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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  74             <em>8/09/2018</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2865 -->Jalview doesn't hang when closing windows or the overview updates with large alignments.
  82             </li>
  83           </ul>
  84         </div></td>
  85       <td><div align="left">
  86           <em></em>
  87           <ul>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation capabilities removed from the Jalview Desktop
  90             </li>
  91           </ul>
  92         </div></td>
  93     </tr>
  94     <tr>
  95     <td width="60" nowrap>
  96       <div align="center">
  97         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
  98       </div>
  99     </td>
 100     <td><div align="left">
 101         <em></em>
 102         <ul>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 105               InstallAnywhere increased to 1G.
 106             </li>
 107             <li>
 108               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 109               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 110               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 111                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 112                 properties file.</em>
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 116               API and sequence data now imported as JSON.
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 120               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 121               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 122               property.
 123             </li>
 124           </ul>
 125           <em>Development</em>
 126           <ul>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 129               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 130                 Clover</a>
 131             </li>
 132           </ul>
 133         </div></td>
 134     <td><div align="left">
 135         <em></em>
 136         <ul>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 139               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 140               alignment.
 141             </li>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 144               annotation displayed.
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 148               for newly created group when 'Apply to all groups'
 149               selected
 150             </li>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 153               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 154               visible.
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 158               when sequences are selected in exported view.</em>
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 162               aren't rendered with correct colour.
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 166               types of knotted RNA secondary structure.
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 170               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 171               do not start at 1.
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 175               annotation when columns are inserted into an alignment,
 176               and when exporting as Stockholm flatfile.
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 180               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 181               treated as RNA secondary structure.
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 185               (not .jar) when saving a jalview project file.
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 189               transfers focus to previous window on OSX
 190             </li>
 191           </ul>
 192           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 193           <ul>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 196               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 197               box.
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 201               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 202               'look and feel' which has improved compatibility with the
 203               latest version of OSX.
 204             </li>
 205           </ul>
 206         </div>
 207     </td>
 208     </tr>
 209     <tr>
 210       <td width="60" nowrap>
 211         <div align="center">
 212           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 213             <em>7/06/2018</em></strong>
 214         </div>
 215       </td>
 216       <td><div align="left">
 217           <em></em>
 218           <ul>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 221               annotation retrieved from Uniprot
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 225               onto the Jalview Desktop
 226             </li>
 227           </ul>
 228         </div></td>
 229       <td><div align="left">
 230           <em></em>
 231           <ul>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 234               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 238               right-hand column parsed correctly
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 242               not alignment area in exported graphic
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 246               window has input focus
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 250               annotation added to view (Windows)
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 254               network connectivity is poor
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 258               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 259                 the currently open URL and links from a page viewed in
 260                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 261                 you are using Edge, only links in the page can be
 262                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 263                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 264             </li>
 265           </ul>
 266         </div></td>
 267     </tr>
 268     <tr>
 269       <td width="60" nowrap>
 270         <div align="center">
 271           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 272         </div>
 273       </td>
 274       <td><div align="left">
 275           <em></em>
 276           <ul>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 279               for disabling automatic superposition of multiple
 280               structures and open structures in existing views
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 284               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 285               adjust them.
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 289               Ensembl services
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 293               and lots of hidden columns
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 297               of features (particularly when transparency is disabled)
 298             </li>
 299           </ul>
 300           </div>
 301       </td>
 302       <td><div align="left">
 303           <ul>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 306               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 310               overlapping alignment panel
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 314               sequence as gaps
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 318               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 319               UTR
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 323               factor annotation not added to sequence when local PDB
 324               file associated with it by drag'n'drop or structure
 325               chooser
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 329               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 333               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 337               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 341               columns in annotation row
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 345               honored in batch mode
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 349               for structures added to existing Jmol view
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 353               entries after importing project with multiple views
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 357               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 358               with negative residue numbers or missing residues fails
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 362               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 363               as generated by CONSURF)
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 367               tooltip doesn't include a text description of mutation
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 371               structure and/or overview windows are also shown
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 375               very slow for alignments with large numbers of sequences
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 379               with 'StringIndexOutOfBounds'
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 383               platforms running Java 10
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 387               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 388             </li>
 389           </ul>
 390           <em>Applet</em>
 391           <ul>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 394               should copy the group consensus when popup is opened on it
 395             </li>
 396           </ul>
 397           <em>Batch Mode</em>
 398           <ul>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 401           </li>
 402           </ul>
 403           <em>New Known Defects</em>
 404           <ul>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 407               editing a large alignment and overview is displayed
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 411               repeatedly after a series of edits even when the overview
 412               is no longer reflecting updates
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 416               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 417               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 418               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 419             </li>
 420           </ul>
 421         </div>
 422           </td>
 423     </tr>
 424     <tr>
 425       <td width="60" nowrap>
 426         <div align="center">
 427           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 428         </div>
 429       </td>
 430       <td><div align="left">
 431           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 432               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 433       <td><div align="left">
 434           <em>Desktop</em><ul>
 435           <ul>
 436             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 437             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 438             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 439             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 440             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 441             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 442             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 443           </ul>
 444           </div>
 445       </td>
 446     </tr>
 447     <tr>
 448       <td width="60" nowrap>
 449         <div align="center">
 450           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 451         </div>
 452       </td>
 453       <td><div align="left">
 454           <em></em>
 455           <ul>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 458               rendering of sequence features
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 462               429 rate limit request hander
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 466               their colours have changed
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 470               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 474               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 478               view from Ensembl locus cross-references
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 482               Alignment report
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 486               feature can be disabled
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 490               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 494               Uniprot
 495             </li>
 496           </ul>
 497           <em>Scripting</em>
 498           <ul>
 499             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 500             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 501               percent identity scores for current alignment.</li>
 502           </ul>
 503           <em>Testing and Deployment</em>
 504           <ul>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 507             </li>
 508           </ul>
 509         </div></td>
 510       <td><div align="left">
 511           <em>General</em>
 512           <ul>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 515               threshold text field doesn't trigger an update to the
 516               alignment view
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 520               strings in parallel
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 524               alignment window is closed
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 528               group visibility
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 532               takes a long time in Cursor mode
 533             </li>
 534           </ul>
 535           <em>Desktop</em>
 536           <ul>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 539               cannot be viewed in Chimera
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 543               CDS/Protein view
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 547               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 548               Search Dialogs
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 558               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 562               scrolling right in unwapped alignment view
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 566               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 567               database
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 571               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 575               features of same type and group to be selected for
 576               amending
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 580               alignments when hidden columns are present
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 584               displaying several structures
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 588               moving a window
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 592               within the Jalview desktop on OSX
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 596               when in wrapped alignment mode
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 600               hand end of alignment
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 604               each selected sequence do not have correct start/end
 605               positions
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 609               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 613               restoring project until a new view is created
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 617               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 618               configured (since 2.10.2b2)
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 622               position is adjusted
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 626               in a multi-chain structure when viewing alignment
 627               involving more than one chain (since 2.10)
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 631               if new selection moves alignment window
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 635               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 639               that produces correctly annotated transcripts and products
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 643               doesn't update associated structure view
 644             </li>
 645           </ul>
 646           <em>Applet</em><br />
 647           <ul>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 650               closing alignment panel
 651             </li>
 652           </ul>
 653           <em>BioJSON</em><br />
 654           <ul>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 657               non-positional features
 658             </li>
 659           </ul>
 660           <em>New Known Issues</em>
 661           <ul>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 664               sequence features correctly (for many previous versions of
 665               Jalview)
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 669               using cursor in wrapped panel other than top
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 673               graduated colour threshold
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 677               always preserve numbering and sequence features
 678             </li>
 679           </ul>
 680           <em>Known Java 9 Issues</em>
 681           <ul>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 684               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 685               9.01, OSX 10.10)
 686             </li>
 687           </ul>
 688         </div></td>
 689     </tr>
 690     <tr>
 691       <td width="60" nowrap>
 692         <div align="center">
 693           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 694             <em>2/10/2017</em></strong>
 695         </div>
 696       </td>
 697       <td><div align="left">
 698           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 699           <ul>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 702             </li>
 703             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 704             </li>
 705           </ul>
 706         </div></td>
 707       <td><div align="left">
 708         </div></td>
 709     </tr>
 710     <tr>
 711       <td width="60" nowrap>
 712         <div align="center">
 713           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 714             <em>7/9/2017</em></strong>
 715         </div>
 716       </td>
 717       <td><div align="left">
 718           <em></em>
 719           <ul>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 722               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 723               white)
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 727               Preferences
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 731               in size and progress bar shown as higher resolution
 732               overview is recalculated
 733             </li>
 734
 735           </ul>
 736         </div></td>
 737       <td><div align="left">
 738           <em></em>
 739           <ul>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 742               column region row by row
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 746               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 750               format setting is unticked
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 754               if group has show boxes format setting unticked
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 758               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 759               include sequences and columns not currently displayed
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 763               assemblies are imported via CIF file
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 767               displayed when threshold or conservation colouring is also
 768               enabled.
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 772               server version
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 776               dragging a selected region off the visible region of the
 777               alignment
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 781               colourscheme to all groups in a view
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 785               initially after font size change using the Font chooser or
 786               middle-mouse zoom
 787             </li>
 788           </ul>
 789         </div></td>
 790     </tr>
 791     <tr>
 792       <td width="60" nowrap>
 793         <div align="center">
 794           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 795         </div>
 796       </td>
 797       <td><div align="left">
 798           <em>Calculations</em>
 799           <ul>
 800
 801             <li>
 802               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 803               ungapped positions in each column of the alignment.
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 807               a calculation dialog box
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 811               and memory efficiency (~30x faster)
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 815               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 816               and other calculations
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 820               files within the Jalview codebase
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 824               Similarity may have different topology due to increased
 825               precision
 826             </li>
 827           </ul>
 828           <em>Rendering</em>
 829           <ul>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 832               model for alignments and groups
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 836               scripts
 837             </li>
 838           </ul>
 839           <em>Overview</em>
 840           <ul>
 841             <li>
 842               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 843               with alignment and overview windows
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 847               overview
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 851               omitted in Overview
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 855               adjustment of visible position
 856             </li>
 857           </ul>
 858
 859           <em>Data import/export</em>
 860           <ul>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 863               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 867               annotation input/output via stockholm flatfile
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 871               extension when importing structure files without embedded
 872               names or PDB accessions
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 876               format sequence substitution matrices
 877             </li>
 878           </ul>
 879           <em>User Interface</em>
 880           <ul>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 883               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 884               the application.
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 888               via Overview or sequence motif search operations
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 892               opened by double clicking gaps within sequence feature
 893               extent
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 897               aligned positions were available to create a 3D structure
 898               superposition.
 899             </li>
 900           </ul>
 901           <em>3D Structure</em>
 902           <ul>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 905               coloured in linked structure views
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 909               file-based command exchange
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 913               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 914               structures are already available for sequences
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 918               the Jalview project rather than downloaded again when the
 919               project is reopened.
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 923               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 924               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 925                 Feature</strong>)
 926             </li>
 927           </ul>
 928           <em>Web Services</em>
 929           <ul>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 935               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 936               Analysis services
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 940               cross-references provided by identifiers.org and the
 941               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 942             </li>
 943           </ul>
 944
 945           <em>Scripting</em>
 946           <ul>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 949               identifying file formats (instead of String constants)
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 953               efficiency when counting all displayed features (not
 954               backwards compatible with 2.10.1)
 955             </li>
 956           </ul>
 957           <em>Example files</em>
 958           <ul>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 961               included in the example feature file
 962             </li>
 963           </ul>
 964           <em>Documentation</em>
 965           <ul>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 968               with the built-in Java help viewer
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 972               sequence description' option
 973             </li>
 974           </ul>
 975           <em>Test Suite</em>
 976           <ul>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 979               Uniprot REST Free Text Search Client
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 986               during tests
 987             </li>
 988           </ul>
 989         </div></td>
 990       <td><div align="left">
 991           <em>Calculations</em>
 992           <ul>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 995               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 996               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 997             </li>
 998             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 999               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1000               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1001               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1002               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1003               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1004               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1005               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1006               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1007               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1008               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1009               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1010               // for 2.10.1 mode <br />
1011               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1012               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1013                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1014                 calculations (not recommended)</em></li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1017               scaling of branch lengths for trees computed using
1018               Sequence Feature Similarity.
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1022               generating output report when working with highly
1023               redundant alignments
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1027               right of selected region when gaps present on right-hand
1028               boundary
1029             </li>
1030           </ul>
1031           <em>User Interface</em>
1032           <ul>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1035               doesn't reselect a specific sequence's associated
1036               annotation after it was used for colouring a view
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1040               opened on a region of alignment without groups
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1044               of an alignment with overlapping groups
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1048               name and description match
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1052               hidden regions results in incorrect hidden regions
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1056               changing colour does not apply Conservation slider value
1057               to all groups
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1061               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1065               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1069               gaps before start of features
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1073               restored to UI when feature colour is edited
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1077               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1081               as graduate feature colour settings are modified via the
1082               dialog box
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1086               when a group defined on the alignment is resized
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1090               wrapped view result in positional status updates
1091             </li>
1092
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1095               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1099               alignment included gapped columns
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1103               widgets don't permanently disappear
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1107               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1108               T-Coffee column reliability scores)
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1112               sequence feature on gaps only
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1116               button from a Find inherit previously defined feature type
1117               rather than the Find query string
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1121               exporting tree calculated in Jalview
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1125               and then revealing them reorders sequences on the
1126               alignment
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1130               doesn't update to reflect available set of groups after
1131               interactively adding or modifying features
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1135               Linux
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1139               only excluded gaps in current sequence and ignored
1140               selection.
1141             </li>
1142           </ul>
1143           <em>Rendering</em>
1144           <ul>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1147               erratically when hidden rows or columns are present
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1151               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1152               sequence colouring
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1156               colour and group colour menu for protein alignments
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1160               reflect currently selected view or group's shading
1161               thresholds
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1165               when rendered on overview and structures when opacity at
1166               100%
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1170               overview when features overlaid on alignment
1171             </li>
1172           </ul>
1173           <em>Data import/export</em>
1174           <ul>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1177               load
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1181               added after a sequence was imported are not written to
1182               Stockholm File
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1186               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1190               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1194               with lightGray or darkGray via features file (but can
1195               specify lightgray)
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1199               when alignment view imported from project
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1203               structure and sequences extracted from structure files
1204               imported via URL and viewed in Jmol
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1208               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1209               the project is loaded and the structure viewed
1210             </li>
1211           </ul>
1212           <em>Web Services</em>
1213           <ul>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1216               release of Ensembl v.88
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1220               appear enabled in Preferences->Connections
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1224               removed from console output
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1228               Ensembl by Peptide ID
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1232               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1233               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1234               due to 'null' string rather than empty string used for
1235               residues with no corresponding PDB mapping).
1236             </li>
1237           </ul>
1238           <em>Application UI</em>
1239           <ul>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1242               menu
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1246               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1247               new documentation and tooltips added)
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1251               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1255               new features are added to alignment
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1259               changes to feature colours via the Amend features dialog
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1263               edit graduated feature colour via amend features dialog
1264               box
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1268               selection menu changes colours of alignment views
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1272               from alignment calculation workers after alignment has
1273               been closed
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1277               groups now 'Create Group'
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1281               Create/Undefine group doesn't always work
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1285               shown again after pressing 'Cancel'
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1289               adjusts start position in wrap mode
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1293               ambiguous amino acids
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1297               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1298               proteins
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1302               Defined' don't appear in Colours menu
1303             </li>
1304           </ul>
1305           <em>Applet</em>
1306           <ul>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1309               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1313               overview or linked structure view
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1317               work (since 2.8)
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1321               user-defined colourscheme doesn't restore original
1322               colourscheme
1323             </li>
1324           </ul>
1325           <em>Test Suite</em>
1326           <ul>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1329               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1333               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1334               problems with deep array comparison equality asserts in
1335               successive versions of TestNG
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1339               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1340             </li>
1341           </ul>
1342           <em>New Known Issues</em>
1343           <ul>
1344             <li>
1345               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1346               phase after a sequence motif find operation
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1350               containing just upper and lower case letters are
1351               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1355               reliably from eggnog Ortholog database
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1359               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1360               to mark columns containing highlighted regions.
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1364               doesn't always add secondary structure annotation.
1365             </li>
1366           </ul>
1367         </div>
1368     <tr>
1369       <td width="60" nowrap>
1370         <div align="center">
1371           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1372         </div>
1373       </td>
1374       <td><div align="left">
1375           <em>General</em>
1376           <ul>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1379               for all consensus calculations
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1383               3rd Oct 2016)
1384             </li>
1385             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1386               for 2016-2017</li>
1387           </ul>
1388           <em>Application</em>
1389           <ul>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1392               set of database cross-references, sorted alphabetically
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1396               from database cross references. Users with custom links
1397               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1398                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1402               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1403               Chimera session
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1407               the Chimera it is connected to is shut down
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1411               columns menu item to mark columns containing highlighted
1412               regions (e.g. from structure selections or results of a
1413               Find operation)
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1417               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1418               MSAviewer
1419             </li>
1420           </ul>
1421         </div></td>
1422       <td>
1423         <div align="left">
1424           <em>General</em>
1425           <ul>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1428               are not coloured or thresholded according to percent
1429               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1433               hydrophobic
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1437               threshold, amino acid properties)
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1441               reported as mapped to residues in a structure file in the
1442               View Mapping report
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1446               could be added multiple times to a sequence
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1450               bond features shown as two highlighted residues rather
1451               than a range in linked structure views, and treated
1452               correctly when selecting and computing trees from features
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1456               cross-references are matched to database name regardless
1457               of case
1458             </li>
1459
1460           </ul>
1461           <em>Application</em>
1462           <ul>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1465               names without regular expressions also offer links from
1466               Sequence ID
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1470               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1471               update Jalview configuration
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1475               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1479               files with similarly named sequences if dropped onto the
1480               alignment
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1484               entries where more chains exist in the PDB accession than
1485               are reported in the SIFTS file
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1489               the structure view when displayed with Chimera
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1493               panel's View->Show Chains submenu
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1497               work for wrapped alignment views
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1501               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1505               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1506               first annotation row
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1510               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1514               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1515             </li>
1516             <!-- JAL-2319 -->
1517             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1518             coordindate data
1519             </li>
1520           </ul>
1521           <!--           <em>New Known Issues</em>
1522           <ul>
1523             <li></li>
1524           </ul> -->
1525         </div>
1526       </td>
1527     </tr>
1528     <td width="60" nowrap>
1529       <div align="center">
1530         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1531           <em>25/10/2016</em></strong>
1532       </div>
1533     </td>
1534     <td><em>Application</em>
1535       <ul>
1536         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1537           view if structures already loaded</li>
1538         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1539           structure views</li>
1540       </ul></td>
1541     <td>
1542       <div align="left">
1543         <em>General</em>
1544         <ul>
1545           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1546             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1547           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1548             example sequences/projects/trees</li>
1549         </ul>
1550         <em>Application</em>
1551         <ul>
1552           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1553             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1554           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1555             without timeout for structures with multiple models or
1556             multiple sequences in alignment</li>
1557           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1558             PDB ID HEADER line</li>
1559           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1560             is performed</li>
1561           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1562             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1563           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1564           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1565             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1566             option</li>
1567           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1568             is created on the alignment</li>
1569           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1570             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1571             pop-up menu</li>
1572         </ul>
1573         <em>Build and deployment</em>
1574         <ul>
1575           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1576             tags</li>
1577         </ul>
1578         <em>New Known Issues</em>
1579         <ul>
1580           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1581             on Windows</li>
1582         </ul>
1583       </div>
1584     </td>
1585     </tr>
1586     <tr>
1587       <td width="60" nowrap>
1588         <div align="center">
1589           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1590         </div>
1591       </td>
1592       <td><em>General</em>
1593         <ul>
1594           <li>
1595             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1596           </li>
1597           <li>
1598             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1599             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1600             better PDB parsing.
1601           </li>
1602           <li>
1603             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1604             reference sequence
1605           </li>
1606           <li>
1607             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1608             mousing over sequence associated annotation
1609           </li>
1610           <li>
1611             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1612             for manual entry
1613           </li>
1614           <li>
1615             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1616             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1617             for each column
1618           </li>
1619           <li>
1620             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1621             showing or hiding columns containing a feature
1622           </li>
1623           <li>
1624             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1625             group and sequence associated annotation labels
1626           </li>
1627           <li>
1628             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1629             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1630             dialogs
1631           </li>
1632
1633         </ul> <em>Application</em>
1634         <ul>
1635           <li>
1636             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1637             gene/transcript view
1638           </li>
1639           <li>
1640             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1641             dialog
1642           </li>
1643           <li>
1644             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1645             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1646           </li>
1647           <li>
1648             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1649             Pfam sources to xfam.org
1650           </li>
1651           <li>
1652             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1653           </li>
1654           <li>
1655             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1656             over sequences in Jalview
1657           </li>
1658           <li>
1659             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1660             regions in ENA and EMBL
1661           </li>
1662           <li>
1663             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1664             for record retrieval via ENA rest API
1665           </li>
1666           <li>
1667             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1668             complement operator
1669           </li>
1670           <li>
1671             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1672             groovy script execution
1673           </li>
1674           <li>
1675             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1676             alignment window's Calculate menu
1677           </li>
1678           <li>
1679             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1680             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1681           </li>
1682           <li>
1683             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1684             calculation workers from groovy scripts
1685           </li>
1686           <li>
1687             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1688             Jalview projects
1689           </li>
1690           <li>
1691             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1692             associations are now saved/restored from project
1693           </li>
1694           <li>
1695             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1696             before sequence fetcher is opened
1697           </li>
1698           <li>
1699             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1700             database chooser opens a sequence fetcher
1701           </li>
1702           <li>
1703             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1704             the UniProt REST API
1705           </li>
1706           <li>
1707             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1708             the news reader opening
1709           </li>
1710           <li>
1711             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1712             querying stored in preferences
1713           </li>
1714           <li>
1715             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1716             search results
1717           </li>
1718           <li>
1719             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1720           </li>
1721           <li>
1722             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1723             menu for nucleotide sequences
1724           </li>
1725           <li>
1726             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1727             and feature counts preserves alignment ordering (and
1728             debugged for complex feature sets).
1729           </li>
1730           <li>
1731             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1732             viewing structures with Jalview 2.10
1733           </li>
1734           <li>
1735             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1736             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1737             Ensembl Genomes REST API
1738           </li>
1739           <li>
1740             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1741             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1742             (Ensembl)
1743           </li>
1744           <li>
1745             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1746             sequences
1747           </li>
1748           <li>
1749             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1750             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1751             data from external database records.
1752           </li>
1753           <li>
1754             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1755             efficient recovery of sequence coding and alignment
1756             annotation relationships.
1757           </li>
1758         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1759         <ul>
1760           <li>
1761             -- JAL---
1762           </li>
1763         </ul> --></td>
1764       <td>
1765         <div align="left">
1766           <em>General</em>
1767           <ul>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1770               menu on OSX
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1774               includes graduated colourschemes
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1778               working with big alignments and lots of hidden columns
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1782               at right of alignment window
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1786               contents
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1790               for DNA alignments
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1794               based tree calculation
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1798               unconserved enabled for group on alignment
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1802               set as reference
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1806               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1807               annotation
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1811               hidden columns present
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1815               user created annotation added to alignment
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1819               '()' base pair annotation
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1823               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1824               Consensus
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1828               feature not working
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1832               beginning of sequence
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1836               entry 3a6s
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1840               from a tree when t-coffee scores are shown
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1844               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1848               some structures
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1852               to Clustal, PIR and PileUp output
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1856               not visible causes alignment window to repaint
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1860               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1861               scores associated with features and annotation rows
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1865               calculation should be case independent
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1869               columns
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1873               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1874               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1878               problems when reference sequence defined and 'show
1879               non-conserved' enabled
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1883               load even when Consensus calculation is disabled
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1887               alignment does nothing
1888             </li>
1889           </ul>
1890           <em>Application</em>
1891           <ul>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1894               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1895               yet fixed for El Capitan)
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1899               output when running on non-gb/us i18n platforms
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1903               hidden sequences as flat-file alignment
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1907               launching Chimera
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1911               (also hotfix for 2.9.0b2)
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1915               reference sequence defined
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1919               alignments and views when revealing hidden columns
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1923               view in a cDNA/Protein splitframe
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1927               sequence from project when only one sequence is
1928               represented
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1932               in Structure Chooser
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1936               structure consensus didn't refresh annotation panel
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1940               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1944               dialogs format columns correctly, don't display array
1945               data, sort columns according to type
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1949               file chooser is cancelled during an image export
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1953               sequence name containing special characters
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1957               case insensitive
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1961               formatting don't wrap
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1965               truncated so L looks like I in consensus annotation
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1969               currently displayed features for the current selection or
1970               view
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1974               after fetching cross-references, and restoring from
1975               project
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1979               followed in the structure viewer
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1983               splitframe not restored from project
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1987               trailing end of protein alignment in transcript/product
1988               splitview when pad-gaps not enabled by default
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1992               is case dependent
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1996               article has been read (reopened issue due to
1997               internationalisation problems)
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2001               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2002               cross-references
2003             </li>
2004
2005             <li>
2006               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2007               alignment as HTML
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2011               multiple structures are shown for one or more sequences.
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2015               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2016               is enabled.
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2020               specific PDB id for sequence
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2024               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2025               columns' is disabled.
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2029               selects lowest rather than highest resolution structures
2030               for each sequence
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2034               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2038               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2042               after clicking on it to create new annotation for a
2043               column.
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2047               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2048             </li>
2049             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2050             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2051           </ul>
2052           <em>Applet</em>
2053           <ul>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2056               hidden columns present before start of sequence
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2060               (JSON jars)
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2064               sequences are hidden in applet
2065             </li>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2068               deployment on examples pages.
2069             </li>
2070           </ul>
2071         </div>
2072       </td>
2073     </tr>
2074     <tr>
2075       <td width="60" nowrap>
2076         <div align="center">
2077           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2078             <em>16/10/2015</em></strong>
2079         </div>
2080       </td>
2081       <td><em>General</em>
2082         <ul>
2083           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2084             jars</li>
2085         </ul></td>
2086       <td>
2087         <div align="left">
2088           <em>Application</em>
2089           <ul>
2090             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2091               shown when tree is partitioned</li>
2092             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2093               multiple cDNA/Protein split views</li>
2094           </ul>
2095         </div>
2096       </td>
2097     </tr>
2098     <tr>
2099       <td width="60" nowrap>
2100         <div align="center">
2101           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2102             <em>8/10/2015</em></strong>
2103         </div>
2104       </td>
2105       <td><em>General</em>
2106         <ul>
2107           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2108             2.9</li>
2109         </ul> <em>Application</em>
2110         <ul>
2111           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2112           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2113           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2114         </ul> <em>Applet</em>
2115         <ul>
2116           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2117         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2118         <ul>
2119           <li>
2120             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2121             suite
2122           </li>
2123         </ul></td>
2124       <td>
2125         <div align="left">
2126           <em>General</em>
2127           <ul>
2128             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2129               incorrect when sequence start > 1</li>
2130             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2131               documentation</li>
2132             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2133             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2134               loading a features file containing HTML tags in feature
2135               description</li>
2136
2137           </ul>
2138           <em>Application</em>
2139           <ul>
2140             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2141               reimport</li>
2142             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2143               with 'trim retrieved sequences'</li>
2144             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2145               deleting selected columns</li>
2146             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2147               JNLP templates for webstart launch</li>
2148             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2149               unreleased structures for download or viewing</li>
2150             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2151               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2152             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2153               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2154             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2155               recovered from jalview project</li>
2156             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2157               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2158               alignment view</li>
2159             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2160               color schemes from BioJSON</li>
2161           </ul>
2162           <em>Applet</em>
2163           <ul>
2164             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2165               frame</li>
2166             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2167           </ul>
2168         </div>
2169       </td>
2170     </tr>
2171     <tr>
2172       <td><div align="center">
2173           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2174         </div></td>
2175       <td><em>General</em>
2176         <ul>
2177           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2178             alignments:
2179             <ul>
2180               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2181                 and DNA alignment views</li>
2182               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2183                 cDNA alignment views</li>
2184               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2185                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2186               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2187                 protein sequences</li>
2188             </ul>
2189           </li>
2190           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2191           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2192             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2193           <li>New alignment annotation file statements for
2194             reference sequences and marking hidden columns</li>
2195           <li>Reference sequence based alignment shading to
2196             highlight variation</li>
2197           <li>Select or hide columns according to alignment
2198             annotation</li>
2199           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2200           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2201             acid conservation row</li>
2202           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2203         </ul> <em>Application</em>
2204         <ul>
2205           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2206             <ul>
2207               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2208                 view with cDNA/Protein</li>
2209               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2210                 sequences are placed in the same alignment</li>
2211               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2212                 projects</li>
2213             </ul>
2214           </li>
2215
2216           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2217           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2218             Jalview windows</li>
2219
2220           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2221           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2222           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2223             be shown in VARNA</li>
2224
2225           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2226             as the active selected region</li>
2227
2228           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2229             similarity</li>
2230           <li>New Export options
2231             <ul>
2232               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2233                 region export in flat file generation</li>
2234
2235               <li>Export alignment views for display with the <a
2236                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2237
2238               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2239               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2240                 alignment figures to HTML</li>
2241           </li>
2242           <li>3D structure retrieval and display
2243             <ul>
2244               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2245                 Search API</li>
2246               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2247                 PDB structures for a sequence set</li>
2248             </ul>
2249           </li>
2250
2251           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2252             predictions</li>
2253           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2254             for one or a group of sequences</li>
2255           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2256             from the JPred4 web server</li>
2257           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2258             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2259             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2260           </li>
2261           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2262             VARNA 2D Structure'</li>
2263           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2264             Structure ..."</li>
2265
2266         </ul> <em>Applet</em>
2267         <ul>
2268           <li>New layout for applet example pages</li>
2269           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2270             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2271           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2272             Protein alignments</li>
2273         </ul> <em>Development and deployment</em>
2274         <ul>
2275           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2276           <li>Include installation type and git revision in build
2277             properties and console log output</li>
2278           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2279             storing BioJsMSA Templates</li>
2280           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2281         </ul></td>
2282       <td>
2283         <!-- <em>General</em>
2284         <ul>
2285         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2286         <ul>
2287           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2288           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2289           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2290             predictions are not highlighted in amber</li>
2291           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2292             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2293           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2294             associated structure views</li>
2295           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2296             width checkbox not enabled</li>
2297           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2298             creating user defined colours</li>
2299           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2300             mappings for just that viewer's sequences</li>
2301           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2302             multiple models in Chimera</li>
2303           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2304             over Jmol structure</li>
2305           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2306             output to text box</li>
2307           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2308             have incorrect sequence start/end</li>
2309           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2310             Jalview fails</li>
2311           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2312             work for nucleotide</li>
2313           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2314             to a grey/invisible alignment window</li>
2315           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2316             imports to different position</li>
2317           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2318             on some platforms</li>
2319           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2320             populated</li>
2321           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2322             console if Chimera has been opened</li>
2323           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2324           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2325             retrieved</li>
2326           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2327           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2328             either sequence shows on first structure</li>
2329           <li>'Show annotations' options should not make
2330             non-positional annotations visible</li>
2331           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2332             in right place after 'view flanking regions'</li>
2333           <li>File Save As type unset when current file format is
2334             unknown</li>
2335           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2336             projects</li>
2337           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2338             responsive</li>
2339           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2340             several views on same alignment</li>
2341           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2342           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2343             spaces</li>
2344         </ul> <em>Applet</em>
2345         <ul>
2346           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2347           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2348             descriptions containing angle brackets</li>
2349         </ul> <em>General</em>
2350         <ul>
2351           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2352             via jalview annotation file</li>
2353           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2354             with RNA secondary structure</li>
2355           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2356             translation doesn't work.</li>
2357           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2358           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2359             positions</li>
2360           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2361             choosing 1pt font</li>
2362           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2363             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2364             'h'</li>
2365           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2366             new feature</li>
2367           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2368             order dependent</li>
2369           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2370             sequences</li>
2371           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2372         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2373         <ul>
2374           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2375             www.jalview.org</li>
2376         </ul> <em>Application Known issues</em>
2377         <ul>
2378           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2379           <li>Misleading message appears after trying to delete
2380             solid column.</li>
2381           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2382             version launches</li>
2383           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2384             fails with a sequence mismatch</li>
2385           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2386             scrolling alignment to right</li>
2387           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2388             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2389           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2390             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2391           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2392             ultra-high resolution</li>
2393           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2394             quality and conservation</li>
2395           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2396             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2397         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2398         <ul>
2399           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2400           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2401             window is being resized</li>
2402
2403         </ul>
2404       </td>
2405     </tr>
2406     <tr>
2407       <td><div align="center">
2408           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2409         </div></td>
2410       <td><em>General</em>
2411         <ul>
2412           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2413             Certum.PL.</li>
2414           <li>Features and annotation preserved when performing
2415             pairwise alignment</li>
2416           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2417             imported/exported/displayed</li>
2418           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2419             protein secondary structure</li>
2420           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2421               post-hoc with 2.9 release</em>)
2422           </li>
2423
2424         </ul> <em>Application</em>
2425         <ul>
2426           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2427             with 3D structures</li>
2428           <li>Support for parsing RNAML</li>
2429           <li>Annotations menu for layout
2430             <ul>
2431               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2432               <li>place sequence annotation above/below alignment
2433                 annotation</li>
2434             </ul>
2435           <li>Output in Stockholm format</li>
2436           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2437             translation</li>
2438           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2439           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2440             shared between alignments</li>
2441           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2442             Jalview</li>
2443           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2444             all or current selection</li>
2445           <li>disorder and secondary structure predictions
2446             available as dataset annotation</li>
2447           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2448
2449
2450           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2451             alignments from Rfam</li>
2452           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2453
2454           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2455             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2456           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2457           <li>include installation type in build properties and
2458             console log output</li>
2459           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2460             annotation</li>
2461         </ul></td>
2462       <td>
2463         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2464         <ul>
2465           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2466             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2467           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2468             alignment</li>
2469           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2470           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2471           <li>Double click on sequence associated annotation
2472             selects only first column</li>
2473           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2474             leaves shown in tree</li>
2475           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2476             properly</li>
2477           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2478           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2479             screen and buttons not visible</li>
2480           <li>author list isn't updated if already written to
2481             Jalview properties</li>
2482           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2483             from database</li>
2484           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2485           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2486             browser search window</li>
2487           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2488             in feature settings dialog</li>
2489           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2490             desktop</li>
2491           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2492             pass validation</li>
2493           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2494             fit on screen</li>
2495           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2496             tooltip</li>
2497           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2498             defined user preset</li>
2499           <li>MSA web services warns user if they were launched
2500             with invalid input</li>
2501           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2502             Java 8</li>
2503           <li>
2504             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2505             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2506             created
2507           </li>
2508
2509         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2510         <ul>
2511         </ul> <em>General</em>
2512         <ul>
2513         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2514         <ul>
2515           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2516             memory allocation</li>
2517           <li>launchApp service doesn't automatically open
2518             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2519           <li>
2520             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2521             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2522             1.7_055 is available
2523           </li>
2524         </ul> <em>Application Known issues</em>
2525         <ul>
2526           <li>
2527             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2528             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2529             alignment to right
2530           </li>
2531           <li>
2532             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2533             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2534             with large number of ID
2535           </li>
2536           <li>
2537             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2538             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2539             start/end
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2543             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2544             structure tracks are rearranged
2545           </li>
2546           <li>
2547             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2548             invalid rna structure positional highlighting does not
2549             highlight position of invalid base pairs
2550           </li>
2551           <li>
2552             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2553             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2554             project from alignment window file menu
2555           </li>
2556           <li>
2557             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2558             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2559             structures
2560           </li>
2561           <li>
2562             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2563             colour by RNA Helices not enabled when user created
2564             annotation added to alignment
2565           </li>
2566           <li>
2567             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2568             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2569           </li>
2570         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2571         <ul>
2572           <li>
2573             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2574             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2575           </li>
2576           <li>
2577             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2578             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2579           </li>
2580
2581           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2582             when selected</li>
2583         </ul>
2584       </td>
2585     </tr>
2586     <tr>
2587       <td><div align="center">
2588           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2589         </div></td>
2590       <td>
2591         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2592         <em>General</em>
2593         <ul>
2594           <li>Internationalisation of user interface (usually
2595             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2596           <li>Define/Undefine group on current selection with
2597             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2598           <li>Improved group creation/removal options in
2599             alignment/sequence Popup menu</li>
2600           <li>Sensible precision for symbol distribution
2601             percentages shown in logo tooltip.</li>
2602           <li>Annotation panel height set according to amount of
2603             annotation when alignment first opened</li>
2604         </ul> <em>Application</em>
2605         <ul>
2606           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2607             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2608           <li>Select columns containing particular features from
2609             Feature Settings dialog</li>
2610           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2611             sequences</li>
2612           <li>Update Jalview project format:
2613             <ul>
2614               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2615               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2616                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2617               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2618                 colouring</li>
2619             </ul>
2620           </li>
2621           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2622             (PAM250)</li>
2623           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2624             flanking regions for an alignment</li>
2625         </ul>
2626       </td>
2627       <td>
2628         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2629         <ul>
2630           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2631             running after job is cancelled</li>
2632           <li>cannot export features from alignments imported from
2633             Jalview/VAMSAS projects</li>
2634           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2635             float values</li>
2636           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2637             have 'display all symbols' flag set</li>
2638           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2639             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2640           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2641             Jalview</li>
2642           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2643             Lion/Webstart</li>
2644           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2645           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2646           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2647             alignment onto desktop</li>
2648           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2649             'extract scores' function</li>
2650           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2651             alignment window</li>
2652           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2653             performing IUPred disorder prediction</li>
2654           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2655             changing 'normalise logo' display setting</li>
2656           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2657             nothing matches query</li>
2658           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2659             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2660           </li>
2661           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2662             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2663           </li>
2664           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2665             Jalview's menu</li>
2666           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2667             'invalid literal/length code'</li>
2668           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2669             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2670           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2671             colourscheme</li>
2672
2673         </ul> <em>Applet</em>
2674         <ul>
2675           <li>Remove group option is shown even when selection is
2676             not a group</li>
2677           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2678             don't affect groups</li>
2679           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2680             colourscheme name</li>
2681           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2682             Annotation panel is not displayed</li>
2683           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2684             embedded windows</li>
2685         </ul> <em>Other</em>
2686         <ul>
2687           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2688             single sequence were not calculated</li>
2689           <li>annotation files that contain only groups imported as
2690             annotation and junk sequences</li>
2691           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2692             recognised as PFAM or BLC</li>
2693           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2694             doesn't affect background (2.8.0b1)
2695           <li></li>
2696           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2697           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2698             trailing gaps</li>
2699           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2700             registered correctly on import</li>
2701           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2702             certain alignments</li>
2703           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2704             existing annotation based 'use original colours'
2705             colourscheme loses original colours setting</li>
2706         </ul>
2707       </td>
2708     </tr>
2709     <tr>
2710       <td><div align="center">
2711           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2712             <em>30/1/2014</em></strong>
2713         </div></td>
2714       <td>
2715         <ul>
2716           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2717             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2718             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2719             open source project).
2720           </li>
2721           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2722           <li>Output in Stockholm format</li>
2723           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2724           <li>Export/import group and sequence associated line
2725             graph thresholds</li>
2726           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2727             ambiguity codes</li>
2728           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2729             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2730             works</li>
2731           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2732         </ul> <em>Other improvements</em>
2733         <ul>
2734           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2735           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2736             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2737           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2738             files</li>
2739           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2740           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2741             link but no description</li>
2742           <li>Select primary source when selecting authority in
2743             database fetcher GUI</li>
2744           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2745             Jalview</li>
2746           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2747         </ul>
2748       </td>
2749       <td>
2750         <ul>
2751           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2752             displayed</li>
2753           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2754             secondary structure annotation line</li>
2755           <li>Sequence database accessions not imported when
2756             fetching alignments from Rfam</li>
2757           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2758             identical IDs</li>
2759           <li>View all structures does not always superpose
2760             structures</li>
2761           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2762             reflect user or preset settings</li>
2763           <li>Null pointer exceptions for some services without
2764             presets or adjustable parameters</li>
2765           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2766             discover PDB xRefs</li>
2767           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2768             features with DAS</li>
2769           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2770             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2771           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2772             residue follows a gap</li>
2773           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2774             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2775           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2776             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2777           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2778             annotation already exists on alignment</li>
2779           <li>oninit javascript function should be called after
2780             initialisation completes</li>
2781           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2782             alignment window display</li>
2783           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2784           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2785             to annotation file</li>
2786           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2787             groups created</li>
2788           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2789             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2790           <li>Pressing return several times causes Number Format
2791             exceptions in keyboard mode</li>
2792           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2793             correct partitions for input data</li>
2794           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2795           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2796           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2797           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2798             mode</li>
2799           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2800             changes one row&#39;s threshold</li>
2801           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2802             doesn&#39;t open</li>
2803           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2804             quality histograms</li>
2805         </ul>
2806       </td>
2807     </tr>
2808     <tr>
2809       <td><div align="center">
2810           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2811         </div></td>
2812       <td><em>Application</em>
2813         <ul>
2814           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2815             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2816           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2817             preferences</li>
2818           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2819             in Jalview alignment window</li>
2820           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2821             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2822           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2823             RNA and ambiguity codes</li>
2824
2825           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2826           <li>Support fetching and database reference look up
2827             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2828             refs')</li>
2829           <li>Jalview project improvements
2830             <ul>
2831               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2832                 flag for annotation</li>
2833               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2834                 alignment</li>
2835               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2836                 Jalview project</li>
2837
2838             </ul>
2839           </li>
2840           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2841           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2842             running</li>
2843           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2844           <li>visual indication that web service results are still
2845             being retrieved from server</li>
2846           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2847             starts up for first time</li>
2848           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2849             services</li>
2850           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2851             client library</li>
2852           <li>Examples directory and Groovy library included in
2853             InstallAnywhere distribution</li>
2854         </ul> <em>Applet</em>
2855         <ul>
2856           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2857             visualization applet example</li>
2858         </ul> <em>General</em>
2859         <ul>
2860           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2861           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2862             defaults</li>
2863           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2864             calculation</li>
2865           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2866             matrices
2867           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2868             in HTML</li>
2869           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2870             structure contacts</li>
2871           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2872           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2873           <li>Parse sequence associated secondary structure
2874             information in Stockholm files</li>
2875           <li>HTML Export database accessions and annotation
2876             information presented in tooltip for sequences</li>
2877           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2878             style RNA alignment files</li>
2879           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2880             alignment</li>
2881           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2882             shade each sequence according to its associated alignment
2883             annotation</li>
2884           <li>New Jalview Logo</li>
2885         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2886         <ul>
2887           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2888           <li>New Website!</li>
2889         </ul></td>
2890       <td><em>Application</em>
2891         <ul>
2892           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2893             wsdbfetch REST service</li>
2894           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2895           <li>Filetype associations not installed for webstart
2896             launch</li>
2897           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2898             job execution in full once it is complete</li>
2899           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2900             uploaded via ali_file parameter</li>
2901           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2902           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2903           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2904             submitted for prediction</li>
2905           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2906             desktop window</li>
2907           <li>Putting fractional value into integer text box in
2908             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2909           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2910             windows 7</li>
2911           <li>View all structures fails with exception shown in
2912             structure view</li>
2913           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2914             escaped in a platform independent way</li>
2915           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2916             using proxy</li>
2917           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2918             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2919           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2920             failure when java web start temporary file caching is
2921             disabled</li>
2922           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2923             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2924           <li>Errors during processing of command line arguments
2925             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2926           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2927             DAS sources in sequence fetcher</li>
2928           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2929             dialog is shown</li>
2930           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2931           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2932           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2933           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2934             on OSX Mountain Lion</li>
2935           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2936             sequences with alignment annotation are pasted into the
2937             alignment</li>
2938           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2939             when loaded from Jalview project</li>
2940           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2941           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2942             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2943           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2944             associated with all views</li>
2945           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2946             annotation rows to new window</li>
2947         </ul> <em>Applet</em>
2948         <ul>
2949           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2950             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2951           <li>loading features via javascript API automatically
2952             enables feature display</li>
2953           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2954             work</li>
2955         </ul> <em>General</em>
2956         <ul>
2957           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2958           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2959             and then deselected</li>
2960           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2961           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2962             coloured with clustalx</li>
2963           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2964             exceptions and redraw errors</li>
2965           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2966             reconfigured view</li>
2967           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2968             colour</li>
2969           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2970             for lots of labels</li>
2971         </ul>
2972     </tr>
2973     <tr>
2974       <td>
2975         <div align="center">
2976           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2977         </div>
2978       </td>
2979       <td><em>Application</em>
2980         <ul>
2981           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2982           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2983           <li>View/alignment association menu to enable user to
2984             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2985             its colours/correspondences from</li>
2986           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2987           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2988             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2989           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2990           <li>Annotation row column label formatting attributes
2991             stored in project file</li>
2992           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2993             rows preserved in Jalview project file</li>
2994           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2995             saved using Desktop window menu</li>
2996           <li>Visual indication that command line arguments are
2997             still being processed</li>
2998           <li>Groovy script execution from URL</li>
2999           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3000             preferences</li>
3001           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3002             alignment with sequences that have high similarity and
3003             matching IDs</li>
3004           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3005           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3006             structures in same window</li>
3007           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3008           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3009             analysis function in its own submenu</li>
3010         </ul> <em>Applet</em>
3011         <ul>
3012           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3013             groups</li>
3014           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3015           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3016           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3017           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3018           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3019             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3020           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3021           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3022             parameters are treated as such</li>
3023           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3024             <ul>
3025               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3026               <li>Javascript callbacks for
3027                 <ul>
3028                   <li>Applet initialisation</li>
3029                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3030                 </ul>
3031               </li>
3032               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3033                 functions</li>
3034               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3035               <li>javascript structure viewer harness to pass
3036                 messages between Jmol and Jalview when running as
3037                 distinct applets</li>
3038               <li>sortBy method</li>
3039               <li>Set of applet and application examples shipped
3040                 with documentation</li>
3041               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3042                 javascript message exchange</li>
3043             </ul>
3044         </ul> <em>General</em>
3045         <ul>
3046           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3047             multiple alignments</li>
3048           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3049           <li>User configurable link to enable redirects to a
3050             www.Jalview.org mirror</li>
3051           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3052           <li>Configurable newline string when writing alignment
3053             and other flat files</li>
3054           <li>Allow alignment annotation description lines to
3055             contain html tags</li>
3056         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3057         <ul>
3058           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3059             examples</li>
3060           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3061             using a web service before displaying the result in the
3062             Jalview desktop</li>
3063           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3064           <li>Ant target to publish example html files with applet
3065             archive</li>
3066           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3067           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3068         </ul></td>
3069       <td><em>Application</em>
3070         <ul>
3071           <li>User defined colourscheme throws exception when
3072             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3073           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3074             dialog for valid filename/format</li>
3075           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3076           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3077             P37173</li>
3078           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3079             which sequence is to be associated with the file</li>
3080           <li>Find All raises null pointer exception when query
3081             only matches sequence IDs</li>
3082           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3083           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3084             2.4 cannot be loaded</li>
3085           <li>Filetype associations not installed for webstart
3086             launch</li>
3087           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3088             with sequences in different alignments do not get coloured
3089             by their associated sequence</li>
3090           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3091             not preserved when project is loaded</li>
3092           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3093             stored in Jalview project</li>
3094           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3095             Jalview project</li>
3096           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3097           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3098             by conservation</li>
3099           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3100             created on new view</li>
3101           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3102             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3103           <li>Alignment quality not updated after alignment
3104             annotation row is hidden then shown</li>
3105           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3106             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3107           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3108             properly</li>
3109           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3110             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3111           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3112           <li>Structures imported from file and saved in project
3113             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3114           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3115             job execution in full once it is complete</li>
3116         </ul> <em>Applet</em>
3117         <ul>
3118           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3119             annotation rows are displayed</li>
3120           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3121             codebase</li>
3122           <li>View follows highlighting does not work for positions
3123             in sequences</li>
3124           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3125           <li>Export features raises exception when no features
3126             exist</li>
3127           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3128             for javascript api is modified when separator string
3129             provided as parameter</li>
3130           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3131             alignment with no existing selection</li>
3132           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3133             to applet&#39;s codebase</li>
3134           <li>Status bar not updated after finished searching and
3135             search wraps around to first result</li>
3136           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3137             several Jalview applets causes race conditions and memory
3138             leaks</li>
3139           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3140             not sent from Jmol in applet</li>
3141           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3142             applet API fatally hang browser</li>
3143         </ul> <em>General</em>
3144         <ul>
3145           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3146             position with wrapped view and hidden regions</li>
3147           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3148             with/without hidden columns</li>
3149           <li>Sequence length given in alignment properties window
3150             is off by 1</li>
3151           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3152             import PDB like structure files</li>
3153           <li>Positional search results are only highlighted
3154             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3155           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3156           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3157             given sequence position</li>
3158           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3159             output</li>
3160           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3161             from nucleotide chains correctly</li>
3162           <li>Structure colours not updated when tree partition
3163             changed in alignment</li>
3164           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3165             parsed in interleaved stockholm</li>
3166           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3167             state</li>
3168           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3169             properly</li>
3170           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3171             properly associated with their pdb files</li>
3172         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3173         <ul>
3174           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3175             ApplyCopyright tool</li>
3176         </ul></td>
3177     </tr>
3178     <tr>
3179       <td>
3180         <div align="center">
3181           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3182         </div>
3183       </td>
3184       <td><em>Application</em>
3185         <ul>
3186           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3187             contact web services</li>
3188           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3189             service job window</li>
3190           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3191         </ul></td>
3192       <td>
3193         <ul>
3194           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3195             pir file emitted by Jalview</li>
3196           <li>Existing feature settings transferred to new
3197             alignment view created from cut'n'paste</li>
3198           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3199             parsing PDB files</li>
3200           <li>Consensus and conservation annotation rows
3201             occasionally become blank for all new windows</li>
3202           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3203             in wrapped view mode</li>
3204         </ul> <em>Application</em>
3205         <ul>
3206           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3207             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3208           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3209             parameter names</li>
3210           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3211             is down</li>
3212         </ul>
3213       </td>
3214     </tr>
3215     <tr>
3216       <td>
3217         <div align="center">
3218           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3219         </div>
3220       </td>
3221       <td><em>Application</em>
3222         <ul>
3223           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3224             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3225             (JABAWS)
3226           </li>
3227           <li>Web Services preference tab</li>
3228           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3229             preferences</li>
3230           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3231           <li>Superpose structures using associated sequence
3232             alignment</li>
3233           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3234             viewer</li>
3235         </ul> <em>Applet</em>
3236         <ul>
3237           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3238             link out mechanism</li>
3239         </ul> <em>Other</em>
3240         <ul>
3241           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3242             series 12</li>
3243           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3244             require Java 1.5</li>
3245           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3246             sequence annotation files</li>
3247           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3248             type colour specification</li>
3249           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3250             script to check if it being run in an interactive session or
3251             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3252         </ul></td>
3253       <td>
3254         <ul>
3255           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3256             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3257         </ul> <em>Application</em>
3258         <ul>
3259           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3260             selected Regions menu item</li>
3261           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3262             part of a valid accession ID</li>
3263           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3264             runs out of memory</li>
3265           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3266             analysis results</li>
3267           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3268             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3269           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3270         </ul> <em>Applet</em>
3271         <ul>
3272           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3273             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3274             defined.</li>
3275         </ul>
3276       </td>
3277     </tr>
3278     <tr>
3279       <td>
3280         <div align="center">
3281           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3282         </div>
3283       </td>
3284       <td></td>
3285       <td>
3286         <ul>
3287           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3288             sequence IDs</li>
3289           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3290             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3291           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3292             import correctly</li>
3293           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3294             number of columns are hidden</li>
3295           <li>annotation label popup menu not providing correct
3296             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3297             present</li>
3298           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3299             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3300           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3301             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3302
3303         </ul> <em>Applet</em>
3304         <ul>
3305           <li>annotation panel disappears when annotation is
3306             hidden/removed</li>
3307         </ul> <em>Application</em>
3308         <ul>
3309           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3310             alignment opened where annotation panel is visible but no
3311             annotations are present on alignment</li>
3312           <li>pasted region containing hidden columns is
3313             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3314           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3315             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3316           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3317             selected Rregions menu item.</li>
3318           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3319             'Un' or 'Non'conserved</li>
3320           <li>Sequence feature settings are being shared by
3321             multiple distinct alignments</li>
3322           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3323             changed</li>
3324           <li>double click on group annotation to select sequences
3325             does not propagate to associated trees</li>
3326           <li>Mac OSX specific issues:
3327             <ul>
3328               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3329                 window background</li>
3330               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3331                 name set correctly</li>
3332               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3333                 save feature colourscheme button</li>
3334             </ul>
3335           </li>
3336         </ul>
3337       </td>
3338     </tr>
3339     <tr>
3340
3341       <td>
3342         <div align="center">
3343           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3344         </div>
3345       </td>
3346       <td><em>New Capabilities</em>
3347         <ul>
3348           <li>URL links generated from description line for
3349             regular-expression based URL links (applet and application)
3350
3351           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3352             menu</li>
3353           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3354             structures</li>
3355           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3356             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3357           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3358             average score or total feature count for each sequence.</li>
3359           <li>Shading features by score or associated description</li>
3360           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3361             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3362           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3363             hide everything but the currently selected region.</li>
3364           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3365         </ul> <em>Application</em>
3366         <ul>
3367           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3368             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3369           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3370             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3371           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3372             database references and protein_name is parsed as
3373             description line (BioSapiens terms).</li>
3374           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3375             references in sequence ID tooltip from View menu in
3376             application.</li>
3377           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3378       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3379           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3380             conservation plots</li>
3381           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3382             and visualized as sequence logos</li>
3383           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3384             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3385           </li>
3386           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3387             when a new tree is opened.</li>
3388           <li>Jalview Java Console</li>
3389           <li>Better placement of desktop window when moving
3390             between different screens.</li>
3391           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3392             consensus annotation</li>
3393           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3394             Workflows</li>
3395           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3396             <ul>
3397               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3398                 used to preserve views, structures, and tree display
3399                 settings)</li>
3400               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3401                 command line</li>
3402               <li>Sharing of selected regions between views and
3403                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3404               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3405             </ul></li>
3406         </ul> <em>Applet</em>
3407         <ul>
3408           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3409           <li>New Parameters
3410             <ul>
3411               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3412                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3413                 opened.</li>
3414               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3415                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3416               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3417                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3418               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3419                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3420                 view</li>
3421               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3422                 increase the height or width of a cell in the alignment
3423                 grid relative to the current font size.</li>
3424             </ul>
3425           </li>
3426           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3427             tooltip</li>
3428         </ul> <em>Other</em>
3429         <ul>
3430           <li>Features format: graduated colour definitions and
3431             specification of feature scores</li>
3432           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3433             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3434             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3435           <li>XML formats extended to support graduated feature
3436             colourschemes, group associated annotation, and profile
3437             visualization settings.</li></td>
3438       <td>
3439         <ul>
3440           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3441             rather than description</li>
3442           <li>Non-positional features are now included in sequence
3443             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3444             visibility in tooltip).</li>
3445           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3446           <li>Added URL embedding instructions to features file
3447             documentation.</li>
3448           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3449             'X' in peptide product</li>
3450           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3451             sequence ID and sequence string and query strings do not
3452             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3453           <li>AMSA files only contain first column of
3454             multi-character column annotation labels</li>
3455           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3456             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3457             exported and re-imported)</li>
3458           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3459             name</li>
3460           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3461             as subsequence matches, and correctly reports total number
3462             of both.</li>
3463           <li>Application:
3464             <ul>
3465               <li>Better handling of exceptions during sequence
3466                 retrieval</li>
3467               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3468                 link text excludes the start_end suffix</li>
3469               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3470                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3471               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3472               <li>Sequence description lines properly shared via
3473                 VAMSAS</li>
3474               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3475                 data sources</li>
3476               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3477                 completes before alignment figures are generated.</li>
3478               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3479                 first time.</li>
3480               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3481                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3482               <li>User defined group colours properly recovered
3483                 from Jalview projects.</li>
3484             </ul>
3485           </li>
3486         </ul>
3487       </td>
3488
3489     </tr>
3490     <tr>
3491       <td>
3492         <div align="center">
3493           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3494         </div>
3495       </td>
3496       <td>
3497         <ul>
3498           <li>Experimental support for google analytics usage
3499             tracking.</li>
3500           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3501         </ul>
3502       </td>
3503       <td>
3504         <ul>
3505           <li>Race condition in applet preventing startup in
3506             jre1.6.0u12+.</li>
3507           <li>Exception when feature created from selection beyond
3508             length of sequence.</li>
3509           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3510           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3511             all sequences with a given id</li>
3512           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3513             ID string searches</li>
3514           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3515             alignment to fail with exception</li>
3516         </ul> <em>Application Issues</em>
3517         <ul>
3518           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3519           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3520             data sources</li>
3521         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3522         <ul>
3523           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3524             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3525           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3526             version (java class versioning error fixed)</li>
3527         </ul>
3528       </td>
3529     </tr>
3530     <tr>
3531       <td>
3532
3533         <div align="center">
3534           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3535         </div>
3536       </td>
3537       <td><em>User Interface</em>
3538         <ul>
3539           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3540             translation and protein products</li>
3541           <li>Linked highlighting of structure associated with
3542             residue mapping to codon position</li>
3543           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3544             and 'clear' button</li>
3545           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3546             Tools menu</li>
3547           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3548             numeric data in description line</li>
3549           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3550           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3551             of sequence</li>
3552         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3553         <ul>
3554           <li>JPred3 web service</li>
3555           <li>Prototype sequence search client (no public services
3556             available yet)</li>
3557           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3558             PFAM</li>
3559           <li>URL Links created for matching database cross
3560             references as well as sequence ID</li>
3561           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3562         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3563         <ul>
3564           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3565             databases</li>
3566           <li>Generalised database reference retrieval and
3567             validation to all fetchable databases</li>
3568           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3569             sequence command</li>
3570         </ul> <em>Import and Export</em>
3571         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3572         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3573           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3574         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3575           File</li>
3576         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3577           triplet as name of colourscheme</li>
3578         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3579         <ul>
3580           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3581           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3582             alignments (experimental)</li>
3583           <li>Create new or select existing session to join</li>
3584           <li>load and save of vamsas documents</li>
3585         </ul> <em>Application command line</em>
3586         <ul>
3587           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3588             from applet)</li>
3589           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3590             of DAS servers to query for alignment features</li>
3591           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3592             that are also automatically queried for features</li>
3593           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3594             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3595         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3596         <ul>
3597           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3598             application (when using &quot;View in full
3599             application&quot;)</li>
3600         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3601         <ul>
3602           <li>feature group display control parameter</li>
3603           <li>debug parameter</li>
3604           <li>showbutton parameter</li>
3605         </ul> <em>Applet API methods</em>
3606         <ul>
3607           <li>newView public method</li>
3608           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3609           <li>Feature display control methods</li>
3610           <li>get list of currently selected sequences</li>
3611         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3612         <ul>
3613           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3614           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3615             Jalview release.</li>
3616           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3617             property controls execution of obfuscator</li>
3618           <li>Build target for generating source distribution</li>
3619           <li>Debug flag for javacc</li>
3620           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3621             jalview.bin.Cache</li>
3622           <li>Continuous Build Integration for stable and
3623             development version of Application, Applet and source
3624             distribution</li>
3625         </ul></td>
3626       <td>
3627         <ul>
3628           <li>selected region output includes visible annotations
3629             (for certain formats)</li>
3630           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3631             for editing</li>
3632           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3633           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3634           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3635           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3636             comments</li>
3637           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3638             filenames containing a ':'</li>
3639           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3640             global sequence features</li>
3641           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3642             references from alignment sequences goes to zero</li>
3643           <li>Close of tree branch colour box without colour
3644             selection causes cascading exceptions</li>
3645           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3646           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3647             file parsing fails.</li>
3648           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3649           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3650             not a valid output format</li>
3651           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3652             vamsas</li>
3653           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3654           <li>error messages passed up and output when data read
3655             fails</li>
3656           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3657             sequence is edited</li>
3658           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3659             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3660           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3661             filetype</li>
3662           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3663             import fixed for PFAM records</li>
3664           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3665             window list</li>
3666           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3667             can be read and written correctly to annotation file</li>
3668           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3669             correctly</li>
3670           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3671             non-italic font for representatives in Applet</li>
3672           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3673             Macs.</li>
3674           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3675             Applet)</li>
3676           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3677             due to null pointer exceptions</li>
3678           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3679             first column of alignment</li>
3680           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3681             July 2008</li>
3682           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3683             file is case-insensitive</li>
3684           <li>Sequence features read from Features file appended to
3685             all sequences with matching IDs</li>
3686           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3687             containing a sub-sequence</li>
3688           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3689           <li>feature and annotation file applet parameters
3690             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3691           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3692           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3693             splash-screen version check to complete</li>
3694           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3695             when passing them to the launchApp service</li>
3696           <li>display name and local features preserved in results
3697             retrieved from web service</li>
3698           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3699             sequence fetcher initialisation</li>
3700           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3701             dasobert DAS client</li>
3702           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3703             association</li>
3704           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3705             sequences
3706           </li>
3707         </ul>
3708       </td>
3709     </tr>
3710     <tr>
3711       <td>
3712         <div align="center">
3713           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3714         </div>
3715       </td>
3716       <td>
3717         <ul>
3718           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3719           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3720           <li>Slide sequences</li>
3721           <li>Edit sequence in place</li>
3722           <li>EMBL CDS features</li>
3723           <li>DAS Feature mapping</li>
3724           <li>Feature ordering</li>
3725           <li>Alignment Properties</li>
3726           <li>Annotation Scores</li>
3727           <li>Sort by scores</li>
3728           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3729         </ul>
3730       </td>
3731       <td>
3732         <ul>
3733           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3734           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3735           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3736           <li>Feature group display state in XML</li>
3737           <li>Feature ordering in XML</li>
3738           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3739           <li>Stockholm alignment properties</li>
3740           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3741           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3742           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3743           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3744         </ul>
3745       </td>
3746
3747     </tr>
3748     <tr>
3749       <td>
3750         <div align="center">
3751           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3752         </div>
3753       </td>
3754       <td>
3755         <ul>
3756           <li>Non standard characters can be read and displayed
3757           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3758             applet via textbox
3759           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3760             name &amp; description
3761           <li>Preference setting to display sequence name in
3762             italics
3763           <li>Annotation file format extended to allow
3764             Sequence_groups to be defined
3765           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3766             specified in preferences
3767           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3768             sequences
3769         </ul>
3770       </td>
3771       <td>
3772         <ul>
3773           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3774             installed
3775           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3776           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3777         </ul>
3778       </td>
3779     </tr>
3780     <tr>
3781       <td>
3782         <div align="center">
3783           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3784         </div>
3785       </td>
3786       <td>
3787         <ul>
3788           <li>Multiple views on alignment
3789           <li>Sequence feature editing
3790           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3791           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3792           <li>Background dependent text colour
3793           <li>Right align sequence ids
3794           <li>User-defined lower case residue colours
3795           <li>Format Menu
3796           <li>Select Menu
3797           <li>Menu item accelerator keys
3798           <li>Control-V pastes to current alignment
3799           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3800           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3801           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3802
3803           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3804         </ul>
3805       </td>
3806       <td>
3807         <ul>
3808           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3809           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3810             calculations
3811           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3812             edits
3813           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3814             of alignment)
3815           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3816
3817           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3818             display correctly
3819           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3820           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3821             analysis results
3822           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3823             &#8739;
3824           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3825           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3826           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3827
3828         </ul>
3829       </td>
3830     </tr>
3831     <tr>
3832       <td>
3833         <div align="center">
3834           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3835         </div>
3836       </td>
3837       <td>
3838         <ul>
3839           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3840         </ul>
3841       </td>
3842       <td>
3843         <ul>
3844           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3845             sequence id panel has been resized</li>
3846           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3847             rendered</li>
3848           <li>Annotation files with sequence references - all
3849             elements in file are relative to sequence position</li>
3850           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3851         </ul>
3852       </td>
3853     </tr>
3854     <tr>
3855       <td>
3856         <div align="center">
3857           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3858         </div>
3859       </td>
3860       <td>
3861         <ul>
3862           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3863           <li>DAS Feature fetching</li>
3864           <li>Hide sequences and columns</li>
3865           <li>Export Annotations and Features</li>
3866           <li>GFF file reading / writing</li>
3867           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3868             files</li>
3869           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3870           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3871           <li>Applet can launch the full application</li>
3872           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3873             required)</li>
3874           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3875           <li>Applet can load sequences from parameter
3876             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3877           </li>
3878         </ul>
3879       </td>
3880       <td>
3881         <ul>
3882           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3883           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3884           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3885         </ul>
3886       </td>
3887     </tr>
3888     <tr>
3889       <td>
3890         <div align="center">
3891           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3892         </div>
3893       </td>
3894       <td>
3895         <ul>
3896           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3897           <li>Choose to match case when searching</li>
3898           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3899             expand the visible width and height of the alignment</li>
3900         </ul>
3901       </td>
3902       <td>
3903         <ul>
3904           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3905         </ul>
3906       </td>
3907     </tr>
3908     <tr>
3909       <td>
3910         <div align="center">
3911           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3912         </div>
3913       </td>
3914       <td>&nbsp;</td>
3915       <td>
3916         <ul>
3917           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3918           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3919             value</li>
3920         </ul>
3921       </td>
3922     </tr>
3923     <tr>
3924       <td>
3925         <div align="center">
3926           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3927         </div>
3928       </td>
3929       <td>
3930         <ul>
3931           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3932           <li>Keyboard editing</li>
3933           <li>Create sequence features from searches</li>
3934           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3935             alignments</li>
3936           <li>Features file allows grouping of features</li>
3937           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3938           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3939           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3940         </ul>
3941       </td>
3942       <td>
3943         <ul>
3944           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3945           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3946             descriptions saved.</li>
3947         </ul>
3948       </td>
3949     </tr>
3950     <tr>
3951       <td>
3952         <div align="center">
3953           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3954         </div>
3955       </td>
3956       <td>
3957         <ul>
3958           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3959           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3960           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3961             name for file output</li>
3962           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3963           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3964             used for HTML form input</li>
3965         </ul>
3966       </td>
3967       <td>
3968         <ul>
3969           <li>HTML output writes groups and features</li>
3970           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3971           <li>File IO bugs</li>
3972         </ul>
3973       </td>
3974     </tr>
3975     <tr>
3976       <td>
3977         <div align="center">
3978           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3979         </div>
3980       </td>
3981       <td>
3982         <ul>
3983           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3984           <li>More options for PCA viewer</li>
3985         </ul>
3986       </td>
3987       <td>
3988         <ul>
3989           <li>GUI bugs resolved</li>
3990           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3991         </ul>
3992       </td>
3993     </tr>
3994     <tr>
3995       <td height="63">
3996         <div align="center">
3997           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3998         </div>
3999       </td>
4000       <td>
4001         <ul>
4002           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4003           <li>Jar files are executable</li>
4004           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4005         </ul>
4006       </td>
4007       <td>
4008         <ul>
4009           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4010           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4011           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4012         </ul>
4013       </td>
4014     </tr>
4015     <tr>
4016       <td>
4017         <div align="center">
4018           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4019         </div>
4020       </td>
4021       <td>
4022         <ul>
4023           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4024         </ul>
4025       </td>
4026       <td>
4027         <ul>
4028           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4029         </ul>
4030       </td>
4031     </tr>
4032     <tr>
4033       <td>
4034         <div align="center">
4035           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4036         </div>
4037       </td>
4038       <td>
4039         <ul>
4040           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4041             size</li>
4042         </ul>
4043       </td>
4044       <td>
4045         <ul>
4046           <li>Improved JPred client reliability</li>
4047           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4048         </ul>
4049       </td>
4050     </tr>
4051     <tr>
4052       <td>
4053         <div align="center">
4054           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4055         </div>
4056       </td>
4057       <td>
4058         <ul>
4059           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4060           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4061           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4062             to Colour Menu</li>
4063           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4064           <li>Unix users can set default web browser</li>
4065           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4066           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4067         </ul>
4068       </td>
4069       <td>
4070         <ul>
4071           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4072         </ul>
4073       </td>
4074     </tr>
4075     <tr>
4076       <td>
4077         <div align="center">
4078           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4079         </div>
4080       </td>
4081       <td>&nbsp;</td>
4082       <td>
4083         <ul>
4084           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4085             alignment order.</li>
4086         </ul>
4087       </td>
4088     </tr>
4089     <tr>
4090       <td>
4091         <div align="center">
4092           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4093         </div>
4094       </td>
4095       <td>
4096         <ul>
4097           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4098           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4099           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4100             annotations.</li>
4101           <li>Version and build date written to build properties
4102             file.</li>
4103           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4104             at launch of Jalview.</li>
4105         </ul>
4106       </td>
4107       <td>
4108         <ul>
4109           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4110           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4111           <li>Can remove groups one by one.</li>
4112           <li>Filechooser icons installed.</li>
4113           <li>Finder ignores return character when searching.
4114             Return key will initiate a search.<br>
4115           </li>
4116         </ul>
4117       </td>
4118     </tr>
4119     <tr>
4120       <td>
4121         <div align="center">
4122           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4123         </div>
4124       </td>
4125       <td>
4126         <ul>
4127           <li>New codebase</li>
4128         </ul>
4129       </td>
4130       <td>&nbsp;</td>
4131     </tr>
4132   </table>
4133   <p>&nbsp;</p>
4134 </body>
4135 </html>