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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>4/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79         </ul>
  80       </div></td>
  81     <td><div align="left">
  82         <em></em>
  83         <ul>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  86               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  87               SVG, PNG or HTML. <em>Display of these can be
  88                 configured via the Format menu or in batch mode with a
  89                 jalview properties file.</em>
  90             </li>
  91             <li>
  92               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
  93               when sequences are selected in exported view.</em>
  94             </li>
  95             <li>
  96               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
  97               aren't rendered with correct colour.
  98             </li>
  99             <li>
 100               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 101               types of knotted RNA secondary structure
 102             </li>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 105               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 106               do not start at 1
 107             </li>
 108             <li>
 109               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 110               annotation when columns are inserted into an alignment
 111             </li>
 112             <li>
 113               <!-- JAL-3061 -->'.' written into RNA secondary structure
 114               annotation when writing out Stockholm format
 115             </li>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 118               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 119               treated as RNA secondary structure
 120             </li>
 121           </ul>
 122       </div>
 123     </td>
 124     </tr>
 125     <tr>
 126       <td width="60" nowrap>
 127         <div align="center">
 128           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 129             <em>7/06/2018</em></strong>
 130         </div>
 131       </td>
 132       <td><div align="left">
 133           <em></em>
 134           <ul>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 137               annotation retrieved from Uniprot
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 141               onto the Jalview Desktop
 142             </li>
 143           </ul>
 144         </div></td>
 145       <td><div align="left">
 146           <em></em>
 147           <ul>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 150               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 154               right-hand column parsed correctly
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 158               not alignment area in exported graphic
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 162               window has input focus
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 166               annotation added to view (Windows)
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 170               network connectivity is poor
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 174               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 175                 the currently open URL and links from a page viewed in
 176                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 177                 you are using Edge, only links in the page can be
 178                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 179                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 180             </li>
 181           </ul>
 182         </div></td>
 183     </tr>
 184     <tr>
 185       <td width="60" nowrap>
 186         <div align="center">
 187           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 188         </div>
 189       </td>
 190       <td><div align="left">
 191           <em></em>
 192           <ul>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 195               for disabling automatic superposition of multiple
 196               structures and open structures in existing views
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 200               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 201               adjust them.
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 205               Ensembl services
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 209               and lots of hidden columns
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 213               of features (particularly when transparency is disabled)
 214             </li>
 215           </ul>
 216           </div>
 217       </td>
 218       <td><div align="left">
 219           <ul>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 222               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 226               overlapping alignment panel
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 230               sequence as gaps
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 234               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 235               UTR
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 239               factor annotation not added to sequence when local PDB
 240               file associated with it by drag'n'drop or structure
 241               chooser
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 245               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 249               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 253               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 257               columns in annotation row
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 261               honored in batch mode
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 265               for structures added to existing Jmol view
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 269               entries after importing project with multiple views
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 273               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 274               with negative residue numbers or missing residues fails
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 278               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 279               as generated by CONSURF)
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 283               tooltip doesn't include a text description of mutation
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 287               structure and/or overview windows are also shown
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 291               very slow for alignments with large numbers of sequences
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 295               with 'StringIndexOutOfBounds'
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 299               platforms running Java 10
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 303               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 304             </li>
 305           </ul>
 306           <em>Applet</em>
 307           <ul>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 310               should copy the group consensus when popup is opened on it
 311             </li>
 312           </ul>
 313           <em>Batch Mode</em>
 314           <ul>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 317           </li>
 318           </ul>
 319           <em>New Known Defects</em>
 320           <ul>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 323               editing a large alignment and overview is displayed
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 327               repeatedly after a series of edits even when the overview
 328               is no longer reflecting updates
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 332               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 333               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 334               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 335             </li>
 336           </ul>
 337         </div>
 338           </td>
 339     </tr>
 340     <tr>
 341       <td width="60" nowrap>
 342         <div align="center">
 343           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 344         </div>
 345       </td>
 346       <td><div align="left">
 347           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 348               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 349       <td><div align="left">
 350           <em>Desktop</em><ul>
 351           <ul>
 352             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 353             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 354             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 355             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 356             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 357             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 358             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 359           </ul>
 360           </div>
 361       </td>
 362     </tr>
 363     <tr>
 364       <td width="60" nowrap>
 365         <div align="center">
 366           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 367         </div>
 368       </td>
 369       <td><div align="left">
 370           <em></em>
 371           <ul>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 374               rendering of sequence features
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 378               429 rate limit request hander
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 382               their colours have changed
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 386               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 390               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 394               view from Ensembl locus cross-references
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 398               Alignment report
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 402               feature can be disabled
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 406               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 410               Uniprot
 411             </li>
 412           </ul>
 413           <em>Scripting</em>
 414           <ul>
 415             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 416             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 417               percent identity scores for current alignment.</li>
 418           </ul>
 419           <em>Testing and Deployment</em>
 420           <ul>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 423             </li>
 424           </ul>
 425         </div></td>
 426       <td><div align="left">
 427           <em>General</em>
 428           <ul>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 431               threshold text field doesn't trigger an update to the
 432               alignment view
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 436               strings in parallel
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 440               alignment window is closed
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 444               group visibility
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 448               takes a long time in Cursor mode
 449             </li>
 450           </ul>
 451           <em>Desktop</em>
 452           <ul>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 455               cannot be viewed in Chimera
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 459               CDS/Protein view
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 463               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 464               Search Dialogs
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 474               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 478               scrolling right in unwapped alignment view
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 482               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 483               database
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 487               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 491               features of same type and group to be selected for
 492               amending
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 496               alignments when hidden columns are present
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 500               displaying several structures
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 504               moving a window
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 508               within the Jalview desktop on OSX
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 512               when in wrapped alignment mode
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 516               hand end of alignment
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 520               each selected sequence do not have correct start/end
 521               positions
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 525               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 529               restoring project until a new view is created
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 533               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 534               configured (since 2.10.2b2)
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 538               position is adjusted
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 542               in a multi-chain structure when viewing alignment
 543               involving more than one chain (since 2.10)
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 547               if new selection moves alignment window
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 551               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 555               that produces correctly annotated transcripts and products
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 559               doesn't update associated structure view
 560             </li>
 561           </ul>
 562           <em>Applet</em><br />
 563           <ul>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 566               closing alignment panel
 567             </li>
 568           </ul>
 569           <em>BioJSON</em><br />
 570           <ul>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 573               non-positional features
 574             </li>
 575           </ul>
 576           <em>New Known Issues</em>
 577           <ul>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 580               sequence features correctly (for many previous versions of
 581               Jalview)
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 585               using cursor in wrapped panel other than top
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 589               graduated colour threshold
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 593               always preserve numbering and sequence features
 594             </li>
 595           </ul>
 596           <em>Known Java 9 Issues</em>
 597           <ul>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 600               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 601               9.01, OSX 10.10)
 602             </li>
 603           </ul>
 604         </div></td>
 605     </tr>
 606     <tr>
 607       <td width="60" nowrap>
 608         <div align="center">
 609           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 610             <em>2/10/2017</em></strong>
 611         </div>
 612       </td>
 613       <td><div align="left">
 614           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 615           <ul>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 618             </li>
 619             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 620             </li>
 621           </ul>
 622         </div></td>
 623       <td><div align="left">
 624         </div></td>
 625     </tr>
 626     <tr>
 627       <td width="60" nowrap>
 628         <div align="center">
 629           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 630             <em>7/9/2017</em></strong>
 631         </div>
 632       </td>
 633       <td><div align="left">
 634           <em></em>
 635           <ul>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 638               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 639               white)
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 643               Preferences
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 647               in size and progress bar shown as higher resolution
 648               overview is recalculated
 649             </li>
 650
 651           </ul>
 652         </div></td>
 653       <td><div align="left">
 654           <em></em>
 655           <ul>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 658               column region row by row
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 662               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 666               format setting is unticked
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 670               if group has show boxes format setting unticked
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 674               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 675               include sequences and columns not currently displayed
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 679               assemblies are imported via CIF file
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 683               displayed when threshold or conservation colouring is also
 684               enabled.
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 688               server version
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 692               dragging a selected region off the visible region of the
 693               alignment
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 697               colourscheme to all groups in a view
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 701               initially after font size change using the Font chooser or
 702               middle-mouse zoom
 703             </li>
 704           </ul>
 705         </div></td>
 706     </tr>
 707     <tr>
 708       <td width="60" nowrap>
 709         <div align="center">
 710           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 711         </div>
 712       </td>
 713       <td><div align="left">
 714           <em>Calculations</em>
 715           <ul>
 716
 717             <li>
 718               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 719               ungapped positions in each column of the alignment.
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 723               a calculation dialog box
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 727               and memory efficiency (~30x faster)
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 731               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 732               and other calculations
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 736               files within the Jalview codebase
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 740               Similarity may have different topology due to increased
 741               precision
 742             </li>
 743           </ul>
 744           <em>Rendering</em>
 745           <ul>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 748               model for alignments and groups
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 752               scripts
 753             </li>
 754           </ul>
 755           <em>Overview</em>
 756           <ul>
 757             <li>
 758               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 759               with alignment and overview windows
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 763               overview
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 767               omitted in Overview
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 771               adjustment of visible position
 772             </li>
 773           </ul>
 774
 775           <em>Data import/export</em>
 776           <ul>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 779               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 783               annotation input/output via stockholm flatfile
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 787               extension when importing structure files without embedded
 788               names or PDB accessions
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 792               format sequence substitution matrices
 793             </li>
 794           </ul>
 795           <em>User Interface</em>
 796           <ul>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 799               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 800               the application.
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 804               via Overview or sequence motif search operations
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 808               opened by double clicking gaps within sequence feature
 809               extent
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 813               aligned positions were available to create a 3D structure
 814               superposition.
 815             </li>
 816           </ul>
 817           <em>3D Structure</em>
 818           <ul>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 821               coloured in linked structure views
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 825               file-based command exchange
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 829               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 830               structures are already available for sequences
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 834               the Jalview project rather than downloaded again when the
 835               project is reopened.
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 839               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 840               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 841                 Feature</strong>)
 842             </li>
 843           </ul>
 844           <em>Web Services</em>
 845           <ul>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 851               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 852               Analysis services
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 856               cross-references provided by identifiers.org and the
 857               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 858             </li>
 859           </ul>
 860
 861           <em>Scripting</em>
 862           <ul>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 865               identifying file formats (instead of String constants)
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 869               efficiency when counting all displayed features (not
 870               backwards compatible with 2.10.1)
 871             </li>
 872           </ul>
 873           <em>Example files</em>
 874           <ul>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 877               included in the example feature file
 878             </li>
 879           </ul>
 880           <em>Documentation</em>
 881           <ul>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 884               with the built-in Java help viewer
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 888               sequence description' option
 889             </li>
 890           </ul>
 891           <em>Test Suite</em>
 892           <ul>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 895               Uniprot REST Free Text Search Client
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 902               during tests
 903             </li>
 904           </ul>
 905         </div></td>
 906       <td><div align="left">
 907           <em>Calculations</em>
 908           <ul>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 911               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 912               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 913             </li>
 914             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 915               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 916               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 917               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 918               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 919               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 920               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 921               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 922               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 923               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 924               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 925               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 926               // for 2.10.1 mode <br />
 927               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 928               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 929                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 930                 calculations (not recommended)</em></li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 933               scaling of branch lengths for trees computed using
 934               Sequence Feature Similarity.
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 938               generating output report when working with highly
 939               redundant alignments
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 943               right of selected region when gaps present on right-hand
 944               boundary
 945             </li>
 946           </ul>
 947           <em>User Interface</em>
 948           <ul>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 951               doesn't reselect a specific sequence's associated
 952               annotation after it was used for colouring a view
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 956               opened on a region of alignment without groups
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 960               of an alignment with overlapping groups
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 964               name and description match
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 968               hidden regions results in incorrect hidden regions
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 972               changing colour does not apply Conservation slider value
 973               to all groups
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 977               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 981               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 985               gaps before start of features
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 989               restored to UI when feature colour is edited
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 993               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 997               as graduate feature colour settings are modified via the
 998               dialog box
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1002               when a group defined on the alignment is resized
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1006               wrapped view result in positional status updates
1007             </li>
1008
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1011               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1015               alignment included gapped columns
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1019               widgets don't permanently disappear
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1023               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1024               T-Coffee column reliability scores)
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1028               sequence feature on gaps only
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1032               button from a Find inherit previously defined feature type
1033               rather than the Find query string
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1037               exporting tree calculated in Jalview
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1041               and then revealing them reorders sequences on the
1042               alignment
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1046               doesn't update to reflect available set of groups after
1047               interactively adding or modifying features
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1051               Linux
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1055               only excluded gaps in current sequence and ignored
1056               selection.
1057             </li>
1058           </ul>
1059           <em>Rendering</em>
1060           <ul>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1063               erratically when hidden rows or columns are present
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1067               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1068               sequence colouring
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1072               colour and group colour menu for protein alignments
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1076               reflect currently selected view or group's shading
1077               thresholds
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1081               when rendered on overview and structures when opacity at
1082               100%
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1086               overview when features overlaid on alignment
1087             </li>
1088           </ul>
1089           <em>Data import/export</em>
1090           <ul>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1093               load
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1097               added after a sequence was imported are not written to
1098               Stockholm File
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1102               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1106               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1110               with lightGray or darkGray via features file (but can
1111               specify lightgray)
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1115               when alignment view imported from project
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1119               structure and sequences extracted from structure files
1120               imported via URL and viewed in Jmol
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1124               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1125               the project is loaded and the structure viewed
1126             </li>
1127           </ul>
1128           <em>Web Services</em>
1129           <ul>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1132               release of Ensembl v.88
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1136               appear enabled in Preferences->Connections
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1140               removed from console output
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1144               Ensembl by Peptide ID
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1148               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1149               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1150               due to 'null' string rather than empty string used for
1151               residues with no corresponding PDB mapping).
1152             </li>
1153           </ul>
1154           <em>Application UI</em>
1155           <ul>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1158               menu
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1162               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1163               new documentation and tooltips added)
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1167               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1171               new features are added to alignment
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1175               changes to feature colours via the Amend features dialog
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1179               edit graduated feature colour via amend features dialog
1180               box
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1184               selection menu changes colours of alignment views
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1188               from alignment calculation workers after alignment has
1189               been closed
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1193               groups now 'Create Group'
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1197               Create/Undefine group doesn't always work
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1201               shown again after pressing 'Cancel'
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1205               adjusts start position in wrap mode
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1209               ambiguous amino acids
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1213               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1214               proteins
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1218               Defined' don't appear in Colours menu
1219             </li>
1220           </ul>
1221           <em>Applet</em>
1222           <ul>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1225               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1229               overview or linked structure view
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1233               work (since 2.8)
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1237               user-defined colourscheme doesn't restore original
1238               colourscheme
1239             </li>
1240           </ul>
1241           <em>Test Suite</em>
1242           <ul>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1245               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1249               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1250               problems with deep array comparison equality asserts in
1251               successive versions of TestNG
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1255               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1256             </li>
1257           </ul>
1258           <em>New Known Issues</em>
1259           <ul>
1260             <li>
1261               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1262               phase after a sequence motif find operation
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1266               containing just upper and lower case letters are
1267               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1271               reliably from eggnog Ortholog database
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1275               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1276               to mark columns containing highlighted regions.
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1280               doesn't always add secondary structure annotation.
1281             </li>
1282           </ul>
1283         </div>
1284     <tr>
1285       <td width="60" nowrap>
1286         <div align="center">
1287           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1288         </div>
1289       </td>
1290       <td><div align="left">
1291           <em>General</em>
1292           <ul>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1295               for all consensus calculations
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1299               3rd Oct 2016)
1300             </li>
1301             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1302               for 2016-2017</li>
1303           </ul>
1304           <em>Application</em>
1305           <ul>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1308               set of database cross-references, sorted alphabetically
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1312               from database cross references. Users with custom links
1313               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1314                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1318               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1319               Chimera session
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1323               the Chimera it is connected to is shut down
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1327               columns menu item to mark columns containing highlighted
1328               regions (e.g. from structure selections or results of a
1329               Find operation)
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1333               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1334               MSAviewer
1335             </li>
1336           </ul>
1337         </div></td>
1338       <td>
1339         <div align="left">
1340           <em>General</em>
1341           <ul>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1344               are not coloured or thresholded according to percent
1345               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1349               hydrophobic
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1353               threshold, amino acid properties)
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1357               reported as mapped to residues in a structure file in the
1358               View Mapping report
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1362               could be added multiple times to a sequence
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1366               bond features shown as two highlighted residues rather
1367               than a range in linked structure views, and treated
1368               correctly when selecting and computing trees from features
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1372               cross-references are matched to database name regardless
1373               of case
1374             </li>
1375
1376           </ul>
1377           <em>Application</em>
1378           <ul>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1381               names without regular expressions also offer links from
1382               Sequence ID
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1386               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1387               update Jalview configuration
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1391               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1395               files with similarly named sequences if dropped onto the
1396               alignment
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1400               entries where more chains exist in the PDB accession than
1401               are reported in the SIFTS file
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1405               the structure view when displayed with Chimera
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1409               panel's View->Show Chains submenu
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1413               work for wrapped alignment views
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1417               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1421               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1422               first annotation row
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1426               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1430               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1431             </li>
1432             <!-- JAL-2319 -->
1433             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1434             coordindate data
1435             </li>
1436           </ul>
1437           <!--           <em>New Known Issues</em>
1438           <ul>
1439             <li></li>
1440           </ul> -->
1441         </div>
1442       </td>
1443     </tr>
1444     <td width="60" nowrap>
1445       <div align="center">
1446         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1447           <em>25/10/2016</em></strong>
1448       </div>
1449     </td>
1450     <td><em>Application</em>
1451       <ul>
1452         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1453           view if structures already loaded</li>
1454         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1455           structure views</li>
1456       </ul></td>
1457     <td>
1458       <div align="left">
1459         <em>General</em>
1460         <ul>
1461           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1462             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1463           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1464             example sequences/projects/trees</li>
1465         </ul>
1466         <em>Application</em>
1467         <ul>
1468           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1469             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1470           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1471             without timeout for structures with multiple models or
1472             multiple sequences in alignment</li>
1473           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1474             PDB ID HEADER line</li>
1475           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1476             is performed</li>
1477           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1478             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1479           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1480           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1481             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1482             option</li>
1483           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1484             is created on the alignment</li>
1485           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1486             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1487             pop-up menu</li>
1488         </ul>
1489         <em>Build and deployment</em>
1490         <ul>
1491           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1492             tags</li>
1493         </ul>
1494         <em>New Known Issues</em>
1495         <ul>
1496           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1497             on Windows</li>
1498         </ul>
1499       </div>
1500     </td>
1501     </tr>
1502     <tr>
1503       <td width="60" nowrap>
1504         <div align="center">
1505           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1506         </div>
1507       </td>
1508       <td><em>General</em>
1509         <ul>
1510           <li>
1511             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1512           </li>
1513           <li>
1514             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1515             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1516             better PDB parsing.
1517           </li>
1518           <li>
1519             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1520             reference sequence
1521           </li>
1522           <li>
1523             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1524             mousing over sequence associated annotation
1525           </li>
1526           <li>
1527             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1528             for manual entry
1529           </li>
1530           <li>
1531             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1532             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1533             for each column
1534           </li>
1535           <li>
1536             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1537             showing or hiding columns containing a feature
1538           </li>
1539           <li>
1540             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1541             group and sequence associated annotation labels
1542           </li>
1543           <li>
1544             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1545             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1546             dialogs
1547           </li>
1548
1549         </ul> <em>Application</em>
1550         <ul>
1551           <li>
1552             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1553             gene/transcript view
1554           </li>
1555           <li>
1556             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1557             dialog
1558           </li>
1559           <li>
1560             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1561             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1562           </li>
1563           <li>
1564             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1565             Pfam sources to xfam.org
1566           </li>
1567           <li>
1568             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1569           </li>
1570           <li>
1571             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1572             over sequences in Jalview
1573           </li>
1574           <li>
1575             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1576             regions in ENA and EMBL
1577           </li>
1578           <li>
1579             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1580             for record retrieval via ENA rest API
1581           </li>
1582           <li>
1583             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1584             complement operator
1585           </li>
1586           <li>
1587             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1588             groovy script execution
1589           </li>
1590           <li>
1591             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1592             alignment window's Calculate menu
1593           </li>
1594           <li>
1595             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1596             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1597           </li>
1598           <li>
1599             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1600             calculation workers from groovy scripts
1601           </li>
1602           <li>
1603             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1604             Jalview projects
1605           </li>
1606           <li>
1607             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1608             associations are now saved/restored from project
1609           </li>
1610           <li>
1611             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1612             before sequence fetcher is opened
1613           </li>
1614           <li>
1615             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1616             database chooser opens a sequence fetcher
1617           </li>
1618           <li>
1619             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1620             the UniProt REST API
1621           </li>
1622           <li>
1623             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1624             the news reader opening
1625           </li>
1626           <li>
1627             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1628             querying stored in preferences
1629           </li>
1630           <li>
1631             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1632             search results
1633           </li>
1634           <li>
1635             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1636           </li>
1637           <li>
1638             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1639             menu for nucleotide sequences
1640           </li>
1641           <li>
1642             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1643             and feature counts preserves alignment ordering (and
1644             debugged for complex feature sets).
1645           </li>
1646           <li>
1647             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1648             viewing structures with Jalview 2.10
1649           </li>
1650           <li>
1651             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1652             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1653             Ensembl Genomes REST API
1654           </li>
1655           <li>
1656             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1657             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1658             (Ensembl)
1659           </li>
1660           <li>
1661             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1662             sequences
1663           </li>
1664           <li>
1665             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1666             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1667             data from external database records.
1668           </li>
1669           <li>
1670             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1671             efficient recovery of sequence coding and alignment
1672             annotation relationships.
1673           </li>
1674         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1675         <ul>
1676           <li>
1677             -- JAL---
1678           </li>
1679         </ul> --></td>
1680       <td>
1681         <div align="left">
1682           <em>General</em>
1683           <ul>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1686               menu on OSX
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1690               includes graduated colourschemes
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1694               working with big alignments and lots of hidden columns
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1698               at right of alignment window
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1702               contents
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1706               for DNA alignments
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1710               based tree calculation
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1714               unconserved enabled for group on alignment
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1718               set as reference
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1722               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1723               annotation
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1727               hidden columns present
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1731               user created annotation added to alignment
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1735               '()' base pair annotation
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1739               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1740               Consensus
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1744               feature not working
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1748               beginning of sequence
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1752               entry 3a6s
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1756               from a tree when t-coffee scores are shown
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1760               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1764               some structures
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1768               to Clustal, PIR and PileUp output
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1772               not visible causes alignment window to repaint
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1776               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1777               scores associated with features and annotation rows
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1781               calculation should be case independent
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1785               columns
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1789               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1790               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1794               problems when reference sequence defined and 'show
1795               non-conserved' enabled
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1799               load even when Consensus calculation is disabled
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1803               alignment does nothing
1804             </li>
1805           </ul>
1806           <em>Application</em>
1807           <ul>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1810               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1811               yet fixed for El Capitan)
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1815               output when running on non-gb/us i18n platforms
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1819               hidden sequences as flat-file alignment
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1823               launching Chimera
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1827               (also hotfix for 2.9.0b2)
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1831               reference sequence defined
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1835               alignments and views when revealing hidden columns
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1839               view in a cDNA/Protein splitframe
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1843               sequence from project when only one sequence is
1844               represented
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1848               in Structure Chooser
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1852               structure consensus didn't refresh annotation panel
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1856               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1860               dialogs format columns correctly, don't display array
1861               data, sort columns according to type
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1865               file chooser is cancelled during an image export
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1869               sequence name containing special characters
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1873               case insensitive
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1877               formatting don't wrap
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1881               truncated so L looks like I in consensus annotation
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1885               currently displayed features for the current selection or
1886               view
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1890               after fetching cross-references, and restoring from
1891               project
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1895               followed in the structure viewer
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1899               splitframe not restored from project
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1903               trailing end of protein alignment in transcript/product
1904               splitview when pad-gaps not enabled by default
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1908               is case dependent
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1912               article has been read (reopened issue due to
1913               internationalisation problems)
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1917               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1918               cross-references
1919             </li>
1920
1921             <li>
1922               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1923               alignment as HTML
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1927               multiple structures are shown for one or more sequences.
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1931               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1932               is enabled.
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1936               specific PDB id for sequence
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1940               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1941               columns' is disabled.
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1945               selects lowest rather than highest resolution structures
1946               for each sequence
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1950               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1954               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1958               after clicking on it to create new annotation for a
1959               column.
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1963               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1964             </li>
1965             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1966             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1967           </ul>
1968           <em>Applet</em>
1969           <ul>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1972               hidden columns present before start of sequence
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1976               (JSON jars)
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1980               sequences are hidden in applet
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1984               deployment on examples pages.
1985             </li>
1986           </ul>
1987         </div>
1988       </td>
1989     </tr>
1990     <tr>
1991       <td width="60" nowrap>
1992         <div align="center">
1993           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1994             <em>16/10/2015</em></strong>
1995         </div>
1996       </td>
1997       <td><em>General</em>
1998         <ul>
1999           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2000             jars</li>
2001         </ul></td>
2002       <td>
2003         <div align="left">
2004           <em>Application</em>
2005           <ul>
2006             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2007               shown when tree is partitioned</li>
2008             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2009               multiple cDNA/Protein split views</li>
2010           </ul>
2011         </div>
2012       </td>
2013     </tr>
2014     <tr>
2015       <td width="60" nowrap>
2016         <div align="center">
2017           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2018             <em>8/10/2015</em></strong>
2019         </div>
2020       </td>
2021       <td><em>General</em>
2022         <ul>
2023           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2024             2.9</li>
2025         </ul> <em>Application</em>
2026         <ul>
2027           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2028           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2029           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2030         </ul> <em>Applet</em>
2031         <ul>
2032           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2033         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2034         <ul>
2035           <li>
2036             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2037             suite
2038           </li>
2039         </ul></td>
2040       <td>
2041         <div align="left">
2042           <em>General</em>
2043           <ul>
2044             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2045               incorrect when sequence start > 1</li>
2046             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2047               documentation</li>
2048             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2049             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2050               loading a features file containing HTML tags in feature
2051               description</li>
2052
2053           </ul>
2054           <em>Application</em>
2055           <ul>
2056             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2057               reimport</li>
2058             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2059               with 'trim retrieved sequences'</li>
2060             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2061               deleting selected columns</li>
2062             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2063               JNLP templates for webstart launch</li>
2064             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2065               unreleased structures for download or viewing</li>
2066             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2067               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2068             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2069               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2070             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2071               recovered from jalview project</li>
2072             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2073               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2074               alignment view</li>
2075             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2076               color schemes from BioJSON</li>
2077           </ul>
2078           <em>Applet</em>
2079           <ul>
2080             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2081               frame</li>
2082             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2083           </ul>
2084         </div>
2085       </td>
2086     </tr>
2087     <tr>
2088       <td><div align="center">
2089           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2090         </div></td>
2091       <td><em>General</em>
2092         <ul>
2093           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2094             alignments:
2095             <ul>
2096               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2097                 and DNA alignment views</li>
2098               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2099                 cDNA alignment views</li>
2100               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2101                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2102               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2103                 protein sequences</li>
2104             </ul>
2105           </li>
2106           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2107           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2108             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2109           <li>New alignment annotation file statements for
2110             reference sequences and marking hidden columns</li>
2111           <li>Reference sequence based alignment shading to
2112             highlight variation</li>
2113           <li>Select or hide columns according to alignment
2114             annotation</li>
2115           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2116           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2117             acid conservation row</li>
2118           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2119         </ul> <em>Application</em>
2120         <ul>
2121           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2122             <ul>
2123               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2124                 view with cDNA/Protein</li>
2125               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2126                 sequences are placed in the same alignment</li>
2127               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2128                 projects</li>
2129             </ul>
2130           </li>
2131
2132           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2133           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2134             Jalview windows</li>
2135
2136           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2137           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2138           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2139             be shown in VARNA</li>
2140
2141           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2142             as the active selected region</li>
2143
2144           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2145             similarity</li>
2146           <li>New Export options
2147             <ul>
2148               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2149                 region export in flat file generation</li>
2150
2151               <li>Export alignment views for display with the <a
2152                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2153
2154               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2155               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2156                 alignment figures to HTML</li>
2157           </li>
2158           <li>3D structure retrieval and display
2159             <ul>
2160               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2161                 Search API</li>
2162               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2163                 PDB structures for a sequence set</li>
2164             </ul>
2165           </li>
2166
2167           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2168             predictions</li>
2169           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2170             for one or a group of sequences</li>
2171           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2172             from the JPred4 web server</li>
2173           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2174             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2175             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2176           </li>
2177           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2178             VARNA 2D Structure'</li>
2179           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2180             Structure ..."</li>
2181
2182         </ul> <em>Applet</em>
2183         <ul>
2184           <li>New layout for applet example pages</li>
2185           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2186             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2187           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2188             Protein alignments</li>
2189         </ul> <em>Development and deployment</em>
2190         <ul>
2191           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2192           <li>Include installation type and git revision in build
2193             properties and console log output</li>
2194           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2195             storing BioJsMSA Templates</li>
2196           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2197         </ul></td>
2198       <td>
2199         <!-- <em>General</em>
2200         <ul>
2201         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2202         <ul>
2203           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2204           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2205           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2206             predictions are not highlighted in amber</li>
2207           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2208             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2209           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2210             associated structure views</li>
2211           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2212             width checkbox not enabled</li>
2213           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2214             creating user defined colours</li>
2215           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2216             mappings for just that viewer's sequences</li>
2217           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2218             multiple models in Chimera</li>
2219           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2220             over Jmol structure</li>
2221           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2222             output to text box</li>
2223           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2224             have incorrect sequence start/end</li>
2225           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2226             Jalview fails</li>
2227           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2228             work for nucleotide</li>
2229           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2230             to a grey/invisible alignment window</li>
2231           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2232             imports to different position</li>
2233           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2234             on some platforms</li>
2235           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2236             populated</li>
2237           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2238             console if Chimera has been opened</li>
2239           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2240           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2241             retrieved</li>
2242           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2243           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2244             either sequence shows on first structure</li>
2245           <li>'Show annotations' options should not make
2246             non-positional annotations visible</li>
2247           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2248             in right place after 'view flanking regions'</li>
2249           <li>File Save As type unset when current file format is
2250             unknown</li>
2251           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2252             projects</li>
2253           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2254             responsive</li>
2255           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2256             several views on same alignment</li>
2257           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2258           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2259             spaces</li>
2260         </ul> <em>Applet</em>
2261         <ul>
2262           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2263           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2264             descriptions containing angle brackets</li>
2265         </ul> <em>General</em>
2266         <ul>
2267           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2268             via jalview annotation file</li>
2269           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2270             with RNA secondary structure</li>
2271           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2272             translation doesn't work.</li>
2273           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2274           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2275             positions</li>
2276           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2277             choosing 1pt font</li>
2278           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2279             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2280             'h'</li>
2281           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2282             new feature</li>
2283           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2284             order dependent</li>
2285           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2286             sequences</li>
2287           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2288         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2289         <ul>
2290           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2291             www.jalview.org</li>
2292         </ul> <em>Application Known issues</em>
2293         <ul>
2294           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2295           <li>Misleading message appears after trying to delete
2296             solid column.</li>
2297           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2298             version launches</li>
2299           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2300             fails with a sequence mismatch</li>
2301           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2302             scrolling alignment to right</li>
2303           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2304             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2305           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2306             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2307           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2308             ultra-high resolution</li>
2309           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2310             quality and conservation</li>
2311           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2312             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2313         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2314         <ul>
2315           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2316           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2317             window is being resized</li>
2318
2319         </ul>
2320       </td>
2321     </tr>
2322     <tr>
2323       <td><div align="center">
2324           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2325         </div></td>
2326       <td><em>General</em>
2327         <ul>
2328           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2329             Certum.PL.</li>
2330           <li>Features and annotation preserved when performing
2331             pairwise alignment</li>
2332           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2333             imported/exported/displayed</li>
2334           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2335             protein secondary structure</li>
2336           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2337               post-hoc with 2.9 release</em>)
2338           </li>
2339
2340         </ul> <em>Application</em>
2341         <ul>
2342           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2343             with 3D structures</li>
2344           <li>Support for parsing RNAML</li>
2345           <li>Annotations menu for layout
2346             <ul>
2347               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2348               <li>place sequence annotation above/below alignment
2349                 annotation</li>
2350             </ul>
2351           <li>Output in Stockholm format</li>
2352           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2353             translation</li>
2354           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2355           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2356             shared between alignments</li>
2357           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2358             Jalview</li>
2359           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2360             all or current selection</li>
2361           <li>disorder and secondary structure predictions
2362             available as dataset annotation</li>
2363           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2364
2365
2366           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2367             alignments from Rfam</li>
2368           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2369
2370           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2371             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2372           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2373           <li>include installation type in build properties and
2374             console log output</li>
2375           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2376             annotation</li>
2377         </ul></td>
2378       <td>
2379         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2380         <ul>
2381           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2382             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2383           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2384             alignment</li>
2385           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2386           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2387           <li>Double click on sequence associated annotation
2388             selects only first column</li>
2389           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2390             leaves shown in tree</li>
2391           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2392             properly</li>
2393           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2394           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2395             screen and buttons not visible</li>
2396           <li>author list isn't updated if already written to
2397             Jalview properties</li>
2398           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2399             from database</li>
2400           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2401           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2402             browser search window</li>
2403           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2404             in feature settings dialog</li>
2405           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2406             desktop</li>
2407           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2408             pass validation</li>
2409           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2410             fit on screen</li>
2411           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2412             tooltip</li>
2413           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2414             defined user preset</li>
2415           <li>MSA web services warns user if they were launched
2416             with invalid input</li>
2417           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2418             Java 8</li>
2419           <li>
2420             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2421             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2422             created
2423           </li>
2424
2425         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2426         <ul>
2427         </ul> <em>General</em>
2428         <ul>
2429         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2430         <ul>
2431           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2432             memory allocation</li>
2433           <li>launchApp service doesn't automatically open
2434             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2435           <li>
2436             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2437             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2438             1.7_055 is available
2439           </li>
2440         </ul> <em>Application Known issues</em>
2441         <ul>
2442           <li>
2443             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2444             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2445             alignment to right
2446           </li>
2447           <li>
2448             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2449             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2450             with large number of ID
2451           </li>
2452           <li>
2453             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2454             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2455             start/end
2456           </li>
2457           <li>
2458             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2459             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2460             structure tracks are rearranged
2461           </li>
2462           <li>
2463             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2464             invalid rna structure positional highlighting does not
2465             highlight position of invalid base pairs
2466           </li>
2467           <li>
2468             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2469             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2470             project from alignment window file menu
2471           </li>
2472           <li>
2473             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2474             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2475             structures
2476           </li>
2477           <li>
2478             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2479             colour by RNA Helices not enabled when user created
2480             annotation added to alignment
2481           </li>
2482           <li>
2483             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2484             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2485           </li>
2486         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2487         <ul>
2488           <li>
2489             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2490             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2494             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2495           </li>
2496
2497           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2498             when selected</li>
2499         </ul>
2500       </td>
2501     </tr>
2502     <tr>
2503       <td><div align="center">
2504           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2505         </div></td>
2506       <td>
2507         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2508         <em>General</em>
2509         <ul>
2510           <li>Internationalisation of user interface (usually
2511             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2512           <li>Define/Undefine group on current selection with
2513             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2514           <li>Improved group creation/removal options in
2515             alignment/sequence Popup menu</li>
2516           <li>Sensible precision for symbol distribution
2517             percentages shown in logo tooltip.</li>
2518           <li>Annotation panel height set according to amount of
2519             annotation when alignment first opened</li>
2520         </ul> <em>Application</em>
2521         <ul>
2522           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2523             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2524           <li>Select columns containing particular features from
2525             Feature Settings dialog</li>
2526           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2527             sequences</li>
2528           <li>Update Jalview project format:
2529             <ul>
2530               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2531               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2532                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2533               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2534                 colouring</li>
2535             </ul>
2536           </li>
2537           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2538             (PAM250)</li>
2539           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2540             flanking regions for an alignment</li>
2541         </ul>
2542       </td>
2543       <td>
2544         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2545         <ul>
2546           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2547             running after job is cancelled</li>
2548           <li>cannot export features from alignments imported from
2549             Jalview/VAMSAS projects</li>
2550           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2551             float values</li>
2552           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2553             have 'display all symbols' flag set</li>
2554           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2555             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2556           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2557             Jalview</li>
2558           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2559             Lion/Webstart</li>
2560           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2561           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2562           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2563             alignment onto desktop</li>
2564           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2565             'extract scores' function</li>
2566           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2567             alignment window</li>
2568           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2569             performing IUPred disorder prediction</li>
2570           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2571             changing 'normalise logo' display setting</li>
2572           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2573             nothing matches query</li>
2574           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2575             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2576           </li>
2577           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2578             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2579           </li>
2580           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2581             Jalview's menu</li>
2582           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2583             'invalid literal/length code'</li>
2584           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2585             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2586           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2587             colourscheme</li>
2588
2589         </ul> <em>Applet</em>
2590         <ul>
2591           <li>Remove group option is shown even when selection is
2592             not a group</li>
2593           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2594             don't affect groups</li>
2595           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2596             colourscheme name</li>
2597           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2598             Annotation panel is not displayed</li>
2599           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2600             embedded windows</li>
2601         </ul> <em>Other</em>
2602         <ul>
2603           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2604             single sequence were not calculated</li>
2605           <li>annotation files that contain only groups imported as
2606             annotation and junk sequences</li>
2607           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2608             recognised as PFAM or BLC</li>
2609           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2610             doesn't affect background (2.8.0b1)
2611           <li></li>
2612           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2613           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2614             trailing gaps</li>
2615           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2616             registered correctly on import</li>
2617           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2618             certain alignments</li>
2619           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2620             existing annotation based 'use original colours'
2621             colourscheme loses original colours setting</li>
2622         </ul>
2623       </td>
2624     </tr>
2625     <tr>
2626       <td><div align="center">
2627           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2628             <em>30/1/2014</em></strong>
2629         </div></td>
2630       <td>
2631         <ul>
2632           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2633             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2634             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2635             open source project).
2636           </li>
2637           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2638           <li>Output in Stockholm format</li>
2639           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2640           <li>Export/import group and sequence associated line
2641             graph thresholds</li>
2642           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2643             ambiguity codes</li>
2644           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2645             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2646             works</li>
2647           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2648         </ul> <em>Other improvements</em>
2649         <ul>
2650           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2651           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2652             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2653           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2654             files</li>
2655           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2656           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2657             link but no description</li>
2658           <li>Select primary source when selecting authority in
2659             database fetcher GUI</li>
2660           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2661             Jalview</li>
2662           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2663         </ul>
2664       </td>
2665       <td>
2666         <ul>
2667           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2668             displayed</li>
2669           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2670             secondary structure annotation line</li>
2671           <li>Sequence database accessions not imported when
2672             fetching alignments from Rfam</li>
2673           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2674             identical IDs</li>
2675           <li>View all structures does not always superpose
2676             structures</li>
2677           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2678             reflect user or preset settings</li>
2679           <li>Null pointer exceptions for some services without
2680             presets or adjustable parameters</li>
2681           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2682             discover PDB xRefs</li>
2683           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2684             features with DAS</li>
2685           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2686             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2687           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2688             residue follows a gap</li>
2689           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2690             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2691           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2692             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2693           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2694             annotation already exists on alignment</li>
2695           <li>oninit javascript function should be called after
2696             initialisation completes</li>
2697           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2698             alignment window display</li>
2699           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2700           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2701             to annotation file</li>
2702           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2703             groups created</li>
2704           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2705             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2706           <li>Pressing return several times causes Number Format
2707             exceptions in keyboard mode</li>
2708           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2709             correct partitions for input data</li>
2710           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2711           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2712           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2713           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2714             mode</li>
2715           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2716             changes one row&#39;s threshold</li>
2717           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2718             doesn&#39;t open</li>
2719           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2720             quality histograms</li>
2721         </ul>
2722       </td>
2723     </tr>
2724     <tr>
2725       <td><div align="center">
2726           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2727         </div></td>
2728       <td><em>Application</em>
2729         <ul>
2730           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2731             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2732           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2733             preferences</li>
2734           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2735             in Jalview alignment window</li>
2736           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2737             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2738           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2739             RNA and ambiguity codes</li>
2740
2741           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2742           <li>Support fetching and database reference look up
2743             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2744             refs')</li>
2745           <li>Jalview project improvements
2746             <ul>
2747               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2748                 flag for annotation</li>
2749               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2750                 alignment</li>
2751               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2752                 Jalview project</li>
2753
2754             </ul>
2755           </li>
2756           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2757           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2758             running</li>
2759           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2760           <li>visual indication that web service results are still
2761             being retrieved from server</li>
2762           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2763             starts up for first time</li>
2764           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2765             services</li>
2766           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2767             client library</li>
2768           <li>Examples directory and Groovy library included in
2769             InstallAnywhere distribution</li>
2770         </ul> <em>Applet</em>
2771         <ul>
2772           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2773             visualization applet example</li>
2774         </ul> <em>General</em>
2775         <ul>
2776           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2777           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2778             defaults</li>
2779           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2780             calculation</li>
2781           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2782             matrices
2783           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2784             in HTML</li>
2785           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2786             structure contacts</li>
2787           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2788           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2789           <li>Parse sequence associated secondary structure
2790             information in Stockholm files</li>
2791           <li>HTML Export database accessions and annotation
2792             information presented in tooltip for sequences</li>
2793           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2794             style RNA alignment files</li>
2795           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2796             alignment</li>
2797           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2798             shade each sequence according to its associated alignment
2799             annotation</li>
2800           <li>New Jalview Logo</li>
2801         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2802         <ul>
2803           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2804           <li>New Website!</li>
2805         </ul></td>
2806       <td><em>Application</em>
2807         <ul>
2808           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2809             wsdbfetch REST service</li>
2810           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2811           <li>Filetype associations not installed for webstart
2812             launch</li>
2813           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2814             job execution in full once it is complete</li>
2815           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2816             uploaded via ali_file parameter</li>
2817           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2818           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2819           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2820             submitted for prediction</li>
2821           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2822             desktop window</li>
2823           <li>Putting fractional value into integer text box in
2824             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2825           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2826             windows 7</li>
2827           <li>View all structures fails with exception shown in
2828             structure view</li>
2829           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2830             escaped in a platform independent way</li>
2831           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2832             using proxy</li>
2833           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2834             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2835           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2836             failure when java web start temporary file caching is
2837             disabled</li>
2838           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2839             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2840           <li>Errors during processing of command line arguments
2841             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2842           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2843             DAS sources in sequence fetcher</li>
2844           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2845             dialog is shown</li>
2846           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2847           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2848           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2849           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2850             on OSX Mountain Lion</li>
2851           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2852             sequences with alignment annotation are pasted into the
2853             alignment</li>
2854           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2855             when loaded from Jalview project</li>
2856           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2857           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2858             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2859           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2860             associated with all views</li>
2861           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2862             annotation rows to new window</li>
2863         </ul> <em>Applet</em>
2864         <ul>
2865           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2866             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2867           <li>loading features via javascript API automatically
2868             enables feature display</li>
2869           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2870             work</li>
2871         </ul> <em>General</em>
2872         <ul>
2873           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2874           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2875             and then deselected</li>
2876           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2877           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2878             coloured with clustalx</li>
2879           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2880             exceptions and redraw errors</li>
2881           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2882             reconfigured view</li>
2883           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2884             colour</li>
2885           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2886             for lots of labels</li>
2887         </ul>
2888     </tr>
2889     <tr>
2890       <td>
2891         <div align="center">
2892           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2893         </div>
2894       </td>
2895       <td><em>Application</em>
2896         <ul>
2897           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2898           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2899           <li>View/alignment association menu to enable user to
2900             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2901             its colours/correspondences from</li>
2902           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2903           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2904             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2905           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2906           <li>Annotation row column label formatting attributes
2907             stored in project file</li>
2908           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2909             rows preserved in Jalview project file</li>
2910           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2911             saved using Desktop window menu</li>
2912           <li>Visual indication that command line arguments are
2913             still being processed</li>
2914           <li>Groovy script execution from URL</li>
2915           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2916             preferences</li>
2917           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2918             alignment with sequences that have high similarity and
2919             matching IDs</li>
2920           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2921           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2922             structures in same window</li>
2923           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2924           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2925             analysis function in its own submenu</li>
2926         </ul> <em>Applet</em>
2927         <ul>
2928           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2929             groups</li>
2930           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2931           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2932           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2933           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2934           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2935             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2936           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2937           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2938             parameters are treated as such</li>
2939           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2940             <ul>
2941               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2942               <li>Javascript callbacks for
2943                 <ul>
2944                   <li>Applet initialisation</li>
2945                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2946                 </ul>
2947               </li>
2948               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2949                 functions</li>
2950               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2951               <li>javascript structure viewer harness to pass
2952                 messages between Jmol and Jalview when running as
2953                 distinct applets</li>
2954               <li>sortBy method</li>
2955               <li>Set of applet and application examples shipped
2956                 with documentation</li>
2957               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2958                 javascript message exchange</li>
2959             </ul>
2960         </ul> <em>General</em>
2961         <ul>
2962           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2963             multiple alignments</li>
2964           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2965           <li>User configurable link to enable redirects to a
2966             www.Jalview.org mirror</li>
2967           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2968           <li>Configurable newline string when writing alignment
2969             and other flat files</li>
2970           <li>Allow alignment annotation description lines to
2971             contain html tags</li>
2972         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2973         <ul>
2974           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2975             examples</li>
2976           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2977             using a web service before displaying the result in the
2978             Jalview desktop</li>
2979           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2980           <li>Ant target to publish example html files with applet
2981             archive</li>
2982           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2983           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2984         </ul></td>
2985       <td><em>Application</em>
2986         <ul>
2987           <li>User defined colourscheme throws exception when
2988             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2989           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2990             dialog for valid filename/format</li>
2991           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2992           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2993             P37173</li>
2994           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2995             which sequence is to be associated with the file</li>
2996           <li>Find All raises null pointer exception when query
2997             only matches sequence IDs</li>
2998           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2999           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3000             2.4 cannot be loaded</li>
3001           <li>Filetype associations not installed for webstart
3002             launch</li>
3003           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3004             with sequences in different alignments do not get coloured
3005             by their associated sequence</li>
3006           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3007             not preserved when project is loaded</li>
3008           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3009             stored in Jalview project</li>
3010           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3011             Jalview project</li>
3012           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3013           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3014             by conservation</li>
3015           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3016             created on new view</li>
3017           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3018             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3019           <li>Alignment quality not updated after alignment
3020             annotation row is hidden then shown</li>
3021           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3022             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3023           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3024             properly</li>
3025           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3026             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3027           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3028           <li>Structures imported from file and saved in project
3029             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3030           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3031             job execution in full once it is complete</li>
3032         </ul> <em>Applet</em>
3033         <ul>
3034           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3035             annotation rows are displayed</li>
3036           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3037             codebase</li>
3038           <li>View follows highlighting does not work for positions
3039             in sequences</li>
3040           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3041           <li>Export features raises exception when no features
3042             exist</li>
3043           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3044             for javascript api is modified when separator string
3045             provided as parameter</li>
3046           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3047             alignment with no existing selection</li>
3048           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3049             to applet&#39;s codebase</li>
3050           <li>Status bar not updated after finished searching and
3051             search wraps around to first result</li>
3052           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3053             several Jalview applets causes race conditions and memory
3054             leaks</li>
3055           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3056             not sent from Jmol in applet</li>
3057           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3058             applet API fatally hang browser</li>
3059         </ul> <em>General</em>
3060         <ul>
3061           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3062             position with wrapped view and hidden regions</li>
3063           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3064             with/without hidden columns</li>
3065           <li>Sequence length given in alignment properties window
3066             is off by 1</li>
3067           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3068             import PDB like structure files</li>
3069           <li>Positional search results are only highlighted
3070             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3071           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3072           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3073             given sequence position</li>
3074           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3075             output</li>
3076           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3077             from nucleotide chains correctly</li>
3078           <li>Structure colours not updated when tree partition
3079             changed in alignment</li>
3080           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3081             parsed in interleaved stockholm</li>
3082           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3083             state</li>
3084           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3085             properly</li>
3086           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3087             properly associated with their pdb files</li>
3088         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3089         <ul>
3090           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3091             ApplyCopyright tool</li>
3092         </ul></td>
3093     </tr>
3094     <tr>
3095       <td>
3096         <div align="center">
3097           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3098         </div>
3099       </td>
3100       <td><em>Application</em>
3101         <ul>
3102           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3103             contact web services</li>
3104           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3105             service job window</li>
3106           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3107         </ul></td>
3108       <td>
3109         <ul>
3110           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3111             pir file emitted by Jalview</li>
3112           <li>Existing feature settings transferred to new
3113             alignment view created from cut'n'paste</li>
3114           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3115             parsing PDB files</li>
3116           <li>Consensus and conservation annotation rows
3117             occasionally become blank for all new windows</li>
3118           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3119             in wrapped view mode</li>
3120         </ul> <em>Application</em>
3121         <ul>
3122           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3123             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3124           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3125             parameter names</li>
3126           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3127             is down</li>
3128         </ul>
3129       </td>
3130     </tr>
3131     <tr>
3132       <td>
3133         <div align="center">
3134           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3135         </div>
3136       </td>
3137       <td><em>Application</em>
3138         <ul>
3139           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3140             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3141             (JABAWS)
3142           </li>
3143           <li>Web Services preference tab</li>
3144           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3145             preferences</li>
3146           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3147           <li>Superpose structures using associated sequence
3148             alignment</li>
3149           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3150             viewer</li>
3151         </ul> <em>Applet</em>
3152         <ul>
3153           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3154             link out mechanism</li>
3155         </ul> <em>Other</em>
3156         <ul>
3157           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3158             series 12</li>
3159           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3160             require Java 1.5</li>
3161           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3162             sequence annotation files</li>
3163           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3164             type colour specification</li>
3165           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3166             script to check if it being run in an interactive session or
3167             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3168         </ul></td>
3169       <td>
3170         <ul>
3171           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3172             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3173         </ul> <em>Application</em>
3174         <ul>
3175           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3176             selected Regions menu item</li>
3177           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3178             part of a valid accession ID</li>
3179           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3180             runs out of memory</li>
3181           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3182             analysis results</li>
3183           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3184             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3185           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3186         </ul> <em>Applet</em>
3187         <ul>
3188           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3189             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3190             defined.</li>
3191         </ul>
3192       </td>
3193     </tr>
3194     <tr>
3195       <td>
3196         <div align="center">
3197           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3198         </div>
3199       </td>
3200       <td></td>
3201       <td>
3202         <ul>
3203           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3204             sequence IDs</li>
3205           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3206             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3207           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3208             import correctly</li>
3209           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3210             number of columns are hidden</li>
3211           <li>annotation label popup menu not providing correct
3212             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3213             present</li>
3214           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3215             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3216           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3217             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3218
3219         </ul> <em>Applet</em>
3220         <ul>
3221           <li>annotation panel disappears when annotation is
3222             hidden/removed</li>
3223         </ul> <em>Application</em>
3224         <ul>
3225           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3226             alignment opened where annotation panel is visible but no
3227             annotations are present on alignment</li>
3228           <li>pasted region containing hidden columns is
3229             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3230           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3231             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3232           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3233             selected Rregions menu item.</li>
3234           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3235             'Un' or 'Non'conserved</li>
3236           <li>Sequence feature settings are being shared by
3237             multiple distinct alignments</li>
3238           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3239             changed</li>
3240           <li>double click on group annotation to select sequences
3241             does not propagate to associated trees</li>
3242           <li>Mac OSX specific issues:
3243             <ul>
3244               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3245                 window background</li>
3246               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3247                 name set correctly</li>
3248               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3249                 save feature colourscheme button</li>
3250             </ul>
3251           </li>
3252         </ul>
3253       </td>
3254     </tr>
3255     <tr>
3256
3257       <td>
3258         <div align="center">
3259           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3260         </div>
3261       </td>
3262       <td><em>New Capabilities</em>
3263         <ul>
3264           <li>URL links generated from description line for
3265             regular-expression based URL links (applet and application)
3266
3267           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3268             menu</li>
3269           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3270             structures</li>
3271           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3272             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3273           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3274             average score or total feature count for each sequence.</li>
3275           <li>Shading features by score or associated description</li>
3276           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3277             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3278           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3279             hide everything but the currently selected region.</li>
3280           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3281         </ul> <em>Application</em>
3282         <ul>
3283           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3284             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3285           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3286             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3287           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3288             database references and protein_name is parsed as
3289             description line (BioSapiens terms).</li>
3290           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3291             references in sequence ID tooltip from View menu in
3292             application.</li>
3293           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3294       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3295           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3296             conservation plots</li>
3297           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3298             and visualized as sequence logos</li>
3299           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3300             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3301           </li>
3302           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3303             when a new tree is opened.</li>
3304           <li>Jalview Java Console</li>
3305           <li>Better placement of desktop window when moving
3306             between different screens.</li>
3307           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3308             consensus annotation</li>
3309           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3310             Workflows</li>
3311           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3312             <ul>
3313               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3314                 used to preserve views, structures, and tree display
3315                 settings)</li>
3316               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3317                 command line</li>
3318               <li>Sharing of selected regions between views and
3319                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3320               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3321             </ul></li>
3322         </ul> <em>Applet</em>
3323         <ul>
3324           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3325           <li>New Parameters
3326             <ul>
3327               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3328                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3329                 opened.</li>
3330               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3331                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3332               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3333                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3334               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3335                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3336                 view</li>
3337               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3338                 increase the height or width of a cell in the alignment
3339                 grid relative to the current font size.</li>
3340             </ul>
3341           </li>
3342           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3343             tooltip</li>
3344         </ul> <em>Other</em>
3345         <ul>
3346           <li>Features format: graduated colour definitions and
3347             specification of feature scores</li>
3348           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3349             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3350             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3351           <li>XML formats extended to support graduated feature
3352             colourschemes, group associated annotation, and profile
3353             visualization settings.</li></td>
3354       <td>
3355         <ul>
3356           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3357             rather than description</li>
3358           <li>Non-positional features are now included in sequence
3359             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3360             visibility in tooltip).</li>
3361           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3362           <li>Added URL embedding instructions to features file
3363             documentation.</li>
3364           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3365             'X' in peptide product</li>
3366           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3367             sequence ID and sequence string and query strings do not
3368             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3369           <li>AMSA files only contain first column of
3370             multi-character column annotation labels</li>
3371           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3372             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3373             exported and re-imported)</li>
3374           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3375             name</li>
3376           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3377             as subsequence matches, and correctly reports total number
3378             of both.</li>
3379           <li>Application:
3380             <ul>
3381               <li>Better handling of exceptions during sequence
3382                 retrieval</li>
3383               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3384                 link text excludes the start_end suffix</li>
3385               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3386                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3387               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3388               <li>Sequence description lines properly shared via
3389                 VAMSAS</li>
3390               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3391                 data sources</li>
3392               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3393                 completes before alignment figures are generated.</li>
3394               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3395                 first time.</li>
3396               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3397                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3398               <li>User defined group colours properly recovered
3399                 from Jalview projects.</li>
3400             </ul>
3401           </li>
3402         </ul>
3403       </td>
3404
3405     </tr>
3406     <tr>
3407       <td>
3408         <div align="center">
3409           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3410         </div>
3411       </td>
3412       <td>
3413         <ul>
3414           <li>Experimental support for google analytics usage
3415             tracking.</li>
3416           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3417         </ul>
3418       </td>
3419       <td>
3420         <ul>
3421           <li>Race condition in applet preventing startup in
3422             jre1.6.0u12+.</li>
3423           <li>Exception when feature created from selection beyond
3424             length of sequence.</li>
3425           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3426           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3427             all sequences with a given id</li>
3428           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3429             ID string searches</li>
3430           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3431             alignment to fail with exception</li>
3432         </ul> <em>Application Issues</em>
3433         <ul>
3434           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3435           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3436             data sources</li>
3437         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3438         <ul>
3439           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3440             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3441           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3442             version (java class versioning error fixed)</li>
3443         </ul>
3444       </td>
3445     </tr>
3446     <tr>
3447       <td>
3448
3449         <div align="center">
3450           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3451         </div>
3452       </td>
3453       <td><em>User Interface</em>
3454         <ul>
3455           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3456             translation and protein products</li>
3457           <li>Linked highlighting of structure associated with
3458             residue mapping to codon position</li>
3459           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3460             and 'clear' button</li>
3461           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3462             Tools menu</li>
3463           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3464             numeric data in description line</li>
3465           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3466           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3467             of sequence</li>
3468         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3469         <ul>
3470           <li>JPred3 web service</li>
3471           <li>Prototype sequence search client (no public services
3472             available yet)</li>
3473           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3474             PFAM</li>
3475           <li>URL Links created for matching database cross
3476             references as well as sequence ID</li>
3477           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3478         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3479         <ul>
3480           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3481             databases</li>
3482           <li>Generalised database reference retrieval and
3483             validation to all fetchable databases</li>
3484           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3485             sequence command</li>
3486         </ul> <em>Import and Export</em>
3487         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3488         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3489           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3490         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3491           File</li>
3492         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3493           triplet as name of colourscheme</li>
3494         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3495         <ul>
3496           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3497           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3498             alignments (experimental)</li>
3499           <li>Create new or select existing session to join</li>
3500           <li>load and save of vamsas documents</li>
3501         </ul> <em>Application command line</em>
3502         <ul>
3503           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3504             from applet)</li>
3505           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3506             of DAS servers to query for alignment features</li>
3507           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3508             that are also automatically queried for features</li>
3509           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3510             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3511         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3512         <ul>
3513           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3514             application (when using &quot;View in full
3515             application&quot;)</li>
3516         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3517         <ul>
3518           <li>feature group display control parameter</li>
3519           <li>debug parameter</li>
3520           <li>showbutton parameter</li>
3521         </ul> <em>Applet API methods</em>
3522         <ul>
3523           <li>newView public method</li>
3524           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3525           <li>Feature display control methods</li>
3526           <li>get list of currently selected sequences</li>
3527         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3528         <ul>
3529           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3530           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3531             Jalview release.</li>
3532           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3533             property controls execution of obfuscator</li>
3534           <li>Build target for generating source distribution</li>
3535           <li>Debug flag for javacc</li>
3536           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3537             jalview.bin.Cache</li>
3538           <li>Continuous Build Integration for stable and
3539             development version of Application, Applet and source
3540             distribution</li>
3541         </ul></td>
3542       <td>
3543         <ul>
3544           <li>selected region output includes visible annotations
3545             (for certain formats)</li>
3546           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3547             for editing</li>
3548           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3549           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3550           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3551           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3552             comments</li>
3553           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3554             filenames containing a ':'</li>
3555           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3556             global sequence features</li>
3557           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3558             references from alignment sequences goes to zero</li>
3559           <li>Close of tree branch colour box without colour
3560             selection causes cascading exceptions</li>
3561           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3562           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3563             file parsing fails.</li>
3564           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3565           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3566             not a valid output format</li>
3567           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3568             vamsas</li>
3569           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3570           <li>error messages passed up and output when data read
3571             fails</li>
3572           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3573             sequence is edited</li>
3574           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3575             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3576           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3577             filetype</li>
3578           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3579             import fixed for PFAM records</li>
3580           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3581             window list</li>
3582           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3583             can be read and written correctly to annotation file</li>
3584           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3585             correctly</li>
3586           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3587             non-italic font for representatives in Applet</li>
3588           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3589             Macs.</li>
3590           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3591             Applet)</li>
3592           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3593             due to null pointer exceptions</li>
3594           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3595             first column of alignment</li>
3596           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3597             July 2008</li>
3598           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3599             file is case-insensitive</li>
3600           <li>Sequence features read from Features file appended to
3601             all sequences with matching IDs</li>
3602           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3603             containing a sub-sequence</li>
3604           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3605           <li>feature and annotation file applet parameters
3606             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3607           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3608           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3609             splash-screen version check to complete</li>
3610           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3611             when passing them to the launchApp service</li>
3612           <li>display name and local features preserved in results
3613             retrieved from web service</li>
3614           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3615             sequence fetcher initialisation</li>
3616           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3617             dasobert DAS client</li>
3618           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3619             association</li>
3620           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3621             sequences
3622           </li>
3623         </ul>
3624       </td>
3625     </tr>
3626     <tr>
3627       <td>
3628         <div align="center">
3629           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3630         </div>
3631       </td>
3632       <td>
3633         <ul>
3634           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3635           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3636           <li>Slide sequences</li>
3637           <li>Edit sequence in place</li>
3638           <li>EMBL CDS features</li>
3639           <li>DAS Feature mapping</li>
3640           <li>Feature ordering</li>
3641           <li>Alignment Properties</li>
3642           <li>Annotation Scores</li>
3643           <li>Sort by scores</li>
3644           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3645         </ul>
3646       </td>
3647       <td>
3648         <ul>
3649           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3650           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3651           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3652           <li>Feature group display state in XML</li>
3653           <li>Feature ordering in XML</li>
3654           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3655           <li>Stockholm alignment properties</li>
3656           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3657           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3658           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3659           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3660         </ul>
3661       </td>
3662
3663     </tr>
3664     <tr>
3665       <td>
3666         <div align="center">
3667           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3668         </div>
3669       </td>
3670       <td>
3671         <ul>
3672           <li>Non standard characters can be read and displayed
3673           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3674             applet via textbox
3675           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3676             name &amp; description
3677           <li>Preference setting to display sequence name in
3678             italics
3679           <li>Annotation file format extended to allow
3680             Sequence_groups to be defined
3681           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3682             specified in preferences
3683           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3684             sequences
3685         </ul>
3686       </td>
3687       <td>
3688         <ul>
3689           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3690             installed
3691           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3692           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3693         </ul>
3694       </td>
3695     </tr>
3696     <tr>
3697       <td>
3698         <div align="center">
3699           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3700         </div>
3701       </td>
3702       <td>
3703         <ul>
3704           <li>Multiple views on alignment
3705           <li>Sequence feature editing
3706           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3707           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3708           <li>Background dependent text colour
3709           <li>Right align sequence ids
3710           <li>User-defined lower case residue colours
3711           <li>Format Menu
3712           <li>Select Menu
3713           <li>Menu item accelerator keys
3714           <li>Control-V pastes to current alignment
3715           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3716           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3717           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3718
3719           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3720         </ul>
3721       </td>
3722       <td>
3723         <ul>
3724           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3725           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3726             calculations
3727           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3728             edits
3729           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3730             of alignment)
3731           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3732
3733           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3734             display correctly
3735           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3736           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3737             analysis results
3738           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3739             &#8739;
3740           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3741           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3742           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3743
3744         </ul>
3745       </td>
3746     </tr>
3747     <tr>
3748       <td>
3749         <div align="center">
3750           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3751         </div>
3752       </td>
3753       <td>
3754         <ul>
3755           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3756         </ul>
3757       </td>
3758       <td>
3759         <ul>
3760           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3761             sequence id panel has been resized</li>
3762           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3763             rendered</li>
3764           <li>Annotation files with sequence references - all
3765             elements in file are relative to sequence position</li>
3766           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3767         </ul>
3768       </td>
3769     </tr>
3770     <tr>
3771       <td>
3772         <div align="center">
3773           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3774         </div>
3775       </td>
3776       <td>
3777         <ul>
3778           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3779           <li>DAS Feature fetching</li>
3780           <li>Hide sequences and columns</li>
3781           <li>Export Annotations and Features</li>
3782           <li>GFF file reading / writing</li>
3783           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3784             files</li>
3785           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3786           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3787           <li>Applet can launch the full application</li>
3788           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3789             required)</li>
3790           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3791           <li>Applet can load sequences from parameter
3792             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3793           </li>
3794         </ul>
3795       </td>
3796       <td>
3797         <ul>
3798           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3799           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3800           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3801         </ul>
3802       </td>
3803     </tr>
3804     <tr>
3805       <td>
3806         <div align="center">
3807           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3808         </div>
3809       </td>
3810       <td>
3811         <ul>
3812           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3813           <li>Choose to match case when searching</li>
3814           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3815             expand the visible width and height of the alignment</li>
3816         </ul>
3817       </td>
3818       <td>
3819         <ul>
3820           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3821         </ul>
3822       </td>
3823     </tr>
3824     <tr>
3825       <td>
3826         <div align="center">
3827           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3828         </div>
3829       </td>
3830       <td>&nbsp;</td>
3831       <td>
3832         <ul>
3833           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3834           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3835             value</li>
3836         </ul>
3837       </td>
3838     </tr>
3839     <tr>
3840       <td>
3841         <div align="center">
3842           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3843         </div>
3844       </td>
3845       <td>
3846         <ul>
3847           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3848           <li>Keyboard editing</li>
3849           <li>Create sequence features from searches</li>
3850           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3851             alignments</li>
3852           <li>Features file allows grouping of features</li>
3853           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3854           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3855           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3856         </ul>
3857       </td>
3858       <td>
3859         <ul>
3860           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3861           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3862             descriptions saved.</li>
3863         </ul>
3864       </td>
3865     </tr>
3866     <tr>
3867       <td>
3868         <div align="center">
3869           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3870         </div>
3871       </td>
3872       <td>
3873         <ul>
3874           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3875           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3876           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3877             name for file output</li>
3878           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3879           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3880             used for HTML form input</li>
3881         </ul>
3882       </td>
3883       <td>
3884         <ul>
3885           <li>HTML output writes groups and features</li>
3886           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3887           <li>File IO bugs</li>
3888         </ul>
3889       </td>
3890     </tr>
3891     <tr>
3892       <td>
3893         <div align="center">
3894           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3895         </div>
3896       </td>
3897       <td>
3898         <ul>
3899           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3900           <li>More options for PCA viewer</li>
3901         </ul>
3902       </td>
3903       <td>
3904         <ul>
3905           <li>GUI bugs resolved</li>
3906           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3907         </ul>
3908       </td>
3909     </tr>
3910     <tr>
3911       <td height="63">
3912         <div align="center">
3913           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3914         </div>
3915       </td>
3916       <td>
3917         <ul>
3918           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3919           <li>Jar files are executable</li>
3920           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3921         </ul>
3922       </td>
3923       <td>
3924         <ul>
3925           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3926           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3927           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3928         </ul>
3929       </td>
3930     </tr>
3931     <tr>
3932       <td>
3933         <div align="center">
3934           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3935         </div>
3936       </td>
3937       <td>
3938         <ul>
3939           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3940         </ul>
3941       </td>
3942       <td>
3943         <ul>
3944           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3945         </ul>
3946       </td>
3947     </tr>
3948     <tr>
3949       <td>
3950         <div align="center">
3951           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3952         </div>
3953       </td>
3954       <td>
3955         <ul>
3956           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3957             size</li>
3958         </ul>
3959       </td>
3960       <td>
3961         <ul>
3962           <li>Improved JPred client reliability</li>
3963           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3964         </ul>
3965       </td>
3966     </tr>
3967     <tr>
3968       <td>
3969         <div align="center">
3970           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3971         </div>
3972       </td>
3973       <td>
3974         <ul>
3975           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3976           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3977           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3978             to Colour Menu</li>
3979           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3980           <li>Unix users can set default web browser</li>
3981           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3982           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3983         </ul>
3984       </td>
3985       <td>
3986         <ul>
3987           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3988         </ul>
3989       </td>
3990     </tr>
3991     <tr>
3992       <td>
3993         <div align="center">
3994           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3995         </div>
3996       </td>
3997       <td>&nbsp;</td>
3998       <td>
3999         <ul>
4000           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4001             alignment order.</li>
4002         </ul>
4003       </td>
4004     </tr>
4005     <tr>
4006       <td>
4007         <div align="center">
4008           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4009         </div>
4010       </td>
4011       <td>
4012         <ul>
4013           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4014           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4015           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4016             annotations.</li>
4017           <li>Version and build date written to build properties
4018             file.</li>
4019           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4020             at launch of Jalview.</li>
4021         </ul>
4022       </td>
4023       <td>
4024         <ul>
4025           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4026           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4027           <li>Can remove groups one by one.</li>
4028           <li>Filechooser icons installed.</li>
4029           <li>Finder ignores return character when searching.
4030             Return key will initiate a search.<br>
4031           </li>
4032         </ul>
4033       </td>
4034     </tr>
4035     <tr>
4036       <td>
4037         <div align="center">
4038           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4039         </div>
4040       </td>
4041       <td>
4042         <ul>
4043           <li>New codebase</li>
4044         </ul>
4045       </td>
4046       <td>&nbsp;</td>
4047     </tr>
4048   </table>
4049   <p>&nbsp;</p>
4050 </body>
4051 </html>