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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  74             <em>29/01/2019</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77     <td><div align="left">
  78         <em>Deprecations</em>
  79         <ul>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
  82             capabilities removed from the Jalview Desktop
  83           </li>
  84         </ul>
  85         <em>Release Processes</em>
  86         <ul>
  87         <li>Atlassian Bamboo continuous integration server for unattended Test Suite execution</li>
  88         <li><!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common operations</li>
  89         </ul>
  90       </div></td>
  91     <td><div align="left">
  92         <em></em>
  93         <ul>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
  96             or the overview updates with large alignments.
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-2865 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 100             region if columns were selected by dragging right-to-left
 101             and the mouse moved to the left of the first column.
 102           </li>
 103         </ul>
 104         <em>Editing</em>
 105         <ul>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 108             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 109             via 'Edit' sequence
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 113             sequence features correctly when start of sequence is
 114             removed (Known defect since 2.10)
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-2846, -->Avoided use of apostrophe in dialog box
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL- -->
 121           </li>
 122         </ul>
 123       </div></td>
 124     </tr>
 125     <tr>
 126     <td width="60" nowrap>
 127       <div align="center">
 128         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 129       </div>
 130     </td>
 131     <td><div align="left">
 132         <em></em>
 133         <ul>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 136               InstallAnywhere increased to 1G.
 137             </li>
 138             <li>
 139               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 140               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 141               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 142                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 143                 properties file.</em>
 144             </li>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 147               API and sequence data now imported as JSON.
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 151               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 152               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 153               property.
 154             </li>
 155           </ul>
 156           <em>Development</em>
 157           <ul>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 160               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 161                 Clover</a>
 162             </li>
 163           </ul>
 164         </div></td>
 165     <td><div align="left">
 166         <em></em>
 167         <ul>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 170               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 171               alignment.
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 175               annotation displayed.
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 179               for newly created group when 'Apply to all groups'
 180               selected
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 184               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 185               visible.
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 189               when sequences are selected in exported view.</em>
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 193               aren't rendered with correct colour.
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 197               types of knotted RNA secondary structure.
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 201               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 202               do not start at 1.
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 206               annotation when columns are inserted into an alignment,
 207               and when exporting as Stockholm flatfile.
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 211               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 212               treated as RNA secondary structure.
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 216               (not .jar) when saving a jalview project file.
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 220               transfers focus to previous window on OSX
 221             </li>
 222           </ul>
 223           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 224           <ul>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 227               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 228               box.
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 232               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 233               'look and feel' which has improved compatibility with the
 234               latest version of OSX.
 235             </li>
 236           </ul>
 237         </div>
 238     </td>
 239     </tr>
 240     <tr>
 241       <td width="60" nowrap>
 242         <div align="center">
 243           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 244             <em>7/06/2018</em></strong>
 245         </div>
 246       </td>
 247       <td><div align="left">
 248           <em></em>
 249           <ul>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 252               annotation retrieved from Uniprot
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 256               onto the Jalview Desktop
 257             </li>
 258           </ul>
 259         </div></td>
 260       <td><div align="left">
 261           <em></em>
 262           <ul>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 265               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 269               right-hand column parsed correctly
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 273               not alignment area in exported graphic
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 277               window has input focus
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 281               annotation added to view (Windows)
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 285               network connectivity is poor
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 289               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 290                 the currently open URL and links from a page viewed in
 291                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 292                 you are using Edge, only links in the page can be
 293                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 294                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 295             </li>
 296           </ul>
 297         </div></td>
 298     </tr>
 299     <tr>
 300       <td width="60" nowrap>
 301         <div align="center">
 302           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 303         </div>
 304       </td>
 305       <td><div align="left">
 306           <em></em>
 307           <ul>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 310               for disabling automatic superposition of multiple
 311               structures and open structures in existing views
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 315               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 316               adjust them.
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 320               Ensembl services
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 324               and lots of hidden columns
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 328               of features (particularly when transparency is disabled)
 329             </li>
 330           </ul>
 331           </div>
 332       </td>
 333       <td><div align="left">
 334           <ul>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 337               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 341               overlapping alignment panel
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 345               sequence as gaps
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 349               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 350               UTR
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 354               factor annotation not added to sequence when local PDB
 355               file associated with it by drag'n'drop or structure
 356               chooser
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 360               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 364               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 368               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 372               columns in annotation row
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 376               honored in batch mode
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 380               for structures added to existing Jmol view
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 384               entries after importing project with multiple views
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 388               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 389               with negative residue numbers or missing residues fails
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 393               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 394               as generated by CONSURF)
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 398               tooltip doesn't include a text description of mutation
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 402               structure and/or overview windows are also shown
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 406               very slow for alignments with large numbers of sequences
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 410               with 'StringIndexOutOfBounds'
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 414               platforms running Java 10
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 418               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 419             </li>
 420           </ul>
 421           <em>Applet</em>
 422           <ul>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 425               should copy the group consensus when popup is opened on it
 426             </li>
 427           </ul>
 428           <em>Batch Mode</em>
 429           <ul>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 432           </li>
 433           </ul>
 434           <em>New Known Defects</em>
 435           <ul>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 438               editing a large alignment and overview is displayed
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 442               repeatedly after a series of edits even when the overview
 443               is no longer reflecting updates
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 447               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 448               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 449               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 450             </li>
 451           </ul>
 452         </div>
 453           </td>
 454     </tr>
 455     <tr>
 456       <td width="60" nowrap>
 457         <div align="center">
 458           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 459         </div>
 460       </td>
 461       <td><div align="left">
 462           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 463               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 464       <td><div align="left">
 465           <em>Desktop</em><ul>
 466           <ul>
 467             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 468             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 469             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 470             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 471             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 472             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 473             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 474           </ul>
 475           </div>
 476       </td>
 477     </tr>
 478     <tr>
 479       <td width="60" nowrap>
 480         <div align="center">
 481           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 482         </div>
 483       </td>
 484       <td><div align="left">
 485           <em></em>
 486           <ul>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 489               rendering of sequence features
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 493               429 rate limit request hander
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 497               their colours have changed
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 501               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 505               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 509               view from Ensembl locus cross-references
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 513               Alignment report
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 517               feature can be disabled
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 521               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 525               Uniprot
 526             </li>
 527           </ul>
 528           <em>Scripting</em>
 529           <ul>
 530             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 531             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 532               percent identity scores for current alignment.</li>
 533           </ul>
 534           <em>Testing and Deployment</em>
 535           <ul>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 538             </li>
 539           </ul>
 540         </div></td>
 541       <td><div align="left">
 542           <em>General</em>
 543           <ul>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 546               threshold text field doesn't trigger an update to the
 547               alignment view
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 551               strings in parallel
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 555               alignment window is closed
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 559               group visibility
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 563               takes a long time in Cursor mode
 564             </li>
 565           </ul>
 566           <em>Desktop</em>
 567           <ul>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 570               cannot be viewed in Chimera
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 574               CDS/Protein view
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 578               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 579               Search Dialogs
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 589               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 593               scrolling right in unwapped alignment view
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 597               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 598               database
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 602               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 606               features of same type and group to be selected for
 607               amending
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 611               alignments when hidden columns are present
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 615               displaying several structures
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 619               moving a window
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 623               within the Jalview desktop on OSX
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 627               when in wrapped alignment mode
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 631               hand end of alignment
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 635               each selected sequence do not have correct start/end
 636               positions
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 640               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 644               restoring project until a new view is created
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 648               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 649               configured (since 2.10.2b2)
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 653               position is adjusted
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 657               in a multi-chain structure when viewing alignment
 658               involving more than one chain (since 2.10)
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 662               if new selection moves alignment window
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 666               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 670               that produces correctly annotated transcripts and products
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 674               doesn't update associated structure view
 675             </li>
 676           </ul>
 677           <em>Applet</em><br />
 678           <ul>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 681               closing alignment panel
 682             </li>
 683           </ul>
 684           <em>BioJSON</em><br />
 685           <ul>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 688               non-positional features
 689             </li>
 690           </ul>
 691           <em>New Known Issues</em>
 692           <ul>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 695               sequence features correctly (for many previous versions of
 696               Jalview)
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 700               using cursor in wrapped panel other than top
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 704               graduated colour threshold
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 708               always preserve numbering and sequence features
 709             </li>
 710           </ul>
 711           <em>Known Java 9 Issues</em>
 712           <ul>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 715               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 716               9.01, OSX 10.10)
 717             </li>
 718           </ul>
 719         </div></td>
 720     </tr>
 721     <tr>
 722       <td width="60" nowrap>
 723         <div align="center">
 724           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 725             <em>2/10/2017</em></strong>
 726         </div>
 727       </td>
 728       <td><div align="left">
 729           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 730           <ul>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 733             </li>
 734             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 735             </li>
 736           </ul>
 737         </div></td>
 738       <td><div align="left">
 739         </div></td>
 740     </tr>
 741     <tr>
 742       <td width="60" nowrap>
 743         <div align="center">
 744           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 745             <em>7/9/2017</em></strong>
 746         </div>
 747       </td>
 748       <td><div align="left">
 749           <em></em>
 750           <ul>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 753               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 754               white)
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 758               Preferences
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 762               in size and progress bar shown as higher resolution
 763               overview is recalculated
 764             </li>
 765
 766           </ul>
 767         </div></td>
 768       <td><div align="left">
 769           <em></em>
 770           <ul>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 773               column region row by row
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 777               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 781               format setting is unticked
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 785               if group has show boxes format setting unticked
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 789               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 790               include sequences and columns not currently displayed
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 794               assemblies are imported via CIF file
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 798               displayed when threshold or conservation colouring is also
 799               enabled.
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 803               server version
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 807               dragging a selected region off the visible region of the
 808               alignment
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 812               colourscheme to all groups in a view
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 816               initially after font size change using the Font chooser or
 817               middle-mouse zoom
 818             </li>
 819           </ul>
 820         </div></td>
 821     </tr>
 822     <tr>
 823       <td width="60" nowrap>
 824         <div align="center">
 825           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 826         </div>
 827       </td>
 828       <td><div align="left">
 829           <em>Calculations</em>
 830           <ul>
 831
 832             <li>
 833               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 834               ungapped positions in each column of the alignment.
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 838               a calculation dialog box
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 842               and memory efficiency (~30x faster)
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 846               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 847               and other calculations
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 851               files within the Jalview codebase
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 855               Similarity may have different topology due to increased
 856               precision
 857             </li>
 858           </ul>
 859           <em>Rendering</em>
 860           <ul>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 863               model for alignments and groups
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 867               scripts
 868             </li>
 869           </ul>
 870           <em>Overview</em>
 871           <ul>
 872             <li>
 873               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 874               with alignment and overview windows
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 878               overview
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 882               omitted in Overview
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 886               adjustment of visible position
 887             </li>
 888           </ul>
 889
 890           <em>Data import/export</em>
 891           <ul>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 894               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 898               annotation input/output via stockholm flatfile
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 902               extension when importing structure files without embedded
 903               names or PDB accessions
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 907               format sequence substitution matrices
 908             </li>
 909           </ul>
 910           <em>User Interface</em>
 911           <ul>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 914               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 915               the application.
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 919               via Overview or sequence motif search operations
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 923               opened by double clicking gaps within sequence feature
 924               extent
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 928               aligned positions were available to create a 3D structure
 929               superposition.
 930             </li>
 931           </ul>
 932           <em>3D Structure</em>
 933           <ul>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 936               coloured in linked structure views
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 940               file-based command exchange
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 944               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 945               structures are already available for sequences
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 949               the Jalview project rather than downloaded again when the
 950               project is reopened.
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 954               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 955               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 956                 Feature</strong>)
 957             </li>
 958           </ul>
 959           <em>Web Services</em>
 960           <ul>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 966               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 967               Analysis services
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 971               cross-references provided by identifiers.org and the
 972               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 973             </li>
 974           </ul>
 975
 976           <em>Scripting</em>
 977           <ul>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 980               identifying file formats (instead of String constants)
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 984               efficiency when counting all displayed features (not
 985               backwards compatible with 2.10.1)
 986             </li>
 987           </ul>
 988           <em>Example files</em>
 989           <ul>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 992               included in the example feature file
 993             </li>
 994           </ul>
 995           <em>Documentation</em>
 996           <ul>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 999               with the built-in Java help viewer
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1003               sequence description' option
1004             </li>
1005           </ul>
1006           <em>Test Suite</em>
1007           <ul>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1010               Uniprot REST Free Text Search Client
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1017               during tests
1018             </li>
1019           </ul>
1020         </div></td>
1021       <td><div align="left">
1022           <em>Calculations</em>
1023           <ul>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1026               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1027               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1028             </li>
1029             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1030               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1031               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1032               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1033               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1034               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1035               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1036               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1037               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1038               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1039               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1040               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1041               // for 2.10.1 mode <br />
1042               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1043               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1044                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1045                 calculations (not recommended)</em></li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1048               scaling of branch lengths for trees computed using
1049               Sequence Feature Similarity.
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1053               generating output report when working with highly
1054               redundant alignments
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1058               right of selected region when gaps present on right-hand
1059               boundary
1060             </li>
1061           </ul>
1062           <em>User Interface</em>
1063           <ul>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1066               doesn't reselect a specific sequence's associated
1067               annotation after it was used for colouring a view
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1071               opened on a region of alignment without groups
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1075               of an alignment with overlapping groups
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1079               name and description match
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1083               hidden regions results in incorrect hidden regions
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1087               changing colour does not apply Conservation slider value
1088               to all groups
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1092               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1096               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1100               gaps before start of features
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1104               restored to UI when feature colour is edited
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1108               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1112               as graduate feature colour settings are modified via the
1113               dialog box
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1117               when a group defined on the alignment is resized
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1121               wrapped view result in positional status updates
1122             </li>
1123
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1126               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1130               alignment included gapped columns
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1134               widgets don't permanently disappear
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1138               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1139               T-Coffee column reliability scores)
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1143               sequence feature on gaps only
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1147               button from a Find inherit previously defined feature type
1148               rather than the Find query string
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1152               exporting tree calculated in Jalview
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1156               and then revealing them reorders sequences on the
1157               alignment
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1161               doesn't update to reflect available set of groups after
1162               interactively adding or modifying features
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1166               Linux
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1170               only excluded gaps in current sequence and ignored
1171               selection.
1172             </li>
1173           </ul>
1174           <em>Rendering</em>
1175           <ul>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1178               erratically when hidden rows or columns are present
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1182               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1183               sequence colouring
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1187               colour and group colour menu for protein alignments
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1191               reflect currently selected view or group's shading
1192               thresholds
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1196               when rendered on overview and structures when opacity at
1197               100%
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1201               overview when features overlaid on alignment
1202             </li>
1203           </ul>
1204           <em>Data import/export</em>
1205           <ul>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1208               load
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1212               added after a sequence was imported are not written to
1213               Stockholm File
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1217               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1221               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1225               with lightGray or darkGray via features file (but can
1226               specify lightgray)
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1230               when alignment view imported from project
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1234               structure and sequences extracted from structure files
1235               imported via URL and viewed in Jmol
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1239               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1240               the project is loaded and the structure viewed
1241             </li>
1242           </ul>
1243           <em>Web Services</em>
1244           <ul>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1247               release of Ensembl v.88
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1251               appear enabled in Preferences->Connections
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1255               removed from console output
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1259               Ensembl by Peptide ID
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1263               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1264               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1265               due to 'null' string rather than empty string used for
1266               residues with no corresponding PDB mapping).
1267             </li>
1268           </ul>
1269           <em>Application UI</em>
1270           <ul>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1273               menu
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1277               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1278               new documentation and tooltips added)
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1282               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1286               new features are added to alignment
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1290               changes to feature colours via the Amend features dialog
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1294               edit graduated feature colour via amend features dialog
1295               box
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1299               selection menu changes colours of alignment views
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1303               from alignment calculation workers after alignment has
1304               been closed
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1308               groups now 'Create Group'
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1312               Create/Undefine group doesn't always work
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1316               shown again after pressing 'Cancel'
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1320               adjusts start position in wrap mode
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1324               ambiguous amino acids
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1328               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1329               proteins
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1333               Defined' don't appear in Colours menu
1334             </li>
1335           </ul>
1336           <em>Applet</em>
1337           <ul>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1340               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1344               overview or linked structure view
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1348               work (since 2.8)
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1352               user-defined colourscheme doesn't restore original
1353               colourscheme
1354             </li>
1355           </ul>
1356           <em>Test Suite</em>
1357           <ul>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1360               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1364               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1365               problems with deep array comparison equality asserts in
1366               successive versions of TestNG
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1370               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1371             </li>
1372           </ul>
1373           <em>New Known Issues</em>
1374           <ul>
1375             <li>
1376               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1377               phase after a sequence motif find operation
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1381               containing just upper and lower case letters are
1382               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1386               reliably from eggnog Ortholog database
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1390               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1391               to mark columns containing highlighted regions.
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1395               doesn't always add secondary structure annotation.
1396             </li>
1397           </ul>
1398         </div>
1399     <tr>
1400       <td width="60" nowrap>
1401         <div align="center">
1402           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1403         </div>
1404       </td>
1405       <td><div align="left">
1406           <em>General</em>
1407           <ul>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1410               for all consensus calculations
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1414               3rd Oct 2016)
1415             </li>
1416             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1417               for 2016-2017</li>
1418           </ul>
1419           <em>Application</em>
1420           <ul>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1423               set of database cross-references, sorted alphabetically
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1427               from database cross references. Users with custom links
1428               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1429                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1433               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1434               Chimera session
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1438               the Chimera it is connected to is shut down
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1442               columns menu item to mark columns containing highlighted
1443               regions (e.g. from structure selections or results of a
1444               Find operation)
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1448               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1449               MSAviewer
1450             </li>
1451           </ul>
1452         </div></td>
1453       <td>
1454         <div align="left">
1455           <em>General</em>
1456           <ul>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1459               are not coloured or thresholded according to percent
1460               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1464               hydrophobic
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1468               threshold, amino acid properties)
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1472               reported as mapped to residues in a structure file in the
1473               View Mapping report
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1477               could be added multiple times to a sequence
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1481               bond features shown as two highlighted residues rather
1482               than a range in linked structure views, and treated
1483               correctly when selecting and computing trees from features
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1487               cross-references are matched to database name regardless
1488               of case
1489             </li>
1490
1491           </ul>
1492           <em>Application</em>
1493           <ul>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1496               names without regular expressions also offer links from
1497               Sequence ID
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1501               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1502               update Jalview configuration
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1506               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1510               files with similarly named sequences if dropped onto the
1511               alignment
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1515               entries where more chains exist in the PDB accession than
1516               are reported in the SIFTS file
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1520               the structure view when displayed with Chimera
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1524               panel's View->Show Chains submenu
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1528               work for wrapped alignment views
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1532               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1536               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1537               first annotation row
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1541               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1545               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1546             </li>
1547             <!-- JAL-2319 -->
1548             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1549             coordindate data
1550             </li>
1551           </ul>
1552           <!--           <em>New Known Issues</em>
1553           <ul>
1554             <li></li>
1555           </ul> -->
1556         </div>
1557       </td>
1558     </tr>
1559     <td width="60" nowrap>
1560       <div align="center">
1561         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1562           <em>25/10/2016</em></strong>
1563       </div>
1564     </td>
1565     <td><em>Application</em>
1566       <ul>
1567         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1568           view if structures already loaded</li>
1569         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1570           structure views</li>
1571       </ul></td>
1572     <td>
1573       <div align="left">
1574         <em>General</em>
1575         <ul>
1576           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1577             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1578           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1579             example sequences/projects/trees</li>
1580         </ul>
1581         <em>Application</em>
1582         <ul>
1583           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1584             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1585           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1586             without timeout for structures with multiple models or
1587             multiple sequences in alignment</li>
1588           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1589             PDB ID HEADER line</li>
1590           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1591             is performed</li>
1592           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1593             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1594           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1595           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1596             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1597             option</li>
1598           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1599             is created on the alignment</li>
1600           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1601             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1602             pop-up menu</li>
1603         </ul>
1604         <em>Build and deployment</em>
1605         <ul>
1606           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1607             tags</li>
1608         </ul>
1609         <em>New Known Issues</em>
1610         <ul>
1611           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1612             on Windows</li>
1613         </ul>
1614       </div>
1615     </td>
1616     </tr>
1617     <tr>
1618       <td width="60" nowrap>
1619         <div align="center">
1620           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1621         </div>
1622       </td>
1623       <td><em>General</em>
1624         <ul>
1625           <li>
1626             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1627           </li>
1628           <li>
1629             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1630             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1631             better PDB parsing.
1632           </li>
1633           <li>
1634             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1635             reference sequence
1636           </li>
1637           <li>
1638             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1639             mousing over sequence associated annotation
1640           </li>
1641           <li>
1642             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1643             for manual entry
1644           </li>
1645           <li>
1646             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1647             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1648             for each column
1649           </li>
1650           <li>
1651             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1652             showing or hiding columns containing a feature
1653           </li>
1654           <li>
1655             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1656             group and sequence associated annotation labels
1657           </li>
1658           <li>
1659             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1660             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1661             dialogs
1662           </li>
1663
1664         </ul> <em>Application</em>
1665         <ul>
1666           <li>
1667             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1668             gene/transcript view
1669           </li>
1670           <li>
1671             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1672             dialog
1673           </li>
1674           <li>
1675             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1676             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1677           </li>
1678           <li>
1679             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1680             Pfam sources to xfam.org
1681           </li>
1682           <li>
1683             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1684           </li>
1685           <li>
1686             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1687             over sequences in Jalview
1688           </li>
1689           <li>
1690             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1691             regions in ENA and EMBL
1692           </li>
1693           <li>
1694             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1695             for record retrieval via ENA rest API
1696           </li>
1697           <li>
1698             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1699             complement operator
1700           </li>
1701           <li>
1702             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1703             groovy script execution
1704           </li>
1705           <li>
1706             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1707             alignment window's Calculate menu
1708           </li>
1709           <li>
1710             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1711             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1712           </li>
1713           <li>
1714             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1715             calculation workers from groovy scripts
1716           </li>
1717           <li>
1718             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1719             Jalview projects
1720           </li>
1721           <li>
1722             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1723             associations are now saved/restored from project
1724           </li>
1725           <li>
1726             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1727             before sequence fetcher is opened
1728           </li>
1729           <li>
1730             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1731             database chooser opens a sequence fetcher
1732           </li>
1733           <li>
1734             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1735             the UniProt REST API
1736           </li>
1737           <li>
1738             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1739             the news reader opening
1740           </li>
1741           <li>
1742             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1743             querying stored in preferences
1744           </li>
1745           <li>
1746             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1747             search results
1748           </li>
1749           <li>
1750             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1751           </li>
1752           <li>
1753             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1754             menu for nucleotide sequences
1755           </li>
1756           <li>
1757             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1758             and feature counts preserves alignment ordering (and
1759             debugged for complex feature sets).
1760           </li>
1761           <li>
1762             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1763             viewing structures with Jalview 2.10
1764           </li>
1765           <li>
1766             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1767             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1768             Ensembl Genomes REST API
1769           </li>
1770           <li>
1771             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1772             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1773             (Ensembl)
1774           </li>
1775           <li>
1776             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1777             sequences
1778           </li>
1779           <li>
1780             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1781             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1782             data from external database records.
1783           </li>
1784           <li>
1785             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1786             efficient recovery of sequence coding and alignment
1787             annotation relationships.
1788           </li>
1789         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1790         <ul>
1791           <li>
1792             -- JAL---
1793           </li>
1794         </ul> --></td>
1795       <td>
1796         <div align="left">
1797           <em>General</em>
1798           <ul>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1801               menu on OSX
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1805               includes graduated colourschemes
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1809               working with big alignments and lots of hidden columns
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1813               at right of alignment window
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1817               contents
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1821               for DNA alignments
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1825               based tree calculation
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1829               unconserved enabled for group on alignment
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1833               set as reference
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1837               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1838               annotation
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1842               hidden columns present
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1846               user created annotation added to alignment
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1850               '()' base pair annotation
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1854               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1855               Consensus
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1859               feature not working
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1863               beginning of sequence
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1867               entry 3a6s
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1871               from a tree when t-coffee scores are shown
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1875               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1879               some structures
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1883               to Clustal, PIR and PileUp output
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1887               not visible causes alignment window to repaint
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1891               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1892               scores associated with features and annotation rows
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1896               calculation should be case independent
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1900               columns
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1904               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1905               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1909               problems when reference sequence defined and 'show
1910               non-conserved' enabled
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1914               load even when Consensus calculation is disabled
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1918               alignment does nothing
1919             </li>
1920           </ul>
1921           <em>Application</em>
1922           <ul>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1925               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1926               yet fixed for El Capitan)
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1930               output when running on non-gb/us i18n platforms
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1934               hidden sequences as flat-file alignment
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1938               launching Chimera
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1942               (also hotfix for 2.9.0b2)
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1946               reference sequence defined
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1950               alignments and views when revealing hidden columns
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1954               view in a cDNA/Protein splitframe
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1958               sequence from project when only one sequence is
1959               represented
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1963               in Structure Chooser
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1967               structure consensus didn't refresh annotation panel
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1971               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1975               dialogs format columns correctly, don't display array
1976               data, sort columns according to type
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1980               file chooser is cancelled during an image export
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1984               sequence name containing special characters
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1988               case insensitive
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1992               formatting don't wrap
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1996               truncated so L looks like I in consensus annotation
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2000               currently displayed features for the current selection or
2001               view
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2005               after fetching cross-references, and restoring from
2006               project
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2010               followed in the structure viewer
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2014               splitframe not restored from project
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2018               trailing end of protein alignment in transcript/product
2019               splitview when pad-gaps not enabled by default
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2023               is case dependent
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2027               article has been read (reopened issue due to
2028               internationalisation problems)
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2032               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2033               cross-references
2034             </li>
2035
2036             <li>
2037               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2038               alignment as HTML
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2042               multiple structures are shown for one or more sequences.
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2046               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2047               is enabled.
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2051               specific PDB id for sequence
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2055               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2056               columns' is disabled.
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2060               selects lowest rather than highest resolution structures
2061               for each sequence
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2065               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2069               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2073               after clicking on it to create new annotation for a
2074               column.
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2078               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2079             </li>
2080             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2081             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2082           </ul>
2083           <em>Applet</em>
2084           <ul>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2087               hidden columns present before start of sequence
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2091               (JSON jars)
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2095               sequences are hidden in applet
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2099               deployment on examples pages.
2100             </li>
2101           </ul>
2102         </div>
2103       </td>
2104     </tr>
2105     <tr>
2106       <td width="60" nowrap>
2107         <div align="center">
2108           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2109             <em>16/10/2015</em></strong>
2110         </div>
2111       </td>
2112       <td><em>General</em>
2113         <ul>
2114           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2115             jars</li>
2116         </ul></td>
2117       <td>
2118         <div align="left">
2119           <em>Application</em>
2120           <ul>
2121             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2122               shown when tree is partitioned</li>
2123             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2124               multiple cDNA/Protein split views</li>
2125           </ul>
2126         </div>
2127       </td>
2128     </tr>
2129     <tr>
2130       <td width="60" nowrap>
2131         <div align="center">
2132           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2133             <em>8/10/2015</em></strong>
2134         </div>
2135       </td>
2136       <td><em>General</em>
2137         <ul>
2138           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2139             2.9</li>
2140         </ul> <em>Application</em>
2141         <ul>
2142           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2143           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2144           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2145         </ul> <em>Applet</em>
2146         <ul>
2147           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2148         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2149         <ul>
2150           <li>
2151             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2152             suite
2153           </li>
2154         </ul></td>
2155       <td>
2156         <div align="left">
2157           <em>General</em>
2158           <ul>
2159             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2160               incorrect when sequence start > 1</li>
2161             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2162               documentation</li>
2163             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2164             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2165               loading a features file containing HTML tags in feature
2166               description</li>
2167
2168           </ul>
2169           <em>Application</em>
2170           <ul>
2171             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2172               reimport</li>
2173             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2174               with 'trim retrieved sequences'</li>
2175             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2176               deleting selected columns</li>
2177             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2178               JNLP templates for webstart launch</li>
2179             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2180               unreleased structures for download or viewing</li>
2181             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2182               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2183             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2184               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2185             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2186               recovered from jalview project</li>
2187             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2188               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2189               alignment view</li>
2190             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2191               color schemes from BioJSON</li>
2192           </ul>
2193           <em>Applet</em>
2194           <ul>
2195             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2196               frame</li>
2197             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2198           </ul>
2199         </div>
2200       </td>
2201     </tr>
2202     <tr>
2203       <td><div align="center">
2204           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2205         </div></td>
2206       <td><em>General</em>
2207         <ul>
2208           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2209             alignments:
2210             <ul>
2211               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2212                 and DNA alignment views</li>
2213               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2214                 cDNA alignment views</li>
2215               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2216                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2217               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2218                 protein sequences</li>
2219             </ul>
2220           </li>
2221           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2222           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2223             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2224           <li>New alignment annotation file statements for
2225             reference sequences and marking hidden columns</li>
2226           <li>Reference sequence based alignment shading to
2227             highlight variation</li>
2228           <li>Select or hide columns according to alignment
2229             annotation</li>
2230           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2231           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2232             acid conservation row</li>
2233           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2234         </ul> <em>Application</em>
2235         <ul>
2236           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2237             <ul>
2238               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2239                 view with cDNA/Protein</li>
2240               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2241                 sequences are placed in the same alignment</li>
2242               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2243                 projects</li>
2244             </ul>
2245           </li>
2246
2247           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2248           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2249             Jalview windows</li>
2250
2251           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2252           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2253           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2254             be shown in VARNA</li>
2255
2256           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2257             as the active selected region</li>
2258
2259           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2260             similarity</li>
2261           <li>New Export options
2262             <ul>
2263               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2264                 region export in flat file generation</li>
2265
2266               <li>Export alignment views for display with the <a
2267                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2268
2269               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2270               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2271                 alignment figures to HTML</li>
2272           </li>
2273           <li>3D structure retrieval and display
2274             <ul>
2275               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2276                 Search API</li>
2277               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2278                 PDB structures for a sequence set</li>
2279             </ul>
2280           </li>
2281
2282           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2283             predictions</li>
2284           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2285             for one or a group of sequences</li>
2286           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2287             from the JPred4 web server</li>
2288           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2289             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2290             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2291           </li>
2292           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2293             VARNA 2D Structure'</li>
2294           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2295             Structure ..."</li>
2296
2297         </ul> <em>Applet</em>
2298         <ul>
2299           <li>New layout for applet example pages</li>
2300           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2301             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2302           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2303             Protein alignments</li>
2304         </ul> <em>Development and deployment</em>
2305         <ul>
2306           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2307           <li>Include installation type and git revision in build
2308             properties and console log output</li>
2309           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2310             storing BioJsMSA Templates</li>
2311           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2312         </ul></td>
2313       <td>
2314         <!-- <em>General</em>
2315         <ul>
2316         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2317         <ul>
2318           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2319           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2320           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2321             predictions are not highlighted in amber</li>
2322           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2323             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2324           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2325             associated structure views</li>
2326           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2327             width checkbox not enabled</li>
2328           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2329             creating user defined colours</li>
2330           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2331             mappings for just that viewer's sequences</li>
2332           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2333             multiple models in Chimera</li>
2334           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2335             over Jmol structure</li>
2336           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2337             output to text box</li>
2338           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2339             have incorrect sequence start/end</li>
2340           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2341             Jalview fails</li>
2342           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2343             work for nucleotide</li>
2344           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2345             to a grey/invisible alignment window</li>
2346           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2347             imports to different position</li>
2348           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2349             on some platforms</li>
2350           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2351             populated</li>
2352           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2353             console if Chimera has been opened</li>
2354           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2355           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2356             retrieved</li>
2357           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2358           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2359             either sequence shows on first structure</li>
2360           <li>'Show annotations' options should not make
2361             non-positional annotations visible</li>
2362           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2363             in right place after 'view flanking regions'</li>
2364           <li>File Save As type unset when current file format is
2365             unknown</li>
2366           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2367             projects</li>
2368           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2369             responsive</li>
2370           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2371             several views on same alignment</li>
2372           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2373           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2374             spaces</li>
2375         </ul> <em>Applet</em>
2376         <ul>
2377           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2378           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2379             descriptions containing angle brackets</li>
2380         </ul> <em>General</em>
2381         <ul>
2382           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2383             via jalview annotation file</li>
2384           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2385             with RNA secondary structure</li>
2386           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2387             translation doesn't work.</li>
2388           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2389           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2390             positions</li>
2391           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2392             choosing 1pt font</li>
2393           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2394             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2395             'h'</li>
2396           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2397             new feature</li>
2398           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2399             order dependent</li>
2400           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2401             sequences</li>
2402           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2403         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2404         <ul>
2405           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2406             www.jalview.org</li>
2407         </ul> <em>Application Known issues</em>
2408         <ul>
2409           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2410           <li>Misleading message appears after trying to delete
2411             solid column.</li>
2412           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2413             version launches</li>
2414           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2415             fails with a sequence mismatch</li>
2416           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2417             scrolling alignment to right</li>
2418           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2419             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2420           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2421             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2422           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2423             ultra-high resolution</li>
2424           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2425             quality and conservation</li>
2426           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2427             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2428         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2429         <ul>
2430           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2431           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2432             window is being resized</li>
2433
2434         </ul>
2435       </td>
2436     </tr>
2437     <tr>
2438       <td><div align="center">
2439           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2440         </div></td>
2441       <td><em>General</em>
2442         <ul>
2443           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2444             Certum.PL.</li>
2445           <li>Features and annotation preserved when performing
2446             pairwise alignment</li>
2447           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2448             imported/exported/displayed</li>
2449           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2450             protein secondary structure</li>
2451           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2452               post-hoc with 2.9 release</em>)
2453           </li>
2454
2455         </ul> <em>Application</em>
2456         <ul>
2457           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2458             with 3D structures</li>
2459           <li>Support for parsing RNAML</li>
2460           <li>Annotations menu for layout
2461             <ul>
2462               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2463               <li>place sequence annotation above/below alignment
2464                 annotation</li>
2465             </ul>
2466           <li>Output in Stockholm format</li>
2467           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2468             translation</li>
2469           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2470           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2471             shared between alignments</li>
2472           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2473             Jalview</li>
2474           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2475             all or current selection</li>
2476           <li>disorder and secondary structure predictions
2477             available as dataset annotation</li>
2478           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2479
2480
2481           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2482             alignments from Rfam</li>
2483           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2484
2485           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2486             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2487           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2488           <li>include installation type in build properties and
2489             console log output</li>
2490           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2491             annotation</li>
2492         </ul></td>
2493       <td>
2494         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2495         <ul>
2496           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2497             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2498           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2499             alignment</li>
2500           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2501           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2502           <li>Double click on sequence associated annotation
2503             selects only first column</li>
2504           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2505             leaves shown in tree</li>
2506           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2507             properly</li>
2508           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2509           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2510             screen and buttons not visible</li>
2511           <li>author list isn't updated if already written to
2512             Jalview properties</li>
2513           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2514             from database</li>
2515           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2516           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2517             browser search window</li>
2518           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2519             in feature settings dialog</li>
2520           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2521             desktop</li>
2522           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2523             pass validation</li>
2524           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2525             fit on screen</li>
2526           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2527             tooltip</li>
2528           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2529             defined user preset</li>
2530           <li>MSA web services warns user if they were launched
2531             with invalid input</li>
2532           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2533             Java 8</li>
2534           <li>
2535             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2536             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2537             created
2538           </li>
2539
2540         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2541         <ul>
2542         </ul> <em>General</em>
2543         <ul>
2544         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2545         <ul>
2546           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2547             memory allocation</li>
2548           <li>launchApp service doesn't automatically open
2549             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2550           <li>
2551             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2552             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2553             1.7_055 is available
2554           </li>
2555         </ul> <em>Application Known issues</em>
2556         <ul>
2557           <li>
2558             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2559             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2560             alignment to right
2561           </li>
2562           <li>
2563             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2564             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2565             with large number of ID
2566           </li>
2567           <li>
2568             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2569             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2570             start/end
2571           </li>
2572           <li>
2573             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2574             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2575             structure tracks are rearranged
2576           </li>
2577           <li>
2578             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2579             invalid rna structure positional highlighting does not
2580             highlight position of invalid base pairs
2581           </li>
2582           <li>
2583             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2584             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2585             project from alignment window file menu
2586           </li>
2587           <li>
2588             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2589             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2590             structures
2591           </li>
2592           <li>
2593             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2594             colour by RNA Helices not enabled when user created
2595             annotation added to alignment
2596           </li>
2597           <li>
2598             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2599             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2600           </li>
2601         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2602         <ul>
2603           <li>
2604             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2605             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2606           </li>
2607           <li>
2608             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2609             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2610           </li>
2611
2612           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2613             when selected</li>
2614         </ul>
2615       </td>
2616     </tr>
2617     <tr>
2618       <td><div align="center">
2619           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2620         </div></td>
2621       <td>
2622         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2623         <em>General</em>
2624         <ul>
2625           <li>Internationalisation of user interface (usually
2626             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2627           <li>Define/Undefine group on current selection with
2628             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2629           <li>Improved group creation/removal options in
2630             alignment/sequence Popup menu</li>
2631           <li>Sensible precision for symbol distribution
2632             percentages shown in logo tooltip.</li>
2633           <li>Annotation panel height set according to amount of
2634             annotation when alignment first opened</li>
2635         </ul> <em>Application</em>
2636         <ul>
2637           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2638             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2639           <li>Select columns containing particular features from
2640             Feature Settings dialog</li>
2641           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2642             sequences</li>
2643           <li>Update Jalview project format:
2644             <ul>
2645               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2646               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2647                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2648               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2649                 colouring</li>
2650             </ul>
2651           </li>
2652           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2653             (PAM250)</li>
2654           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2655             flanking regions for an alignment</li>
2656         </ul>
2657       </td>
2658       <td>
2659         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2660         <ul>
2661           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2662             running after job is cancelled</li>
2663           <li>cannot export features from alignments imported from
2664             Jalview/VAMSAS projects</li>
2665           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2666             float values</li>
2667           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2668             have 'display all symbols' flag set</li>
2669           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2670             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2671           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2672             Jalview</li>
2673           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2674             Lion/Webstart</li>
2675           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2676           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2677           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2678             alignment onto desktop</li>
2679           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2680             'extract scores' function</li>
2681           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2682             alignment window</li>
2683           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2684             performing IUPred disorder prediction</li>
2685           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2686             changing 'normalise logo' display setting</li>
2687           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2688             nothing matches query</li>
2689           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2690             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2691           </li>
2692           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2693             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2694           </li>
2695           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2696             Jalview's menu</li>
2697           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2698             'invalid literal/length code'</li>
2699           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2700             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2701           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2702             colourscheme</li>
2703
2704         </ul> <em>Applet</em>
2705         <ul>
2706           <li>Remove group option is shown even when selection is
2707             not a group</li>
2708           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2709             don't affect groups</li>
2710           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2711             colourscheme name</li>
2712           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2713             Annotation panel is not displayed</li>
2714           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2715             embedded windows</li>
2716         </ul> <em>Other</em>
2717         <ul>
2718           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2719             single sequence were not calculated</li>
2720           <li>annotation files that contain only groups imported as
2721             annotation and junk sequences</li>
2722           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2723             recognised as PFAM or BLC</li>
2724           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2725             doesn't affect background (2.8.0b1)
2726           <li></li>
2727           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2728           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2729             trailing gaps</li>
2730           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2731             registered correctly on import</li>
2732           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2733             certain alignments</li>
2734           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2735             existing annotation based 'use original colours'
2736             colourscheme loses original colours setting</li>
2737         </ul>
2738       </td>
2739     </tr>
2740     <tr>
2741       <td><div align="center">
2742           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2743             <em>30/1/2014</em></strong>
2744         </div></td>
2745       <td>
2746         <ul>
2747           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2748             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2749             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2750             open source project).
2751           </li>
2752           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2753           <li>Output in Stockholm format</li>
2754           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2755           <li>Export/import group and sequence associated line
2756             graph thresholds</li>
2757           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2758             ambiguity codes</li>
2759           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2760             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2761             works</li>
2762           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2763         </ul> <em>Other improvements</em>
2764         <ul>
2765           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2766           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2767             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2768           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2769             files</li>
2770           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2771           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2772             link but no description</li>
2773           <li>Select primary source when selecting authority in
2774             database fetcher GUI</li>
2775           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2776             Jalview</li>
2777           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2778         </ul>
2779       </td>
2780       <td>
2781         <ul>
2782           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2783             displayed</li>
2784           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2785             secondary structure annotation line</li>
2786           <li>Sequence database accessions not imported when
2787             fetching alignments from Rfam</li>
2788           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2789             identical IDs</li>
2790           <li>View all structures does not always superpose
2791             structures</li>
2792           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2793             reflect user or preset settings</li>
2794           <li>Null pointer exceptions for some services without
2795             presets or adjustable parameters</li>
2796           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2797             discover PDB xRefs</li>
2798           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2799             features with DAS</li>
2800           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2801             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2802           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2803             residue follows a gap</li>
2804           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2805             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2806           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2807             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2808           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2809             annotation already exists on alignment</li>
2810           <li>oninit javascript function should be called after
2811             initialisation completes</li>
2812           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2813             alignment window display</li>
2814           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2815           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2816             to annotation file</li>
2817           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2818             groups created</li>
2819           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2820             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2821           <li>Pressing return several times causes Number Format
2822             exceptions in keyboard mode</li>
2823           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2824             correct partitions for input data</li>
2825           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2826           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2827           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2828           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2829             mode</li>
2830           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2831             changes one row&#39;s threshold</li>
2832           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2833             doesn&#39;t open</li>
2834           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2835             quality histograms</li>
2836         </ul>
2837       </td>
2838     </tr>
2839     <tr>
2840       <td><div align="center">
2841           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2842         </div></td>
2843       <td><em>Application</em>
2844         <ul>
2845           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2846             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2847           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2848             preferences</li>
2849           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2850             in Jalview alignment window</li>
2851           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2852             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2853           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2854             RNA and ambiguity codes</li>
2855
2856           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2857           <li>Support fetching and database reference look up
2858             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2859             refs')</li>
2860           <li>Jalview project improvements
2861             <ul>
2862               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2863                 flag for annotation</li>
2864               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2865                 alignment</li>
2866               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2867                 Jalview project</li>
2868
2869             </ul>
2870           </li>
2871           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2872           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2873             running</li>
2874           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2875           <li>visual indication that web service results are still
2876             being retrieved from server</li>
2877           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2878             starts up for first time</li>
2879           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2880             services</li>
2881           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2882             client library</li>
2883           <li>Examples directory and Groovy library included in
2884             InstallAnywhere distribution</li>
2885         </ul> <em>Applet</em>
2886         <ul>
2887           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2888             visualization applet example</li>
2889         </ul> <em>General</em>
2890         <ul>
2891           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2892           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2893             defaults</li>
2894           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2895             calculation</li>
2896           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2897             matrices
2898           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2899             in HTML</li>
2900           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2901             structure contacts</li>
2902           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2903           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2904           <li>Parse sequence associated secondary structure
2905             information in Stockholm files</li>
2906           <li>HTML Export database accessions and annotation
2907             information presented in tooltip for sequences</li>
2908           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2909             style RNA alignment files</li>
2910           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2911             alignment</li>
2912           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2913             shade each sequence according to its associated alignment
2914             annotation</li>
2915           <li>New Jalview Logo</li>
2916         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2917         <ul>
2918           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2919           <li>New Website!</li>
2920         </ul></td>
2921       <td><em>Application</em>
2922         <ul>
2923           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2924             wsdbfetch REST service</li>
2925           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2926           <li>Filetype associations not installed for webstart
2927             launch</li>
2928           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2929             job execution in full once it is complete</li>
2930           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2931             uploaded via ali_file parameter</li>
2932           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2933           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2934           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2935             submitted for prediction</li>
2936           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2937             desktop window</li>
2938           <li>Putting fractional value into integer text box in
2939             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2940           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2941             windows 7</li>
2942           <li>View all structures fails with exception shown in
2943             structure view</li>
2944           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2945             escaped in a platform independent way</li>
2946           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2947             using proxy</li>
2948           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2949             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2950           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2951             failure when java web start temporary file caching is
2952             disabled</li>
2953           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2954             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2955           <li>Errors during processing of command line arguments
2956             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2957           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2958             DAS sources in sequence fetcher</li>
2959           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2960             dialog is shown</li>
2961           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2962           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2963           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2964           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2965             on OSX Mountain Lion</li>
2966           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2967             sequences with alignment annotation are pasted into the
2968             alignment</li>
2969           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2970             when loaded from Jalview project</li>
2971           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2972           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2973             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2974           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2975             associated with all views</li>
2976           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2977             annotation rows to new window</li>
2978         </ul> <em>Applet</em>
2979         <ul>
2980           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2981             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2982           <li>loading features via javascript API automatically
2983             enables feature display</li>
2984           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2985             work</li>
2986         </ul> <em>General</em>
2987         <ul>
2988           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2989           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2990             and then deselected</li>
2991           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2992           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2993             coloured with clustalx</li>
2994           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2995             exceptions and redraw errors</li>
2996           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2997             reconfigured view</li>
2998           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2999             colour</li>
3000           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3001             for lots of labels</li>
3002         </ul>
3003     </tr>
3004     <tr>
3005       <td>
3006         <div align="center">
3007           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3008         </div>
3009       </td>
3010       <td><em>Application</em>
3011         <ul>
3012           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3013           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3014           <li>View/alignment association menu to enable user to
3015             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3016             its colours/correspondences from</li>
3017           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3018           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3019             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3020           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3021           <li>Annotation row column label formatting attributes
3022             stored in project file</li>
3023           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3024             rows preserved in Jalview project file</li>
3025           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3026             saved using Desktop window menu</li>
3027           <li>Visual indication that command line arguments are
3028             still being processed</li>
3029           <li>Groovy script execution from URL</li>
3030           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3031             preferences</li>
3032           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3033             alignment with sequences that have high similarity and
3034             matching IDs</li>
3035           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3036           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3037             structures in same window</li>
3038           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3039           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3040             analysis function in its own submenu</li>
3041         </ul> <em>Applet</em>
3042         <ul>
3043           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3044             groups</li>
3045           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3046           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3047           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3048           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3049           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3050             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3051           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3052           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3053             parameters are treated as such</li>
3054           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3055             <ul>
3056               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3057               <li>Javascript callbacks for
3058                 <ul>
3059                   <li>Applet initialisation</li>
3060                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3061                 </ul>
3062               </li>
3063               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3064                 functions</li>
3065               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3066               <li>javascript structure viewer harness to pass
3067                 messages between Jmol and Jalview when running as
3068                 distinct applets</li>
3069               <li>sortBy method</li>
3070               <li>Set of applet and application examples shipped
3071                 with documentation</li>
3072               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3073                 javascript message exchange</li>
3074             </ul>
3075         </ul> <em>General</em>
3076         <ul>
3077           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3078             multiple alignments</li>
3079           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3080           <li>User configurable link to enable redirects to a
3081             www.Jalview.org mirror</li>
3082           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3083           <li>Configurable newline string when writing alignment
3084             and other flat files</li>
3085           <li>Allow alignment annotation description lines to
3086             contain html tags</li>
3087         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3088         <ul>
3089           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3090             examples</li>
3091           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3092             using a web service before displaying the result in the
3093             Jalview desktop</li>
3094           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3095           <li>Ant target to publish example html files with applet
3096             archive</li>
3097           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3098           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3099         </ul></td>
3100       <td><em>Application</em>
3101         <ul>
3102           <li>User defined colourscheme throws exception when
3103             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3104           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3105             dialog for valid filename/format</li>
3106           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3107           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3108             P37173</li>
3109           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3110             which sequence is to be associated with the file</li>
3111           <li>Find All raises null pointer exception when query
3112             only matches sequence IDs</li>
3113           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3114           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3115             2.4 cannot be loaded</li>
3116           <li>Filetype associations not installed for webstart
3117             launch</li>
3118           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3119             with sequences in different alignments do not get coloured
3120             by their associated sequence</li>
3121           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3122             not preserved when project is loaded</li>
3123           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3124             stored in Jalview project</li>
3125           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3126             Jalview project</li>
3127           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3128           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3129             by conservation</li>
3130           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3131             created on new view</li>
3132           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3133             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3134           <li>Alignment quality not updated after alignment
3135             annotation row is hidden then shown</li>
3136           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3137             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3138           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3139             properly</li>
3140           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3141             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3142           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3143           <li>Structures imported from file and saved in project
3144             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3145           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3146             job execution in full once it is complete</li>
3147         </ul> <em>Applet</em>
3148         <ul>
3149           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3150             annotation rows are displayed</li>
3151           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3152             codebase</li>
3153           <li>View follows highlighting does not work for positions
3154             in sequences</li>
3155           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3156           <li>Export features raises exception when no features
3157             exist</li>
3158           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3159             for javascript api is modified when separator string
3160             provided as parameter</li>
3161           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3162             alignment with no existing selection</li>
3163           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3164             to applet&#39;s codebase</li>
3165           <li>Status bar not updated after finished searching and
3166             search wraps around to first result</li>
3167           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3168             several Jalview applets causes race conditions and memory
3169             leaks</li>
3170           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3171             not sent from Jmol in applet</li>
3172           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3173             applet API fatally hang browser</li>
3174         </ul> <em>General</em>
3175         <ul>
3176           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3177             position with wrapped view and hidden regions</li>
3178           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3179             with/without hidden columns</li>
3180           <li>Sequence length given in alignment properties window
3181             is off by 1</li>
3182           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3183             import PDB like structure files</li>
3184           <li>Positional search results are only highlighted
3185             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3186           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3187           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3188             given sequence position</li>
3189           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3190             output</li>
3191           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3192             from nucleotide chains correctly</li>
3193           <li>Structure colours not updated when tree partition
3194             changed in alignment</li>
3195           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3196             parsed in interleaved stockholm</li>
3197           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3198             state</li>
3199           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3200             properly</li>
3201           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3202             properly associated with their pdb files</li>
3203         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3204         <ul>
3205           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3206             ApplyCopyright tool</li>
3207         </ul></td>
3208     </tr>
3209     <tr>
3210       <td>
3211         <div align="center">
3212           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3213         </div>
3214       </td>
3215       <td><em>Application</em>
3216         <ul>
3217           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3218             contact web services</li>
3219           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3220             service job window</li>
3221           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3222         </ul></td>
3223       <td>
3224         <ul>
3225           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3226             pir file emitted by Jalview</li>
3227           <li>Existing feature settings transferred to new
3228             alignment view created from cut'n'paste</li>
3229           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3230             parsing PDB files</li>
3231           <li>Consensus and conservation annotation rows
3232             occasionally become blank for all new windows</li>
3233           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3234             in wrapped view mode</li>
3235         </ul> <em>Application</em>
3236         <ul>
3237           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3238             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3239           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3240             parameter names</li>
3241           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3242             is down</li>
3243         </ul>
3244       </td>
3245     </tr>
3246     <tr>
3247       <td>
3248         <div align="center">
3249           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3250         </div>
3251       </td>
3252       <td><em>Application</em>
3253         <ul>
3254           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3255             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3256             (JABAWS)
3257           </li>
3258           <li>Web Services preference tab</li>
3259           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3260             preferences</li>
3261           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3262           <li>Superpose structures using associated sequence
3263             alignment</li>
3264           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3265             viewer</li>
3266         </ul> <em>Applet</em>
3267         <ul>
3268           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3269             link out mechanism</li>
3270         </ul> <em>Other</em>
3271         <ul>
3272           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3273             series 12</li>
3274           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3275             require Java 1.5</li>
3276           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3277             sequence annotation files</li>
3278           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3279             type colour specification</li>
3280           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3281             script to check if it being run in an interactive session or
3282             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3283         </ul></td>
3284       <td>
3285         <ul>
3286           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3287             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3288         </ul> <em>Application</em>
3289         <ul>
3290           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3291             selected Regions menu item</li>
3292           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3293             part of a valid accession ID</li>
3294           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3295             runs out of memory</li>
3296           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3297             analysis results</li>
3298           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3299             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3300           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3301         </ul> <em>Applet</em>
3302         <ul>
3303           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3304             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3305             defined.</li>
3306         </ul>
3307       </td>
3308     </tr>
3309     <tr>
3310       <td>
3311         <div align="center">
3312           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3313         </div>
3314       </td>
3315       <td></td>
3316       <td>
3317         <ul>
3318           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3319             sequence IDs</li>
3320           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3321             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3322           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3323             import correctly</li>
3324           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3325             number of columns are hidden</li>
3326           <li>annotation label popup menu not providing correct
3327             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3328             present</li>
3329           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3330             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3331           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3332             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3333
3334         </ul> <em>Applet</em>
3335         <ul>
3336           <li>annotation panel disappears when annotation is
3337             hidden/removed</li>
3338         </ul> <em>Application</em>
3339         <ul>
3340           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3341             alignment opened where annotation panel is visible but no
3342             annotations are present on alignment</li>
3343           <li>pasted region containing hidden columns is
3344             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3345           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3346             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3347           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3348             selected Rregions menu item.</li>
3349           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3350             'Un' or 'Non'conserved</li>
3351           <li>Sequence feature settings are being shared by
3352             multiple distinct alignments</li>
3353           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3354             changed</li>
3355           <li>double click on group annotation to select sequences
3356             does not propagate to associated trees</li>
3357           <li>Mac OSX specific issues:
3358             <ul>
3359               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3360                 window background</li>
3361               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3362                 name set correctly</li>
3363               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3364                 save feature colourscheme button</li>
3365             </ul>
3366           </li>
3367         </ul>
3368       </td>
3369     </tr>
3370     <tr>
3371
3372       <td>
3373         <div align="center">
3374           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3375         </div>
3376       </td>
3377       <td><em>New Capabilities</em>
3378         <ul>
3379           <li>URL links generated from description line for
3380             regular-expression based URL links (applet and application)
3381
3382           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3383             menu</li>
3384           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3385             structures</li>
3386           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3387             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3388           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3389             average score or total feature count for each sequence.</li>
3390           <li>Shading features by score or associated description</li>
3391           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3392             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3393           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3394             hide everything but the currently selected region.</li>
3395           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3396         </ul> <em>Application</em>
3397         <ul>
3398           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3399             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3400           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3401             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3402           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3403             database references and protein_name is parsed as
3404             description line (BioSapiens terms).</li>
3405           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3406             references in sequence ID tooltip from View menu in
3407             application.</li>
3408           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3409       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3410           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3411             conservation plots</li>
3412           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3413             and visualized as sequence logos</li>
3414           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3415             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3416           </li>
3417           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3418             when a new tree is opened.</li>
3419           <li>Jalview Java Console</li>
3420           <li>Better placement of desktop window when moving
3421             between different screens.</li>
3422           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3423             consensus annotation</li>
3424           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3425             Workflows</li>
3426           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3427             <ul>
3428               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3429                 used to preserve views, structures, and tree display
3430                 settings)</li>
3431               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3432                 command line</li>
3433               <li>Sharing of selected regions between views and
3434                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3435               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3436             </ul></li>
3437         </ul> <em>Applet</em>
3438         <ul>
3439           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3440           <li>New Parameters
3441             <ul>
3442               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3443                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3444                 opened.</li>
3445               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3446                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3447               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3448                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3449               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3450                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3451                 view</li>
3452               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3453                 increase the height or width of a cell in the alignment
3454                 grid relative to the current font size.</li>
3455             </ul>
3456           </li>
3457           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3458             tooltip</li>
3459         </ul> <em>Other</em>
3460         <ul>
3461           <li>Features format: graduated colour definitions and
3462             specification of feature scores</li>
3463           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3464             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3465             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3466           <li>XML formats extended to support graduated feature
3467             colourschemes, group associated annotation, and profile
3468             visualization settings.</li></td>
3469       <td>
3470         <ul>
3471           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3472             rather than description</li>
3473           <li>Non-positional features are now included in sequence
3474             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3475             visibility in tooltip).</li>
3476           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3477           <li>Added URL embedding instructions to features file
3478             documentation.</li>
3479           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3480             'X' in peptide product</li>
3481           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3482             sequence ID and sequence string and query strings do not
3483             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3484           <li>AMSA files only contain first column of
3485             multi-character column annotation labels</li>
3486           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3487             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3488             exported and re-imported)</li>
3489           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3490             name</li>
3491           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3492             as subsequence matches, and correctly reports total number
3493             of both.</li>
3494           <li>Application:
3495             <ul>
3496               <li>Better handling of exceptions during sequence
3497                 retrieval</li>
3498               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3499                 link text excludes the start_end suffix</li>
3500               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3501                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3502               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3503               <li>Sequence description lines properly shared via
3504                 VAMSAS</li>
3505               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3506                 data sources</li>
3507               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3508                 completes before alignment figures are generated.</li>
3509               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3510                 first time.</li>
3511               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3512                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3513               <li>User defined group colours properly recovered
3514                 from Jalview projects.</li>
3515             </ul>
3516           </li>
3517         </ul>
3518       </td>
3519
3520     </tr>
3521     <tr>
3522       <td>
3523         <div align="center">
3524           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3525         </div>
3526       </td>
3527       <td>
3528         <ul>
3529           <li>Experimental support for google analytics usage
3530             tracking.</li>
3531           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3532         </ul>
3533       </td>
3534       <td>
3535         <ul>
3536           <li>Race condition in applet preventing startup in
3537             jre1.6.0u12+.</li>
3538           <li>Exception when feature created from selection beyond
3539             length of sequence.</li>
3540           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3541           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3542             all sequences with a given id</li>
3543           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3544             ID string searches</li>
3545           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3546             alignment to fail with exception</li>
3547         </ul> <em>Application Issues</em>
3548         <ul>
3549           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3550           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3551             data sources</li>
3552         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3553         <ul>
3554           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3555             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3556           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3557             version (java class versioning error fixed)</li>
3558         </ul>
3559       </td>
3560     </tr>
3561     <tr>
3562       <td>
3563
3564         <div align="center">
3565           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3566         </div>
3567       </td>
3568       <td><em>User Interface</em>
3569         <ul>
3570           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3571             translation and protein products</li>
3572           <li>Linked highlighting of structure associated with
3573             residue mapping to codon position</li>
3574           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3575             and 'clear' button</li>
3576           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3577             Tools menu</li>
3578           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3579             numeric data in description line</li>
3580           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3581           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3582             of sequence</li>
3583         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3584         <ul>
3585           <li>JPred3 web service</li>
3586           <li>Prototype sequence search client (no public services
3587             available yet)</li>
3588           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3589             PFAM</li>
3590           <li>URL Links created for matching database cross
3591             references as well as sequence ID</li>
3592           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3593         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3594         <ul>
3595           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3596             databases</li>
3597           <li>Generalised database reference retrieval and
3598             validation to all fetchable databases</li>
3599           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3600             sequence command</li>
3601         </ul> <em>Import and Export</em>
3602         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3603         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3604           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3605         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3606           File</li>
3607         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3608           triplet as name of colourscheme</li>
3609         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3610         <ul>
3611           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3612           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3613             alignments (experimental)</li>
3614           <li>Create new or select existing session to join</li>
3615           <li>load and save of vamsas documents</li>
3616         </ul> <em>Application command line</em>
3617         <ul>
3618           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3619             from applet)</li>
3620           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3621             of DAS servers to query for alignment features</li>
3622           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3623             that are also automatically queried for features</li>
3624           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3625             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3626         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3627         <ul>
3628           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3629             application (when using &quot;View in full
3630             application&quot;)</li>
3631         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3632         <ul>
3633           <li>feature group display control parameter</li>
3634           <li>debug parameter</li>
3635           <li>showbutton parameter</li>
3636         </ul> <em>Applet API methods</em>
3637         <ul>
3638           <li>newView public method</li>
3639           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3640           <li>Feature display control methods</li>
3641           <li>get list of currently selected sequences</li>
3642         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3643         <ul>
3644           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3645           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3646             Jalview release.</li>
3647           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3648             property controls execution of obfuscator</li>
3649           <li>Build target for generating source distribution</li>
3650           <li>Debug flag for javacc</li>
3651           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3652             jalview.bin.Cache</li>
3653           <li>Continuous Build Integration for stable and
3654             development version of Application, Applet and source
3655             distribution</li>
3656         </ul></td>
3657       <td>
3658         <ul>
3659           <li>selected region output includes visible annotations
3660             (for certain formats)</li>
3661           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3662             for editing</li>
3663           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3664           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3665           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3666           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3667             comments</li>
3668           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3669             filenames containing a ':'</li>
3670           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3671             global sequence features</li>
3672           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3673             references from alignment sequences goes to zero</li>
3674           <li>Close of tree branch colour box without colour
3675             selection causes cascading exceptions</li>
3676           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3677           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3678             file parsing fails.</li>
3679           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3680           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3681             not a valid output format</li>
3682           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3683             vamsas</li>
3684           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3685           <li>error messages passed up and output when data read
3686             fails</li>
3687           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3688             sequence is edited</li>
3689           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3690             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3691           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3692             filetype</li>
3693           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3694             import fixed for PFAM records</li>
3695           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3696             window list</li>
3697           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3698             can be read and written correctly to annotation file</li>
3699           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3700             correctly</li>
3701           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3702             non-italic font for representatives in Applet</li>
3703           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3704             Macs.</li>
3705           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3706             Applet)</li>
3707           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3708             due to null pointer exceptions</li>
3709           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3710             first column of alignment</li>
3711           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3712             July 2008</li>
3713           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3714             file is case-insensitive</li>
3715           <li>Sequence features read from Features file appended to
3716             all sequences with matching IDs</li>
3717           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3718             containing a sub-sequence</li>
3719           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3720           <li>feature and annotation file applet parameters
3721             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3722           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3723           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3724             splash-screen version check to complete</li>
3725           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3726             when passing them to the launchApp service</li>
3727           <li>display name and local features preserved in results
3728             retrieved from web service</li>
3729           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3730             sequence fetcher initialisation</li>
3731           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3732             dasobert DAS client</li>
3733           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3734             association</li>
3735           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3736             sequences
3737           </li>
3738         </ul>
3739       </td>
3740     </tr>
3741     <tr>
3742       <td>
3743         <div align="center">
3744           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3745         </div>
3746       </td>
3747       <td>
3748         <ul>
3749           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3750           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3751           <li>Slide sequences</li>
3752           <li>Edit sequence in place</li>
3753           <li>EMBL CDS features</li>
3754           <li>DAS Feature mapping</li>
3755           <li>Feature ordering</li>
3756           <li>Alignment Properties</li>
3757           <li>Annotation Scores</li>
3758           <li>Sort by scores</li>
3759           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3760         </ul>
3761       </td>
3762       <td>
3763         <ul>
3764           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3765           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3766           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3767           <li>Feature group display state in XML</li>
3768           <li>Feature ordering in XML</li>
3769           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3770           <li>Stockholm alignment properties</li>
3771           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3772           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3773           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3774           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3775         </ul>
3776       </td>
3777
3778     </tr>
3779     <tr>
3780       <td>
3781         <div align="center">
3782           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3783         </div>
3784       </td>
3785       <td>
3786         <ul>
3787           <li>Non standard characters can be read and displayed
3788           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3789             applet via textbox
3790           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3791             name &amp; description
3792           <li>Preference setting to display sequence name in
3793             italics
3794           <li>Annotation file format extended to allow
3795             Sequence_groups to be defined
3796           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3797             specified in preferences
3798           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3799             sequences
3800         </ul>
3801       </td>
3802       <td>
3803         <ul>
3804           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3805             installed
3806           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3807           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3808         </ul>
3809       </td>
3810     </tr>
3811     <tr>
3812       <td>
3813         <div align="center">
3814           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3815         </div>
3816       </td>
3817       <td>
3818         <ul>
3819           <li>Multiple views on alignment
3820           <li>Sequence feature editing
3821           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3822           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3823           <li>Background dependent text colour
3824           <li>Right align sequence ids
3825           <li>User-defined lower case residue colours
3826           <li>Format Menu
3827           <li>Select Menu
3828           <li>Menu item accelerator keys
3829           <li>Control-V pastes to current alignment
3830           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3831           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3832           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3833
3834           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3835         </ul>
3836       </td>
3837       <td>
3838         <ul>
3839           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3840           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3841             calculations
3842           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3843             edits
3844           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3845             of alignment)
3846           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3847
3848           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3849             display correctly
3850           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3851           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3852             analysis results
3853           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3854             &#8739;
3855           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3856           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3857           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3858
3859         </ul>
3860       </td>
3861     </tr>
3862     <tr>
3863       <td>
3864         <div align="center">
3865           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3866         </div>
3867       </td>
3868       <td>
3869         <ul>
3870           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3871         </ul>
3872       </td>
3873       <td>
3874         <ul>
3875           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3876             sequence id panel has been resized</li>
3877           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3878             rendered</li>
3879           <li>Annotation files with sequence references - all
3880             elements in file are relative to sequence position</li>
3881           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3882         </ul>
3883       </td>
3884     </tr>
3885     <tr>
3886       <td>
3887         <div align="center">
3888           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3889         </div>
3890       </td>
3891       <td>
3892         <ul>
3893           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3894           <li>DAS Feature fetching</li>
3895           <li>Hide sequences and columns</li>
3896           <li>Export Annotations and Features</li>
3897           <li>GFF file reading / writing</li>
3898           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3899             files</li>
3900           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3901           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3902           <li>Applet can launch the full application</li>
3903           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3904             required)</li>
3905           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3906           <li>Applet can load sequences from parameter
3907             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3908           </li>
3909         </ul>
3910       </td>
3911       <td>
3912         <ul>
3913           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3914           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3915           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3916         </ul>
3917       </td>
3918     </tr>
3919     <tr>
3920       <td>
3921         <div align="center">
3922           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3923         </div>
3924       </td>
3925       <td>
3926         <ul>
3927           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3928           <li>Choose to match case when searching</li>
3929           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3930             expand the visible width and height of the alignment</li>
3931         </ul>
3932       </td>
3933       <td>
3934         <ul>
3935           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3936         </ul>
3937       </td>
3938     </tr>
3939     <tr>
3940       <td>
3941         <div align="center">
3942           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3943         </div>
3944       </td>
3945       <td>&nbsp;</td>
3946       <td>
3947         <ul>
3948           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3949           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3950             value</li>
3951         </ul>
3952       </td>
3953     </tr>
3954     <tr>
3955       <td>
3956         <div align="center">
3957           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3958         </div>
3959       </td>
3960       <td>
3961         <ul>
3962           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3963           <li>Keyboard editing</li>
3964           <li>Create sequence features from searches</li>
3965           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3966             alignments</li>
3967           <li>Features file allows grouping of features</li>
3968           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3969           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3970           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3971         </ul>
3972       </td>
3973       <td>
3974         <ul>
3975           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3976           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3977             descriptions saved.</li>
3978         </ul>
3979       </td>
3980     </tr>
3981     <tr>
3982       <td>
3983         <div align="center">
3984           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3985         </div>
3986       </td>
3987       <td>
3988         <ul>
3989           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3990           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3991           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3992             name for file output</li>
3993           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3994           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3995             used for HTML form input</li>
3996         </ul>
3997       </td>
3998       <td>
3999         <ul>
4000           <li>HTML output writes groups and features</li>
4001           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4002           <li>File IO bugs</li>
4003         </ul>
4004       </td>
4005     </tr>
4006     <tr>
4007       <td>
4008         <div align="center">
4009           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4010         </div>
4011       </td>
4012       <td>
4013         <ul>
4014           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4015           <li>More options for PCA viewer</li>
4016         </ul>
4017       </td>
4018       <td>
4019         <ul>
4020           <li>GUI bugs resolved</li>
4021           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4022         </ul>
4023       </td>
4024     </tr>
4025     <tr>
4026       <td height="63">
4027         <div align="center">
4028           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4029         </div>
4030       </td>
4031       <td>
4032         <ul>
4033           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4034           <li>Jar files are executable</li>
4035           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4036         </ul>
4037       </td>
4038       <td>
4039         <ul>
4040           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4041           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4042           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4043         </ul>
4044       </td>
4045     </tr>
4046     <tr>
4047       <td>
4048         <div align="center">
4049           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4050         </div>
4051       </td>
4052       <td>
4053         <ul>
4054           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4055         </ul>
4056       </td>
4057       <td>
4058         <ul>
4059           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4060         </ul>
4061       </td>
4062     </tr>
4063     <tr>
4064       <td>
4065         <div align="center">
4066           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4067         </div>
4068       </td>
4069       <td>
4070         <ul>
4071           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4072             size</li>
4073         </ul>
4074       </td>
4075       <td>
4076         <ul>
4077           <li>Improved JPred client reliability</li>
4078           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4079         </ul>
4080       </td>
4081     </tr>
4082     <tr>
4083       <td>
4084         <div align="center">
4085           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4086         </div>
4087       </td>
4088       <td>
4089         <ul>
4090           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4091           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4092           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4093             to Colour Menu</li>
4094           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4095           <li>Unix users can set default web browser</li>
4096           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4097           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4098         </ul>
4099       </td>
4100       <td>
4101         <ul>
4102           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4103         </ul>
4104       </td>
4105     </tr>
4106     <tr>
4107       <td>
4108         <div align="center">
4109           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4110         </div>
4111       </td>
4112       <td>&nbsp;</td>
4113       <td>
4114         <ul>
4115           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4116             alignment order.</li>
4117         </ul>
4118       </td>
4119     </tr>
4120     <tr>
4121       <td>
4122         <div align="center">
4123           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4124         </div>
4125       </td>
4126       <td>
4127         <ul>
4128           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4129           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4130           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4131             annotations.</li>
4132           <li>Version and build date written to build properties
4133             file.</li>
4134           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4135             at launch of Jalview.</li>
4136         </ul>
4137       </td>
4138       <td>
4139         <ul>
4140           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4141           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4142           <li>Can remove groups one by one.</li>
4143           <li>Filechooser icons installed.</li>
4144           <li>Finder ignores return character when searching.
4145             Return key will initiate a search.<br>
4146           </li>
4147         </ul>
4148       </td>
4149     </tr>
4150     <tr>
4151       <td>
4152         <div align="center">
4153           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4154         </div>
4155       </td>
4156       <td>
4157         <ul>
4158           <li>New codebase</li>
4159         </ul>
4160       </td>
4161       <td>&nbsp;</td>
4162     </tr>
4163   </table>
4164   <p>&nbsp;</p>
4165 </body>
4166 </html>