help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>14/11/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98             <li><!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch' feature can be disabled</li>
  99             <li><!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs</li>
 100             <li><!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from Uniprot</li>
 101           </ul>
 102           <em>Scripting</em>
 103           <ul>
 104             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 105             <li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li>
 106           </ul>
 107           <em>Testing and Deployment</em>
 108           <ul>
 109             <li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li>
 110           </ul>
 111         </div>
 112       </td>
 113       <td><div align="left">
 114           <em>General</em>
 115           <ul>
 116             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 117             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 118             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 119             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 120             <li><!-- JAL-2541,JAL-2829,JAL-2830 -->Cuts and Sequence Edits don't properly relocate sequence features</li>
 121           </ul>
 122           <em>Desktop</em>
 123           <ul>
 124             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 125             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 126             </li>
 127             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 128             </li>
 129             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 130             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 131             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 132             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 133             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 134             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 135             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 136             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 137             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 138             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 139             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 140             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 141             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 142             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 143             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 144             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 145             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 146             <li><!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box position is adjusted</li>
 147             <li><!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains in a multi-chain structure when viewing alignment involving more than one chain (since 2.10)</li>
 148            </ul>
 149           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 150            <ul>
 151             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 152           </ul>
 153           <strong><em>BioJSON</em></strong><br/>
 154           <ul>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 157           </li>
 158           </ul>
 159           <strong>Known Java 9 Issues</strong>
 160           <ul>
 161             <li><!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 162             not responsive when entering characters (Webstart, Java 9.01,
 163             OSX 10.10)
 164             </li>
 165           </ul>
 166           <strong>New Known Issues</strong>
 167           <ul>
 168           <li><!-- JAL- --></li>
 169           </ul>
 170           </div>
 171       </td>
 172     </tr>
 173     <tr>
 174       <td width="60" nowrap>
 175         <div align="center">
 176           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 177             <em>2/10/2017</em></strong>
 178         </div>
 179       </td>
 180       <td><div align="left">
 181           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 182           <ul>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 185             </li>
 186             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 187             </li>
 188           </ul>
 189         </div></td>
 190       <td><div align="left">
 191         </div></td>
 192     </tr>
 193     <tr>
 194       <td width="60" nowrap>
 195         <div align="center">
 196           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 197             <em>7/9/2017</em></strong>
 198         </div>
 199       </td>
 200       <td><div align="left">
 201           <em></em>
 202           <ul>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 205               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 206               white)
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 210               Preferences
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 214               in size and progress bar shown as higher resolution
 215               overview is recalculated
 216             </li>
 217
 218           </ul>
 219         </div></td>
 220       <td><div align="left">
 221           <em></em>
 222           <ul>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 225               column region row by row
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 229               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 233               format setting is unticked
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 237               if group has show boxes format setting unticked
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 241               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 242               include sequences and columns not currently displayed
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 246               assemblies are imported via CIF file
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 250               displayed when threshold or conservation colouring is also
 251               enabled.
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 255               server version
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 259               dragging a selected region off the visible region of the
 260               alignment
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 264               colourscheme to all groups in a view
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 268               initially after font size change using the Font chooser or
 269               middle-mouse zoom
 270             </li>
 271           </ul>
 272         </div></td>
 273     </tr>
 274     <tr>
 275       <td width="60" nowrap>
 276         <div align="center">
 277           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 278         </div>
 279       </td>
 280       <td><div align="left">
 281           <em>Calculations</em>
 282           <ul>
 283
 284             <li>
 285               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 286               ungapped positions in each column of the alignment.
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 290               a calculation dialog box
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 294               and memory efficiency (~30x faster)
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 298               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 299               and other calculations
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 303               files within the Jalview codebase
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 307               Similarity may have different topology due to increased
 308               precision
 309             </li>
 310           </ul>
 311           <em>Rendering</em>
 312           <ul>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 315               model for alignments and groups
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 319               scripts
 320             </li>
 321           </ul>
 322           <em>Overview</em>
 323           <ul>
 324             <li>
 325               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 326               with alignment and overview windows
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 330               overview
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 334               omitted in Overview
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 338               adjustment of visible position
 339             </li>
 340           </ul>
 341
 342           <em>Data import/export</em>
 343           <ul>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 346               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 350               annotation input/output via stockholm flatfile
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 354               extension when importing structure files without embedded
 355               names or PDB accessions
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 359               format sequence substitution matrices
 360             </li>
 361           </ul>
 362           <em>User Interface</em>
 363           <ul>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 366               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 367               the application.
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 371               via Overview or sequence motif search operations
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 375               opened by double clicking gaps within sequence feature
 376               extent
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 380               aligned positions were available to create a 3D structure
 381               superposition.
 382             </li>
 383           </ul>
 384           <em>3D Structure</em>
 385           <ul>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 388               coloured in linked structure views
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 392               file-based command exchange
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 396               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 397               structures are already available for sequences
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 401               the Jalview project rather than downloaded again when the
 402               project is reopened.
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 406               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 407               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 408                 Feature</strong>)
 409             </li>
 410           </ul>
 411           <em>Web Services</em>
 412           <ul>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 418               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 419               Analysis services
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 423               cross-references provided by identifiers.org and the
 424               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 425             </li>
 426           </ul>
 427
 428           <em>Scripting</em>
 429           <ul>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 432               identifying file formats (instead of String constants)
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 436               efficiency when counting all displayed features (not
 437               backwards compatible with 2.10.1)
 438             </li>
 439           </ul>
 440           <em>Example files</em>
 441           <ul>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 444               included in the example feature file
 445             </li>
 446           </ul>
 447           <em>Documentation</em>
 448           <ul>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 451               with the built-in Java help viewer
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 455               sequence description' option
 456             </li>
 457           </ul>
 458           <em>Test Suite</em>
 459           <ul>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 462               Uniprot REST Free Text Search Client
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 469               during tests
 470             </li>
 471           </ul>
 472         </div></td>
 473       <td><div align="left">
 474           <em>Calculations</em>
 475           <ul>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 478               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 479               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 480             </li>
 481             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 482               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 483               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 484               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 485               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 486               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 487               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 488               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 489               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 490               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 491               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 492               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 493               // for 2.10.1 mode <br />
 494               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 495               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 496                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 497                 calculations (not recommended)</em></li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 500               scaling of branch lengths for trees computed using
 501               Sequence Feature Similarity.
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 505               generating output report when working with highly
 506               redundant alignments
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 510               right of selected region when gaps present on right-hand
 511               boundary
 512             </li>
 513           </ul>
 514           <em>User Interface</em>
 515           <ul>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 518               doesn't reselect a specific sequence's associated
 519               annotation after it was used for colouring a view
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 523               opened on a region of alignment without groups
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 527               of an alignment with overlapping groups
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 531               name and description match
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 535               hidden regions results in incorrect hidden regions
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 539               changing colour does not apply Conservation slider value
 540               to all groups
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 544               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 548               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 552               gaps before start of features
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 556               restored to UI when feature colour is edited
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 560               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 564               as graduate feature colour settings are modified via the
 565               dialog box
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 569               when a group defined on the alignment is resized
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 573               wrapped view result in positional status updates
 574             </li>
 575
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 578               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 582               alignment included gapped columns
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 586               widgets don't permanently disappear
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 590               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 591               T-Coffee column reliability scores)
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 595               sequence feature on gaps only
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 599               button from a Find inherit previously defined feature type
 600               rather than the Find query string
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 604               exporting tree calculated in Jalview
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 608               and then revealing them reorders sequences on the
 609               alignment
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 613               doesn't update to reflect available set of groups after
 614               interactively adding or modifying features
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 618               Linux
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 622               only excluded gaps in current sequence and ignored
 623               selection.
 624             </li>
 625           </ul>
 626           <em>Rendering</em>
 627           <ul>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 630               erratically when hidden rows or columns are present
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 634               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 635               sequence colouring
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 639               colour and group colour menu for protein alignments
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 643               reflect currently selected view or group's shading
 644               thresholds
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 648               when rendered on overview and structures when opacity at
 649               100%
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 653               overview when features overlaid on alignment
 654             </li>
 655           </ul>
 656           <em>Data import/export</em>
 657           <ul>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 660               load
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 664               added after a sequence was imported are not written to
 665               Stockholm File
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 669               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 673               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 677               with lightGray or darkGray via features file (but can
 678               specify lightgray)
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 682               when alignment view imported from project
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 686               structure and sequences extracted from structure files
 687               imported via URL and viewed in Jmol
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 691               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 692               the project is loaded and the structure viewed
 693             </li>
 694           </ul>
 695           <em>Web Services</em>
 696           <ul>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 699               release of Ensembl v.88
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 703               appear enabled in Preferences->Connections
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 707               removed from console output
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 711               Ensembl by Peptide ID
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 715               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 716               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 717               due to 'null' string rather than empty string used for
 718               residues with no corresponding PDB mapping).
 719             </li>
 720           </ul>
 721           <em>Application UI</em>
 722           <ul>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 725               menu
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 729               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 730               new documentation and tooltips added)
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 734               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 738               new features are added to alignment
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 742               changes to feature colours via the Amend features dialog
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 746               edit graduated feature colour via amend features dialog
 747               box
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 751               selection menu changes colours of alignment views
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 755               from alignment calculation workers after alignment has
 756               been closed
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 760               groups now 'Create Group'
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 764               Create/Undefine group doesn't always work
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 768               shown again after pressing 'Cancel'
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 772               adjusts start position in wrap mode
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 776               ambiguous amino acids
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 780               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 781               proteins
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 785               Defined' don't appear in Colours menu
 786             </li>
 787           </ul>
 788           <em>Applet</em>
 789           <ul>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 792               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 796               overview or linked structure view
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 800               work (since 2.8)
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 804               user-defined colourscheme doesn't restore original
 805               colourscheme
 806             </li>
 807           </ul>
 808           <em>Test Suite</em>
 809           <ul>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 812               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 816               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 817               problems with deep array comparison equality asserts in
 818               successive versions of TestNG
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 822               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 823             </li>
 824           </ul>
 825           <em>New Known Issues</em>
 826           <ul>
 827             <li>
 828               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 829               phase after a sequence motif find operation
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 833               containing just upper and lower case letters are
 834               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 838               reliably from eggnog Ortholog database
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 842               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 843               to mark columns containing highlighted regions.
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 847               doesn't always add secondary structure annotation.
 848             </li>
 849           </ul>
 850         </div>
 851     <tr>
 852       <td width="60" nowrap>
 853         <div align="center">
 854           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 855         </div>
 856       </td>
 857       <td><div align="left">
 858           <em>General</em>
 859           <ul>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 862               for all consensus calculations
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 866               3rd Oct 2016)
 867             </li>
 868             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 869               for 2016-2017</li>
 870           </ul>
 871           <em>Application</em>
 872           <ul>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 875               set of database cross-references, sorted alphabetically
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 879               from database cross references. Users with custom links
 880               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 881                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 885               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 886               Chimera session
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 890               the Chimera it is connected to is shut down
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 894               columns menu item to mark columns containing highlighted
 895               regions (e.g. from structure selections or results of a
 896               Find operation)
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 900               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 901               MSAviewer
 902             </li>
 903           </ul>
 904         </div></td>
 905       <td>
 906         <div align="left">
 907           <em>General</em>
 908           <ul>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 911               are not coloured or thresholded according to percent
 912               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 916               hydrophobic
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 920               threshold, amino acid properties)
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 924               reported as mapped to residues in a structure file in the
 925               View Mapping report
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 929               could be added multiple times to a sequence
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 933               bond features shown as two highlighted residues rather
 934               than a range in linked structure views, and treated
 935               correctly when selecting and computing trees from features
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 939               cross-references are matched to database name regardless
 940               of case
 941             </li>
 942
 943           </ul>
 944           <em>Application</em>
 945           <ul>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 948               names without regular expressions also offer links from
 949               Sequence ID
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 953               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 954               update Jalview configuration
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 958               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 962               files with similarly named sequences if dropped onto the
 963               alignment
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 967               entries where more chains exist in the PDB accession than
 968               are reported in the SIFTS file
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 972               the structure view when displayed with Chimera
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 976               panel's View->Show Chains submenu
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 980               work for wrapped alignment views
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 984               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 988               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 989               first annotation row
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 993               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 997               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 998             </li>
 999             <!-- JAL-2319 -->
1000             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1001             coordindate data
1002             </li>
1003           </ul>
1004           <!--           <em>New Known Issues</em>
1005           <ul>
1006             <li></li>
1007           </ul> -->
1008         </div>
1009       </td>
1010     </tr>
1011     <td width="60" nowrap>
1012       <div align="center">
1013         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1014           <em>25/10/2016</em></strong>
1015       </div>
1016     </td>
1017     <td><em>Application</em>
1018       <ul>
1019         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1020           view if structures already loaded</li>
1021         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1022           structure views</li>
1023       </ul></td>
1024     <td>
1025       <div align="left">
1026         <em>General</em>
1027         <ul>
1028           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1029             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1030           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1031             example sequences/projects/trees</li>
1032         </ul>
1033         <em>Application</em>
1034         <ul>
1035           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1036             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1037           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1038             without timeout for structures with multiple models or
1039             multiple sequences in alignment</li>
1040           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1041             PDB ID HEADER line</li>
1042           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1043             is performed</li>
1044           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1045             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1046           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1047           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1048             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1049             option</li>
1050           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1051             is created on the alignment</li>
1052           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1053             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1054             pop-up menu</li>
1055         </ul>
1056         <em>Build and deployment</em>
1057         <ul>
1058           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1059             tags</li>
1060         </ul>
1061         <em>New Known Issues</em>
1062         <ul>
1063           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1064             on Windows</li>
1065         </ul>
1066       </div>
1067     </td>
1068     </tr>
1069     <tr>
1070       <td width="60" nowrap>
1071         <div align="center">
1072           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1073         </div>
1074       </td>
1075       <td><em>General</em>
1076         <ul>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1082             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1083             better PDB parsing.
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1087             reference sequence
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1091             mousing over sequence associated annotation
1092           </li>
1093           <li>
1094             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1095             for manual entry
1096           </li>
1097           <li>
1098             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1099             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1100             for each column
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1104             showing or hiding columns containing a feature
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1108             group and sequence associated annotation labels
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1112             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1113             dialogs
1114           </li>
1115
1116         </ul> <em>Application</em>
1117         <ul>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1120             gene/transcript view
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1124             dialog
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1128             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1132             Pfam sources to xfam.org
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1136           </li>
1137           <li>
1138             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1139             over sequences in Jalview
1140           </li>
1141           <li>
1142             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1143             regions in ENA and EMBL
1144           </li>
1145           <li>
1146             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1147             for record retrieval via ENA rest API
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1151             complement operator
1152           </li>
1153           <li>
1154             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1155             groovy script execution
1156           </li>
1157           <li>
1158             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1159             alignment window's Calculate menu
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1163             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1167             calculation workers from groovy scripts
1168           </li>
1169           <li>
1170             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1171             Jalview projects
1172           </li>
1173           <li>
1174             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1175             associations are now saved/restored from project
1176           </li>
1177           <li>
1178             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1179             before sequence fetcher is opened
1180           </li>
1181           <li>
1182             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1183             database chooser opens a sequence fetcher
1184           </li>
1185           <li>
1186             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1187             the UniProt REST API
1188           </li>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1191             the news reader opening
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1195             querying stored in preferences
1196           </li>
1197           <li>
1198             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1199             search results
1200           </li>
1201           <li>
1202             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1203           </li>
1204           <li>
1205             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1206             menu for nucleotide sequences
1207           </li>
1208           <li>
1209             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1210             and feature counts preserves alignment ordering (and
1211             debugged for complex feature sets).
1212           </li>
1213           <li>
1214             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1215             viewing structures with Jalview 2.10
1216           </li>
1217           <li>
1218             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1219             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1220             Ensembl Genomes REST API
1221           </li>
1222           <li>
1223             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1224             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1225             (Ensembl)
1226           </li>
1227           <li>
1228             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1229             sequences
1230           </li>
1231           <li>
1232             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1233             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1234             data from external database records.
1235           </li>
1236           <li>
1237             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1238             efficient recovery of sequence coding and alignment
1239             annotation relationships.
1240           </li>
1241         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1242         <ul>
1243           <li>
1244             -- JAL---
1245           </li>
1246         </ul> --></td>
1247       <td>
1248         <div align="left">
1249           <em>General</em>
1250           <ul>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1253               menu on OSX
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1257               includes graduated colourschemes
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1261               working with big alignments and lots of hidden columns
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1265               at right of alignment window
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1269               contents
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1273               for DNA alignments
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1277               based tree calculation
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1281               unconserved enabled for group on alignment
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1285               set as reference
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1289               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1290               annotation
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1294               hidden columns present
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1298               user created annotation added to alignment
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1302               '()' base pair annotation
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1306               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1307               Consensus
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1311               feature not working
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1315               beginning of sequence
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1319               entry 3a6s
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1323               from a tree when t-coffee scores are shown
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1327               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1331               some structures
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1335               to Clustal, PIR and PileUp output
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1339               not visible causes alignment window to repaint
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1343               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1344               scores associated with features and annotation rows
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1348               calculation should be case independent
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1352               columns
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1356               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1357               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1361               problems when reference sequence defined and 'show
1362               non-conserved' enabled
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1366               load even when Consensus calculation is disabled
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1370               alignment does nothing
1371             </li>
1372           </ul>
1373           <em>Application</em>
1374           <ul>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1377               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1378               yet fixed for El Capitan)
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1382               output when running on non-gb/us i18n platforms
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1386               hidden sequences as flat-file alignment
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1390               launching Chimera
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1394               (also hotfix for 2.9.0b2)
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1398               reference sequence defined
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1402               alignments and views when revealing hidden columns
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1406               view in a cDNA/Protein splitframe
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1410               sequence from project when only one sequence is
1411               represented
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1415               in Structure Chooser
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1419               structure consensus didn't refresh annotation panel
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1423               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1427               dialogs format columns correctly, don't display array
1428               data, sort columns according to type
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1432               file chooser is cancelled during an image export
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1436               sequence name containing special characters
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1440               case insensitive
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1444               formatting don't wrap
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1448               truncated so L looks like I in consensus annotation
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1452               currently displayed features for the current selection or
1453               view
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1457               after fetching cross-references, and restoring from
1458               project
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1462               followed in the structure viewer
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1466               splitframe not restored from project
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1470               trailing end of protein alignment in transcript/product
1471               splitview when pad-gaps not enabled by default
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1475               is case dependent
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1479               article has been read (reopened issue due to
1480               internationalisation problems)
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1484               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1485               cross-references
1486             </li>
1487
1488             <li>
1489               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1490               alignment as HTML
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1494               multiple structures are shown for one or more sequences.
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1498               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1499               is enabled.
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1503               specific PDB id for sequence
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1507               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1508               columns' is disabled.
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1512               selects lowest rather than highest resolution structures
1513               for each sequence
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1517               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1521               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1525               after clicking on it to create new annotation for a
1526               column.
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1530               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1531             </li>
1532             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1533             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1534           </ul>
1535           <em>Applet</em>
1536           <ul>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1539               hidden columns present before start of sequence
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1543               (JSON jars)
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1547               sequences are hidden in applet
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1551               deployment on examples pages.
1552             </li>
1553           </ul>
1554         </div>
1555       </td>
1556     </tr>
1557     <tr>
1558       <td width="60" nowrap>
1559         <div align="center">
1560           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1561             <em>16/10/2015</em></strong>
1562         </div>
1563       </td>
1564       <td><em>General</em>
1565         <ul>
1566           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1567             jars</li>
1568         </ul></td>
1569       <td>
1570         <div align="left">
1571           <em>Application</em>
1572           <ul>
1573             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1574               shown when tree is partitioned</li>
1575             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1576               multiple cDNA/Protein split views</li>
1577           </ul>
1578         </div>
1579       </td>
1580     </tr>
1581     <tr>
1582       <td width="60" nowrap>
1583         <div align="center">
1584           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1585             <em>8/10/2015</em></strong>
1586         </div>
1587       </td>
1588       <td><em>General</em>
1589         <ul>
1590           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1591             2.9</li>
1592         </ul> <em>Application</em>
1593         <ul>
1594           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1595           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1596           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1597         </ul> <em>Applet</em>
1598         <ul>
1599           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1600         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1601         <ul>
1602           <li>
1603             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1604             suite
1605           </li>
1606         </ul></td>
1607       <td>
1608         <div align="left">
1609           <em>General</em>
1610           <ul>
1611             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1612               incorrect when sequence start > 1</li>
1613             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1614               documentation</li>
1615             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1616             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1617               loading a features file containing HTML tags in feature
1618               description</li>
1619
1620           </ul>
1621           <em>Application</em>
1622           <ul>
1623             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1624               reimport</li>
1625             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1626               with 'trim retrieved sequences'</li>
1627             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1628               deleting selected columns</li>
1629             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1630               JNLP templates for webstart launch</li>
1631             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1632               unreleased structures for download or viewing</li>
1633             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1634               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1635             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1636               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1637             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1638               recovered from jalview project</li>
1639             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1640               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1641               alignment view</li>
1642             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1643               color schemes from BioJSON</li>
1644           </ul>
1645           <em>Applet</em>
1646           <ul>
1647             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1648               frame</li>
1649             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1650           </ul>
1651         </div>
1652       </td>
1653     </tr>
1654     <tr>
1655       <td><div align="center">
1656           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1657         </div></td>
1658       <td><em>General</em>
1659         <ul>
1660           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1661             alignments:
1662             <ul>
1663               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1664                 and DNA alignment views</li>
1665               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1666                 cDNA alignment views</li>
1667               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1668                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1669               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1670                 protein sequences</li>
1671             </ul>
1672           </li>
1673           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1674           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1675             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1676           <li>New alignment annotation file statements for
1677             reference sequences and marking hidden columns</li>
1678           <li>Reference sequence based alignment shading to
1679             highlight variation</li>
1680           <li>Select or hide columns according to alignment
1681             annotation</li>
1682           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1683           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1684             acid conservation row</li>
1685           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1686         </ul> <em>Application</em>
1687         <ul>
1688           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1689             <ul>
1690               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1691                 view with cDNA/Protein</li>
1692               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1693                 sequences are placed in the same alignment</li>
1694               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1695                 projects</li>
1696             </ul>
1697           </li>
1698
1699           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1700           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1701             Jalview windows</li>
1702
1703           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1704           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1705           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1706             be shown in VARNA</li>
1707
1708           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1709             as the active selected region</li>
1710
1711           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1712             similarity</li>
1713           <li>New Export options
1714             <ul>
1715               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1716                 region export in flat file generation</li>
1717
1718               <li>Export alignment views for display with the <a
1719                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1720
1721               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1722               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1723                 alignment figures to HTML</li>
1724           </li>
1725           <li>3D structure retrieval and display
1726             <ul>
1727               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1728                 Search API</li>
1729               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1730                 PDB structures for a sequence set</li>
1731             </ul>
1732           </li>
1733
1734           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1735             predictions</li>
1736           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1737             for one or a group of sequences</li>
1738           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1739             from the JPred4 web server</li>
1740           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1741             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1742             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1743           </li>
1744           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1745             VARNA 2D Structure'</li>
1746           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1747             Structure ..."</li>
1748
1749         </ul> <em>Applet</em>
1750         <ul>
1751           <li>New layout for applet example pages</li>
1752           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1753             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1754           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1755             Protein alignments</li>
1756         </ul> <em>Development and deployment</em>
1757         <ul>
1758           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1759           <li>Include installation type and git revision in build
1760             properties and console log output</li>
1761           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1762             storing BioJsMSA Templates</li>
1763           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1764         </ul></td>
1765       <td>
1766         <!-- <em>General</em>
1767         <ul>
1768         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1769         <ul>
1770           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1771           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1772           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1773             predictions are not highlighted in amber</li>
1774           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1775             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1776           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1777             associated structure views</li>
1778           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1779             width checkbox not enabled</li>
1780           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1781             creating user defined colours</li>
1782           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1783             mappings for just that viewer's sequences</li>
1784           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1785             multiple models in Chimera</li>
1786           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1787             over Jmol structure</li>
1788           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1789             output to text box</li>
1790           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1791             have incorrect sequence start/end</li>
1792           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1793             Jalview fails</li>
1794           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1795             work for nucleotide</li>
1796           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1797             to a grey/invisible alignment window</li>
1798           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1799             imports to different position</li>
1800           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1801             on some platforms</li>
1802           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1803             populated</li>
1804           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1805             console if Chimera has been opened</li>
1806           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1807           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1808             retrieved</li>
1809           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1810           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1811             either sequence shows on first structure</li>
1812           <li>'Show annotations' options should not make
1813             non-positional annotations visible</li>
1814           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1815             in right place after 'view flanking regions'</li>
1816           <li>File Save As type unset when current file format is
1817             unknown</li>
1818           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1819             projects</li>
1820           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1821             responsive</li>
1822           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1823             several views on same alignment</li>
1824           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1825           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1826             spaces</li>
1827         </ul> <em>Applet</em>
1828         <ul>
1829           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1830           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1831             descriptions containing angle brackets</li>
1832         </ul> <em>General</em>
1833         <ul>
1834           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1835             via jalview annotation file</li>
1836           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1837             with RNA secondary structure</li>
1838           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1839             translation doesn't work.</li>
1840           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1841           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1842             positions</li>
1843           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1844             choosing 1pt font</li>
1845           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1846             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1847             'h'</li>
1848           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1849             new feature</li>
1850           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1851             order dependent</li>
1852           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1853             sequences</li>
1854           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1855         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1856         <ul>
1857           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1858             www.jalview.org</li>
1859         </ul> <em>Application Known issues</em>
1860         <ul>
1861           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1862           <li>Misleading message appears after trying to delete
1863             solid column.</li>
1864           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1865             version launches</li>
1866           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1867             fails with a sequence mismatch</li>
1868           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1869             scrolling alignment to right</li>
1870           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1871             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1872           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1873             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1874           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1875             ultra-high resolution</li>
1876           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1877             quality and conservation</li>
1878           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1879             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1880         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1881         <ul>
1882           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1883           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1884             window is being resized</li>
1885
1886         </ul>
1887       </td>
1888     </tr>
1889     <tr>
1890       <td><div align="center">
1891           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1892         </div></td>
1893       <td><em>General</em>
1894         <ul>
1895           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1896             Certum.PL.</li>
1897           <li>Features and annotation preserved when performing
1898             pairwise alignment</li>
1899           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1900             imported/exported/displayed</li>
1901           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1902             protein secondary structure</li>
1903           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1904               post-hoc with 2.9 release</em>)
1905           </li>
1906
1907         </ul> <em>Application</em>
1908         <ul>
1909           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1910             with 3D structures</li>
1911           <li>Support for parsing RNAML</li>
1912           <li>Annotations menu for layout
1913             <ul>
1914               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1915               <li>place sequence annotation above/below alignment
1916                 annotation</li>
1917             </ul>
1918           <li>Output in Stockholm format</li>
1919           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1920             translation</li>
1921           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1922           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1923             shared between alignments</li>
1924           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1925             Jalview</li>
1926           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1927             all or current selection</li>
1928           <li>disorder and secondary structure predictions
1929             available as dataset annotation</li>
1930           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1931
1932
1933           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1934             alignments from Rfam</li>
1935           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1936
1937           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1938             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1939           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1940           <li>include installation type in build properties and
1941             console log output</li>
1942           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1943             annotation</li>
1944         </ul></td>
1945       <td>
1946         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1947         <ul>
1948           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1949             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1950           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1951             alignment</li>
1952           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1953           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1954           <li>Double click on sequence associated annotation
1955             selects only first column</li>
1956           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1957             leaves shown in tree</li>
1958           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1959             properly</li>
1960           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1961           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1962             screen and buttons not visible</li>
1963           <li>author list isn't updated if already written to
1964             Jalview properties</li>
1965           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1966             from database</li>
1967           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1968           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1969             browser search window</li>
1970           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1971             in feature settings dialog</li>
1972           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1973             desktop</li>
1974           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1975             pass validation</li>
1976           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1977             fit on screen</li>
1978           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1979             tooltip</li>
1980           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1981             defined user preset</li>
1982           <li>MSA web services warns user if they were launched
1983             with invalid input</li>
1984           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1985             Java 8</li>
1986           <li>
1987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1988             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1989             created
1990           </li>
1991
1992         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1993         <ul>
1994         </ul> <em>General</em>
1995         <ul>
1996         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1997         <ul>
1998           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1999             memory allocation</li>
2000           <li>launchApp service doesn't automatically open
2001             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2002           <li>
2003             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2004             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2005             1.7_055 is available
2006           </li>
2007         </ul> <em>Application Known issues</em>
2008         <ul>
2009           <li>
2010             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2011             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2012             alignment to right
2013           </li>
2014           <li>
2015             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2016             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2017             with large number of ID
2018           </li>
2019           <li>
2020             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2021             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2022             start/end
2023           </li>
2024           <li>
2025             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2026             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2027             structure tracks are rearranged
2028           </li>
2029           <li>
2030             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2031             invalid rna structure positional highlighting does not
2032             highlight position of invalid base pairs
2033           </li>
2034           <li>
2035             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2036             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2037             project from alignment window file menu
2038           </li>
2039           <li>
2040             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2041             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2042             structures
2043           </li>
2044           <li>
2045             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2046             colour by RNA Helices not enabled when user created
2047             annotation added to alignment
2048           </li>
2049           <li>
2050             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2051             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2052           </li>
2053         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2054         <ul>
2055           <li>
2056             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2057             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2058           </li>
2059           <li>
2060             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2061             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2062           </li>
2063
2064           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2065             when selected</li>
2066         </ul>
2067       </td>
2068     </tr>
2069     <tr>
2070       <td><div align="center">
2071           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2072         </div></td>
2073       <td>
2074         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2075         <em>General</em>
2076         <ul>
2077           <li>Internationalisation of user interface (usually
2078             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2079           <li>Define/Undefine group on current selection with
2080             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2081           <li>Improved group creation/removal options in
2082             alignment/sequence Popup menu</li>
2083           <li>Sensible precision for symbol distribution
2084             percentages shown in logo tooltip.</li>
2085           <li>Annotation panel height set according to amount of
2086             annotation when alignment first opened</li>
2087         </ul> <em>Application</em>
2088         <ul>
2089           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2090             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2091           <li>Select columns containing particular features from
2092             Feature Settings dialog</li>
2093           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2094             sequences</li>
2095           <li>Update Jalview project format:
2096             <ul>
2097               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2098               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2099                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2100               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2101                 colouring</li>
2102             </ul>
2103           </li>
2104           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2105             (PAM250)</li>
2106           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2107             flanking regions for an alignment</li>
2108         </ul>
2109       </td>
2110       <td>
2111         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2112         <ul>
2113           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2114             running after job is cancelled</li>
2115           <li>cannot export features from alignments imported from
2116             Jalview/VAMSAS projects</li>
2117           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2118             float values</li>
2119           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2120             have 'display all symbols' flag set</li>
2121           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2122             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2123           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2124             Jalview</li>
2125           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2126             Lion/Webstart</li>
2127           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2128           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2129           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2130             alignment onto desktop</li>
2131           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2132             'extract scores' function</li>
2133           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2134             alignment window</li>
2135           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2136             performing IUPred disorder prediction</li>
2137           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2138             changing 'normalise logo' display setting</li>
2139           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2140             nothing matches query</li>
2141           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2142             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2143           </li>
2144           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2145             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2146           </li>
2147           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2148             Jalview's menu</li>
2149           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2150             'invalid literal/length code'</li>
2151           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2152             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2153           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2154             colourscheme</li>
2155
2156         </ul> <em>Applet</em>
2157         <ul>
2158           <li>Remove group option is shown even when selection is
2159             not a group</li>
2160           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2161             don't affect groups</li>
2162           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2163             colourscheme name</li>
2164           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2165             Annotation panel is not displayed</li>
2166           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2167             embedded windows</li>
2168         </ul> <em>Other</em>
2169         <ul>
2170           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2171             single sequence were not calculated</li>
2172           <li>annotation files that contain only groups imported as
2173             annotation and junk sequences</li>
2174           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2175             recognised as PFAM or BLC</li>
2176           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2177             doesn't affect background (2.8.0b1)
2178           <li></li>
2179           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2180           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2181             trailing gaps</li>
2182           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2183             registered correctly on import</li>
2184           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2185             certain alignments</li>
2186           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2187             existing annotation based 'use original colours'
2188             colourscheme loses original colours setting</li>
2189         </ul>
2190       </td>
2191     </tr>
2192     <tr>
2193       <td><div align="center">
2194           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2195             <em>30/1/2014</em></strong>
2196         </div></td>
2197       <td>
2198         <ul>
2199           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2200             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2201             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2202             open source project).
2203           </li>
2204           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2205           <li>Output in Stockholm format</li>
2206           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2207           <li>Export/import group and sequence associated line
2208             graph thresholds</li>
2209           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2210             ambiguity codes</li>
2211           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2212             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2213             works</li>
2214           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2215         </ul> <em>Other improvements</em>
2216         <ul>
2217           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2218           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2219             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2220           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2221             files</li>
2222           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2223           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2224             link but no description</li>
2225           <li>Select primary source when selecting authority in
2226             database fetcher GUI</li>
2227           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2228             Jalview</li>
2229           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2230         </ul>
2231       </td>
2232       <td>
2233         <ul>
2234           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2235             displayed</li>
2236           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2237             secondary structure annotation line</li>
2238           <li>Sequence database accessions not imported when
2239             fetching alignments from Rfam</li>
2240           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2241             identical IDs</li>
2242           <li>View all structures does not always superpose
2243             structures</li>
2244           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2245             reflect user or preset settings</li>
2246           <li>Null pointer exceptions for some services without
2247             presets or adjustable parameters</li>
2248           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2249             discover PDB xRefs</li>
2250           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2251             features with DAS</li>
2252           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2253             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2254           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2255             residue follows a gap</li>
2256           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2257             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2258           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2259             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2260           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2261             annotation already exists on alignment</li>
2262           <li>oninit javascript function should be called after
2263             initialisation completes</li>
2264           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2265             alignment window display</li>
2266           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2267           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2268             to annotation file</li>
2269           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2270             groups created</li>
2271           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2272             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2273           <li>Pressing return several times causes Number Format
2274             exceptions in keyboard mode</li>
2275           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2276             correct partitions for input data</li>
2277           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2278           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2279           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2280           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2281             mode</li>
2282           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2283             changes one row&#39;s threshold</li>
2284           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2285             doesn&#39;t open</li>
2286           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2287             quality histograms</li>
2288         </ul>
2289       </td>
2290     </tr>
2291     <tr>
2292       <td><div align="center">
2293           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2294         </div></td>
2295       <td><em>Application</em>
2296         <ul>
2297           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2298             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2299           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2300             preferences</li>
2301           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2302             in Jalview alignment window</li>
2303           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2304             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2305           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2306             RNA and ambiguity codes</li>
2307
2308           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2309           <li>Support fetching and database reference look up
2310             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2311             refs')</li>
2312           <li>Jalview project improvements
2313             <ul>
2314               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2315                 flag for annotation</li>
2316               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2317                 alignment</li>
2318               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2319                 Jalview project</li>
2320
2321             </ul>
2322           </li>
2323           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2324           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2325             running</li>
2326           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2327           <li>visual indication that web service results are still
2328             being retrieved from server</li>
2329           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2330             starts up for first time</li>
2331           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2332             services</li>
2333           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2334             client library</li>
2335           <li>Examples directory and Groovy library included in
2336             InstallAnywhere distribution</li>
2337         </ul> <em>Applet</em>
2338         <ul>
2339           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2340             visualization applet example</li>
2341         </ul> <em>General</em>
2342         <ul>
2343           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2344           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2345             defaults</li>
2346           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2347             calculation</li>
2348           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2349             matrices
2350           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2351             in HTML</li>
2352           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2353             structure contacts</li>
2354           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2355           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2356           <li>Parse sequence associated secondary structure
2357             information in Stockholm files</li>
2358           <li>HTML Export database accessions and annotation
2359             information presented in tooltip for sequences</li>
2360           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2361             style RNA alignment files</li>
2362           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2363             alignment</li>
2364           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2365             shade each sequence according to its associated alignment
2366             annotation</li>
2367           <li>New Jalview Logo</li>
2368         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2369         <ul>
2370           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2371           <li>New Website!</li>
2372         </ul></td>
2373       <td><em>Application</em>
2374         <ul>
2375           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2376             wsdbfetch REST service</li>
2377           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2378           <li>Filetype associations not installed for webstart
2379             launch</li>
2380           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2381             job execution in full once it is complete</li>
2382           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2383             uploaded via ali_file parameter</li>
2384           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2385           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2386           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2387             submitted for prediction</li>
2388           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2389             desktop window</li>
2390           <li>Putting fractional value into integer text box in
2391             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2392           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2393             windows 7</li>
2394           <li>View all structures fails with exception shown in
2395             structure view</li>
2396           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2397             escaped in a platform independent way</li>
2398           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2399             using proxy</li>
2400           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2401             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2402           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2403             failure when java web start temporary file caching is
2404             disabled</li>
2405           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2406             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2407           <li>Errors during processing of command line arguments
2408             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2409           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2410             DAS sources in sequence fetcher</li>
2411           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2412             dialog is shown</li>
2413           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2414           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2415           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2416           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2417             on OSX Mountain Lion</li>
2418           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2419             sequences with alignment annotation are pasted into the
2420             alignment</li>
2421           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2422             when loaded from Jalview project</li>
2423           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2424           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2425             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2426           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2427             associated with all views</li>
2428           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2429             annotation rows to new window</li>
2430         </ul> <em>Applet</em>
2431         <ul>
2432           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2433             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2434           <li>loading features via javascript API automatically
2435             enables feature display</li>
2436           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2437             work</li>
2438         </ul> <em>General</em>
2439         <ul>
2440           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2441           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2442             and then deselected</li>
2443           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2444           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2445             coloured with clustalx</li>
2446           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2447             exceptions and redraw errors</li>
2448           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2449             reconfigured view</li>
2450           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2451             colour</li>
2452           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2453             for lots of labels</li>
2454         </ul>
2455     </tr>
2456     <tr>
2457       <td>
2458         <div align="center">
2459           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2460         </div>
2461       </td>
2462       <td><em>Application</em>
2463         <ul>
2464           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2465           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2466           <li>View/alignment association menu to enable user to
2467             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2468             its colours/correspondences from</li>
2469           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2470           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2471             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2472           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2473           <li>Annotation row column label formatting attributes
2474             stored in project file</li>
2475           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2476             rows preserved in Jalview project file</li>
2477           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2478             saved using Desktop window menu</li>
2479           <li>Visual indication that command line arguments are
2480             still being processed</li>
2481           <li>Groovy script execution from URL</li>
2482           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2483             preferences</li>
2484           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2485             alignment with sequences that have high similarity and
2486             matching IDs</li>
2487           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2488           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2489             structures in same window</li>
2490           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2491           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2492             analysis function in its own submenu</li>
2493         </ul> <em>Applet</em>
2494         <ul>
2495           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2496             groups</li>
2497           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2498           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2499           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2500           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2501           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2502             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2503           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2504           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2505             parameters are treated as such</li>
2506           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2507             <ul>
2508               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2509               <li>Javascript callbacks for
2510                 <ul>
2511                   <li>Applet initialisation</li>
2512                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2513                 </ul>
2514               </li>
2515               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2516                 functions</li>
2517               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2518               <li>javascript structure viewer harness to pass
2519                 messages between Jmol and Jalview when running as
2520                 distinct applets</li>
2521               <li>sortBy method</li>
2522               <li>Set of applet and application examples shipped
2523                 with documentation</li>
2524               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2525                 javascript message exchange</li>
2526             </ul>
2527         </ul> <em>General</em>
2528         <ul>
2529           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2530             multiple alignments</li>
2531           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2532           <li>User configurable link to enable redirects to a
2533             www.Jalview.org mirror</li>
2534           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2535           <li>Configurable newline string when writing alignment
2536             and other flat files</li>
2537           <li>Allow alignment annotation description lines to
2538             contain html tags</li>
2539         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2540         <ul>
2541           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2542             examples</li>
2543           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2544             using a web service before displaying the result in the
2545             Jalview desktop</li>
2546           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2547           <li>Ant target to publish example html files with applet
2548             archive</li>
2549           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2550           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2551         </ul></td>
2552       <td><em>Application</em>
2553         <ul>
2554           <li>User defined colourscheme throws exception when
2555             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2556           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2557             dialog for valid filename/format</li>
2558           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2559           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2560             P37173</li>
2561           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2562             which sequence is to be associated with the file</li>
2563           <li>Find All raises null pointer exception when query
2564             only matches sequence IDs</li>
2565           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2566           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2567             2.4 cannot be loaded</li>
2568           <li>Filetype associations not installed for webstart
2569             launch</li>
2570           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2571             with sequences in different alignments do not get coloured
2572             by their associated sequence</li>
2573           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2574             not preserved when project is loaded</li>
2575           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2576             stored in Jalview project</li>
2577           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2578             Jalview project</li>
2579           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2580           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2581             by conservation</li>
2582           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2583             created on new view</li>
2584           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2585             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2586           <li>Alignment quality not updated after alignment
2587             annotation row is hidden then shown</li>
2588           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2589             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2590           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2591             properly</li>
2592           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2593             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2594           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2595           <li>Structures imported from file and saved in project
2596             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2597           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2598             job execution in full once it is complete</li>
2599         </ul> <em>Applet</em>
2600         <ul>
2601           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2602             annotation rows are displayed</li>
2603           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2604             codebase</li>
2605           <li>View follows highlighting does not work for positions
2606             in sequences</li>
2607           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2608           <li>Export features raises exception when no features
2609             exist</li>
2610           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2611             for javascript api is modified when separator string
2612             provided as parameter</li>
2613           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2614             alignment with no existing selection</li>
2615           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2616             to applet&#39;s codebase</li>
2617           <li>Status bar not updated after finished searching and
2618             search wraps around to first result</li>
2619           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2620             several Jalview applets causes race conditions and memory
2621             leaks</li>
2622           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2623             not sent from Jmol in applet</li>
2624           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2625             applet API fatally hang browser</li>
2626         </ul> <em>General</em>
2627         <ul>
2628           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2629             position with wrapped view and hidden regions</li>
2630           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2631             with/without hidden columns</li>
2632           <li>Sequence length given in alignment properties window
2633             is off by 1</li>
2634           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2635             import PDB like structure files</li>
2636           <li>Positional search results are only highlighted
2637             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2638           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2639           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2640             given sequence position</li>
2641           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2642             output</li>
2643           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2644             from nucleotide chains correctly</li>
2645           <li>Structure colours not updated when tree partition
2646             changed in alignment</li>
2647           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2648             parsed in interleaved stockholm</li>
2649           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2650             state</li>
2651           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2652             properly</li>
2653           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2654             properly associated with their pdb files</li>
2655         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2656         <ul>
2657           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2658             ApplyCopyright tool</li>
2659         </ul></td>
2660     </tr>
2661     <tr>
2662       <td>
2663         <div align="center">
2664           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2665         </div>
2666       </td>
2667       <td><em>Application</em>
2668         <ul>
2669           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2670             contact web services</li>
2671           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2672             service job window</li>
2673           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2674         </ul></td>
2675       <td>
2676         <ul>
2677           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2678             pir file emitted by Jalview</li>
2679           <li>Existing feature settings transferred to new
2680             alignment view created from cut'n'paste</li>
2681           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2682             parsing PDB files</li>
2683           <li>Consensus and conservation annotation rows
2684             occasionally become blank for all new windows</li>
2685           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2686             in wrapped view mode</li>
2687         </ul> <em>Application</em>
2688         <ul>
2689           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2690             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2691           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2692             parameter names</li>
2693           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2694             is down</li>
2695         </ul>
2696       </td>
2697     </tr>
2698     <tr>
2699       <td>
2700         <div align="center">
2701           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2702         </div>
2703       </td>
2704       <td><em>Application</em>
2705         <ul>
2706           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2707             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2708             (JABAWS)
2709           </li>
2710           <li>Web Services preference tab</li>
2711           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2712             preferences</li>
2713           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2714           <li>Superpose structures using associated sequence
2715             alignment</li>
2716           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2717             viewer</li>
2718         </ul> <em>Applet</em>
2719         <ul>
2720           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2721             link out mechanism</li>
2722         </ul> <em>Other</em>
2723         <ul>
2724           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2725             series 12</li>
2726           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2727             require Java 1.5</li>
2728           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2729             sequence annotation files</li>
2730           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2731             type colour specification</li>
2732           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2733             script to check if it being run in an interactive session or
2734             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2735         </ul></td>
2736       <td>
2737         <ul>
2738           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2739             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2740         </ul> <em>Application</em>
2741         <ul>
2742           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2743             selected Regions menu item</li>
2744           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2745             part of a valid accession ID</li>
2746           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2747             runs out of memory</li>
2748           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2749             analysis results</li>
2750           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2751             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2752           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2753         </ul> <em>Applet</em>
2754         <ul>
2755           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2756             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2757             defined.</li>
2758         </ul>
2759       </td>
2760     </tr>
2761     <tr>
2762       <td>
2763         <div align="center">
2764           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2765         </div>
2766       </td>
2767       <td></td>
2768       <td>
2769         <ul>
2770           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2771             sequence IDs</li>
2772           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2773             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2774           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2775             import correctly</li>
2776           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2777             number of columns are hidden</li>
2778           <li>annotation label popup menu not providing correct
2779             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2780             present</li>
2781           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2782             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2783           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2784             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2785
2786         </ul> <em>Applet</em>
2787         <ul>
2788           <li>annotation panel disappears when annotation is
2789             hidden/removed</li>
2790         </ul> <em>Application</em>
2791         <ul>
2792           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2793             alignment opened where annotation panel is visible but no
2794             annotations are present on alignment</li>
2795           <li>pasted region containing hidden columns is
2796             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2797           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2798             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2799           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2800             selected Rregions menu item.</li>
2801           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2802             'Un' or 'Non'conserved</li>
2803           <li>Sequence feature settings are being shared by
2804             multiple distinct alignments</li>
2805           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2806             changed</li>
2807           <li>double click on group annotation to select sequences
2808             does not propagate to associated trees</li>
2809           <li>Mac OSX specific issues:
2810             <ul>
2811               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2812                 window background</li>
2813               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2814                 name set correctly</li>
2815               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2816                 save feature colourscheme button</li>
2817             </ul>
2818           </li>
2819         </ul>
2820       </td>
2821     </tr>
2822     <tr>
2823
2824       <td>
2825         <div align="center">
2826           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2827         </div>
2828       </td>
2829       <td><em>New Capabilities</em>
2830         <ul>
2831           <li>URL links generated from description line for
2832             regular-expression based URL links (applet and application)
2833
2834           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2835             menu</li>
2836           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2837             structures</li>
2838           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2839             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2840           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2841             average score or total feature count for each sequence.</li>
2842           <li>Shading features by score or associated description</li>
2843           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2844             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2845           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2846             hide everything but the currently selected region.</li>
2847           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2848         </ul> <em>Application</em>
2849         <ul>
2850           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2851             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2852           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2853             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2854           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2855             database references and protein_name is parsed as
2856             description line (BioSapiens terms).</li>
2857           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2858             references in sequence ID tooltip from View menu in
2859             application.</li>
2860           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2861       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2862           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2863             conservation plots</li>
2864           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2865             and visualized as sequence logos</li>
2866           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2867             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2868           </li>
2869           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2870             when a new tree is opened.</li>
2871           <li>Jalview Java Console</li>
2872           <li>Better placement of desktop window when moving
2873             between different screens.</li>
2874           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2875             consensus annotation</li>
2876           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2877             Workflows</li>
2878           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2879             <ul>
2880               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2881                 used to preserve views, structures, and tree display
2882                 settings)</li>
2883               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2884                 command line</li>
2885               <li>Sharing of selected regions between views and
2886                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2887               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2888             </ul></li>
2889         </ul> <em>Applet</em>
2890         <ul>
2891           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2892           <li>New Parameters
2893             <ul>
2894               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2895                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2896                 opened.</li>
2897               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2898                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2899               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2900                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2901               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2902                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2903                 view</li>
2904               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2905                 increase the height or width of a cell in the alignment
2906                 grid relative to the current font size.</li>
2907             </ul>
2908           </li>
2909           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2910             tooltip</li>
2911         </ul> <em>Other</em>
2912         <ul>
2913           <li>Features format: graduated colour definitions and
2914             specification of feature scores</li>
2915           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2916             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2917             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2918           <li>XML formats extended to support graduated feature
2919             colourschemes, group associated annotation, and profile
2920             visualization settings.</li></td>
2921       <td>
2922         <ul>
2923           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2924             rather than description</li>
2925           <li>Non-positional features are now included in sequence
2926             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2927             visibility in tooltip).</li>
2928           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2929           <li>Added URL embedding instructions to features file
2930             documentation.</li>
2931           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2932             'X' in peptide product</li>
2933           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2934             sequence ID and sequence string and query strings do not
2935             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2936           <li>AMSA files only contain first column of
2937             multi-character column annotation labels</li>
2938           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2939             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2940             exported and re-imported)</li>
2941           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2942             name</li>
2943           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2944             as subsequence matches, and correctly reports total number
2945             of both.</li>
2946           <li>Application:
2947             <ul>
2948               <li>Better handling of exceptions during sequence
2949                 retrieval</li>
2950               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2951                 link text excludes the start_end suffix</li>
2952               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2953                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2954               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2955               <li>Sequence description lines properly shared via
2956                 VAMSAS</li>
2957               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2958                 data sources</li>
2959               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2960                 completes before alignment figures are generated.</li>
2961               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2962                 first time.</li>
2963               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2964                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2965               <li>User defined group colours properly recovered
2966                 from Jalview projects.</li>
2967             </ul>
2968           </li>
2969         </ul>
2970       </td>
2971
2972     </tr>
2973     <tr>
2974       <td>
2975         <div align="center">
2976           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2977         </div>
2978       </td>
2979       <td>
2980         <ul>
2981           <li>Experimental support for google analytics usage
2982             tracking.</li>
2983           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2984         </ul>
2985       </td>
2986       <td>
2987         <ul>
2988           <li>Race condition in applet preventing startup in
2989             jre1.6.0u12+.</li>
2990           <li>Exception when feature created from selection beyond
2991             length of sequence.</li>
2992           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2993           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2994             all sequences with a given id</li>
2995           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2996             ID string searches</li>
2997           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2998             alignment to fail with exception</li>
2999         </ul> <em>Application Issues</em>
3000         <ul>
3001           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3002           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3003             data sources</li>
3004         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3005         <ul>
3006           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3007             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3008           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3009             version (java class versioning error fixed)</li>
3010         </ul>
3011       </td>
3012     </tr>
3013     <tr>
3014       <td>
3015
3016         <div align="center">
3017           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3018         </div>
3019       </td>
3020       <td><em>User Interface</em>
3021         <ul>
3022           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3023             translation and protein products</li>
3024           <li>Linked highlighting of structure associated with
3025             residue mapping to codon position</li>
3026           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3027             and 'clear' button</li>
3028           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3029             Tools menu</li>
3030           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3031             numeric data in description line</li>
3032           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3033           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3034             of sequence</li>
3035         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3036         <ul>
3037           <li>JPred3 web service</li>
3038           <li>Prototype sequence search client (no public services
3039             available yet)</li>
3040           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3041             PFAM</li>
3042           <li>URL Links created for matching database cross
3043             references as well as sequence ID</li>
3044           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3045         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3046         <ul>
3047           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3048             databases</li>
3049           <li>Generalised database reference retrieval and
3050             validation to all fetchable databases</li>
3051           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3052             sequence command</li>
3053         </ul> <em>Import and Export</em>
3054         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3055         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3056           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3057         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3058           File</li>
3059         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3060           triplet as name of colourscheme</li>
3061         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3062         <ul>
3063           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3064           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3065             alignments (experimental)</li>
3066           <li>Create new or select existing session to join</li>
3067           <li>load and save of vamsas documents</li>
3068         </ul> <em>Application command line</em>
3069         <ul>
3070           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3071             from applet)</li>
3072           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3073             of DAS servers to query for alignment features</li>
3074           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3075             that are also automatically queried for features</li>
3076           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3077             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3078         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3079         <ul>
3080           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3081             application (when using &quot;View in full
3082             application&quot;)</li>
3083         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3084         <ul>
3085           <li>feature group display control parameter</li>
3086           <li>debug parameter</li>
3087           <li>showbutton parameter</li>
3088         </ul> <em>Applet API methods</em>
3089         <ul>
3090           <li>newView public method</li>
3091           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3092           <li>Feature display control methods</li>
3093           <li>get list of currently selected sequences</li>
3094         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3095         <ul>
3096           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3097           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3098             Jalview release.</li>
3099           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3100             property controls execution of obfuscator</li>
3101           <li>Build target for generating source distribution</li>
3102           <li>Debug flag for javacc</li>
3103           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3104             jalview.bin.Cache</li>
3105           <li>Continuous Build Integration for stable and
3106             development version of Application, Applet and source
3107             distribution</li>
3108         </ul></td>
3109       <td>
3110         <ul>
3111           <li>selected region output includes visible annotations
3112             (for certain formats)</li>
3113           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3114             for editing</li>
3115           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3116           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3117           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3118           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3119             comments</li>
3120           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3121             filenames containing a ':'</li>
3122           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3123             global sequence features</li>
3124           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3125             references from alignment sequences goes to zero</li>
3126           <li>Close of tree branch colour box without colour
3127             selection causes cascading exceptions</li>
3128           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3129           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3130             file parsing fails.</li>
3131           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3132           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3133             not a valid output format</li>
3134           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3135             vamsas</li>
3136           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3137           <li>error messages passed up and output when data read
3138             fails</li>
3139           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3140             sequence is edited</li>
3141           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3142             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3143           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3144             filetype</li>
3145           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3146             import fixed for PFAM records</li>
3147           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3148             window list</li>
3149           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3150             can be read and written correctly to annotation file</li>
3151           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3152             correctly</li>
3153           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3154             non-italic font for representatives in Applet</li>
3155           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3156             Macs.</li>
3157           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3158             Applet)</li>
3159           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3160             due to null pointer exceptions</li>
3161           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3162             first column of alignment</li>
3163           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3164             July 2008</li>
3165           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3166             file is case-insensitive</li>
3167           <li>Sequence features read from Features file appended to
3168             all sequences with matching IDs</li>
3169           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3170             containing a sub-sequence</li>
3171           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3172           <li>feature and annotation file applet parameters
3173             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3174           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3175           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3176             splash-screen version check to complete</li>
3177           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3178             when passing them to the launchApp service</li>
3179           <li>display name and local features preserved in results
3180             retrieved from web service</li>
3181           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3182             sequence fetcher initialisation</li>
3183           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3184             dasobert DAS client</li>
3185           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3186             association</li>
3187           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3188             sequences
3189           </li>
3190         </ul>
3191       </td>
3192     </tr>
3193     <tr>
3194       <td>
3195         <div align="center">
3196           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3197         </div>
3198       </td>
3199       <td>
3200         <ul>
3201           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3202           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3203           <li>Slide sequences</li>
3204           <li>Edit sequence in place</li>
3205           <li>EMBL CDS features</li>
3206           <li>DAS Feature mapping</li>
3207           <li>Feature ordering</li>
3208           <li>Alignment Properties</li>
3209           <li>Annotation Scores</li>
3210           <li>Sort by scores</li>
3211           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3212         </ul>
3213       </td>
3214       <td>
3215         <ul>
3216           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3217           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3218           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3219           <li>Feature group display state in XML</li>
3220           <li>Feature ordering in XML</li>
3221           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3222           <li>Stockholm alignment properties</li>
3223           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3224           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3225           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3226           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3227         </ul>
3228       </td>
3229
3230     </tr>
3231     <tr>
3232       <td>
3233         <div align="center">
3234           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3235         </div>
3236       </td>
3237       <td>
3238         <ul>
3239           <li>Non standard characters can be read and displayed
3240           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3241             applet via textbox
3242           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3243             name &amp; description
3244           <li>Preference setting to display sequence name in
3245             italics
3246           <li>Annotation file format extended to allow
3247             Sequence_groups to be defined
3248           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3249             specified in preferences
3250           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3251             sequences
3252         </ul>
3253       </td>
3254       <td>
3255         <ul>
3256           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3257             installed
3258           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3259           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3260         </ul>
3261       </td>
3262     </tr>
3263     <tr>
3264       <td>
3265         <div align="center">
3266           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3267         </div>
3268       </td>
3269       <td>
3270         <ul>
3271           <li>Multiple views on alignment
3272           <li>Sequence feature editing
3273           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3274           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3275           <li>Background dependent text colour
3276           <li>Right align sequence ids
3277           <li>User-defined lower case residue colours
3278           <li>Format Menu
3279           <li>Select Menu
3280           <li>Menu item accelerator keys
3281           <li>Control-V pastes to current alignment
3282           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3283           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3284           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3285
3286           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3287         </ul>
3288       </td>
3289       <td>
3290         <ul>
3291           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3292           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3293             calculations
3294           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3295             edits
3296           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3297             of alignment)
3298           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3299
3300           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3301             display correctly
3302           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3303           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3304             analysis results
3305           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3306             &#8739;
3307           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3308           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3309           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3310
3311         </ul>
3312       </td>
3313     </tr>
3314     <tr>
3315       <td>
3316         <div align="center">
3317           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3318         </div>
3319       </td>
3320       <td>
3321         <ul>
3322           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3323         </ul>
3324       </td>
3325       <td>
3326         <ul>
3327           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3328             sequence id panel has been resized</li>
3329           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3330             rendered</li>
3331           <li>Annotation files with sequence references - all
3332             elements in file are relative to sequence position</li>
3333           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3334         </ul>
3335       </td>
3336     </tr>
3337     <tr>
3338       <td>
3339         <div align="center">
3340           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3341         </div>
3342       </td>
3343       <td>
3344         <ul>
3345           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3346           <li>DAS Feature fetching</li>
3347           <li>Hide sequences and columns</li>
3348           <li>Export Annotations and Features</li>
3349           <li>GFF file reading / writing</li>
3350           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3351             files</li>
3352           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3353           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3354           <li>Applet can launch the full application</li>
3355           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3356             required)</li>
3357           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3358           <li>Applet can load sequences from parameter
3359             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3360           </li>
3361         </ul>
3362       </td>
3363       <td>
3364         <ul>
3365           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3366           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3367           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3368         </ul>
3369       </td>
3370     </tr>
3371     <tr>
3372       <td>
3373         <div align="center">
3374           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3375         </div>
3376       </td>
3377       <td>
3378         <ul>
3379           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3380           <li>Choose to match case when searching</li>
3381           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3382             expand the visible width and height of the alignment</li>
3383         </ul>
3384       </td>
3385       <td>
3386         <ul>
3387           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3388         </ul>
3389       </td>
3390     </tr>
3391     <tr>
3392       <td>
3393         <div align="center">
3394           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3395         </div>
3396       </td>
3397       <td>&nbsp;</td>
3398       <td>
3399         <ul>
3400           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3401           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3402             value</li>
3403         </ul>
3404       </td>
3405     </tr>
3406     <tr>
3407       <td>
3408         <div align="center">
3409           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3410         </div>
3411       </td>
3412       <td>
3413         <ul>
3414           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3415           <li>Keyboard editing</li>
3416           <li>Create sequence features from searches</li>
3417           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3418             alignments</li>
3419           <li>Features file allows grouping of features</li>
3420           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3421           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3422           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3423         </ul>
3424       </td>
3425       <td>
3426         <ul>
3427           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3428           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3429             descriptions saved.</li>
3430         </ul>
3431       </td>
3432     </tr>
3433     <tr>
3434       <td>
3435         <div align="center">
3436           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3437         </div>
3438       </td>
3439       <td>
3440         <ul>
3441           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3442           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3443           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3444             name for file output</li>
3445           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3446           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3447             used for HTML form input</li>
3448         </ul>
3449       </td>
3450       <td>
3451         <ul>
3452           <li>HTML output writes groups and features</li>
3453           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3454           <li>File IO bugs</li>
3455         </ul>
3456       </td>
3457     </tr>
3458     <tr>
3459       <td>
3460         <div align="center">
3461           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3462         </div>
3463       </td>
3464       <td>
3465         <ul>
3466           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3467           <li>More options for PCA viewer</li>
3468         </ul>
3469       </td>
3470       <td>
3471         <ul>
3472           <li>GUI bugs resolved</li>
3473           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3474         </ul>
3475       </td>
3476     </tr>
3477     <tr>
3478       <td height="63">
3479         <div align="center">
3480           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3481         </div>
3482       </td>
3483       <td>
3484         <ul>
3485           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3486           <li>Jar files are executable</li>
3487           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3488         </ul>
3489       </td>
3490       <td>
3491         <ul>
3492           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3493           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3494           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3495         </ul>
3496       </td>
3497     </tr>
3498     <tr>
3499       <td>
3500         <div align="center">
3501           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3502         </div>
3503       </td>
3504       <td>
3505         <ul>
3506           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3507         </ul>
3508       </td>
3509       <td>
3510         <ul>
3511           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3512         </ul>
3513       </td>
3514     </tr>
3515     <tr>
3516       <td>
3517         <div align="center">
3518           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3519         </div>
3520       </td>
3521       <td>
3522         <ul>
3523           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3524             size</li>
3525         </ul>
3526       </td>
3527       <td>
3528         <ul>
3529           <li>Improved JPred client reliability</li>
3530           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3531         </ul>
3532       </td>
3533     </tr>
3534     <tr>
3535       <td>
3536         <div align="center">
3537           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3538         </div>
3539       </td>
3540       <td>
3541         <ul>
3542           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3543           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3544           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3545             to Colour Menu</li>
3546           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3547           <li>Unix users can set default web browser</li>
3548           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3549           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3550         </ul>
3551       </td>
3552       <td>
3553         <ul>
3554           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3555         </ul>
3556       </td>
3557     </tr>
3558     <tr>
3559       <td>
3560         <div align="center">
3561           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3562         </div>
3563       </td>
3564       <td>&nbsp;</td>
3565       <td>
3566         <ul>
3567           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3568             alignment order.</li>
3569         </ul>
3570       </td>
3571     </tr>
3572     <tr>
3573       <td>
3574         <div align="center">
3575           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3576         </div>
3577       </td>
3578       <td>
3579         <ul>
3580           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3581           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3582           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3583             annotations.</li>
3584           <li>Version and build date written to build properties
3585             file.</li>
3586           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3587             at launch of Jalview.</li>
3588         </ul>
3589       </td>
3590       <td>
3591         <ul>
3592           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3593           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3594           <li>Can remove groups one by one.</li>
3595           <li>Filechooser icons installed.</li>
3596           <li>Finder ignores return character when searching.
3597             Return key will initiate a search.<br>
3598           </li>
3599         </ul>
3600       </td>
3601     </tr>
3602     <tr>
3603       <td>
3604         <div align="center">
3605           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3606         </div>
3607       </td>
3608       <td>
3609         <ul>
3610           <li>New codebase</li>
3611         </ul>
3612       </td>
3613       <td>&nbsp;</td>
3614     </tr>
3615   </table>
3616   <p>&nbsp;</p>
3617 </body>
3618 </html>