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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>4/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  81               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  82               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
  83                 Format menu, or for command-line use via a jalview
  84                 properties file.</em>
  85             </li>
  86             <li>
  87               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
  88               API and sequence data now imported as JSON
  89             </li>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
  92               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
  93               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
  94               property.
  95             </li>
  96           </ul>
  97           <em>Development</em>
  98           <ul>
  99             <li>
 100               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 101               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 102                 Clover</a>
 103             </li>
 104           </ul>
 105         </div></td>
 106     <td><div align="left">
 107         <em></em>
 108         <ul>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 111               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 112               visible.
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 116               when sequences are selected in exported view.</em>
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 120               aren't rendered with correct colour.
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 124               types of knotted RNA secondary structure
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 128               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 129               do not start at 1
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 133               annotation when columns are inserted into an alignment,
 134               and when exporting as Stockolm flatfile.
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 138               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 139               treated as RNA secondary structure
 140             </li>
 141           </ul>
 142       </div>
 143     </td>
 144     </tr>
 145     <tr>
 146       <td width="60" nowrap>
 147         <div align="center">
 148           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 149             <em>7/06/2018</em></strong>
 150         </div>
 151       </td>
 152       <td><div align="left">
 153           <em></em>
 154           <ul>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 157               annotation retrieved from Uniprot
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 161               onto the Jalview Desktop
 162             </li>
 163           </ul>
 164         </div></td>
 165       <td><div align="left">
 166           <em></em>
 167           <ul>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 170               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 174               right-hand column parsed correctly
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 178               not alignment area in exported graphic
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 182               window has input focus
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 186               annotation added to view (Windows)
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 190               network connectivity is poor
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 194               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 195                 the currently open URL and links from a page viewed in
 196                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 197                 you are using Edge, only links in the page can be
 198                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 199                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 200             </li>
 201           </ul>
 202         </div></td>
 203     </tr>
 204     <tr>
 205       <td width="60" nowrap>
 206         <div align="center">
 207           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 208         </div>
 209       </td>
 210       <td><div align="left">
 211           <em></em>
 212           <ul>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 215               for disabling automatic superposition of multiple
 216               structures and open structures in existing views
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 220               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 221               adjust them.
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 225               Ensembl services
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 229               and lots of hidden columns
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 233               of features (particularly when transparency is disabled)
 234             </li>
 235           </ul>
 236           </div>
 237       </td>
 238       <td><div align="left">
 239           <ul>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 242               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 246               overlapping alignment panel
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 250               sequence as gaps
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 254               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 255               UTR
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 259               factor annotation not added to sequence when local PDB
 260               file associated with it by drag'n'drop or structure
 261               chooser
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 265               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 269               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 273               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 277               columns in annotation row
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 281               honored in batch mode
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 285               for structures added to existing Jmol view
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 289               entries after importing project with multiple views
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 293               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 294               with negative residue numbers or missing residues fails
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 298               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 299               as generated by CONSURF)
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 303               tooltip doesn't include a text description of mutation
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 307               structure and/or overview windows are also shown
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 311               very slow for alignments with large numbers of sequences
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 315               with 'StringIndexOutOfBounds'
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 319               platforms running Java 10
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 323               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 324             </li>
 325           </ul>
 326           <em>Applet</em>
 327           <ul>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 330               should copy the group consensus when popup is opened on it
 331             </li>
 332           </ul>
 333           <em>Batch Mode</em>
 334           <ul>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 337           </li>
 338           </ul>
 339           <em>New Known Defects</em>
 340           <ul>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 343               editing a large alignment and overview is displayed
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 347               repeatedly after a series of edits even when the overview
 348               is no longer reflecting updates
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 352               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 353               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 354               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 355             </li>
 356           </ul>
 357         </div>
 358           </td>
 359     </tr>
 360     <tr>
 361       <td width="60" nowrap>
 362         <div align="center">
 363           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 364         </div>
 365       </td>
 366       <td><div align="left">
 367           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 368               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 369       <td><div align="left">
 370           <em>Desktop</em><ul>
 371           <ul>
 372             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 373             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 374             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 375             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 376             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 377             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 378             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 379           </ul>
 380           </div>
 381       </td>
 382     </tr>
 383     <tr>
 384       <td width="60" nowrap>
 385         <div align="center">
 386           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 387         </div>
 388       </td>
 389       <td><div align="left">
 390           <em></em>
 391           <ul>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 394               rendering of sequence features
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 398               429 rate limit request hander
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 402               their colours have changed
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 406               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 410               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 414               view from Ensembl locus cross-references
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 418               Alignment report
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 422               feature can be disabled
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 426               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 430               Uniprot
 431             </li>
 432           </ul>
 433           <em>Scripting</em>
 434           <ul>
 435             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 436             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 437               percent identity scores for current alignment.</li>
 438           </ul>
 439           <em>Testing and Deployment</em>
 440           <ul>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 443             </li>
 444           </ul>
 445         </div></td>
 446       <td><div align="left">
 447           <em>General</em>
 448           <ul>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 451               threshold text field doesn't trigger an update to the
 452               alignment view
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 456               strings in parallel
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 460               alignment window is closed
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 464               group visibility
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 468               takes a long time in Cursor mode
 469             </li>
 470           </ul>
 471           <em>Desktop</em>
 472           <ul>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 475               cannot be viewed in Chimera
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 479               CDS/Protein view
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 483               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 484               Search Dialogs
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 494               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 498               scrolling right in unwapped alignment view
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 502               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 503               database
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 507               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 511               features of same type and group to be selected for
 512               amending
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 516               alignments when hidden columns are present
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 520               displaying several structures
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 524               moving a window
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 528               within the Jalview desktop on OSX
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 532               when in wrapped alignment mode
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 536               hand end of alignment
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 540               each selected sequence do not have correct start/end
 541               positions
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 545               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 549               restoring project until a new view is created
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 553               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 554               configured (since 2.10.2b2)
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 558               position is adjusted
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 562               in a multi-chain structure when viewing alignment
 563               involving more than one chain (since 2.10)
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 567               if new selection moves alignment window
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 571               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 575               that produces correctly annotated transcripts and products
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 579               doesn't update associated structure view
 580             </li>
 581           </ul>
 582           <em>Applet</em><br />
 583           <ul>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 586               closing alignment panel
 587             </li>
 588           </ul>
 589           <em>BioJSON</em><br />
 590           <ul>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 593               non-positional features
 594             </li>
 595           </ul>
 596           <em>New Known Issues</em>
 597           <ul>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 600               sequence features correctly (for many previous versions of
 601               Jalview)
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 605               using cursor in wrapped panel other than top
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 609               graduated colour threshold
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 613               always preserve numbering and sequence features
 614             </li>
 615           </ul>
 616           <em>Known Java 9 Issues</em>
 617           <ul>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 620               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 621               9.01, OSX 10.10)
 622             </li>
 623           </ul>
 624         </div></td>
 625     </tr>
 626     <tr>
 627       <td width="60" nowrap>
 628         <div align="center">
 629           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 630             <em>2/10/2017</em></strong>
 631         </div>
 632       </td>
 633       <td><div align="left">
 634           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 635           <ul>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 638             </li>
 639             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 640             </li>
 641           </ul>
 642         </div></td>
 643       <td><div align="left">
 644         </div></td>
 645     </tr>
 646     <tr>
 647       <td width="60" nowrap>
 648         <div align="center">
 649           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 650             <em>7/9/2017</em></strong>
 651         </div>
 652       </td>
 653       <td><div align="left">
 654           <em></em>
 655           <ul>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 658               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 659               white)
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 663               Preferences
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 667               in size and progress bar shown as higher resolution
 668               overview is recalculated
 669             </li>
 670
 671           </ul>
 672         </div></td>
 673       <td><div align="left">
 674           <em></em>
 675           <ul>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 678               column region row by row
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 682               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 686               format setting is unticked
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 690               if group has show boxes format setting unticked
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 694               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 695               include sequences and columns not currently displayed
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 699               assemblies are imported via CIF file
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 703               displayed when threshold or conservation colouring is also
 704               enabled.
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 708               server version
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 712               dragging a selected region off the visible region of the
 713               alignment
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 717               colourscheme to all groups in a view
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 721               initially after font size change using the Font chooser or
 722               middle-mouse zoom
 723             </li>
 724           </ul>
 725         </div></td>
 726     </tr>
 727     <tr>
 728       <td width="60" nowrap>
 729         <div align="center">
 730           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 731         </div>
 732       </td>
 733       <td><div align="left">
 734           <em>Calculations</em>
 735           <ul>
 736
 737             <li>
 738               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 739               ungapped positions in each column of the alignment.
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 743               a calculation dialog box
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 747               and memory efficiency (~30x faster)
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 751               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 752               and other calculations
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 756               files within the Jalview codebase
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 760               Similarity may have different topology due to increased
 761               precision
 762             </li>
 763           </ul>
 764           <em>Rendering</em>
 765           <ul>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 768               model for alignments and groups
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 772               scripts
 773             </li>
 774           </ul>
 775           <em>Overview</em>
 776           <ul>
 777             <li>
 778               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 779               with alignment and overview windows
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 783               overview
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 787               omitted in Overview
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 791               adjustment of visible position
 792             </li>
 793           </ul>
 794
 795           <em>Data import/export</em>
 796           <ul>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 799               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 803               annotation input/output via stockholm flatfile
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 807               extension when importing structure files without embedded
 808               names or PDB accessions
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 812               format sequence substitution matrices
 813             </li>
 814           </ul>
 815           <em>User Interface</em>
 816           <ul>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 819               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 820               the application.
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 824               via Overview or sequence motif search operations
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 828               opened by double clicking gaps within sequence feature
 829               extent
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 833               aligned positions were available to create a 3D structure
 834               superposition.
 835             </li>
 836           </ul>
 837           <em>3D Structure</em>
 838           <ul>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 841               coloured in linked structure views
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 845               file-based command exchange
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 849               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 850               structures are already available for sequences
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 854               the Jalview project rather than downloaded again when the
 855               project is reopened.
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 859               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 860               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 861                 Feature</strong>)
 862             </li>
 863           </ul>
 864           <em>Web Services</em>
 865           <ul>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 871               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 872               Analysis services
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 876               cross-references provided by identifiers.org and the
 877               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 878             </li>
 879           </ul>
 880
 881           <em>Scripting</em>
 882           <ul>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 885               identifying file formats (instead of String constants)
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 889               efficiency when counting all displayed features (not
 890               backwards compatible with 2.10.1)
 891             </li>
 892           </ul>
 893           <em>Example files</em>
 894           <ul>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 897               included in the example feature file
 898             </li>
 899           </ul>
 900           <em>Documentation</em>
 901           <ul>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 904               with the built-in Java help viewer
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 908               sequence description' option
 909             </li>
 910           </ul>
 911           <em>Test Suite</em>
 912           <ul>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 915               Uniprot REST Free Text Search Client
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 922               during tests
 923             </li>
 924           </ul>
 925         </div></td>
 926       <td><div align="left">
 927           <em>Calculations</em>
 928           <ul>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 931               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 932               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 933             </li>
 934             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 935               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 936               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 937               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 938               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 939               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 940               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 941               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 942               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 943               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 944               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 945               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 946               // for 2.10.1 mode <br />
 947               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 948               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 949                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 950                 calculations (not recommended)</em></li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 953               scaling of branch lengths for trees computed using
 954               Sequence Feature Similarity.
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 958               generating output report when working with highly
 959               redundant alignments
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 963               right of selected region when gaps present on right-hand
 964               boundary
 965             </li>
 966           </ul>
 967           <em>User Interface</em>
 968           <ul>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 971               doesn't reselect a specific sequence's associated
 972               annotation after it was used for colouring a view
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 976               opened on a region of alignment without groups
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 980               of an alignment with overlapping groups
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 984               name and description match
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 988               hidden regions results in incorrect hidden regions
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 992               changing colour does not apply Conservation slider value
 993               to all groups
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 997               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1001               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1005               gaps before start of features
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1009               restored to UI when feature colour is edited
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1013               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1017               as graduate feature colour settings are modified via the
1018               dialog box
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1022               when a group defined on the alignment is resized
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1026               wrapped view result in positional status updates
1027             </li>
1028
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1031               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1035               alignment included gapped columns
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1039               widgets don't permanently disappear
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1043               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1044               T-Coffee column reliability scores)
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1048               sequence feature on gaps only
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1052               button from a Find inherit previously defined feature type
1053               rather than the Find query string
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1057               exporting tree calculated in Jalview
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1061               and then revealing them reorders sequences on the
1062               alignment
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1066               doesn't update to reflect available set of groups after
1067               interactively adding or modifying features
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1071               Linux
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1075               only excluded gaps in current sequence and ignored
1076               selection.
1077             </li>
1078           </ul>
1079           <em>Rendering</em>
1080           <ul>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1083               erratically when hidden rows or columns are present
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1087               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1088               sequence colouring
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1092               colour and group colour menu for protein alignments
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1096               reflect currently selected view or group's shading
1097               thresholds
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1101               when rendered on overview and structures when opacity at
1102               100%
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1106               overview when features overlaid on alignment
1107             </li>
1108           </ul>
1109           <em>Data import/export</em>
1110           <ul>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1113               load
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1117               added after a sequence was imported are not written to
1118               Stockholm File
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1122               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1126               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1130               with lightGray or darkGray via features file (but can
1131               specify lightgray)
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1135               when alignment view imported from project
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1139               structure and sequences extracted from structure files
1140               imported via URL and viewed in Jmol
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1144               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1145               the project is loaded and the structure viewed
1146             </li>
1147           </ul>
1148           <em>Web Services</em>
1149           <ul>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1152               release of Ensembl v.88
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1156               appear enabled in Preferences->Connections
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1160               removed from console output
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1164               Ensembl by Peptide ID
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1168               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1169               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1170               due to 'null' string rather than empty string used for
1171               residues with no corresponding PDB mapping).
1172             </li>
1173           </ul>
1174           <em>Application UI</em>
1175           <ul>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1178               menu
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1182               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1183               new documentation and tooltips added)
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1187               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1191               new features are added to alignment
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1195               changes to feature colours via the Amend features dialog
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1199               edit graduated feature colour via amend features dialog
1200               box
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1204               selection menu changes colours of alignment views
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1208               from alignment calculation workers after alignment has
1209               been closed
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1213               groups now 'Create Group'
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1217               Create/Undefine group doesn't always work
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1221               shown again after pressing 'Cancel'
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1225               adjusts start position in wrap mode
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1229               ambiguous amino acids
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1233               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1234               proteins
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1238               Defined' don't appear in Colours menu
1239             </li>
1240           </ul>
1241           <em>Applet</em>
1242           <ul>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1245               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1249               overview or linked structure view
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1253               work (since 2.8)
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1257               user-defined colourscheme doesn't restore original
1258               colourscheme
1259             </li>
1260           </ul>
1261           <em>Test Suite</em>
1262           <ul>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1265               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1269               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1270               problems with deep array comparison equality asserts in
1271               successive versions of TestNG
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1275               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1276             </li>
1277           </ul>
1278           <em>New Known Issues</em>
1279           <ul>
1280             <li>
1281               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1282               phase after a sequence motif find operation
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1286               containing just upper and lower case letters are
1287               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1291               reliably from eggnog Ortholog database
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1295               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1296               to mark columns containing highlighted regions.
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1300               doesn't always add secondary structure annotation.
1301             </li>
1302           </ul>
1303         </div>
1304     <tr>
1305       <td width="60" nowrap>
1306         <div align="center">
1307           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1308         </div>
1309       </td>
1310       <td><div align="left">
1311           <em>General</em>
1312           <ul>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1315               for all consensus calculations
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1319               3rd Oct 2016)
1320             </li>
1321             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1322               for 2016-2017</li>
1323           </ul>
1324           <em>Application</em>
1325           <ul>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1328               set of database cross-references, sorted alphabetically
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1332               from database cross references. Users with custom links
1333               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1334                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1338               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1339               Chimera session
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1343               the Chimera it is connected to is shut down
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1347               columns menu item to mark columns containing highlighted
1348               regions (e.g. from structure selections or results of a
1349               Find operation)
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1353               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1354               MSAviewer
1355             </li>
1356           </ul>
1357         </div></td>
1358       <td>
1359         <div align="left">
1360           <em>General</em>
1361           <ul>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1364               are not coloured or thresholded according to percent
1365               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1369               hydrophobic
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1373               threshold, amino acid properties)
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1377               reported as mapped to residues in a structure file in the
1378               View Mapping report
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1382               could be added multiple times to a sequence
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1386               bond features shown as two highlighted residues rather
1387               than a range in linked structure views, and treated
1388               correctly when selecting and computing trees from features
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1392               cross-references are matched to database name regardless
1393               of case
1394             </li>
1395
1396           </ul>
1397           <em>Application</em>
1398           <ul>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1401               names without regular expressions also offer links from
1402               Sequence ID
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1406               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1407               update Jalview configuration
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1411               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1415               files with similarly named sequences if dropped onto the
1416               alignment
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1420               entries where more chains exist in the PDB accession than
1421               are reported in the SIFTS file
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1425               the structure view when displayed with Chimera
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1429               panel's View->Show Chains submenu
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1433               work for wrapped alignment views
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1437               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1441               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1442               first annotation row
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1446               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1450               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1451             </li>
1452             <!-- JAL-2319 -->
1453             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1454             coordindate data
1455             </li>
1456           </ul>
1457           <!--           <em>New Known Issues</em>
1458           <ul>
1459             <li></li>
1460           </ul> -->
1461         </div>
1462       </td>
1463     </tr>
1464     <td width="60" nowrap>
1465       <div align="center">
1466         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1467           <em>25/10/2016</em></strong>
1468       </div>
1469     </td>
1470     <td><em>Application</em>
1471       <ul>
1472         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1473           view if structures already loaded</li>
1474         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1475           structure views</li>
1476       </ul></td>
1477     <td>
1478       <div align="left">
1479         <em>General</em>
1480         <ul>
1481           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1482             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1483           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1484             example sequences/projects/trees</li>
1485         </ul>
1486         <em>Application</em>
1487         <ul>
1488           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1489             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1490           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1491             without timeout for structures with multiple models or
1492             multiple sequences in alignment</li>
1493           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1494             PDB ID HEADER line</li>
1495           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1496             is performed</li>
1497           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1498             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1499           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1500           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1501             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1502             option</li>
1503           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1504             is created on the alignment</li>
1505           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1506             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1507             pop-up menu</li>
1508         </ul>
1509         <em>Build and deployment</em>
1510         <ul>
1511           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1512             tags</li>
1513         </ul>
1514         <em>New Known Issues</em>
1515         <ul>
1516           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1517             on Windows</li>
1518         </ul>
1519       </div>
1520     </td>
1521     </tr>
1522     <tr>
1523       <td width="60" nowrap>
1524         <div align="center">
1525           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1526         </div>
1527       </td>
1528       <td><em>General</em>
1529         <ul>
1530           <li>
1531             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1532           </li>
1533           <li>
1534             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1535             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1536             better PDB parsing.
1537           </li>
1538           <li>
1539             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1540             reference sequence
1541           </li>
1542           <li>
1543             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1544             mousing over sequence associated annotation
1545           </li>
1546           <li>
1547             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1548             for manual entry
1549           </li>
1550           <li>
1551             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1552             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1553             for each column
1554           </li>
1555           <li>
1556             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1557             showing or hiding columns containing a feature
1558           </li>
1559           <li>
1560             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1561             group and sequence associated annotation labels
1562           </li>
1563           <li>
1564             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1565             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1566             dialogs
1567           </li>
1568
1569         </ul> <em>Application</em>
1570         <ul>
1571           <li>
1572             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1573             gene/transcript view
1574           </li>
1575           <li>
1576             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1577             dialog
1578           </li>
1579           <li>
1580             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1581             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1582           </li>
1583           <li>
1584             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1585             Pfam sources to xfam.org
1586           </li>
1587           <li>
1588             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1589           </li>
1590           <li>
1591             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1592             over sequences in Jalview
1593           </li>
1594           <li>
1595             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1596             regions in ENA and EMBL
1597           </li>
1598           <li>
1599             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1600             for record retrieval via ENA rest API
1601           </li>
1602           <li>
1603             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1604             complement operator
1605           </li>
1606           <li>
1607             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1608             groovy script execution
1609           </li>
1610           <li>
1611             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1612             alignment window's Calculate menu
1613           </li>
1614           <li>
1615             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1616             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1617           </li>
1618           <li>
1619             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1620             calculation workers from groovy scripts
1621           </li>
1622           <li>
1623             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1624             Jalview projects
1625           </li>
1626           <li>
1627             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1628             associations are now saved/restored from project
1629           </li>
1630           <li>
1631             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1632             before sequence fetcher is opened
1633           </li>
1634           <li>
1635             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1636             database chooser opens a sequence fetcher
1637           </li>
1638           <li>
1639             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1640             the UniProt REST API
1641           </li>
1642           <li>
1643             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1644             the news reader opening
1645           </li>
1646           <li>
1647             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1648             querying stored in preferences
1649           </li>
1650           <li>
1651             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1652             search results
1653           </li>
1654           <li>
1655             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1656           </li>
1657           <li>
1658             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1659             menu for nucleotide sequences
1660           </li>
1661           <li>
1662             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1663             and feature counts preserves alignment ordering (and
1664             debugged for complex feature sets).
1665           </li>
1666           <li>
1667             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1668             viewing structures with Jalview 2.10
1669           </li>
1670           <li>
1671             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1672             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1673             Ensembl Genomes REST API
1674           </li>
1675           <li>
1676             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1677             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1678             (Ensembl)
1679           </li>
1680           <li>
1681             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1682             sequences
1683           </li>
1684           <li>
1685             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1686             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1687             data from external database records.
1688           </li>
1689           <li>
1690             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1691             efficient recovery of sequence coding and alignment
1692             annotation relationships.
1693           </li>
1694         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1695         <ul>
1696           <li>
1697             -- JAL---
1698           </li>
1699         </ul> --></td>
1700       <td>
1701         <div align="left">
1702           <em>General</em>
1703           <ul>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1706               menu on OSX
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1710               includes graduated colourschemes
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1714               working with big alignments and lots of hidden columns
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1718               at right of alignment window
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1722               contents
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1726               for DNA alignments
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1730               based tree calculation
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1734               unconserved enabled for group on alignment
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1738               set as reference
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1742               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1743               annotation
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1747               hidden columns present
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1751               user created annotation added to alignment
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1755               '()' base pair annotation
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1759               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1760               Consensus
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1764               feature not working
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1768               beginning of sequence
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1772               entry 3a6s
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1776               from a tree when t-coffee scores are shown
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1780               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1784               some structures
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1788               to Clustal, PIR and PileUp output
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1792               not visible causes alignment window to repaint
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1796               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1797               scores associated with features and annotation rows
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1801               calculation should be case independent
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1805               columns
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1809               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1810               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1814               problems when reference sequence defined and 'show
1815               non-conserved' enabled
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1819               load even when Consensus calculation is disabled
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1823               alignment does nothing
1824             </li>
1825           </ul>
1826           <em>Application</em>
1827           <ul>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1830               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1831               yet fixed for El Capitan)
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1835               output when running on non-gb/us i18n platforms
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1839               hidden sequences as flat-file alignment
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1843               launching Chimera
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1847               (also hotfix for 2.9.0b2)
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1851               reference sequence defined
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1855               alignments and views when revealing hidden columns
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1859               view in a cDNA/Protein splitframe
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1863               sequence from project when only one sequence is
1864               represented
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1868               in Structure Chooser
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1872               structure consensus didn't refresh annotation panel
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1876               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1880               dialogs format columns correctly, don't display array
1881               data, sort columns according to type
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1885               file chooser is cancelled during an image export
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1889               sequence name containing special characters
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1893               case insensitive
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1897               formatting don't wrap
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1901               truncated so L looks like I in consensus annotation
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1905               currently displayed features for the current selection or
1906               view
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1910               after fetching cross-references, and restoring from
1911               project
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1915               followed in the structure viewer
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1919               splitframe not restored from project
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1923               trailing end of protein alignment in transcript/product
1924               splitview when pad-gaps not enabled by default
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1928               is case dependent
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1932               article has been read (reopened issue due to
1933               internationalisation problems)
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1937               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1938               cross-references
1939             </li>
1940
1941             <li>
1942               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1943               alignment as HTML
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1947               multiple structures are shown for one or more sequences.
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1951               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1952               is enabled.
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1956               specific PDB id for sequence
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1960               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1961               columns' is disabled.
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1965               selects lowest rather than highest resolution structures
1966               for each sequence
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1970               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1974               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1978               after clicking on it to create new annotation for a
1979               column.
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1983               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1984             </li>
1985             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1986             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1987           </ul>
1988           <em>Applet</em>
1989           <ul>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1992               hidden columns present before start of sequence
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1996               (JSON jars)
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2000               sequences are hidden in applet
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2004               deployment on examples pages.
2005             </li>
2006           </ul>
2007         </div>
2008       </td>
2009     </tr>
2010     <tr>
2011       <td width="60" nowrap>
2012         <div align="center">
2013           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2014             <em>16/10/2015</em></strong>
2015         </div>
2016       </td>
2017       <td><em>General</em>
2018         <ul>
2019           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2020             jars</li>
2021         </ul></td>
2022       <td>
2023         <div align="left">
2024           <em>Application</em>
2025           <ul>
2026             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2027               shown when tree is partitioned</li>
2028             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2029               multiple cDNA/Protein split views</li>
2030           </ul>
2031         </div>
2032       </td>
2033     </tr>
2034     <tr>
2035       <td width="60" nowrap>
2036         <div align="center">
2037           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2038             <em>8/10/2015</em></strong>
2039         </div>
2040       </td>
2041       <td><em>General</em>
2042         <ul>
2043           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2044             2.9</li>
2045         </ul> <em>Application</em>
2046         <ul>
2047           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2048           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2049           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2050         </ul> <em>Applet</em>
2051         <ul>
2052           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2053         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2054         <ul>
2055           <li>
2056             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2057             suite
2058           </li>
2059         </ul></td>
2060       <td>
2061         <div align="left">
2062           <em>General</em>
2063           <ul>
2064             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2065               incorrect when sequence start > 1</li>
2066             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2067               documentation</li>
2068             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2069             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2070               loading a features file containing HTML tags in feature
2071               description</li>
2072
2073           </ul>
2074           <em>Application</em>
2075           <ul>
2076             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2077               reimport</li>
2078             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2079               with 'trim retrieved sequences'</li>
2080             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2081               deleting selected columns</li>
2082             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2083               JNLP templates for webstart launch</li>
2084             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2085               unreleased structures for download or viewing</li>
2086             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2087               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2088             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2089               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2090             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2091               recovered from jalview project</li>
2092             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2093               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2094               alignment view</li>
2095             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2096               color schemes from BioJSON</li>
2097           </ul>
2098           <em>Applet</em>
2099           <ul>
2100             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2101               frame</li>
2102             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2103           </ul>
2104         </div>
2105       </td>
2106     </tr>
2107     <tr>
2108       <td><div align="center">
2109           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2110         </div></td>
2111       <td><em>General</em>
2112         <ul>
2113           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2114             alignments:
2115             <ul>
2116               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2117                 and DNA alignment views</li>
2118               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2119                 cDNA alignment views</li>
2120               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2121                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2122               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2123                 protein sequences</li>
2124             </ul>
2125           </li>
2126           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2127           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2128             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2129           <li>New alignment annotation file statements for
2130             reference sequences and marking hidden columns</li>
2131           <li>Reference sequence based alignment shading to
2132             highlight variation</li>
2133           <li>Select or hide columns according to alignment
2134             annotation</li>
2135           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2136           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2137             acid conservation row</li>
2138           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2139         </ul> <em>Application</em>
2140         <ul>
2141           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2142             <ul>
2143               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2144                 view with cDNA/Protein</li>
2145               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2146                 sequences are placed in the same alignment</li>
2147               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2148                 projects</li>
2149             </ul>
2150           </li>
2151
2152           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2153           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2154             Jalview windows</li>
2155
2156           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2157           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2158           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2159             be shown in VARNA</li>
2160
2161           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2162             as the active selected region</li>
2163
2164           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2165             similarity</li>
2166           <li>New Export options
2167             <ul>
2168               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2169                 region export in flat file generation</li>
2170
2171               <li>Export alignment views for display with the <a
2172                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2173
2174               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2175               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2176                 alignment figures to HTML</li>
2177           </li>
2178           <li>3D structure retrieval and display
2179             <ul>
2180               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2181                 Search API</li>
2182               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2183                 PDB structures for a sequence set</li>
2184             </ul>
2185           </li>
2186
2187           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2188             predictions</li>
2189           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2190             for one or a group of sequences</li>
2191           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2192             from the JPred4 web server</li>
2193           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2194             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2195             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2196           </li>
2197           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2198             VARNA 2D Structure'</li>
2199           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2200             Structure ..."</li>
2201
2202         </ul> <em>Applet</em>
2203         <ul>
2204           <li>New layout for applet example pages</li>
2205           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2206             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2207           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2208             Protein alignments</li>
2209         </ul> <em>Development and deployment</em>
2210         <ul>
2211           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2212           <li>Include installation type and git revision in build
2213             properties and console log output</li>
2214           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2215             storing BioJsMSA Templates</li>
2216           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2217         </ul></td>
2218       <td>
2219         <!-- <em>General</em>
2220         <ul>
2221         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2222         <ul>
2223           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2224           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2225           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2226             predictions are not highlighted in amber</li>
2227           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2228             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2229           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2230             associated structure views</li>
2231           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2232             width checkbox not enabled</li>
2233           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2234             creating user defined colours</li>
2235           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2236             mappings for just that viewer's sequences</li>
2237           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2238             multiple models in Chimera</li>
2239           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2240             over Jmol structure</li>
2241           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2242             output to text box</li>
2243           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2244             have incorrect sequence start/end</li>
2245           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2246             Jalview fails</li>
2247           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2248             work for nucleotide</li>
2249           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2250             to a grey/invisible alignment window</li>
2251           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2252             imports to different position</li>
2253           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2254             on some platforms</li>
2255           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2256             populated</li>
2257           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2258             console if Chimera has been opened</li>
2259           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2260           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2261             retrieved</li>
2262           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2263           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2264             either sequence shows on first structure</li>
2265           <li>'Show annotations' options should not make
2266             non-positional annotations visible</li>
2267           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2268             in right place after 'view flanking regions'</li>
2269           <li>File Save As type unset when current file format is
2270             unknown</li>
2271           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2272             projects</li>
2273           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2274             responsive</li>
2275           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2276             several views on same alignment</li>
2277           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2278           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2279             spaces</li>
2280         </ul> <em>Applet</em>
2281         <ul>
2282           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2283           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2284             descriptions containing angle brackets</li>
2285         </ul> <em>General</em>
2286         <ul>
2287           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2288             via jalview annotation file</li>
2289           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2290             with RNA secondary structure</li>
2291           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2292             translation doesn't work.</li>
2293           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2294           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2295             positions</li>
2296           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2297             choosing 1pt font</li>
2298           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2299             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2300             'h'</li>
2301           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2302             new feature</li>
2303           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2304             order dependent</li>
2305           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2306             sequences</li>
2307           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2308         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2309         <ul>
2310           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2311             www.jalview.org</li>
2312         </ul> <em>Application Known issues</em>
2313         <ul>
2314           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2315           <li>Misleading message appears after trying to delete
2316             solid column.</li>
2317           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2318             version launches</li>
2319           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2320             fails with a sequence mismatch</li>
2321           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2322             scrolling alignment to right</li>
2323           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2324             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2325           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2326             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2327           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2328             ultra-high resolution</li>
2329           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2330             quality and conservation</li>
2331           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2332             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2333         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2334         <ul>
2335           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2336           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2337             window is being resized</li>
2338
2339         </ul>
2340       </td>
2341     </tr>
2342     <tr>
2343       <td><div align="center">
2344           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2345         </div></td>
2346       <td><em>General</em>
2347         <ul>
2348           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2349             Certum.PL.</li>
2350           <li>Features and annotation preserved when performing
2351             pairwise alignment</li>
2352           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2353             imported/exported/displayed</li>
2354           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2355             protein secondary structure</li>
2356           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2357               post-hoc with 2.9 release</em>)
2358           </li>
2359
2360         </ul> <em>Application</em>
2361         <ul>
2362           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2363             with 3D structures</li>
2364           <li>Support for parsing RNAML</li>
2365           <li>Annotations menu for layout
2366             <ul>
2367               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2368               <li>place sequence annotation above/below alignment
2369                 annotation</li>
2370             </ul>
2371           <li>Output in Stockholm format</li>
2372           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2373             translation</li>
2374           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2375           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2376             shared between alignments</li>
2377           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2378             Jalview</li>
2379           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2380             all or current selection</li>
2381           <li>disorder and secondary structure predictions
2382             available as dataset annotation</li>
2383           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2384
2385
2386           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2387             alignments from Rfam</li>
2388           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2389
2390           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2391             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2392           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2393           <li>include installation type in build properties and
2394             console log output</li>
2395           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2396             annotation</li>
2397         </ul></td>
2398       <td>
2399         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2400         <ul>
2401           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2402             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2403           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2404             alignment</li>
2405           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2406           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2407           <li>Double click on sequence associated annotation
2408             selects only first column</li>
2409           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2410             leaves shown in tree</li>
2411           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2412             properly</li>
2413           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2414           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2415             screen and buttons not visible</li>
2416           <li>author list isn't updated if already written to
2417             Jalview properties</li>
2418           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2419             from database</li>
2420           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2421           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2422             browser search window</li>
2423           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2424             in feature settings dialog</li>
2425           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2426             desktop</li>
2427           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2428             pass validation</li>
2429           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2430             fit on screen</li>
2431           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2432             tooltip</li>
2433           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2434             defined user preset</li>
2435           <li>MSA web services warns user if they were launched
2436             with invalid input</li>
2437           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2438             Java 8</li>
2439           <li>
2440             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2441             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2442             created
2443           </li>
2444
2445         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2446         <ul>
2447         </ul> <em>General</em>
2448         <ul>
2449         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2450         <ul>
2451           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2452             memory allocation</li>
2453           <li>launchApp service doesn't automatically open
2454             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2455           <li>
2456             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2457             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2458             1.7_055 is available
2459           </li>
2460         </ul> <em>Application Known issues</em>
2461         <ul>
2462           <li>
2463             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2464             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2465             alignment to right
2466           </li>
2467           <li>
2468             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2469             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2470             with large number of ID
2471           </li>
2472           <li>
2473             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2474             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2475             start/end
2476           </li>
2477           <li>
2478             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2479             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2480             structure tracks are rearranged
2481           </li>
2482           <li>
2483             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2484             invalid rna structure positional highlighting does not
2485             highlight position of invalid base pairs
2486           </li>
2487           <li>
2488             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2489             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2490             project from alignment window file menu
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2494             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2495             structures
2496           </li>
2497           <li>
2498             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2499             colour by RNA Helices not enabled when user created
2500             annotation added to alignment
2501           </li>
2502           <li>
2503             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2504             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2505           </li>
2506         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2507         <ul>
2508           <li>
2509             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2510             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2511           </li>
2512           <li>
2513             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2514             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2515           </li>
2516
2517           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2518             when selected</li>
2519         </ul>
2520       </td>
2521     </tr>
2522     <tr>
2523       <td><div align="center">
2524           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2525         </div></td>
2526       <td>
2527         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2528         <em>General</em>
2529         <ul>
2530           <li>Internationalisation of user interface (usually
2531             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2532           <li>Define/Undefine group on current selection with
2533             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2534           <li>Improved group creation/removal options in
2535             alignment/sequence Popup menu</li>
2536           <li>Sensible precision for symbol distribution
2537             percentages shown in logo tooltip.</li>
2538           <li>Annotation panel height set according to amount of
2539             annotation when alignment first opened</li>
2540         </ul> <em>Application</em>
2541         <ul>
2542           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2543             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2544           <li>Select columns containing particular features from
2545             Feature Settings dialog</li>
2546           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2547             sequences</li>
2548           <li>Update Jalview project format:
2549             <ul>
2550               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2551               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2552                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2553               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2554                 colouring</li>
2555             </ul>
2556           </li>
2557           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2558             (PAM250)</li>
2559           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2560             flanking regions for an alignment</li>
2561         </ul>
2562       </td>
2563       <td>
2564         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2565         <ul>
2566           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2567             running after job is cancelled</li>
2568           <li>cannot export features from alignments imported from
2569             Jalview/VAMSAS projects</li>
2570           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2571             float values</li>
2572           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2573             have 'display all symbols' flag set</li>
2574           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2575             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2576           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2577             Jalview</li>
2578           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2579             Lion/Webstart</li>
2580           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2581           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2582           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2583             alignment onto desktop</li>
2584           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2585             'extract scores' function</li>
2586           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2587             alignment window</li>
2588           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2589             performing IUPred disorder prediction</li>
2590           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2591             changing 'normalise logo' display setting</li>
2592           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2593             nothing matches query</li>
2594           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2595             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2596           </li>
2597           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2598             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2599           </li>
2600           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2601             Jalview's menu</li>
2602           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2603             'invalid literal/length code'</li>
2604           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2605             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2606           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2607             colourscheme</li>
2608
2609         </ul> <em>Applet</em>
2610         <ul>
2611           <li>Remove group option is shown even when selection is
2612             not a group</li>
2613           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2614             don't affect groups</li>
2615           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2616             colourscheme name</li>
2617           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2618             Annotation panel is not displayed</li>
2619           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2620             embedded windows</li>
2621         </ul> <em>Other</em>
2622         <ul>
2623           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2624             single sequence were not calculated</li>
2625           <li>annotation files that contain only groups imported as
2626             annotation and junk sequences</li>
2627           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2628             recognised as PFAM or BLC</li>
2629           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2630             doesn't affect background (2.8.0b1)
2631           <li></li>
2632           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2633           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2634             trailing gaps</li>
2635           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2636             registered correctly on import</li>
2637           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2638             certain alignments</li>
2639           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2640             existing annotation based 'use original colours'
2641             colourscheme loses original colours setting</li>
2642         </ul>
2643       </td>
2644     </tr>
2645     <tr>
2646       <td><div align="center">
2647           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2648             <em>30/1/2014</em></strong>
2649         </div></td>
2650       <td>
2651         <ul>
2652           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2653             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2654             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2655             open source project).
2656           </li>
2657           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2658           <li>Output in Stockholm format</li>
2659           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2660           <li>Export/import group and sequence associated line
2661             graph thresholds</li>
2662           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2663             ambiguity codes</li>
2664           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2665             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2666             works</li>
2667           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2668         </ul> <em>Other improvements</em>
2669         <ul>
2670           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2671           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2672             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2673           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2674             files</li>
2675           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2676           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2677             link but no description</li>
2678           <li>Select primary source when selecting authority in
2679             database fetcher GUI</li>
2680           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2681             Jalview</li>
2682           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2683         </ul>
2684       </td>
2685       <td>
2686         <ul>
2687           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2688             displayed</li>
2689           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2690             secondary structure annotation line</li>
2691           <li>Sequence database accessions not imported when
2692             fetching alignments from Rfam</li>
2693           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2694             identical IDs</li>
2695           <li>View all structures does not always superpose
2696             structures</li>
2697           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2698             reflect user or preset settings</li>
2699           <li>Null pointer exceptions for some services without
2700             presets or adjustable parameters</li>
2701           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2702             discover PDB xRefs</li>
2703           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2704             features with DAS</li>
2705           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2706             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2707           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2708             residue follows a gap</li>
2709           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2710             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2711           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2712             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2713           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2714             annotation already exists on alignment</li>
2715           <li>oninit javascript function should be called after
2716             initialisation completes</li>
2717           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2718             alignment window display</li>
2719           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2720           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2721             to annotation file</li>
2722           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2723             groups created</li>
2724           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2725             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2726           <li>Pressing return several times causes Number Format
2727             exceptions in keyboard mode</li>
2728           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2729             correct partitions for input data</li>
2730           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2731           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2732           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2733           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2734             mode</li>
2735           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2736             changes one row&#39;s threshold</li>
2737           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2738             doesn&#39;t open</li>
2739           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2740             quality histograms</li>
2741         </ul>
2742       </td>
2743     </tr>
2744     <tr>
2745       <td><div align="center">
2746           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2747         </div></td>
2748       <td><em>Application</em>
2749         <ul>
2750           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2751             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2752           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2753             preferences</li>
2754           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2755             in Jalview alignment window</li>
2756           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2757             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2758           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2759             RNA and ambiguity codes</li>
2760
2761           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2762           <li>Support fetching and database reference look up
2763             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2764             refs')</li>
2765           <li>Jalview project improvements
2766             <ul>
2767               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2768                 flag for annotation</li>
2769               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2770                 alignment</li>
2771               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2772                 Jalview project</li>
2773
2774             </ul>
2775           </li>
2776           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2777           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2778             running</li>
2779           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2780           <li>visual indication that web service results are still
2781             being retrieved from server</li>
2782           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2783             starts up for first time</li>
2784           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2785             services</li>
2786           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2787             client library</li>
2788           <li>Examples directory and Groovy library included in
2789             InstallAnywhere distribution</li>
2790         </ul> <em>Applet</em>
2791         <ul>
2792           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2793             visualization applet example</li>
2794         </ul> <em>General</em>
2795         <ul>
2796           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2797           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2798             defaults</li>
2799           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2800             calculation</li>
2801           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2802             matrices
2803           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2804             in HTML</li>
2805           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2806             structure contacts</li>
2807           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2808           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2809           <li>Parse sequence associated secondary structure
2810             information in Stockholm files</li>
2811           <li>HTML Export database accessions and annotation
2812             information presented in tooltip for sequences</li>
2813           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2814             style RNA alignment files</li>
2815           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2816             alignment</li>
2817           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2818             shade each sequence according to its associated alignment
2819             annotation</li>
2820           <li>New Jalview Logo</li>
2821         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2822         <ul>
2823           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2824           <li>New Website!</li>
2825         </ul></td>
2826       <td><em>Application</em>
2827         <ul>
2828           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2829             wsdbfetch REST service</li>
2830           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2831           <li>Filetype associations not installed for webstart
2832             launch</li>
2833           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2834             job execution in full once it is complete</li>
2835           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2836             uploaded via ali_file parameter</li>
2837           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2838           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2839           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2840             submitted for prediction</li>
2841           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2842             desktop window</li>
2843           <li>Putting fractional value into integer text box in
2844             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2845           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2846             windows 7</li>
2847           <li>View all structures fails with exception shown in
2848             structure view</li>
2849           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2850             escaped in a platform independent way</li>
2851           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2852             using proxy</li>
2853           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2854             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2855           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2856             failure when java web start temporary file caching is
2857             disabled</li>
2858           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2859             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2860           <li>Errors during processing of command line arguments
2861             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2862           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2863             DAS sources in sequence fetcher</li>
2864           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2865             dialog is shown</li>
2866           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2867           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2868           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2869           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2870             on OSX Mountain Lion</li>
2871           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2872             sequences with alignment annotation are pasted into the
2873             alignment</li>
2874           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2875             when loaded from Jalview project</li>
2876           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2877           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2878             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2879           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2880             associated with all views</li>
2881           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2882             annotation rows to new window</li>
2883         </ul> <em>Applet</em>
2884         <ul>
2885           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2886             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2887           <li>loading features via javascript API automatically
2888             enables feature display</li>
2889           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2890             work</li>
2891         </ul> <em>General</em>
2892         <ul>
2893           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2894           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2895             and then deselected</li>
2896           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2897           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2898             coloured with clustalx</li>
2899           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2900             exceptions and redraw errors</li>
2901           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2902             reconfigured view</li>
2903           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2904             colour</li>
2905           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2906             for lots of labels</li>
2907         </ul>
2908     </tr>
2909     <tr>
2910       <td>
2911         <div align="center">
2912           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2913         </div>
2914       </td>
2915       <td><em>Application</em>
2916         <ul>
2917           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2918           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2919           <li>View/alignment association menu to enable user to
2920             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2921             its colours/correspondences from</li>
2922           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2923           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2924             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2925           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2926           <li>Annotation row column label formatting attributes
2927             stored in project file</li>
2928           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2929             rows preserved in Jalview project file</li>
2930           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2931             saved using Desktop window menu</li>
2932           <li>Visual indication that command line arguments are
2933             still being processed</li>
2934           <li>Groovy script execution from URL</li>
2935           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2936             preferences</li>
2937           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2938             alignment with sequences that have high similarity and
2939             matching IDs</li>
2940           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2941           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2942             structures in same window</li>
2943           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2944           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2945             analysis function in its own submenu</li>
2946         </ul> <em>Applet</em>
2947         <ul>
2948           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2949             groups</li>
2950           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2951           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2952           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2953           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2954           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2955             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2956           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2957           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2958             parameters are treated as such</li>
2959           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2960             <ul>
2961               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2962               <li>Javascript callbacks for
2963                 <ul>
2964                   <li>Applet initialisation</li>
2965                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2966                 </ul>
2967               </li>
2968               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2969                 functions</li>
2970               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2971               <li>javascript structure viewer harness to pass
2972                 messages between Jmol and Jalview when running as
2973                 distinct applets</li>
2974               <li>sortBy method</li>
2975               <li>Set of applet and application examples shipped
2976                 with documentation</li>
2977               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2978                 javascript message exchange</li>
2979             </ul>
2980         </ul> <em>General</em>
2981         <ul>
2982           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2983             multiple alignments</li>
2984           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2985           <li>User configurable link to enable redirects to a
2986             www.Jalview.org mirror</li>
2987           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2988           <li>Configurable newline string when writing alignment
2989             and other flat files</li>
2990           <li>Allow alignment annotation description lines to
2991             contain html tags</li>
2992         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2993         <ul>
2994           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2995             examples</li>
2996           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2997             using a web service before displaying the result in the
2998             Jalview desktop</li>
2999           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3000           <li>Ant target to publish example html files with applet
3001             archive</li>
3002           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3003           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3004         </ul></td>
3005       <td><em>Application</em>
3006         <ul>
3007           <li>User defined colourscheme throws exception when
3008             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3009           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3010             dialog for valid filename/format</li>
3011           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3012           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3013             P37173</li>
3014           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3015             which sequence is to be associated with the file</li>
3016           <li>Find All raises null pointer exception when query
3017             only matches sequence IDs</li>
3018           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3019           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3020             2.4 cannot be loaded</li>
3021           <li>Filetype associations not installed for webstart
3022             launch</li>
3023           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3024             with sequences in different alignments do not get coloured
3025             by their associated sequence</li>
3026           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3027             not preserved when project is loaded</li>
3028           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3029             stored in Jalview project</li>
3030           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3031             Jalview project</li>
3032           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3033           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3034             by conservation</li>
3035           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3036             created on new view</li>
3037           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3038             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3039           <li>Alignment quality not updated after alignment
3040             annotation row is hidden then shown</li>
3041           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3042             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3043           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3044             properly</li>
3045           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3046             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3047           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3048           <li>Structures imported from file and saved in project
3049             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3050           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3051             job execution in full once it is complete</li>
3052         </ul> <em>Applet</em>
3053         <ul>
3054           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3055             annotation rows are displayed</li>
3056           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3057             codebase</li>
3058           <li>View follows highlighting does not work for positions
3059             in sequences</li>
3060           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3061           <li>Export features raises exception when no features
3062             exist</li>
3063           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3064             for javascript api is modified when separator string
3065             provided as parameter</li>
3066           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3067             alignment with no existing selection</li>
3068           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3069             to applet&#39;s codebase</li>
3070           <li>Status bar not updated after finished searching and
3071             search wraps around to first result</li>
3072           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3073             several Jalview applets causes race conditions and memory
3074             leaks</li>
3075           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3076             not sent from Jmol in applet</li>
3077           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3078             applet API fatally hang browser</li>
3079         </ul> <em>General</em>
3080         <ul>
3081           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3082             position with wrapped view and hidden regions</li>
3083           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3084             with/without hidden columns</li>
3085           <li>Sequence length given in alignment properties window
3086             is off by 1</li>
3087           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3088             import PDB like structure files</li>
3089           <li>Positional search results are only highlighted
3090             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3091           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3092           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3093             given sequence position</li>
3094           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3095             output</li>
3096           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3097             from nucleotide chains correctly</li>
3098           <li>Structure colours not updated when tree partition
3099             changed in alignment</li>
3100           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3101             parsed in interleaved stockholm</li>
3102           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3103             state</li>
3104           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3105             properly</li>
3106           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3107             properly associated with their pdb files</li>
3108         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3109         <ul>
3110           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3111             ApplyCopyright tool</li>
3112         </ul></td>
3113     </tr>
3114     <tr>
3115       <td>
3116         <div align="center">
3117           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3118         </div>
3119       </td>
3120       <td><em>Application</em>
3121         <ul>
3122           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3123             contact web services</li>
3124           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3125             service job window</li>
3126           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3127         </ul></td>
3128       <td>
3129         <ul>
3130           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3131             pir file emitted by Jalview</li>
3132           <li>Existing feature settings transferred to new
3133             alignment view created from cut'n'paste</li>
3134           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3135             parsing PDB files</li>
3136           <li>Consensus and conservation annotation rows
3137             occasionally become blank for all new windows</li>
3138           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3139             in wrapped view mode</li>
3140         </ul> <em>Application</em>
3141         <ul>
3142           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3143             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3144           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3145             parameter names</li>
3146           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3147             is down</li>
3148         </ul>
3149       </td>
3150     </tr>
3151     <tr>
3152       <td>
3153         <div align="center">
3154           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3155         </div>
3156       </td>
3157       <td><em>Application</em>
3158         <ul>
3159           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3160             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3161             (JABAWS)
3162           </li>
3163           <li>Web Services preference tab</li>
3164           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3165             preferences</li>
3166           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3167           <li>Superpose structures using associated sequence
3168             alignment</li>
3169           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3170             viewer</li>
3171         </ul> <em>Applet</em>
3172         <ul>
3173           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3174             link out mechanism</li>
3175         </ul> <em>Other</em>
3176         <ul>
3177           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3178             series 12</li>
3179           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3180             require Java 1.5</li>
3181           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3182             sequence annotation files</li>
3183           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3184             type colour specification</li>
3185           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3186             script to check if it being run in an interactive session or
3187             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3188         </ul></td>
3189       <td>
3190         <ul>
3191           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3192             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3193         </ul> <em>Application</em>
3194         <ul>
3195           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3196             selected Regions menu item</li>
3197           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3198             part of a valid accession ID</li>
3199           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3200             runs out of memory</li>
3201           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3202             analysis results</li>
3203           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3204             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3205           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3206         </ul> <em>Applet</em>
3207         <ul>
3208           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3209             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3210             defined.</li>
3211         </ul>
3212       </td>
3213     </tr>
3214     <tr>
3215       <td>
3216         <div align="center">
3217           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3218         </div>
3219       </td>
3220       <td></td>
3221       <td>
3222         <ul>
3223           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3224             sequence IDs</li>
3225           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3226             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3227           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3228             import correctly</li>
3229           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3230             number of columns are hidden</li>
3231           <li>annotation label popup menu not providing correct
3232             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3233             present</li>
3234           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3235             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3236           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3237             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3238
3239         </ul> <em>Applet</em>
3240         <ul>
3241           <li>annotation panel disappears when annotation is
3242             hidden/removed</li>
3243         </ul> <em>Application</em>
3244         <ul>
3245           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3246             alignment opened where annotation panel is visible but no
3247             annotations are present on alignment</li>
3248           <li>pasted region containing hidden columns is
3249             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3250           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3251             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3252           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3253             selected Rregions menu item.</li>
3254           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3255             'Un' or 'Non'conserved</li>
3256           <li>Sequence feature settings are being shared by
3257             multiple distinct alignments</li>
3258           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3259             changed</li>
3260           <li>double click on group annotation to select sequences
3261             does not propagate to associated trees</li>
3262           <li>Mac OSX specific issues:
3263             <ul>
3264               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3265                 window background</li>
3266               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3267                 name set correctly</li>
3268               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3269                 save feature colourscheme button</li>
3270             </ul>
3271           </li>
3272         </ul>
3273       </td>
3274     </tr>
3275     <tr>
3276
3277       <td>
3278         <div align="center">
3279           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3280         </div>
3281       </td>
3282       <td><em>New Capabilities</em>
3283         <ul>
3284           <li>URL links generated from description line for
3285             regular-expression based URL links (applet and application)
3286
3287           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3288             menu</li>
3289           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3290             structures</li>
3291           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3292             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3293           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3294             average score or total feature count for each sequence.</li>
3295           <li>Shading features by score or associated description</li>
3296           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3297             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3298           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3299             hide everything but the currently selected region.</li>
3300           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3301         </ul> <em>Application</em>
3302         <ul>
3303           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3304             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3305           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3306             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3307           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3308             database references and protein_name is parsed as
3309             description line (BioSapiens terms).</li>
3310           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3311             references in sequence ID tooltip from View menu in
3312             application.</li>
3313           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3314       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3315           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3316             conservation plots</li>
3317           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3318             and visualized as sequence logos</li>
3319           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3320             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3321           </li>
3322           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3323             when a new tree is opened.</li>
3324           <li>Jalview Java Console</li>
3325           <li>Better placement of desktop window when moving
3326             between different screens.</li>
3327           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3328             consensus annotation</li>
3329           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3330             Workflows</li>
3331           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3332             <ul>
3333               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3334                 used to preserve views, structures, and tree display
3335                 settings)</li>
3336               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3337                 command line</li>
3338               <li>Sharing of selected regions between views and
3339                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3340               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3341             </ul></li>
3342         </ul> <em>Applet</em>
3343         <ul>
3344           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3345           <li>New Parameters
3346             <ul>
3347               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3348                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3349                 opened.</li>
3350               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3351                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3352               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3353                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3354               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3355                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3356                 view</li>
3357               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3358                 increase the height or width of a cell in the alignment
3359                 grid relative to the current font size.</li>
3360             </ul>
3361           </li>
3362           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3363             tooltip</li>
3364         </ul> <em>Other</em>
3365         <ul>
3366           <li>Features format: graduated colour definitions and
3367             specification of feature scores</li>
3368           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3369             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3370             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3371           <li>XML formats extended to support graduated feature
3372             colourschemes, group associated annotation, and profile
3373             visualization settings.</li></td>
3374       <td>
3375         <ul>
3376           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3377             rather than description</li>
3378           <li>Non-positional features are now included in sequence
3379             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3380             visibility in tooltip).</li>
3381           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3382           <li>Added URL embedding instructions to features file
3383             documentation.</li>
3384           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3385             'X' in peptide product</li>
3386           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3387             sequence ID and sequence string and query strings do not
3388             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3389           <li>AMSA files only contain first column of
3390             multi-character column annotation labels</li>
3391           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3392             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3393             exported and re-imported)</li>
3394           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3395             name</li>
3396           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3397             as subsequence matches, and correctly reports total number
3398             of both.</li>
3399           <li>Application:
3400             <ul>
3401               <li>Better handling of exceptions during sequence
3402                 retrieval</li>
3403               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3404                 link text excludes the start_end suffix</li>
3405               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3406                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3407               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3408               <li>Sequence description lines properly shared via
3409                 VAMSAS</li>
3410               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3411                 data sources</li>
3412               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3413                 completes before alignment figures are generated.</li>
3414               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3415                 first time.</li>
3416               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3417                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3418               <li>User defined group colours properly recovered
3419                 from Jalview projects.</li>
3420             </ul>
3421           </li>
3422         </ul>
3423       </td>
3424
3425     </tr>
3426     <tr>
3427       <td>
3428         <div align="center">
3429           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3430         </div>
3431       </td>
3432       <td>
3433         <ul>
3434           <li>Experimental support for google analytics usage
3435             tracking.</li>
3436           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3437         </ul>
3438       </td>
3439       <td>
3440         <ul>
3441           <li>Race condition in applet preventing startup in
3442             jre1.6.0u12+.</li>
3443           <li>Exception when feature created from selection beyond
3444             length of sequence.</li>
3445           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3446           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3447             all sequences with a given id</li>
3448           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3449             ID string searches</li>
3450           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3451             alignment to fail with exception</li>
3452         </ul> <em>Application Issues</em>
3453         <ul>
3454           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3455           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3456             data sources</li>
3457         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3458         <ul>
3459           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3460             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3461           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3462             version (java class versioning error fixed)</li>
3463         </ul>
3464       </td>
3465     </tr>
3466     <tr>
3467       <td>
3468
3469         <div align="center">
3470           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3471         </div>
3472       </td>
3473       <td><em>User Interface</em>
3474         <ul>
3475           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3476             translation and protein products</li>
3477           <li>Linked highlighting of structure associated with
3478             residue mapping to codon position</li>
3479           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3480             and 'clear' button</li>
3481           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3482             Tools menu</li>
3483           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3484             numeric data in description line</li>
3485           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3486           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3487             of sequence</li>
3488         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3489         <ul>
3490           <li>JPred3 web service</li>
3491           <li>Prototype sequence search client (no public services
3492             available yet)</li>
3493           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3494             PFAM</li>
3495           <li>URL Links created for matching database cross
3496             references as well as sequence ID</li>
3497           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3498         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3499         <ul>
3500           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3501             databases</li>
3502           <li>Generalised database reference retrieval and
3503             validation to all fetchable databases</li>
3504           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3505             sequence command</li>
3506         </ul> <em>Import and Export</em>
3507         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3508         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3509           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3510         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3511           File</li>
3512         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3513           triplet as name of colourscheme</li>
3514         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3515         <ul>
3516           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3517           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3518             alignments (experimental)</li>
3519           <li>Create new or select existing session to join</li>
3520           <li>load and save of vamsas documents</li>
3521         </ul> <em>Application command line</em>
3522         <ul>
3523           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3524             from applet)</li>
3525           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3526             of DAS servers to query for alignment features</li>
3527           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3528             that are also automatically queried for features</li>
3529           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3530             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3531         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3532         <ul>
3533           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3534             application (when using &quot;View in full
3535             application&quot;)</li>
3536         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3537         <ul>
3538           <li>feature group display control parameter</li>
3539           <li>debug parameter</li>
3540           <li>showbutton parameter</li>
3541         </ul> <em>Applet API methods</em>
3542         <ul>
3543           <li>newView public method</li>
3544           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3545           <li>Feature display control methods</li>
3546           <li>get list of currently selected sequences</li>
3547         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3548         <ul>
3549           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3550           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3551             Jalview release.</li>
3552           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3553             property controls execution of obfuscator</li>
3554           <li>Build target for generating source distribution</li>
3555           <li>Debug flag for javacc</li>
3556           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3557             jalview.bin.Cache</li>
3558           <li>Continuous Build Integration for stable and
3559             development version of Application, Applet and source
3560             distribution</li>
3561         </ul></td>
3562       <td>
3563         <ul>
3564           <li>selected region output includes visible annotations
3565             (for certain formats)</li>
3566           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3567             for editing</li>
3568           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3569           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3570           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3571           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3572             comments</li>
3573           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3574             filenames containing a ':'</li>
3575           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3576             global sequence features</li>
3577           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3578             references from alignment sequences goes to zero</li>
3579           <li>Close of tree branch colour box without colour
3580             selection causes cascading exceptions</li>
3581           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3582           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3583             file parsing fails.</li>
3584           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3585           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3586             not a valid output format</li>
3587           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3588             vamsas</li>
3589           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3590           <li>error messages passed up and output when data read
3591             fails</li>
3592           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3593             sequence is edited</li>
3594           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3595             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3596           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3597             filetype</li>
3598           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3599             import fixed for PFAM records</li>
3600           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3601             window list</li>
3602           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3603             can be read and written correctly to annotation file</li>
3604           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3605             correctly</li>
3606           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3607             non-italic font for representatives in Applet</li>
3608           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3609             Macs.</li>
3610           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3611             Applet)</li>
3612           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3613             due to null pointer exceptions</li>
3614           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3615             first column of alignment</li>
3616           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3617             July 2008</li>
3618           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3619             file is case-insensitive</li>
3620           <li>Sequence features read from Features file appended to
3621             all sequences with matching IDs</li>
3622           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3623             containing a sub-sequence</li>
3624           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3625           <li>feature and annotation file applet parameters
3626             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3627           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3628           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3629             splash-screen version check to complete</li>
3630           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3631             when passing them to the launchApp service</li>
3632           <li>display name and local features preserved in results
3633             retrieved from web service</li>
3634           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3635             sequence fetcher initialisation</li>
3636           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3637             dasobert DAS client</li>
3638           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3639             association</li>
3640           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3641             sequences
3642           </li>
3643         </ul>
3644       </td>
3645     </tr>
3646     <tr>
3647       <td>
3648         <div align="center">
3649           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3650         </div>
3651       </td>
3652       <td>
3653         <ul>
3654           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3655           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3656           <li>Slide sequences</li>
3657           <li>Edit sequence in place</li>
3658           <li>EMBL CDS features</li>
3659           <li>DAS Feature mapping</li>
3660           <li>Feature ordering</li>
3661           <li>Alignment Properties</li>
3662           <li>Annotation Scores</li>
3663           <li>Sort by scores</li>
3664           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3665         </ul>
3666       </td>
3667       <td>
3668         <ul>
3669           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3670           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3671           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3672           <li>Feature group display state in XML</li>
3673           <li>Feature ordering in XML</li>
3674           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3675           <li>Stockholm alignment properties</li>
3676           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3677           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3678           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3679           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3680         </ul>
3681       </td>
3682
3683     </tr>
3684     <tr>
3685       <td>
3686         <div align="center">
3687           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3688         </div>
3689       </td>
3690       <td>
3691         <ul>
3692           <li>Non standard characters can be read and displayed
3693           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3694             applet via textbox
3695           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3696             name &amp; description
3697           <li>Preference setting to display sequence name in
3698             italics
3699           <li>Annotation file format extended to allow
3700             Sequence_groups to be defined
3701           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3702             specified in preferences
3703           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3704             sequences
3705         </ul>
3706       </td>
3707       <td>
3708         <ul>
3709           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3710             installed
3711           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3712           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3713         </ul>
3714       </td>
3715     </tr>
3716     <tr>
3717       <td>
3718         <div align="center">
3719           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3720         </div>
3721       </td>
3722       <td>
3723         <ul>
3724           <li>Multiple views on alignment
3725           <li>Sequence feature editing
3726           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3727           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3728           <li>Background dependent text colour
3729           <li>Right align sequence ids
3730           <li>User-defined lower case residue colours
3731           <li>Format Menu
3732           <li>Select Menu
3733           <li>Menu item accelerator keys
3734           <li>Control-V pastes to current alignment
3735           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3736           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3737           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3738
3739           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3740         </ul>
3741       </td>
3742       <td>
3743         <ul>
3744           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3745           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3746             calculations
3747           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3748             edits
3749           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3750             of alignment)
3751           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3752
3753           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3754             display correctly
3755           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3756           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3757             analysis results
3758           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3759             &#8739;
3760           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3761           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3762           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3763
3764         </ul>
3765       </td>
3766     </tr>
3767     <tr>
3768       <td>
3769         <div align="center">
3770           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3771         </div>
3772       </td>
3773       <td>
3774         <ul>
3775           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3776         </ul>
3777       </td>
3778       <td>
3779         <ul>
3780           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3781             sequence id panel has been resized</li>
3782           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3783             rendered</li>
3784           <li>Annotation files with sequence references - all
3785             elements in file are relative to sequence position</li>
3786           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3787         </ul>
3788       </td>
3789     </tr>
3790     <tr>
3791       <td>
3792         <div align="center">
3793           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3794         </div>
3795       </td>
3796       <td>
3797         <ul>
3798           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3799           <li>DAS Feature fetching</li>
3800           <li>Hide sequences and columns</li>
3801           <li>Export Annotations and Features</li>
3802           <li>GFF file reading / writing</li>
3803           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3804             files</li>
3805           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3806           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3807           <li>Applet can launch the full application</li>
3808           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3809             required)</li>
3810           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3811           <li>Applet can load sequences from parameter
3812             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3813           </li>
3814         </ul>
3815       </td>
3816       <td>
3817         <ul>
3818           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3819           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3820           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3821         </ul>
3822       </td>
3823     </tr>
3824     <tr>
3825       <td>
3826         <div align="center">
3827           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3828         </div>
3829       </td>
3830       <td>
3831         <ul>
3832           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3833           <li>Choose to match case when searching</li>
3834           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3835             expand the visible width and height of the alignment</li>
3836         </ul>
3837       </td>
3838       <td>
3839         <ul>
3840           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3841         </ul>
3842       </td>
3843     </tr>
3844     <tr>
3845       <td>
3846         <div align="center">
3847           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3848         </div>
3849       </td>
3850       <td>&nbsp;</td>
3851       <td>
3852         <ul>
3853           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3854           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3855             value</li>
3856         </ul>
3857       </td>
3858     </tr>
3859     <tr>
3860       <td>
3861         <div align="center">
3862           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3863         </div>
3864       </td>
3865       <td>
3866         <ul>
3867           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3868           <li>Keyboard editing</li>
3869           <li>Create sequence features from searches</li>
3870           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3871             alignments</li>
3872           <li>Features file allows grouping of features</li>
3873           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3874           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3875           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3876         </ul>
3877       </td>
3878       <td>
3879         <ul>
3880           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3881           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3882             descriptions saved.</li>
3883         </ul>
3884       </td>
3885     </tr>
3886     <tr>
3887       <td>
3888         <div align="center">
3889           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3890         </div>
3891       </td>
3892       <td>
3893         <ul>
3894           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3895           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3896           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3897             name for file output</li>
3898           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3899           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3900             used for HTML form input</li>
3901         </ul>
3902       </td>
3903       <td>
3904         <ul>
3905           <li>HTML output writes groups and features</li>
3906           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3907           <li>File IO bugs</li>
3908         </ul>
3909       </td>
3910     </tr>
3911     <tr>
3912       <td>
3913         <div align="center">
3914           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3915         </div>
3916       </td>
3917       <td>
3918         <ul>
3919           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3920           <li>More options for PCA viewer</li>
3921         </ul>
3922       </td>
3923       <td>
3924         <ul>
3925           <li>GUI bugs resolved</li>
3926           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3927         </ul>
3928       </td>
3929     </tr>
3930     <tr>
3931       <td height="63">
3932         <div align="center">
3933           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3934         </div>
3935       </td>
3936       <td>
3937         <ul>
3938           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3939           <li>Jar files are executable</li>
3940           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3941         </ul>
3942       </td>
3943       <td>
3944         <ul>
3945           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3946           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3947           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3948         </ul>
3949       </td>
3950     </tr>
3951     <tr>
3952       <td>
3953         <div align="center">
3954           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3955         </div>
3956       </td>
3957       <td>
3958         <ul>
3959           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3960         </ul>
3961       </td>
3962       <td>
3963         <ul>
3964           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3965         </ul>
3966       </td>
3967     </tr>
3968     <tr>
3969       <td>
3970         <div align="center">
3971           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3972         </div>
3973       </td>
3974       <td>
3975         <ul>
3976           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3977             size</li>
3978         </ul>
3979       </td>
3980       <td>
3981         <ul>
3982           <li>Improved JPred client reliability</li>
3983           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3984         </ul>
3985       </td>
3986     </tr>
3987     <tr>
3988       <td>
3989         <div align="center">
3990           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3991         </div>
3992       </td>
3993       <td>
3994         <ul>
3995           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3996           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3997           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3998             to Colour Menu</li>
3999           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4000           <li>Unix users can set default web browser</li>
4001           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4002           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4003         </ul>
4004       </td>
4005       <td>
4006         <ul>
4007           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4008         </ul>
4009       </td>
4010     </tr>
4011     <tr>
4012       <td>
4013         <div align="center">
4014           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4015         </div>
4016       </td>
4017       <td>&nbsp;</td>
4018       <td>
4019         <ul>
4020           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4021             alignment order.</li>
4022         </ul>
4023       </td>
4024     </tr>
4025     <tr>
4026       <td>
4027         <div align="center">
4028           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4029         </div>
4030       </td>
4031       <td>
4032         <ul>
4033           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4034           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4035           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4036             annotations.</li>
4037           <li>Version and build date written to build properties
4038             file.</li>
4039           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4040             at launch of Jalview.</li>
4041         </ul>
4042       </td>
4043       <td>
4044         <ul>
4045           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4046           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4047           <li>Can remove groups one by one.</li>
4048           <li>Filechooser icons installed.</li>
4049           <li>Finder ignores return character when searching.
4050             Return key will initiate a search.<br>
4051           </li>
4052         </ul>
4053       </td>
4054     </tr>
4055     <tr>
4056       <td>
4057         <div align="center">
4058           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4059         </div>
4060       </td>
4061       <td>
4062         <ul>
4063           <li>New codebase</li>
4064         </ul>
4065       </td>
4066       <td>&nbsp;</td>
4067     </tr>
4068   </table>
4069   <p>&nbsp;</p>
4070 </body>
4071 </html>