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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
  51             <em>25/10/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><em>Application</em>
  55         <ul>
  56           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures' view if structures already loaded</li>
  57           <li>Progress bar reports models as they are loaded to structure views</li>
  58         </ul></td>
  59       <td>
  60         <div align="left">
  61           <em>General</em>
  62           <ul>
  63             <li>Colour by conservation always enabled and no tick shown in menu when PID shading applied</li>
  64           </ul>
  65           <em>Application</em>
  66           <ul>
  67             <li>Jalview projects with views of local PDB structure files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
  68             <li>Multiple structure views can be opened and superposed without timeout for structures with multiple models or multiple sequences in alignment</li>
  69             <li>Cannot import or associated local PDB files without a PDB ID HEADER line</li>
  70             <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition is performed</li>
  71             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and OSX versions earlier than El Capitan</li>
  72             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
  73             <li>Exceptions are not raised in console when ENA client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI option</li>
  74             <li>Exceptions are not raised in console when a new view is created on the alignment</li>
  75           </ul>
  76           <em>New Known Issues</em>
  77           <ul><li>Drag and drop from URL links in browsers do not work on Windows</li></ul>
  78           <em>Build and deployment</em>
  79           <ul><li>URL link checker now copes with multi-line anchor tags</li></ul>
  80         </div>
  81       </td>
  82     </tr>
  83     <tr>
  84       <td width="60" nowrap>
  85         <div align="center">
  86           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
  87         </div>
  88       </td>
  89       <td><em>General</em>
  90         <ul>
  91           <li>
  92           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
  96             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
  97             better PDB parsing.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 101             reference sequence
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 105             mousing over sequence associated annotation
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 109             for manual entry
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 113             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 114             for each column
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 118             showing or hiding columns containing a feature
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 122             group and sequence associated annotation labels
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 126             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 127             dialogs
 128           </li>
 129
 130         </ul> <em>Application</em>
 131         <ul>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 134             gene/transcript view
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 138             dialog
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 142             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 146             Pfam sources to xfam.org
 147           </li>
 148           <li>
 149             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 153             over sequences in Jalview
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 157             regions in ENA and EMBL
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 161             for record retrieval via ENA rest API
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 165             complement operator
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 169             groovy script execution
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 173             alignment window's Calculate menu
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 177             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 181             calculation workers from groovy scripts
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 185             Jalview projects
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 189             associations are now saved/restored from project
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 193             before sequence fetcher is opened
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 197             database chooser opens a sequence fetcher
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 201             the UniProt REST API
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 205             the news reader opening
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 209             querying stored in preferences
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 213             search results
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 220             menu for nucleotide sequences
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 224             and feature counts preserves alignment ordering (and
 225             debugged for complex feature sets).
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 229             viewing structures with Jalview 2.10
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 233             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 234             Ensembl Genomes REST API
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 238             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 239             (Ensembl)
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 243             sequences
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 247             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 248             data from external database records.
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 252             efficient recovery of sequence coding and alignment
 253             annotation relationships.
 254           </li>
 255         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 256         <ul>
 257           <li>
 258             -- JAL---
 259           </li>
 260         </ul> --></td>
 261       <td>
 262         <div align="left">
 263           <em>General</em>
 264           <ul>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 267               menu on OSX
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 271               includes graduated colourschemes
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 275               working with big alignments and lots of hidden columns
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 279               at right of alignment window
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 283               contents
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 287               for DNA alignments
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 291               based tree calculation
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 295               unconserved enabled for group on alignment
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 299               set as reference
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 303               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 304               annotation
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 308               hidden columns present
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 312               user created annotation added to alignment
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 316               '()' base pair annotation
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 320               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 321               Consensus
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 325               feature not working
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 329               beginning of sequence
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 333               entry 3a6s
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 337               from a tree when t-coffee scores are shown
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 341               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 345               some structures
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 349               to Clustal, PIR and PileUp output
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 353               not visible causes alignment window to repaint
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 357               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 358               scores associated with features and annotation rows
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 362               calculation should be case independent
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 366               columns
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 370               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 371               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 375               problems when reference sequence defined and 'show
 376               non-conserved' enabled
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 380               load even when Consensus calculation is disabled
 381             </li>
 382           </ul>
 383           <em>Application</em>
 384           <ul>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 387               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 388               yet fixed for El Capitan)
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 392               output when running on non-gb/us i18n platforms
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 396               hidden sequences as flat-file alignment
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 400               launching Chimera
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 404               (also hotfix for 2.9.0b2)
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 408               reference sequence defined
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 412               alignments and views when revealing hidden columns
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 416               view in a cDNA/Protein splitframe
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 420               sequence from project when only one sequence is
 421               represented
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 425               in Structure Chooser
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 429               structure consensus didn't refresh annotation panel
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 433               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 437               dialogs format columns correctly, don't display array
 438               data, sort columns according to type
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 442               file chooser is cancelled during an image export
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 446               sequence name containing special characters
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 450               case insensitive
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 454               formatting don't wrap
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 458               truncated so L looks like I in consensus annotation
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 462               currently displayed features for the current selection or
 463               view
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 467               after fetching cross-references, and restoring from project
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 471               followed in the structure viewer
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 475               splitframe not restored from project
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 479               trailing end of protein alignment in transcript/product
 480               splitview when pad-gaps not enabled by default
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 484               is case dependent
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 488               article has been read (reopened issue due to
 489               internationalisation problems)
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 493               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 494               cross-references
 495             </li>
 496
 497             <li>
 498               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 499               alignment as HTML
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 503               multiple structures are shown for one or more sequences.
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 507               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 508               is enabled.
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 512               specific PDB id for sequence
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 516               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 517               columns' is disabled.
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 521               selects lowest rather than highest resolution structures
 522               for each sequence
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 526               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 527             </li>
 528             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 529             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 530           </ul>
 531           <em>Applet</em>
 532           <ul>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 535               hidden columns present before start of sequence
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 539               (JSON jars)
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 543               sequences are hidden in applet
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 547               deployment on examples pages.
 548             </li>
 549           </ul>
 550         </div>
 551       </td>
 552     </tr>
 553     <tr>
 554       <td width="60" nowrap>
 555         <div align="center">
 556           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 557             <em>16/10/2015</em></strong>
 558         </div>
 559       </td>
 560       <td><em>General</em>
 561         <ul>
 562           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 563             jars</li>
 564         </ul></td>
 565       <td>
 566         <div align="left">
 567           <em>Application</em>
 568           <ul>
 569             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 570               shown when tree is partitioned</li>
 571             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 572               multiple cDNA/Protein split views</li>
 573           </ul>
 574         </div>
 575       </td>
 576     </tr>
 577     <tr>
 578       <td width="60" nowrap>
 579         <div align="center">
 580           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 581             <em>8/10/2015</em></strong>
 582         </div>
 583       </td>
 584       <td><em>General</em>
 585         <ul>
 586           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 587             2.9</li>
 588         </ul> <em>Application</em>
 589         <ul>
 590           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 591           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 592           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 593         </ul> <em>Applet</em>
 594         <ul>
 595           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 596         </ul></td>
 597       <td>
 598         <div align="left">
 599           <em>General</em>
 600           <ul>
 601             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 602               incorrect when sequence start > 1</li>
 603             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 604               documentation</li>
 605             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 606             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 607               loading a features file containing HTML tags in feature
 608               description</li>
 609
 610           </ul>
 611           <em>Application</em>
 612           <ul>
 613             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 614               reimport</li>
 615             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 616               with 'trim retrieved sequences'</li>
 617             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 618               deleting selected columns</li>
 619             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 620               JNLP templates for webstart launch</li>
 621             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 622               unreleased structures for download or viewing</li>
 623             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 624               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 625             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 626               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 627             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 628               recovered from jalview project</li>
 629             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 630               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 631               alignment view</li>
 632             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 633               color schemes from BioJSON</li>
 634           </ul>
 635           <em>Applet</em>
 636           <ul>
 637             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 638               frame</li>
 639             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 640           </ul>
 641         </div>
 642       </td>
 643     </tr>
 644     <tr>
 645       <td><div align="center">
 646           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 647         </div></td>
 648       <td><em>General</em>
 649         <ul>
 650           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 651             alignments:
 652             <ul>
 653               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 654                 and DNA alignment views</li>
 655               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 656                 cDNA alignment views</li>
 657               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 658                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 659               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 660                 protein sequences</li>
 661             </ul>
 662           </li>
 663           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 664           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 665             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 666           <li>New alignment annotation file statements for
 667             reference sequences and marking hidden columns</li>
 668           <li>Reference sequence based alignment shading to
 669             highlight variation</li>
 670           <li>Select or hide columns according to alignment
 671             annotation</li>
 672           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 673           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 674             acid conservation row</li>
 675           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 676         </ul> <em>Application</em>
 677         <ul>
 678           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 679             <ul>
 680               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 681                 view with cDNA/Protein</li>
 682               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 683                 sequences are placed in the same alignment</li>
 684               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 685                 projects</li>
 686             </ul>
 687           </li>
 688
 689           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 690           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 691             Jalview windows</li>
 692
 693           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 694           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 695           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 696             be shown in VARNA</li>
 697
 698           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 699             as the active selected region</li>
 700
 701           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 702             similarity</li>
 703           <li>New Export options
 704             <ul>
 705               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 706                 region export in flat file generation</li>
 707
 708               <li>Export alignment views for display with the <a
 709                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 710
 711               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 712               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 713                 alignment figures to HTML</li>
 714           </li>
 715           <li>3D structure retrieval and display
 716             <ul>
 717               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 718                 Search API</li>
 719               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 720                 PDB structures for a sequence set</li>
 721             </ul>
 722           </li>
 723
 724           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 725             predictions</li>
 726           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 727             for one or a group of sequences</li>
 728           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 729             from the JPred4 web server</li>
 730           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 731             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 732             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 733           </li>
 734           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 735             VARNA 2D Structure'</li>
 736           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 737             Structure ..."</li>
 738
 739         </ul> <em>Applet</em>
 740         <ul>
 741           <li>New layout for applet example pages</li>
 742           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 743             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 744           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 745             Protein alignments</li>
 746         </ul> <em>Development and deployment</em>
 747         <ul>
 748           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 749           <li>Include installation type and git revision in build
 750             properties and console log output</li>
 751           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 752             storing BioJsMSA Templates</li>
 753           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 754         </ul></td>
 755       <td>
 756         <!-- <em>General</em>
 757         <ul>
 758         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 759         <ul>
 760           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 761           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 762           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 763             predictions are not highlighted in amber</li>
 764           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 765             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 766           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 767             associated structure views</li>
 768           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 769             width checkbox not enabled</li>
 770           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 771             creating user defined colours</li>
 772           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 773             mappings for just that viewer's sequences</li>
 774           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 775             multiple models in Chimera</li>
 776           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 777             over Jmol structure</li>
 778           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 779             output to text box</li>
 780           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 781             have incorrect sequence start/end</li>
 782           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 783             Jalview fails</li>
 784           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 785             work for nucleotide</li>
 786           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 787             to a grey/invisible alignment window</li>
 788           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 789             imports to different position</li>
 790           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 791             on some platforms</li>
 792           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 793             populated</li>
 794           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 795             console if Chimera has been opened</li>
 796           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 797           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 798             retrieved</li>
 799           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 800           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 801             either sequence shows on first structure</li>
 802           <li>'Show annotations' options should not make
 803             non-positional annotations visible</li>
 804           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 805             in right place after 'view flanking regions'</li>
 806           <li>File Save As type unset when current file format is
 807             unknown</li>
 808           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 809             projects</li>
 810           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 811             responsive</li>
 812           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 813             several views on same alignment</li>
 814           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 815           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 816             spaces</li>
 817         </ul> <em>Applet</em>
 818         <ul>
 819           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 820           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 821             descriptions containing angle brackets</li>
 822         </ul> <em>General</em>
 823         <ul>
 824           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 825             via jalview annotation file</li>
 826           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 827             with RNA secondary structure</li>
 828           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 829             translation doesn't work.</li>
 830           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 831           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 832             positions</li>
 833           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 834             choosing 1pt font</li>
 835           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 836             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 837             'h'</li>
 838           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 839             new feature</li>
 840           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 841             order dependent</li>
 842           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 843             sequences</li>
 844           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 845         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 846         <ul>
 847           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 848             www.jalview.org</li>
 849         </ul> <em>Application Known issues</em>
 850         <ul>
 851           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 852           <li>Misleading message appears after trying to delete
 853             solid column.</li>
 854           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 855             version launches</li>
 856           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 857             fails with a sequence mismatch</li>
 858           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 859             scrolling alignment to right</li>
 860           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 861             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 862           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 863             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 864           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 865             ultra-high resolution</li>
 866           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 867             quality and conservation</li>
 868           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 869             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 870         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 871         <ul>
 872           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 873           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 874             window is being resized</li>
 875
 876         </ul>
 877       </td>
 878     </tr>
 879     <tr>
 880       <td><div align="center">
 881           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 882         </div></td>
 883       <td><em>General</em>
 884         <ul>
 885           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 886             Certum.PL.</li>
 887           <li>Features and annotation preserved when performing
 888             pairwise alignment</li>
 889           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 890             imported/exported/displayed</li>
 891           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 892             protein secondary structure</li>
 893           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 894               post-hoc with 2.9 release</em>)
 895           </li>
 896
 897         </ul> <em>Application</em>
 898         <ul>
 899           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 900             with 3D structures</li>
 901           <li>Support for parsing RNAML</li>
 902           <li>Annotations menu for layout
 903             <ul>
 904               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 905               <li>place sequence annotation above/below alignment
 906                 annotation</li>
 907             </ul>
 908           <li>Output in Stockholm format</li>
 909           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 910             translation</li>
 911           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 912           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 913             shared between alignments</li>
 914           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 915             Jalview</li>
 916           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 917             all or current selection</li>
 918           <li>disorder and secondary structure predictions
 919             available as dataset annotation</li>
 920           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 921
 922
 923           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 924             alignments from Rfam</li>
 925           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 926
 927           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 928             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 929           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 930           <li>include installation type in build properties and
 931             console log output</li>
 932           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 933             annotation</li>
 934         </ul></td>
 935       <td>
 936         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 937         <ul>
 938           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 939             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 940           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 941             alignment</li>
 942           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 943           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 944           <li>Double click on sequence associated annotation
 945             selects only first column</li>
 946           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 947             leaves shown in tree</li>
 948           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 949             properly</li>
 950           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 951           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 952             screen and buttons not visible</li>
 953           <li>author list isn't updated if already written to
 954             Jalview properties</li>
 955           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 956             from database</li>
 957           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 958           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 959             browser search window</li>
 960           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 961             in feature settings dialog</li>
 962           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 963             desktop</li>
 964           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 965             pass validation</li>
 966           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 967             fit on screen</li>
 968           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 969             tooltip</li>
 970           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 971             defined user preset</li>
 972           <li>MSA web services warns user if they were launched
 973             with invalid input</li>
 974           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 975             Java 8</li>
 976           <li>
 977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 978             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 979             created
 980           </li>
 981
 982         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 983                                 <ul>
 984                                 </ul> <em>General</em>
 985                                 <ul>
 986                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 987         <ul>
 988           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 989             memory allocation</li>
 990           <li>launchApp service doesn't automatically open
 991             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 992           <li>
 993             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 994             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 995             1.7_055 is available
 996           </li>
 997         </ul> <em>Application Known issues</em>
 998         <ul>
 999           <li>
1000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1001             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1002             alignment to right
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1006             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1007             with large number of ID
1008           </li>
1009           <li>
1010             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1011             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1012             start/end
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1016             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1017             structure tracks are rearranged
1018           </li>
1019           <li>
1020             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1021             invalid rna structure positional highlighting does not
1022             highlight position of invalid base pairs
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1026             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1027             project from alignment window file menu
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1031             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1032             structures
1033           </li>
1034           <li>
1035             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1036             colour by RNA Helices not enabled when user created
1037             annotation added to alignment
1038           </li>
1039           <li>
1040             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1041             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1042           </li>
1043         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1044         <ul>
1045           <li>
1046             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1047             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1051             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1052           </li>
1053
1054           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1055             when selected</li>
1056         </ul>
1057       </td>
1058     </tr>
1059     <tr>
1060       <td><div align="center">
1061           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1062         </div></td>
1063       <td>
1064         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1065         <em>General</em>
1066         <ul>
1067           <li>Internationalisation of user interface (usually
1068             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1069           <li>Define/Undefine group on current selection with
1070             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1071           <li>Improved group creation/removal options in
1072             alignment/sequence Popup menu</li>
1073           <li>Sensible precision for symbol distribution
1074             percentages shown in logo tooltip.</li>
1075           <li>Annotation panel height set according to amount of
1076             annotation when alignment first opened</li>
1077         </ul> <em>Application</em>
1078         <ul>
1079           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1080             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1081           <li>Select columns containing particular features from
1082             Feature Settings dialog</li>
1083           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1084             sequences</li>
1085           <li>Update Jalview project format:
1086             <ul>
1087               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1088               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1089                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1090               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1091                 colouring</li>
1092             </ul>
1093           </li>
1094           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1095             (PAM250)</li>
1096           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1097             flanking regions for an alignment</li>
1098         </ul>
1099       </td>
1100       <td>
1101         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1102         <ul>
1103           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1104             running after job is cancelled</li>
1105           <li>cannot export features from alignments imported from
1106             Jalview/VAMSAS projects</li>
1107           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1108             float values</li>
1109           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1110             have 'display all symbols' flag set</li>
1111           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1112             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1113           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1114             Jalview</li>
1115           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1116             Lion/Webstart</li>
1117           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1118           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1119           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1120             alignment onto desktop</li>
1121           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1122             'extract scores' function</li>
1123           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1124             alignment window</li>
1125           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1126             performing IUPred disorder prediction</li>
1127           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1128             changing 'normalise logo' display setting</li>
1129           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1130             nothing matches query</li>
1131           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1132             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1133           </li>
1134           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1135             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1136           </li>
1137           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1138             Jalview's menu</li>
1139           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1140             'invalid literal/length code'</li>
1141           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1142             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1143           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1144             colourscheme</li>
1145
1146         </ul> <em>Applet</em>
1147         <ul>
1148           <li>Remove group option is shown even when selection is
1149             not a group</li>
1150           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1151             don't affect groups</li>
1152           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1153             colourscheme name</li>
1154           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1155             Annotation panel is not displayed</li>
1156           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1157             embedded windows</li>
1158         </ul> <em>Other</em>
1159         <ul>
1160           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1161             single sequence were not calculated</li>
1162           <li>annotation files that contain only groups imported as
1163             annotation and junk sequences</li>
1164           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1165             recognised as PFAM or BLC</li>
1166           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1167             doesn't affect background (2.8.0b1)
1168           <li></li>
1169           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1170           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1171             trailing gaps</li>
1172           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1173             registered correctly on import</li>
1174           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1175             certain alignments</li>
1176           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1177             existing annotation based 'use original colours'
1178             colourscheme loses original colours setting</li>
1179         </ul>
1180       </td>
1181     </tr>
1182     <tr>
1183       <td><div align="center">
1184           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1185             <em>30/1/2014</em></strong>
1186         </div></td>
1187       <td>
1188         <ul>
1189           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1190             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1191             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1192             open source project).
1193           </li>
1194           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1195           </li>
1196           <li>Output in Stockholm format</li>
1197           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1198           <li>Export/import group and sequence associated line
1199             graph thresholds</li>
1200           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1201             ambiguity codes</li>
1202           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1203             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1204             works</li>
1205           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1206         </ul> <em>Other improvements</em>
1207         <ul>
1208           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1209           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1210             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1211           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1212             files</li>
1213           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1214           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1215             link but no description</li>
1216           <li>Select primary source when selecting authority in
1217             database fetcher GUI</li>
1218           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1219             Jalview</li>
1220           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1221         </ul>
1222       </td>
1223       <td>
1224         <ul>
1225           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1226             displayed</li>
1227           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1228             secondary structure annotation line</li>
1229           <li>Sequence database accessions not imported when
1230             fetching alignments from Rfam</li>
1231           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1232             identical IDs</li>
1233           <li>View all structures does not always superpose
1234             structures</li>
1235           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1236             reflect user or preset settings</li>
1237           <li>Null pointer exceptions for some services without
1238             presets or adjustable parameters</li>
1239           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1240             discover PDB xRefs</li>
1241           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1242             features with DAS</li>
1243           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1244             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1245           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1246             residue follows a gap</li>
1247           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1248             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1249           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1250             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1251           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1252             annotation already exists on alignment</li>
1253           <li>oninit javascript function should be called after
1254             initialisation completes</li>
1255           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1256             alignment window display</li>
1257           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1258           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1259             to annotation file</li>
1260           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1261             groups created</li>
1262           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1263             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1264           <li>Pressing return several times causes Number Format
1265             exceptions in keyboard mode</li>
1266           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1267             correct partitions for input data</li>
1268           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1269           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1270           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1271           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1272             mode</li>
1273           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1274             changes one row&#39;s threshold</li>
1275           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1276             doesn&#39;t open</li>
1277           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1278             quality histograms</li>
1279         </ul>
1280       </td>
1281     </tr>
1282     <tr>
1283       <td><div align="center">
1284           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1285         </div></td>
1286       <td><em>Application</em>
1287         <ul>
1288           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1289             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1290           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1291             preferences</li>
1292           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1293             in Jalview alignment window</li>
1294           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1295             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1296           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1297             RNA and ambiguity codes</li>
1298
1299           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1300           <li>Support fetching and database reference look up
1301             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1302             refs')</li>
1303           <li>Jalview project improvements
1304             <ul>
1305               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1306                 flag for annotation</li>
1307               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1308                 alignment</li>
1309               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1310                 Jalview project</li>
1311
1312             </ul>
1313           </li>
1314           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1315           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1316             running</li>
1317           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1318           <li>visual indication that web service results are still
1319             being retrieved from server</li>
1320           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1321             starts up for first time</li>
1322           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1323             services</li>
1324           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1325             client library</li>
1326           <li>Examples directory and Groovy library included in
1327             InstallAnywhere distribution</li>
1328         </ul> <em>Applet</em>
1329         <ul>
1330           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1331             visualization applet example</li>
1332         </ul> <em>General</em>
1333         <ul>
1334           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1335           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1336             defaults</li>
1337           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1338             calculation</li>
1339           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1340             matrices
1341           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1342             in HTML</li>
1343           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1344             structure contacts</li>
1345           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1346           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1347           <li>Parse sequence associated secondary structure
1348             information in Stockholm files</li>
1349           <li>HTML Export database accessions and annotation
1350             information presented in tooltip for sequences</li>
1351           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1352             style RNA alignment files</li>
1353           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1354             alignment</li>
1355           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1356             shade each sequence according to its associated alignment
1357             annotation</li>
1358           <li>New Jalview Logo</li>
1359         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1360         <ul>
1361           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1362           <li>New Website!</li>
1363         </ul></td>
1364       <td><em>Application</em>
1365         <ul>
1366           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1367             wsdbfetch REST service</li>
1368           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1369           <li>Filetype associations not installed for webstart
1370             launch</li>
1371           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1372             job execution in full once it is complete</li>
1373           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1374             uploaded via ali_file parameter</li>
1375           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1376           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1377           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1378             submitted for prediction</li>
1379           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1380             desktop window</li>
1381           <li>Putting fractional value into integer text box in
1382             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1383           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1384             windows 7</li>
1385           <li>View all structures fails with exception shown in
1386             structure view</li>
1387           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1388             escaped in a platform independent way</li>
1389           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1390             using proxy</li>
1391           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1392             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1393           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1394             failure when java web start temporary file caching is
1395             disabled</li>
1396           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1397             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1398           <li>Errors during processing of command line arguments
1399             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1400           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1401             DAS sources in sequence fetcher</li>
1402           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1403             dialog is shown</li>
1404           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1405           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1406           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1407           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1408             on OSX Mountain Lion</li>
1409           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1410             sequences with alignment annotation are pasted into the
1411             alignment</li>
1412           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1413             when loaded from Jalview project</li>
1414           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1415           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1416             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1417           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1418             associated with all views</li>
1419           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1420             annotation rows to new window</li>
1421         </ul> <em>Applet</em>
1422         <ul>
1423           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1424             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1425           <li>loading features via javascript API automatically
1426             enables feature display</li>
1427           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1428             work</li>
1429         </ul> <em>General</em>
1430         <ul>
1431           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1432           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1433             and then deselected</li>
1434           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1435           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1436             coloured with clustalx</li>
1437           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1438             exceptions and redraw errors</li>
1439           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1440             reconfigured view</li>
1441           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1442             colour</li>
1443           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1444             for lots of labels</li>
1445         </ul>
1446     </tr>
1447     <tr>
1448       <td>
1449         <div align="center">
1450           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1451         </div>
1452       </td>
1453       <td><em>Application</em>
1454         <ul>
1455           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1456           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1457           <li>View/alignment association menu to enable user to
1458             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1459             its colours/correspondences from</li>
1460           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1461           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1462             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1463           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1464           <li>Annotation row column label formatting attributes
1465             stored in project file</li>
1466           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1467             rows preserved in Jalview project file</li>
1468           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1469             saved using Desktop window menu</li>
1470           <li>Visual indication that command line arguments are
1471             still being processed</li>
1472           <li>Groovy script execution from URL</li>
1473           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1474             preferences</li>
1475           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1476             alignment with sequences that have high similarity and
1477             matching IDs</li>
1478           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1479           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1480             structures in same window</li>
1481           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1482           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1483             analysis function in its own submenu</li>
1484         </ul> <em>Applet</em>
1485         <ul>
1486           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1487             groups</li>
1488           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1489           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1490           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1491           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1492           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1493             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1494           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1495           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1496             parameters are treated as such</li>
1497           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1498             <ul>
1499               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1500               <li>Javascript callbacks for
1501                 <ul>
1502                   <li>Applet initialisation</li>
1503                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1504                 </ul>
1505               </li>
1506               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1507                 functions</li>
1508               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1509               <li>javascript structure viewer harness to pass
1510                 messages between Jmol and Jalview when running as
1511                 distinct applets</li>
1512               <li>sortBy method</li>
1513               <li>Set of applet and application examples shipped
1514                 with documentation</li>
1515               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1516                 javascript message exchange</li>
1517             </ul>
1518         </ul> <em>General</em>
1519         <ul>
1520           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1521             multiple alignments</li>
1522           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1523           <li>User configurable link to enable redirects to a
1524             www.Jalview.org mirror</li>
1525           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1526           <li>Configurable newline string when writing alignment
1527             and other flat files</li>
1528           <li>Allow alignment annotation description lines to
1529             contain html tags</li>
1530         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1531         <ul>
1532           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1533             examples</li>
1534           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1535             using a web service before displaying the result in the
1536             Jalview desktop</li>
1537           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1538           <li>Ant target to publish example html files with applet
1539             archive</li>
1540           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1541           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1542         </ul></td>
1543       <td><em>Application</em>
1544         <ul>
1545           <li>User defined colourscheme throws exception when
1546             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1547           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1548             dialog for valid filename/format</li>
1549           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1550           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1551             P37173</li>
1552           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1553             which sequence is to be associated with the file</li>
1554           <li>Find All raises null pointer exception when query
1555             only matches sequence IDs</li>
1556           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1557           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1558             2.4 cannot be loaded</li>
1559           <li>Filetype associations not installed for webstart
1560             launch</li>
1561           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1562             with sequences in different alignments do not get coloured
1563             by their associated sequence</li>
1564           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1565             not preserved when project is loaded</li>
1566           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1567             stored in Jalview project</li>
1568           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1569             Jalview project</li>
1570           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1571           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1572             by conservation</li>
1573           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1574             created on new view</li>
1575           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1576             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1577           <li>Alignment quality not updated after alignment
1578             annotation row is hidden then shown</li>
1579           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1580             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1581           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1582             properly</li>
1583           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1584             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1585           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1586           <li>Structures imported from file and saved in project
1587             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1588           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1589             job execution in full once it is complete</li>
1590         </ul> <em>Applet</em>
1591         <ul>
1592           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1593             annotation rows are displayed</li>
1594           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1595             codebase</li>
1596           <li>View follows highlighting does not work for positions
1597             in sequences</li>
1598           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1599           <li>Export features raises exception when no features
1600             exist</li>
1601           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1602             for javascript api is modified when separator string
1603             provided as parameter</li>
1604           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1605             alignment with no existing selection</li>
1606           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1607             to applet&#39;s codebase</li>
1608           <li>Status bar not updated after finished searching and
1609             search wraps around to first result</li>
1610           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1611             several Jalview applets causes race conditions and memory
1612             leaks</li>
1613           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1614             not sent from Jmol in applet</li>
1615           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1616             applet API fatally hang browser</li>
1617         </ul> <em>General</em>
1618         <ul>
1619           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1620             position with wrapped view and hidden regions</li>
1621           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1622             with/without hidden columns</li>
1623           <li>Sequence length given in alignment properties window
1624             is off by 1</li>
1625           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1626             import PDB like structure files</li>
1627           <li>Positional search results are only highlighted
1628             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1629           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1630           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1631             given sequence position</li>
1632           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1633             output</li>
1634           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1635             from nucleotide chains correctly</li>
1636           <li>Structure colours not updated when tree partition
1637             changed in alignment</li>
1638           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1639             parsed in interleaved stockholm</li>
1640           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1641             state</li>
1642           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1643             properly</li>
1644           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1645             properly associated with their pdb files</li>
1646         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1647         <ul>
1648           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1649             ApplyCopyright tool</li>
1650         </ul></td>
1651     </tr>
1652     <tr>
1653       <td>
1654         <div align="center">
1655           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1656         </div>
1657       </td>
1658       <td><em>Application</em>
1659         <ul>
1660           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1661             contact web services</li>
1662           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1663             service job window</li>
1664           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1665         </ul></td>
1666       <td>
1667         <ul>
1668           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1669             pir file emitted by Jalview</li>
1670           <li>Existing feature settings transferred to new
1671             alignment view created from cut'n'paste</li>
1672           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1673             parsing PDB files</li>
1674           <li>Consensus and conservation annotation rows
1675             occasionally become blank for all new windows</li>
1676           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1677             in wrapped view mode</li>
1678         </ul> <em>Application</em>
1679         <ul>
1680           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1681             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1682           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1683             parameter names</li>
1684           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1685             is down</li>
1686         </ul>
1687       </td>
1688     </tr>
1689     <tr>
1690       <td>
1691         <div align="center">
1692           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1693         </div>
1694       </td>
1695       <td><em>Application</em>
1696         <ul>
1697           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1698             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1699             (JABAWS)
1700           </li>
1701           <li>Web Services preference tab</li>
1702           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1703             preferences</li>
1704           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1705           <li>Superpose structures using associated sequence
1706             alignment</li>
1707           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1708             viewer</li>
1709         </ul> <em>Applet</em>
1710         <ul>
1711           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1712             link out mechanism</li>
1713         </ul> <em>Other</em>
1714         <ul>
1715           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1716             series 12</li>
1717           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1718             require Java 1.5</li>
1719           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1720             sequence annotation files</li>
1721           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1722             type colour specification</li>
1723           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1724             script to check if it being run in an interactive session or
1725             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1726         </ul></td>
1727       <td>
1728         <ul>
1729           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1730             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1731         </ul> <em>Application</em>
1732         <ul>
1733           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1734             selected Regions menu item</li>
1735           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1736             part of a valid accession ID</li>
1737           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1738             runs out of memory</li>
1739           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1740             analysis results</li>
1741           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1742             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1743           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1744         </ul> <em>Applet</em>
1745         <ul>
1746           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1747             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1748             defined.</li>
1749         </ul>
1750       </td>
1751     </tr>
1752     <tr>
1753       <td>
1754         <div align="center">
1755           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1756         </div>
1757       </td>
1758       <td></td>
1759       <td>
1760         <ul>
1761           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1762             sequence IDs</li>
1763           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1764             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1765           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1766             import correctly</li>
1767           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1768             number of columns are hidden</li>
1769           <li>annotation label popup menu not providing correct
1770             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1771             present</li>
1772           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1773             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1774           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1775             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1776
1777         </ul> <em>Applet</em>
1778         <ul>
1779           <li>annotation panel disappears when annotation is
1780             hidden/removed</li>
1781         </ul> <em>Application</em>
1782         <ul>
1783           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1784             alignment opened where annotation panel is visible but no
1785             annotations are present on alignment</li>
1786           <li>pasted region containing hidden columns is
1787             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1788           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1789             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1790           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1791             selected Rregions menu item.</li>
1792           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1793             'Un' or 'Non'conserved</li>
1794           <li>Sequence feature settings are being shared by
1795             multiple distinct alignments</li>
1796           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1797             changed</li>
1798           <li>double click on group annotation to select sequences
1799             does not propagate to associated trees</li>
1800           <li>Mac OSX specific issues:
1801             <ul>
1802               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1803                 window background</li>
1804               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1805                 name set correctly</li>
1806               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1807                 save feature colourscheme button</li>
1808             </ul>
1809           </li>
1810         </ul>
1811       </td>
1812     </tr>
1813     <tr>
1814
1815       <td>
1816         <div align="center">
1817           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1818         </div>
1819       </td>
1820       <td><em>New Capabilities</em>
1821         <ul>
1822           <li>URL links generated from description line for
1823             regular-expression based URL links (applet and application)
1824
1825
1826
1827
1828
1829
1830           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1831             menu</li>
1832           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1833             structures</li>
1834           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1835             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1836           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1837             average score or total feature count for each sequence.</li>
1838           <li>Shading features by score or associated description</li>
1839           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1840             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1841           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1842             hide everything but the currently selected region.</li>
1843           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1844         </ul> <em>Application</em>
1845         <ul>
1846           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1847             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1848           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1849             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1850           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1851             database references and protein_name is parsed as
1852             description line (BioSapiens terms).</li>
1853           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1854             references in sequence ID tooltip from View menu in
1855             application.</li>
1856           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1857                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1858           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1859             conservation plots</li>
1860           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1861             and visualized as sequence logos</li>
1862           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1863             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1864           </li>
1865           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1866             when a new tree is opened.</li>
1867           <li>Jalview Java Console</li>
1868           <li>Better placement of desktop window when moving
1869             between different screens.</li>
1870           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1871             consensus annotation</li>
1872           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1873             Workflows</li>
1874           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1875             <ul>
1876               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1877                 used to preserve views, structures, and tree display
1878                 settings)</li>
1879               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1880                 command line</li>
1881               <li>Sharing of selected regions between views and
1882                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1883               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1884             </ul></li>
1885         </ul> <em>Applet</em>
1886         <ul>
1887           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1888           <li>New Parameters
1889             <ul>
1890               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1891                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1892                 opened.</li>
1893               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1894                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1895               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1896                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1897               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1898                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1899                 view</li>
1900               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1901                 increase the height or width of a cell in the alignment
1902                 grid relative to the current font size.</li>
1903             </ul>
1904           </li>
1905           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1906             tooltip</li>
1907         </ul> <em>Other</em>
1908         <ul>
1909           <li>Features format: graduated colour definitions and
1910             specification of feature scores</li>
1911           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1912             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1913             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1914           <li>XML formats extended to support graduated feature
1915             colourschemes, group associated annotation, and profile
1916             visualization settings.</li></td>
1917       <td>
1918         <ul>
1919           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1920             rather than description</li>
1921           <li>Non-positional features are now included in sequence
1922             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1923             visibility in tooltip).</li>
1924           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1925           <li>Added URL embedding instructions to features file
1926             documentation.</li>
1927           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1928             'X' in peptide product</li>
1929           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1930             sequence ID and sequence string and query strings do not
1931             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1932           <li>AMSA files only contain first column of
1933             multi-character column annotation labels</li>
1934           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1935             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1936             exported and re-imported)</li>
1937           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1938             name</li>
1939           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1940             as subsequence matches, and correctly reports total number
1941             of both.</li>
1942           <li>Application:
1943             <ul>
1944               <li>Better handling of exceptions during sequence
1945                 retrieval</li>
1946               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1947                 link text excludes the start_end suffix</li>
1948               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1949                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1950               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1951               <li>Sequence description lines properly shared via
1952                 VAMSAS</li>
1953               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1954                 data sources</li>
1955               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1956                 completes before alignment figures are generated.</li>
1957               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1958                 first time.</li>
1959               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1960                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1961               <li>User defined group colours properly recovered
1962                 from Jalview projects.</li>
1963             </ul>
1964           </li>
1965         </ul>
1966       </td>
1967
1968     </tr>
1969     <tr>
1970       <td>
1971         <div align="center">
1972           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1973         </div>
1974       </td>
1975       <td>
1976         <ul>
1977           <li>Experimental support for google analytics usage
1978             tracking.</li>
1979           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1980         </ul>
1981       </td>
1982       <td>
1983         <ul>
1984           <li>Race condition in applet preventing startup in
1985             jre1.6.0u12+.</li>
1986           <li>Exception when feature created from selection beyond
1987             length of sequence.</li>
1988           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1989           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1990             all sequences with a given id</li>
1991           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1992             ID string searches</li>
1993           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1994             alignment to fail with exception</li>
1995         </ul> <em>Application Issues</em>
1996         <ul>
1997           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1998           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1999             data sources</li>
2000         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2001         <ul>
2002           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2003             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2004           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2005             version (java class versioning error fixed)</li>
2006         </ul>
2007       </td>
2008     </tr>
2009     <tr>
2010       <td>
2011
2012         <div align="center">
2013           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2014         </div>
2015       </td>
2016       <td><em>User Interface</em>
2017         <ul>
2018           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2019             translation and protein products</li>
2020           <li>Linked highlighting of structure associated with
2021             residue mapping to codon position</li>
2022           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2023             and 'clear' button</li>
2024           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2025             Tools menu</li>
2026           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2027             numeric data in description line</li>
2028           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2029           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2030             of sequence</li>
2031         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2032         <ul>
2033           <li>JPred3 web service</li>
2034           <li>Prototype sequence search client (no public services
2035             available yet)</li>
2036           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2037             PFAM</li>
2038           <li>URL Links created for matching database cross
2039             references as well as sequence ID</li>
2040           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2041         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2042         <ul>
2043           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2044             databases</li>
2045           <li>Generalised database reference retrieval and
2046             validation to all fetchable databases</li>
2047           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2048             sequence command</li>
2049         </ul> <em>Import and Export</em>
2050         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2051         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2052           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2053         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2054           File</li>
2055         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2056           triplet as name of colourscheme</li>
2057         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2058         <ul>
2059           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2060           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2061             alignments (experimental)</li>
2062           <li>Create new or select existing session to join</li>
2063           <li>load and save of vamsas documents</li>
2064         </ul> <em>Application command line</em>
2065         <ul>
2066           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2067             from applet)</li>
2068           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2069             of DAS servers to query for alignment features</li>
2070           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2071             that are also automatically queried for features</li>
2072           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2073             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2074         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2075         <ul>
2076           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2077             application (when using &quot;View in full
2078             application&quot;)</li>
2079         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2080         <ul>
2081           <li>feature group display control parameter</li>
2082           <li>debug parameter</li>
2083           <li>showbutton parameter</li>
2084         </ul> <em>Applet API methods</em>
2085         <ul>
2086           <li>newView public method</li>
2087           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2088           <li>Feature display control methods</li>
2089           <li>get list of currently selected sequences</li>
2090         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2091         <ul>
2092           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2093           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2094             Jalview release.</li>
2095           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2096             property controls execution of obfuscator</li>
2097           <li>Build target for generating source distribution</li>
2098           <li>Debug flag for javacc</li>
2099           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2100             jalview.bin.Cache</li>
2101           <li>Continuous Build Integration for stable and
2102             development version of Application, Applet and source
2103             distribution</li>
2104         </ul></td>
2105       <td>
2106         <ul>
2107           <li>selected region output includes visible annotations
2108             (for certain formats)</li>
2109           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2110             for editing</li>
2111           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2112           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2113           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2114           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2115             comments</li>
2116           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2117             filenames containing a ':'</li>
2118           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2119             global sequence features</li>
2120           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2121             references from alignment sequences goes to zero</li>
2122           <li>Close of tree branch colour box without colour
2123             selection causes cascading exceptions</li>
2124           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2125           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2126             file parsing fails.</li>
2127           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2128           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2129             not a valid output format</li>
2130           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2131             vamsas</li>
2132           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2133           <li>error messages passed up and output when data read
2134             fails</li>
2135           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2136             sequence is edited</li>
2137           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2138             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2139           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2140             filetype</li>
2141           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2142             import fixed for PFAM records</li>
2143           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2144             window list</li>
2145           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2146             can be read and written correctly to annotation file</li>
2147           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2148             correctly</li>
2149           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2150             non-italic font for representatives in Applet</li>
2151           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2152             Macs.</li>
2153           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2154             Applet)</li>
2155           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2156             due to null pointer exceptions</li>
2157           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2158             first column of alignment</li>
2159           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2160             July 2008</li>
2161           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2162             file is case-insensitive</li>
2163           <li>Sequence features read from Features file appended to
2164             all sequences with matching IDs</li>
2165           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2166             containing a sub-sequence</li>
2167           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2168           <li>feature and annotation file applet parameters
2169             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2170           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2171           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2172             splash-screen version check to complete</li>
2173           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2174             when passing them to the launchApp service</li>
2175           <li>display name and local features preserved in results
2176             retrieved from web service</li>
2177           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2178             sequence fetcher initialisation</li>
2179           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2180             dasobert DAS client</li>
2181           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2182             association</li>
2183           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2184             sequences
2185           </li>
2186         </ul>
2187       </td>
2188     </tr>
2189     <tr>
2190       <td>
2191         <div align="center">
2192           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2193         </div>
2194       </td>
2195       <td>
2196         <ul>
2197           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2198           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2199           <li>Slide sequences</li>
2200           <li>Edit sequence in place</li>
2201           <li>EMBL CDS features</li>
2202           <li>DAS Feature mapping</li>
2203           <li>Feature ordering</li>
2204           <li>Alignment Properties</li>
2205           <li>Annotation Scores</li>
2206           <li>Sort by scores</li>
2207           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2208         </ul>
2209       </td>
2210       <td>
2211         <ul>
2212           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2213           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2214           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2215           <li>Feature group display state in XML</li>
2216           <li>Feature ordering in XML</li>
2217           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2218           <li>Stockholm alignment properties</li>
2219           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2220           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2221           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2222           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2223         </ul>
2224       </td>
2225
2226     </tr>
2227     <tr>
2228       <td>
2229         <div align="center">
2230           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2231         </div>
2232       </td>
2233       <td>
2234         <ul>
2235           <li>Non standard characters can be read and displayed
2236           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2237             applet via textbox
2238           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2239             name &amp; description
2240           <li>Preference setting to display sequence name in
2241             italics
2242           <li>Annotation file format extended to allow
2243             Sequence_groups to be defined
2244           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2245             specified in preferences
2246           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2247             sequences
2248         </ul>
2249       </td>
2250       <td>
2251         <ul>
2252           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2253             installed
2254           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2255           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2256         </ul>
2257       </td>
2258     </tr>
2259     <tr>
2260       <td>
2261         <div align="center">
2262           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2263         </div>
2264       </td>
2265       <td>
2266         <ul>
2267           <li>Multiple views on alignment
2268           <li>Sequence feature editing
2269           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2270           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2271           <li>Background dependent text colour
2272           <li>Right align sequence ids
2273           <li>User-defined lower case residue colours
2274           <li>Format Menu
2275           <li>Select Menu
2276           <li>Menu item accelerator keys
2277           <li>Control-V pastes to current alignment
2278           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2279           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2280           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2281
2282
2283
2284
2285
2286
2287           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2288         </ul>
2289       </td>
2290       <td>
2291         <ul>
2292           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2293           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2294             calculations
2295           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2296             edits
2297           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2298             of alignment)
2299           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2300
2301
2302
2303
2304
2305
2306           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2307             display correctly
2308           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2309           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2310             analysis results
2311           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2312             &#8739;
2313           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2314           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2315           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2316
2317
2318
2319
2320
2321
2322         </ul>
2323       </td>
2324     </tr>
2325     <tr>
2326       <td>
2327         <div align="center">
2328           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2329         </div>
2330       </td>
2331       <td>
2332         <ul>
2333           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2334         </ul>
2335       </td>
2336       <td>
2337         <ul>
2338           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2339             sequence id panel has been resized</li>
2340           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2341             rendered</li>
2342           <li>Annotation files with sequence references - all
2343             elements in file are relative to sequence position</li>
2344           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2345         </ul>
2346       </td>
2347     </tr>
2348     <tr>
2349       <td>
2350         <div align="center">
2351           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2352         </div>
2353       </td>
2354       <td>
2355         <ul>
2356           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2357           <li>DAS Feature fetching</li>
2358           <li>Hide sequences and columns</li>
2359           <li>Export Annotations and Features</li>
2360           <li>GFF file reading / writing</li>
2361           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2362             files</li>
2363           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2364           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2365           <li>Applet can launch the full application</li>
2366           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2367             required)</li>
2368           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2369           <li>Applet can load sequences from parameter
2370             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2371           </li>
2372         </ul>
2373       </td>
2374       <td>
2375         <ul>
2376           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2377           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2378           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2379         </ul>
2380       </td>
2381     </tr>
2382     <tr>
2383       <td>
2384         <div align="center">
2385           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2386         </div>
2387       </td>
2388       <td>
2389         <ul>
2390           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2391           <li>Choose to match case when searching</li>
2392           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2393             expand the visible width and height of the alignment</li>
2394         </ul>
2395       </td>
2396       <td>
2397         <ul>
2398           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2399         </ul>
2400       </td>
2401     </tr>
2402     <tr>
2403       <td>
2404         <div align="center">
2405           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2406         </div>
2407       </td>
2408       <td>&nbsp;</td>
2409       <td>
2410         <ul>
2411           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2412           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2413             value</li>
2414         </ul>
2415       </td>
2416     </tr>
2417     <tr>
2418       <td>
2419         <div align="center">
2420           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2421         </div>
2422       </td>
2423       <td>
2424         <ul>
2425           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2426           <li>Keyboard editing</li>
2427           <li>Create sequence features from searches</li>
2428           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2429             alignments</li>
2430           <li>Features file allows grouping of features</li>
2431           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2432           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2433           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2434         </ul>
2435       </td>
2436       <td>
2437         <ul>
2438           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2439           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2440             descriptions saved.</li>
2441         </ul>
2442       </td>
2443     </tr>
2444     <tr>
2445       <td>
2446         <div align="center">
2447           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2448         </div>
2449       </td>
2450       <td>
2451         <ul>
2452           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2453           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2454           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2455             name for file output</li>
2456           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2457           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2458             used for HTML form input</li>
2459         </ul>
2460       </td>
2461       <td>
2462         <ul>
2463           <li>HTML output writes groups and features</li>
2464           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2465           <li>File IO bugs</li>
2466         </ul>
2467       </td>
2468     </tr>
2469     <tr>
2470       <td>
2471         <div align="center">
2472           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2473         </div>
2474       </td>
2475       <td>
2476         <ul>
2477           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2478           <li>More options for PCA viewer</li>
2479         </ul>
2480       </td>
2481       <td>
2482         <ul>
2483           <li>GUI bugs resolved</li>
2484           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2485         </ul>
2486       </td>
2487     </tr>
2488     <tr>
2489       <td height="63">
2490         <div align="center">
2491           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2492         </div>
2493       </td>
2494       <td>
2495         <ul>
2496           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2497           <li>Jar files are executable</li>
2498           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2499         </ul>
2500       </td>
2501       <td>
2502         <ul>
2503           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2504           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2505           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2506         </ul>
2507       </td>
2508     </tr>
2509     <tr>
2510       <td>
2511         <div align="center">
2512           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2513         </div>
2514       </td>
2515       <td>
2516         <ul>
2517           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2518         </ul>
2519       </td>
2520       <td>
2521         <ul>
2522           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2523         </ul>
2524       </td>
2525     </tr>
2526     <tr>
2527       <td>
2528         <div align="center">
2529           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2530         </div>
2531       </td>
2532       <td>
2533         <ul>
2534           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2535             size</li>
2536         </ul>
2537       </td>
2538       <td>
2539         <ul>
2540           <li>Improved JPred client reliability</li>
2541           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2542         </ul>
2543       </td>
2544     </tr>
2545     <tr>
2546       <td>
2547         <div align="center">
2548           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2549         </div>
2550       </td>
2551       <td>
2552         <ul>
2553           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2554           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2555           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2556             to Colour Menu</li>
2557           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2558           <li>Unix users can set default web browser</li>
2559           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2560           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2561         </ul>
2562       </td>
2563       <td>
2564         <ul>
2565           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2566         </ul>
2567       </td>
2568     </tr>
2569     <tr>
2570       <td>
2571         <div align="center">
2572           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2573         </div>
2574       </td>
2575       <td>&nbsp;</td>
2576       <td>
2577         <ul>
2578           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2579             alignment order.</li>
2580         </ul>
2581       </td>
2582     </tr>
2583     <tr>
2584       <td>
2585         <div align="center">
2586           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2587         </div>
2588       </td>
2589       <td>
2590         <ul>
2591           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2592           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2593           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2594             annotations.</li>
2595           <li>Version and build date written to build properties
2596             file.</li>
2597           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2598             at launch of Jalview.</li>
2599         </ul>
2600       </td>
2601       <td>
2602         <ul>
2603           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2604           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2605           <li>Can remove groups one by one.</li>
2606           <li>Filechooser icons installed.</li>
2607           <li>Finder ignores return character when searching.
2608             Return key will initiate a search.<br>
2609           </li>
2610         </ul>
2611       </td>
2612     </tr>
2613     <tr>
2614       <td>
2615         <div align="center">
2616           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2617         </div>
2618       </td>
2619       <td>
2620         <ul>
2621           <li>New codebase</li>
2622         </ul>
2623       </td>
2624       <td>&nbsp;</td>
2625     </tr>
2626   </table>
2627   <p>&nbsp;</p>
2628 </body>
2629 </html>