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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>6/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
  81               InstallAnywhere increased to 1G.
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  85               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  86               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
  87                 Format menu, or for command-line use via a jalview
  88                 properties file.</em>
  89             </li>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
  92               API and sequence data now imported as JSON.
  93             </li>
  94             <li>
  95               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
  96               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
  97               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
  98               property.
  99             </li>
 100           </ul>
 101           <em>Development</em>
 102           <ul>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 105               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 106                 Clover</a>
 107             </li>
 108           </ul>
 109         </div></td>
 110     <td><div align="left">
 111         <em></em>
 112         <ul>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 115               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 116               alignment.
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 120               annotation displayed.
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 124               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 125               visible.
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 129               when sequences are selected in exported view.</em>
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 133               aren't rendered with correct colour.
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 137               types of knotted RNA secondary structure.
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 141               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 142               do not start at 1.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 146               annotation when columns are inserted into an alignment,
 147               and when exporting as Stockholm flatfile.
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 151               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 152               treated as RNA secondary structure.
 153             </li>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 156               transfers focus to previous window on OSX
 157             </li>
 158           </ul>
 159           <em>Java 10 Issues</em>
 160           <ul>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 163               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 164               box.
 165             </li>
 166           </ul>
 167       </div>
 168     </td>
 169     </tr>
 170     <tr>
 171       <td width="60" nowrap>
 172         <div align="center">
 173           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 174             <em>7/06/2018</em></strong>
 175         </div>
 176       </td>
 177       <td><div align="left">
 178           <em></em>
 179           <ul>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 182               annotation retrieved from Uniprot
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 186               onto the Jalview Desktop
 187             </li>
 188           </ul>
 189         </div></td>
 190       <td><div align="left">
 191           <em></em>
 192           <ul>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 195               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 199               right-hand column parsed correctly
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 203               not alignment area in exported graphic
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 207               window has input focus
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 211               annotation added to view (Windows)
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 215               network connectivity is poor
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 219               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 220                 the currently open URL and links from a page viewed in
 221                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 222                 you are using Edge, only links in the page can be
 223                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 224                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 225             </li>
 226           </ul>
 227         </div></td>
 228     </tr>
 229     <tr>
 230       <td width="60" nowrap>
 231         <div align="center">
 232           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 233         </div>
 234       </td>
 235       <td><div align="left">
 236           <em></em>
 237           <ul>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 240               for disabling automatic superposition of multiple
 241               structures and open structures in existing views
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 245               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 246               adjust them.
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 250               Ensembl services
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 254               and lots of hidden columns
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 258               of features (particularly when transparency is disabled)
 259             </li>
 260           </ul>
 261           </div>
 262       </td>
 263       <td><div align="left">
 264           <ul>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 267               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 271               overlapping alignment panel
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 275               sequence as gaps
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 279               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 280               UTR
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 284               factor annotation not added to sequence when local PDB
 285               file associated with it by drag'n'drop or structure
 286               chooser
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 290               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 294               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 298               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 302               columns in annotation row
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 306               honored in batch mode
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 310               for structures added to existing Jmol view
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 314               entries after importing project with multiple views
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 318               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 319               with negative residue numbers or missing residues fails
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 323               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 324               as generated by CONSURF)
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 328               tooltip doesn't include a text description of mutation
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 332               structure and/or overview windows are also shown
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 336               very slow for alignments with large numbers of sequences
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 340               with 'StringIndexOutOfBounds'
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 344               platforms running Java 10
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 348               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 349             </li>
 350           </ul>
 351           <em>Applet</em>
 352           <ul>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 355               should copy the group consensus when popup is opened on it
 356             </li>
 357           </ul>
 358           <em>Batch Mode</em>
 359           <ul>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 362           </li>
 363           </ul>
 364           <em>New Known Defects</em>
 365           <ul>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 368               editing a large alignment and overview is displayed
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 372               repeatedly after a series of edits even when the overview
 373               is no longer reflecting updates
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 377               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 378               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 379               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 380             </li>
 381           </ul>
 382         </div>
 383           </td>
 384     </tr>
 385     <tr>
 386       <td width="60" nowrap>
 387         <div align="center">
 388           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 389         </div>
 390       </td>
 391       <td><div align="left">
 392           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 393               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 394       <td><div align="left">
 395           <em>Desktop</em><ul>
 396           <ul>
 397             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 398             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 399             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 400             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 401             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 402             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 403             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 404           </ul>
 405           </div>
 406       </td>
 407     </tr>
 408     <tr>
 409       <td width="60" nowrap>
 410         <div align="center">
 411           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 412         </div>
 413       </td>
 414       <td><div align="left">
 415           <em></em>
 416           <ul>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 419               rendering of sequence features
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 423               429 rate limit request hander
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 427               their colours have changed
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 431               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 435               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 439               view from Ensembl locus cross-references
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 443               Alignment report
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 447               feature can be disabled
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 451               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 455               Uniprot
 456             </li>
 457           </ul>
 458           <em>Scripting</em>
 459           <ul>
 460             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 461             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 462               percent identity scores for current alignment.</li>
 463           </ul>
 464           <em>Testing and Deployment</em>
 465           <ul>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 468             </li>
 469           </ul>
 470         </div></td>
 471       <td><div align="left">
 472           <em>General</em>
 473           <ul>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 476               threshold text field doesn't trigger an update to the
 477               alignment view
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 481               strings in parallel
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 485               alignment window is closed
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 489               group visibility
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 493               takes a long time in Cursor mode
 494             </li>
 495           </ul>
 496           <em>Desktop</em>
 497           <ul>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 500               cannot be viewed in Chimera
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 504               CDS/Protein view
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 508               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 509               Search Dialogs
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 519               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 523               scrolling right in unwapped alignment view
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 527               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 528               database
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 532               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 536               features of same type and group to be selected for
 537               amending
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 541               alignments when hidden columns are present
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 545               displaying several structures
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 549               moving a window
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 553               within the Jalview desktop on OSX
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 557               when in wrapped alignment mode
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 561               hand end of alignment
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 565               each selected sequence do not have correct start/end
 566               positions
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 570               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 574               restoring project until a new view is created
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 578               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 579               configured (since 2.10.2b2)
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 583               position is adjusted
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 587               in a multi-chain structure when viewing alignment
 588               involving more than one chain (since 2.10)
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 592               if new selection moves alignment window
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 596               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 600               that produces correctly annotated transcripts and products
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 604               doesn't update associated structure view
 605             </li>
 606           </ul>
 607           <em>Applet</em><br />
 608           <ul>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 611               closing alignment panel
 612             </li>
 613           </ul>
 614           <em>BioJSON</em><br />
 615           <ul>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 618               non-positional features
 619             </li>
 620           </ul>
 621           <em>New Known Issues</em>
 622           <ul>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 625               sequence features correctly (for many previous versions of
 626               Jalview)
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 630               using cursor in wrapped panel other than top
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 634               graduated colour threshold
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 638               always preserve numbering and sequence features
 639             </li>
 640           </ul>
 641           <em>Known Java 9 Issues</em>
 642           <ul>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 645               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 646               9.01, OSX 10.10)
 647             </li>
 648           </ul>
 649         </div></td>
 650     </tr>
 651     <tr>
 652       <td width="60" nowrap>
 653         <div align="center">
 654           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 655             <em>2/10/2017</em></strong>
 656         </div>
 657       </td>
 658       <td><div align="left">
 659           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 660           <ul>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 663             </li>
 664             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 665             </li>
 666           </ul>
 667         </div></td>
 668       <td><div align="left">
 669         </div></td>
 670     </tr>
 671     <tr>
 672       <td width="60" nowrap>
 673         <div align="center">
 674           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 675             <em>7/9/2017</em></strong>
 676         </div>
 677       </td>
 678       <td><div align="left">
 679           <em></em>
 680           <ul>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 683               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 684               white)
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 688               Preferences
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 692               in size and progress bar shown as higher resolution
 693               overview is recalculated
 694             </li>
 695
 696           </ul>
 697         </div></td>
 698       <td><div align="left">
 699           <em></em>
 700           <ul>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 703               column region row by row
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 707               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 711               format setting is unticked
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 715               if group has show boxes format setting unticked
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 719               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 720               include sequences and columns not currently displayed
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 724               assemblies are imported via CIF file
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 728               displayed when threshold or conservation colouring is also
 729               enabled.
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 733               server version
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 737               dragging a selected region off the visible region of the
 738               alignment
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 742               colourscheme to all groups in a view
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 746               initially after font size change using the Font chooser or
 747               middle-mouse zoom
 748             </li>
 749           </ul>
 750         </div></td>
 751     </tr>
 752     <tr>
 753       <td width="60" nowrap>
 754         <div align="center">
 755           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 756         </div>
 757       </td>
 758       <td><div align="left">
 759           <em>Calculations</em>
 760           <ul>
 761
 762             <li>
 763               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 764               ungapped positions in each column of the alignment.
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 768               a calculation dialog box
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 772               and memory efficiency (~30x faster)
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 776               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 777               and other calculations
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 781               files within the Jalview codebase
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 785               Similarity may have different topology due to increased
 786               precision
 787             </li>
 788           </ul>
 789           <em>Rendering</em>
 790           <ul>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 793               model for alignments and groups
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 797               scripts
 798             </li>
 799           </ul>
 800           <em>Overview</em>
 801           <ul>
 802             <li>
 803               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 804               with alignment and overview windows
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 808               overview
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 812               omitted in Overview
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 816               adjustment of visible position
 817             </li>
 818           </ul>
 819
 820           <em>Data import/export</em>
 821           <ul>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 824               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 828               annotation input/output via stockholm flatfile
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 832               extension when importing structure files without embedded
 833               names or PDB accessions
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 837               format sequence substitution matrices
 838             </li>
 839           </ul>
 840           <em>User Interface</em>
 841           <ul>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 844               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 845               the application.
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 849               via Overview or sequence motif search operations
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 853               opened by double clicking gaps within sequence feature
 854               extent
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 858               aligned positions were available to create a 3D structure
 859               superposition.
 860             </li>
 861           </ul>
 862           <em>3D Structure</em>
 863           <ul>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 866               coloured in linked structure views
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 870               file-based command exchange
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 874               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 875               structures are already available for sequences
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 879               the Jalview project rather than downloaded again when the
 880               project is reopened.
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 884               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 885               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 886                 Feature</strong>)
 887             </li>
 888           </ul>
 889           <em>Web Services</em>
 890           <ul>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 896               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 897               Analysis services
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 901               cross-references provided by identifiers.org and the
 902               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 903             </li>
 904           </ul>
 905
 906           <em>Scripting</em>
 907           <ul>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 910               identifying file formats (instead of String constants)
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 914               efficiency when counting all displayed features (not
 915               backwards compatible with 2.10.1)
 916             </li>
 917           </ul>
 918           <em>Example files</em>
 919           <ul>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 922               included in the example feature file
 923             </li>
 924           </ul>
 925           <em>Documentation</em>
 926           <ul>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 929               with the built-in Java help viewer
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 933               sequence description' option
 934             </li>
 935           </ul>
 936           <em>Test Suite</em>
 937           <ul>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 940               Uniprot REST Free Text Search Client
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 947               during tests
 948             </li>
 949           </ul>
 950         </div></td>
 951       <td><div align="left">
 952           <em>Calculations</em>
 953           <ul>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 956               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 957               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 958             </li>
 959             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 960               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 961               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 962               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 963               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 964               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 965               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 966               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 967               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 968               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 969               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 970               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 971               // for 2.10.1 mode <br />
 972               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 973               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 974                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 975                 calculations (not recommended)</em></li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 978               scaling of branch lengths for trees computed using
 979               Sequence Feature Similarity.
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 983               generating output report when working with highly
 984               redundant alignments
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 988               right of selected region when gaps present on right-hand
 989               boundary
 990             </li>
 991           </ul>
 992           <em>User Interface</em>
 993           <ul>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 996               doesn't reselect a specific sequence's associated
 997               annotation after it was used for colouring a view
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1001               opened on a region of alignment without groups
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1005               of an alignment with overlapping groups
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1009               name and description match
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1013               hidden regions results in incorrect hidden regions
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1017               changing colour does not apply Conservation slider value
1018               to all groups
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1022               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1026               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1030               gaps before start of features
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1034               restored to UI when feature colour is edited
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1038               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1042               as graduate feature colour settings are modified via the
1043               dialog box
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1047               when a group defined on the alignment is resized
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1051               wrapped view result in positional status updates
1052             </li>
1053
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1056               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1060               alignment included gapped columns
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1064               widgets don't permanently disappear
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1068               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1069               T-Coffee column reliability scores)
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1073               sequence feature on gaps only
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1077               button from a Find inherit previously defined feature type
1078               rather than the Find query string
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1082               exporting tree calculated in Jalview
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1086               and then revealing them reorders sequences on the
1087               alignment
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1091               doesn't update to reflect available set of groups after
1092               interactively adding or modifying features
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1096               Linux
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1100               only excluded gaps in current sequence and ignored
1101               selection.
1102             </li>
1103           </ul>
1104           <em>Rendering</em>
1105           <ul>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1108               erratically when hidden rows or columns are present
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1112               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1113               sequence colouring
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1117               colour and group colour menu for protein alignments
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1121               reflect currently selected view or group's shading
1122               thresholds
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1126               when rendered on overview and structures when opacity at
1127               100%
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1131               overview when features overlaid on alignment
1132             </li>
1133           </ul>
1134           <em>Data import/export</em>
1135           <ul>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1138               load
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1142               added after a sequence was imported are not written to
1143               Stockholm File
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1147               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1151               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1155               with lightGray or darkGray via features file (but can
1156               specify lightgray)
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1160               when alignment view imported from project
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1164               structure and sequences extracted from structure files
1165               imported via URL and viewed in Jmol
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1169               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1170               the project is loaded and the structure viewed
1171             </li>
1172           </ul>
1173           <em>Web Services</em>
1174           <ul>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1177               release of Ensembl v.88
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1181               appear enabled in Preferences->Connections
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1185               removed from console output
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1189               Ensembl by Peptide ID
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1193               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1194               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1195               due to 'null' string rather than empty string used for
1196               residues with no corresponding PDB mapping).
1197             </li>
1198           </ul>
1199           <em>Application UI</em>
1200           <ul>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1203               menu
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1207               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1208               new documentation and tooltips added)
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1212               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1216               new features are added to alignment
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1220               changes to feature colours via the Amend features dialog
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1224               edit graduated feature colour via amend features dialog
1225               box
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1229               selection menu changes colours of alignment views
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1233               from alignment calculation workers after alignment has
1234               been closed
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1238               groups now 'Create Group'
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1242               Create/Undefine group doesn't always work
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1246               shown again after pressing 'Cancel'
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1250               adjusts start position in wrap mode
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1254               ambiguous amino acids
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1258               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1259               proteins
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1263               Defined' don't appear in Colours menu
1264             </li>
1265           </ul>
1266           <em>Applet</em>
1267           <ul>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1270               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1274               overview or linked structure view
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1278               work (since 2.8)
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1282               user-defined colourscheme doesn't restore original
1283               colourscheme
1284             </li>
1285           </ul>
1286           <em>Test Suite</em>
1287           <ul>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1290               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1294               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1295               problems with deep array comparison equality asserts in
1296               successive versions of TestNG
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1300               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1301             </li>
1302           </ul>
1303           <em>New Known Issues</em>
1304           <ul>
1305             <li>
1306               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1307               phase after a sequence motif find operation
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1311               containing just upper and lower case letters are
1312               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1316               reliably from eggnog Ortholog database
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1320               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1321               to mark columns containing highlighted regions.
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1325               doesn't always add secondary structure annotation.
1326             </li>
1327           </ul>
1328         </div>
1329     <tr>
1330       <td width="60" nowrap>
1331         <div align="center">
1332           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1333         </div>
1334       </td>
1335       <td><div align="left">
1336           <em>General</em>
1337           <ul>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1340               for all consensus calculations
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1344               3rd Oct 2016)
1345             </li>
1346             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1347               for 2016-2017</li>
1348           </ul>
1349           <em>Application</em>
1350           <ul>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1353               set of database cross-references, sorted alphabetically
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1357               from database cross references. Users with custom links
1358               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1359                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1363               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1364               Chimera session
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1368               the Chimera it is connected to is shut down
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1372               columns menu item to mark columns containing highlighted
1373               regions (e.g. from structure selections or results of a
1374               Find operation)
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1378               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1379               MSAviewer
1380             </li>
1381           </ul>
1382         </div></td>
1383       <td>
1384         <div align="left">
1385           <em>General</em>
1386           <ul>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1389               are not coloured or thresholded according to percent
1390               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1394               hydrophobic
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1398               threshold, amino acid properties)
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1402               reported as mapped to residues in a structure file in the
1403               View Mapping report
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1407               could be added multiple times to a sequence
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1411               bond features shown as two highlighted residues rather
1412               than a range in linked structure views, and treated
1413               correctly when selecting and computing trees from features
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1417               cross-references are matched to database name regardless
1418               of case
1419             </li>
1420
1421           </ul>
1422           <em>Application</em>
1423           <ul>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1426               names without regular expressions also offer links from
1427               Sequence ID
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1431               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1432               update Jalview configuration
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1436               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1440               files with similarly named sequences if dropped onto the
1441               alignment
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1445               entries where more chains exist in the PDB accession than
1446               are reported in the SIFTS file
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1450               the structure view when displayed with Chimera
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1454               panel's View->Show Chains submenu
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1458               work for wrapped alignment views
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1462               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1466               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1467               first annotation row
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1471               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1475               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1476             </li>
1477             <!-- JAL-2319 -->
1478             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1479             coordindate data
1480             </li>
1481           </ul>
1482           <!--           <em>New Known Issues</em>
1483           <ul>
1484             <li></li>
1485           </ul> -->
1486         </div>
1487       </td>
1488     </tr>
1489     <td width="60" nowrap>
1490       <div align="center">
1491         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1492           <em>25/10/2016</em></strong>
1493       </div>
1494     </td>
1495     <td><em>Application</em>
1496       <ul>
1497         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1498           view if structures already loaded</li>
1499         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1500           structure views</li>
1501       </ul></td>
1502     <td>
1503       <div align="left">
1504         <em>General</em>
1505         <ul>
1506           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1507             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1508           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1509             example sequences/projects/trees</li>
1510         </ul>
1511         <em>Application</em>
1512         <ul>
1513           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1514             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1515           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1516             without timeout for structures with multiple models or
1517             multiple sequences in alignment</li>
1518           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1519             PDB ID HEADER line</li>
1520           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1521             is performed</li>
1522           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1523             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1524           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1525           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1526             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1527             option</li>
1528           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1529             is created on the alignment</li>
1530           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1531             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1532             pop-up menu</li>
1533         </ul>
1534         <em>Build and deployment</em>
1535         <ul>
1536           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1537             tags</li>
1538         </ul>
1539         <em>New Known Issues</em>
1540         <ul>
1541           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1542             on Windows</li>
1543         </ul>
1544       </div>
1545     </td>
1546     </tr>
1547     <tr>
1548       <td width="60" nowrap>
1549         <div align="center">
1550           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1551         </div>
1552       </td>
1553       <td><em>General</em>
1554         <ul>
1555           <li>
1556             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1557           </li>
1558           <li>
1559             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1560             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1561             better PDB parsing.
1562           </li>
1563           <li>
1564             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1565             reference sequence
1566           </li>
1567           <li>
1568             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1569             mousing over sequence associated annotation
1570           </li>
1571           <li>
1572             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1573             for manual entry
1574           </li>
1575           <li>
1576             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1577             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1578             for each column
1579           </li>
1580           <li>
1581             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1582             showing or hiding columns containing a feature
1583           </li>
1584           <li>
1585             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1586             group and sequence associated annotation labels
1587           </li>
1588           <li>
1589             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1590             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1591             dialogs
1592           </li>
1593
1594         </ul> <em>Application</em>
1595         <ul>
1596           <li>
1597             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1598             gene/transcript view
1599           </li>
1600           <li>
1601             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1602             dialog
1603           </li>
1604           <li>
1605             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1606             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1607           </li>
1608           <li>
1609             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1610             Pfam sources to xfam.org
1611           </li>
1612           <li>
1613             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1614           </li>
1615           <li>
1616             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1617             over sequences in Jalview
1618           </li>
1619           <li>
1620             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1621             regions in ENA and EMBL
1622           </li>
1623           <li>
1624             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1625             for record retrieval via ENA rest API
1626           </li>
1627           <li>
1628             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1629             complement operator
1630           </li>
1631           <li>
1632             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1633             groovy script execution
1634           </li>
1635           <li>
1636             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1637             alignment window's Calculate menu
1638           </li>
1639           <li>
1640             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1641             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1642           </li>
1643           <li>
1644             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1645             calculation workers from groovy scripts
1646           </li>
1647           <li>
1648             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1649             Jalview projects
1650           </li>
1651           <li>
1652             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1653             associations are now saved/restored from project
1654           </li>
1655           <li>
1656             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1657             before sequence fetcher is opened
1658           </li>
1659           <li>
1660             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1661             database chooser opens a sequence fetcher
1662           </li>
1663           <li>
1664             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1665             the UniProt REST API
1666           </li>
1667           <li>
1668             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1669             the news reader opening
1670           </li>
1671           <li>
1672             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1673             querying stored in preferences
1674           </li>
1675           <li>
1676             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1677             search results
1678           </li>
1679           <li>
1680             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1681           </li>
1682           <li>
1683             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1684             menu for nucleotide sequences
1685           </li>
1686           <li>
1687             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1688             and feature counts preserves alignment ordering (and
1689             debugged for complex feature sets).
1690           </li>
1691           <li>
1692             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1693             viewing structures with Jalview 2.10
1694           </li>
1695           <li>
1696             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1697             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1698             Ensembl Genomes REST API
1699           </li>
1700           <li>
1701             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1702             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1703             (Ensembl)
1704           </li>
1705           <li>
1706             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1707             sequences
1708           </li>
1709           <li>
1710             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1711             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1712             data from external database records.
1713           </li>
1714           <li>
1715             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1716             efficient recovery of sequence coding and alignment
1717             annotation relationships.
1718           </li>
1719         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1720         <ul>
1721           <li>
1722             -- JAL---
1723           </li>
1724         </ul> --></td>
1725       <td>
1726         <div align="left">
1727           <em>General</em>
1728           <ul>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1731               menu on OSX
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1735               includes graduated colourschemes
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1739               working with big alignments and lots of hidden columns
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1743               at right of alignment window
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1747               contents
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1751               for DNA alignments
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1755               based tree calculation
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1759               unconserved enabled for group on alignment
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1763               set as reference
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1767               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1768               annotation
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1772               hidden columns present
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1776               user created annotation added to alignment
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1780               '()' base pair annotation
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1784               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1785               Consensus
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1789               feature not working
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1793               beginning of sequence
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1797               entry 3a6s
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1801               from a tree when t-coffee scores are shown
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1805               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1809               some structures
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1813               to Clustal, PIR and PileUp output
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1817               not visible causes alignment window to repaint
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1821               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1822               scores associated with features and annotation rows
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1826               calculation should be case independent
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1830               columns
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1834               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1835               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1839               problems when reference sequence defined and 'show
1840               non-conserved' enabled
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1844               load even when Consensus calculation is disabled
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1848               alignment does nothing
1849             </li>
1850           </ul>
1851           <em>Application</em>
1852           <ul>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1855               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1856               yet fixed for El Capitan)
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1860               output when running on non-gb/us i18n platforms
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1864               hidden sequences as flat-file alignment
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1868               launching Chimera
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1872               (also hotfix for 2.9.0b2)
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1876               reference sequence defined
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1880               alignments and views when revealing hidden columns
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1884               view in a cDNA/Protein splitframe
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1888               sequence from project when only one sequence is
1889               represented
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1893               in Structure Chooser
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1897               structure consensus didn't refresh annotation panel
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1901               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1905               dialogs format columns correctly, don't display array
1906               data, sort columns according to type
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1910               file chooser is cancelled during an image export
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1914               sequence name containing special characters
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1918               case insensitive
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1922               formatting don't wrap
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1926               truncated so L looks like I in consensus annotation
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1930               currently displayed features for the current selection or
1931               view
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1935               after fetching cross-references, and restoring from
1936               project
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1940               followed in the structure viewer
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1944               splitframe not restored from project
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1948               trailing end of protein alignment in transcript/product
1949               splitview when pad-gaps not enabled by default
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1953               is case dependent
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1957               article has been read (reopened issue due to
1958               internationalisation problems)
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1962               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1963               cross-references
1964             </li>
1965
1966             <li>
1967               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1968               alignment as HTML
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1972               multiple structures are shown for one or more sequences.
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1976               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1977               is enabled.
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1981               specific PDB id for sequence
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1985               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1986               columns' is disabled.
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1990               selects lowest rather than highest resolution structures
1991               for each sequence
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1995               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1999               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2003               after clicking on it to create new annotation for a
2004               column.
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2008               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2009             </li>
2010             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2011             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2012           </ul>
2013           <em>Applet</em>
2014           <ul>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2017               hidden columns present before start of sequence
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2021               (JSON jars)
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2025               sequences are hidden in applet
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2029               deployment on examples pages.
2030             </li>
2031           </ul>
2032         </div>
2033       </td>
2034     </tr>
2035     <tr>
2036       <td width="60" nowrap>
2037         <div align="center">
2038           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2039             <em>16/10/2015</em></strong>
2040         </div>
2041       </td>
2042       <td><em>General</em>
2043         <ul>
2044           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2045             jars</li>
2046         </ul></td>
2047       <td>
2048         <div align="left">
2049           <em>Application</em>
2050           <ul>
2051             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2052               shown when tree is partitioned</li>
2053             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2054               multiple cDNA/Protein split views</li>
2055           </ul>
2056         </div>
2057       </td>
2058     </tr>
2059     <tr>
2060       <td width="60" nowrap>
2061         <div align="center">
2062           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2063             <em>8/10/2015</em></strong>
2064         </div>
2065       </td>
2066       <td><em>General</em>
2067         <ul>
2068           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2069             2.9</li>
2070         </ul> <em>Application</em>
2071         <ul>
2072           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2073           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2074           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2075         </ul> <em>Applet</em>
2076         <ul>
2077           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2078         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2079         <ul>
2080           <li>
2081             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2082             suite
2083           </li>
2084         </ul></td>
2085       <td>
2086         <div align="left">
2087           <em>General</em>
2088           <ul>
2089             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2090               incorrect when sequence start > 1</li>
2091             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2092               documentation</li>
2093             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2094             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2095               loading a features file containing HTML tags in feature
2096               description</li>
2097
2098           </ul>
2099           <em>Application</em>
2100           <ul>
2101             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2102               reimport</li>
2103             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2104               with 'trim retrieved sequences'</li>
2105             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2106               deleting selected columns</li>
2107             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2108               JNLP templates for webstart launch</li>
2109             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2110               unreleased structures for download or viewing</li>
2111             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2112               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2113             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2114               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2115             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2116               recovered from jalview project</li>
2117             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2118               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2119               alignment view</li>
2120             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2121               color schemes from BioJSON</li>
2122           </ul>
2123           <em>Applet</em>
2124           <ul>
2125             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2126               frame</li>
2127             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2128           </ul>
2129         </div>
2130       </td>
2131     </tr>
2132     <tr>
2133       <td><div align="center">
2134           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2135         </div></td>
2136       <td><em>General</em>
2137         <ul>
2138           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2139             alignments:
2140             <ul>
2141               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2142                 and DNA alignment views</li>
2143               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2144                 cDNA alignment views</li>
2145               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2146                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2147               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2148                 protein sequences</li>
2149             </ul>
2150           </li>
2151           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2152           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2153             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2154           <li>New alignment annotation file statements for
2155             reference sequences and marking hidden columns</li>
2156           <li>Reference sequence based alignment shading to
2157             highlight variation</li>
2158           <li>Select or hide columns according to alignment
2159             annotation</li>
2160           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2161           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2162             acid conservation row</li>
2163           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2164         </ul> <em>Application</em>
2165         <ul>
2166           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2167             <ul>
2168               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2169                 view with cDNA/Protein</li>
2170               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2171                 sequences are placed in the same alignment</li>
2172               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2173                 projects</li>
2174             </ul>
2175           </li>
2176
2177           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2178           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2179             Jalview windows</li>
2180
2181           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2182           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2183           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2184             be shown in VARNA</li>
2185
2186           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2187             as the active selected region</li>
2188
2189           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2190             similarity</li>
2191           <li>New Export options
2192             <ul>
2193               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2194                 region export in flat file generation</li>
2195
2196               <li>Export alignment views for display with the <a
2197                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2198
2199               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2200               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2201                 alignment figures to HTML</li>
2202           </li>
2203           <li>3D structure retrieval and display
2204             <ul>
2205               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2206                 Search API</li>
2207               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2208                 PDB structures for a sequence set</li>
2209             </ul>
2210           </li>
2211
2212           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2213             predictions</li>
2214           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2215             for one or a group of sequences</li>
2216           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2217             from the JPred4 web server</li>
2218           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2219             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2220             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2221           </li>
2222           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2223             VARNA 2D Structure'</li>
2224           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2225             Structure ..."</li>
2226
2227         </ul> <em>Applet</em>
2228         <ul>
2229           <li>New layout for applet example pages</li>
2230           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2231             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2232           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2233             Protein alignments</li>
2234         </ul> <em>Development and deployment</em>
2235         <ul>
2236           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2237           <li>Include installation type and git revision in build
2238             properties and console log output</li>
2239           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2240             storing BioJsMSA Templates</li>
2241           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2242         </ul></td>
2243       <td>
2244         <!-- <em>General</em>
2245         <ul>
2246         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2247         <ul>
2248           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2249           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2250           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2251             predictions are not highlighted in amber</li>
2252           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2253             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2254           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2255             associated structure views</li>
2256           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2257             width checkbox not enabled</li>
2258           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2259             creating user defined colours</li>
2260           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2261             mappings for just that viewer's sequences</li>
2262           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2263             multiple models in Chimera</li>
2264           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2265             over Jmol structure</li>
2266           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2267             output to text box</li>
2268           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2269             have incorrect sequence start/end</li>
2270           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2271             Jalview fails</li>
2272           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2273             work for nucleotide</li>
2274           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2275             to a grey/invisible alignment window</li>
2276           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2277             imports to different position</li>
2278           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2279             on some platforms</li>
2280           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2281             populated</li>
2282           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2283             console if Chimera has been opened</li>
2284           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2285           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2286             retrieved</li>
2287           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2288           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2289             either sequence shows on first structure</li>
2290           <li>'Show annotations' options should not make
2291             non-positional annotations visible</li>
2292           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2293             in right place after 'view flanking regions'</li>
2294           <li>File Save As type unset when current file format is
2295             unknown</li>
2296           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2297             projects</li>
2298           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2299             responsive</li>
2300           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2301             several views on same alignment</li>
2302           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2303           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2304             spaces</li>
2305         </ul> <em>Applet</em>
2306         <ul>
2307           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2308           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2309             descriptions containing angle brackets</li>
2310         </ul> <em>General</em>
2311         <ul>
2312           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2313             via jalview annotation file</li>
2314           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2315             with RNA secondary structure</li>
2316           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2317             translation doesn't work.</li>
2318           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2319           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2320             positions</li>
2321           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2322             choosing 1pt font</li>
2323           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2324             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2325             'h'</li>
2326           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2327             new feature</li>
2328           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2329             order dependent</li>
2330           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2331             sequences</li>
2332           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2333         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2334         <ul>
2335           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2336             www.jalview.org</li>
2337         </ul> <em>Application Known issues</em>
2338         <ul>
2339           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2340           <li>Misleading message appears after trying to delete
2341             solid column.</li>
2342           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2343             version launches</li>
2344           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2345             fails with a sequence mismatch</li>
2346           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2347             scrolling alignment to right</li>
2348           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2349             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2350           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2351             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2352           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2353             ultra-high resolution</li>
2354           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2355             quality and conservation</li>
2356           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2357             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2358         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2359         <ul>
2360           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2361           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2362             window is being resized</li>
2363
2364         </ul>
2365       </td>
2366     </tr>
2367     <tr>
2368       <td><div align="center">
2369           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2370         </div></td>
2371       <td><em>General</em>
2372         <ul>
2373           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2374             Certum.PL.</li>
2375           <li>Features and annotation preserved when performing
2376             pairwise alignment</li>
2377           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2378             imported/exported/displayed</li>
2379           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2380             protein secondary structure</li>
2381           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2382               post-hoc with 2.9 release</em>)
2383           </li>
2384
2385         </ul> <em>Application</em>
2386         <ul>
2387           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2388             with 3D structures</li>
2389           <li>Support for parsing RNAML</li>
2390           <li>Annotations menu for layout
2391             <ul>
2392               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2393               <li>place sequence annotation above/below alignment
2394                 annotation</li>
2395             </ul>
2396           <li>Output in Stockholm format</li>
2397           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2398             translation</li>
2399           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2400           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2401             shared between alignments</li>
2402           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2403             Jalview</li>
2404           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2405             all or current selection</li>
2406           <li>disorder and secondary structure predictions
2407             available as dataset annotation</li>
2408           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2409
2410
2411           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2412             alignments from Rfam</li>
2413           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2414
2415           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2416             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2417           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2418           <li>include installation type in build properties and
2419             console log output</li>
2420           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2421             annotation</li>
2422         </ul></td>
2423       <td>
2424         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2425         <ul>
2426           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2427             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2428           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2429             alignment</li>
2430           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2431           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2432           <li>Double click on sequence associated annotation
2433             selects only first column</li>
2434           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2435             leaves shown in tree</li>
2436           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2437             properly</li>
2438           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2439           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2440             screen and buttons not visible</li>
2441           <li>author list isn't updated if already written to
2442             Jalview properties</li>
2443           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2444             from database</li>
2445           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2446           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2447             browser search window</li>
2448           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2449             in feature settings dialog</li>
2450           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2451             desktop</li>
2452           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2453             pass validation</li>
2454           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2455             fit on screen</li>
2456           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2457             tooltip</li>
2458           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2459             defined user preset</li>
2460           <li>MSA web services warns user if they were launched
2461             with invalid input</li>
2462           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2463             Java 8</li>
2464           <li>
2465             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2466             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2467             created
2468           </li>
2469
2470         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2471         <ul>
2472         </ul> <em>General</em>
2473         <ul>
2474         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2475         <ul>
2476           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2477             memory allocation</li>
2478           <li>launchApp service doesn't automatically open
2479             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2480           <li>
2481             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2482             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2483             1.7_055 is available
2484           </li>
2485         </ul> <em>Application Known issues</em>
2486         <ul>
2487           <li>
2488             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2489             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2490             alignment to right
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2494             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2495             with large number of ID
2496           </li>
2497           <li>
2498             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2499             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2500             start/end
2501           </li>
2502           <li>
2503             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2504             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2505             structure tracks are rearranged
2506           </li>
2507           <li>
2508             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2509             invalid rna structure positional highlighting does not
2510             highlight position of invalid base pairs
2511           </li>
2512           <li>
2513             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2514             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2515             project from alignment window file menu
2516           </li>
2517           <li>
2518             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2519             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2520             structures
2521           </li>
2522           <li>
2523             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2524             colour by RNA Helices not enabled when user created
2525             annotation added to alignment
2526           </li>
2527           <li>
2528             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2529             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2530           </li>
2531         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2532         <ul>
2533           <li>
2534             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2535             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2536           </li>
2537           <li>
2538             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2539             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2540           </li>
2541
2542           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2543             when selected</li>
2544         </ul>
2545       </td>
2546     </tr>
2547     <tr>
2548       <td><div align="center">
2549           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2550         </div></td>
2551       <td>
2552         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2553         <em>General</em>
2554         <ul>
2555           <li>Internationalisation of user interface (usually
2556             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2557           <li>Define/Undefine group on current selection with
2558             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2559           <li>Improved group creation/removal options in
2560             alignment/sequence Popup menu</li>
2561           <li>Sensible precision for symbol distribution
2562             percentages shown in logo tooltip.</li>
2563           <li>Annotation panel height set according to amount of
2564             annotation when alignment first opened</li>
2565         </ul> <em>Application</em>
2566         <ul>
2567           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2568             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2569           <li>Select columns containing particular features from
2570             Feature Settings dialog</li>
2571           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2572             sequences</li>
2573           <li>Update Jalview project format:
2574             <ul>
2575               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2576               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2577                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2578               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2579                 colouring</li>
2580             </ul>
2581           </li>
2582           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2583             (PAM250)</li>
2584           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2585             flanking regions for an alignment</li>
2586         </ul>
2587       </td>
2588       <td>
2589         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2590         <ul>
2591           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2592             running after job is cancelled</li>
2593           <li>cannot export features from alignments imported from
2594             Jalview/VAMSAS projects</li>
2595           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2596             float values</li>
2597           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2598             have 'display all symbols' flag set</li>
2599           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2600             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2601           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2602             Jalview</li>
2603           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2604             Lion/Webstart</li>
2605           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2606           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2607           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2608             alignment onto desktop</li>
2609           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2610             'extract scores' function</li>
2611           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2612             alignment window</li>
2613           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2614             performing IUPred disorder prediction</li>
2615           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2616             changing 'normalise logo' display setting</li>
2617           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2618             nothing matches query</li>
2619           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2620             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2621           </li>
2622           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2623             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2624           </li>
2625           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2626             Jalview's menu</li>
2627           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2628             'invalid literal/length code'</li>
2629           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2630             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2631           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2632             colourscheme</li>
2633
2634         </ul> <em>Applet</em>
2635         <ul>
2636           <li>Remove group option is shown even when selection is
2637             not a group</li>
2638           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2639             don't affect groups</li>
2640           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2641             colourscheme name</li>
2642           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2643             Annotation panel is not displayed</li>
2644           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2645             embedded windows</li>
2646         </ul> <em>Other</em>
2647         <ul>
2648           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2649             single sequence were not calculated</li>
2650           <li>annotation files that contain only groups imported as
2651             annotation and junk sequences</li>
2652           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2653             recognised as PFAM or BLC</li>
2654           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2655             doesn't affect background (2.8.0b1)
2656           <li></li>
2657           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2658           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2659             trailing gaps</li>
2660           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2661             registered correctly on import</li>
2662           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2663             certain alignments</li>
2664           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2665             existing annotation based 'use original colours'
2666             colourscheme loses original colours setting</li>
2667         </ul>
2668       </td>
2669     </tr>
2670     <tr>
2671       <td><div align="center">
2672           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2673             <em>30/1/2014</em></strong>
2674         </div></td>
2675       <td>
2676         <ul>
2677           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2678             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2679             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2680             open source project).
2681           </li>
2682           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2683           <li>Output in Stockholm format</li>
2684           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2685           <li>Export/import group and sequence associated line
2686             graph thresholds</li>
2687           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2688             ambiguity codes</li>
2689           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2690             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2691             works</li>
2692           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2693         </ul> <em>Other improvements</em>
2694         <ul>
2695           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2696           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2697             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2698           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2699             files</li>
2700           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2701           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2702             link but no description</li>
2703           <li>Select primary source when selecting authority in
2704             database fetcher GUI</li>
2705           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2706             Jalview</li>
2707           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2708         </ul>
2709       </td>
2710       <td>
2711         <ul>
2712           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2713             displayed</li>
2714           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2715             secondary structure annotation line</li>
2716           <li>Sequence database accessions not imported when
2717             fetching alignments from Rfam</li>
2718           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2719             identical IDs</li>
2720           <li>View all structures does not always superpose
2721             structures</li>
2722           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2723             reflect user or preset settings</li>
2724           <li>Null pointer exceptions for some services without
2725             presets or adjustable parameters</li>
2726           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2727             discover PDB xRefs</li>
2728           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2729             features with DAS</li>
2730           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2731             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2732           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2733             residue follows a gap</li>
2734           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2735             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2736           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2737             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2738           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2739             annotation already exists on alignment</li>
2740           <li>oninit javascript function should be called after
2741             initialisation completes</li>
2742           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2743             alignment window display</li>
2744           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2745           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2746             to annotation file</li>
2747           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2748             groups created</li>
2749           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2750             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2751           <li>Pressing return several times causes Number Format
2752             exceptions in keyboard mode</li>
2753           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2754             correct partitions for input data</li>
2755           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2756           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2757           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2758           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2759             mode</li>
2760           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2761             changes one row&#39;s threshold</li>
2762           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2763             doesn&#39;t open</li>
2764           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2765             quality histograms</li>
2766         </ul>
2767       </td>
2768     </tr>
2769     <tr>
2770       <td><div align="center">
2771           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2772         </div></td>
2773       <td><em>Application</em>
2774         <ul>
2775           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2776             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2777           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2778             preferences</li>
2779           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2780             in Jalview alignment window</li>
2781           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2782             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2783           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2784             RNA and ambiguity codes</li>
2785
2786           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2787           <li>Support fetching and database reference look up
2788             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2789             refs')</li>
2790           <li>Jalview project improvements
2791             <ul>
2792               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2793                 flag for annotation</li>
2794               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2795                 alignment</li>
2796               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2797                 Jalview project</li>
2798
2799             </ul>
2800           </li>
2801           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2802           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2803             running</li>
2804           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2805           <li>visual indication that web service results are still
2806             being retrieved from server</li>
2807           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2808             starts up for first time</li>
2809           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2810             services</li>
2811           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2812             client library</li>
2813           <li>Examples directory and Groovy library included in
2814             InstallAnywhere distribution</li>
2815         </ul> <em>Applet</em>
2816         <ul>
2817           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2818             visualization applet example</li>
2819         </ul> <em>General</em>
2820         <ul>
2821           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2822           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2823             defaults</li>
2824           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2825             calculation</li>
2826           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2827             matrices
2828           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2829             in HTML</li>
2830           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2831             structure contacts</li>
2832           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2833           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2834           <li>Parse sequence associated secondary structure
2835             information in Stockholm files</li>
2836           <li>HTML Export database accessions and annotation
2837             information presented in tooltip for sequences</li>
2838           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2839             style RNA alignment files</li>
2840           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2841             alignment</li>
2842           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2843             shade each sequence according to its associated alignment
2844             annotation</li>
2845           <li>New Jalview Logo</li>
2846         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2847         <ul>
2848           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2849           <li>New Website!</li>
2850         </ul></td>
2851       <td><em>Application</em>
2852         <ul>
2853           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2854             wsdbfetch REST service</li>
2855           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2856           <li>Filetype associations not installed for webstart
2857             launch</li>
2858           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2859             job execution in full once it is complete</li>
2860           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2861             uploaded via ali_file parameter</li>
2862           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2863           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2864           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2865             submitted for prediction</li>
2866           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2867             desktop window</li>
2868           <li>Putting fractional value into integer text box in
2869             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2870           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2871             windows 7</li>
2872           <li>View all structures fails with exception shown in
2873             structure view</li>
2874           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2875             escaped in a platform independent way</li>
2876           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2877             using proxy</li>
2878           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2879             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2880           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2881             failure when java web start temporary file caching is
2882             disabled</li>
2883           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2884             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2885           <li>Errors during processing of command line arguments
2886             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2887           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2888             DAS sources in sequence fetcher</li>
2889           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2890             dialog is shown</li>
2891           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2892           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2893           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2894           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2895             on OSX Mountain Lion</li>
2896           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2897             sequences with alignment annotation are pasted into the
2898             alignment</li>
2899           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2900             when loaded from Jalview project</li>
2901           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2902           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2903             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2904           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2905             associated with all views</li>
2906           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2907             annotation rows to new window</li>
2908         </ul> <em>Applet</em>
2909         <ul>
2910           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2911             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2912           <li>loading features via javascript API automatically
2913             enables feature display</li>
2914           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2915             work</li>
2916         </ul> <em>General</em>
2917         <ul>
2918           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2919           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2920             and then deselected</li>
2921           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2922           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2923             coloured with clustalx</li>
2924           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2925             exceptions and redraw errors</li>
2926           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2927             reconfigured view</li>
2928           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2929             colour</li>
2930           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2931             for lots of labels</li>
2932         </ul>
2933     </tr>
2934     <tr>
2935       <td>
2936         <div align="center">
2937           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2938         </div>
2939       </td>
2940       <td><em>Application</em>
2941         <ul>
2942           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2943           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2944           <li>View/alignment association menu to enable user to
2945             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2946             its colours/correspondences from</li>
2947           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2948           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2949             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2950           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2951           <li>Annotation row column label formatting attributes
2952             stored in project file</li>
2953           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2954             rows preserved in Jalview project file</li>
2955           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2956             saved using Desktop window menu</li>
2957           <li>Visual indication that command line arguments are
2958             still being processed</li>
2959           <li>Groovy script execution from URL</li>
2960           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2961             preferences</li>
2962           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2963             alignment with sequences that have high similarity and
2964             matching IDs</li>
2965           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2966           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2967             structures in same window</li>
2968           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2969           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2970             analysis function in its own submenu</li>
2971         </ul> <em>Applet</em>
2972         <ul>
2973           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2974             groups</li>
2975           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2976           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2977           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2978           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2979           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2980             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2981           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2982           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2983             parameters are treated as such</li>
2984           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2985             <ul>
2986               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2987               <li>Javascript callbacks for
2988                 <ul>
2989                   <li>Applet initialisation</li>
2990                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2991                 </ul>
2992               </li>
2993               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2994                 functions</li>
2995               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2996               <li>javascript structure viewer harness to pass
2997                 messages between Jmol and Jalview when running as
2998                 distinct applets</li>
2999               <li>sortBy method</li>
3000               <li>Set of applet and application examples shipped
3001                 with documentation</li>
3002               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3003                 javascript message exchange</li>
3004             </ul>
3005         </ul> <em>General</em>
3006         <ul>
3007           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3008             multiple alignments</li>
3009           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3010           <li>User configurable link to enable redirects to a
3011             www.Jalview.org mirror</li>
3012           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3013           <li>Configurable newline string when writing alignment
3014             and other flat files</li>
3015           <li>Allow alignment annotation description lines to
3016             contain html tags</li>
3017         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3018         <ul>
3019           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3020             examples</li>
3021           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3022             using a web service before displaying the result in the
3023             Jalview desktop</li>
3024           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3025           <li>Ant target to publish example html files with applet
3026             archive</li>
3027           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3028           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3029         </ul></td>
3030       <td><em>Application</em>
3031         <ul>
3032           <li>User defined colourscheme throws exception when
3033             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3034           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3035             dialog for valid filename/format</li>
3036           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3037           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3038             P37173</li>
3039           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3040             which sequence is to be associated with the file</li>
3041           <li>Find All raises null pointer exception when query
3042             only matches sequence IDs</li>
3043           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3044           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3045             2.4 cannot be loaded</li>
3046           <li>Filetype associations not installed for webstart
3047             launch</li>
3048           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3049             with sequences in different alignments do not get coloured
3050             by their associated sequence</li>
3051           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3052             not preserved when project is loaded</li>
3053           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3054             stored in Jalview project</li>
3055           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3056             Jalview project</li>
3057           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3058           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3059             by conservation</li>
3060           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3061             created on new view</li>
3062           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3063             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3064           <li>Alignment quality not updated after alignment
3065             annotation row is hidden then shown</li>
3066           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3067             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3068           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3069             properly</li>
3070           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3071             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3072           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3073           <li>Structures imported from file and saved in project
3074             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3075           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3076             job execution in full once it is complete</li>
3077         </ul> <em>Applet</em>
3078         <ul>
3079           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3080             annotation rows are displayed</li>
3081           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3082             codebase</li>
3083           <li>View follows highlighting does not work for positions
3084             in sequences</li>
3085           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3086           <li>Export features raises exception when no features
3087             exist</li>
3088           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3089             for javascript api is modified when separator string
3090             provided as parameter</li>
3091           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3092             alignment with no existing selection</li>
3093           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3094             to applet&#39;s codebase</li>
3095           <li>Status bar not updated after finished searching and
3096             search wraps around to first result</li>
3097           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3098             several Jalview applets causes race conditions and memory
3099             leaks</li>
3100           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3101             not sent from Jmol in applet</li>
3102           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3103             applet API fatally hang browser</li>
3104         </ul> <em>General</em>
3105         <ul>
3106           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3107             position with wrapped view and hidden regions</li>
3108           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3109             with/without hidden columns</li>
3110           <li>Sequence length given in alignment properties window
3111             is off by 1</li>
3112           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3113             import PDB like structure files</li>
3114           <li>Positional search results are only highlighted
3115             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3116           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3117           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3118             given sequence position</li>
3119           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3120             output</li>
3121           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3122             from nucleotide chains correctly</li>
3123           <li>Structure colours not updated when tree partition
3124             changed in alignment</li>
3125           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3126             parsed in interleaved stockholm</li>
3127           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3128             state</li>
3129           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3130             properly</li>
3131           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3132             properly associated with their pdb files</li>
3133         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3134         <ul>
3135           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3136             ApplyCopyright tool</li>
3137         </ul></td>
3138     </tr>
3139     <tr>
3140       <td>
3141         <div align="center">
3142           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3143         </div>
3144       </td>
3145       <td><em>Application</em>
3146         <ul>
3147           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3148             contact web services</li>
3149           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3150             service job window</li>
3151           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3152         </ul></td>
3153       <td>
3154         <ul>
3155           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3156             pir file emitted by Jalview</li>
3157           <li>Existing feature settings transferred to new
3158             alignment view created from cut'n'paste</li>
3159           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3160             parsing PDB files</li>
3161           <li>Consensus and conservation annotation rows
3162             occasionally become blank for all new windows</li>
3163           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3164             in wrapped view mode</li>
3165         </ul> <em>Application</em>
3166         <ul>
3167           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3168             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3169           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3170             parameter names</li>
3171           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3172             is down</li>
3173         </ul>
3174       </td>
3175     </tr>
3176     <tr>
3177       <td>
3178         <div align="center">
3179           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3180         </div>
3181       </td>
3182       <td><em>Application</em>
3183         <ul>
3184           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3185             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3186             (JABAWS)
3187           </li>
3188           <li>Web Services preference tab</li>
3189           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3190             preferences</li>
3191           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3192           <li>Superpose structures using associated sequence
3193             alignment</li>
3194           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3195             viewer</li>
3196         </ul> <em>Applet</em>
3197         <ul>
3198           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3199             link out mechanism</li>
3200         </ul> <em>Other</em>
3201         <ul>
3202           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3203             series 12</li>
3204           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3205             require Java 1.5</li>
3206           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3207             sequence annotation files</li>
3208           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3209             type colour specification</li>
3210           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3211             script to check if it being run in an interactive session or
3212             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3213         </ul></td>
3214       <td>
3215         <ul>
3216           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3217             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3218         </ul> <em>Application</em>
3219         <ul>
3220           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3221             selected Regions menu item</li>
3222           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3223             part of a valid accession ID</li>
3224           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3225             runs out of memory</li>
3226           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3227             analysis results</li>
3228           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3229             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3230           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3231         </ul> <em>Applet</em>
3232         <ul>
3233           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3234             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3235             defined.</li>
3236         </ul>
3237       </td>
3238     </tr>
3239     <tr>
3240       <td>
3241         <div align="center">
3242           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3243         </div>
3244       </td>
3245       <td></td>
3246       <td>
3247         <ul>
3248           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3249             sequence IDs</li>
3250           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3251             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3252           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3253             import correctly</li>
3254           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3255             number of columns are hidden</li>
3256           <li>annotation label popup menu not providing correct
3257             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3258             present</li>
3259           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3260             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3261           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3262             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3263
3264         </ul> <em>Applet</em>
3265         <ul>
3266           <li>annotation panel disappears when annotation is
3267             hidden/removed</li>
3268         </ul> <em>Application</em>
3269         <ul>
3270           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3271             alignment opened where annotation panel is visible but no
3272             annotations are present on alignment</li>
3273           <li>pasted region containing hidden columns is
3274             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3275           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3276             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3277           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3278             selected Rregions menu item.</li>
3279           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3280             'Un' or 'Non'conserved</li>
3281           <li>Sequence feature settings are being shared by
3282             multiple distinct alignments</li>
3283           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3284             changed</li>
3285           <li>double click on group annotation to select sequences
3286             does not propagate to associated trees</li>
3287           <li>Mac OSX specific issues:
3288             <ul>
3289               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3290                 window background</li>
3291               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3292                 name set correctly</li>
3293               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3294                 save feature colourscheme button</li>
3295             </ul>
3296           </li>
3297         </ul>
3298       </td>
3299     </tr>
3300     <tr>
3301
3302       <td>
3303         <div align="center">
3304           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3305         </div>
3306       </td>
3307       <td><em>New Capabilities</em>
3308         <ul>
3309           <li>URL links generated from description line for
3310             regular-expression based URL links (applet and application)
3311
3312           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3313             menu</li>
3314           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3315             structures</li>
3316           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3317             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3318           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3319             average score or total feature count for each sequence.</li>
3320           <li>Shading features by score or associated description</li>
3321           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3322             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3323           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3324             hide everything but the currently selected region.</li>
3325           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3326         </ul> <em>Application</em>
3327         <ul>
3328           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3329             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3330           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3331             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3332           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3333             database references and protein_name is parsed as
3334             description line (BioSapiens terms).</li>
3335           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3336             references in sequence ID tooltip from View menu in
3337             application.</li>
3338           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3339       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3340           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3341             conservation plots</li>
3342           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3343             and visualized as sequence logos</li>
3344           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3345             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3346           </li>
3347           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3348             when a new tree is opened.</li>
3349           <li>Jalview Java Console</li>
3350           <li>Better placement of desktop window when moving
3351             between different screens.</li>
3352           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3353             consensus annotation</li>
3354           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3355             Workflows</li>
3356           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3357             <ul>
3358               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3359                 used to preserve views, structures, and tree display
3360                 settings)</li>
3361               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3362                 command line</li>
3363               <li>Sharing of selected regions between views and
3364                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3365               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3366             </ul></li>
3367         </ul> <em>Applet</em>
3368         <ul>
3369           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3370           <li>New Parameters
3371             <ul>
3372               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3373                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3374                 opened.</li>
3375               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3376                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3377               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3378                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3379               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3380                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3381                 view</li>
3382               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3383                 increase the height or width of a cell in the alignment
3384                 grid relative to the current font size.</li>
3385             </ul>
3386           </li>
3387           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3388             tooltip</li>
3389         </ul> <em>Other</em>
3390         <ul>
3391           <li>Features format: graduated colour definitions and
3392             specification of feature scores</li>
3393           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3394             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3395             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3396           <li>XML formats extended to support graduated feature
3397             colourschemes, group associated annotation, and profile
3398             visualization settings.</li></td>
3399       <td>
3400         <ul>
3401           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3402             rather than description</li>
3403           <li>Non-positional features are now included in sequence
3404             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3405             visibility in tooltip).</li>
3406           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3407           <li>Added URL embedding instructions to features file
3408             documentation.</li>
3409           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3410             'X' in peptide product</li>
3411           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3412             sequence ID and sequence string and query strings do not
3413             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3414           <li>AMSA files only contain first column of
3415             multi-character column annotation labels</li>
3416           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3417             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3418             exported and re-imported)</li>
3419           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3420             name</li>
3421           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3422             as subsequence matches, and correctly reports total number
3423             of both.</li>
3424           <li>Application:
3425             <ul>
3426               <li>Better handling of exceptions during sequence
3427                 retrieval</li>
3428               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3429                 link text excludes the start_end suffix</li>
3430               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3431                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3432               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3433               <li>Sequence description lines properly shared via
3434                 VAMSAS</li>
3435               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3436                 data sources</li>
3437               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3438                 completes before alignment figures are generated.</li>
3439               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3440                 first time.</li>
3441               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3442                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3443               <li>User defined group colours properly recovered
3444                 from Jalview projects.</li>
3445             </ul>
3446           </li>
3447         </ul>
3448       </td>
3449
3450     </tr>
3451     <tr>
3452       <td>
3453         <div align="center">
3454           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3455         </div>
3456       </td>
3457       <td>
3458         <ul>
3459           <li>Experimental support for google analytics usage
3460             tracking.</li>
3461           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3462         </ul>
3463       </td>
3464       <td>
3465         <ul>
3466           <li>Race condition in applet preventing startup in
3467             jre1.6.0u12+.</li>
3468           <li>Exception when feature created from selection beyond
3469             length of sequence.</li>
3470           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3471           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3472             all sequences with a given id</li>
3473           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3474             ID string searches</li>
3475           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3476             alignment to fail with exception</li>
3477         </ul> <em>Application Issues</em>
3478         <ul>
3479           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3480           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3481             data sources</li>
3482         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3483         <ul>
3484           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3485             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3486           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3487             version (java class versioning error fixed)</li>
3488         </ul>
3489       </td>
3490     </tr>
3491     <tr>
3492       <td>
3493
3494         <div align="center">
3495           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3496         </div>
3497       </td>
3498       <td><em>User Interface</em>
3499         <ul>
3500           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3501             translation and protein products</li>
3502           <li>Linked highlighting of structure associated with
3503             residue mapping to codon position</li>
3504           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3505             and 'clear' button</li>
3506           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3507             Tools menu</li>
3508           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3509             numeric data in description line</li>
3510           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3511           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3512             of sequence</li>
3513         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3514         <ul>
3515           <li>JPred3 web service</li>
3516           <li>Prototype sequence search client (no public services
3517             available yet)</li>
3518           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3519             PFAM</li>
3520           <li>URL Links created for matching database cross
3521             references as well as sequence ID</li>
3522           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3523         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3524         <ul>
3525           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3526             databases</li>
3527           <li>Generalised database reference retrieval and
3528             validation to all fetchable databases</li>
3529           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3530             sequence command</li>
3531         </ul> <em>Import and Export</em>
3532         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3533         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3534           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3535         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3536           File</li>
3537         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3538           triplet as name of colourscheme</li>
3539         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3540         <ul>
3541           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3542           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3543             alignments (experimental)</li>
3544           <li>Create new or select existing session to join</li>
3545           <li>load and save of vamsas documents</li>
3546         </ul> <em>Application command line</em>
3547         <ul>
3548           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3549             from applet)</li>
3550           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3551             of DAS servers to query for alignment features</li>
3552           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3553             that are also automatically queried for features</li>
3554           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3555             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3556         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3557         <ul>
3558           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3559             application (when using &quot;View in full
3560             application&quot;)</li>
3561         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3562         <ul>
3563           <li>feature group display control parameter</li>
3564           <li>debug parameter</li>
3565           <li>showbutton parameter</li>
3566         </ul> <em>Applet API methods</em>
3567         <ul>
3568           <li>newView public method</li>
3569           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3570           <li>Feature display control methods</li>
3571           <li>get list of currently selected sequences</li>
3572         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3573         <ul>
3574           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3575           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3576             Jalview release.</li>
3577           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3578             property controls execution of obfuscator</li>
3579           <li>Build target for generating source distribution</li>
3580           <li>Debug flag for javacc</li>
3581           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3582             jalview.bin.Cache</li>
3583           <li>Continuous Build Integration for stable and
3584             development version of Application, Applet and source
3585             distribution</li>
3586         </ul></td>
3587       <td>
3588         <ul>
3589           <li>selected region output includes visible annotations
3590             (for certain formats)</li>
3591           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3592             for editing</li>
3593           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3594           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3595           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3596           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3597             comments</li>
3598           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3599             filenames containing a ':'</li>
3600           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3601             global sequence features</li>
3602           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3603             references from alignment sequences goes to zero</li>
3604           <li>Close of tree branch colour box without colour
3605             selection causes cascading exceptions</li>
3606           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3607           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3608             file parsing fails.</li>
3609           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3610           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3611             not a valid output format</li>
3612           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3613             vamsas</li>
3614           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3615           <li>error messages passed up and output when data read
3616             fails</li>
3617           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3618             sequence is edited</li>
3619           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3620             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3621           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3622             filetype</li>
3623           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3624             import fixed for PFAM records</li>
3625           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3626             window list</li>
3627           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3628             can be read and written correctly to annotation file</li>
3629           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3630             correctly</li>
3631           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3632             non-italic font for representatives in Applet</li>
3633           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3634             Macs.</li>
3635           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3636             Applet)</li>
3637           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3638             due to null pointer exceptions</li>
3639           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3640             first column of alignment</li>
3641           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3642             July 2008</li>
3643           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3644             file is case-insensitive</li>
3645           <li>Sequence features read from Features file appended to
3646             all sequences with matching IDs</li>
3647           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3648             containing a sub-sequence</li>
3649           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3650           <li>feature and annotation file applet parameters
3651             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3652           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3653           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3654             splash-screen version check to complete</li>
3655           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3656             when passing them to the launchApp service</li>
3657           <li>display name and local features preserved in results
3658             retrieved from web service</li>
3659           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3660             sequence fetcher initialisation</li>
3661           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3662             dasobert DAS client</li>
3663           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3664             association</li>
3665           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3666             sequences
3667           </li>
3668         </ul>
3669       </td>
3670     </tr>
3671     <tr>
3672       <td>
3673         <div align="center">
3674           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3675         </div>
3676       </td>
3677       <td>
3678         <ul>
3679           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3680           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3681           <li>Slide sequences</li>
3682           <li>Edit sequence in place</li>
3683           <li>EMBL CDS features</li>
3684           <li>DAS Feature mapping</li>
3685           <li>Feature ordering</li>
3686           <li>Alignment Properties</li>
3687           <li>Annotation Scores</li>
3688           <li>Sort by scores</li>
3689           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3690         </ul>
3691       </td>
3692       <td>
3693         <ul>
3694           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3695           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3696           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3697           <li>Feature group display state in XML</li>
3698           <li>Feature ordering in XML</li>
3699           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3700           <li>Stockholm alignment properties</li>
3701           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3702           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3703           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3704           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3705         </ul>
3706       </td>
3707
3708     </tr>
3709     <tr>
3710       <td>
3711         <div align="center">
3712           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3713         </div>
3714       </td>
3715       <td>
3716         <ul>
3717           <li>Non standard characters can be read and displayed
3718           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3719             applet via textbox
3720           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3721             name &amp; description
3722           <li>Preference setting to display sequence name in
3723             italics
3724           <li>Annotation file format extended to allow
3725             Sequence_groups to be defined
3726           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3727             specified in preferences
3728           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3729             sequences
3730         </ul>
3731       </td>
3732       <td>
3733         <ul>
3734           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3735             installed
3736           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3737           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3738         </ul>
3739       </td>
3740     </tr>
3741     <tr>
3742       <td>
3743         <div align="center">
3744           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3745         </div>
3746       </td>
3747       <td>
3748         <ul>
3749           <li>Multiple views on alignment
3750           <li>Sequence feature editing
3751           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3752           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3753           <li>Background dependent text colour
3754           <li>Right align sequence ids
3755           <li>User-defined lower case residue colours
3756           <li>Format Menu
3757           <li>Select Menu
3758           <li>Menu item accelerator keys
3759           <li>Control-V pastes to current alignment
3760           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3761           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3762           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3763
3764           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3765         </ul>
3766       </td>
3767       <td>
3768         <ul>
3769           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3770           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3771             calculations
3772           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3773             edits
3774           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3775             of alignment)
3776           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3777
3778           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3779             display correctly
3780           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3781           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3782             analysis results
3783           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3784             &#8739;
3785           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3786           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3787           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3788
3789         </ul>
3790       </td>
3791     </tr>
3792     <tr>
3793       <td>
3794         <div align="center">
3795           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3796         </div>
3797       </td>
3798       <td>
3799         <ul>
3800           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3801         </ul>
3802       </td>
3803       <td>
3804         <ul>
3805           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3806             sequence id panel has been resized</li>
3807           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3808             rendered</li>
3809           <li>Annotation files with sequence references - all
3810             elements in file are relative to sequence position</li>
3811           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3812         </ul>
3813       </td>
3814     </tr>
3815     <tr>
3816       <td>
3817         <div align="center">
3818           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3819         </div>
3820       </td>
3821       <td>
3822         <ul>
3823           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3824           <li>DAS Feature fetching</li>
3825           <li>Hide sequences and columns</li>
3826           <li>Export Annotations and Features</li>
3827           <li>GFF file reading / writing</li>
3828           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3829             files</li>
3830           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3831           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3832           <li>Applet can launch the full application</li>
3833           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3834             required)</li>
3835           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3836           <li>Applet can load sequences from parameter
3837             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3838           </li>
3839         </ul>
3840       </td>
3841       <td>
3842         <ul>
3843           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3844           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3845           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3846         </ul>
3847       </td>
3848     </tr>
3849     <tr>
3850       <td>
3851         <div align="center">
3852           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3853         </div>
3854       </td>
3855       <td>
3856         <ul>
3857           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3858           <li>Choose to match case when searching</li>
3859           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3860             expand the visible width and height of the alignment</li>
3861         </ul>
3862       </td>
3863       <td>
3864         <ul>
3865           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3866         </ul>
3867       </td>
3868     </tr>
3869     <tr>
3870       <td>
3871         <div align="center">
3872           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3873         </div>
3874       </td>
3875       <td>&nbsp;</td>
3876       <td>
3877         <ul>
3878           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3879           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3880             value</li>
3881         </ul>
3882       </td>
3883     </tr>
3884     <tr>
3885       <td>
3886         <div align="center">
3887           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3888         </div>
3889       </td>
3890       <td>
3891         <ul>
3892           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3893           <li>Keyboard editing</li>
3894           <li>Create sequence features from searches</li>
3895           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3896             alignments</li>
3897           <li>Features file allows grouping of features</li>
3898           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3899           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3900           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3901         </ul>
3902       </td>
3903       <td>
3904         <ul>
3905           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3906           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3907             descriptions saved.</li>
3908         </ul>
3909       </td>
3910     </tr>
3911     <tr>
3912       <td>
3913         <div align="center">
3914           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3915         </div>
3916       </td>
3917       <td>
3918         <ul>
3919           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3920           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3921           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3922             name for file output</li>
3923           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3924           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3925             used for HTML form input</li>
3926         </ul>
3927       </td>
3928       <td>
3929         <ul>
3930           <li>HTML output writes groups and features</li>
3931           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3932           <li>File IO bugs</li>
3933         </ul>
3934       </td>
3935     </tr>
3936     <tr>
3937       <td>
3938         <div align="center">
3939           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3940         </div>
3941       </td>
3942       <td>
3943         <ul>
3944           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3945           <li>More options for PCA viewer</li>
3946         </ul>
3947       </td>
3948       <td>
3949         <ul>
3950           <li>GUI bugs resolved</li>
3951           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3952         </ul>
3953       </td>
3954     </tr>
3955     <tr>
3956       <td height="63">
3957         <div align="center">
3958           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3959         </div>
3960       </td>
3961       <td>
3962         <ul>
3963           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3964           <li>Jar files are executable</li>
3965           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3966         </ul>
3967       </td>
3968       <td>
3969         <ul>
3970           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3971           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3972           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3973         </ul>
3974       </td>
3975     </tr>
3976     <tr>
3977       <td>
3978         <div align="center">
3979           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3980         </div>
3981       </td>
3982       <td>
3983         <ul>
3984           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3985         </ul>
3986       </td>
3987       <td>
3988         <ul>
3989           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3990         </ul>
3991       </td>
3992     </tr>
3993     <tr>
3994       <td>
3995         <div align="center">
3996           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3997         </div>
3998       </td>
3999       <td>
4000         <ul>
4001           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4002             size</li>
4003         </ul>
4004       </td>
4005       <td>
4006         <ul>
4007           <li>Improved JPred client reliability</li>
4008           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4009         </ul>
4010       </td>
4011     </tr>
4012     <tr>
4013       <td>
4014         <div align="center">
4015           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4016         </div>
4017       </td>
4018       <td>
4019         <ul>
4020           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4021           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4022           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4023             to Colour Menu</li>
4024           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4025           <li>Unix users can set default web browser</li>
4026           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4027           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4028         </ul>
4029       </td>
4030       <td>
4031         <ul>
4032           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4033         </ul>
4034       </td>
4035     </tr>
4036     <tr>
4037       <td>
4038         <div align="center">
4039           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4040         </div>
4041       </td>
4042       <td>&nbsp;</td>
4043       <td>
4044         <ul>
4045           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4046             alignment order.</li>
4047         </ul>
4048       </td>
4049     </tr>
4050     <tr>
4051       <td>
4052         <div align="center">
4053           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4054         </div>
4055       </td>
4056       <td>
4057         <ul>
4058           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4059           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4060           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4061             annotations.</li>
4062           <li>Version and build date written to build properties
4063             file.</li>
4064           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4065             at launch of Jalview.</li>
4066         </ul>
4067       </td>
4068       <td>
4069         <ul>
4070           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4071           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4072           <li>Can remove groups one by one.</li>
4073           <li>Filechooser icons installed.</li>
4074           <li>Finder ignores return character when searching.
4075             Return key will initiate a search.<br>
4076           </li>
4077         </ul>
4078       </td>
4079     </tr>
4080     <tr>
4081       <td>
4082         <div align="center">
4083           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4084         </div>
4085       </td>
4086       <td>
4087         <ul>
4088           <li>New codebase</li>
4089         </ul>
4090       </td>
4091       <td>&nbsp;</td>
4092     </tr>
4093   </table>
4094   <p>&nbsp;</p>
4095 </body>
4096 </html>