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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>23/1/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
  78               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
  79       <td><div align="left">
  80           <em>Desktop</em><ul>
  81           <ul>
  82             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
  83             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
  84             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
  85             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
  86             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
  87             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
  88             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
  89           </ul>
  90           </div>
  91       </td>
  92     </tr>
  93     <tr>
  94       <td width="60" nowrap>
  95         <div align="center">
  96           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
  97         </div>
  98       </td>
  99       <td><div align="left">
 100           <em></em>
 101           <ul>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 104               rendering of sequence features
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 108               429 rate limit request hander
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 112               their colours have changed
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 116               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 120               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 124               view from Ensembl locus cross-references
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 128               Alignment report
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 132               feature can be disabled
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 136               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 137             </li>
 138             <li>
 139               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 140               Uniprot
 141             </li>
 142           </ul>
 143           <em>Scripting</em>
 144           <ul>
 145             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 146             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 147               percent identity scores for current alignment.</li>
 148           </ul>
 149           <em>Testing and Deployment</em>
 150           <ul>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 153             </li>
 154           </ul>
 155         </div></td>
 156       <td><div align="left">
 157           <em>General</em>
 158           <ul>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 161               threshold text field doesn't trigger an update to the
 162               alignment view
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 166               strings in parallel
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 170               alignment window is closed
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 174               group visibility
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 178               takes a long time in Cursor mode
 179             </li>
 180           </ul>
 181           <em>Desktop</em>
 182           <ul>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 185               cannot be viewed in Chimera
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 189               CDS/Protein view
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 193               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 194               Search Dialogs
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 204               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 208               scrolling right in unwapped alignment view
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 212               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 213               database
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 217               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 221               features of same type and group to be selected for
 222               amending
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 226               alignments when hidden columns are present
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 230               displaying several structures
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 234               moving a window
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 238               within the Jalview desktop on OSX
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 242               when in wrapped alignment mode
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 246               hand end of alignment
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 250               each selected sequence do not have correct start/end
 251               positions
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 255               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 259               restoring project until a new view is created
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 263               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 264               configured (since 2.10.2b2)
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 268               position is adjusted
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 272               in a multi-chain structure when viewing alignment
 273               involving more than one chain (since 2.10)
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 277               if new selection moves alignment window
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 281               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 285               that produces correctly annotated transcripts and products
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 289               doesn't update associated structure view
 290             </li>
 291           </ul>
 292           <em>Applet</em><br />
 293           <ul>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 296               closing alignment panel
 297             </li>
 298           </ul>
 299           <em>BioJSON</em><br />
 300           <ul>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 303               non-positional features
 304             </li>
 305           </ul>
 306           <em>New Known Issues</em>
 307           <ul>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 310               sequence features correctly (for many previous versions of
 311               Jalview)
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 315               using cursor in wrapped panel other than top
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 319               graduated colour threshold
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 323               always preserve numbering and sequence features
 324             </li>
 325           </ul>
 326           <em>Known Java 9 Issues</em>
 327           <ul>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 330               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 331               9.01, OSX 10.10)
 332             </li>
 333           </ul>
 334         </div></td>
 335     </tr>
 336     <tr>
 337       <td width="60" nowrap>
 338         <div align="center">
 339           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 340             <em>2/10/2017</em></strong>
 341         </div>
 342       </td>
 343       <td><div align="left">
 344           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 345           <ul>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 348             </li>
 349             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 350             </li>
 351           </ul>
 352         </div></td>
 353       <td><div align="left">
 354         </div></td>
 355     </tr>
 356     <tr>
 357       <td width="60" nowrap>
 358         <div align="center">
 359           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 360             <em>7/9/2017</em></strong>
 361         </div>
 362       </td>
 363       <td><div align="left">
 364           <em></em>
 365           <ul>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 368               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 369               white)
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 373               Preferences
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 377               in size and progress bar shown as higher resolution
 378               overview is recalculated
 379             </li>
 380
 381           </ul>
 382         </div></td>
 383       <td><div align="left">
 384           <em></em>
 385           <ul>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 388               column region row by row
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 392               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 396               format setting is unticked
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 400               if group has show boxes format setting unticked
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 404               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 405               include sequences and columns not currently displayed
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 409               assemblies are imported via CIF file
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 413               displayed when threshold or conservation colouring is also
 414               enabled.
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 418               server version
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 422               dragging a selected region off the visible region of the
 423               alignment
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 427               colourscheme to all groups in a view
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 431               initially after font size change using the Font chooser or
 432               middle-mouse zoom
 433             </li>
 434           </ul>
 435         </div></td>
 436     </tr>
 437     <tr>
 438       <td width="60" nowrap>
 439         <div align="center">
 440           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 441         </div>
 442       </td>
 443       <td><div align="left">
 444           <em>Calculations</em>
 445           <ul>
 446
 447             <li>
 448               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 449               ungapped positions in each column of the alignment.
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 453               a calculation dialog box
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 457               and memory efficiency (~30x faster)
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 461               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 462               and other calculations
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 466               files within the Jalview codebase
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 470               Similarity may have different topology due to increased
 471               precision
 472             </li>
 473           </ul>
 474           <em>Rendering</em>
 475           <ul>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 478               model for alignments and groups
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 482               scripts
 483             </li>
 484           </ul>
 485           <em>Overview</em>
 486           <ul>
 487             <li>
 488               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 489               with alignment and overview windows
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 493               overview
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 497               omitted in Overview
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 501               adjustment of visible position
 502             </li>
 503           </ul>
 504
 505           <em>Data import/export</em>
 506           <ul>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 509               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 513               annotation input/output via stockholm flatfile
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 517               extension when importing structure files without embedded
 518               names or PDB accessions
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 522               format sequence substitution matrices
 523             </li>
 524           </ul>
 525           <em>User Interface</em>
 526           <ul>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 529               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 530               the application.
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 534               via Overview or sequence motif search operations
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 538               opened by double clicking gaps within sequence feature
 539               extent
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 543               aligned positions were available to create a 3D structure
 544               superposition.
 545             </li>
 546           </ul>
 547           <em>3D Structure</em>
 548           <ul>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 551               coloured in linked structure views
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 555               file-based command exchange
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 559               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 560               structures are already available for sequences
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 564               the Jalview project rather than downloaded again when the
 565               project is reopened.
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 569               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 570               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 571                 Feature</strong>)
 572             </li>
 573           </ul>
 574           <em>Web Services</em>
 575           <ul>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 581               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 582               Analysis services
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 586               cross-references provided by identifiers.org and the
 587               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 588             </li>
 589           </ul>
 590
 591           <em>Scripting</em>
 592           <ul>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 595               identifying file formats (instead of String constants)
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 599               efficiency when counting all displayed features (not
 600               backwards compatible with 2.10.1)
 601             </li>
 602           </ul>
 603           <em>Example files</em>
 604           <ul>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 607               included in the example feature file
 608             </li>
 609           </ul>
 610           <em>Documentation</em>
 611           <ul>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 614               with the built-in Java help viewer
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 618               sequence description' option
 619             </li>
 620           </ul>
 621           <em>Test Suite</em>
 622           <ul>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 625               Uniprot REST Free Text Search Client
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 632               during tests
 633             </li>
 634           </ul>
 635         </div></td>
 636       <td><div align="left">
 637           <em>Calculations</em>
 638           <ul>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 641               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 642               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 643             </li>
 644             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 645               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 646               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 647               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 648               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 649               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 650               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 651               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 652               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 653               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 654               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 655               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 656               // for 2.10.1 mode <br />
 657               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 658               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 659                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 660                 calculations (not recommended)</em></li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 663               scaling of branch lengths for trees computed using
 664               Sequence Feature Similarity.
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 668               generating output report when working with highly
 669               redundant alignments
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 673               right of selected region when gaps present on right-hand
 674               boundary
 675             </li>
 676           </ul>
 677           <em>User Interface</em>
 678           <ul>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 681               doesn't reselect a specific sequence's associated
 682               annotation after it was used for colouring a view
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 686               opened on a region of alignment without groups
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 690               of an alignment with overlapping groups
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 694               name and description match
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 698               hidden regions results in incorrect hidden regions
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 702               changing colour does not apply Conservation slider value
 703               to all groups
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 707               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 711               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 715               gaps before start of features
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 719               restored to UI when feature colour is edited
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 723               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 727               as graduate feature colour settings are modified via the
 728               dialog box
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 732               when a group defined on the alignment is resized
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 736               wrapped view result in positional status updates
 737             </li>
 738
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 741               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 745               alignment included gapped columns
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 749               widgets don't permanently disappear
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 753               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 754               T-Coffee column reliability scores)
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 758               sequence feature on gaps only
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 762               button from a Find inherit previously defined feature type
 763               rather than the Find query string
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 767               exporting tree calculated in Jalview
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 771               and then revealing them reorders sequences on the
 772               alignment
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 776               doesn't update to reflect available set of groups after
 777               interactively adding or modifying features
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 781               Linux
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 785               only excluded gaps in current sequence and ignored
 786               selection.
 787             </li>
 788           </ul>
 789           <em>Rendering</em>
 790           <ul>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 793               erratically when hidden rows or columns are present
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 797               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 798               sequence colouring
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 802               colour and group colour menu for protein alignments
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 806               reflect currently selected view or group's shading
 807               thresholds
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 811               when rendered on overview and structures when opacity at
 812               100%
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 816               overview when features overlaid on alignment
 817             </li>
 818           </ul>
 819           <em>Data import/export</em>
 820           <ul>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 823               load
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 827               added after a sequence was imported are not written to
 828               Stockholm File
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 832               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 836               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 840               with lightGray or darkGray via features file (but can
 841               specify lightgray)
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 845               when alignment view imported from project
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 849               structure and sequences extracted from structure files
 850               imported via URL and viewed in Jmol
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 854               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 855               the project is loaded and the structure viewed
 856             </li>
 857           </ul>
 858           <em>Web Services</em>
 859           <ul>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 862               release of Ensembl v.88
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 866               appear enabled in Preferences->Connections
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 870               removed from console output
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 874               Ensembl by Peptide ID
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 878               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 879               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 880               due to 'null' string rather than empty string used for
 881               residues with no corresponding PDB mapping).
 882             </li>
 883           </ul>
 884           <em>Application UI</em>
 885           <ul>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 888               menu
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 892               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 893               new documentation and tooltips added)
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 897               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 901               new features are added to alignment
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 905               changes to feature colours via the Amend features dialog
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 909               edit graduated feature colour via amend features dialog
 910               box
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 914               selection menu changes colours of alignment views
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 918               from alignment calculation workers after alignment has
 919               been closed
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 923               groups now 'Create Group'
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 927               Create/Undefine group doesn't always work
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 931               shown again after pressing 'Cancel'
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 935               adjusts start position in wrap mode
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 939               ambiguous amino acids
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 943               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 944               proteins
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 948               Defined' don't appear in Colours menu
 949             </li>
 950           </ul>
 951           <em>Applet</em>
 952           <ul>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 955               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 959               overview or linked structure view
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 963               work (since 2.8)
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 967               user-defined colourscheme doesn't restore original
 968               colourscheme
 969             </li>
 970           </ul>
 971           <em>Test Suite</em>
 972           <ul>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 975               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 979               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 980               problems with deep array comparison equality asserts in
 981               successive versions of TestNG
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 985               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 986             </li>
 987           </ul>
 988           <em>New Known Issues</em>
 989           <ul>
 990             <li>
 991               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 992               phase after a sequence motif find operation
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 996               containing just upper and lower case letters are
 997               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1001               reliably from eggnog Ortholog database
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1005               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1006               to mark columns containing highlighted regions.
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1010               doesn't always add secondary structure annotation.
1011             </li>
1012           </ul>
1013         </div>
1014     <tr>
1015       <td width="60" nowrap>
1016         <div align="center">
1017           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1018         </div>
1019       </td>
1020       <td><div align="left">
1021           <em>General</em>
1022           <ul>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1025               for all consensus calculations
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1029               3rd Oct 2016)
1030             </li>
1031             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1032               for 2016-2017</li>
1033           </ul>
1034           <em>Application</em>
1035           <ul>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1038               set of database cross-references, sorted alphabetically
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1042               from database cross references. Users with custom links
1043               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1044                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1048               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1049               Chimera session
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1053               the Chimera it is connected to is shut down
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1057               columns menu item to mark columns containing highlighted
1058               regions (e.g. from structure selections or results of a
1059               Find operation)
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1063               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1064               MSAviewer
1065             </li>
1066           </ul>
1067         </div></td>
1068       <td>
1069         <div align="left">
1070           <em>General</em>
1071           <ul>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1074               are not coloured or thresholded according to percent
1075               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1079               hydrophobic
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1083               threshold, amino acid properties)
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1087               reported as mapped to residues in a structure file in the
1088               View Mapping report
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1092               could be added multiple times to a sequence
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1096               bond features shown as two highlighted residues rather
1097               than a range in linked structure views, and treated
1098               correctly when selecting and computing trees from features
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1102               cross-references are matched to database name regardless
1103               of case
1104             </li>
1105
1106           </ul>
1107           <em>Application</em>
1108           <ul>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1111               names without regular expressions also offer links from
1112               Sequence ID
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1116               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1117               update Jalview configuration
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1121               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1125               files with similarly named sequences if dropped onto the
1126               alignment
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1130               entries where more chains exist in the PDB accession than
1131               are reported in the SIFTS file
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1135               the structure view when displayed with Chimera
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1139               panel's View->Show Chains submenu
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1143               work for wrapped alignment views
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1147               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1151               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1152               first annotation row
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1156               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1160               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1161             </li>
1162             <!-- JAL-2319 -->
1163             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1164             coordindate data
1165             </li>
1166           </ul>
1167           <!--           <em>New Known Issues</em>
1168           <ul>
1169             <li></li>
1170           </ul> -->
1171         </div>
1172       </td>
1173     </tr>
1174     <td width="60" nowrap>
1175       <div align="center">
1176         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1177           <em>25/10/2016</em></strong>
1178       </div>
1179     </td>
1180     <td><em>Application</em>
1181       <ul>
1182         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1183           view if structures already loaded</li>
1184         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1185           structure views</li>
1186       </ul></td>
1187     <td>
1188       <div align="left">
1189         <em>General</em>
1190         <ul>
1191           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1192             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1193           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1194             example sequences/projects/trees</li>
1195         </ul>
1196         <em>Application</em>
1197         <ul>
1198           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1199             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1200           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1201             without timeout for structures with multiple models or
1202             multiple sequences in alignment</li>
1203           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1204             PDB ID HEADER line</li>
1205           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1206             is performed</li>
1207           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1208             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1209           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1210           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1211             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1212             option</li>
1213           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1214             is created on the alignment</li>
1215           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1216             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1217             pop-up menu</li>
1218         </ul>
1219         <em>Build and deployment</em>
1220         <ul>
1221           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1222             tags</li>
1223         </ul>
1224         <em>New Known Issues</em>
1225         <ul>
1226           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1227             on Windows</li>
1228         </ul>
1229       </div>
1230     </td>
1231     </tr>
1232     <tr>
1233       <td width="60" nowrap>
1234         <div align="center">
1235           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1236         </div>
1237       </td>
1238       <td><em>General</em>
1239         <ul>
1240           <li>
1241             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1242           </li>
1243           <li>
1244             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1245             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1246             better PDB parsing.
1247           </li>
1248           <li>
1249             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1250             reference sequence
1251           </li>
1252           <li>
1253             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1254             mousing over sequence associated annotation
1255           </li>
1256           <li>
1257             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1258             for manual entry
1259           </li>
1260           <li>
1261             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1262             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1263             for each column
1264           </li>
1265           <li>
1266             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1267             showing or hiding columns containing a feature
1268           </li>
1269           <li>
1270             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1271             group and sequence associated annotation labels
1272           </li>
1273           <li>
1274             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1275             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1276             dialogs
1277           </li>
1278
1279         </ul> <em>Application</em>
1280         <ul>
1281           <li>
1282             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1283             gene/transcript view
1284           </li>
1285           <li>
1286             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1287             dialog
1288           </li>
1289           <li>
1290             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1291             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1292           </li>
1293           <li>
1294             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1295             Pfam sources to xfam.org
1296           </li>
1297           <li>
1298             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1299           </li>
1300           <li>
1301             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1302             over sequences in Jalview
1303           </li>
1304           <li>
1305             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1306             regions in ENA and EMBL
1307           </li>
1308           <li>
1309             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1310             for record retrieval via ENA rest API
1311           </li>
1312           <li>
1313             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1314             complement operator
1315           </li>
1316           <li>
1317             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1318             groovy script execution
1319           </li>
1320           <li>
1321             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1322             alignment window's Calculate menu
1323           </li>
1324           <li>
1325             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1326             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1327           </li>
1328           <li>
1329             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1330             calculation workers from groovy scripts
1331           </li>
1332           <li>
1333             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1334             Jalview projects
1335           </li>
1336           <li>
1337             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1338             associations are now saved/restored from project
1339           </li>
1340           <li>
1341             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1342             before sequence fetcher is opened
1343           </li>
1344           <li>
1345             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1346             database chooser opens a sequence fetcher
1347           </li>
1348           <li>
1349             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1350             the UniProt REST API
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1354             the news reader opening
1355           </li>
1356           <li>
1357             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1358             querying stored in preferences
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1362             search results
1363           </li>
1364           <li>
1365             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1369             menu for nucleotide sequences
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1373             and feature counts preserves alignment ordering (and
1374             debugged for complex feature sets).
1375           </li>
1376           <li>
1377             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1378             viewing structures with Jalview 2.10
1379           </li>
1380           <li>
1381             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1382             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1383             Ensembl Genomes REST API
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1387             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1388             (Ensembl)
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1392             sequences
1393           </li>
1394           <li>
1395             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1396             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1397             data from external database records.
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1401             efficient recovery of sequence coding and alignment
1402             annotation relationships.
1403           </li>
1404         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1405         <ul>
1406           <li>
1407             -- JAL---
1408           </li>
1409         </ul> --></td>
1410       <td>
1411         <div align="left">
1412           <em>General</em>
1413           <ul>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1416               menu on OSX
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1420               includes graduated colourschemes
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1424               working with big alignments and lots of hidden columns
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1428               at right of alignment window
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1432               contents
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1436               for DNA alignments
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1440               based tree calculation
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1444               unconserved enabled for group on alignment
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1448               set as reference
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1452               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1453               annotation
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1457               hidden columns present
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1461               user created annotation added to alignment
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1465               '()' base pair annotation
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1469               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1470               Consensus
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1474               feature not working
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1478               beginning of sequence
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1482               entry 3a6s
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1486               from a tree when t-coffee scores are shown
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1490               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1494               some structures
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1498               to Clustal, PIR and PileUp output
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1502               not visible causes alignment window to repaint
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1506               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1507               scores associated with features and annotation rows
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1511               calculation should be case independent
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1515               columns
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1519               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1520               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1524               problems when reference sequence defined and 'show
1525               non-conserved' enabled
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1529               load even when Consensus calculation is disabled
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1533               alignment does nothing
1534             </li>
1535           </ul>
1536           <em>Application</em>
1537           <ul>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1540               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1541               yet fixed for El Capitan)
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1545               output when running on non-gb/us i18n platforms
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1549               hidden sequences as flat-file alignment
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1553               launching Chimera
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1557               (also hotfix for 2.9.0b2)
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1561               reference sequence defined
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1565               alignments and views when revealing hidden columns
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1569               view in a cDNA/Protein splitframe
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1573               sequence from project when only one sequence is
1574               represented
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1578               in Structure Chooser
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1582               structure consensus didn't refresh annotation panel
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1586               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1590               dialogs format columns correctly, don't display array
1591               data, sort columns according to type
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1595               file chooser is cancelled during an image export
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1599               sequence name containing special characters
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1603               case insensitive
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1607               formatting don't wrap
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1611               truncated so L looks like I in consensus annotation
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1615               currently displayed features for the current selection or
1616               view
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1620               after fetching cross-references, and restoring from
1621               project
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1625               followed in the structure viewer
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1629               splitframe not restored from project
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1633               trailing end of protein alignment in transcript/product
1634               splitview when pad-gaps not enabled by default
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1638               is case dependent
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1642               article has been read (reopened issue due to
1643               internationalisation problems)
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1647               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1648               cross-references
1649             </li>
1650
1651             <li>
1652               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1653               alignment as HTML
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1657               multiple structures are shown for one or more sequences.
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1661               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1662               is enabled.
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1666               specific PDB id for sequence
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1670               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1671               columns' is disabled.
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1675               selects lowest rather than highest resolution structures
1676               for each sequence
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1680               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1684               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1688               after clicking on it to create new annotation for a
1689               column.
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1693               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1694             </li>
1695             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1696             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1697           </ul>
1698           <em>Applet</em>
1699           <ul>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1702               hidden columns present before start of sequence
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1706               (JSON jars)
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1710               sequences are hidden in applet
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1714               deployment on examples pages.
1715             </li>
1716           </ul>
1717         </div>
1718       </td>
1719     </tr>
1720     <tr>
1721       <td width="60" nowrap>
1722         <div align="center">
1723           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1724             <em>16/10/2015</em></strong>
1725         </div>
1726       </td>
1727       <td><em>General</em>
1728         <ul>
1729           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1730             jars</li>
1731         </ul></td>
1732       <td>
1733         <div align="left">
1734           <em>Application</em>
1735           <ul>
1736             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1737               shown when tree is partitioned</li>
1738             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1739               multiple cDNA/Protein split views</li>
1740           </ul>
1741         </div>
1742       </td>
1743     </tr>
1744     <tr>
1745       <td width="60" nowrap>
1746         <div align="center">
1747           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1748             <em>8/10/2015</em></strong>
1749         </div>
1750       </td>
1751       <td><em>General</em>
1752         <ul>
1753           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1754             2.9</li>
1755         </ul> <em>Application</em>
1756         <ul>
1757           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1758           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1759           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1760         </ul> <em>Applet</em>
1761         <ul>
1762           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1763         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1764         <ul>
1765           <li>
1766             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1767             suite
1768           </li>
1769         </ul></td>
1770       <td>
1771         <div align="left">
1772           <em>General</em>
1773           <ul>
1774             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1775               incorrect when sequence start > 1</li>
1776             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1777               documentation</li>
1778             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1779             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1780               loading a features file containing HTML tags in feature
1781               description</li>
1782
1783           </ul>
1784           <em>Application</em>
1785           <ul>
1786             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1787               reimport</li>
1788             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1789               with 'trim retrieved sequences'</li>
1790             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1791               deleting selected columns</li>
1792             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1793               JNLP templates for webstart launch</li>
1794             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1795               unreleased structures for download or viewing</li>
1796             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1797               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1798             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1799               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1800             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1801               recovered from jalview project</li>
1802             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1803               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1804               alignment view</li>
1805             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1806               color schemes from BioJSON</li>
1807           </ul>
1808           <em>Applet</em>
1809           <ul>
1810             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1811               frame</li>
1812             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1813           </ul>
1814         </div>
1815       </td>
1816     </tr>
1817     <tr>
1818       <td><div align="center">
1819           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1820         </div></td>
1821       <td><em>General</em>
1822         <ul>
1823           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1824             alignments:
1825             <ul>
1826               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1827                 and DNA alignment views</li>
1828               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1829                 cDNA alignment views</li>
1830               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1831                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1832               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1833                 protein sequences</li>
1834             </ul>
1835           </li>
1836           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1837           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1838             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1839           <li>New alignment annotation file statements for
1840             reference sequences and marking hidden columns</li>
1841           <li>Reference sequence based alignment shading to
1842             highlight variation</li>
1843           <li>Select or hide columns according to alignment
1844             annotation</li>
1845           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1846           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1847             acid conservation row</li>
1848           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1849         </ul> <em>Application</em>
1850         <ul>
1851           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1852             <ul>
1853               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1854                 view with cDNA/Protein</li>
1855               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1856                 sequences are placed in the same alignment</li>
1857               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1858                 projects</li>
1859             </ul>
1860           </li>
1861
1862           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1863           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1864             Jalview windows</li>
1865
1866           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1867           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1868           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1869             be shown in VARNA</li>
1870
1871           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1872             as the active selected region</li>
1873
1874           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1875             similarity</li>
1876           <li>New Export options
1877             <ul>
1878               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1879                 region export in flat file generation</li>
1880
1881               <li>Export alignment views for display with the <a
1882                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1883
1884               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1885               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1886                 alignment figures to HTML</li>
1887           </li>
1888           <li>3D structure retrieval and display
1889             <ul>
1890               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1891                 Search API</li>
1892               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1893                 PDB structures for a sequence set</li>
1894             </ul>
1895           </li>
1896
1897           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1898             predictions</li>
1899           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1900             for one or a group of sequences</li>
1901           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1902             from the JPred4 web server</li>
1903           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1904             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1905             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1906           </li>
1907           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1908             VARNA 2D Structure'</li>
1909           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1910             Structure ..."</li>
1911
1912         </ul> <em>Applet</em>
1913         <ul>
1914           <li>New layout for applet example pages</li>
1915           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1916             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1917           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1918             Protein alignments</li>
1919         </ul> <em>Development and deployment</em>
1920         <ul>
1921           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1922           <li>Include installation type and git revision in build
1923             properties and console log output</li>
1924           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1925             storing BioJsMSA Templates</li>
1926           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1927         </ul></td>
1928       <td>
1929         <!-- <em>General</em>
1930         <ul>
1931         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1932         <ul>
1933           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1934           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1935           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1936             predictions are not highlighted in amber</li>
1937           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1938             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1939           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1940             associated structure views</li>
1941           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1942             width checkbox not enabled</li>
1943           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1944             creating user defined colours</li>
1945           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1946             mappings for just that viewer's sequences</li>
1947           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1948             multiple models in Chimera</li>
1949           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1950             over Jmol structure</li>
1951           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1952             output to text box</li>
1953           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1954             have incorrect sequence start/end</li>
1955           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1956             Jalview fails</li>
1957           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1958             work for nucleotide</li>
1959           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1960             to a grey/invisible alignment window</li>
1961           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1962             imports to different position</li>
1963           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1964             on some platforms</li>
1965           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1966             populated</li>
1967           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1968             console if Chimera has been opened</li>
1969           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1970           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1971             retrieved</li>
1972           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1973           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1974             either sequence shows on first structure</li>
1975           <li>'Show annotations' options should not make
1976             non-positional annotations visible</li>
1977           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1978             in right place after 'view flanking regions'</li>
1979           <li>File Save As type unset when current file format is
1980             unknown</li>
1981           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1982             projects</li>
1983           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1984             responsive</li>
1985           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1986             several views on same alignment</li>
1987           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1988           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1989             spaces</li>
1990         </ul> <em>Applet</em>
1991         <ul>
1992           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1993           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1994             descriptions containing angle brackets</li>
1995         </ul> <em>General</em>
1996         <ul>
1997           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1998             via jalview annotation file</li>
1999           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2000             with RNA secondary structure</li>
2001           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2002             translation doesn't work.</li>
2003           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2004           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2005             positions</li>
2006           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2007             choosing 1pt font</li>
2008           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2009             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2010             'h'</li>
2011           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2012             new feature</li>
2013           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2014             order dependent</li>
2015           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2016             sequences</li>
2017           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2018         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2019         <ul>
2020           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2021             www.jalview.org</li>
2022         </ul> <em>Application Known issues</em>
2023         <ul>
2024           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2025           <li>Misleading message appears after trying to delete
2026             solid column.</li>
2027           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2028             version launches</li>
2029           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2030             fails with a sequence mismatch</li>
2031           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2032             scrolling alignment to right</li>
2033           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2034             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2035           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2036             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2037           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2038             ultra-high resolution</li>
2039           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2040             quality and conservation</li>
2041           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2042             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2043         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2044         <ul>
2045           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2046           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2047             window is being resized</li>
2048
2049         </ul>
2050       </td>
2051     </tr>
2052     <tr>
2053       <td><div align="center">
2054           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2055         </div></td>
2056       <td><em>General</em>
2057         <ul>
2058           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2059             Certum.PL.</li>
2060           <li>Features and annotation preserved when performing
2061             pairwise alignment</li>
2062           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2063             imported/exported/displayed</li>
2064           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2065             protein secondary structure</li>
2066           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2067               post-hoc with 2.9 release</em>)
2068           </li>
2069
2070         </ul> <em>Application</em>
2071         <ul>
2072           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2073             with 3D structures</li>
2074           <li>Support for parsing RNAML</li>
2075           <li>Annotations menu for layout
2076             <ul>
2077               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2078               <li>place sequence annotation above/below alignment
2079                 annotation</li>
2080             </ul>
2081           <li>Output in Stockholm format</li>
2082           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2083             translation</li>
2084           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2085           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2086             shared between alignments</li>
2087           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2088             Jalview</li>
2089           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2090             all or current selection</li>
2091           <li>disorder and secondary structure predictions
2092             available as dataset annotation</li>
2093           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2094
2095
2096           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2097             alignments from Rfam</li>
2098           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2099
2100           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2101             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2102           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2103           <li>include installation type in build properties and
2104             console log output</li>
2105           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2106             annotation</li>
2107         </ul></td>
2108       <td>
2109         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2110         <ul>
2111           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2112             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2113           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2114             alignment</li>
2115           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2116           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2117           <li>Double click on sequence associated annotation
2118             selects only first column</li>
2119           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2120             leaves shown in tree</li>
2121           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2122             properly</li>
2123           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2124           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2125             screen and buttons not visible</li>
2126           <li>author list isn't updated if already written to
2127             Jalview properties</li>
2128           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2129             from database</li>
2130           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2131           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2132             browser search window</li>
2133           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2134             in feature settings dialog</li>
2135           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2136             desktop</li>
2137           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2138             pass validation</li>
2139           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2140             fit on screen</li>
2141           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2142             tooltip</li>
2143           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2144             defined user preset</li>
2145           <li>MSA web services warns user if they were launched
2146             with invalid input</li>
2147           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2148             Java 8</li>
2149           <li>
2150             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2151             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2152             created
2153           </li>
2154
2155         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2156         <ul>
2157         </ul> <em>General</em>
2158         <ul>
2159         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2160         <ul>
2161           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2162             memory allocation</li>
2163           <li>launchApp service doesn't automatically open
2164             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2165           <li>
2166             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2167             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2168             1.7_055 is available
2169           </li>
2170         </ul> <em>Application Known issues</em>
2171         <ul>
2172           <li>
2173             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2174             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2175             alignment to right
2176           </li>
2177           <li>
2178             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2179             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2180             with large number of ID
2181           </li>
2182           <li>
2183             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2184             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2185             start/end
2186           </li>
2187           <li>
2188             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2189             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2190             structure tracks are rearranged
2191           </li>
2192           <li>
2193             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2194             invalid rna structure positional highlighting does not
2195             highlight position of invalid base pairs
2196           </li>
2197           <li>
2198             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2199             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2200             project from alignment window file menu
2201           </li>
2202           <li>
2203             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2204             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2205             structures
2206           </li>
2207           <li>
2208             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2209             colour by RNA Helices not enabled when user created
2210             annotation added to alignment
2211           </li>
2212           <li>
2213             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2214             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2215           </li>
2216         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2217         <ul>
2218           <li>
2219             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2220             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2221           </li>
2222           <li>
2223             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2224             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2225           </li>
2226
2227           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2228             when selected</li>
2229         </ul>
2230       </td>
2231     </tr>
2232     <tr>
2233       <td><div align="center">
2234           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2235         </div></td>
2236       <td>
2237         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2238         <em>General</em>
2239         <ul>
2240           <li>Internationalisation of user interface (usually
2241             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2242           <li>Define/Undefine group on current selection with
2243             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2244           <li>Improved group creation/removal options in
2245             alignment/sequence Popup menu</li>
2246           <li>Sensible precision for symbol distribution
2247             percentages shown in logo tooltip.</li>
2248           <li>Annotation panel height set according to amount of
2249             annotation when alignment first opened</li>
2250         </ul> <em>Application</em>
2251         <ul>
2252           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2253             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2254           <li>Select columns containing particular features from
2255             Feature Settings dialog</li>
2256           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2257             sequences</li>
2258           <li>Update Jalview project format:
2259             <ul>
2260               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2261               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2262                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2263               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2264                 colouring</li>
2265             </ul>
2266           </li>
2267           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2268             (PAM250)</li>
2269           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2270             flanking regions for an alignment</li>
2271         </ul>
2272       </td>
2273       <td>
2274         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2275         <ul>
2276           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2277             running after job is cancelled</li>
2278           <li>cannot export features from alignments imported from
2279             Jalview/VAMSAS projects</li>
2280           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2281             float values</li>
2282           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2283             have 'display all symbols' flag set</li>
2284           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2285             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2286           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2287             Jalview</li>
2288           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2289             Lion/Webstart</li>
2290           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2291           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2292           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2293             alignment onto desktop</li>
2294           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2295             'extract scores' function</li>
2296           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2297             alignment window</li>
2298           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2299             performing IUPred disorder prediction</li>
2300           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2301             changing 'normalise logo' display setting</li>
2302           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2303             nothing matches query</li>
2304           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2305             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2306           </li>
2307           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2308             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2309           </li>
2310           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2311             Jalview's menu</li>
2312           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2313             'invalid literal/length code'</li>
2314           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2315             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2316           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2317             colourscheme</li>
2318
2319         </ul> <em>Applet</em>
2320         <ul>
2321           <li>Remove group option is shown even when selection is
2322             not a group</li>
2323           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2324             don't affect groups</li>
2325           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2326             colourscheme name</li>
2327           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2328             Annotation panel is not displayed</li>
2329           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2330             embedded windows</li>
2331         </ul> <em>Other</em>
2332         <ul>
2333           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2334             single sequence were not calculated</li>
2335           <li>annotation files that contain only groups imported as
2336             annotation and junk sequences</li>
2337           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2338             recognised as PFAM or BLC</li>
2339           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2340             doesn't affect background (2.8.0b1)
2341           <li></li>
2342           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2343           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2344             trailing gaps</li>
2345           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2346             registered correctly on import</li>
2347           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2348             certain alignments</li>
2349           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2350             existing annotation based 'use original colours'
2351             colourscheme loses original colours setting</li>
2352         </ul>
2353       </td>
2354     </tr>
2355     <tr>
2356       <td><div align="center">
2357           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2358             <em>30/1/2014</em></strong>
2359         </div></td>
2360       <td>
2361         <ul>
2362           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2363             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2364             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2365             open source project).
2366           </li>
2367           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2368           <li>Output in Stockholm format</li>
2369           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2370           <li>Export/import group and sequence associated line
2371             graph thresholds</li>
2372           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2373             ambiguity codes</li>
2374           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2375             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2376             works</li>
2377           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2378         </ul> <em>Other improvements</em>
2379         <ul>
2380           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2381           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2382             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2383           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2384             files</li>
2385           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2386           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2387             link but no description</li>
2388           <li>Select primary source when selecting authority in
2389             database fetcher GUI</li>
2390           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2391             Jalview</li>
2392           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2393         </ul>
2394       </td>
2395       <td>
2396         <ul>
2397           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2398             displayed</li>
2399           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2400             secondary structure annotation line</li>
2401           <li>Sequence database accessions not imported when
2402             fetching alignments from Rfam</li>
2403           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2404             identical IDs</li>
2405           <li>View all structures does not always superpose
2406             structures</li>
2407           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2408             reflect user or preset settings</li>
2409           <li>Null pointer exceptions for some services without
2410             presets or adjustable parameters</li>
2411           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2412             discover PDB xRefs</li>
2413           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2414             features with DAS</li>
2415           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2416             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2417           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2418             residue follows a gap</li>
2419           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2420             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2421           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2422             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2423           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2424             annotation already exists on alignment</li>
2425           <li>oninit javascript function should be called after
2426             initialisation completes</li>
2427           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2428             alignment window display</li>
2429           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2430           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2431             to annotation file</li>
2432           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2433             groups created</li>
2434           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2435             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2436           <li>Pressing return several times causes Number Format
2437             exceptions in keyboard mode</li>
2438           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2439             correct partitions for input data</li>
2440           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2441           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2442           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2443           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2444             mode</li>
2445           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2446             changes one row&#39;s threshold</li>
2447           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2448             doesn&#39;t open</li>
2449           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2450             quality histograms</li>
2451         </ul>
2452       </td>
2453     </tr>
2454     <tr>
2455       <td><div align="center">
2456           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2457         </div></td>
2458       <td><em>Application</em>
2459         <ul>
2460           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2461             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2462           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2463             preferences</li>
2464           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2465             in Jalview alignment window</li>
2466           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2467             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2468           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2469             RNA and ambiguity codes</li>
2470
2471           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2472           <li>Support fetching and database reference look up
2473             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2474             refs')</li>
2475           <li>Jalview project improvements
2476             <ul>
2477               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2478                 flag for annotation</li>
2479               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2480                 alignment</li>
2481               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2482                 Jalview project</li>
2483
2484             </ul>
2485           </li>
2486           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2487           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2488             running</li>
2489           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2490           <li>visual indication that web service results are still
2491             being retrieved from server</li>
2492           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2493             starts up for first time</li>
2494           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2495             services</li>
2496           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2497             client library</li>
2498           <li>Examples directory and Groovy library included in
2499             InstallAnywhere distribution</li>
2500         </ul> <em>Applet</em>
2501         <ul>
2502           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2503             visualization applet example</li>
2504         </ul> <em>General</em>
2505         <ul>
2506           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2507           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2508             defaults</li>
2509           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2510             calculation</li>
2511           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2512             matrices
2513           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2514             in HTML</li>
2515           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2516             structure contacts</li>
2517           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2518           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2519           <li>Parse sequence associated secondary structure
2520             information in Stockholm files</li>
2521           <li>HTML Export database accessions and annotation
2522             information presented in tooltip for sequences</li>
2523           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2524             style RNA alignment files</li>
2525           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2526             alignment</li>
2527           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2528             shade each sequence according to its associated alignment
2529             annotation</li>
2530           <li>New Jalview Logo</li>
2531         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2532         <ul>
2533           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2534           <li>New Website!</li>
2535         </ul></td>
2536       <td><em>Application</em>
2537         <ul>
2538           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2539             wsdbfetch REST service</li>
2540           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2541           <li>Filetype associations not installed for webstart
2542             launch</li>
2543           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2544             job execution in full once it is complete</li>
2545           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2546             uploaded via ali_file parameter</li>
2547           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2548           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2549           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2550             submitted for prediction</li>
2551           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2552             desktop window</li>
2553           <li>Putting fractional value into integer text box in
2554             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2555           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2556             windows 7</li>
2557           <li>View all structures fails with exception shown in
2558             structure view</li>
2559           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2560             escaped in a platform independent way</li>
2561           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2562             using proxy</li>
2563           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2564             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2565           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2566             failure when java web start temporary file caching is
2567             disabled</li>
2568           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2569             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2570           <li>Errors during processing of command line arguments
2571             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2572           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2573             DAS sources in sequence fetcher</li>
2574           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2575             dialog is shown</li>
2576           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2577           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2578           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2579           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2580             on OSX Mountain Lion</li>
2581           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2582             sequences with alignment annotation are pasted into the
2583             alignment</li>
2584           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2585             when loaded from Jalview project</li>
2586           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2587           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2588             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2589           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2590             associated with all views</li>
2591           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2592             annotation rows to new window</li>
2593         </ul> <em>Applet</em>
2594         <ul>
2595           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2596             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2597           <li>loading features via javascript API automatically
2598             enables feature display</li>
2599           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2600             work</li>
2601         </ul> <em>General</em>
2602         <ul>
2603           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2604           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2605             and then deselected</li>
2606           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2607           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2608             coloured with clustalx</li>
2609           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2610             exceptions and redraw errors</li>
2611           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2612             reconfigured view</li>
2613           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2614             colour</li>
2615           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2616             for lots of labels</li>
2617         </ul>
2618     </tr>
2619     <tr>
2620       <td>
2621         <div align="center">
2622           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2623         </div>
2624       </td>
2625       <td><em>Application</em>
2626         <ul>
2627           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2628           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2629           <li>View/alignment association menu to enable user to
2630             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2631             its colours/correspondences from</li>
2632           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2633           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2634             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2635           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2636           <li>Annotation row column label formatting attributes
2637             stored in project file</li>
2638           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2639             rows preserved in Jalview project file</li>
2640           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2641             saved using Desktop window menu</li>
2642           <li>Visual indication that command line arguments are
2643             still being processed</li>
2644           <li>Groovy script execution from URL</li>
2645           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2646             preferences</li>
2647           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2648             alignment with sequences that have high similarity and
2649             matching IDs</li>
2650           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2651           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2652             structures in same window</li>
2653           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2654           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2655             analysis function in its own submenu</li>
2656         </ul> <em>Applet</em>
2657         <ul>
2658           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2659             groups</li>
2660           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2661           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2662           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2663           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2664           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2665             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2666           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2667           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2668             parameters are treated as such</li>
2669           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2670             <ul>
2671               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2672               <li>Javascript callbacks for
2673                 <ul>
2674                   <li>Applet initialisation</li>
2675                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2676                 </ul>
2677               </li>
2678               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2679                 functions</li>
2680               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2681               <li>javascript structure viewer harness to pass
2682                 messages between Jmol and Jalview when running as
2683                 distinct applets</li>
2684               <li>sortBy method</li>
2685               <li>Set of applet and application examples shipped
2686                 with documentation</li>
2687               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2688                 javascript message exchange</li>
2689             </ul>
2690         </ul> <em>General</em>
2691         <ul>
2692           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2693             multiple alignments</li>
2694           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2695           <li>User configurable link to enable redirects to a
2696             www.Jalview.org mirror</li>
2697           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2698           <li>Configurable newline string when writing alignment
2699             and other flat files</li>
2700           <li>Allow alignment annotation description lines to
2701             contain html tags</li>
2702         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2703         <ul>
2704           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2705             examples</li>
2706           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2707             using a web service before displaying the result in the
2708             Jalview desktop</li>
2709           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2710           <li>Ant target to publish example html files with applet
2711             archive</li>
2712           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2713           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2714         </ul></td>
2715       <td><em>Application</em>
2716         <ul>
2717           <li>User defined colourscheme throws exception when
2718             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2719           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2720             dialog for valid filename/format</li>
2721           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2722           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2723             P37173</li>
2724           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2725             which sequence is to be associated with the file</li>
2726           <li>Find All raises null pointer exception when query
2727             only matches sequence IDs</li>
2728           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2729           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2730             2.4 cannot be loaded</li>
2731           <li>Filetype associations not installed for webstart
2732             launch</li>
2733           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2734             with sequences in different alignments do not get coloured
2735             by their associated sequence</li>
2736           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2737             not preserved when project is loaded</li>
2738           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2739             stored in Jalview project</li>
2740           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2741             Jalview project</li>
2742           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2743           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2744             by conservation</li>
2745           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2746             created on new view</li>
2747           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2748             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2749           <li>Alignment quality not updated after alignment
2750             annotation row is hidden then shown</li>
2751           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2752             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2753           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2754             properly</li>
2755           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2756             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2757           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2758           <li>Structures imported from file and saved in project
2759             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2760           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2761             job execution in full once it is complete</li>
2762         </ul> <em>Applet</em>
2763         <ul>
2764           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2765             annotation rows are displayed</li>
2766           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2767             codebase</li>
2768           <li>View follows highlighting does not work for positions
2769             in sequences</li>
2770           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2771           <li>Export features raises exception when no features
2772             exist</li>
2773           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2774             for javascript api is modified when separator string
2775             provided as parameter</li>
2776           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2777             alignment with no existing selection</li>
2778           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2779             to applet&#39;s codebase</li>
2780           <li>Status bar not updated after finished searching and
2781             search wraps around to first result</li>
2782           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2783             several Jalview applets causes race conditions and memory
2784             leaks</li>
2785           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2786             not sent from Jmol in applet</li>
2787           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2788             applet API fatally hang browser</li>
2789         </ul> <em>General</em>
2790         <ul>
2791           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2792             position with wrapped view and hidden regions</li>
2793           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2794             with/without hidden columns</li>
2795           <li>Sequence length given in alignment properties window
2796             is off by 1</li>
2797           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2798             import PDB like structure files</li>
2799           <li>Positional search results are only highlighted
2800             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2801           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2802           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2803             given sequence position</li>
2804           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2805             output</li>
2806           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2807             from nucleotide chains correctly</li>
2808           <li>Structure colours not updated when tree partition
2809             changed in alignment</li>
2810           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2811             parsed in interleaved stockholm</li>
2812           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2813             state</li>
2814           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2815             properly</li>
2816           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2817             properly associated with their pdb files</li>
2818         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2819         <ul>
2820           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2821             ApplyCopyright tool</li>
2822         </ul></td>
2823     </tr>
2824     <tr>
2825       <td>
2826         <div align="center">
2827           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2828         </div>
2829       </td>
2830       <td><em>Application</em>
2831         <ul>
2832           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2833             contact web services</li>
2834           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2835             service job window</li>
2836           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2837         </ul></td>
2838       <td>
2839         <ul>
2840           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2841             pir file emitted by Jalview</li>
2842           <li>Existing feature settings transferred to new
2843             alignment view created from cut'n'paste</li>
2844           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2845             parsing PDB files</li>
2846           <li>Consensus and conservation annotation rows
2847             occasionally become blank for all new windows</li>
2848           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2849             in wrapped view mode</li>
2850         </ul> <em>Application</em>
2851         <ul>
2852           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2853             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2854           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2855             parameter names</li>
2856           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2857             is down</li>
2858         </ul>
2859       </td>
2860     </tr>
2861     <tr>
2862       <td>
2863         <div align="center">
2864           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2865         </div>
2866       </td>
2867       <td><em>Application</em>
2868         <ul>
2869           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2870             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2871             (JABAWS)
2872           </li>
2873           <li>Web Services preference tab</li>
2874           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2875             preferences</li>
2876           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2877           <li>Superpose structures using associated sequence
2878             alignment</li>
2879           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2880             viewer</li>
2881         </ul> <em>Applet</em>
2882         <ul>
2883           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2884             link out mechanism</li>
2885         </ul> <em>Other</em>
2886         <ul>
2887           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2888             series 12</li>
2889           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2890             require Java 1.5</li>
2891           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2892             sequence annotation files</li>
2893           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2894             type colour specification</li>
2895           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2896             script to check if it being run in an interactive session or
2897             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2898         </ul></td>
2899       <td>
2900         <ul>
2901           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2902             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2903         </ul> <em>Application</em>
2904         <ul>
2905           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2906             selected Regions menu item</li>
2907           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2908             part of a valid accession ID</li>
2909           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2910             runs out of memory</li>
2911           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2912             analysis results</li>
2913           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2914             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2915           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2916         </ul> <em>Applet</em>
2917         <ul>
2918           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2919             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2920             defined.</li>
2921         </ul>
2922       </td>
2923     </tr>
2924     <tr>
2925       <td>
2926         <div align="center">
2927           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2928         </div>
2929       </td>
2930       <td></td>
2931       <td>
2932         <ul>
2933           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2934             sequence IDs</li>
2935           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2936             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2937           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2938             import correctly</li>
2939           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2940             number of columns are hidden</li>
2941           <li>annotation label popup menu not providing correct
2942             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2943             present</li>
2944           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2945             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2946           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2947             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2948
2949         </ul> <em>Applet</em>
2950         <ul>
2951           <li>annotation panel disappears when annotation is
2952             hidden/removed</li>
2953         </ul> <em>Application</em>
2954         <ul>
2955           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2956             alignment opened where annotation panel is visible but no
2957             annotations are present on alignment</li>
2958           <li>pasted region containing hidden columns is
2959             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2960           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2961             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2962           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2963             selected Rregions menu item.</li>
2964           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2965             'Un' or 'Non'conserved</li>
2966           <li>Sequence feature settings are being shared by
2967             multiple distinct alignments</li>
2968           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2969             changed</li>
2970           <li>double click on group annotation to select sequences
2971             does not propagate to associated trees</li>
2972           <li>Mac OSX specific issues:
2973             <ul>
2974               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2975                 window background</li>
2976               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2977                 name set correctly</li>
2978               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2979                 save feature colourscheme button</li>
2980             </ul>
2981           </li>
2982         </ul>
2983       </td>
2984     </tr>
2985     <tr>
2986
2987       <td>
2988         <div align="center">
2989           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2990         </div>
2991       </td>
2992       <td><em>New Capabilities</em>
2993         <ul>
2994           <li>URL links generated from description line for
2995             regular-expression based URL links (applet and application)
2996
2997           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2998             menu</li>
2999           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3000             structures</li>
3001           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3002             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3003           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3004             average score or total feature count for each sequence.</li>
3005           <li>Shading features by score or associated description</li>
3006           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3007             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3008           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3009             hide everything but the currently selected region.</li>
3010           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3011         </ul> <em>Application</em>
3012         <ul>
3013           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3014             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3015           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3016             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3017           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3018             database references and protein_name is parsed as
3019             description line (BioSapiens terms).</li>
3020           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3021             references in sequence ID tooltip from View menu in
3022             application.</li>
3023           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3024       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3025           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3026             conservation plots</li>
3027           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3028             and visualized as sequence logos</li>
3029           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3030             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3031           </li>
3032           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3033             when a new tree is opened.</li>
3034           <li>Jalview Java Console</li>
3035           <li>Better placement of desktop window when moving
3036             between different screens.</li>
3037           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3038             consensus annotation</li>
3039           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3040             Workflows</li>
3041           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3042             <ul>
3043               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3044                 used to preserve views, structures, and tree display
3045                 settings)</li>
3046               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3047                 command line</li>
3048               <li>Sharing of selected regions between views and
3049                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3050               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3051             </ul></li>
3052         </ul> <em>Applet</em>
3053         <ul>
3054           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3055           <li>New Parameters
3056             <ul>
3057               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3058                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3059                 opened.</li>
3060               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3061                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3062               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3063                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3064               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3065                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3066                 view</li>
3067               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3068                 increase the height or width of a cell in the alignment
3069                 grid relative to the current font size.</li>
3070             </ul>
3071           </li>
3072           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3073             tooltip</li>
3074         </ul> <em>Other</em>
3075         <ul>
3076           <li>Features format: graduated colour definitions and
3077             specification of feature scores</li>
3078           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3079             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3080             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3081           <li>XML formats extended to support graduated feature
3082             colourschemes, group associated annotation, and profile
3083             visualization settings.</li></td>
3084       <td>
3085         <ul>
3086           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3087             rather than description</li>
3088           <li>Non-positional features are now included in sequence
3089             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3090             visibility in tooltip).</li>
3091           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3092           <li>Added URL embedding instructions to features file
3093             documentation.</li>
3094           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3095             'X' in peptide product</li>
3096           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3097             sequence ID and sequence string and query strings do not
3098             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3099           <li>AMSA files only contain first column of
3100             multi-character column annotation labels</li>
3101           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3102             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3103             exported and re-imported)</li>
3104           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3105             name</li>
3106           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3107             as subsequence matches, and correctly reports total number
3108             of both.</li>
3109           <li>Application:
3110             <ul>
3111               <li>Better handling of exceptions during sequence
3112                 retrieval</li>
3113               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3114                 link text excludes the start_end suffix</li>
3115               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3116                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3117               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3118               <li>Sequence description lines properly shared via
3119                 VAMSAS</li>
3120               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3121                 data sources</li>
3122               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3123                 completes before alignment figures are generated.</li>
3124               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3125                 first time.</li>
3126               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3127                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3128               <li>User defined group colours properly recovered
3129                 from Jalview projects.</li>
3130             </ul>
3131           </li>
3132         </ul>
3133       </td>
3134
3135     </tr>
3136     <tr>
3137       <td>
3138         <div align="center">
3139           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3140         </div>
3141       </td>
3142       <td>
3143         <ul>
3144           <li>Experimental support for google analytics usage
3145             tracking.</li>
3146           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3147         </ul>
3148       </td>
3149       <td>
3150         <ul>
3151           <li>Race condition in applet preventing startup in
3152             jre1.6.0u12+.</li>
3153           <li>Exception when feature created from selection beyond
3154             length of sequence.</li>
3155           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3156           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3157             all sequences with a given id</li>
3158           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3159             ID string searches</li>
3160           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3161             alignment to fail with exception</li>
3162         </ul> <em>Application Issues</em>
3163         <ul>
3164           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3165           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3166             data sources</li>
3167         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3168         <ul>
3169           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3170             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3171           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3172             version (java class versioning error fixed)</li>
3173         </ul>
3174       </td>
3175     </tr>
3176     <tr>
3177       <td>
3178
3179         <div align="center">
3180           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3181         </div>
3182       </td>
3183       <td><em>User Interface</em>
3184         <ul>
3185           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3186             translation and protein products</li>
3187           <li>Linked highlighting of structure associated with
3188             residue mapping to codon position</li>
3189           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3190             and 'clear' button</li>
3191           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3192             Tools menu</li>
3193           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3194             numeric data in description line</li>
3195           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3196           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3197             of sequence</li>
3198         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3199         <ul>
3200           <li>JPred3 web service</li>
3201           <li>Prototype sequence search client (no public services
3202             available yet)</li>
3203           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3204             PFAM</li>
3205           <li>URL Links created for matching database cross
3206             references as well as sequence ID</li>
3207           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3208         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3209         <ul>
3210           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3211             databases</li>
3212           <li>Generalised database reference retrieval and
3213             validation to all fetchable databases</li>
3214           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3215             sequence command</li>
3216         </ul> <em>Import and Export</em>
3217         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3218         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3219           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3220         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3221           File</li>
3222         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3223           triplet as name of colourscheme</li>
3224         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3225         <ul>
3226           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3227           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3228             alignments (experimental)</li>
3229           <li>Create new or select existing session to join</li>
3230           <li>load and save of vamsas documents</li>
3231         </ul> <em>Application command line</em>
3232         <ul>
3233           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3234             from applet)</li>
3235           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3236             of DAS servers to query for alignment features</li>
3237           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3238             that are also automatically queried for features</li>
3239           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3240             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3241         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3242         <ul>
3243           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3244             application (when using &quot;View in full
3245             application&quot;)</li>
3246         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3247         <ul>
3248           <li>feature group display control parameter</li>
3249           <li>debug parameter</li>
3250           <li>showbutton parameter</li>
3251         </ul> <em>Applet API methods</em>
3252         <ul>
3253           <li>newView public method</li>
3254           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3255           <li>Feature display control methods</li>
3256           <li>get list of currently selected sequences</li>
3257         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3258         <ul>
3259           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3260           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3261             Jalview release.</li>
3262           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3263             property controls execution of obfuscator</li>
3264           <li>Build target for generating source distribution</li>
3265           <li>Debug flag for javacc</li>
3266           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3267             jalview.bin.Cache</li>
3268           <li>Continuous Build Integration for stable and
3269             development version of Application, Applet and source
3270             distribution</li>
3271         </ul></td>
3272       <td>
3273         <ul>
3274           <li>selected region output includes visible annotations
3275             (for certain formats)</li>
3276           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3277             for editing</li>
3278           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3279           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3280           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3281           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3282             comments</li>
3283           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3284             filenames containing a ':'</li>
3285           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3286             global sequence features</li>
3287           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3288             references from alignment sequences goes to zero</li>
3289           <li>Close of tree branch colour box without colour
3290             selection causes cascading exceptions</li>
3291           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3292           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3293             file parsing fails.</li>
3294           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3295           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3296             not a valid output format</li>
3297           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3298             vamsas</li>
3299           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3300           <li>error messages passed up and output when data read
3301             fails</li>
3302           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3303             sequence is edited</li>
3304           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3305             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3306           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3307             filetype</li>
3308           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3309             import fixed for PFAM records</li>
3310           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3311             window list</li>
3312           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3313             can be read and written correctly to annotation file</li>
3314           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3315             correctly</li>
3316           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3317             non-italic font for representatives in Applet</li>
3318           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3319             Macs.</li>
3320           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3321             Applet)</li>
3322           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3323             due to null pointer exceptions</li>
3324           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3325             first column of alignment</li>
3326           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3327             July 2008</li>
3328           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3329             file is case-insensitive</li>
3330           <li>Sequence features read from Features file appended to
3331             all sequences with matching IDs</li>
3332           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3333             containing a sub-sequence</li>
3334           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3335           <li>feature and annotation file applet parameters
3336             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3337           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3338           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3339             splash-screen version check to complete</li>
3340           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3341             when passing them to the launchApp service</li>
3342           <li>display name and local features preserved in results
3343             retrieved from web service</li>
3344           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3345             sequence fetcher initialisation</li>
3346           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3347             dasobert DAS client</li>
3348           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3349             association</li>
3350           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3351             sequences
3352           </li>
3353         </ul>
3354       </td>
3355     </tr>
3356     <tr>
3357       <td>
3358         <div align="center">
3359           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3360         </div>
3361       </td>
3362       <td>
3363         <ul>
3364           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3365           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3366           <li>Slide sequences</li>
3367           <li>Edit sequence in place</li>
3368           <li>EMBL CDS features</li>
3369           <li>DAS Feature mapping</li>
3370           <li>Feature ordering</li>
3371           <li>Alignment Properties</li>
3372           <li>Annotation Scores</li>
3373           <li>Sort by scores</li>
3374           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3375         </ul>
3376       </td>
3377       <td>
3378         <ul>
3379           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3380           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3381           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3382           <li>Feature group display state in XML</li>
3383           <li>Feature ordering in XML</li>
3384           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3385           <li>Stockholm alignment properties</li>
3386           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3387           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3388           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3389           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3390         </ul>
3391       </td>
3392
3393     </tr>
3394     <tr>
3395       <td>
3396         <div align="center">
3397           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3398         </div>
3399       </td>
3400       <td>
3401         <ul>
3402           <li>Non standard characters can be read and displayed
3403           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3404             applet via textbox
3405           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3406             name &amp; description
3407           <li>Preference setting to display sequence name in
3408             italics
3409           <li>Annotation file format extended to allow
3410             Sequence_groups to be defined
3411           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3412             specified in preferences
3413           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3414             sequences
3415         </ul>
3416       </td>
3417       <td>
3418         <ul>
3419           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3420             installed
3421           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3422           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3423         </ul>
3424       </td>
3425     </tr>
3426     <tr>
3427       <td>
3428         <div align="center">
3429           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3430         </div>
3431       </td>
3432       <td>
3433         <ul>
3434           <li>Multiple views on alignment
3435           <li>Sequence feature editing
3436           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3437           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3438           <li>Background dependent text colour
3439           <li>Right align sequence ids
3440           <li>User-defined lower case residue colours
3441           <li>Format Menu
3442           <li>Select Menu
3443           <li>Menu item accelerator keys
3444           <li>Control-V pastes to current alignment
3445           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3446           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3447           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3448
3449           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3450         </ul>
3451       </td>
3452       <td>
3453         <ul>
3454           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3455           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3456             calculations
3457           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3458             edits
3459           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3460             of alignment)
3461           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3462
3463           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3464             display correctly
3465           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3466           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3467             analysis results
3468           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3469             &#8739;
3470           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3471           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3472           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3473
3474         </ul>
3475       </td>
3476     </tr>
3477     <tr>
3478       <td>
3479         <div align="center">
3480           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3481         </div>
3482       </td>
3483       <td>
3484         <ul>
3485           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3486         </ul>
3487       </td>
3488       <td>
3489         <ul>
3490           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3491             sequence id panel has been resized</li>
3492           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3493             rendered</li>
3494           <li>Annotation files with sequence references - all
3495             elements in file are relative to sequence position</li>
3496           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3497         </ul>
3498       </td>
3499     </tr>
3500     <tr>
3501       <td>
3502         <div align="center">
3503           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3504         </div>
3505       </td>
3506       <td>
3507         <ul>
3508           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3509           <li>DAS Feature fetching</li>
3510           <li>Hide sequences and columns</li>
3511           <li>Export Annotations and Features</li>
3512           <li>GFF file reading / writing</li>
3513           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3514             files</li>
3515           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3516           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3517           <li>Applet can launch the full application</li>
3518           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3519             required)</li>
3520           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3521           <li>Applet can load sequences from parameter
3522             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3523           </li>
3524         </ul>
3525       </td>
3526       <td>
3527         <ul>
3528           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3529           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3530           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3531         </ul>
3532       </td>
3533     </tr>
3534     <tr>
3535       <td>
3536         <div align="center">
3537           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3538         </div>
3539       </td>
3540       <td>
3541         <ul>
3542           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3543           <li>Choose to match case when searching</li>
3544           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3545             expand the visible width and height of the alignment</li>
3546         </ul>
3547       </td>
3548       <td>
3549         <ul>
3550           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3551         </ul>
3552       </td>
3553     </tr>
3554     <tr>
3555       <td>
3556         <div align="center">
3557           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3558         </div>
3559       </td>
3560       <td>&nbsp;</td>
3561       <td>
3562         <ul>
3563           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3564           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3565             value</li>
3566         </ul>
3567       </td>
3568     </tr>
3569     <tr>
3570       <td>
3571         <div align="center">
3572           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3573         </div>
3574       </td>
3575       <td>
3576         <ul>
3577           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3578           <li>Keyboard editing</li>
3579           <li>Create sequence features from searches</li>
3580           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3581             alignments</li>
3582           <li>Features file allows grouping of features</li>
3583           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3584           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3585           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3586         </ul>
3587       </td>
3588       <td>
3589         <ul>
3590           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3591           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3592             descriptions saved.</li>
3593         </ul>
3594       </td>
3595     </tr>
3596     <tr>
3597       <td>
3598         <div align="center">
3599           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3600         </div>
3601       </td>
3602       <td>
3603         <ul>
3604           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3605           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3606           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3607             name for file output</li>
3608           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3609           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3610             used for HTML form input</li>
3611         </ul>
3612       </td>
3613       <td>
3614         <ul>
3615           <li>HTML output writes groups and features</li>
3616           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3617           <li>File IO bugs</li>
3618         </ul>
3619       </td>
3620     </tr>
3621     <tr>
3622       <td>
3623         <div align="center">
3624           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3625         </div>
3626       </td>
3627       <td>
3628         <ul>
3629           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3630           <li>More options for PCA viewer</li>
3631         </ul>
3632       </td>
3633       <td>
3634         <ul>
3635           <li>GUI bugs resolved</li>
3636           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3637         </ul>
3638       </td>
3639     </tr>
3640     <tr>
3641       <td height="63">
3642         <div align="center">
3643           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3644         </div>
3645       </td>
3646       <td>
3647         <ul>
3648           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3649           <li>Jar files are executable</li>
3650           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3651         </ul>
3652       </td>
3653       <td>
3654         <ul>
3655           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3656           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3657           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3658         </ul>
3659       </td>
3660     </tr>
3661     <tr>
3662       <td>
3663         <div align="center">
3664           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3665         </div>
3666       </td>
3667       <td>
3668         <ul>
3669           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3670         </ul>
3671       </td>
3672       <td>
3673         <ul>
3674           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3675         </ul>
3676       </td>
3677     </tr>
3678     <tr>
3679       <td>
3680         <div align="center">
3681           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3682         </div>
3683       </td>
3684       <td>
3685         <ul>
3686           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3687             size</li>
3688         </ul>
3689       </td>
3690       <td>
3691         <ul>
3692           <li>Improved JPred client reliability</li>
3693           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3694         </ul>
3695       </td>
3696     </tr>
3697     <tr>
3698       <td>
3699         <div align="center">
3700           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3701         </div>
3702       </td>
3703       <td>
3704         <ul>
3705           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3706           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3707           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3708             to Colour Menu</li>
3709           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3710           <li>Unix users can set default web browser</li>
3711           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3712           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3713         </ul>
3714       </td>
3715       <td>
3716         <ul>
3717           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3718         </ul>
3719       </td>
3720     </tr>
3721     <tr>
3722       <td>
3723         <div align="center">
3724           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3725         </div>
3726       </td>
3727       <td>&nbsp;</td>
3728       <td>
3729         <ul>
3730           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3731             alignment order.</li>
3732         </ul>
3733       </td>
3734     </tr>
3735     <tr>
3736       <td>
3737         <div align="center">
3738           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3739         </div>
3740       </td>
3741       <td>
3742         <ul>
3743           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3744           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3745           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3746             annotations.</li>
3747           <li>Version and build date written to build properties
3748             file.</li>
3749           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3750             at launch of Jalview.</li>
3751         </ul>
3752       </td>
3753       <td>
3754         <ul>
3755           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3756           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3757           <li>Can remove groups one by one.</li>
3758           <li>Filechooser icons installed.</li>
3759           <li>Finder ignores return character when searching.
3760             Return key will initiate a search.<br>
3761           </li>
3762         </ul>
3763       </td>
3764     </tr>
3765     <tr>
3766       <td>
3767         <div align="center">
3768           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3769         </div>
3770       </td>
3771       <td>
3772         <ul>
3773           <li>New codebase</li>
3774         </ul>
3775       </td>
3776       <td>&nbsp;</td>
3777     </tr>
3778   </table>
3779   <p>&nbsp;</p>
3780 </body>
3781 </html>