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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
  51         </div>
  52       </td>
  53       <td><em>General</em>
  54         <ul>
  55           <li>
  56             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
  57             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
  58             better PDB parsing.
  59           </li>
  60           <li>
  61             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
  62             reference sequence
  63           </li>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
  66             mousing over sequence associated annotation
  67           </li>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
  70             for manual entry
  71           </li>
  72           <li>
  73             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
  74             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
  75             for each column
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
  79             showing or hiding columns containing a feature
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
  83             group and sequence associated annotation labels
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
  87             select/hide columns by annotation and colour by annotation
  88             dialogs
  89           </li>
  90
  91         </ul> <em>Application</em>
  92         <ul>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
  95             gene/transcript view
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
  99             dialog
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 103             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 107             Pfam sources to xfam.org
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 114             over sequences in Jalview
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 118             regions in ENA and EMBL
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 122             for record retrieval via ENA rest API
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 126             complement operator
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 130             groovy script execution
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 134             alignment window's Calculate menu
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 138             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 142             calculation workers from groovy scripts
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 146             Jalview projects
 147           </li>
 148           <li>
 149             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 150             associations are now saved/restored from project
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 154             before sequence fetcher is opened
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 158             database chooser opens a sequence fetcher
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 162             the UniProt REST API
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 166             the news reader opening
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 170             querying stored in preferences
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 174             search results
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 181             menu for nucleotide sequences
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 185             and feature counts preserves alignment ordering (and
 186             debugged for complex feature sets).
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 190             viewing structures with Jalview 2.10
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 194             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 195             Ensembl Genomes REST API
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 199             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 200             (Ensembl)
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 204             sequences
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 208             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 209             data from external database records.
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 213             efficient recovery of sequence coding and alignment
 214             annotation relationships.
 215           </li>
 216         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 217         <ul>
 218           <li>
 219             -- JAL---
 220           </li>
 221         </ul> --></td>
 222       <td>
 223         <div align="left">
 224           <em>General</em>
 225           <ul>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 228               menu on OSX
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 232               includes graduated colourschemes
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 236               working with big alignments and lots of hidden columns
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 240               at right of alignment window
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 244               contents
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 248               for DNA alignments
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 252               based tree calculation
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 256               unconserved enabled for group on alignment
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 260               set as reference
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 264               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 265               annotation
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 269               hidden columns present
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 273               user created annotation added to alignment
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 277               '()' base pair annotation
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 281               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 282               Consensus
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 286               feature not working
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 290               beginning of sequence
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 294               entry 3a6s
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 298               from a tree when t-coffee scores are shown
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 302               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 306               some structures
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 310               to Clustal, PIR and PileUp output
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 314               not visible causes alignment window to repaint
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 318               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 319               scores associated with features and annotation rows
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 323               calculation should be case independent
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 327               columns
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 331               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 332               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 336               problems when reference sequence defined and 'show
 337               non-conserved' enabled
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 341               load even when Consensus calculation is disabled
 342             </li>
 343           </ul>
 344           <em>Application</em>
 345           <ul>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 348               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 349               yet fixed for El Capitan)
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 353               output when running on non-gb/us i18n platforms
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 357               hidden sequences as flat-file alignment
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 361               launching Chimera
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 365               (also hotfix for 2.9.0b2)
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 369               reference sequence defined
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 373               alignments and views when revealing hidden columns
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 377               view in a cDNA/Protein splitframe
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 381               sequence from project when only one sequence is
 382               represented
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 386               in Structure Chooser
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 390               structure consensus didn't refresh annotation panel
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 394               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 398               dialogs format columns correctly, don't display array
 399               data, sort columns according to type
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 403               file chooser is cancelled during an image export
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 407               sequence name containing special characters
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 411               case insensitive
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 415               formatting don't wrap
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 419               truncated so L looks like I in consensus annotation
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 423               currently displayed features for the current selection or
 424               view
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 428               after fetching cross-references
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 432               followed in the structure viewer
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 436               splitframe not restored from project
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 440               trailing end of protein alignment in transcript/product
 441               splitview when pad-gaps not enabled by default
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 445               is case dependent
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 449               article has been read (reopened issue due to
 450               internationalisation problems)
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 454               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 455               cross-references
 456             </li>
 457
 458             <li>
 459               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 460               alignment as HTML
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 464               multiple structures are shown for one or more sequences.
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 468               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 469               is enabled.
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 473               specific PDB id for sequence
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 477               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 478               columns' is disabled.
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 482               selects lowest rather than highest resolution structures
 483               for each sequence
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 487               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 488             </li>
 489             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 490             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 491           </ul>
 492           <em>Applet</em>
 493           <ul>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 496               hidden columns present before start of sequence
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 500               (JSON jars)
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 504               sequences are hidden in applet
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 508               deployment on examples pages.
 509             </li>
 510           </ul>
 511         </div>
 512       </td>
 513     </tr>
 514     <tr>
 515       <td width="60" nowrap>
 516         <div align="center">
 517           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 518             <em>16/10/2015</em></strong>
 519         </div>
 520       </td>
 521       <td><em>General</em>
 522         <ul>
 523           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 524             jars</li>
 525         </ul></td>
 526       <td>
 527         <div align="left">
 528           <em>Application</em>
 529           <ul>
 530             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 531               shown when tree is partitioned</li>
 532             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 533               multiple cDNA/Protein split views</li>
 534           </ul>
 535         </div>
 536       </td>
 537     </tr>
 538     <tr>
 539       <td width="60" nowrap>
 540         <div align="center">
 541           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 542             <em>8/10/2015</em></strong>
 543         </div>
 544       </td>
 545       <td><em>General</em>
 546         <ul>
 547           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 548             2.9</li>
 549         </ul> <em>Application</em>
 550         <ul>
 551           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 552           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 553           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 554         </ul> <em>Applet</em>
 555         <ul>
 556           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 557         </ul></td>
 558       <td>
 559         <div align="left">
 560           <em>General</em>
 561           <ul>
 562             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 563               incorrect when sequence start > 1</li>
 564             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 565               documentation</li>
 566             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 567             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 568               loading a features file containing HTML tags in feature
 569               description</li>
 570
 571           </ul>
 572           <em>Application</em>
 573           <ul>
 574             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 575               reimport</li>
 576             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 577               with 'trim retrieved sequences'</li>
 578             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 579               deleting selected columns</li>
 580             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 581               JNLP templates for webstart launch</li>
 582             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 583               unreleased structures for download or viewing</li>
 584             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 585               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 586             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 587               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 588             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 589               recovered from jalview project</li>
 590             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 591               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 592               alignment view</li>
 593             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 594               color schemes from BioJSON</li>
 595           </ul>
 596           <em>Applet</em>
 597           <ul>
 598             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 599               frame</li>
 600             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 601           </ul>
 602         </div>
 603       </td>
 604     </tr>
 605     <tr>
 606       <td><div align="center">
 607           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 608         </div></td>
 609       <td><em>General</em>
 610         <ul>
 611           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 612             alignments:
 613             <ul>
 614               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 615                 and DNA alignment views</li>
 616               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 617                 cDNA alignment views</li>
 618               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 619                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 620               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 621                 protein sequences</li>
 622             </ul>
 623           </li>
 624           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 625           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 626             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 627           <li>New alignment annotation file statements for
 628             reference sequences and marking hidden columns</li>
 629           <li>Reference sequence based alignment shading to
 630             highlight variation</li>
 631           <li>Select or hide columns according to alignment
 632             annotation</li>
 633           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 634           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 635             acid conservation row</li>
 636           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 637         </ul> <em>Application</em>
 638         <ul>
 639           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 640             <ul>
 641               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 642                 view with cDNA/Protein</li>
 643               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 644                 sequences are placed in the same alignment</li>
 645               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 646                 projects</li>
 647             </ul>
 648           </li>
 649
 650           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 651           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 652             Jalview windows</li>
 653
 654           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 655           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 656           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 657             be shown in VARNA</li>
 658
 659           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 660             as the active selected region</li>
 661
 662           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 663             similarity</li>
 664           <li>New Export options
 665             <ul>
 666               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 667                 region export in flat file generation</li>
 668
 669               <li>Export alignment views for display with the <a
 670                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 671
 672               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 673               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 674                 alignment figures to HTML</li>
 675           </li>
 676           <li>3D structure retrieval and display
 677             <ul>
 678               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 679                 Search API</li>
 680               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 681                 PDB structures for a sequence set</li>
 682             </ul>
 683           </li>
 684
 685           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 686             predictions</li>
 687           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 688             for one or a group of sequences</li>
 689           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 690             from the JPred4 web server</li>
 691           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 692             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 693             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 694           </li>
 695           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 696             VARNA 2D Structure'</li>
 697           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 698             Structure ..."</li>
 699
 700         </ul> <em>Applet</em>
 701         <ul>
 702           <li>New layout for applet example pages</li>
 703           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 704             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 705           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 706             Protein alignments</li>
 707         </ul> <em>Development and deployment</em>
 708         <ul>
 709           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 710           <li>Include installation type and git revision in build
 711             properties and console log output</li>
 712           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 713             storing BioJsMSA Templates</li>
 714           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 715         </ul></td>
 716       <td>
 717         <!-- <em>General</em>
 718         <ul>
 719         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 720         <ul>
 721           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 722           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 723           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 724             predictions are not highlighted in amber</li>
 725           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 726             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 727           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 728             associated structure views</li>
 729           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 730             width checkbox not enabled</li>
 731           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 732             creating user defined colours</li>
 733           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 734             mappings for just that viewer's sequences</li>
 735           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 736             multiple models in Chimera</li>
 737           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 738             over Jmol structure</li>
 739           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 740             output to text box</li>
 741           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 742             have incorrect sequence start/end</li>
 743           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 744             Jalview fails</li>
 745           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 746             work for nucleotide</li>
 747           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 748             to a grey/invisible alignment window</li>
 749           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 750             imports to different position</li>
 751           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 752             on some platforms</li>
 753           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 754             populated</li>
 755           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 756             console if Chimera has been opened</li>
 757           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 758           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 759             retrieved</li>
 760           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 761           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 762             either sequence shows on first structure</li>
 763           <li>'Show annotations' options should not make
 764             non-positional annotations visible</li>
 765           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 766             in right place after 'view flanking regions'</li>
 767           <li>File Save As type unset when current file format is
 768             unknown</li>
 769           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 770             projects</li>
 771           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 772             responsive</li>
 773           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 774             several views on same alignment</li>
 775           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 776           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 777             spaces</li>
 778         </ul> <em>Applet</em>
 779         <ul>
 780           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 781           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 782             descriptions containing angle brackets</li>
 783         </ul> <em>General</em>
 784         <ul>
 785           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 786             via jalview annotation file</li>
 787           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 788             with RNA secondary structure</li>
 789           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 790             translation doesn't work.</li>
 791           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 792           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 793             positions</li>
 794           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 795             choosing 1pt font</li>
 796           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 797             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 798             'h'</li>
 799           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 800             new feature</li>
 801           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 802             order dependent</li>
 803           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 804             sequences</li>
 805           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 806         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 807         <ul>
 808           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 809             www.jalview.org</li>
 810         </ul> <em>Application Known issues</em>
 811         <ul>
 812           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 813           <li>Misleading message appears after trying to delete
 814             solid column.</li>
 815           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 816             version launches</li>
 817           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 818             fails with a sequence mismatch</li>
 819           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 820             scrolling alignment to right</li>
 821           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 822             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 823           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 824             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 825           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 826             ultra-high resolution</li>
 827           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 828             quality and conservation</li>
 829           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 830             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 831         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 832         <ul>
 833           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 834           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 835             window is being resized</li>
 836
 837         </ul>
 838       </td>
 839     </tr>
 840     <tr>
 841       <td><div align="center">
 842           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 843         </div></td>
 844       <td><em>General</em>
 845         <ul>
 846           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 847             Certum.PL.</li>
 848           <li>Features and annotation preserved when performing
 849             pairwise alignment</li>
 850           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 851             imported/exported/displayed</li>
 852           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 853             protein secondary structure</li>
 854           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 855               post-hoc with 2.9 release</em>)
 856           </li>
 857
 858         </ul> <em>Application</em>
 859         <ul>
 860           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 861             with 3D structures</li>
 862           <li>Support for parsing RNAML</li>
 863           <li>Annotations menu for layout
 864             <ul>
 865               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 866               <li>place sequence annotation above/below alignment
 867                 annotation</li>
 868             </ul>
 869           <li>Output in Stockholm format</li>
 870           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 871             translation</li>
 872           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 873           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 874             shared between alignments</li>
 875           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 876             Jalview</li>
 877           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 878             all or current selection</li>
 879           <li>disorder and secondary structure predictions
 880             available as dataset annotation</li>
 881           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 882
 883
 884           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 885             alignments from Rfam</li>
 886           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 887
 888           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 889             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 890           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 891           <li>include installation type in build properties and
 892             console log output</li>
 893           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 894             annotation</li>
 895         </ul></td>
 896       <td>
 897         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 898         <ul>
 899           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 900             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 901           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 902             alignment</li>
 903           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 904           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 905           <li>Double click on sequence associated annotation
 906             selects only first column</li>
 907           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 908             leaves shown in tree</li>
 909           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 910             properly</li>
 911           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 912           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 913             screen and buttons not visible</li>
 914           <li>author list isn't updated if already written to
 915             Jalview properties</li>
 916           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 917             from database</li>
 918           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 919           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 920             browser search window</li>
 921           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 922             in feature settings dialog</li>
 923           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 924             desktop</li>
 925           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 926             pass validation</li>
 927           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 928             fit on screen</li>
 929           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 930             tooltip</li>
 931           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 932             defined user preset</li>
 933           <li>MSA web services warns user if they were launched
 934             with invalid input</li>
 935           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 936             Java 8</li>
 937           <li>
 938             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 939             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 940             created
 941           </li>
 942
 943         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 944                                 <ul>
 945                                 </ul> <em>General</em>
 946                                 <ul>
 947                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 948         <ul>
 949           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 950             memory allocation</li>
 951           <li>launchApp service doesn't automatically open
 952             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 953           <li>
 954             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 955             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 956             1.7_055 is available
 957           </li>
 958         </ul> <em>Application Known issues</em>
 959         <ul>
 960           <li>
 961             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 962             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 963             alignment to right
 964           </li>
 965           <li>
 966             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 967             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 968             with large number of ID
 969           </li>
 970           <li>
 971             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 972             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 973             start/end
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 977             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 978             structure tracks are rearranged
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 982             invalid rna structure positional highlighting does not
 983             highlight position of invalid base pairs
 984           </li>
 985           <li>
 986             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 987             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 988             project from alignment window file menu
 989           </li>
 990           <li>
 991             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 992             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 993             structures
 994           </li>
 995           <li>
 996             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 997             colour by RNA Helices not enabled when user created
 998             annotation added to alignment
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1002             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1003           </li>
1004         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1005         <ul>
1006           <li>
1007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1008             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1009           </li>
1010           <li>
1011             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1012             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1013           </li>
1014
1015           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1016             when selected</li>
1017         </ul>
1018       </td>
1019     </tr>
1020     <tr>
1021       <td><div align="center">
1022           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1023         </div></td>
1024       <td>
1025         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1026         <em>General</em>
1027         <ul>
1028           <li>Internationalisation of user interface (usually
1029             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1030           <li>Define/Undefine group on current selection with
1031             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1032           <li>Improved group creation/removal options in
1033             alignment/sequence Popup menu</li>
1034           <li>Sensible precision for symbol distribution
1035             percentages shown in logo tooltip.</li>
1036           <li>Annotation panel height set according to amount of
1037             annotation when alignment first opened</li>
1038         </ul> <em>Application</em>
1039         <ul>
1040           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1041             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1042           <li>Select columns containing particular features from
1043             Feature Settings dialog</li>
1044           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1045             sequences</li>
1046           <li>Update Jalview project format:
1047             <ul>
1048               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1049               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1050                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1051               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1052                 colouring</li>
1053             </ul>
1054           </li>
1055           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1056             (PAM250)</li>
1057           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1058             flanking regions for an alignment</li>
1059         </ul>
1060       </td>
1061       <td>
1062         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1063         <ul>
1064           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1065             running after job is cancelled</li>
1066           <li>cannot export features from alignments imported from
1067             Jalview/VAMSAS projects</li>
1068           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1069             float values</li>
1070           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1071             have 'display all symbols' flag set</li>
1072           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1073             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1074           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1075             Jalview</li>
1076           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1077             Lion/Webstart</li>
1078           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1079           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1080           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1081             alignment onto desktop</li>
1082           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1083             'extract scores' function</li>
1084           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1085             alignment window</li>
1086           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1087             performing IUPred disorder prediction</li>
1088           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1089             changing 'normalise logo' display setting</li>
1090           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1091             nothing matches query</li>
1092           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1093             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1094           </li>
1095           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1096             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1097           </li>
1098           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1099             Jalview's menu</li>
1100           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1101             'invalid literal/length code'</li>
1102           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1103             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1104           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1105             colourscheme</li>
1106
1107         </ul> <em>Applet</em>
1108         <ul>
1109           <li>Remove group option is shown even when selection is
1110             not a group</li>
1111           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1112             don't affect groups</li>
1113           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1114             colourscheme name</li>
1115           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1116             Annotation panel is not displayed</li>
1117           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1118             embedded windows</li>
1119         </ul> <em>Other</em>
1120         <ul>
1121           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1122             single sequence were not calculated</li>
1123           <li>annotation files that contain only groups imported as
1124             annotation and junk sequences</li>
1125           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1126             recognised as PFAM or BLC</li>
1127           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1128             doesn't affect background (2.8.0b1)
1129           <li></li>
1130           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1131           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1132             trailing gaps</li>
1133           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1134             registered correctly on import</li>
1135           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1136             certain alignments</li>
1137           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1138             existing annotation based 'use original colours'
1139             colourscheme loses original colours setting</li>
1140         </ul>
1141       </td>
1142     </tr>
1143     <tr>
1144       <td><div align="center">
1145           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1146             <em>30/1/2014</em></strong>
1147         </div></td>
1148       <td>
1149         <ul>
1150           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1151             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1152             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1153             open source project).
1154           </li>
1155           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1156           </li>
1157           <li>Output in Stockholm format</li>
1158           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1159           <li>Export/import group and sequence associated line
1160             graph thresholds</li>
1161           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1162             ambiguity codes</li>
1163           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1164             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1165             works</li>
1166           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1167         </ul> <em>Other improvements</em>
1168         <ul>
1169           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1170           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1171             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1172           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1173             files</li>
1174           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1175           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1176             link but no description</li>
1177           <li>Select primary source when selecting authority in
1178             database fetcher GUI</li>
1179           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1180             Jalview</li>
1181           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1182         </ul>
1183       </td>
1184       <td>
1185         <ul>
1186           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1187             displayed</li>
1188           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1189             secondary structure annotation line</li>
1190           <li>Sequence database accessions not imported when
1191             fetching alignments from Rfam</li>
1192           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1193             identical IDs</li>
1194           <li>View all structures does not always superpose
1195             structures</li>
1196           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1197             reflect user or preset settings</li>
1198           <li>Null pointer exceptions for some services without
1199             presets or adjustable parameters</li>
1200           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1201             discover PDB xRefs</li>
1202           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1203             features with DAS</li>
1204           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1205             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1206           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1207             residue follows a gap</li>
1208           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1209             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1210           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1211             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1212           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1213             annotation already exists on alignment</li>
1214           <li>oninit javascript function should be called after
1215             initialisation completes</li>
1216           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1217             alignment window display</li>
1218           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1219           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1220             to annotation file</li>
1221           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1222             groups created</li>
1223           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1224             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1225           <li>Pressing return several times causes Number Format
1226             exceptions in keyboard mode</li>
1227           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1228             correct partitions for input data</li>
1229           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1230           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1231           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1232           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1233             mode</li>
1234           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1235             changes one row&#39;s threshold</li>
1236           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1237             doesn&#39;t open</li>
1238           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1239             quality histograms</li>
1240         </ul>
1241       </td>
1242     </tr>
1243     <tr>
1244       <td><div align="center">
1245           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1246         </div></td>
1247       <td><em>Application</em>
1248         <ul>
1249           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1250             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1251           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1252             preferences</li>
1253           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1254             in Jalview alignment window</li>
1255           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1256             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1257           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1258             RNA and ambiguity codes</li>
1259
1260           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1261           <li>Support fetching and database reference look up
1262             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1263             refs')</li>
1264           <li>Jalview project improvements
1265             <ul>
1266               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1267                 flag for annotation</li>
1268               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1269                 alignment</li>
1270               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1271                 Jalview project</li>
1272
1273             </ul>
1274           </li>
1275           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1276           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1277             running</li>
1278           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1279           <li>visual indication that web service results are still
1280             being retrieved from server</li>
1281           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1282             starts up for first time</li>
1283           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1284             services</li>
1285           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1286             client library</li>
1287           <li>Examples directory and Groovy library included in
1288             InstallAnywhere distribution</li>
1289         </ul> <em>Applet</em>
1290         <ul>
1291           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1292             visualization applet example</li>
1293         </ul> <em>General</em>
1294         <ul>
1295           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1296           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1297             defaults</li>
1298           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1299             calculation</li>
1300           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1301             matrices
1302           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1303             in HTML</li>
1304           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1305             structure contacts</li>
1306           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1307           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1308           <li>Parse sequence associated secondary structure
1309             information in Stockholm files</li>
1310           <li>HTML Export database accessions and annotation
1311             information presented in tooltip for sequences</li>
1312           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1313             style RNA alignment files</li>
1314           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1315             alignment</li>
1316           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1317             shade each sequence according to its associated alignment
1318             annotation</li>
1319           <li>New Jalview Logo</li>
1320         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1321         <ul>
1322           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1323           <li>New Website!</li>
1324         </ul></td>
1325       <td><em>Application</em>
1326         <ul>
1327           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1328             wsdbfetch REST service</li>
1329           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1330           <li>Filetype associations not installed for webstart
1331             launch</li>
1332           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1333             job execution in full once it is complete</li>
1334           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1335             uploaded via ali_file parameter</li>
1336           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1337           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1338           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1339             submitted for prediction</li>
1340           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1341             desktop window</li>
1342           <li>Putting fractional value into integer text box in
1343             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1344           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1345             windows 7</li>
1346           <li>View all structures fails with exception shown in
1347             structure view</li>
1348           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1349             escaped in a platform independent way</li>
1350           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1351             using proxy</li>
1352           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1353             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1354           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1355             failure when java web start temporary file caching is
1356             disabled</li>
1357           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1358             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1359           <li>Errors during processing of command line arguments
1360             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1361           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1362             DAS sources in sequence fetcher</li>
1363           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1364             dialog is shown</li>
1365           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1366           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1367           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1368           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1369             on OSX Mountain Lion</li>
1370           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1371             sequences with alignment annotation are pasted into the
1372             alignment</li>
1373           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1374             when loaded from Jalview project</li>
1375           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1376           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1377             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1378           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1379             associated with all views</li>
1380           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1381             annotation rows to new window</li>
1382         </ul> <em>Applet</em>
1383         <ul>
1384           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1385             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1386           <li>loading features via javascript API automatically
1387             enables feature display</li>
1388           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1389             work</li>
1390         </ul> <em>General</em>
1391         <ul>
1392           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1393           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1394             and then deselected</li>
1395           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1396           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1397             coloured with clustalx</li>
1398           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1399             exceptions and redraw errors</li>
1400           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1401             reconfigured view</li>
1402           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1403             colour</li>
1404           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1405             for lots of labels</li>
1406         </ul>
1407     </tr>
1408     <tr>
1409       <td>
1410         <div align="center">
1411           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1412         </div>
1413       </td>
1414       <td><em>Application</em>
1415         <ul>
1416           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1417           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1418           <li>View/alignment association menu to enable user to
1419             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1420             its colours/correspondences from</li>
1421           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1422           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1423             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1424           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1425           <li>Annotation row column label formatting attributes
1426             stored in project file</li>
1427           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1428             rows preserved in Jalview project file</li>
1429           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1430             saved using Desktop window menu</li>
1431           <li>Visual indication that command line arguments are
1432             still being processed</li>
1433           <li>Groovy script execution from URL</li>
1434           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1435             preferences</li>
1436           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1437             alignment with sequences that have high similarity and
1438             matching IDs</li>
1439           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1440           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1441             structures in same window</li>
1442           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1443           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1444             analysis function in its own submenu</li>
1445         </ul> <em>Applet</em>
1446         <ul>
1447           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1448             groups</li>
1449           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1450           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1451           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1452           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1453           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1454             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1455           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1456           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1457             parameters are treated as such</li>
1458           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1459             <ul>
1460               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1461               <li>Javascript callbacks for
1462                 <ul>
1463                   <li>Applet initialisation</li>
1464                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1465                 </ul>
1466               </li>
1467               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1468                 functions</li>
1469               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1470               <li>javascript structure viewer harness to pass
1471                 messages between Jmol and Jalview when running as
1472                 distinct applets</li>
1473               <li>sortBy method</li>
1474               <li>Set of applet and application examples shipped
1475                 with documentation</li>
1476               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1477                 javascript message exchange</li>
1478             </ul>
1479         </ul> <em>General</em>
1480         <ul>
1481           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1482             multiple alignments</li>
1483           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1484           <li>User configurable link to enable redirects to a
1485             www.Jalview.org mirror</li>
1486           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1487           <li>Configurable newline string when writing alignment
1488             and other flat files</li>
1489           <li>Allow alignment annotation description lines to
1490             contain html tags</li>
1491         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1492         <ul>
1493           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1494             examples</li>
1495           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1496             using a web service before displaying the result in the
1497             Jalview desktop</li>
1498           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1499           <li>Ant target to publish example html files with applet
1500             archive</li>
1501           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1502           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1503         </ul></td>
1504       <td><em>Application</em>
1505         <ul>
1506           <li>User defined colourscheme throws exception when
1507             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1508           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1509             dialog for valid filename/format</li>
1510           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1511           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1512             P37173</li>
1513           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1514             which sequence is to be associated with the file</li>
1515           <li>Find All raises null pointer exception when query
1516             only matches sequence IDs</li>
1517           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1518           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1519             2.4 cannot be loaded</li>
1520           <li>Filetype associations not installed for webstart
1521             launch</li>
1522           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1523             with sequences in different alignments do not get coloured
1524             by their associated sequence</li>
1525           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1526             not preserved when project is loaded</li>
1527           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1528             stored in Jalview project</li>
1529           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1530             Jalview project</li>
1531           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1532           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1533             by conservation</li>
1534           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1535             created on new view</li>
1536           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1537             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1538           <li>Alignment quality not updated after alignment
1539             annotation row is hidden then shown</li>
1540           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1541             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1542           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1543             properly</li>
1544           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1545             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1546           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1547           <li>Structures imported from file and saved in project
1548             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1549           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1550             job execution in full once it is complete</li>
1551         </ul> <em>Applet</em>
1552         <ul>
1553           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1554             annotation rows are displayed</li>
1555           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1556             codebase</li>
1557           <li>View follows highlighting does not work for positions
1558             in sequences</li>
1559           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1560           <li>Export features raises exception when no features
1561             exist</li>
1562           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1563             for javascript api is modified when separator string
1564             provided as parameter</li>
1565           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1566             alignment with no existing selection</li>
1567           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1568             to applet&#39;s codebase</li>
1569           <li>Status bar not updated after finished searching and
1570             search wraps around to first result</li>
1571           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1572             several Jalview applets causes race conditions and memory
1573             leaks</li>
1574           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1575             not sent from Jmol in applet</li>
1576           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1577             applet API fatally hang browser</li>
1578         </ul> <em>General</em>
1579         <ul>
1580           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1581             position with wrapped view and hidden regions</li>
1582           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1583             with/without hidden columns</li>
1584           <li>Sequence length given in alignment properties window
1585             is off by 1</li>
1586           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1587             import PDB like structure files</li>
1588           <li>Positional search results are only highlighted
1589             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1590           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1591           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1592             given sequence position</li>
1593           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1594             output</li>
1595           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1596             from nucleotide chains correctly</li>
1597           <li>Structure colours not updated when tree partition
1598             changed in alignment</li>
1599           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1600             parsed in interleaved stockholm</li>
1601           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1602             state</li>
1603           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1604             properly</li>
1605           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1606             properly associated with their pdb files</li>
1607         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1608         <ul>
1609           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1610             ApplyCopyright tool</li>
1611         </ul></td>
1612     </tr>
1613     <tr>
1614       <td>
1615         <div align="center">
1616           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1617         </div>
1618       </td>
1619       <td><em>Application</em>
1620         <ul>
1621           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1622             contact web services</li>
1623           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1624             service job window</li>
1625           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1626         </ul></td>
1627       <td>
1628         <ul>
1629           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1630             pir file emitted by Jalview</li>
1631           <li>Existing feature settings transferred to new
1632             alignment view created from cut'n'paste</li>
1633           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1634             parsing PDB files</li>
1635           <li>Consensus and conservation annotation rows
1636             occasionally become blank for all new windows</li>
1637           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1638             in wrapped view mode</li>
1639         </ul> <em>Application</em>
1640         <ul>
1641           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1642             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1643           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1644             parameter names</li>
1645           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1646             is down</li>
1647         </ul>
1648       </td>
1649     </tr>
1650     <tr>
1651       <td>
1652         <div align="center">
1653           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1654         </div>
1655       </td>
1656       <td><em>Application</em>
1657         <ul>
1658           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1659             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1660             (JABAWS)
1661           </li>
1662           <li>Web Services preference tab</li>
1663           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1664             preferences</li>
1665           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1666           <li>Superpose structures using associated sequence
1667             alignment</li>
1668           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1669             viewer</li>
1670         </ul> <em>Applet</em>
1671         <ul>
1672           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1673             link out mechanism</li>
1674         </ul> <em>Other</em>
1675         <ul>
1676           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1677             series 12</li>
1678           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1679             require Java 1.5</li>
1680           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1681             sequence annotation files</li>
1682           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1683             type colour specification</li>
1684           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1685             script to check if it being run in an interactive session or
1686             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1687         </ul></td>
1688       <td>
1689         <ul>
1690           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1691             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1692         </ul> <em>Application</em>
1693         <ul>
1694           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1695             selected Regions menu item</li>
1696           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1697             part of a valid accession ID</li>
1698           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1699             runs out of memory</li>
1700           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1701             analysis results</li>
1702           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1703             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1704           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1705         </ul> <em>Applet</em>
1706         <ul>
1707           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1708             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1709             defined.</li>
1710         </ul>
1711       </td>
1712     </tr>
1713     <tr>
1714       <td>
1715         <div align="center">
1716           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1717         </div>
1718       </td>
1719       <td></td>
1720       <td>
1721         <ul>
1722           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1723             sequence IDs</li>
1724           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1725             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1726           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1727             import correctly</li>
1728           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1729             number of columns are hidden</li>
1730           <li>annotation label popup menu not providing correct
1731             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1732             present</li>
1733           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1734             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1735           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1736             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1737
1738         </ul> <em>Applet</em>
1739         <ul>
1740           <li>annotation panel disappears when annotation is
1741             hidden/removed</li>
1742         </ul> <em>Application</em>
1743         <ul>
1744           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1745             alignment opened where annotation panel is visible but no
1746             annotations are present on alignment</li>
1747           <li>pasted region containing hidden columns is
1748             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1749           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1750             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1751           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1752             selected Rregions menu item.</li>
1753           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1754             'Un' or 'Non'conserved</li>
1755           <li>Sequence feature settings are being shared by
1756             multiple distinct alignments</li>
1757           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1758             changed</li>
1759           <li>double click on group annotation to select sequences
1760             does not propagate to associated trees</li>
1761           <li>Mac OSX specific issues:
1762             <ul>
1763               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1764                 window background</li>
1765               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1766                 name set correctly</li>
1767               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1768                 save feature colourscheme button</li>
1769             </ul>
1770           </li>
1771         </ul>
1772       </td>
1773     </tr>
1774     <tr>
1775
1776       <td>
1777         <div align="center">
1778           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1779         </div>
1780       </td>
1781       <td><em>New Capabilities</em>
1782         <ul>
1783           <li>URL links generated from description line for
1784             regular-expression based URL links (applet and application)
1785
1786
1787
1788
1789
1790
1791           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1792             menu</li>
1793           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1794             structures</li>
1795           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1796             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1797           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1798             average score or total feature count for each sequence.</li>
1799           <li>Shading features by score or associated description</li>
1800           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1801             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1802           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1803             hide everything but the currently selected region.</li>
1804           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1805         </ul> <em>Application</em>
1806         <ul>
1807           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1808             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1809           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1810             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1811           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1812             database references and protein_name is parsed as
1813             description line (BioSapiens terms).</li>
1814           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1815             references in sequence ID tooltip from View menu in
1816             application.</li>
1817           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1818                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1819           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1820             conservation plots</li>
1821           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1822             and visualized as sequence logos</li>
1823           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1824             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1825           </li>
1826           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1827             when a new tree is opened.</li>
1828           <li>Jalview Java Console</li>
1829           <li>Better placement of desktop window when moving
1830             between different screens.</li>
1831           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1832             consensus annotation</li>
1833           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1834             Workflows</li>
1835           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1836             <ul>
1837               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1838                 used to preserve views, structures, and tree display
1839                 settings)</li>
1840               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1841                 command line</li>
1842               <li>Sharing of selected regions between views and
1843                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1844               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1845             </ul></li>
1846         </ul> <em>Applet</em>
1847         <ul>
1848           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1849           <li>New Parameters
1850             <ul>
1851               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1852                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1853                 opened.</li>
1854               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1855                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1856               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1857                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1858               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1859                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1860                 view</li>
1861               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1862                 increase the height or width of a cell in the alignment
1863                 grid relative to the current font size.</li>
1864             </ul>
1865           </li>
1866           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1867             tooltip</li>
1868         </ul> <em>Other</em>
1869         <ul>
1870           <li>Features format: graduated colour definitions and
1871             specification of feature scores</li>
1872           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1873             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1874             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1875           <li>XML formats extended to support graduated feature
1876             colourschemes, group associated annotation, and profile
1877             visualization settings.</li></td>
1878       <td>
1879         <ul>
1880           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1881             rather than description</li>
1882           <li>Non-positional features are now included in sequence
1883             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1884             visibility in tooltip).</li>
1885           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1886           <li>Added URL embedding instructions to features file
1887             documentation.</li>
1888           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1889             'X' in peptide product</li>
1890           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1891             sequence ID and sequence string and query strings do not
1892             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1893           <li>AMSA files only contain first column of
1894             multi-character column annotation labels</li>
1895           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1896             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1897             exported and re-imported)</li>
1898           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1899             name</li>
1900           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1901             as subsequence matches, and correctly reports total number
1902             of both.</li>
1903           <li>Application:
1904             <ul>
1905               <li>Better handling of exceptions during sequence
1906                 retrieval</li>
1907               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1908                 link text excludes the start_end suffix</li>
1909               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1910                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1911               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1912               <li>Sequence description lines properly shared via
1913                 VAMSAS</li>
1914               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1915                 data sources</li>
1916               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1917                 completes before alignment figures are generated.</li>
1918               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1919                 first time.</li>
1920               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1921                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1922               <li>User defined group colours properly recovered
1923                 from Jalview projects.</li>
1924             </ul>
1925           </li>
1926         </ul>
1927       </td>
1928
1929     </tr>
1930     <tr>
1931       <td>
1932         <div align="center">
1933           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1934         </div>
1935       </td>
1936       <td>
1937         <ul>
1938           <li>Experimental support for google analytics usage
1939             tracking.</li>
1940           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1941         </ul>
1942       </td>
1943       <td>
1944         <ul>
1945           <li>Race condition in applet preventing startup in
1946             jre1.6.0u12+.</li>
1947           <li>Exception when feature created from selection beyond
1948             length of sequence.</li>
1949           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1950           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1951             all sequences with a given id</li>
1952           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1953             ID string searches</li>
1954           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1955             alignment to fail with exception</li>
1956         </ul> <em>Application Issues</em>
1957         <ul>
1958           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1959           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1960             data sources</li>
1961         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1962         <ul>
1963           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1964             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1965           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1966             version (java class versioning error fixed)</li>
1967         </ul>
1968       </td>
1969     </tr>
1970     <tr>
1971       <td>
1972
1973         <div align="center">
1974           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1975         </div>
1976       </td>
1977       <td><em>User Interface</em>
1978         <ul>
1979           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1980             translation and protein products</li>
1981           <li>Linked highlighting of structure associated with
1982             residue mapping to codon position</li>
1983           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1984             and 'clear' button</li>
1985           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1986             Tools menu</li>
1987           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1988             numeric data in description line</li>
1989           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1990           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1991             of sequence</li>
1992         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1993         <ul>
1994           <li>JPred3 web service</li>
1995           <li>Prototype sequence search client (no public services
1996             available yet)</li>
1997           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1998             PFAM</li>
1999           <li>URL Links created for matching database cross
2000             references as well as sequence ID</li>
2001           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2002         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2003         <ul>
2004           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2005             databases</li>
2006           <li>Generalised database reference retrieval and
2007             validation to all fetchable databases</li>
2008           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2009             sequence command</li>
2010         </ul> <em>Import and Export</em>
2011         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2012         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2013           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2014         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2015           File</li>
2016         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2017           triplet as name of colourscheme</li>
2018         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2019         <ul>
2020           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2021           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2022             alignments (experimental)</li>
2023           <li>Create new or select existing session to join</li>
2024           <li>load and save of vamsas documents</li>
2025         </ul> <em>Application command line</em>
2026         <ul>
2027           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2028             from applet)</li>
2029           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2030             of DAS servers to query for alignment features</li>
2031           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2032             that are also automatically queried for features</li>
2033           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2034             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2035         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2036         <ul>
2037           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2038             application (when using &quot;View in full
2039             application&quot;)</li>
2040         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2041         <ul>
2042           <li>feature group display control parameter</li>
2043           <li>debug parameter</li>
2044           <li>showbutton parameter</li>
2045         </ul> <em>Applet API methods</em>
2046         <ul>
2047           <li>newView public method</li>
2048           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2049           <li>Feature display control methods</li>
2050           <li>get list of currently selected sequences</li>
2051         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2052         <ul>
2053           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2054           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2055             Jalview release.</li>
2056           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2057             property controls execution of obfuscator</li>
2058           <li>Build target for generating source distribution</li>
2059           <li>Debug flag for javacc</li>
2060           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2061             jalview.bin.Cache</li>
2062           <li>Continuous Build Integration for stable and
2063             development version of Application, Applet and source
2064             distribution</li>
2065         </ul></td>
2066       <td>
2067         <ul>
2068           <li>selected region output includes visible annotations
2069             (for certain formats)</li>
2070           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2071             for editing</li>
2072           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2073           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2074           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2075           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2076             comments</li>
2077           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2078             filenames containing a ':'</li>
2079           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2080             global sequence features</li>
2081           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2082             references from alignment sequences goes to zero</li>
2083           <li>Close of tree branch colour box without colour
2084             selection causes cascading exceptions</li>
2085           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2086           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2087             file parsing fails.</li>
2088           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2089           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2090             not a valid output format</li>
2091           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2092             vamsas</li>
2093           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2094           <li>error messages passed up and output when data read
2095             fails</li>
2096           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2097             sequence is edited</li>
2098           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2099             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2100           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2101             filetype</li>
2102           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2103             import fixed for PFAM records</li>
2104           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2105             window list</li>
2106           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2107             can be read and written correctly to annotation file</li>
2108           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2109             correctly</li>
2110           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2111             non-italic font for representatives in Applet</li>
2112           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2113             Macs.</li>
2114           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2115             Applet)</li>
2116           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2117             due to null pointer exceptions</li>
2118           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2119             first column of alignment</li>
2120           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2121             July 2008</li>
2122           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2123             file is case-insensitive</li>
2124           <li>Sequence features read from Features file appended to
2125             all sequences with matching IDs</li>
2126           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2127             containing a sub-sequence</li>
2128           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2129           <li>feature and annotation file applet parameters
2130             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2131           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2132           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2133             splash-screen version check to complete</li>
2134           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2135             when passing them to the launchApp service</li>
2136           <li>display name and local features preserved in results
2137             retrieved from web service</li>
2138           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2139             sequence fetcher initialisation</li>
2140           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2141             dasobert DAS client</li>
2142           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2143             association</li>
2144           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2145             sequences
2146           </li>
2147         </ul>
2148       </td>
2149     </tr>
2150     <tr>
2151       <td>
2152         <div align="center">
2153           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2154         </div>
2155       </td>
2156       <td>
2157         <ul>
2158           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2159           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2160           <li>Slide sequences</li>
2161           <li>Edit sequence in place</li>
2162           <li>EMBL CDS features</li>
2163           <li>DAS Feature mapping</li>
2164           <li>Feature ordering</li>
2165           <li>Alignment Properties</li>
2166           <li>Annotation Scores</li>
2167           <li>Sort by scores</li>
2168           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2169         </ul>
2170       </td>
2171       <td>
2172         <ul>
2173           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2174           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2175           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2176           <li>Feature group display state in XML</li>
2177           <li>Feature ordering in XML</li>
2178           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2179           <li>Stockholm alignment properties</li>
2180           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2181           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2182           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2183           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2184         </ul>
2185       </td>
2186
2187     </tr>
2188     <tr>
2189       <td>
2190         <div align="center">
2191           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2192         </div>
2193       </td>
2194       <td>
2195         <ul>
2196           <li>Non standard characters can be read and displayed
2197           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2198             applet via textbox
2199           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2200             name &amp; description
2201           <li>Preference setting to display sequence name in
2202             italics
2203           <li>Annotation file format extended to allow
2204             Sequence_groups to be defined
2205           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2206             specified in preferences
2207           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2208             sequences
2209         </ul>
2210       </td>
2211       <td>
2212         <ul>
2213           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2214             installed
2215           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2216           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2217         </ul>
2218       </td>
2219     </tr>
2220     <tr>
2221       <td>
2222         <div align="center">
2223           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2224         </div>
2225       </td>
2226       <td>
2227         <ul>
2228           <li>Multiple views on alignment
2229           <li>Sequence feature editing
2230           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2231           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2232           <li>Background dependent text colour
2233           <li>Right align sequence ids
2234           <li>User-defined lower case residue colours
2235           <li>Format Menu
2236           <li>Select Menu
2237           <li>Menu item accelerator keys
2238           <li>Control-V pastes to current alignment
2239           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2240           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2241           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2242
2243
2244
2245
2246
2247
2248           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2249         </ul>
2250       </td>
2251       <td>
2252         <ul>
2253           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2254           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2255             calculations
2256           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2257             edits
2258           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2259             of alignment)
2260           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2261
2262
2263
2264
2265
2266
2267           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2268             display correctly
2269           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2270           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2271             analysis results
2272           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2273             &#8739;
2274           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2275           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2276           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2277
2278
2279
2280
2281
2282
2283         </ul>
2284       </td>
2285     </tr>
2286     <tr>
2287       <td>
2288         <div align="center">
2289           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2290         </div>
2291       </td>
2292       <td>
2293         <ul>
2294           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2295         </ul>
2296       </td>
2297       <td>
2298         <ul>
2299           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2300             sequence id panel has been resized</li>
2301           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2302             rendered</li>
2303           <li>Annotation files with sequence references - all
2304             elements in file are relative to sequence position</li>
2305           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2306         </ul>
2307       </td>
2308     </tr>
2309     <tr>
2310       <td>
2311         <div align="center">
2312           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2313         </div>
2314       </td>
2315       <td>
2316         <ul>
2317           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2318           <li>DAS Feature fetching</li>
2319           <li>Hide sequences and columns</li>
2320           <li>Export Annotations and Features</li>
2321           <li>GFF file reading / writing</li>
2322           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2323             files</li>
2324           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2325           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2326           <li>Applet can launch the full application</li>
2327           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2328             required)</li>
2329           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2330           <li>Applet can load sequences from parameter
2331             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2332           </li>
2333         </ul>
2334       </td>
2335       <td>
2336         <ul>
2337           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2338           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2339           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2340         </ul>
2341       </td>
2342     </tr>
2343     <tr>
2344       <td>
2345         <div align="center">
2346           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2347         </div>
2348       </td>
2349       <td>
2350         <ul>
2351           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2352           <li>Choose to match case when searching</li>
2353           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2354             expand the visible width and height of the alignment</li>
2355         </ul>
2356       </td>
2357       <td>
2358         <ul>
2359           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2360         </ul>
2361       </td>
2362     </tr>
2363     <tr>
2364       <td>
2365         <div align="center">
2366           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2367         </div>
2368       </td>
2369       <td>&nbsp;</td>
2370       <td>
2371         <ul>
2372           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2373           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2374             value</li>
2375         </ul>
2376       </td>
2377     </tr>
2378     <tr>
2379       <td>
2380         <div align="center">
2381           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2382         </div>
2383       </td>
2384       <td>
2385         <ul>
2386           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2387           <li>Keyboard editing</li>
2388           <li>Create sequence features from searches</li>
2389           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2390             alignments</li>
2391           <li>Features file allows grouping of features</li>
2392           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2393           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2394           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2395         </ul>
2396       </td>
2397       <td>
2398         <ul>
2399           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2400           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2401             descriptions saved.</li>
2402         </ul>
2403       </td>
2404     </tr>
2405     <tr>
2406       <td>
2407         <div align="center">
2408           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2409         </div>
2410       </td>
2411       <td>
2412         <ul>
2413           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2414           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2415           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2416             name for file output</li>
2417           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2418           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2419             used for HTML form input</li>
2420         </ul>
2421       </td>
2422       <td>
2423         <ul>
2424           <li>HTML output writes groups and features</li>
2425           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2426           <li>File IO bugs</li>
2427         </ul>
2428       </td>
2429     </tr>
2430     <tr>
2431       <td>
2432         <div align="center">
2433           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2434         </div>
2435       </td>
2436       <td>
2437         <ul>
2438           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2439           <li>More options for PCA viewer</li>
2440         </ul>
2441       </td>
2442       <td>
2443         <ul>
2444           <li>GUI bugs resolved</li>
2445           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2446         </ul>
2447       </td>
2448     </tr>
2449     <tr>
2450       <td height="63">
2451         <div align="center">
2452           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2453         </div>
2454       </td>
2455       <td>
2456         <ul>
2457           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2458           <li>Jar files are executable</li>
2459           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2460         </ul>
2461       </td>
2462       <td>
2463         <ul>
2464           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2465           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2466           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2467         </ul>
2468       </td>
2469     </tr>
2470     <tr>
2471       <td>
2472         <div align="center">
2473           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2474         </div>
2475       </td>
2476       <td>
2477         <ul>
2478           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2479         </ul>
2480       </td>
2481       <td>
2482         <ul>
2483           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2484         </ul>
2485       </td>
2486     </tr>
2487     <tr>
2488       <td>
2489         <div align="center">
2490           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2491         </div>
2492       </td>
2493       <td>
2494         <ul>
2495           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2496             size</li>
2497         </ul>
2498       </td>
2499       <td>
2500         <ul>
2501           <li>Improved JPred client reliability</li>
2502           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2503         </ul>
2504       </td>
2505     </tr>
2506     <tr>
2507       <td>
2508         <div align="center">
2509           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2510         </div>
2511       </td>
2512       <td>
2513         <ul>
2514           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2515           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2516           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2517             to Colour Menu</li>
2518           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2519           <li>Unix users can set default web browser</li>
2520           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2521           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2522         </ul>
2523       </td>
2524       <td>
2525         <ul>
2526           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2527         </ul>
2528       </td>
2529     </tr>
2530     <tr>
2531       <td>
2532         <div align="center">
2533           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2534         </div>
2535       </td>
2536       <td>&nbsp;</td>
2537       <td>
2538         <ul>
2539           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2540             alignment order.</li>
2541         </ul>
2542       </td>
2543     </tr>
2544     <tr>
2545       <td>
2546         <div align="center">
2547           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2548         </div>
2549       </td>
2550       <td>
2551         <ul>
2552           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2553           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2554           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2555             annotations.</li>
2556           <li>Version and build date written to build properties
2557             file.</li>
2558           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2559             at launch of Jalview.</li>
2560         </ul>
2561       </td>
2562       <td>
2563         <ul>
2564           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2565           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2566           <li>Can remove groups one by one.</li>
2567           <li>Filechooser icons installed.</li>
2568           <li>Finder ignores return character when searching.
2569             Return key will initiate a search.<br>
2570           </li>
2571         </ul>
2572       </td>
2573     </tr>
2574     <tr>
2575       <td>
2576         <div align="center">
2577           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2578         </div>
2579       </td>
2580       <td>
2581         <ul>
2582           <li>New codebase</li>
2583         </ul>
2584       </td>
2585       <td>&nbsp;</td>
2586     </tr>
2587   </table>
2588   <p>&nbsp;</p>
2589 </body>
2590 </html>