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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>6/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
  81               InstallAnywhere increased to 1G.
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  85               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  86               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
  87                 Format menu, or for command-line use via a jalview
  88                 properties file.</em>
  89             </li>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
  92               API and sequence data now imported as JSON.
  93             </li>
  94             <li>
  95               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
  96               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
  97               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
  98               property.
  99             </li>
 100           </ul>
 101           <em>Development</em>
 102           <ul>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 105               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 106                 Clover</a>
 107             </li>
 108           </ul>
 109         </div></td>
 110     <td><div align="left">
 111         <em></em>
 112         <ul>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 115               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 116               visible.
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 120               when sequences are selected in exported view.</em>
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 124               aren't rendered with correct colour.
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 128               types of knotted RNA secondary structure.
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 132               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 133               do not start at 1.
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 137               annotation when columns are inserted into an alignment,
 138               and when exporting as Stockholm flatfile.
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 142               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 143               treated as RNA secondary structure.
 144             </li>
 145           </ul>
 146           <em>Java 10 Issues</em>
 147           <ul>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 150               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 151               box.
 152             </li>
 153           </ul>
 154       </div>
 155     </td>
 156     </tr>
 157     <tr>
 158       <td width="60" nowrap>
 159         <div align="center">
 160           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 161             <em>7/06/2018</em></strong>
 162         </div>
 163       </td>
 164       <td><div align="left">
 165           <em></em>
 166           <ul>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 169               annotation retrieved from Uniprot
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 173               onto the Jalview Desktop
 174             </li>
 175           </ul>
 176         </div></td>
 177       <td><div align="left">
 178           <em></em>
 179           <ul>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 182               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 186               right-hand column parsed correctly
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 190               not alignment area in exported graphic
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 194               window has input focus
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 198               annotation added to view (Windows)
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 202               network connectivity is poor
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 206               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 207                 the currently open URL and links from a page viewed in
 208                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 209                 you are using Edge, only links in the page can be
 210                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 211                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 212             </li>
 213           </ul>
 214         </div></td>
 215     </tr>
 216     <tr>
 217       <td width="60" nowrap>
 218         <div align="center">
 219           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 220         </div>
 221       </td>
 222       <td><div align="left">
 223           <em></em>
 224           <ul>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 227               for disabling automatic superposition of multiple
 228               structures and open structures in existing views
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 232               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 233               adjust them.
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 237               Ensembl services
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 241               and lots of hidden columns
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 245               of features (particularly when transparency is disabled)
 246             </li>
 247           </ul>
 248           </div>
 249       </td>
 250       <td><div align="left">
 251           <ul>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 254               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 258               overlapping alignment panel
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 262               sequence as gaps
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 266               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 267               UTR
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 271               factor annotation not added to sequence when local PDB
 272               file associated with it by drag'n'drop or structure
 273               chooser
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 277               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 281               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 285               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 289               columns in annotation row
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 293               honored in batch mode
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 297               for structures added to existing Jmol view
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 301               entries after importing project with multiple views
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 305               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 306               with negative residue numbers or missing residues fails
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 310               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 311               as generated by CONSURF)
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 315               tooltip doesn't include a text description of mutation
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 319               structure and/or overview windows are also shown
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 323               very slow for alignments with large numbers of sequences
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 327               with 'StringIndexOutOfBounds'
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 331               platforms running Java 10
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 335               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 336             </li>
 337           </ul>
 338           <em>Applet</em>
 339           <ul>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 342               should copy the group consensus when popup is opened on it
 343             </li>
 344           </ul>
 345           <em>Batch Mode</em>
 346           <ul>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 349           </li>
 350           </ul>
 351           <em>New Known Defects</em>
 352           <ul>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 355               editing a large alignment and overview is displayed
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 359               repeatedly after a series of edits even when the overview
 360               is no longer reflecting updates
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 364               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 365               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 366               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 367             </li>
 368           </ul>
 369         </div>
 370           </td>
 371     </tr>
 372     <tr>
 373       <td width="60" nowrap>
 374         <div align="center">
 375           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 376         </div>
 377       </td>
 378       <td><div align="left">
 379           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 380               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 381       <td><div align="left">
 382           <em>Desktop</em><ul>
 383           <ul>
 384             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 385             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 386             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 387             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 388             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 389             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 390             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 391           </ul>
 392           </div>
 393       </td>
 394     </tr>
 395     <tr>
 396       <td width="60" nowrap>
 397         <div align="center">
 398           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 399         </div>
 400       </td>
 401       <td><div align="left">
 402           <em></em>
 403           <ul>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 406               rendering of sequence features
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 410               429 rate limit request hander
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 414               their colours have changed
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 418               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 422               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 426               view from Ensembl locus cross-references
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 430               Alignment report
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 434               feature can be disabled
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 438               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 442               Uniprot
 443             </li>
 444           </ul>
 445           <em>Scripting</em>
 446           <ul>
 447             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 448             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 449               percent identity scores for current alignment.</li>
 450           </ul>
 451           <em>Testing and Deployment</em>
 452           <ul>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 455             </li>
 456           </ul>
 457         </div></td>
 458       <td><div align="left">
 459           <em>General</em>
 460           <ul>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 463               threshold text field doesn't trigger an update to the
 464               alignment view
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 468               strings in parallel
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 472               alignment window is closed
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 476               group visibility
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 480               takes a long time in Cursor mode
 481             </li>
 482           </ul>
 483           <em>Desktop</em>
 484           <ul>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 487               cannot be viewed in Chimera
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 491               CDS/Protein view
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 495               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 496               Search Dialogs
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 506               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 510               scrolling right in unwapped alignment view
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 514               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 515               database
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 519               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 523               features of same type and group to be selected for
 524               amending
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 528               alignments when hidden columns are present
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 532               displaying several structures
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 536               moving a window
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 540               within the Jalview desktop on OSX
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 544               when in wrapped alignment mode
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 548               hand end of alignment
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 552               each selected sequence do not have correct start/end
 553               positions
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 557               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 561               restoring project until a new view is created
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 565               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 566               configured (since 2.10.2b2)
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 570               position is adjusted
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 574               in a multi-chain structure when viewing alignment
 575               involving more than one chain (since 2.10)
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 579               if new selection moves alignment window
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 583               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 587               that produces correctly annotated transcripts and products
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 591               doesn't update associated structure view
 592             </li>
 593           </ul>
 594           <em>Applet</em><br />
 595           <ul>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 598               closing alignment panel
 599             </li>
 600           </ul>
 601           <em>BioJSON</em><br />
 602           <ul>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 605               non-positional features
 606             </li>
 607           </ul>
 608           <em>New Known Issues</em>
 609           <ul>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 612               sequence features correctly (for many previous versions of
 613               Jalview)
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 617               using cursor in wrapped panel other than top
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 621               graduated colour threshold
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 625               always preserve numbering and sequence features
 626             </li>
 627           </ul>
 628           <em>Known Java 9 Issues</em>
 629           <ul>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 632               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 633               9.01, OSX 10.10)
 634             </li>
 635           </ul>
 636         </div></td>
 637     </tr>
 638     <tr>
 639       <td width="60" nowrap>
 640         <div align="center">
 641           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 642             <em>2/10/2017</em></strong>
 643         </div>
 644       </td>
 645       <td><div align="left">
 646           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 647           <ul>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 650             </li>
 651             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 652             </li>
 653           </ul>
 654         </div></td>
 655       <td><div align="left">
 656         </div></td>
 657     </tr>
 658     <tr>
 659       <td width="60" nowrap>
 660         <div align="center">
 661           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 662             <em>7/9/2017</em></strong>
 663         </div>
 664       </td>
 665       <td><div align="left">
 666           <em></em>
 667           <ul>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 670               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 671               white)
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 675               Preferences
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 679               in size and progress bar shown as higher resolution
 680               overview is recalculated
 681             </li>
 682
 683           </ul>
 684         </div></td>
 685       <td><div align="left">
 686           <em></em>
 687           <ul>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 690               column region row by row
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 694               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 698               format setting is unticked
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 702               if group has show boxes format setting unticked
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 706               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 707               include sequences and columns not currently displayed
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 711               assemblies are imported via CIF file
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 715               displayed when threshold or conservation colouring is also
 716               enabled.
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 720               server version
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 724               dragging a selected region off the visible region of the
 725               alignment
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 729               colourscheme to all groups in a view
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 733               initially after font size change using the Font chooser or
 734               middle-mouse zoom
 735             </li>
 736           </ul>
 737         </div></td>
 738     </tr>
 739     <tr>
 740       <td width="60" nowrap>
 741         <div align="center">
 742           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 743         </div>
 744       </td>
 745       <td><div align="left">
 746           <em>Calculations</em>
 747           <ul>
 748
 749             <li>
 750               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 751               ungapped positions in each column of the alignment.
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 755               a calculation dialog box
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 759               and memory efficiency (~30x faster)
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 763               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 764               and other calculations
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 768               files within the Jalview codebase
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 772               Similarity may have different topology due to increased
 773               precision
 774             </li>
 775           </ul>
 776           <em>Rendering</em>
 777           <ul>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 780               model for alignments and groups
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 784               scripts
 785             </li>
 786           </ul>
 787           <em>Overview</em>
 788           <ul>
 789             <li>
 790               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 791               with alignment and overview windows
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 795               overview
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 799               omitted in Overview
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 803               adjustment of visible position
 804             </li>
 805           </ul>
 806
 807           <em>Data import/export</em>
 808           <ul>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 811               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 815               annotation input/output via stockholm flatfile
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 819               extension when importing structure files without embedded
 820               names or PDB accessions
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 824               format sequence substitution matrices
 825             </li>
 826           </ul>
 827           <em>User Interface</em>
 828           <ul>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 831               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 832               the application.
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 836               via Overview or sequence motif search operations
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 840               opened by double clicking gaps within sequence feature
 841               extent
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 845               aligned positions were available to create a 3D structure
 846               superposition.
 847             </li>
 848           </ul>
 849           <em>3D Structure</em>
 850           <ul>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 853               coloured in linked structure views
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 857               file-based command exchange
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 861               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 862               structures are already available for sequences
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 866               the Jalview project rather than downloaded again when the
 867               project is reopened.
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 871               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 872               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 873                 Feature</strong>)
 874             </li>
 875           </ul>
 876           <em>Web Services</em>
 877           <ul>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 883               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 884               Analysis services
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 888               cross-references provided by identifiers.org and the
 889               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 890             </li>
 891           </ul>
 892
 893           <em>Scripting</em>
 894           <ul>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 897               identifying file formats (instead of String constants)
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 901               efficiency when counting all displayed features (not
 902               backwards compatible with 2.10.1)
 903             </li>
 904           </ul>
 905           <em>Example files</em>
 906           <ul>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 909               included in the example feature file
 910             </li>
 911           </ul>
 912           <em>Documentation</em>
 913           <ul>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 916               with the built-in Java help viewer
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 920               sequence description' option
 921             </li>
 922           </ul>
 923           <em>Test Suite</em>
 924           <ul>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 927               Uniprot REST Free Text Search Client
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 934               during tests
 935             </li>
 936           </ul>
 937         </div></td>
 938       <td><div align="left">
 939           <em>Calculations</em>
 940           <ul>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 943               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 944               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 945             </li>
 946             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 947               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 948               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 949               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 950               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 951               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 952               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 953               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 954               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 955               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 956               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 957               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 958               // for 2.10.1 mode <br />
 959               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 960               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 961                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 962                 calculations (not recommended)</em></li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 965               scaling of branch lengths for trees computed using
 966               Sequence Feature Similarity.
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 970               generating output report when working with highly
 971               redundant alignments
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 975               right of selected region when gaps present on right-hand
 976               boundary
 977             </li>
 978           </ul>
 979           <em>User Interface</em>
 980           <ul>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 983               doesn't reselect a specific sequence's associated
 984               annotation after it was used for colouring a view
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 988               opened on a region of alignment without groups
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 992               of an alignment with overlapping groups
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 996               name and description match
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1000               hidden regions results in incorrect hidden regions
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1004               changing colour does not apply Conservation slider value
1005               to all groups
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1009               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1013               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1017               gaps before start of features
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1021               restored to UI when feature colour is edited
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1025               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1029               as graduate feature colour settings are modified via the
1030               dialog box
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1034               when a group defined on the alignment is resized
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1038               wrapped view result in positional status updates
1039             </li>
1040
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1043               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1047               alignment included gapped columns
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1051               widgets don't permanently disappear
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1055               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1056               T-Coffee column reliability scores)
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1060               sequence feature on gaps only
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1064               button from a Find inherit previously defined feature type
1065               rather than the Find query string
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1069               exporting tree calculated in Jalview
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1073               and then revealing them reorders sequences on the
1074               alignment
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1078               doesn't update to reflect available set of groups after
1079               interactively adding or modifying features
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1083               Linux
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1087               only excluded gaps in current sequence and ignored
1088               selection.
1089             </li>
1090           </ul>
1091           <em>Rendering</em>
1092           <ul>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1095               erratically when hidden rows or columns are present
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1099               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1100               sequence colouring
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1104               colour and group colour menu for protein alignments
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1108               reflect currently selected view or group's shading
1109               thresholds
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1113               when rendered on overview and structures when opacity at
1114               100%
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1118               overview when features overlaid on alignment
1119             </li>
1120           </ul>
1121           <em>Data import/export</em>
1122           <ul>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1125               load
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1129               added after a sequence was imported are not written to
1130               Stockholm File
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1134               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1138               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1142               with lightGray or darkGray via features file (but can
1143               specify lightgray)
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1147               when alignment view imported from project
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1151               structure and sequences extracted from structure files
1152               imported via URL and viewed in Jmol
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1156               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1157               the project is loaded and the structure viewed
1158             </li>
1159           </ul>
1160           <em>Web Services</em>
1161           <ul>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1164               release of Ensembl v.88
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1168               appear enabled in Preferences->Connections
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1172               removed from console output
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1176               Ensembl by Peptide ID
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1180               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1181               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1182               due to 'null' string rather than empty string used for
1183               residues with no corresponding PDB mapping).
1184             </li>
1185           </ul>
1186           <em>Application UI</em>
1187           <ul>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1190               menu
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1194               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1195               new documentation and tooltips added)
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1199               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1203               new features are added to alignment
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1207               changes to feature colours via the Amend features dialog
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1211               edit graduated feature colour via amend features dialog
1212               box
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1216               selection menu changes colours of alignment views
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1220               from alignment calculation workers after alignment has
1221               been closed
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1225               groups now 'Create Group'
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1229               Create/Undefine group doesn't always work
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1233               shown again after pressing 'Cancel'
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1237               adjusts start position in wrap mode
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1241               ambiguous amino acids
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1245               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1246               proteins
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1250               Defined' don't appear in Colours menu
1251             </li>
1252           </ul>
1253           <em>Applet</em>
1254           <ul>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1257               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1261               overview or linked structure view
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1265               work (since 2.8)
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1269               user-defined colourscheme doesn't restore original
1270               colourscheme
1271             </li>
1272           </ul>
1273           <em>Test Suite</em>
1274           <ul>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1277               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1281               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1282               problems with deep array comparison equality asserts in
1283               successive versions of TestNG
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1287               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1288             </li>
1289           </ul>
1290           <em>New Known Issues</em>
1291           <ul>
1292             <li>
1293               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1294               phase after a sequence motif find operation
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1298               containing just upper and lower case letters are
1299               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1303               reliably from eggnog Ortholog database
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1307               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1308               to mark columns containing highlighted regions.
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1312               doesn't always add secondary structure annotation.
1313             </li>
1314           </ul>
1315         </div>
1316     <tr>
1317       <td width="60" nowrap>
1318         <div align="center">
1319           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1320         </div>
1321       </td>
1322       <td><div align="left">
1323           <em>General</em>
1324           <ul>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1327               for all consensus calculations
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1331               3rd Oct 2016)
1332             </li>
1333             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1334               for 2016-2017</li>
1335           </ul>
1336           <em>Application</em>
1337           <ul>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1340               set of database cross-references, sorted alphabetically
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1344               from database cross references. Users with custom links
1345               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1346                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1350               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1351               Chimera session
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1355               the Chimera it is connected to is shut down
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1359               columns menu item to mark columns containing highlighted
1360               regions (e.g. from structure selections or results of a
1361               Find operation)
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1365               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1366               MSAviewer
1367             </li>
1368           </ul>
1369         </div></td>
1370       <td>
1371         <div align="left">
1372           <em>General</em>
1373           <ul>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1376               are not coloured or thresholded according to percent
1377               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1381               hydrophobic
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1385               threshold, amino acid properties)
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1389               reported as mapped to residues in a structure file in the
1390               View Mapping report
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1394               could be added multiple times to a sequence
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1398               bond features shown as two highlighted residues rather
1399               than a range in linked structure views, and treated
1400               correctly when selecting and computing trees from features
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1404               cross-references are matched to database name regardless
1405               of case
1406             </li>
1407
1408           </ul>
1409           <em>Application</em>
1410           <ul>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1413               names without regular expressions also offer links from
1414               Sequence ID
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1418               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1419               update Jalview configuration
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1423               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1427               files with similarly named sequences if dropped onto the
1428               alignment
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1432               entries where more chains exist in the PDB accession than
1433               are reported in the SIFTS file
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1437               the structure view when displayed with Chimera
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1441               panel's View->Show Chains submenu
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1445               work for wrapped alignment views
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1449               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1453               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1454               first annotation row
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1458               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1462               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1463             </li>
1464             <!-- JAL-2319 -->
1465             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1466             coordindate data
1467             </li>
1468           </ul>
1469           <!--           <em>New Known Issues</em>
1470           <ul>
1471             <li></li>
1472           </ul> -->
1473         </div>
1474       </td>
1475     </tr>
1476     <td width="60" nowrap>
1477       <div align="center">
1478         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1479           <em>25/10/2016</em></strong>
1480       </div>
1481     </td>
1482     <td><em>Application</em>
1483       <ul>
1484         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1485           view if structures already loaded</li>
1486         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1487           structure views</li>
1488       </ul></td>
1489     <td>
1490       <div align="left">
1491         <em>General</em>
1492         <ul>
1493           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1494             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1495           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1496             example sequences/projects/trees</li>
1497         </ul>
1498         <em>Application</em>
1499         <ul>
1500           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1501             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1502           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1503             without timeout for structures with multiple models or
1504             multiple sequences in alignment</li>
1505           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1506             PDB ID HEADER line</li>
1507           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1508             is performed</li>
1509           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1510             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1511           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1512           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1513             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1514             option</li>
1515           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1516             is created on the alignment</li>
1517           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1518             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1519             pop-up menu</li>
1520         </ul>
1521         <em>Build and deployment</em>
1522         <ul>
1523           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1524             tags</li>
1525         </ul>
1526         <em>New Known Issues</em>
1527         <ul>
1528           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1529             on Windows</li>
1530         </ul>
1531       </div>
1532     </td>
1533     </tr>
1534     <tr>
1535       <td width="60" nowrap>
1536         <div align="center">
1537           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1538         </div>
1539       </td>
1540       <td><em>General</em>
1541         <ul>
1542           <li>
1543             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1544           </li>
1545           <li>
1546             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1547             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1548             better PDB parsing.
1549           </li>
1550           <li>
1551             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1552             reference sequence
1553           </li>
1554           <li>
1555             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1556             mousing over sequence associated annotation
1557           </li>
1558           <li>
1559             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1560             for manual entry
1561           </li>
1562           <li>
1563             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1564             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1565             for each column
1566           </li>
1567           <li>
1568             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1569             showing or hiding columns containing a feature
1570           </li>
1571           <li>
1572             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1573             group and sequence associated annotation labels
1574           </li>
1575           <li>
1576             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1577             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1578             dialogs
1579           </li>
1580
1581         </ul> <em>Application</em>
1582         <ul>
1583           <li>
1584             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1585             gene/transcript view
1586           </li>
1587           <li>
1588             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1589             dialog
1590           </li>
1591           <li>
1592             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1593             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1594           </li>
1595           <li>
1596             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1597             Pfam sources to xfam.org
1598           </li>
1599           <li>
1600             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1601           </li>
1602           <li>
1603             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1604             over sequences in Jalview
1605           </li>
1606           <li>
1607             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1608             regions in ENA and EMBL
1609           </li>
1610           <li>
1611             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1612             for record retrieval via ENA rest API
1613           </li>
1614           <li>
1615             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1616             complement operator
1617           </li>
1618           <li>
1619             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1620             groovy script execution
1621           </li>
1622           <li>
1623             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1624             alignment window's Calculate menu
1625           </li>
1626           <li>
1627             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1628             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1629           </li>
1630           <li>
1631             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1632             calculation workers from groovy scripts
1633           </li>
1634           <li>
1635             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1636             Jalview projects
1637           </li>
1638           <li>
1639             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1640             associations are now saved/restored from project
1641           </li>
1642           <li>
1643             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1644             before sequence fetcher is opened
1645           </li>
1646           <li>
1647             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1648             database chooser opens a sequence fetcher
1649           </li>
1650           <li>
1651             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1652             the UniProt REST API
1653           </li>
1654           <li>
1655             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1656             the news reader opening
1657           </li>
1658           <li>
1659             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1660             querying stored in preferences
1661           </li>
1662           <li>
1663             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1664             search results
1665           </li>
1666           <li>
1667             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1668           </li>
1669           <li>
1670             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1671             menu for nucleotide sequences
1672           </li>
1673           <li>
1674             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1675             and feature counts preserves alignment ordering (and
1676             debugged for complex feature sets).
1677           </li>
1678           <li>
1679             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1680             viewing structures with Jalview 2.10
1681           </li>
1682           <li>
1683             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1684             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1685             Ensembl Genomes REST API
1686           </li>
1687           <li>
1688             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1689             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1690             (Ensembl)
1691           </li>
1692           <li>
1693             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1694             sequences
1695           </li>
1696           <li>
1697             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1698             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1699             data from external database records.
1700           </li>
1701           <li>
1702             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1703             efficient recovery of sequence coding and alignment
1704             annotation relationships.
1705           </li>
1706         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1707         <ul>
1708           <li>
1709             -- JAL---
1710           </li>
1711         </ul> --></td>
1712       <td>
1713         <div align="left">
1714           <em>General</em>
1715           <ul>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1718               menu on OSX
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1722               includes graduated colourschemes
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1726               working with big alignments and lots of hidden columns
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1730               at right of alignment window
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1734               contents
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1738               for DNA alignments
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1742               based tree calculation
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1746               unconserved enabled for group on alignment
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1750               set as reference
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1754               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1755               annotation
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1759               hidden columns present
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1763               user created annotation added to alignment
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1767               '()' base pair annotation
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1771               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1772               Consensus
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1776               feature not working
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1780               beginning of sequence
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1784               entry 3a6s
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1788               from a tree when t-coffee scores are shown
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1792               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1796               some structures
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1800               to Clustal, PIR and PileUp output
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1804               not visible causes alignment window to repaint
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1808               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1809               scores associated with features and annotation rows
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1813               calculation should be case independent
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1817               columns
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1821               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1822               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1826               problems when reference sequence defined and 'show
1827               non-conserved' enabled
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1831               load even when Consensus calculation is disabled
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1835               alignment does nothing
1836             </li>
1837           </ul>
1838           <em>Application</em>
1839           <ul>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1842               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1843               yet fixed for El Capitan)
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1847               output when running on non-gb/us i18n platforms
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1851               hidden sequences as flat-file alignment
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1855               launching Chimera
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1859               (also hotfix for 2.9.0b2)
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1863               reference sequence defined
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1867               alignments and views when revealing hidden columns
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1871               view in a cDNA/Protein splitframe
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1875               sequence from project when only one sequence is
1876               represented
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1880               in Structure Chooser
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1884               structure consensus didn't refresh annotation panel
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1888               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1892               dialogs format columns correctly, don't display array
1893               data, sort columns according to type
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1897               file chooser is cancelled during an image export
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1901               sequence name containing special characters
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1905               case insensitive
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1909               formatting don't wrap
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1913               truncated so L looks like I in consensus annotation
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1917               currently displayed features for the current selection or
1918               view
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1922               after fetching cross-references, and restoring from
1923               project
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1927               followed in the structure viewer
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1931               splitframe not restored from project
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1935               trailing end of protein alignment in transcript/product
1936               splitview when pad-gaps not enabled by default
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1940               is case dependent
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1944               article has been read (reopened issue due to
1945               internationalisation problems)
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1949               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1950               cross-references
1951             </li>
1952
1953             <li>
1954               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1955               alignment as HTML
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1959               multiple structures are shown for one or more sequences.
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1963               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1964               is enabled.
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1968               specific PDB id for sequence
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1972               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1973               columns' is disabled.
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1977               selects lowest rather than highest resolution structures
1978               for each sequence
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1982               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1986               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1990               after clicking on it to create new annotation for a
1991               column.
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1995               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1996             </li>
1997             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1998             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1999           </ul>
2000           <em>Applet</em>
2001           <ul>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2004               hidden columns present before start of sequence
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2008               (JSON jars)
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2012               sequences are hidden in applet
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2016               deployment on examples pages.
2017             </li>
2018           </ul>
2019         </div>
2020       </td>
2021     </tr>
2022     <tr>
2023       <td width="60" nowrap>
2024         <div align="center">
2025           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2026             <em>16/10/2015</em></strong>
2027         </div>
2028       </td>
2029       <td><em>General</em>
2030         <ul>
2031           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2032             jars</li>
2033         </ul></td>
2034       <td>
2035         <div align="left">
2036           <em>Application</em>
2037           <ul>
2038             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2039               shown when tree is partitioned</li>
2040             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2041               multiple cDNA/Protein split views</li>
2042           </ul>
2043         </div>
2044       </td>
2045     </tr>
2046     <tr>
2047       <td width="60" nowrap>
2048         <div align="center">
2049           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2050             <em>8/10/2015</em></strong>
2051         </div>
2052       </td>
2053       <td><em>General</em>
2054         <ul>
2055           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2056             2.9</li>
2057         </ul> <em>Application</em>
2058         <ul>
2059           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2060           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2061           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2062         </ul> <em>Applet</em>
2063         <ul>
2064           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2065         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2066         <ul>
2067           <li>
2068             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2069             suite
2070           </li>
2071         </ul></td>
2072       <td>
2073         <div align="left">
2074           <em>General</em>
2075           <ul>
2076             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2077               incorrect when sequence start > 1</li>
2078             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2079               documentation</li>
2080             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2081             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2082               loading a features file containing HTML tags in feature
2083               description</li>
2084
2085           </ul>
2086           <em>Application</em>
2087           <ul>
2088             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2089               reimport</li>
2090             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2091               with 'trim retrieved sequences'</li>
2092             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2093               deleting selected columns</li>
2094             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2095               JNLP templates for webstart launch</li>
2096             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2097               unreleased structures for download or viewing</li>
2098             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2099               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2100             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2101               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2102             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2103               recovered from jalview project</li>
2104             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2105               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2106               alignment view</li>
2107             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2108               color schemes from BioJSON</li>
2109           </ul>
2110           <em>Applet</em>
2111           <ul>
2112             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2113               frame</li>
2114             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2115           </ul>
2116         </div>
2117       </td>
2118     </tr>
2119     <tr>
2120       <td><div align="center">
2121           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2122         </div></td>
2123       <td><em>General</em>
2124         <ul>
2125           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2126             alignments:
2127             <ul>
2128               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2129                 and DNA alignment views</li>
2130               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2131                 cDNA alignment views</li>
2132               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2133                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2134               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2135                 protein sequences</li>
2136             </ul>
2137           </li>
2138           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2139           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2140             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2141           <li>New alignment annotation file statements for
2142             reference sequences and marking hidden columns</li>
2143           <li>Reference sequence based alignment shading to
2144             highlight variation</li>
2145           <li>Select or hide columns according to alignment
2146             annotation</li>
2147           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2148           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2149             acid conservation row</li>
2150           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2151         </ul> <em>Application</em>
2152         <ul>
2153           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2154             <ul>
2155               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2156                 view with cDNA/Protein</li>
2157               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2158                 sequences are placed in the same alignment</li>
2159               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2160                 projects</li>
2161             </ul>
2162           </li>
2163
2164           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2165           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2166             Jalview windows</li>
2167
2168           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2169           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2170           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2171             be shown in VARNA</li>
2172
2173           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2174             as the active selected region</li>
2175
2176           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2177             similarity</li>
2178           <li>New Export options
2179             <ul>
2180               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2181                 region export in flat file generation</li>
2182
2183               <li>Export alignment views for display with the <a
2184                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2185
2186               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2187               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2188                 alignment figures to HTML</li>
2189           </li>
2190           <li>3D structure retrieval and display
2191             <ul>
2192               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2193                 Search API</li>
2194               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2195                 PDB structures for a sequence set</li>
2196             </ul>
2197           </li>
2198
2199           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2200             predictions</li>
2201           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2202             for one or a group of sequences</li>
2203           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2204             from the JPred4 web server</li>
2205           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2206             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2207             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2208           </li>
2209           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2210             VARNA 2D Structure'</li>
2211           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2212             Structure ..."</li>
2213
2214         </ul> <em>Applet</em>
2215         <ul>
2216           <li>New layout for applet example pages</li>
2217           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2218             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2219           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2220             Protein alignments</li>
2221         </ul> <em>Development and deployment</em>
2222         <ul>
2223           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2224           <li>Include installation type and git revision in build
2225             properties and console log output</li>
2226           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2227             storing BioJsMSA Templates</li>
2228           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2229         </ul></td>
2230       <td>
2231         <!-- <em>General</em>
2232         <ul>
2233         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2234         <ul>
2235           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2236           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2237           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2238             predictions are not highlighted in amber</li>
2239           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2240             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2241           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2242             associated structure views</li>
2243           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2244             width checkbox not enabled</li>
2245           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2246             creating user defined colours</li>
2247           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2248             mappings for just that viewer's sequences</li>
2249           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2250             multiple models in Chimera</li>
2251           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2252             over Jmol structure</li>
2253           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2254             output to text box</li>
2255           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2256             have incorrect sequence start/end</li>
2257           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2258             Jalview fails</li>
2259           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2260             work for nucleotide</li>
2261           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2262             to a grey/invisible alignment window</li>
2263           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2264             imports to different position</li>
2265           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2266             on some platforms</li>
2267           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2268             populated</li>
2269           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2270             console if Chimera has been opened</li>
2271           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2272           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2273             retrieved</li>
2274           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2275           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2276             either sequence shows on first structure</li>
2277           <li>'Show annotations' options should not make
2278             non-positional annotations visible</li>
2279           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2280             in right place after 'view flanking regions'</li>
2281           <li>File Save As type unset when current file format is
2282             unknown</li>
2283           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2284             projects</li>
2285           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2286             responsive</li>
2287           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2288             several views on same alignment</li>
2289           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2290           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2291             spaces</li>
2292         </ul> <em>Applet</em>
2293         <ul>
2294           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2295           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2296             descriptions containing angle brackets</li>
2297         </ul> <em>General</em>
2298         <ul>
2299           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2300             via jalview annotation file</li>
2301           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2302             with RNA secondary structure</li>
2303           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2304             translation doesn't work.</li>
2305           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2306           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2307             positions</li>
2308           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2309             choosing 1pt font</li>
2310           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2311             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2312             'h'</li>
2313           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2314             new feature</li>
2315           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2316             order dependent</li>
2317           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2318             sequences</li>
2319           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2320         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2321         <ul>
2322           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2323             www.jalview.org</li>
2324         </ul> <em>Application Known issues</em>
2325         <ul>
2326           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2327           <li>Misleading message appears after trying to delete
2328             solid column.</li>
2329           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2330             version launches</li>
2331           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2332             fails with a sequence mismatch</li>
2333           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2334             scrolling alignment to right</li>
2335           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2336             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2337           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2338             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2339           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2340             ultra-high resolution</li>
2341           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2342             quality and conservation</li>
2343           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2344             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2345         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2346         <ul>
2347           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2348           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2349             window is being resized</li>
2350
2351         </ul>
2352       </td>
2353     </tr>
2354     <tr>
2355       <td><div align="center">
2356           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2357         </div></td>
2358       <td><em>General</em>
2359         <ul>
2360           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2361             Certum.PL.</li>
2362           <li>Features and annotation preserved when performing
2363             pairwise alignment</li>
2364           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2365             imported/exported/displayed</li>
2366           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2367             protein secondary structure</li>
2368           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2369               post-hoc with 2.9 release</em>)
2370           </li>
2371
2372         </ul> <em>Application</em>
2373         <ul>
2374           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2375             with 3D structures</li>
2376           <li>Support for parsing RNAML</li>
2377           <li>Annotations menu for layout
2378             <ul>
2379               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2380               <li>place sequence annotation above/below alignment
2381                 annotation</li>
2382             </ul>
2383           <li>Output in Stockholm format</li>
2384           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2385             translation</li>
2386           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2387           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2388             shared between alignments</li>
2389           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2390             Jalview</li>
2391           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2392             all or current selection</li>
2393           <li>disorder and secondary structure predictions
2394             available as dataset annotation</li>
2395           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2396
2397
2398           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2399             alignments from Rfam</li>
2400           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2401
2402           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2403             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2404           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2405           <li>include installation type in build properties and
2406             console log output</li>
2407           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2408             annotation</li>
2409         </ul></td>
2410       <td>
2411         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2412         <ul>
2413           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2414             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2415           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2416             alignment</li>
2417           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2418           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2419           <li>Double click on sequence associated annotation
2420             selects only first column</li>
2421           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2422             leaves shown in tree</li>
2423           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2424             properly</li>
2425           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2426           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2427             screen and buttons not visible</li>
2428           <li>author list isn't updated if already written to
2429             Jalview properties</li>
2430           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2431             from database</li>
2432           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2433           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2434             browser search window</li>
2435           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2436             in feature settings dialog</li>
2437           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2438             desktop</li>
2439           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2440             pass validation</li>
2441           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2442             fit on screen</li>
2443           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2444             tooltip</li>
2445           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2446             defined user preset</li>
2447           <li>MSA web services warns user if they were launched
2448             with invalid input</li>
2449           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2450             Java 8</li>
2451           <li>
2452             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2453             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2454             created
2455           </li>
2456
2457         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2458         <ul>
2459         </ul> <em>General</em>
2460         <ul>
2461         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2462         <ul>
2463           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2464             memory allocation</li>
2465           <li>launchApp service doesn't automatically open
2466             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2467           <li>
2468             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2469             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2470             1.7_055 is available
2471           </li>
2472         </ul> <em>Application Known issues</em>
2473         <ul>
2474           <li>
2475             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2476             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2477             alignment to right
2478           </li>
2479           <li>
2480             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2481             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2482             with large number of ID
2483           </li>
2484           <li>
2485             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2486             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2487             start/end
2488           </li>
2489           <li>
2490             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2491             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2492             structure tracks are rearranged
2493           </li>
2494           <li>
2495             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2496             invalid rna structure positional highlighting does not
2497             highlight position of invalid base pairs
2498           </li>
2499           <li>
2500             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2501             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2502             project from alignment window file menu
2503           </li>
2504           <li>
2505             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2506             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2507             structures
2508           </li>
2509           <li>
2510             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2511             colour by RNA Helices not enabled when user created
2512             annotation added to alignment
2513           </li>
2514           <li>
2515             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2516             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2517           </li>
2518         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2519         <ul>
2520           <li>
2521             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2522             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2523           </li>
2524           <li>
2525             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2526             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2527           </li>
2528
2529           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2530             when selected</li>
2531         </ul>
2532       </td>
2533     </tr>
2534     <tr>
2535       <td><div align="center">
2536           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2537         </div></td>
2538       <td>
2539         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2540         <em>General</em>
2541         <ul>
2542           <li>Internationalisation of user interface (usually
2543             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2544           <li>Define/Undefine group on current selection with
2545             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2546           <li>Improved group creation/removal options in
2547             alignment/sequence Popup menu</li>
2548           <li>Sensible precision for symbol distribution
2549             percentages shown in logo tooltip.</li>
2550           <li>Annotation panel height set according to amount of
2551             annotation when alignment first opened</li>
2552         </ul> <em>Application</em>
2553         <ul>
2554           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2555             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2556           <li>Select columns containing particular features from
2557             Feature Settings dialog</li>
2558           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2559             sequences</li>
2560           <li>Update Jalview project format:
2561             <ul>
2562               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2563               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2564                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2565               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2566                 colouring</li>
2567             </ul>
2568           </li>
2569           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2570             (PAM250)</li>
2571           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2572             flanking regions for an alignment</li>
2573         </ul>
2574       </td>
2575       <td>
2576         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2577         <ul>
2578           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2579             running after job is cancelled</li>
2580           <li>cannot export features from alignments imported from
2581             Jalview/VAMSAS projects</li>
2582           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2583             float values</li>
2584           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2585             have 'display all symbols' flag set</li>
2586           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2587             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2588           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2589             Jalview</li>
2590           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2591             Lion/Webstart</li>
2592           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2593           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2594           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2595             alignment onto desktop</li>
2596           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2597             'extract scores' function</li>
2598           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2599             alignment window</li>
2600           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2601             performing IUPred disorder prediction</li>
2602           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2603             changing 'normalise logo' display setting</li>
2604           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2605             nothing matches query</li>
2606           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2607             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2608           </li>
2609           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2610             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2611           </li>
2612           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2613             Jalview's menu</li>
2614           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2615             'invalid literal/length code'</li>
2616           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2617             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2618           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2619             colourscheme</li>
2620
2621         </ul> <em>Applet</em>
2622         <ul>
2623           <li>Remove group option is shown even when selection is
2624             not a group</li>
2625           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2626             don't affect groups</li>
2627           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2628             colourscheme name</li>
2629           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2630             Annotation panel is not displayed</li>
2631           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2632             embedded windows</li>
2633         </ul> <em>Other</em>
2634         <ul>
2635           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2636             single sequence were not calculated</li>
2637           <li>annotation files that contain only groups imported as
2638             annotation and junk sequences</li>
2639           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2640             recognised as PFAM or BLC</li>
2641           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2642             doesn't affect background (2.8.0b1)
2643           <li></li>
2644           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2645           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2646             trailing gaps</li>
2647           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2648             registered correctly on import</li>
2649           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2650             certain alignments</li>
2651           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2652             existing annotation based 'use original colours'
2653             colourscheme loses original colours setting</li>
2654         </ul>
2655       </td>
2656     </tr>
2657     <tr>
2658       <td><div align="center">
2659           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2660             <em>30/1/2014</em></strong>
2661         </div></td>
2662       <td>
2663         <ul>
2664           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2665             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2666             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2667             open source project).
2668           </li>
2669           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2670           <li>Output in Stockholm format</li>
2671           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2672           <li>Export/import group and sequence associated line
2673             graph thresholds</li>
2674           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2675             ambiguity codes</li>
2676           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2677             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2678             works</li>
2679           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2680         </ul> <em>Other improvements</em>
2681         <ul>
2682           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2683           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2684             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2685           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2686             files</li>
2687           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2688           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2689             link but no description</li>
2690           <li>Select primary source when selecting authority in
2691             database fetcher GUI</li>
2692           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2693             Jalview</li>
2694           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2695         </ul>
2696       </td>
2697       <td>
2698         <ul>
2699           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2700             displayed</li>
2701           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2702             secondary structure annotation line</li>
2703           <li>Sequence database accessions not imported when
2704             fetching alignments from Rfam</li>
2705           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2706             identical IDs</li>
2707           <li>View all structures does not always superpose
2708             structures</li>
2709           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2710             reflect user or preset settings</li>
2711           <li>Null pointer exceptions for some services without
2712             presets or adjustable parameters</li>
2713           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2714             discover PDB xRefs</li>
2715           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2716             features with DAS</li>
2717           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2718             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2719           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2720             residue follows a gap</li>
2721           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2722             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2723           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2724             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2725           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2726             annotation already exists on alignment</li>
2727           <li>oninit javascript function should be called after
2728             initialisation completes</li>
2729           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2730             alignment window display</li>
2731           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2732           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2733             to annotation file</li>
2734           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2735             groups created</li>
2736           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2737             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2738           <li>Pressing return several times causes Number Format
2739             exceptions in keyboard mode</li>
2740           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2741             correct partitions for input data</li>
2742           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2743           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2744           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2745           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2746             mode</li>
2747           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2748             changes one row&#39;s threshold</li>
2749           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2750             doesn&#39;t open</li>
2751           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2752             quality histograms</li>
2753         </ul>
2754       </td>
2755     </tr>
2756     <tr>
2757       <td><div align="center">
2758           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2759         </div></td>
2760       <td><em>Application</em>
2761         <ul>
2762           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2763             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2764           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2765             preferences</li>
2766           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2767             in Jalview alignment window</li>
2768           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2769             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2770           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2771             RNA and ambiguity codes</li>
2772
2773           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2774           <li>Support fetching and database reference look up
2775             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2776             refs')</li>
2777           <li>Jalview project improvements
2778             <ul>
2779               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2780                 flag for annotation</li>
2781               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2782                 alignment</li>
2783               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2784                 Jalview project</li>
2785
2786             </ul>
2787           </li>
2788           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2789           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2790             running</li>
2791           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2792           <li>visual indication that web service results are still
2793             being retrieved from server</li>
2794           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2795             starts up for first time</li>
2796           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2797             services</li>
2798           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2799             client library</li>
2800           <li>Examples directory and Groovy library included in
2801             InstallAnywhere distribution</li>
2802         </ul> <em>Applet</em>
2803         <ul>
2804           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2805             visualization applet example</li>
2806         </ul> <em>General</em>
2807         <ul>
2808           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2809           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2810             defaults</li>
2811           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2812             calculation</li>
2813           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2814             matrices
2815           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2816             in HTML</li>
2817           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2818             structure contacts</li>
2819           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2820           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2821           <li>Parse sequence associated secondary structure
2822             information in Stockholm files</li>
2823           <li>HTML Export database accessions and annotation
2824             information presented in tooltip for sequences</li>
2825           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2826             style RNA alignment files</li>
2827           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2828             alignment</li>
2829           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2830             shade each sequence according to its associated alignment
2831             annotation</li>
2832           <li>New Jalview Logo</li>
2833         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2834         <ul>
2835           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2836           <li>New Website!</li>
2837         </ul></td>
2838       <td><em>Application</em>
2839         <ul>
2840           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2841             wsdbfetch REST service</li>
2842           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2843           <li>Filetype associations not installed for webstart
2844             launch</li>
2845           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2846             job execution in full once it is complete</li>
2847           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2848             uploaded via ali_file parameter</li>
2849           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2850           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2851           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2852             submitted for prediction</li>
2853           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2854             desktop window</li>
2855           <li>Putting fractional value into integer text box in
2856             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2857           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2858             windows 7</li>
2859           <li>View all structures fails with exception shown in
2860             structure view</li>
2861           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2862             escaped in a platform independent way</li>
2863           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2864             using proxy</li>
2865           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2866             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2867           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2868             failure when java web start temporary file caching is
2869             disabled</li>
2870           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2871             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2872           <li>Errors during processing of command line arguments
2873             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2874           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2875             DAS sources in sequence fetcher</li>
2876           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2877             dialog is shown</li>
2878           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2879           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2880           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2881           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2882             on OSX Mountain Lion</li>
2883           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2884             sequences with alignment annotation are pasted into the
2885             alignment</li>
2886           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2887             when loaded from Jalview project</li>
2888           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2889           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2890             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2891           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2892             associated with all views</li>
2893           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2894             annotation rows to new window</li>
2895         </ul> <em>Applet</em>
2896         <ul>
2897           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2898             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2899           <li>loading features via javascript API automatically
2900             enables feature display</li>
2901           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2902             work</li>
2903         </ul> <em>General</em>
2904         <ul>
2905           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2906           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2907             and then deselected</li>
2908           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2909           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2910             coloured with clustalx</li>
2911           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2912             exceptions and redraw errors</li>
2913           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2914             reconfigured view</li>
2915           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2916             colour</li>
2917           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2918             for lots of labels</li>
2919         </ul>
2920     </tr>
2921     <tr>
2922       <td>
2923         <div align="center">
2924           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2925         </div>
2926       </td>
2927       <td><em>Application</em>
2928         <ul>
2929           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2930           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2931           <li>View/alignment association menu to enable user to
2932             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2933             its colours/correspondences from</li>
2934           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2935           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2936             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2937           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2938           <li>Annotation row column label formatting attributes
2939             stored in project file</li>
2940           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2941             rows preserved in Jalview project file</li>
2942           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2943             saved using Desktop window menu</li>
2944           <li>Visual indication that command line arguments are
2945             still being processed</li>
2946           <li>Groovy script execution from URL</li>
2947           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2948             preferences</li>
2949           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2950             alignment with sequences that have high similarity and
2951             matching IDs</li>
2952           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2953           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2954             structures in same window</li>
2955           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2956           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2957             analysis function in its own submenu</li>
2958         </ul> <em>Applet</em>
2959         <ul>
2960           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2961             groups</li>
2962           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2963           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2964           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2965           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2966           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2967             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2968           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2969           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2970             parameters are treated as such</li>
2971           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2972             <ul>
2973               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2974               <li>Javascript callbacks for
2975                 <ul>
2976                   <li>Applet initialisation</li>
2977                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2978                 </ul>
2979               </li>
2980               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2981                 functions</li>
2982               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2983               <li>javascript structure viewer harness to pass
2984                 messages between Jmol and Jalview when running as
2985                 distinct applets</li>
2986               <li>sortBy method</li>
2987               <li>Set of applet and application examples shipped
2988                 with documentation</li>
2989               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2990                 javascript message exchange</li>
2991             </ul>
2992         </ul> <em>General</em>
2993         <ul>
2994           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2995             multiple alignments</li>
2996           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2997           <li>User configurable link to enable redirects to a
2998             www.Jalview.org mirror</li>
2999           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3000           <li>Configurable newline string when writing alignment
3001             and other flat files</li>
3002           <li>Allow alignment annotation description lines to
3003             contain html tags</li>
3004         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3005         <ul>
3006           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3007             examples</li>
3008           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3009             using a web service before displaying the result in the
3010             Jalview desktop</li>
3011           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3012           <li>Ant target to publish example html files with applet
3013             archive</li>
3014           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3015           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3016         </ul></td>
3017       <td><em>Application</em>
3018         <ul>
3019           <li>User defined colourscheme throws exception when
3020             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3021           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3022             dialog for valid filename/format</li>
3023           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3024           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3025             P37173</li>
3026           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3027             which sequence is to be associated with the file</li>
3028           <li>Find All raises null pointer exception when query
3029             only matches sequence IDs</li>
3030           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3031           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3032             2.4 cannot be loaded</li>
3033           <li>Filetype associations not installed for webstart
3034             launch</li>
3035           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3036             with sequences in different alignments do not get coloured
3037             by their associated sequence</li>
3038           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3039             not preserved when project is loaded</li>
3040           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3041             stored in Jalview project</li>
3042           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3043             Jalview project</li>
3044           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3045           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3046             by conservation</li>
3047           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3048             created on new view</li>
3049           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3050             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3051           <li>Alignment quality not updated after alignment
3052             annotation row is hidden then shown</li>
3053           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3054             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3055           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3056             properly</li>
3057           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3058             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3059           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3060           <li>Structures imported from file and saved in project
3061             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3062           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3063             job execution in full once it is complete</li>
3064         </ul> <em>Applet</em>
3065         <ul>
3066           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3067             annotation rows are displayed</li>
3068           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3069             codebase</li>
3070           <li>View follows highlighting does not work for positions
3071             in sequences</li>
3072           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3073           <li>Export features raises exception when no features
3074             exist</li>
3075           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3076             for javascript api is modified when separator string
3077             provided as parameter</li>
3078           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3079             alignment with no existing selection</li>
3080           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3081             to applet&#39;s codebase</li>
3082           <li>Status bar not updated after finished searching and
3083             search wraps around to first result</li>
3084           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3085             several Jalview applets causes race conditions and memory
3086             leaks</li>
3087           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3088             not sent from Jmol in applet</li>
3089           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3090             applet API fatally hang browser</li>
3091         </ul> <em>General</em>
3092         <ul>
3093           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3094             position with wrapped view and hidden regions</li>
3095           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3096             with/without hidden columns</li>
3097           <li>Sequence length given in alignment properties window
3098             is off by 1</li>
3099           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3100             import PDB like structure files</li>
3101           <li>Positional search results are only highlighted
3102             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3103           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3104           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3105             given sequence position</li>
3106           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3107             output</li>
3108           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3109             from nucleotide chains correctly</li>
3110           <li>Structure colours not updated when tree partition
3111             changed in alignment</li>
3112           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3113             parsed in interleaved stockholm</li>
3114           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3115             state</li>
3116           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3117             properly</li>
3118           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3119             properly associated with their pdb files</li>
3120         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3121         <ul>
3122           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3123             ApplyCopyright tool</li>
3124         </ul></td>
3125     </tr>
3126     <tr>
3127       <td>
3128         <div align="center">
3129           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3130         </div>
3131       </td>
3132       <td><em>Application</em>
3133         <ul>
3134           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3135             contact web services</li>
3136           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3137             service job window</li>
3138           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3139         </ul></td>
3140       <td>
3141         <ul>
3142           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3143             pir file emitted by Jalview</li>
3144           <li>Existing feature settings transferred to new
3145             alignment view created from cut'n'paste</li>
3146           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3147             parsing PDB files</li>
3148           <li>Consensus and conservation annotation rows
3149             occasionally become blank for all new windows</li>
3150           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3151             in wrapped view mode</li>
3152         </ul> <em>Application</em>
3153         <ul>
3154           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3155             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3156           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3157             parameter names</li>
3158           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3159             is down</li>
3160         </ul>
3161       </td>
3162     </tr>
3163     <tr>
3164       <td>
3165         <div align="center">
3166           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3167         </div>
3168       </td>
3169       <td><em>Application</em>
3170         <ul>
3171           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3172             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3173             (JABAWS)
3174           </li>
3175           <li>Web Services preference tab</li>
3176           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3177             preferences</li>
3178           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3179           <li>Superpose structures using associated sequence
3180             alignment</li>
3181           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3182             viewer</li>
3183         </ul> <em>Applet</em>
3184         <ul>
3185           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3186             link out mechanism</li>
3187         </ul> <em>Other</em>
3188         <ul>
3189           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3190             series 12</li>
3191           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3192             require Java 1.5</li>
3193           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3194             sequence annotation files</li>
3195           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3196             type colour specification</li>
3197           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3198             script to check if it being run in an interactive session or
3199             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3200         </ul></td>
3201       <td>
3202         <ul>
3203           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3204             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3205         </ul> <em>Application</em>
3206         <ul>
3207           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3208             selected Regions menu item</li>
3209           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3210             part of a valid accession ID</li>
3211           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3212             runs out of memory</li>
3213           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3214             analysis results</li>
3215           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3216             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3217           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3218         </ul> <em>Applet</em>
3219         <ul>
3220           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3221             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3222             defined.</li>
3223         </ul>
3224       </td>
3225     </tr>
3226     <tr>
3227       <td>
3228         <div align="center">
3229           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3230         </div>
3231       </td>
3232       <td></td>
3233       <td>
3234         <ul>
3235           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3236             sequence IDs</li>
3237           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3238             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3239           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3240             import correctly</li>
3241           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3242             number of columns are hidden</li>
3243           <li>annotation label popup menu not providing correct
3244             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3245             present</li>
3246           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3247             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3248           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3249             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3250
3251         </ul> <em>Applet</em>
3252         <ul>
3253           <li>annotation panel disappears when annotation is
3254             hidden/removed</li>
3255         </ul> <em>Application</em>
3256         <ul>
3257           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3258             alignment opened where annotation panel is visible but no
3259             annotations are present on alignment</li>
3260           <li>pasted region containing hidden columns is
3261             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3262           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3263             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3264           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3265             selected Rregions menu item.</li>
3266           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3267             'Un' or 'Non'conserved</li>
3268           <li>Sequence feature settings are being shared by
3269             multiple distinct alignments</li>
3270           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3271             changed</li>
3272           <li>double click on group annotation to select sequences
3273             does not propagate to associated trees</li>
3274           <li>Mac OSX specific issues:
3275             <ul>
3276               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3277                 window background</li>
3278               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3279                 name set correctly</li>
3280               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3281                 save feature colourscheme button</li>
3282             </ul>
3283           </li>
3284         </ul>
3285       </td>
3286     </tr>
3287     <tr>
3288
3289       <td>
3290         <div align="center">
3291           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3292         </div>
3293       </td>
3294       <td><em>New Capabilities</em>
3295         <ul>
3296           <li>URL links generated from description line for
3297             regular-expression based URL links (applet and application)
3298
3299           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3300             menu</li>
3301           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3302             structures</li>
3303           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3304             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3305           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3306             average score or total feature count for each sequence.</li>
3307           <li>Shading features by score or associated description</li>
3308           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3309             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3310           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3311             hide everything but the currently selected region.</li>
3312           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3313         </ul> <em>Application</em>
3314         <ul>
3315           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3316             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3317           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3318             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3319           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3320             database references and protein_name is parsed as
3321             description line (BioSapiens terms).</li>
3322           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3323             references in sequence ID tooltip from View menu in
3324             application.</li>
3325           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3326       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3327           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3328             conservation plots</li>
3329           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3330             and visualized as sequence logos</li>
3331           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3332             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3333           </li>
3334           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3335             when a new tree is opened.</li>
3336           <li>Jalview Java Console</li>
3337           <li>Better placement of desktop window when moving
3338             between different screens.</li>
3339           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3340             consensus annotation</li>
3341           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3342             Workflows</li>
3343           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3344             <ul>
3345               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3346                 used to preserve views, structures, and tree display
3347                 settings)</li>
3348               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3349                 command line</li>
3350               <li>Sharing of selected regions between views and
3351                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3352               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3353             </ul></li>
3354         </ul> <em>Applet</em>
3355         <ul>
3356           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3357           <li>New Parameters
3358             <ul>
3359               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3360                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3361                 opened.</li>
3362               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3363                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3364               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3365                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3366               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3367                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3368                 view</li>
3369               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3370                 increase the height or width of a cell in the alignment
3371                 grid relative to the current font size.</li>
3372             </ul>
3373           </li>
3374           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3375             tooltip</li>
3376         </ul> <em>Other</em>
3377         <ul>
3378           <li>Features format: graduated colour definitions and
3379             specification of feature scores</li>
3380           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3381             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3382             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3383           <li>XML formats extended to support graduated feature
3384             colourschemes, group associated annotation, and profile
3385             visualization settings.</li></td>
3386       <td>
3387         <ul>
3388           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3389             rather than description</li>
3390           <li>Non-positional features are now included in sequence
3391             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3392             visibility in tooltip).</li>
3393           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3394           <li>Added URL embedding instructions to features file
3395             documentation.</li>
3396           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3397             'X' in peptide product</li>
3398           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3399             sequence ID and sequence string and query strings do not
3400             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3401           <li>AMSA files only contain first column of
3402             multi-character column annotation labels</li>
3403           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3404             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3405             exported and re-imported)</li>
3406           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3407             name</li>
3408           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3409             as subsequence matches, and correctly reports total number
3410             of both.</li>
3411           <li>Application:
3412             <ul>
3413               <li>Better handling of exceptions during sequence
3414                 retrieval</li>
3415               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3416                 link text excludes the start_end suffix</li>
3417               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3418                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3419               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3420               <li>Sequence description lines properly shared via
3421                 VAMSAS</li>
3422               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3423                 data sources</li>
3424               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3425                 completes before alignment figures are generated.</li>
3426               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3427                 first time.</li>
3428               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3429                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3430               <li>User defined group colours properly recovered
3431                 from Jalview projects.</li>
3432             </ul>
3433           </li>
3434         </ul>
3435       </td>
3436
3437     </tr>
3438     <tr>
3439       <td>
3440         <div align="center">
3441           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3442         </div>
3443       </td>
3444       <td>
3445         <ul>
3446           <li>Experimental support for google analytics usage
3447             tracking.</li>
3448           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3449         </ul>
3450       </td>
3451       <td>
3452         <ul>
3453           <li>Race condition in applet preventing startup in
3454             jre1.6.0u12+.</li>
3455           <li>Exception when feature created from selection beyond
3456             length of sequence.</li>
3457           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3458           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3459             all sequences with a given id</li>
3460           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3461             ID string searches</li>
3462           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3463             alignment to fail with exception</li>
3464         </ul> <em>Application Issues</em>
3465         <ul>
3466           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3467           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3468             data sources</li>
3469         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3470         <ul>
3471           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3472             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3473           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3474             version (java class versioning error fixed)</li>
3475         </ul>
3476       </td>
3477     </tr>
3478     <tr>
3479       <td>
3480
3481         <div align="center">
3482           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3483         </div>
3484       </td>
3485       <td><em>User Interface</em>
3486         <ul>
3487           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3488             translation and protein products</li>
3489           <li>Linked highlighting of structure associated with
3490             residue mapping to codon position</li>
3491           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3492             and 'clear' button</li>
3493           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3494             Tools menu</li>
3495           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3496             numeric data in description line</li>
3497           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3498           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3499             of sequence</li>
3500         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3501         <ul>
3502           <li>JPred3 web service</li>
3503           <li>Prototype sequence search client (no public services
3504             available yet)</li>
3505           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3506             PFAM</li>
3507           <li>URL Links created for matching database cross
3508             references as well as sequence ID</li>
3509           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3510         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3511         <ul>
3512           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3513             databases</li>
3514           <li>Generalised database reference retrieval and
3515             validation to all fetchable databases</li>
3516           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3517             sequence command</li>
3518         </ul> <em>Import and Export</em>
3519         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3520         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3521           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3522         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3523           File</li>
3524         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3525           triplet as name of colourscheme</li>
3526         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3527         <ul>
3528           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3529           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3530             alignments (experimental)</li>
3531           <li>Create new or select existing session to join</li>
3532           <li>load and save of vamsas documents</li>
3533         </ul> <em>Application command line</em>
3534         <ul>
3535           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3536             from applet)</li>
3537           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3538             of DAS servers to query for alignment features</li>
3539           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3540             that are also automatically queried for features</li>
3541           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3542             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3543         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3544         <ul>
3545           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3546             application (when using &quot;View in full
3547             application&quot;)</li>
3548         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3549         <ul>
3550           <li>feature group display control parameter</li>
3551           <li>debug parameter</li>
3552           <li>showbutton parameter</li>
3553         </ul> <em>Applet API methods</em>
3554         <ul>
3555           <li>newView public method</li>
3556           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3557           <li>Feature display control methods</li>
3558           <li>get list of currently selected sequences</li>
3559         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3560         <ul>
3561           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3562           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3563             Jalview release.</li>
3564           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3565             property controls execution of obfuscator</li>
3566           <li>Build target for generating source distribution</li>
3567           <li>Debug flag for javacc</li>
3568           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3569             jalview.bin.Cache</li>
3570           <li>Continuous Build Integration for stable and
3571             development version of Application, Applet and source
3572             distribution</li>
3573         </ul></td>
3574       <td>
3575         <ul>
3576           <li>selected region output includes visible annotations
3577             (for certain formats)</li>
3578           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3579             for editing</li>
3580           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3581           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3582           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3583           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3584             comments</li>
3585           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3586             filenames containing a ':'</li>
3587           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3588             global sequence features</li>
3589           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3590             references from alignment sequences goes to zero</li>
3591           <li>Close of tree branch colour box without colour
3592             selection causes cascading exceptions</li>
3593           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3594           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3595             file parsing fails.</li>
3596           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3597           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3598             not a valid output format</li>
3599           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3600             vamsas</li>
3601           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3602           <li>error messages passed up and output when data read
3603             fails</li>
3604           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3605             sequence is edited</li>
3606           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3607             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3608           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3609             filetype</li>
3610           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3611             import fixed for PFAM records</li>
3612           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3613             window list</li>
3614           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3615             can be read and written correctly to annotation file</li>
3616           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3617             correctly</li>
3618           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3619             non-italic font for representatives in Applet</li>
3620           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3621             Macs.</li>
3622           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3623             Applet)</li>
3624           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3625             due to null pointer exceptions</li>
3626           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3627             first column of alignment</li>
3628           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3629             July 2008</li>
3630           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3631             file is case-insensitive</li>
3632           <li>Sequence features read from Features file appended to
3633             all sequences with matching IDs</li>
3634           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3635             containing a sub-sequence</li>
3636           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3637           <li>feature and annotation file applet parameters
3638             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3639           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3640           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3641             splash-screen version check to complete</li>
3642           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3643             when passing them to the launchApp service</li>
3644           <li>display name and local features preserved in results
3645             retrieved from web service</li>
3646           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3647             sequence fetcher initialisation</li>
3648           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3649             dasobert DAS client</li>
3650           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3651             association</li>
3652           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3653             sequences
3654           </li>
3655         </ul>
3656       </td>
3657     </tr>
3658     <tr>
3659       <td>
3660         <div align="center">
3661           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3662         </div>
3663       </td>
3664       <td>
3665         <ul>
3666           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3667           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3668           <li>Slide sequences</li>
3669           <li>Edit sequence in place</li>
3670           <li>EMBL CDS features</li>
3671           <li>DAS Feature mapping</li>
3672           <li>Feature ordering</li>
3673           <li>Alignment Properties</li>
3674           <li>Annotation Scores</li>
3675           <li>Sort by scores</li>
3676           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3677         </ul>
3678       </td>
3679       <td>
3680         <ul>
3681           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3682           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3683           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3684           <li>Feature group display state in XML</li>
3685           <li>Feature ordering in XML</li>
3686           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3687           <li>Stockholm alignment properties</li>
3688           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3689           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3690           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3691           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3692         </ul>
3693       </td>
3694
3695     </tr>
3696     <tr>
3697       <td>
3698         <div align="center">
3699           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3700         </div>
3701       </td>
3702       <td>
3703         <ul>
3704           <li>Non standard characters can be read and displayed
3705           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3706             applet via textbox
3707           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3708             name &amp; description
3709           <li>Preference setting to display sequence name in
3710             italics
3711           <li>Annotation file format extended to allow
3712             Sequence_groups to be defined
3713           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3714             specified in preferences
3715           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3716             sequences
3717         </ul>
3718       </td>
3719       <td>
3720         <ul>
3721           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3722             installed
3723           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3724           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3725         </ul>
3726       </td>
3727     </tr>
3728     <tr>
3729       <td>
3730         <div align="center">
3731           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3732         </div>
3733       </td>
3734       <td>
3735         <ul>
3736           <li>Multiple views on alignment
3737           <li>Sequence feature editing
3738           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3739           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3740           <li>Background dependent text colour
3741           <li>Right align sequence ids
3742           <li>User-defined lower case residue colours
3743           <li>Format Menu
3744           <li>Select Menu
3745           <li>Menu item accelerator keys
3746           <li>Control-V pastes to current alignment
3747           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3748           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3749           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3750
3751           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3752         </ul>
3753       </td>
3754       <td>
3755         <ul>
3756           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3757           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3758             calculations
3759           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3760             edits
3761           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3762             of alignment)
3763           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3764
3765           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3766             display correctly
3767           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3768           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3769             analysis results
3770           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3771             &#8739;
3772           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3773           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3774           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3775
3776         </ul>
3777       </td>
3778     </tr>
3779     <tr>
3780       <td>
3781         <div align="center">
3782           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3783         </div>
3784       </td>
3785       <td>
3786         <ul>
3787           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3788         </ul>
3789       </td>
3790       <td>
3791         <ul>
3792           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3793             sequence id panel has been resized</li>
3794           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3795             rendered</li>
3796           <li>Annotation files with sequence references - all
3797             elements in file are relative to sequence position</li>
3798           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3799         </ul>
3800       </td>
3801     </tr>
3802     <tr>
3803       <td>
3804         <div align="center">
3805           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3806         </div>
3807       </td>
3808       <td>
3809         <ul>
3810           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3811           <li>DAS Feature fetching</li>
3812           <li>Hide sequences and columns</li>
3813           <li>Export Annotations and Features</li>
3814           <li>GFF file reading / writing</li>
3815           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3816             files</li>
3817           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3818           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3819           <li>Applet can launch the full application</li>
3820           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3821             required)</li>
3822           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3823           <li>Applet can load sequences from parameter
3824             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3825           </li>
3826         </ul>
3827       </td>
3828       <td>
3829         <ul>
3830           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3831           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3832           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3833         </ul>
3834       </td>
3835     </tr>
3836     <tr>
3837       <td>
3838         <div align="center">
3839           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3840         </div>
3841       </td>
3842       <td>
3843         <ul>
3844           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3845           <li>Choose to match case when searching</li>
3846           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3847             expand the visible width and height of the alignment</li>
3848         </ul>
3849       </td>
3850       <td>
3851         <ul>
3852           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3853         </ul>
3854       </td>
3855     </tr>
3856     <tr>
3857       <td>
3858         <div align="center">
3859           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3860         </div>
3861       </td>
3862       <td>&nbsp;</td>
3863       <td>
3864         <ul>
3865           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3866           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3867             value</li>
3868         </ul>
3869       </td>
3870     </tr>
3871     <tr>
3872       <td>
3873         <div align="center">
3874           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3875         </div>
3876       </td>
3877       <td>
3878         <ul>
3879           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3880           <li>Keyboard editing</li>
3881           <li>Create sequence features from searches</li>
3882           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3883             alignments</li>
3884           <li>Features file allows grouping of features</li>
3885           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3886           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3887           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3888         </ul>
3889       </td>
3890       <td>
3891         <ul>
3892           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3893           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3894             descriptions saved.</li>
3895         </ul>
3896       </td>
3897     </tr>
3898     <tr>
3899       <td>
3900         <div align="center">
3901           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3902         </div>
3903       </td>
3904       <td>
3905         <ul>
3906           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3907           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3908           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3909             name for file output</li>
3910           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3911           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3912             used for HTML form input</li>
3913         </ul>
3914       </td>
3915       <td>
3916         <ul>
3917           <li>HTML output writes groups and features</li>
3918           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3919           <li>File IO bugs</li>
3920         </ul>
3921       </td>
3922     </tr>
3923     <tr>
3924       <td>
3925         <div align="center">
3926           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3927         </div>
3928       </td>
3929       <td>
3930         <ul>
3931           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3932           <li>More options for PCA viewer</li>
3933         </ul>
3934       </td>
3935       <td>
3936         <ul>
3937           <li>GUI bugs resolved</li>
3938           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3939         </ul>
3940       </td>
3941     </tr>
3942     <tr>
3943       <td height="63">
3944         <div align="center">
3945           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3946         </div>
3947       </td>
3948       <td>
3949         <ul>
3950           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3951           <li>Jar files are executable</li>
3952           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3953         </ul>
3954       </td>
3955       <td>
3956         <ul>
3957           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3958           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3959           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3960         </ul>
3961       </td>
3962     </tr>
3963     <tr>
3964       <td>
3965         <div align="center">
3966           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3967         </div>
3968       </td>
3969       <td>
3970         <ul>
3971           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3972         </ul>
3973       </td>
3974       <td>
3975         <ul>
3976           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3977         </ul>
3978       </td>
3979     </tr>
3980     <tr>
3981       <td>
3982         <div align="center">
3983           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3984         </div>
3985       </td>
3986       <td>
3987         <ul>
3988           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3989             size</li>
3990         </ul>
3991       </td>
3992       <td>
3993         <ul>
3994           <li>Improved JPred client reliability</li>
3995           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3996         </ul>
3997       </td>
3998     </tr>
3999     <tr>
4000       <td>
4001         <div align="center">
4002           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4003         </div>
4004       </td>
4005       <td>
4006         <ul>
4007           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4008           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4009           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4010             to Colour Menu</li>
4011           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4012           <li>Unix users can set default web browser</li>
4013           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4014           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4015         </ul>
4016       </td>
4017       <td>
4018         <ul>
4019           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4020         </ul>
4021       </td>
4022     </tr>
4023     <tr>
4024       <td>
4025         <div align="center">
4026           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4027         </div>
4028       </td>
4029       <td>&nbsp;</td>
4030       <td>
4031         <ul>
4032           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4033             alignment order.</li>
4034         </ul>
4035       </td>
4036     </tr>
4037     <tr>
4038       <td>
4039         <div align="center">
4040           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4041         </div>
4042       </td>
4043       <td>
4044         <ul>
4045           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4046           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4047           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4048             annotations.</li>
4049           <li>Version and build date written to build properties
4050             file.</li>
4051           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4052             at launch of Jalview.</li>
4053         </ul>
4054       </td>
4055       <td>
4056         <ul>
4057           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4058           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4059           <li>Can remove groups one by one.</li>
4060           <li>Filechooser icons installed.</li>
4061           <li>Finder ignores return character when searching.
4062             Return key will initiate a search.<br>
4063           </li>
4064         </ul>
4065       </td>
4066     </tr>
4067     <tr>
4068       <td>
4069         <div align="center">
4070           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4071         </div>
4072       </td>
4073       <td>
4074         <ul>
4075           <li>New codebase</li>
4076         </ul>
4077       </td>
4078       <td>&nbsp;</td>
4079     </tr>
4080   </table>
4081   <p>&nbsp;</p>
4082 </body>
4083 </html>