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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84           </ul>
  85       </td>
  86       <td><div align="left">
  87           <em></em>
  88           <ul>
  89             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
  90             </li>
  91           </ul>
  92       </td>
  93     </tr>
  94     <tr>
  95       <td width="60" nowrap>
  96         <div align="center">
  97           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
  98             <em>2/10/2017</em></strong>
  99         </div>
 100       </td>
 101       <td><div align="left">
 102           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 103           <ul>
 104             <li>
 105               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 106             </li>
 107             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 108             </li>
 109           </ul>
 110         </div></td>
 111       <td><div align="left">
 112         </div></td>
 113     </tr>
 114     <tr>
 115       <td width="60" nowrap>
 116         <div align="center">
 117           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 118             <em>7/9/2017</em></strong>
 119         </div>
 120       </td>
 121       <td><div align="left">
 122           <em></em>
 123           <ul>
 124             <li>
 125               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 126               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 127               white)
 128             </li>
 129             <li>
 130               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 131               Preferences
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 135               in size and progress bar shown as higher resolution
 136               overview is recalculated
 137             </li>
 138
 139           </ul>
 140         </div></td>
 141       <td><div align="left">
 142           <em></em>
 143           <ul>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 146               column region row by row
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 150               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 154               format setting is unticked
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 158               if group has show boxes format setting unticked
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 162               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 163               include sequences and columns not currently displayed
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 167               assemblies are imported via CIF file
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 171               displayed when threshold or conservation colouring is also
 172               enabled.
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 176               server version
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 180               dragging a selected region off the visible region of the
 181               alignment
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 185               colourscheme to all groups in a view
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 189               initially after font size change using the Font chooser or
 190               middle-mouse zoom
 191             </li>
 192           </ul>
 193         </div></td>
 194     </tr>
 195     <tr>
 196       <td width="60" nowrap>
 197         <div align="center">
 198           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 199         </div>
 200       </td>
 201       <td><div align="left">
 202           <em>Calculations</em>
 203           <ul>
 204
 205             <li>
 206               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 207               ungapped positions in each column of the alignment.
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 211               a calculation dialog box
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 215               and memory efficiency (~30x faster)
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 219               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 220               and other calculations
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 224               files within the Jalview codebase
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 228               Similarity may have different topology due to increased
 229               precision
 230             </li>
 231           </ul>
 232           <em>Rendering</em>
 233           <ul>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 236               model for alignments and groups
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 240               scripts
 241             </li>
 242           </ul>
 243           <em>Overview</em>
 244           <ul>
 245             <li>
 246               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 247               with alignment and overview windows
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 251               overview
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 255               omitted in Overview
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 259               adjustment of visible position
 260             </li>
 261           </ul>
 262
 263           <em>Data import/export</em>
 264           <ul>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 267               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 271               annotation input/output via stockholm flatfile
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 275               extension when importing structure files without embedded
 276               names or PDB accessions
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 280               format sequence substitution matrices
 281             </li>
 282           </ul>
 283           <em>User Interface</em>
 284           <ul>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 287               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 288               the application.
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 292               via Overview or sequence motif search operations
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 296               opened by double clicking gaps within sequence feature
 297               extent
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 301               aligned positions were available to create a 3D structure
 302               superposition.
 303             </li>
 304           </ul>
 305           <em>3D Structure</em>
 306           <ul>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 309               coloured in linked structure views
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 313               file-based command exchange
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 317               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 318               structures are already available for sequences
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 322               the Jalview project rather than downloaded again when the
 323               project is reopened.
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 327               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 328               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 329                 Feature</strong>)
 330             </li>
 331           </ul>
 332           <em>Web Services</em>
 333           <ul>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 339               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 340               Analysis services
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 344               cross-references provided by identifiers.org and the
 345               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 346             </li>
 347           </ul>
 348
 349           <em>Scripting</em>
 350           <ul>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 353               identifying file formats (instead of String constants)
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 357               efficiency when counting all displayed features (not
 358               backwards compatible with 2.10.1)
 359             </li>
 360           </ul>
 361           <em>Example files</em>
 362           <ul>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 365               included in the example feature file
 366             </li>
 367           </ul>
 368           <em>Documentation</em>
 369           <ul>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 372               with the built-in Java help viewer
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 376               sequence description' option
 377             </li>
 378           </ul>
 379           <em>Test Suite</em>
 380           <ul>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 383               Uniprot REST Free Text Search Client
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 390               during tests
 391             </li>
 392           </ul>
 393         </div></td>
 394       <td><div align="left">
 395           <em>Calculations</em>
 396           <ul>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 399               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 400               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 401             </li>
 402             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 403               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 404               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 405               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 406               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 407               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 408               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 409               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 410               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 411               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 412               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 413               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 414               // for 2.10.1 mode <br />
 415               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 416               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 417                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 418                 calculations (not recommended)</em></li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 421               scaling of branch lengths for trees computed using
 422               Sequence Feature Similarity.
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 426               generating output report when working with highly
 427               redundant alignments
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 431               right of selected region when gaps present on right-hand
 432               boundary
 433             </li>
 434           </ul>
 435           <em>User Interface</em>
 436           <ul>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 439               doesn't reselect a specific sequence's associated
 440               annotation after it was used for colouring a view
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 444               opened on a region of alignment without groups
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 448               of an alignment with overlapping groups
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 452               name and description match
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 456               hidden regions results in incorrect hidden regions
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 460               changing colour does not apply Conservation slider value
 461               to all groups
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 465               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 469               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 473               gaps before start of features
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 477               restored to UI when feature colour is edited
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 481               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 485               as graduate feature colour settings are modified via the
 486               dialog box
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 490               when a group defined on the alignment is resized
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 494               wrapped view result in positional status updates
 495             </li>
 496
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 499               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 503               alignment included gapped columns
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 507               widgets don't permanently disappear
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 511               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 512               T-Coffee column reliability scores)
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 516               sequence feature on gaps only
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 520               button from a Find inherit previously defined feature type
 521               rather than the Find query string
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 525               exporting tree calculated in Jalview
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 529               and then revealing them reorders sequences on the
 530               alignment
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 534               doesn't update to reflect available set of groups after
 535               interactively adding or modifying features
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 539               Linux
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 543               only excluded gaps in current sequence and ignored
 544               selection.
 545             </li>
 546           </ul>
 547           <em>Rendering</em>
 548           <ul>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 551               erratically when hidden rows or columns are present
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 555               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 556               sequence colouring
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 560               colour and group colour menu for protein alignments
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 564               reflect currently selected view or group's shading
 565               thresholds
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 569               when rendered on overview and structures when opacity at
 570               100%
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 574               overview when features overlaid on alignment
 575             </li>
 576           </ul>
 577           <em>Data import/export</em>
 578           <ul>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 581               load
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 585               added after a sequence was imported are not written to
 586               Stockholm File
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 590               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 594               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 598               with lightGray or darkGray via features file (but can
 599               specify lightgray)
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 603               when alignment view imported from project
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 607               structure and sequences extracted from structure files
 608               imported via URL and viewed in Jmol
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 612               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 613               the project is loaded and the structure viewed
 614             </li>
 615           </ul>
 616           <em>Web Services</em>
 617           <ul>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 620               release of Ensembl v.88
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 624               appear enabled in Preferences->Connections
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 628               removed from console output
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 632               Ensembl by Peptide ID
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 636               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 637               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 638               due to 'null' string rather than empty string used for
 639               residues with no corresponding PDB mapping).
 640             </li>
 641           </ul>
 642           <em>Application UI</em>
 643           <ul>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 646               menu
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 650               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 651               new documentation and tooltips added)
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 655               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 659               new features are added to alignment
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 663               changes to feature colours via the Amend features dialog
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 667               edit graduated feature colour via amend features dialog
 668               box
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 672               selection menu changes colours of alignment views
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 676               from alignment calculation workers after alignment has
 677               been closed
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 681               groups now 'Create Group'
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 685               Create/Undefine group doesn't always work
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 689               shown again after pressing 'Cancel'
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 693               adjusts start position in wrap mode
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 697               ambiguous amino acids
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 701               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 702               proteins
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 706               Defined' don't appear in Colours menu
 707             </li>
 708           </ul>
 709           <em>Applet</em>
 710           <ul>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 713               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 717               overview or linked structure view
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 721               work (since 2.8)
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 725               user-defined colourscheme doesn't restore original
 726               colourscheme
 727             </li>
 728           </ul>
 729           <em>Test Suite</em>
 730           <ul>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 733               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 737               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 738               problems with deep array comparison equality asserts in
 739               successive versions of TestNG
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 743               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 744             </li>
 745           </ul>
 746           <em>New Known Issues</em>
 747           <ul>
 748             <li>
 749               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 750               phase after a sequence motif find operation
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 754               containing just upper and lower case letters are
 755               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 759               reliably from eggnog Ortholog database
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 763               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 764               to mark columns containing highlighted regions.
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 768               doesn't always add secondary structure annotation.
 769             </li>
 770           </ul>
 771         </div>
 772     <tr>
 773       <td width="60" nowrap>
 774         <div align="center">
 775           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 776         </div>
 777       </td>
 778       <td><div align="left">
 779           <em>General</em>
 780           <ul>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 783               for all consensus calculations
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 787               3rd Oct 2016)
 788             </li>
 789             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 790               for 2016-2017</li>
 791           </ul>
 792           <em>Application</em>
 793           <ul>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 796               set of database cross-references, sorted alphabetically
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 800               from database cross references. Users with custom links
 801               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 802                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 806               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 807               Chimera session
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 811               the Chimera it is connected to is shut down
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 815               columns menu item to mark columns containing highlighted
 816               regions (e.g. from structure selections or results of a
 817               Find operation)
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 821               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 822               MSAviewer
 823             </li>
 824           </ul>
 825         </div></td>
 826       <td>
 827         <div align="left">
 828           <em>General</em>
 829           <ul>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 832               are not coloured or thresholded according to percent
 833               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 837               hydrophobic
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 841               threshold, amino acid properties)
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 845               reported as mapped to residues in a structure file in the
 846               View Mapping report
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 850               could be added multiple times to a sequence
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 854               bond features shown as two highlighted residues rather
 855               than a range in linked structure views, and treated
 856               correctly when selecting and computing trees from features
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 860               cross-references are matched to database name regardless
 861               of case
 862             </li>
 863
 864           </ul>
 865           <em>Application</em>
 866           <ul>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 869               names without regular expressions also offer links from
 870               Sequence ID
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 874               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 875               update Jalview configuration
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 879               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 883               files with similarly named sequences if dropped onto the
 884               alignment
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 888               entries where more chains exist in the PDB accession than
 889               are reported in the SIFTS file
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 893               the structure view when displayed with Chimera
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 897               panel's View->Show Chains submenu
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 901               work for wrapped alignment views
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 905               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 909               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 910               first annotation row
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 914               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 918               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 919             </li>
 920             <!-- JAL-2319 -->
 921             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 922             coordindate data
 923             </li>
 924           </ul>
 925           <!--           <em>New Known Issues</em>
 926           <ul>
 927             <li></li>
 928           </ul> -->
 929         </div>
 930       </td>
 931     </tr>
 932     <td width="60" nowrap>
 933       <div align="center">
 934         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 935           <em>25/10/2016</em></strong>
 936       </div>
 937     </td>
 938     <td><em>Application</em>
 939       <ul>
 940         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 941           view if structures already loaded</li>
 942         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 943           structure views</li>
 944       </ul></td>
 945     <td>
 946       <div align="left">
 947         <em>General</em>
 948         <ul>
 949           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 950             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 951           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 952             example sequences/projects/trees</li>
 953         </ul>
 954         <em>Application</em>
 955         <ul>
 956           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 957             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 958           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 959             without timeout for structures with multiple models or
 960             multiple sequences in alignment</li>
 961           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 962             PDB ID HEADER line</li>
 963           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 964             is performed</li>
 965           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 966             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 967           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 968           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 969             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 970             option</li>
 971           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 972             is created on the alignment</li>
 973           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 974             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 975             pop-up menu</li>
 976         </ul>
 977         <em>Build and deployment</em>
 978         <ul>
 979           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 980             tags</li>
 981         </ul>
 982         <em>New Known Issues</em>
 983         <ul>
 984           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 985             on Windows</li>
 986         </ul>
 987       </div>
 988     </td>
 989     </tr>
 990     <tr>
 991       <td width="60" nowrap>
 992         <div align="center">
 993           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 994         </div>
 995       </td>
 996       <td><em>General</em>
 997         <ul>
 998           <li>
 999             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1000           </li>
1001           <li>
1002             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1003             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1004             better PDB parsing.
1005           </li>
1006           <li>
1007             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1008             reference sequence
1009           </li>
1010           <li>
1011             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1012             mousing over sequence associated annotation
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1016             for manual entry
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1020             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1021             for each column
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1025             showing or hiding columns containing a feature
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1029             group and sequence associated annotation labels
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1033             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1034             dialogs
1035           </li>
1036
1037         </ul> <em>Application</em>
1038         <ul>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1041             gene/transcript view
1042           </li>
1043           <li>
1044             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1045             dialog
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1049             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1050           </li>
1051           <li>
1052             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1053             Pfam sources to xfam.org
1054           </li>
1055           <li>
1056             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1060             over sequences in Jalview
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1064             regions in ENA and EMBL
1065           </li>
1066           <li>
1067             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1068             for record retrieval via ENA rest API
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1072             complement operator
1073           </li>
1074           <li>
1075             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1076             groovy script execution
1077           </li>
1078           <li>
1079             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1080             alignment window's Calculate menu
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1084             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1088             calculation workers from groovy scripts
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1092             Jalview projects
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1096             associations are now saved/restored from project
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1100             before sequence fetcher is opened
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1104             database chooser opens a sequence fetcher
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1108             the UniProt REST API
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1112             the news reader opening
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1116             querying stored in preferences
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1120             search results
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1127             menu for nucleotide sequences
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1131             and feature counts preserves alignment ordering (and
1132             debugged for complex feature sets).
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1136             viewing structures with Jalview 2.10
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1140             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1141             Ensembl Genomes REST API
1142           </li>
1143           <li>
1144             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1145             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1146             (Ensembl)
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1150             sequences
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1154             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1155             data from external database records.
1156           </li>
1157           <li>
1158             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1159             efficient recovery of sequence coding and alignment
1160             annotation relationships.
1161           </li>
1162         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1163         <ul>
1164           <li>
1165             -- JAL---
1166           </li>
1167         </ul> --></td>
1168       <td>
1169         <div align="left">
1170           <em>General</em>
1171           <ul>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1174               menu on OSX
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1178               includes graduated colourschemes
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1182               working with big alignments and lots of hidden columns
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1186               at right of alignment window
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1190               contents
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1194               for DNA alignments
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1198               based tree calculation
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1202               unconserved enabled for group on alignment
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1206               set as reference
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1210               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1211               annotation
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1215               hidden columns present
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1219               user created annotation added to alignment
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1223               '()' base pair annotation
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1227               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1228               Consensus
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1232               feature not working
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1236               beginning of sequence
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1240               entry 3a6s
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1244               from a tree when t-coffee scores are shown
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1248               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1252               some structures
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1256               to Clustal, PIR and PileUp output
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1260               not visible causes alignment window to repaint
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1264               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1265               scores associated with features and annotation rows
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1269               calculation should be case independent
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1273               columns
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1277               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1278               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1282               problems when reference sequence defined and 'show
1283               non-conserved' enabled
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1287               load even when Consensus calculation is disabled
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1291               alignment does nothing
1292             </li>
1293           </ul>
1294           <em>Application</em>
1295           <ul>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1298               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1299               yet fixed for El Capitan)
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1303               output when running on non-gb/us i18n platforms
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1307               hidden sequences as flat-file alignment
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1311               launching Chimera
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1315               (also hotfix for 2.9.0b2)
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1319               reference sequence defined
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1323               alignments and views when revealing hidden columns
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1327               view in a cDNA/Protein splitframe
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1331               sequence from project when only one sequence is
1332               represented
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1336               in Structure Chooser
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1340               structure consensus didn't refresh annotation panel
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1344               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1348               dialogs format columns correctly, don't display array
1349               data, sort columns according to type
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1353               file chooser is cancelled during an image export
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1357               sequence name containing special characters
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1361               case insensitive
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1365               formatting don't wrap
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1369               truncated so L looks like I in consensus annotation
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1373               currently displayed features for the current selection or
1374               view
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1378               after fetching cross-references, and restoring from
1379               project
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1383               followed in the structure viewer
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1387               splitframe not restored from project
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1391               trailing end of protein alignment in transcript/product
1392               splitview when pad-gaps not enabled by default
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1396               is case dependent
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1400               article has been read (reopened issue due to
1401               internationalisation problems)
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1405               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1406               cross-references
1407             </li>
1408
1409             <li>
1410               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1411               alignment as HTML
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1415               multiple structures are shown for one or more sequences.
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1419               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1420               is enabled.
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1424               specific PDB id for sequence
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1428               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1429               columns' is disabled.
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1433               selects lowest rather than highest resolution structures
1434               for each sequence
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1438               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1442               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1446               after clicking on it to create new annotation for a
1447               column.
1448             </li>
1449             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1450             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1451           </ul>
1452           <em>Applet</em>
1453           <ul>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1456               hidden columns present before start of sequence
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1460               (JSON jars)
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1464               sequences are hidden in applet
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1468               deployment on examples pages.
1469             </li>
1470           </ul>
1471         </div>
1472       </td>
1473     </tr>
1474     <tr>
1475       <td width="60" nowrap>
1476         <div align="center">
1477           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1478             <em>16/10/2015</em></strong>
1479         </div>
1480       </td>
1481       <td><em>General</em>
1482         <ul>
1483           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1484             jars</li>
1485         </ul></td>
1486       <td>
1487         <div align="left">
1488           <em>Application</em>
1489           <ul>
1490             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1491               shown when tree is partitioned</li>
1492             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1493               multiple cDNA/Protein split views</li>
1494           </ul>
1495         </div>
1496       </td>
1497     </tr>
1498     <tr>
1499       <td width="60" nowrap>
1500         <div align="center">
1501           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1502             <em>8/10/2015</em></strong>
1503         </div>
1504       </td>
1505       <td><em>General</em>
1506         <ul>
1507           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1508             2.9</li>
1509         </ul> <em>Application</em>
1510         <ul>
1511           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1512           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1513           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1514         </ul> <em>Applet</em>
1515         <ul>
1516           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1517         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1518         <ul>
1519           <li>
1520             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1521             suite
1522           </li>
1523         </ul></td>
1524       <td>
1525         <div align="left">
1526           <em>General</em>
1527           <ul>
1528             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1529               incorrect when sequence start > 1</li>
1530             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1531               documentation</li>
1532             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1533             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1534               loading a features file containing HTML tags in feature
1535               description</li>
1536
1537           </ul>
1538           <em>Application</em>
1539           <ul>
1540             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1541               reimport</li>
1542             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1543               with 'trim retrieved sequences'</li>
1544             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1545               deleting selected columns</li>
1546             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1547               JNLP templates for webstart launch</li>
1548             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1549               unreleased structures for download or viewing</li>
1550             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1551               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1552             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1553               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1554             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1555               recovered from jalview project</li>
1556             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1557               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1558               alignment view</li>
1559             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1560               color schemes from BioJSON</li>
1561           </ul>
1562           <em>Applet</em>
1563           <ul>
1564             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1565               frame</li>
1566             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1567           </ul>
1568         </div>
1569       </td>
1570     </tr>
1571     <tr>
1572       <td><div align="center">
1573           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1574         </div></td>
1575       <td><em>General</em>
1576         <ul>
1577           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1578             alignments:
1579             <ul>
1580               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1581                 and DNA alignment views</li>
1582               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1583                 cDNA alignment views</li>
1584               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1585                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1586               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1587                 protein sequences</li>
1588             </ul>
1589           </li>
1590           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1591           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1592             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1593           <li>New alignment annotation file statements for
1594             reference sequences and marking hidden columns</li>
1595           <li>Reference sequence based alignment shading to
1596             highlight variation</li>
1597           <li>Select or hide columns according to alignment
1598             annotation</li>
1599           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1600           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1601             acid conservation row</li>
1602           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1603         </ul> <em>Application</em>
1604         <ul>
1605           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1606             <ul>
1607               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1608                 view with cDNA/Protein</li>
1609               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1610                 sequences are placed in the same alignment</li>
1611               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1612                 projects</li>
1613             </ul>
1614           </li>
1615
1616           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1617           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1618             Jalview windows</li>
1619
1620           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1621           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1622           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1623             be shown in VARNA</li>
1624
1625           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1626             as the active selected region</li>
1627
1628           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1629             similarity</li>
1630           <li>New Export options
1631             <ul>
1632               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1633                 region export in flat file generation</li>
1634
1635               <li>Export alignment views for display with the <a
1636                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1637
1638               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1639               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1640                 alignment figures to HTML</li>
1641           </li>
1642           <li>3D structure retrieval and display
1643             <ul>
1644               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1645                 Search API</li>
1646               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1647                 PDB structures for a sequence set</li>
1648             </ul>
1649           </li>
1650
1651           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1652             predictions</li>
1653           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1654             for one or a group of sequences</li>
1655           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1656             from the JPred4 web server</li>
1657           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1658             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1659             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1660           </li>
1661           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1662             VARNA 2D Structure'</li>
1663           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1664             Structure ..."</li>
1665
1666         </ul> <em>Applet</em>
1667         <ul>
1668           <li>New layout for applet example pages</li>
1669           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1670             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1671           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1672             Protein alignments</li>
1673         </ul> <em>Development and deployment</em>
1674         <ul>
1675           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1676           <li>Include installation type and git revision in build
1677             properties and console log output</li>
1678           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1679             storing BioJsMSA Templates</li>
1680           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1681         </ul></td>
1682       <td>
1683         <!-- <em>General</em>
1684         <ul>
1685         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1686         <ul>
1687           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1688           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1689           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1690             predictions are not highlighted in amber</li>
1691           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1692             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1693           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1694             associated structure views</li>
1695           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1696             width checkbox not enabled</li>
1697           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1698             creating user defined colours</li>
1699           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1700             mappings for just that viewer's sequences</li>
1701           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1702             multiple models in Chimera</li>
1703           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1704             over Jmol structure</li>
1705           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1706             output to text box</li>
1707           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1708             have incorrect sequence start/end</li>
1709           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1710             Jalview fails</li>
1711           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1712             work for nucleotide</li>
1713           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1714             to a grey/invisible alignment window</li>
1715           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1716             imports to different position</li>
1717           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1718             on some platforms</li>
1719           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1720             populated</li>
1721           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1722             console if Chimera has been opened</li>
1723           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1724           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1725             retrieved</li>
1726           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1727           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1728             either sequence shows on first structure</li>
1729           <li>'Show annotations' options should not make
1730             non-positional annotations visible</li>
1731           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1732             in right place after 'view flanking regions'</li>
1733           <li>File Save As type unset when current file format is
1734             unknown</li>
1735           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1736             projects</li>
1737           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1738             responsive</li>
1739           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1740             several views on same alignment</li>
1741           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1742           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1743             spaces</li>
1744         </ul> <em>Applet</em>
1745         <ul>
1746           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1747           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1748             descriptions containing angle brackets</li>
1749         </ul> <em>General</em>
1750         <ul>
1751           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1752             via jalview annotation file</li>
1753           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1754             with RNA secondary structure</li>
1755           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1756             translation doesn't work.</li>
1757           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1758           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1759             positions</li>
1760           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1761             choosing 1pt font</li>
1762           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1763             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1764             'h'</li>
1765           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1766             new feature</li>
1767           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1768             order dependent</li>
1769           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1770             sequences</li>
1771           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1772         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1773         <ul>
1774           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1775             www.jalview.org</li>
1776         </ul> <em>Application Known issues</em>
1777         <ul>
1778           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1779           <li>Misleading message appears after trying to delete
1780             solid column.</li>
1781           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1782             version launches</li>
1783           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1784             fails with a sequence mismatch</li>
1785           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1786             scrolling alignment to right</li>
1787           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1788             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1789           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1790             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1791           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1792             ultra-high resolution</li>
1793           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1794             quality and conservation</li>
1795           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1796             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1797         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1798         <ul>
1799           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1800           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1801             window is being resized</li>
1802
1803         </ul>
1804       </td>
1805     </tr>
1806     <tr>
1807       <td><div align="center">
1808           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1809         </div></td>
1810       <td><em>General</em>
1811         <ul>
1812           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1813             Certum.PL.</li>
1814           <li>Features and annotation preserved when performing
1815             pairwise alignment</li>
1816           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1817             imported/exported/displayed</li>
1818           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1819             protein secondary structure</li>
1820           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1821               post-hoc with 2.9 release</em>)
1822           </li>
1823
1824         </ul> <em>Application</em>
1825         <ul>
1826           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1827             with 3D structures</li>
1828           <li>Support for parsing RNAML</li>
1829           <li>Annotations menu for layout
1830             <ul>
1831               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1832               <li>place sequence annotation above/below alignment
1833                 annotation</li>
1834             </ul>
1835           <li>Output in Stockholm format</li>
1836           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1837             translation</li>
1838           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1839           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1840             shared between alignments</li>
1841           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1842             Jalview</li>
1843           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1844             all or current selection</li>
1845           <li>disorder and secondary structure predictions
1846             available as dataset annotation</li>
1847           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1848
1849
1850           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1851             alignments from Rfam</li>
1852           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1853
1854           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1855             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1856           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1857           <li>include installation type in build properties and
1858             console log output</li>
1859           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1860             annotation</li>
1861         </ul></td>
1862       <td>
1863         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1864         <ul>
1865           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1866             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1867           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1868             alignment</li>
1869           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1870           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1871           <li>Double click on sequence associated annotation
1872             selects only first column</li>
1873           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1874             leaves shown in tree</li>
1875           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1876             properly</li>
1877           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1878           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1879             screen and buttons not visible</li>
1880           <li>author list isn't updated if already written to
1881             Jalview properties</li>
1882           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1883             from database</li>
1884           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1885           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1886             browser search window</li>
1887           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1888             in feature settings dialog</li>
1889           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1890             desktop</li>
1891           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1892             pass validation</li>
1893           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1894             fit on screen</li>
1895           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1896             tooltip</li>
1897           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1898             defined user preset</li>
1899           <li>MSA web services warns user if they were launched
1900             with invalid input</li>
1901           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1902             Java 8</li>
1903           <li>
1904             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1905             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1906             created
1907           </li>
1908
1909         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1910         <ul>
1911         </ul> <em>General</em>
1912         <ul>
1913         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1914         <ul>
1915           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1916             memory allocation</li>
1917           <li>launchApp service doesn't automatically open
1918             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1919           <li>
1920             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1921             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1922             1.7_055 is available
1923           </li>
1924         </ul> <em>Application Known issues</em>
1925         <ul>
1926           <li>
1927             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1928             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1929             alignment to right
1930           </li>
1931           <li>
1932             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1933             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1934             with large number of ID
1935           </li>
1936           <li>
1937             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1938             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1939             start/end
1940           </li>
1941           <li>
1942             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1943             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1944             structure tracks are rearranged
1945           </li>
1946           <li>
1947             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1948             invalid rna structure positional highlighting does not
1949             highlight position of invalid base pairs
1950           </li>
1951           <li>
1952             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1953             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1954             project from alignment window file menu
1955           </li>
1956           <li>
1957             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1958             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1959             structures
1960           </li>
1961           <li>
1962             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1963             colour by RNA Helices not enabled when user created
1964             annotation added to alignment
1965           </li>
1966           <li>
1967             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1968             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1969           </li>
1970         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1971         <ul>
1972           <li>
1973             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1974             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1975           </li>
1976           <li>
1977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1978             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1979           </li>
1980
1981           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1982             when selected</li>
1983         </ul>
1984       </td>
1985     </tr>
1986     <tr>
1987       <td><div align="center">
1988           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1989         </div></td>
1990       <td>
1991         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1992         <em>General</em>
1993         <ul>
1994           <li>Internationalisation of user interface (usually
1995             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1996           <li>Define/Undefine group on current selection with
1997             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1998           <li>Improved group creation/removal options in
1999             alignment/sequence Popup menu</li>
2000           <li>Sensible precision for symbol distribution
2001             percentages shown in logo tooltip.</li>
2002           <li>Annotation panel height set according to amount of
2003             annotation when alignment first opened</li>
2004         </ul> <em>Application</em>
2005         <ul>
2006           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2007             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2008           <li>Select columns containing particular features from
2009             Feature Settings dialog</li>
2010           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2011             sequences</li>
2012           <li>Update Jalview project format:
2013             <ul>
2014               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2015               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2016                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2017               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2018                 colouring</li>
2019             </ul>
2020           </li>
2021           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2022             (PAM250)</li>
2023           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2024             flanking regions for an alignment</li>
2025         </ul>
2026       </td>
2027       <td>
2028         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2029         <ul>
2030           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2031             running after job is cancelled</li>
2032           <li>cannot export features from alignments imported from
2033             Jalview/VAMSAS projects</li>
2034           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2035             float values</li>
2036           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2037             have 'display all symbols' flag set</li>
2038           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2039             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2040           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2041             Jalview</li>
2042           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2043             Lion/Webstart</li>
2044           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2045           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2046           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2047             alignment onto desktop</li>
2048           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2049             'extract scores' function</li>
2050           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2051             alignment window</li>
2052           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2053             performing IUPred disorder prediction</li>
2054           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2055             changing 'normalise logo' display setting</li>
2056           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2057             nothing matches query</li>
2058           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2059             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2060           </li>
2061           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2062             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2063           </li>
2064           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2065             Jalview's menu</li>
2066           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2067             'invalid literal/length code'</li>
2068           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2069             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2070           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2071             colourscheme</li>
2072
2073         </ul> <em>Applet</em>
2074         <ul>
2075           <li>Remove group option is shown even when selection is
2076             not a group</li>
2077           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2078             don't affect groups</li>
2079           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2080             colourscheme name</li>
2081           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2082             Annotation panel is not displayed</li>
2083           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2084             embedded windows</li>
2085         </ul> <em>Other</em>
2086         <ul>
2087           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2088             single sequence were not calculated</li>
2089           <li>annotation files that contain only groups imported as
2090             annotation and junk sequences</li>
2091           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2092             recognised as PFAM or BLC</li>
2093           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2094             doesn't affect background (2.8.0b1)
2095           <li></li>
2096           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2097           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2098             trailing gaps</li>
2099           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2100             registered correctly on import</li>
2101           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2102             certain alignments</li>
2103           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2104             existing annotation based 'use original colours'
2105             colourscheme loses original colours setting</li>
2106         </ul>
2107       </td>
2108     </tr>
2109     <tr>
2110       <td><div align="center">
2111           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2112             <em>30/1/2014</em></strong>
2113         </div></td>
2114       <td>
2115         <ul>
2116           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2117             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2118             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2119             open source project).
2120           </li>
2121           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2122           <li>Output in Stockholm format</li>
2123           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2124           <li>Export/import group and sequence associated line
2125             graph thresholds</li>
2126           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2127             ambiguity codes</li>
2128           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2129             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2130             works</li>
2131           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2132         </ul> <em>Other improvements</em>
2133         <ul>
2134           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2135           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2136             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2137           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2138             files</li>
2139           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2140           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2141             link but no description</li>
2142           <li>Select primary source when selecting authority in
2143             database fetcher GUI</li>
2144           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2145             Jalview</li>
2146           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2147         </ul>
2148       </td>
2149       <td>
2150         <ul>
2151           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2152             displayed</li>
2153           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2154             secondary structure annotation line</li>
2155           <li>Sequence database accessions not imported when
2156             fetching alignments from Rfam</li>
2157           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2158             identical IDs</li>
2159           <li>View all structures does not always superpose
2160             structures</li>
2161           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2162             reflect user or preset settings</li>
2163           <li>Null pointer exceptions for some services without
2164             presets or adjustable parameters</li>
2165           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2166             discover PDB xRefs</li>
2167           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2168             features with DAS</li>
2169           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2170             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2171           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2172             residue follows a gap</li>
2173           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2174             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2175           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2176             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2177           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2178             annotation already exists on alignment</li>
2179           <li>oninit javascript function should be called after
2180             initialisation completes</li>
2181           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2182             alignment window display</li>
2183           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2184           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2185             to annotation file</li>
2186           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2187             groups created</li>
2188           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2189             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2190           <li>Pressing return several times causes Number Format
2191             exceptions in keyboard mode</li>
2192           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2193             correct partitions for input data</li>
2194           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2195           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2196           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2197           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2198             mode</li>
2199           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2200             changes one row&#39;s threshold</li>
2201           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2202             doesn&#39;t open</li>
2203           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2204             quality histograms</li>
2205         </ul>
2206       </td>
2207     </tr>
2208     <tr>
2209       <td><div align="center">
2210           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2211         </div></td>
2212       <td><em>Application</em>
2213         <ul>
2214           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2215             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2216           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2217             preferences</li>
2218           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2219             in Jalview alignment window</li>
2220           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2221             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2222           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2223             RNA and ambiguity codes</li>
2224
2225           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2226           <li>Support fetching and database reference look up
2227             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2228             refs')</li>
2229           <li>Jalview project improvements
2230             <ul>
2231               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2232                 flag for annotation</li>
2233               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2234                 alignment</li>
2235               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2236                 Jalview project</li>
2237
2238             </ul>
2239           </li>
2240           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2241           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2242             running</li>
2243           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2244           <li>visual indication that web service results are still
2245             being retrieved from server</li>
2246           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2247             starts up for first time</li>
2248           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2249             services</li>
2250           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2251             client library</li>
2252           <li>Examples directory and Groovy library included in
2253             InstallAnywhere distribution</li>
2254         </ul> <em>Applet</em>
2255         <ul>
2256           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2257             visualization applet example</li>
2258         </ul> <em>General</em>
2259         <ul>
2260           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2261           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2262             defaults</li>
2263           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2264             calculation</li>
2265           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2266             matrices
2267           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2268             in HTML</li>
2269           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2270             structure contacts</li>
2271           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2272           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2273           <li>Parse sequence associated secondary structure
2274             information in Stockholm files</li>
2275           <li>HTML Export database accessions and annotation
2276             information presented in tooltip for sequences</li>
2277           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2278             style RNA alignment files</li>
2279           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2280             alignment</li>
2281           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2282             shade each sequence according to its associated alignment
2283             annotation</li>
2284           <li>New Jalview Logo</li>
2285         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2286         <ul>
2287           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2288           <li>New Website!</li>
2289         </ul></td>
2290       <td><em>Application</em>
2291         <ul>
2292           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2293             wsdbfetch REST service</li>
2294           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2295           <li>Filetype associations not installed for webstart
2296             launch</li>
2297           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2298             job execution in full once it is complete</li>
2299           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2300             uploaded via ali_file parameter</li>
2301           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2302           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2303           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2304             submitted for prediction</li>
2305           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2306             desktop window</li>
2307           <li>Putting fractional value into integer text box in
2308             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2309           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2310             windows 7</li>
2311           <li>View all structures fails with exception shown in
2312             structure view</li>
2313           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2314             escaped in a platform independent way</li>
2315           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2316             using proxy</li>
2317           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2318             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2319           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2320             failure when java web start temporary file caching is
2321             disabled</li>
2322           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2323             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2324           <li>Errors during processing of command line arguments
2325             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2326           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2327             DAS sources in sequence fetcher</li>
2328           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2329             dialog is shown</li>
2330           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2331           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2332           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2333           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2334             on OSX Mountain Lion</li>
2335           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2336             sequences with alignment annotation are pasted into the
2337             alignment</li>
2338           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2339             when loaded from Jalview project</li>
2340           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2341           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2342             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2343           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2344             associated with all views</li>
2345           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2346             annotation rows to new window</li>
2347         </ul> <em>Applet</em>
2348         <ul>
2349           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2350             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2351           <li>loading features via javascript API automatically
2352             enables feature display</li>
2353           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2354             work</li>
2355         </ul> <em>General</em>
2356         <ul>
2357           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2358           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2359             and then deselected</li>
2360           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2361           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2362             coloured with clustalx</li>
2363           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2364             exceptions and redraw errors</li>
2365           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2366             reconfigured view</li>
2367           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2368             colour</li>
2369           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2370             for lots of labels</li>
2371         </ul>
2372     </tr>
2373     <tr>
2374       <td>
2375         <div align="center">
2376           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2377         </div>
2378       </td>
2379       <td><em>Application</em>
2380         <ul>
2381           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2382           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2383           <li>View/alignment association menu to enable user to
2384             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2385             its colours/correspondences from</li>
2386           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2387           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2388             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2389           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2390           <li>Annotation row column label formatting attributes
2391             stored in project file</li>
2392           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2393             rows preserved in Jalview project file</li>
2394           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2395             saved using Desktop window menu</li>
2396           <li>Visual indication that command line arguments are
2397             still being processed</li>
2398           <li>Groovy script execution from URL</li>
2399           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2400             preferences</li>
2401           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2402             alignment with sequences that have high similarity and
2403             matching IDs</li>
2404           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2405           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2406             structures in same window</li>
2407           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2408           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2409             analysis function in its own submenu</li>
2410         </ul> <em>Applet</em>
2411         <ul>
2412           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2413             groups</li>
2414           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2415           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2416           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2417           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2418           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2419             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2420           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2421           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2422             parameters are treated as such</li>
2423           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2424             <ul>
2425               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2426               <li>Javascript callbacks for
2427                 <ul>
2428                   <li>Applet initialisation</li>
2429                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2430                 </ul>
2431               </li>
2432               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2433                 functions</li>
2434               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2435               <li>javascript structure viewer harness to pass
2436                 messages between Jmol and Jalview when running as
2437                 distinct applets</li>
2438               <li>sortBy method</li>
2439               <li>Set of applet and application examples shipped
2440                 with documentation</li>
2441               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2442                 javascript message exchange</li>
2443             </ul>
2444         </ul> <em>General</em>
2445         <ul>
2446           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2447             multiple alignments</li>
2448           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2449           <li>User configurable link to enable redirects to a
2450             www.Jalview.org mirror</li>
2451           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2452           <li>Configurable newline string when writing alignment
2453             and other flat files</li>
2454           <li>Allow alignment annotation description lines to
2455             contain html tags</li>
2456         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2457         <ul>
2458           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2459             examples</li>
2460           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2461             using a web service before displaying the result in the
2462             Jalview desktop</li>
2463           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2464           <li>Ant target to publish example html files with applet
2465             archive</li>
2466           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2467           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2468         </ul></td>
2469       <td><em>Application</em>
2470         <ul>
2471           <li>User defined colourscheme throws exception when
2472             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2473           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2474             dialog for valid filename/format</li>
2475           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2476           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2477             P37173</li>
2478           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2479             which sequence is to be associated with the file</li>
2480           <li>Find All raises null pointer exception when query
2481             only matches sequence IDs</li>
2482           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2483           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2484             2.4 cannot be loaded</li>
2485           <li>Filetype associations not installed for webstart
2486             launch</li>
2487           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2488             with sequences in different alignments do not get coloured
2489             by their associated sequence</li>
2490           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2491             not preserved when project is loaded</li>
2492           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2493             stored in Jalview project</li>
2494           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2495             Jalview project</li>
2496           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2497           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2498             by conservation</li>
2499           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2500             created on new view</li>
2501           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2502             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2503           <li>Alignment quality not updated after alignment
2504             annotation row is hidden then shown</li>
2505           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2506             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2507           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2508             properly</li>
2509           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2510             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2511           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2512           <li>Structures imported from file and saved in project
2513             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2514           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2515             job execution in full once it is complete</li>
2516         </ul> <em>Applet</em>
2517         <ul>
2518           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2519             annotation rows are displayed</li>
2520           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2521             codebase</li>
2522           <li>View follows highlighting does not work for positions
2523             in sequences</li>
2524           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2525           <li>Export features raises exception when no features
2526             exist</li>
2527           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2528             for javascript api is modified when separator string
2529             provided as parameter</li>
2530           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2531             alignment with no existing selection</li>
2532           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2533             to applet&#39;s codebase</li>
2534           <li>Status bar not updated after finished searching and
2535             search wraps around to first result</li>
2536           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2537             several Jalview applets causes race conditions and memory
2538             leaks</li>
2539           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2540             not sent from Jmol in applet</li>
2541           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2542             applet API fatally hang browser</li>
2543         </ul> <em>General</em>
2544         <ul>
2545           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2546             position with wrapped view and hidden regions</li>
2547           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2548             with/without hidden columns</li>
2549           <li>Sequence length given in alignment properties window
2550             is off by 1</li>
2551           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2552             import PDB like structure files</li>
2553           <li>Positional search results are only highlighted
2554             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2555           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2556           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2557             given sequence position</li>
2558           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2559             output</li>
2560           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2561             from nucleotide chains correctly</li>
2562           <li>Structure colours not updated when tree partition
2563             changed in alignment</li>
2564           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2565             parsed in interleaved stockholm</li>
2566           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2567             state</li>
2568           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2569             properly</li>
2570           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2571             properly associated with their pdb files</li>
2572         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2573         <ul>
2574           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2575             ApplyCopyright tool</li>
2576         </ul></td>
2577     </tr>
2578     <tr>
2579       <td>
2580         <div align="center">
2581           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2582         </div>
2583       </td>
2584       <td><em>Application</em>
2585         <ul>
2586           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2587             contact web services</li>
2588           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2589             service job window</li>
2590           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2591         </ul></td>
2592       <td>
2593         <ul>
2594           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2595             pir file emitted by Jalview</li>
2596           <li>Existing feature settings transferred to new
2597             alignment view created from cut'n'paste</li>
2598           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2599             parsing PDB files</li>
2600           <li>Consensus and conservation annotation rows
2601             occasionally become blank for all new windows</li>
2602           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2603             in wrapped view mode</li>
2604         </ul> <em>Application</em>
2605         <ul>
2606           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2607             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2608           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2609             parameter names</li>
2610           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2611             is down</li>
2612         </ul>
2613       </td>
2614     </tr>
2615     <tr>
2616       <td>
2617         <div align="center">
2618           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2619         </div>
2620       </td>
2621       <td><em>Application</em>
2622         <ul>
2623           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2624             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2625             (JABAWS)
2626           </li>
2627           <li>Web Services preference tab</li>
2628           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2629             preferences</li>
2630           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2631           <li>Superpose structures using associated sequence
2632             alignment</li>
2633           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2634             viewer</li>
2635         </ul> <em>Applet</em>
2636         <ul>
2637           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2638             link out mechanism</li>
2639         </ul> <em>Other</em>
2640         <ul>
2641           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2642             series 12</li>
2643           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2644             require Java 1.5</li>
2645           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2646             sequence annotation files</li>
2647           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2648             type colour specification</li>
2649           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2650             script to check if it being run in an interactive session or
2651             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2652         </ul></td>
2653       <td>
2654         <ul>
2655           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2656             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2657         </ul> <em>Application</em>
2658         <ul>
2659           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2660             selected Regions menu item</li>
2661           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2662             part of a valid accession ID</li>
2663           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2664             runs out of memory</li>
2665           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2666             analysis results</li>
2667           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2668             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2669           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2670         </ul> <em>Applet</em>
2671         <ul>
2672           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2673             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2674             defined.</li>
2675         </ul>
2676       </td>
2677     </tr>
2678     <tr>
2679       <td>
2680         <div align="center">
2681           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2682         </div>
2683       </td>
2684       <td></td>
2685       <td>
2686         <ul>
2687           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2688             sequence IDs</li>
2689           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2690             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2691           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2692             import correctly</li>
2693           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2694             number of columns are hidden</li>
2695           <li>annotation label popup menu not providing correct
2696             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2697             present</li>
2698           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2699             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2700           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2701             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2702
2703         </ul> <em>Applet</em>
2704         <ul>
2705           <li>annotation panel disappears when annotation is
2706             hidden/removed</li>
2707         </ul> <em>Application</em>
2708         <ul>
2709           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2710             alignment opened where annotation panel is visible but no
2711             annotations are present on alignment</li>
2712           <li>pasted region containing hidden columns is
2713             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2714           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2715             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2716           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2717             selected Rregions menu item.</li>
2718           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2719             'Un' or 'Non'conserved</li>
2720           <li>Sequence feature settings are being shared by
2721             multiple distinct alignments</li>
2722           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2723             changed</li>
2724           <li>double click on group annotation to select sequences
2725             does not propagate to associated trees</li>
2726           <li>Mac OSX specific issues:
2727             <ul>
2728               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2729                 window background</li>
2730               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2731                 name set correctly</li>
2732               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2733                 save feature colourscheme button</li>
2734             </ul>
2735           </li>
2736         </ul>
2737       </td>
2738     </tr>
2739     <tr>
2740
2741       <td>
2742         <div align="center">
2743           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2744         </div>
2745       </td>
2746       <td><em>New Capabilities</em>
2747         <ul>
2748           <li>URL links generated from description line for
2749             regular-expression based URL links (applet and application)
2750
2751           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2752             menu</li>
2753           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2754             structures</li>
2755           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2756             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2757           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2758             average score or total feature count for each sequence.</li>
2759           <li>Shading features by score or associated description</li>
2760           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2761             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2762           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2763             hide everything but the currently selected region.</li>
2764           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2765         </ul> <em>Application</em>
2766         <ul>
2767           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2768             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2769           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2770             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2771           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2772             database references and protein_name is parsed as
2773             description line (BioSapiens terms).</li>
2774           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2775             references in sequence ID tooltip from View menu in
2776             application.</li>
2777           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2778       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2779           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2780             conservation plots</li>
2781           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2782             and visualized as sequence logos</li>
2783           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2784             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2785           </li>
2786           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2787             when a new tree is opened.</li>
2788           <li>Jalview Java Console</li>
2789           <li>Better placement of desktop window when moving
2790             between different screens.</li>
2791           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2792             consensus annotation</li>
2793           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2794             Workflows</li>
2795           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2796             <ul>
2797               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2798                 used to preserve views, structures, and tree display
2799                 settings)</li>
2800               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2801                 command line</li>
2802               <li>Sharing of selected regions between views and
2803                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2804               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2805             </ul></li>
2806         </ul> <em>Applet</em>
2807         <ul>
2808           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2809           <li>New Parameters
2810             <ul>
2811               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2812                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2813                 opened.</li>
2814               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2815                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2816               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2817                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2818               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2819                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2820                 view</li>
2821               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2822                 increase the height or width of a cell in the alignment
2823                 grid relative to the current font size.</li>
2824             </ul>
2825           </li>
2826           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2827             tooltip</li>
2828         </ul> <em>Other</em>
2829         <ul>
2830           <li>Features format: graduated colour definitions and
2831             specification of feature scores</li>
2832           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2833             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2834             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2835           <li>XML formats extended to support graduated feature
2836             colourschemes, group associated annotation, and profile
2837             visualization settings.</li></td>
2838       <td>
2839         <ul>
2840           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2841             rather than description</li>
2842           <li>Non-positional features are now included in sequence
2843             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2844             visibility in tooltip).</li>
2845           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2846           <li>Added URL embedding instructions to features file
2847             documentation.</li>
2848           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2849             'X' in peptide product</li>
2850           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2851             sequence ID and sequence string and query strings do not
2852             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2853           <li>AMSA files only contain first column of
2854             multi-character column annotation labels</li>
2855           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2856             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2857             exported and re-imported)</li>
2858           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2859             name</li>
2860           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2861             as subsequence matches, and correctly reports total number
2862             of both.</li>
2863           <li>Application:
2864             <ul>
2865               <li>Better handling of exceptions during sequence
2866                 retrieval</li>
2867               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2868                 link text excludes the start_end suffix</li>
2869               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2870                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2871               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2872               <li>Sequence description lines properly shared via
2873                 VAMSAS</li>
2874               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2875                 data sources</li>
2876               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2877                 completes before alignment figures are generated.</li>
2878               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2879                 first time.</li>
2880               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2881                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2882               <li>User defined group colours properly recovered
2883                 from Jalview projects.</li>
2884             </ul>
2885           </li>
2886         </ul>
2887       </td>
2888
2889     </tr>
2890     <tr>
2891       <td>
2892         <div align="center">
2893           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2894         </div>
2895       </td>
2896       <td>
2897         <ul>
2898           <li>Experimental support for google analytics usage
2899             tracking.</li>
2900           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2901         </ul>
2902       </td>
2903       <td>
2904         <ul>
2905           <li>Race condition in applet preventing startup in
2906             jre1.6.0u12+.</li>
2907           <li>Exception when feature created from selection beyond
2908             length of sequence.</li>
2909           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2910           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2911             all sequences with a given id</li>
2912           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2913             ID string searches</li>
2914           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2915             alignment to fail with exception</li>
2916         </ul> <em>Application Issues</em>
2917         <ul>
2918           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2919           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2920             data sources</li>
2921         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2922         <ul>
2923           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2924             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2925           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2926             version (java class versioning error fixed)</li>
2927         </ul>
2928       </td>
2929     </tr>
2930     <tr>
2931       <td>
2932
2933         <div align="center">
2934           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2935         </div>
2936       </td>
2937       <td><em>User Interface</em>
2938         <ul>
2939           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2940             translation and protein products</li>
2941           <li>Linked highlighting of structure associated with
2942             residue mapping to codon position</li>
2943           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2944             and 'clear' button</li>
2945           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2946             Tools menu</li>
2947           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2948             numeric data in description line</li>
2949           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2950           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2951             of sequence</li>
2952         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2953         <ul>
2954           <li>JPred3 web service</li>
2955           <li>Prototype sequence search client (no public services
2956             available yet)</li>
2957           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2958             PFAM</li>
2959           <li>URL Links created for matching database cross
2960             references as well as sequence ID</li>
2961           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2962         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2963         <ul>
2964           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2965             databases</li>
2966           <li>Generalised database reference retrieval and
2967             validation to all fetchable databases</li>
2968           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2969             sequence command</li>
2970         </ul> <em>Import and Export</em>
2971         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2972         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2973           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2974         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2975           File</li>
2976         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2977           triplet as name of colourscheme</li>
2978         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2979         <ul>
2980           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2981           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2982             alignments (experimental)</li>
2983           <li>Create new or select existing session to join</li>
2984           <li>load and save of vamsas documents</li>
2985         </ul> <em>Application command line</em>
2986         <ul>
2987           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2988             from applet)</li>
2989           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2990             of DAS servers to query for alignment features</li>
2991           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2992             that are also automatically queried for features</li>
2993           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2994             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2995         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2996         <ul>
2997           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2998             application (when using &quot;View in full
2999             application&quot;)</li>
3000         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3001         <ul>
3002           <li>feature group display control parameter</li>
3003           <li>debug parameter</li>
3004           <li>showbutton parameter</li>
3005         </ul> <em>Applet API methods</em>
3006         <ul>
3007           <li>newView public method</li>
3008           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3009           <li>Feature display control methods</li>
3010           <li>get list of currently selected sequences</li>
3011         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3012         <ul>
3013           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3014           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3015             Jalview release.</li>
3016           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3017             property controls execution of obfuscator</li>
3018           <li>Build target for generating source distribution</li>
3019           <li>Debug flag for javacc</li>
3020           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3021             jalview.bin.Cache</li>
3022           <li>Continuous Build Integration for stable and
3023             development version of Application, Applet and source
3024             distribution</li>
3025         </ul></td>
3026       <td>
3027         <ul>
3028           <li>selected region output includes visible annotations
3029             (for certain formats)</li>
3030           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3031             for editing</li>
3032           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3033           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3034           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3035           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3036             comments</li>
3037           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3038             filenames containing a ':'</li>
3039           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3040             global sequence features</li>
3041           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3042             references from alignment sequences goes to zero</li>
3043           <li>Close of tree branch colour box without colour
3044             selection causes cascading exceptions</li>
3045           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3046           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3047             file parsing fails.</li>
3048           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3049           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3050             not a valid output format</li>
3051           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3052             vamsas</li>
3053           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3054           <li>error messages passed up and output when data read
3055             fails</li>
3056           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3057             sequence is edited</li>
3058           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3059             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3060           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3061             filetype</li>
3062           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3063             import fixed for PFAM records</li>
3064           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3065             window list</li>
3066           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3067             can be read and written correctly to annotation file</li>
3068           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3069             correctly</li>
3070           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3071             non-italic font for representatives in Applet</li>
3072           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3073             Macs.</li>
3074           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3075             Applet)</li>
3076           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3077             due to null pointer exceptions</li>
3078           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3079             first column of alignment</li>
3080           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3081             July 2008</li>
3082           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3083             file is case-insensitive</li>
3084           <li>Sequence features read from Features file appended to
3085             all sequences with matching IDs</li>
3086           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3087             containing a sub-sequence</li>
3088           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3089           <li>feature and annotation file applet parameters
3090             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3091           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3092           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3093             splash-screen version check to complete</li>
3094           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3095             when passing them to the launchApp service</li>
3096           <li>display name and local features preserved in results
3097             retrieved from web service</li>
3098           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3099             sequence fetcher initialisation</li>
3100           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3101             dasobert DAS client</li>
3102           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3103             association</li>
3104           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3105             sequences
3106           </li>
3107         </ul>
3108       </td>
3109     </tr>
3110     <tr>
3111       <td>
3112         <div align="center">
3113           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3114         </div>
3115       </td>
3116       <td>
3117         <ul>
3118           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3119           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3120           <li>Slide sequences</li>
3121           <li>Edit sequence in place</li>
3122           <li>EMBL CDS features</li>
3123           <li>DAS Feature mapping</li>
3124           <li>Feature ordering</li>
3125           <li>Alignment Properties</li>
3126           <li>Annotation Scores</li>
3127           <li>Sort by scores</li>
3128           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3129         </ul>
3130       </td>
3131       <td>
3132         <ul>
3133           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3134           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3135           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3136           <li>Feature group display state in XML</li>
3137           <li>Feature ordering in XML</li>
3138           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3139           <li>Stockholm alignment properties</li>
3140           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3141           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3142           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3143           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3144         </ul>
3145       </td>
3146
3147     </tr>
3148     <tr>
3149       <td>
3150         <div align="center">
3151           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3152         </div>
3153       </td>
3154       <td>
3155         <ul>
3156           <li>Non standard characters can be read and displayed
3157           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3158             applet via textbox
3159           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3160             name &amp; description
3161           <li>Preference setting to display sequence name in
3162             italics
3163           <li>Annotation file format extended to allow
3164             Sequence_groups to be defined
3165           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3166             specified in preferences
3167           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3168             sequences
3169         </ul>
3170       </td>
3171       <td>
3172         <ul>
3173           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3174             installed
3175           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3176           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3177         </ul>
3178       </td>
3179     </tr>
3180     <tr>
3181       <td>
3182         <div align="center">
3183           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3184         </div>
3185       </td>
3186       <td>
3187         <ul>
3188           <li>Multiple views on alignment
3189           <li>Sequence feature editing
3190           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3191           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3192           <li>Background dependent text colour
3193           <li>Right align sequence ids
3194           <li>User-defined lower case residue colours
3195           <li>Format Menu
3196           <li>Select Menu
3197           <li>Menu item accelerator keys
3198           <li>Control-V pastes to current alignment
3199           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3200           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3201           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3202
3203           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3204         </ul>
3205       </td>
3206       <td>
3207         <ul>
3208           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3209           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3210             calculations
3211           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3212             edits
3213           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3214             of alignment)
3215           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3216
3217           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3218             display correctly
3219           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3220           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3221             analysis results
3222           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3223             &#8739;
3224           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3225           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3226           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3227
3228         </ul>
3229       </td>
3230     </tr>
3231     <tr>
3232       <td>
3233         <div align="center">
3234           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3235         </div>
3236       </td>
3237       <td>
3238         <ul>
3239           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3240         </ul>
3241       </td>
3242       <td>
3243         <ul>
3244           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3245             sequence id panel has been resized</li>
3246           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3247             rendered</li>
3248           <li>Annotation files with sequence references - all
3249             elements in file are relative to sequence position</li>
3250           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3251         </ul>
3252       </td>
3253     </tr>
3254     <tr>
3255       <td>
3256         <div align="center">
3257           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3258         </div>
3259       </td>
3260       <td>
3261         <ul>
3262           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3263           <li>DAS Feature fetching</li>
3264           <li>Hide sequences and columns</li>
3265           <li>Export Annotations and Features</li>
3266           <li>GFF file reading / writing</li>
3267           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3268             files</li>
3269           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3270           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3271           <li>Applet can launch the full application</li>
3272           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3273             required)</li>
3274           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3275           <li>Applet can load sequences from parameter
3276             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3277           </li>
3278         </ul>
3279       </td>
3280       <td>
3281         <ul>
3282           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3283           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3284           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3285         </ul>
3286       </td>
3287     </tr>
3288     <tr>
3289       <td>
3290         <div align="center">
3291           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3292         </div>
3293       </td>
3294       <td>
3295         <ul>
3296           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3297           <li>Choose to match case when searching</li>
3298           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3299             expand the visible width and height of the alignment</li>
3300         </ul>
3301       </td>
3302       <td>
3303         <ul>
3304           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3305         </ul>
3306       </td>
3307     </tr>
3308     <tr>
3309       <td>
3310         <div align="center">
3311           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3312         </div>
3313       </td>
3314       <td>&nbsp;</td>
3315       <td>
3316         <ul>
3317           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3318           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3319             value</li>
3320         </ul>
3321       </td>
3322     </tr>
3323     <tr>
3324       <td>
3325         <div align="center">
3326           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3327         </div>
3328       </td>
3329       <td>
3330         <ul>
3331           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3332           <li>Keyboard editing</li>
3333           <li>Create sequence features from searches</li>
3334           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3335             alignments</li>
3336           <li>Features file allows grouping of features</li>
3337           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3338           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3339           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3340         </ul>
3341       </td>
3342       <td>
3343         <ul>
3344           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3345           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3346             descriptions saved.</li>
3347         </ul>
3348       </td>
3349     </tr>
3350     <tr>
3351       <td>
3352         <div align="center">
3353           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3354         </div>
3355       </td>
3356       <td>
3357         <ul>
3358           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3359           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3360           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3361             name for file output</li>
3362           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3363           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3364             used for HTML form input</li>
3365         </ul>
3366       </td>
3367       <td>
3368         <ul>
3369           <li>HTML output writes groups and features</li>
3370           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3371           <li>File IO bugs</li>
3372         </ul>
3373       </td>
3374     </tr>
3375     <tr>
3376       <td>
3377         <div align="center">
3378           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3379         </div>
3380       </td>
3381       <td>
3382         <ul>
3383           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3384           <li>More options for PCA viewer</li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387       <td>
3388         <ul>
3389           <li>GUI bugs resolved</li>
3390           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3391         </ul>
3392       </td>
3393     </tr>
3394     <tr>
3395       <td height="63">
3396         <div align="center">
3397           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3398         </div>
3399       </td>
3400       <td>
3401         <ul>
3402           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3403           <li>Jar files are executable</li>
3404           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3405         </ul>
3406       </td>
3407       <td>
3408         <ul>
3409           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3410           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3411           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3412         </ul>
3413       </td>
3414     </tr>
3415     <tr>
3416       <td>
3417         <div align="center">
3418           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3419         </div>
3420       </td>
3421       <td>
3422         <ul>
3423           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3424         </ul>
3425       </td>
3426       <td>
3427         <ul>
3428           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3429         </ul>
3430       </td>
3431     </tr>
3432     <tr>
3433       <td>
3434         <div align="center">
3435           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3436         </div>
3437       </td>
3438       <td>
3439         <ul>
3440           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3441             size</li>
3442         </ul>
3443       </td>
3444       <td>
3445         <ul>
3446           <li>Improved JPred client reliability</li>
3447           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3448         </ul>
3449       </td>
3450     </tr>
3451     <tr>
3452       <td>
3453         <div align="center">
3454           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3455         </div>
3456       </td>
3457       <td>
3458         <ul>
3459           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3460           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3461           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3462             to Colour Menu</li>
3463           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3464           <li>Unix users can set default web browser</li>
3465           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3466           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3467         </ul>
3468       </td>
3469       <td>
3470         <ul>
3471           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3472         </ul>
3473       </td>
3474     </tr>
3475     <tr>
3476       <td>
3477         <div align="center">
3478           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3479         </div>
3480       </td>
3481       <td>&nbsp;</td>
3482       <td>
3483         <ul>
3484           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3485             alignment order.</li>
3486         </ul>
3487       </td>
3488     </tr>
3489     <tr>
3490       <td>
3491         <div align="center">
3492           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3493         </div>
3494       </td>
3495       <td>
3496         <ul>
3497           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3498           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3499           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3500             annotations.</li>
3501           <li>Version and build date written to build properties
3502             file.</li>
3503           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3504             at launch of Jalview.</li>
3505         </ul>
3506       </td>
3507       <td>
3508         <ul>
3509           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3510           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3511           <li>Can remove groups one by one.</li>
3512           <li>Filechooser icons installed.</li>
3513           <li>Finder ignores return character when searching.
3514             Return key will initiate a search.<br>
3515           </li>
3516         </ul>
3517       </td>
3518     </tr>
3519     <tr>
3520       <td>
3521         <div align="center">
3522           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3523         </div>
3524       </td>
3525       <td>
3526         <ul>
3527           <li>New codebase</li>
3528         </ul>
3529       </td>
3530       <td>&nbsp;</td>
3531     </tr>
3532   </table>
3533   <p>&nbsp;</p>
3534 </body>
3535 </html>