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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  74             <em>TBA</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
  82               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
  83               white)
  84             </li>
  85           </ul>
  86         </div></td>
  87       <td><div align="left">
  88           <em></em>
  89           <ul>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
  92               format setting is unticked
  93             </li>
  94             <li>
  95               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
  96               if group has show boxes format setting unticked
  97             </li>
  98           </ul>
  99         </div></td>
 100
 101     <tr>
 102       <td width="60" nowrap>
 103         <div align="center">
 104           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 105         </div>
 106       </td>
 107       <td><div align="left">
 108           <em>Calculations</em>
 109           <ul>
 110
 111             <li>
 112               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 113               ungapped positions in each column of the alignment.
 114             </li>
 115             <li>
 116               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 117               a calculation dialog box
 118             </li>
 119             <li>
 120               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 121               and memory efficiency (~30x faster)
 122             </li>
 123             <li>
 124               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 125               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 126               and other calculations
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 130               files within the Jalview codebase
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 134               Similarity may have different topology due to increased
 135               precision
 136             </li>
 137           </ul>
 138           <em>Rendering</em>
 139           <ul>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 142               model for alignments and groups
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 146               scripts
 147             </li>
 148           </ul>
 149           <em>Overview</em>
 150           <ul>
 151             <li>
 152               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 153               with alignment and overview windows
 154             </li>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 157               overview
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 161               omitted in Overview
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 165               adjustment of visible position
 166             </li>
 167           </ul>
 168
 169           <em>Data import/export</em>
 170           <ul>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 173               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 177               annotation input/output via stockholm flatfile
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 181               extension when importing structure files without embedded
 182               names or PDB accessions
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 186               format sequence substitution matrices
 187             </li>
 188           </ul>
 189           <em>User Interface</em>
 190           <ul>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 193               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 194               the application.
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 198               via Overview or sequence motif search operations
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 202               opened by double clicking gaps within sequence feature
 203               extent
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 207               aligned positions were available to create a 3D structure
 208               superposition.
 209             </li>
 210           </ul>
 211           <em>3D Structure</em>
 212           <ul>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 215               coloured in linked structure views
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 219               file-based command exchange
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 223               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 224               structures are already available for sequences
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 228               the Jalview project rather than downloaded again when the
 229               project is reopened.
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 233               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 234               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 235                 Feature</strong>)
 236             </li>
 237           </ul>
 238           <em>Web Services</em>
 239           <ul>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 245               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 246               Analysis services
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 250               cross-references provided by identifiers.org and the
 251               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 252             </li>
 253           </ul>
 254
 255           <em>Scripting</em>
 256           <ul>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 259               identifying file formats (instead of String constants)
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 263               efficiency when counting all displayed features (not
 264               backwards compatible with 2.10.1)
 265             </li>
 266           </ul>
 267           <em>Example files</em>
 268           <ul>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 271               included in the example feature file
 272             </li>
 273           </ul>
 274           <em>Documentation</em>
 275           <ul>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 278               with the built-in Java help viewer
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 282               sequence description' option
 283             </li>
 284           </ul>
 285           <em>Test Suite</em>
 286           <ul>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 289               Uniprot REST Free Text Search Client
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 296               during tests
 297             </li>
 298           </ul>
 299         </div></td>
 300       <td><div align="left">
 301           <em>Calculations</em>
 302           <ul>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 305               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 306               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 307             </li>
 308             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 309               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 310               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 311               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 312               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 313               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 314               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 315               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 316               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 317               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 318               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 319               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 320               // for 2.10.1 mode <br />
 321               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 322               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 323                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 324                 calculations (not recommended)</em></li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 327               scaling of branch lengths for trees computed using
 328               Sequence Feature Similarity.
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 332               generating output report when working with highly
 333               redundant alignments
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 337               right of selected region when gaps present on right-hand
 338               boundary
 339             </li>
 340           </ul>
 341           <em>User Interface</em>
 342           <ul>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 345               doesn't reselect a specific sequence's associated
 346               annotation after it was used for colouring a view
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 350               opened on a region of alignment without groups
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 354               of an alignment with overlapping groups
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 358               name and description match
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 362               hidden regions results in incorrect hidden regions
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 366               changing colour does not apply Conservation slider value
 367               to all groups
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 371               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 375               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 379               gaps before start of features
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 383               restored to UI when feature colour is edited
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 387               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 391               as graduate feature colour settings are modified via the
 392               dialog box
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 396               when a group defined on the alignment is resized
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 400               wrapped view result in positional status updates
 401             </li>
 402
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 405               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 409               alignment included gapped columns
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 413               widgets don't permanently disappear
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 417               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 418               T-Coffee column reliability scores)
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 422               sequence feature on gaps only
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 426               button from a Find inherit previously defined feature type
 427               rather than the Find query string
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 431               exporting tree calculated in Jalview
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 435               and then revealing them reorders sequences on the
 436               alignment
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 440               doesn't update to reflect available set of groups after
 441               interactively adding or modifying features
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 445               Linux
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 449               only excluded gaps in current sequence and ignored
 450               selection.
 451             </li>
 452           </ul>
 453           <em>Rendering</em>
 454           <ul>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 457               erratically when hidden rows or columns are present
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 461               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 462               sequence colouring
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 466               colour and group colour menu for protein alignments
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 470               reflect currently selected view or group's shading
 471               thresholds
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 475               when rendered on overview and structures when opacity at
 476               100%
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 480               overview when features overlaid on alignment
 481             </li>
 482           </ul>
 483           <em>Data import/export</em>
 484           <ul>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 487               load
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 491               added after a sequence was imported are not written to
 492               Stockholm File
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 496               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 500               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 504               with lightGray or darkGray via features file (but can
 505               specify lightgray)
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 509               when alignment view imported from project
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 513               structure and sequences extracted from structure files
 514               imported via URL and viewed in Jmol
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 518               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 519               the project is loaded and the structure viewed
 520             </li>
 521           </ul>
 522           <em>Web Services</em>
 523           <ul>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 526               release of Ensembl v.88
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 530               appear enabled in Preferences->Connections
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 534               removed from console output
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 538               Ensembl by Peptide ID
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 542               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 543               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 544               due to 'null' string rather than empty string used for
 545               residues with no corresponding PDB mapping).
 546             </li>
 547           </ul>
 548           <em>Application UI</em>
 549           <ul>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 552               menu
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 556               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 557               new documentation and tooltips added)
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 561               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 565               new features are added to alignment
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 569               changes to feature colours via the Amend features dialog
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 573               edit graduated feature colour via amend features dialog
 574               box
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 578               selection menu changes colours of alignment views
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 582               from alignment calculation workers after alignment has
 583               been closed
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 587               groups now 'Create Group'
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 591               Create/Undefine group doesn't always work
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 595               shown again after pressing 'Cancel'
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 599               adjusts start position in wrap mode
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 603               ambiguous amino acids
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 607               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 608               proteins
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 612               Defined' don't appear in Colours menu
 613             </li>
 614           </ul>
 615           <em>Applet</em>
 616           <ul>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 619               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 623               overview or linked structure view
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 627               work (since 2.8)
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 631               user-defined colourscheme doesn't restore original
 632               colourscheme
 633             </li>
 634           </ul>
 635           <em>Test Suite</em>
 636           <ul>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 639               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 643               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 644               problems with deep array comparison equality asserts in
 645               successive versions of TestNG
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 649               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 650             </li>
 651           </ul>
 652           <em>New Known Issues</em>
 653           <ul>
 654             <li>
 655               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 656               phase after a sequence motif find operation
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 660               containing just upper and lower case letters are
 661               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 665               reliably from eggnog Ortholog database
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 669               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 670               to mark columns containing highlighted regions.
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 674               doesn't always add secondary structure annotation.
 675             </li>
 676           </ul>
 677         </div>
 678     <tr>
 679       <td width="60" nowrap>
 680         <div align="center">
 681           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 682         </div>
 683       </td>
 684       <td><div align="left">
 685           <em>General</em>
 686           <ul>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 689               for all consensus calculations
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 693               3rd Oct 2016)
 694             </li>
 695             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 696               for 2016-2017</li>
 697           </ul>
 698           <em>Application</em>
 699           <ul>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 702               set of database cross-references, sorted alphabetically
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 706               from database cross references. Users with custom links
 707               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 708                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 712               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 713               Chimera session
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 717               the Chimera it is connected to is shut down
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 721               columns menu item to mark columns containing highlighted
 722               regions (e.g. from structure selections or results of a
 723               Find operation)
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 727               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 728               MSAviewer
 729             </li>
 730           </ul>
 731         </div></td>
 732       <td>
 733         <div align="left">
 734           <em>General</em>
 735           <ul>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 738               are not coloured or thresholded according to percent
 739               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 743               hydrophobic
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 747               threshold, amino acid properties)
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 751               reported as mapped to residues in a structure file in the
 752               View Mapping report
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 756               could be added multiple times to a sequence
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 760               bond features shown as two highlighted residues rather
 761               than a range in linked structure views, and treated
 762               correctly when selecting and computing trees from features
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 766               cross-references are matched to database name regardless
 767               of case
 768             </li>
 769
 770           </ul>
 771           <em>Application</em>
 772           <ul>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 775               names without regular expressions also offer links from
 776               Sequence ID
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 780               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 781               update Jalview configuration
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 785               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 789               files with similarly named sequences if dropped onto the
 790               alignment
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 794               entries where more chains exist in the PDB accession than
 795               are reported in the SIFTS file
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 799               the structure view when displayed with Chimera
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 803               panel's View->Show Chains submenu
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 807               work for wrapped alignment views
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 811               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 815               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 816               first annotation row
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 820               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 824               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 825             </li>
 826             <!-- JAL-2319 -->
 827             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 828             coordindate data
 829             </li>
 830           </ul>
 831           <!--           <em>New Known Issues</em>
 832           <ul>
 833             <li></li>
 834           </ul> -->
 835         </div>
 836       </td>
 837     </tr>
 838     <td width="60" nowrap>
 839       <div align="center">
 840         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 841           <em>25/10/2016</em></strong>
 842       </div>
 843     </td>
 844     <td><em>Application</em>
 845       <ul>
 846         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 847           view if structures already loaded</li>
 848         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 849           structure views</li>
 850       </ul></td>
 851     <td>
 852       <div align="left">
 853         <em>General</em>
 854         <ul>
 855           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 856             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 857           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 858             example sequences/projects/trees</li>
 859         </ul>
 860         <em>Application</em>
 861         <ul>
 862           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 863             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 864           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 865             without timeout for structures with multiple models or
 866             multiple sequences in alignment</li>
 867           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 868             PDB ID HEADER line</li>
 869           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 870             is performed</li>
 871           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 872             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 873           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 874           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 875             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 876             option</li>
 877           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 878             is created on the alignment</li>
 879           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 880             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 881             pop-up menu</li>
 882         </ul>
 883         <em>Build and deployment</em>
 884         <ul>
 885           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 886             tags</li>
 887         </ul>
 888         <em>New Known Issues</em>
 889         <ul>
 890           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 891             on Windows</li>
 892         </ul>
 893       </div>
 894     </td>
 895     </tr>
 896     <tr>
 897       <td width="60" nowrap>
 898         <div align="center">
 899           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 900         </div>
 901       </td>
 902       <td><em>General</em>
 903         <ul>
 904           <li>
 905             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 906           </li>
 907           <li>
 908             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 909             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 910             better PDB parsing.
 911           </li>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 914             reference sequence
 915           </li>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 918             mousing over sequence associated annotation
 919           </li>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 922             for manual entry
 923           </li>
 924           <li>
 925             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 926             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 927             for each column
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 931             showing or hiding columns containing a feature
 932           </li>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 935             group and sequence associated annotation labels
 936           </li>
 937           <li>
 938             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 939             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 940             dialogs
 941           </li>
 942
 943         </ul> <em>Application</em>
 944         <ul>
 945           <li>
 946             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 947             gene/transcript view
 948           </li>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 951             dialog
 952           </li>
 953           <li>
 954             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 955             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 959             Pfam sources to xfam.org
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 963           </li>
 964           <li>
 965             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 966             over sequences in Jalview
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 970             regions in ENA and EMBL
 971           </li>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 974             for record retrieval via ENA rest API
 975           </li>
 976           <li>
 977             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 978             complement operator
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 982             groovy script execution
 983           </li>
 984           <li>
 985             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 986             alignment window's Calculate menu
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 990             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 991           </li>
 992           <li>
 993             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 994             calculation workers from groovy scripts
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 998             Jalview projects
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1002             associations are now saved/restored from project
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1006             before sequence fetcher is opened
1007           </li>
1008           <li>
1009             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1010             database chooser opens a sequence fetcher
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1014             the UniProt REST API
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1018             the news reader opening
1019           </li>
1020           <li>
1021             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1022             querying stored in preferences
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1026             search results
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1033             menu for nucleotide sequences
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1037             and feature counts preserves alignment ordering (and
1038             debugged for complex feature sets).
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1042             viewing structures with Jalview 2.10
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1046             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1047             Ensembl Genomes REST API
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1051             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1052             (Ensembl)
1053           </li>
1054           <li>
1055             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1056             sequences
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1060             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1061             data from external database records.
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1065             efficient recovery of sequence coding and alignment
1066             annotation relationships.
1067           </li>
1068         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1069         <ul>
1070           <li>
1071             -- JAL---
1072           </li>
1073         </ul> --></td>
1074       <td>
1075         <div align="left">
1076           <em>General</em>
1077           <ul>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1080               menu on OSX
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1084               includes graduated colourschemes
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1088               working with big alignments and lots of hidden columns
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1092               at right of alignment window
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1096               contents
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1100               for DNA alignments
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1104               based tree calculation
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1108               unconserved enabled for group on alignment
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1112               set as reference
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1116               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1117               annotation
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1121               hidden columns present
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1125               user created annotation added to alignment
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1129               '()' base pair annotation
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1133               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1134               Consensus
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1138               feature not working
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1142               beginning of sequence
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1146               entry 3a6s
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1150               from a tree when t-coffee scores are shown
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1154               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1158               some structures
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1162               to Clustal, PIR and PileUp output
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1166               not visible causes alignment window to repaint
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1170               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1171               scores associated with features and annotation rows
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1175               calculation should be case independent
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1179               columns
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1183               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1184               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1188               problems when reference sequence defined and 'show
1189               non-conserved' enabled
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1193               load even when Consensus calculation is disabled
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1197               alignment does nothing
1198             </li>
1199           </ul>
1200           <em>Application</em>
1201           <ul>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1204               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1205               yet fixed for El Capitan)
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1209               output when running on non-gb/us i18n platforms
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1213               hidden sequences as flat-file alignment
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1217               launching Chimera
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1221               (also hotfix for 2.9.0b2)
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1225               reference sequence defined
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1229               alignments and views when revealing hidden columns
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1233               view in a cDNA/Protein splitframe
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1237               sequence from project when only one sequence is
1238               represented
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1242               in Structure Chooser
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1246               structure consensus didn't refresh annotation panel
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1250               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1254               dialogs format columns correctly, don't display array
1255               data, sort columns according to type
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1259               file chooser is cancelled during an image export
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1263               sequence name containing special characters
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1267               case insensitive
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1271               formatting don't wrap
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1275               truncated so L looks like I in consensus annotation
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1279               currently displayed features for the current selection or
1280               view
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1284               after fetching cross-references, and restoring from
1285               project
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1289               followed in the structure viewer
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1293               splitframe not restored from project
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1297               trailing end of protein alignment in transcript/product
1298               splitview when pad-gaps not enabled by default
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1302               is case dependent
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1306               article has been read (reopened issue due to
1307               internationalisation problems)
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1311               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1312               cross-references
1313             </li>
1314
1315             <li>
1316               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1317               alignment as HTML
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1321               multiple structures are shown for one or more sequences.
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1325               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1326               is enabled.
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1330               specific PDB id for sequence
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1334               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1335               columns' is disabled.
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1339               selects lowest rather than highest resolution structures
1340               for each sequence
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1344               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1348               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1352               after clicking on it to create new annotation for a
1353               column.
1354             </li>
1355             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1356             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1357           </ul>
1358           <em>Applet</em>
1359           <ul>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1362               hidden columns present before start of sequence
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1366               (JSON jars)
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1370               sequences are hidden in applet
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1374               deployment on examples pages.
1375             </li>
1376           </ul>
1377         </div>
1378       </td>
1379     </tr>
1380     <tr>
1381       <td width="60" nowrap>
1382         <div align="center">
1383           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1384             <em>16/10/2015</em></strong>
1385         </div>
1386       </td>
1387       <td><em>General</em>
1388         <ul>
1389           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1390             jars</li>
1391         </ul></td>
1392       <td>
1393         <div align="left">
1394           <em>Application</em>
1395           <ul>
1396             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1397               shown when tree is partitioned</li>
1398             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1399               multiple cDNA/Protein split views</li>
1400           </ul>
1401         </div>
1402       </td>
1403     </tr>
1404     <tr>
1405       <td width="60" nowrap>
1406         <div align="center">
1407           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1408             <em>8/10/2015</em></strong>
1409         </div>
1410       </td>
1411       <td><em>General</em>
1412         <ul>
1413           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1414             2.9</li>
1415         </ul> <em>Application</em>
1416         <ul>
1417           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1418           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1419           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1420         </ul> <em>Applet</em>
1421         <ul>
1422           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1423         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1424         <ul>
1425           <li>
1426             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1427             suite
1428           </li>
1429         </ul></td>
1430       <td>
1431         <div align="left">
1432           <em>General</em>
1433           <ul>
1434             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1435               incorrect when sequence start > 1</li>
1436             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1437               documentation</li>
1438             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1439             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1440               loading a features file containing HTML tags in feature
1441               description</li>
1442
1443           </ul>
1444           <em>Application</em>
1445           <ul>
1446             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1447               reimport</li>
1448             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1449               with 'trim retrieved sequences'</li>
1450             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1451               deleting selected columns</li>
1452             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1453               JNLP templates for webstart launch</li>
1454             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1455               unreleased structures for download or viewing</li>
1456             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1457               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1458             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1459               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1460             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1461               recovered from jalview project</li>
1462             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1463               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1464               alignment view</li>
1465             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1466               color schemes from BioJSON</li>
1467           </ul>
1468           <em>Applet</em>
1469           <ul>
1470             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1471               frame</li>
1472             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1473           </ul>
1474         </div>
1475       </td>
1476     </tr>
1477     <tr>
1478       <td><div align="center">
1479           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1480         </div></td>
1481       <td><em>General</em>
1482         <ul>
1483           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1484             alignments:
1485             <ul>
1486               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1487                 and DNA alignment views</li>
1488               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1489                 cDNA alignment views</li>
1490               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1491                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1492               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1493                 protein sequences</li>
1494             </ul>
1495           </li>
1496           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1497           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1498             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1499           <li>New alignment annotation file statements for
1500             reference sequences and marking hidden columns</li>
1501           <li>Reference sequence based alignment shading to
1502             highlight variation</li>
1503           <li>Select or hide columns according to alignment
1504             annotation</li>
1505           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1506           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1507             acid conservation row</li>
1508           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1509         </ul> <em>Application</em>
1510         <ul>
1511           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1512             <ul>
1513               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1514                 view with cDNA/Protein</li>
1515               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1516                 sequences are placed in the same alignment</li>
1517               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1518                 projects</li>
1519             </ul>
1520           </li>
1521
1522           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1523           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1524             Jalview windows</li>
1525
1526           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1527           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1528           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1529             be shown in VARNA</li>
1530
1531           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1532             as the active selected region</li>
1533
1534           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1535             similarity</li>
1536           <li>New Export options
1537             <ul>
1538               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1539                 region export in flat file generation</li>
1540
1541               <li>Export alignment views for display with the <a
1542                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1543
1544               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1545               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1546                 alignment figures to HTML</li>
1547           </li>
1548           <li>3D structure retrieval and display
1549             <ul>
1550               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1551                 Search API</li>
1552               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1553                 PDB structures for a sequence set</li>
1554             </ul>
1555           </li>
1556
1557           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1558             predictions</li>
1559           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1560             for one or a group of sequences</li>
1561           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1562             from the JPred4 web server</li>
1563           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1564             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1565             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1566           </li>
1567           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1568             VARNA 2D Structure'</li>
1569           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1570             Structure ..."</li>
1571
1572         </ul> <em>Applet</em>
1573         <ul>
1574           <li>New layout for applet example pages</li>
1575           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1576             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1577           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1578             Protein alignments</li>
1579         </ul> <em>Development and deployment</em>
1580         <ul>
1581           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1582           <li>Include installation type and git revision in build
1583             properties and console log output</li>
1584           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1585             storing BioJsMSA Templates</li>
1586           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1587         </ul></td>
1588       <td>
1589         <!-- <em>General</em>
1590         <ul>
1591         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1592         <ul>
1593           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1594           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1595           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1596             predictions are not highlighted in amber</li>
1597           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1598             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1599           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1600             associated structure views</li>
1601           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1602             width checkbox not enabled</li>
1603           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1604             creating user defined colours</li>
1605           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1606             mappings for just that viewer's sequences</li>
1607           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1608             multiple models in Chimera</li>
1609           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1610             over Jmol structure</li>
1611           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1612             output to text box</li>
1613           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1614             have incorrect sequence start/end</li>
1615           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1616             Jalview fails</li>
1617           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1618             work for nucleotide</li>
1619           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1620             to a grey/invisible alignment window</li>
1621           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1622             imports to different position</li>
1623           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1624             on some platforms</li>
1625           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1626             populated</li>
1627           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1628             console if Chimera has been opened</li>
1629           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1630           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1631             retrieved</li>
1632           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1633           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1634             either sequence shows on first structure</li>
1635           <li>'Show annotations' options should not make
1636             non-positional annotations visible</li>
1637           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1638             in right place after 'view flanking regions'</li>
1639           <li>File Save As type unset when current file format is
1640             unknown</li>
1641           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1642             projects</li>
1643           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1644             responsive</li>
1645           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1646             several views on same alignment</li>
1647           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1648           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1649             spaces</li>
1650         </ul> <em>Applet</em>
1651         <ul>
1652           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1653           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1654             descriptions containing angle brackets</li>
1655         </ul> <em>General</em>
1656         <ul>
1657           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1658             via jalview annotation file</li>
1659           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1660             with RNA secondary structure</li>
1661           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1662             translation doesn't work.</li>
1663           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1664           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1665             positions</li>
1666           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1667             choosing 1pt font</li>
1668           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1669             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1670             'h'</li>
1671           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1672             new feature</li>
1673           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1674             order dependent</li>
1675           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1676             sequences</li>
1677           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1678         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1679         <ul>
1680           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1681             www.jalview.org</li>
1682         </ul> <em>Application Known issues</em>
1683         <ul>
1684           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1685           <li>Misleading message appears after trying to delete
1686             solid column.</li>
1687           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1688             version launches</li>
1689           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1690             fails with a sequence mismatch</li>
1691           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1692             scrolling alignment to right</li>
1693           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1694             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1695           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1696             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1697           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1698             ultra-high resolution</li>
1699           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1700             quality and conservation</li>
1701           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1702             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1703         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1704         <ul>
1705           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1706           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1707             window is being resized</li>
1708
1709         </ul>
1710       </td>
1711     </tr>
1712     <tr>
1713       <td><div align="center">
1714           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1715         </div></td>
1716       <td><em>General</em>
1717         <ul>
1718           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1719             Certum.PL.</li>
1720           <li>Features and annotation preserved when performing
1721             pairwise alignment</li>
1722           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1723             imported/exported/displayed</li>
1724           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1725             protein secondary structure</li>
1726           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1727               post-hoc with 2.9 release</em>)
1728           </li>
1729
1730         </ul> <em>Application</em>
1731         <ul>
1732           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1733             with 3D structures</li>
1734           <li>Support for parsing RNAML</li>
1735           <li>Annotations menu for layout
1736             <ul>
1737               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1738               <li>place sequence annotation above/below alignment
1739                 annotation</li>
1740             </ul>
1741           <li>Output in Stockholm format</li>
1742           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1743             translation</li>
1744           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1745           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1746             shared between alignments</li>
1747           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1748             Jalview</li>
1749           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1750             all or current selection</li>
1751           <li>disorder and secondary structure predictions
1752             available as dataset annotation</li>
1753           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1754
1755
1756           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1757             alignments from Rfam</li>
1758           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1759
1760           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1761             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1762           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1763           <li>include installation type in build properties and
1764             console log output</li>
1765           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1766             annotation</li>
1767         </ul></td>
1768       <td>
1769         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1770         <ul>
1771           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1772             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1773           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1774             alignment</li>
1775           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1776           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1777           <li>Double click on sequence associated annotation
1778             selects only first column</li>
1779           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1780             leaves shown in tree</li>
1781           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1782             properly</li>
1783           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1784           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1785             screen and buttons not visible</li>
1786           <li>author list isn't updated if already written to
1787             Jalview properties</li>
1788           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1789             from database</li>
1790           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1791           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1792             browser search window</li>
1793           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1794             in feature settings dialog</li>
1795           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1796             desktop</li>
1797           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1798             pass validation</li>
1799           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1800             fit on screen</li>
1801           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1802             tooltip</li>
1803           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1804             defined user preset</li>
1805           <li>MSA web services warns user if they were launched
1806             with invalid input</li>
1807           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1808             Java 8</li>
1809           <li>
1810             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1811             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1812             created
1813           </li>
1814
1815         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1816         <ul>
1817         </ul> <em>General</em>
1818         <ul>
1819         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1820         <ul>
1821           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1822             memory allocation</li>
1823           <li>launchApp service doesn't automatically open
1824             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1825           <li>
1826             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1827             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1828             1.7_055 is available
1829           </li>
1830         </ul> <em>Application Known issues</em>
1831         <ul>
1832           <li>
1833             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1834             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1835             alignment to right
1836           </li>
1837           <li>
1838             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1839             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1840             with large number of ID
1841           </li>
1842           <li>
1843             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1844             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1845             start/end
1846           </li>
1847           <li>
1848             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1849             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1850             structure tracks are rearranged
1851           </li>
1852           <li>
1853             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1854             invalid rna structure positional highlighting does not
1855             highlight position of invalid base pairs
1856           </li>
1857           <li>
1858             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1859             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1860             project from alignment window file menu
1861           </li>
1862           <li>
1863             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1864             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1865             structures
1866           </li>
1867           <li>
1868             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1869             colour by RNA Helices not enabled when user created
1870             annotation added to alignment
1871           </li>
1872           <li>
1873             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1874             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1875           </li>
1876         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1877         <ul>
1878           <li>
1879             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1880             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1881           </li>
1882           <li>
1883             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1884             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1885           </li>
1886
1887           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1888             when selected</li>
1889         </ul>
1890       </td>
1891     </tr>
1892     <tr>
1893       <td><div align="center">
1894           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1895         </div></td>
1896       <td>
1897         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1898         <em>General</em>
1899         <ul>
1900           <li>Internationalisation of user interface (usually
1901             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1902           <li>Define/Undefine group on current selection with
1903             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1904           <li>Improved group creation/removal options in
1905             alignment/sequence Popup menu</li>
1906           <li>Sensible precision for symbol distribution
1907             percentages shown in logo tooltip.</li>
1908           <li>Annotation panel height set according to amount of
1909             annotation when alignment first opened</li>
1910         </ul> <em>Application</em>
1911         <ul>
1912           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1913             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1914           <li>Select columns containing particular features from
1915             Feature Settings dialog</li>
1916           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1917             sequences</li>
1918           <li>Update Jalview project format:
1919             <ul>
1920               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1921               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1922                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1923               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1924                 colouring</li>
1925             </ul>
1926           </li>
1927           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1928             (PAM250)</li>
1929           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1930             flanking regions for an alignment</li>
1931         </ul>
1932       </td>
1933       <td>
1934         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1935         <ul>
1936           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1937             running after job is cancelled</li>
1938           <li>cannot export features from alignments imported from
1939             Jalview/VAMSAS projects</li>
1940           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1941             float values</li>
1942           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1943             have 'display all symbols' flag set</li>
1944           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1945             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1946           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1947             Jalview</li>
1948           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1949             Lion/Webstart</li>
1950           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1951           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1952           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1953             alignment onto desktop</li>
1954           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1955             'extract scores' function</li>
1956           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1957             alignment window</li>
1958           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1959             performing IUPred disorder prediction</li>
1960           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1961             changing 'normalise logo' display setting</li>
1962           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1963             nothing matches query</li>
1964           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1965             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1966           </li>
1967           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1968             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1969           </li>
1970           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1971             Jalview's menu</li>
1972           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1973             'invalid literal/length code'</li>
1974           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1975             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1976           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1977             colourscheme</li>
1978
1979         </ul> <em>Applet</em>
1980         <ul>
1981           <li>Remove group option is shown even when selection is
1982             not a group</li>
1983           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1984             don't affect groups</li>
1985           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1986             colourscheme name</li>
1987           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1988             Annotation panel is not displayed</li>
1989           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1990             embedded windows</li>
1991         </ul> <em>Other</em>
1992         <ul>
1993           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1994             single sequence were not calculated</li>
1995           <li>annotation files that contain only groups imported as
1996             annotation and junk sequences</li>
1997           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1998             recognised as PFAM or BLC</li>
1999           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2000             doesn't affect background (2.8.0b1)
2001           <li></li>
2002           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2003           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2004             trailing gaps</li>
2005           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2006             registered correctly on import</li>
2007           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2008             certain alignments</li>
2009           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2010             existing annotation based 'use original colours'
2011             colourscheme loses original colours setting</li>
2012         </ul>
2013       </td>
2014     </tr>
2015     <tr>
2016       <td><div align="center">
2017           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2018             <em>30/1/2014</em></strong>
2019         </div></td>
2020       <td>
2021         <ul>
2022           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2023             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2024             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2025             open source project).
2026           </li>
2027           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2028           <li>Output in Stockholm format</li>
2029           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2030           <li>Export/import group and sequence associated line
2031             graph thresholds</li>
2032           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2033             ambiguity codes</li>
2034           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2035             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2036             works</li>
2037           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2038         </ul> <em>Other improvements</em>
2039         <ul>
2040           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2041           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2042             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2043           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2044             files</li>
2045           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2046           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2047             link but no description</li>
2048           <li>Select primary source when selecting authority in
2049             database fetcher GUI</li>
2050           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2051             Jalview</li>
2052           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2053         </ul>
2054       </td>
2055       <td>
2056         <ul>
2057           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2058             displayed</li>
2059           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2060             secondary structure annotation line</li>
2061           <li>Sequence database accessions not imported when
2062             fetching alignments from Rfam</li>
2063           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2064             identical IDs</li>
2065           <li>View all structures does not always superpose
2066             structures</li>
2067           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2068             reflect user or preset settings</li>
2069           <li>Null pointer exceptions for some services without
2070             presets or adjustable parameters</li>
2071           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2072             discover PDB xRefs</li>
2073           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2074             features with DAS</li>
2075           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2076             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2077           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2078             residue follows a gap</li>
2079           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2080             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2081           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2082             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2083           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2084             annotation already exists on alignment</li>
2085           <li>oninit javascript function should be called after
2086             initialisation completes</li>
2087           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2088             alignment window display</li>
2089           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2090           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2091             to annotation file</li>
2092           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2093             groups created</li>
2094           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2095             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2096           <li>Pressing return several times causes Number Format
2097             exceptions in keyboard mode</li>
2098           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2099             correct partitions for input data</li>
2100           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2101           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2102           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2103           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2104             mode</li>
2105           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2106             changes one row&#39;s threshold</li>
2107           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2108             doesn&#39;t open</li>
2109           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2110             quality histograms</li>
2111         </ul>
2112       </td>
2113     </tr>
2114     <tr>
2115       <td><div align="center">
2116           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2117         </div></td>
2118       <td><em>Application</em>
2119         <ul>
2120           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2121             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2122           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2123             preferences</li>
2124           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2125             in Jalview alignment window</li>
2126           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2127             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2128           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2129             RNA and ambiguity codes</li>
2130
2131           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2132           <li>Support fetching and database reference look up
2133             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2134             refs')</li>
2135           <li>Jalview project improvements
2136             <ul>
2137               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2138                 flag for annotation</li>
2139               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2140                 alignment</li>
2141               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2142                 Jalview project</li>
2143
2144             </ul>
2145           </li>
2146           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2147           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2148             running</li>
2149           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2150           <li>visual indication that web service results are still
2151             being retrieved from server</li>
2152           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2153             starts up for first time</li>
2154           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2155             services</li>
2156           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2157             client library</li>
2158           <li>Examples directory and Groovy library included in
2159             InstallAnywhere distribution</li>
2160         </ul> <em>Applet</em>
2161         <ul>
2162           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2163             visualization applet example</li>
2164         </ul> <em>General</em>
2165         <ul>
2166           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2167           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2168             defaults</li>
2169           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2170             calculation</li>
2171           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2172             matrices
2173           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2174             in HTML</li>
2175           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2176             structure contacts</li>
2177           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2178           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2179           <li>Parse sequence associated secondary structure
2180             information in Stockholm files</li>
2181           <li>HTML Export database accessions and annotation
2182             information presented in tooltip for sequences</li>
2183           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2184             style RNA alignment files</li>
2185           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2186             alignment</li>
2187           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2188             shade each sequence according to its associated alignment
2189             annotation</li>
2190           <li>New Jalview Logo</li>
2191         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2192         <ul>
2193           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2194           <li>New Website!</li>
2195         </ul></td>
2196       <td><em>Application</em>
2197         <ul>
2198           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2199             wsdbfetch REST service</li>
2200           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2201           <li>Filetype associations not installed for webstart
2202             launch</li>
2203           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2204             job execution in full once it is complete</li>
2205           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2206             uploaded via ali_file parameter</li>
2207           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2208           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2209           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2210             submitted for prediction</li>
2211           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2212             desktop window</li>
2213           <li>Putting fractional value into integer text box in
2214             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2215           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2216             windows 7</li>
2217           <li>View all structures fails with exception shown in
2218             structure view</li>
2219           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2220             escaped in a platform independent way</li>
2221           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2222             using proxy</li>
2223           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2224             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2225           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2226             failure when java web start temporary file caching is
2227             disabled</li>
2228           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2229             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2230           <li>Errors during processing of command line arguments
2231             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2232           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2233             DAS sources in sequence fetcher</li>
2234           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2235             dialog is shown</li>
2236           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2237           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2238           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2239           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2240             on OSX Mountain Lion</li>
2241           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2242             sequences with alignment annotation are pasted into the
2243             alignment</li>
2244           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2245             when loaded from Jalview project</li>
2246           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2247           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2248             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2249           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2250             associated with all views</li>
2251           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2252             annotation rows to new window</li>
2253         </ul> <em>Applet</em>
2254         <ul>
2255           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2256             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2257           <li>loading features via javascript API automatically
2258             enables feature display</li>
2259           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2260             work</li>
2261         </ul> <em>General</em>
2262         <ul>
2263           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2264           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2265             and then deselected</li>
2266           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2267           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2268             coloured with clustalx</li>
2269           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2270             exceptions and redraw errors</li>
2271           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2272             reconfigured view</li>
2273           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2274             colour</li>
2275           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2276             for lots of labels</li>
2277         </ul>
2278     </tr>
2279     <tr>
2280       <td>
2281         <div align="center">
2282           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2283         </div>
2284       </td>
2285       <td><em>Application</em>
2286         <ul>
2287           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2288           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2289           <li>View/alignment association menu to enable user to
2290             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2291             its colours/correspondences from</li>
2292           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2293           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2294             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2295           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2296           <li>Annotation row column label formatting attributes
2297             stored in project file</li>
2298           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2299             rows preserved in Jalview project file</li>
2300           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2301             saved using Desktop window menu</li>
2302           <li>Visual indication that command line arguments are
2303             still being processed</li>
2304           <li>Groovy script execution from URL</li>
2305           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2306             preferences</li>
2307           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2308             alignment with sequences that have high similarity and
2309             matching IDs</li>
2310           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2311           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2312             structures in same window</li>
2313           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2314           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2315             analysis function in its own submenu</li>
2316         </ul> <em>Applet</em>
2317         <ul>
2318           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2319             groups</li>
2320           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2321           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2322           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2323           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2324           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2325             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2326           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2327           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2328             parameters are treated as such</li>
2329           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2330             <ul>
2331               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2332               <li>Javascript callbacks for
2333                 <ul>
2334                   <li>Applet initialisation</li>
2335                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2336                 </ul>
2337               </li>
2338               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2339                 functions</li>
2340               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2341               <li>javascript structure viewer harness to pass
2342                 messages between Jmol and Jalview when running as
2343                 distinct applets</li>
2344               <li>sortBy method</li>
2345               <li>Set of applet and application examples shipped
2346                 with documentation</li>
2347               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2348                 javascript message exchange</li>
2349             </ul>
2350         </ul> <em>General</em>
2351         <ul>
2352           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2353             multiple alignments</li>
2354           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2355           <li>User configurable link to enable redirects to a
2356             www.Jalview.org mirror</li>
2357           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2358           <li>Configurable newline string when writing alignment
2359             and other flat files</li>
2360           <li>Allow alignment annotation description lines to
2361             contain html tags</li>
2362         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2363         <ul>
2364           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2365             examples</li>
2366           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2367             using a web service before displaying the result in the
2368             Jalview desktop</li>
2369           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2370           <li>Ant target to publish example html files with applet
2371             archive</li>
2372           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2373           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2374         </ul></td>
2375       <td><em>Application</em>
2376         <ul>
2377           <li>User defined colourscheme throws exception when
2378             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2379           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2380             dialog for valid filename/format</li>
2381           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2382           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2383             P37173</li>
2384           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2385             which sequence is to be associated with the file</li>
2386           <li>Find All raises null pointer exception when query
2387             only matches sequence IDs</li>
2388           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2389           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2390             2.4 cannot be loaded</li>
2391           <li>Filetype associations not installed for webstart
2392             launch</li>
2393           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2394             with sequences in different alignments do not get coloured
2395             by their associated sequence</li>
2396           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2397             not preserved when project is loaded</li>
2398           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2399             stored in Jalview project</li>
2400           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2401             Jalview project</li>
2402           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2403           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2404             by conservation</li>
2405           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2406             created on new view</li>
2407           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2408             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2409           <li>Alignment quality not updated after alignment
2410             annotation row is hidden then shown</li>
2411           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2412             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2413           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2414             properly</li>
2415           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2416             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2417           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2418           <li>Structures imported from file and saved in project
2419             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2420           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2421             job execution in full once it is complete</li>
2422         </ul> <em>Applet</em>
2423         <ul>
2424           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2425             annotation rows are displayed</li>
2426           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2427             codebase</li>
2428           <li>View follows highlighting does not work for positions
2429             in sequences</li>
2430           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2431           <li>Export features raises exception when no features
2432             exist</li>
2433           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2434             for javascript api is modified when separator string
2435             provided as parameter</li>
2436           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2437             alignment with no existing selection</li>
2438           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2439             to applet&#39;s codebase</li>
2440           <li>Status bar not updated after finished searching and
2441             search wraps around to first result</li>
2442           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2443             several Jalview applets causes race conditions and memory
2444             leaks</li>
2445           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2446             not sent from Jmol in applet</li>
2447           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2448             applet API fatally hang browser</li>
2449         </ul> <em>General</em>
2450         <ul>
2451           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2452             position with wrapped view and hidden regions</li>
2453           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2454             with/without hidden columns</li>
2455           <li>Sequence length given in alignment properties window
2456             is off by 1</li>
2457           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2458             import PDB like structure files</li>
2459           <li>Positional search results are only highlighted
2460             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2461           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2462           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2463             given sequence position</li>
2464           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2465             output</li>
2466           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2467             from nucleotide chains correctly</li>
2468           <li>Structure colours not updated when tree partition
2469             changed in alignment</li>
2470           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2471             parsed in interleaved stockholm</li>
2472           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2473             state</li>
2474           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2475             properly</li>
2476           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2477             properly associated with their pdb files</li>
2478         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2479         <ul>
2480           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2481             ApplyCopyright tool</li>
2482         </ul></td>
2483     </tr>
2484     <tr>
2485       <td>
2486         <div align="center">
2487           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2488         </div>
2489       </td>
2490       <td><em>Application</em>
2491         <ul>
2492           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2493             contact web services</li>
2494           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2495             service job window</li>
2496           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2497         </ul></td>
2498       <td>
2499         <ul>
2500           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2501             pir file emitted by Jalview</li>
2502           <li>Existing feature settings transferred to new
2503             alignment view created from cut'n'paste</li>
2504           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2505             parsing PDB files</li>
2506           <li>Consensus and conservation annotation rows
2507             occasionally become blank for all new windows</li>
2508           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2509             in wrapped view mode</li>
2510         </ul> <em>Application</em>
2511         <ul>
2512           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2513             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2514           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2515             parameter names</li>
2516           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2517             is down</li>
2518         </ul>
2519       </td>
2520     </tr>
2521     <tr>
2522       <td>
2523         <div align="center">
2524           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2525         </div>
2526       </td>
2527       <td><em>Application</em>
2528         <ul>
2529           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2530             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2531             (JABAWS)
2532           </li>
2533           <li>Web Services preference tab</li>
2534           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2535             preferences</li>
2536           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2537           <li>Superpose structures using associated sequence
2538             alignment</li>
2539           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2540             viewer</li>
2541         </ul> <em>Applet</em>
2542         <ul>
2543           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2544             link out mechanism</li>
2545         </ul> <em>Other</em>
2546         <ul>
2547           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2548             series 12</li>
2549           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2550             require Java 1.5</li>
2551           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2552             sequence annotation files</li>
2553           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2554             type colour specification</li>
2555           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2556             script to check if it being run in an interactive session or
2557             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2558         </ul></td>
2559       <td>
2560         <ul>
2561           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2562             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2563         </ul> <em>Application</em>
2564         <ul>
2565           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2566             selected Regions menu item</li>
2567           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2568             part of a valid accession ID</li>
2569           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2570             runs out of memory</li>
2571           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2572             analysis results</li>
2573           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2574             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2575           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2576         </ul> <em>Applet</em>
2577         <ul>
2578           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2579             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2580             defined.</li>
2581         </ul>
2582       </td>
2583     </tr>
2584     <tr>
2585       <td>
2586         <div align="center">
2587           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2588         </div>
2589       </td>
2590       <td></td>
2591       <td>
2592         <ul>
2593           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2594             sequence IDs</li>
2595           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2596             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2597           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2598             import correctly</li>
2599           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2600             number of columns are hidden</li>
2601           <li>annotation label popup menu not providing correct
2602             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2603             present</li>
2604           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2605             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2606           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2607             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2608
2609         </ul> <em>Applet</em>
2610         <ul>
2611           <li>annotation panel disappears when annotation is
2612             hidden/removed</li>
2613         </ul> <em>Application</em>
2614         <ul>
2615           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2616             alignment opened where annotation panel is visible but no
2617             annotations are present on alignment</li>
2618           <li>pasted region containing hidden columns is
2619             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2620           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2621             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2622           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2623             selected Rregions menu item.</li>
2624           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2625             'Un' or 'Non'conserved</li>
2626           <li>Sequence feature settings are being shared by
2627             multiple distinct alignments</li>
2628           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2629             changed</li>
2630           <li>double click on group annotation to select sequences
2631             does not propagate to associated trees</li>
2632           <li>Mac OSX specific issues:
2633             <ul>
2634               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2635                 window background</li>
2636               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2637                 name set correctly</li>
2638               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2639                 save feature colourscheme button</li>
2640             </ul>
2641           </li>
2642         </ul>
2643       </td>
2644     </tr>
2645     <tr>
2646
2647       <td>
2648         <div align="center">
2649           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2650         </div>
2651       </td>
2652       <td><em>New Capabilities</em>
2653         <ul>
2654           <li>URL links generated from description line for
2655             regular-expression based URL links (applet and application)
2656
2657           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2658             menu</li>
2659           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2660             structures</li>
2661           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2662             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2663           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2664             average score or total feature count for each sequence.</li>
2665           <li>Shading features by score or associated description</li>
2666           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2667             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2668           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2669             hide everything but the currently selected region.</li>
2670           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2671         </ul> <em>Application</em>
2672         <ul>
2673           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2674             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2675           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2676             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2677           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2678             database references and protein_name is parsed as
2679             description line (BioSapiens terms).</li>
2680           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2681             references in sequence ID tooltip from View menu in
2682             application.</li>
2683           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2684       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2685           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2686             conservation plots</li>
2687           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2688             and visualized as sequence logos</li>
2689           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2690             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2691           </li>
2692           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2693             when a new tree is opened.</li>
2694           <li>Jalview Java Console</li>
2695           <li>Better placement of desktop window when moving
2696             between different screens.</li>
2697           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2698             consensus annotation</li>
2699           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2700             Workflows</li>
2701           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2702             <ul>
2703               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2704                 used to preserve views, structures, and tree display
2705                 settings)</li>
2706               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2707                 command line</li>
2708               <li>Sharing of selected regions between views and
2709                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2710               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2711             </ul></li>
2712         </ul> <em>Applet</em>
2713         <ul>
2714           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2715           <li>New Parameters
2716             <ul>
2717               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2718                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2719                 opened.</li>
2720               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2721                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2722               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2723                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2724               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2725                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2726                 view</li>
2727               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2728                 increase the height or width of a cell in the alignment
2729                 grid relative to the current font size.</li>
2730             </ul>
2731           </li>
2732           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2733             tooltip</li>
2734         </ul> <em>Other</em>
2735         <ul>
2736           <li>Features format: graduated colour definitions and
2737             specification of feature scores</li>
2738           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2739             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2740             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2741           <li>XML formats extended to support graduated feature
2742             colourschemes, group associated annotation, and profile
2743             visualization settings.</li></td>
2744       <td>
2745         <ul>
2746           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2747             rather than description</li>
2748           <li>Non-positional features are now included in sequence
2749             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2750             visibility in tooltip).</li>
2751           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2752           <li>Added URL embedding instructions to features file
2753             documentation.</li>
2754           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2755             'X' in peptide product</li>
2756           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2757             sequence ID and sequence string and query strings do not
2758             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2759           <li>AMSA files only contain first column of
2760             multi-character column annotation labels</li>
2761           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2762             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2763             exported and re-imported)</li>
2764           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2765             name</li>
2766           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2767             as subsequence matches, and correctly reports total number
2768             of both.</li>
2769           <li>Application:
2770             <ul>
2771               <li>Better handling of exceptions during sequence
2772                 retrieval</li>
2773               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2774                 link text excludes the start_end suffix</li>
2775               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2776                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2777               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2778               <li>Sequence description lines properly shared via
2779                 VAMSAS</li>
2780               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2781                 data sources</li>
2782               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2783                 completes before alignment figures are generated.</li>
2784               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2785                 first time.</li>
2786               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2787                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2788               <li>User defined group colours properly recovered
2789                 from Jalview projects.</li>
2790             </ul>
2791           </li>
2792         </ul>
2793       </td>
2794
2795     </tr>
2796     <tr>
2797       <td>
2798         <div align="center">
2799           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2800         </div>
2801       </td>
2802       <td>
2803         <ul>
2804           <li>Experimental support for google analytics usage
2805             tracking.</li>
2806           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2807         </ul>
2808       </td>
2809       <td>
2810         <ul>
2811           <li>Race condition in applet preventing startup in
2812             jre1.6.0u12+.</li>
2813           <li>Exception when feature created from selection beyond
2814             length of sequence.</li>
2815           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2816           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2817             all sequences with a given id</li>
2818           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2819             ID string searches</li>
2820           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2821             alignment to fail with exception</li>
2822         </ul> <em>Application Issues</em>
2823         <ul>
2824           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2825           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2826             data sources</li>
2827         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2828         <ul>
2829           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2830             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2831           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2832             version (java class versioning error fixed)</li>
2833         </ul>
2834       </td>
2835     </tr>
2836     <tr>
2837       <td>
2838
2839         <div align="center">
2840           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2841         </div>
2842       </td>
2843       <td><em>User Interface</em>
2844         <ul>
2845           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2846             translation and protein products</li>
2847           <li>Linked highlighting of structure associated with
2848             residue mapping to codon position</li>
2849           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2850             and 'clear' button</li>
2851           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2852             Tools menu</li>
2853           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2854             numeric data in description line</li>
2855           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2856           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2857             of sequence</li>
2858         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2859         <ul>
2860           <li>JPred3 web service</li>
2861           <li>Prototype sequence search client (no public services
2862             available yet)</li>
2863           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2864             PFAM</li>
2865           <li>URL Links created for matching database cross
2866             references as well as sequence ID</li>
2867           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2868         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2869         <ul>
2870           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2871             databases</li>
2872           <li>Generalised database reference retrieval and
2873             validation to all fetchable databases</li>
2874           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2875             sequence command</li>
2876         </ul> <em>Import and Export</em>
2877         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2878         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2879           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2880         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2881           File</li>
2882         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2883           triplet as name of colourscheme</li>
2884         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2885         <ul>
2886           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2887           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2888             alignments (experimental)</li>
2889           <li>Create new or select existing session to join</li>
2890           <li>load and save of vamsas documents</li>
2891         </ul> <em>Application command line</em>
2892         <ul>
2893           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2894             from applet)</li>
2895           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2896             of DAS servers to query for alignment features</li>
2897           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2898             that are also automatically queried for features</li>
2899           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2900             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2901         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2902         <ul>
2903           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2904             application (when using &quot;View in full
2905             application&quot;)</li>
2906         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2907         <ul>
2908           <li>feature group display control parameter</li>
2909           <li>debug parameter</li>
2910           <li>showbutton parameter</li>
2911         </ul> <em>Applet API methods</em>
2912         <ul>
2913           <li>newView public method</li>
2914           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2915           <li>Feature display control methods</li>
2916           <li>get list of currently selected sequences</li>
2917         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2918         <ul>
2919           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2920           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2921             Jalview release.</li>
2922           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2923             property controls execution of obfuscator</li>
2924           <li>Build target for generating source distribution</li>
2925           <li>Debug flag for javacc</li>
2926           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2927             jalview.bin.Cache</li>
2928           <li>Continuous Build Integration for stable and
2929             development version of Application, Applet and source
2930             distribution</li>
2931         </ul></td>
2932       <td>
2933         <ul>
2934           <li>selected region output includes visible annotations
2935             (for certain formats)</li>
2936           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2937             for editing</li>
2938           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2939           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2940           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2941           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2942             comments</li>
2943           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2944             filenames containing a ':'</li>
2945           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2946             global sequence features</li>
2947           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2948             references from alignment sequences goes to zero</li>
2949           <li>Close of tree branch colour box without colour
2950             selection causes cascading exceptions</li>
2951           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2952           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2953             file parsing fails.</li>
2954           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2955           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2956             not a valid output format</li>
2957           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2958             vamsas</li>
2959           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2960           <li>error messages passed up and output when data read
2961             fails</li>
2962           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2963             sequence is edited</li>
2964           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2965             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2966           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2967             filetype</li>
2968           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2969             import fixed for PFAM records</li>
2970           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2971             window list</li>
2972           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2973             can be read and written correctly to annotation file</li>
2974           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2975             correctly</li>
2976           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2977             non-italic font for representatives in Applet</li>
2978           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2979             Macs.</li>
2980           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2981             Applet)</li>
2982           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2983             due to null pointer exceptions</li>
2984           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2985             first column of alignment</li>
2986           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2987             July 2008</li>
2988           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2989             file is case-insensitive</li>
2990           <li>Sequence features read from Features file appended to
2991             all sequences with matching IDs</li>
2992           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2993             containing a sub-sequence</li>
2994           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2995           <li>feature and annotation file applet parameters
2996             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2997           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2998           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2999             splash-screen version check to complete</li>
3000           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3001             when passing them to the launchApp service</li>
3002           <li>display name and local features preserved in results
3003             retrieved from web service</li>
3004           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3005             sequence fetcher initialisation</li>
3006           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3007             dasobert DAS client</li>
3008           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3009             association</li>
3010           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3011             sequences
3012           </li>
3013         </ul>
3014       </td>
3015     </tr>
3016     <tr>
3017       <td>
3018         <div align="center">
3019           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3020         </div>
3021       </td>
3022       <td>
3023         <ul>
3024           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3025           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3026           <li>Slide sequences</li>
3027           <li>Edit sequence in place</li>
3028           <li>EMBL CDS features</li>
3029           <li>DAS Feature mapping</li>
3030           <li>Feature ordering</li>
3031           <li>Alignment Properties</li>
3032           <li>Annotation Scores</li>
3033           <li>Sort by scores</li>
3034           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3035         </ul>
3036       </td>
3037       <td>
3038         <ul>
3039           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3040           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3041           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3042           <li>Feature group display state in XML</li>
3043           <li>Feature ordering in XML</li>
3044           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3045           <li>Stockholm alignment properties</li>
3046           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3047           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3048           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3049           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3050         </ul>
3051       </td>
3052
3053     </tr>
3054     <tr>
3055       <td>
3056         <div align="center">
3057           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3058         </div>
3059       </td>
3060       <td>
3061         <ul>
3062           <li>Non standard characters can be read and displayed
3063           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3064             applet via textbox
3065           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3066             name &amp; description
3067           <li>Preference setting to display sequence name in
3068             italics
3069           <li>Annotation file format extended to allow
3070             Sequence_groups to be defined
3071           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3072             specified in preferences
3073           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3074             sequences
3075         </ul>
3076       </td>
3077       <td>
3078         <ul>
3079           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3080             installed
3081           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3082           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3083         </ul>
3084       </td>
3085     </tr>
3086     <tr>
3087       <td>
3088         <div align="center">
3089           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3090         </div>
3091       </td>
3092       <td>
3093         <ul>
3094           <li>Multiple views on alignment
3095           <li>Sequence feature editing
3096           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3097           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3098           <li>Background dependent text colour
3099           <li>Right align sequence ids
3100           <li>User-defined lower case residue colours
3101           <li>Format Menu
3102           <li>Select Menu
3103           <li>Menu item accelerator keys
3104           <li>Control-V pastes to current alignment
3105           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3106           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3107           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3108
3109           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3110         </ul>
3111       </td>
3112       <td>
3113         <ul>
3114           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3115           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3116             calculations
3117           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3118             edits
3119           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3120             of alignment)
3121           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3122
3123           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3124             display correctly
3125           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3126           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3127             analysis results
3128           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3129             &#8739;
3130           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3131           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3132           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3133
3134         </ul>
3135       </td>
3136     </tr>
3137     <tr>
3138       <td>
3139         <div align="center">
3140           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3141         </div>
3142       </td>
3143       <td>
3144         <ul>
3145           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3146         </ul>
3147       </td>
3148       <td>
3149         <ul>
3150           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3151             sequence id panel has been resized</li>
3152           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3153             rendered</li>
3154           <li>Annotation files with sequence references - all
3155             elements in file are relative to sequence position</li>
3156           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3157         </ul>
3158       </td>
3159     </tr>
3160     <tr>
3161       <td>
3162         <div align="center">
3163           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3164         </div>
3165       </td>
3166       <td>
3167         <ul>
3168           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3169           <li>DAS Feature fetching</li>
3170           <li>Hide sequences and columns</li>
3171           <li>Export Annotations and Features</li>
3172           <li>GFF file reading / writing</li>
3173           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3174             files</li>
3175           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3176           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3177           <li>Applet can launch the full application</li>
3178           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3179             required)</li>
3180           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3181           <li>Applet can load sequences from parameter
3182             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3183           </li>
3184         </ul>
3185       </td>
3186       <td>
3187         <ul>
3188           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3189           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3190           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3191         </ul>
3192       </td>
3193     </tr>
3194     <tr>
3195       <td>
3196         <div align="center">
3197           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3198         </div>
3199       </td>
3200       <td>
3201         <ul>
3202           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3203           <li>Choose to match case when searching</li>
3204           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3205             expand the visible width and height of the alignment</li>
3206         </ul>
3207       </td>
3208       <td>
3209         <ul>
3210           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3211         </ul>
3212       </td>
3213     </tr>
3214     <tr>
3215       <td>
3216         <div align="center">
3217           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3218         </div>
3219       </td>
3220       <td>&nbsp;</td>
3221       <td>
3222         <ul>
3223           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3224           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3225             value</li>
3226         </ul>
3227       </td>
3228     </tr>
3229     <tr>
3230       <td>
3231         <div align="center">
3232           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3233         </div>
3234       </td>
3235       <td>
3236         <ul>
3237           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3238           <li>Keyboard editing</li>
3239           <li>Create sequence features from searches</li>
3240           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3241             alignments</li>
3242           <li>Features file allows grouping of features</li>
3243           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3244           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3245           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3246         </ul>
3247       </td>
3248       <td>
3249         <ul>
3250           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3251           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3252             descriptions saved.</li>
3253         </ul>
3254       </td>
3255     </tr>
3256     <tr>
3257       <td>
3258         <div align="center">
3259           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3260         </div>
3261       </td>
3262       <td>
3263         <ul>
3264           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3265           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3266           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3267             name for file output</li>
3268           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3269           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3270             used for HTML form input</li>
3271         </ul>
3272       </td>
3273       <td>
3274         <ul>
3275           <li>HTML output writes groups and features</li>
3276           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3277           <li>File IO bugs</li>
3278         </ul>
3279       </td>
3280     </tr>
3281     <tr>
3282       <td>
3283         <div align="center">
3284           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3285         </div>
3286       </td>
3287       <td>
3288         <ul>
3289           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3290           <li>More options for PCA viewer</li>
3291         </ul>
3292       </td>
3293       <td>
3294         <ul>
3295           <li>GUI bugs resolved</li>
3296           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3297         </ul>
3298       </td>
3299     </tr>
3300     <tr>
3301       <td height="63">
3302         <div align="center">
3303           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3304         </div>
3305       </td>
3306       <td>
3307         <ul>
3308           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3309           <li>Jar files are executable</li>
3310           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3311         </ul>
3312       </td>
3313       <td>
3314         <ul>
3315           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3316           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3317           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3318         </ul>
3319       </td>
3320     </tr>
3321     <tr>
3322       <td>
3323         <div align="center">
3324           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3325         </div>
3326       </td>
3327       <td>
3328         <ul>
3329           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3330         </ul>
3331       </td>
3332       <td>
3333         <ul>
3334           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3335         </ul>
3336       </td>
3337     </tr>
3338     <tr>
3339       <td>
3340         <div align="center">
3341           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3342         </div>
3343       </td>
3344       <td>
3345         <ul>
3346           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3347             size</li>
3348         </ul>
3349       </td>
3350       <td>
3351         <ul>
3352           <li>Improved JPred client reliability</li>
3353           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3354         </ul>
3355       </td>
3356     </tr>
3357     <tr>
3358       <td>
3359         <div align="center">
3360           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3361         </div>
3362       </td>
3363       <td>
3364         <ul>
3365           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3366           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3367           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3368             to Colour Menu</li>
3369           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3370           <li>Unix users can set default web browser</li>
3371           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3372           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3373         </ul>
3374       </td>
3375       <td>
3376         <ul>
3377           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3378         </ul>
3379       </td>
3380     </tr>
3381     <tr>
3382       <td>
3383         <div align="center">
3384           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3385         </div>
3386       </td>
3387       <td>&nbsp;</td>
3388       <td>
3389         <ul>
3390           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3391             alignment order.</li>
3392         </ul>
3393       </td>
3394     </tr>
3395     <tr>
3396       <td>
3397         <div align="center">
3398           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3399         </div>
3400       </td>
3401       <td>
3402         <ul>
3403           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3404           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3405           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3406             annotations.</li>
3407           <li>Version and build date written to build properties
3408             file.</li>
3409           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3410             at launch of Jalview.</li>
3411         </ul>
3412       </td>
3413       <td>
3414         <ul>
3415           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3416           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3417           <li>Can remove groups one by one.</li>
3418           <li>Filechooser icons installed.</li>
3419           <li>Finder ignores return character when searching.
3420             Return key will initiate a search.<br>
3421           </li>
3422         </ul>
3423       </td>
3424     </tr>
3425     <tr>
3426       <td>
3427         <div align="center">
3428           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3429         </div>
3430       </td>
3431       <td>
3432         <ul>
3433           <li>New codebase</li>
3434         </ul>
3435       </td>
3436       <td>&nbsp;</td>
3437     </tr>
3438   </table>
3439   <p>&nbsp;</p>
3440 </body>
3441 </html>