li>
 130           </ul></li>
 131
 132       </ul></li>
 133     <li><strong>Sequence Id<br>
 134     </strong><em>This menu is only visible if you right-click on a sequence
 135         name. </em>
 136       <ul>
 137         <li><a name="sqreport"><strong>Sequence
 138               Details ...<br>
 139           </strong></a><em>(Since Jalview 2.8)<br>Open an <a
 140             href="../io/exportseqreport.html"
 141           >HTML report containing the annotation and database cross
 142               references</a> normally shown in the sequence's tooltip.
 143         </em></li>
 144         <li><strong>Edit Name/Description<br>
 145         </strong><em>You may edit the name and description of each sequence.
 146             A window will be displayed asking for a new sequence name
 147             and sequence description to be entered. Press OK to accept
 148             your edit. To save sequence descriptions, you must save in
 149             Fasta, PIR or Jalview File format.</em></li>
 150         <li><strong>Add <a href="../features/annotation.html#seqannots">Reference Annotations</a></strong><br>
 151               <em>When enabled, copies any available alignment
 152               annotation for this sequence to the current view.</em></li>
 153         <li><strong>Set as Reference</strong> or <strong>Unmark
 154             as Reference</strong><br /> Sets or unsets the reference sequence for
 155           the the alignment.</li>
 156
 157         <li><strong>Represent Group With (Sequence Id)</strong><br>
 158           <em>All sequences in the current selection group will be
 159             hidden, apart from (Sequence Id). Any edits performed on the
 160             visible representative sequence will be propagated to the
 161             hidden sequences. </em></li>
 162         <li><a name="sqid.popup"><strong>Link</strong><br>
 163             <em>This menu item lists all links which have been set
 164               up in the <a href="../features/preferences.html">Preferences</a>
 165               Connections tab.<br> Since Jalview 2.4, links will
 166               also be made for database cross references (where the
 167               database name exactly matches the link name set up in <a
 168               href="../features/preferences.html"
 169             >Preferences</a>). <br>Since Jalview 2.5, links are also
 170               shown for non-positional sequence features attached to the
 171               sequence, and any regular-expression based URL links that
 172               matched the description line.
 173           </em><strong><br> </strong></li>
 174       </ul></li>
 175     <li><strong>3D Structure Data...</strong> </strong><em>This menu is
 176         visible when you right-click on a sequence name. When this
 177         option is clicked, Jalview will open the <a
 178         href="../features/structurechooser.html">'Structure
 179           Chooser' </a>, which allows you to discover and view 3D structures
 180         for the current selection. For more info, see <a
 181         href="../features/viewingpdbs.html">viewing PDB structures</a>.
 182     </em></li>
 183     <li><strong>VARNA 2D Structure</strong><br />
 184     <em> If the sequence or alignment has RNA structure, then <strong>VARNA
 185           2D Structure</strong> entries will also be present enabling you to open
 186         a linked view of the RNA structure in <a
 187         href="../features/varna.html"
 188       >VARNA</a>.
 189     </em></li>
 190     <li><a name="hideinserts"><strong>Hide Insertions</strong></a><br />
 191       <em>Hides columns containing gaps in the current sequence or
 192         selected region, and reveals columns not including gaps.</em>
 193     <li><strong>Hide Sequences</strong><br> <em>Hides the
 194         currently selected sequences in this alignment view.</em><strong><br>
 195     </strong></li>
 196   </ul>
 197 </body>
 198 </html>