help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>8/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
  81               for disabling automatic superposition of multiple
  82               structures and open structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features (particularly when transparency is disabled)
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 108               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 112               overlapping alignment panel
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2929 -->overview doesn't show end of unpadded
 116               sequence as gaps
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling improved: CDS not handled correctly if transcript has no UTR
 120             </li>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 123               factor annotation not added to sequence when local PDB
 124               file associated with it by drag'n'drop or structure
 125               chooser
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 129               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 133               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 137               columns in annotation row
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 141               honored in interactive and batch mode
 142             </li>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 145               for structures added to existing Jmol view
 146             </li>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 149               entries after importing project with multiple views
 150             </li>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 153               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 154               with negative residue numbers or missing residues fails
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 158               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 159               as generated by CONSURF)
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 163               structure and/or overview windows are also shown
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 167               very slow for alignments with large numbers of sequences
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 171               with 'StringIndexOutOfBounds'
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 175               platforms running Java 10
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 179               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 180             </li>
 181           </ul>
 182           <em>Applet</em>
 183           <ul>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 186               should copy the group consensus when popup is opened on it
 187             </li>
 188           </ul>
 189           <em>Batch Mode</em>
 190           <ul>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 193           </li>
 194           </ul>
 195           <em>New Known Defects</em>
 196           <ul>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 199               editing a large alignment and overview is displayed
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 203               repeatedly after a series of edits even when the overview
 204               is no longer reflecting updates
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 208               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 209               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 210               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 211             </li>
 212           </ul>
 213         </div>
 214           </td>
 215     </tr>
 216     <tr>
 217       <td width="60" nowrap>
 218         <div align="center">
 219           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 220         </div>
 221       </td>
 222       <td><div align="left">
 223           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 224               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 225       <td><div align="left">
 226           <em>Desktop</em><ul>
 227           <ul>
 228             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 229             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 230             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 231             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 232             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 233             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 234             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 235           </ul>
 236           </div>
 237       </td>
 238     </tr>
 239     <tr>
 240       <td width="60" nowrap>
 241         <div align="center">
 242           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 243         </div>
 244       </td>
 245       <td><div align="left">
 246           <em></em>
 247           <ul>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 250               rendering of sequence features
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 254               429 rate limit request hander
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 258               their colours have changed
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 262               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 266               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 270               view from Ensembl locus cross-references
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 274               Alignment report
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 278               feature can be disabled
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 282               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 286               Uniprot
 287             </li>
 288           </ul>
 289           <em>Scripting</em>
 290           <ul>
 291             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 292             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 293               percent identity scores for current alignment.</li>
 294           </ul>
 295           <em>Testing and Deployment</em>
 296           <ul>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 299             </li>
 300           </ul>
 301         </div></td>
 302       <td><div align="left">
 303           <em>General</em>
 304           <ul>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 307               threshold text field doesn't trigger an update to the
 308               alignment view
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 312               strings in parallel
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 316               alignment window is closed
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 320               group visibility
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 324               takes a long time in Cursor mode
 325             </li>
 326           </ul>
 327           <em>Desktop</em>
 328           <ul>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 331               cannot be viewed in Chimera
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 335               CDS/Protein view
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 339               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 340               Search Dialogs
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 350               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 354               scrolling right in unwapped alignment view
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 358               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 359               database
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 363               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 367               features of same type and group to be selected for
 368               amending
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 372               alignments when hidden columns are present
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 376               displaying several structures
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 380               moving a window
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 384               within the Jalview desktop on OSX
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 388               when in wrapped alignment mode
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 392               hand end of alignment
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 396               each selected sequence do not have correct start/end
 397               positions
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 401               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 405               restoring project until a new view is created
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 409               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 410               configured (since 2.10.2b2)
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 414               position is adjusted
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 418               in a multi-chain structure when viewing alignment
 419               involving more than one chain (since 2.10)
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 423               if new selection moves alignment window
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 427               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 431               that produces correctly annotated transcripts and products
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 435               doesn't update associated structure view
 436             </li>
 437           </ul>
 438           <em>Applet</em><br />
 439           <ul>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 442               closing alignment panel
 443             </li>
 444           </ul>
 445           <em>BioJSON</em><br />
 446           <ul>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 449               non-positional features
 450             </li>
 451           </ul>
 452           <em>New Known Issues</em>
 453           <ul>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 456               sequence features correctly (for many previous versions of
 457               Jalview)
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 461               using cursor in wrapped panel other than top
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 465               graduated colour threshold
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 469               always preserve numbering and sequence features
 470             </li>
 471           </ul>
 472           <em>Known Java 9 Issues</em>
 473           <ul>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 476               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 477               9.01, OSX 10.10)
 478             </li>
 479           </ul>
 480         </div></td>
 481     </tr>
 482     <tr>
 483       <td width="60" nowrap>
 484         <div align="center">
 485           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 486             <em>2/10/2017</em></strong>
 487         </div>
 488       </td>
 489       <td><div align="left">
 490           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 491           <ul>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 494             </li>
 495             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 496             </li>
 497           </ul>
 498         </div></td>
 499       <td><div align="left">
 500         </div></td>
 501     </tr>
 502     <tr>
 503       <td width="60" nowrap>
 504         <div align="center">
 505           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 506             <em>7/9/2017</em></strong>
 507         </div>
 508       </td>
 509       <td><div align="left">
 510           <em></em>
 511           <ul>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 514               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 515               white)
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 519               Preferences
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 523               in size and progress bar shown as higher resolution
 524               overview is recalculated
 525             </li>
 526
 527           </ul>
 528         </div></td>
 529       <td><div align="left">
 530           <em></em>
 531           <ul>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 534               column region row by row
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 538               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 542               format setting is unticked
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 546               if group has show boxes format setting unticked
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 550               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 551               include sequences and columns not currently displayed
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 555               assemblies are imported via CIF file
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 559               displayed when threshold or conservation colouring is also
 560               enabled.
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 564               server version
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 568               dragging a selected region off the visible region of the
 569               alignment
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 573               colourscheme to all groups in a view
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 577               initially after font size change using the Font chooser or
 578               middle-mouse zoom
 579             </li>
 580           </ul>
 581         </div></td>
 582     </tr>
 583     <tr>
 584       <td width="60" nowrap>
 585         <div align="center">
 586           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 587         </div>
 588       </td>
 589       <td><div align="left">
 590           <em>Calculations</em>
 591           <ul>
 592
 593             <li>
 594               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 595               ungapped positions in each column of the alignment.
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 599               a calculation dialog box
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 603               and memory efficiency (~30x faster)
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 607               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 608               and other calculations
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 612               files within the Jalview codebase
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 616               Similarity may have different topology due to increased
 617               precision
 618             </li>
 619           </ul>
 620           <em>Rendering</em>
 621           <ul>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 624               model for alignments and groups
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 628               scripts
 629             </li>
 630           </ul>
 631           <em>Overview</em>
 632           <ul>
 633             <li>
 634               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 635               with alignment and overview windows
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 639               overview
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 643               omitted in Overview
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 647               adjustment of visible position
 648             </li>
 649           </ul>
 650
 651           <em>Data import/export</em>
 652           <ul>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 655               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 659               annotation input/output via stockholm flatfile
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 663               extension when importing structure files without embedded
 664               names or PDB accessions
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 668               format sequence substitution matrices
 669             </li>
 670           </ul>
 671           <em>User Interface</em>
 672           <ul>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 675               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 676               the application.
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 680               via Overview or sequence motif search operations
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 684               opened by double clicking gaps within sequence feature
 685               extent
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 689               aligned positions were available to create a 3D structure
 690               superposition.
 691             </li>
 692           </ul>
 693           <em>3D Structure</em>
 694           <ul>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 697               coloured in linked structure views
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 701               file-based command exchange
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 705               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 706               structures are already available for sequences
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 710               the Jalview project rather than downloaded again when the
 711               project is reopened.
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 715               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 716               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 717                 Feature</strong>)
 718             </li>
 719           </ul>
 720           <em>Web Services</em>
 721           <ul>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 727               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 728               Analysis services
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 732               cross-references provided by identifiers.org and the
 733               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 734             </li>
 735           </ul>
 736
 737           <em>Scripting</em>
 738           <ul>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 741               identifying file formats (instead of String constants)
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 745               efficiency when counting all displayed features (not
 746               backwards compatible with 2.10.1)
 747             </li>
 748           </ul>
 749           <em>Example files</em>
 750           <ul>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 753               included in the example feature file
 754             </li>
 755           </ul>
 756           <em>Documentation</em>
 757           <ul>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 760               with the built-in Java help viewer
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 764               sequence description' option
 765             </li>
 766           </ul>
 767           <em>Test Suite</em>
 768           <ul>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 771               Uniprot REST Free Text Search Client
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 778               during tests
 779             </li>
 780           </ul>
 781         </div></td>
 782       <td><div align="left">
 783           <em>Calculations</em>
 784           <ul>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 787               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 788               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 789             </li>
 790             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 791               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 792               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 793               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 794               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 795               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 796               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 797               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 798               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 799               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 800               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 801               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 802               // for 2.10.1 mode <br />
 803               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 804               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 805                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 806                 calculations (not recommended)</em></li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 809               scaling of branch lengths for trees computed using
 810               Sequence Feature Similarity.
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 814               generating output report when working with highly
 815               redundant alignments
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 819               right of selected region when gaps present on right-hand
 820               boundary
 821             </li>
 822           </ul>
 823           <em>User Interface</em>
 824           <ul>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 827               doesn't reselect a specific sequence's associated
 828               annotation after it was used for colouring a view
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 832               opened on a region of alignment without groups
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 836               of an alignment with overlapping groups
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 840               name and description match
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 844               hidden regions results in incorrect hidden regions
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 848               changing colour does not apply Conservation slider value
 849               to all groups
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 853               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 857               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 861               gaps before start of features
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 865               restored to UI when feature colour is edited
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 869               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 873               as graduate feature colour settings are modified via the
 874               dialog box
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 878               when a group defined on the alignment is resized
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 882               wrapped view result in positional status updates
 883             </li>
 884
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 887               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 891               alignment included gapped columns
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 895               widgets don't permanently disappear
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 899               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 900               T-Coffee column reliability scores)
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 904               sequence feature on gaps only
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 908               button from a Find inherit previously defined feature type
 909               rather than the Find query string
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 913               exporting tree calculated in Jalview
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 917               and then revealing them reorders sequences on the
 918               alignment
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 922               doesn't update to reflect available set of groups after
 923               interactively adding or modifying features
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 927               Linux
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 931               only excluded gaps in current sequence and ignored
 932               selection.
 933             </li>
 934           </ul>
 935           <em>Rendering</em>
 936           <ul>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 939               erratically when hidden rows or columns are present
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 943               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 944               sequence colouring
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 948               colour and group colour menu for protein alignments
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 952               reflect currently selected view or group's shading
 953               thresholds
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 957               when rendered on overview and structures when opacity at
 958               100%
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 962               overview when features overlaid on alignment
 963             </li>
 964           </ul>
 965           <em>Data import/export</em>
 966           <ul>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 969               load
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 973               added after a sequence was imported are not written to
 974               Stockholm File
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 978               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 982               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 986               with lightGray or darkGray via features file (but can
 987               specify lightgray)
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 991               when alignment view imported from project
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 995               structure and sequences extracted from structure files
 996               imported via URL and viewed in Jmol
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1000               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1001               the project is loaded and the structure viewed
1002             </li>
1003           </ul>
1004           <em>Web Services</em>
1005           <ul>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1008               release of Ensembl v.88
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1012               appear enabled in Preferences->Connections
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1016               removed from console output
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1020               Ensembl by Peptide ID
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1024               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1025               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1026               due to 'null' string rather than empty string used for
1027               residues with no corresponding PDB mapping).
1028             </li>
1029           </ul>
1030           <em>Application UI</em>
1031           <ul>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1034               menu
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1038               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1039               new documentation and tooltips added)
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1043               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1047               new features are added to alignment
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1051               changes to feature colours via the Amend features dialog
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1055               edit graduated feature colour via amend features dialog
1056               box
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1060               selection menu changes colours of alignment views
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1064               from alignment calculation workers after alignment has
1065               been closed
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1069               groups now 'Create Group'
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1073               Create/Undefine group doesn't always work
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1077               shown again after pressing 'Cancel'
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1081               adjusts start position in wrap mode
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1085               ambiguous amino acids
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1089               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1090               proteins
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1094               Defined' don't appear in Colours menu
1095             </li>
1096           </ul>
1097           <em>Applet</em>
1098           <ul>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1101               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1105               overview or linked structure view
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1109               work (since 2.8)
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1113               user-defined colourscheme doesn't restore original
1114               colourscheme
1115             </li>
1116           </ul>
1117           <em>Test Suite</em>
1118           <ul>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1121               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1125               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1126               problems with deep array comparison equality asserts in
1127               successive versions of TestNG
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1131               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1132             </li>
1133           </ul>
1134           <em>New Known Issues</em>
1135           <ul>
1136             <li>
1137               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1138               phase after a sequence motif find operation
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1142               containing just upper and lower case letters are
1143               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1147               reliably from eggnog Ortholog database
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1151               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1152               to mark columns containing highlighted regions.
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1156               doesn't always add secondary structure annotation.
1157             </li>
1158           </ul>
1159         </div>
1160     <tr>
1161       <td width="60" nowrap>
1162         <div align="center">
1163           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1164         </div>
1165       </td>
1166       <td><div align="left">
1167           <em>General</em>
1168           <ul>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1171               for all consensus calculations
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1175               3rd Oct 2016)
1176             </li>
1177             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1178               for 2016-2017</li>
1179           </ul>
1180           <em>Application</em>
1181           <ul>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1184               set of database cross-references, sorted alphabetically
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1188               from database cross references. Users with custom links
1189               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1190                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1194               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1195               Chimera session
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1199               the Chimera it is connected to is shut down
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1203               columns menu item to mark columns containing highlighted
1204               regions (e.g. from structure selections or results of a
1205               Find operation)
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1209               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1210               MSAviewer
1211             </li>
1212           </ul>
1213         </div></td>
1214       <td>
1215         <div align="left">
1216           <em>General</em>
1217           <ul>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1220               are not coloured or thresholded according to percent
1221               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1225               hydrophobic
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1229               threshold, amino acid properties)
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1233               reported as mapped to residues in a structure file in the
1234               View Mapping report
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1238               could be added multiple times to a sequence
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1242               bond features shown as two highlighted residues rather
1243               than a range in linked structure views, and treated
1244               correctly when selecting and computing trees from features
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1248               cross-references are matched to database name regardless
1249               of case
1250             </li>
1251
1252           </ul>
1253           <em>Application</em>
1254           <ul>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1257               names without regular expressions also offer links from
1258               Sequence ID
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1262               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1263               update Jalview configuration
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1267               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1271               files with similarly named sequences if dropped onto the
1272               alignment
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1276               entries where more chains exist in the PDB accession than
1277               are reported in the SIFTS file
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1281               the structure view when displayed with Chimera
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1285               panel's View->Show Chains submenu
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1289               work for wrapped alignment views
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1293               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1297               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1298               first annotation row
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1302               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1306               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1307             </li>
1308             <!-- JAL-2319 -->
1309             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1310             coordindate data
1311             </li>
1312           </ul>
1313           <!--           <em>New Known Issues</em>
1314           <ul>
1315             <li></li>
1316           </ul> -->
1317         </div>
1318       </td>
1319     </tr>
1320     <td width="60" nowrap>
1321       <div align="center">
1322         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1323           <em>25/10/2016</em></strong>
1324       </div>
1325     </td>
1326     <td><em>Application</em>
1327       <ul>
1328         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1329           view if structures already loaded</li>
1330         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1331           structure views</li>
1332       </ul></td>
1333     <td>
1334       <div align="left">
1335         <em>General</em>
1336         <ul>
1337           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1338             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1339           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1340             example sequences/projects/trees</li>
1341         </ul>
1342         <em>Application</em>
1343         <ul>
1344           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1345             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1346           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1347             without timeout for structures with multiple models or
1348             multiple sequences in alignment</li>
1349           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1350             PDB ID HEADER line</li>
1351           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1352             is performed</li>
1353           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1354             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1355           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1356           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1357             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1358             option</li>
1359           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1360             is created on the alignment</li>
1361           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1362             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1363             pop-up menu</li>
1364         </ul>
1365         <em>Build and deployment</em>
1366         <ul>
1367           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1368             tags</li>
1369         </ul>
1370         <em>New Known Issues</em>
1371         <ul>
1372           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1373             on Windows</li>
1374         </ul>
1375       </div>
1376     </td>
1377     </tr>
1378     <tr>
1379       <td width="60" nowrap>
1380         <div align="center">
1381           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1382         </div>
1383       </td>
1384       <td><em>General</em>
1385         <ul>
1386           <li>
1387             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1388           </li>
1389           <li>
1390             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1391             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1392             better PDB parsing.
1393           </li>
1394           <li>
1395             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1396             reference sequence
1397           </li>
1398           <li>
1399             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1400             mousing over sequence associated annotation
1401           </li>
1402           <li>
1403             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1404             for manual entry
1405           </li>
1406           <li>
1407             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1408             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1409             for each column
1410           </li>
1411           <li>
1412             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1413             showing or hiding columns containing a feature
1414           </li>
1415           <li>
1416             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1417             group and sequence associated annotation labels
1418           </li>
1419           <li>
1420             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1421             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1422             dialogs
1423           </li>
1424
1425         </ul> <em>Application</em>
1426         <ul>
1427           <li>
1428             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1429             gene/transcript view
1430           </li>
1431           <li>
1432             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1433             dialog
1434           </li>
1435           <li>
1436             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1437             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1438           </li>
1439           <li>
1440             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1441             Pfam sources to xfam.org
1442           </li>
1443           <li>
1444             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1445           </li>
1446           <li>
1447             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1448             over sequences in Jalview
1449           </li>
1450           <li>
1451             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1452             regions in ENA and EMBL
1453           </li>
1454           <li>
1455             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1456             for record retrieval via ENA rest API
1457           </li>
1458           <li>
1459             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1460             complement operator
1461           </li>
1462           <li>
1463             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1464             groovy script execution
1465           </li>
1466           <li>
1467             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1468             alignment window's Calculate menu
1469           </li>
1470           <li>
1471             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1472             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1473           </li>
1474           <li>
1475             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1476             calculation workers from groovy scripts
1477           </li>
1478           <li>
1479             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1480             Jalview projects
1481           </li>
1482           <li>
1483             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1484             associations are now saved/restored from project
1485           </li>
1486           <li>
1487             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1488             before sequence fetcher is opened
1489           </li>
1490           <li>
1491             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1492             database chooser opens a sequence fetcher
1493           </li>
1494           <li>
1495             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1496             the UniProt REST API
1497           </li>
1498           <li>
1499             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1500             the news reader opening
1501           </li>
1502           <li>
1503             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1504             querying stored in preferences
1505           </li>
1506           <li>
1507             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1508             search results
1509           </li>
1510           <li>
1511             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1512           </li>
1513           <li>
1514             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1515             menu for nucleotide sequences
1516           </li>
1517           <li>
1518             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1519             and feature counts preserves alignment ordering (and
1520             debugged for complex feature sets).
1521           </li>
1522           <li>
1523             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1524             viewing structures with Jalview 2.10
1525           </li>
1526           <li>
1527             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1528             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1529             Ensembl Genomes REST API
1530           </li>
1531           <li>
1532             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1533             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1534             (Ensembl)
1535           </li>
1536           <li>
1537             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1538             sequences
1539           </li>
1540           <li>
1541             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1542             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1543             data from external database records.
1544           </li>
1545           <li>
1546             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1547             efficient recovery of sequence coding and alignment
1548             annotation relationships.
1549           </li>
1550         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1551         <ul>
1552           <li>
1553             -- JAL---
1554           </li>
1555         </ul> --></td>
1556       <td>
1557         <div align="left">
1558           <em>General</em>
1559           <ul>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1562               menu on OSX
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1566               includes graduated colourschemes
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1570               working with big alignments and lots of hidden columns
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1574               at right of alignment window
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1578               contents
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1582               for DNA alignments
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1586               based tree calculation
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1590               unconserved enabled for group on alignment
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1594               set as reference
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1598               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1599               annotation
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1603               hidden columns present
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1607               user created annotation added to alignment
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1611               '()' base pair annotation
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1615               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1616               Consensus
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1620               feature not working
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1624               beginning of sequence
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1628               entry 3a6s
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1632               from a tree when t-coffee scores are shown
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1636               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1640               some structures
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1644               to Clustal, PIR and PileUp output
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1648               not visible causes alignment window to repaint
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1652               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1653               scores associated with features and annotation rows
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1657               calculation should be case independent
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1661               columns
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1665               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1666               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1670               problems when reference sequence defined and 'show
1671               non-conserved' enabled
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1675               load even when Consensus calculation is disabled
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1679               alignment does nothing
1680             </li>
1681           </ul>
1682           <em>Application</em>
1683           <ul>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1686               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1687               yet fixed for El Capitan)
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1691               output when running on non-gb/us i18n platforms
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1695               hidden sequences as flat-file alignment
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1699               launching Chimera
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1703               (also hotfix for 2.9.0b2)
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1707               reference sequence defined
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1711               alignments and views when revealing hidden columns
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1715               view in a cDNA/Protein splitframe
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1719               sequence from project when only one sequence is
1720               represented
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1724               in Structure Chooser
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1728               structure consensus didn't refresh annotation panel
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1732               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1736               dialogs format columns correctly, don't display array
1737               data, sort columns according to type
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1741               file chooser is cancelled during an image export
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1745               sequence name containing special characters
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1749               case insensitive
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1753               formatting don't wrap
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1757               truncated so L looks like I in consensus annotation
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1761               currently displayed features for the current selection or
1762               view
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1766               after fetching cross-references, and restoring from
1767               project
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1771               followed in the structure viewer
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1775               splitframe not restored from project
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1779               trailing end of protein alignment in transcript/product
1780               splitview when pad-gaps not enabled by default
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1784               is case dependent
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1788               article has been read (reopened issue due to
1789               internationalisation problems)
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1793               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1794               cross-references
1795             </li>
1796
1797             <li>
1798               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1799               alignment as HTML
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1803               multiple structures are shown for one or more sequences.
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1807               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1808               is enabled.
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1812               specific PDB id for sequence
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1816               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1817               columns' is disabled.
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1821               selects lowest rather than highest resolution structures
1822               for each sequence
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1826               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1830               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1834               after clicking on it to create new annotation for a
1835               column.
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1839               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1840             </li>
1841             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1842             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1843           </ul>
1844           <em>Applet</em>
1845           <ul>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1848               hidden columns present before start of sequence
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1852               (JSON jars)
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1856               sequences are hidden in applet
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1860               deployment on examples pages.
1861             </li>
1862           </ul>
1863         </div>
1864       </td>
1865     </tr>
1866     <tr>
1867       <td width="60" nowrap>
1868         <div align="center">
1869           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1870             <em>16/10/2015</em></strong>
1871         </div>
1872       </td>
1873       <td><em>General</em>
1874         <ul>
1875           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1876             jars</li>
1877         </ul></td>
1878       <td>
1879         <div align="left">
1880           <em>Application</em>
1881           <ul>
1882             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1883               shown when tree is partitioned</li>
1884             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1885               multiple cDNA/Protein split views</li>
1886           </ul>
1887         </div>
1888       </td>
1889     </tr>
1890     <tr>
1891       <td width="60" nowrap>
1892         <div align="center">
1893           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1894             <em>8/10/2015</em></strong>
1895         </div>
1896       </td>
1897       <td><em>General</em>
1898         <ul>
1899           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1900             2.9</li>
1901         </ul> <em>Application</em>
1902         <ul>
1903           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1904           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1905           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1906         </ul> <em>Applet</em>
1907         <ul>
1908           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1909         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1910         <ul>
1911           <li>
1912             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1913             suite
1914           </li>
1915         </ul></td>
1916       <td>
1917         <div align="left">
1918           <em>General</em>
1919           <ul>
1920             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1921               incorrect when sequence start > 1</li>
1922             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1923               documentation</li>
1924             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1925             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1926               loading a features file containing HTML tags in feature
1927               description</li>
1928
1929           </ul>
1930           <em>Application</em>
1931           <ul>
1932             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1933               reimport</li>
1934             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1935               with 'trim retrieved sequences'</li>
1936             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1937               deleting selected columns</li>
1938             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1939               JNLP templates for webstart launch</li>
1940             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1941               unreleased structures for download or viewing</li>
1942             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1943               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1944             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1945               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1946             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1947               recovered from jalview project</li>
1948             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1949               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1950               alignment view</li>
1951             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1952               color schemes from BioJSON</li>
1953           </ul>
1954           <em>Applet</em>
1955           <ul>
1956             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1957               frame</li>
1958             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1959           </ul>
1960         </div>
1961       </td>
1962     </tr>
1963     <tr>
1964       <td><div align="center">
1965           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1966         </div></td>
1967       <td><em>General</em>
1968         <ul>
1969           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1970             alignments:
1971             <ul>
1972               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1973                 and DNA alignment views</li>
1974               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1975                 cDNA alignment views</li>
1976               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1977                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1978               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1979                 protein sequences</li>
1980             </ul>
1981           </li>
1982           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1983           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1984             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1985           <li>New alignment annotation file statements for
1986             reference sequences and marking hidden columns</li>
1987           <li>Reference sequence based alignment shading to
1988             highlight variation</li>
1989           <li>Select or hide columns according to alignment
1990             annotation</li>
1991           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1992           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1993             acid conservation row</li>
1994           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1995         </ul> <em>Application</em>
1996         <ul>
1997           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1998             <ul>
1999               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2000                 view with cDNA/Protein</li>
2001               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2002                 sequences are placed in the same alignment</li>
2003               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2004                 projects</li>
2005             </ul>
2006           </li>
2007
2008           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2009           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2010             Jalview windows</li>
2011
2012           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2013           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2014           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2015             be shown in VARNA</li>
2016
2017           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2018             as the active selected region</li>
2019
2020           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2021             similarity</li>
2022           <li>New Export options
2023             <ul>
2024               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2025                 region export in flat file generation</li>
2026
2027               <li>Export alignment views for display with the <a
2028                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2029
2030               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2031               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2032                 alignment figures to HTML</li>
2033           </li>
2034           <li>3D structure retrieval and display
2035             <ul>
2036               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2037                 Search API</li>
2038               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2039                 PDB structures for a sequence set</li>
2040             </ul>
2041           </li>
2042
2043           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2044             predictions</li>
2045           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2046             for one or a group of sequences</li>
2047           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2048             from the JPred4 web server</li>
2049           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2050             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2051             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2052           </li>
2053           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2054             VARNA 2D Structure'</li>
2055           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2056             Structure ..."</li>
2057
2058         </ul> <em>Applet</em>
2059         <ul>
2060           <li>New layout for applet example pages</li>
2061           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2062             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2063           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2064             Protein alignments</li>
2065         </ul> <em>Development and deployment</em>
2066         <ul>
2067           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2068           <li>Include installation type and git revision in build
2069             properties and console log output</li>
2070           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2071             storing BioJsMSA Templates</li>
2072           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2073         </ul></td>
2074       <td>
2075         <!-- <em>General</em>
2076         <ul>
2077         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2078         <ul>
2079           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2080           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2081           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2082             predictions are not highlighted in amber</li>
2083           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2084             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2085           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2086             associated structure views</li>
2087           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2088             width checkbox not enabled</li>
2089           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2090             creating user defined colours</li>
2091           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2092             mappings for just that viewer's sequences</li>
2093           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2094             multiple models in Chimera</li>
2095           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2096             over Jmol structure</li>
2097           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2098             output to text box</li>
2099           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2100             have incorrect sequence start/end</li>
2101           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2102             Jalview fails</li>
2103           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2104             work for nucleotide</li>
2105           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2106             to a grey/invisible alignment window</li>
2107           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2108             imports to different position</li>
2109           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2110             on some platforms</li>
2111           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2112             populated</li>
2113           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2114             console if Chimera has been opened</li>
2115           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2116           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2117             retrieved</li>
2118           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2119           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2120             either sequence shows on first structure</li>
2121           <li>'Show annotations' options should not make
2122             non-positional annotations visible</li>
2123           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2124             in right place after 'view flanking regions'</li>
2125           <li>File Save As type unset when current file format is
2126             unknown</li>
2127           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2128             projects</li>
2129           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2130             responsive</li>
2131           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2132             several views on same alignment</li>
2133           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2134           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2135             spaces</li>
2136         </ul> <em>Applet</em>
2137         <ul>
2138           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2139           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2140             descriptions containing angle brackets</li>
2141         </ul> <em>General</em>
2142         <ul>
2143           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2144             via jalview annotation file</li>
2145           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2146             with RNA secondary structure</li>
2147           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2148             translation doesn't work.</li>
2149           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2150           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2151             positions</li>
2152           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2153             choosing 1pt font</li>
2154           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2155             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2156             'h'</li>
2157           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2158             new feature</li>
2159           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2160             order dependent</li>
2161           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2162             sequences</li>
2163           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2164         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2165         <ul>
2166           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2167             www.jalview.org</li>
2168         </ul> <em>Application Known issues</em>
2169         <ul>
2170           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2171           <li>Misleading message appears after trying to delete
2172             solid column.</li>
2173           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2174             version launches</li>
2175           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2176             fails with a sequence mismatch</li>
2177           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2178             scrolling alignment to right</li>
2179           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2180             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2181           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2182             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2183           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2184             ultra-high resolution</li>
2185           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2186             quality and conservation</li>
2187           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2188             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2189         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2190         <ul>
2191           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2192           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2193             window is being resized</li>
2194
2195         </ul>
2196       </td>
2197     </tr>
2198     <tr>
2199       <td><div align="center">
2200           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2201         </div></td>
2202       <td><em>General</em>
2203         <ul>
2204           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2205             Certum.PL.</li>
2206           <li>Features and annotation preserved when performing
2207             pairwise alignment</li>
2208           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2209             imported/exported/displayed</li>
2210           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2211             protein secondary structure</li>
2212           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2213               post-hoc with 2.9 release</em>)
2214           </li>
2215
2216         </ul> <em>Application</em>
2217         <ul>
2218           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2219             with 3D structures</li>
2220           <li>Support for parsing RNAML</li>
2221           <li>Annotations menu for layout
2222             <ul>
2223               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2224               <li>place sequence annotation above/below alignment
2225                 annotation</li>
2226             </ul>
2227           <li>Output in Stockholm format</li>
2228           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2229             translation</li>
2230           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2231           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2232             shared between alignments</li>
2233           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2234             Jalview</li>
2235           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2236             all or current selection</li>
2237           <li>disorder and secondary structure predictions
2238             available as dataset annotation</li>
2239           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2240
2241
2242           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2243             alignments from Rfam</li>
2244           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2245
2246           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2247             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2248           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2249           <li>include installation type in build properties and
2250             console log output</li>
2251           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2252             annotation</li>
2253         </ul></td>
2254       <td>
2255         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2256         <ul>
2257           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2258             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2259           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2260             alignment</li>
2261           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2262           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2263           <li>Double click on sequence associated annotation
2264             selects only first column</li>
2265           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2266             leaves shown in tree</li>
2267           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2268             properly</li>
2269           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2270           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2271             screen and buttons not visible</li>
2272           <li>author list isn't updated if already written to
2273             Jalview properties</li>
2274           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2275             from database</li>
2276           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2277           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2278             browser search window</li>
2279           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2280             in feature settings dialog</li>
2281           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2282             desktop</li>
2283           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2284             pass validation</li>
2285           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2286             fit on screen</li>
2287           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2288             tooltip</li>
2289           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2290             defined user preset</li>
2291           <li>MSA web services warns user if they were launched
2292             with invalid input</li>
2293           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2294             Java 8</li>
2295           <li>
2296             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2297             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2298             created
2299           </li>
2300
2301         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2302         <ul>
2303         </ul> <em>General</em>
2304         <ul>
2305         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2306         <ul>
2307           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2308             memory allocation</li>
2309           <li>launchApp service doesn't automatically open
2310             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2311           <li>
2312             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2313             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2314             1.7_055 is available
2315           </li>
2316         </ul> <em>Application Known issues</em>
2317         <ul>
2318           <li>
2319             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2320             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2321             alignment to right
2322           </li>
2323           <li>
2324             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2325             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2326             with large number of ID
2327           </li>
2328           <li>
2329             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2330             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2331             start/end
2332           </li>
2333           <li>
2334             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2335             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2336             structure tracks are rearranged
2337           </li>
2338           <li>
2339             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2340             invalid rna structure positional highlighting does not
2341             highlight position of invalid base pairs
2342           </li>
2343           <li>
2344             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2345             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2346             project from alignment window file menu
2347           </li>
2348           <li>
2349             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2350             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2351             structures
2352           </li>
2353           <li>
2354             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2355             colour by RNA Helices not enabled when user created
2356             annotation added to alignment
2357           </li>
2358           <li>
2359             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2360             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2361           </li>
2362         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2363         <ul>
2364           <li>
2365             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2366             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2367           </li>
2368           <li>
2369             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2370             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2371           </li>
2372
2373           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2374             when selected</li>
2375         </ul>
2376       </td>
2377     </tr>
2378     <tr>
2379       <td><div align="center">
2380           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2381         </div></td>
2382       <td>
2383         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2384         <em>General</em>
2385         <ul>
2386           <li>Internationalisation of user interface (usually
2387             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2388           <li>Define/Undefine group on current selection with
2389             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2390           <li>Improved group creation/removal options in
2391             alignment/sequence Popup menu</li>
2392           <li>Sensible precision for symbol distribution
2393             percentages shown in logo tooltip.</li>
2394           <li>Annotation panel height set according to amount of
2395             annotation when alignment first opened</li>
2396         </ul> <em>Application</em>
2397         <ul>
2398           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2399             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2400           <li>Select columns containing particular features from
2401             Feature Settings dialog</li>
2402           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2403             sequences</li>
2404           <li>Update Jalview project format:
2405             <ul>
2406               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2407               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2408                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2409               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2410                 colouring</li>
2411             </ul>
2412           </li>
2413           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2414             (PAM250)</li>
2415           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2416             flanking regions for an alignment</li>
2417         </ul>
2418       </td>
2419       <td>
2420         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2421         <ul>
2422           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2423             running after job is cancelled</li>
2424           <li>cannot export features from alignments imported from
2425             Jalview/VAMSAS projects</li>
2426           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2427             float values</li>
2428           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2429             have 'display all symbols' flag set</li>
2430           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2431             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2432           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2433             Jalview</li>
2434           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2435             Lion/Webstart</li>
2436           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2437           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2438           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2439             alignment onto desktop</li>
2440           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2441             'extract scores' function</li>
2442           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2443             alignment window</li>
2444           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2445             performing IUPred disorder prediction</li>
2446           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2447             changing 'normalise logo' display setting</li>
2448           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2449             nothing matches query</li>
2450           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2451             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2452           </li>
2453           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2454             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2455           </li>
2456           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2457             Jalview's menu</li>
2458           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2459             'invalid literal/length code'</li>
2460           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2461             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2462           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2463             colourscheme</li>
2464
2465         </ul> <em>Applet</em>
2466         <ul>
2467           <li>Remove group option is shown even when selection is
2468             not a group</li>
2469           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2470             don't affect groups</li>
2471           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2472             colourscheme name</li>
2473           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2474             Annotation panel is not displayed</li>
2475           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2476             embedded windows</li>
2477         </ul> <em>Other</em>
2478         <ul>
2479           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2480             single sequence were not calculated</li>
2481           <li>annotation files that contain only groups imported as
2482             annotation and junk sequences</li>
2483           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2484             recognised as PFAM or BLC</li>
2485           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2486             doesn't affect background (2.8.0b1)
2487           <li></li>
2488           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2489           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2490             trailing gaps</li>
2491           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2492             registered correctly on import</li>
2493           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2494             certain alignments</li>
2495           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2496             existing annotation based 'use original colours'
2497             colourscheme loses original colours setting</li>
2498         </ul>
2499       </td>
2500     </tr>
2501     <tr>
2502       <td><div align="center">
2503           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2504             <em>30/1/2014</em></strong>
2505         </div></td>
2506       <td>
2507         <ul>
2508           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2509             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2510             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2511             open source project).
2512           </li>
2513           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2514           <li>Output in Stockholm format</li>
2515           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2516           <li>Export/import group and sequence associated line
2517             graph thresholds</li>
2518           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2519             ambiguity codes</li>
2520           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2521             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2522             works</li>
2523           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2524         </ul> <em>Other improvements</em>
2525         <ul>
2526           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2527           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2528             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2529           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2530             files</li>
2531           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2532           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2533             link but no description</li>
2534           <li>Select primary source when selecting authority in
2535             database fetcher GUI</li>
2536           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2537             Jalview</li>
2538           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2539         </ul>
2540       </td>
2541       <td>
2542         <ul>
2543           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2544             displayed</li>
2545           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2546             secondary structure annotation line</li>
2547           <li>Sequence database accessions not imported when
2548             fetching alignments from Rfam</li>
2549           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2550             identical IDs</li>
2551           <li>View all structures does not always superpose
2552             structures</li>
2553           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2554             reflect user or preset settings</li>
2555           <li>Null pointer exceptions for some services without
2556             presets or adjustable parameters</li>
2557           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2558             discover PDB xRefs</li>
2559           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2560             features with DAS</li>
2561           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2562             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2563           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2564             residue follows a gap</li>
2565           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2566             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2567           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2568             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2569           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2570             annotation already exists on alignment</li>
2571           <li>oninit javascript function should be called after
2572             initialisation completes</li>
2573           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2574             alignment window display</li>
2575           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2576           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2577             to annotation file</li>
2578           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2579             groups created</li>
2580           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2581             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2582           <li>Pressing return several times causes Number Format
2583             exceptions in keyboard mode</li>
2584           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2585             correct partitions for input data</li>
2586           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2587           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2588           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2589           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2590             mode</li>
2591           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2592             changes one row&#39;s threshold</li>
2593           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2594             doesn&#39;t open</li>
2595           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2596             quality histograms</li>
2597         </ul>
2598       </td>
2599     </tr>
2600     <tr>
2601       <td><div align="center">
2602           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2603         </div></td>
2604       <td><em>Application</em>
2605         <ul>
2606           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2607             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2608           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2609             preferences</li>
2610           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2611             in Jalview alignment window</li>
2612           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2613             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2614           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2615             RNA and ambiguity codes</li>
2616
2617           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2618           <li>Support fetching and database reference look up
2619             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2620             refs')</li>
2621           <li>Jalview project improvements
2622             <ul>
2623               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2624                 flag for annotation</li>
2625               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2626                 alignment</li>
2627               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2628                 Jalview project</li>
2629
2630             </ul>
2631           </li>
2632           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2633           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2634             running</li>
2635           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2636           <li>visual indication that web service results are still
2637             being retrieved from server</li>
2638           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2639             starts up for first time</li>
2640           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2641             services</li>
2642           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2643             client library</li>
2644           <li>Examples directory and Groovy library included in
2645             InstallAnywhere distribution</li>
2646         </ul> <em>Applet</em>
2647         <ul>
2648           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2649             visualization applet example</li>
2650         </ul> <em>General</em>
2651         <ul>
2652           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2653           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2654             defaults</li>
2655           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2656             calculation</li>
2657           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2658             matrices
2659           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2660             in HTML</li>
2661           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2662             structure contacts</li>
2663           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2664           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2665           <li>Parse sequence associated secondary structure
2666             information in Stockholm files</li>
2667           <li>HTML Export database accessions and annotation
2668             information presented in tooltip for sequences</li>
2669           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2670             style RNA alignment files</li>
2671           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2672             alignment</li>
2673           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2674             shade each sequence according to its associated alignment
2675             annotation</li>
2676           <li>New Jalview Logo</li>
2677         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2678         <ul>
2679           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2680           <li>New Website!</li>
2681         </ul></td>
2682       <td><em>Application</em>
2683         <ul>
2684           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2685             wsdbfetch REST service</li>
2686           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2687           <li>Filetype associations not installed for webstart
2688             launch</li>
2689           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2690             job execution in full once it is complete</li>
2691           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2692             uploaded via ali_file parameter</li>
2693           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2694           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2695           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2696             submitted for prediction</li>
2697           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2698             desktop window</li>
2699           <li>Putting fractional value into integer text box in
2700             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2701           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2702             windows 7</li>
2703           <li>View all structures fails with exception shown in
2704             structure view</li>
2705           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2706             escaped in a platform independent way</li>
2707           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2708             using proxy</li>
2709           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2710             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2711           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2712             failure when java web start temporary file caching is
2713             disabled</li>
2714           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2715             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2716           <li>Errors during processing of command line arguments
2717             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2718           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2719             DAS sources in sequence fetcher</li>
2720           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2721             dialog is shown</li>
2722           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2723           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2724           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2725           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2726             on OSX Mountain Lion</li>
2727           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2728             sequences with alignment annotation are pasted into the
2729             alignment</li>
2730           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2731             when loaded from Jalview project</li>
2732           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2733           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2734             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2735           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2736             associated with all views</li>
2737           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2738             annotation rows to new window</li>
2739         </ul> <em>Applet</em>
2740         <ul>
2741           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2742             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2743           <li>loading features via javascript API automatically
2744             enables feature display</li>
2745           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2746             work</li>
2747         </ul> <em>General</em>
2748         <ul>
2749           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2750           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2751             and then deselected</li>
2752           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2753           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2754             coloured with clustalx</li>
2755           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2756             exceptions and redraw errors</li>
2757           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2758             reconfigured view</li>
2759           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2760             colour</li>
2761           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2762             for lots of labels</li>
2763         </ul>
2764     </tr>
2765     <tr>
2766       <td>
2767         <div align="center">
2768           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2769         </div>
2770       </td>
2771       <td><em>Application</em>
2772         <ul>
2773           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2774           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2775           <li>View/alignment association menu to enable user to
2776             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2777             its colours/correspondences from</li>
2778           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2779           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2780             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2781           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2782           <li>Annotation row column label formatting attributes
2783             stored in project file</li>
2784           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2785             rows preserved in Jalview project file</li>
2786           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2787             saved using Desktop window menu</li>
2788           <li>Visual indication that command line arguments are
2789             still being processed</li>
2790           <li>Groovy script execution from URL</li>
2791           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2792             preferences</li>
2793           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2794             alignment with sequences that have high similarity and
2795             matching IDs</li>
2796           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2797           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2798             structures in same window</li>
2799           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2800           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2801             analysis function in its own submenu</li>
2802         </ul> <em>Applet</em>
2803         <ul>
2804           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2805             groups</li>
2806           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2807           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2808           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2809           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2810           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2811             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2812           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2813           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2814             parameters are treated as such</li>
2815           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2816             <ul>
2817               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2818               <li>Javascript callbacks for
2819                 <ul>
2820                   <li>Applet initialisation</li>
2821                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2822                 </ul>
2823               </li>
2824               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2825                 functions</li>
2826               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2827               <li>javascript structure viewer harness to pass
2828                 messages between Jmol and Jalview when running as
2829                 distinct applets</li>
2830               <li>sortBy method</li>
2831               <li>Set of applet and application examples shipped
2832                 with documentation</li>
2833               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2834                 javascript message exchange</li>
2835             </ul>
2836         </ul> <em>General</em>
2837         <ul>
2838           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2839             multiple alignments</li>
2840           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2841           <li>User configurable link to enable redirects to a
2842             www.Jalview.org mirror</li>
2843           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2844           <li>Configurable newline string when writing alignment
2845             and other flat files</li>
2846           <li>Allow alignment annotation description lines to
2847             contain html tags</li>
2848         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2849         <ul>
2850           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2851             examples</li>
2852           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2853             using a web service before displaying the result in the
2854             Jalview desktop</li>
2855           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2856           <li>Ant target to publish example html files with applet
2857             archive</li>
2858           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2859           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2860         </ul></td>
2861       <td><em>Application</em>
2862         <ul>
2863           <li>User defined colourscheme throws exception when
2864             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2865           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2866             dialog for valid filename/format</li>
2867           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2868           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2869             P37173</li>
2870           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2871             which sequence is to be associated with the file</li>
2872           <li>Find All raises null pointer exception when query
2873             only matches sequence IDs</li>
2874           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2875           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2876             2.4 cannot be loaded</li>
2877           <li>Filetype associations not installed for webstart
2878             launch</li>
2879           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2880             with sequences in different alignments do not get coloured
2881             by their associated sequence</li>
2882           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2883             not preserved when project is loaded</li>
2884           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2885             stored in Jalview project</li>
2886           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2887             Jalview project</li>
2888           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2889           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2890             by conservation</li>
2891           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2892             created on new view</li>
2893           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2894             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2895           <li>Alignment quality not updated after alignment
2896             annotation row is hidden then shown</li>
2897           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2898             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2899           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2900             properly</li>
2901           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2902             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2903           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2904           <li>Structures imported from file and saved in project
2905             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2906           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2907             job execution in full once it is complete</li>
2908         </ul> <em>Applet</em>
2909         <ul>
2910           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2911             annotation rows are displayed</li>
2912           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2913             codebase</li>
2914           <li>View follows highlighting does not work for positions
2915             in sequences</li>
2916           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2917           <li>Export features raises exception when no features
2918             exist</li>
2919           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2920             for javascript api is modified when separator string
2921             provided as parameter</li>
2922           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2923             alignment with no existing selection</li>
2924           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2925             to applet&#39;s codebase</li>
2926           <li>Status bar not updated after finished searching and
2927             search wraps around to first result</li>
2928           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2929             several Jalview applets causes race conditions and memory
2930             leaks</li>
2931           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2932             not sent from Jmol in applet</li>
2933           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2934             applet API fatally hang browser</li>
2935         </ul> <em>General</em>
2936         <ul>
2937           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2938             position with wrapped view and hidden regions</li>
2939           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2940             with/without hidden columns</li>
2941           <li>Sequence length given in alignment properties window
2942             is off by 1</li>
2943           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2944             import PDB like structure files</li>
2945           <li>Positional search results are only highlighted
2946             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2947           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2948           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2949             given sequence position</li>
2950           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2951             output</li>
2952           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2953             from nucleotide chains correctly</li>
2954           <li>Structure colours not updated when tree partition
2955             changed in alignment</li>
2956           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2957             parsed in interleaved stockholm</li>
2958           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2959             state</li>
2960           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2961             properly</li>
2962           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2963             properly associated with their pdb files</li>
2964         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2965         <ul>
2966           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2967             ApplyCopyright tool</li>
2968         </ul></td>
2969     </tr>
2970     <tr>
2971       <td>
2972         <div align="center">
2973           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2974         </div>
2975       </td>
2976       <td><em>Application</em>
2977         <ul>
2978           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2979             contact web services</li>
2980           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2981             service job window</li>
2982           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2983         </ul></td>
2984       <td>
2985         <ul>
2986           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2987             pir file emitted by Jalview</li>
2988           <li>Existing feature settings transferred to new
2989             alignment view created from cut'n'paste</li>
2990           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2991             parsing PDB files</li>
2992           <li>Consensus and conservation annotation rows
2993             occasionally become blank for all new windows</li>
2994           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2995             in wrapped view mode</li>
2996         </ul> <em>Application</em>
2997         <ul>
2998           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2999             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3000           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3001             parameter names</li>
3002           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3003             is down</li>
3004         </ul>
3005       </td>
3006     </tr>
3007     <tr>
3008       <td>
3009         <div align="center">
3010           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3011         </div>
3012       </td>
3013       <td><em>Application</em>
3014         <ul>
3015           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3016             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3017             (JABAWS)
3018           </li>
3019           <li>Web Services preference tab</li>
3020           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3021             preferences</li>
3022           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3023           <li>Superpose structures using associated sequence
3024             alignment</li>
3025           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3026             viewer</li>
3027         </ul> <em>Applet</em>
3028         <ul>
3029           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3030             link out mechanism</li>
3031         </ul> <em>Other</em>
3032         <ul>
3033           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3034             series 12</li>
3035           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3036             require Java 1.5</li>
3037           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3038             sequence annotation files</li>
3039           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3040             type colour specification</li>
3041           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3042             script to check if it being run in an interactive session or
3043             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3044         </ul></td>
3045       <td>
3046         <ul>
3047           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3048             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3049         </ul> <em>Application</em>
3050         <ul>
3051           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3052             selected Regions menu item</li>
3053           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3054             part of a valid accession ID</li>
3055           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3056             runs out of memory</li>
3057           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3058             analysis results</li>
3059           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3060             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3061           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3062         </ul> <em>Applet</em>
3063         <ul>
3064           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3065             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3066             defined.</li>
3067         </ul>
3068       </td>
3069     </tr>
3070     <tr>
3071       <td>
3072         <div align="center">
3073           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3074         </div>
3075       </td>
3076       <td></td>
3077       <td>
3078         <ul>
3079           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3080             sequence IDs</li>
3081           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3082             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3083           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3084             import correctly</li>
3085           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3086             number of columns are hidden</li>
3087           <li>annotation label popup menu not providing correct
3088             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3089             present</li>
3090           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3091             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3092           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3093             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3094
3095         </ul> <em>Applet</em>
3096         <ul>
3097           <li>annotation panel disappears when annotation is
3098             hidden/removed</li>
3099         </ul> <em>Application</em>
3100         <ul>
3101           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3102             alignment opened where annotation panel is visible but no
3103             annotations are present on alignment</li>
3104           <li>pasted region containing hidden columns is
3105             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3106           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3107             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3108           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3109             selected Rregions menu item.</li>
3110           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3111             'Un' or 'Non'conserved</li>
3112           <li>Sequence feature settings are being shared by
3113             multiple distinct alignments</li>
3114           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3115             changed</li>
3116           <li>double click on group annotation to select sequences
3117             does not propagate to associated trees</li>
3118           <li>Mac OSX specific issues:
3119             <ul>
3120               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3121                 window background</li>
3122               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3123                 name set correctly</li>
3124               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3125                 save feature colourscheme button</li>
3126             </ul>
3127           </li>
3128         </ul>
3129       </td>
3130     </tr>
3131     <tr>
3132
3133       <td>
3134         <div align="center">
3135           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3136         </div>
3137       </td>
3138       <td><em>New Capabilities</em>
3139         <ul>
3140           <li>URL links generated from description line for
3141             regular-expression based URL links (applet and application)
3142
3143           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3144             menu</li>
3145           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3146             structures</li>
3147           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3148             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3149           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3150             average score or total feature count for each sequence.</li>
3151           <li>Shading features by score or associated description</li>
3152           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3153             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3154           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3155             hide everything but the currently selected region.</li>
3156           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3157         </ul> <em>Application</em>
3158         <ul>
3159           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3160             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3161           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3162             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3163           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3164             database references and protein_name is parsed as
3165             description line (BioSapiens terms).</li>
3166           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3167             references in sequence ID tooltip from View menu in
3168             application.</li>
3169           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3170       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3171           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3172             conservation plots</li>
3173           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3174             and visualized as sequence logos</li>
3175           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3176             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3177           </li>
3178           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3179             when a new tree is opened.</li>
3180           <li>Jalview Java Console</li>
3181           <li>Better placement of desktop window when moving
3182             between different screens.</li>
3183           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3184             consensus annotation</li>
3185           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3186             Workflows</li>
3187           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3188             <ul>
3189               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3190                 used to preserve views, structures, and tree display
3191                 settings)</li>
3192               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3193                 command line</li>
3194               <li>Sharing of selected regions between views and
3195                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3196               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3197             </ul></li>
3198         </ul> <em>Applet</em>
3199         <ul>
3200           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3201           <li>New Parameters
3202             <ul>
3203               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3204                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3205                 opened.</li>
3206               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3207                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3208               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3209                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3210               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3211                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3212                 view</li>
3213               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3214                 increase the height or width of a cell in the alignment
3215                 grid relative to the current font size.</li>
3216             </ul>
3217           </li>
3218           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3219             tooltip</li>
3220         </ul> <em>Other</em>
3221         <ul>
3222           <li>Features format: graduated colour definitions and
3223             specification of feature scores</li>
3224           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3225             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3226             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3227           <li>XML formats extended to support graduated feature
3228             colourschemes, group associated annotation, and profile
3229             visualization settings.</li></td>
3230       <td>
3231         <ul>
3232           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3233             rather than description</li>
3234           <li>Non-positional features are now included in sequence
3235             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3236             visibility in tooltip).</li>
3237           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3238           <li>Added URL embedding instructions to features file
3239             documentation.</li>
3240           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3241             'X' in peptide product</li>
3242           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3243             sequence ID and sequence string and query strings do not
3244             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3245           <li>AMSA files only contain first column of
3246             multi-character column annotation labels</li>
3247           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3248             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3249             exported and re-imported)</li>
3250           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3251             name</li>
3252           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3253             as subsequence matches, and correctly reports total number
3254             of both.</li>
3255           <li>Application:
3256             <ul>
3257               <li>Better handling of exceptions during sequence
3258                 retrieval</li>
3259               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3260                 link text excludes the start_end suffix</li>
3261               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3262                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3263               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3264               <li>Sequence description lines properly shared via
3265                 VAMSAS</li>
3266               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3267                 data sources</li>
3268               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3269                 completes before alignment figures are generated.</li>
3270               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3271                 first time.</li>
3272               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3273                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3274               <li>User defined group colours properly recovered
3275                 from Jalview projects.</li>
3276             </ul>
3277           </li>
3278         </ul>
3279       </td>
3280
3281     </tr>
3282     <tr>
3283       <td>
3284         <div align="center">
3285           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3286         </div>
3287       </td>
3288       <td>
3289         <ul>
3290           <li>Experimental support for google analytics usage
3291             tracking.</li>
3292           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3293         </ul>
3294       </td>
3295       <td>
3296         <ul>
3297           <li>Race condition in applet preventing startup in
3298             jre1.6.0u12+.</li>
3299           <li>Exception when feature created from selection beyond
3300             length of sequence.</li>
3301           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3302           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3303             all sequences with a given id</li>
3304           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3305             ID string searches</li>
3306           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3307             alignment to fail with exception</li>
3308         </ul> <em>Application Issues</em>
3309         <ul>
3310           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3311           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3312             data sources</li>
3313         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3314         <ul>
3315           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3316             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3317           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3318             version (java class versioning error fixed)</li>
3319         </ul>
3320       </td>
3321     </tr>
3322     <tr>
3323       <td>
3324
3325         <div align="center">
3326           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3327         </div>
3328       </td>
3329       <td><em>User Interface</em>
3330         <ul>
3331           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3332             translation and protein products</li>
3333           <li>Linked highlighting of structure associated with
3334             residue mapping to codon position</li>
3335           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3336             and 'clear' button</li>
3337           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3338             Tools menu</li>
3339           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3340             numeric data in description line</li>
3341           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3342           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3343             of sequence</li>
3344         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3345         <ul>
3346           <li>JPred3 web service</li>
3347           <li>Prototype sequence search client (no public services
3348             available yet)</li>
3349           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3350             PFAM</li>
3351           <li>URL Links created for matching database cross
3352             references as well as sequence ID</li>
3353           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3354         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3355         <ul>
3356           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3357             databases</li>
3358           <li>Generalised database reference retrieval and
3359             validation to all fetchable databases</li>
3360           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3361             sequence command</li>
3362         </ul> <em>Import and Export</em>
3363         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3364         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3365           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3366         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3367           File</li>
3368         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3369           triplet as name of colourscheme</li>
3370         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3371         <ul>
3372           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3373           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3374             alignments (experimental)</li>
3375           <li>Create new or select existing session to join</li>
3376           <li>load and save of vamsas documents</li>
3377         </ul> <em>Application command line</em>
3378         <ul>
3379           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3380             from applet)</li>
3381           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3382             of DAS servers to query for alignment features</li>
3383           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3384             that are also automatically queried for features</li>
3385           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3386             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3387         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3388         <ul>
3389           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3390             application (when using &quot;View in full
3391             application&quot;)</li>
3392         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3393         <ul>
3394           <li>feature group display control parameter</li>
3395           <li>debug parameter</li>
3396           <li>showbutton parameter</li>
3397         </ul> <em>Applet API methods</em>
3398         <ul>
3399           <li>newView public method</li>
3400           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3401           <li>Feature display control methods</li>
3402           <li>get list of currently selected sequences</li>
3403         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3404         <ul>
3405           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3406           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3407             Jalview release.</li>
3408           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3409             property controls execution of obfuscator</li>
3410           <li>Build target for generating source distribution</li>
3411           <li>Debug flag for javacc</li>
3412           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3413             jalview.bin.Cache</li>
3414           <li>Continuous Build Integration for stable and
3415             development version of Application, Applet and source
3416             distribution</li>
3417         </ul></td>
3418       <td>
3419         <ul>
3420           <li>selected region output includes visible annotations
3421             (for certain formats)</li>
3422           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3423             for editing</li>
3424           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3425           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3426           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3427           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3428             comments</li>
3429           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3430             filenames containing a ':'</li>
3431           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3432             global sequence features</li>
3433           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3434             references from alignment sequences goes to zero</li>
3435           <li>Close of tree branch colour box without colour
3436             selection causes cascading exceptions</li>
3437           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3438           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3439             file parsing fails.</li>
3440           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3441           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3442             not a valid output format</li>
3443           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3444             vamsas</li>
3445           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3446           <li>error messages passed up and output when data read
3447             fails</li>
3448           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3449             sequence is edited</li>
3450           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3451             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3452           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3453             filetype</li>
3454           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3455             import fixed for PFAM records</li>
3456           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3457             window list</li>
3458           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3459             can be read and written correctly to annotation file</li>
3460           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3461             correctly</li>
3462           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3463             non-italic font for representatives in Applet</li>
3464           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3465             Macs.</li>
3466           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3467             Applet)</li>
3468           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3469             due to null pointer exceptions</li>
3470           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3471             first column of alignment</li>
3472           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3473             July 2008</li>
3474           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3475             file is case-insensitive</li>
3476           <li>Sequence features read from Features file appended to
3477             all sequences with matching IDs</li>
3478           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3479             containing a sub-sequence</li>
3480           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3481           <li>feature and annotation file applet parameters
3482             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3483           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3484           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3485             splash-screen version check to complete</li>
3486           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3487             when passing them to the launchApp service</li>
3488           <li>display name and local features preserved in results
3489             retrieved from web service</li>
3490           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3491             sequence fetcher initialisation</li>
3492           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3493             dasobert DAS client</li>
3494           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3495             association</li>
3496           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3497             sequences
3498           </li>
3499         </ul>
3500       </td>
3501     </tr>
3502     <tr>
3503       <td>
3504         <div align="center">
3505           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3506         </div>
3507       </td>
3508       <td>
3509         <ul>
3510           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3511           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3512           <li>Slide sequences</li>
3513           <li>Edit sequence in place</li>
3514           <li>EMBL CDS features</li>
3515           <li>DAS Feature mapping</li>
3516           <li>Feature ordering</li>
3517           <li>Alignment Properties</li>
3518           <li>Annotation Scores</li>
3519           <li>Sort by scores</li>
3520           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3521         </ul>
3522       </td>
3523       <td>
3524         <ul>
3525           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3526           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3527           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3528           <li>Feature group display state in XML</li>
3529           <li>Feature ordering in XML</li>
3530           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3531           <li>Stockholm alignment properties</li>
3532           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3533           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3534           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3535           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3536         </ul>
3537       </td>
3538
3539     </tr>
3540     <tr>
3541       <td>
3542         <div align="center">
3543           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3544         </div>
3545       </td>
3546       <td>
3547         <ul>
3548           <li>Non standard characters can be read and displayed
3549           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3550             applet via textbox
3551           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3552             name &amp; description
3553           <li>Preference setting to display sequence name in
3554             italics
3555           <li>Annotation file format extended to allow
3556             Sequence_groups to be defined
3557           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3558             specified in preferences
3559           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3560             sequences
3561         </ul>
3562       </td>
3563       <td>
3564         <ul>
3565           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3566             installed
3567           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3568           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3569         </ul>
3570       </td>
3571     </tr>
3572     <tr>
3573       <td>
3574         <div align="center">
3575           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3576         </div>
3577       </td>
3578       <td>
3579         <ul>
3580           <li>Multiple views on alignment
3581           <li>Sequence feature editing
3582           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3583           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3584           <li>Background dependent text colour
3585           <li>Right align sequence ids
3586           <li>User-defined lower case residue colours
3587           <li>Format Menu
3588           <li>Select Menu
3589           <li>Menu item accelerator keys
3590           <li>Control-V pastes to current alignment
3591           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3592           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3593           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3594
3595           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3596         </ul>
3597       </td>
3598       <td>
3599         <ul>
3600           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3601           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3602             calculations
3603           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3604             edits
3605           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3606             of alignment)
3607           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3608
3609           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3610             display correctly
3611           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3612           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3613             analysis results
3614           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3615             &#8739;
3616           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3617           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3618           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3619
3620         </ul>
3621       </td>
3622     </tr>
3623     <tr>
3624       <td>
3625         <div align="center">
3626           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3627         </div>
3628       </td>
3629       <td>
3630         <ul>
3631           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3632         </ul>
3633       </td>
3634       <td>
3635         <ul>
3636           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3637             sequence id panel has been resized</li>
3638           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3639             rendered</li>
3640           <li>Annotation files with sequence references - all
3641             elements in file are relative to sequence position</li>
3642           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3643         </ul>
3644       </td>
3645     </tr>
3646     <tr>
3647       <td>
3648         <div align="center">
3649           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3650         </div>
3651       </td>
3652       <td>
3653         <ul>
3654           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3655           <li>DAS Feature fetching</li>
3656           <li>Hide sequences and columns</li>
3657           <li>Export Annotations and Features</li>
3658           <li>GFF file reading / writing</li>
3659           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3660             files</li>
3661           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3662           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3663           <li>Applet can launch the full application</li>
3664           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3665             required)</li>
3666           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3667           <li>Applet can load sequences from parameter
3668             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3669           </li>
3670         </ul>
3671       </td>
3672       <td>
3673         <ul>
3674           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3675           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3676           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3677         </ul>
3678       </td>
3679     </tr>
3680     <tr>
3681       <td>
3682         <div align="center">
3683           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3684         </div>
3685       </td>
3686       <td>
3687         <ul>
3688           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3689           <li>Choose to match case when searching</li>
3690           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3691             expand the visible width and height of the alignment</li>
3692         </ul>
3693       </td>
3694       <td>
3695         <ul>
3696           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3697         </ul>
3698       </td>
3699     </tr>
3700     <tr>
3701       <td>
3702         <div align="center">
3703           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3704         </div>
3705       </td>
3706       <td>&nbsp;</td>
3707       <td>
3708         <ul>
3709           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3710           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3711             value</li>
3712         </ul>
3713       </td>
3714     </tr>
3715     <tr>
3716       <td>
3717         <div align="center">
3718           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3719         </div>
3720       </td>
3721       <td>
3722         <ul>
3723           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3724           <li>Keyboard editing</li>
3725           <li>Create sequence features from searches</li>
3726           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3727             alignments</li>
3728           <li>Features file allows grouping of features</li>
3729           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3730           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3731           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3732         </ul>
3733       </td>
3734       <td>
3735         <ul>
3736           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3737           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3738             descriptions saved.</li>
3739         </ul>
3740       </td>
3741     </tr>
3742     <tr>
3743       <td>
3744         <div align="center">
3745           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3746         </div>
3747       </td>
3748       <td>
3749         <ul>
3750           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3751           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3752           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3753             name for file output</li>
3754           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3755           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3756             used for HTML form input</li>
3757         </ul>
3758       </td>
3759       <td>
3760         <ul>
3761           <li>HTML output writes groups and features</li>
3762           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3763           <li>File IO bugs</li>
3764         </ul>
3765       </td>
3766     </tr>
3767     <tr>
3768       <td>
3769         <div align="center">
3770           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3771         </div>
3772       </td>
3773       <td>
3774         <ul>
3775           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3776           <li>More options for PCA viewer</li>
3777         </ul>
3778       </td>
3779       <td>
3780         <ul>
3781           <li>GUI bugs resolved</li>
3782           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3783         </ul>
3784       </td>
3785     </tr>
3786     <tr>
3787       <td height="63">
3788         <div align="center">
3789           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3790         </div>
3791       </td>
3792       <td>
3793         <ul>
3794           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3795           <li>Jar files are executable</li>
3796           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3797         </ul>
3798       </td>
3799       <td>
3800         <ul>
3801           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3802           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3803           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3804         </ul>
3805       </td>
3806     </tr>
3807     <tr>
3808       <td>
3809         <div align="center">
3810           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3811         </div>
3812       </td>
3813       <td>
3814         <ul>
3815           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3816         </ul>
3817       </td>
3818       <td>
3819         <ul>
3820           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3821         </ul>
3822       </td>
3823     </tr>
3824     <tr>
3825       <td>
3826         <div align="center">
3827           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3828         </div>
3829       </td>
3830       <td>
3831         <ul>
3832           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3833             size</li>
3834         </ul>
3835       </td>
3836       <td>
3837         <ul>
3838           <li>Improved JPred client reliability</li>
3839           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3840         </ul>
3841       </td>
3842     </tr>
3843     <tr>
3844       <td>
3845         <div align="center">
3846           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3847         </div>
3848       </td>
3849       <td>
3850         <ul>
3851           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3852           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3853           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3854             to Colour Menu</li>
3855           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3856           <li>Unix users can set default web browser</li>
3857           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3858           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3859         </ul>
3860       </td>
3861       <td>
3862         <ul>
3863           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3864         </ul>
3865       </td>
3866     </tr>
3867     <tr>
3868       <td>
3869         <div align="center">
3870           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3871         </div>
3872       </td>
3873       <td>&nbsp;</td>
3874       <td>
3875         <ul>
3876           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3877             alignment order.</li>
3878         </ul>
3879       </td>
3880     </tr>
3881     <tr>
3882       <td>
3883         <div align="center">
3884           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3885         </div>
3886       </td>
3887       <td>
3888         <ul>
3889           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3890           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3891           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3892             annotations.</li>
3893           <li>Version and build date written to build properties
3894             file.</li>
3895           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3896             at launch of Jalview.</li>
3897         </ul>
3898       </td>
3899       <td>
3900         <ul>
3901           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3902           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3903           <li>Can remove groups one by one.</li>
3904           <li>Filechooser icons installed.</li>
3905           <li>Finder ignores return character when searching.
3906             Return key will initiate a search.<br>
3907           </li>
3908         </ul>
3909       </td>
3910     </tr>
3911     <tr>
3912       <td>
3913         <div align="center">
3914           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3915         </div>
3916       </td>
3917       <td>
3918         <ul>
3919           <li>New codebase</li>
3920         </ul>
3921       </td>
3922       <td>&nbsp;</td>
3923     </tr>
3924   </table>
3925   <p>&nbsp;</p>
3926 </body>
3927 </html>