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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
  74             <em>7/06/2018</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
  82               annotation retrieved from Uniprot
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
  86               onto the Jalview Desktop
  87             </li>
  88           </ul>
  89         </div></td>
  90       <td><div align="left">
  91           <em></em>
  92           <ul>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
  95               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
  99               right-hand column parsed correctly
 100             </li>
 101             <li>
 102               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 103               not alignment area in exported graphic
 104             </li>
 105             <li>
 106               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 107               window has input focus
 108             </li>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 111               annotation added to view (Windows)
 112             </li>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when network connectivity is poor
 115             </li>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 118               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 119                 the currently open URL and links from a page viewed in
 120                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 121                 you are using Edge, only links in the page can be
 122                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 123                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 124             </li>
 125           </ul>
 126         </div></td>
 127     </tr>
 128     <tr>
 129       <td width="60" nowrap>
 130         <div align="center">
 131           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 132         </div>
 133       </td>
 134       <td><div align="left">
 135           <em></em>
 136           <ul>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 139               for disabling automatic superposition of multiple
 140               structures and open structures in existing views
 141             </li>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 144               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 145               adjust them.
 146             </li>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 149               Ensembl services
 150             </li>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 153               and lots of hidden columns
 154             </li>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 157               of features (particularly when transparency is disabled)
 158             </li>
 159           </ul>
 160           </div>
 161       </td>
 162       <td><div align="left">
 163           <ul>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 166               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 170               overlapping alignment panel
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 174               sequence as gaps
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 178               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 179               UTR
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 183               factor annotation not added to sequence when local PDB
 184               file associated with it by drag'n'drop or structure
 185               chooser
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 189               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 193               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 197               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 201               columns in annotation row
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 205               honored in batch mode
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 209               for structures added to existing Jmol view
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 213               entries after importing project with multiple views
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 217               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 218               with negative residue numbers or missing residues fails
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 222               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 223               as generated by CONSURF)
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 227               tooltip doesn't include a text description of mutation
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 231               structure and/or overview windows are also shown
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 235               very slow for alignments with large numbers of sequences
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 239               with 'StringIndexOutOfBounds'
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 243               platforms running Java 10
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 247               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 248             </li>
 249           </ul>
 250           <em>Applet</em>
 251           <ul>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 254               should copy the group consensus when popup is opened on it
 255             </li>
 256           </ul>
 257           <em>Batch Mode</em>
 258           <ul>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 261           </li>
 262           </ul>
 263           <em>New Known Defects</em>
 264           <ul>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 267               editing a large alignment and overview is displayed
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 271               repeatedly after a series of edits even when the overview
 272               is no longer reflecting updates
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 276               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 277               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 278               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 279             </li>
 280           </ul>
 281         </div>
 282           </td>
 283     </tr>
 284     <tr>
 285       <td width="60" nowrap>
 286         <div align="center">
 287           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 288         </div>
 289       </td>
 290       <td><div align="left">
 291           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 292               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 293       <td><div align="left">
 294           <em>Desktop</em><ul>
 295           <ul>
 296             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 297             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 298             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 299             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 300             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 301             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 302             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 303           </ul>
 304           </div>
 305       </td>
 306     </tr>
 307     <tr>
 308       <td width="60" nowrap>
 309         <div align="center">
 310           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 311         </div>
 312       </td>
 313       <td><div align="left">
 314           <em></em>
 315           <ul>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 318               rendering of sequence features
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 322               429 rate limit request hander
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 326               their colours have changed
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 330               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 334               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 338               view from Ensembl locus cross-references
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 342               Alignment report
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 346               feature can be disabled
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 350               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 354               Uniprot
 355             </li>
 356           </ul>
 357           <em>Scripting</em>
 358           <ul>
 359             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 360             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 361               percent identity scores for current alignment.</li>
 362           </ul>
 363           <em>Testing and Deployment</em>
 364           <ul>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 367             </li>
 368           </ul>
 369         </div></td>
 370       <td><div align="left">
 371           <em>General</em>
 372           <ul>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 375               threshold text field doesn't trigger an update to the
 376               alignment view
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 380               strings in parallel
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 384               alignment window is closed
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 388               group visibility
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 392               takes a long time in Cursor mode
 393             </li>
 394           </ul>
 395           <em>Desktop</em>
 396           <ul>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 399               cannot be viewed in Chimera
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 403               CDS/Protein view
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 407               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 408               Search Dialogs
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 418               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 422               scrolling right in unwapped alignment view
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 426               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 427               database
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 431               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 435               features of same type and group to be selected for
 436               amending
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 440               alignments when hidden columns are present
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 444               displaying several structures
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 448               moving a window
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 452               within the Jalview desktop on OSX
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 456               when in wrapped alignment mode
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 460               hand end of alignment
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 464               each selected sequence do not have correct start/end
 465               positions
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 469               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 473               restoring project until a new view is created
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 477               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 478               configured (since 2.10.2b2)
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 482               position is adjusted
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 486               in a multi-chain structure when viewing alignment
 487               involving more than one chain (since 2.10)
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 491               if new selection moves alignment window
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 495               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 499               that produces correctly annotated transcripts and products
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 503               doesn't update associated structure view
 504             </li>
 505           </ul>
 506           <em>Applet</em><br />
 507           <ul>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 510               closing alignment panel
 511             </li>
 512           </ul>
 513           <em>BioJSON</em><br />
 514           <ul>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 517               non-positional features
 518             </li>
 519           </ul>
 520           <em>New Known Issues</em>
 521           <ul>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 524               sequence features correctly (for many previous versions of
 525               Jalview)
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 529               using cursor in wrapped panel other than top
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 533               graduated colour threshold
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 537               always preserve numbering and sequence features
 538             </li>
 539           </ul>
 540           <em>Known Java 9 Issues</em>
 541           <ul>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 544               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 545               9.01, OSX 10.10)
 546             </li>
 547           </ul>
 548         </div></td>
 549     </tr>
 550     <tr>
 551       <td width="60" nowrap>
 552         <div align="center">
 553           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 554             <em>2/10/2017</em></strong>
 555         </div>
 556       </td>
 557       <td><div align="left">
 558           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 559           <ul>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 562             </li>
 563             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 564             </li>
 565           </ul>
 566         </div></td>
 567       <td><div align="left">
 568         </div></td>
 569     </tr>
 570     <tr>
 571       <td width="60" nowrap>
 572         <div align="center">
 573           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 574             <em>7/9/2017</em></strong>
 575         </div>
 576       </td>
 577       <td><div align="left">
 578           <em></em>
 579           <ul>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 582               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 583               white)
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 587               Preferences
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 591               in size and progress bar shown as higher resolution
 592               overview is recalculated
 593             </li>
 594
 595           </ul>
 596         </div></td>
 597       <td><div align="left">
 598           <em></em>
 599           <ul>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 602               column region row by row
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 606               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 610               format setting is unticked
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 614               if group has show boxes format setting unticked
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 618               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 619               include sequences and columns not currently displayed
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 623               assemblies are imported via CIF file
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 627               displayed when threshold or conservation colouring is also
 628               enabled.
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 632               server version
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 636               dragging a selected region off the visible region of the
 637               alignment
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 641               colourscheme to all groups in a view
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 645               initially after font size change using the Font chooser or
 646               middle-mouse zoom
 647             </li>
 648           </ul>
 649         </div></td>
 650     </tr>
 651     <tr>
 652       <td width="60" nowrap>
 653         <div align="center">
 654           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 655         </div>
 656       </td>
 657       <td><div align="left">
 658           <em>Calculations</em>
 659           <ul>
 660
 661             <li>
 662               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 663               ungapped positions in each column of the alignment.
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 667               a calculation dialog box
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 671               and memory efficiency (~30x faster)
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 675               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 676               and other calculations
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 680               files within the Jalview codebase
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 684               Similarity may have different topology due to increased
 685               precision
 686             </li>
 687           </ul>
 688           <em>Rendering</em>
 689           <ul>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 692               model for alignments and groups
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 696               scripts
 697             </li>
 698           </ul>
 699           <em>Overview</em>
 700           <ul>
 701             <li>
 702               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 703               with alignment and overview windows
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 707               overview
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 711               omitted in Overview
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 715               adjustment of visible position
 716             </li>
 717           </ul>
 718
 719           <em>Data import/export</em>
 720           <ul>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 723               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 727               annotation input/output via stockholm flatfile
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 731               extension when importing structure files without embedded
 732               names or PDB accessions
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 736               format sequence substitution matrices
 737             </li>
 738           </ul>
 739           <em>User Interface</em>
 740           <ul>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 743               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 744               the application.
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 748               via Overview or sequence motif search operations
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 752               opened by double clicking gaps within sequence feature
 753               extent
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 757               aligned positions were available to create a 3D structure
 758               superposition.
 759             </li>
 760           </ul>
 761           <em>3D Structure</em>
 762           <ul>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 765               coloured in linked structure views
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 769               file-based command exchange
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 773               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 774               structures are already available for sequences
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 778               the Jalview project rather than downloaded again when the
 779               project is reopened.
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 783               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 784               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 785                 Feature</strong>)
 786             </li>
 787           </ul>
 788           <em>Web Services</em>
 789           <ul>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 795               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 796               Analysis services
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 800               cross-references provided by identifiers.org and the
 801               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 802             </li>
 803           </ul>
 804
 805           <em>Scripting</em>
 806           <ul>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 809               identifying file formats (instead of String constants)
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 813               efficiency when counting all displayed features (not
 814               backwards compatible with 2.10.1)
 815             </li>
 816           </ul>
 817           <em>Example files</em>
 818           <ul>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 821               included in the example feature file
 822             </li>
 823           </ul>
 824           <em>Documentation</em>
 825           <ul>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 828               with the built-in Java help viewer
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 832               sequence description' option
 833             </li>
 834           </ul>
 835           <em>Test Suite</em>
 836           <ul>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 839               Uniprot REST Free Text Search Client
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 846               during tests
 847             </li>
 848           </ul>
 849         </div></td>
 850       <td><div align="left">
 851           <em>Calculations</em>
 852           <ul>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 855               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 856               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 857             </li>
 858             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 859               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 860               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 861               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 862               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 863               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 864               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 865               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 866               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 867               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 868               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 869               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 870               // for 2.10.1 mode <br />
 871               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 872               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 873                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 874                 calculations (not recommended)</em></li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 877               scaling of branch lengths for trees computed using
 878               Sequence Feature Similarity.
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 882               generating output report when working with highly
 883               redundant alignments
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 887               right of selected region when gaps present on right-hand
 888               boundary
 889             </li>
 890           </ul>
 891           <em>User Interface</em>
 892           <ul>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 895               doesn't reselect a specific sequence's associated
 896               annotation after it was used for colouring a view
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 900               opened on a region of alignment without groups
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 904               of an alignment with overlapping groups
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 908               name and description match
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 912               hidden regions results in incorrect hidden regions
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 916               changing colour does not apply Conservation slider value
 917               to all groups
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 921               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 925               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 929               gaps before start of features
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 933               restored to UI when feature colour is edited
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 937               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 941               as graduate feature colour settings are modified via the
 942               dialog box
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 946               when a group defined on the alignment is resized
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 950               wrapped view result in positional status updates
 951             </li>
 952
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 955               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 959               alignment included gapped columns
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 963               widgets don't permanently disappear
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 967               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 968               T-Coffee column reliability scores)
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 972               sequence feature on gaps only
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 976               button from a Find inherit previously defined feature type
 977               rather than the Find query string
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 981               exporting tree calculated in Jalview
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 985               and then revealing them reorders sequences on the
 986               alignment
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 990               doesn't update to reflect available set of groups after
 991               interactively adding or modifying features
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 995               Linux
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 999               only excluded gaps in current sequence and ignored
1000               selection.
1001             </li>
1002           </ul>
1003           <em>Rendering</em>
1004           <ul>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1007               erratically when hidden rows or columns are present
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1011               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1012               sequence colouring
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1016               colour and group colour menu for protein alignments
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1020               reflect currently selected view or group's shading
1021               thresholds
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1025               when rendered on overview and structures when opacity at
1026               100%
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1030               overview when features overlaid on alignment
1031             </li>
1032           </ul>
1033           <em>Data import/export</em>
1034           <ul>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1037               load
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1041               added after a sequence was imported are not written to
1042               Stockholm File
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1046               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1050               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1054               with lightGray or darkGray via features file (but can
1055               specify lightgray)
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1059               when alignment view imported from project
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1063               structure and sequences extracted from structure files
1064               imported via URL and viewed in Jmol
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1068               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1069               the project is loaded and the structure viewed
1070             </li>
1071           </ul>
1072           <em>Web Services</em>
1073           <ul>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1076               release of Ensembl v.88
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1080               appear enabled in Preferences->Connections
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1084               removed from console output
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1088               Ensembl by Peptide ID
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1092               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1093               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1094               due to 'null' string rather than empty string used for
1095               residues with no corresponding PDB mapping).
1096             </li>
1097           </ul>
1098           <em>Application UI</em>
1099           <ul>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1102               menu
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1106               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1107               new documentation and tooltips added)
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1111               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1115               new features are added to alignment
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1119               changes to feature colours via the Amend features dialog
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1123               edit graduated feature colour via amend features dialog
1124               box
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1128               selection menu changes colours of alignment views
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1132               from alignment calculation workers after alignment has
1133               been closed
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1137               groups now 'Create Group'
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1141               Create/Undefine group doesn't always work
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1145               shown again after pressing 'Cancel'
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1149               adjusts start position in wrap mode
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1153               ambiguous amino acids
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1157               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1158               proteins
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1162               Defined' don't appear in Colours menu
1163             </li>
1164           </ul>
1165           <em>Applet</em>
1166           <ul>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1169               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1173               overview or linked structure view
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1177               work (since 2.8)
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1181               user-defined colourscheme doesn't restore original
1182               colourscheme
1183             </li>
1184           </ul>
1185           <em>Test Suite</em>
1186           <ul>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1189               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1193               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1194               problems with deep array comparison equality asserts in
1195               successive versions of TestNG
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1199               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1200             </li>
1201           </ul>
1202           <em>New Known Issues</em>
1203           <ul>
1204             <li>
1205               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1206               phase after a sequence motif find operation
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1210               containing just upper and lower case letters are
1211               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1215               reliably from eggnog Ortholog database
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1219               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1220               to mark columns containing highlighted regions.
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1224               doesn't always add secondary structure annotation.
1225             </li>
1226           </ul>
1227         </div>
1228     <tr>
1229       <td width="60" nowrap>
1230         <div align="center">
1231           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1232         </div>
1233       </td>
1234       <td><div align="left">
1235           <em>General</em>
1236           <ul>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1239               for all consensus calculations
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1243               3rd Oct 2016)
1244             </li>
1245             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1246               for 2016-2017</li>
1247           </ul>
1248           <em>Application</em>
1249           <ul>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1252               set of database cross-references, sorted alphabetically
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1256               from database cross references. Users with custom links
1257               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1258                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1262               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1263               Chimera session
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1267               the Chimera it is connected to is shut down
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1271               columns menu item to mark columns containing highlighted
1272               regions (e.g. from structure selections or results of a
1273               Find operation)
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1277               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1278               MSAviewer
1279             </li>
1280           </ul>
1281         </div></td>
1282       <td>
1283         <div align="left">
1284           <em>General</em>
1285           <ul>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1288               are not coloured or thresholded according to percent
1289               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1293               hydrophobic
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1297               threshold, amino acid properties)
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1301               reported as mapped to residues in a structure file in the
1302               View Mapping report
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1306               could be added multiple times to a sequence
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1310               bond features shown as two highlighted residues rather
1311               than a range in linked structure views, and treated
1312               correctly when selecting and computing trees from features
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1316               cross-references are matched to database name regardless
1317               of case
1318             </li>
1319
1320           </ul>
1321           <em>Application</em>
1322           <ul>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1325               names without regular expressions also offer links from
1326               Sequence ID
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1330               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1331               update Jalview configuration
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1335               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1339               files with similarly named sequences if dropped onto the
1340               alignment
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1344               entries where more chains exist in the PDB accession than
1345               are reported in the SIFTS file
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1349               the structure view when displayed with Chimera
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1353               panel's View->Show Chains submenu
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1357               work for wrapped alignment views
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1361               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1365               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1366               first annotation row
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1370               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1374               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1375             </li>
1376             <!-- JAL-2319 -->
1377             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1378             coordindate data
1379             </li>
1380           </ul>
1381           <!--           <em>New Known Issues</em>
1382           <ul>
1383             <li></li>
1384           </ul> -->
1385         </div>
1386       </td>
1387     </tr>
1388     <td width="60" nowrap>
1389       <div align="center">
1390         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1391           <em>25/10/2016</em></strong>
1392       </div>
1393     </td>
1394     <td><em>Application</em>
1395       <ul>
1396         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1397           view if structures already loaded</li>
1398         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1399           structure views</li>
1400       </ul></td>
1401     <td>
1402       <div align="left">
1403         <em>General</em>
1404         <ul>
1405           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1406             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1407           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1408             example sequences/projects/trees</li>
1409         </ul>
1410         <em>Application</em>
1411         <ul>
1412           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1413             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1414           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1415             without timeout for structures with multiple models or
1416             multiple sequences in alignment</li>
1417           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1418             PDB ID HEADER line</li>
1419           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1420             is performed</li>
1421           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1422             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1423           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1424           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1425             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1426             option</li>
1427           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1428             is created on the alignment</li>
1429           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1430             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1431             pop-up menu</li>
1432         </ul>
1433         <em>Build and deployment</em>
1434         <ul>
1435           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1436             tags</li>
1437         </ul>
1438         <em>New Known Issues</em>
1439         <ul>
1440           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1441             on Windows</li>
1442         </ul>
1443       </div>
1444     </td>
1445     </tr>
1446     <tr>
1447       <td width="60" nowrap>
1448         <div align="center">
1449           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1450         </div>
1451       </td>
1452       <td><em>General</em>
1453         <ul>
1454           <li>
1455             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1456           </li>
1457           <li>
1458             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1459             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1460             better PDB parsing.
1461           </li>
1462           <li>
1463             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1464             reference sequence
1465           </li>
1466           <li>
1467             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1468             mousing over sequence associated annotation
1469           </li>
1470           <li>
1471             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1472             for manual entry
1473           </li>
1474           <li>
1475             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1476             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1477             for each column
1478           </li>
1479           <li>
1480             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1481             showing or hiding columns containing a feature
1482           </li>
1483           <li>
1484             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1485             group and sequence associated annotation labels
1486           </li>
1487           <li>
1488             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1489             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1490             dialogs
1491           </li>
1492
1493         </ul> <em>Application</em>
1494         <ul>
1495           <li>
1496             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1497             gene/transcript view
1498           </li>
1499           <li>
1500             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1501             dialog
1502           </li>
1503           <li>
1504             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1505             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1506           </li>
1507           <li>
1508             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1509             Pfam sources to xfam.org
1510           </li>
1511           <li>
1512             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1513           </li>
1514           <li>
1515             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1516             over sequences in Jalview
1517           </li>
1518           <li>
1519             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1520             regions in ENA and EMBL
1521           </li>
1522           <li>
1523             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1524             for record retrieval via ENA rest API
1525           </li>
1526           <li>
1527             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1528             complement operator
1529           </li>
1530           <li>
1531             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1532             groovy script execution
1533           </li>
1534           <li>
1535             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1536             alignment window's Calculate menu
1537           </li>
1538           <li>
1539             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1540             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1541           </li>
1542           <li>
1543             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1544             calculation workers from groovy scripts
1545           </li>
1546           <li>
1547             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1548             Jalview projects
1549           </li>
1550           <li>
1551             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1552             associations are now saved/restored from project
1553           </li>
1554           <li>
1555             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1556             before sequence fetcher is opened
1557           </li>
1558           <li>
1559             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1560             database chooser opens a sequence fetcher
1561           </li>
1562           <li>
1563             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1564             the UniProt REST API
1565           </li>
1566           <li>
1567             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1568             the news reader opening
1569           </li>
1570           <li>
1571             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1572             querying stored in preferences
1573           </li>
1574           <li>
1575             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1576             search results
1577           </li>
1578           <li>
1579             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1580           </li>
1581           <li>
1582             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1583             menu for nucleotide sequences
1584           </li>
1585           <li>
1586             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1587             and feature counts preserves alignment ordering (and
1588             debugged for complex feature sets).
1589           </li>
1590           <li>
1591             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1592             viewing structures with Jalview 2.10
1593           </li>
1594           <li>
1595             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1596             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1597             Ensembl Genomes REST API
1598           </li>
1599           <li>
1600             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1601             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1602             (Ensembl)
1603           </li>
1604           <li>
1605             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1606             sequences
1607           </li>
1608           <li>
1609             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1610             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1611             data from external database records.
1612           </li>
1613           <li>
1614             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1615             efficient recovery of sequence coding and alignment
1616             annotation relationships.
1617           </li>
1618         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1619         <ul>
1620           <li>
1621             -- JAL---
1622           </li>
1623         </ul> --></td>
1624       <td>
1625         <div align="left">
1626           <em>General</em>
1627           <ul>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1630               menu on OSX
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1634               includes graduated colourschemes
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1638               working with big alignments and lots of hidden columns
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1642               at right of alignment window
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1646               contents
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1650               for DNA alignments
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1654               based tree calculation
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1658               unconserved enabled for group on alignment
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1662               set as reference
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1666               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1667               annotation
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1671               hidden columns present
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1675               user created annotation added to alignment
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1679               '()' base pair annotation
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1683               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1684               Consensus
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1688               feature not working
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1692               beginning of sequence
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1696               entry 3a6s
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1700               from a tree when t-coffee scores are shown
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1704               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1708               some structures
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1712               to Clustal, PIR and PileUp output
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1716               not visible causes alignment window to repaint
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1720               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1721               scores associated with features and annotation rows
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1725               calculation should be case independent
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1729               columns
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1733               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1734               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1738               problems when reference sequence defined and 'show
1739               non-conserved' enabled
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1743               load even when Consensus calculation is disabled
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1747               alignment does nothing
1748             </li>
1749           </ul>
1750           <em>Application</em>
1751           <ul>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1754               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1755               yet fixed for El Capitan)
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1759               output when running on non-gb/us i18n platforms
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1763               hidden sequences as flat-file alignment
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1767               launching Chimera
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1771               (also hotfix for 2.9.0b2)
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1775               reference sequence defined
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1779               alignments and views when revealing hidden columns
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1783               view in a cDNA/Protein splitframe
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1787               sequence from project when only one sequence is
1788               represented
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1792               in Structure Chooser
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1796               structure consensus didn't refresh annotation panel
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1800               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1804               dialogs format columns correctly, don't display array
1805               data, sort columns according to type
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1809               file chooser is cancelled during an image export
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1813               sequence name containing special characters
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1817               case insensitive
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1821               formatting don't wrap
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1825               truncated so L looks like I in consensus annotation
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1829               currently displayed features for the current selection or
1830               view
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1834               after fetching cross-references, and restoring from
1835               project
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1839               followed in the structure viewer
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1843               splitframe not restored from project
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1847               trailing end of protein alignment in transcript/product
1848               splitview when pad-gaps not enabled by default
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1852               is case dependent
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1856               article has been read (reopened issue due to
1857               internationalisation problems)
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1861               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1862               cross-references
1863             </li>
1864
1865             <li>
1866               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1867               alignment as HTML
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1871               multiple structures are shown for one or more sequences.
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1875               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1876               is enabled.
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1880               specific PDB id for sequence
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1884               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1885               columns' is disabled.
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1889               selects lowest rather than highest resolution structures
1890               for each sequence
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1894               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1898               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1902               after clicking on it to create new annotation for a
1903               column.
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1907               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1908             </li>
1909             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1910             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1911           </ul>
1912           <em>Applet</em>
1913           <ul>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1916               hidden columns present before start of sequence
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1920               (JSON jars)
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1924               sequences are hidden in applet
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1928               deployment on examples pages.
1929             </li>
1930           </ul>
1931         </div>
1932       </td>
1933     </tr>
1934     <tr>
1935       <td width="60" nowrap>
1936         <div align="center">
1937           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1938             <em>16/10/2015</em></strong>
1939         </div>
1940       </td>
1941       <td><em>General</em>
1942         <ul>
1943           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1944             jars</li>
1945         </ul></td>
1946       <td>
1947         <div align="left">
1948           <em>Application</em>
1949           <ul>
1950             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1951               shown when tree is partitioned</li>
1952             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1953               multiple cDNA/Protein split views</li>
1954           </ul>
1955         </div>
1956       </td>
1957     </tr>
1958     <tr>
1959       <td width="60" nowrap>
1960         <div align="center">
1961           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1962             <em>8/10/2015</em></strong>
1963         </div>
1964       </td>
1965       <td><em>General</em>
1966         <ul>
1967           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1968             2.9</li>
1969         </ul> <em>Application</em>
1970         <ul>
1971           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1972           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1973           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1974         </ul> <em>Applet</em>
1975         <ul>
1976           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1977         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1978         <ul>
1979           <li>
1980             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1981             suite
1982           </li>
1983         </ul></td>
1984       <td>
1985         <div align="left">
1986           <em>General</em>
1987           <ul>
1988             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1989               incorrect when sequence start > 1</li>
1990             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1991               documentation</li>
1992             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1993             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1994               loading a features file containing HTML tags in feature
1995               description</li>
1996
1997           </ul>
1998           <em>Application</em>
1999           <ul>
2000             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2001               reimport</li>
2002             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2003               with 'trim retrieved sequences'</li>
2004             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2005               deleting selected columns</li>
2006             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2007               JNLP templates for webstart launch</li>
2008             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2009               unreleased structures for download or viewing</li>
2010             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2011               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2012             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2013               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2014             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2015               recovered from jalview project</li>
2016             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2017               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2018               alignment view</li>
2019             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2020               color schemes from BioJSON</li>
2021           </ul>
2022           <em>Applet</em>
2023           <ul>
2024             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2025               frame</li>
2026             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2027           </ul>
2028         </div>
2029       </td>
2030     </tr>
2031     <tr>
2032       <td><div align="center">
2033           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2034         </div></td>
2035       <td><em>General</em>
2036         <ul>
2037           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2038             alignments:
2039             <ul>
2040               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2041                 and DNA alignment views</li>
2042               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2043                 cDNA alignment views</li>
2044               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2045                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2046               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2047                 protein sequences</li>
2048             </ul>
2049           </li>
2050           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2051           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2052             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2053           <li>New alignment annotation file statements for
2054             reference sequences and marking hidden columns</li>
2055           <li>Reference sequence based alignment shading to
2056             highlight variation</li>
2057           <li>Select or hide columns according to alignment
2058             annotation</li>
2059           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2060           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2061             acid conservation row</li>
2062           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2063         </ul> <em>Application</em>
2064         <ul>
2065           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2066             <ul>
2067               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2068                 view with cDNA/Protein</li>
2069               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2070                 sequences are placed in the same alignment</li>
2071               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2072                 projects</li>
2073             </ul>
2074           </li>
2075
2076           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2077           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2078             Jalview windows</li>
2079
2080           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2081           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2082           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2083             be shown in VARNA</li>
2084
2085           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2086             as the active selected region</li>
2087
2088           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2089             similarity</li>
2090           <li>New Export options
2091             <ul>
2092               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2093                 region export in flat file generation</li>
2094
2095               <li>Export alignment views for display with the <a
2096                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2097
2098               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2099               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2100                 alignment figures to HTML</li>
2101           </li>
2102           <li>3D structure retrieval and display
2103             <ul>
2104               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2105                 Search API</li>
2106               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2107                 PDB structures for a sequence set</li>
2108             </ul>
2109           </li>
2110
2111           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2112             predictions</li>
2113           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2114             for one or a group of sequences</li>
2115           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2116             from the JPred4 web server</li>
2117           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2118             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2119             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2120           </li>
2121           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2122             VARNA 2D Structure'</li>
2123           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2124             Structure ..."</li>
2125
2126         </ul> <em>Applet</em>
2127         <ul>
2128           <li>New layout for applet example pages</li>
2129           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2130             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2131           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2132             Protein alignments</li>
2133         </ul> <em>Development and deployment</em>
2134         <ul>
2135           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2136           <li>Include installation type and git revision in build
2137             properties and console log output</li>
2138           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2139             storing BioJsMSA Templates</li>
2140           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2141         </ul></td>
2142       <td>
2143         <!-- <em>General</em>
2144         <ul>
2145         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2146         <ul>
2147           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2148           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2149           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2150             predictions are not highlighted in amber</li>
2151           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2152             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2153           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2154             associated structure views</li>
2155           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2156             width checkbox not enabled</li>
2157           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2158             creating user defined colours</li>
2159           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2160             mappings for just that viewer's sequences</li>
2161           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2162             multiple models in Chimera</li>
2163           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2164             over Jmol structure</li>
2165           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2166             output to text box</li>
2167           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2168             have incorrect sequence start/end</li>
2169           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2170             Jalview fails</li>
2171           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2172             work for nucleotide</li>
2173           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2174             to a grey/invisible alignment window</li>
2175           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2176             imports to different position</li>
2177           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2178             on some platforms</li>
2179           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2180             populated</li>
2181           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2182             console if Chimera has been opened</li>
2183           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2184           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2185             retrieved</li>
2186           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2187           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2188             either sequence shows on first structure</li>
2189           <li>'Show annotations' options should not make
2190             non-positional annotations visible</li>
2191           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2192             in right place after 'view flanking regions'</li>
2193           <li>File Save As type unset when current file format is
2194             unknown</li>
2195           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2196             projects</li>
2197           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2198             responsive</li>
2199           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2200             several views on same alignment</li>
2201           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2202           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2203             spaces</li>
2204         </ul> <em>Applet</em>
2205         <ul>
2206           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2207           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2208             descriptions containing angle brackets</li>
2209         </ul> <em>General</em>
2210         <ul>
2211           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2212             via jalview annotation file</li>
2213           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2214             with RNA secondary structure</li>
2215           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2216             translation doesn't work.</li>
2217           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2218           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2219             positions</li>
2220           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2221             choosing 1pt font</li>
2222           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2223             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2224             'h'</li>
2225           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2226             new feature</li>
2227           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2228             order dependent</li>
2229           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2230             sequences</li>
2231           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2232         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2233         <ul>
2234           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2235             www.jalview.org</li>
2236         </ul> <em>Application Known issues</em>
2237         <ul>
2238           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2239           <li>Misleading message appears after trying to delete
2240             solid column.</li>
2241           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2242             version launches</li>
2243           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2244             fails with a sequence mismatch</li>
2245           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2246             scrolling alignment to right</li>
2247           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2248             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2249           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2250             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2251           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2252             ultra-high resolution</li>
2253           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2254             quality and conservation</li>
2255           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2256             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2257         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2258         <ul>
2259           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2260           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2261             window is being resized</li>
2262
2263         </ul>
2264       </td>
2265     </tr>
2266     <tr>
2267       <td><div align="center">
2268           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2269         </div></td>
2270       <td><em>General</em>
2271         <ul>
2272           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2273             Certum.PL.</li>
2274           <li>Features and annotation preserved when performing
2275             pairwise alignment</li>
2276           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2277             imported/exported/displayed</li>
2278           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2279             protein secondary structure</li>
2280           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2281               post-hoc with 2.9 release</em>)
2282           </li>
2283
2284         </ul> <em>Application</em>
2285         <ul>
2286           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2287             with 3D structures</li>
2288           <li>Support for parsing RNAML</li>
2289           <li>Annotations menu for layout
2290             <ul>
2291               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2292               <li>place sequence annotation above/below alignment
2293                 annotation</li>
2294             </ul>
2295           <li>Output in Stockholm format</li>
2296           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2297             translation</li>
2298           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2299           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2300             shared between alignments</li>
2301           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2302             Jalview</li>
2303           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2304             all or current selection</li>
2305           <li>disorder and secondary structure predictions
2306             available as dataset annotation</li>
2307           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2308
2309
2310           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2311             alignments from Rfam</li>
2312           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2313
2314           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2315             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2316           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2317           <li>include installation type in build properties and
2318             console log output</li>
2319           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2320             annotation</li>
2321         </ul></td>
2322       <td>
2323         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2324         <ul>
2325           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2326             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2327           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2328             alignment</li>
2329           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2330           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2331           <li>Double click on sequence associated annotation
2332             selects only first column</li>
2333           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2334             leaves shown in tree</li>
2335           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2336             properly</li>
2337           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2338           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2339             screen and buttons not visible</li>
2340           <li>author list isn't updated if already written to
2341             Jalview properties</li>
2342           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2343             from database</li>
2344           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2345           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2346             browser search window</li>
2347           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2348             in feature settings dialog</li>
2349           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2350             desktop</li>
2351           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2352             pass validation</li>
2353           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2354             fit on screen</li>
2355           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2356             tooltip</li>
2357           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2358             defined user preset</li>
2359           <li>MSA web services warns user if they were launched
2360             with invalid input</li>
2361           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2362             Java 8</li>
2363           <li>
2364             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2365             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2366             created
2367           </li>
2368
2369         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2370         <ul>
2371         </ul> <em>General</em>
2372         <ul>
2373         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2374         <ul>
2375           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2376             memory allocation</li>
2377           <li>launchApp service doesn't automatically open
2378             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2379           <li>
2380             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2381             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2382             1.7_055 is available
2383           </li>
2384         </ul> <em>Application Known issues</em>
2385         <ul>
2386           <li>
2387             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2388             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2389             alignment to right
2390           </li>
2391           <li>
2392             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2393             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2394             with large number of ID
2395           </li>
2396           <li>
2397             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2398             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2399             start/end
2400           </li>
2401           <li>
2402             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2403             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2404             structure tracks are rearranged
2405           </li>
2406           <li>
2407             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2408             invalid rna structure positional highlighting does not
2409             highlight position of invalid base pairs
2410           </li>
2411           <li>
2412             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2413             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2414             project from alignment window file menu
2415           </li>
2416           <li>
2417             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2418             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2419             structures
2420           </li>
2421           <li>
2422             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2423             colour by RNA Helices not enabled when user created
2424             annotation added to alignment
2425           </li>
2426           <li>
2427             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2428             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2429           </li>
2430         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2431         <ul>
2432           <li>
2433             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2434             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2435           </li>
2436           <li>
2437             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2438             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2439           </li>
2440
2441           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2442             when selected</li>
2443         </ul>
2444       </td>
2445     </tr>
2446     <tr>
2447       <td><div align="center">
2448           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2449         </div></td>
2450       <td>
2451         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2452         <em>General</em>
2453         <ul>
2454           <li>Internationalisation of user interface (usually
2455             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2456           <li>Define/Undefine group on current selection with
2457             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2458           <li>Improved group creation/removal options in
2459             alignment/sequence Popup menu</li>
2460           <li>Sensible precision for symbol distribution
2461             percentages shown in logo tooltip.</li>
2462           <li>Annotation panel height set according to amount of
2463             annotation when alignment first opened</li>
2464         </ul> <em>Application</em>
2465         <ul>
2466           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2467             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2468           <li>Select columns containing particular features from
2469             Feature Settings dialog</li>
2470           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2471             sequences</li>
2472           <li>Update Jalview project format:
2473             <ul>
2474               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2475               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2476                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2477               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2478                 colouring</li>
2479             </ul>
2480           </li>
2481           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2482             (PAM250)</li>
2483           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2484             flanking regions for an alignment</li>
2485         </ul>
2486       </td>
2487       <td>
2488         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2489         <ul>
2490           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2491             running after job is cancelled</li>
2492           <li>cannot export features from alignments imported from
2493             Jalview/VAMSAS projects</li>
2494           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2495             float values</li>
2496           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2497             have 'display all symbols' flag set</li>
2498           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2499             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2500           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2501             Jalview</li>
2502           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2503             Lion/Webstart</li>
2504           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2505           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2506           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2507             alignment onto desktop</li>
2508           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2509             'extract scores' function</li>
2510           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2511             alignment window</li>
2512           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2513             performing IUPred disorder prediction</li>
2514           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2515             changing 'normalise logo' display setting</li>
2516           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2517             nothing matches query</li>
2518           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2519             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2520           </li>
2521           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2522             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2523           </li>
2524           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2525             Jalview's menu</li>
2526           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2527             'invalid literal/length code'</li>
2528           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2529             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2530           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2531             colourscheme</li>
2532
2533         </ul> <em>Applet</em>
2534         <ul>
2535           <li>Remove group option is shown even when selection is
2536             not a group</li>
2537           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2538             don't affect groups</li>
2539           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2540             colourscheme name</li>
2541           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2542             Annotation panel is not displayed</li>
2543           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2544             embedded windows</li>
2545         </ul> <em>Other</em>
2546         <ul>
2547           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2548             single sequence were not calculated</li>
2549           <li>annotation files that contain only groups imported as
2550             annotation and junk sequences</li>
2551           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2552             recognised as PFAM or BLC</li>
2553           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2554             doesn't affect background (2.8.0b1)
2555           <li></li>
2556           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2557           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2558             trailing gaps</li>
2559           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2560             registered correctly on import</li>
2561           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2562             certain alignments</li>
2563           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2564             existing annotation based 'use original colours'
2565             colourscheme loses original colours setting</li>
2566         </ul>
2567       </td>
2568     </tr>
2569     <tr>
2570       <td><div align="center">
2571           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2572             <em>30/1/2014</em></strong>
2573         </div></td>
2574       <td>
2575         <ul>
2576           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2577             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2578             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2579             open source project).
2580           </li>
2581           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2582           <li>Output in Stockholm format</li>
2583           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2584           <li>Export/import group and sequence associated line
2585             graph thresholds</li>
2586           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2587             ambiguity codes</li>
2588           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2589             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2590             works</li>
2591           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2592         </ul> <em>Other improvements</em>
2593         <ul>
2594           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2595           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2596             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2597           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2598             files</li>
2599           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2600           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2601             link but no description</li>
2602           <li>Select primary source when selecting authority in
2603             database fetcher GUI</li>
2604           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2605             Jalview</li>
2606           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2607         </ul>
2608       </td>
2609       <td>
2610         <ul>
2611           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2612             displayed</li>
2613           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2614             secondary structure annotation line</li>
2615           <li>Sequence database accessions not imported when
2616             fetching alignments from Rfam</li>
2617           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2618             identical IDs</li>
2619           <li>View all structures does not always superpose
2620             structures</li>
2621           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2622             reflect user or preset settings</li>
2623           <li>Null pointer exceptions for some services without
2624             presets or adjustable parameters</li>
2625           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2626             discover PDB xRefs</li>
2627           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2628             features with DAS</li>
2629           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2630             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2631           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2632             residue follows a gap</li>
2633           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2634             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2635           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2636             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2637           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2638             annotation already exists on alignment</li>
2639           <li>oninit javascript function should be called after
2640             initialisation completes</li>
2641           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2642             alignment window display</li>
2643           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2644           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2645             to annotation file</li>
2646           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2647             groups created</li>
2648           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2649             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2650           <li>Pressing return several times causes Number Format
2651             exceptions in keyboard mode</li>
2652           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2653             correct partitions for input data</li>
2654           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2655           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2656           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2657           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2658             mode</li>
2659           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2660             changes one row&#39;s threshold</li>
2661           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2662             doesn&#39;t open</li>
2663           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2664             quality histograms</li>
2665         </ul>
2666       </td>
2667     </tr>
2668     <tr>
2669       <td><div align="center">
2670           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2671         </div></td>
2672       <td><em>Application</em>
2673         <ul>
2674           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2675             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2676           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2677             preferences</li>
2678           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2679             in Jalview alignment window</li>
2680           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2681             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2682           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2683             RNA and ambiguity codes</li>
2684
2685           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2686           <li>Support fetching and database reference look up
2687             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2688             refs')</li>
2689           <li>Jalview project improvements
2690             <ul>
2691               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2692                 flag for annotation</li>
2693               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2694                 alignment</li>
2695               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2696                 Jalview project</li>
2697
2698             </ul>
2699           </li>
2700           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2701           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2702             running</li>
2703           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2704           <li>visual indication that web service results are still
2705             being retrieved from server</li>
2706           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2707             starts up for first time</li>
2708           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2709             services</li>
2710           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2711             client library</li>
2712           <li>Examples directory and Groovy library included in
2713             InstallAnywhere distribution</li>
2714         </ul> <em>Applet</em>
2715         <ul>
2716           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2717             visualization applet example</li>
2718         </ul> <em>General</em>
2719         <ul>
2720           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2721           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2722             defaults</li>
2723           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2724             calculation</li>
2725           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2726             matrices
2727           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2728             in HTML</li>
2729           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2730             structure contacts</li>
2731           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2732           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2733           <li>Parse sequence associated secondary structure
2734             information in Stockholm files</li>
2735           <li>HTML Export database accessions and annotation
2736             information presented in tooltip for sequences</li>
2737           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2738             style RNA alignment files</li>
2739           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2740             alignment</li>
2741           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2742             shade each sequence according to its associated alignment
2743             annotation</li>
2744           <li>New Jalview Logo</li>
2745         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2746         <ul>
2747           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2748           <li>New Website!</li>
2749         </ul></td>
2750       <td><em>Application</em>
2751         <ul>
2752           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2753             wsdbfetch REST service</li>
2754           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2755           <li>Filetype associations not installed for webstart
2756             launch</li>
2757           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2758             job execution in full once it is complete</li>
2759           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2760             uploaded via ali_file parameter</li>
2761           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2762           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2763           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2764             submitted for prediction</li>
2765           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2766             desktop window</li>
2767           <li>Putting fractional value into integer text box in
2768             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2769           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2770             windows 7</li>
2771           <li>View all structures fails with exception shown in
2772             structure view</li>
2773           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2774             escaped in a platform independent way</li>
2775           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2776             using proxy</li>
2777           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2778             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2779           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2780             failure when java web start temporary file caching is
2781             disabled</li>
2782           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2783             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2784           <li>Errors during processing of command line arguments
2785             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2786           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2787             DAS sources in sequence fetcher</li>
2788           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2789             dialog is shown</li>
2790           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2791           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2792           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2793           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2794             on OSX Mountain Lion</li>
2795           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2796             sequences with alignment annotation are pasted into the
2797             alignment</li>
2798           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2799             when loaded from Jalview project</li>
2800           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2801           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2802             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2803           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2804             associated with all views</li>
2805           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2806             annotation rows to new window</li>
2807         </ul> <em>Applet</em>
2808         <ul>
2809           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2810             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2811           <li>loading features via javascript API automatically
2812             enables feature display</li>
2813           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2814             work</li>
2815         </ul> <em>General</em>
2816         <ul>
2817           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2818           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2819             and then deselected</li>
2820           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2821           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2822             coloured with clustalx</li>
2823           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2824             exceptions and redraw errors</li>
2825           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2826             reconfigured view</li>
2827           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2828             colour</li>
2829           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2830             for lots of labels</li>
2831         </ul>
2832     </tr>
2833     <tr>
2834       <td>
2835         <div align="center">
2836           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2837         </div>
2838       </td>
2839       <td><em>Application</em>
2840         <ul>
2841           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2842           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2843           <li>View/alignment association menu to enable user to
2844             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2845             its colours/correspondences from</li>
2846           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2847           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2848             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2849           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2850           <li>Annotation row column label formatting attributes
2851             stored in project file</li>
2852           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2853             rows preserved in Jalview project file</li>
2854           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2855             saved using Desktop window menu</li>
2856           <li>Visual indication that command line arguments are
2857             still being processed</li>
2858           <li>Groovy script execution from URL</li>
2859           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2860             preferences</li>
2861           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2862             alignment with sequences that have high similarity and
2863             matching IDs</li>
2864           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2865           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2866             structures in same window</li>
2867           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2868           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2869             analysis function in its own submenu</li>
2870         </ul> <em>Applet</em>
2871         <ul>
2872           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2873             groups</li>
2874           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2875           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2876           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2877           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2878           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2879             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2880           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2881           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2882             parameters are treated as such</li>
2883           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2884             <ul>
2885               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2886               <li>Javascript callbacks for
2887                 <ul>
2888                   <li>Applet initialisation</li>
2889                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2890                 </ul>
2891               </li>
2892               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2893                 functions</li>
2894               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2895               <li>javascript structure viewer harness to pass
2896                 messages between Jmol and Jalview when running as
2897                 distinct applets</li>
2898               <li>sortBy method</li>
2899               <li>Set of applet and application examples shipped
2900                 with documentation</li>
2901               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2902                 javascript message exchange</li>
2903             </ul>
2904         </ul> <em>General</em>
2905         <ul>
2906           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2907             multiple alignments</li>
2908           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2909           <li>User configurable link to enable redirects to a
2910             www.Jalview.org mirror</li>
2911           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2912           <li>Configurable newline string when writing alignment
2913             and other flat files</li>
2914           <li>Allow alignment annotation description lines to
2915             contain html tags</li>
2916         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2917         <ul>
2918           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2919             examples</li>
2920           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2921             using a web service before displaying the result in the
2922             Jalview desktop</li>
2923           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2924           <li>Ant target to publish example html files with applet
2925             archive</li>
2926           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2927           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2928         </ul></td>
2929       <td><em>Application</em>
2930         <ul>
2931           <li>User defined colourscheme throws exception when
2932             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2933           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2934             dialog for valid filename/format</li>
2935           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2936           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2937             P37173</li>
2938           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2939             which sequence is to be associated with the file</li>
2940           <li>Find All raises null pointer exception when query
2941             only matches sequence IDs</li>
2942           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2943           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2944             2.4 cannot be loaded</li>
2945           <li>Filetype associations not installed for webstart
2946             launch</li>
2947           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2948             with sequences in different alignments do not get coloured
2949             by their associated sequence</li>
2950           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2951             not preserved when project is loaded</li>
2952           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2953             stored in Jalview project</li>
2954           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2955             Jalview project</li>
2956           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2957           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2958             by conservation</li>
2959           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2960             created on new view</li>
2961           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2962             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2963           <li>Alignment quality not updated after alignment
2964             annotation row is hidden then shown</li>
2965           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2966             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2967           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2968             properly</li>
2969           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2970             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2971           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2972           <li>Structures imported from file and saved in project
2973             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2974           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2975             job execution in full once it is complete</li>
2976         </ul> <em>Applet</em>
2977         <ul>
2978           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2979             annotation rows are displayed</li>
2980           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2981             codebase</li>
2982           <li>View follows highlighting does not work for positions
2983             in sequences</li>
2984           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2985           <li>Export features raises exception when no features
2986             exist</li>
2987           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2988             for javascript api is modified when separator string
2989             provided as parameter</li>
2990           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2991             alignment with no existing selection</li>
2992           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2993             to applet&#39;s codebase</li>
2994           <li>Status bar not updated after finished searching and
2995             search wraps around to first result</li>
2996           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2997             several Jalview applets causes race conditions and memory
2998             leaks</li>
2999           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3000             not sent from Jmol in applet</li>
3001           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3002             applet API fatally hang browser</li>
3003         </ul> <em>General</em>
3004         <ul>
3005           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3006             position with wrapped view and hidden regions</li>
3007           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3008             with/without hidden columns</li>
3009           <li>Sequence length given in alignment properties window
3010             is off by 1</li>
3011           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3012             import PDB like structure files</li>
3013           <li>Positional search results are only highlighted
3014             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3015           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3016           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3017             given sequence position</li>
3018           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3019             output</li>
3020           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3021             from nucleotide chains correctly</li>
3022           <li>Structure colours not updated when tree partition
3023             changed in alignment</li>
3024           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3025             parsed in interleaved stockholm</li>
3026           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3027             state</li>
3028           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3029             properly</li>
3030           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3031             properly associated with their pdb files</li>
3032         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3033         <ul>
3034           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3035             ApplyCopyright tool</li>
3036         </ul></td>
3037     </tr>
3038     <tr>
3039       <td>
3040         <div align="center">
3041           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3042         </div>
3043       </td>
3044       <td><em>Application</em>
3045         <ul>
3046           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3047             contact web services</li>
3048           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3049             service job window</li>
3050           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3051         </ul></td>
3052       <td>
3053         <ul>
3054           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3055             pir file emitted by Jalview</li>
3056           <li>Existing feature settings transferred to new
3057             alignment view created from cut'n'paste</li>
3058           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3059             parsing PDB files</li>
3060           <li>Consensus and conservation annotation rows
3061             occasionally become blank for all new windows</li>
3062           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3063             in wrapped view mode</li>
3064         </ul> <em>Application</em>
3065         <ul>
3066           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3067             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3068           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3069             parameter names</li>
3070           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3071             is down</li>
3072         </ul>
3073       </td>
3074     </tr>
3075     <tr>
3076       <td>
3077         <div align="center">
3078           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3079         </div>
3080       </td>
3081       <td><em>Application</em>
3082         <ul>
3083           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3084             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3085             (JABAWS)
3086           </li>
3087           <li>Web Services preference tab</li>
3088           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3089             preferences</li>
3090           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3091           <li>Superpose structures using associated sequence
3092             alignment</li>
3093           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3094             viewer</li>
3095         </ul> <em>Applet</em>
3096         <ul>
3097           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3098             link out mechanism</li>
3099         </ul> <em>Other</em>
3100         <ul>
3101           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3102             series 12</li>
3103           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3104             require Java 1.5</li>
3105           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3106             sequence annotation files</li>
3107           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3108             type colour specification</li>
3109           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3110             script to check if it being run in an interactive session or
3111             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3112         </ul></td>
3113       <td>
3114         <ul>
3115           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3116             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3117         </ul> <em>Application</em>
3118         <ul>
3119           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3120             selected Regions menu item</li>
3121           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3122             part of a valid accession ID</li>
3123           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3124             runs out of memory</li>
3125           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3126             analysis results</li>
3127           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3128             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3129           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3130         </ul> <em>Applet</em>
3131         <ul>
3132           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3133             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3134             defined.</li>
3135         </ul>
3136       </td>
3137     </tr>
3138     <tr>
3139       <td>
3140         <div align="center">
3141           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3142         </div>
3143       </td>
3144       <td></td>
3145       <td>
3146         <ul>
3147           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3148             sequence IDs</li>
3149           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3150             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3151           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3152             import correctly</li>
3153           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3154             number of columns are hidden</li>
3155           <li>annotation label popup menu not providing correct
3156             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3157             present</li>
3158           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3159             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3160           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3161             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3162
3163         </ul> <em>Applet</em>
3164         <ul>
3165           <li>annotation panel disappears when annotation is
3166             hidden/removed</li>
3167         </ul> <em>Application</em>
3168         <ul>
3169           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3170             alignment opened where annotation panel is visible but no
3171             annotations are present on alignment</li>
3172           <li>pasted region containing hidden columns is
3173             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3174           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3175             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3176           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3177             selected Rregions menu item.</li>
3178           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3179             'Un' or 'Non'conserved</li>
3180           <li>Sequence feature settings are being shared by
3181             multiple distinct alignments</li>
3182           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3183             changed</li>
3184           <li>double click on group annotation to select sequences
3185             does not propagate to associated trees</li>
3186           <li>Mac OSX specific issues:
3187             <ul>
3188               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3189                 window background</li>
3190               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3191                 name set correctly</li>
3192               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3193                 save feature colourscheme button</li>
3194             </ul>
3195           </li>
3196         </ul>
3197       </td>
3198     </tr>
3199     <tr>
3200
3201       <td>
3202         <div align="center">
3203           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3204         </div>
3205       </td>
3206       <td><em>New Capabilities</em>
3207         <ul>
3208           <li>URL links generated from description line for
3209             regular-expression based URL links (applet and application)
3210
3211           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3212             menu</li>
3213           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3214             structures</li>
3215           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3216             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3217           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3218             average score or total feature count for each sequence.</li>
3219           <li>Shading features by score or associated description</li>
3220           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3221             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3222           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3223             hide everything but the currently selected region.</li>
3224           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3225         </ul> <em>Application</em>
3226         <ul>
3227           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3228             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3229           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3230             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3231           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3232             database references and protein_name is parsed as
3233             description line (BioSapiens terms).</li>
3234           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3235             references in sequence ID tooltip from View menu in
3236             application.</li>
3237           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3238       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3239           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3240             conservation plots</li>
3241           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3242             and visualized as sequence logos</li>
3243           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3244             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3245           </li>
3246           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3247             when a new tree is opened.</li>
3248           <li>Jalview Java Console</li>
3249           <li>Better placement of desktop window when moving
3250             between different screens.</li>
3251           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3252             consensus annotation</li>
3253           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3254             Workflows</li>
3255           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3256             <ul>
3257               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3258                 used to preserve views, structures, and tree display
3259                 settings)</li>
3260               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3261                 command line</li>
3262               <li>Sharing of selected regions between views and
3263                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3264               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3265             </ul></li>
3266         </ul> <em>Applet</em>
3267         <ul>
3268           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3269           <li>New Parameters
3270             <ul>
3271               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3272                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3273                 opened.</li>
3274               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3275                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3276               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3277                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3278               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3279                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3280                 view</li>
3281               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3282                 increase the height or width of a cell in the alignment
3283                 grid relative to the current font size.</li>
3284             </ul>
3285           </li>
3286           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3287             tooltip</li>
3288         </ul> <em>Other</em>
3289         <ul>
3290           <li>Features format: graduated colour definitions and
3291             specification of feature scores</li>
3292           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3293             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3294             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3295           <li>XML formats extended to support graduated feature
3296             colourschemes, group associated annotation, and profile
3297             visualization settings.</li></td>
3298       <td>
3299         <ul>
3300           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3301             rather than description</li>
3302           <li>Non-positional features are now included in sequence
3303             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3304             visibility in tooltip).</li>
3305           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3306           <li>Added URL embedding instructions to features file
3307             documentation.</li>
3308           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3309             'X' in peptide product</li>
3310           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3311             sequence ID and sequence string and query strings do not
3312             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3313           <li>AMSA files only contain first column of
3314             multi-character column annotation labels</li>
3315           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3316             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3317             exported and re-imported)</li>
3318           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3319             name</li>
3320           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3321             as subsequence matches, and correctly reports total number
3322             of both.</li>
3323           <li>Application:
3324             <ul>
3325               <li>Better handling of exceptions during sequence
3326                 retrieval</li>
3327               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3328                 link text excludes the start_end suffix</li>
3329               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3330                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3331               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3332               <li>Sequence description lines properly shared via
3333                 VAMSAS</li>
3334               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3335                 data sources</li>
3336               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3337                 completes before alignment figures are generated.</li>
3338               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3339                 first time.</li>
3340               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3341                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3342               <li>User defined group colours properly recovered
3343                 from Jalview projects.</li>
3344             </ul>
3345           </li>
3346         </ul>
3347       </td>
3348
3349     </tr>
3350     <tr>
3351       <td>
3352         <div align="center">
3353           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3354         </div>
3355       </td>
3356       <td>
3357         <ul>
3358           <li>Experimental support for google analytics usage
3359             tracking.</li>
3360           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3361         </ul>
3362       </td>
3363       <td>
3364         <ul>
3365           <li>Race condition in applet preventing startup in
3366             jre1.6.0u12+.</li>
3367           <li>Exception when feature created from selection beyond
3368             length of sequence.</li>
3369           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3370           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3371             all sequences with a given id</li>
3372           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3373             ID string searches</li>
3374           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3375             alignment to fail with exception</li>
3376         </ul> <em>Application Issues</em>
3377         <ul>
3378           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3379           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3380             data sources</li>
3381         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3382         <ul>
3383           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3384             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3385           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3386             version (java class versioning error fixed)</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389     </tr>
3390     <tr>
3391       <td>
3392
3393         <div align="center">
3394           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3395         </div>
3396       </td>
3397       <td><em>User Interface</em>
3398         <ul>
3399           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3400             translation and protein products</li>
3401           <li>Linked highlighting of structure associated with
3402             residue mapping to codon position</li>
3403           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3404             and 'clear' button</li>
3405           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3406             Tools menu</li>
3407           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3408             numeric data in description line</li>
3409           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3410           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3411             of sequence</li>
3412         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3413         <ul>
3414           <li>JPred3 web service</li>
3415           <li>Prototype sequence search client (no public services
3416             available yet)</li>
3417           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3418             PFAM</li>
3419           <li>URL Links created for matching database cross
3420             references as well as sequence ID</li>
3421           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3422         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3423         <ul>
3424           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3425             databases</li>
3426           <li>Generalised database reference retrieval and
3427             validation to all fetchable databases</li>
3428           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3429             sequence command</li>
3430         </ul> <em>Import and Export</em>
3431         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3432         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3433           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3434         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3435           File</li>
3436         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3437           triplet as name of colourscheme</li>
3438         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3439         <ul>
3440           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3441           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3442             alignments (experimental)</li>
3443           <li>Create new or select existing session to join</li>
3444           <li>load and save of vamsas documents</li>
3445         </ul> <em>Application command line</em>
3446         <ul>
3447           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3448             from applet)</li>
3449           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3450             of DAS servers to query for alignment features</li>
3451           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3452             that are also automatically queried for features</li>
3453           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3454             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3455         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3456         <ul>
3457           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3458             application (when using &quot;View in full
3459             application&quot;)</li>
3460         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3461         <ul>
3462           <li>feature group display control parameter</li>
3463           <li>debug parameter</li>
3464           <li>showbutton parameter</li>
3465         </ul> <em>Applet API methods</em>
3466         <ul>
3467           <li>newView public method</li>
3468           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3469           <li>Feature display control methods</li>
3470           <li>get list of currently selected sequences</li>
3471         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3472         <ul>
3473           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3474           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3475             Jalview release.</li>
3476           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3477             property controls execution of obfuscator</li>
3478           <li>Build target for generating source distribution</li>
3479           <li>Debug flag for javacc</li>
3480           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3481             jalview.bin.Cache</li>
3482           <li>Continuous Build Integration for stable and
3483             development version of Application, Applet and source
3484             distribution</li>
3485         </ul></td>
3486       <td>
3487         <ul>
3488           <li>selected region output includes visible annotations
3489             (for certain formats)</li>
3490           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3491             for editing</li>
3492           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3493           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3494           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3495           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3496             comments</li>
3497           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3498             filenames containing a ':'</li>
3499           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3500             global sequence features</li>
3501           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3502             references from alignment sequences goes to zero</li>
3503           <li>Close of tree branch colour box without colour
3504             selection causes cascading exceptions</li>
3505           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3506           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3507             file parsing fails.</li>
3508           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3509           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3510             not a valid output format</li>
3511           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3512             vamsas</li>
3513           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3514           <li>error messages passed up and output when data read
3515             fails</li>
3516           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3517             sequence is edited</li>
3518           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3519             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3520           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3521             filetype</li>
3522           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3523             import fixed for PFAM records</li>
3524           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3525             window list</li>
3526           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3527             can be read and written correctly to annotation file</li>
3528           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3529             correctly</li>
3530           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3531             non-italic font for representatives in Applet</li>
3532           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3533             Macs.</li>
3534           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3535             Applet)</li>
3536           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3537             due to null pointer exceptions</li>
3538           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3539             first column of alignment</li>
3540           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3541             July 2008</li>
3542           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3543             file is case-insensitive</li>
3544           <li>Sequence features read from Features file appended to
3545             all sequences with matching IDs</li>
3546           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3547             containing a sub-sequence</li>
3548           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3549           <li>feature and annotation file applet parameters
3550             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3551           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3552           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3553             splash-screen version check to complete</li>
3554           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3555             when passing them to the launchApp service</li>
3556           <li>display name and local features preserved in results
3557             retrieved from web service</li>
3558           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3559             sequence fetcher initialisation</li>
3560           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3561             dasobert DAS client</li>
3562           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3563             association</li>
3564           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3565             sequences
3566           </li>
3567         </ul>
3568       </td>
3569     </tr>
3570     <tr>
3571       <td>
3572         <div align="center">
3573           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3574         </div>
3575       </td>
3576       <td>
3577         <ul>
3578           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3579           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3580           <li>Slide sequences</li>
3581           <li>Edit sequence in place</li>
3582           <li>EMBL CDS features</li>
3583           <li>DAS Feature mapping</li>
3584           <li>Feature ordering</li>
3585           <li>Alignment Properties</li>
3586           <li>Annotation Scores</li>
3587           <li>Sort by scores</li>
3588           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3589         </ul>
3590       </td>
3591       <td>
3592         <ul>
3593           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3594           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3595           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3596           <li>Feature group display state in XML</li>
3597           <li>Feature ordering in XML</li>
3598           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3599           <li>Stockholm alignment properties</li>
3600           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3601           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3602           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3603           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3604         </ul>
3605       </td>
3606
3607     </tr>
3608     <tr>
3609       <td>
3610         <div align="center">
3611           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3612         </div>
3613       </td>
3614       <td>
3615         <ul>
3616           <li>Non standard characters can be read and displayed
3617           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3618             applet via textbox
3619           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3620             name &amp; description
3621           <li>Preference setting to display sequence name in
3622             italics
3623           <li>Annotation file format extended to allow
3624             Sequence_groups to be defined
3625           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3626             specified in preferences
3627           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3628             sequences
3629         </ul>
3630       </td>
3631       <td>
3632         <ul>
3633           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3634             installed
3635           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3636           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3637         </ul>
3638       </td>
3639     </tr>
3640     <tr>
3641       <td>
3642         <div align="center">
3643           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3644         </div>
3645       </td>
3646       <td>
3647         <ul>
3648           <li>Multiple views on alignment
3649           <li>Sequence feature editing
3650           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3651           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3652           <li>Background dependent text colour
3653           <li>Right align sequence ids
3654           <li>User-defined lower case residue colours
3655           <li>Format Menu
3656           <li>Select Menu
3657           <li>Menu item accelerator keys
3658           <li>Control-V pastes to current alignment
3659           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3660           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3661           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3662
3663           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3664         </ul>
3665       </td>
3666       <td>
3667         <ul>
3668           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3669           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3670             calculations
3671           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3672             edits
3673           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3674             of alignment)
3675           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3676
3677           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3678             display correctly
3679           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3680           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3681             analysis results
3682           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3683             &#8739;
3684           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3685           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3686           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3687
3688         </ul>
3689       </td>
3690     </tr>
3691     <tr>
3692       <td>
3693         <div align="center">
3694           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3695         </div>
3696       </td>
3697       <td>
3698         <ul>
3699           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3700         </ul>
3701       </td>
3702       <td>
3703         <ul>
3704           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3705             sequence id panel has been resized</li>
3706           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3707             rendered</li>
3708           <li>Annotation files with sequence references - all
3709             elements in file are relative to sequence position</li>
3710           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3711         </ul>
3712       </td>
3713     </tr>
3714     <tr>
3715       <td>
3716         <div align="center">
3717           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3718         </div>
3719       </td>
3720       <td>
3721         <ul>
3722           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3723           <li>DAS Feature fetching</li>
3724           <li>Hide sequences and columns</li>
3725           <li>Export Annotations and Features</li>
3726           <li>GFF file reading / writing</li>
3727           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3728             files</li>
3729           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3730           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3731           <li>Applet can launch the full application</li>
3732           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3733             required)</li>
3734           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3735           <li>Applet can load sequences from parameter
3736             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3737           </li>
3738         </ul>
3739       </td>
3740       <td>
3741         <ul>
3742           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3743           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3744           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3745         </ul>
3746       </td>
3747     </tr>
3748     <tr>
3749       <td>
3750         <div align="center">
3751           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3752         </div>
3753       </td>
3754       <td>
3755         <ul>
3756           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3757           <li>Choose to match case when searching</li>
3758           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3759             expand the visible width and height of the alignment</li>
3760         </ul>
3761       </td>
3762       <td>
3763         <ul>
3764           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3765         </ul>
3766       </td>
3767     </tr>
3768     <tr>
3769       <td>
3770         <div align="center">
3771           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3772         </div>
3773       </td>
3774       <td>&nbsp;</td>
3775       <td>
3776         <ul>
3777           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3778           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3779             value</li>
3780         </ul>
3781       </td>
3782     </tr>
3783     <tr>
3784       <td>
3785         <div align="center">
3786           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3787         </div>
3788       </td>
3789       <td>
3790         <ul>
3791           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3792           <li>Keyboard editing</li>
3793           <li>Create sequence features from searches</li>
3794           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3795             alignments</li>
3796           <li>Features file allows grouping of features</li>
3797           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3798           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3799           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3800         </ul>
3801       </td>
3802       <td>
3803         <ul>
3804           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3805           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3806             descriptions saved.</li>
3807         </ul>
3808       </td>
3809     </tr>
3810     <tr>
3811       <td>
3812         <div align="center">
3813           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3814         </div>
3815       </td>
3816       <td>
3817         <ul>
3818           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3819           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3820           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3821             name for file output</li>
3822           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3823           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3824             used for HTML form input</li>
3825         </ul>
3826       </td>
3827       <td>
3828         <ul>
3829           <li>HTML output writes groups and features</li>
3830           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3831           <li>File IO bugs</li>
3832         </ul>
3833       </td>
3834     </tr>
3835     <tr>
3836       <td>
3837         <div align="center">
3838           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3839         </div>
3840       </td>
3841       <td>
3842         <ul>
3843           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3844           <li>More options for PCA viewer</li>
3845         </ul>
3846       </td>
3847       <td>
3848         <ul>
3849           <li>GUI bugs resolved</li>
3850           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3851         </ul>
3852       </td>
3853     </tr>
3854     <tr>
3855       <td height="63">
3856         <div align="center">
3857           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3858         </div>
3859       </td>
3860       <td>
3861         <ul>
3862           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3863           <li>Jar files are executable</li>
3864           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3865         </ul>
3866       </td>
3867       <td>
3868         <ul>
3869           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3870           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3871           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3872         </ul>
3873       </td>
3874     </tr>
3875     <tr>
3876       <td>
3877         <div align="center">
3878           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3879         </div>
3880       </td>
3881       <td>
3882         <ul>
3883           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3884         </ul>
3885       </td>
3886       <td>
3887         <ul>
3888           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3889         </ul>
3890       </td>
3891     </tr>
3892     <tr>
3893       <td>
3894         <div align="center">
3895           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3896         </div>
3897       </td>
3898       <td>
3899         <ul>
3900           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3901             size</li>
3902         </ul>
3903       </td>
3904       <td>
3905         <ul>
3906           <li>Improved JPred client reliability</li>
3907           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3908         </ul>
3909       </td>
3910     </tr>
3911     <tr>
3912       <td>
3913         <div align="center">
3914           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3915         </div>
3916       </td>
3917       <td>
3918         <ul>
3919           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3920           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3921           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3922             to Colour Menu</li>
3923           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3924           <li>Unix users can set default web browser</li>
3925           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3926           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3927         </ul>
3928       </td>
3929       <td>
3930         <ul>
3931           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3932         </ul>
3933       </td>
3934     </tr>
3935     <tr>
3936       <td>
3937         <div align="center">
3938           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3939         </div>
3940       </td>
3941       <td>&nbsp;</td>
3942       <td>
3943         <ul>
3944           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3945             alignment order.</li>
3946         </ul>
3947       </td>
3948     </tr>
3949     <tr>
3950       <td>
3951         <div align="center">
3952           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3953         </div>
3954       </td>
3955       <td>
3956         <ul>
3957           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3958           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3959           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3960             annotations.</li>
3961           <li>Version and build date written to build properties
3962             file.</li>
3963           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3964             at launch of Jalview.</li>
3965         </ul>
3966       </td>
3967       <td>
3968         <ul>
3969           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3970           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3971           <li>Can remove groups one by one.</li>
3972           <li>Filechooser icons installed.</li>
3973           <li>Finder ignores return character when searching.
3974             Return key will initiate a search.<br>
3975           </li>
3976         </ul>
3977       </td>
3978     </tr>
3979     <tr>
3980       <td>
3981         <div align="center">
3982           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3983         </div>
3984       </td>
3985       <td>
3986         <ul>
3987           <li>New codebase</li>
3988         </ul>
3989       </td>
3990       <td>&nbsp;</td>
3991     </tr>
3992   </table>
3993   <p>&nbsp;</p>
3994 </body>
3995 </html>