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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96           </ul>
  97           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  98           <em>Testing and Deployment</em>
  99           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 100       </td>
 101       <td><div align="left">
 102           <em>General</em>
 103           <ul>
 104             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 105             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 106             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 107             <li><!-- JAL-2742 -->Analysis (tree, pca, etc) of a selected region starting after a hidden column can include the last hidden column</li>
 108           </ul>
 109           <em>Desktop</em>
 110           <ul>
 111             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 112             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 113             </li>
 114             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 115             </li>
 116             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 117             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 118             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 119             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 120             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 121             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 122             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 123             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 124             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 125             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 126            </ul>
 127           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 128            <ul>
 129             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 130           </ul>
 131       </td>
 132     </tr>
 133     <tr>
 134       <td width="60" nowrap>
 135         <div align="center">
 136           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 137             <em>2/10/2017</em></strong>
 138         </div>
 139       </td>
 140       <td><div align="left">
 141           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 142           <ul>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 145             </li>
 146             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 147             </li>
 148           </ul>
 149         </div></td>
 150       <td><div align="left">
 151         </div></td>
 152     </tr>
 153     <tr>
 154       <td width="60" nowrap>
 155         <div align="center">
 156           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 157             <em>7/9/2017</em></strong>
 158         </div>
 159       </td>
 160       <td><div align="left">
 161           <em></em>
 162           <ul>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 165               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 166               white)
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 170               Preferences
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 174               in size and progress bar shown as higher resolution
 175               overview is recalculated
 176             </li>
 177
 178           </ul>
 179         </div></td>
 180       <td><div align="left">
 181           <em></em>
 182           <ul>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 185               column region row by row
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 189               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 193               format setting is unticked
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 197               if group has show boxes format setting unticked
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 201               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 202               include sequences and columns not currently displayed
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 206               assemblies are imported via CIF file
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 210               displayed when threshold or conservation colouring is also
 211               enabled.
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 215               server version
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 219               dragging a selected region off the visible region of the
 220               alignment
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 224               colourscheme to all groups in a view
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 228               initially after font size change using the Font chooser or
 229               middle-mouse zoom
 230             </li>
 231           </ul>
 232         </div></td>
 233     </tr>
 234     <tr>
 235       <td width="60" nowrap>
 236         <div align="center">
 237           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 238         </div>
 239       </td>
 240       <td><div align="left">
 241           <em>Calculations</em>
 242           <ul>
 243
 244             <li>
 245               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 246               ungapped positions in each column of the alignment.
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 250               a calculation dialog box
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 254               and memory efficiency (~30x faster)
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 258               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 259               and other calculations
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 263               files within the Jalview codebase
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 267               Similarity may have different topology due to increased
 268               precision
 269             </li>
 270           </ul>
 271           <em>Rendering</em>
 272           <ul>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 275               model for alignments and groups
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 279               scripts
 280             </li>
 281           </ul>
 282           <em>Overview</em>
 283           <ul>
 284             <li>
 285               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 286               with alignment and overview windows
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 290               overview
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 294               omitted in Overview
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 298               adjustment of visible position
 299             </li>
 300           </ul>
 301
 302           <em>Data import/export</em>
 303           <ul>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 306               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 310               annotation input/output via stockholm flatfile
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 314               extension when importing structure files without embedded
 315               names or PDB accessions
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 319               format sequence substitution matrices
 320             </li>
 321           </ul>
 322           <em>User Interface</em>
 323           <ul>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 326               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 327               the application.
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 331               via Overview or sequence motif search operations
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 335               opened by double clicking gaps within sequence feature
 336               extent
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 340               aligned positions were available to create a 3D structure
 341               superposition.
 342             </li>
 343           </ul>
 344           <em>3D Structure</em>
 345           <ul>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 348               coloured in linked structure views
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 352               file-based command exchange
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 356               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 357               structures are already available for sequences
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 361               the Jalview project rather than downloaded again when the
 362               project is reopened.
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 366               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 367               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 368                 Feature</strong>)
 369             </li>
 370           </ul>
 371           <em>Web Services</em>
 372           <ul>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 378               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 379               Analysis services
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 383               cross-references provided by identifiers.org and the
 384               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 385             </li>
 386           </ul>
 387
 388           <em>Scripting</em>
 389           <ul>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 392               identifying file formats (instead of String constants)
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 396               efficiency when counting all displayed features (not
 397               backwards compatible with 2.10.1)
 398             </li>
 399           </ul>
 400           <em>Example files</em>
 401           <ul>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 404               included in the example feature file
 405             </li>
 406           </ul>
 407           <em>Documentation</em>
 408           <ul>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 411               with the built-in Java help viewer
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 415               sequence description' option
 416             </li>
 417           </ul>
 418           <em>Test Suite</em>
 419           <ul>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 422               Uniprot REST Free Text Search Client
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 429               during tests
 430             </li>
 431           </ul>
 432         </div></td>
 433       <td><div align="left">
 434           <em>Calculations</em>
 435           <ul>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 438               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 439               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 440             </li>
 441             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 442               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 443               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 444               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 445               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 446               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 447               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 448               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 449               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 450               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 451               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 452               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 453               // for 2.10.1 mode <br />
 454               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 455               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 456                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 457                 calculations (not recommended)</em></li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 460               scaling of branch lengths for trees computed using
 461               Sequence Feature Similarity.
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 465               generating output report when working with highly
 466               redundant alignments
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 470               right of selected region when gaps present on right-hand
 471               boundary
 472             </li>
 473           </ul>
 474           <em>User Interface</em>
 475           <ul>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 478               doesn't reselect a specific sequence's associated
 479               annotation after it was used for colouring a view
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 483               opened on a region of alignment without groups
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 487               of an alignment with overlapping groups
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 491               name and description match
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 495               hidden regions results in incorrect hidden regions
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 499               changing colour does not apply Conservation slider value
 500               to all groups
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 504               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 508               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 512               gaps before start of features
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 516               restored to UI when feature colour is edited
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 520               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 524               as graduate feature colour settings are modified via the
 525               dialog box
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 529               when a group defined on the alignment is resized
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 533               wrapped view result in positional status updates
 534             </li>
 535
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 538               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 542               alignment included gapped columns
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 546               widgets don't permanently disappear
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 550               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 551               T-Coffee column reliability scores)
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 555               sequence feature on gaps only
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 559               button from a Find inherit previously defined feature type
 560               rather than the Find query string
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 564               exporting tree calculated in Jalview
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 568               and then revealing them reorders sequences on the
 569               alignment
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 573               doesn't update to reflect available set of groups after
 574               interactively adding or modifying features
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 578               Linux
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 582               only excluded gaps in current sequence and ignored
 583               selection.
 584             </li>
 585           </ul>
 586           <em>Rendering</em>
 587           <ul>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 590               erratically when hidden rows or columns are present
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 594               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 595               sequence colouring
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 599               colour and group colour menu for protein alignments
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 603               reflect currently selected view or group's shading
 604               thresholds
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 608               when rendered on overview and structures when opacity at
 609               100%
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 613               overview when features overlaid on alignment
 614             </li>
 615           </ul>
 616           <em>Data import/export</em>
 617           <ul>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 620               load
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 624               added after a sequence was imported are not written to
 625               Stockholm File
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 629               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 633               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 637               with lightGray or darkGray via features file (but can
 638               specify lightgray)
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 642               when alignment view imported from project
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 646               structure and sequences extracted from structure files
 647               imported via URL and viewed in Jmol
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 651               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 652               the project is loaded and the structure viewed
 653             </li>
 654           </ul>
 655           <em>Web Services</em>
 656           <ul>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 659               release of Ensembl v.88
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 663               appear enabled in Preferences->Connections
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 667               removed from console output
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 671               Ensembl by Peptide ID
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 675               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 676               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 677               due to 'null' string rather than empty string used for
 678               residues with no corresponding PDB mapping).
 679             </li>
 680           </ul>
 681           <em>Application UI</em>
 682           <ul>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 685               menu
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 689               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 690               new documentation and tooltips added)
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 694               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 698               new features are added to alignment
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 702               changes to feature colours via the Amend features dialog
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 706               edit graduated feature colour via amend features dialog
 707               box
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 711               selection menu changes colours of alignment views
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 715               from alignment calculation workers after alignment has
 716               been closed
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 720               groups now 'Create Group'
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 724               Create/Undefine group doesn't always work
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 728               shown again after pressing 'Cancel'
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 732               adjusts start position in wrap mode
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 736               ambiguous amino acids
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 740               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 741               proteins
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 745               Defined' don't appear in Colours menu
 746             </li>
 747           </ul>
 748           <em>Applet</em>
 749           <ul>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 752               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 756               overview or linked structure view
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 760               work (since 2.8)
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 764               user-defined colourscheme doesn't restore original
 765               colourscheme
 766             </li>
 767           </ul>
 768           <em>Test Suite</em>
 769           <ul>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 772               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 776               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 777               problems with deep array comparison equality asserts in
 778               successive versions of TestNG
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 782               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 783             </li>
 784           </ul>
 785           <em>New Known Issues</em>
 786           <ul>
 787             <li>
 788               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 789               phase after a sequence motif find operation
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 793               containing just upper and lower case letters are
 794               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 798               reliably from eggnog Ortholog database
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 802               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 803               to mark columns containing highlighted regions.
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 807               doesn't always add secondary structure annotation.
 808             </li>
 809           </ul>
 810         </div>
 811     <tr>
 812       <td width="60" nowrap>
 813         <div align="center">
 814           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 815         </div>
 816       </td>
 817       <td><div align="left">
 818           <em>General</em>
 819           <ul>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 822               for all consensus calculations
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 826               3rd Oct 2016)
 827             </li>
 828             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 829               for 2016-2017</li>
 830           </ul>
 831           <em>Application</em>
 832           <ul>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 835               set of database cross-references, sorted alphabetically
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 839               from database cross references. Users with custom links
 840               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 841                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 845               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 846               Chimera session
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 850               the Chimera it is connected to is shut down
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 854               columns menu item to mark columns containing highlighted
 855               regions (e.g. from structure selections or results of a
 856               Find operation)
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 860               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 861               MSAviewer
 862             </li>
 863           </ul>
 864         </div></td>
 865       <td>
 866         <div align="left">
 867           <em>General</em>
 868           <ul>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 871               are not coloured or thresholded according to percent
 872               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 876               hydrophobic
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 880               threshold, amino acid properties)
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 884               reported as mapped to residues in a structure file in the
 885               View Mapping report
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 889               could be added multiple times to a sequence
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 893               bond features shown as two highlighted residues rather
 894               than a range in linked structure views, and treated
 895               correctly when selecting and computing trees from features
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 899               cross-references are matched to database name regardless
 900               of case
 901             </li>
 902
 903           </ul>
 904           <em>Application</em>
 905           <ul>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 908               names without regular expressions also offer links from
 909               Sequence ID
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 913               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 914               update Jalview configuration
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 918               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 922               files with similarly named sequences if dropped onto the
 923               alignment
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 927               entries where more chains exist in the PDB accession than
 928               are reported in the SIFTS file
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 932               the structure view when displayed with Chimera
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 936               panel's View->Show Chains submenu
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 940               work for wrapped alignment views
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 944               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 948               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 949               first annotation row
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 953               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 957               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 958             </li>
 959             <!-- JAL-2319 -->
 960             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 961             coordindate data
 962             </li>
 963           </ul>
 964           <!--           <em>New Known Issues</em>
 965           <ul>
 966             <li></li>
 967           </ul> -->
 968         </div>
 969       </td>
 970     </tr>
 971     <td width="60" nowrap>
 972       <div align="center">
 973         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 974           <em>25/10/2016</em></strong>
 975       </div>
 976     </td>
 977     <td><em>Application</em>
 978       <ul>
 979         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 980           view if structures already loaded</li>
 981         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 982           structure views</li>
 983       </ul></td>
 984     <td>
 985       <div align="left">
 986         <em>General</em>
 987         <ul>
 988           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 989             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 990           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 991             example sequences/projects/trees</li>
 992         </ul>
 993         <em>Application</em>
 994         <ul>
 995           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 996             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 997           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 998             without timeout for structures with multiple models or
 999             multiple sequences in alignment</li>
1000           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1001             PDB ID HEADER line</li>
1002           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1003             is performed</li>
1004           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1005             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1006           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1007           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1008             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1009             option</li>
1010           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1011             is created on the alignment</li>
1012           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1013             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1014             pop-up menu</li>
1015         </ul>
1016         <em>Build and deployment</em>
1017         <ul>
1018           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1019             tags</li>
1020         </ul>
1021         <em>New Known Issues</em>
1022         <ul>
1023           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1024             on Windows</li>
1025         </ul>
1026       </div>
1027     </td>
1028     </tr>
1029     <tr>
1030       <td width="60" nowrap>
1031         <div align="center">
1032           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1033         </div>
1034       </td>
1035       <td><em>General</em>
1036         <ul>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1042             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1043             better PDB parsing.
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1047             reference sequence
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1051             mousing over sequence associated annotation
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1055             for manual entry
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1059             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1060             for each column
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1064             showing or hiding columns containing a feature
1065           </li>
1066           <li>
1067             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1068             group and sequence associated annotation labels
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1072             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1073             dialogs
1074           </li>
1075
1076         </ul> <em>Application</em>
1077         <ul>
1078           <li>
1079             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1080             gene/transcript view
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1084             dialog
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1088             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1092             Pfam sources to xfam.org
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1096           </li>
1097           <li>
1098             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1099             over sequences in Jalview
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1103             regions in ENA and EMBL
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1107             for record retrieval via ENA rest API
1108           </li>
1109           <li>
1110             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1111             complement operator
1112           </li>
1113           <li>
1114             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1115             groovy script execution
1116           </li>
1117           <li>
1118             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1119             alignment window's Calculate menu
1120           </li>
1121           <li>
1122             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1123             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1127             calculation workers from groovy scripts
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1131             Jalview projects
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1135             associations are now saved/restored from project
1136           </li>
1137           <li>
1138             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1139             before sequence fetcher is opened
1140           </li>
1141           <li>
1142             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1143             database chooser opens a sequence fetcher
1144           </li>
1145           <li>
1146             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1147             the UniProt REST API
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1151             the news reader opening
1152           </li>
1153           <li>
1154             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1155             querying stored in preferences
1156           </li>
1157           <li>
1158             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1159             search results
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1166             menu for nucleotide sequences
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1170             and feature counts preserves alignment ordering (and
1171             debugged for complex feature sets).
1172           </li>
1173           <li>
1174             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1175             viewing structures with Jalview 2.10
1176           </li>
1177           <li>
1178             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1179             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1180             Ensembl Genomes REST API
1181           </li>
1182           <li>
1183             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1184             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1185             (Ensembl)
1186           </li>
1187           <li>
1188             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1189             sequences
1190           </li>
1191           <li>
1192             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1193             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1194             data from external database records.
1195           </li>
1196           <li>
1197             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1198             efficient recovery of sequence coding and alignment
1199             annotation relationships.
1200           </li>
1201         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1202         <ul>
1203           <li>
1204             -- JAL---
1205           </li>
1206         </ul> --></td>
1207       <td>
1208         <div align="left">
1209           <em>General</em>
1210           <ul>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1213               menu on OSX
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1217               includes graduated colourschemes
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1221               working with big alignments and lots of hidden columns
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1225               at right of alignment window
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1229               contents
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1233               for DNA alignments
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1237               based tree calculation
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1241               unconserved enabled for group on alignment
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1245               set as reference
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1249               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1250               annotation
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1254               hidden columns present
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1258               user created annotation added to alignment
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1262               '()' base pair annotation
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1266               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1267               Consensus
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1271               feature not working
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1275               beginning of sequence
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1279               entry 3a6s
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1283               from a tree when t-coffee scores are shown
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1287               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1291               some structures
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1295               to Clustal, PIR and PileUp output
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1299               not visible causes alignment window to repaint
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1303               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1304               scores associated with features and annotation rows
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1308               calculation should be case independent
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1312               columns
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1316               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1317               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1321               problems when reference sequence defined and 'show
1322               non-conserved' enabled
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1326               load even when Consensus calculation is disabled
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1330               alignment does nothing
1331             </li>
1332           </ul>
1333           <em>Application</em>
1334           <ul>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1337               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1338               yet fixed for El Capitan)
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1342               output when running on non-gb/us i18n platforms
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1346               hidden sequences as flat-file alignment
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1350               launching Chimera
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1354               (also hotfix for 2.9.0b2)
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1358               reference sequence defined
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1362               alignments and views when revealing hidden columns
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1366               view in a cDNA/Protein splitframe
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1370               sequence from project when only one sequence is
1371               represented
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1375               in Structure Chooser
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1379               structure consensus didn't refresh annotation panel
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1383               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1387               dialogs format columns correctly, don't display array
1388               data, sort columns according to type
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1392               file chooser is cancelled during an image export
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1396               sequence name containing special characters
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1400               case insensitive
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1404               formatting don't wrap
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1408               truncated so L looks like I in consensus annotation
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1412               currently displayed features for the current selection or
1413               view
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1417               after fetching cross-references, and restoring from
1418               project
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1422               followed in the structure viewer
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1426               splitframe not restored from project
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1430               trailing end of protein alignment in transcript/product
1431               splitview when pad-gaps not enabled by default
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1435               is case dependent
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1439               article has been read (reopened issue due to
1440               internationalisation problems)
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1444               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1445               cross-references
1446             </li>
1447
1448             <li>
1449               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1450               alignment as HTML
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1454               multiple structures are shown for one or more sequences.
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1458               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1459               is enabled.
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1463               specific PDB id for sequence
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1467               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1468               columns' is disabled.
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1472               selects lowest rather than highest resolution structures
1473               for each sequence
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1477               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1481               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1485               after clicking on it to create new annotation for a
1486               column.
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1490               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1491             </li>
1492             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1493             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1494           </ul>
1495           <em>Applet</em>
1496           <ul>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1499               hidden columns present before start of sequence
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1503               (JSON jars)
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1507               sequences are hidden in applet
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1511               deployment on examples pages.
1512             </li>
1513           </ul>
1514         </div>
1515       </td>
1516     </tr>
1517     <tr>
1518       <td width="60" nowrap>
1519         <div align="center">
1520           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1521             <em>16/10/2015</em></strong>
1522         </div>
1523       </td>
1524       <td><em>General</em>
1525         <ul>
1526           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1527             jars</li>
1528         </ul></td>
1529       <td>
1530         <div align="left">
1531           <em>Application</em>
1532           <ul>
1533             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1534               shown when tree is partitioned</li>
1535             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1536               multiple cDNA/Protein split views</li>
1537           </ul>
1538         </div>
1539       </td>
1540     </tr>
1541     <tr>
1542       <td width="60" nowrap>
1543         <div align="center">
1544           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1545             <em>8/10/2015</em></strong>
1546         </div>
1547       </td>
1548       <td><em>General</em>
1549         <ul>
1550           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1551             2.9</li>
1552         </ul> <em>Application</em>
1553         <ul>
1554           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1555           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1556           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1557         </ul> <em>Applet</em>
1558         <ul>
1559           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1560         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1561         <ul>
1562           <li>
1563             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1564             suite
1565           </li>
1566         </ul></td>
1567       <td>
1568         <div align="left">
1569           <em>General</em>
1570           <ul>
1571             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1572               incorrect when sequence start > 1</li>
1573             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1574               documentation</li>
1575             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1576             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1577               loading a features file containing HTML tags in feature
1578               description</li>
1579
1580           </ul>
1581           <em>Application</em>
1582           <ul>
1583             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1584               reimport</li>
1585             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1586               with 'trim retrieved sequences'</li>
1587             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1588               deleting selected columns</li>
1589             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1590               JNLP templates for webstart launch</li>
1591             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1592               unreleased structures for download or viewing</li>
1593             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1594               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1595             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1596               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1597             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1598               recovered from jalview project</li>
1599             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1600               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1601               alignment view</li>
1602             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1603               color schemes from BioJSON</li>
1604           </ul>
1605           <em>Applet</em>
1606           <ul>
1607             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1608               frame</li>
1609             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1610           </ul>
1611         </div>
1612       </td>
1613     </tr>
1614     <tr>
1615       <td><div align="center">
1616           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1617         </div></td>
1618       <td><em>General</em>
1619         <ul>
1620           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1621             alignments:
1622             <ul>
1623               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1624                 and DNA alignment views</li>
1625               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1626                 cDNA alignment views</li>
1627               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1628                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1629               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1630                 protein sequences</li>
1631             </ul>
1632           </li>
1633           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1634           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1635             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1636           <li>New alignment annotation file statements for
1637             reference sequences and marking hidden columns</li>
1638           <li>Reference sequence based alignment shading to
1639             highlight variation</li>
1640           <li>Select or hide columns according to alignment
1641             annotation</li>
1642           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1643           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1644             acid conservation row</li>
1645           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1646         </ul> <em>Application</em>
1647         <ul>
1648           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1649             <ul>
1650               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1651                 view with cDNA/Protein</li>
1652               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1653                 sequences are placed in the same alignment</li>
1654               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1655                 projects</li>
1656             </ul>
1657           </li>
1658
1659           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1660           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1661             Jalview windows</li>
1662
1663           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1664           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1665           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1666             be shown in VARNA</li>
1667
1668           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1669             as the active selected region</li>
1670
1671           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1672             similarity</li>
1673           <li>New Export options
1674             <ul>
1675               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1676                 region export in flat file generation</li>
1677
1678               <li>Export alignment views for display with the <a
1679                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1680
1681               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1682               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1683                 alignment figures to HTML</li>
1684           </li>
1685           <li>3D structure retrieval and display
1686             <ul>
1687               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1688                 Search API</li>
1689               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1690                 PDB structures for a sequence set</li>
1691             </ul>
1692           </li>
1693
1694           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1695             predictions</li>
1696           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1697             for one or a group of sequences</li>
1698           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1699             from the JPred4 web server</li>
1700           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1701             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1702             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1703           </li>
1704           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1705             VARNA 2D Structure'</li>
1706           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1707             Structure ..."</li>
1708
1709         </ul> <em>Applet</em>
1710         <ul>
1711           <li>New layout for applet example pages</li>
1712           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1713             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1714           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1715             Protein alignments</li>
1716         </ul> <em>Development and deployment</em>
1717         <ul>
1718           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1719           <li>Include installation type and git revision in build
1720             properties and console log output</li>
1721           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1722             storing BioJsMSA Templates</li>
1723           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1724         </ul></td>
1725       <td>
1726         <!-- <em>General</em>
1727         <ul>
1728         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1729         <ul>
1730           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1731           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1732           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1733             predictions are not highlighted in amber</li>
1734           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1735             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1736           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1737             associated structure views</li>
1738           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1739             width checkbox not enabled</li>
1740           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1741             creating user defined colours</li>
1742           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1743             mappings for just that viewer's sequences</li>
1744           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1745             multiple models in Chimera</li>
1746           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1747             over Jmol structure</li>
1748           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1749             output to text box</li>
1750           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1751             have incorrect sequence start/end</li>
1752           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1753             Jalview fails</li>
1754           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1755             work for nucleotide</li>
1756           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1757             to a grey/invisible alignment window</li>
1758           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1759             imports to different position</li>
1760           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1761             on some platforms</li>
1762           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1763             populated</li>
1764           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1765             console if Chimera has been opened</li>
1766           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1767           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1768             retrieved</li>
1769           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1770           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1771             either sequence shows on first structure</li>
1772           <li>'Show annotations' options should not make
1773             non-positional annotations visible</li>
1774           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1775             in right place after 'view flanking regions'</li>
1776           <li>File Save As type unset when current file format is
1777             unknown</li>
1778           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1779             projects</li>
1780           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1781             responsive</li>
1782           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1783             several views on same alignment</li>
1784           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1785           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1786             spaces</li>
1787         </ul> <em>Applet</em>
1788         <ul>
1789           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1790           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1791             descriptions containing angle brackets</li>
1792         </ul> <em>General</em>
1793         <ul>
1794           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1795             via jalview annotation file</li>
1796           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1797             with RNA secondary structure</li>
1798           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1799             translation doesn't work.</li>
1800           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1801           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1802             positions</li>
1803           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1804             choosing 1pt font</li>
1805           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1806             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1807             'h'</li>
1808           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1809             new feature</li>
1810           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1811             order dependent</li>
1812           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1813             sequences</li>
1814           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1815         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1816         <ul>
1817           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1818             www.jalview.org</li>
1819         </ul> <em>Application Known issues</em>
1820         <ul>
1821           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1822           <li>Misleading message appears after trying to delete
1823             solid column.</li>
1824           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1825             version launches</li>
1826           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1827             fails with a sequence mismatch</li>
1828           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1829             scrolling alignment to right</li>
1830           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1831             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1832           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1833             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1834           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1835             ultra-high resolution</li>
1836           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1837             quality and conservation</li>
1838           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1839             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1840         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1841         <ul>
1842           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1843           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1844             window is being resized</li>
1845
1846         </ul>
1847       </td>
1848     </tr>
1849     <tr>
1850       <td><div align="center">
1851           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1852         </div></td>
1853       <td><em>General</em>
1854         <ul>
1855           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1856             Certum.PL.</li>
1857           <li>Features and annotation preserved when performing
1858             pairwise alignment</li>
1859           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1860             imported/exported/displayed</li>
1861           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1862             protein secondary structure</li>
1863           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1864               post-hoc with 2.9 release</em>)
1865           </li>
1866
1867         </ul> <em>Application</em>
1868         <ul>
1869           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1870             with 3D structures</li>
1871           <li>Support for parsing RNAML</li>
1872           <li>Annotations menu for layout
1873             <ul>
1874               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1875               <li>place sequence annotation above/below alignment
1876                 annotation</li>
1877             </ul>
1878           <li>Output in Stockholm format</li>
1879           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1880             translation</li>
1881           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1882           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1883             shared between alignments</li>
1884           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1885             Jalview</li>
1886           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1887             all or current selection</li>
1888           <li>disorder and secondary structure predictions
1889             available as dataset annotation</li>
1890           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1891
1892
1893           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1894             alignments from Rfam</li>
1895           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1896
1897           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1898             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1899           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1900           <li>include installation type in build properties and
1901             console log output</li>
1902           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1903             annotation</li>
1904         </ul></td>
1905       <td>
1906         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1907         <ul>
1908           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1909             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1910           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1911             alignment</li>
1912           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1913           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1914           <li>Double click on sequence associated annotation
1915             selects only first column</li>
1916           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1917             leaves shown in tree</li>
1918           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1919             properly</li>
1920           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1921           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1922             screen and buttons not visible</li>
1923           <li>author list isn't updated if already written to
1924             Jalview properties</li>
1925           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1926             from database</li>
1927           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1928           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1929             browser search window</li>
1930           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1931             in feature settings dialog</li>
1932           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1933             desktop</li>
1934           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1935             pass validation</li>
1936           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1937             fit on screen</li>
1938           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1939             tooltip</li>
1940           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1941             defined user preset</li>
1942           <li>MSA web services warns user if they were launched
1943             with invalid input</li>
1944           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1945             Java 8</li>
1946           <li>
1947             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1948             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1949             created
1950           </li>
1951
1952         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1953         <ul>
1954         </ul> <em>General</em>
1955         <ul>
1956         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1957         <ul>
1958           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1959             memory allocation</li>
1960           <li>launchApp service doesn't automatically open
1961             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1962           <li>
1963             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1964             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1965             1.7_055 is available
1966           </li>
1967         </ul> <em>Application Known issues</em>
1968         <ul>
1969           <li>
1970             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1971             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1972             alignment to right
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1976             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1977             with large number of ID
1978           </li>
1979           <li>
1980             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1981             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1982             start/end
1983           </li>
1984           <li>
1985             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1986             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1987             structure tracks are rearranged
1988           </li>
1989           <li>
1990             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1991             invalid rna structure positional highlighting does not
1992             highlight position of invalid base pairs
1993           </li>
1994           <li>
1995             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1996             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1997             project from alignment window file menu
1998           </li>
1999           <li>
2000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2001             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2002             structures
2003           </li>
2004           <li>
2005             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2006             colour by RNA Helices not enabled when user created
2007             annotation added to alignment
2008           </li>
2009           <li>
2010             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2011             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2012           </li>
2013         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2014         <ul>
2015           <li>
2016             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2017             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2018           </li>
2019           <li>
2020             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2021             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2022           </li>
2023
2024           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2025             when selected</li>
2026         </ul>
2027       </td>
2028     </tr>
2029     <tr>
2030       <td><div align="center">
2031           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2032         </div></td>
2033       <td>
2034         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2035         <em>General</em>
2036         <ul>
2037           <li>Internationalisation of user interface (usually
2038             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2039           <li>Define/Undefine group on current selection with
2040             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2041           <li>Improved group creation/removal options in
2042             alignment/sequence Popup menu</li>
2043           <li>Sensible precision for symbol distribution
2044             percentages shown in logo tooltip.</li>
2045           <li>Annotation panel height set according to amount of
2046             annotation when alignment first opened</li>
2047         </ul> <em>Application</em>
2048         <ul>
2049           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2050             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2051           <li>Select columns containing particular features from
2052             Feature Settings dialog</li>
2053           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2054             sequences</li>
2055           <li>Update Jalview project format:
2056             <ul>
2057               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2058               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2059                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2060               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2061                 colouring</li>
2062             </ul>
2063           </li>
2064           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2065             (PAM250)</li>
2066           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2067             flanking regions for an alignment</li>
2068         </ul>
2069       </td>
2070       <td>
2071         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2072         <ul>
2073           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2074             running after job is cancelled</li>
2075           <li>cannot export features from alignments imported from
2076             Jalview/VAMSAS projects</li>
2077           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2078             float values</li>
2079           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2080             have 'display all symbols' flag set</li>
2081           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2082             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2083           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2084             Jalview</li>
2085           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2086             Lion/Webstart</li>
2087           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2088           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2089           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2090             alignment onto desktop</li>
2091           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2092             'extract scores' function</li>
2093           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2094             alignment window</li>
2095           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2096             performing IUPred disorder prediction</li>
2097           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2098             changing 'normalise logo' display setting</li>
2099           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2100             nothing matches query</li>
2101           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2102             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2103           </li>
2104           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2105             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2106           </li>
2107           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2108             Jalview's menu</li>
2109           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2110             'invalid literal/length code'</li>
2111           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2112             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2113           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2114             colourscheme</li>
2115
2116         </ul> <em>Applet</em>
2117         <ul>
2118           <li>Remove group option is shown even when selection is
2119             not a group</li>
2120           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2121             don't affect groups</li>
2122           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2123             colourscheme name</li>
2124           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2125             Annotation panel is not displayed</li>
2126           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2127             embedded windows</li>
2128         </ul> <em>Other</em>
2129         <ul>
2130           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2131             single sequence were not calculated</li>
2132           <li>annotation files that contain only groups imported as
2133             annotation and junk sequences</li>
2134           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2135             recognised as PFAM or BLC</li>
2136           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2137             doesn't affect background (2.8.0b1)
2138           <li></li>
2139           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2140           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2141             trailing gaps</li>
2142           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2143             registered correctly on import</li>
2144           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2145             certain alignments</li>
2146           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2147             existing annotation based 'use original colours'
2148             colourscheme loses original colours setting</li>
2149         </ul>
2150       </td>
2151     </tr>
2152     <tr>
2153       <td><div align="center">
2154           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2155             <em>30/1/2014</em></strong>
2156         </div></td>
2157       <td>
2158         <ul>
2159           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2160             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2161             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2162             open source project).
2163           </li>
2164           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2165           <li>Output in Stockholm format</li>
2166           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2167           <li>Export/import group and sequence associated line
2168             graph thresholds</li>
2169           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2170             ambiguity codes</li>
2171           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2172             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2173             works</li>
2174           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2175         </ul> <em>Other improvements</em>
2176         <ul>
2177           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2178           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2179             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2180           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2181             files</li>
2182           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2183           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2184             link but no description</li>
2185           <li>Select primary source when selecting authority in
2186             database fetcher GUI</li>
2187           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2188             Jalview</li>
2189           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2190         </ul>
2191       </td>
2192       <td>
2193         <ul>
2194           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2195             displayed</li>
2196           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2197             secondary structure annotation line</li>
2198           <li>Sequence database accessions not imported when
2199             fetching alignments from Rfam</li>
2200           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2201             identical IDs</li>
2202           <li>View all structures does not always superpose
2203             structures</li>
2204           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2205             reflect user or preset settings</li>
2206           <li>Null pointer exceptions for some services without
2207             presets or adjustable parameters</li>
2208           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2209             discover PDB xRefs</li>
2210           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2211             features with DAS</li>
2212           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2213             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2214           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2215             residue follows a gap</li>
2216           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2217             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2218           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2219             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2220           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2221             annotation already exists on alignment</li>
2222           <li>oninit javascript function should be called after
2223             initialisation completes</li>
2224           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2225             alignment window display</li>
2226           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2227           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2228             to annotation file</li>
2229           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2230             groups created</li>
2231           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2232             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2233           <li>Pressing return several times causes Number Format
2234             exceptions in keyboard mode</li>
2235           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2236             correct partitions for input data</li>
2237           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2238           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2239           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2240           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2241             mode</li>
2242           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2243             changes one row&#39;s threshold</li>
2244           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2245             doesn&#39;t open</li>
2246           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2247             quality histograms</li>
2248         </ul>
2249       </td>
2250     </tr>
2251     <tr>
2252       <td><div align="center">
2253           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2254         </div></td>
2255       <td><em>Application</em>
2256         <ul>
2257           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2258             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2259           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2260             preferences</li>
2261           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2262             in Jalview alignment window</li>
2263           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2264             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2265           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2266             RNA and ambiguity codes</li>
2267
2268           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2269           <li>Support fetching and database reference look up
2270             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2271             refs')</li>
2272           <li>Jalview project improvements
2273             <ul>
2274               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2275                 flag for annotation</li>
2276               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2277                 alignment</li>
2278               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2279                 Jalview project</li>
2280
2281             </ul>
2282           </li>
2283           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2284           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2285             running</li>
2286           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2287           <li>visual indication that web service results are still
2288             being retrieved from server</li>
2289           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2290             starts up for first time</li>
2291           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2292             services</li>
2293           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2294             client library</li>
2295           <li>Examples directory and Groovy library included in
2296             InstallAnywhere distribution</li>
2297         </ul> <em>Applet</em>
2298         <ul>
2299           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2300             visualization applet example</li>
2301         </ul> <em>General</em>
2302         <ul>
2303           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2304           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2305             defaults</li>
2306           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2307             calculation</li>
2308           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2309             matrices
2310           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2311             in HTML</li>
2312           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2313             structure contacts</li>
2314           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2315           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2316           <li>Parse sequence associated secondary structure
2317             information in Stockholm files</li>
2318           <li>HTML Export database accessions and annotation
2319             information presented in tooltip for sequences</li>
2320           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2321             style RNA alignment files</li>
2322           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2323             alignment</li>
2324           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2325             shade each sequence according to its associated alignment
2326             annotation</li>
2327           <li>New Jalview Logo</li>
2328         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2329         <ul>
2330           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2331           <li>New Website!</li>
2332         </ul></td>
2333       <td><em>Application</em>
2334         <ul>
2335           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2336             wsdbfetch REST service</li>
2337           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2338           <li>Filetype associations not installed for webstart
2339             launch</li>
2340           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2341             job execution in full once it is complete</li>
2342           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2343             uploaded via ali_file parameter</li>
2344           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2345           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2346           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2347             submitted for prediction</li>
2348           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2349             desktop window</li>
2350           <li>Putting fractional value into integer text box in
2351             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2352           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2353             windows 7</li>
2354           <li>View all structures fails with exception shown in
2355             structure view</li>
2356           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2357             escaped in a platform independent way</li>
2358           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2359             using proxy</li>
2360           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2361             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2362           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2363             failure when java web start temporary file caching is
2364             disabled</li>
2365           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2366             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2367           <li>Errors during processing of command line arguments
2368             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2369           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2370             DAS sources in sequence fetcher</li>
2371           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2372             dialog is shown</li>
2373           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2374           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2375           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2376           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2377             on OSX Mountain Lion</li>
2378           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2379             sequences with alignment annotation are pasted into the
2380             alignment</li>
2381           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2382             when loaded from Jalview project</li>
2383           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2384           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2385             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2386           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2387             associated with all views</li>
2388           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2389             annotation rows to new window</li>
2390         </ul> <em>Applet</em>
2391         <ul>
2392           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2393             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2394           <li>loading features via javascript API automatically
2395             enables feature display</li>
2396           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2397             work</li>
2398         </ul> <em>General</em>
2399         <ul>
2400           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2401           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2402             and then deselected</li>
2403           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2404           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2405             coloured with clustalx</li>
2406           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2407             exceptions and redraw errors</li>
2408           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2409             reconfigured view</li>
2410           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2411             colour</li>
2412           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2413             for lots of labels</li>
2414         </ul>
2415     </tr>
2416     <tr>
2417       <td>
2418         <div align="center">
2419           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2420         </div>
2421       </td>
2422       <td><em>Application</em>
2423         <ul>
2424           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2425           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2426           <li>View/alignment association menu to enable user to
2427             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2428             its colours/correspondences from</li>
2429           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2430           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2431             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2432           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2433           <li>Annotation row column label formatting attributes
2434             stored in project file</li>
2435           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2436             rows preserved in Jalview project file</li>
2437           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2438             saved using Desktop window menu</li>
2439           <li>Visual indication that command line arguments are
2440             still being processed</li>
2441           <li>Groovy script execution from URL</li>
2442           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2443             preferences</li>
2444           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2445             alignment with sequences that have high similarity and
2446             matching IDs</li>
2447           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2448           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2449             structures in same window</li>
2450           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2451           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2452             analysis function in its own submenu</li>
2453         </ul> <em>Applet</em>
2454         <ul>
2455           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2456             groups</li>
2457           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2458           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2459           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2460           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2461           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2462             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2463           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2464           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2465             parameters are treated as such</li>
2466           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2467             <ul>
2468               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2469               <li>Javascript callbacks for
2470                 <ul>
2471                   <li>Applet initialisation</li>
2472                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2473                 </ul>
2474               </li>
2475               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2476                 functions</li>
2477               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2478               <li>javascript structure viewer harness to pass
2479                 messages between Jmol and Jalview when running as
2480                 distinct applets</li>
2481               <li>sortBy method</li>
2482               <li>Set of applet and application examples shipped
2483                 with documentation</li>
2484               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2485                 javascript message exchange</li>
2486             </ul>
2487         </ul> <em>General</em>
2488         <ul>
2489           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2490             multiple alignments</li>
2491           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2492           <li>User configurable link to enable redirects to a
2493             www.Jalview.org mirror</li>
2494           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2495           <li>Configurable newline string when writing alignment
2496             and other flat files</li>
2497           <li>Allow alignment annotation description lines to
2498             contain html tags</li>
2499         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2500         <ul>
2501           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2502             examples</li>
2503           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2504             using a web service before displaying the result in the
2505             Jalview desktop</li>
2506           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2507           <li>Ant target to publish example html files with applet
2508             archive</li>
2509           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2510           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2511         </ul></td>
2512       <td><em>Application</em>
2513         <ul>
2514           <li>User defined colourscheme throws exception when
2515             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2516           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2517             dialog for valid filename/format</li>
2518           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2519           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2520             P37173</li>
2521           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2522             which sequence is to be associated with the file</li>
2523           <li>Find All raises null pointer exception when query
2524             only matches sequence IDs</li>
2525           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2526           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2527             2.4 cannot be loaded</li>
2528           <li>Filetype associations not installed for webstart
2529             launch</li>
2530           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2531             with sequences in different alignments do not get coloured
2532             by their associated sequence</li>
2533           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2534             not preserved when project is loaded</li>
2535           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2536             stored in Jalview project</li>
2537           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2538             Jalview project</li>
2539           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2540           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2541             by conservation</li>
2542           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2543             created on new view</li>
2544           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2545             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2546           <li>Alignment quality not updated after alignment
2547             annotation row is hidden then shown</li>
2548           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2549             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2550           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2551             properly</li>
2552           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2553             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2554           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2555           <li>Structures imported from file and saved in project
2556             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2557           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2558             job execution in full once it is complete</li>
2559         </ul> <em>Applet</em>
2560         <ul>
2561           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2562             annotation rows are displayed</li>
2563           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2564             codebase</li>
2565           <li>View follows highlighting does not work for positions
2566             in sequences</li>
2567           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2568           <li>Export features raises exception when no features
2569             exist</li>
2570           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2571             for javascript api is modified when separator string
2572             provided as parameter</li>
2573           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2574             alignment with no existing selection</li>
2575           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2576             to applet&#39;s codebase</li>
2577           <li>Status bar not updated after finished searching and
2578             search wraps around to first result</li>
2579           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2580             several Jalview applets causes race conditions and memory
2581             leaks</li>
2582           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2583             not sent from Jmol in applet</li>
2584           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2585             applet API fatally hang browser</li>
2586         </ul> <em>General</em>
2587         <ul>
2588           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2589             position with wrapped view and hidden regions</li>
2590           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2591             with/without hidden columns</li>
2592           <li>Sequence length given in alignment properties window
2593             is off by 1</li>
2594           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2595             import PDB like structure files</li>
2596           <li>Positional search results are only highlighted
2597             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2598           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2599           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2600             given sequence position</li>
2601           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2602             output</li>
2603           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2604             from nucleotide chains correctly</li>
2605           <li>Structure colours not updated when tree partition
2606             changed in alignment</li>
2607           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2608             parsed in interleaved stockholm</li>
2609           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2610             state</li>
2611           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2612             properly</li>
2613           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2614             properly associated with their pdb files</li>
2615         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2616         <ul>
2617           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2618             ApplyCopyright tool</li>
2619         </ul></td>
2620     </tr>
2621     <tr>
2622       <td>
2623         <div align="center">
2624           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2625         </div>
2626       </td>
2627       <td><em>Application</em>
2628         <ul>
2629           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2630             contact web services</li>
2631           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2632             service job window</li>
2633           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2634         </ul></td>
2635       <td>
2636         <ul>
2637           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2638             pir file emitted by Jalview</li>
2639           <li>Existing feature settings transferred to new
2640             alignment view created from cut'n'paste</li>
2641           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2642             parsing PDB files</li>
2643           <li>Consensus and conservation annotation rows
2644             occasionally become blank for all new windows</li>
2645           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2646             in wrapped view mode</li>
2647         </ul> <em>Application</em>
2648         <ul>
2649           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2650             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2651           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2652             parameter names</li>
2653           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2654             is down</li>
2655         </ul>
2656       </td>
2657     </tr>
2658     <tr>
2659       <td>
2660         <div align="center">
2661           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2662         </div>
2663       </td>
2664       <td><em>Application</em>
2665         <ul>
2666           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2667             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2668             (JABAWS)
2669           </li>
2670           <li>Web Services preference tab</li>
2671           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2672             preferences</li>
2673           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2674           <li>Superpose structures using associated sequence
2675             alignment</li>
2676           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2677             viewer</li>
2678         </ul> <em>Applet</em>
2679         <ul>
2680           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2681             link out mechanism</li>
2682         </ul> <em>Other</em>
2683         <ul>
2684           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2685             series 12</li>
2686           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2687             require Java 1.5</li>
2688           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2689             sequence annotation files</li>
2690           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2691             type colour specification</li>
2692           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2693             script to check if it being run in an interactive session or
2694             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2695         </ul></td>
2696       <td>
2697         <ul>
2698           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2699             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2700         </ul> <em>Application</em>
2701         <ul>
2702           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2703             selected Regions menu item</li>
2704           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2705             part of a valid accession ID</li>
2706           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2707             runs out of memory</li>
2708           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2709             analysis results</li>
2710           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2711             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2712           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2713         </ul> <em>Applet</em>
2714         <ul>
2715           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2716             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2717             defined.</li>
2718         </ul>
2719       </td>
2720     </tr>
2721     <tr>
2722       <td>
2723         <div align="center">
2724           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2725         </div>
2726       </td>
2727       <td></td>
2728       <td>
2729         <ul>
2730           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2731             sequence IDs</li>
2732           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2733             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2734           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2735             import correctly</li>
2736           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2737             number of columns are hidden</li>
2738           <li>annotation label popup menu not providing correct
2739             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2740             present</li>
2741           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2742             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2743           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2744             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2745
2746         </ul> <em>Applet</em>
2747         <ul>
2748           <li>annotation panel disappears when annotation is
2749             hidden/removed</li>
2750         </ul> <em>Application</em>
2751         <ul>
2752           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2753             alignment opened where annotation panel is visible but no
2754             annotations are present on alignment</li>
2755           <li>pasted region containing hidden columns is
2756             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2757           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2758             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2759           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2760             selected Rregions menu item.</li>
2761           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2762             'Un' or 'Non'conserved</li>
2763           <li>Sequence feature settings are being shared by
2764             multiple distinct alignments</li>
2765           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2766             changed</li>
2767           <li>double click on group annotation to select sequences
2768             does not propagate to associated trees</li>
2769           <li>Mac OSX specific issues:
2770             <ul>
2771               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2772                 window background</li>
2773               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2774                 name set correctly</li>
2775               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2776                 save feature colourscheme button</li>
2777             </ul>
2778           </li>
2779         </ul>
2780       </td>
2781     </tr>
2782     <tr>
2783
2784       <td>
2785         <div align="center">
2786           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2787         </div>
2788       </td>
2789       <td><em>New Capabilities</em>
2790         <ul>
2791           <li>URL links generated from description line for
2792             regular-expression based URL links (applet and application)
2793
2794           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2795             menu</li>
2796           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2797             structures</li>
2798           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2799             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2800           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2801             average score or total feature count for each sequence.</li>
2802           <li>Shading features by score or associated description</li>
2803           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2804             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2805           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2806             hide everything but the currently selected region.</li>
2807           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2808         </ul> <em>Application</em>
2809         <ul>
2810           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2811             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2812           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2813             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2814           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2815             database references and protein_name is parsed as
2816             description line (BioSapiens terms).</li>
2817           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2818             references in sequence ID tooltip from View menu in
2819             application.</li>
2820           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2821       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2822           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2823             conservation plots</li>
2824           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2825             and visualized as sequence logos</li>
2826           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2827             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2828           </li>
2829           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2830             when a new tree is opened.</li>
2831           <li>Jalview Java Console</li>
2832           <li>Better placement of desktop window when moving
2833             between different screens.</li>
2834           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2835             consensus annotation</li>
2836           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2837             Workflows</li>
2838           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2839             <ul>
2840               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2841                 used to preserve views, structures, and tree display
2842                 settings)</li>
2843               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2844                 command line</li>
2845               <li>Sharing of selected regions between views and
2846                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2847               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2848             </ul></li>
2849         </ul> <em>Applet</em>
2850         <ul>
2851           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2852           <li>New Parameters
2853             <ul>
2854               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2855                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2856                 opened.</li>
2857               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2858                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2859               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2860                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2861               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2862                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2863                 view</li>
2864               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2865                 increase the height or width of a cell in the alignment
2866                 grid relative to the current font size.</li>
2867             </ul>
2868           </li>
2869           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2870             tooltip</li>
2871         </ul> <em>Other</em>
2872         <ul>
2873           <li>Features format: graduated colour definitions and
2874             specification of feature scores</li>
2875           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2876             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2877             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2878           <li>XML formats extended to support graduated feature
2879             colourschemes, group associated annotation, and profile
2880             visualization settings.</li></td>
2881       <td>
2882         <ul>
2883           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2884             rather than description</li>
2885           <li>Non-positional features are now included in sequence
2886             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2887             visibility in tooltip).</li>
2888           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2889           <li>Added URL embedding instructions to features file
2890             documentation.</li>
2891           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2892             'X' in peptide product</li>
2893           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2894             sequence ID and sequence string and query strings do not
2895             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2896           <li>AMSA files only contain first column of
2897             multi-character column annotation labels</li>
2898           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2899             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2900             exported and re-imported)</li>
2901           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2902             name</li>
2903           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2904             as subsequence matches, and correctly reports total number
2905             of both.</li>
2906           <li>Application:
2907             <ul>
2908               <li>Better handling of exceptions during sequence
2909                 retrieval</li>
2910               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2911                 link text excludes the start_end suffix</li>
2912               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2913                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2914               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2915               <li>Sequence description lines properly shared via
2916                 VAMSAS</li>
2917               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2918                 data sources</li>
2919               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2920                 completes before alignment figures are generated.</li>
2921               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2922                 first time.</li>
2923               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2924                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2925               <li>User defined group colours properly recovered
2926                 from Jalview projects.</li>
2927             </ul>
2928           </li>
2929         </ul>
2930       </td>
2931
2932     </tr>
2933     <tr>
2934       <td>
2935         <div align="center">
2936           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2937         </div>
2938       </td>
2939       <td>
2940         <ul>
2941           <li>Experimental support for google analytics usage
2942             tracking.</li>
2943           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2944         </ul>
2945       </td>
2946       <td>
2947         <ul>
2948           <li>Race condition in applet preventing startup in
2949             jre1.6.0u12+.</li>
2950           <li>Exception when feature created from selection beyond
2951             length of sequence.</li>
2952           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2953           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2954             all sequences with a given id</li>
2955           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2956             ID string searches</li>
2957           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2958             alignment to fail with exception</li>
2959         </ul> <em>Application Issues</em>
2960         <ul>
2961           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2962           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2963             data sources</li>
2964         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2965         <ul>
2966           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2967             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2968           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2969             version (java class versioning error fixed)</li>
2970         </ul>
2971       </td>
2972     </tr>
2973     <tr>
2974       <td>
2975
2976         <div align="center">
2977           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2978         </div>
2979       </td>
2980       <td><em>User Interface</em>
2981         <ul>
2982           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2983             translation and protein products</li>
2984           <li>Linked highlighting of structure associated with
2985             residue mapping to codon position</li>
2986           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2987             and 'clear' button</li>
2988           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2989             Tools menu</li>
2990           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2991             numeric data in description line</li>
2992           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2993           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2994             of sequence</li>
2995         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2996         <ul>
2997           <li>JPred3 web service</li>
2998           <li>Prototype sequence search client (no public services
2999             available yet)</li>
3000           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3001             PFAM</li>
3002           <li>URL Links created for matching database cross
3003             references as well as sequence ID</li>
3004           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3005         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3006         <ul>
3007           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3008             databases</li>
3009           <li>Generalised database reference retrieval and
3010             validation to all fetchable databases</li>
3011           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3012             sequence command</li>
3013         </ul> <em>Import and Export</em>
3014         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3015         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3016           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3017         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3018           File</li>
3019         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3020           triplet as name of colourscheme</li>
3021         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3022         <ul>
3023           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3024           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3025             alignments (experimental)</li>
3026           <li>Create new or select existing session to join</li>
3027           <li>load and save of vamsas documents</li>
3028         </ul> <em>Application command line</em>
3029         <ul>
3030           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3031             from applet)</li>
3032           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3033             of DAS servers to query for alignment features</li>
3034           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3035             that are also automatically queried for features</li>
3036           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3037             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3038         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3039         <ul>
3040           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3041             application (when using &quot;View in full
3042             application&quot;)</li>
3043         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3044         <ul>
3045           <li>feature group display control parameter</li>
3046           <li>debug parameter</li>
3047           <li>showbutton parameter</li>
3048         </ul> <em>Applet API methods</em>
3049         <ul>
3050           <li>newView public method</li>
3051           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3052           <li>Feature display control methods</li>
3053           <li>get list of currently selected sequences</li>
3054         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3055         <ul>
3056           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3057           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3058             Jalview release.</li>
3059           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3060             property controls execution of obfuscator</li>
3061           <li>Build target for generating source distribution</li>
3062           <li>Debug flag for javacc</li>
3063           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3064             jalview.bin.Cache</li>
3065           <li>Continuous Build Integration for stable and
3066             development version of Application, Applet and source
3067             distribution</li>
3068         </ul></td>
3069       <td>
3070         <ul>
3071           <li>selected region output includes visible annotations
3072             (for certain formats)</li>
3073           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3074             for editing</li>
3075           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3076           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3077           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3078           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3079             comments</li>
3080           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3081             filenames containing a ':'</li>
3082           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3083             global sequence features</li>
3084           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3085             references from alignment sequences goes to zero</li>
3086           <li>Close of tree branch colour box without colour
3087             selection causes cascading exceptions</li>
3088           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3089           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3090             file parsing fails.</li>
3091           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3092           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3093             not a valid output format</li>
3094           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3095             vamsas</li>
3096           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3097           <li>error messages passed up and output when data read
3098             fails</li>
3099           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3100             sequence is edited</li>
3101           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3102             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3103           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3104             filetype</li>
3105           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3106             import fixed for PFAM records</li>
3107           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3108             window list</li>
3109           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3110             can be read and written correctly to annotation file</li>
3111           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3112             correctly</li>
3113           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3114             non-italic font for representatives in Applet</li>
3115           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3116             Macs.</li>
3117           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3118             Applet)</li>
3119           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3120             due to null pointer exceptions</li>
3121           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3122             first column of alignment</li>
3123           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3124             July 2008</li>
3125           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3126             file is case-insensitive</li>
3127           <li>Sequence features read from Features file appended to
3128             all sequences with matching IDs</li>
3129           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3130             containing a sub-sequence</li>
3131           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3132           <li>feature and annotation file applet parameters
3133             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3134           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3135           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3136             splash-screen version check to complete</li>
3137           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3138             when passing them to the launchApp service</li>
3139           <li>display name and local features preserved in results
3140             retrieved from web service</li>
3141           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3142             sequence fetcher initialisation</li>
3143           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3144             dasobert DAS client</li>
3145           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3146             association</li>
3147           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3148             sequences
3149           </li>
3150         </ul>
3151       </td>
3152     </tr>
3153     <tr>
3154       <td>
3155         <div align="center">
3156           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3157         </div>
3158       </td>
3159       <td>
3160         <ul>
3161           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3162           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3163           <li>Slide sequences</li>
3164           <li>Edit sequence in place</li>
3165           <li>EMBL CDS features</li>
3166           <li>DAS Feature mapping</li>
3167           <li>Feature ordering</li>
3168           <li>Alignment Properties</li>
3169           <li>Annotation Scores</li>
3170           <li>Sort by scores</li>
3171           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3172         </ul>
3173       </td>
3174       <td>
3175         <ul>
3176           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3177           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3178           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3179           <li>Feature group display state in XML</li>
3180           <li>Feature ordering in XML</li>
3181           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3182           <li>Stockholm alignment properties</li>
3183           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3184           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3185           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3186           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3187         </ul>
3188       </td>
3189
3190     </tr>
3191     <tr>
3192       <td>
3193         <div align="center">
3194           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3195         </div>
3196       </td>
3197       <td>
3198         <ul>
3199           <li>Non standard characters can be read and displayed
3200           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3201             applet via textbox
3202           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3203             name &amp; description
3204           <li>Preference setting to display sequence name in
3205             italics
3206           <li>Annotation file format extended to allow
3207             Sequence_groups to be defined
3208           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3209             specified in preferences
3210           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3211             sequences
3212         </ul>
3213       </td>
3214       <td>
3215         <ul>
3216           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3217             installed
3218           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3219           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3220         </ul>
3221       </td>
3222     </tr>
3223     <tr>
3224       <td>
3225         <div align="center">
3226           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3227         </div>
3228       </td>
3229       <td>
3230         <ul>
3231           <li>Multiple views on alignment
3232           <li>Sequence feature editing
3233           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3234           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3235           <li>Background dependent text colour
3236           <li>Right align sequence ids
3237           <li>User-defined lower case residue colours
3238           <li>Format Menu
3239           <li>Select Menu
3240           <li>Menu item accelerator keys
3241           <li>Control-V pastes to current alignment
3242           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3243           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3244           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3245
3246           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3247         </ul>
3248       </td>
3249       <td>
3250         <ul>
3251           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3252           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3253             calculations
3254           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3255             edits
3256           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3257             of alignment)
3258           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3259
3260           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3261             display correctly
3262           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3263           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3264             analysis results
3265           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3266             &#8739;
3267           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3268           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3269           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3270
3271         </ul>
3272       </td>
3273     </tr>
3274     <tr>
3275       <td>
3276         <div align="center">
3277           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3278         </div>
3279       </td>
3280       <td>
3281         <ul>
3282           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3283         </ul>
3284       </td>
3285       <td>
3286         <ul>
3287           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3288             sequence id panel has been resized</li>
3289           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3290             rendered</li>
3291           <li>Annotation files with sequence references - all
3292             elements in file are relative to sequence position</li>
3293           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3294         </ul>
3295       </td>
3296     </tr>
3297     <tr>
3298       <td>
3299         <div align="center">
3300           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3301         </div>
3302       </td>
3303       <td>
3304         <ul>
3305           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3306           <li>DAS Feature fetching</li>
3307           <li>Hide sequences and columns</li>
3308           <li>Export Annotations and Features</li>
3309           <li>GFF file reading / writing</li>
3310           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3311             files</li>
3312           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3313           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3314           <li>Applet can launch the full application</li>
3315           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3316             required)</li>
3317           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3318           <li>Applet can load sequences from parameter
3319             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3320           </li>
3321         </ul>
3322       </td>
3323       <td>
3324         <ul>
3325           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3326           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3327           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3328         </ul>
3329       </td>
3330     </tr>
3331     <tr>
3332       <td>
3333         <div align="center">
3334           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3335         </div>
3336       </td>
3337       <td>
3338         <ul>
3339           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3340           <li>Choose to match case when searching</li>
3341           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3342             expand the visible width and height of the alignment</li>
3343         </ul>
3344       </td>
3345       <td>
3346         <ul>
3347           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3348         </ul>
3349       </td>
3350     </tr>
3351     <tr>
3352       <td>
3353         <div align="center">
3354           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3355         </div>
3356       </td>
3357       <td>&nbsp;</td>
3358       <td>
3359         <ul>
3360           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3361           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3362             value</li>
3363         </ul>
3364       </td>
3365     </tr>
3366     <tr>
3367       <td>
3368         <div align="center">
3369           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3370         </div>
3371       </td>
3372       <td>
3373         <ul>
3374           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3375           <li>Keyboard editing</li>
3376           <li>Create sequence features from searches</li>
3377           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3378             alignments</li>
3379           <li>Features file allows grouping of features</li>
3380           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3381           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3382           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3383         </ul>
3384       </td>
3385       <td>
3386         <ul>
3387           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3388           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3389             descriptions saved.</li>
3390         </ul>
3391       </td>
3392     </tr>
3393     <tr>
3394       <td>
3395         <div align="center">
3396           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3397         </div>
3398       </td>
3399       <td>
3400         <ul>
3401           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3402           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3403           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3404             name for file output</li>
3405           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3406           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3407             used for HTML form input</li>
3408         </ul>
3409       </td>
3410       <td>
3411         <ul>
3412           <li>HTML output writes groups and features</li>
3413           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3414           <li>File IO bugs</li>
3415         </ul>
3416       </td>
3417     </tr>
3418     <tr>
3419       <td>
3420         <div align="center">
3421           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3422         </div>
3423       </td>
3424       <td>
3425         <ul>
3426           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3427           <li>More options for PCA viewer</li>
3428         </ul>
3429       </td>
3430       <td>
3431         <ul>
3432           <li>GUI bugs resolved</li>
3433           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3434         </ul>
3435       </td>
3436     </tr>
3437     <tr>
3438       <td height="63">
3439         <div align="center">
3440           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3441         </div>
3442       </td>
3443       <td>
3444         <ul>
3445           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3446           <li>Jar files are executable</li>
3447           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3448         </ul>
3449       </td>
3450       <td>
3451         <ul>
3452           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3453           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3454           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3455         </ul>
3456       </td>
3457     </tr>
3458     <tr>
3459       <td>
3460         <div align="center">
3461           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3462         </div>
3463       </td>
3464       <td>
3465         <ul>
3466           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3467         </ul>
3468       </td>
3469       <td>
3470         <ul>
3471           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3472         </ul>
3473       </td>
3474     </tr>
3475     <tr>
3476       <td>
3477         <div align="center">
3478           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3479         </div>
3480       </td>
3481       <td>
3482         <ul>
3483           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3484             size</li>
3485         </ul>
3486       </td>
3487       <td>
3488         <ul>
3489           <li>Improved JPred client reliability</li>
3490           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3491         </ul>
3492       </td>
3493     </tr>
3494     <tr>
3495       <td>
3496         <div align="center">
3497           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3498         </div>
3499       </td>
3500       <td>
3501         <ul>
3502           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3503           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3504           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3505             to Colour Menu</li>
3506           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3507           <li>Unix users can set default web browser</li>
3508           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3509           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3510         </ul>
3511       </td>
3512       <td>
3513         <ul>
3514           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3515         </ul>
3516       </td>
3517     </tr>
3518     <tr>
3519       <td>
3520         <div align="center">
3521           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3522         </div>
3523       </td>
3524       <td>&nbsp;</td>
3525       <td>
3526         <ul>
3527           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3528             alignment order.</li>
3529         </ul>
3530       </td>
3531     </tr>
3532     <tr>
3533       <td>
3534         <div align="center">
3535           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3536         </div>
3537       </td>
3538       <td>
3539         <ul>
3540           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3541           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3542           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3543             annotations.</li>
3544           <li>Version and build date written to build properties
3545             file.</li>
3546           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3547             at launch of Jalview.</li>
3548         </ul>
3549       </td>
3550       <td>
3551         <ul>
3552           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3553           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3554           <li>Can remove groups one by one.</li>
3555           <li>Filechooser icons installed.</li>
3556           <li>Finder ignores return character when searching.
3557             Return key will initiate a search.<br>
3558           </li>
3559         </ul>
3560       </td>
3561     </tr>
3562     <tr>
3563       <td>
3564         <div align="center">
3565           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3566         </div>
3567       </td>
3568       <td>
3569         <ul>
3570           <li>New codebase</li>
3571         </ul>
3572       </td>
3573       <td>&nbsp;</td>
3574     </tr>
3575   </table>
3576   <p>&nbsp;</p>
3577 </body>
3578 </html>