help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
  74             <em>5/06/2018</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
  82               onto the Jalview Desktop
  83             </li>
  84           </ul>
  85         </div></td>
  86       <td><div align="left">
  87           <em></em>
  88           <ul>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
  91               variant elements
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
  95               right-hand column parsed correctly
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
  99               not alignment area in exported graphic
 100             </li>
 101             <li>
 102               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 103               annotation added to view
 104             </li>
 105             <li>
 106               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 107               window has input focus
 108             </li>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 111               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 112                 the currently open URL and links from a page viewed in
 113                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 114                 you are using Edge, only links in the page can be
 115                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 116                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 117             </li>
 118           </ul>
 119         </div></td>
 120     </tr>
 121     <tr>
 122       <td width="60" nowrap>
 123         <div align="center">
 124           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 125         </div>
 126       </td>
 127       <td><div align="left">
 128           <em></em>
 129           <ul>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 132               for disabling automatic superposition of multiple
 133               structures and open structures in existing views
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 137               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 138               adjust them.
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 142               Ensembl services
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 146               and lots of hidden columns
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 150               of features (particularly when transparency is disabled)
 151             </li>
 152           </ul>
 153           </div>
 154       </td>
 155       <td><div align="left">
 156           <ul>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 159               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 163               overlapping alignment panel
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 167               sequence as gaps
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 171               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 172               UTR
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 176               factor annotation not added to sequence when local PDB
 177               file associated with it by drag'n'drop or structure
 178               chooser
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 182               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 186               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 190               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 194               columns in annotation row
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 198               honored in batch mode
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 202               for structures added to existing Jmol view
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 206               entries after importing project with multiple views
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 210               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 211               with negative residue numbers or missing residues fails
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 215               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 216               as generated by CONSURF)
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 220               tooltip doesn't include a text description of mutation
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 224               structure and/or overview windows are also shown
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 228               very slow for alignments with large numbers of sequences
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 232               with 'StringIndexOutOfBounds'
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 236               platforms running Java 10
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 240               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 241             </li>
 242           </ul>
 243           <em>Applet</em>
 244           <ul>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 247               should copy the group consensus when popup is opened on it
 248             </li>
 249           </ul>
 250           <em>Batch Mode</em>
 251           <ul>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 254           </li>
 255           </ul>
 256           <em>New Known Defects</em>
 257           <ul>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 260               editing a large alignment and overview is displayed
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 264               repeatedly after a series of edits even when the overview
 265               is no longer reflecting updates
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 269               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 270               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 271               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 272             </li>
 273           </ul>
 274         </div>
 275           </td>
 276     </tr>
 277     <tr>
 278       <td width="60" nowrap>
 279         <div align="center">
 280           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 281         </div>
 282       </td>
 283       <td><div align="left">
 284           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 285               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 286       <td><div align="left">
 287           <em>Desktop</em><ul>
 288           <ul>
 289             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 290             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 291             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 292             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 293             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 294             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 295             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 296           </ul>
 297           </div>
 298       </td>
 299     </tr>
 300     <tr>
 301       <td width="60" nowrap>
 302         <div align="center">
 303           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 304         </div>
 305       </td>
 306       <td><div align="left">
 307           <em></em>
 308           <ul>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 311               rendering of sequence features
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 315               429 rate limit request hander
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 319               their colours have changed
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 323               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 327               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 331               view from Ensembl locus cross-references
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 335               Alignment report
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 339               feature can be disabled
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 343               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 347               Uniprot
 348             </li>
 349           </ul>
 350           <em>Scripting</em>
 351           <ul>
 352             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 353             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 354               percent identity scores for current alignment.</li>
 355           </ul>
 356           <em>Testing and Deployment</em>
 357           <ul>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 360             </li>
 361           </ul>
 362         </div></td>
 363       <td><div align="left">
 364           <em>General</em>
 365           <ul>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 368               threshold text field doesn't trigger an update to the
 369               alignment view
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 373               strings in parallel
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 377               alignment window is closed
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 381               group visibility
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 385               takes a long time in Cursor mode
 386             </li>
 387           </ul>
 388           <em>Desktop</em>
 389           <ul>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 392               cannot be viewed in Chimera
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 396               CDS/Protein view
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 400               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 401               Search Dialogs
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 411               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 415               scrolling right in unwapped alignment view
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 419               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 420               database
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 424               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 428               features of same type and group to be selected for
 429               amending
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 433               alignments when hidden columns are present
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 437               displaying several structures
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 441               moving a window
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 445               within the Jalview desktop on OSX
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 449               when in wrapped alignment mode
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 453               hand end of alignment
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 457               each selected sequence do not have correct start/end
 458               positions
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 462               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 466               restoring project until a new view is created
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 470               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 471               configured (since 2.10.2b2)
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 475               position is adjusted
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 479               in a multi-chain structure when viewing alignment
 480               involving more than one chain (since 2.10)
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 484               if new selection moves alignment window
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 488               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 492               that produces correctly annotated transcripts and products
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 496               doesn't update associated structure view
 497             </li>
 498           </ul>
 499           <em>Applet</em><br />
 500           <ul>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 503               closing alignment panel
 504             </li>
 505           </ul>
 506           <em>BioJSON</em><br />
 507           <ul>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 510               non-positional features
 511             </li>
 512           </ul>
 513           <em>New Known Issues</em>
 514           <ul>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 517               sequence features correctly (for many previous versions of
 518               Jalview)
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 522               using cursor in wrapped panel other than top
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 526               graduated colour threshold
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 530               always preserve numbering and sequence features
 531             </li>
 532           </ul>
 533           <em>Known Java 9 Issues</em>
 534           <ul>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 537               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 538               9.01, OSX 10.10)
 539             </li>
 540           </ul>
 541         </div></td>
 542     </tr>
 543     <tr>
 544       <td width="60" nowrap>
 545         <div align="center">
 546           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 547             <em>2/10/2017</em></strong>
 548         </div>
 549       </td>
 550       <td><div align="left">
 551           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 552           <ul>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 555             </li>
 556             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 557             </li>
 558           </ul>
 559         </div></td>
 560       <td><div align="left">
 561         </div></td>
 562     </tr>
 563     <tr>
 564       <td width="60" nowrap>
 565         <div align="center">
 566           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 567             <em>7/9/2017</em></strong>
 568         </div>
 569       </td>
 570       <td><div align="left">
 571           <em></em>
 572           <ul>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 575               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 576               white)
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 580               Preferences
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 584               in size and progress bar shown as higher resolution
 585               overview is recalculated
 586             </li>
 587
 588           </ul>
 589         </div></td>
 590       <td><div align="left">
 591           <em></em>
 592           <ul>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 595               column region row by row
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 599               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 603               format setting is unticked
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 607               if group has show boxes format setting unticked
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 611               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 612               include sequences and columns not currently displayed
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 616               assemblies are imported via CIF file
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 620               displayed when threshold or conservation colouring is also
 621               enabled.
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 625               server version
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 629               dragging a selected region off the visible region of the
 630               alignment
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 634               colourscheme to all groups in a view
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 638               initially after font size change using the Font chooser or
 639               middle-mouse zoom
 640             </li>
 641           </ul>
 642         </div></td>
 643     </tr>
 644     <tr>
 645       <td width="60" nowrap>
 646         <div align="center">
 647           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 648         </div>
 649       </td>
 650       <td><div align="left">
 651           <em>Calculations</em>
 652           <ul>
 653
 654             <li>
 655               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 656               ungapped positions in each column of the alignment.
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 660               a calculation dialog box
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 664               and memory efficiency (~30x faster)
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 668               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 669               and other calculations
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 673               files within the Jalview codebase
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 677               Similarity may have different topology due to increased
 678               precision
 679             </li>
 680           </ul>
 681           <em>Rendering</em>
 682           <ul>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 685               model for alignments and groups
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 689               scripts
 690             </li>
 691           </ul>
 692           <em>Overview</em>
 693           <ul>
 694             <li>
 695               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 696               with alignment and overview windows
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 700               overview
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 704               omitted in Overview
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 708               adjustment of visible position
 709             </li>
 710           </ul>
 711
 712           <em>Data import/export</em>
 713           <ul>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 716               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 720               annotation input/output via stockholm flatfile
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 724               extension when importing structure files without embedded
 725               names or PDB accessions
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 729               format sequence substitution matrices
 730             </li>
 731           </ul>
 732           <em>User Interface</em>
 733           <ul>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 736               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 737               the application.
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 741               via Overview or sequence motif search operations
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 745               opened by double clicking gaps within sequence feature
 746               extent
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 750               aligned positions were available to create a 3D structure
 751               superposition.
 752             </li>
 753           </ul>
 754           <em>3D Structure</em>
 755           <ul>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 758               coloured in linked structure views
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 762               file-based command exchange
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 766               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 767               structures are already available for sequences
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 771               the Jalview project rather than downloaded again when the
 772               project is reopened.
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 776               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 777               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 778                 Feature</strong>)
 779             </li>
 780           </ul>
 781           <em>Web Services</em>
 782           <ul>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 788               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 789               Analysis services
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 793               cross-references provided by identifiers.org and the
 794               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 795             </li>
 796           </ul>
 797
 798           <em>Scripting</em>
 799           <ul>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 802               identifying file formats (instead of String constants)
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 806               efficiency when counting all displayed features (not
 807               backwards compatible with 2.10.1)
 808             </li>
 809           </ul>
 810           <em>Example files</em>
 811           <ul>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 814               included in the example feature file
 815             </li>
 816           </ul>
 817           <em>Documentation</em>
 818           <ul>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 821               with the built-in Java help viewer
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 825               sequence description' option
 826             </li>
 827           </ul>
 828           <em>Test Suite</em>
 829           <ul>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 832               Uniprot REST Free Text Search Client
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 839               during tests
 840             </li>
 841           </ul>
 842         </div></td>
 843       <td><div align="left">
 844           <em>Calculations</em>
 845           <ul>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 848               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 849               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 850             </li>
 851             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 852               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 853               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 854               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 855               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 856               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 857               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 858               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 859               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 860               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 861               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 862               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 863               // for 2.10.1 mode <br />
 864               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 865               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 866                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 867                 calculations (not recommended)</em></li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 870               scaling of branch lengths for trees computed using
 871               Sequence Feature Similarity.
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 875               generating output report when working with highly
 876               redundant alignments
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 880               right of selected region when gaps present on right-hand
 881               boundary
 882             </li>
 883           </ul>
 884           <em>User Interface</em>
 885           <ul>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 888               doesn't reselect a specific sequence's associated
 889               annotation after it was used for colouring a view
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 893               opened on a region of alignment without groups
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 897               of an alignment with overlapping groups
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 901               name and description match
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 905               hidden regions results in incorrect hidden regions
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 909               changing colour does not apply Conservation slider value
 910               to all groups
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 914               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 918               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 922               gaps before start of features
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 926               restored to UI when feature colour is edited
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 930               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 934               as graduate feature colour settings are modified via the
 935               dialog box
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 939               when a group defined on the alignment is resized
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 943               wrapped view result in positional status updates
 944             </li>
 945
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 948               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 952               alignment included gapped columns
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 956               widgets don't permanently disappear
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 960               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 961               T-Coffee column reliability scores)
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 965               sequence feature on gaps only
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 969               button from a Find inherit previously defined feature type
 970               rather than the Find query string
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 974               exporting tree calculated in Jalview
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 978               and then revealing them reorders sequences on the
 979               alignment
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 983               doesn't update to reflect available set of groups after
 984               interactively adding or modifying features
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 988               Linux
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 992               only excluded gaps in current sequence and ignored
 993               selection.
 994             </li>
 995           </ul>
 996           <em>Rendering</em>
 997           <ul>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1000               erratically when hidden rows or columns are present
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1004               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1005               sequence colouring
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1009               colour and group colour menu for protein alignments
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1013               reflect currently selected view or group's shading
1014               thresholds
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1018               when rendered on overview and structures when opacity at
1019               100%
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1023               overview when features overlaid on alignment
1024             </li>
1025           </ul>
1026           <em>Data import/export</em>
1027           <ul>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1030               load
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1034               added after a sequence was imported are not written to
1035               Stockholm File
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1039               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1043               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1047               with lightGray or darkGray via features file (but can
1048               specify lightgray)
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1052               when alignment view imported from project
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1056               structure and sequences extracted from structure files
1057               imported via URL and viewed in Jmol
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1061               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1062               the project is loaded and the structure viewed
1063             </li>
1064           </ul>
1065           <em>Web Services</em>
1066           <ul>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1069               release of Ensembl v.88
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1073               appear enabled in Preferences->Connections
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1077               removed from console output
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1081               Ensembl by Peptide ID
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1085               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1086               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1087               due to 'null' string rather than empty string used for
1088               residues with no corresponding PDB mapping).
1089             </li>
1090           </ul>
1091           <em>Application UI</em>
1092           <ul>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1095               menu
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1099               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1100               new documentation and tooltips added)
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1104               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1108               new features are added to alignment
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1112               changes to feature colours via the Amend features dialog
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1116               edit graduated feature colour via amend features dialog
1117               box
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1121               selection menu changes colours of alignment views
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1125               from alignment calculation workers after alignment has
1126               been closed
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1130               groups now 'Create Group'
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1134               Create/Undefine group doesn't always work
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1138               shown again after pressing 'Cancel'
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1142               adjusts start position in wrap mode
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1146               ambiguous amino acids
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1150               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1151               proteins
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1155               Defined' don't appear in Colours menu
1156             </li>
1157           </ul>
1158           <em>Applet</em>
1159           <ul>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1162               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1166               overview or linked structure view
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1170               work (since 2.8)
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1174               user-defined colourscheme doesn't restore original
1175               colourscheme
1176             </li>
1177           </ul>
1178           <em>Test Suite</em>
1179           <ul>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1182               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1186               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1187               problems with deep array comparison equality asserts in
1188               successive versions of TestNG
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1192               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1193             </li>
1194           </ul>
1195           <em>New Known Issues</em>
1196           <ul>
1197             <li>
1198               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1199               phase after a sequence motif find operation
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1203               containing just upper and lower case letters are
1204               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1208               reliably from eggnog Ortholog database
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1212               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1213               to mark columns containing highlighted regions.
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1217               doesn't always add secondary structure annotation.
1218             </li>
1219           </ul>
1220         </div>
1221     <tr>
1222       <td width="60" nowrap>
1223         <div align="center">
1224           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1225         </div>
1226       </td>
1227       <td><div align="left">
1228           <em>General</em>
1229           <ul>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1232               for all consensus calculations
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1236               3rd Oct 2016)
1237             </li>
1238             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1239               for 2016-2017</li>
1240           </ul>
1241           <em>Application</em>
1242           <ul>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1245               set of database cross-references, sorted alphabetically
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1249               from database cross references. Users with custom links
1250               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1251                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1255               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1256               Chimera session
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1260               the Chimera it is connected to is shut down
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1264               columns menu item to mark columns containing highlighted
1265               regions (e.g. from structure selections or results of a
1266               Find operation)
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1270               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1271               MSAviewer
1272             </li>
1273           </ul>
1274         </div></td>
1275       <td>
1276         <div align="left">
1277           <em>General</em>
1278           <ul>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1281               are not coloured or thresholded according to percent
1282               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1286               hydrophobic
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1290               threshold, amino acid properties)
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1294               reported as mapped to residues in a structure file in the
1295               View Mapping report
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1299               could be added multiple times to a sequence
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1303               bond features shown as two highlighted residues rather
1304               than a range in linked structure views, and treated
1305               correctly when selecting and computing trees from features
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1309               cross-references are matched to database name regardless
1310               of case
1311             </li>
1312
1313           </ul>
1314           <em>Application</em>
1315           <ul>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1318               names without regular expressions also offer links from
1319               Sequence ID
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1323               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1324               update Jalview configuration
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1328               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1332               files with similarly named sequences if dropped onto the
1333               alignment
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1337               entries where more chains exist in the PDB accession than
1338               are reported in the SIFTS file
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1342               the structure view when displayed with Chimera
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1346               panel's View->Show Chains submenu
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1350               work for wrapped alignment views
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1354               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1358               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1359               first annotation row
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1363               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1367               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1368             </li>
1369             <!-- JAL-2319 -->
1370             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1371             coordindate data
1372             </li>
1373           </ul>
1374           <!--           <em>New Known Issues</em>
1375           <ul>
1376             <li></li>
1377           </ul> -->
1378         </div>
1379       </td>
1380     </tr>
1381     <td width="60" nowrap>
1382       <div align="center">
1383         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1384           <em>25/10/2016</em></strong>
1385       </div>
1386     </td>
1387     <td><em>Application</em>
1388       <ul>
1389         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1390           view if structures already loaded</li>
1391         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1392           structure views</li>
1393       </ul></td>
1394     <td>
1395       <div align="left">
1396         <em>General</em>
1397         <ul>
1398           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1399             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1400           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1401             example sequences/projects/trees</li>
1402         </ul>
1403         <em>Application</em>
1404         <ul>
1405           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1406             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1407           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1408             without timeout for structures with multiple models or
1409             multiple sequences in alignment</li>
1410           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1411             PDB ID HEADER line</li>
1412           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1413             is performed</li>
1414           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1415             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1416           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1417           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1418             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1419             option</li>
1420           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1421             is created on the alignment</li>
1422           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1423             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1424             pop-up menu</li>
1425         </ul>
1426         <em>Build and deployment</em>
1427         <ul>
1428           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1429             tags</li>
1430         </ul>
1431         <em>New Known Issues</em>
1432         <ul>
1433           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1434             on Windows</li>
1435         </ul>
1436       </div>
1437     </td>
1438     </tr>
1439     <tr>
1440       <td width="60" nowrap>
1441         <div align="center">
1442           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1443         </div>
1444       </td>
1445       <td><em>General</em>
1446         <ul>
1447           <li>
1448             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1449           </li>
1450           <li>
1451             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1452             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1453             better PDB parsing.
1454           </li>
1455           <li>
1456             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1457             reference sequence
1458           </li>
1459           <li>
1460             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1461             mousing over sequence associated annotation
1462           </li>
1463           <li>
1464             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1465             for manual entry
1466           </li>
1467           <li>
1468             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1469             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1470             for each column
1471           </li>
1472           <li>
1473             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1474             showing or hiding columns containing a feature
1475           </li>
1476           <li>
1477             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1478             group and sequence associated annotation labels
1479           </li>
1480           <li>
1481             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1482             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1483             dialogs
1484           </li>
1485
1486         </ul> <em>Application</em>
1487         <ul>
1488           <li>
1489             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1490             gene/transcript view
1491           </li>
1492           <li>
1493             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1494             dialog
1495           </li>
1496           <li>
1497             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1498             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1499           </li>
1500           <li>
1501             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1502             Pfam sources to xfam.org
1503           </li>
1504           <li>
1505             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1506           </li>
1507           <li>
1508             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1509             over sequences in Jalview
1510           </li>
1511           <li>
1512             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1513             regions in ENA and EMBL
1514           </li>
1515           <li>
1516             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1517             for record retrieval via ENA rest API
1518           </li>
1519           <li>
1520             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1521             complement operator
1522           </li>
1523           <li>
1524             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1525             groovy script execution
1526           </li>
1527           <li>
1528             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1529             alignment window's Calculate menu
1530           </li>
1531           <li>
1532             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1533             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1534           </li>
1535           <li>
1536             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1537             calculation workers from groovy scripts
1538           </li>
1539           <li>
1540             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1541             Jalview projects
1542           </li>
1543           <li>
1544             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1545             associations are now saved/restored from project
1546           </li>
1547           <li>
1548             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1549             before sequence fetcher is opened
1550           </li>
1551           <li>
1552             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1553             database chooser opens a sequence fetcher
1554           </li>
1555           <li>
1556             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1557             the UniProt REST API
1558           </li>
1559           <li>
1560             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1561             the news reader opening
1562           </li>
1563           <li>
1564             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1565             querying stored in preferences
1566           </li>
1567           <li>
1568             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1569             search results
1570           </li>
1571           <li>
1572             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1573           </li>
1574           <li>
1575             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1576             menu for nucleotide sequences
1577           </li>
1578           <li>
1579             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1580             and feature counts preserves alignment ordering (and
1581             debugged for complex feature sets).
1582           </li>
1583           <li>
1584             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1585             viewing structures with Jalview 2.10
1586           </li>
1587           <li>
1588             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1589             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1590             Ensembl Genomes REST API
1591           </li>
1592           <li>
1593             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1594             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1595             (Ensembl)
1596           </li>
1597           <li>
1598             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1599             sequences
1600           </li>
1601           <li>
1602             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1603             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1604             data from external database records.
1605           </li>
1606           <li>
1607             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1608             efficient recovery of sequence coding and alignment
1609             annotation relationships.
1610           </li>
1611         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1612         <ul>
1613           <li>
1614             -- JAL---
1615           </li>
1616         </ul> --></td>
1617       <td>
1618         <div align="left">
1619           <em>General</em>
1620           <ul>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1623               menu on OSX
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1627               includes graduated colourschemes
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1631               working with big alignments and lots of hidden columns
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1635               at right of alignment window
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1639               contents
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1643               for DNA alignments
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1647               based tree calculation
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1651               unconserved enabled for group on alignment
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1655               set as reference
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1659               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1660               annotation
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1664               hidden columns present
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1668               user created annotation added to alignment
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1672               '()' base pair annotation
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1676               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1677               Consensus
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1681               feature not working
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1685               beginning of sequence
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1689               entry 3a6s
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1693               from a tree when t-coffee scores are shown
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1697               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1701               some structures
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1705               to Clustal, PIR and PileUp output
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1709               not visible causes alignment window to repaint
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1713               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1714               scores associated with features and annotation rows
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1718               calculation should be case independent
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1722               columns
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1726               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1727               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1731               problems when reference sequence defined and 'show
1732               non-conserved' enabled
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1736               load even when Consensus calculation is disabled
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1740               alignment does nothing
1741             </li>
1742           </ul>
1743           <em>Application</em>
1744           <ul>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1747               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1748               yet fixed for El Capitan)
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1752               output when running on non-gb/us i18n platforms
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1756               hidden sequences as flat-file alignment
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1760               launching Chimera
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1764               (also hotfix for 2.9.0b2)
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1768               reference sequence defined
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1772               alignments and views when revealing hidden columns
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1776               view in a cDNA/Protein splitframe
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1780               sequence from project when only one sequence is
1781               represented
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1785               in Structure Chooser
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1789               structure consensus didn't refresh annotation panel
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1793               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1797               dialogs format columns correctly, don't display array
1798               data, sort columns according to type
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1802               file chooser is cancelled during an image export
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1806               sequence name containing special characters
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1810               case insensitive
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1814               formatting don't wrap
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1818               truncated so L looks like I in consensus annotation
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1822               currently displayed features for the current selection or
1823               view
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1827               after fetching cross-references, and restoring from
1828               project
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1832               followed in the structure viewer
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1836               splitframe not restored from project
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1840               trailing end of protein alignment in transcript/product
1841               splitview when pad-gaps not enabled by default
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1845               is case dependent
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1849               article has been read (reopened issue due to
1850               internationalisation problems)
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1854               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1855               cross-references
1856             </li>
1857
1858             <li>
1859               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1860               alignment as HTML
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1864               multiple structures are shown for one or more sequences.
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1868               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1869               is enabled.
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1873               specific PDB id for sequence
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1877               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1878               columns' is disabled.
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1882               selects lowest rather than highest resolution structures
1883               for each sequence
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1887               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1891               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1895               after clicking on it to create new annotation for a
1896               column.
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1900               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1901             </li>
1902             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1903             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1904           </ul>
1905           <em>Applet</em>
1906           <ul>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1909               hidden columns present before start of sequence
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1913               (JSON jars)
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1917               sequences are hidden in applet
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1921               deployment on examples pages.
1922             </li>
1923           </ul>
1924         </div>
1925       </td>
1926     </tr>
1927     <tr>
1928       <td width="60" nowrap>
1929         <div align="center">
1930           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1931             <em>16/10/2015</em></strong>
1932         </div>
1933       </td>
1934       <td><em>General</em>
1935         <ul>
1936           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1937             jars</li>
1938         </ul></td>
1939       <td>
1940         <div align="left">
1941           <em>Application</em>
1942           <ul>
1943             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1944               shown when tree is partitioned</li>
1945             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1946               multiple cDNA/Protein split views</li>
1947           </ul>
1948         </div>
1949       </td>
1950     </tr>
1951     <tr>
1952       <td width="60" nowrap>
1953         <div align="center">
1954           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1955             <em>8/10/2015</em></strong>
1956         </div>
1957       </td>
1958       <td><em>General</em>
1959         <ul>
1960           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1961             2.9</li>
1962         </ul> <em>Application</em>
1963         <ul>
1964           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1965           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1966           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1967         </ul> <em>Applet</em>
1968         <ul>
1969           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1970         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1971         <ul>
1972           <li>
1973             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1974             suite
1975           </li>
1976         </ul></td>
1977       <td>
1978         <div align="left">
1979           <em>General</em>
1980           <ul>
1981             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1982               incorrect when sequence start > 1</li>
1983             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1984               documentation</li>
1985             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1986             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1987               loading a features file containing HTML tags in feature
1988               description</li>
1989
1990           </ul>
1991           <em>Application</em>
1992           <ul>
1993             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1994               reimport</li>
1995             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1996               with 'trim retrieved sequences'</li>
1997             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1998               deleting selected columns</li>
1999             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2000               JNLP templates for webstart launch</li>
2001             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2002               unreleased structures for download or viewing</li>
2003             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2004               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2005             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2006               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2007             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2008               recovered from jalview project</li>
2009             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2010               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2011               alignment view</li>
2012             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2013               color schemes from BioJSON</li>
2014           </ul>
2015           <em>Applet</em>
2016           <ul>
2017             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2018               frame</li>
2019             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2020           </ul>
2021         </div>
2022       </td>
2023     </tr>
2024     <tr>
2025       <td><div align="center">
2026           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2027         </div></td>
2028       <td><em>General</em>
2029         <ul>
2030           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2031             alignments:
2032             <ul>
2033               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2034                 and DNA alignment views</li>
2035               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2036                 cDNA alignment views</li>
2037               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2038                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2039               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2040                 protein sequences</li>
2041             </ul>
2042           </li>
2043           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2044           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2045             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2046           <li>New alignment annotation file statements for
2047             reference sequences and marking hidden columns</li>
2048           <li>Reference sequence based alignment shading to
2049             highlight variation</li>
2050           <li>Select or hide columns according to alignment
2051             annotation</li>
2052           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2053           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2054             acid conservation row</li>
2055           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2056         </ul> <em>Application</em>
2057         <ul>
2058           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2059             <ul>
2060               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2061                 view with cDNA/Protein</li>
2062               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2063                 sequences are placed in the same alignment</li>
2064               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2065                 projects</li>
2066             </ul>
2067           </li>
2068
2069           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2070           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2071             Jalview windows</li>
2072
2073           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2074           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2075           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2076             be shown in VARNA</li>
2077
2078           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2079             as the active selected region</li>
2080
2081           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2082             similarity</li>
2083           <li>New Export options
2084             <ul>
2085               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2086                 region export in flat file generation</li>
2087
2088               <li>Export alignment views for display with the <a
2089                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2090
2091               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2092               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2093                 alignment figures to HTML</li>
2094           </li>
2095           <li>3D structure retrieval and display
2096             <ul>
2097               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2098                 Search API</li>
2099               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2100                 PDB structures for a sequence set</li>
2101             </ul>
2102           </li>
2103
2104           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2105             predictions</li>
2106           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2107             for one or a group of sequences</li>
2108           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2109             from the JPred4 web server</li>
2110           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2111             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2112             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2113           </li>
2114           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2115             VARNA 2D Structure'</li>
2116           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2117             Structure ..."</li>
2118
2119         </ul> <em>Applet</em>
2120         <ul>
2121           <li>New layout for applet example pages</li>
2122           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2123             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2124           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2125             Protein alignments</li>
2126         </ul> <em>Development and deployment</em>
2127         <ul>
2128           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2129           <li>Include installation type and git revision in build
2130             properties and console log output</li>
2131           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2132             storing BioJsMSA Templates</li>
2133           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2134         </ul></td>
2135       <td>
2136         <!-- <em>General</em>
2137         <ul>
2138         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2139         <ul>
2140           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2141           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2142           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2143             predictions are not highlighted in amber</li>
2144           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2145             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2146           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2147             associated structure views</li>
2148           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2149             width checkbox not enabled</li>
2150           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2151             creating user defined colours</li>
2152           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2153             mappings for just that viewer's sequences</li>
2154           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2155             multiple models in Chimera</li>
2156           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2157             over Jmol structure</li>
2158           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2159             output to text box</li>
2160           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2161             have incorrect sequence start/end</li>
2162           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2163             Jalview fails</li>
2164           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2165             work for nucleotide</li>
2166           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2167             to a grey/invisible alignment window</li>
2168           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2169             imports to different position</li>
2170           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2171             on some platforms</li>
2172           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2173             populated</li>
2174           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2175             console if Chimera has been opened</li>
2176           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2177           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2178             retrieved</li>
2179           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2180           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2181             either sequence shows on first structure</li>
2182           <li>'Show annotations' options should not make
2183             non-positional annotations visible</li>
2184           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2185             in right place after 'view flanking regions'</li>
2186           <li>File Save As type unset when current file format is
2187             unknown</li>
2188           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2189             projects</li>
2190           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2191             responsive</li>
2192           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2193             several views on same alignment</li>
2194           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2195           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2196             spaces</li>
2197         </ul> <em>Applet</em>
2198         <ul>
2199           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2200           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2201             descriptions containing angle brackets</li>
2202         </ul> <em>General</em>
2203         <ul>
2204           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2205             via jalview annotation file</li>
2206           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2207             with RNA secondary structure</li>
2208           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2209             translation doesn't work.</li>
2210           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2211           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2212             positions</li>
2213           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2214             choosing 1pt font</li>
2215           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2216             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2217             'h'</li>
2218           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2219             new feature</li>
2220           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2221             order dependent</li>
2222           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2223             sequences</li>
2224           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2225         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2226         <ul>
2227           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2228             www.jalview.org</li>
2229         </ul> <em>Application Known issues</em>
2230         <ul>
2231           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2232           <li>Misleading message appears after trying to delete
2233             solid column.</li>
2234           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2235             version launches</li>
2236           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2237             fails with a sequence mismatch</li>
2238           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2239             scrolling alignment to right</li>
2240           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2241             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2242           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2243             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2244           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2245             ultra-high resolution</li>
2246           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2247             quality and conservation</li>
2248           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2249             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2250         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2251         <ul>
2252           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2253           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2254             window is being resized</li>
2255
2256         </ul>
2257       </td>
2258     </tr>
2259     <tr>
2260       <td><div align="center">
2261           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2262         </div></td>
2263       <td><em>General</em>
2264         <ul>
2265           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2266             Certum.PL.</li>
2267           <li>Features and annotation preserved when performing
2268             pairwise alignment</li>
2269           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2270             imported/exported/displayed</li>
2271           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2272             protein secondary structure</li>
2273           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2274               post-hoc with 2.9 release</em>)
2275           </li>
2276
2277         </ul> <em>Application</em>
2278         <ul>
2279           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2280             with 3D structures</li>
2281           <li>Support for parsing RNAML</li>
2282           <li>Annotations menu for layout
2283             <ul>
2284               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2285               <li>place sequence annotation above/below alignment
2286                 annotation</li>
2287             </ul>
2288           <li>Output in Stockholm format</li>
2289           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2290             translation</li>
2291           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2292           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2293             shared between alignments</li>
2294           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2295             Jalview</li>
2296           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2297             all or current selection</li>
2298           <li>disorder and secondary structure predictions
2299             available as dataset annotation</li>
2300           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2301
2302
2303           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2304             alignments from Rfam</li>
2305           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2306
2307           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2308             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2309           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2310           <li>include installation type in build properties and
2311             console log output</li>
2312           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2313             annotation</li>
2314         </ul></td>
2315       <td>
2316         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2317         <ul>
2318           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2319             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2320           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2321             alignment</li>
2322           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2323           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2324           <li>Double click on sequence associated annotation
2325             selects only first column</li>
2326           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2327             leaves shown in tree</li>
2328           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2329             properly</li>
2330           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2331           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2332             screen and buttons not visible</li>
2333           <li>author list isn't updated if already written to
2334             Jalview properties</li>
2335           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2336             from database</li>
2337           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2338           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2339             browser search window</li>
2340           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2341             in feature settings dialog</li>
2342           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2343             desktop</li>
2344           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2345             pass validation</li>
2346           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2347             fit on screen</li>
2348           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2349             tooltip</li>
2350           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2351             defined user preset</li>
2352           <li>MSA web services warns user if they were launched
2353             with invalid input</li>
2354           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2355             Java 8</li>
2356           <li>
2357             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2358             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2359             created
2360           </li>
2361
2362         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2363         <ul>
2364         </ul> <em>General</em>
2365         <ul>
2366         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2367         <ul>
2368           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2369             memory allocation</li>
2370           <li>launchApp service doesn't automatically open
2371             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2372           <li>
2373             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2374             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2375             1.7_055 is available
2376           </li>
2377         </ul> <em>Application Known issues</em>
2378         <ul>
2379           <li>
2380             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2381             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2382             alignment to right
2383           </li>
2384           <li>
2385             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2386             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2387             with large number of ID
2388           </li>
2389           <li>
2390             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2391             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2392             start/end
2393           </li>
2394           <li>
2395             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2396             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2397             structure tracks are rearranged
2398           </li>
2399           <li>
2400             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2401             invalid rna structure positional highlighting does not
2402             highlight position of invalid base pairs
2403           </li>
2404           <li>
2405             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2406             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2407             project from alignment window file menu
2408           </li>
2409           <li>
2410             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2411             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2412             structures
2413           </li>
2414           <li>
2415             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2416             colour by RNA Helices not enabled when user created
2417             annotation added to alignment
2418           </li>
2419           <li>
2420             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2421             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2422           </li>
2423         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2424         <ul>
2425           <li>
2426             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2427             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2428           </li>
2429           <li>
2430             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2431             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2432           </li>
2433
2434           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2435             when selected</li>
2436         </ul>
2437       </td>
2438     </tr>
2439     <tr>
2440       <td><div align="center">
2441           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2442         </div></td>
2443       <td>
2444         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2445         <em>General</em>
2446         <ul>
2447           <li>Internationalisation of user interface (usually
2448             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2449           <li>Define/Undefine group on current selection with
2450             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2451           <li>Improved group creation/removal options in
2452             alignment/sequence Popup menu</li>
2453           <li>Sensible precision for symbol distribution
2454             percentages shown in logo tooltip.</li>
2455           <li>Annotation panel height set according to amount of
2456             annotation when alignment first opened</li>
2457         </ul> <em>Application</em>
2458         <ul>
2459           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2460             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2461           <li>Select columns containing particular features from
2462             Feature Settings dialog</li>
2463           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2464             sequences</li>
2465           <li>Update Jalview project format:
2466             <ul>
2467               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2468               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2469                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2470               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2471                 colouring</li>
2472             </ul>
2473           </li>
2474           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2475             (PAM250)</li>
2476           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2477             flanking regions for an alignment</li>
2478         </ul>
2479       </td>
2480       <td>
2481         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2482         <ul>
2483           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2484             running after job is cancelled</li>
2485           <li>cannot export features from alignments imported from
2486             Jalview/VAMSAS projects</li>
2487           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2488             float values</li>
2489           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2490             have 'display all symbols' flag set</li>
2491           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2492             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2493           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2494             Jalview</li>
2495           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2496             Lion/Webstart</li>
2497           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2498           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2499           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2500             alignment onto desktop</li>
2501           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2502             'extract scores' function</li>
2503           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2504             alignment window</li>
2505           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2506             performing IUPred disorder prediction</li>
2507           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2508             changing 'normalise logo' display setting</li>
2509           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2510             nothing matches query</li>
2511           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2512             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2513           </li>
2514           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2515             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2516           </li>
2517           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2518             Jalview's menu</li>
2519           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2520             'invalid literal/length code'</li>
2521           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2522             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2523           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2524             colourscheme</li>
2525
2526         </ul> <em>Applet</em>
2527         <ul>
2528           <li>Remove group option is shown even when selection is
2529             not a group</li>
2530           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2531             don't affect groups</li>
2532           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2533             colourscheme name</li>
2534           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2535             Annotation panel is not displayed</li>
2536           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2537             embedded windows</li>
2538         </ul> <em>Other</em>
2539         <ul>
2540           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2541             single sequence were not calculated</li>
2542           <li>annotation files that contain only groups imported as
2543             annotation and junk sequences</li>
2544           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2545             recognised as PFAM or BLC</li>
2546           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2547             doesn't affect background (2.8.0b1)
2548           <li></li>
2549           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2550           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2551             trailing gaps</li>
2552           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2553             registered correctly on import</li>
2554           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2555             certain alignments</li>
2556           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2557             existing annotation based 'use original colours'
2558             colourscheme loses original colours setting</li>
2559         </ul>
2560       </td>
2561     </tr>
2562     <tr>
2563       <td><div align="center">
2564           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2565             <em>30/1/2014</em></strong>
2566         </div></td>
2567       <td>
2568         <ul>
2569           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2570             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2571             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2572             open source project).
2573           </li>
2574           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2575           <li>Output in Stockholm format</li>
2576           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2577           <li>Export/import group and sequence associated line
2578             graph thresholds</li>
2579           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2580             ambiguity codes</li>
2581           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2582             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2583             works</li>
2584           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2585         </ul> <em>Other improvements</em>
2586         <ul>
2587           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2588           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2589             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2590           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2591             files</li>
2592           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2593           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2594             link but no description</li>
2595           <li>Select primary source when selecting authority in
2596             database fetcher GUI</li>
2597           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2598             Jalview</li>
2599           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2600         </ul>
2601       </td>
2602       <td>
2603         <ul>
2604           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2605             displayed</li>
2606           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2607             secondary structure annotation line</li>
2608           <li>Sequence database accessions not imported when
2609             fetching alignments from Rfam</li>
2610           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2611             identical IDs</li>
2612           <li>View all structures does not always superpose
2613             structures</li>
2614           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2615             reflect user or preset settings</li>
2616           <li>Null pointer exceptions for some services without
2617             presets or adjustable parameters</li>
2618           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2619             discover PDB xRefs</li>
2620           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2621             features with DAS</li>
2622           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2623             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2624           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2625             residue follows a gap</li>
2626           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2627             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2628           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2629             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2630           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2631             annotation already exists on alignment</li>
2632           <li>oninit javascript function should be called after
2633             initialisation completes</li>
2634           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2635             alignment window display</li>
2636           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2637           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2638             to annotation file</li>
2639           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2640             groups created</li>
2641           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2642             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2643           <li>Pressing return several times causes Number Format
2644             exceptions in keyboard mode</li>
2645           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2646             correct partitions for input data</li>
2647           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2648           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2649           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2650           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2651             mode</li>
2652           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2653             changes one row&#39;s threshold</li>
2654           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2655             doesn&#39;t open</li>
2656           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2657             quality histograms</li>
2658         </ul>
2659       </td>
2660     </tr>
2661     <tr>
2662       <td><div align="center">
2663           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2664         </div></td>
2665       <td><em>Application</em>
2666         <ul>
2667           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2668             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2669           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2670             preferences</li>
2671           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2672             in Jalview alignment window</li>
2673           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2674             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2675           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2676             RNA and ambiguity codes</li>
2677
2678           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2679           <li>Support fetching and database reference look up
2680             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2681             refs')</li>
2682           <li>Jalview project improvements
2683             <ul>
2684               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2685                 flag for annotation</li>
2686               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2687                 alignment</li>
2688               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2689                 Jalview project</li>
2690
2691             </ul>
2692           </li>
2693           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2694           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2695             running</li>
2696           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2697           <li>visual indication that web service results are still
2698             being retrieved from server</li>
2699           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2700             starts up for first time</li>
2701           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2702             services</li>
2703           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2704             client library</li>
2705           <li>Examples directory and Groovy library included in
2706             InstallAnywhere distribution</li>
2707         </ul> <em>Applet</em>
2708         <ul>
2709           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2710             visualization applet example</li>
2711         </ul> <em>General</em>
2712         <ul>
2713           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2714           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2715             defaults</li>
2716           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2717             calculation</li>
2718           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2719             matrices
2720           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2721             in HTML</li>
2722           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2723             structure contacts</li>
2724           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2725           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2726           <li>Parse sequence associated secondary structure
2727             information in Stockholm files</li>
2728           <li>HTML Export database accessions and annotation
2729             information presented in tooltip for sequences</li>
2730           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2731             style RNA alignment files</li>
2732           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2733             alignment</li>
2734           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2735             shade each sequence according to its associated alignment
2736             annotation</li>
2737           <li>New Jalview Logo</li>
2738         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2739         <ul>
2740           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2741           <li>New Website!</li>
2742         </ul></td>
2743       <td><em>Application</em>
2744         <ul>
2745           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2746             wsdbfetch REST service</li>
2747           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2748           <li>Filetype associations not installed for webstart
2749             launch</li>
2750           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2751             job execution in full once it is complete</li>
2752           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2753             uploaded via ali_file parameter</li>
2754           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2755           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2756           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2757             submitted for prediction</li>
2758           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2759             desktop window</li>
2760           <li>Putting fractional value into integer text box in
2761             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2762           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2763             windows 7</li>
2764           <li>View all structures fails with exception shown in
2765             structure view</li>
2766           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2767             escaped in a platform independent way</li>
2768           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2769             using proxy</li>
2770           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2771             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2772           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2773             failure when java web start temporary file caching is
2774             disabled</li>
2775           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2776             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2777           <li>Errors during processing of command line arguments
2778             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2779           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2780             DAS sources in sequence fetcher</li>
2781           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2782             dialog is shown</li>
2783           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2784           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2785           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2786           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2787             on OSX Mountain Lion</li>
2788           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2789             sequences with alignment annotation are pasted into the
2790             alignment</li>
2791           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2792             when loaded from Jalview project</li>
2793           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2794           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2795             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2796           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2797             associated with all views</li>
2798           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2799             annotation rows to new window</li>
2800         </ul> <em>Applet</em>
2801         <ul>
2802           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2803             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2804           <li>loading features via javascript API automatically
2805             enables feature display</li>
2806           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2807             work</li>
2808         </ul> <em>General</em>
2809         <ul>
2810           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2811           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2812             and then deselected</li>
2813           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2814           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2815             coloured with clustalx</li>
2816           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2817             exceptions and redraw errors</li>
2818           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2819             reconfigured view</li>
2820           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2821             colour</li>
2822           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2823             for lots of labels</li>
2824         </ul>
2825     </tr>
2826     <tr>
2827       <td>
2828         <div align="center">
2829           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2830         </div>
2831       </td>
2832       <td><em>Application</em>
2833         <ul>
2834           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2835           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2836           <li>View/alignment association menu to enable user to
2837             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2838             its colours/correspondences from</li>
2839           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2840           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2841             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2842           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2843           <li>Annotation row column label formatting attributes
2844             stored in project file</li>
2845           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2846             rows preserved in Jalview project file</li>
2847           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2848             saved using Desktop window menu</li>
2849           <li>Visual indication that command line arguments are
2850             still being processed</li>
2851           <li>Groovy script execution from URL</li>
2852           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2853             preferences</li>
2854           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2855             alignment with sequences that have high similarity and
2856             matching IDs</li>
2857           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2858           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2859             structures in same window</li>
2860           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2861           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2862             analysis function in its own submenu</li>
2863         </ul> <em>Applet</em>
2864         <ul>
2865           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2866             groups</li>
2867           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2868           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2869           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2870           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2871           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2872             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2873           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2874           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2875             parameters are treated as such</li>
2876           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2877             <ul>
2878               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2879               <li>Javascript callbacks for
2880                 <ul>
2881                   <li>Applet initialisation</li>
2882                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2883                 </ul>
2884               </li>
2885               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2886                 functions</li>
2887               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2888               <li>javascript structure viewer harness to pass
2889                 messages between Jmol and Jalview when running as
2890                 distinct applets</li>
2891               <li>sortBy method</li>
2892               <li>Set of applet and application examples shipped
2893                 with documentation</li>
2894               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2895                 javascript message exchange</li>
2896             </ul>
2897         </ul> <em>General</em>
2898         <ul>
2899           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2900             multiple alignments</li>
2901           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2902           <li>User configurable link to enable redirects to a
2903             www.Jalview.org mirror</li>
2904           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2905           <li>Configurable newline string when writing alignment
2906             and other flat files</li>
2907           <li>Allow alignment annotation description lines to
2908             contain html tags</li>
2909         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2910         <ul>
2911           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2912             examples</li>
2913           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2914             using a web service before displaying the result in the
2915             Jalview desktop</li>
2916           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2917           <li>Ant target to publish example html files with applet
2918             archive</li>
2919           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2920           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2921         </ul></td>
2922       <td><em>Application</em>
2923         <ul>
2924           <li>User defined colourscheme throws exception when
2925             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2926           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2927             dialog for valid filename/format</li>
2928           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2929           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2930             P37173</li>
2931           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2932             which sequence is to be associated with the file</li>
2933           <li>Find All raises null pointer exception when query
2934             only matches sequence IDs</li>
2935           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2936           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2937             2.4 cannot be loaded</li>
2938           <li>Filetype associations not installed for webstart
2939             launch</li>
2940           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2941             with sequences in different alignments do not get coloured
2942             by their associated sequence</li>
2943           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2944             not preserved when project is loaded</li>
2945           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2946             stored in Jalview project</li>
2947           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2948             Jalview project</li>
2949           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2950           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2951             by conservation</li>
2952           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2953             created on new view</li>
2954           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2955             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2956           <li>Alignment quality not updated after alignment
2957             annotation row is hidden then shown</li>
2958           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2959             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2960           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2961             properly</li>
2962           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2963             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2964           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2965           <li>Structures imported from file and saved in project
2966             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2967           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2968             job execution in full once it is complete</li>
2969         </ul> <em>Applet</em>
2970         <ul>
2971           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2972             annotation rows are displayed</li>
2973           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2974             codebase</li>
2975           <li>View follows highlighting does not work for positions
2976             in sequences</li>
2977           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2978           <li>Export features raises exception when no features
2979             exist</li>
2980           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2981             for javascript api is modified when separator string
2982             provided as parameter</li>
2983           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2984             alignment with no existing selection</li>
2985           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2986             to applet&#39;s codebase</li>
2987           <li>Status bar not updated after finished searching and
2988             search wraps around to first result</li>
2989           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2990             several Jalview applets causes race conditions and memory
2991             leaks</li>
2992           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2993             not sent from Jmol in applet</li>
2994           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2995             applet API fatally hang browser</li>
2996         </ul> <em>General</em>
2997         <ul>
2998           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2999             position with wrapped view and hidden regions</li>
3000           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3001             with/without hidden columns</li>
3002           <li>Sequence length given in alignment properties window
3003             is off by 1</li>
3004           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3005             import PDB like structure files</li>
3006           <li>Positional search results are only highlighted
3007             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3008           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3009           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3010             given sequence position</li>
3011           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3012             output</li>
3013           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3014             from nucleotide chains correctly</li>
3015           <li>Structure colours not updated when tree partition
3016             changed in alignment</li>
3017           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3018             parsed in interleaved stockholm</li>
3019           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3020             state</li>
3021           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3022             properly</li>
3023           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3024             properly associated with their pdb files</li>
3025         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3026         <ul>
3027           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3028             ApplyCopyright tool</li>
3029         </ul></td>
3030     </tr>
3031     <tr>
3032       <td>
3033         <div align="center">
3034           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3035         </div>
3036       </td>
3037       <td><em>Application</em>
3038         <ul>
3039           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3040             contact web services</li>
3041           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3042             service job window</li>
3043           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3044         </ul></td>
3045       <td>
3046         <ul>
3047           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3048             pir file emitted by Jalview</li>
3049           <li>Existing feature settings transferred to new
3050             alignment view created from cut'n'paste</li>
3051           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3052             parsing PDB files</li>
3053           <li>Consensus and conservation annotation rows
3054             occasionally become blank for all new windows</li>
3055           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3056             in wrapped view mode</li>
3057         </ul> <em>Application</em>
3058         <ul>
3059           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3060             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3061           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3062             parameter names</li>
3063           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3064             is down</li>
3065         </ul>
3066       </td>
3067     </tr>
3068     <tr>
3069       <td>
3070         <div align="center">
3071           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3072         </div>
3073       </td>
3074       <td><em>Application</em>
3075         <ul>
3076           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3077             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3078             (JABAWS)
3079           </li>
3080           <li>Web Services preference tab</li>
3081           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3082             preferences</li>
3083           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3084           <li>Superpose structures using associated sequence
3085             alignment</li>
3086           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3087             viewer</li>
3088         </ul> <em>Applet</em>
3089         <ul>
3090           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3091             link out mechanism</li>
3092         </ul> <em>Other</em>
3093         <ul>
3094           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3095             series 12</li>
3096           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3097             require Java 1.5</li>
3098           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3099             sequence annotation files</li>
3100           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3101             type colour specification</li>
3102           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3103             script to check if it being run in an interactive session or
3104             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3105         </ul></td>
3106       <td>
3107         <ul>
3108           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3109             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3110         </ul> <em>Application</em>
3111         <ul>
3112           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3113             selected Regions menu item</li>
3114           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3115             part of a valid accession ID</li>
3116           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3117             runs out of memory</li>
3118           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3119             analysis results</li>
3120           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3121             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3122           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3123         </ul> <em>Applet</em>
3124         <ul>
3125           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3126             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3127             defined.</li>
3128         </ul>
3129       </td>
3130     </tr>
3131     <tr>
3132       <td>
3133         <div align="center">
3134           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3135         </div>
3136       </td>
3137       <td></td>
3138       <td>
3139         <ul>
3140           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3141             sequence IDs</li>
3142           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3143             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3144           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3145             import correctly</li>
3146           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3147             number of columns are hidden</li>
3148           <li>annotation label popup menu not providing correct
3149             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3150             present</li>
3151           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3152             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3153           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3154             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3155
3156         </ul> <em>Applet</em>
3157         <ul>
3158           <li>annotation panel disappears when annotation is
3159             hidden/removed</li>
3160         </ul> <em>Application</em>
3161         <ul>
3162           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3163             alignment opened where annotation panel is visible but no
3164             annotations are present on alignment</li>
3165           <li>pasted region containing hidden columns is
3166             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3167           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3168             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3169           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3170             selected Rregions menu item.</li>
3171           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3172             'Un' or 'Non'conserved</li>
3173           <li>Sequence feature settings are being shared by
3174             multiple distinct alignments</li>
3175           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3176             changed</li>
3177           <li>double click on group annotation to select sequences
3178             does not propagate to associated trees</li>
3179           <li>Mac OSX specific issues:
3180             <ul>
3181               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3182                 window background</li>
3183               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3184                 name set correctly</li>
3185               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3186                 save feature colourscheme button</li>
3187             </ul>
3188           </li>
3189         </ul>
3190       </td>
3191     </tr>
3192     <tr>
3193
3194       <td>
3195         <div align="center">
3196           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3197         </div>
3198       </td>
3199       <td><em>New Capabilities</em>
3200         <ul>
3201           <li>URL links generated from description line for
3202             regular-expression based URL links (applet and application)
3203
3204           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3205             menu</li>
3206           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3207             structures</li>
3208           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3209             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3210           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3211             average score or total feature count for each sequence.</li>
3212           <li>Shading features by score or associated description</li>
3213           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3214             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3215           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3216             hide everything but the currently selected region.</li>
3217           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3218         </ul> <em>Application</em>
3219         <ul>
3220           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3221             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3222           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3223             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3224           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3225             database references and protein_name is parsed as
3226             description line (BioSapiens terms).</li>
3227           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3228             references in sequence ID tooltip from View menu in
3229             application.</li>
3230           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3231       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3232           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3233             conservation plots</li>
3234           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3235             and visualized as sequence logos</li>
3236           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3237             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3238           </li>
3239           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3240             when a new tree is opened.</li>
3241           <li>Jalview Java Console</li>
3242           <li>Better placement of desktop window when moving
3243             between different screens.</li>
3244           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3245             consensus annotation</li>
3246           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3247             Workflows</li>
3248           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3249             <ul>
3250               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3251                 used to preserve views, structures, and tree display
3252                 settings)</li>
3253               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3254                 command line</li>
3255               <li>Sharing of selected regions between views and
3256                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3257               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3258             </ul></li>
3259         </ul> <em>Applet</em>
3260         <ul>
3261           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3262           <li>New Parameters
3263             <ul>
3264               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3265                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3266                 opened.</li>
3267               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3268                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3269               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3270                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3271               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3272                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3273                 view</li>
3274               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3275                 increase the height or width of a cell in the alignment
3276                 grid relative to the current font size.</li>
3277             </ul>
3278           </li>
3279           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3280             tooltip</li>
3281         </ul> <em>Other</em>
3282         <ul>
3283           <li>Features format: graduated colour definitions and
3284             specification of feature scores</li>
3285           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3286             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3287             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3288           <li>XML formats extended to support graduated feature
3289             colourschemes, group associated annotation, and profile
3290             visualization settings.</li></td>
3291       <td>
3292         <ul>
3293           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3294             rather than description</li>
3295           <li>Non-positional features are now included in sequence
3296             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3297             visibility in tooltip).</li>
3298           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3299           <li>Added URL embedding instructions to features file
3300             documentation.</li>
3301           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3302             'X' in peptide product</li>
3303           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3304             sequence ID and sequence string and query strings do not
3305             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3306           <li>AMSA files only contain first column of
3307             multi-character column annotation labels</li>
3308           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3309             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3310             exported and re-imported)</li>
3311           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3312             name</li>
3313           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3314             as subsequence matches, and correctly reports total number
3315             of both.</li>
3316           <li>Application:
3317             <ul>
3318               <li>Better handling of exceptions during sequence
3319                 retrieval</li>
3320               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3321                 link text excludes the start_end suffix</li>
3322               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3323                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3324               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3325               <li>Sequence description lines properly shared via
3326                 VAMSAS</li>
3327               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3328                 data sources</li>
3329               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3330                 completes before alignment figures are generated.</li>
3331               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3332                 first time.</li>
3333               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3334                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3335               <li>User defined group colours properly recovered
3336                 from Jalview projects.</li>
3337             </ul>
3338           </li>
3339         </ul>
3340       </td>
3341
3342     </tr>
3343     <tr>
3344       <td>
3345         <div align="center">
3346           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3347         </div>
3348       </td>
3349       <td>
3350         <ul>
3351           <li>Experimental support for google analytics usage
3352             tracking.</li>
3353           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3354         </ul>
3355       </td>
3356       <td>
3357         <ul>
3358           <li>Race condition in applet preventing startup in
3359             jre1.6.0u12+.</li>
3360           <li>Exception when feature created from selection beyond
3361             length of sequence.</li>
3362           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3363           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3364             all sequences with a given id</li>
3365           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3366             ID string searches</li>
3367           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3368             alignment to fail with exception</li>
3369         </ul> <em>Application Issues</em>
3370         <ul>
3371           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3372           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3373             data sources</li>
3374         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3375         <ul>
3376           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3377             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3378           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3379             version (java class versioning error fixed)</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382     </tr>
3383     <tr>
3384       <td>
3385
3386         <div align="center">
3387           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3388         </div>
3389       </td>
3390       <td><em>User Interface</em>
3391         <ul>
3392           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3393             translation and protein products</li>
3394           <li>Linked highlighting of structure associated with
3395             residue mapping to codon position</li>
3396           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3397             and 'clear' button</li>
3398           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3399             Tools menu</li>
3400           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3401             numeric data in description line</li>
3402           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3403           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3404             of sequence</li>
3405         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3406         <ul>
3407           <li>JPred3 web service</li>
3408           <li>Prototype sequence search client (no public services
3409             available yet)</li>
3410           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3411             PFAM</li>
3412           <li>URL Links created for matching database cross
3413             references as well as sequence ID</li>
3414           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3415         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3416         <ul>
3417           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3418             databases</li>
3419           <li>Generalised database reference retrieval and
3420             validation to all fetchable databases</li>
3421           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3422             sequence command</li>
3423         </ul> <em>Import and Export</em>
3424         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3425         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3426           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3427         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3428           File</li>
3429         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3430           triplet as name of colourscheme</li>
3431         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3432         <ul>
3433           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3434           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3435             alignments (experimental)</li>
3436           <li>Create new or select existing session to join</li>
3437           <li>load and save of vamsas documents</li>
3438         </ul> <em>Application command line</em>
3439         <ul>
3440           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3441             from applet)</li>
3442           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3443             of DAS servers to query for alignment features</li>
3444           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3445             that are also automatically queried for features</li>
3446           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3447             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3448         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3449         <ul>
3450           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3451             application (when using &quot;View in full
3452             application&quot;)</li>
3453         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3454         <ul>
3455           <li>feature group display control parameter</li>
3456           <li>debug parameter</li>
3457           <li>showbutton parameter</li>
3458         </ul> <em>Applet API methods</em>
3459         <ul>
3460           <li>newView public method</li>
3461           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3462           <li>Feature display control methods</li>
3463           <li>get list of currently selected sequences</li>
3464         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3465         <ul>
3466           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3467           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3468             Jalview release.</li>
3469           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3470             property controls execution of obfuscator</li>
3471           <li>Build target for generating source distribution</li>
3472           <li>Debug flag for javacc</li>
3473           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3474             jalview.bin.Cache</li>
3475           <li>Continuous Build Integration for stable and
3476             development version of Application, Applet and source
3477             distribution</li>
3478         </ul></td>
3479       <td>
3480         <ul>
3481           <li>selected region output includes visible annotations
3482             (for certain formats)</li>
3483           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3484             for editing</li>
3485           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3486           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3487           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3488           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3489             comments</li>
3490           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3491             filenames containing a ':'</li>
3492           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3493             global sequence features</li>
3494           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3495             references from alignment sequences goes to zero</li>
3496           <li>Close of tree branch colour box without colour
3497             selection causes cascading exceptions</li>
3498           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3499           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3500             file parsing fails.</li>
3501           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3502           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3503             not a valid output format</li>
3504           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3505             vamsas</li>
3506           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3507           <li>error messages passed up and output when data read
3508             fails</li>
3509           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3510             sequence is edited</li>
3511           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3512             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3513           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3514             filetype</li>
3515           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3516             import fixed for PFAM records</li>
3517           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3518             window list</li>
3519           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3520             can be read and written correctly to annotation file</li>
3521           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3522             correctly</li>
3523           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3524             non-italic font for representatives in Applet</li>
3525           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3526             Macs.</li>
3527           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3528             Applet)</li>
3529           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3530             due to null pointer exceptions</li>
3531           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3532             first column of alignment</li>
3533           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3534             July 2008</li>
3535           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3536             file is case-insensitive</li>
3537           <li>Sequence features read from Features file appended to
3538             all sequences with matching IDs</li>
3539           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3540             containing a sub-sequence</li>
3541           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3542           <li>feature and annotation file applet parameters
3543             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3544           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3545           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3546             splash-screen version check to complete</li>
3547           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3548             when passing them to the launchApp service</li>
3549           <li>display name and local features preserved in results
3550             retrieved from web service</li>
3551           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3552             sequence fetcher initialisation</li>
3553           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3554             dasobert DAS client</li>
3555           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3556             association</li>
3557           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3558             sequences
3559           </li>
3560         </ul>
3561       </td>
3562     </tr>
3563     <tr>
3564       <td>
3565         <div align="center">
3566           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3567         </div>
3568       </td>
3569       <td>
3570         <ul>
3571           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3572           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3573           <li>Slide sequences</li>
3574           <li>Edit sequence in place</li>
3575           <li>EMBL CDS features</li>
3576           <li>DAS Feature mapping</li>
3577           <li>Feature ordering</li>
3578           <li>Alignment Properties</li>
3579           <li>Annotation Scores</li>
3580           <li>Sort by scores</li>
3581           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3582         </ul>
3583       </td>
3584       <td>
3585         <ul>
3586           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3587           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3588           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3589           <li>Feature group display state in XML</li>
3590           <li>Feature ordering in XML</li>
3591           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3592           <li>Stockholm alignment properties</li>
3593           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3594           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3595           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3596           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3597         </ul>
3598       </td>
3599
3600     </tr>
3601     <tr>
3602       <td>
3603         <div align="center">
3604           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3605         </div>
3606       </td>
3607       <td>
3608         <ul>
3609           <li>Non standard characters can be read and displayed
3610           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3611             applet via textbox
3612           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3613             name &amp; description
3614           <li>Preference setting to display sequence name in
3615             italics
3616           <li>Annotation file format extended to allow
3617             Sequence_groups to be defined
3618           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3619             specified in preferences
3620           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3621             sequences
3622         </ul>
3623       </td>
3624       <td>
3625         <ul>
3626           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3627             installed
3628           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3629           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3630         </ul>
3631       </td>
3632     </tr>
3633     <tr>
3634       <td>
3635         <div align="center">
3636           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3637         </div>
3638       </td>
3639       <td>
3640         <ul>
3641           <li>Multiple views on alignment
3642           <li>Sequence feature editing
3643           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3644           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3645           <li>Background dependent text colour
3646           <li>Right align sequence ids
3647           <li>User-defined lower case residue colours
3648           <li>Format Menu
3649           <li>Select Menu
3650           <li>Menu item accelerator keys
3651           <li>Control-V pastes to current alignment
3652           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3653           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3654           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3655
3656           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3657         </ul>
3658       </td>
3659       <td>
3660         <ul>
3661           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3662           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3663             calculations
3664           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3665             edits
3666           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3667             of alignment)
3668           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3669
3670           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3671             display correctly
3672           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3673           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3674             analysis results
3675           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3676             &#8739;
3677           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3678           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3679           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3680
3681         </ul>
3682       </td>
3683     </tr>
3684     <tr>
3685       <td>
3686         <div align="center">
3687           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3688         </div>
3689       </td>
3690       <td>
3691         <ul>
3692           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3693         </ul>
3694       </td>
3695       <td>
3696         <ul>
3697           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3698             sequence id panel has been resized</li>
3699           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3700             rendered</li>
3701           <li>Annotation files with sequence references - all
3702             elements in file are relative to sequence position</li>
3703           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3704         </ul>
3705       </td>
3706     </tr>
3707     <tr>
3708       <td>
3709         <div align="center">
3710           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3711         </div>
3712       </td>
3713       <td>
3714         <ul>
3715           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3716           <li>DAS Feature fetching</li>
3717           <li>Hide sequences and columns</li>
3718           <li>Export Annotations and Features</li>
3719           <li>GFF file reading / writing</li>
3720           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3721             files</li>
3722           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3723           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3724           <li>Applet can launch the full application</li>
3725           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3726             required)</li>
3727           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3728           <li>Applet can load sequences from parameter
3729             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3730           </li>
3731         </ul>
3732       </td>
3733       <td>
3734         <ul>
3735           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3736           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3737           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3738         </ul>
3739       </td>
3740     </tr>
3741     <tr>
3742       <td>
3743         <div align="center">
3744           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3745         </div>
3746       </td>
3747       <td>
3748         <ul>
3749           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3750           <li>Choose to match case when searching</li>
3751           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3752             expand the visible width and height of the alignment</li>
3753         </ul>
3754       </td>
3755       <td>
3756         <ul>
3757           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3758         </ul>
3759       </td>
3760     </tr>
3761     <tr>
3762       <td>
3763         <div align="center">
3764           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3765         </div>
3766       </td>
3767       <td>&nbsp;</td>
3768       <td>
3769         <ul>
3770           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3771           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3772             value</li>
3773         </ul>
3774       </td>
3775     </tr>
3776     <tr>
3777       <td>
3778         <div align="center">
3779           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3780         </div>
3781       </td>
3782       <td>
3783         <ul>
3784           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3785           <li>Keyboard editing</li>
3786           <li>Create sequence features from searches</li>
3787           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3788             alignments</li>
3789           <li>Features file allows grouping of features</li>
3790           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3791           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3792           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3793         </ul>
3794       </td>
3795       <td>
3796         <ul>
3797           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3798           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3799             descriptions saved.</li>
3800         </ul>
3801       </td>
3802     </tr>
3803     <tr>
3804       <td>
3805         <div align="center">
3806           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3807         </div>
3808       </td>
3809       <td>
3810         <ul>
3811           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3812           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3813           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3814             name for file output</li>
3815           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3816           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3817             used for HTML form input</li>
3818         </ul>
3819       </td>
3820       <td>
3821         <ul>
3822           <li>HTML output writes groups and features</li>
3823           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3824           <li>File IO bugs</li>
3825         </ul>
3826       </td>
3827     </tr>
3828     <tr>
3829       <td>
3830         <div align="center">
3831           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3832         </div>
3833       </td>
3834       <td>
3835         <ul>
3836           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3837           <li>More options for PCA viewer</li>
3838         </ul>
3839       </td>
3840       <td>
3841         <ul>
3842           <li>GUI bugs resolved</li>
3843           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3844         </ul>
3845       </td>
3846     </tr>
3847     <tr>
3848       <td height="63">
3849         <div align="center">
3850           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3851         </div>
3852       </td>
3853       <td>
3854         <ul>
3855           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3856           <li>Jar files are executable</li>
3857           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3858         </ul>
3859       </td>
3860       <td>
3861         <ul>
3862           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3863           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3864           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3865         </ul>
3866       </td>
3867     </tr>
3868     <tr>
3869       <td>
3870         <div align="center">
3871           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3872         </div>
3873       </td>
3874       <td>
3875         <ul>
3876           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3877         </ul>
3878       </td>
3879       <td>
3880         <ul>
3881           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3882         </ul>
3883       </td>
3884     </tr>
3885     <tr>
3886       <td>
3887         <div align="center">
3888           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3889         </div>
3890       </td>
3891       <td>
3892         <ul>
3893           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3894             size</li>
3895         </ul>
3896       </td>
3897       <td>
3898         <ul>
3899           <li>Improved JPred client reliability</li>
3900           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3901         </ul>
3902       </td>
3903     </tr>
3904     <tr>
3905       <td>
3906         <div align="center">
3907           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3908         </div>
3909       </td>
3910       <td>
3911         <ul>
3912           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3913           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3914           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3915             to Colour Menu</li>
3916           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3917           <li>Unix users can set default web browser</li>
3918           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3919           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3920         </ul>
3921       </td>
3922       <td>
3923         <ul>
3924           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3925         </ul>
3926       </td>
3927     </tr>
3928     <tr>
3929       <td>
3930         <div align="center">
3931           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3932         </div>
3933       </td>
3934       <td>&nbsp;</td>
3935       <td>
3936         <ul>
3937           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3938             alignment order.</li>
3939         </ul>
3940       </td>
3941     </tr>
3942     <tr>
3943       <td>
3944         <div align="center">
3945           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3946         </div>
3947       </td>
3948       <td>
3949         <ul>
3950           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3951           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3952           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3953             annotations.</li>
3954           <li>Version and build date written to build properties
3955             file.</li>
3956           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3957             at launch of Jalview.</li>
3958         </ul>
3959       </td>
3960       <td>
3961         <ul>
3962           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3963           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3964           <li>Can remove groups one by one.</li>
3965           <li>Filechooser icons installed.</li>
3966           <li>Finder ignores return character when searching.
3967             Return key will initiate a search.<br>
3968           </li>
3969         </ul>
3970       </td>
3971     </tr>
3972     <tr>
3973       <td>
3974         <div align="center">
3975           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3976         </div>
3977       </td>
3978       <td>
3979         <ul>
3980           <li>New codebase</li>
3981         </ul>
3982       </td>
3983       <td>&nbsp;</td>
3984     </tr>
3985   </table>
3986   <p>&nbsp;</p>
3987 </body>
3988 </html>