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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width=="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>5/12/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78       </td>
  79       <td><div align="left">
  80           <ul>
  81             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
  82             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
  83             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
  84             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
  85             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
  86           <ul>
  87       </td>
  88     </tr>
  89     <tr>
  90       <td width="60" nowrap>
  91         <div align="center">
  92           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
  93         </div>
  94       </td>
  95       <td><div align="left">
  96           <em></em>
  97           <ul>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 100               rendering of sequence features
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 104               429 rate limit request hander
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 108               their colours have changed
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 112               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 116               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 120               view from Ensembl locus cross-references
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 124               Alignment report
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 128               feature can be disabled
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 132               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 136               Uniprot
 137             </li>
 138           </ul>
 139           <em>Scripting</em>
 140           <ul>
 141             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 142             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 143               percent identity scores for current alignment.</li>
 144           </ul>
 145           <em>Testing and Deployment</em>
 146           <ul>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 149             </li>
 150           </ul>
 151         </div></td>
 152       <td><div align="left">
 153           <em>General</em>
 154           <ul>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 157               threshold text field doesn't trigger an update to the
 158               alignment view
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 162               strings in parallel
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 166               alignment window is closed
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 170               group visibility
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 174               takes a long time in Cursor mode
 175             </li>
 176           </ul>
 177           <em>Desktop</em>
 178           <ul>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 181               cannot be viewed in Chimera
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 185               CDS/Protein view
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 189               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 190               Search Dialogs
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 200               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 204               scrolling right in unwapped alignment view
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 208               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 209               database
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 213               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 217               features of same type and group to be selected for
 218               amending
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 222               alignments when hidden columns are present
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 226               displaying several structures
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 230               moving a window
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 234               within the Jalview desktop on OSX
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 238               when in wrapped alignment mode
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 242               hand end of alignment
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 246               each selected sequence do not have correct start/end
 247               positions
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 251               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 255               restoring project until a new view is created
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 259               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 260               configured (since 2.10.2b2)
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 264               position is adjusted
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 268               in a multi-chain structure when viewing alignment
 269               involving more than one chain (since 2.10)
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 273               if new selection moves alignment window
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 277               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 281               that produces correctly annotated transcripts and products
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 285               doesn't update associated structure view
 286             </li>
 287           </ul>
 288           <em>Applet</em><br />
 289           <ul>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 292               closing alignment panel
 293             </li>
 294           </ul>
 295           <em>BioJSON</em><br />
 296           <ul>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 299               non-positional features
 300             </li>
 301           </ul>
 302           <em>New Known Issues</em>
 303           <ul>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 306               sequence features correctly (for many previous versions of
 307               Jalview)
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 311               using cursor in wrapped panel other than top
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 315               graduated colour threshold
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 319               always preserve numbering and sequence features
 320             </li>
 321           </ul>
 322           <em>Known Java 9 Issues</em>
 323           <ul>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 326               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 327               9.01, OSX 10.10)
 328             </li>
 329           </ul>
 330         </div></td>
 331     </tr>
 332     <tr>
 333       <td width="60" nowrap>
 334         <div align="center">
 335           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 336             <em>2/10/2017</em></strong>
 337         </div>
 338       </td>
 339       <td><div align="left">
 340           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 341           <ul>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 344             </li>
 345             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 346             </li>
 347           </ul>
 348         </div></td>
 349       <td><div align="left">
 350         </div></td>
 351     </tr>
 352     <tr>
 353       <td width="60" nowrap>
 354         <div align="center">
 355           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 356             <em>7/9/2017</em></strong>
 357         </div>
 358       </td>
 359       <td><div align="left">
 360           <em></em>
 361           <ul>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 364               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 365               white)
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 369               Preferences
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 373               in size and progress bar shown as higher resolution
 374               overview is recalculated
 375             </li>
 376
 377           </ul>
 378         </div></td>
 379       <td><div align="left">
 380           <em></em>
 381           <ul>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 384               column region row by row
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 388               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 392               format setting is unticked
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 396               if group has show boxes format setting unticked
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 400               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 401               include sequences and columns not currently displayed
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 405               assemblies are imported via CIF file
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 409               displayed when threshold or conservation colouring is also
 410               enabled.
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 414               server version
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 418               dragging a selected region off the visible region of the
 419               alignment
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 423               colourscheme to all groups in a view
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 427               initially after font size change using the Font chooser or
 428               middle-mouse zoom
 429             </li>
 430           </ul>
 431         </div></td>
 432     </tr>
 433     <tr>
 434       <td width="60" nowrap>
 435         <div align="center">
 436           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 437         </div>
 438       </td>
 439       <td><div align="left">
 440           <em>Calculations</em>
 441           <ul>
 442
 443             <li>
 444               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 445               ungapped positions in each column of the alignment.
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 449               a calculation dialog box
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 453               and memory efficiency (~30x faster)
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 457               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 458               and other calculations
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 462               files within the Jalview codebase
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 466               Similarity may have different topology due to increased
 467               precision
 468             </li>
 469           </ul>
 470           <em>Rendering</em>
 471           <ul>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 474               model for alignments and groups
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 478               scripts
 479             </li>
 480           </ul>
 481           <em>Overview</em>
 482           <ul>
 483             <li>
 484               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 485               with alignment and overview windows
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 489               overview
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 493               omitted in Overview
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 497               adjustment of visible position
 498             </li>
 499           </ul>
 500
 501           <em>Data import/export</em>
 502           <ul>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 505               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 509               annotation input/output via stockholm flatfile
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 513               extension when importing structure files without embedded
 514               names or PDB accessions
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 518               format sequence substitution matrices
 519             </li>
 520           </ul>
 521           <em>User Interface</em>
 522           <ul>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 525               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 526               the application.
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 530               via Overview or sequence motif search operations
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 534               opened by double clicking gaps within sequence feature
 535               extent
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 539               aligned positions were available to create a 3D structure
 540               superposition.
 541             </li>
 542           </ul>
 543           <em>3D Structure</em>
 544           <ul>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 547               coloured in linked structure views
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 551               file-based command exchange
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 555               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 556               structures are already available for sequences
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 560               the Jalview project rather than downloaded again when the
 561               project is reopened.
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 565               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 566               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 567                 Feature</strong>)
 568             </li>
 569           </ul>
 570           <em>Web Services</em>
 571           <ul>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 577               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 578               Analysis services
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 582               cross-references provided by identifiers.org and the
 583               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 584             </li>
 585           </ul>
 586
 587           <em>Scripting</em>
 588           <ul>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 591               identifying file formats (instead of String constants)
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 595               efficiency when counting all displayed features (not
 596               backwards compatible with 2.10.1)
 597             </li>
 598           </ul>
 599           <em>Example files</em>
 600           <ul>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 603               included in the example feature file
 604             </li>
 605           </ul>
 606           <em>Documentation</em>
 607           <ul>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 610               with the built-in Java help viewer
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 614               sequence description' option
 615             </li>
 616           </ul>
 617           <em>Test Suite</em>
 618           <ul>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 621               Uniprot REST Free Text Search Client
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 628               during tests
 629             </li>
 630           </ul>
 631         </div></td>
 632       <td><div align="left">
 633           <em>Calculations</em>
 634           <ul>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 637               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 638               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 639             </li>
 640             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 641               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 642               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 643               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 644               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 645               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 646               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 647               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 648               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 649               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 650               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 651               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 652               // for 2.10.1 mode <br />
 653               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 654               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 655                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 656                 calculations (not recommended)</em></li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 659               scaling of branch lengths for trees computed using
 660               Sequence Feature Similarity.
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 664               generating output report when working with highly
 665               redundant alignments
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 669               right of selected region when gaps present on right-hand
 670               boundary
 671             </li>
 672           </ul>
 673           <em>User Interface</em>
 674           <ul>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 677               doesn't reselect a specific sequence's associated
 678               annotation after it was used for colouring a view
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 682               opened on a region of alignment without groups
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 686               of an alignment with overlapping groups
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 690               name and description match
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 694               hidden regions results in incorrect hidden regions
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 698               changing colour does not apply Conservation slider value
 699               to all groups
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 703               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 707               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 711               gaps before start of features
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 715               restored to UI when feature colour is edited
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 719               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 723               as graduate feature colour settings are modified via the
 724               dialog box
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 728               when a group defined on the alignment is resized
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 732               wrapped view result in positional status updates
 733             </li>
 734
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 737               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 741               alignment included gapped columns
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 745               widgets don't permanently disappear
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 749               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 750               T-Coffee column reliability scores)
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 754               sequence feature on gaps only
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 758               button from a Find inherit previously defined feature type
 759               rather than the Find query string
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 763               exporting tree calculated in Jalview
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 767               and then revealing them reorders sequences on the
 768               alignment
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 772               doesn't update to reflect available set of groups after
 773               interactively adding or modifying features
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 777               Linux
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 781               only excluded gaps in current sequence and ignored
 782               selection.
 783             </li>
 784           </ul>
 785           <em>Rendering</em>
 786           <ul>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 789               erratically when hidden rows or columns are present
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 793               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 794               sequence colouring
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 798               colour and group colour menu for protein alignments
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 802               reflect currently selected view or group's shading
 803               thresholds
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 807               when rendered on overview and structures when opacity at
 808               100%
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 812               overview when features overlaid on alignment
 813             </li>
 814           </ul>
 815           <em>Data import/export</em>
 816           <ul>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 819               load
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 823               added after a sequence was imported are not written to
 824               Stockholm File
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 828               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 832               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 836               with lightGray or darkGray via features file (but can
 837               specify lightgray)
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 841               when alignment view imported from project
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 845               structure and sequences extracted from structure files
 846               imported via URL and viewed in Jmol
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 850               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 851               the project is loaded and the structure viewed
 852             </li>
 853           </ul>
 854           <em>Web Services</em>
 855           <ul>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 858               release of Ensembl v.88
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 862               appear enabled in Preferences->Connections
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 866               removed from console output
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 870               Ensembl by Peptide ID
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 874               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 875               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 876               due to 'null' string rather than empty string used for
 877               residues with no corresponding PDB mapping).
 878             </li>
 879           </ul>
 880           <em>Application UI</em>
 881           <ul>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 884               menu
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 888               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 889               new documentation and tooltips added)
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 893               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 897               new features are added to alignment
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 901               changes to feature colours via the Amend features dialog
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 905               edit graduated feature colour via amend features dialog
 906               box
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 910               selection menu changes colours of alignment views
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 914               from alignment calculation workers after alignment has
 915               been closed
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 919               groups now 'Create Group'
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 923               Create/Undefine group doesn't always work
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 927               shown again after pressing 'Cancel'
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 931               adjusts start position in wrap mode
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 935               ambiguous amino acids
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 939               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 940               proteins
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 944               Defined' don't appear in Colours menu
 945             </li>
 946           </ul>
 947           <em>Applet</em>
 948           <ul>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 951               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 955               overview or linked structure view
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 959               work (since 2.8)
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 963               user-defined colourscheme doesn't restore original
 964               colourscheme
 965             </li>
 966           </ul>
 967           <em>Test Suite</em>
 968           <ul>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 971               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 975               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 976               problems with deep array comparison equality asserts in
 977               successive versions of TestNG
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 981               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 982             </li>
 983           </ul>
 984           <em>New Known Issues</em>
 985           <ul>
 986             <li>
 987               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 988               phase after a sequence motif find operation
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 992               containing just upper and lower case letters are
 993               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 997               reliably from eggnog Ortholog database
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1001               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1002               to mark columns containing highlighted regions.
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1006               doesn't always add secondary structure annotation.
1007             </li>
1008           </ul>
1009         </div>
1010     <tr>
1011       <td width="60" nowrap>
1012         <div align="center">
1013           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1014         </div>
1015       </td>
1016       <td><div align="left">
1017           <em>General</em>
1018           <ul>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1021               for all consensus calculations
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1025               3rd Oct 2016)
1026             </li>
1027             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1028               for 2016-2017</li>
1029           </ul>
1030           <em>Application</em>
1031           <ul>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1034               set of database cross-references, sorted alphabetically
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1038               from database cross references. Users with custom links
1039               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1040                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1044               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1045               Chimera session
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1049               the Chimera it is connected to is shut down
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1053               columns menu item to mark columns containing highlighted
1054               regions (e.g. from structure selections or results of a
1055               Find operation)
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1059               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1060               MSAviewer
1061             </li>
1062           </ul>
1063         </div></td>
1064       <td>
1065         <div align="left">
1066           <em>General</em>
1067           <ul>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1070               are not coloured or thresholded according to percent
1071               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1075               hydrophobic
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1079               threshold, amino acid properties)
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1083               reported as mapped to residues in a structure file in the
1084               View Mapping report
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1088               could be added multiple times to a sequence
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1092               bond features shown as two highlighted residues rather
1093               than a range in linked structure views, and treated
1094               correctly when selecting and computing trees from features
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1098               cross-references are matched to database name regardless
1099               of case
1100             </li>
1101
1102           </ul>
1103           <em>Application</em>
1104           <ul>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1107               names without regular expressions also offer links from
1108               Sequence ID
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1112               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1113               update Jalview configuration
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1117               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1121               files with similarly named sequences if dropped onto the
1122               alignment
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1126               entries where more chains exist in the PDB accession than
1127               are reported in the SIFTS file
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1131               the structure view when displayed with Chimera
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1135               panel's View->Show Chains submenu
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1139               work for wrapped alignment views
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1143               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1147               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1148               first annotation row
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1152               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1156               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1157             </li>
1158             <!-- JAL-2319 -->
1159             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1160             coordindate data
1161             </li>
1162           </ul>
1163           <!--           <em>New Known Issues</em>
1164           <ul>
1165             <li></li>
1166           </ul> -->
1167         </div>
1168       </td>
1169     </tr>
1170     <td width="60" nowrap>
1171       <div align="center">
1172         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1173           <em>25/10/2016</em></strong>
1174       </div>
1175     </td>
1176     <td><em>Application</em>
1177       <ul>
1178         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1179           view if structures already loaded</li>
1180         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1181           structure views</li>
1182       </ul></td>
1183     <td>
1184       <div align="left">
1185         <em>General</em>
1186         <ul>
1187           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1188             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1189           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1190             example sequences/projects/trees</li>
1191         </ul>
1192         <em>Application</em>
1193         <ul>
1194           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1195             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1196           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1197             without timeout for structures with multiple models or
1198             multiple sequences in alignment</li>
1199           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1200             PDB ID HEADER line</li>
1201           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1202             is performed</li>
1203           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1204             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1205           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1206           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1207             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1208             option</li>
1209           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1210             is created on the alignment</li>
1211           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1212             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1213             pop-up menu</li>
1214         </ul>
1215         <em>Build and deployment</em>
1216         <ul>
1217           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1218             tags</li>
1219         </ul>
1220         <em>New Known Issues</em>
1221         <ul>
1222           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1223             on Windows</li>
1224         </ul>
1225       </div>
1226     </td>
1227     </tr>
1228     <tr>
1229       <td width="60" nowrap>
1230         <div align="center">
1231           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1232         </div>
1233       </td>
1234       <td><em>General</em>
1235         <ul>
1236           <li>
1237             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1238           </li>
1239           <li>
1240             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1241             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1242             better PDB parsing.
1243           </li>
1244           <li>
1245             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1246             reference sequence
1247           </li>
1248           <li>
1249             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1250             mousing over sequence associated annotation
1251           </li>
1252           <li>
1253             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1254             for manual entry
1255           </li>
1256           <li>
1257             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1258             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1259             for each column
1260           </li>
1261           <li>
1262             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1263             showing or hiding columns containing a feature
1264           </li>
1265           <li>
1266             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1267             group and sequence associated annotation labels
1268           </li>
1269           <li>
1270             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1271             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1272             dialogs
1273           </li>
1274
1275         </ul> <em>Application</em>
1276         <ul>
1277           <li>
1278             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1279             gene/transcript view
1280           </li>
1281           <li>
1282             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1283             dialog
1284           </li>
1285           <li>
1286             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1287             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1288           </li>
1289           <li>
1290             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1291             Pfam sources to xfam.org
1292           </li>
1293           <li>
1294             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1295           </li>
1296           <li>
1297             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1298             over sequences in Jalview
1299           </li>
1300           <li>
1301             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1302             regions in ENA and EMBL
1303           </li>
1304           <li>
1305             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1306             for record retrieval via ENA rest API
1307           </li>
1308           <li>
1309             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1310             complement operator
1311           </li>
1312           <li>
1313             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1314             groovy script execution
1315           </li>
1316           <li>
1317             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1318             alignment window's Calculate menu
1319           </li>
1320           <li>
1321             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1322             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1323           </li>
1324           <li>
1325             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1326             calculation workers from groovy scripts
1327           </li>
1328           <li>
1329             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1330             Jalview projects
1331           </li>
1332           <li>
1333             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1334             associations are now saved/restored from project
1335           </li>
1336           <li>
1337             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1338             before sequence fetcher is opened
1339           </li>
1340           <li>
1341             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1342             database chooser opens a sequence fetcher
1343           </li>
1344           <li>
1345             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1346             the UniProt REST API
1347           </li>
1348           <li>
1349             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1350             the news reader opening
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1354             querying stored in preferences
1355           </li>
1356           <li>
1357             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1358             search results
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1362           </li>
1363           <li>
1364             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1365             menu for nucleotide sequences
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1369             and feature counts preserves alignment ordering (and
1370             debugged for complex feature sets).
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1374             viewing structures with Jalview 2.10
1375           </li>
1376           <li>
1377             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1378             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1379             Ensembl Genomes REST API
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1383             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1384             (Ensembl)
1385           </li>
1386           <li>
1387             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1388             sequences
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1392             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1393             data from external database records.
1394           </li>
1395           <li>
1396             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1397             efficient recovery of sequence coding and alignment
1398             annotation relationships.
1399           </li>
1400         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1401         <ul>
1402           <li>
1403             -- JAL---
1404           </li>
1405         </ul> --></td>
1406       <td>
1407         <div align="left">
1408           <em>General</em>
1409           <ul>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1412               menu on OSX
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1416               includes graduated colourschemes
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1420               working with big alignments and lots of hidden columns
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1424               at right of alignment window
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1428               contents
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1432               for DNA alignments
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1436               based tree calculation
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1440               unconserved enabled for group on alignment
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1444               set as reference
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1448               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1449               annotation
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1453               hidden columns present
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1457               user created annotation added to alignment
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1461               '()' base pair annotation
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1465               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1466               Consensus
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1470               feature not working
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1474               beginning of sequence
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1478               entry 3a6s
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1482               from a tree when t-coffee scores are shown
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1486               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1490               some structures
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1494               to Clustal, PIR and PileUp output
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1498               not visible causes alignment window to repaint
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1502               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1503               scores associated with features and annotation rows
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1507               calculation should be case independent
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1511               columns
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1515               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1516               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1520               problems when reference sequence defined and 'show
1521               non-conserved' enabled
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1525               load even when Consensus calculation is disabled
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1529               alignment does nothing
1530             </li>
1531           </ul>
1532           <em>Application</em>
1533           <ul>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1536               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1537               yet fixed for El Capitan)
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1541               output when running on non-gb/us i18n platforms
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1545               hidden sequences as flat-file alignment
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1549               launching Chimera
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1553               (also hotfix for 2.9.0b2)
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1557               reference sequence defined
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1561               alignments and views when revealing hidden columns
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1565               view in a cDNA/Protein splitframe
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1569               sequence from project when only one sequence is
1570               represented
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1574               in Structure Chooser
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1578               structure consensus didn't refresh annotation panel
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1582               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1586               dialogs format columns correctly, don't display array
1587               data, sort columns according to type
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1591               file chooser is cancelled during an image export
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1595               sequence name containing special characters
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1599               case insensitive
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1603               formatting don't wrap
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1607               truncated so L looks like I in consensus annotation
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1611               currently displayed features for the current selection or
1612               view
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1616               after fetching cross-references, and restoring from
1617               project
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1621               followed in the structure viewer
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1625               splitframe not restored from project
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1629               trailing end of protein alignment in transcript/product
1630               splitview when pad-gaps not enabled by default
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1634               is case dependent
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1638               article has been read (reopened issue due to
1639               internationalisation problems)
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1643               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1644               cross-references
1645             </li>
1646
1647             <li>
1648               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1649               alignment as HTML
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1653               multiple structures are shown for one or more sequences.
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1657               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1658               is enabled.
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1662               specific PDB id for sequence
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1666               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1667               columns' is disabled.
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1671               selects lowest rather than highest resolution structures
1672               for each sequence
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1676               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1680               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1684               after clicking on it to create new annotation for a
1685               column.
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1689               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1690             </li>
1691             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1692             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1693           </ul>
1694           <em>Applet</em>
1695           <ul>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1698               hidden columns present before start of sequence
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1702               (JSON jars)
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1706               sequences are hidden in applet
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1710               deployment on examples pages.
1711             </li>
1712           </ul>
1713         </div>
1714       </td>
1715     </tr>
1716     <tr>
1717       <td width="60" nowrap>
1718         <div align="center">
1719           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1720             <em>16/10/2015</em></strong>
1721         </div>
1722       </td>
1723       <td><em>General</em>
1724         <ul>
1725           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1726             jars</li>
1727         </ul></td>
1728       <td>
1729         <div align="left">
1730           <em>Application</em>
1731           <ul>
1732             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1733               shown when tree is partitioned</li>
1734             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1735               multiple cDNA/Protein split views</li>
1736           </ul>
1737         </div>
1738       </td>
1739     </tr>
1740     <tr>
1741       <td width="60" nowrap>
1742         <div align="center">
1743           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1744             <em>8/10/2015</em></strong>
1745         </div>
1746       </td>
1747       <td><em>General</em>
1748         <ul>
1749           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1750             2.9</li>
1751         </ul> <em>Application</em>
1752         <ul>
1753           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1754           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1755           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1756         </ul> <em>Applet</em>
1757         <ul>
1758           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1759         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1760         <ul>
1761           <li>
1762             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1763             suite
1764           </li>
1765         </ul></td>
1766       <td>
1767         <div align="left">
1768           <em>General</em>
1769           <ul>
1770             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1771               incorrect when sequence start > 1</li>
1772             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1773               documentation</li>
1774             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1775             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1776               loading a features file containing HTML tags in feature
1777               description</li>
1778
1779           </ul>
1780           <em>Application</em>
1781           <ul>
1782             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1783               reimport</li>
1784             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1785               with 'trim retrieved sequences'</li>
1786             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1787               deleting selected columns</li>
1788             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1789               JNLP templates for webstart launch</li>
1790             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1791               unreleased structures for download or viewing</li>
1792             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1793               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1794             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1795               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1796             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1797               recovered from jalview project</li>
1798             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1799               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1800               alignment view</li>
1801             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1802               color schemes from BioJSON</li>
1803           </ul>
1804           <em>Applet</em>
1805           <ul>
1806             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1807               frame</li>
1808             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1809           </ul>
1810         </div>
1811       </td>
1812     </tr>
1813     <tr>
1814       <td><div align="center">
1815           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1816         </div></td>
1817       <td><em>General</em>
1818         <ul>
1819           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1820             alignments:
1821             <ul>
1822               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1823                 and DNA alignment views</li>
1824               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1825                 cDNA alignment views</li>
1826               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1827                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1828               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1829                 protein sequences</li>
1830             </ul>
1831           </li>
1832           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1833           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1834             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1835           <li>New alignment annotation file statements for
1836             reference sequences and marking hidden columns</li>
1837           <li>Reference sequence based alignment shading to
1838             highlight variation</li>
1839           <li>Select or hide columns according to alignment
1840             annotation</li>
1841           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1842           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1843             acid conservation row</li>
1844           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1845         </ul> <em>Application</em>
1846         <ul>
1847           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1848             <ul>
1849               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1850                 view with cDNA/Protein</li>
1851               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1852                 sequences are placed in the same alignment</li>
1853               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1854                 projects</li>
1855             </ul>
1856           </li>
1857
1858           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1859           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1860             Jalview windows</li>
1861
1862           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1863           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1864           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1865             be shown in VARNA</li>
1866
1867           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1868             as the active selected region</li>
1869
1870           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1871             similarity</li>
1872           <li>New Export options
1873             <ul>
1874               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1875                 region export in flat file generation</li>
1876
1877               <li>Export alignment views for display with the <a
1878                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1879
1880               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1881               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1882                 alignment figures to HTML</li>
1883           </li>
1884           <li>3D structure retrieval and display
1885             <ul>
1886               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1887                 Search API</li>
1888               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1889                 PDB structures for a sequence set</li>
1890             </ul>
1891           </li>
1892
1893           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1894             predictions</li>
1895           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1896             for one or a group of sequences</li>
1897           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1898             from the JPred4 web server</li>
1899           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1900             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1901             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1902           </li>
1903           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1904             VARNA 2D Structure'</li>
1905           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1906             Structure ..."</li>
1907
1908         </ul> <em>Applet</em>
1909         <ul>
1910           <li>New layout for applet example pages</li>
1911           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1912             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1913           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1914             Protein alignments</li>
1915         </ul> <em>Development and deployment</em>
1916         <ul>
1917           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1918           <li>Include installation type and git revision in build
1919             properties and console log output</li>
1920           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1921             storing BioJsMSA Templates</li>
1922           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1923         </ul></td>
1924       <td>
1925         <!-- <em>General</em>
1926         <ul>
1927         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1928         <ul>
1929           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1930           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1931           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1932             predictions are not highlighted in amber</li>
1933           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1934             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1935           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1936             associated structure views</li>
1937           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1938             width checkbox not enabled</li>
1939           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1940             creating user defined colours</li>
1941           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1942             mappings for just that viewer's sequences</li>
1943           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1944             multiple models in Chimera</li>
1945           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1946             over Jmol structure</li>
1947           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1948             output to text box</li>
1949           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1950             have incorrect sequence start/end</li>
1951           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1952             Jalview fails</li>
1953           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1954             work for nucleotide</li>
1955           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1956             to a grey/invisible alignment window</li>
1957           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1958             imports to different position</li>
1959           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1960             on some platforms</li>
1961           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1962             populated</li>
1963           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1964             console if Chimera has been opened</li>
1965           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1966           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1967             retrieved</li>
1968           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1969           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1970             either sequence shows on first structure</li>
1971           <li>'Show annotations' options should not make
1972             non-positional annotations visible</li>
1973           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1974             in right place after 'view flanking regions'</li>
1975           <li>File Save As type unset when current file format is
1976             unknown</li>
1977           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1978             projects</li>
1979           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1980             responsive</li>
1981           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1982             several views on same alignment</li>
1983           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1984           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1985             spaces</li>
1986         </ul> <em>Applet</em>
1987         <ul>
1988           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1989           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1990             descriptions containing angle brackets</li>
1991         </ul> <em>General</em>
1992         <ul>
1993           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1994             via jalview annotation file</li>
1995           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1996             with RNA secondary structure</li>
1997           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1998             translation doesn't work.</li>
1999           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2000           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2001             positions</li>
2002           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2003             choosing 1pt font</li>
2004           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2005             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2006             'h'</li>
2007           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2008             new feature</li>
2009           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2010             order dependent</li>
2011           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2012             sequences</li>
2013           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2014         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2015         <ul>
2016           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2017             www.jalview.org</li>
2018         </ul> <em>Application Known issues</em>
2019         <ul>
2020           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2021           <li>Misleading message appears after trying to delete
2022             solid column.</li>
2023           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2024             version launches</li>
2025           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2026             fails with a sequence mismatch</li>
2027           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2028             scrolling alignment to right</li>
2029           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2030             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2031           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2032             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2033           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2034             ultra-high resolution</li>
2035           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2036             quality and conservation</li>
2037           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2038             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2039         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2040         <ul>
2041           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2042           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2043             window is being resized</li>
2044
2045         </ul>
2046       </td>
2047     </tr>
2048     <tr>
2049       <td><div align="center">
2050           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2051         </div></td>
2052       <td><em>General</em>
2053         <ul>
2054           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2055             Certum.PL.</li>
2056           <li>Features and annotation preserved when performing
2057             pairwise alignment</li>
2058           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2059             imported/exported/displayed</li>
2060           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2061             protein secondary structure</li>
2062           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2063               post-hoc with 2.9 release</em>)
2064           </li>
2065
2066         </ul> <em>Application</em>
2067         <ul>
2068           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2069             with 3D structures</li>
2070           <li>Support for parsing RNAML</li>
2071           <li>Annotations menu for layout
2072             <ul>
2073               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2074               <li>place sequence annotation above/below alignment
2075                 annotation</li>
2076             </ul>
2077           <li>Output in Stockholm format</li>
2078           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2079             translation</li>
2080           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2081           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2082             shared between alignments</li>
2083           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2084             Jalview</li>
2085           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2086             all or current selection</li>
2087           <li>disorder and secondary structure predictions
2088             available as dataset annotation</li>
2089           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2090
2091
2092           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2093             alignments from Rfam</li>
2094           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2095
2096           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2097             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2098           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2099           <li>include installation type in build properties and
2100             console log output</li>
2101           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2102             annotation</li>
2103         </ul></td>
2104       <td>
2105         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2106         <ul>
2107           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2108             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2109           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2110             alignment</li>
2111           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2112           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2113           <li>Double click on sequence associated annotation
2114             selects only first column</li>
2115           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2116             leaves shown in tree</li>
2117           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2118             properly</li>
2119           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2120           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2121             screen and buttons not visible</li>
2122           <li>author list isn't updated if already written to
2123             Jalview properties</li>
2124           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2125             from database</li>
2126           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2127           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2128             browser search window</li>
2129           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2130             in feature settings dialog</li>
2131           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2132             desktop</li>
2133           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2134             pass validation</li>
2135           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2136             fit on screen</li>
2137           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2138             tooltip</li>
2139           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2140             defined user preset</li>
2141           <li>MSA web services warns user if they were launched
2142             with invalid input</li>
2143           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2144             Java 8</li>
2145           <li>
2146             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2147             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2148             created
2149           </li>
2150
2151         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2152         <ul>
2153         </ul> <em>General</em>
2154         <ul>
2155         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2156         <ul>
2157           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2158             memory allocation</li>
2159           <li>launchApp service doesn't automatically open
2160             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2161           <li>
2162             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2163             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2164             1.7_055 is available
2165           </li>
2166         </ul> <em>Application Known issues</em>
2167         <ul>
2168           <li>
2169             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2170             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2171             alignment to right
2172           </li>
2173           <li>
2174             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2175             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2176             with large number of ID
2177           </li>
2178           <li>
2179             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2180             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2181             start/end
2182           </li>
2183           <li>
2184             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2185             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2186             structure tracks are rearranged
2187           </li>
2188           <li>
2189             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2190             invalid rna structure positional highlighting does not
2191             highlight position of invalid base pairs
2192           </li>
2193           <li>
2194             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2195             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2196             project from alignment window file menu
2197           </li>
2198           <li>
2199             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2200             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2201             structures
2202           </li>
2203           <li>
2204             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2205             colour by RNA Helices not enabled when user created
2206             annotation added to alignment
2207           </li>
2208           <li>
2209             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2210             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2211           </li>
2212         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2213         <ul>
2214           <li>
2215             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2216             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2217           </li>
2218           <li>
2219             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2220             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2221           </li>
2222
2223           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2224             when selected</li>
2225         </ul>
2226       </td>
2227     </tr>
2228     <tr>
2229       <td><div align="center">
2230           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2231         </div></td>
2232       <td>
2233         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2234         <em>General</em>
2235         <ul>
2236           <li>Internationalisation of user interface (usually
2237             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2238           <li>Define/Undefine group on current selection with
2239             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2240           <li>Improved group creation/removal options in
2241             alignment/sequence Popup menu</li>
2242           <li>Sensible precision for symbol distribution
2243             percentages shown in logo tooltip.</li>
2244           <li>Annotation panel height set according to amount of
2245             annotation when alignment first opened</li>
2246         </ul> <em>Application</em>
2247         <ul>
2248           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2249             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2250           <li>Select columns containing particular features from
2251             Feature Settings dialog</li>
2252           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2253             sequences</li>
2254           <li>Update Jalview project format:
2255             <ul>
2256               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2257               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2258                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2259               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2260                 colouring</li>
2261             </ul>
2262           </li>
2263           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2264             (PAM250)</li>
2265           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2266             flanking regions for an alignment</li>
2267         </ul>
2268       </td>
2269       <td>
2270         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2271         <ul>
2272           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2273             running after job is cancelled</li>
2274           <li>cannot export features from alignments imported from
2275             Jalview/VAMSAS projects</li>
2276           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2277             float values</li>
2278           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2279             have 'display all symbols' flag set</li>
2280           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2281             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2282           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2283             Jalview</li>
2284           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2285             Lion/Webstart</li>
2286           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2287           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2288           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2289             alignment onto desktop</li>
2290           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2291             'extract scores' function</li>
2292           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2293             alignment window</li>
2294           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2295             performing IUPred disorder prediction</li>
2296           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2297             changing 'normalise logo' display setting</li>
2298           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2299             nothing matches query</li>
2300           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2301             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2302           </li>
2303           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2304             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2305           </li>
2306           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2307             Jalview's menu</li>
2308           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2309             'invalid literal/length code'</li>
2310           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2311             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2312           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2313             colourscheme</li>
2314
2315         </ul> <em>Applet</em>
2316         <ul>
2317           <li>Remove group option is shown even when selection is
2318             not a group</li>
2319           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2320             don't affect groups</li>
2321           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2322             colourscheme name</li>
2323           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2324             Annotation panel is not displayed</li>
2325           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2326             embedded windows</li>
2327         </ul> <em>Other</em>
2328         <ul>
2329           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2330             single sequence were not calculated</li>
2331           <li>annotation files that contain only groups imported as
2332             annotation and junk sequences</li>
2333           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2334             recognised as PFAM or BLC</li>
2335           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2336             doesn't affect background (2.8.0b1)
2337           <li></li>
2338           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2339           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2340             trailing gaps</li>
2341           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2342             registered correctly on import</li>
2343           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2344             certain alignments</li>
2345           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2346             existing annotation based 'use original colours'
2347             colourscheme loses original colours setting</li>
2348         </ul>
2349       </td>
2350     </tr>
2351     <tr>
2352       <td><div align="center">
2353           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2354             <em>30/1/2014</em></strong>
2355         </div></td>
2356       <td>
2357         <ul>
2358           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2359             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2360             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2361             open source project).
2362           </li>
2363           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2364           <li>Output in Stockholm format</li>
2365           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2366           <li>Export/import group and sequence associated line
2367             graph thresholds</li>
2368           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2369             ambiguity codes</li>
2370           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2371             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2372             works</li>
2373           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2374         </ul> <em>Other improvements</em>
2375         <ul>
2376           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2377           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2378             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2379           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2380             files</li>
2381           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2382           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2383             link but no description</li>
2384           <li>Select primary source when selecting authority in
2385             database fetcher GUI</li>
2386           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2387             Jalview</li>
2388           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2389         </ul>
2390       </td>
2391       <td>
2392         <ul>
2393           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2394             displayed</li>
2395           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2396             secondary structure annotation line</li>
2397           <li>Sequence database accessions not imported when
2398             fetching alignments from Rfam</li>
2399           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2400             identical IDs</li>
2401           <li>View all structures does not always superpose
2402             structures</li>
2403           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2404             reflect user or preset settings</li>
2405           <li>Null pointer exceptions for some services without
2406             presets or adjustable parameters</li>
2407           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2408             discover PDB xRefs</li>
2409           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2410             features with DAS</li>
2411           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2412             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2413           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2414             residue follows a gap</li>
2415           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2416             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2417           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2418             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2419           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2420             annotation already exists on alignment</li>
2421           <li>oninit javascript function should be called after
2422             initialisation completes</li>
2423           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2424             alignment window display</li>
2425           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2426           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2427             to annotation file</li>
2428           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2429             groups created</li>
2430           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2431             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2432           <li>Pressing return several times causes Number Format
2433             exceptions in keyboard mode</li>
2434           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2435             correct partitions for input data</li>
2436           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2437           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2438           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2439           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2440             mode</li>
2441           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2442             changes one row&#39;s threshold</li>
2443           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2444             doesn&#39;t open</li>
2445           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2446             quality histograms</li>
2447         </ul>
2448       </td>
2449     </tr>
2450     <tr>
2451       <td><div align="center">
2452           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2453         </div></td>
2454       <td><em>Application</em>
2455         <ul>
2456           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2457             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2458           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2459             preferences</li>
2460           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2461             in Jalview alignment window</li>
2462           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2463             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2464           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2465             RNA and ambiguity codes</li>
2466
2467           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2468           <li>Support fetching and database reference look up
2469             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2470             refs')</li>
2471           <li>Jalview project improvements
2472             <ul>
2473               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2474                 flag for annotation</li>
2475               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2476                 alignment</li>
2477               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2478                 Jalview project</li>
2479
2480             </ul>
2481           </li>
2482           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2483           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2484             running</li>
2485           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2486           <li>visual indication that web service results are still
2487             being retrieved from server</li>
2488           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2489             starts up for first time</li>
2490           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2491             services</li>
2492           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2493             client library</li>
2494           <li>Examples directory and Groovy library included in
2495             InstallAnywhere distribution</li>
2496         </ul> <em>Applet</em>
2497         <ul>
2498           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2499             visualization applet example</li>
2500         </ul> <em>General</em>
2501         <ul>
2502           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2503           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2504             defaults</li>
2505           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2506             calculation</li>
2507           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2508             matrices
2509           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2510             in HTML</li>
2511           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2512             structure contacts</li>
2513           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2514           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2515           <li>Parse sequence associated secondary structure
2516             information in Stockholm files</li>
2517           <li>HTML Export database accessions and annotation
2518             information presented in tooltip for sequences</li>
2519           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2520             style RNA alignment files</li>
2521           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2522             alignment</li>
2523           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2524             shade each sequence according to its associated alignment
2525             annotation</li>
2526           <li>New Jalview Logo</li>
2527         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2528         <ul>
2529           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2530           <li>New Website!</li>
2531         </ul></td>
2532       <td><em>Application</em>
2533         <ul>
2534           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2535             wsdbfetch REST service</li>
2536           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2537           <li>Filetype associations not installed for webstart
2538             launch</li>
2539           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2540             job execution in full once it is complete</li>
2541           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2542             uploaded via ali_file parameter</li>
2543           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2544           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2545           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2546             submitted for prediction</li>
2547           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2548             desktop window</li>
2549           <li>Putting fractional value into integer text box in
2550             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2551           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2552             windows 7</li>
2553           <li>View all structures fails with exception shown in
2554             structure view</li>
2555           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2556             escaped in a platform independent way</li>
2557           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2558             using proxy</li>
2559           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2560             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2561           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2562             failure when java web start temporary file caching is
2563             disabled</li>
2564           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2565             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2566           <li>Errors during processing of command line arguments
2567             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2568           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2569             DAS sources in sequence fetcher</li>
2570           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2571             dialog is shown</li>
2572           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2573           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2574           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2575           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2576             on OSX Mountain Lion</li>
2577           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2578             sequences with alignment annotation are pasted into the
2579             alignment</li>
2580           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2581             when loaded from Jalview project</li>
2582           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2583           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2584             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2585           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2586             associated with all views</li>
2587           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2588             annotation rows to new window</li>
2589         </ul> <em>Applet</em>
2590         <ul>
2591           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2592             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2593           <li>loading features via javascript API automatically
2594             enables feature display</li>
2595           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2596             work</li>
2597         </ul> <em>General</em>
2598         <ul>
2599           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2600           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2601             and then deselected</li>
2602           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2603           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2604             coloured with clustalx</li>
2605           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2606             exceptions and redraw errors</li>
2607           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2608             reconfigured view</li>
2609           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2610             colour</li>
2611           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2612             for lots of labels</li>
2613         </ul>
2614     </tr>
2615     <tr>
2616       <td>
2617         <div align="center">
2618           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2619         </div>
2620       </td>
2621       <td><em>Application</em>
2622         <ul>
2623           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2624           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2625           <li>View/alignment association menu to enable user to
2626             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2627             its colours/correspondences from</li>
2628           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2629           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2630             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2631           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2632           <li>Annotation row column label formatting attributes
2633             stored in project file</li>
2634           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2635             rows preserved in Jalview project file</li>
2636           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2637             saved using Desktop window menu</li>
2638           <li>Visual indication that command line arguments are
2639             still being processed</li>
2640           <li>Groovy script execution from URL</li>
2641           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2642             preferences</li>
2643           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2644             alignment with sequences that have high similarity and
2645             matching IDs</li>
2646           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2647           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2648             structures in same window</li>
2649           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2650           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2651             analysis function in its own submenu</li>
2652         </ul> <em>Applet</em>
2653         <ul>
2654           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2655             groups</li>
2656           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2657           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2658           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2659           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2660           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2661             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2662           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2663           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2664             parameters are treated as such</li>
2665           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2666             <ul>
2667               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2668               <li>Javascript callbacks for
2669                 <ul>
2670                   <li>Applet initialisation</li>
2671                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2672                 </ul>
2673               </li>
2674               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2675                 functions</li>
2676               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2677               <li>javascript structure viewer harness to pass
2678                 messages between Jmol and Jalview when running as
2679                 distinct applets</li>
2680               <li>sortBy method</li>
2681               <li>Set of applet and application examples shipped
2682                 with documentation</li>
2683               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2684                 javascript message exchange</li>
2685             </ul>
2686         </ul> <em>General</em>
2687         <ul>
2688           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2689             multiple alignments</li>
2690           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2691           <li>User configurable link to enable redirects to a
2692             www.Jalview.org mirror</li>
2693           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2694           <li>Configurable newline string when writing alignment
2695             and other flat files</li>
2696           <li>Allow alignment annotation description lines to
2697             contain html tags</li>
2698         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2699         <ul>
2700           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2701             examples</li>
2702           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2703             using a web service before displaying the result in the
2704             Jalview desktop</li>
2705           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2706           <li>Ant target to publish example html files with applet
2707             archive</li>
2708           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2709           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2710         </ul></td>
2711       <td><em>Application</em>
2712         <ul>
2713           <li>User defined colourscheme throws exception when
2714             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2715           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2716             dialog for valid filename/format</li>
2717           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2718           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2719             P37173</li>
2720           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2721             which sequence is to be associated with the file</li>
2722           <li>Find All raises null pointer exception when query
2723             only matches sequence IDs</li>
2724           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2725           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2726             2.4 cannot be loaded</li>
2727           <li>Filetype associations not installed for webstart
2728             launch</li>
2729           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2730             with sequences in different alignments do not get coloured
2731             by their associated sequence</li>
2732           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2733             not preserved when project is loaded</li>
2734           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2735             stored in Jalview project</li>
2736           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2737             Jalview project</li>
2738           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2739           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2740             by conservation</li>
2741           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2742             created on new view</li>
2743           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2744             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2745           <li>Alignment quality not updated after alignment
2746             annotation row is hidden then shown</li>
2747           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2748             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2749           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2750             properly</li>
2751           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2752             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2753           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2754           <li>Structures imported from file and saved in project
2755             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2756           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2757             job execution in full once it is complete</li>
2758         </ul> <em>Applet</em>
2759         <ul>
2760           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2761             annotation rows are displayed</li>
2762           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2763             codebase</li>
2764           <li>View follows highlighting does not work for positions
2765             in sequences</li>
2766           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2767           <li>Export features raises exception when no features
2768             exist</li>
2769           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2770             for javascript api is modified when separator string
2771             provided as parameter</li>
2772           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2773             alignment with no existing selection</li>
2774           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2775             to applet&#39;s codebase</li>
2776           <li>Status bar not updated after finished searching and
2777             search wraps around to first result</li>
2778           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2779             several Jalview applets causes race conditions and memory
2780             leaks</li>
2781           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2782             not sent from Jmol in applet</li>
2783           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2784             applet API fatally hang browser</li>
2785         </ul> <em>General</em>
2786         <ul>
2787           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2788             position with wrapped view and hidden regions</li>
2789           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2790             with/without hidden columns</li>
2791           <li>Sequence length given in alignment properties window
2792             is off by 1</li>
2793           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2794             import PDB like structure files</li>
2795           <li>Positional search results are only highlighted
2796             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2797           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2798           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2799             given sequence position</li>
2800           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2801             output</li>
2802           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2803             from nucleotide chains correctly</li>
2804           <li>Structure colours not updated when tree partition
2805             changed in alignment</li>
2806           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2807             parsed in interleaved stockholm</li>
2808           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2809             state</li>
2810           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2811             properly</li>
2812           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2813             properly associated with their pdb files</li>
2814         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2815         <ul>
2816           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2817             ApplyCopyright tool</li>
2818         </ul></td>
2819     </tr>
2820     <tr>
2821       <td>
2822         <div align="center">
2823           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2824         </div>
2825       </td>
2826       <td><em>Application</em>
2827         <ul>
2828           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2829             contact web services</li>
2830           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2831             service job window</li>
2832           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2833         </ul></td>
2834       <td>
2835         <ul>
2836           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2837             pir file emitted by Jalview</li>
2838           <li>Existing feature settings transferred to new
2839             alignment view created from cut'n'paste</li>
2840           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2841             parsing PDB files</li>
2842           <li>Consensus and conservation annotation rows
2843             occasionally become blank for all new windows</li>
2844           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2845             in wrapped view mode</li>
2846         </ul> <em>Application</em>
2847         <ul>
2848           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2849             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2850           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2851             parameter names</li>
2852           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2853             is down</li>
2854         </ul>
2855       </td>
2856     </tr>
2857     <tr>
2858       <td>
2859         <div align="center">
2860           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2861         </div>
2862       </td>
2863       <td><em>Application</em>
2864         <ul>
2865           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2866             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2867             (JABAWS)
2868           </li>
2869           <li>Web Services preference tab</li>
2870           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2871             preferences</li>
2872           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2873           <li>Superpose structures using associated sequence
2874             alignment</li>
2875           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2876             viewer</li>
2877         </ul> <em>Applet</em>
2878         <ul>
2879           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2880             link out mechanism</li>
2881         </ul> <em>Other</em>
2882         <ul>
2883           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2884             series 12</li>
2885           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2886             require Java 1.5</li>
2887           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2888             sequence annotation files</li>
2889           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2890             type colour specification</li>
2891           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2892             script to check if it being run in an interactive session or
2893             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2894         </ul></td>
2895       <td>
2896         <ul>
2897           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2898             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2899         </ul> <em>Application</em>
2900         <ul>
2901           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2902             selected Regions menu item</li>
2903           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2904             part of a valid accession ID</li>
2905           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2906             runs out of memory</li>
2907           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2908             analysis results</li>
2909           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2910             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2911           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2912         </ul> <em>Applet</em>
2913         <ul>
2914           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2915             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2916             defined.</li>
2917         </ul>
2918       </td>
2919     </tr>
2920     <tr>
2921       <td>
2922         <div align="center">
2923           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2924         </div>
2925       </td>
2926       <td></td>
2927       <td>
2928         <ul>
2929           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2930             sequence IDs</li>
2931           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2932             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2933           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2934             import correctly</li>
2935           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2936             number of columns are hidden</li>
2937           <li>annotation label popup menu not providing correct
2938             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2939             present</li>
2940           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2941             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2942           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2943             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2944
2945         </ul> <em>Applet</em>
2946         <ul>
2947           <li>annotation panel disappears when annotation is
2948             hidden/removed</li>
2949         </ul> <em>Application</em>
2950         <ul>
2951           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2952             alignment opened where annotation panel is visible but no
2953             annotations are present on alignment</li>
2954           <li>pasted region containing hidden columns is
2955             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2956           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2957             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2958           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2959             selected Rregions menu item.</li>
2960           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2961             'Un' or 'Non'conserved</li>
2962           <li>Sequence feature settings are being shared by
2963             multiple distinct alignments</li>
2964           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2965             changed</li>
2966           <li>double click on group annotation to select sequences
2967             does not propagate to associated trees</li>
2968           <li>Mac OSX specific issues:
2969             <ul>
2970               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2971                 window background</li>
2972               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2973                 name set correctly</li>
2974               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2975                 save feature colourscheme button</li>
2976             </ul>
2977           </li>
2978         </ul>
2979       </td>
2980     </tr>
2981     <tr>
2982
2983       <td>
2984         <div align="center">
2985           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2986         </div>
2987       </td>
2988       <td><em>New Capabilities</em>
2989         <ul>
2990           <li>URL links generated from description line for
2991             regular-expression based URL links (applet and application)
2992
2993           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2994             menu</li>
2995           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2996             structures</li>
2997           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2998             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2999           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3000             average score or total feature count for each sequence.</li>
3001           <li>Shading features by score or associated description</li>
3002           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3003             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3004           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3005             hide everything but the currently selected region.</li>
3006           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3007         </ul> <em>Application</em>
3008         <ul>
3009           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3010             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3011           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3012             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3013           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3014             database references and protein_name is parsed as
3015             description line (BioSapiens terms).</li>
3016           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3017             references in sequence ID tooltip from View menu in
3018             application.</li>
3019           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3020       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3021           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3022             conservation plots</li>
3023           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3024             and visualized as sequence logos</li>
3025           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3026             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3027           </li>
3028           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3029             when a new tree is opened.</li>
3030           <li>Jalview Java Console</li>
3031           <li>Better placement of desktop window when moving
3032             between different screens.</li>
3033           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3034             consensus annotation</li>
3035           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3036             Workflows</li>
3037           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3038             <ul>
3039               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3040                 used to preserve views, structures, and tree display
3041                 settings)</li>
3042               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3043                 command line</li>
3044               <li>Sharing of selected regions between views and
3045                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3046               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3047             </ul></li>
3048         </ul> <em>Applet</em>
3049         <ul>
3050           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3051           <li>New Parameters
3052             <ul>
3053               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3054                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3055                 opened.</li>
3056               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3057                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3058               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3059                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3060               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3061                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3062                 view</li>
3063               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3064                 increase the height or width of a cell in the alignment
3065                 grid relative to the current font size.</li>
3066             </ul>
3067           </li>
3068           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3069             tooltip</li>
3070         </ul> <em>Other</em>
3071         <ul>
3072           <li>Features format: graduated colour definitions and
3073             specification of feature scores</li>
3074           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3075             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3076             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3077           <li>XML formats extended to support graduated feature
3078             colourschemes, group associated annotation, and profile
3079             visualization settings.</li></td>
3080       <td>
3081         <ul>
3082           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3083             rather than description</li>
3084           <li>Non-positional features are now included in sequence
3085             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3086             visibility in tooltip).</li>
3087           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3088           <li>Added URL embedding instructions to features file
3089             documentation.</li>
3090           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3091             'X' in peptide product</li>
3092           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3093             sequence ID and sequence string and query strings do not
3094             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3095           <li>AMSA files only contain first column of
3096             multi-character column annotation labels</li>
3097           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3098             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3099             exported and re-imported)</li>
3100           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3101             name</li>
3102           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3103             as subsequence matches, and correctly reports total number
3104             of both.</li>
3105           <li>Application:
3106             <ul>
3107               <li>Better handling of exceptions during sequence
3108                 retrieval</li>
3109               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3110                 link text excludes the start_end suffix</li>
3111               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3112                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3113               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3114               <li>Sequence description lines properly shared via
3115                 VAMSAS</li>
3116               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3117                 data sources</li>
3118               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3119                 completes before alignment figures are generated.</li>
3120               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3121                 first time.</li>
3122               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3123                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3124               <li>User defined group colours properly recovered
3125                 from Jalview projects.</li>
3126             </ul>
3127           </li>
3128         </ul>
3129       </td>
3130
3131     </tr>
3132     <tr>
3133       <td>
3134         <div align="center">
3135           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3136         </div>
3137       </td>
3138       <td>
3139         <ul>
3140           <li>Experimental support for google analytics usage
3141             tracking.</li>
3142           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3143         </ul>
3144       </td>
3145       <td>
3146         <ul>
3147           <li>Race condition in applet preventing startup in
3148             jre1.6.0u12+.</li>
3149           <li>Exception when feature created from selection beyond
3150             length of sequence.</li>
3151           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3152           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3153             all sequences with a given id</li>
3154           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3155             ID string searches</li>
3156           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3157             alignment to fail with exception</li>
3158         </ul> <em>Application Issues</em>
3159         <ul>
3160           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3161           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3162             data sources</li>
3163         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3164         <ul>
3165           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3166             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3167           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3168             version (java class versioning error fixed)</li>
3169         </ul>
3170       </td>
3171     </tr>
3172     <tr>
3173       <td>
3174
3175         <div align="center">
3176           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3177         </div>
3178       </td>
3179       <td><em>User Interface</em>
3180         <ul>
3181           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3182             translation and protein products</li>
3183           <li>Linked highlighting of structure associated with
3184             residue mapping to codon position</li>
3185           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3186             and 'clear' button</li>
3187           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3188             Tools menu</li>
3189           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3190             numeric data in description line</li>
3191           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3192           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3193             of sequence</li>
3194         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3195         <ul>
3196           <li>JPred3 web service</li>
3197           <li>Prototype sequence search client (no public services
3198             available yet)</li>
3199           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3200             PFAM</li>
3201           <li>URL Links created for matching database cross
3202             references as well as sequence ID</li>
3203           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3204         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3205         <ul>
3206           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3207             databases</li>
3208           <li>Generalised database reference retrieval and
3209             validation to all fetchable databases</li>
3210           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3211             sequence command</li>
3212         </ul> <em>Import and Export</em>
3213         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3214         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3215           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3216         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3217           File</li>
3218         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3219           triplet as name of colourscheme</li>
3220         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3221         <ul>
3222           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3223           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3224             alignments (experimental)</li>
3225           <li>Create new or select existing session to join</li>
3226           <li>load and save of vamsas documents</li>
3227         </ul> <em>Application command line</em>
3228         <ul>
3229           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3230             from applet)</li>
3231           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3232             of DAS servers to query for alignment features</li>
3233           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3234             that are also automatically queried for features</li>
3235           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3236             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3237         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3238         <ul>
3239           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3240             application (when using &quot;View in full
3241             application&quot;)</li>
3242         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3243         <ul>
3244           <li>feature group display control parameter</li>
3245           <li>debug parameter</li>
3246           <li>showbutton parameter</li>
3247         </ul> <em>Applet API methods</em>
3248         <ul>
3249           <li>newView public method</li>
3250           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3251           <li>Feature display control methods</li>
3252           <li>get list of currently selected sequences</li>
3253         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3254         <ul>
3255           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3256           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3257             Jalview release.</li>
3258           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3259             property controls execution of obfuscator</li>
3260           <li>Build target for generating source distribution</li>
3261           <li>Debug flag for javacc</li>
3262           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3263             jalview.bin.Cache</li>
3264           <li>Continuous Build Integration for stable and
3265             development version of Application, Applet and source
3266             distribution</li>
3267         </ul></td>
3268       <td>
3269         <ul>
3270           <li>selected region output includes visible annotations
3271             (for certain formats)</li>
3272           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3273             for editing</li>
3274           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3275           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3276           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3277           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3278             comments</li>
3279           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3280             filenames containing a ':'</li>
3281           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3282             global sequence features</li>
3283           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3284             references from alignment sequences goes to zero</li>
3285           <li>Close of tree branch colour box without colour
3286             selection causes cascading exceptions</li>
3287           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3288           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3289             file parsing fails.</li>
3290           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3291           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3292             not a valid output format</li>
3293           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3294             vamsas</li>
3295           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3296           <li>error messages passed up and output when data read
3297             fails</li>
3298           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3299             sequence is edited</li>
3300           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3301             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3302           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3303             filetype</li>
3304           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3305             import fixed for PFAM records</li>
3306           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3307             window list</li>
3308           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3309             can be read and written correctly to annotation file</li>
3310           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3311             correctly</li>
3312           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3313             non-italic font for representatives in Applet</li>
3314           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3315             Macs.</li>
3316           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3317             Applet)</li>
3318           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3319             due to null pointer exceptions</li>
3320           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3321             first column of alignment</li>
3322           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3323             July 2008</li>
3324           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3325             file is case-insensitive</li>
3326           <li>Sequence features read from Features file appended to
3327             all sequences with matching IDs</li>
3328           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3329             containing a sub-sequence</li>
3330           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3331           <li>feature and annotation file applet parameters
3332             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3333           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3334           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3335             splash-screen version check to complete</li>
3336           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3337             when passing them to the launchApp service</li>
3338           <li>display name and local features preserved in results
3339             retrieved from web service</li>
3340           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3341             sequence fetcher initialisation</li>
3342           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3343             dasobert DAS client</li>
3344           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3345             association</li>
3346           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3347             sequences
3348           </li>
3349         </ul>
3350       </td>
3351     </tr>
3352     <tr>
3353       <td>
3354         <div align="center">
3355           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3356         </div>
3357       </td>
3358       <td>
3359         <ul>
3360           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3361           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3362           <li>Slide sequences</li>
3363           <li>Edit sequence in place</li>
3364           <li>EMBL CDS features</li>
3365           <li>DAS Feature mapping</li>
3366           <li>Feature ordering</li>
3367           <li>Alignment Properties</li>
3368           <li>Annotation Scores</li>
3369           <li>Sort by scores</li>
3370           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3371         </ul>
3372       </td>
3373       <td>
3374         <ul>
3375           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3376           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3377           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3378           <li>Feature group display state in XML</li>
3379           <li>Feature ordering in XML</li>
3380           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3381           <li>Stockholm alignment properties</li>
3382           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3383           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3384           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3385           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3386         </ul>
3387       </td>
3388
3389     </tr>
3390     <tr>
3391       <td>
3392         <div align="center">
3393           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3394         </div>
3395       </td>
3396       <td>
3397         <ul>
3398           <li>Non standard characters can be read and displayed
3399           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3400             applet via textbox
3401           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3402             name &amp; description
3403           <li>Preference setting to display sequence name in
3404             italics
3405           <li>Annotation file format extended to allow
3406             Sequence_groups to be defined
3407           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3408             specified in preferences
3409           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3410             sequences
3411         </ul>
3412       </td>
3413       <td>
3414         <ul>
3415           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3416             installed
3417           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3418           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3419         </ul>
3420       </td>
3421     </tr>
3422     <tr>
3423       <td>
3424         <div align="center">
3425           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3426         </div>
3427       </td>
3428       <td>
3429         <ul>
3430           <li>Multiple views on alignment
3431           <li>Sequence feature editing
3432           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3433           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3434           <li>Background dependent text colour
3435           <li>Right align sequence ids
3436           <li>User-defined lower case residue colours
3437           <li>Format Menu
3438           <li>Select Menu
3439           <li>Menu item accelerator keys
3440           <li>Control-V pastes to current alignment
3441           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3442           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3443           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3444
3445           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3446         </ul>
3447       </td>
3448       <td>
3449         <ul>
3450           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3451           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3452             calculations
3453           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3454             edits
3455           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3456             of alignment)
3457           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3458
3459           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3460             display correctly
3461           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3462           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3463             analysis results
3464           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3465             &#8739;
3466           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3467           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3468           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3469
3470         </ul>
3471       </td>
3472     </tr>
3473     <tr>
3474       <td>
3475         <div align="center">
3476           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3477         </div>
3478       </td>
3479       <td>
3480         <ul>
3481           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3482         </ul>
3483       </td>
3484       <td>
3485         <ul>
3486           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3487             sequence id panel has been resized</li>
3488           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3489             rendered</li>
3490           <li>Annotation files with sequence references - all
3491             elements in file are relative to sequence position</li>
3492           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3493         </ul>
3494       </td>
3495     </tr>
3496     <tr>
3497       <td>
3498         <div align="center">
3499           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3500         </div>
3501       </td>
3502       <td>
3503         <ul>
3504           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3505           <li>DAS Feature fetching</li>
3506           <li>Hide sequences and columns</li>
3507           <li>Export Annotations and Features</li>
3508           <li>GFF file reading / writing</li>
3509           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3510             files</li>
3511           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3512           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3513           <li>Applet can launch the full application</li>
3514           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3515             required)</li>
3516           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3517           <li>Applet can load sequences from parameter
3518             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3519           </li>
3520         </ul>
3521       </td>
3522       <td>
3523         <ul>
3524           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3525           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3526           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3527         </ul>
3528       </td>
3529     </tr>
3530     <tr>
3531       <td>
3532         <div align="center">
3533           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3534         </div>
3535       </td>
3536       <td>
3537         <ul>
3538           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3539           <li>Choose to match case when searching</li>
3540           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3541             expand the visible width and height of the alignment</li>
3542         </ul>
3543       </td>
3544       <td>
3545         <ul>
3546           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3547         </ul>
3548       </td>
3549     </tr>
3550     <tr>
3551       <td>
3552         <div align="center">
3553           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3554         </div>
3555       </td>
3556       <td>&nbsp;</td>
3557       <td>
3558         <ul>
3559           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3560           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3561             value</li>
3562         </ul>
3563       </td>
3564     </tr>
3565     <tr>
3566       <td>
3567         <div align="center">
3568           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3569         </div>
3570       </td>
3571       <td>
3572         <ul>
3573           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3574           <li>Keyboard editing</li>
3575           <li>Create sequence features from searches</li>
3576           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3577             alignments</li>
3578           <li>Features file allows grouping of features</li>
3579           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3580           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3581           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3582         </ul>
3583       </td>
3584       <td>
3585         <ul>
3586           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3587           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3588             descriptions saved.</li>
3589         </ul>
3590       </td>
3591     </tr>
3592     <tr>
3593       <td>
3594         <div align="center">
3595           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3596         </div>
3597       </td>
3598       <td>
3599         <ul>
3600           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3601           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3602           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3603             name for file output</li>
3604           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3605           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3606             used for HTML form input</li>
3607         </ul>
3608       </td>
3609       <td>
3610         <ul>
3611           <li>HTML output writes groups and features</li>
3612           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3613           <li>File IO bugs</li>
3614         </ul>
3615       </td>
3616     </tr>
3617     <tr>
3618       <td>
3619         <div align="center">
3620           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3621         </div>
3622       </td>
3623       <td>
3624         <ul>
3625           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3626           <li>More options for PCA viewer</li>
3627         </ul>
3628       </td>
3629       <td>
3630         <ul>
3631           <li>GUI bugs resolved</li>
3632           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3633         </ul>
3634       </td>
3635     </tr>
3636     <tr>
3637       <td height="63">
3638         <div align="center">
3639           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3640         </div>
3641       </td>
3642       <td>
3643         <ul>
3644           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3645           <li>Jar files are executable</li>
3646           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3647         </ul>
3648       </td>
3649       <td>
3650         <ul>
3651           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3652           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3653           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3654         </ul>
3655       </td>
3656     </tr>
3657     <tr>
3658       <td>
3659         <div align="center">
3660           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3661         </div>
3662       </td>
3663       <td>
3664         <ul>
3665           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3666         </ul>
3667       </td>
3668       <td>
3669         <ul>
3670           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3671         </ul>
3672       </td>
3673     </tr>
3674     <tr>
3675       <td>
3676         <div align="center">
3677           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3678         </div>
3679       </td>
3680       <td>
3681         <ul>
3682           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3683             size</li>
3684         </ul>
3685       </td>
3686       <td>
3687         <ul>
3688           <li>Improved JPred client reliability</li>
3689           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3690         </ul>
3691       </td>
3692     </tr>
3693     <tr>
3694       <td>
3695         <div align="center">
3696           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3697         </div>
3698       </td>
3699       <td>
3700         <ul>
3701           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3702           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3703           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3704             to Colour Menu</li>
3705           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3706           <li>Unix users can set default web browser</li>
3707           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3708           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3709         </ul>
3710       </td>
3711       <td>
3712         <ul>
3713           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3714         </ul>
3715       </td>
3716     </tr>
3717     <tr>
3718       <td>
3719         <div align="center">
3720           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3721         </div>
3722       </td>
3723       <td>&nbsp;</td>
3724       <td>
3725         <ul>
3726           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3727             alignment order.</li>
3728         </ul>
3729       </td>
3730     </tr>
3731     <tr>
3732       <td>
3733         <div align="center">
3734           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3735         </div>
3736       </td>
3737       <td>
3738         <ul>
3739           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3740           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3741           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3742             annotations.</li>
3743           <li>Version and build date written to build properties
3744             file.</li>
3745           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3746             at launch of Jalview.</li>
3747         </ul>
3748       </td>
3749       <td>
3750         <ul>
3751           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3752           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3753           <li>Can remove groups one by one.</li>
3754           <li>Filechooser icons installed.</li>
3755           <li>Finder ignores return character when searching.
3756             Return key will initiate a search.<br>
3757           </li>
3758         </ul>
3759       </td>
3760     </tr>
3761     <tr>
3762       <td>
3763         <div align="center">
3764           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3765         </div>
3766       </td>
3767       <td>
3768         <ul>
3769           <li>New codebase</li>
3770         </ul>
3771       </td>
3772       <td>&nbsp;</td>
3773     </tr>
3774   </table>
3775   <p>&nbsp;</p>
3776 </body>
3777 </html>