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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.10.0b1</a><br />
  51             <em>18/10/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><em>Application</em>
  55         <ul>
  56         </ul></td>
  57       <td>
  58         <div align="left">
  59           <em>Application</em>
  60           <ul>
  61             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
  62           </ul>
  63         </div>
  64       </td>
  65     </tr>
  66     <tr>
  67       <td width="60" nowrap>
  68         <div align="center">
  69           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
  70         </div>
  71       </td>
  72       <td><em>General</em>
  73         <ul>
  74           <li>
  75           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
  79             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
  80             better PDB parsing.
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
  84             reference sequence
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
  88             mousing over sequence associated annotation
  89           </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
  92             for manual entry
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
  96             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
  97             for each column
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 101             showing or hiding columns containing a feature
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 105             group and sequence associated annotation labels
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 109             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 110             dialogs
 111           </li>
 112
 113         </ul> <em>Application</em>
 114         <ul>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 117             gene/transcript view
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 121             dialog
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 125             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 126           </li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 129             Pfam sources to xfam.org
 130           </li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 133           </li>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 136             over sequences in Jalview
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 140             regions in ENA and EMBL
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 144             for record retrieval via ENA rest API
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 148             complement operator
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 152             groovy script execution
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 156             alignment window's Calculate menu
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 160             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 164             calculation workers from groovy scripts
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 168             Jalview projects
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 172             associations are now saved/restored from project
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 176             before sequence fetcher is opened
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 180             database chooser opens a sequence fetcher
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 184             the UniProt REST API
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 188             the news reader opening
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 192             querying stored in preferences
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 196             search results
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 200           </li>
 201           <li>
 202             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 203             menu for nucleotide sequences
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 207             and feature counts preserves alignment ordering (and
 208             debugged for complex feature sets).
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 212             viewing structures with Jalview 2.10
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 216             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 217             Ensembl Genomes REST API
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 221             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 222             (Ensembl)
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 226             sequences
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 230             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 231             data from external database records.
 232           </li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 235             efficient recovery of sequence coding and alignment
 236             annotation relationships.
 237           </li>
 238         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 239         <ul>
 240           <li>
 241             -- JAL---
 242           </li>
 243         </ul> --></td>
 244       <td>
 245         <div align="left">
 246           <em>General</em>
 247           <ul>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 250               menu on OSX
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 254               includes graduated colourschemes
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 258               working with big alignments and lots of hidden columns
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 262               at right of alignment window
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 266               contents
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 270               for DNA alignments
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 274               based tree calculation
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 278               unconserved enabled for group on alignment
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 282               set as reference
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 286               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 287               annotation
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 291               hidden columns present
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 295               user created annotation added to alignment
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 299               '()' base pair annotation
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 303               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 304               Consensus
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 308               feature not working
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 312               beginning of sequence
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 316               entry 3a6s
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 320               from a tree when t-coffee scores are shown
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 324               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 328               some structures
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 332               to Clustal, PIR and PileUp output
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 336               not visible causes alignment window to repaint
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 340               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 341               scores associated with features and annotation rows
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 345               calculation should be case independent
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 349               columns
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 353               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 354               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 358               problems when reference sequence defined and 'show
 359               non-conserved' enabled
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 363               load even when Consensus calculation is disabled
 364             </li>
 365           </ul>
 366           <em>Application</em>
 367           <ul>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 370               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 371               yet fixed for El Capitan)
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 375               output when running on non-gb/us i18n platforms
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 379               hidden sequences as flat-file alignment
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 383               launching Chimera
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 387               (also hotfix for 2.9.0b2)
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 391               reference sequence defined
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 395               alignments and views when revealing hidden columns
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 399               view in a cDNA/Protein splitframe
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 403               sequence from project when only one sequence is
 404               represented
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 408               in Structure Chooser
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 412               structure consensus didn't refresh annotation panel
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 416               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 420               dialogs format columns correctly, don't display array
 421               data, sort columns according to type
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 425               file chooser is cancelled during an image export
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 429               sequence name containing special characters
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 433               case insensitive
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 437               formatting don't wrap
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 441               truncated so L looks like I in consensus annotation
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 445               currently displayed features for the current selection or
 446               view
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 450               after fetching cross-references, and restoring from project
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 454               followed in the structure viewer
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 458               splitframe not restored from project
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 462               trailing end of protein alignment in transcript/product
 463               splitview when pad-gaps not enabled by default
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 467               is case dependent
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 471               article has been read (reopened issue due to
 472               internationalisation problems)
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 476               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 477               cross-references
 478             </li>
 479
 480             <li>
 481               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 482               alignment as HTML
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 486               multiple structures are shown for one or more sequences.
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 490               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 491               is enabled.
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 495               specific PDB id for sequence
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 499               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 500               columns' is disabled.
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 504               selects lowest rather than highest resolution structures
 505               for each sequence
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 509               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 510             </li>
 511             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 512             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 513           </ul>
 514           <em>Applet</em>
 515           <ul>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 518               hidden columns present before start of sequence
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 522               (JSON jars)
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 526               sequences are hidden in applet
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 530               deployment on examples pages.
 531             </li>
 532           </ul>
 533         </div>
 534       </td>
 535     </tr>
 536     <tr>
 537       <td width="60" nowrap>
 538         <div align="center">
 539           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 540             <em>16/10/2015</em></strong>
 541         </div>
 542       </td>
 543       <td><em>General</em>
 544         <ul>
 545           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 546             jars</li>
 547         </ul></td>
 548       <td>
 549         <div align="left">
 550           <em>Application</em>
 551           <ul>
 552             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 553               shown when tree is partitioned</li>
 554             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 555               multiple cDNA/Protein split views</li>
 556           </ul>
 557         </div>
 558       </td>
 559     </tr>
 560     <tr>
 561       <td width="60" nowrap>
 562         <div align="center">
 563           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 564             <em>8/10/2015</em></strong>
 565         </div>
 566       </td>
 567       <td><em>General</em>
 568         <ul>
 569           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 570             2.9</li>
 571         </ul> <em>Application</em>
 572         <ul>
 573           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 574           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 575           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 576         </ul> <em>Applet</em>
 577         <ul>
 578           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 579         </ul></td>
 580       <td>
 581         <div align="left">
 582           <em>General</em>
 583           <ul>
 584             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 585               incorrect when sequence start > 1</li>
 586             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 587               documentation</li>
 588             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 589             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 590               loading a features file containing HTML tags in feature
 591               description</li>
 592
 593           </ul>
 594           <em>Application</em>
 595           <ul>
 596             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 597               reimport</li>
 598             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 599               with 'trim retrieved sequences'</li>
 600             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 601               deleting selected columns</li>
 602             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 603               JNLP templates for webstart launch</li>
 604             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 605               unreleased structures for download or viewing</li>
 606             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 607               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 608             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 609               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 610             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 611               recovered from jalview project</li>
 612             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 613               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 614               alignment view</li>
 615             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 616               color schemes from BioJSON</li>
 617           </ul>
 618           <em>Applet</em>
 619           <ul>
 620             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 621               frame</li>
 622             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 623           </ul>
 624         </div>
 625       </td>
 626     </tr>
 627     <tr>
 628       <td><div align="center">
 629           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 630         </div></td>
 631       <td><em>General</em>
 632         <ul>
 633           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 634             alignments:
 635             <ul>
 636               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 637                 and DNA alignment views</li>
 638               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 639                 cDNA alignment views</li>
 640               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 641                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 642               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 643                 protein sequences</li>
 644             </ul>
 645           </li>
 646           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 647           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 648             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 649           <li>New alignment annotation file statements for
 650             reference sequences and marking hidden columns</li>
 651           <li>Reference sequence based alignment shading to
 652             highlight variation</li>
 653           <li>Select or hide columns according to alignment
 654             annotation</li>
 655           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 656           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 657             acid conservation row</li>
 658           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 659         </ul> <em>Application</em>
 660         <ul>
 661           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 662             <ul>
 663               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 664                 view with cDNA/Protein</li>
 665               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 666                 sequences are placed in the same alignment</li>
 667               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 668                 projects</li>
 669             </ul>
 670           </li>
 671
 672           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 673           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 674             Jalview windows</li>
 675
 676           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 677           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 678           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 679             be shown in VARNA</li>
 680
 681           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 682             as the active selected region</li>
 683
 684           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 685             similarity</li>
 686           <li>New Export options
 687             <ul>
 688               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 689                 region export in flat file generation</li>
 690
 691               <li>Export alignment views for display with the <a
 692                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 693
 694               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 695               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 696                 alignment figures to HTML</li>
 697           </li>
 698           <li>3D structure retrieval and display
 699             <ul>
 700               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 701                 Search API</li>
 702               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 703                 PDB structures for a sequence set</li>
 704             </ul>
 705           </li>
 706
 707           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 708             predictions</li>
 709           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 710             for one or a group of sequences</li>
 711           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 712             from the JPred4 web server</li>
 713           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 714             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 715             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 716           </li>
 717           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 718             VARNA 2D Structure'</li>
 719           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 720             Structure ..."</li>
 721
 722         </ul> <em>Applet</em>
 723         <ul>
 724           <li>New layout for applet example pages</li>
 725           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 726             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 727           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 728             Protein alignments</li>
 729         </ul> <em>Development and deployment</em>
 730         <ul>
 731           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 732           <li>Include installation type and git revision in build
 733             properties and console log output</li>
 734           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 735             storing BioJsMSA Templates</li>
 736           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 737         </ul></td>
 738       <td>
 739         <!-- <em>General</em>
 740         <ul>
 741         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 742         <ul>
 743           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 744           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 745           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 746             predictions are not highlighted in amber</li>
 747           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 748             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 749           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 750             associated structure views</li>
 751           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 752             width checkbox not enabled</li>
 753           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 754             creating user defined colours</li>
 755           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 756             mappings for just that viewer's sequences</li>
 757           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 758             multiple models in Chimera</li>
 759           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 760             over Jmol structure</li>
 761           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 762             output to text box</li>
 763           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 764             have incorrect sequence start/end</li>
 765           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 766             Jalview fails</li>
 767           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 768             work for nucleotide</li>
 769           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 770             to a grey/invisible alignment window</li>
 771           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 772             imports to different position</li>
 773           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 774             on some platforms</li>
 775           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 776             populated</li>
 777           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 778             console if Chimera has been opened</li>
 779           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 780           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 781             retrieved</li>
 782           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 783           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 784             either sequence shows on first structure</li>
 785           <li>'Show annotations' options should not make
 786             non-positional annotations visible</li>
 787           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 788             in right place after 'view flanking regions'</li>
 789           <li>File Save As type unset when current file format is
 790             unknown</li>
 791           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 792             projects</li>
 793           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 794             responsive</li>
 795           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 796             several views on same alignment</li>
 797           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 798           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 799             spaces</li>
 800         </ul> <em>Applet</em>
 801         <ul>
 802           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 803           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 804             descriptions containing angle brackets</li>
 805         </ul> <em>General</em>
 806         <ul>
 807           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 808             via jalview annotation file</li>
 809           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 810             with RNA secondary structure</li>
 811           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 812             translation doesn't work.</li>
 813           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 814           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 815             positions</li>
 816           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 817             choosing 1pt font</li>
 818           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 819             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 820             'h'</li>
 821           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 822             new feature</li>
 823           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 824             order dependent</li>
 825           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 826             sequences</li>
 827           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 828         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 829         <ul>
 830           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 831             www.jalview.org</li>
 832         </ul> <em>Application Known issues</em>
 833         <ul>
 834           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 835           <li>Misleading message appears after trying to delete
 836             solid column.</li>
 837           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 838             version launches</li>
 839           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 840             fails with a sequence mismatch</li>
 841           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 842             scrolling alignment to right</li>
 843           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 844             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 845           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 846             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 847           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 848             ultra-high resolution</li>
 849           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 850             quality and conservation</li>
 851           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 852             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 853         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 854         <ul>
 855           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 856           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 857             window is being resized</li>
 858
 859         </ul>
 860       </td>
 861     </tr>
 862     <tr>
 863       <td><div align="center">
 864           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 865         </div></td>
 866       <td><em>General</em>
 867         <ul>
 868           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 869             Certum.PL.</li>
 870           <li>Features and annotation preserved when performing
 871             pairwise alignment</li>
 872           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 873             imported/exported/displayed</li>
 874           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 875             protein secondary structure</li>
 876           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 877               post-hoc with 2.9 release</em>)
 878           </li>
 879
 880         </ul> <em>Application</em>
 881         <ul>
 882           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 883             with 3D structures</li>
 884           <li>Support for parsing RNAML</li>
 885           <li>Annotations menu for layout
 886             <ul>
 887               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 888               <li>place sequence annotation above/below alignment
 889                 annotation</li>
 890             </ul>
 891           <li>Output in Stockholm format</li>
 892           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 893             translation</li>
 894           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 895           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 896             shared between alignments</li>
 897           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 898             Jalview</li>
 899           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 900             all or current selection</li>
 901           <li>disorder and secondary structure predictions
 902             available as dataset annotation</li>
 903           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 904
 905
 906           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 907             alignments from Rfam</li>
 908           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 909
 910           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 911             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 912           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 913           <li>include installation type in build properties and
 914             console log output</li>
 915           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 916             annotation</li>
 917         </ul></td>
 918       <td>
 919         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 920         <ul>
 921           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 922             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 923           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 924             alignment</li>
 925           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 926           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 927           <li>Double click on sequence associated annotation
 928             selects only first column</li>
 929           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 930             leaves shown in tree</li>
 931           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 932             properly</li>
 933           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 934           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 935             screen and buttons not visible</li>
 936           <li>author list isn't updated if already written to
 937             Jalview properties</li>
 938           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 939             from database</li>
 940           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 941           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 942             browser search window</li>
 943           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 944             in feature settings dialog</li>
 945           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 946             desktop</li>
 947           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 948             pass validation</li>
 949           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 950             fit on screen</li>
 951           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 952             tooltip</li>
 953           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 954             defined user preset</li>
 955           <li>MSA web services warns user if they were launched
 956             with invalid input</li>
 957           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 958             Java 8</li>
 959           <li>
 960             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 961             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 962             created
 963           </li>
 964
 965         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 966                                 <ul>
 967                                 </ul> <em>General</em>
 968                                 <ul>
 969                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 970         <ul>
 971           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 972             memory allocation</li>
 973           <li>launchApp service doesn't automatically open
 974             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 975           <li>
 976             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 977             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 978             1.7_055 is available
 979           </li>
 980         </ul> <em>Application Known issues</em>
 981         <ul>
 982           <li>
 983             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 984             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 985             alignment to right
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 989             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 990             with large number of ID
 991           </li>
 992           <li>
 993             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 994             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 995             start/end
 996           </li>
 997           <li>
 998             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 999             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1000             structure tracks are rearranged
1001           </li>
1002           <li>
1003             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1004             invalid rna structure positional highlighting does not
1005             highlight position of invalid base pairs
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1009             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1010             project from alignment window file menu
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1014             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1015             structures
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1019             colour by RNA Helices not enabled when user created
1020             annotation added to alignment
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1024             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1025           </li>
1026         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1027         <ul>
1028           <li>
1029             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1030             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1034             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1035           </li>
1036
1037           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1038             when selected</li>
1039         </ul>
1040       </td>
1041     </tr>
1042     <tr>
1043       <td><div align="center">
1044           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1045         </div></td>
1046       <td>
1047         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1048         <em>General</em>
1049         <ul>
1050           <li>Internationalisation of user interface (usually
1051             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1052           <li>Define/Undefine group on current selection with
1053             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1054           <li>Improved group creation/removal options in
1055             alignment/sequence Popup menu</li>
1056           <li>Sensible precision for symbol distribution
1057             percentages shown in logo tooltip.</li>
1058           <li>Annotation panel height set according to amount of
1059             annotation when alignment first opened</li>
1060         </ul> <em>Application</em>
1061         <ul>
1062           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1063             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1064           <li>Select columns containing particular features from
1065             Feature Settings dialog</li>
1066           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1067             sequences</li>
1068           <li>Update Jalview project format:
1069             <ul>
1070               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1071               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1072                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1073               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1074                 colouring</li>
1075             </ul>
1076           </li>
1077           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1078             (PAM250)</li>
1079           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1080             flanking regions for an alignment</li>
1081         </ul>
1082       </td>
1083       <td>
1084         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1085         <ul>
1086           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1087             running after job is cancelled</li>
1088           <li>cannot export features from alignments imported from
1089             Jalview/VAMSAS projects</li>
1090           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1091             float values</li>
1092           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1093             have 'display all symbols' flag set</li>
1094           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1095             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1096           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1097             Jalview</li>
1098           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1099             Lion/Webstart</li>
1100           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1101           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1102           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1103             alignment onto desktop</li>
1104           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1105             'extract scores' function</li>
1106           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1107             alignment window</li>
1108           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1109             performing IUPred disorder prediction</li>
1110           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1111             changing 'normalise logo' display setting</li>
1112           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1113             nothing matches query</li>
1114           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1115             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1116           </li>
1117           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1118             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1119           </li>
1120           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1121             Jalview's menu</li>
1122           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1123             'invalid literal/length code'</li>
1124           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1125             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1126           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1127             colourscheme</li>
1128
1129         </ul> <em>Applet</em>
1130         <ul>
1131           <li>Remove group option is shown even when selection is
1132             not a group</li>
1133           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1134             don't affect groups</li>
1135           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1136             colourscheme name</li>
1137           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1138             Annotation panel is not displayed</li>
1139           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1140             embedded windows</li>
1141         </ul> <em>Other</em>
1142         <ul>
1143           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1144             single sequence were not calculated</li>
1145           <li>annotation files that contain only groups imported as
1146             annotation and junk sequences</li>
1147           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1148             recognised as PFAM or BLC</li>
1149           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1150             doesn't affect background (2.8.0b1)
1151           <li></li>
1152           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1153           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1154             trailing gaps</li>
1155           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1156             registered correctly on import</li>
1157           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1158             certain alignments</li>
1159           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1160             existing annotation based 'use original colours'
1161             colourscheme loses original colours setting</li>
1162         </ul>
1163       </td>
1164     </tr>
1165     <tr>
1166       <td><div align="center">
1167           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1168             <em>30/1/2014</em></strong>
1169         </div></td>
1170       <td>
1171         <ul>
1172           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1173             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1174             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1175             open source project).
1176           </li>
1177           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1178           </li>
1179           <li>Output in Stockholm format</li>
1180           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1181           <li>Export/import group and sequence associated line
1182             graph thresholds</li>
1183           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1184             ambiguity codes</li>
1185           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1186             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1187             works</li>
1188           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1189         </ul> <em>Other improvements</em>
1190         <ul>
1191           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1192           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1193             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1194           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1195             files</li>
1196           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1197           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1198             link but no description</li>
1199           <li>Select primary source when selecting authority in
1200             database fetcher GUI</li>
1201           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1202             Jalview</li>
1203           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1204         </ul>
1205       </td>
1206       <td>
1207         <ul>
1208           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1209             displayed</li>
1210           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1211             secondary structure annotation line</li>
1212           <li>Sequence database accessions not imported when
1213             fetching alignments from Rfam</li>
1214           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1215             identical IDs</li>
1216           <li>View all structures does not always superpose
1217             structures</li>
1218           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1219             reflect user or preset settings</li>
1220           <li>Null pointer exceptions for some services without
1221             presets or adjustable parameters</li>
1222           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1223             discover PDB xRefs</li>
1224           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1225             features with DAS</li>
1226           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1227             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1228           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1229             residue follows a gap</li>
1230           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1231             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1232           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1233             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1234           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1235             annotation already exists on alignment</li>
1236           <li>oninit javascript function should be called after
1237             initialisation completes</li>
1238           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1239             alignment window display</li>
1240           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1241           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1242             to annotation file</li>
1243           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1244             groups created</li>
1245           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1246             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1247           <li>Pressing return several times causes Number Format
1248             exceptions in keyboard mode</li>
1249           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1250             correct partitions for input data</li>
1251           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1252           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1253           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1254           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1255             mode</li>
1256           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1257             changes one row&#39;s threshold</li>
1258           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1259             doesn&#39;t open</li>
1260           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1261             quality histograms</li>
1262         </ul>
1263       </td>
1264     </tr>
1265     <tr>
1266       <td><div align="center">
1267           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1268         </div></td>
1269       <td><em>Application</em>
1270         <ul>
1271           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1272             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1273           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1274             preferences</li>
1275           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1276             in Jalview alignment window</li>
1277           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1278             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1279           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1280             RNA and ambiguity codes</li>
1281
1282           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1283           <li>Support fetching and database reference look up
1284             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1285             refs')</li>
1286           <li>Jalview project improvements
1287             <ul>
1288               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1289                 flag for annotation</li>
1290               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1291                 alignment</li>
1292               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1293                 Jalview project</li>
1294
1295             </ul>
1296           </li>
1297           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1298           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1299             running</li>
1300           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1301           <li>visual indication that web service results are still
1302             being retrieved from server</li>
1303           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1304             starts up for first time</li>
1305           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1306             services</li>
1307           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1308             client library</li>
1309           <li>Examples directory and Groovy library included in
1310             InstallAnywhere distribution</li>
1311         </ul> <em>Applet</em>
1312         <ul>
1313           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1314             visualization applet example</li>
1315         </ul> <em>General</em>
1316         <ul>
1317           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1318           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1319             defaults</li>
1320           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1321             calculation</li>
1322           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1323             matrices
1324           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1325             in HTML</li>
1326           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1327             structure contacts</li>
1328           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1329           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1330           <li>Parse sequence associated secondary structure
1331             information in Stockholm files</li>
1332           <li>HTML Export database accessions and annotation
1333             information presented in tooltip for sequences</li>
1334           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1335             style RNA alignment files</li>
1336           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1337             alignment</li>
1338           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1339             shade each sequence according to its associated alignment
1340             annotation</li>
1341           <li>New Jalview Logo</li>
1342         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1343         <ul>
1344           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1345           <li>New Website!</li>
1346         </ul></td>
1347       <td><em>Application</em>
1348         <ul>
1349           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1350             wsdbfetch REST service</li>
1351           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1352           <li>Filetype associations not installed for webstart
1353             launch</li>
1354           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1355             job execution in full once it is complete</li>
1356           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1357             uploaded via ali_file parameter</li>
1358           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1359           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1360           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1361             submitted for prediction</li>
1362           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1363             desktop window</li>
1364           <li>Putting fractional value into integer text box in
1365             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1366           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1367             windows 7</li>
1368           <li>View all structures fails with exception shown in
1369             structure view</li>
1370           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1371             escaped in a platform independent way</li>
1372           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1373             using proxy</li>
1374           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1375             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1376           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1377             failure when java web start temporary file caching is
1378             disabled</li>
1379           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1380             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1381           <li>Errors during processing of command line arguments
1382             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1383           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1384             DAS sources in sequence fetcher</li>
1385           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1386             dialog is shown</li>
1387           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1388           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1389           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1390           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1391             on OSX Mountain Lion</li>
1392           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1393             sequences with alignment annotation are pasted into the
1394             alignment</li>
1395           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1396             when loaded from Jalview project</li>
1397           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1398           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1399             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1400           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1401             associated with all views</li>
1402           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1403             annotation rows to new window</li>
1404         </ul> <em>Applet</em>
1405         <ul>
1406           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1407             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1408           <li>loading features via javascript API automatically
1409             enables feature display</li>
1410           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1411             work</li>
1412         </ul> <em>General</em>
1413         <ul>
1414           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1415           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1416             and then deselected</li>
1417           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1418           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1419             coloured with clustalx</li>
1420           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1421             exceptions and redraw errors</li>
1422           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1423             reconfigured view</li>
1424           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1425             colour</li>
1426           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1427             for lots of labels</li>
1428         </ul>
1429     </tr>
1430     <tr>
1431       <td>
1432         <div align="center">
1433           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1434         </div>
1435       </td>
1436       <td><em>Application</em>
1437         <ul>
1438           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1439           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1440           <li>View/alignment association menu to enable user to
1441             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1442             its colours/correspondences from</li>
1443           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1444           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1445             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1446           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1447           <li>Annotation row column label formatting attributes
1448             stored in project file</li>
1449           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1450             rows preserved in Jalview project file</li>
1451           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1452             saved using Desktop window menu</li>
1453           <li>Visual indication that command line arguments are
1454             still being processed</li>
1455           <li>Groovy script execution from URL</li>
1456           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1457             preferences</li>
1458           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1459             alignment with sequences that have high similarity and
1460             matching IDs</li>
1461           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1462           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1463             structures in same window</li>
1464           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1465           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1466             analysis function in its own submenu</li>
1467         </ul> <em>Applet</em>
1468         <ul>
1469           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1470             groups</li>
1471           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1472           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1473           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1474           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1475           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1476             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1477           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1478           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1479             parameters are treated as such</li>
1480           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1481             <ul>
1482               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1483               <li>Javascript callbacks for
1484                 <ul>
1485                   <li>Applet initialisation</li>
1486                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1487                 </ul>
1488               </li>
1489               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1490                 functions</li>
1491               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1492               <li>javascript structure viewer harness to pass
1493                 messages between Jmol and Jalview when running as
1494                 distinct applets</li>
1495               <li>sortBy method</li>
1496               <li>Set of applet and application examples shipped
1497                 with documentation</li>
1498               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1499                 javascript message exchange</li>
1500             </ul>
1501         </ul> <em>General</em>
1502         <ul>
1503           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1504             multiple alignments</li>
1505           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1506           <li>User configurable link to enable redirects to a
1507             www.Jalview.org mirror</li>
1508           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1509           <li>Configurable newline string when writing alignment
1510             and other flat files</li>
1511           <li>Allow alignment annotation description lines to
1512             contain html tags</li>
1513         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1514         <ul>
1515           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1516             examples</li>
1517           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1518             using a web service before displaying the result in the
1519             Jalview desktop</li>
1520           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1521           <li>Ant target to publish example html files with applet
1522             archive</li>
1523           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1524           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1525         </ul></td>
1526       <td><em>Application</em>
1527         <ul>
1528           <li>User defined colourscheme throws exception when
1529             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1530           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1531             dialog for valid filename/format</li>
1532           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1533           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1534             P37173</li>
1535           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1536             which sequence is to be associated with the file</li>
1537           <li>Find All raises null pointer exception when query
1538             only matches sequence IDs</li>
1539           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1540           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1541             2.4 cannot be loaded</li>
1542           <li>Filetype associations not installed for webstart
1543             launch</li>
1544           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1545             with sequences in different alignments do not get coloured
1546             by their associated sequence</li>
1547           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1548             not preserved when project is loaded</li>
1549           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1550             stored in Jalview project</li>
1551           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1552             Jalview project</li>
1553           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1554           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1555             by conservation</li>
1556           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1557             created on new view</li>
1558           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1559             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1560           <li>Alignment quality not updated after alignment
1561             annotation row is hidden then shown</li>
1562           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1563             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1564           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1565             properly</li>
1566           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1567             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1568           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1569           <li>Structures imported from file and saved in project
1570             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1571           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1572             job execution in full once it is complete</li>
1573         </ul> <em>Applet</em>
1574         <ul>
1575           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1576             annotation rows are displayed</li>
1577           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1578             codebase</li>
1579           <li>View follows highlighting does not work for positions
1580             in sequences</li>
1581           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1582           <li>Export features raises exception when no features
1583             exist</li>
1584           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1585             for javascript api is modified when separator string
1586             provided as parameter</li>
1587           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1588             alignment with no existing selection</li>
1589           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1590             to applet&#39;s codebase</li>
1591           <li>Status bar not updated after finished searching and
1592             search wraps around to first result</li>
1593           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1594             several Jalview applets causes race conditions and memory
1595             leaks</li>
1596           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1597             not sent from Jmol in applet</li>
1598           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1599             applet API fatally hang browser</li>
1600         </ul> <em>General</em>
1601         <ul>
1602           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1603             position with wrapped view and hidden regions</li>
1604           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1605             with/without hidden columns</li>
1606           <li>Sequence length given in alignment properties window
1607             is off by 1</li>
1608           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1609             import PDB like structure files</li>
1610           <li>Positional search results are only highlighted
1611             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1612           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1613           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1614             given sequence position</li>
1615           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1616             output</li>
1617           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1618             from nucleotide chains correctly</li>
1619           <li>Structure colours not updated when tree partition
1620             changed in alignment</li>
1621           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1622             parsed in interleaved stockholm</li>
1623           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1624             state</li>
1625           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1626             properly</li>
1627           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1628             properly associated with their pdb files</li>
1629         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1630         <ul>
1631           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1632             ApplyCopyright tool</li>
1633         </ul></td>
1634     </tr>
1635     <tr>
1636       <td>
1637         <div align="center">
1638           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1639         </div>
1640       </td>
1641       <td><em>Application</em>
1642         <ul>
1643           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1644             contact web services</li>
1645           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1646             service job window</li>
1647           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1648         </ul></td>
1649       <td>
1650         <ul>
1651           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1652             pir file emitted by Jalview</li>
1653           <li>Existing feature settings transferred to new
1654             alignment view created from cut'n'paste</li>
1655           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1656             parsing PDB files</li>
1657           <li>Consensus and conservation annotation rows
1658             occasionally become blank for all new windows</li>
1659           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1660             in wrapped view mode</li>
1661         </ul> <em>Application</em>
1662         <ul>
1663           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1664             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1665           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1666             parameter names</li>
1667           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1668             is down</li>
1669         </ul>
1670       </td>
1671     </tr>
1672     <tr>
1673       <td>
1674         <div align="center">
1675           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1676         </div>
1677       </td>
1678       <td><em>Application</em>
1679         <ul>
1680           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1681             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1682             (JABAWS)
1683           </li>
1684           <li>Web Services preference tab</li>
1685           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1686             preferences</li>
1687           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1688           <li>Superpose structures using associated sequence
1689             alignment</li>
1690           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1691             viewer</li>
1692         </ul> <em>Applet</em>
1693         <ul>
1694           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1695             link out mechanism</li>
1696         </ul> <em>Other</em>
1697         <ul>
1698           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1699             series 12</li>
1700           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1701             require Java 1.5</li>
1702           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1703             sequence annotation files</li>
1704           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1705             type colour specification</li>
1706           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1707             script to check if it being run in an interactive session or
1708             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1709         </ul></td>
1710       <td>
1711         <ul>
1712           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1713             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1714         </ul> <em>Application</em>
1715         <ul>
1716           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1717             selected Regions menu item</li>
1718           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1719             part of a valid accession ID</li>
1720           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1721             runs out of memory</li>
1722           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1723             analysis results</li>
1724           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1725             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1726           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1727         </ul> <em>Applet</em>
1728         <ul>
1729           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1730             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1731             defined.</li>
1732         </ul>
1733       </td>
1734     </tr>
1735     <tr>
1736       <td>
1737         <div align="center">
1738           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1739         </div>
1740       </td>
1741       <td></td>
1742       <td>
1743         <ul>
1744           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1745             sequence IDs</li>
1746           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1747             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1748           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1749             import correctly</li>
1750           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1751             number of columns are hidden</li>
1752           <li>annotation label popup menu not providing correct
1753             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1754             present</li>
1755           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1756             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1757           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1758             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1759
1760         </ul> <em>Applet</em>
1761         <ul>
1762           <li>annotation panel disappears when annotation is
1763             hidden/removed</li>
1764         </ul> <em>Application</em>
1765         <ul>
1766           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1767             alignment opened where annotation panel is visible but no
1768             annotations are present on alignment</li>
1769           <li>pasted region containing hidden columns is
1770             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1771           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1772             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1773           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1774             selected Rregions menu item.</li>
1775           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1776             'Un' or 'Non'conserved</li>
1777           <li>Sequence feature settings are being shared by
1778             multiple distinct alignments</li>
1779           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1780             changed</li>
1781           <li>double click on group annotation to select sequences
1782             does not propagate to associated trees</li>
1783           <li>Mac OSX specific issues:
1784             <ul>
1785               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1786                 window background</li>
1787               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1788                 name set correctly</li>
1789               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1790                 save feature colourscheme button</li>
1791             </ul>
1792           </li>
1793         </ul>
1794       </td>
1795     </tr>
1796     <tr>
1797
1798       <td>
1799         <div align="center">
1800           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1801         </div>
1802       </td>
1803       <td><em>New Capabilities</em>
1804         <ul>
1805           <li>URL links generated from description line for
1806             regular-expression based URL links (applet and application)
1807
1808
1809
1810
1811
1812
1813           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1814             menu</li>
1815           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1816             structures</li>
1817           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1818             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1819           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1820             average score or total feature count for each sequence.</li>
1821           <li>Shading features by score or associated description</li>
1822           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1823             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1824           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1825             hide everything but the currently selected region.</li>
1826           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1827         </ul> <em>Application</em>
1828         <ul>
1829           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1830             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1831           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1832             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1833           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1834             database references and protein_name is parsed as
1835             description line (BioSapiens terms).</li>
1836           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1837             references in sequence ID tooltip from View menu in
1838             application.</li>
1839           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1840                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1841           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1842             conservation plots</li>
1843           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1844             and visualized as sequence logos</li>
1845           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1846             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1847           </li>
1848           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1849             when a new tree is opened.</li>
1850           <li>Jalview Java Console</li>
1851           <li>Better placement of desktop window when moving
1852             between different screens.</li>
1853           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1854             consensus annotation</li>
1855           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1856             Workflows</li>
1857           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1858             <ul>
1859               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1860                 used to preserve views, structures, and tree display
1861                 settings)</li>
1862               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1863                 command line</li>
1864               <li>Sharing of selected regions between views and
1865                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1866               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1867             </ul></li>
1868         </ul> <em>Applet</em>
1869         <ul>
1870           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1871           <li>New Parameters
1872             <ul>
1873               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1874                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1875                 opened.</li>
1876               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1877                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1878               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1879                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1880               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1881                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1882                 view</li>
1883               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1884                 increase the height or width of a cell in the alignment
1885                 grid relative to the current font size.</li>
1886             </ul>
1887           </li>
1888           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1889             tooltip</li>
1890         </ul> <em>Other</em>
1891         <ul>
1892           <li>Features format: graduated colour definitions and
1893             specification of feature scores</li>
1894           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1895             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1896             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1897           <li>XML formats extended to support graduated feature
1898             colourschemes, group associated annotation, and profile
1899             visualization settings.</li></td>
1900       <td>
1901         <ul>
1902           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1903             rather than description</li>
1904           <li>Non-positional features are now included in sequence
1905             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1906             visibility in tooltip).</li>
1907           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1908           <li>Added URL embedding instructions to features file
1909             documentation.</li>
1910           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1911             'X' in peptide product</li>
1912           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1913             sequence ID and sequence string and query strings do not
1914             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1915           <li>AMSA files only contain first column of
1916             multi-character column annotation labels</li>
1917           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1918             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1919             exported and re-imported)</li>
1920           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1921             name</li>
1922           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1923             as subsequence matches, and correctly reports total number
1924             of both.</li>
1925           <li>Application:
1926             <ul>
1927               <li>Better handling of exceptions during sequence
1928                 retrieval</li>
1929               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1930                 link text excludes the start_end suffix</li>
1931               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1932                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1933               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1934               <li>Sequence description lines properly shared via
1935                 VAMSAS</li>
1936               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1937                 data sources</li>
1938               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1939                 completes before alignment figures are generated.</li>
1940               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1941                 first time.</li>
1942               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1943                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1944               <li>User defined group colours properly recovered
1945                 from Jalview projects.</li>
1946             </ul>
1947           </li>
1948         </ul>
1949       </td>
1950
1951     </tr>
1952     <tr>
1953       <td>
1954         <div align="center">
1955           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1956         </div>
1957       </td>
1958       <td>
1959         <ul>
1960           <li>Experimental support for google analytics usage
1961             tracking.</li>
1962           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1963         </ul>
1964       </td>
1965       <td>
1966         <ul>
1967           <li>Race condition in applet preventing startup in
1968             jre1.6.0u12+.</li>
1969           <li>Exception when feature created from selection beyond
1970             length of sequence.</li>
1971           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1972           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1973             all sequences with a given id</li>
1974           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1975             ID string searches</li>
1976           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1977             alignment to fail with exception</li>
1978         </ul> <em>Application Issues</em>
1979         <ul>
1980           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1981           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1982             data sources</li>
1983         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1984         <ul>
1985           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1986             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1987           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1988             version (java class versioning error fixed)</li>
1989         </ul>
1990       </td>
1991     </tr>
1992     <tr>
1993       <td>
1994
1995         <div align="center">
1996           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1997         </div>
1998       </td>
1999       <td><em>User Interface</em>
2000         <ul>
2001           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2002             translation and protein products</li>
2003           <li>Linked highlighting of structure associated with
2004             residue mapping to codon position</li>
2005           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2006             and 'clear' button</li>
2007           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2008             Tools menu</li>
2009           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2010             numeric data in description line</li>
2011           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2012           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2013             of sequence</li>
2014         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2015         <ul>
2016           <li>JPred3 web service</li>
2017           <li>Prototype sequence search client (no public services
2018             available yet)</li>
2019           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2020             PFAM</li>
2021           <li>URL Links created for matching database cross
2022             references as well as sequence ID</li>
2023           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2024         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2025         <ul>
2026           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2027             databases</li>
2028           <li>Generalised database reference retrieval and
2029             validation to all fetchable databases</li>
2030           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2031             sequence command</li>
2032         </ul> <em>Import and Export</em>
2033         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2034         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2035           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2036         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2037           File</li>
2038         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2039           triplet as name of colourscheme</li>
2040         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2041         <ul>
2042           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2043           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2044             alignments (experimental)</li>
2045           <li>Create new or select existing session to join</li>
2046           <li>load and save of vamsas documents</li>
2047         </ul> <em>Application command line</em>
2048         <ul>
2049           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2050             from applet)</li>
2051           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2052             of DAS servers to query for alignment features</li>
2053           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2054             that are also automatically queried for features</li>
2055           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2056             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2057         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2058         <ul>
2059           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2060             application (when using &quot;View in full
2061             application&quot;)</li>
2062         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2063         <ul>
2064           <li>feature group display control parameter</li>
2065           <li>debug parameter</li>
2066           <li>showbutton parameter</li>
2067         </ul> <em>Applet API methods</em>
2068         <ul>
2069           <li>newView public method</li>
2070           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2071           <li>Feature display control methods</li>
2072           <li>get list of currently selected sequences</li>
2073         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2074         <ul>
2075           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2076           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2077             Jalview release.</li>
2078           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2079             property controls execution of obfuscator</li>
2080           <li>Build target for generating source distribution</li>
2081           <li>Debug flag for javacc</li>
2082           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2083             jalview.bin.Cache</li>
2084           <li>Continuous Build Integration for stable and
2085             development version of Application, Applet and source
2086             distribution</li>
2087         </ul></td>
2088       <td>
2089         <ul>
2090           <li>selected region output includes visible annotations
2091             (for certain formats)</li>
2092           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2093             for editing</li>
2094           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2095           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2096           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2097           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2098             comments</li>
2099           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2100             filenames containing a ':'</li>
2101           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2102             global sequence features</li>
2103           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2104             references from alignment sequences goes to zero</li>
2105           <li>Close of tree branch colour box without colour
2106             selection causes cascading exceptions</li>
2107           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2108           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2109             file parsing fails.</li>
2110           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2111           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2112             not a valid output format</li>
2113           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2114             vamsas</li>
2115           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2116           <li>error messages passed up and output when data read
2117             fails</li>
2118           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2119             sequence is edited</li>
2120           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2121             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2122           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2123             filetype</li>
2124           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2125             import fixed for PFAM records</li>
2126           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2127             window list</li>
2128           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2129             can be read and written correctly to annotation file</li>
2130           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2131             correctly</li>
2132           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2133             non-italic font for representatives in Applet</li>
2134           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2135             Macs.</li>
2136           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2137             Applet)</li>
2138           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2139             due to null pointer exceptions</li>
2140           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2141             first column of alignment</li>
2142           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2143             July 2008</li>
2144           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2145             file is case-insensitive</li>
2146           <li>Sequence features read from Features file appended to
2147             all sequences with matching IDs</li>
2148           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2149             containing a sub-sequence</li>
2150           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2151           <li>feature and annotation file applet parameters
2152             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2153           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2154           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2155             splash-screen version check to complete</li>
2156           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2157             when passing them to the launchApp service</li>
2158           <li>display name and local features preserved in results
2159             retrieved from web service</li>
2160           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2161             sequence fetcher initialisation</li>
2162           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2163             dasobert DAS client</li>
2164           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2165             association</li>
2166           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2167             sequences
2168           </li>
2169         </ul>
2170       </td>
2171     </tr>
2172     <tr>
2173       <td>
2174         <div align="center">
2175           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2176         </div>
2177       </td>
2178       <td>
2179         <ul>
2180           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2181           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2182           <li>Slide sequences</li>
2183           <li>Edit sequence in place</li>
2184           <li>EMBL CDS features</li>
2185           <li>DAS Feature mapping</li>
2186           <li>Feature ordering</li>
2187           <li>Alignment Properties</li>
2188           <li>Annotation Scores</li>
2189           <li>Sort by scores</li>
2190           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2191         </ul>
2192       </td>
2193       <td>
2194         <ul>
2195           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2196           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2197           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2198           <li>Feature group display state in XML</li>
2199           <li>Feature ordering in XML</li>
2200           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2201           <li>Stockholm alignment properties</li>
2202           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2203           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2204           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2205           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2206         </ul>
2207       </td>
2208
2209     </tr>
2210     <tr>
2211       <td>
2212         <div align="center">
2213           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2214         </div>
2215       </td>
2216       <td>
2217         <ul>
2218           <li>Non standard characters can be read and displayed
2219           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2220             applet via textbox
2221           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2222             name &amp; description
2223           <li>Preference setting to display sequence name in
2224             italics
2225           <li>Annotation file format extended to allow
2226             Sequence_groups to be defined
2227           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2228             specified in preferences
2229           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2230             sequences
2231         </ul>
2232       </td>
2233       <td>
2234         <ul>
2235           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2236             installed
2237           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2238           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2239         </ul>
2240       </td>
2241     </tr>
2242     <tr>
2243       <td>
2244         <div align="center">
2245           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2246         </div>
2247       </td>
2248       <td>
2249         <ul>
2250           <li>Multiple views on alignment
2251           <li>Sequence feature editing
2252           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2253           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2254           <li>Background dependent text colour
2255           <li>Right align sequence ids
2256           <li>User-defined lower case residue colours
2257           <li>Format Menu
2258           <li>Select Menu
2259           <li>Menu item accelerator keys
2260           <li>Control-V pastes to current alignment
2261           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2262           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2263           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2264
2265
2266
2267
2268
2269
2270           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2271         </ul>
2272       </td>
2273       <td>
2274         <ul>
2275           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2276           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2277             calculations
2278           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2279             edits
2280           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2281             of alignment)
2282           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2283
2284
2285
2286
2287
2288
2289           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2290             display correctly
2291           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2292           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2293             analysis results
2294           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2295             &#8739;
2296           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2297           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2298           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2299
2300
2301
2302
2303
2304
2305         </ul>
2306       </td>
2307     </tr>
2308     <tr>
2309       <td>
2310         <div align="center">
2311           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2312         </div>
2313       </td>
2314       <td>
2315         <ul>
2316           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2317         </ul>
2318       </td>
2319       <td>
2320         <ul>
2321           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2322             sequence id panel has been resized</li>
2323           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2324             rendered</li>
2325           <li>Annotation files with sequence references - all
2326             elements in file are relative to sequence position</li>
2327           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2328         </ul>
2329       </td>
2330     </tr>
2331     <tr>
2332       <td>
2333         <div align="center">
2334           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2335         </div>
2336       </td>
2337       <td>
2338         <ul>
2339           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2340           <li>DAS Feature fetching</li>
2341           <li>Hide sequences and columns</li>
2342           <li>Export Annotations and Features</li>
2343           <li>GFF file reading / writing</li>
2344           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2345             files</li>
2346           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2347           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2348           <li>Applet can launch the full application</li>
2349           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2350             required)</li>
2351           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2352           <li>Applet can load sequences from parameter
2353             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2354           </li>
2355         </ul>
2356       </td>
2357       <td>
2358         <ul>
2359           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2360           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2361           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2362         </ul>
2363       </td>
2364     </tr>
2365     <tr>
2366       <td>
2367         <div align="center">
2368           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2369         </div>
2370       </td>
2371       <td>
2372         <ul>
2373           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2374           <li>Choose to match case when searching</li>
2375           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2376             expand the visible width and height of the alignment</li>
2377         </ul>
2378       </td>
2379       <td>
2380         <ul>
2381           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2382         </ul>
2383       </td>
2384     </tr>
2385     <tr>
2386       <td>
2387         <div align="center">
2388           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2389         </div>
2390       </td>
2391       <td>&nbsp;</td>
2392       <td>
2393         <ul>
2394           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2395           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2396             value</li>
2397         </ul>
2398       </td>
2399     </tr>
2400     <tr>
2401       <td>
2402         <div align="center">
2403           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2404         </div>
2405       </td>
2406       <td>
2407         <ul>
2408           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2409           <li>Keyboard editing</li>
2410           <li>Create sequence features from searches</li>
2411           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2412             alignments</li>
2413           <li>Features file allows grouping of features</li>
2414           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2415           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2416           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2417         </ul>
2418       </td>
2419       <td>
2420         <ul>
2421           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2422           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2423             descriptions saved.</li>
2424         </ul>
2425       </td>
2426     </tr>
2427     <tr>
2428       <td>
2429         <div align="center">
2430           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2431         </div>
2432       </td>
2433       <td>
2434         <ul>
2435           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2436           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2437           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2438             name for file output</li>
2439           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2440           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2441             used for HTML form input</li>
2442         </ul>
2443       </td>
2444       <td>
2445         <ul>
2446           <li>HTML output writes groups and features</li>
2447           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2448           <li>File IO bugs</li>
2449         </ul>
2450       </td>
2451     </tr>
2452     <tr>
2453       <td>
2454         <div align="center">
2455           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2456         </div>
2457       </td>
2458       <td>
2459         <ul>
2460           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2461           <li>More options for PCA viewer</li>
2462         </ul>
2463       </td>
2464       <td>
2465         <ul>
2466           <li>GUI bugs resolved</li>
2467           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2468         </ul>
2469       </td>
2470     </tr>
2471     <tr>
2472       <td height="63">
2473         <div align="center">
2474           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2475         </div>
2476       </td>
2477       <td>
2478         <ul>
2479           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2480           <li>Jar files are executable</li>
2481           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2482         </ul>
2483       </td>
2484       <td>
2485         <ul>
2486           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2487           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2488           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2489         </ul>
2490       </td>
2491     </tr>
2492     <tr>
2493       <td>
2494         <div align="center">
2495           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2496         </div>
2497       </td>
2498       <td>
2499         <ul>
2500           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2501         </ul>
2502       </td>
2503       <td>
2504         <ul>
2505           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2506         </ul>
2507       </td>
2508     </tr>
2509     <tr>
2510       <td>
2511         <div align="center">
2512           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2513         </div>
2514       </td>
2515       <td>
2516         <ul>
2517           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2518             size</li>
2519         </ul>
2520       </td>
2521       <td>
2522         <ul>
2523           <li>Improved JPred client reliability</li>
2524           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2525         </ul>
2526       </td>
2527     </tr>
2528     <tr>
2529       <td>
2530         <div align="center">
2531           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2532         </div>
2533       </td>
2534       <td>
2535         <ul>
2536           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2537           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2538           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2539             to Colour Menu</li>
2540           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2541           <li>Unix users can set default web browser</li>
2542           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2543           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2544         </ul>
2545       </td>
2546       <td>
2547         <ul>
2548           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2549         </ul>
2550       </td>
2551     </tr>
2552     <tr>
2553       <td>
2554         <div align="center">
2555           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2556         </div>
2557       </td>
2558       <td>&nbsp;</td>
2559       <td>
2560         <ul>
2561           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2562             alignment order.</li>
2563         </ul>
2564       </td>
2565     </tr>
2566     <tr>
2567       <td>
2568         <div align="center">
2569           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2570         </div>
2571       </td>
2572       <td>
2573         <ul>
2574           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2575           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2576           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2577             annotations.</li>
2578           <li>Version and build date written to build properties
2579             file.</li>
2580           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2581             at launch of Jalview.</li>
2582         </ul>
2583       </td>
2584       <td>
2585         <ul>
2586           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2587           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2588           <li>Can remove groups one by one.</li>
2589           <li>Filechooser icons installed.</li>
2590           <li>Finder ignores return character when searching.
2591             Return key will initiate a search.<br>
2592           </li>
2593         </ul>
2594       </td>
2595     </tr>
2596     <tr>
2597       <td>
2598         <div align="center">
2599           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2600         </div>
2601       </td>
2602       <td>
2603         <ul>
2604           <li>New codebase</li>
2605         </ul>
2606       </td>
2607       <td>&nbsp;</td>
2608     </tr>
2609   </table>
2610   <p>&nbsp;</p>
2611 </body>
2612 </html>