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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>6/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
  81               InstallAnywhere increased to 1G.
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  85               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  86               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
  87                 Format menu, or for command-line use via a jalview
  88                 properties file.</em>
  89             </li>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
  92               API and sequence data now imported as JSON.
  93             </li>
  94             <li>
  95               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
  96               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
  97               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
  98               property.
  99             </li>
 100           </ul>
 101           <em>Development</em>
 102           <ul>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 105               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 106                 Clover</a>
 107             </li>
 108           </ul>
 109         </div></td>
 110     <td><div align="left">
 111         <em></em>
 112         <ul>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 115               annotation displayed.
 116             </li>
 117             <li>
 118               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 119               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 120               visible.
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 124               when sequences are selected in exported view.</em>
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 128               aren't rendered with correct colour.
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 132               types of knotted RNA secondary structure.
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 136               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 137               do not start at 1.
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 141               annotation when columns are inserted into an alignment,
 142               and when exporting as Stockholm flatfile.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 146               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 147               treated as RNA secondary structure.
 148             </li>
 149           </ul>
 150           <em>Java 10 Issues</em>
 151           <ul>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 154               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 155               box.
 156             </li>
 157           </ul>
 158       </div>
 159     </td>
 160     </tr>
 161     <tr>
 162       <td width="60" nowrap>
 163         <div align="center">
 164           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 165             <em>7/06/2018</em></strong>
 166         </div>
 167       </td>
 168       <td><div align="left">
 169           <em></em>
 170           <ul>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 173               annotation retrieved from Uniprot
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 177               onto the Jalview Desktop
 178             </li>
 179           </ul>
 180         </div></td>
 181       <td><div align="left">
 182           <em></em>
 183           <ul>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 186               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 190               right-hand column parsed correctly
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 194               not alignment area in exported graphic
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 198               window has input focus
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 202               annotation added to view (Windows)
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 206               network connectivity is poor
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 210               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 211                 the currently open URL and links from a page viewed in
 212                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 213                 you are using Edge, only links in the page can be
 214                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 215                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 216             </li>
 217           </ul>
 218         </div></td>
 219     </tr>
 220     <tr>
 221       <td width="60" nowrap>
 222         <div align="center">
 223           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 224         </div>
 225       </td>
 226       <td><div align="left">
 227           <em></em>
 228           <ul>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 231               for disabling automatic superposition of multiple
 232               structures and open structures in existing views
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 236               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 237               adjust them.
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 241               Ensembl services
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 245               and lots of hidden columns
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 249               of features (particularly when transparency is disabled)
 250             </li>
 251           </ul>
 252           </div>
 253       </td>
 254       <td><div align="left">
 255           <ul>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 258               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 262               overlapping alignment panel
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 266               sequence as gaps
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 270               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 271               UTR
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 275               factor annotation not added to sequence when local PDB
 276               file associated with it by drag'n'drop or structure
 277               chooser
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 281               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 285               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 289               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 293               columns in annotation row
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 297               honored in batch mode
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 301               for structures added to existing Jmol view
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 305               entries after importing project with multiple views
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 309               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 310               with negative residue numbers or missing residues fails
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 314               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 315               as generated by CONSURF)
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 319               tooltip doesn't include a text description of mutation
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 323               structure and/or overview windows are also shown
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 327               very slow for alignments with large numbers of sequences
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 331               with 'StringIndexOutOfBounds'
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 335               platforms running Java 10
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 339               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 340             </li>
 341           </ul>
 342           <em>Applet</em>
 343           <ul>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 346               should copy the group consensus when popup is opened on it
 347             </li>
 348           </ul>
 349           <em>Batch Mode</em>
 350           <ul>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 353           </li>
 354           </ul>
 355           <em>New Known Defects</em>
 356           <ul>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 359               editing a large alignment and overview is displayed
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 363               repeatedly after a series of edits even when the overview
 364               is no longer reflecting updates
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 368               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 369               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 370               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 371             </li>
 372           </ul>
 373         </div>
 374           </td>
 375     </tr>
 376     <tr>
 377       <td width="60" nowrap>
 378         <div align="center">
 379           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 380         </div>
 381       </td>
 382       <td><div align="left">
 383           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 384               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 385       <td><div align="left">
 386           <em>Desktop</em><ul>
 387           <ul>
 388             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 389             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 390             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 391             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 392             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 393             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 394             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 395           </ul>
 396           </div>
 397       </td>
 398     </tr>
 399     <tr>
 400       <td width="60" nowrap>
 401         <div align="center">
 402           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 403         </div>
 404       </td>
 405       <td><div align="left">
 406           <em></em>
 407           <ul>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 410               rendering of sequence features
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 414               429 rate limit request hander
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 418               their colours have changed
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 422               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 426               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 430               view from Ensembl locus cross-references
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 434               Alignment report
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 438               feature can be disabled
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 442               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 446               Uniprot
 447             </li>
 448           </ul>
 449           <em>Scripting</em>
 450           <ul>
 451             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 452             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 453               percent identity scores for current alignment.</li>
 454           </ul>
 455           <em>Testing and Deployment</em>
 456           <ul>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 459             </li>
 460           </ul>
 461         </div></td>
 462       <td><div align="left">
 463           <em>General</em>
 464           <ul>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 467               threshold text field doesn't trigger an update to the
 468               alignment view
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 472               strings in parallel
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 476               alignment window is closed
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 480               group visibility
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 484               takes a long time in Cursor mode
 485             </li>
 486           </ul>
 487           <em>Desktop</em>
 488           <ul>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 491               cannot be viewed in Chimera
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 495               CDS/Protein view
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 499               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 500               Search Dialogs
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 510               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 514               scrolling right in unwapped alignment view
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 518               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 519               database
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 523               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 527               features of same type and group to be selected for
 528               amending
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 532               alignments when hidden columns are present
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 536               displaying several structures
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 540               moving a window
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 544               within the Jalview desktop on OSX
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 548               when in wrapped alignment mode
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 552               hand end of alignment
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 556               each selected sequence do not have correct start/end
 557               positions
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 561               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 565               restoring project until a new view is created
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 569               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 570               configured (since 2.10.2b2)
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 574               position is adjusted
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 578               in a multi-chain structure when viewing alignment
 579               involving more than one chain (since 2.10)
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 583               if new selection moves alignment window
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 587               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 591               that produces correctly annotated transcripts and products
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 595               doesn't update associated structure view
 596             </li>
 597           </ul>
 598           <em>Applet</em><br />
 599           <ul>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 602               closing alignment panel
 603             </li>
 604           </ul>
 605           <em>BioJSON</em><br />
 606           <ul>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 609               non-positional features
 610             </li>
 611           </ul>
 612           <em>New Known Issues</em>
 613           <ul>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 616               sequence features correctly (for many previous versions of
 617               Jalview)
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 621               using cursor in wrapped panel other than top
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 625               graduated colour threshold
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 629               always preserve numbering and sequence features
 630             </li>
 631           </ul>
 632           <em>Known Java 9 Issues</em>
 633           <ul>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 636               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 637               9.01, OSX 10.10)
 638             </li>
 639           </ul>
 640         </div></td>
 641     </tr>
 642     <tr>
 643       <td width="60" nowrap>
 644         <div align="center">
 645           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 646             <em>2/10/2017</em></strong>
 647         </div>
 648       </td>
 649       <td><div align="left">
 650           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 651           <ul>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 654             </li>
 655             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 656             </li>
 657           </ul>
 658         </div></td>
 659       <td><div align="left">
 660         </div></td>
 661     </tr>
 662     <tr>
 663       <td width="60" nowrap>
 664         <div align="center">
 665           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 666             <em>7/9/2017</em></strong>
 667         </div>
 668       </td>
 669       <td><div align="left">
 670           <em></em>
 671           <ul>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 674               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 675               white)
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 679               Preferences
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 683               in size and progress bar shown as higher resolution
 684               overview is recalculated
 685             </li>
 686
 687           </ul>
 688         </div></td>
 689       <td><div align="left">
 690           <em></em>
 691           <ul>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 694               column region row by row
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 698               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 702               format setting is unticked
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 706               if group has show boxes format setting unticked
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 710               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 711               include sequences and columns not currently displayed
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 715               assemblies are imported via CIF file
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 719               displayed when threshold or conservation colouring is also
 720               enabled.
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 724               server version
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 728               dragging a selected region off the visible region of the
 729               alignment
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 733               colourscheme to all groups in a view
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 737               initially after font size change using the Font chooser or
 738               middle-mouse zoom
 739             </li>
 740           </ul>
 741         </div></td>
 742     </tr>
 743     <tr>
 744       <td width="60" nowrap>
 745         <div align="center">
 746           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 747         </div>
 748       </td>
 749       <td><div align="left">
 750           <em>Calculations</em>
 751           <ul>
 752
 753             <li>
 754               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 755               ungapped positions in each column of the alignment.
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 759               a calculation dialog box
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 763               and memory efficiency (~30x faster)
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 767               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 768               and other calculations
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 772               files within the Jalview codebase
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 776               Similarity may have different topology due to increased
 777               precision
 778             </li>
 779           </ul>
 780           <em>Rendering</em>
 781           <ul>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 784               model for alignments and groups
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 788               scripts
 789             </li>
 790           </ul>
 791           <em>Overview</em>
 792           <ul>
 793             <li>
 794               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 795               with alignment and overview windows
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 799               overview
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 803               omitted in Overview
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 807               adjustment of visible position
 808             </li>
 809           </ul>
 810
 811           <em>Data import/export</em>
 812           <ul>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 815               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 819               annotation input/output via stockholm flatfile
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 823               extension when importing structure files without embedded
 824               names or PDB accessions
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 828               format sequence substitution matrices
 829             </li>
 830           </ul>
 831           <em>User Interface</em>
 832           <ul>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 835               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 836               the application.
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 840               via Overview or sequence motif search operations
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 844               opened by double clicking gaps within sequence feature
 845               extent
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 849               aligned positions were available to create a 3D structure
 850               superposition.
 851             </li>
 852           </ul>
 853           <em>3D Structure</em>
 854           <ul>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 857               coloured in linked structure views
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 861               file-based command exchange
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 865               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 866               structures are already available for sequences
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 870               the Jalview project rather than downloaded again when the
 871               project is reopened.
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 875               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 876               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 877                 Feature</strong>)
 878             </li>
 879           </ul>
 880           <em>Web Services</em>
 881           <ul>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 887               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 888               Analysis services
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 892               cross-references provided by identifiers.org and the
 893               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 894             </li>
 895           </ul>
 896
 897           <em>Scripting</em>
 898           <ul>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 901               identifying file formats (instead of String constants)
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 905               efficiency when counting all displayed features (not
 906               backwards compatible with 2.10.1)
 907             </li>
 908           </ul>
 909           <em>Example files</em>
 910           <ul>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 913               included in the example feature file
 914             </li>
 915           </ul>
 916           <em>Documentation</em>
 917           <ul>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 920               with the built-in Java help viewer
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 924               sequence description' option
 925             </li>
 926           </ul>
 927           <em>Test Suite</em>
 928           <ul>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 931               Uniprot REST Free Text Search Client
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 938               during tests
 939             </li>
 940           </ul>
 941         </div></td>
 942       <td><div align="left">
 943           <em>Calculations</em>
 944           <ul>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 947               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 948               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 949             </li>
 950             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 951               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 952               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 953               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 954               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 955               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 956               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 957               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 958               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 959               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 960               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 961               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 962               // for 2.10.1 mode <br />
 963               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 964               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 965                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 966                 calculations (not recommended)</em></li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 969               scaling of branch lengths for trees computed using
 970               Sequence Feature Similarity.
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 974               generating output report when working with highly
 975               redundant alignments
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 979               right of selected region when gaps present on right-hand
 980               boundary
 981             </li>
 982           </ul>
 983           <em>User Interface</em>
 984           <ul>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 987               doesn't reselect a specific sequence's associated
 988               annotation after it was used for colouring a view
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 992               opened on a region of alignment without groups
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 996               of an alignment with overlapping groups
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1000               name and description match
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1004               hidden regions results in incorrect hidden regions
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1008               changing colour does not apply Conservation slider value
1009               to all groups
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1013               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1017               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1021               gaps before start of features
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1025               restored to UI when feature colour is edited
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1029               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1033               as graduate feature colour settings are modified via the
1034               dialog box
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1038               when a group defined on the alignment is resized
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1042               wrapped view result in positional status updates
1043             </li>
1044
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1047               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1051               alignment included gapped columns
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1055               widgets don't permanently disappear
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1059               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1060               T-Coffee column reliability scores)
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1064               sequence feature on gaps only
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1068               button from a Find inherit previously defined feature type
1069               rather than the Find query string
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1073               exporting tree calculated in Jalview
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1077               and then revealing them reorders sequences on the
1078               alignment
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1082               doesn't update to reflect available set of groups after
1083               interactively adding or modifying features
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1087               Linux
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1091               only excluded gaps in current sequence and ignored
1092               selection.
1093             </li>
1094           </ul>
1095           <em>Rendering</em>
1096           <ul>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1099               erratically when hidden rows or columns are present
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1103               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1104               sequence colouring
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1108               colour and group colour menu for protein alignments
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1112               reflect currently selected view or group's shading
1113               thresholds
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1117               when rendered on overview and structures when opacity at
1118               100%
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1122               overview when features overlaid on alignment
1123             </li>
1124           </ul>
1125           <em>Data import/export</em>
1126           <ul>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1129               load
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1133               added after a sequence was imported are not written to
1134               Stockholm File
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1138               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1142               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1146               with lightGray or darkGray via features file (but can
1147               specify lightgray)
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1151               when alignment view imported from project
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1155               structure and sequences extracted from structure files
1156               imported via URL and viewed in Jmol
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1160               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1161               the project is loaded and the structure viewed
1162             </li>
1163           </ul>
1164           <em>Web Services</em>
1165           <ul>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1168               release of Ensembl v.88
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1172               appear enabled in Preferences->Connections
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1176               removed from console output
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1180               Ensembl by Peptide ID
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1184               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1185               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1186               due to 'null' string rather than empty string used for
1187               residues with no corresponding PDB mapping).
1188             </li>
1189           </ul>
1190           <em>Application UI</em>
1191           <ul>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1194               menu
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1198               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1199               new documentation and tooltips added)
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1203               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1207               new features are added to alignment
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1211               changes to feature colours via the Amend features dialog
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1215               edit graduated feature colour via amend features dialog
1216               box
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1220               selection menu changes colours of alignment views
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1224               from alignment calculation workers after alignment has
1225               been closed
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1229               groups now 'Create Group'
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1233               Create/Undefine group doesn't always work
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1237               shown again after pressing 'Cancel'
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1241               adjusts start position in wrap mode
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1245               ambiguous amino acids
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1249               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1250               proteins
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1254               Defined' don't appear in Colours menu
1255             </li>
1256           </ul>
1257           <em>Applet</em>
1258           <ul>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1261               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1265               overview or linked structure view
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1269               work (since 2.8)
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1273               user-defined colourscheme doesn't restore original
1274               colourscheme
1275             </li>
1276           </ul>
1277           <em>Test Suite</em>
1278           <ul>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1281               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1285               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1286               problems with deep array comparison equality asserts in
1287               successive versions of TestNG
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1291               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1292             </li>
1293           </ul>
1294           <em>New Known Issues</em>
1295           <ul>
1296             <li>
1297               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1298               phase after a sequence motif find operation
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1302               containing just upper and lower case letters are
1303               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1307               reliably from eggnog Ortholog database
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1311               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1312               to mark columns containing highlighted regions.
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1316               doesn't always add secondary structure annotation.
1317             </li>
1318           </ul>
1319         </div>
1320     <tr>
1321       <td width="60" nowrap>
1322         <div align="center">
1323           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1324         </div>
1325       </td>
1326       <td><div align="left">
1327           <em>General</em>
1328           <ul>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1331               for all consensus calculations
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1335               3rd Oct 2016)
1336             </li>
1337             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1338               for 2016-2017</li>
1339           </ul>
1340           <em>Application</em>
1341           <ul>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1344               set of database cross-references, sorted alphabetically
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1348               from database cross references. Users with custom links
1349               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1350                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1354               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1355               Chimera session
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1359               the Chimera it is connected to is shut down
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1363               columns menu item to mark columns containing highlighted
1364               regions (e.g. from structure selections or results of a
1365               Find operation)
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1369               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1370               MSAviewer
1371             </li>
1372           </ul>
1373         </div></td>
1374       <td>
1375         <div align="left">
1376           <em>General</em>
1377           <ul>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1380               are not coloured or thresholded according to percent
1381               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1385               hydrophobic
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1389               threshold, amino acid properties)
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1393               reported as mapped to residues in a structure file in the
1394               View Mapping report
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1398               could be added multiple times to a sequence
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1402               bond features shown as two highlighted residues rather
1403               than a range in linked structure views, and treated
1404               correctly when selecting and computing trees from features
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1408               cross-references are matched to database name regardless
1409               of case
1410             </li>
1411
1412           </ul>
1413           <em>Application</em>
1414           <ul>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1417               names without regular expressions also offer links from
1418               Sequence ID
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1422               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1423               update Jalview configuration
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1427               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1431               files with similarly named sequences if dropped onto the
1432               alignment
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1436               entries where more chains exist in the PDB accession than
1437               are reported in the SIFTS file
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1441               the structure view when displayed with Chimera
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1445               panel's View->Show Chains submenu
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1449               work for wrapped alignment views
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1453               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1457               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1458               first annotation row
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1462               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1466               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1467             </li>
1468             <!-- JAL-2319 -->
1469             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1470             coordindate data
1471             </li>
1472           </ul>
1473           <!--           <em>New Known Issues</em>
1474           <ul>
1475             <li></li>
1476           </ul> -->
1477         </div>
1478       </td>
1479     </tr>
1480     <td width="60" nowrap>
1481       <div align="center">
1482         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1483           <em>25/10/2016</em></strong>
1484       </div>
1485     </td>
1486     <td><em>Application</em>
1487       <ul>
1488         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1489           view if structures already loaded</li>
1490         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1491           structure views</li>
1492       </ul></td>
1493     <td>
1494       <div align="left">
1495         <em>General</em>
1496         <ul>
1497           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1498             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1499           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1500             example sequences/projects/trees</li>
1501         </ul>
1502         <em>Application</em>
1503         <ul>
1504           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1505             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1506           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1507             without timeout for structures with multiple models or
1508             multiple sequences in alignment</li>
1509           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1510             PDB ID HEADER line</li>
1511           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1512             is performed</li>
1513           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1514             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1515           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1516           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1517             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1518             option</li>
1519           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1520             is created on the alignment</li>
1521           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1522             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1523             pop-up menu</li>
1524         </ul>
1525         <em>Build and deployment</em>
1526         <ul>
1527           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1528             tags</li>
1529         </ul>
1530         <em>New Known Issues</em>
1531         <ul>
1532           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1533             on Windows</li>
1534         </ul>
1535       </div>
1536     </td>
1537     </tr>
1538     <tr>
1539       <td width="60" nowrap>
1540         <div align="center">
1541           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1542         </div>
1543       </td>
1544       <td><em>General</em>
1545         <ul>
1546           <li>
1547             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1548           </li>
1549           <li>
1550             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1551             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1552             better PDB parsing.
1553           </li>
1554           <li>
1555             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1556             reference sequence
1557           </li>
1558           <li>
1559             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1560             mousing over sequence associated annotation
1561           </li>
1562           <li>
1563             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1564             for manual entry
1565           </li>
1566           <li>
1567             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1568             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1569             for each column
1570           </li>
1571           <li>
1572             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1573             showing or hiding columns containing a feature
1574           </li>
1575           <li>
1576             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1577             group and sequence associated annotation labels
1578           </li>
1579           <li>
1580             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1581             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1582             dialogs
1583           </li>
1584
1585         </ul> <em>Application</em>
1586         <ul>
1587           <li>
1588             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1589             gene/transcript view
1590           </li>
1591           <li>
1592             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1593             dialog
1594           </li>
1595           <li>
1596             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1597             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1598           </li>
1599           <li>
1600             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1601             Pfam sources to xfam.org
1602           </li>
1603           <li>
1604             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1605           </li>
1606           <li>
1607             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1608             over sequences in Jalview
1609           </li>
1610           <li>
1611             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1612             regions in ENA and EMBL
1613           </li>
1614           <li>
1615             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1616             for record retrieval via ENA rest API
1617           </li>
1618           <li>
1619             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1620             complement operator
1621           </li>
1622           <li>
1623             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1624             groovy script execution
1625           </li>
1626           <li>
1627             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1628             alignment window's Calculate menu
1629           </li>
1630           <li>
1631             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1632             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1633           </li>
1634           <li>
1635             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1636             calculation workers from groovy scripts
1637           </li>
1638           <li>
1639             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1640             Jalview projects
1641           </li>
1642           <li>
1643             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1644             associations are now saved/restored from project
1645           </li>
1646           <li>
1647             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1648             before sequence fetcher is opened
1649           </li>
1650           <li>
1651             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1652             database chooser opens a sequence fetcher
1653           </li>
1654           <li>
1655             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1656             the UniProt REST API
1657           </li>
1658           <li>
1659             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1660             the news reader opening
1661           </li>
1662           <li>
1663             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1664             querying stored in preferences
1665           </li>
1666           <li>
1667             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1668             search results
1669           </li>
1670           <li>
1671             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1672           </li>
1673           <li>
1674             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1675             menu for nucleotide sequences
1676           </li>
1677           <li>
1678             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1679             and feature counts preserves alignment ordering (and
1680             debugged for complex feature sets).
1681           </li>
1682           <li>
1683             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1684             viewing structures with Jalview 2.10
1685           </li>
1686           <li>
1687             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1688             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1689             Ensembl Genomes REST API
1690           </li>
1691           <li>
1692             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1693             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1694             (Ensembl)
1695           </li>
1696           <li>
1697             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1698             sequences
1699           </li>
1700           <li>
1701             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1702             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1703             data from external database records.
1704           </li>
1705           <li>
1706             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1707             efficient recovery of sequence coding and alignment
1708             annotation relationships.
1709           </li>
1710         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1711         <ul>
1712           <li>
1713             -- JAL---
1714           </li>
1715         </ul> --></td>
1716       <td>
1717         <div align="left">
1718           <em>General</em>
1719           <ul>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1722               menu on OSX
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1726               includes graduated colourschemes
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1730               working with big alignments and lots of hidden columns
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1734               at right of alignment window
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1738               contents
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1742               for DNA alignments
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1746               based tree calculation
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1750               unconserved enabled for group on alignment
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1754               set as reference
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1758               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1759               annotation
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1763               hidden columns present
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1767               user created annotation added to alignment
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1771               '()' base pair annotation
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1775               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1776               Consensus
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1780               feature not working
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1784               beginning of sequence
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1788               entry 3a6s
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1792               from a tree when t-coffee scores are shown
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1796               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1800               some structures
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1804               to Clustal, PIR and PileUp output
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1808               not visible causes alignment window to repaint
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1812               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1813               scores associated with features and annotation rows
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1817               calculation should be case independent
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1821               columns
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1825               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1826               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1830               problems when reference sequence defined and 'show
1831               non-conserved' enabled
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1835               load even when Consensus calculation is disabled
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1839               alignment does nothing
1840             </li>
1841           </ul>
1842           <em>Application</em>
1843           <ul>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1846               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1847               yet fixed for El Capitan)
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1851               output when running on non-gb/us i18n platforms
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1855               hidden sequences as flat-file alignment
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1859               launching Chimera
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1863               (also hotfix for 2.9.0b2)
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1867               reference sequence defined
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1871               alignments and views when revealing hidden columns
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1875               view in a cDNA/Protein splitframe
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1879               sequence from project when only one sequence is
1880               represented
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1884               in Structure Chooser
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1888               structure consensus didn't refresh annotation panel
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1892               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1896               dialogs format columns correctly, don't display array
1897               data, sort columns according to type
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1901               file chooser is cancelled during an image export
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1905               sequence name containing special characters
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1909               case insensitive
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1913               formatting don't wrap
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1917               truncated so L looks like I in consensus annotation
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1921               currently displayed features for the current selection or
1922               view
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1926               after fetching cross-references, and restoring from
1927               project
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1931               followed in the structure viewer
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1935               splitframe not restored from project
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1939               trailing end of protein alignment in transcript/product
1940               splitview when pad-gaps not enabled by default
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1944               is case dependent
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1948               article has been read (reopened issue due to
1949               internationalisation problems)
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1953               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1954               cross-references
1955             </li>
1956
1957             <li>
1958               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1959               alignment as HTML
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1963               multiple structures are shown for one or more sequences.
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1967               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1968               is enabled.
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1972               specific PDB id for sequence
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1976               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1977               columns' is disabled.
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1981               selects lowest rather than highest resolution structures
1982               for each sequence
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1986               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1990               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1994               after clicking on it to create new annotation for a
1995               column.
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1999               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2000             </li>
2001             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2002             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2003           </ul>
2004           <em>Applet</em>
2005           <ul>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2008               hidden columns present before start of sequence
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2012               (JSON jars)
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2016               sequences are hidden in applet
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2020               deployment on examples pages.
2021             </li>
2022           </ul>
2023         </div>
2024       </td>
2025     </tr>
2026     <tr>
2027       <td width="60" nowrap>
2028         <div align="center">
2029           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2030             <em>16/10/2015</em></strong>
2031         </div>
2032       </td>
2033       <td><em>General</em>
2034         <ul>
2035           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2036             jars</li>
2037         </ul></td>
2038       <td>
2039         <div align="left">
2040           <em>Application</em>
2041           <ul>
2042             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2043               shown when tree is partitioned</li>
2044             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2045               multiple cDNA/Protein split views</li>
2046           </ul>
2047         </div>
2048       </td>
2049     </tr>
2050     <tr>
2051       <td width="60" nowrap>
2052         <div align="center">
2053           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2054             <em>8/10/2015</em></strong>
2055         </div>
2056       </td>
2057       <td><em>General</em>
2058         <ul>
2059           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2060             2.9</li>
2061         </ul> <em>Application</em>
2062         <ul>
2063           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2064           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2065           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2066         </ul> <em>Applet</em>
2067         <ul>
2068           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2069         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2070         <ul>
2071           <li>
2072             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2073             suite
2074           </li>
2075         </ul></td>
2076       <td>
2077         <div align="left">
2078           <em>General</em>
2079           <ul>
2080             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2081               incorrect when sequence start > 1</li>
2082             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2083               documentation</li>
2084             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2085             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2086               loading a features file containing HTML tags in feature
2087               description</li>
2088
2089           </ul>
2090           <em>Application</em>
2091           <ul>
2092             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2093               reimport</li>
2094             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2095               with 'trim retrieved sequences'</li>
2096             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2097               deleting selected columns</li>
2098             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2099               JNLP templates for webstart launch</li>
2100             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2101               unreleased structures for download or viewing</li>
2102             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2103               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2104             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2105               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2106             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2107               recovered from jalview project</li>
2108             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2109               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2110               alignment view</li>
2111             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2112               color schemes from BioJSON</li>
2113           </ul>
2114           <em>Applet</em>
2115           <ul>
2116             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2117               frame</li>
2118             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2119           </ul>
2120         </div>
2121       </td>
2122     </tr>
2123     <tr>
2124       <td><div align="center">
2125           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2126         </div></td>
2127       <td><em>General</em>
2128         <ul>
2129           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2130             alignments:
2131             <ul>
2132               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2133                 and DNA alignment views</li>
2134               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2135                 cDNA alignment views</li>
2136               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2137                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2138               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2139                 protein sequences</li>
2140             </ul>
2141           </li>
2142           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2143           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2144             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2145           <li>New alignment annotation file statements for
2146             reference sequences and marking hidden columns</li>
2147           <li>Reference sequence based alignment shading to
2148             highlight variation</li>
2149           <li>Select or hide columns according to alignment
2150             annotation</li>
2151           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2152           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2153             acid conservation row</li>
2154           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2155         </ul> <em>Application</em>
2156         <ul>
2157           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2158             <ul>
2159               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2160                 view with cDNA/Protein</li>
2161               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2162                 sequences are placed in the same alignment</li>
2163               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2164                 projects</li>
2165             </ul>
2166           </li>
2167
2168           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2169           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2170             Jalview windows</li>
2171
2172           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2173           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2174           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2175             be shown in VARNA</li>
2176
2177           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2178             as the active selected region</li>
2179
2180           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2181             similarity</li>
2182           <li>New Export options
2183             <ul>
2184               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2185                 region export in flat file generation</li>
2186
2187               <li>Export alignment views for display with the <a
2188                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2189
2190               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2191               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2192                 alignment figures to HTML</li>
2193           </li>
2194           <li>3D structure retrieval and display
2195             <ul>
2196               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2197                 Search API</li>
2198               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2199                 PDB structures for a sequence set</li>
2200             </ul>
2201           </li>
2202
2203           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2204             predictions</li>
2205           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2206             for one or a group of sequences</li>
2207           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2208             from the JPred4 web server</li>
2209           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2210             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2211             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2212           </li>
2213           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2214             VARNA 2D Structure'</li>
2215           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2216             Structure ..."</li>
2217
2218         </ul> <em>Applet</em>
2219         <ul>
2220           <li>New layout for applet example pages</li>
2221           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2222             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2223           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2224             Protein alignments</li>
2225         </ul> <em>Development and deployment</em>
2226         <ul>
2227           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2228           <li>Include installation type and git revision in build
2229             properties and console log output</li>
2230           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2231             storing BioJsMSA Templates</li>
2232           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2233         </ul></td>
2234       <td>
2235         <!-- <em>General</em>
2236         <ul>
2237         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2238         <ul>
2239           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2240           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2241           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2242             predictions are not highlighted in amber</li>
2243           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2244             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2245           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2246             associated structure views</li>
2247           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2248             width checkbox not enabled</li>
2249           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2250             creating user defined colours</li>
2251           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2252             mappings for just that viewer's sequences</li>
2253           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2254             multiple models in Chimera</li>
2255           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2256             over Jmol structure</li>
2257           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2258             output to text box</li>
2259           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2260             have incorrect sequence start/end</li>
2261           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2262             Jalview fails</li>
2263           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2264             work for nucleotide</li>
2265           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2266             to a grey/invisible alignment window</li>
2267           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2268             imports to different position</li>
2269           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2270             on some platforms</li>
2271           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2272             populated</li>
2273           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2274             console if Chimera has been opened</li>
2275           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2276           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2277             retrieved</li>
2278           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2279           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2280             either sequence shows on first structure</li>
2281           <li>'Show annotations' options should not make
2282             non-positional annotations visible</li>
2283           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2284             in right place after 'view flanking regions'</li>
2285           <li>File Save As type unset when current file format is
2286             unknown</li>
2287           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2288             projects</li>
2289           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2290             responsive</li>
2291           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2292             several views on same alignment</li>
2293           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2294           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2295             spaces</li>
2296         </ul> <em>Applet</em>
2297         <ul>
2298           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2299           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2300             descriptions containing angle brackets</li>
2301         </ul> <em>General</em>
2302         <ul>
2303           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2304             via jalview annotation file</li>
2305           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2306             with RNA secondary structure</li>
2307           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2308             translation doesn't work.</li>
2309           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2310           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2311             positions</li>
2312           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2313             choosing 1pt font</li>
2314           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2315             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2316             'h'</li>
2317           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2318             new feature</li>
2319           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2320             order dependent</li>
2321           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2322             sequences</li>
2323           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2324         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2325         <ul>
2326           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2327             www.jalview.org</li>
2328         </ul> <em>Application Known issues</em>
2329         <ul>
2330           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2331           <li>Misleading message appears after trying to delete
2332             solid column.</li>
2333           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2334             version launches</li>
2335           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2336             fails with a sequence mismatch</li>
2337           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2338             scrolling alignment to right</li>
2339           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2340             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2341           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2342             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2343           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2344             ultra-high resolution</li>
2345           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2346             quality and conservation</li>
2347           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2348             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2349         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2350         <ul>
2351           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2352           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2353             window is being resized</li>
2354
2355         </ul>
2356       </td>
2357     </tr>
2358     <tr>
2359       <td><div align="center">
2360           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2361         </div></td>
2362       <td><em>General</em>
2363         <ul>
2364           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2365             Certum.PL.</li>
2366           <li>Features and annotation preserved when performing
2367             pairwise alignment</li>
2368           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2369             imported/exported/displayed</li>
2370           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2371             protein secondary structure</li>
2372           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2373               post-hoc with 2.9 release</em>)
2374           </li>
2375
2376         </ul> <em>Application</em>
2377         <ul>
2378           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2379             with 3D structures</li>
2380           <li>Support for parsing RNAML</li>
2381           <li>Annotations menu for layout
2382             <ul>
2383               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2384               <li>place sequence annotation above/below alignment
2385                 annotation</li>
2386             </ul>
2387           <li>Output in Stockholm format</li>
2388           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2389             translation</li>
2390           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2391           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2392             shared between alignments</li>
2393           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2394             Jalview</li>
2395           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2396             all or current selection</li>
2397           <li>disorder and secondary structure predictions
2398             available as dataset annotation</li>
2399           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2400
2401
2402           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2403             alignments from Rfam</li>
2404           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2405
2406           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2407             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2408           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2409           <li>include installation type in build properties and
2410             console log output</li>
2411           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2412             annotation</li>
2413         </ul></td>
2414       <td>
2415         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2416         <ul>
2417           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2418             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2419           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2420             alignment</li>
2421           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2422           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2423           <li>Double click on sequence associated annotation
2424             selects only first column</li>
2425           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2426             leaves shown in tree</li>
2427           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2428             properly</li>
2429           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2430           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2431             screen and buttons not visible</li>
2432           <li>author list isn't updated if already written to
2433             Jalview properties</li>
2434           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2435             from database</li>
2436           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2437           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2438             browser search window</li>
2439           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2440             in feature settings dialog</li>
2441           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2442             desktop</li>
2443           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2444             pass validation</li>
2445           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2446             fit on screen</li>
2447           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2448             tooltip</li>
2449           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2450             defined user preset</li>
2451           <li>MSA web services warns user if they were launched
2452             with invalid input</li>
2453           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2454             Java 8</li>
2455           <li>
2456             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2457             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2458             created
2459           </li>
2460
2461         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2462         <ul>
2463         </ul> <em>General</em>
2464         <ul>
2465         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2466         <ul>
2467           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2468             memory allocation</li>
2469           <li>launchApp service doesn't automatically open
2470             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2471           <li>
2472             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2473             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2474             1.7_055 is available
2475           </li>
2476         </ul> <em>Application Known issues</em>
2477         <ul>
2478           <li>
2479             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2480             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2481             alignment to right
2482           </li>
2483           <li>
2484             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2485             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2486             with large number of ID
2487           </li>
2488           <li>
2489             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2490             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2491             start/end
2492           </li>
2493           <li>
2494             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2495             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2496             structure tracks are rearranged
2497           </li>
2498           <li>
2499             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2500             invalid rna structure positional highlighting does not
2501             highlight position of invalid base pairs
2502           </li>
2503           <li>
2504             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2505             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2506             project from alignment window file menu
2507           </li>
2508           <li>
2509             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2510             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2511             structures
2512           </li>
2513           <li>
2514             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2515             colour by RNA Helices not enabled when user created
2516             annotation added to alignment
2517           </li>
2518           <li>
2519             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2520             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2521           </li>
2522         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2523         <ul>
2524           <li>
2525             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2526             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2527           </li>
2528           <li>
2529             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2530             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2531           </li>
2532
2533           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2534             when selected</li>
2535         </ul>
2536       </td>
2537     </tr>
2538     <tr>
2539       <td><div align="center">
2540           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2541         </div></td>
2542       <td>
2543         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2544         <em>General</em>
2545         <ul>
2546           <li>Internationalisation of user interface (usually
2547             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2548           <li>Define/Undefine group on current selection with
2549             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2550           <li>Improved group creation/removal options in
2551             alignment/sequence Popup menu</li>
2552           <li>Sensible precision for symbol distribution
2553             percentages shown in logo tooltip.</li>
2554           <li>Annotation panel height set according to amount of
2555             annotation when alignment first opened</li>
2556         </ul> <em>Application</em>
2557         <ul>
2558           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2559             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2560           <li>Select columns containing particular features from
2561             Feature Settings dialog</li>
2562           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2563             sequences</li>
2564           <li>Update Jalview project format:
2565             <ul>
2566               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2567               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2568                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2569               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2570                 colouring</li>
2571             </ul>
2572           </li>
2573           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2574             (PAM250)</li>
2575           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2576             flanking regions for an alignment</li>
2577         </ul>
2578       </td>
2579       <td>
2580         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2581         <ul>
2582           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2583             running after job is cancelled</li>
2584           <li>cannot export features from alignments imported from
2585             Jalview/VAMSAS projects</li>
2586           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2587             float values</li>
2588           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2589             have 'display all symbols' flag set</li>
2590           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2591             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2592           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2593             Jalview</li>
2594           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2595             Lion/Webstart</li>
2596           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2597           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2598           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2599             alignment onto desktop</li>
2600           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2601             'extract scores' function</li>
2602           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2603             alignment window</li>
2604           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2605             performing IUPred disorder prediction</li>
2606           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2607             changing 'normalise logo' display setting</li>
2608           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2609             nothing matches query</li>
2610           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2611             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2612           </li>
2613           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2614             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2615           </li>
2616           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2617             Jalview's menu</li>
2618           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2619             'invalid literal/length code'</li>
2620           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2621             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2622           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2623             colourscheme</li>
2624
2625         </ul> <em>Applet</em>
2626         <ul>
2627           <li>Remove group option is shown even when selection is
2628             not a group</li>
2629           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2630             don't affect groups</li>
2631           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2632             colourscheme name</li>
2633           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2634             Annotation panel is not displayed</li>
2635           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2636             embedded windows</li>
2637         </ul> <em>Other</em>
2638         <ul>
2639           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2640             single sequence were not calculated</li>
2641           <li>annotation files that contain only groups imported as
2642             annotation and junk sequences</li>
2643           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2644             recognised as PFAM or BLC</li>
2645           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2646             doesn't affect background (2.8.0b1)
2647           <li></li>
2648           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2649           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2650             trailing gaps</li>
2651           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2652             registered correctly on import</li>
2653           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2654             certain alignments</li>
2655           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2656             existing annotation based 'use original colours'
2657             colourscheme loses original colours setting</li>
2658         </ul>
2659       </td>
2660     </tr>
2661     <tr>
2662       <td><div align="center">
2663           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2664             <em>30/1/2014</em></strong>
2665         </div></td>
2666       <td>
2667         <ul>
2668           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2669             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2670             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2671             open source project).
2672           </li>
2673           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2674           <li>Output in Stockholm format</li>
2675           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2676           <li>Export/import group and sequence associated line
2677             graph thresholds</li>
2678           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2679             ambiguity codes</li>
2680           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2681             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2682             works</li>
2683           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2684         </ul> <em>Other improvements</em>
2685         <ul>
2686           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2687           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2688             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2689           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2690             files</li>
2691           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2692           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2693             link but no description</li>
2694           <li>Select primary source when selecting authority in
2695             database fetcher GUI</li>
2696           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2697             Jalview</li>
2698           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2699         </ul>
2700       </td>
2701       <td>
2702         <ul>
2703           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2704             displayed</li>
2705           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2706             secondary structure annotation line</li>
2707           <li>Sequence database accessions not imported when
2708             fetching alignments from Rfam</li>
2709           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2710             identical IDs</li>
2711           <li>View all structures does not always superpose
2712             structures</li>
2713           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2714             reflect user or preset settings</li>
2715           <li>Null pointer exceptions for some services without
2716             presets or adjustable parameters</li>
2717           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2718             discover PDB xRefs</li>
2719           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2720             features with DAS</li>
2721           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2722             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2723           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2724             residue follows a gap</li>
2725           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2726             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2727           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2728             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2729           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2730             annotation already exists on alignment</li>
2731           <li>oninit javascript function should be called after
2732             initialisation completes</li>
2733           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2734             alignment window display</li>
2735           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2736           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2737             to annotation file</li>
2738           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2739             groups created</li>
2740           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2741             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2742           <li>Pressing return several times causes Number Format
2743             exceptions in keyboard mode</li>
2744           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2745             correct partitions for input data</li>
2746           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2747           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2748           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2749           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2750             mode</li>
2751           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2752             changes one row&#39;s threshold</li>
2753           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2754             doesn&#39;t open</li>
2755           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2756             quality histograms</li>
2757         </ul>
2758       </td>
2759     </tr>
2760     <tr>
2761       <td><div align="center">
2762           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2763         </div></td>
2764       <td><em>Application</em>
2765         <ul>
2766           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2767             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2768           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2769             preferences</li>
2770           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2771             in Jalview alignment window</li>
2772           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2773             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2774           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2775             RNA and ambiguity codes</li>
2776
2777           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2778           <li>Support fetching and database reference look up
2779             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2780             refs')</li>
2781           <li>Jalview project improvements
2782             <ul>
2783               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2784                 flag for annotation</li>
2785               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2786                 alignment</li>
2787               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2788                 Jalview project</li>
2789
2790             </ul>
2791           </li>
2792           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2793           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2794             running</li>
2795           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2796           <li>visual indication that web service results are still
2797             being retrieved from server</li>
2798           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2799             starts up for first time</li>
2800           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2801             services</li>
2802           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2803             client library</li>
2804           <li>Examples directory and Groovy library included in
2805             InstallAnywhere distribution</li>
2806         </ul> <em>Applet</em>
2807         <ul>
2808           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2809             visualization applet example</li>
2810         </ul> <em>General</em>
2811         <ul>
2812           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2813           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2814             defaults</li>
2815           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2816             calculation</li>
2817           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2818             matrices
2819           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2820             in HTML</li>
2821           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2822             structure contacts</li>
2823           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2824           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2825           <li>Parse sequence associated secondary structure
2826             information in Stockholm files</li>
2827           <li>HTML Export database accessions and annotation
2828             information presented in tooltip for sequences</li>
2829           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2830             style RNA alignment files</li>
2831           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2832             alignment</li>
2833           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2834             shade each sequence according to its associated alignment
2835             annotation</li>
2836           <li>New Jalview Logo</li>
2837         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2838         <ul>
2839           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2840           <li>New Website!</li>
2841         </ul></td>
2842       <td><em>Application</em>
2843         <ul>
2844           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2845             wsdbfetch REST service</li>
2846           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2847           <li>Filetype associations not installed for webstart
2848             launch</li>
2849           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2850             job execution in full once it is complete</li>
2851           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2852             uploaded via ali_file parameter</li>
2853           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2854           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2855           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2856             submitted for prediction</li>
2857           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2858             desktop window</li>
2859           <li>Putting fractional value into integer text box in
2860             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2861           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2862             windows 7</li>
2863           <li>View all structures fails with exception shown in
2864             structure view</li>
2865           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2866             escaped in a platform independent way</li>
2867           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2868             using proxy</li>
2869           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2870             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2871           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2872             failure when java web start temporary file caching is
2873             disabled</li>
2874           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2875             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2876           <li>Errors during processing of command line arguments
2877             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2878           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2879             DAS sources in sequence fetcher</li>
2880           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2881             dialog is shown</li>
2882           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2883           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2884           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2885           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2886             on OSX Mountain Lion</li>
2887           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2888             sequences with alignment annotation are pasted into the
2889             alignment</li>
2890           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2891             when loaded from Jalview project</li>
2892           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2893           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2894             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2895           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2896             associated with all views</li>
2897           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2898             annotation rows to new window</li>
2899         </ul> <em>Applet</em>
2900         <ul>
2901           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2902             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2903           <li>loading features via javascript API automatically
2904             enables feature display</li>
2905           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2906             work</li>
2907         </ul> <em>General</em>
2908         <ul>
2909           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2910           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2911             and then deselected</li>
2912           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2913           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2914             coloured with clustalx</li>
2915           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2916             exceptions and redraw errors</li>
2917           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2918             reconfigured view</li>
2919           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2920             colour</li>
2921           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2922             for lots of labels</li>
2923         </ul>
2924     </tr>
2925     <tr>
2926       <td>
2927         <div align="center">
2928           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2929         </div>
2930       </td>
2931       <td><em>Application</em>
2932         <ul>
2933           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2934           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2935           <li>View/alignment association menu to enable user to
2936             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2937             its colours/correspondences from</li>
2938           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2939           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2940             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2941           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2942           <li>Annotation row column label formatting attributes
2943             stored in project file</li>
2944           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2945             rows preserved in Jalview project file</li>
2946           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2947             saved using Desktop window menu</li>
2948           <li>Visual indication that command line arguments are
2949             still being processed</li>
2950           <li>Groovy script execution from URL</li>
2951           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2952             preferences</li>
2953           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2954             alignment with sequences that have high similarity and
2955             matching IDs</li>
2956           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2957           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2958             structures in same window</li>
2959           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2960           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2961             analysis function in its own submenu</li>
2962         </ul> <em>Applet</em>
2963         <ul>
2964           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2965             groups</li>
2966           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2967           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2968           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2969           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2970           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2971             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2972           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2973           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2974             parameters are treated as such</li>
2975           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2976             <ul>
2977               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2978               <li>Javascript callbacks for
2979                 <ul>
2980                   <li>Applet initialisation</li>
2981                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2982                 </ul>
2983               </li>
2984               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2985                 functions</li>
2986               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2987               <li>javascript structure viewer harness to pass
2988                 messages between Jmol and Jalview when running as
2989                 distinct applets</li>
2990               <li>sortBy method</li>
2991               <li>Set of applet and application examples shipped
2992                 with documentation</li>
2993               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2994                 javascript message exchange</li>
2995             </ul>
2996         </ul> <em>General</em>
2997         <ul>
2998           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2999             multiple alignments</li>
3000           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3001           <li>User configurable link to enable redirects to a
3002             www.Jalview.org mirror</li>
3003           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3004           <li>Configurable newline string when writing alignment
3005             and other flat files</li>
3006           <li>Allow alignment annotation description lines to
3007             contain html tags</li>
3008         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3009         <ul>
3010           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3011             examples</li>
3012           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3013             using a web service before displaying the result in the
3014             Jalview desktop</li>
3015           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3016           <li>Ant target to publish example html files with applet
3017             archive</li>
3018           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3019           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3020         </ul></td>
3021       <td><em>Application</em>
3022         <ul>
3023           <li>User defined colourscheme throws exception when
3024             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3025           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3026             dialog for valid filename/format</li>
3027           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3028           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3029             P37173</li>
3030           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3031             which sequence is to be associated with the file</li>
3032           <li>Find All raises null pointer exception when query
3033             only matches sequence IDs</li>
3034           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3035           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3036             2.4 cannot be loaded</li>
3037           <li>Filetype associations not installed for webstart
3038             launch</li>
3039           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3040             with sequences in different alignments do not get coloured
3041             by their associated sequence</li>
3042           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3043             not preserved when project is loaded</li>
3044           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3045             stored in Jalview project</li>
3046           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3047             Jalview project</li>
3048           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3049           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3050             by conservation</li>
3051           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3052             created on new view</li>
3053           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3054             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3055           <li>Alignment quality not updated after alignment
3056             annotation row is hidden then shown</li>
3057           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3058             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3059           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3060             properly</li>
3061           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3062             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3063           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3064           <li>Structures imported from file and saved in project
3065             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3066           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3067             job execution in full once it is complete</li>
3068         </ul> <em>Applet</em>
3069         <ul>
3070           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3071             annotation rows are displayed</li>
3072           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3073             codebase</li>
3074           <li>View follows highlighting does not work for positions
3075             in sequences</li>
3076           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3077           <li>Export features raises exception when no features
3078             exist</li>
3079           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3080             for javascript api is modified when separator string
3081             provided as parameter</li>
3082           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3083             alignment with no existing selection</li>
3084           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3085             to applet&#39;s codebase</li>
3086           <li>Status bar not updated after finished searching and
3087             search wraps around to first result</li>
3088           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3089             several Jalview applets causes race conditions and memory
3090             leaks</li>
3091           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3092             not sent from Jmol in applet</li>
3093           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3094             applet API fatally hang browser</li>
3095         </ul> <em>General</em>
3096         <ul>
3097           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3098             position with wrapped view and hidden regions</li>
3099           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3100             with/without hidden columns</li>
3101           <li>Sequence length given in alignment properties window
3102             is off by 1</li>
3103           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3104             import PDB like structure files</li>
3105           <li>Positional search results are only highlighted
3106             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3107           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3108           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3109             given sequence position</li>
3110           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3111             output</li>
3112           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3113             from nucleotide chains correctly</li>
3114           <li>Structure colours not updated when tree partition
3115             changed in alignment</li>
3116           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3117             parsed in interleaved stockholm</li>
3118           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3119             state</li>
3120           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3121             properly</li>
3122           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3123             properly associated with their pdb files</li>
3124         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3125         <ul>
3126           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3127             ApplyCopyright tool</li>
3128         </ul></td>
3129     </tr>
3130     <tr>
3131       <td>
3132         <div align="center">
3133           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3134         </div>
3135       </td>
3136       <td><em>Application</em>
3137         <ul>
3138           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3139             contact web services</li>
3140           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3141             service job window</li>
3142           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3143         </ul></td>
3144       <td>
3145         <ul>
3146           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3147             pir file emitted by Jalview</li>
3148           <li>Existing feature settings transferred to new
3149             alignment view created from cut'n'paste</li>
3150           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3151             parsing PDB files</li>
3152           <li>Consensus and conservation annotation rows
3153             occasionally become blank for all new windows</li>
3154           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3155             in wrapped view mode</li>
3156         </ul> <em>Application</em>
3157         <ul>
3158           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3159             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3160           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3161             parameter names</li>
3162           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3163             is down</li>
3164         </ul>
3165       </td>
3166     </tr>
3167     <tr>
3168       <td>
3169         <div align="center">
3170           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3171         </div>
3172       </td>
3173       <td><em>Application</em>
3174         <ul>
3175           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3176             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3177             (JABAWS)
3178           </li>
3179           <li>Web Services preference tab</li>
3180           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3181             preferences</li>
3182           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3183           <li>Superpose structures using associated sequence
3184             alignment</li>
3185           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3186             viewer</li>
3187         </ul> <em>Applet</em>
3188         <ul>
3189           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3190             link out mechanism</li>
3191         </ul> <em>Other</em>
3192         <ul>
3193           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3194             series 12</li>
3195           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3196             require Java 1.5</li>
3197           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3198             sequence annotation files</li>
3199           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3200             type colour specification</li>
3201           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3202             script to check if it being run in an interactive session or
3203             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3204         </ul></td>
3205       <td>
3206         <ul>
3207           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3208             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3209         </ul> <em>Application</em>
3210         <ul>
3211           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3212             selected Regions menu item</li>
3213           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3214             part of a valid accession ID</li>
3215           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3216             runs out of memory</li>
3217           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3218             analysis results</li>
3219           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3220             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3221           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3222         </ul> <em>Applet</em>
3223         <ul>
3224           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3225             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3226             defined.</li>
3227         </ul>
3228       </td>
3229     </tr>
3230     <tr>
3231       <td>
3232         <div align="center">
3233           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3234         </div>
3235       </td>
3236       <td></td>
3237       <td>
3238         <ul>
3239           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3240             sequence IDs</li>
3241           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3242             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3243           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3244             import correctly</li>
3245           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3246             number of columns are hidden</li>
3247           <li>annotation label popup menu not providing correct
3248             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3249             present</li>
3250           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3251             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3252           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3253             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3254
3255         </ul> <em>Applet</em>
3256         <ul>
3257           <li>annotation panel disappears when annotation is
3258             hidden/removed</li>
3259         </ul> <em>Application</em>
3260         <ul>
3261           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3262             alignment opened where annotation panel is visible but no
3263             annotations are present on alignment</li>
3264           <li>pasted region containing hidden columns is
3265             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3266           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3267             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3268           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3269             selected Rregions menu item.</li>
3270           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3271             'Un' or 'Non'conserved</li>
3272           <li>Sequence feature settings are being shared by
3273             multiple distinct alignments</li>
3274           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3275             changed</li>
3276           <li>double click on group annotation to select sequences
3277             does not propagate to associated trees</li>
3278           <li>Mac OSX specific issues:
3279             <ul>
3280               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3281                 window background</li>
3282               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3283                 name set correctly</li>
3284               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3285                 save feature colourscheme button</li>
3286             </ul>
3287           </li>
3288         </ul>
3289       </td>
3290     </tr>
3291     <tr>
3292
3293       <td>
3294         <div align="center">
3295           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3296         </div>
3297       </td>
3298       <td><em>New Capabilities</em>
3299         <ul>
3300           <li>URL links generated from description line for
3301             regular-expression based URL links (applet and application)
3302
3303           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3304             menu</li>
3305           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3306             structures</li>
3307           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3308             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3309           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3310             average score or total feature count for each sequence.</li>
3311           <li>Shading features by score or associated description</li>
3312           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3313             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3314           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3315             hide everything but the currently selected region.</li>
3316           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3317         </ul> <em>Application</em>
3318         <ul>
3319           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3320             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3321           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3322             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3323           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3324             database references and protein_name is parsed as
3325             description line (BioSapiens terms).</li>
3326           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3327             references in sequence ID tooltip from View menu in
3328             application.</li>
3329           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3330       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3331           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3332             conservation plots</li>
3333           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3334             and visualized as sequence logos</li>
3335           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3336             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3337           </li>
3338           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3339             when a new tree is opened.</li>
3340           <li>Jalview Java Console</li>
3341           <li>Better placement of desktop window when moving
3342             between different screens.</li>
3343           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3344             consensus annotation</li>
3345           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3346             Workflows</li>
3347           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3348             <ul>
3349               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3350                 used to preserve views, structures, and tree display
3351                 settings)</li>
3352               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3353                 command line</li>
3354               <li>Sharing of selected regions between views and
3355                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3356               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3357             </ul></li>
3358         </ul> <em>Applet</em>
3359         <ul>
3360           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3361           <li>New Parameters
3362             <ul>
3363               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3364                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3365                 opened.</li>
3366               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3367                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3368               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3369                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3370               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3371                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3372                 view</li>
3373               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3374                 increase the height or width of a cell in the alignment
3375                 grid relative to the current font size.</li>
3376             </ul>
3377           </li>
3378           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3379             tooltip</li>
3380         </ul> <em>Other</em>
3381         <ul>
3382           <li>Features format: graduated colour definitions and
3383             specification of feature scores</li>
3384           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3385             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3386             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3387           <li>XML formats extended to support graduated feature
3388             colourschemes, group associated annotation, and profile
3389             visualization settings.</li></td>
3390       <td>
3391         <ul>
3392           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3393             rather than description</li>
3394           <li>Non-positional features are now included in sequence
3395             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3396             visibility in tooltip).</li>
3397           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3398           <li>Added URL embedding instructions to features file
3399             documentation.</li>
3400           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3401             'X' in peptide product</li>
3402           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3403             sequence ID and sequence string and query strings do not
3404             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3405           <li>AMSA files only contain first column of
3406             multi-character column annotation labels</li>
3407           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3408             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3409             exported and re-imported)</li>
3410           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3411             name</li>
3412           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3413             as subsequence matches, and correctly reports total number
3414             of both.</li>
3415           <li>Application:
3416             <ul>
3417               <li>Better handling of exceptions during sequence
3418                 retrieval</li>
3419               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3420                 link text excludes the start_end suffix</li>
3421               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3422                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3423               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3424               <li>Sequence description lines properly shared via
3425                 VAMSAS</li>
3426               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3427                 data sources</li>
3428               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3429                 completes before alignment figures are generated.</li>
3430               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3431                 first time.</li>
3432               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3433                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3434               <li>User defined group colours properly recovered
3435                 from Jalview projects.</li>
3436             </ul>
3437           </li>
3438         </ul>
3439       </td>
3440
3441     </tr>
3442     <tr>
3443       <td>
3444         <div align="center">
3445           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3446         </div>
3447       </td>
3448       <td>
3449         <ul>
3450           <li>Experimental support for google analytics usage
3451             tracking.</li>
3452           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3453         </ul>
3454       </td>
3455       <td>
3456         <ul>
3457           <li>Race condition in applet preventing startup in
3458             jre1.6.0u12+.</li>
3459           <li>Exception when feature created from selection beyond
3460             length of sequence.</li>
3461           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3462           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3463             all sequences with a given id</li>
3464           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3465             ID string searches</li>
3466           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3467             alignment to fail with exception</li>
3468         </ul> <em>Application Issues</em>
3469         <ul>
3470           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3471           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3472             data sources</li>
3473         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3474         <ul>
3475           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3476             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3477           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3478             version (java class versioning error fixed)</li>
3479         </ul>
3480       </td>
3481     </tr>
3482     <tr>
3483       <td>
3484
3485         <div align="center">
3486           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3487         </div>
3488       </td>
3489       <td><em>User Interface</em>
3490         <ul>
3491           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3492             translation and protein products</li>
3493           <li>Linked highlighting of structure associated with
3494             residue mapping to codon position</li>
3495           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3496             and 'clear' button</li>
3497           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3498             Tools menu</li>
3499           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3500             numeric data in description line</li>
3501           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3502           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3503             of sequence</li>
3504         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3505         <ul>
3506           <li>JPred3 web service</li>
3507           <li>Prototype sequence search client (no public services
3508             available yet)</li>
3509           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3510             PFAM</li>
3511           <li>URL Links created for matching database cross
3512             references as well as sequence ID</li>
3513           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3514         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3515         <ul>
3516           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3517             databases</li>
3518           <li>Generalised database reference retrieval and
3519             validation to all fetchable databases</li>
3520           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3521             sequence command</li>
3522         </ul> <em>Import and Export</em>
3523         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3524         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3525           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3526         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3527           File</li>
3528         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3529           triplet as name of colourscheme</li>
3530         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3531         <ul>
3532           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3533           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3534             alignments (experimental)</li>
3535           <li>Create new or select existing session to join</li>
3536           <li>load and save of vamsas documents</li>
3537         </ul> <em>Application command line</em>
3538         <ul>
3539           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3540             from applet)</li>
3541           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3542             of DAS servers to query for alignment features</li>
3543           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3544             that are also automatically queried for features</li>
3545           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3546             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3547         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3548         <ul>
3549           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3550             application (when using &quot;View in full
3551             application&quot;)</li>
3552         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3553         <ul>
3554           <li>feature group display control parameter</li>
3555           <li>debug parameter</li>
3556           <li>showbutton parameter</li>
3557         </ul> <em>Applet API methods</em>
3558         <ul>
3559           <li>newView public method</li>
3560           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3561           <li>Feature display control methods</li>
3562           <li>get list of currently selected sequences</li>
3563         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3564         <ul>
3565           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3566           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3567             Jalview release.</li>
3568           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3569             property controls execution of obfuscator</li>
3570           <li>Build target for generating source distribution</li>
3571           <li>Debug flag for javacc</li>
3572           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3573             jalview.bin.Cache</li>
3574           <li>Continuous Build Integration for stable and
3575             development version of Application, Applet and source
3576             distribution</li>
3577         </ul></td>
3578       <td>
3579         <ul>
3580           <li>selected region output includes visible annotations
3581             (for certain formats)</li>
3582           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3583             for editing</li>
3584           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3585           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3586           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3587           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3588             comments</li>
3589           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3590             filenames containing a ':'</li>
3591           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3592             global sequence features</li>
3593           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3594             references from alignment sequences goes to zero</li>
3595           <li>Close of tree branch colour box without colour
3596             selection causes cascading exceptions</li>
3597           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3598           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3599             file parsing fails.</li>
3600           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3601           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3602             not a valid output format</li>
3603           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3604             vamsas</li>
3605           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3606           <li>error messages passed up and output when data read
3607             fails</li>
3608           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3609             sequence is edited</li>
3610           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3611             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3612           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3613             filetype</li>
3614           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3615             import fixed for PFAM records</li>
3616           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3617             window list</li>
3618           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3619             can be read and written correctly to annotation file</li>
3620           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3621             correctly</li>
3622           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3623             non-italic font for representatives in Applet</li>
3624           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3625             Macs.</li>
3626           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3627             Applet)</li>
3628           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3629             due to null pointer exceptions</li>
3630           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3631             first column of alignment</li>
3632           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3633             July 2008</li>
3634           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3635             file is case-insensitive</li>
3636           <li>Sequence features read from Features file appended to
3637             all sequences with matching IDs</li>
3638           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3639             containing a sub-sequence</li>
3640           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3641           <li>feature and annotation file applet parameters
3642             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3643           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3644           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3645             splash-screen version check to complete</li>
3646           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3647             when passing them to the launchApp service</li>
3648           <li>display name and local features preserved in results
3649             retrieved from web service</li>
3650           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3651             sequence fetcher initialisation</li>
3652           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3653             dasobert DAS client</li>
3654           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3655             association</li>
3656           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3657             sequences
3658           </li>
3659         </ul>
3660       </td>
3661     </tr>
3662     <tr>
3663       <td>
3664         <div align="center">
3665           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3666         </div>
3667       </td>
3668       <td>
3669         <ul>
3670           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3671           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3672           <li>Slide sequences</li>
3673           <li>Edit sequence in place</li>
3674           <li>EMBL CDS features</li>
3675           <li>DAS Feature mapping</li>
3676           <li>Feature ordering</li>
3677           <li>Alignment Properties</li>
3678           <li>Annotation Scores</li>
3679           <li>Sort by scores</li>
3680           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3681         </ul>
3682       </td>
3683       <td>
3684         <ul>
3685           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3686           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3687           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3688           <li>Feature group display state in XML</li>
3689           <li>Feature ordering in XML</li>
3690           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3691           <li>Stockholm alignment properties</li>
3692           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3693           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3694           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3695           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3696         </ul>
3697       </td>
3698
3699     </tr>
3700     <tr>
3701       <td>
3702         <div align="center">
3703           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3704         </div>
3705       </td>
3706       <td>
3707         <ul>
3708           <li>Non standard characters can be read and displayed
3709           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3710             applet via textbox
3711           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3712             name &amp; description
3713           <li>Preference setting to display sequence name in
3714             italics
3715           <li>Annotation file format extended to allow
3716             Sequence_groups to be defined
3717           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3718             specified in preferences
3719           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3720             sequences
3721         </ul>
3722       </td>
3723       <td>
3724         <ul>
3725           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3726             installed
3727           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3728           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3729         </ul>
3730       </td>
3731     </tr>
3732     <tr>
3733       <td>
3734         <div align="center">
3735           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3736         </div>
3737       </td>
3738       <td>
3739         <ul>
3740           <li>Multiple views on alignment
3741           <li>Sequence feature editing
3742           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3743           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3744           <li>Background dependent text colour
3745           <li>Right align sequence ids
3746           <li>User-defined lower case residue colours
3747           <li>Format Menu
3748           <li>Select Menu
3749           <li>Menu item accelerator keys
3750           <li>Control-V pastes to current alignment
3751           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3752           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3753           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3754
3755           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3756         </ul>
3757       </td>
3758       <td>
3759         <ul>
3760           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3761           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3762             calculations
3763           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3764             edits
3765           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3766             of alignment)
3767           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3768
3769           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3770             display correctly
3771           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3772           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3773             analysis results
3774           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3775             &#8739;
3776           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3777           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3778           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3779
3780         </ul>
3781       </td>
3782     </tr>
3783     <tr>
3784       <td>
3785         <div align="center">
3786           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3787         </div>
3788       </td>
3789       <td>
3790         <ul>
3791           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3792         </ul>
3793       </td>
3794       <td>
3795         <ul>
3796           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3797             sequence id panel has been resized</li>
3798           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3799             rendered</li>
3800           <li>Annotation files with sequence references - all
3801             elements in file are relative to sequence position</li>
3802           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3803         </ul>
3804       </td>
3805     </tr>
3806     <tr>
3807       <td>
3808         <div align="center">
3809           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3810         </div>
3811       </td>
3812       <td>
3813         <ul>
3814           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3815           <li>DAS Feature fetching</li>
3816           <li>Hide sequences and columns</li>
3817           <li>Export Annotations and Features</li>
3818           <li>GFF file reading / writing</li>
3819           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3820             files</li>
3821           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3822           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3823           <li>Applet can launch the full application</li>
3824           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3825             required)</li>
3826           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3827           <li>Applet can load sequences from parameter
3828             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3829           </li>
3830         </ul>
3831       </td>
3832       <td>
3833         <ul>
3834           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3835           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3836           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3837         </ul>
3838       </td>
3839     </tr>
3840     <tr>
3841       <td>
3842         <div align="center">
3843           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3844         </div>
3845       </td>
3846       <td>
3847         <ul>
3848           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3849           <li>Choose to match case when searching</li>
3850           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3851             expand the visible width and height of the alignment</li>
3852         </ul>
3853       </td>
3854       <td>
3855         <ul>
3856           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3857         </ul>
3858       </td>
3859     </tr>
3860     <tr>
3861       <td>
3862         <div align="center">
3863           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3864         </div>
3865       </td>
3866       <td>&nbsp;</td>
3867       <td>
3868         <ul>
3869           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3870           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3871             value</li>
3872         </ul>
3873       </td>
3874     </tr>
3875     <tr>
3876       <td>
3877         <div align="center">
3878           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3879         </div>
3880       </td>
3881       <td>
3882         <ul>
3883           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3884           <li>Keyboard editing</li>
3885           <li>Create sequence features from searches</li>
3886           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3887             alignments</li>
3888           <li>Features file allows grouping of features</li>
3889           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3890           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3891           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3892         </ul>
3893       </td>
3894       <td>
3895         <ul>
3896           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3897           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3898             descriptions saved.</li>
3899         </ul>
3900       </td>
3901     </tr>
3902     <tr>
3903       <td>
3904         <div align="center">
3905           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3906         </div>
3907       </td>
3908       <td>
3909         <ul>
3910           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3911           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3912           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3913             name for file output</li>
3914           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3915           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3916             used for HTML form input</li>
3917         </ul>
3918       </td>
3919       <td>
3920         <ul>
3921           <li>HTML output writes groups and features</li>
3922           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3923           <li>File IO bugs</li>
3924         </ul>
3925       </td>
3926     </tr>
3927     <tr>
3928       <td>
3929         <div align="center">
3930           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3931         </div>
3932       </td>
3933       <td>
3934         <ul>
3935           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3936           <li>More options for PCA viewer</li>
3937         </ul>
3938       </td>
3939       <td>
3940         <ul>
3941           <li>GUI bugs resolved</li>
3942           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3943         </ul>
3944       </td>
3945     </tr>
3946     <tr>
3947       <td height="63">
3948         <div align="center">
3949           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3950         </div>
3951       </td>
3952       <td>
3953         <ul>
3954           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3955           <li>Jar files are executable</li>
3956           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3957         </ul>
3958       </td>
3959       <td>
3960         <ul>
3961           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3962           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3963           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3964         </ul>
3965       </td>
3966     </tr>
3967     <tr>
3968       <td>
3969         <div align="center">
3970           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3971         </div>
3972       </td>
3973       <td>
3974         <ul>
3975           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3976         </ul>
3977       </td>
3978       <td>
3979         <ul>
3980           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3981         </ul>
3982       </td>
3983     </tr>
3984     <tr>
3985       <td>
3986         <div align="center">
3987           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3988         </div>
3989       </td>
3990       <td>
3991         <ul>
3992           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3993             size</li>
3994         </ul>
3995       </td>
3996       <td>
3997         <ul>
3998           <li>Improved JPred client reliability</li>
3999           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4000         </ul>
4001       </td>
4002     </tr>
4003     <tr>
4004       <td>
4005         <div align="center">
4006           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4007         </div>
4008       </td>
4009       <td>
4010         <ul>
4011           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4012           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4013           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4014             to Colour Menu</li>
4015           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4016           <li>Unix users can set default web browser</li>
4017           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4018           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4019         </ul>
4020       </td>
4021       <td>
4022         <ul>
4023           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4024         </ul>
4025       </td>
4026     </tr>
4027     <tr>
4028       <td>
4029         <div align="center">
4030           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4031         </div>
4032       </td>
4033       <td>&nbsp;</td>
4034       <td>
4035         <ul>
4036           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4037             alignment order.</li>
4038         </ul>
4039       </td>
4040     </tr>
4041     <tr>
4042       <td>
4043         <div align="center">
4044           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4045         </div>
4046       </td>
4047       <td>
4048         <ul>
4049           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4050           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4051           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4052             annotations.</li>
4053           <li>Version and build date written to build properties
4054             file.</li>
4055           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4056             at launch of Jalview.</li>
4057         </ul>
4058       </td>
4059       <td>
4060         <ul>
4061           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4062           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4063           <li>Can remove groups one by one.</li>
4064           <li>Filechooser icons installed.</li>
4065           <li>Finder ignores return character when searching.
4066             Return key will initiate a search.<br>
4067           </li>
4068         </ul>
4069       </td>
4070     </tr>
4071     <tr>
4072       <td>
4073         <div align="center">
4074           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4075         </div>
4076       </td>
4077       <td>
4078         <ul>
4079           <li>New codebase</li>
4080         </ul>
4081       </td>
4082       <td>&nbsp;</td>
4083     </tr>
4084   </table>
4085   <p>&nbsp;</p>
4086 </body>
4087 </html>