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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  74             <em>29/04/2019 (final due date !)</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77     <td><div align="left">
  78         <ul>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis and
  81             Viewer state is saved in Jalview Project<br />The 'Change
  82             parameters' option has also been removed from the PCA
  83             viewer.
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
  87             multiple groups when working with large alignments
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
  91             parsing stockholm files
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v9.0
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3... -->Sequence features can be filtered and
  98             shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  99             attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
 100             column 9 of GFF file)
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3139, -->More efficient sequence feature render
 104             algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now by default shows
 108             only visible region of alignment (this can be changed in
 109             user preferences)
 110           </li>
 111           <li><!--  -->
 112           </li>
 113         </ul>
 114         <em>Deprecations</em>
 115         <ul>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 118             capabilities removed from the Jalview Desktop
 119           </li>
 120         </ul>
 121         <em>Release Processes</em>
 122         <ul>
 123           <li>Atlassian Bamboo continuous integration server for
 124             unattended Test Suite execution</li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 127             operations
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (new updatable NCList
 131             implementation) used for Sequence Feature collections
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-3063 -->Castor library for XML marshalling and
 135             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 136             and XML based data retrieval clients
 137           </li>
 138           <li>
 139           <!-- JAL -->
 140
 141         </ul>
 142       </div></td>
 143     <td><div align="left">
 144         <em></em>
 145         <ul>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 148             Jalview project involving multiple views
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 152             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 153             Annotation dialog hides columns
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 157             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 158             selection in one view, then making another selection in the
 159             other view.
 160           </li>
 161           <li><!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 164             Feature Settings and Jalview Preferences panels
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 168             or the overview updates with large alignments.
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-2865 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 172             region if columns were selected by dragging right-to-left
 173             and the mouse moved to the left of the first column.
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 177             URLs doesn't tell users the invalid URL
 178           </li>
 179         </ul>
 180         <em>Editing</em>
 181         <ul>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 184             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 185             via 'Edit' sequence
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 189             sequence features correctly when start of sequence is
 190             removed (Known defect since 2.10)
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL- -->
 194           </li>
 195         </ul>
 196         <em>New Known Defects</em>
 197         <ul>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 200             on export as jalview features file
 201           </li>
 202           <li><!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 203         </ul>
 204       </div></td>
 205     </tr>
 206     <tr>
 207     <td width="60" nowrap>
 208       <div align="center">
 209         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 210       </div>
 211     </td>
 212     <td><div align="left">
 213         <em></em>
 214         <ul>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 217               InstallAnywhere increased to 1G.
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 221               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 222               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 223                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 224                 properties file.</em>
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 228               API and sequence data now imported as JSON.
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 232               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 233               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 234               property.
 235             </li>
 236           </ul>
 237           <em>Development</em>
 238           <ul>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 241               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 242                 Clover</a>
 243             </li>
 244           </ul>
 245         </div></td>
 246     <td><div align="left">
 247         <em></em>
 248         <ul>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 251               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 252               alignment.
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 256               annotation displayed.
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 260               for newly created group when 'Apply to all groups'
 261               selected
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 265               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 266               visible.
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 270               when sequences are selected in exported view.</em>
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 274               aren't rendered with correct colour.
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 278               types of knotted RNA secondary structure.
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 282               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 283               do not start at 1.
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 287               annotation when columns are inserted into an alignment,
 288               and when exporting as Stockholm flatfile.
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 292               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 293               treated as RNA secondary structure.
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 297               (not .jar) when saving a jalview project file.
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 301               transfers focus to previous window on OSX
 302             </li>
 303           </ul>
 304           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 305           <ul>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 308               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 309               box.
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 313               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 314               'look and feel' which has improved compatibility with the
 315               latest version of OSX.
 316             </li>
 317           </ul>
 318         </div>
 319     </td>
 320     </tr>
 321     <tr>
 322       <td width="60" nowrap>
 323         <div align="center">
 324           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 325             <em>7/06/2018</em></strong>
 326         </div>
 327       </td>
 328       <td><div align="left">
 329           <em></em>
 330           <ul>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 333               annotation retrieved from Uniprot
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 337               onto the Jalview Desktop
 338             </li>
 339           </ul>
 340         </div></td>
 341       <td><div align="left">
 342           <em></em>
 343           <ul>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 346               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 350               right-hand column parsed correctly
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 354               not alignment area in exported graphic
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 358               window has input focus
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 362               annotation added to view (Windows)
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 366               network connectivity is poor
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 370               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 371                 the currently open URL and links from a page viewed in
 372                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 373                 you are using Edge, only links in the page can be
 374                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 375                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 376             </li>
 377           </ul>
 378         </div></td>
 379     </tr>
 380     <tr>
 381       <td width="60" nowrap>
 382         <div align="center">
 383           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 384         </div>
 385       </td>
 386       <td><div align="left">
 387           <em></em>
 388           <ul>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 391               for disabling automatic superposition of multiple
 392               structures and open structures in existing views
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 396               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 397               adjust them.
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 401               Ensembl services
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 405               and lots of hidden columns
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 409               of features (particularly when transparency is disabled)
 410             </li>
 411           </ul>
 412           </div>
 413       </td>
 414       <td><div align="left">
 415           <ul>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 418               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 422               overlapping alignment panel
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 426               sequence as gaps
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 430               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 431               UTR
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 435               factor annotation not added to sequence when local PDB
 436               file associated with it by drag'n'drop or structure
 437               chooser
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 441               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 445               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 449               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 453               columns in annotation row
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 457               honored in batch mode
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 461               for structures added to existing Jmol view
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 465               entries after importing project with multiple views
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 469               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 470               with negative residue numbers or missing residues fails
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 474               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 475               as generated by CONSURF)
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 479               tooltip doesn't include a text description of mutation
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 483               structure and/or overview windows are also shown
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 487               very slow for alignments with large numbers of sequences
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 491               with 'StringIndexOutOfBounds'
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 495               platforms running Java 10
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 499               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 500             </li>
 501           </ul>
 502           <em>Applet</em>
 503           <ul>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 506               should copy the group consensus when popup is opened on it
 507             </li>
 508           </ul>
 509           <em>Batch Mode</em>
 510           <ul>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 513           </li>
 514           </ul>
 515           <em>New Known Defects</em>
 516           <ul>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 519               editing a large alignment and overview is displayed
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 523               repeatedly after a series of edits even when the overview
 524               is no longer reflecting updates
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 528               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 529               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 530               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 531             </li>
 532           </ul>
 533         </div>
 534           </td>
 535     </tr>
 536     <tr>
 537       <td width="60" nowrap>
 538         <div align="center">
 539           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 540         </div>
 541       </td>
 542       <td><div align="left">
 543           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 544               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 545       <td><div align="left">
 546           <em>Desktop</em><ul>
 547           <ul>
 548             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 549             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 550             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 551             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 552             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 553             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 554             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 555           </ul>
 556           </div>
 557       </td>
 558     </tr>
 559     <tr>
 560       <td width="60" nowrap>
 561         <div align="center">
 562           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 563         </div>
 564       </td>
 565       <td><div align="left">
 566           <em></em>
 567           <ul>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 570               rendering of sequence features
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 574               429 rate limit request hander
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 578               their colours have changed
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 582               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 586               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 590               view from Ensembl locus cross-references
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 594               Alignment report
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 598               feature can be disabled
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 602               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 606               Uniprot
 607             </li>
 608           </ul>
 609           <em>Scripting</em>
 610           <ul>
 611             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 612             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 613               percent identity scores for current alignment.</li>
 614           </ul>
 615           <em>Testing and Deployment</em>
 616           <ul>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 619             </li>
 620           </ul>
 621         </div></td>
 622       <td><div align="left">
 623           <em>General</em>
 624           <ul>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 627               threshold text field doesn't trigger an update to the
 628               alignment view
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 632               strings in parallel
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 636               alignment window is closed
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 640               group visibility
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 644               takes a long time in Cursor mode
 645             </li>
 646           </ul>
 647           <em>Desktop</em>
 648           <ul>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 651               cannot be viewed in Chimera
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 655               CDS/Protein view
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 659               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 660               Search Dialogs
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 670               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 674               scrolling right in unwapped alignment view
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 678               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 679               database
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 683               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 687               features of same type and group to be selected for
 688               amending
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 692               alignments when hidden columns are present
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 696               displaying several structures
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 700               moving a window
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 704               within the Jalview desktop on OSX
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 708               when in wrapped alignment mode
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 712               hand end of alignment
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 716               each selected sequence do not have correct start/end
 717               positions
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 721               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 725               restoring project until a new view is created
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 729               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 730               configured (since 2.10.2b2)
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 734               position is adjusted
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 738               in a multi-chain structure when viewing alignment
 739               involving more than one chain (since 2.10)
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 743               if new selection moves alignment window
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 747               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 751               that produces correctly annotated transcripts and products
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 755               doesn't update associated structure view
 756             </li>
 757           </ul>
 758           <em>Applet</em><br />
 759           <ul>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 762               closing alignment panel
 763             </li>
 764           </ul>
 765           <em>BioJSON</em><br />
 766           <ul>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 769               non-positional features
 770             </li>
 771           </ul>
 772           <em>New Known Issues</em>
 773           <ul>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 776               sequence features correctly (for many previous versions of
 777               Jalview)
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 781               using cursor in wrapped panel other than top
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 785               graduated colour threshold
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 789               always preserve numbering and sequence features
 790             </li>
 791           </ul>
 792           <em>Known Java 9 Issues</em>
 793           <ul>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 796               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 797               9.01, OSX 10.10)
 798             </li>
 799           </ul>
 800         </div></td>
 801     </tr>
 802     <tr>
 803       <td width="60" nowrap>
 804         <div align="center">
 805           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 806             <em>2/10/2017</em></strong>
 807         </div>
 808       </td>
 809       <td><div align="left">
 810           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 811           <ul>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 814             </li>
 815             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 816             </li>
 817           </ul>
 818         </div></td>
 819       <td><div align="left">
 820         </div></td>
 821     </tr>
 822     <tr>
 823       <td width="60" nowrap>
 824         <div align="center">
 825           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 826             <em>7/9/2017</em></strong>
 827         </div>
 828       </td>
 829       <td><div align="left">
 830           <em></em>
 831           <ul>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 834               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 835               white)
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 839               Preferences
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 843               in size and progress bar shown as higher resolution
 844               overview is recalculated
 845             </li>
 846
 847           </ul>
 848         </div></td>
 849       <td><div align="left">
 850           <em></em>
 851           <ul>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 854               column region row by row
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 858               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 862               format setting is unticked
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 866               if group has show boxes format setting unticked
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 870               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 871               include sequences and columns not currently displayed
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 875               assemblies are imported via CIF file
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 879               displayed when threshold or conservation colouring is also
 880               enabled.
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 884               server version
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 888               dragging a selected region off the visible region of the
 889               alignment
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 893               colourscheme to all groups in a view
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 897               initially after font size change using the Font chooser or
 898               middle-mouse zoom
 899             </li>
 900           </ul>
 901         </div></td>
 902     </tr>
 903     <tr>
 904       <td width="60" nowrap>
 905         <div align="center">
 906           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 907         </div>
 908       </td>
 909       <td><div align="left">
 910           <em>Calculations</em>
 911           <ul>
 912
 913             <li>
 914               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 915               ungapped positions in each column of the alignment.
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 919               a calculation dialog box
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 923               and memory efficiency (~30x faster)
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 927               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 928               and other calculations
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 932               files within the Jalview codebase
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 936               Similarity may have different topology due to increased
 937               precision
 938             </li>
 939           </ul>
 940           <em>Rendering</em>
 941           <ul>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 944               model for alignments and groups
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 948               scripts
 949             </li>
 950           </ul>
 951           <em>Overview</em>
 952           <ul>
 953             <li>
 954               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 955               with alignment and overview windows
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 959               overview
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 963               omitted in Overview
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 967               adjustment of visible position
 968             </li>
 969           </ul>
 970
 971           <em>Data import/export</em>
 972           <ul>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 975               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 979               annotation input/output via stockholm flatfile
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 983               extension when importing structure files without embedded
 984               names or PDB accessions
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 988               format sequence substitution matrices
 989             </li>
 990           </ul>
 991           <em>User Interface</em>
 992           <ul>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 995               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 996               the application.
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1000               via Overview or sequence motif search operations
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1004               opened by double clicking gaps within sequence feature
1005               extent
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1009               aligned positions were available to create a 3D structure
1010               superposition.
1011             </li>
1012           </ul>
1013           <em>3D Structure</em>
1014           <ul>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1017               coloured in linked structure views
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1021               file-based command exchange
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1025               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1026               structures are already available for sequences
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1030               the Jalview project rather than downloaded again when the
1031               project is reopened.
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1035               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1036               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1037                 Feature</strong>)
1038             </li>
1039           </ul>
1040           <em>Web Services</em>
1041           <ul>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1047               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1048               Analysis services
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1052               cross-references provided by identifiers.org and the
1053               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1054             </li>
1055           </ul>
1056
1057           <em>Scripting</em>
1058           <ul>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1061               identifying file formats (instead of String constants)
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1065               efficiency when counting all displayed features (not
1066               backwards compatible with 2.10.1)
1067             </li>
1068           </ul>
1069           <em>Example files</em>
1070           <ul>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1073               included in the example feature file
1074             </li>
1075           </ul>
1076           <em>Documentation</em>
1077           <ul>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1080               with the built-in Java help viewer
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1084               sequence description' option
1085             </li>
1086           </ul>
1087           <em>Test Suite</em>
1088           <ul>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1091               Uniprot REST Free Text Search Client
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1098               during tests
1099             </li>
1100           </ul>
1101         </div></td>
1102       <td><div align="left">
1103           <em>Calculations</em>
1104           <ul>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1107               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1108               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1109             </li>
1110             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1111               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1112               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1113               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1114               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1115               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1116               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1117               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1118               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1119               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1120               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1121               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1122               // for 2.10.1 mode <br />
1123               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1124               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1125                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1126                 calculations (not recommended)</em></li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1129               scaling of branch lengths for trees computed using
1130               Sequence Feature Similarity.
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1134               generating output report when working with highly
1135               redundant alignments
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1139               right of selected region when gaps present on right-hand
1140               boundary
1141             </li>
1142           </ul>
1143           <em>User Interface</em>
1144           <ul>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1147               doesn't reselect a specific sequence's associated
1148               annotation after it was used for colouring a view
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1152               opened on a region of alignment without groups
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1156               of an alignment with overlapping groups
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1160               name and description match
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1164               hidden regions results in incorrect hidden regions
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1168               changing colour does not apply Conservation slider value
1169               to all groups
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1173               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1177               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1181               gaps before start of features
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1185               restored to UI when feature colour is edited
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1189               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1193               as graduate feature colour settings are modified via the
1194               dialog box
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1198               when a group defined on the alignment is resized
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1202               wrapped view result in positional status updates
1203             </li>
1204
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1207               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1211               alignment included gapped columns
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1215               widgets don't permanently disappear
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1219               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1220               T-Coffee column reliability scores)
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1224               sequence feature on gaps only
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1228               button from a Find inherit previously defined feature type
1229               rather than the Find query string
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1233               exporting tree calculated in Jalview
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1237               and then revealing them reorders sequences on the
1238               alignment
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1242               doesn't update to reflect available set of groups after
1243               interactively adding or modifying features
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1247               Linux
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1251               only excluded gaps in current sequence and ignored
1252               selection.
1253             </li>
1254           </ul>
1255           <em>Rendering</em>
1256           <ul>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1259               erratically when hidden rows or columns are present
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1263               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1264               sequence colouring
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1268               colour and group colour menu for protein alignments
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1272               reflect currently selected view or group's shading
1273               thresholds
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1277               when rendered on overview and structures when opacity at
1278               100%
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1282               overview when features overlaid on alignment
1283             </li>
1284           </ul>
1285           <em>Data import/export</em>
1286           <ul>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1289               load
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1293               added after a sequence was imported are not written to
1294               Stockholm File
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1298               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1302               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1306               with lightGray or darkGray via features file (but can
1307               specify lightgray)
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1311               when alignment view imported from project
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1315               structure and sequences extracted from structure files
1316               imported via URL and viewed in Jmol
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1320               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1321               the project is loaded and the structure viewed
1322             </li>
1323           </ul>
1324           <em>Web Services</em>
1325           <ul>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1328               release of Ensembl v.88
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1332               appear enabled in Preferences->Connections
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1336               removed from console output
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1340               Ensembl by Peptide ID
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1344               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1345               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1346               due to 'null' string rather than empty string used for
1347               residues with no corresponding PDB mapping).
1348             </li>
1349           </ul>
1350           <em>Application UI</em>
1351           <ul>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1354               menu
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1358               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1359               new documentation and tooltips added)
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1363               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1367               new features are added to alignment
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1371               changes to feature colours via the Amend features dialog
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1375               edit graduated feature colour via amend features dialog
1376               box
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1380               selection menu changes colours of alignment views
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1384               from alignment calculation workers after alignment has
1385               been closed
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1389               groups now 'Create Group'
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1393               Create/Undefine group doesn't always work
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1397               shown again after pressing 'Cancel'
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1401               adjusts start position in wrap mode
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1405               ambiguous amino acids
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1409               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1410               proteins
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1414               Defined' don't appear in Colours menu
1415             </li>
1416           </ul>
1417           <em>Applet</em>
1418           <ul>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1421               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1425               overview or linked structure view
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1429               work (since 2.8)
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1433               user-defined colourscheme doesn't restore original
1434               colourscheme
1435             </li>
1436           </ul>
1437           <em>Test Suite</em>
1438           <ul>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1441               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1445               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1446               problems with deep array comparison equality asserts in
1447               successive versions of TestNG
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1451               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1452             </li>
1453           </ul>
1454           <em>New Known Issues</em>
1455           <ul>
1456             <li>
1457               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1458               phase after a sequence motif find operation
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1462               containing just upper and lower case letters are
1463               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1467               reliably from eggnog Ortholog database
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1471               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1472               to mark columns containing highlighted regions.
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1476               doesn't always add secondary structure annotation.
1477             </li>
1478           </ul>
1479         </div>
1480     <tr>
1481       <td width="60" nowrap>
1482         <div align="center">
1483           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1484         </div>
1485       </td>
1486       <td><div align="left">
1487           <em>General</em>
1488           <ul>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1491               for all consensus calculations
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1495               3rd Oct 2016)
1496             </li>
1497             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1498               for 2016-2017</li>
1499           </ul>
1500           <em>Application</em>
1501           <ul>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1504               set of database cross-references, sorted alphabetically
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1508               from database cross references. Users with custom links
1509               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1510                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1514               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1515               Chimera session
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1519               the Chimera it is connected to is shut down
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1523               columns menu item to mark columns containing highlighted
1524               regions (e.g. from structure selections or results of a
1525               Find operation)
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1529               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1530               MSAviewer
1531             </li>
1532           </ul>
1533         </div></td>
1534       <td>
1535         <div align="left">
1536           <em>General</em>
1537           <ul>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1540               are not coloured or thresholded according to percent
1541               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1545               hydrophobic
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1549               threshold, amino acid properties)
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1553               reported as mapped to residues in a structure file in the
1554               View Mapping report
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1558               could be added multiple times to a sequence
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1562               bond features shown as two highlighted residues rather
1563               than a range in linked structure views, and treated
1564               correctly when selecting and computing trees from features
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1568               cross-references are matched to database name regardless
1569               of case
1570             </li>
1571
1572           </ul>
1573           <em>Application</em>
1574           <ul>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1577               names without regular expressions also offer links from
1578               Sequence ID
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1582               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1583               update Jalview configuration
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1587               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1591               files with similarly named sequences if dropped onto the
1592               alignment
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1596               entries where more chains exist in the PDB accession than
1597               are reported in the SIFTS file
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1601               the structure view when displayed with Chimera
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1605               panel's View->Show Chains submenu
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1609               work for wrapped alignment views
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1613               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1617               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1618               first annotation row
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1622               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1626               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1627             </li>
1628             <!-- JAL-2319 -->
1629             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1630             coordindate data
1631             </li>
1632           </ul>
1633           <!--           <em>New Known Issues</em>
1634           <ul>
1635             <li></li>
1636           </ul> -->
1637         </div>
1638       </td>
1639     </tr>
1640     <td width="60" nowrap>
1641       <div align="center">
1642         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1643           <em>25/10/2016</em></strong>
1644       </div>
1645     </td>
1646     <td><em>Application</em>
1647       <ul>
1648         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1649           view if structures already loaded</li>
1650         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1651           structure views</li>
1652       </ul></td>
1653     <td>
1654       <div align="left">
1655         <em>General</em>
1656         <ul>
1657           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1658             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1659           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1660             example sequences/projects/trees</li>
1661         </ul>
1662         <em>Application</em>
1663         <ul>
1664           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1665             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1666           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1667             without timeout for structures with multiple models or
1668             multiple sequences in alignment</li>
1669           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1670             PDB ID HEADER line</li>
1671           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1672             is performed</li>
1673           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1674             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1675           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1676           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1677             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1678             option</li>
1679           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1680             is created on the alignment</li>
1681           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1682             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1683             pop-up menu</li>
1684         </ul>
1685         <em>Build and deployment</em>
1686         <ul>
1687           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1688             tags</li>
1689         </ul>
1690         <em>New Known Issues</em>
1691         <ul>
1692           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1693             on Windows</li>
1694         </ul>
1695       </div>
1696     </td>
1697     </tr>
1698     <tr>
1699       <td width="60" nowrap>
1700         <div align="center">
1701           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1702         </div>
1703       </td>
1704       <td><em>General</em>
1705         <ul>
1706           <li>
1707             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1708           </li>
1709           <li>
1710             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1711             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1712             better PDB parsing.
1713           </li>
1714           <li>
1715             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1716             reference sequence
1717           </li>
1718           <li>
1719             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1720             mousing over sequence associated annotation
1721           </li>
1722           <li>
1723             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1724             for manual entry
1725           </li>
1726           <li>
1727             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1728             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1729             for each column
1730           </li>
1731           <li>
1732             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1733             showing or hiding columns containing a feature
1734           </li>
1735           <li>
1736             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1737             group and sequence associated annotation labels
1738           </li>
1739           <li>
1740             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1741             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1742             dialogs
1743           </li>
1744
1745         </ul> <em>Application</em>
1746         <ul>
1747           <li>
1748             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1749             gene/transcript view
1750           </li>
1751           <li>
1752             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1753             dialog
1754           </li>
1755           <li>
1756             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1757             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1758           </li>
1759           <li>
1760             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1761             Pfam sources to xfam.org
1762           </li>
1763           <li>
1764             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1765           </li>
1766           <li>
1767             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1768             over sequences in Jalview
1769           </li>
1770           <li>
1771             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1772             regions in ENA and EMBL
1773           </li>
1774           <li>
1775             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1776             for record retrieval via ENA rest API
1777           </li>
1778           <li>
1779             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1780             complement operator
1781           </li>
1782           <li>
1783             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1784             groovy script execution
1785           </li>
1786           <li>
1787             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1788             alignment window's Calculate menu
1789           </li>
1790           <li>
1791             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1792             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1793           </li>
1794           <li>
1795             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1796             calculation workers from groovy scripts
1797           </li>
1798           <li>
1799             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1800             Jalview projects
1801           </li>
1802           <li>
1803             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1804             associations are now saved/restored from project
1805           </li>
1806           <li>
1807             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1808             before sequence fetcher is opened
1809           </li>
1810           <li>
1811             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1812             database chooser opens a sequence fetcher
1813           </li>
1814           <li>
1815             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1816             the UniProt REST API
1817           </li>
1818           <li>
1819             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1820             the news reader opening
1821           </li>
1822           <li>
1823             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1824             querying stored in preferences
1825           </li>
1826           <li>
1827             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1828             search results
1829           </li>
1830           <li>
1831             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1832           </li>
1833           <li>
1834             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1835             menu for nucleotide sequences
1836           </li>
1837           <li>
1838             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1839             and feature counts preserves alignment ordering (and
1840             debugged for complex feature sets).
1841           </li>
1842           <li>
1843             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1844             viewing structures with Jalview 2.10
1845           </li>
1846           <li>
1847             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1848             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1849             Ensembl Genomes REST API
1850           </li>
1851           <li>
1852             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1853             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1854             (Ensembl)
1855           </li>
1856           <li>
1857             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1858             sequences
1859           </li>
1860           <li>
1861             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1862             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1863             data from external database records.
1864           </li>
1865           <li>
1866             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1867             efficient recovery of sequence coding and alignment
1868             annotation relationships.
1869           </li>
1870         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1871         <ul>
1872           <li>
1873             -- JAL---
1874           </li>
1875         </ul> --></td>
1876       <td>
1877         <div align="left">
1878           <em>General</em>
1879           <ul>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1882               menu on OSX
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1886               includes graduated colourschemes
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1890               working with big alignments and lots of hidden columns
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1894               at right of alignment window
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1898               contents
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1902               for DNA alignments
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1906               based tree calculation
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1910               unconserved enabled for group on alignment
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1914               set as reference
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1918               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1919               annotation
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1923               hidden columns present
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1927               user created annotation added to alignment
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1931               '()' base pair annotation
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1935               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1936               Consensus
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1940               feature not working
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1944               beginning of sequence
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1948               entry 3a6s
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1952               from a tree when t-coffee scores are shown
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1956               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1960               some structures
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1964               to Clustal, PIR and PileUp output
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1968               not visible causes alignment window to repaint
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1972               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1973               scores associated with features and annotation rows
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1977               calculation should be case independent
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1981               columns
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1985               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1986               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1990               problems when reference sequence defined and 'show
1991               non-conserved' enabled
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1995               load even when Consensus calculation is disabled
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1999               alignment does nothing
2000             </li>
2001           </ul>
2002           <em>Application</em>
2003           <ul>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2006               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2007               yet fixed for El Capitan)
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2011               output when running on non-gb/us i18n platforms
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2015               hidden sequences as flat-file alignment
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2019               launching Chimera
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2023               (also hotfix for 2.9.0b2)
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2027               reference sequence defined
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2031               alignments and views when revealing hidden columns
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2035               view in a cDNA/Protein splitframe
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2039               sequence from project when only one sequence is
2040               represented
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2044               in Structure Chooser
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2048               structure consensus didn't refresh annotation panel
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2052               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2056               dialogs format columns correctly, don't display array
2057               data, sort columns according to type
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2061               file chooser is cancelled during an image export
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2065               sequence name containing special characters
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2069               case insensitive
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2073               formatting don't wrap
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2077               truncated so L looks like I in consensus annotation
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2081               currently displayed features for the current selection or
2082               view
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2086               after fetching cross-references, and restoring from
2087               project
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2091               followed in the structure viewer
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2095               splitframe not restored from project
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2099               trailing end of protein alignment in transcript/product
2100               splitview when pad-gaps not enabled by default
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2104               is case dependent
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2108               article has been read (reopened issue due to
2109               internationalisation problems)
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2113               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2114               cross-references
2115             </li>
2116
2117             <li>
2118               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2119               alignment as HTML
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2123               multiple structures are shown for one or more sequences.
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2127               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2128               is enabled.
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2132               specific PDB id for sequence
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2136               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2137               columns' is disabled.
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2141               selects lowest rather than highest resolution structures
2142               for each sequence
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2146               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2150               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2154               after clicking on it to create new annotation for a
2155               column.
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2159               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2160             </li>
2161             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2162             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2163           </ul>
2164           <em>Applet</em>
2165           <ul>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2168               hidden columns present before start of sequence
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2172               (JSON jars)
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2176               sequences are hidden in applet
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2180               deployment on examples pages.
2181             </li>
2182           </ul>
2183         </div>
2184       </td>
2185     </tr>
2186     <tr>
2187       <td width="60" nowrap>
2188         <div align="center">
2189           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2190             <em>16/10/2015</em></strong>
2191         </div>
2192       </td>
2193       <td><em>General</em>
2194         <ul>
2195           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2196             jars</li>
2197         </ul></td>
2198       <td>
2199         <div align="left">
2200           <em>Application</em>
2201           <ul>
2202             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2203               shown when tree is partitioned</li>
2204             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2205               multiple cDNA/Protein split views</li>
2206           </ul>
2207         </div>
2208       </td>
2209     </tr>
2210     <tr>
2211       <td width="60" nowrap>
2212         <div align="center">
2213           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2214             <em>8/10/2015</em></strong>
2215         </div>
2216       </td>
2217       <td><em>General</em>
2218         <ul>
2219           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2220             2.9</li>
2221         </ul> <em>Application</em>
2222         <ul>
2223           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2224           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2225           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2226         </ul> <em>Applet</em>
2227         <ul>
2228           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2229         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2230         <ul>
2231           <li>
2232             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2233             suite
2234           </li>
2235         </ul></td>
2236       <td>
2237         <div align="left">
2238           <em>General</em>
2239           <ul>
2240             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2241               incorrect when sequence start > 1</li>
2242             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2243               documentation</li>
2244             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2245             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2246               loading a features file containing HTML tags in feature
2247               description</li>
2248
2249           </ul>
2250           <em>Application</em>
2251           <ul>
2252             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2253               reimport</li>
2254             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2255               with 'trim retrieved sequences'</li>
2256             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2257               deleting selected columns</li>
2258             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2259               JNLP templates for webstart launch</li>
2260             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2261               unreleased structures for download or viewing</li>
2262             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2263               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2264             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2265               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2266             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2267               recovered from jalview project</li>
2268             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2269               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2270               alignment view</li>
2271             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2272               color schemes from BioJSON</li>
2273           </ul>
2274           <em>Applet</em>
2275           <ul>
2276             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2277               frame</li>
2278             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2279           </ul>
2280         </div>
2281       </td>
2282     </tr>
2283     <tr>
2284       <td><div align="center">
2285           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2286         </div></td>
2287       <td><em>General</em>
2288         <ul>
2289           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2290             alignments:
2291             <ul>
2292               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2293                 and DNA alignment views</li>
2294               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2295                 cDNA alignment views</li>
2296               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2297                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2298               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2299                 protein sequences</li>
2300             </ul>
2301           </li>
2302           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2303           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2304             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2305           <li>New alignment annotation file statements for
2306             reference sequences and marking hidden columns</li>
2307           <li>Reference sequence based alignment shading to
2308             highlight variation</li>
2309           <li>Select or hide columns according to alignment
2310             annotation</li>
2311           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2312           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2313             acid conservation row</li>
2314           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2315         </ul> <em>Application</em>
2316         <ul>
2317           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2318             <ul>
2319               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2320                 view with cDNA/Protein</li>
2321               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2322                 sequences are placed in the same alignment</li>
2323               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2324                 projects</li>
2325             </ul>
2326           </li>
2327
2328           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2329           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2330             Jalview windows</li>
2331
2332           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2333           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2334           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2335             be shown in VARNA</li>
2336
2337           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2338             as the active selected region</li>
2339
2340           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2341             similarity</li>
2342           <li>New Export options
2343             <ul>
2344               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2345                 region export in flat file generation</li>
2346
2347               <li>Export alignment views for display with the <a
2348                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2349
2350               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2351               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2352                 alignment figures to HTML</li>
2353           </li>
2354           <li>3D structure retrieval and display
2355             <ul>
2356               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2357                 Search API</li>
2358               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2359                 PDB structures for a sequence set</li>
2360             </ul>
2361           </li>
2362
2363           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2364             predictions</li>
2365           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2366             for one or a group of sequences</li>
2367           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2368             from the JPred4 web server</li>
2369           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2370             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2371             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2372           </li>
2373           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2374             VARNA 2D Structure'</li>
2375           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2376             Structure ..."</li>
2377
2378         </ul> <em>Applet</em>
2379         <ul>
2380           <li>New layout for applet example pages</li>
2381           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2382             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2383           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2384             Protein alignments</li>
2385         </ul> <em>Development and deployment</em>
2386         <ul>
2387           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2388           <li>Include installation type and git revision in build
2389             properties and console log output</li>
2390           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2391             storing BioJsMSA Templates</li>
2392           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2393         </ul></td>
2394       <td>
2395         <!-- <em>General</em>
2396         <ul>
2397         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2398         <ul>
2399           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2400           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2401           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2402             predictions are not highlighted in amber</li>
2403           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2404             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2405           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2406             associated structure views</li>
2407           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2408             width checkbox not enabled</li>
2409           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2410             creating user defined colours</li>
2411           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2412             mappings for just that viewer's sequences</li>
2413           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2414             multiple models in Chimera</li>
2415           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2416             over Jmol structure</li>
2417           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2418             output to text box</li>
2419           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2420             have incorrect sequence start/end</li>
2421           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2422             Jalview fails</li>
2423           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2424             work for nucleotide</li>
2425           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2426             to a grey/invisible alignment window</li>
2427           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2428             imports to different position</li>
2429           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2430             on some platforms</li>
2431           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2432             populated</li>
2433           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2434             console if Chimera has been opened</li>
2435           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2436           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2437             retrieved</li>
2438           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2439           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2440             either sequence shows on first structure</li>
2441           <li>'Show annotations' options should not make
2442             non-positional annotations visible</li>
2443           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2444             in right place after 'view flanking regions'</li>
2445           <li>File Save As type unset when current file format is
2446             unknown</li>
2447           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2448             projects</li>
2449           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2450             responsive</li>
2451           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2452             several views on same alignment</li>
2453           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2454           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2455             spaces</li>
2456         </ul> <em>Applet</em>
2457         <ul>
2458           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2459           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2460             descriptions containing angle brackets</li>
2461         </ul> <em>General</em>
2462         <ul>
2463           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2464             via jalview annotation file</li>
2465           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2466             with RNA secondary structure</li>
2467           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2468             translation doesn't work.</li>
2469           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2470           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2471             positions</li>
2472           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2473             choosing 1pt font</li>
2474           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2475             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2476             'h'</li>
2477           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2478             new feature</li>
2479           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2480             order dependent</li>
2481           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2482             sequences</li>
2483           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2484         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2485         <ul>
2486           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2487             www.jalview.org</li>
2488         </ul> <em>Application Known issues</em>
2489         <ul>
2490           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2491           <li>Misleading message appears after trying to delete
2492             solid column.</li>
2493           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2494             version launches</li>
2495           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2496             fails with a sequence mismatch</li>
2497           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2498             scrolling alignment to right</li>
2499           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2500             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2501           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2502             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2503           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2504             ultra-high resolution</li>
2505           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2506             quality and conservation</li>
2507           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2508             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2509         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2510         <ul>
2511           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2512           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2513             window is being resized</li>
2514
2515         </ul>
2516       </td>
2517     </tr>
2518     <tr>
2519       <td><div align="center">
2520           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2521         </div></td>
2522       <td><em>General</em>
2523         <ul>
2524           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2525             Certum.PL.</li>
2526           <li>Features and annotation preserved when performing
2527             pairwise alignment</li>
2528           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2529             imported/exported/displayed</li>
2530           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2531             protein secondary structure</li>
2532           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2533               post-hoc with 2.9 release</em>)
2534           </li>
2535
2536         </ul> <em>Application</em>
2537         <ul>
2538           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2539             with 3D structures</li>
2540           <li>Support for parsing RNAML</li>
2541           <li>Annotations menu for layout
2542             <ul>
2543               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2544               <li>place sequence annotation above/below alignment
2545                 annotation</li>
2546             </ul>
2547           <li>Output in Stockholm format</li>
2548           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2549             translation</li>
2550           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2551           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2552             shared between alignments</li>
2553           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2554             Jalview</li>
2555           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2556             all or current selection</li>
2557           <li>disorder and secondary structure predictions
2558             available as dataset annotation</li>
2559           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2560
2561
2562           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2563             alignments from Rfam</li>
2564           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2565
2566           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2567             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2568           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2569           <li>include installation type in build properties and
2570             console log output</li>
2571           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2572             annotation</li>
2573         </ul></td>
2574       <td>
2575         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2576         <ul>
2577           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2578             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2579           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2580             alignment</li>
2581           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2582           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2583           <li>Double click on sequence associated annotation
2584             selects only first column</li>
2585           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2586             leaves shown in tree</li>
2587           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2588             properly</li>
2589           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2590           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2591             screen and buttons not visible</li>
2592           <li>author list isn't updated if already written to
2593             Jalview properties</li>
2594           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2595             from database</li>
2596           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2597           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2598             browser search window</li>
2599           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2600             in feature settings dialog</li>
2601           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2602             desktop</li>
2603           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2604             pass validation</li>
2605           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2606             fit on screen</li>
2607           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2608             tooltip</li>
2609           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2610             defined user preset</li>
2611           <li>MSA web services warns user if they were launched
2612             with invalid input</li>
2613           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2614             Java 8</li>
2615           <li>
2616             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2617             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2618             created
2619           </li>
2620
2621         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2622         <ul>
2623         </ul> <em>General</em>
2624         <ul>
2625         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2626         <ul>
2627           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2628             memory allocation</li>
2629           <li>launchApp service doesn't automatically open
2630             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2631           <li>
2632             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2633             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2634             1.7_055 is available
2635           </li>
2636         </ul> <em>Application Known issues</em>
2637         <ul>
2638           <li>
2639             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2640             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2641             alignment to right
2642           </li>
2643           <li>
2644             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2645             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2646             with large number of ID
2647           </li>
2648           <li>
2649             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2650             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2651             start/end
2652           </li>
2653           <li>
2654             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2655             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2656             structure tracks are rearranged
2657           </li>
2658           <li>
2659             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2660             invalid rna structure positional highlighting does not
2661             highlight position of invalid base pairs
2662           </li>
2663           <li>
2664             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2665             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2666             project from alignment window file menu
2667           </li>
2668           <li>
2669             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2670             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2671             structures
2672           </li>
2673           <li>
2674             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2675             colour by RNA Helices not enabled when user created
2676             annotation added to alignment
2677           </li>
2678           <li>
2679             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2680             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2681           </li>
2682         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2683         <ul>
2684           <li>
2685             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2686             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2687           </li>
2688           <li>
2689             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2690             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2691           </li>
2692
2693           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2694             when selected</li>
2695         </ul>
2696       </td>
2697     </tr>
2698     <tr>
2699       <td><div align="center">
2700           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2701         </div></td>
2702       <td>
2703         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2704         <em>General</em>
2705         <ul>
2706           <li>Internationalisation of user interface (usually
2707             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2708           <li>Define/Undefine group on current selection with
2709             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2710           <li>Improved group creation/removal options in
2711             alignment/sequence Popup menu</li>
2712           <li>Sensible precision for symbol distribution
2713             percentages shown in logo tooltip.</li>
2714           <li>Annotation panel height set according to amount of
2715             annotation when alignment first opened</li>
2716         </ul> <em>Application</em>
2717         <ul>
2718           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2719             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2720           <li>Select columns containing particular features from
2721             Feature Settings dialog</li>
2722           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2723             sequences</li>
2724           <li>Update Jalview project format:
2725             <ul>
2726               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2727               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2728                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2729               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2730                 colouring</li>
2731             </ul>
2732           </li>
2733           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2734             (PAM250)</li>
2735           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2736             flanking regions for an alignment</li>
2737         </ul>
2738       </td>
2739       <td>
2740         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2741         <ul>
2742           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2743             running after job is cancelled</li>
2744           <li>cannot export features from alignments imported from
2745             Jalview/VAMSAS projects</li>
2746           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2747             float values</li>
2748           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2749             have 'display all symbols' flag set</li>
2750           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2751             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2752           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2753             Jalview</li>
2754           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2755             Lion/Webstart</li>
2756           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2757           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2758           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2759             alignment onto desktop</li>
2760           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2761             'extract scores' function</li>
2762           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2763             alignment window</li>
2764           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2765             performing IUPred disorder prediction</li>
2766           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2767             changing 'normalise logo' display setting</li>
2768           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2769             nothing matches query</li>
2770           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2771             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2772           </li>
2773           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2774             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2775           </li>
2776           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2777             Jalview's menu</li>
2778           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2779             'invalid literal/length code'</li>
2780           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2781             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2782           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2783             colourscheme</li>
2784
2785         </ul> <em>Applet</em>
2786         <ul>
2787           <li>Remove group option is shown even when selection is
2788             not a group</li>
2789           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2790             don't affect groups</li>
2791           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2792             colourscheme name</li>
2793           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2794             Annotation panel is not displayed</li>
2795           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2796             embedded windows</li>
2797         </ul> <em>Other</em>
2798         <ul>
2799           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2800             single sequence were not calculated</li>
2801           <li>annotation files that contain only groups imported as
2802             annotation and junk sequences</li>
2803           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2804             recognised as PFAM or BLC</li>
2805           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2806             doesn't affect background (2.8.0b1)
2807           <li></li>
2808           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2809           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2810             trailing gaps</li>
2811           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2812             registered correctly on import</li>
2813           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2814             certain alignments</li>
2815           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2816             existing annotation based 'use original colours'
2817             colourscheme loses original colours setting</li>
2818         </ul>
2819       </td>
2820     </tr>
2821     <tr>
2822       <td><div align="center">
2823           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2824             <em>30/1/2014</em></strong>
2825         </div></td>
2826       <td>
2827         <ul>
2828           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2829             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2830             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2831             open source project).
2832           </li>
2833           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2834           <li>Output in Stockholm format</li>
2835           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2836           <li>Export/import group and sequence associated line
2837             graph thresholds</li>
2838           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2839             ambiguity codes</li>
2840           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2841             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2842             works</li>
2843           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2844         </ul> <em>Other improvements</em>
2845         <ul>
2846           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2847           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2848             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2849           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2850             files</li>
2851           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2852           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2853             link but no description</li>
2854           <li>Select primary source when selecting authority in
2855             database fetcher GUI</li>
2856           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2857             Jalview</li>
2858           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2859         </ul>
2860       </td>
2861       <td>
2862         <ul>
2863           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2864             displayed</li>
2865           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2866             secondary structure annotation line</li>
2867           <li>Sequence database accessions not imported when
2868             fetching alignments from Rfam</li>
2869           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2870             identical IDs</li>
2871           <li>View all structures does not always superpose
2872             structures</li>
2873           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2874             reflect user or preset settings</li>
2875           <li>Null pointer exceptions for some services without
2876             presets or adjustable parameters</li>
2877           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2878             discover PDB xRefs</li>
2879           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2880             features with DAS</li>
2881           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2882             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2883           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2884             residue follows a gap</li>
2885           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2886             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2887           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2888             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2889           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2890             annotation already exists on alignment</li>
2891           <li>oninit javascript function should be called after
2892             initialisation completes</li>
2893           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2894             alignment window display</li>
2895           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2896           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2897             to annotation file</li>
2898           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2899             groups created</li>
2900           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2901             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2902           <li>Pressing return several times causes Number Format
2903             exceptions in keyboard mode</li>
2904           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2905             correct partitions for input data</li>
2906           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2907           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2908           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2909           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2910             mode</li>
2911           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2912             changes one row&#39;s threshold</li>
2913           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2914             doesn&#39;t open</li>
2915           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2916             quality histograms</li>
2917         </ul>
2918       </td>
2919     </tr>
2920     <tr>
2921       <td><div align="center">
2922           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2923         </div></td>
2924       <td><em>Application</em>
2925         <ul>
2926           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2927             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2928           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2929             preferences</li>
2930           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2931             in Jalview alignment window</li>
2932           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2933             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2934           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2935             RNA and ambiguity codes</li>
2936
2937           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2938           <li>Support fetching and database reference look up
2939             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2940             refs')</li>
2941           <li>Jalview project improvements
2942             <ul>
2943               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2944                 flag for annotation</li>
2945               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2946                 alignment</li>
2947               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2948                 Jalview project</li>
2949
2950             </ul>
2951           </li>
2952           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2953           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2954             running</li>
2955           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2956           <li>visual indication that web service results are still
2957             being retrieved from server</li>
2958           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2959             starts up for first time</li>
2960           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2961             services</li>
2962           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2963             client library</li>
2964           <li>Examples directory and Groovy library included in
2965             InstallAnywhere distribution</li>
2966         </ul> <em>Applet</em>
2967         <ul>
2968           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2969             visualization applet example</li>
2970         </ul> <em>General</em>
2971         <ul>
2972           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2973           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2974             defaults</li>
2975           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2976             calculation</li>
2977           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2978             matrices
2979           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2980             in HTML</li>
2981           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2982             structure contacts</li>
2983           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2984           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2985           <li>Parse sequence associated secondary structure
2986             information in Stockholm files</li>
2987           <li>HTML Export database accessions and annotation
2988             information presented in tooltip for sequences</li>
2989           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2990             style RNA alignment files</li>
2991           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2992             alignment</li>
2993           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2994             shade each sequence according to its associated alignment
2995             annotation</li>
2996           <li>New Jalview Logo</li>
2997         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2998         <ul>
2999           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3000           <li>New Website!</li>
3001         </ul></td>
3002       <td><em>Application</em>
3003         <ul>
3004           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3005             wsdbfetch REST service</li>
3006           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3007           <li>Filetype associations not installed for webstart
3008             launch</li>
3009           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3010             job execution in full once it is complete</li>
3011           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3012             uploaded via ali_file parameter</li>
3013           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3014           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3015           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3016             submitted for prediction</li>
3017           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3018             desktop window</li>
3019           <li>Putting fractional value into integer text box in
3020             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3021           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3022             windows 7</li>
3023           <li>View all structures fails with exception shown in
3024             structure view</li>
3025           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3026             escaped in a platform independent way</li>
3027           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3028             using proxy</li>
3029           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3030             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3031           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3032             failure when java web start temporary file caching is
3033             disabled</li>
3034           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3035             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3036           <li>Errors during processing of command line arguments
3037             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3038           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3039             DAS sources in sequence fetcher</li>
3040           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3041             dialog is shown</li>
3042           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3043           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3044           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3045           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3046             on OSX Mountain Lion</li>
3047           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3048             sequences with alignment annotation are pasted into the
3049             alignment</li>
3050           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3051             when loaded from Jalview project</li>
3052           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3053           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3054             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3055           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3056             associated with all views</li>
3057           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3058             annotation rows to new window</li>
3059         </ul> <em>Applet</em>
3060         <ul>
3061           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3062             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3063           <li>loading features via javascript API automatically
3064             enables feature display</li>
3065           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3066             work</li>
3067         </ul> <em>General</em>
3068         <ul>
3069           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3070           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3071             and then deselected</li>
3072           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3073           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3074             coloured with clustalx</li>
3075           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3076             exceptions and redraw errors</li>
3077           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3078             reconfigured view</li>
3079           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3080             colour</li>
3081           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3082             for lots of labels</li>
3083         </ul>
3084     </tr>
3085     <tr>
3086       <td>
3087         <div align="center">
3088           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3089         </div>
3090       </td>
3091       <td><em>Application</em>
3092         <ul>
3093           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3094           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3095           <li>View/alignment association menu to enable user to
3096             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3097             its colours/correspondences from</li>
3098           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3099           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3100             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3101           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3102           <li>Annotation row column label formatting attributes
3103             stored in project file</li>
3104           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3105             rows preserved in Jalview project file</li>
3106           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3107             saved using Desktop window menu</li>
3108           <li>Visual indication that command line arguments are
3109             still being processed</li>
3110           <li>Groovy script execution from URL</li>
3111           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3112             preferences</li>
3113           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3114             alignment with sequences that have high similarity and
3115             matching IDs</li>
3116           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3117           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3118             structures in same window</li>
3119           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3120           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3121             analysis function in its own submenu</li>
3122         </ul> <em>Applet</em>
3123         <ul>
3124           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3125             groups</li>
3126           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3127           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3128           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3129           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3130           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3131             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3132           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3133           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3134             parameters are treated as such</li>
3135           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3136             <ul>
3137               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3138               <li>Javascript callbacks for
3139                 <ul>
3140                   <li>Applet initialisation</li>
3141                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3142                 </ul>
3143               </li>
3144               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3145                 functions</li>
3146               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3147               <li>javascript structure viewer harness to pass
3148                 messages between Jmol and Jalview when running as
3149                 distinct applets</li>
3150               <li>sortBy method</li>
3151               <li>Set of applet and application examples shipped
3152                 with documentation</li>
3153               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3154                 javascript message exchange</li>
3155             </ul>
3156         </ul> <em>General</em>
3157         <ul>
3158           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3159             multiple alignments</li>
3160           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3161           <li>User configurable link to enable redirects to a
3162             www.Jalview.org mirror</li>
3163           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3164           <li>Configurable newline string when writing alignment
3165             and other flat files</li>
3166           <li>Allow alignment annotation description lines to
3167             contain html tags</li>
3168         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3169         <ul>
3170           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3171             examples</li>
3172           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3173             using a web service before displaying the result in the
3174             Jalview desktop</li>
3175           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3176           <li>Ant target to publish example html files with applet
3177             archive</li>
3178           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3179           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3180         </ul></td>
3181       <td><em>Application</em>
3182         <ul>
3183           <li>User defined colourscheme throws exception when
3184             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3185           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3186             dialog for valid filename/format</li>
3187           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3188           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3189             P37173</li>
3190           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3191             which sequence is to be associated with the file</li>
3192           <li>Find All raises null pointer exception when query
3193             only matches sequence IDs</li>
3194           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3195           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3196             2.4 cannot be loaded</li>
3197           <li>Filetype associations not installed for webstart
3198             launch</li>
3199           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3200             with sequences in different alignments do not get coloured
3201             by their associated sequence</li>
3202           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3203             not preserved when project is loaded</li>
3204           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3205             stored in Jalview project</li>
3206           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3207             Jalview project</li>
3208           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3209           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3210             by conservation</li>
3211           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3212             created on new view</li>
3213           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3214             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3215           <li>Alignment quality not updated after alignment
3216             annotation row is hidden then shown</li>
3217           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3218             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3219           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3220             properly</li>
3221           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3222             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3223           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3224           <li>Structures imported from file and saved in project
3225             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3226           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3227             job execution in full once it is complete</li>
3228         </ul> <em>Applet</em>
3229         <ul>
3230           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3231             annotation rows are displayed</li>
3232           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3233             codebase</li>
3234           <li>View follows highlighting does not work for positions
3235             in sequences</li>
3236           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3237           <li>Export features raises exception when no features
3238             exist</li>
3239           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3240             for javascript api is modified when separator string
3241             provided as parameter</li>
3242           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3243             alignment with no existing selection</li>
3244           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3245             to applet&#39;s codebase</li>
3246           <li>Status bar not updated after finished searching and
3247             search wraps around to first result</li>
3248           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3249             several Jalview applets causes race conditions and memory
3250             leaks</li>
3251           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3252             not sent from Jmol in applet</li>
3253           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3254             applet API fatally hang browser</li>
3255         </ul> <em>General</em>
3256         <ul>
3257           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3258             position with wrapped view and hidden regions</li>
3259           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3260             with/without hidden columns</li>
3261           <li>Sequence length given in alignment properties window
3262             is off by 1</li>
3263           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3264             import PDB like structure files</li>
3265           <li>Positional search results are only highlighted
3266             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3267           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3268           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3269             given sequence position</li>
3270           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3271             output</li>
3272           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3273             from nucleotide chains correctly</li>
3274           <li>Structure colours not updated when tree partition
3275             changed in alignment</li>
3276           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3277             parsed in interleaved stockholm</li>
3278           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3279             state</li>
3280           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3281             properly</li>
3282           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3283             properly associated with their pdb files</li>
3284         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3285         <ul>
3286           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3287             ApplyCopyright tool</li>
3288         </ul></td>
3289     </tr>
3290     <tr>
3291       <td>
3292         <div align="center">
3293           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3294         </div>
3295       </td>
3296       <td><em>Application</em>
3297         <ul>
3298           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3299             contact web services</li>
3300           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3301             service job window</li>
3302           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3303         </ul></td>
3304       <td>
3305         <ul>
3306           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3307             pir file emitted by Jalview</li>
3308           <li>Existing feature settings transferred to new
3309             alignment view created from cut'n'paste</li>
3310           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3311             parsing PDB files</li>
3312           <li>Consensus and conservation annotation rows
3313             occasionally become blank for all new windows</li>
3314           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3315             in wrapped view mode</li>
3316         </ul> <em>Application</em>
3317         <ul>
3318           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3319             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3320           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3321             parameter names</li>
3322           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3323             is down</li>
3324         </ul>
3325       </td>
3326     </tr>
3327     <tr>
3328       <td>
3329         <div align="center">
3330           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3331         </div>
3332       </td>
3333       <td><em>Application</em>
3334         <ul>
3335           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3336             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3337             (JABAWS)
3338           </li>
3339           <li>Web Services preference tab</li>
3340           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3341             preferences</li>
3342           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3343           <li>Superpose structures using associated sequence
3344             alignment</li>
3345           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3346             viewer</li>
3347         </ul> <em>Applet</em>
3348         <ul>
3349           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3350             link out mechanism</li>
3351         </ul> <em>Other</em>
3352         <ul>
3353           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3354             series 12</li>
3355           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3356             require Java 1.5</li>
3357           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3358             sequence annotation files</li>
3359           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3360             type colour specification</li>
3361           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3362             script to check if it being run in an interactive session or
3363             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3364         </ul></td>
3365       <td>
3366         <ul>
3367           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3368             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3369         </ul> <em>Application</em>
3370         <ul>
3371           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3372             selected Regions menu item</li>
3373           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3374             part of a valid accession ID</li>
3375           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3376             runs out of memory</li>
3377           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3378             analysis results</li>
3379           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3380             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3381           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3382         </ul> <em>Applet</em>
3383         <ul>
3384           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3385             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3386             defined.</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389     </tr>
3390     <tr>
3391       <td>
3392         <div align="center">
3393           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3394         </div>
3395       </td>
3396       <td></td>
3397       <td>
3398         <ul>
3399           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3400             sequence IDs</li>
3401           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3402             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3403           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3404             import correctly</li>
3405           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3406             number of columns are hidden</li>
3407           <li>annotation label popup menu not providing correct
3408             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3409             present</li>
3410           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3411             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3412           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3413             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3414
3415         </ul> <em>Applet</em>
3416         <ul>
3417           <li>annotation panel disappears when annotation is
3418             hidden/removed</li>
3419         </ul> <em>Application</em>
3420         <ul>
3421           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3422             alignment opened where annotation panel is visible but no
3423             annotations are present on alignment</li>
3424           <li>pasted region containing hidden columns is
3425             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3426           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3427             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3428           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3429             selected Rregions menu item.</li>
3430           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3431             'Un' or 'Non'conserved</li>
3432           <li>Sequence feature settings are being shared by
3433             multiple distinct alignments</li>
3434           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3435             changed</li>
3436           <li>double click on group annotation to select sequences
3437             does not propagate to associated trees</li>
3438           <li>Mac OSX specific issues:
3439             <ul>
3440               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3441                 window background</li>
3442               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3443                 name set correctly</li>
3444               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3445                 save feature colourscheme button</li>
3446             </ul>
3447           </li>
3448         </ul>
3449       </td>
3450     </tr>
3451     <tr>
3452
3453       <td>
3454         <div align="center">
3455           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3456         </div>
3457       </td>
3458       <td><em>New Capabilities</em>
3459         <ul>
3460           <li>URL links generated from description line for
3461             regular-expression based URL links (applet and application)
3462
3463           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3464             menu</li>
3465           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3466             structures</li>
3467           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3468             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3469           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3470             average score or total feature count for each sequence.</li>
3471           <li>Shading features by score or associated description</li>
3472           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3473             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3474           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3475             hide everything but the currently selected region.</li>
3476           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3477         </ul> <em>Application</em>
3478         <ul>
3479           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3480             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3481           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3482             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3483           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3484             database references and protein_name is parsed as
3485             description line (BioSapiens terms).</li>
3486           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3487             references in sequence ID tooltip from View menu in
3488             application.</li>
3489           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3490       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3491           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3492             conservation plots</li>
3493           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3494             and visualized as sequence logos</li>
3495           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3496             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3497           </li>
3498           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3499             when a new tree is opened.</li>
3500           <li>Jalview Java Console</li>
3501           <li>Better placement of desktop window when moving
3502             between different screens.</li>
3503           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3504             consensus annotation</li>
3505           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3506             Workflows</li>
3507           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3508             <ul>
3509               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3510                 used to preserve views, structures, and tree display
3511                 settings)</li>
3512               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3513                 command line</li>
3514               <li>Sharing of selected regions between views and
3515                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3516               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3517             </ul></li>
3518         </ul> <em>Applet</em>
3519         <ul>
3520           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3521           <li>New Parameters
3522             <ul>
3523               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3524                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3525                 opened.</li>
3526               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3527                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3528               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3529                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3530               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3531                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3532                 view</li>
3533               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3534                 increase the height or width of a cell in the alignment
3535                 grid relative to the current font size.</li>
3536             </ul>
3537           </li>
3538           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3539             tooltip</li>
3540         </ul> <em>Other</em>
3541         <ul>
3542           <li>Features format: graduated colour definitions and
3543             specification of feature scores</li>
3544           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3545             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3546             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3547           <li>XML formats extended to support graduated feature
3548             colourschemes, group associated annotation, and profile
3549             visualization settings.</li></td>
3550       <td>
3551         <ul>
3552           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3553             rather than description</li>
3554           <li>Non-positional features are now included in sequence
3555             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3556             visibility in tooltip).</li>
3557           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3558           <li>Added URL embedding instructions to features file
3559             documentation.</li>
3560           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3561             'X' in peptide product</li>
3562           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3563             sequence ID and sequence string and query strings do not
3564             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3565           <li>AMSA files only contain first column of
3566             multi-character column annotation labels</li>
3567           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3568             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3569             exported and re-imported)</li>
3570           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3571             name</li>
3572           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3573             as subsequence matches, and correctly reports total number
3574             of both.</li>
3575           <li>Application:
3576             <ul>
3577               <li>Better handling of exceptions during sequence
3578                 retrieval</li>
3579               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3580                 link text excludes the start_end suffix</li>
3581               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3582                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3583               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3584               <li>Sequence description lines properly shared via
3585                 VAMSAS</li>
3586               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3587                 data sources</li>
3588               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3589                 completes before alignment figures are generated.</li>
3590               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3591                 first time.</li>
3592               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3593                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3594               <li>User defined group colours properly recovered
3595                 from Jalview projects.</li>
3596             </ul>
3597           </li>
3598         </ul>
3599       </td>
3600
3601     </tr>
3602     <tr>
3603       <td>
3604         <div align="center">
3605           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3606         </div>
3607       </td>
3608       <td>
3609         <ul>
3610           <li>Experimental support for google analytics usage
3611             tracking.</li>
3612           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3613         </ul>
3614       </td>
3615       <td>
3616         <ul>
3617           <li>Race condition in applet preventing startup in
3618             jre1.6.0u12+.</li>
3619           <li>Exception when feature created from selection beyond
3620             length of sequence.</li>
3621           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3622           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3623             all sequences with a given id</li>
3624           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3625             ID string searches</li>
3626           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3627             alignment to fail with exception</li>
3628         </ul> <em>Application Issues</em>
3629         <ul>
3630           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3631           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3632             data sources</li>
3633         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3634         <ul>
3635           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3636             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3637           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3638             version (java class versioning error fixed)</li>
3639         </ul>
3640       </td>
3641     </tr>
3642     <tr>
3643       <td>
3644
3645         <div align="center">
3646           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3647         </div>
3648       </td>
3649       <td><em>User Interface</em>
3650         <ul>
3651           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3652             translation and protein products</li>
3653           <li>Linked highlighting of structure associated with
3654             residue mapping to codon position</li>
3655           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3656             and 'clear' button</li>
3657           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3658             Tools menu</li>
3659           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3660             numeric data in description line</li>
3661           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3662           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3663             of sequence</li>
3664         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3665         <ul>
3666           <li>JPred3 web service</li>
3667           <li>Prototype sequence search client (no public services
3668             available yet)</li>
3669           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3670             PFAM</li>
3671           <li>URL Links created for matching database cross
3672             references as well as sequence ID</li>
3673           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3674         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3675         <ul>
3676           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3677             databases</li>
3678           <li>Generalised database reference retrieval and
3679             validation to all fetchable databases</li>
3680           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3681             sequence command</li>
3682         </ul> <em>Import and Export</em>
3683         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3684         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3685           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3686         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3687           File</li>
3688         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3689           triplet as name of colourscheme</li>
3690         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3691         <ul>
3692           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3693           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3694             alignments (experimental)</li>
3695           <li>Create new or select existing session to join</li>
3696           <li>load and save of vamsas documents</li>
3697         </ul> <em>Application command line</em>
3698         <ul>
3699           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3700             from applet)</li>
3701           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3702             of DAS servers to query for alignment features</li>
3703           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3704             that are also automatically queried for features</li>
3705           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3706             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3707         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3708         <ul>
3709           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3710             application (when using &quot;View in full
3711             application&quot;)</li>
3712         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3713         <ul>
3714           <li>feature group display control parameter</li>
3715           <li>debug parameter</li>
3716           <li>showbutton parameter</li>
3717         </ul> <em>Applet API methods</em>
3718         <ul>
3719           <li>newView public method</li>
3720           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3721           <li>Feature display control methods</li>
3722           <li>get list of currently selected sequences</li>
3723         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3724         <ul>
3725           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3726           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3727             Jalview release.</li>
3728           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3729             property controls execution of obfuscator</li>
3730           <li>Build target for generating source distribution</li>
3731           <li>Debug flag for javacc</li>
3732           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3733             jalview.bin.Cache</li>
3734           <li>Continuous Build Integration for stable and
3735             development version of Application, Applet and source
3736             distribution</li>
3737         </ul></td>
3738       <td>
3739         <ul>
3740           <li>selected region output includes visible annotations
3741             (for certain formats)</li>
3742           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3743             for editing</li>
3744           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3745           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3746           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3747           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3748             comments</li>
3749           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3750             filenames containing a ':'</li>
3751           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3752             global sequence features</li>
3753           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3754             references from alignment sequences goes to zero</li>
3755           <li>Close of tree branch colour box without colour
3756             selection causes cascading exceptions</li>
3757           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3758           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3759             file parsing fails.</li>
3760           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3761           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3762             not a valid output format</li>
3763           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3764             vamsas</li>
3765           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3766           <li>error messages passed up and output when data read
3767             fails</li>
3768           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3769             sequence is edited</li>
3770           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3771             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3772           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3773             filetype</li>
3774           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3775             import fixed for PFAM records</li>
3776           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3777             window list</li>
3778           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3779             can be read and written correctly to annotation file</li>
3780           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3781             correctly</li>
3782           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3783             non-italic font for representatives in Applet</li>
3784           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3785             Macs.</li>
3786           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3787             Applet)</li>
3788           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3789             due to null pointer exceptions</li>
3790           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3791             first column of alignment</li>
3792           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3793             July 2008</li>
3794           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3795             file is case-insensitive</li>
3796           <li>Sequence features read from Features file appended to
3797             all sequences with matching IDs</li>
3798           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3799             containing a sub-sequence</li>
3800           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3801           <li>feature and annotation file applet parameters
3802             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3803           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3804           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3805             splash-screen version check to complete</li>
3806           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3807             when passing them to the launchApp service</li>
3808           <li>display name and local features preserved in results
3809             retrieved from web service</li>
3810           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3811             sequence fetcher initialisation</li>
3812           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3813             dasobert DAS client</li>
3814           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3815             association</li>
3816           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3817             sequences
3818           </li>
3819         </ul>
3820       </td>
3821     </tr>
3822     <tr>
3823       <td>
3824         <div align="center">
3825           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3826         </div>
3827       </td>
3828       <td>
3829         <ul>
3830           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3831           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3832           <li>Slide sequences</li>
3833           <li>Edit sequence in place</li>
3834           <li>EMBL CDS features</li>
3835           <li>DAS Feature mapping</li>
3836           <li>Feature ordering</li>
3837           <li>Alignment Properties</li>
3838           <li>Annotation Scores</li>
3839           <li>Sort by scores</li>
3840           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3841         </ul>
3842       </td>
3843       <td>
3844         <ul>
3845           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3846           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3847           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3848           <li>Feature group display state in XML</li>
3849           <li>Feature ordering in XML</li>
3850           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3851           <li>Stockholm alignment properties</li>
3852           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3853           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3854           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3855           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3856         </ul>
3857       </td>
3858
3859     </tr>
3860     <tr>
3861       <td>
3862         <div align="center">
3863           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3864         </div>
3865       </td>
3866       <td>
3867         <ul>
3868           <li>Non standard characters can be read and displayed
3869           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3870             applet via textbox
3871           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3872             name &amp; description
3873           <li>Preference setting to display sequence name in
3874             italics
3875           <li>Annotation file format extended to allow
3876             Sequence_groups to be defined
3877           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3878             specified in preferences
3879           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3880             sequences
3881         </ul>
3882       </td>
3883       <td>
3884         <ul>
3885           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3886             installed
3887           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3888           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3889         </ul>
3890       </td>
3891     </tr>
3892     <tr>
3893       <td>
3894         <div align="center">
3895           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3896         </div>
3897       </td>
3898       <td>
3899         <ul>
3900           <li>Multiple views on alignment
3901           <li>Sequence feature editing
3902           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3903           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3904           <li>Background dependent text colour
3905           <li>Right align sequence ids
3906           <li>User-defined lower case residue colours
3907           <li>Format Menu
3908           <li>Select Menu
3909           <li>Menu item accelerator keys
3910           <li>Control-V pastes to current alignment
3911           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3912           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3913           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3914
3915           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3916         </ul>
3917       </td>
3918       <td>
3919         <ul>
3920           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3921           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3922             calculations
3923           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3924             edits
3925           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3926             of alignment)
3927           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3928
3929           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3930             display correctly
3931           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3932           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3933             analysis results
3934           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3935             &#8739;
3936           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3937           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3938           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3939
3940         </ul>
3941       </td>
3942     </tr>
3943     <tr>
3944       <td>
3945         <div align="center">
3946           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3947         </div>
3948       </td>
3949       <td>
3950         <ul>
3951           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3952         </ul>
3953       </td>
3954       <td>
3955         <ul>
3956           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3957             sequence id panel has been resized</li>
3958           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3959             rendered</li>
3960           <li>Annotation files with sequence references - all
3961             elements in file are relative to sequence position</li>
3962           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3963         </ul>
3964       </td>
3965     </tr>
3966     <tr>
3967       <td>
3968         <div align="center">
3969           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3970         </div>
3971       </td>
3972       <td>
3973         <ul>
3974           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3975           <li>DAS Feature fetching</li>
3976           <li>Hide sequences and columns</li>
3977           <li>Export Annotations and Features</li>
3978           <li>GFF file reading / writing</li>
3979           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3980             files</li>
3981           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3982           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3983           <li>Applet can launch the full application</li>
3984           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3985             required)</li>
3986           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3987           <li>Applet can load sequences from parameter
3988             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3989           </li>
3990         </ul>
3991       </td>
3992       <td>
3993         <ul>
3994           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3995           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3996           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3997         </ul>
3998       </td>
3999     </tr>
4000     <tr>
4001       <td>
4002         <div align="center">
4003           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4004         </div>
4005       </td>
4006       <td>
4007         <ul>
4008           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4009           <li>Choose to match case when searching</li>
4010           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4011             expand the visible width and height of the alignment</li>
4012         </ul>
4013       </td>
4014       <td>
4015         <ul>
4016           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4017         </ul>
4018       </td>
4019     </tr>
4020     <tr>
4021       <td>
4022         <div align="center">
4023           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4024         </div>
4025       </td>
4026       <td>&nbsp;</td>
4027       <td>
4028         <ul>
4029           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4030           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4031             value</li>
4032         </ul>
4033       </td>
4034     </tr>
4035     <tr>
4036       <td>
4037         <div align="center">
4038           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4039         </div>
4040       </td>
4041       <td>
4042         <ul>
4043           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4044           <li>Keyboard editing</li>
4045           <li>Create sequence features from searches</li>
4046           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4047             alignments</li>
4048           <li>Features file allows grouping of features</li>
4049           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4050           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4051           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4052         </ul>
4053       </td>
4054       <td>
4055         <ul>
4056           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4057           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4058             descriptions saved.</li>
4059         </ul>
4060       </td>
4061     </tr>
4062     <tr>
4063       <td>
4064         <div align="center">
4065           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4066         </div>
4067       </td>
4068       <td>
4069         <ul>
4070           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4071           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4072           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4073             name for file output</li>
4074           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4075           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4076             used for HTML form input</li>
4077         </ul>
4078       </td>
4079       <td>
4080         <ul>
4081           <li>HTML output writes groups and features</li>
4082           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4083           <li>File IO bugs</li>
4084         </ul>
4085       </td>
4086     </tr>
4087     <tr>
4088       <td>
4089         <div align="center">
4090           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4091         </div>
4092       </td>
4093       <td>
4094         <ul>
4095           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4096           <li>More options for PCA viewer</li>
4097         </ul>
4098       </td>
4099       <td>
4100         <ul>
4101           <li>GUI bugs resolved</li>
4102           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4103         </ul>
4104       </td>
4105     </tr>
4106     <tr>
4107       <td height="63">
4108         <div align="center">
4109           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4110         </div>
4111       </td>
4112       <td>
4113         <ul>
4114           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4115           <li>Jar files are executable</li>
4116           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4117         </ul>
4118       </td>
4119       <td>
4120         <ul>
4121           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4122           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4123           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4124         </ul>
4125       </td>
4126     </tr>
4127     <tr>
4128       <td>
4129         <div align="center">
4130           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4131         </div>
4132       </td>
4133       <td>
4134         <ul>
4135           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4136         </ul>
4137       </td>
4138       <td>
4139         <ul>
4140           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4141         </ul>
4142       </td>
4143     </tr>
4144     <tr>
4145       <td>
4146         <div align="center">
4147           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4148         </div>
4149       </td>
4150       <td>
4151         <ul>
4152           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4153             size</li>
4154         </ul>
4155       </td>
4156       <td>
4157         <ul>
4158           <li>Improved JPred client reliability</li>
4159           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4160         </ul>
4161       </td>
4162     </tr>
4163     <tr>
4164       <td>
4165         <div align="center">
4166           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4167         </div>
4168       </td>
4169       <td>
4170         <ul>
4171           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4172           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4173           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4174             to Colour Menu</li>
4175           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4176           <li>Unix users can set default web browser</li>
4177           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4178           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4179         </ul>
4180       </td>
4181       <td>
4182         <ul>
4183           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4184         </ul>
4185       </td>
4186     </tr>
4187     <tr>
4188       <td>
4189         <div align="center">
4190           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4191         </div>
4192       </td>
4193       <td>&nbsp;</td>
4194       <td>
4195         <ul>
4196           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4197             alignment order.</li>
4198         </ul>
4199       </td>
4200     </tr>
4201     <tr>
4202       <td>
4203         <div align="center">
4204           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4205         </div>
4206       </td>
4207       <td>
4208         <ul>
4209           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4210           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4211           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4212             annotations.</li>
4213           <li>Version and build date written to build properties
4214             file.</li>
4215           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4216             at launch of Jalview.</li>
4217         </ul>
4218       </td>
4219       <td>
4220         <ul>
4221           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4222           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4223           <li>Can remove groups one by one.</li>
4224           <li>Filechooser icons installed.</li>
4225           <li>Finder ignores return character when searching.
4226             Return key will initiate a search.<br>
4227           </li>
4228         </ul>
4229       </td>
4230     </tr>
4231     <tr>
4232       <td>
4233         <div align="center">
4234           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4235         </div>
4236       </td>
4237       <td>
4238         <ul>
4239           <li>New codebase</li>
4240         </ul>
4241       </td>
4242       <td>&nbsp;</td>
4243     </tr>
4244   </table>
4245   <p>&nbsp;</p>
4246 </body>
4247 </html>