help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>4/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79         </ul>
  80       </div></td>
  81     <td><div align="left">
  82         <em></em>
  83         <ul>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  86               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  87               SVG, PNG or HTML. <em>Display of these can be
  88                 configured via the Format menu or in batch mode with a
  89                 jalview properties file.</em>
  90             </li>
  91             <li>
  92               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
  93               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
  94               visible.
  95             </li>
  96             <li>
  97               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
  98               when sequences are selected in exported view.</em>
  99             </li>
 100             <li>
 101               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 102               aren't rendered with correct colour.
 103             </li>
 104             <li>
 105               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 106               types of knotted RNA secondary structure
 107             </li>
 108             <li>
 109               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 110               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 111               do not start at 1
 112             </li>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 115               annotation when columns are inserted into an alignment
 116             </li>
 117             <li>
 118               <!-- JAL-3061 -->'.' written into RNA secondary structure
 119               annotation when writing out Stockholm format
 120             </li>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 123               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 124               treated as RNA secondary structure
 125             </li>
 126           </ul>
 127       </div>
 128     </td>
 129     </tr>
 130     <tr>
 131       <td width="60" nowrap>
 132         <div align="center">
 133           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 134             <em>7/06/2018</em></strong>
 135         </div>
 136       </td>
 137       <td><div align="left">
 138           <em></em>
 139           <ul>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 142               annotation retrieved from Uniprot
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 146               onto the Jalview Desktop
 147             </li>
 148           </ul>
 149         </div></td>
 150       <td><div align="left">
 151           <em></em>
 152           <ul>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 155               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 159               right-hand column parsed correctly
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 163               not alignment area in exported graphic
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 167               window has input focus
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 171               annotation added to view (Windows)
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 175               network connectivity is poor
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 179               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 180                 the currently open URL and links from a page viewed in
 181                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 182                 you are using Edge, only links in the page can be
 183                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 184                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 185             </li>
 186           </ul>
 187         </div></td>
 188     </tr>
 189     <tr>
 190       <td width="60" nowrap>
 191         <div align="center">
 192           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 193         </div>
 194       </td>
 195       <td><div align="left">
 196           <em></em>
 197           <ul>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 200               for disabling automatic superposition of multiple
 201               structures and open structures in existing views
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 205               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 206               adjust them.
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 210               Ensembl services
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 214               and lots of hidden columns
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 218               of features (particularly when transparency is disabled)
 219             </li>
 220           </ul>
 221           </div>
 222       </td>
 223       <td><div align="left">
 224           <ul>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 227               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 231               overlapping alignment panel
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 235               sequence as gaps
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 239               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 240               UTR
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 244               factor annotation not added to sequence when local PDB
 245               file associated with it by drag'n'drop or structure
 246               chooser
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 250               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 254               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 258               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 262               columns in annotation row
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 266               honored in batch mode
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 270               for structures added to existing Jmol view
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 274               entries after importing project with multiple views
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 278               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 279               with negative residue numbers or missing residues fails
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 283               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 284               as generated by CONSURF)
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 288               tooltip doesn't include a text description of mutation
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 292               structure and/or overview windows are also shown
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 296               very slow for alignments with large numbers of sequences
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 300               with 'StringIndexOutOfBounds'
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 304               platforms running Java 10
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 308               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 309             </li>
 310           </ul>
 311           <em>Applet</em>
 312           <ul>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 315               should copy the group consensus when popup is opened on it
 316             </li>
 317           </ul>
 318           <em>Batch Mode</em>
 319           <ul>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 322           </li>
 323           </ul>
 324           <em>New Known Defects</em>
 325           <ul>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 328               editing a large alignment and overview is displayed
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 332               repeatedly after a series of edits even when the overview
 333               is no longer reflecting updates
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 337               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 338               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 339               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 340             </li>
 341           </ul>
 342         </div>
 343           </td>
 344     </tr>
 345     <tr>
 346       <td width="60" nowrap>
 347         <div align="center">
 348           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 349         </div>
 350       </td>
 351       <td><div align="left">
 352           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 353               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 354       <td><div align="left">
 355           <em>Desktop</em><ul>
 356           <ul>
 357             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 358             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 359             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 360             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 361             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 362             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 363             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 364           </ul>
 365           </div>
 366       </td>
 367     </tr>
 368     <tr>
 369       <td width="60" nowrap>
 370         <div align="center">
 371           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 372         </div>
 373       </td>
 374       <td><div align="left">
 375           <em></em>
 376           <ul>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 379               rendering of sequence features
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 383               429 rate limit request hander
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 387               their colours have changed
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 391               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 395               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 399               view from Ensembl locus cross-references
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 403               Alignment report
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 407               feature can be disabled
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 411               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 415               Uniprot
 416             </li>
 417           </ul>
 418           <em>Scripting</em>
 419           <ul>
 420             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 421             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 422               percent identity scores for current alignment.</li>
 423           </ul>
 424           <em>Testing and Deployment</em>
 425           <ul>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 428             </li>
 429           </ul>
 430         </div></td>
 431       <td><div align="left">
 432           <em>General</em>
 433           <ul>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 436               threshold text field doesn't trigger an update to the
 437               alignment view
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 441               strings in parallel
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 445               alignment window is closed
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 449               group visibility
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 453               takes a long time in Cursor mode
 454             </li>
 455           </ul>
 456           <em>Desktop</em>
 457           <ul>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 460               cannot be viewed in Chimera
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 464               CDS/Protein view
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 468               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 469               Search Dialogs
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 479               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 483               scrolling right in unwapped alignment view
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 487               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 488               database
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 492               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 496               features of same type and group to be selected for
 497               amending
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 501               alignments when hidden columns are present
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 505               displaying several structures
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 509               moving a window
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 513               within the Jalview desktop on OSX
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 517               when in wrapped alignment mode
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 521               hand end of alignment
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 525               each selected sequence do not have correct start/end
 526               positions
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 530               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 534               restoring project until a new view is created
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 538               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 539               configured (since 2.10.2b2)
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 543               position is adjusted
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 547               in a multi-chain structure when viewing alignment
 548               involving more than one chain (since 2.10)
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 552               if new selection moves alignment window
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 556               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 560               that produces correctly annotated transcripts and products
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 564               doesn't update associated structure view
 565             </li>
 566           </ul>
 567           <em>Applet</em><br />
 568           <ul>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 571               closing alignment panel
 572             </li>
 573           </ul>
 574           <em>BioJSON</em><br />
 575           <ul>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 578               non-positional features
 579             </li>
 580           </ul>
 581           <em>New Known Issues</em>
 582           <ul>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 585               sequence features correctly (for many previous versions of
 586               Jalview)
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 590               using cursor in wrapped panel other than top
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 594               graduated colour threshold
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 598               always preserve numbering and sequence features
 599             </li>
 600           </ul>
 601           <em>Known Java 9 Issues</em>
 602           <ul>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 605               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 606               9.01, OSX 10.10)
 607             </li>
 608           </ul>
 609         </div></td>
 610     </tr>
 611     <tr>
 612       <td width="60" nowrap>
 613         <div align="center">
 614           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 615             <em>2/10/2017</em></strong>
 616         </div>
 617       </td>
 618       <td><div align="left">
 619           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 620           <ul>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 623             </li>
 624             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 625             </li>
 626           </ul>
 627         </div></td>
 628       <td><div align="left">
 629         </div></td>
 630     </tr>
 631     <tr>
 632       <td width="60" nowrap>
 633         <div align="center">
 634           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 635             <em>7/9/2017</em></strong>
 636         </div>
 637       </td>
 638       <td><div align="left">
 639           <em></em>
 640           <ul>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 643               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 644               white)
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 648               Preferences
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 652               in size and progress bar shown as higher resolution
 653               overview is recalculated
 654             </li>
 655
 656           </ul>
 657         </div></td>
 658       <td><div align="left">
 659           <em></em>
 660           <ul>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 663               column region row by row
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 667               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 671               format setting is unticked
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 675               if group has show boxes format setting unticked
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 679               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 680               include sequences and columns not currently displayed
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 684               assemblies are imported via CIF file
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 688               displayed when threshold or conservation colouring is also
 689               enabled.
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 693               server version
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 697               dragging a selected region off the visible region of the
 698               alignment
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 702               colourscheme to all groups in a view
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 706               initially after font size change using the Font chooser or
 707               middle-mouse zoom
 708             </li>
 709           </ul>
 710         </div></td>
 711     </tr>
 712     <tr>
 713       <td width="60" nowrap>
 714         <div align="center">
 715           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 716         </div>
 717       </td>
 718       <td><div align="left">
 719           <em>Calculations</em>
 720           <ul>
 721
 722             <li>
 723               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 724               ungapped positions in each column of the alignment.
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 728               a calculation dialog box
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 732               and memory efficiency (~30x faster)
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 736               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 737               and other calculations
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 741               files within the Jalview codebase
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 745               Similarity may have different topology due to increased
 746               precision
 747             </li>
 748           </ul>
 749           <em>Rendering</em>
 750           <ul>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 753               model for alignments and groups
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 757               scripts
 758             </li>
 759           </ul>
 760           <em>Overview</em>
 761           <ul>
 762             <li>
 763               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 764               with alignment and overview windows
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 768               overview
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 772               omitted in Overview
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 776               adjustment of visible position
 777             </li>
 778           </ul>
 779
 780           <em>Data import/export</em>
 781           <ul>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 784               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 788               annotation input/output via stockholm flatfile
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 792               extension when importing structure files without embedded
 793               names or PDB accessions
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 797               format sequence substitution matrices
 798             </li>
 799           </ul>
 800           <em>User Interface</em>
 801           <ul>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 804               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 805               the application.
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 809               via Overview or sequence motif search operations
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 813               opened by double clicking gaps within sequence feature
 814               extent
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 818               aligned positions were available to create a 3D structure
 819               superposition.
 820             </li>
 821           </ul>
 822           <em>3D Structure</em>
 823           <ul>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 826               coloured in linked structure views
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 830               file-based command exchange
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 834               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 835               structures are already available for sequences
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 839               the Jalview project rather than downloaded again when the
 840               project is reopened.
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 844               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 845               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 846                 Feature</strong>)
 847             </li>
 848           </ul>
 849           <em>Web Services</em>
 850           <ul>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 856               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 857               Analysis services
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 861               cross-references provided by identifiers.org and the
 862               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 863             </li>
 864           </ul>
 865
 866           <em>Scripting</em>
 867           <ul>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 870               identifying file formats (instead of String constants)
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 874               efficiency when counting all displayed features (not
 875               backwards compatible with 2.10.1)
 876             </li>
 877           </ul>
 878           <em>Example files</em>
 879           <ul>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 882               included in the example feature file
 883             </li>
 884           </ul>
 885           <em>Documentation</em>
 886           <ul>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 889               with the built-in Java help viewer
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 893               sequence description' option
 894             </li>
 895           </ul>
 896           <em>Test Suite</em>
 897           <ul>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 900               Uniprot REST Free Text Search Client
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 907               during tests
 908             </li>
 909           </ul>
 910         </div></td>
 911       <td><div align="left">
 912           <em>Calculations</em>
 913           <ul>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 916               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 917               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 918             </li>
 919             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 920               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 921               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 922               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 923               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 924               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 925               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 926               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 927               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 928               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 929               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 930               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 931               // for 2.10.1 mode <br />
 932               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 933               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 934                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 935                 calculations (not recommended)</em></li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 938               scaling of branch lengths for trees computed using
 939               Sequence Feature Similarity.
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 943               generating output report when working with highly
 944               redundant alignments
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 948               right of selected region when gaps present on right-hand
 949               boundary
 950             </li>
 951           </ul>
 952           <em>User Interface</em>
 953           <ul>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 956               doesn't reselect a specific sequence's associated
 957               annotation after it was used for colouring a view
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 961               opened on a region of alignment without groups
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 965               of an alignment with overlapping groups
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 969               name and description match
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 973               hidden regions results in incorrect hidden regions
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 977               changing colour does not apply Conservation slider value
 978               to all groups
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 982               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 986               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 990               gaps before start of features
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 994               restored to UI when feature colour is edited
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 998               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1002               as graduate feature colour settings are modified via the
1003               dialog box
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1007               when a group defined on the alignment is resized
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1011               wrapped view result in positional status updates
1012             </li>
1013
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1016               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1020               alignment included gapped columns
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1024               widgets don't permanently disappear
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1028               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1029               T-Coffee column reliability scores)
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1033               sequence feature on gaps only
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1037               button from a Find inherit previously defined feature type
1038               rather than the Find query string
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1042               exporting tree calculated in Jalview
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1046               and then revealing them reorders sequences on the
1047               alignment
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1051               doesn't update to reflect available set of groups after
1052               interactively adding or modifying features
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1056               Linux
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1060               only excluded gaps in current sequence and ignored
1061               selection.
1062             </li>
1063           </ul>
1064           <em>Rendering</em>
1065           <ul>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1068               erratically when hidden rows or columns are present
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1072               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1073               sequence colouring
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1077               colour and group colour menu for protein alignments
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1081               reflect currently selected view or group's shading
1082               thresholds
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1086               when rendered on overview and structures when opacity at
1087               100%
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1091               overview when features overlaid on alignment
1092             </li>
1093           </ul>
1094           <em>Data import/export</em>
1095           <ul>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1098               load
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1102               added after a sequence was imported are not written to
1103               Stockholm File
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1107               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1111               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1115               with lightGray or darkGray via features file (but can
1116               specify lightgray)
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1120               when alignment view imported from project
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1124               structure and sequences extracted from structure files
1125               imported via URL and viewed in Jmol
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1129               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1130               the project is loaded and the structure viewed
1131             </li>
1132           </ul>
1133           <em>Web Services</em>
1134           <ul>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1137               release of Ensembl v.88
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1141               appear enabled in Preferences->Connections
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1145               removed from console output
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1149               Ensembl by Peptide ID
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1153               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1154               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1155               due to 'null' string rather than empty string used for
1156               residues with no corresponding PDB mapping).
1157             </li>
1158           </ul>
1159           <em>Application UI</em>
1160           <ul>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1163               menu
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1167               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1168               new documentation and tooltips added)
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1172               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1176               new features are added to alignment
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1180               changes to feature colours via the Amend features dialog
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1184               edit graduated feature colour via amend features dialog
1185               box
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1189               selection menu changes colours of alignment views
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1193               from alignment calculation workers after alignment has
1194               been closed
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1198               groups now 'Create Group'
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1202               Create/Undefine group doesn't always work
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1206               shown again after pressing 'Cancel'
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1210               adjusts start position in wrap mode
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1214               ambiguous amino acids
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1218               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1219               proteins
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1223               Defined' don't appear in Colours menu
1224             </li>
1225           </ul>
1226           <em>Applet</em>
1227           <ul>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1230               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1234               overview or linked structure view
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1238               work (since 2.8)
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1242               user-defined colourscheme doesn't restore original
1243               colourscheme
1244             </li>
1245           </ul>
1246           <em>Test Suite</em>
1247           <ul>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1250               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1254               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1255               problems with deep array comparison equality asserts in
1256               successive versions of TestNG
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1260               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1261             </li>
1262           </ul>
1263           <em>New Known Issues</em>
1264           <ul>
1265             <li>
1266               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1267               phase after a sequence motif find operation
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1271               containing just upper and lower case letters are
1272               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1276               reliably from eggnog Ortholog database
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1280               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1281               to mark columns containing highlighted regions.
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1285               doesn't always add secondary structure annotation.
1286             </li>
1287           </ul>
1288         </div>
1289     <tr>
1290       <td width="60" nowrap>
1291         <div align="center">
1292           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1293         </div>
1294       </td>
1295       <td><div align="left">
1296           <em>General</em>
1297           <ul>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1300               for all consensus calculations
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1304               3rd Oct 2016)
1305             </li>
1306             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1307               for 2016-2017</li>
1308           </ul>
1309           <em>Application</em>
1310           <ul>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1313               set of database cross-references, sorted alphabetically
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1317               from database cross references. Users with custom links
1318               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1319                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1323               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1324               Chimera session
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1328               the Chimera it is connected to is shut down
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1332               columns menu item to mark columns containing highlighted
1333               regions (e.g. from structure selections or results of a
1334               Find operation)
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1338               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1339               MSAviewer
1340             </li>
1341           </ul>
1342         </div></td>
1343       <td>
1344         <div align="left">
1345           <em>General</em>
1346           <ul>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1349               are not coloured or thresholded according to percent
1350               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1354               hydrophobic
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1358               threshold, amino acid properties)
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1362               reported as mapped to residues in a structure file in the
1363               View Mapping report
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1367               could be added multiple times to a sequence
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1371               bond features shown as two highlighted residues rather
1372               than a range in linked structure views, and treated
1373               correctly when selecting and computing trees from features
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1377               cross-references are matched to database name regardless
1378               of case
1379             </li>
1380
1381           </ul>
1382           <em>Application</em>
1383           <ul>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1386               names without regular expressions also offer links from
1387               Sequence ID
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1391               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1392               update Jalview configuration
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1396               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1400               files with similarly named sequences if dropped onto the
1401               alignment
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1405               entries where more chains exist in the PDB accession than
1406               are reported in the SIFTS file
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1410               the structure view when displayed with Chimera
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1414               panel's View->Show Chains submenu
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1418               work for wrapped alignment views
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1422               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1426               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1427               first annotation row
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1431               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1435               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1436             </li>
1437             <!-- JAL-2319 -->
1438             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1439             coordindate data
1440             </li>
1441           </ul>
1442           <!--           <em>New Known Issues</em>
1443           <ul>
1444             <li></li>
1445           </ul> -->
1446         </div>
1447       </td>
1448     </tr>
1449     <td width="60" nowrap>
1450       <div align="center">
1451         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1452           <em>25/10/2016</em></strong>
1453       </div>
1454     </td>
1455     <td><em>Application</em>
1456       <ul>
1457         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1458           view if structures already loaded</li>
1459         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1460           structure views</li>
1461       </ul></td>
1462     <td>
1463       <div align="left">
1464         <em>General</em>
1465         <ul>
1466           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1467             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1468           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1469             example sequences/projects/trees</li>
1470         </ul>
1471         <em>Application</em>
1472         <ul>
1473           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1474             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1475           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1476             without timeout for structures with multiple models or
1477             multiple sequences in alignment</li>
1478           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1479             PDB ID HEADER line</li>
1480           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1481             is performed</li>
1482           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1483             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1484           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1485           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1486             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1487             option</li>
1488           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1489             is created on the alignment</li>
1490           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1491             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1492             pop-up menu</li>
1493         </ul>
1494         <em>Build and deployment</em>
1495         <ul>
1496           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1497             tags</li>
1498         </ul>
1499         <em>New Known Issues</em>
1500         <ul>
1501           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1502             on Windows</li>
1503         </ul>
1504       </div>
1505     </td>
1506     </tr>
1507     <tr>
1508       <td width="60" nowrap>
1509         <div align="center">
1510           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1511         </div>
1512       </td>
1513       <td><em>General</em>
1514         <ul>
1515           <li>
1516             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1517           </li>
1518           <li>
1519             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1520             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1521             better PDB parsing.
1522           </li>
1523           <li>
1524             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1525             reference sequence
1526           </li>
1527           <li>
1528             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1529             mousing over sequence associated annotation
1530           </li>
1531           <li>
1532             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1533             for manual entry
1534           </li>
1535           <li>
1536             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1537             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1538             for each column
1539           </li>
1540           <li>
1541             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1542             showing or hiding columns containing a feature
1543           </li>
1544           <li>
1545             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1546             group and sequence associated annotation labels
1547           </li>
1548           <li>
1549             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1550             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1551             dialogs
1552           </li>
1553
1554         </ul> <em>Application</em>
1555         <ul>
1556           <li>
1557             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1558             gene/transcript view
1559           </li>
1560           <li>
1561             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1562             dialog
1563           </li>
1564           <li>
1565             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1566             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1567           </li>
1568           <li>
1569             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1570             Pfam sources to xfam.org
1571           </li>
1572           <li>
1573             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1574           </li>
1575           <li>
1576             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1577             over sequences in Jalview
1578           </li>
1579           <li>
1580             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1581             regions in ENA and EMBL
1582           </li>
1583           <li>
1584             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1585             for record retrieval via ENA rest API
1586           </li>
1587           <li>
1588             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1589             complement operator
1590           </li>
1591           <li>
1592             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1593             groovy script execution
1594           </li>
1595           <li>
1596             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1597             alignment window's Calculate menu
1598           </li>
1599           <li>
1600             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1601             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1602           </li>
1603           <li>
1604             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1605             calculation workers from groovy scripts
1606           </li>
1607           <li>
1608             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1609             Jalview projects
1610           </li>
1611           <li>
1612             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1613             associations are now saved/restored from project
1614           </li>
1615           <li>
1616             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1617             before sequence fetcher is opened
1618           </li>
1619           <li>
1620             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1621             database chooser opens a sequence fetcher
1622           </li>
1623           <li>
1624             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1625             the UniProt REST API
1626           </li>
1627           <li>
1628             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1629             the news reader opening
1630           </li>
1631           <li>
1632             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1633             querying stored in preferences
1634           </li>
1635           <li>
1636             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1637             search results
1638           </li>
1639           <li>
1640             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1641           </li>
1642           <li>
1643             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1644             menu for nucleotide sequences
1645           </li>
1646           <li>
1647             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1648             and feature counts preserves alignment ordering (and
1649             debugged for complex feature sets).
1650           </li>
1651           <li>
1652             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1653             viewing structures with Jalview 2.10
1654           </li>
1655           <li>
1656             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1657             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1658             Ensembl Genomes REST API
1659           </li>
1660           <li>
1661             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1662             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1663             (Ensembl)
1664           </li>
1665           <li>
1666             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1667             sequences
1668           </li>
1669           <li>
1670             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1671             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1672             data from external database records.
1673           </li>
1674           <li>
1675             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1676             efficient recovery of sequence coding and alignment
1677             annotation relationships.
1678           </li>
1679         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1680         <ul>
1681           <li>
1682             -- JAL---
1683           </li>
1684         </ul> --></td>
1685       <td>
1686         <div align="left">
1687           <em>General</em>
1688           <ul>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1691               menu on OSX
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1695               includes graduated colourschemes
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1699               working with big alignments and lots of hidden columns
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1703               at right of alignment window
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1707               contents
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1711               for DNA alignments
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1715               based tree calculation
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1719               unconserved enabled for group on alignment
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1723               set as reference
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1727               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1728               annotation
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1732               hidden columns present
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1736               user created annotation added to alignment
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1740               '()' base pair annotation
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1744               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1745               Consensus
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1749               feature not working
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1753               beginning of sequence
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1757               entry 3a6s
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1761               from a tree when t-coffee scores are shown
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1765               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1769               some structures
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1773               to Clustal, PIR and PileUp output
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1777               not visible causes alignment window to repaint
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1781               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1782               scores associated with features and annotation rows
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1786               calculation should be case independent
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1790               columns
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1794               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1795               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1799               problems when reference sequence defined and 'show
1800               non-conserved' enabled
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1804               load even when Consensus calculation is disabled
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1808               alignment does nothing
1809             </li>
1810           </ul>
1811           <em>Application</em>
1812           <ul>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1815               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1816               yet fixed for El Capitan)
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1820               output when running on non-gb/us i18n platforms
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1824               hidden sequences as flat-file alignment
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1828               launching Chimera
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1832               (also hotfix for 2.9.0b2)
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1836               reference sequence defined
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1840               alignments and views when revealing hidden columns
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1844               view in a cDNA/Protein splitframe
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1848               sequence from project when only one sequence is
1849               represented
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1853               in Structure Chooser
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1857               structure consensus didn't refresh annotation panel
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1861               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1865               dialogs format columns correctly, don't display array
1866               data, sort columns according to type
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1870               file chooser is cancelled during an image export
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1874               sequence name containing special characters
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1878               case insensitive
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1882               formatting don't wrap
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1886               truncated so L looks like I in consensus annotation
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1890               currently displayed features for the current selection or
1891               view
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1895               after fetching cross-references, and restoring from
1896               project
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1900               followed in the structure viewer
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1904               splitframe not restored from project
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1908               trailing end of protein alignment in transcript/product
1909               splitview when pad-gaps not enabled by default
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1913               is case dependent
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1917               article has been read (reopened issue due to
1918               internationalisation problems)
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1922               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1923               cross-references
1924             </li>
1925
1926             <li>
1927               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1928               alignment as HTML
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1932               multiple structures are shown for one or more sequences.
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1936               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1937               is enabled.
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1941               specific PDB id for sequence
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1945               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1946               columns' is disabled.
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1950               selects lowest rather than highest resolution structures
1951               for each sequence
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1955               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1959               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1963               after clicking on it to create new annotation for a
1964               column.
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1968               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1969             </li>
1970             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1971             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1972           </ul>
1973           <em>Applet</em>
1974           <ul>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1977               hidden columns present before start of sequence
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1981               (JSON jars)
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1985               sequences are hidden in applet
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1989               deployment on examples pages.
1990             </li>
1991           </ul>
1992         </div>
1993       </td>
1994     </tr>
1995     <tr>
1996       <td width="60" nowrap>
1997         <div align="center">
1998           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1999             <em>16/10/2015</em></strong>
2000         </div>
2001       </td>
2002       <td><em>General</em>
2003         <ul>
2004           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2005             jars</li>
2006         </ul></td>
2007       <td>
2008         <div align="left">
2009           <em>Application</em>
2010           <ul>
2011             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2012               shown when tree is partitioned</li>
2013             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2014               multiple cDNA/Protein split views</li>
2015           </ul>
2016         </div>
2017       </td>
2018     </tr>
2019     <tr>
2020       <td width="60" nowrap>
2021         <div align="center">
2022           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2023             <em>8/10/2015</em></strong>
2024         </div>
2025       </td>
2026       <td><em>General</em>
2027         <ul>
2028           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2029             2.9</li>
2030         </ul> <em>Application</em>
2031         <ul>
2032           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2033           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2034           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2035         </ul> <em>Applet</em>
2036         <ul>
2037           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2038         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2039         <ul>
2040           <li>
2041             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2042             suite
2043           </li>
2044         </ul></td>
2045       <td>
2046         <div align="left">
2047           <em>General</em>
2048           <ul>
2049             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2050               incorrect when sequence start > 1</li>
2051             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2052               documentation</li>
2053             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2054             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2055               loading a features file containing HTML tags in feature
2056               description</li>
2057
2058           </ul>
2059           <em>Application</em>
2060           <ul>
2061             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2062               reimport</li>
2063             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2064               with 'trim retrieved sequences'</li>
2065             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2066               deleting selected columns</li>
2067             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2068               JNLP templates for webstart launch</li>
2069             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2070               unreleased structures for download or viewing</li>
2071             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2072               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2073             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2074               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2075             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2076               recovered from jalview project</li>
2077             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2078               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2079               alignment view</li>
2080             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2081               color schemes from BioJSON</li>
2082           </ul>
2083           <em>Applet</em>
2084           <ul>
2085             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2086               frame</li>
2087             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2088           </ul>
2089         </div>
2090       </td>
2091     </tr>
2092     <tr>
2093       <td><div align="center">
2094           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2095         </div></td>
2096       <td><em>General</em>
2097         <ul>
2098           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2099             alignments:
2100             <ul>
2101               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2102                 and DNA alignment views</li>
2103               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2104                 cDNA alignment views</li>
2105               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2106                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2107               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2108                 protein sequences</li>
2109             </ul>
2110           </li>
2111           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2112           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2113             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2114           <li>New alignment annotation file statements for
2115             reference sequences and marking hidden columns</li>
2116           <li>Reference sequence based alignment shading to
2117             highlight variation</li>
2118           <li>Select or hide columns according to alignment
2119             annotation</li>
2120           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2121           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2122             acid conservation row</li>
2123           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2124         </ul> <em>Application</em>
2125         <ul>
2126           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2127             <ul>
2128               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2129                 view with cDNA/Protein</li>
2130               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2131                 sequences are placed in the same alignment</li>
2132               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2133                 projects</li>
2134             </ul>
2135           </li>
2136
2137           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2138           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2139             Jalview windows</li>
2140
2141           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2142           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2143           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2144             be shown in VARNA</li>
2145
2146           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2147             as the active selected region</li>
2148
2149           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2150             similarity</li>
2151           <li>New Export options
2152             <ul>
2153               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2154                 region export in flat file generation</li>
2155
2156               <li>Export alignment views for display with the <a
2157                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2158
2159               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2160               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2161                 alignment figures to HTML</li>
2162           </li>
2163           <li>3D structure retrieval and display
2164             <ul>
2165               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2166                 Search API</li>
2167               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2168                 PDB structures for a sequence set</li>
2169             </ul>
2170           </li>
2171
2172           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2173             predictions</li>
2174           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2175             for one or a group of sequences</li>
2176           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2177             from the JPred4 web server</li>
2178           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2179             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2180             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2181           </li>
2182           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2183             VARNA 2D Structure'</li>
2184           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2185             Structure ..."</li>
2186
2187         </ul> <em>Applet</em>
2188         <ul>
2189           <li>New layout for applet example pages</li>
2190           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2191             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2192           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2193             Protein alignments</li>
2194         </ul> <em>Development and deployment</em>
2195         <ul>
2196           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2197           <li>Include installation type and git revision in build
2198             properties and console log output</li>
2199           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2200             storing BioJsMSA Templates</li>
2201           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2202         </ul></td>
2203       <td>
2204         <!-- <em>General</em>
2205         <ul>
2206         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2207         <ul>
2208           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2209           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2210           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2211             predictions are not highlighted in amber</li>
2212           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2213             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2214           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2215             associated structure views</li>
2216           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2217             width checkbox not enabled</li>
2218           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2219             creating user defined colours</li>
2220           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2221             mappings for just that viewer's sequences</li>
2222           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2223             multiple models in Chimera</li>
2224           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2225             over Jmol structure</li>
2226           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2227             output to text box</li>
2228           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2229             have incorrect sequence start/end</li>
2230           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2231             Jalview fails</li>
2232           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2233             work for nucleotide</li>
2234           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2235             to a grey/invisible alignment window</li>
2236           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2237             imports to different position</li>
2238           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2239             on some platforms</li>
2240           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2241             populated</li>
2242           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2243             console if Chimera has been opened</li>
2244           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2245           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2246             retrieved</li>
2247           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2248           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2249             either sequence shows on first structure</li>
2250           <li>'Show annotations' options should not make
2251             non-positional annotations visible</li>
2252           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2253             in right place after 'view flanking regions'</li>
2254           <li>File Save As type unset when current file format is
2255             unknown</li>
2256           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2257             projects</li>
2258           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2259             responsive</li>
2260           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2261             several views on same alignment</li>
2262           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2263           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2264             spaces</li>
2265         </ul> <em>Applet</em>
2266         <ul>
2267           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2268           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2269             descriptions containing angle brackets</li>
2270         </ul> <em>General</em>
2271         <ul>
2272           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2273             via jalview annotation file</li>
2274           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2275             with RNA secondary structure</li>
2276           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2277             translation doesn't work.</li>
2278           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2279           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2280             positions</li>
2281           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2282             choosing 1pt font</li>
2283           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2284             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2285             'h'</li>
2286           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2287             new feature</li>
2288           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2289             order dependent</li>
2290           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2291             sequences</li>
2292           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2293         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2294         <ul>
2295           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2296             www.jalview.org</li>
2297         </ul> <em>Application Known issues</em>
2298         <ul>
2299           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2300           <li>Misleading message appears after trying to delete
2301             solid column.</li>
2302           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2303             version launches</li>
2304           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2305             fails with a sequence mismatch</li>
2306           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2307             scrolling alignment to right</li>
2308           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2309             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2310           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2311             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2312           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2313             ultra-high resolution</li>
2314           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2315             quality and conservation</li>
2316           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2317             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2318         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2319         <ul>
2320           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2321           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2322             window is being resized</li>
2323
2324         </ul>
2325       </td>
2326     </tr>
2327     <tr>
2328       <td><div align="center">
2329           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2330         </div></td>
2331       <td><em>General</em>
2332         <ul>
2333           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2334             Certum.PL.</li>
2335           <li>Features and annotation preserved when performing
2336             pairwise alignment</li>
2337           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2338             imported/exported/displayed</li>
2339           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2340             protein secondary structure</li>
2341           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2342               post-hoc with 2.9 release</em>)
2343           </li>
2344
2345         </ul> <em>Application</em>
2346         <ul>
2347           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2348             with 3D structures</li>
2349           <li>Support for parsing RNAML</li>
2350           <li>Annotations menu for layout
2351             <ul>
2352               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2353               <li>place sequence annotation above/below alignment
2354                 annotation</li>
2355             </ul>
2356           <li>Output in Stockholm format</li>
2357           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2358             translation</li>
2359           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2360           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2361             shared between alignments</li>
2362           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2363             Jalview</li>
2364           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2365             all or current selection</li>
2366           <li>disorder and secondary structure predictions
2367             available as dataset annotation</li>
2368           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2369
2370
2371           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2372             alignments from Rfam</li>
2373           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2374
2375           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2376             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2377           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2378           <li>include installation type in build properties and
2379             console log output</li>
2380           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2381             annotation</li>
2382         </ul></td>
2383       <td>
2384         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2385         <ul>
2386           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2387             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2388           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2389             alignment</li>
2390           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2391           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2392           <li>Double click on sequence associated annotation
2393             selects only first column</li>
2394           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2395             leaves shown in tree</li>
2396           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2397             properly</li>
2398           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2399           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2400             screen and buttons not visible</li>
2401           <li>author list isn't updated if already written to
2402             Jalview properties</li>
2403           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2404             from database</li>
2405           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2406           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2407             browser search window</li>
2408           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2409             in feature settings dialog</li>
2410           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2411             desktop</li>
2412           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2413             pass validation</li>
2414           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2415             fit on screen</li>
2416           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2417             tooltip</li>
2418           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2419             defined user preset</li>
2420           <li>MSA web services warns user if they were launched
2421             with invalid input</li>
2422           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2423             Java 8</li>
2424           <li>
2425             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2426             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2427             created
2428           </li>
2429
2430         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2431         <ul>
2432         </ul> <em>General</em>
2433         <ul>
2434         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2435         <ul>
2436           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2437             memory allocation</li>
2438           <li>launchApp service doesn't automatically open
2439             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2440           <li>
2441             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2442             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2443             1.7_055 is available
2444           </li>
2445         </ul> <em>Application Known issues</em>
2446         <ul>
2447           <li>
2448             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2449             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2450             alignment to right
2451           </li>
2452           <li>
2453             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2454             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2455             with large number of ID
2456           </li>
2457           <li>
2458             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2459             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2460             start/end
2461           </li>
2462           <li>
2463             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2464             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2465             structure tracks are rearranged
2466           </li>
2467           <li>
2468             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2469             invalid rna structure positional highlighting does not
2470             highlight position of invalid base pairs
2471           </li>
2472           <li>
2473             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2474             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2475             project from alignment window file menu
2476           </li>
2477           <li>
2478             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2479             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2480             structures
2481           </li>
2482           <li>
2483             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2484             colour by RNA Helices not enabled when user created
2485             annotation added to alignment
2486           </li>
2487           <li>
2488             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2489             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2490           </li>
2491         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2492         <ul>
2493           <li>
2494             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2495             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2496           </li>
2497           <li>
2498             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2499             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2500           </li>
2501
2502           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2503             when selected</li>
2504         </ul>
2505       </td>
2506     </tr>
2507     <tr>
2508       <td><div align="center">
2509           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2510         </div></td>
2511       <td>
2512         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2513         <em>General</em>
2514         <ul>
2515           <li>Internationalisation of user interface (usually
2516             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2517           <li>Define/Undefine group on current selection with
2518             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2519           <li>Improved group creation/removal options in
2520             alignment/sequence Popup menu</li>
2521           <li>Sensible precision for symbol distribution
2522             percentages shown in logo tooltip.</li>
2523           <li>Annotation panel height set according to amount of
2524             annotation when alignment first opened</li>
2525         </ul> <em>Application</em>
2526         <ul>
2527           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2528             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2529           <li>Select columns containing particular features from
2530             Feature Settings dialog</li>
2531           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2532             sequences</li>
2533           <li>Update Jalview project format:
2534             <ul>
2535               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2536               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2537                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2538               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2539                 colouring</li>
2540             </ul>
2541           </li>
2542           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2543             (PAM250)</li>
2544           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2545             flanking regions for an alignment</li>
2546         </ul>
2547       </td>
2548       <td>
2549         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2550         <ul>
2551           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2552             running after job is cancelled</li>
2553           <li>cannot export features from alignments imported from
2554             Jalview/VAMSAS projects</li>
2555           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2556             float values</li>
2557           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2558             have 'display all symbols' flag set</li>
2559           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2560             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2561           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2562             Jalview</li>
2563           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2564             Lion/Webstart</li>
2565           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2566           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2567           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2568             alignment onto desktop</li>
2569           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2570             'extract scores' function</li>
2571           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2572             alignment window</li>
2573           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2574             performing IUPred disorder prediction</li>
2575           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2576             changing 'normalise logo' display setting</li>
2577           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2578             nothing matches query</li>
2579           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2580             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2581           </li>
2582           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2583             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2584           </li>
2585           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2586             Jalview's menu</li>
2587           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2588             'invalid literal/length code'</li>
2589           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2590             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2591           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2592             colourscheme</li>
2593
2594         </ul> <em>Applet</em>
2595         <ul>
2596           <li>Remove group option is shown even when selection is
2597             not a group</li>
2598           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2599             don't affect groups</li>
2600           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2601             colourscheme name</li>
2602           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2603             Annotation panel is not displayed</li>
2604           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2605             embedded windows</li>
2606         </ul> <em>Other</em>
2607         <ul>
2608           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2609             single sequence were not calculated</li>
2610           <li>annotation files that contain only groups imported as
2611             annotation and junk sequences</li>
2612           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2613             recognised as PFAM or BLC</li>
2614           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2615             doesn't affect background (2.8.0b1)
2616           <li></li>
2617           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2618           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2619             trailing gaps</li>
2620           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2621             registered correctly on import</li>
2622           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2623             certain alignments</li>
2624           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2625             existing annotation based 'use original colours'
2626             colourscheme loses original colours setting</li>
2627         </ul>
2628       </td>
2629     </tr>
2630     <tr>
2631       <td><div align="center">
2632           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2633             <em>30/1/2014</em></strong>
2634         </div></td>
2635       <td>
2636         <ul>
2637           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2638             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2639             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2640             open source project).
2641           </li>
2642           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2643           <li>Output in Stockholm format</li>
2644           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2645           <li>Export/import group and sequence associated line
2646             graph thresholds</li>
2647           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2648             ambiguity codes</li>
2649           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2650             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2651             works</li>
2652           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2653         </ul> <em>Other improvements</em>
2654         <ul>
2655           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2656           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2657             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2658           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2659             files</li>
2660           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2661           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2662             link but no description</li>
2663           <li>Select primary source when selecting authority in
2664             database fetcher GUI</li>
2665           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2666             Jalview</li>
2667           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2668         </ul>
2669       </td>
2670       <td>
2671         <ul>
2672           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2673             displayed</li>
2674           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2675             secondary structure annotation line</li>
2676           <li>Sequence database accessions not imported when
2677             fetching alignments from Rfam</li>
2678           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2679             identical IDs</li>
2680           <li>View all structures does not always superpose
2681             structures</li>
2682           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2683             reflect user or preset settings</li>
2684           <li>Null pointer exceptions for some services without
2685             presets or adjustable parameters</li>
2686           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2687             discover PDB xRefs</li>
2688           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2689             features with DAS</li>
2690           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2691             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2692           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2693             residue follows a gap</li>
2694           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2695             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2696           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2697             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2698           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2699             annotation already exists on alignment</li>
2700           <li>oninit javascript function should be called after
2701             initialisation completes</li>
2702           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2703             alignment window display</li>
2704           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2705           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2706             to annotation file</li>
2707           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2708             groups created</li>
2709           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2710             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2711           <li>Pressing return several times causes Number Format
2712             exceptions in keyboard mode</li>
2713           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2714             correct partitions for input data</li>
2715           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2716           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2717           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2718           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2719             mode</li>
2720           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2721             changes one row&#39;s threshold</li>
2722           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2723             doesn&#39;t open</li>
2724           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2725             quality histograms</li>
2726         </ul>
2727       </td>
2728     </tr>
2729     <tr>
2730       <td><div align="center">
2731           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2732         </div></td>
2733       <td><em>Application</em>
2734         <ul>
2735           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2736             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2737           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2738             preferences</li>
2739           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2740             in Jalview alignment window</li>
2741           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2742             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2743           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2744             RNA and ambiguity codes</li>
2745
2746           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2747           <li>Support fetching and database reference look up
2748             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2749             refs')</li>
2750           <li>Jalview project improvements
2751             <ul>
2752               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2753                 flag for annotation</li>
2754               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2755                 alignment</li>
2756               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2757                 Jalview project</li>
2758
2759             </ul>
2760           </li>
2761           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2762           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2763             running</li>
2764           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2765           <li>visual indication that web service results are still
2766             being retrieved from server</li>
2767           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2768             starts up for first time</li>
2769           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2770             services</li>
2771           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2772             client library</li>
2773           <li>Examples directory and Groovy library included in
2774             InstallAnywhere distribution</li>
2775         </ul> <em>Applet</em>
2776         <ul>
2777           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2778             visualization applet example</li>
2779         </ul> <em>General</em>
2780         <ul>
2781           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2782           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2783             defaults</li>
2784           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2785             calculation</li>
2786           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2787             matrices
2788           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2789             in HTML</li>
2790           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2791             structure contacts</li>
2792           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2793           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2794           <li>Parse sequence associated secondary structure
2795             information in Stockholm files</li>
2796           <li>HTML Export database accessions and annotation
2797             information presented in tooltip for sequences</li>
2798           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2799             style RNA alignment files</li>
2800           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2801             alignment</li>
2802           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2803             shade each sequence according to its associated alignment
2804             annotation</li>
2805           <li>New Jalview Logo</li>
2806         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2807         <ul>
2808           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2809           <li>New Website!</li>
2810         </ul></td>
2811       <td><em>Application</em>
2812         <ul>
2813           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2814             wsdbfetch REST service</li>
2815           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2816           <li>Filetype associations not installed for webstart
2817             launch</li>
2818           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2819             job execution in full once it is complete</li>
2820           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2821             uploaded via ali_file parameter</li>
2822           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2823           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2824           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2825             submitted for prediction</li>
2826           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2827             desktop window</li>
2828           <li>Putting fractional value into integer text box in
2829             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2830           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2831             windows 7</li>
2832           <li>View all structures fails with exception shown in
2833             structure view</li>
2834           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2835             escaped in a platform independent way</li>
2836           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2837             using proxy</li>
2838           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2839             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2840           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2841             failure when java web start temporary file caching is
2842             disabled</li>
2843           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2844             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2845           <li>Errors during processing of command line arguments
2846             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2847           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2848             DAS sources in sequence fetcher</li>
2849           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2850             dialog is shown</li>
2851           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2852           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2853           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2854           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2855             on OSX Mountain Lion</li>
2856           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2857             sequences with alignment annotation are pasted into the
2858             alignment</li>
2859           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2860             when loaded from Jalview project</li>
2861           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2862           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2863             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2864           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2865             associated with all views</li>
2866           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2867             annotation rows to new window</li>
2868         </ul> <em>Applet</em>
2869         <ul>
2870           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2871             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2872           <li>loading features via javascript API automatically
2873             enables feature display</li>
2874           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2875             work</li>
2876         </ul> <em>General</em>
2877         <ul>
2878           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2879           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2880             and then deselected</li>
2881           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2882           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2883             coloured with clustalx</li>
2884           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2885             exceptions and redraw errors</li>
2886           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2887             reconfigured view</li>
2888           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2889             colour</li>
2890           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2891             for lots of labels</li>
2892         </ul>
2893     </tr>
2894     <tr>
2895       <td>
2896         <div align="center">
2897           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2898         </div>
2899       </td>
2900       <td><em>Application</em>
2901         <ul>
2902           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2903           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2904           <li>View/alignment association menu to enable user to
2905             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2906             its colours/correspondences from</li>
2907           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2908           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2909             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2910           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2911           <li>Annotation row column label formatting attributes
2912             stored in project file</li>
2913           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2914             rows preserved in Jalview project file</li>
2915           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2916             saved using Desktop window menu</li>
2917           <li>Visual indication that command line arguments are
2918             still being processed</li>
2919           <li>Groovy script execution from URL</li>
2920           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2921             preferences</li>
2922           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2923             alignment with sequences that have high similarity and
2924             matching IDs</li>
2925           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2926           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2927             structures in same window</li>
2928           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2929           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2930             analysis function in its own submenu</li>
2931         </ul> <em>Applet</em>
2932         <ul>
2933           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2934             groups</li>
2935           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2936           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2937           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2938           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2939           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2940             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2941           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2942           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2943             parameters are treated as such</li>
2944           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2945             <ul>
2946               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2947               <li>Javascript callbacks for
2948                 <ul>
2949                   <li>Applet initialisation</li>
2950                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2951                 </ul>
2952               </li>
2953               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2954                 functions</li>
2955               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2956               <li>javascript structure viewer harness to pass
2957                 messages between Jmol and Jalview when running as
2958                 distinct applets</li>
2959               <li>sortBy method</li>
2960               <li>Set of applet and application examples shipped
2961                 with documentation</li>
2962               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2963                 javascript message exchange</li>
2964             </ul>
2965         </ul> <em>General</em>
2966         <ul>
2967           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2968             multiple alignments</li>
2969           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2970           <li>User configurable link to enable redirects to a
2971             www.Jalview.org mirror</li>
2972           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2973           <li>Configurable newline string when writing alignment
2974             and other flat files</li>
2975           <li>Allow alignment annotation description lines to
2976             contain html tags</li>
2977         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2978         <ul>
2979           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2980             examples</li>
2981           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2982             using a web service before displaying the result in the
2983             Jalview desktop</li>
2984           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2985           <li>Ant target to publish example html files with applet
2986             archive</li>
2987           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2988           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2989         </ul></td>
2990       <td><em>Application</em>
2991         <ul>
2992           <li>User defined colourscheme throws exception when
2993             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2994           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2995             dialog for valid filename/format</li>
2996           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2997           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2998             P37173</li>
2999           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3000             which sequence is to be associated with the file</li>
3001           <li>Find All raises null pointer exception when query
3002             only matches sequence IDs</li>
3003           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3004           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3005             2.4 cannot be loaded</li>
3006           <li>Filetype associations not installed for webstart
3007             launch</li>
3008           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3009             with sequences in different alignments do not get coloured
3010             by their associated sequence</li>
3011           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3012             not preserved when project is loaded</li>
3013           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3014             stored in Jalview project</li>
3015           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3016             Jalview project</li>
3017           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3018           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3019             by conservation</li>
3020           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3021             created on new view</li>
3022           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3023             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3024           <li>Alignment quality not updated after alignment
3025             annotation row is hidden then shown</li>
3026           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3027             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3028           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3029             properly</li>
3030           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3031             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3032           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3033           <li>Structures imported from file and saved in project
3034             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3035           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3036             job execution in full once it is complete</li>
3037         </ul> <em>Applet</em>
3038         <ul>
3039           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3040             annotation rows are displayed</li>
3041           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3042             codebase</li>
3043           <li>View follows highlighting does not work for positions
3044             in sequences</li>
3045           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3046           <li>Export features raises exception when no features
3047             exist</li>
3048           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3049             for javascript api is modified when separator string
3050             provided as parameter</li>
3051           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3052             alignment with no existing selection</li>
3053           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3054             to applet&#39;s codebase</li>
3055           <li>Status bar not updated after finished searching and
3056             search wraps around to first result</li>
3057           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3058             several Jalview applets causes race conditions and memory
3059             leaks</li>
3060           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3061             not sent from Jmol in applet</li>
3062           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3063             applet API fatally hang browser</li>
3064         </ul> <em>General</em>
3065         <ul>
3066           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3067             position with wrapped view and hidden regions</li>
3068           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3069             with/without hidden columns</li>
3070           <li>Sequence length given in alignment properties window
3071             is off by 1</li>
3072           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3073             import PDB like structure files</li>
3074           <li>Positional search results are only highlighted
3075             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3076           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3077           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3078             given sequence position</li>
3079           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3080             output</li>
3081           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3082             from nucleotide chains correctly</li>
3083           <li>Structure colours not updated when tree partition
3084             changed in alignment</li>
3085           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3086             parsed in interleaved stockholm</li>
3087           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3088             state</li>
3089           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3090             properly</li>
3091           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3092             properly associated with their pdb files</li>
3093         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3094         <ul>
3095           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3096             ApplyCopyright tool</li>
3097         </ul></td>
3098     </tr>
3099     <tr>
3100       <td>
3101         <div align="center">
3102           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3103         </div>
3104       </td>
3105       <td><em>Application</em>
3106         <ul>
3107           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3108             contact web services</li>
3109           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3110             service job window</li>
3111           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3112         </ul></td>
3113       <td>
3114         <ul>
3115           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3116             pir file emitted by Jalview</li>
3117           <li>Existing feature settings transferred to new
3118             alignment view created from cut'n'paste</li>
3119           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3120             parsing PDB files</li>
3121           <li>Consensus and conservation annotation rows
3122             occasionally become blank for all new windows</li>
3123           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3124             in wrapped view mode</li>
3125         </ul> <em>Application</em>
3126         <ul>
3127           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3128             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3129           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3130             parameter names</li>
3131           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3132             is down</li>
3133         </ul>
3134       </td>
3135     </tr>
3136     <tr>
3137       <td>
3138         <div align="center">
3139           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3140         </div>
3141       </td>
3142       <td><em>Application</em>
3143         <ul>
3144           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3145             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3146             (JABAWS)
3147           </li>
3148           <li>Web Services preference tab</li>
3149           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3150             preferences</li>
3151           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3152           <li>Superpose structures using associated sequence
3153             alignment</li>
3154           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3155             viewer</li>
3156         </ul> <em>Applet</em>
3157         <ul>
3158           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3159             link out mechanism</li>
3160         </ul> <em>Other</em>
3161         <ul>
3162           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3163             series 12</li>
3164           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3165             require Java 1.5</li>
3166           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3167             sequence annotation files</li>
3168           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3169             type colour specification</li>
3170           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3171             script to check if it being run in an interactive session or
3172             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3173         </ul></td>
3174       <td>
3175         <ul>
3176           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3177             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3178         </ul> <em>Application</em>
3179         <ul>
3180           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3181             selected Regions menu item</li>
3182           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3183             part of a valid accession ID</li>
3184           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3185             runs out of memory</li>
3186           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3187             analysis results</li>
3188           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3189             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3190           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3191         </ul> <em>Applet</em>
3192         <ul>
3193           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3194             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3195             defined.</li>
3196         </ul>
3197       </td>
3198     </tr>
3199     <tr>
3200       <td>
3201         <div align="center">
3202           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3203         </div>
3204       </td>
3205       <td></td>
3206       <td>
3207         <ul>
3208           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3209             sequence IDs</li>
3210           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3211             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3212           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3213             import correctly</li>
3214           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3215             number of columns are hidden</li>
3216           <li>annotation label popup menu not providing correct
3217             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3218             present</li>
3219           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3220             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3221           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3222             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3223
3224         </ul> <em>Applet</em>
3225         <ul>
3226           <li>annotation panel disappears when annotation is
3227             hidden/removed</li>
3228         </ul> <em>Application</em>
3229         <ul>
3230           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3231             alignment opened where annotation panel is visible but no
3232             annotations are present on alignment</li>
3233           <li>pasted region containing hidden columns is
3234             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3235           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3236             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3237           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3238             selected Rregions menu item.</li>
3239           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3240             'Un' or 'Non'conserved</li>
3241           <li>Sequence feature settings are being shared by
3242             multiple distinct alignments</li>
3243           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3244             changed</li>
3245           <li>double click on group annotation to select sequences
3246             does not propagate to associated trees</li>
3247           <li>Mac OSX specific issues:
3248             <ul>
3249               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3250                 window background</li>
3251               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3252                 name set correctly</li>
3253               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3254                 save feature colourscheme button</li>
3255             </ul>
3256           </li>
3257         </ul>
3258       </td>
3259     </tr>
3260     <tr>
3261
3262       <td>
3263         <div align="center">
3264           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3265         </div>
3266       </td>
3267       <td><em>New Capabilities</em>
3268         <ul>
3269           <li>URL links generated from description line for
3270             regular-expression based URL links (applet and application)
3271
3272           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3273             menu</li>
3274           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3275             structures</li>
3276           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3277             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3278           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3279             average score or total feature count for each sequence.</li>
3280           <li>Shading features by score or associated description</li>
3281           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3282             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3283           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3284             hide everything but the currently selected region.</li>
3285           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3286         </ul> <em>Application</em>
3287         <ul>
3288           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3289             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3290           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3291             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3292           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3293             database references and protein_name is parsed as
3294             description line (BioSapiens terms).</li>
3295           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3296             references in sequence ID tooltip from View menu in
3297             application.</li>
3298           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3299       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3300           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3301             conservation plots</li>
3302           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3303             and visualized as sequence logos</li>
3304           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3305             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3306           </li>
3307           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3308             when a new tree is opened.</li>
3309           <li>Jalview Java Console</li>
3310           <li>Better placement of desktop window when moving
3311             between different screens.</li>
3312           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3313             consensus annotation</li>
3314           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3315             Workflows</li>
3316           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3317             <ul>
3318               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3319                 used to preserve views, structures, and tree display
3320                 settings)</li>
3321               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3322                 command line</li>
3323               <li>Sharing of selected regions between views and
3324                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3325               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3326             </ul></li>
3327         </ul> <em>Applet</em>
3328         <ul>
3329           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3330           <li>New Parameters
3331             <ul>
3332               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3333                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3334                 opened.</li>
3335               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3336                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3337               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3338                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3339               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3340                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3341                 view</li>
3342               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3343                 increase the height or width of a cell in the alignment
3344                 grid relative to the current font size.</li>
3345             </ul>
3346           </li>
3347           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3348             tooltip</li>
3349         </ul> <em>Other</em>
3350         <ul>
3351           <li>Features format: graduated colour definitions and
3352             specification of feature scores</li>
3353           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3354             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3355             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3356           <li>XML formats extended to support graduated feature
3357             colourschemes, group associated annotation, and profile
3358             visualization settings.</li></td>
3359       <td>
3360         <ul>
3361           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3362             rather than description</li>
3363           <li>Non-positional features are now included in sequence
3364             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3365             visibility in tooltip).</li>
3366           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3367           <li>Added URL embedding instructions to features file
3368             documentation.</li>
3369           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3370             'X' in peptide product</li>
3371           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3372             sequence ID and sequence string and query strings do not
3373             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3374           <li>AMSA files only contain first column of
3375             multi-character column annotation labels</li>
3376           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3377             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3378             exported and re-imported)</li>
3379           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3380             name</li>
3381           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3382             as subsequence matches, and correctly reports total number
3383             of both.</li>
3384           <li>Application:
3385             <ul>
3386               <li>Better handling of exceptions during sequence
3387                 retrieval</li>
3388               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3389                 link text excludes the start_end suffix</li>
3390               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3391                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3392               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3393               <li>Sequence description lines properly shared via
3394                 VAMSAS</li>
3395               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3396                 data sources</li>
3397               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3398                 completes before alignment figures are generated.</li>
3399               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3400                 first time.</li>
3401               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3402                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3403               <li>User defined group colours properly recovered
3404                 from Jalview projects.</li>
3405             </ul>
3406           </li>
3407         </ul>
3408       </td>
3409
3410     </tr>
3411     <tr>
3412       <td>
3413         <div align="center">
3414           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3415         </div>
3416       </td>
3417       <td>
3418         <ul>
3419           <li>Experimental support for google analytics usage
3420             tracking.</li>
3421           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3422         </ul>
3423       </td>
3424       <td>
3425         <ul>
3426           <li>Race condition in applet preventing startup in
3427             jre1.6.0u12+.</li>
3428           <li>Exception when feature created from selection beyond
3429             length of sequence.</li>
3430           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3431           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3432             all sequences with a given id</li>
3433           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3434             ID string searches</li>
3435           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3436             alignment to fail with exception</li>
3437         </ul> <em>Application Issues</em>
3438         <ul>
3439           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3440           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3441             data sources</li>
3442         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3443         <ul>
3444           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3445             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3446           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3447             version (java class versioning error fixed)</li>
3448         </ul>
3449       </td>
3450     </tr>
3451     <tr>
3452       <td>
3453
3454         <div align="center">
3455           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3456         </div>
3457       </td>
3458       <td><em>User Interface</em>
3459         <ul>
3460           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3461             translation and protein products</li>
3462           <li>Linked highlighting of structure associated with
3463             residue mapping to codon position</li>
3464           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3465             and 'clear' button</li>
3466           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3467             Tools menu</li>
3468           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3469             numeric data in description line</li>
3470           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3471           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3472             of sequence</li>
3473         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3474         <ul>
3475           <li>JPred3 web service</li>
3476           <li>Prototype sequence search client (no public services
3477             available yet)</li>
3478           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3479             PFAM</li>
3480           <li>URL Links created for matching database cross
3481             references as well as sequence ID</li>
3482           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3483         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3484         <ul>
3485           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3486             databases</li>
3487           <li>Generalised database reference retrieval and
3488             validation to all fetchable databases</li>
3489           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3490             sequence command</li>
3491         </ul> <em>Import and Export</em>
3492         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3493         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3494           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3495         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3496           File</li>
3497         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3498           triplet as name of colourscheme</li>
3499         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3500         <ul>
3501           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3502           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3503             alignments (experimental)</li>
3504           <li>Create new or select existing session to join</li>
3505           <li>load and save of vamsas documents</li>
3506         </ul> <em>Application command line</em>
3507         <ul>
3508           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3509             from applet)</li>
3510           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3511             of DAS servers to query for alignment features</li>
3512           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3513             that are also automatically queried for features</li>
3514           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3515             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3516         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3517         <ul>
3518           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3519             application (when using &quot;View in full
3520             application&quot;)</li>
3521         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3522         <ul>
3523           <li>feature group display control parameter</li>
3524           <li>debug parameter</li>
3525           <li>showbutton parameter</li>
3526         </ul> <em>Applet API methods</em>
3527         <ul>
3528           <li>newView public method</li>
3529           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3530           <li>Feature display control methods</li>
3531           <li>get list of currently selected sequences</li>
3532         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3533         <ul>
3534           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3535           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3536             Jalview release.</li>
3537           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3538             property controls execution of obfuscator</li>
3539           <li>Build target for generating source distribution</li>
3540           <li>Debug flag for javacc</li>
3541           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3542             jalview.bin.Cache</li>
3543           <li>Continuous Build Integration for stable and
3544             development version of Application, Applet and source
3545             distribution</li>
3546         </ul></td>
3547       <td>
3548         <ul>
3549           <li>selected region output includes visible annotations
3550             (for certain formats)</li>
3551           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3552             for editing</li>
3553           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3554           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3555           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3556           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3557             comments</li>
3558           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3559             filenames containing a ':'</li>
3560           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3561             global sequence features</li>
3562           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3563             references from alignment sequences goes to zero</li>
3564           <li>Close of tree branch colour box without colour
3565             selection causes cascading exceptions</li>
3566           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3567           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3568             file parsing fails.</li>
3569           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3570           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3571             not a valid output format</li>
3572           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3573             vamsas</li>
3574           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3575           <li>error messages passed up and output when data read
3576             fails</li>
3577           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3578             sequence is edited</li>
3579           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3580             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3581           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3582             filetype</li>
3583           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3584             import fixed for PFAM records</li>
3585           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3586             window list</li>
3587           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3588             can be read and written correctly to annotation file</li>
3589           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3590             correctly</li>
3591           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3592             non-italic font for representatives in Applet</li>
3593           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3594             Macs.</li>
3595           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3596             Applet)</li>
3597           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3598             due to null pointer exceptions</li>
3599           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3600             first column of alignment</li>
3601           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3602             July 2008</li>
3603           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3604             file is case-insensitive</li>
3605           <li>Sequence features read from Features file appended to
3606             all sequences with matching IDs</li>
3607           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3608             containing a sub-sequence</li>
3609           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3610           <li>feature and annotation file applet parameters
3611             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3612           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3613           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3614             splash-screen version check to complete</li>
3615           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3616             when passing them to the launchApp service</li>
3617           <li>display name and local features preserved in results
3618             retrieved from web service</li>
3619           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3620             sequence fetcher initialisation</li>
3621           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3622             dasobert DAS client</li>
3623           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3624             association</li>
3625           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3626             sequences
3627           </li>
3628         </ul>
3629       </td>
3630     </tr>
3631     <tr>
3632       <td>
3633         <div align="center">
3634           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3635         </div>
3636       </td>
3637       <td>
3638         <ul>
3639           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3640           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3641           <li>Slide sequences</li>
3642           <li>Edit sequence in place</li>
3643           <li>EMBL CDS features</li>
3644           <li>DAS Feature mapping</li>
3645           <li>Feature ordering</li>
3646           <li>Alignment Properties</li>
3647           <li>Annotation Scores</li>
3648           <li>Sort by scores</li>
3649           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3650         </ul>
3651       </td>
3652       <td>
3653         <ul>
3654           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3655           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3656           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3657           <li>Feature group display state in XML</li>
3658           <li>Feature ordering in XML</li>
3659           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3660           <li>Stockholm alignment properties</li>
3661           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3662           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3663           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3664           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3665         </ul>
3666       </td>
3667
3668     </tr>
3669     <tr>
3670       <td>
3671         <div align="center">
3672           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3673         </div>
3674       </td>
3675       <td>
3676         <ul>
3677           <li>Non standard characters can be read and displayed
3678           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3679             applet via textbox
3680           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3681             name &amp; description
3682           <li>Preference setting to display sequence name in
3683             italics
3684           <li>Annotation file format extended to allow
3685             Sequence_groups to be defined
3686           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3687             specified in preferences
3688           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3689             sequences
3690         </ul>
3691       </td>
3692       <td>
3693         <ul>
3694           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3695             installed
3696           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3697           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3698         </ul>
3699       </td>
3700     </tr>
3701     <tr>
3702       <td>
3703         <div align="center">
3704           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3705         </div>
3706       </td>
3707       <td>
3708         <ul>
3709           <li>Multiple views on alignment
3710           <li>Sequence feature editing
3711           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3712           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3713           <li>Background dependent text colour
3714           <li>Right align sequence ids
3715           <li>User-defined lower case residue colours
3716           <li>Format Menu
3717           <li>Select Menu
3718           <li>Menu item accelerator keys
3719           <li>Control-V pastes to current alignment
3720           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3721           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3722           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3723
3724           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3725         </ul>
3726       </td>
3727       <td>
3728         <ul>
3729           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3730           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3731             calculations
3732           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3733             edits
3734           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3735             of alignment)
3736           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3737
3738           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3739             display correctly
3740           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3741           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3742             analysis results
3743           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3744             &#8739;
3745           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3746           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3747           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3748
3749         </ul>
3750       </td>
3751     </tr>
3752     <tr>
3753       <td>
3754         <div align="center">
3755           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3756         </div>
3757       </td>
3758       <td>
3759         <ul>
3760           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3761         </ul>
3762       </td>
3763       <td>
3764         <ul>
3765           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3766             sequence id panel has been resized</li>
3767           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3768             rendered</li>
3769           <li>Annotation files with sequence references - all
3770             elements in file are relative to sequence position</li>
3771           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3772         </ul>
3773       </td>
3774     </tr>
3775     <tr>
3776       <td>
3777         <div align="center">
3778           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3779         </div>
3780       </td>
3781       <td>
3782         <ul>
3783           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3784           <li>DAS Feature fetching</li>
3785           <li>Hide sequences and columns</li>
3786           <li>Export Annotations and Features</li>
3787           <li>GFF file reading / writing</li>
3788           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3789             files</li>
3790           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3791           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3792           <li>Applet can launch the full application</li>
3793           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3794             required)</li>
3795           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3796           <li>Applet can load sequences from parameter
3797             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3798           </li>
3799         </ul>
3800       </td>
3801       <td>
3802         <ul>
3803           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3804           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3805           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3806         </ul>
3807       </td>
3808     </tr>
3809     <tr>
3810       <td>
3811         <div align="center">
3812           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3813         </div>
3814       </td>
3815       <td>
3816         <ul>
3817           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3818           <li>Choose to match case when searching</li>
3819           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3820             expand the visible width and height of the alignment</li>
3821         </ul>
3822       </td>
3823       <td>
3824         <ul>
3825           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3826         </ul>
3827       </td>
3828     </tr>
3829     <tr>
3830       <td>
3831         <div align="center">
3832           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3833         </div>
3834       </td>
3835       <td>&nbsp;</td>
3836       <td>
3837         <ul>
3838           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3839           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3840             value</li>
3841         </ul>
3842       </td>
3843     </tr>
3844     <tr>
3845       <td>
3846         <div align="center">
3847           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3848         </div>
3849       </td>
3850       <td>
3851         <ul>
3852           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3853           <li>Keyboard editing</li>
3854           <li>Create sequence features from searches</li>
3855           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3856             alignments</li>
3857           <li>Features file allows grouping of features</li>
3858           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3859           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3860           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3861         </ul>
3862       </td>
3863       <td>
3864         <ul>
3865           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3866           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3867             descriptions saved.</li>
3868         </ul>
3869       </td>
3870     </tr>
3871     <tr>
3872       <td>
3873         <div align="center">
3874           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3875         </div>
3876       </td>
3877       <td>
3878         <ul>
3879           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3880           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3881           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3882             name for file output</li>
3883           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3884           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3885             used for HTML form input</li>
3886         </ul>
3887       </td>
3888       <td>
3889         <ul>
3890           <li>HTML output writes groups and features</li>
3891           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3892           <li>File IO bugs</li>
3893         </ul>
3894       </td>
3895     </tr>
3896     <tr>
3897       <td>
3898         <div align="center">
3899           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3900         </div>
3901       </td>
3902       <td>
3903         <ul>
3904           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3905           <li>More options for PCA viewer</li>
3906         </ul>
3907       </td>
3908       <td>
3909         <ul>
3910           <li>GUI bugs resolved</li>
3911           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3912         </ul>
3913       </td>
3914     </tr>
3915     <tr>
3916       <td height="63">
3917         <div align="center">
3918           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3919         </div>
3920       </td>
3921       <td>
3922         <ul>
3923           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3924           <li>Jar files are executable</li>
3925           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3926         </ul>
3927       </td>
3928       <td>
3929         <ul>
3930           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3931           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3932           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3933         </ul>
3934       </td>
3935     </tr>
3936     <tr>
3937       <td>
3938         <div align="center">
3939           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3940         </div>
3941       </td>
3942       <td>
3943         <ul>
3944           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3945         </ul>
3946       </td>
3947       <td>
3948         <ul>
3949           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3950         </ul>
3951       </td>
3952     </tr>
3953     <tr>
3954       <td>
3955         <div align="center">
3956           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3957         </div>
3958       </td>
3959       <td>
3960         <ul>
3961           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3962             size</li>
3963         </ul>
3964       </td>
3965       <td>
3966         <ul>
3967           <li>Improved JPred client reliability</li>
3968           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3969         </ul>
3970       </td>
3971     </tr>
3972     <tr>
3973       <td>
3974         <div align="center">
3975           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3976         </div>
3977       </td>
3978       <td>
3979         <ul>
3980           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3981           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3982           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3983             to Colour Menu</li>
3984           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3985           <li>Unix users can set default web browser</li>
3986           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3987           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3988         </ul>
3989       </td>
3990       <td>
3991         <ul>
3992           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3993         </ul>
3994       </td>
3995     </tr>
3996     <tr>
3997       <td>
3998         <div align="center">
3999           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4000         </div>
4001       </td>
4002       <td>&nbsp;</td>
4003       <td>
4004         <ul>
4005           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4006             alignment order.</li>
4007         </ul>
4008       </td>
4009     </tr>
4010     <tr>
4011       <td>
4012         <div align="center">
4013           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4014         </div>
4015       </td>
4016       <td>
4017         <ul>
4018           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4019           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4020           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4021             annotations.</li>
4022           <li>Version and build date written to build properties
4023             file.</li>
4024           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4025             at launch of Jalview.</li>
4026         </ul>
4027       </td>
4028       <td>
4029         <ul>
4030           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4031           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4032           <li>Can remove groups one by one.</li>
4033           <li>Filechooser icons installed.</li>
4034           <li>Finder ignores return character when searching.
4035             Return key will initiate a search.<br>
4036           </li>
4037         </ul>
4038       </td>
4039     </tr>
4040     <tr>
4041       <td>
4042         <div align="center">
4043           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4044         </div>
4045       </td>
4046       <td>
4047         <ul>
4048           <li>New codebase</li>
4049         </ul>
4050       </td>
4051       <td>&nbsp;</td>
4052     </tr>
4053   </table>
4054   <p>&nbsp;</p>
4055 </body>
4056 </html>