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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  74             <em>TBA</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
  82               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
  83               white)
  84             </li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
  87               Preferences
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
  91               in size and progress bar shown as higher resolution
  92               overview is recalculated
  93             </li>
  94
  95           </ul>
  96         </div></td>
  97       <td><div align="left">
  98           <em></em>
  99           <ul>
 100             <li>
 101               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 102               column region row by row
 103             </li>
 104             <li>
 105               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 106               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 107             </li>
 108             <li>
 109               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 110               format setting is unticked
 111             </li>
 112             <li>
 113               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 114               if group has show boxes format setting unticked
 115             </li>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 118               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 119               include sequences and columns not currently displayed
 120             </li>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 123               assemblies are imported via CIF file
 124             </li>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 127               displayed when threshold or conservation colouring is also
 128               enabled.
 129             </li>
 130           </ul>
 131         </div></td>
 132
 133     <tr>
 134       <td width="60" nowrap>
 135         <div align="center">
 136           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 137         </div>
 138       </td>
 139       <td><div align="left">
 140           <em>Calculations</em>
 141           <ul>
 142
 143             <li>
 144               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 145               ungapped positions in each column of the alignment.
 146             </li>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 149               a calculation dialog box
 150             </li>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 153               and memory efficiency (~30x faster)
 154             </li>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 157               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 158               and other calculations
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 162               files within the Jalview codebase
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 166               Similarity may have different topology due to increased
 167               precision
 168             </li>
 169           </ul>
 170           <em>Rendering</em>
 171           <ul>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 174               model for alignments and groups
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 178               scripts
 179             </li>
 180           </ul>
 181           <em>Overview</em>
 182           <ul>
 183             <li>
 184               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 185               with alignment and overview windows
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 189               overview
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 193               omitted in Overview
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 197               adjustment of visible position
 198             </li>
 199           </ul>
 200
 201           <em>Data import/export</em>
 202           <ul>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 205               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 209               annotation input/output via stockholm flatfile
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 213               extension when importing structure files without embedded
 214               names or PDB accessions
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 218               format sequence substitution matrices
 219             </li>
 220           </ul>
 221           <em>User Interface</em>
 222           <ul>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 225               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 226               the application.
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 230               via Overview or sequence motif search operations
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 234               opened by double clicking gaps within sequence feature
 235               extent
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 239               aligned positions were available to create a 3D structure
 240               superposition.
 241             </li>
 242           </ul>
 243           <em>3D Structure</em>
 244           <ul>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 247               coloured in linked structure views
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 251               file-based command exchange
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 255               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 256               structures are already available for sequences
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 260               the Jalview project rather than downloaded again when the
 261               project is reopened.
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 265               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 266               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 267                 Feature</strong>)
 268             </li>
 269           </ul>
 270           <em>Web Services</em>
 271           <ul>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 277               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 278               Analysis services
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 282               cross-references provided by identifiers.org and the
 283               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 284             </li>
 285           </ul>
 286
 287           <em>Scripting</em>
 288           <ul>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 291               identifying file formats (instead of String constants)
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 295               efficiency when counting all displayed features (not
 296               backwards compatible with 2.10.1)
 297             </li>
 298           </ul>
 299           <em>Example files</em>
 300           <ul>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 303               included in the example feature file
 304             </li>
 305           </ul>
 306           <em>Documentation</em>
 307           <ul>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 310               with the built-in Java help viewer
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 314               sequence description' option
 315             </li>
 316           </ul>
 317           <em>Test Suite</em>
 318           <ul>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 321               Uniprot REST Free Text Search Client
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 328               during tests
 329             </li>
 330           </ul>
 331         </div></td>
 332       <td><div align="left">
 333           <em>Calculations</em>
 334           <ul>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 337               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 338               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 339             </li>
 340             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 341               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 342               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 343               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 344               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 345               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 346               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 347               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 348               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 349               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 350               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 351               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 352               // for 2.10.1 mode <br />
 353               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 354               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 355                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 356                 calculations (not recommended)</em></li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 359               scaling of branch lengths for trees computed using
 360               Sequence Feature Similarity.
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 364               generating output report when working with highly
 365               redundant alignments
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 369               right of selected region when gaps present on right-hand
 370               boundary
 371             </li>
 372           </ul>
 373           <em>User Interface</em>
 374           <ul>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 377               doesn't reselect a specific sequence's associated
 378               annotation after it was used for colouring a view
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 382               opened on a region of alignment without groups
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 386               of an alignment with overlapping groups
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 390               name and description match
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 394               hidden regions results in incorrect hidden regions
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 398               changing colour does not apply Conservation slider value
 399               to all groups
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 403               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 407               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 411               gaps before start of features
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 415               restored to UI when feature colour is edited
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 419               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 423               as graduate feature colour settings are modified via the
 424               dialog box
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 428               when a group defined on the alignment is resized
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 432               wrapped view result in positional status updates
 433             </li>
 434
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 437               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 441               alignment included gapped columns
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 445               widgets don't permanently disappear
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 449               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 450               T-Coffee column reliability scores)
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 454               sequence feature on gaps only
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 458               button from a Find inherit previously defined feature type
 459               rather than the Find query string
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 463               exporting tree calculated in Jalview
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 467               and then revealing them reorders sequences on the
 468               alignment
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 472               doesn't update to reflect available set of groups after
 473               interactively adding or modifying features
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 477               Linux
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 481               only excluded gaps in current sequence and ignored
 482               selection.
 483             </li>
 484           </ul>
 485           <em>Rendering</em>
 486           <ul>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 489               erratically when hidden rows or columns are present
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 493               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 494               sequence colouring
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 498               colour and group colour menu for protein alignments
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 502               reflect currently selected view or group's shading
 503               thresholds
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 507               when rendered on overview and structures when opacity at
 508               100%
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 512               overview when features overlaid on alignment
 513             </li>
 514           </ul>
 515           <em>Data import/export</em>
 516           <ul>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 519               load
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 523               added after a sequence was imported are not written to
 524               Stockholm File
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 528               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 532               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 536               with lightGray or darkGray via features file (but can
 537               specify lightgray)
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 541               when alignment view imported from project
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 545               structure and sequences extracted from structure files
 546               imported via URL and viewed in Jmol
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 550               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 551               the project is loaded and the structure viewed
 552             </li>
 553           </ul>
 554           <em>Web Services</em>
 555           <ul>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 558               release of Ensembl v.88
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 562               appear enabled in Preferences->Connections
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 566               removed from console output
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 570               Ensembl by Peptide ID
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 574               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 575               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 576               due to 'null' string rather than empty string used for
 577               residues with no corresponding PDB mapping).
 578             </li>
 579           </ul>
 580           <em>Application UI</em>
 581           <ul>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 584               menu
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 588               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 589               new documentation and tooltips added)
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 593               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 597               new features are added to alignment
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 601               changes to feature colours via the Amend features dialog
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 605               edit graduated feature colour via amend features dialog
 606               box
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 610               selection menu changes colours of alignment views
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 614               from alignment calculation workers after alignment has
 615               been closed
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 619               groups now 'Create Group'
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 623               Create/Undefine group doesn't always work
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 627               shown again after pressing 'Cancel'
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 631               adjusts start position in wrap mode
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 635               ambiguous amino acids
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 639               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 640               proteins
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 644               Defined' don't appear in Colours menu
 645             </li>
 646           </ul>
 647           <em>Applet</em>
 648           <ul>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 651               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 655               overview or linked structure view
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 659               work (since 2.8)
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 663               user-defined colourscheme doesn't restore original
 664               colourscheme
 665             </li>
 666           </ul>
 667           <em>Test Suite</em>
 668           <ul>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 671               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 675               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 676               problems with deep array comparison equality asserts in
 677               successive versions of TestNG
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 681               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 682             </li>
 683           </ul>
 684           <em>New Known Issues</em>
 685           <ul>
 686             <li>
 687               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 688               phase after a sequence motif find operation
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 692               containing just upper and lower case letters are
 693               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 697               reliably from eggnog Ortholog database
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 701               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 702               to mark columns containing highlighted regions.
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 706               doesn't always add secondary structure annotation.
 707             </li>
 708           </ul>
 709         </div>
 710     <tr>
 711       <td width="60" nowrap>
 712         <div align="center">
 713           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 714         </div>
 715       </td>
 716       <td><div align="left">
 717           <em>General</em>
 718           <ul>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 721               for all consensus calculations
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 725               3rd Oct 2016)
 726             </li>
 727             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 728               for 2016-2017</li>
 729           </ul>
 730           <em>Application</em>
 731           <ul>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 734               set of database cross-references, sorted alphabetically
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 738               from database cross references. Users with custom links
 739               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 740                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 744               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 745               Chimera session
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 749               the Chimera it is connected to is shut down
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 753               columns menu item to mark columns containing highlighted
 754               regions (e.g. from structure selections or results of a
 755               Find operation)
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 759               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 760               MSAviewer
 761             </li>
 762           </ul>
 763         </div></td>
 764       <td>
 765         <div align="left">
 766           <em>General</em>
 767           <ul>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 770               are not coloured or thresholded according to percent
 771               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 775               hydrophobic
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 779               threshold, amino acid properties)
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 783               reported as mapped to residues in a structure file in the
 784               View Mapping report
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 788               could be added multiple times to a sequence
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 792               bond features shown as two highlighted residues rather
 793               than a range in linked structure views, and treated
 794               correctly when selecting and computing trees from features
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 798               cross-references are matched to database name regardless
 799               of case
 800             </li>
 801
 802           </ul>
 803           <em>Application</em>
 804           <ul>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 807               names without regular expressions also offer links from
 808               Sequence ID
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 812               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 813               update Jalview configuration
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 817               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 821               files with similarly named sequences if dropped onto the
 822               alignment
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 826               entries where more chains exist in the PDB accession than
 827               are reported in the SIFTS file
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 831               the structure view when displayed with Chimera
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 835               panel's View->Show Chains submenu
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 839               work for wrapped alignment views
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 843               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 847               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 848               first annotation row
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 852               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 856               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 857             </li>
 858             <!-- JAL-2319 -->
 859             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 860             coordindate data
 861             </li>
 862           </ul>
 863           <!--           <em>New Known Issues</em>
 864           <ul>
 865             <li></li>
 866           </ul> -->
 867         </div>
 868       </td>
 869     </tr>
 870     <td width="60" nowrap>
 871       <div align="center">
 872         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 873           <em>25/10/2016</em></strong>
 874       </div>
 875     </td>
 876     <td><em>Application</em>
 877       <ul>
 878         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 879           view if structures already loaded</li>
 880         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 881           structure views</li>
 882       </ul></td>
 883     <td>
 884       <div align="left">
 885         <em>General</em>
 886         <ul>
 887           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 888             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 889           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 890             example sequences/projects/trees</li>
 891         </ul>
 892         <em>Application</em>
 893         <ul>
 894           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 895             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 896           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 897             without timeout for structures with multiple models or
 898             multiple sequences in alignment</li>
 899           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 900             PDB ID HEADER line</li>
 901           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 902             is performed</li>
 903           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 904             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 905           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 906           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 907             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 908             option</li>
 909           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 910             is created on the alignment</li>
 911           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 912             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 913             pop-up menu</li>
 914         </ul>
 915         <em>Build and deployment</em>
 916         <ul>
 917           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 918             tags</li>
 919         </ul>
 920         <em>New Known Issues</em>
 921         <ul>
 922           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 923             on Windows</li>
 924         </ul>
 925       </div>
 926     </td>
 927     </tr>
 928     <tr>
 929       <td width="60" nowrap>
 930         <div align="center">
 931           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 932         </div>
 933       </td>
 934       <td><em>General</em>
 935         <ul>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 941             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 942             better PDB parsing.
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 946             reference sequence
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 950             mousing over sequence associated annotation
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 954             for manual entry
 955           </li>
 956           <li>
 957             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 958             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 959             for each column
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 963             showing or hiding columns containing a feature
 964           </li>
 965           <li>
 966             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 967             group and sequence associated annotation labels
 968           </li>
 969           <li>
 970             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 971             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 972             dialogs
 973           </li>
 974
 975         </ul> <em>Application</em>
 976         <ul>
 977           <li>
 978             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 979             gene/transcript view
 980           </li>
 981           <li>
 982             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 983             dialog
 984           </li>
 985           <li>
 986             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 987             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 988           </li>
 989           <li>
 990             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 991             Pfam sources to xfam.org
 992           </li>
 993           <li>
 994             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 998             over sequences in Jalview
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1002             regions in ENA and EMBL
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1006             for record retrieval via ENA rest API
1007           </li>
1008           <li>
1009             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1010             complement operator
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1014             groovy script execution
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1018             alignment window's Calculate menu
1019           </li>
1020           <li>
1021             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1022             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1026             calculation workers from groovy scripts
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1030             Jalview projects
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1034             associations are now saved/restored from project
1035           </li>
1036           <li>
1037             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1038             before sequence fetcher is opened
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1042             database chooser opens a sequence fetcher
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1046             the UniProt REST API
1047           </li>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1050             the news reader opening
1051           </li>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1054             querying stored in preferences
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1058             search results
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1065             menu for nucleotide sequences
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1069             and feature counts preserves alignment ordering (and
1070             debugged for complex feature sets).
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1074             viewing structures with Jalview 2.10
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1078             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1079             Ensembl Genomes REST API
1080           </li>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1083             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1084             (Ensembl)
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1088             sequences
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1092             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1093             data from external database records.
1094           </li>
1095           <li>
1096             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1097             efficient recovery of sequence coding and alignment
1098             annotation relationships.
1099           </li>
1100         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1101         <ul>
1102           <li>
1103             -- JAL---
1104           </li>
1105         </ul> --></td>
1106       <td>
1107         <div align="left">
1108           <em>General</em>
1109           <ul>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1112               menu on OSX
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1116               includes graduated colourschemes
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1120               working with big alignments and lots of hidden columns
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1124               at right of alignment window
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1128               contents
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1132               for DNA alignments
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1136               based tree calculation
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1140               unconserved enabled for group on alignment
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1144               set as reference
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1148               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1149               annotation
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1153               hidden columns present
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1157               user created annotation added to alignment
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1161               '()' base pair annotation
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1165               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1166               Consensus
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1170               feature not working
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1174               beginning of sequence
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1178               entry 3a6s
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1182               from a tree when t-coffee scores are shown
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1186               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1190               some structures
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1194               to Clustal, PIR and PileUp output
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1198               not visible causes alignment window to repaint
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1202               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1203               scores associated with features and annotation rows
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1207               calculation should be case independent
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1211               columns
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1215               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1216               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1220               problems when reference sequence defined and 'show
1221               non-conserved' enabled
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1225               load even when Consensus calculation is disabled
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1229               alignment does nothing
1230             </li>
1231           </ul>
1232           <em>Application</em>
1233           <ul>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1236               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1237               yet fixed for El Capitan)
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1241               output when running on non-gb/us i18n platforms
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1245               hidden sequences as flat-file alignment
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1249               launching Chimera
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1253               (also hotfix for 2.9.0b2)
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1257               reference sequence defined
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1261               alignments and views when revealing hidden columns
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1265               view in a cDNA/Protein splitframe
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1269               sequence from project when only one sequence is
1270               represented
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1274               in Structure Chooser
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1278               structure consensus didn't refresh annotation panel
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1282               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1286               dialogs format columns correctly, don't display array
1287               data, sort columns according to type
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1291               file chooser is cancelled during an image export
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1295               sequence name containing special characters
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1299               case insensitive
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1303               formatting don't wrap
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1307               truncated so L looks like I in consensus annotation
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1311               currently displayed features for the current selection or
1312               view
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1316               after fetching cross-references, and restoring from
1317               project
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1321               followed in the structure viewer
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1325               splitframe not restored from project
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1329               trailing end of protein alignment in transcript/product
1330               splitview when pad-gaps not enabled by default
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1334               is case dependent
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1338               article has been read (reopened issue due to
1339               internationalisation problems)
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1343               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1344               cross-references
1345             </li>
1346
1347             <li>
1348               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1349               alignment as HTML
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1353               multiple structures are shown for one or more sequences.
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1357               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1358               is enabled.
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1362               specific PDB id for sequence
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1366               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1367               columns' is disabled.
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1371               selects lowest rather than highest resolution structures
1372               for each sequence
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1376               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1380               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1384               after clicking on it to create new annotation for a
1385               column.
1386             </li>
1387             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1388             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1389           </ul>
1390           <em>Applet</em>
1391           <ul>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1394               hidden columns present before start of sequence
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1398               (JSON jars)
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1402               sequences are hidden in applet
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1406               deployment on examples pages.
1407             </li>
1408           </ul>
1409         </div>
1410       </td>
1411     </tr>
1412     <tr>
1413       <td width="60" nowrap>
1414         <div align="center">
1415           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1416             <em>16/10/2015</em></strong>
1417         </div>
1418       </td>
1419       <td><em>General</em>
1420         <ul>
1421           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1422             jars</li>
1423         </ul></td>
1424       <td>
1425         <div align="left">
1426           <em>Application</em>
1427           <ul>
1428             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1429               shown when tree is partitioned</li>
1430             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1431               multiple cDNA/Protein split views</li>
1432           </ul>
1433         </div>
1434       </td>
1435     </tr>
1436     <tr>
1437       <td width="60" nowrap>
1438         <div align="center">
1439           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1440             <em>8/10/2015</em></strong>
1441         </div>
1442       </td>
1443       <td><em>General</em>
1444         <ul>
1445           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1446             2.9</li>
1447         </ul> <em>Application</em>
1448         <ul>
1449           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1450           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1451           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1452         </ul> <em>Applet</em>
1453         <ul>
1454           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1455         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1456         <ul>
1457           <li>
1458             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1459             suite
1460           </li>
1461         </ul></td>
1462       <td>
1463         <div align="left">
1464           <em>General</em>
1465           <ul>
1466             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1467               incorrect when sequence start > 1</li>
1468             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1469               documentation</li>
1470             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1471             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1472               loading a features file containing HTML tags in feature
1473               description</li>
1474
1475           </ul>
1476           <em>Application</em>
1477           <ul>
1478             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1479               reimport</li>
1480             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1481               with 'trim retrieved sequences'</li>
1482             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1483               deleting selected columns</li>
1484             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1485               JNLP templates for webstart launch</li>
1486             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1487               unreleased structures for download or viewing</li>
1488             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1489               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1490             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1491               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1492             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1493               recovered from jalview project</li>
1494             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1495               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1496               alignment view</li>
1497             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1498               color schemes from BioJSON</li>
1499           </ul>
1500           <em>Applet</em>
1501           <ul>
1502             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1503               frame</li>
1504             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1505           </ul>
1506         </div>
1507       </td>
1508     </tr>
1509     <tr>
1510       <td><div align="center">
1511           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1512         </div></td>
1513       <td><em>General</em>
1514         <ul>
1515           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1516             alignments:
1517             <ul>
1518               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1519                 and DNA alignment views</li>
1520               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1521                 cDNA alignment views</li>
1522               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1523                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1524               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1525                 protein sequences</li>
1526             </ul>
1527           </li>
1528           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1529           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1530             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1531           <li>New alignment annotation file statements for
1532             reference sequences and marking hidden columns</li>
1533           <li>Reference sequence based alignment shading to
1534             highlight variation</li>
1535           <li>Select or hide columns according to alignment
1536             annotation</li>
1537           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1538           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1539             acid conservation row</li>
1540           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1541         </ul> <em>Application</em>
1542         <ul>
1543           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1544             <ul>
1545               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1546                 view with cDNA/Protein</li>
1547               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1548                 sequences are placed in the same alignment</li>
1549               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1550                 projects</li>
1551             </ul>
1552           </li>
1553
1554           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1555           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1556             Jalview windows</li>
1557
1558           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1559           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1560           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1561             be shown in VARNA</li>
1562
1563           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1564             as the active selected region</li>
1565
1566           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1567             similarity</li>
1568           <li>New Export options
1569             <ul>
1570               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1571                 region export in flat file generation</li>
1572
1573               <li>Export alignment views for display with the <a
1574                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1575
1576               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1577               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1578                 alignment figures to HTML</li>
1579           </li>
1580           <li>3D structure retrieval and display
1581             <ul>
1582               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1583                 Search API</li>
1584               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1585                 PDB structures for a sequence set</li>
1586             </ul>
1587           </li>
1588
1589           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1590             predictions</li>
1591           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1592             for one or a group of sequences</li>
1593           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1594             from the JPred4 web server</li>
1595           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1596             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1597             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1598           </li>
1599           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1600             VARNA 2D Structure'</li>
1601           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1602             Structure ..."</li>
1603
1604         </ul> <em>Applet</em>
1605         <ul>
1606           <li>New layout for applet example pages</li>
1607           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1608             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1609           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1610             Protein alignments</li>
1611         </ul> <em>Development and deployment</em>
1612         <ul>
1613           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1614           <li>Include installation type and git revision in build
1615             properties and console log output</li>
1616           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1617             storing BioJsMSA Templates</li>
1618           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1619         </ul></td>
1620       <td>
1621         <!-- <em>General</em>
1622         <ul>
1623         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1624         <ul>
1625           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1626           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1627           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1628             predictions are not highlighted in amber</li>
1629           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1630             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1631           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1632             associated structure views</li>
1633           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1634             width checkbox not enabled</li>
1635           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1636             creating user defined colours</li>
1637           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1638             mappings for just that viewer's sequences</li>
1639           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1640             multiple models in Chimera</li>
1641           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1642             over Jmol structure</li>
1643           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1644             output to text box</li>
1645           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1646             have incorrect sequence start/end</li>
1647           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1648             Jalview fails</li>
1649           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1650             work for nucleotide</li>
1651           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1652             to a grey/invisible alignment window</li>
1653           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1654             imports to different position</li>
1655           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1656             on some platforms</li>
1657           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1658             populated</li>
1659           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1660             console if Chimera has been opened</li>
1661           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1662           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1663             retrieved</li>
1664           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1665           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1666             either sequence shows on first structure</li>
1667           <li>'Show annotations' options should not make
1668             non-positional annotations visible</li>
1669           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1670             in right place after 'view flanking regions'</li>
1671           <li>File Save As type unset when current file format is
1672             unknown</li>
1673           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1674             projects</li>
1675           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1676             responsive</li>
1677           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1678             several views on same alignment</li>
1679           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1680           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1681             spaces</li>
1682         </ul> <em>Applet</em>
1683         <ul>
1684           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1685           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1686             descriptions containing angle brackets</li>
1687         </ul> <em>General</em>
1688         <ul>
1689           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1690             via jalview annotation file</li>
1691           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1692             with RNA secondary structure</li>
1693           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1694             translation doesn't work.</li>
1695           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1696           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1697             positions</li>
1698           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1699             choosing 1pt font</li>
1700           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1701             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1702             'h'</li>
1703           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1704             new feature</li>
1705           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1706             order dependent</li>
1707           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1708             sequences</li>
1709           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1710         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1711         <ul>
1712           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1713             www.jalview.org</li>
1714         </ul> <em>Application Known issues</em>
1715         <ul>
1716           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1717           <li>Misleading message appears after trying to delete
1718             solid column.</li>
1719           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1720             version launches</li>
1721           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1722             fails with a sequence mismatch</li>
1723           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1724             scrolling alignment to right</li>
1725           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1726             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1727           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1728             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1729           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1730             ultra-high resolution</li>
1731           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1732             quality and conservation</li>
1733           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1734             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1735         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1736         <ul>
1737           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1738           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1739             window is being resized</li>
1740
1741         </ul>
1742       </td>
1743     </tr>
1744     <tr>
1745       <td><div align="center">
1746           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1747         </div></td>
1748       <td><em>General</em>
1749         <ul>
1750           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1751             Certum.PL.</li>
1752           <li>Features and annotation preserved when performing
1753             pairwise alignment</li>
1754           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1755             imported/exported/displayed</li>
1756           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1757             protein secondary structure</li>
1758           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1759               post-hoc with 2.9 release</em>)
1760           </li>
1761
1762         </ul> <em>Application</em>
1763         <ul>
1764           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1765             with 3D structures</li>
1766           <li>Support for parsing RNAML</li>
1767           <li>Annotations menu for layout
1768             <ul>
1769               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1770               <li>place sequence annotation above/below alignment
1771                 annotation</li>
1772             </ul>
1773           <li>Output in Stockholm format</li>
1774           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1775             translation</li>
1776           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1777           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1778             shared between alignments</li>
1779           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1780             Jalview</li>
1781           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1782             all or current selection</li>
1783           <li>disorder and secondary structure predictions
1784             available as dataset annotation</li>
1785           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1786
1787
1788           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1789             alignments from Rfam</li>
1790           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1791
1792           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1793             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1794           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1795           <li>include installation type in build properties and
1796             console log output</li>
1797           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1798             annotation</li>
1799         </ul></td>
1800       <td>
1801         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1802         <ul>
1803           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1804             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1805           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1806             alignment</li>
1807           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1808           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1809           <li>Double click on sequence associated annotation
1810             selects only first column</li>
1811           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1812             leaves shown in tree</li>
1813           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1814             properly</li>
1815           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1816           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1817             screen and buttons not visible</li>
1818           <li>author list isn't updated if already written to
1819             Jalview properties</li>
1820           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1821             from database</li>
1822           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1823           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1824             browser search window</li>
1825           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1826             in feature settings dialog</li>
1827           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1828             desktop</li>
1829           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1830             pass validation</li>
1831           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1832             fit on screen</li>
1833           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1834             tooltip</li>
1835           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1836             defined user preset</li>
1837           <li>MSA web services warns user if they were launched
1838             with invalid input</li>
1839           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1840             Java 8</li>
1841           <li>
1842             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1843             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1844             created
1845           </li>
1846
1847         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1848         <ul>
1849         </ul> <em>General</em>
1850         <ul>
1851         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1852         <ul>
1853           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1854             memory allocation</li>
1855           <li>launchApp service doesn't automatically open
1856             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1857           <li>
1858             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1859             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1860             1.7_055 is available
1861           </li>
1862         </ul> <em>Application Known issues</em>
1863         <ul>
1864           <li>
1865             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1866             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1867             alignment to right
1868           </li>
1869           <li>
1870             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1871             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1872             with large number of ID
1873           </li>
1874           <li>
1875             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1876             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1877             start/end
1878           </li>
1879           <li>
1880             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1881             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1882             structure tracks are rearranged
1883           </li>
1884           <li>
1885             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1886             invalid rna structure positional highlighting does not
1887             highlight position of invalid base pairs
1888           </li>
1889           <li>
1890             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1891             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1892             project from alignment window file menu
1893           </li>
1894           <li>
1895             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1896             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1897             structures
1898           </li>
1899           <li>
1900             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1901             colour by RNA Helices not enabled when user created
1902             annotation added to alignment
1903           </li>
1904           <li>
1905             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1906             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1907           </li>
1908         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1909         <ul>
1910           <li>
1911             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1912             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1913           </li>
1914           <li>
1915             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1916             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1917           </li>
1918
1919           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1920             when selected</li>
1921         </ul>
1922       </td>
1923     </tr>
1924     <tr>
1925       <td><div align="center">
1926           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1927         </div></td>
1928       <td>
1929         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1930         <em>General</em>
1931         <ul>
1932           <li>Internationalisation of user interface (usually
1933             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1934           <li>Define/Undefine group on current selection with
1935             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1936           <li>Improved group creation/removal options in
1937             alignment/sequence Popup menu</li>
1938           <li>Sensible precision for symbol distribution
1939             percentages shown in logo tooltip.</li>
1940           <li>Annotation panel height set according to amount of
1941             annotation when alignment first opened</li>
1942         </ul> <em>Application</em>
1943         <ul>
1944           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1945             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1946           <li>Select columns containing particular features from
1947             Feature Settings dialog</li>
1948           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1949             sequences</li>
1950           <li>Update Jalview project format:
1951             <ul>
1952               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1953               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1954                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1955               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1956                 colouring</li>
1957             </ul>
1958           </li>
1959           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1960             (PAM250)</li>
1961           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1962             flanking regions for an alignment</li>
1963         </ul>
1964       </td>
1965       <td>
1966         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1967         <ul>
1968           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1969             running after job is cancelled</li>
1970           <li>cannot export features from alignments imported from
1971             Jalview/VAMSAS projects</li>
1972           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1973             float values</li>
1974           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1975             have 'display all symbols' flag set</li>
1976           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1977             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1978           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1979             Jalview</li>
1980           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1981             Lion/Webstart</li>
1982           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1983           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1984           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1985             alignment onto desktop</li>
1986           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1987             'extract scores' function</li>
1988           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1989             alignment window</li>
1990           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1991             performing IUPred disorder prediction</li>
1992           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1993             changing 'normalise logo' display setting</li>
1994           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1995             nothing matches query</li>
1996           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1997             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1998           </li>
1999           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2000             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2001           </li>
2002           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2003             Jalview's menu</li>
2004           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2005             'invalid literal/length code'</li>
2006           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2007             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2008           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2009             colourscheme</li>
2010
2011         </ul> <em>Applet</em>
2012         <ul>
2013           <li>Remove group option is shown even when selection is
2014             not a group</li>
2015           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2016             don't affect groups</li>
2017           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2018             colourscheme name</li>
2019           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2020             Annotation panel is not displayed</li>
2021           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2022             embedded windows</li>
2023         </ul> <em>Other</em>
2024         <ul>
2025           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2026             single sequence were not calculated</li>
2027           <li>annotation files that contain only groups imported as
2028             annotation and junk sequences</li>
2029           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2030             recognised as PFAM or BLC</li>
2031           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2032             doesn't affect background (2.8.0b1)
2033           <li></li>
2034           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2035           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2036             trailing gaps</li>
2037           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2038             registered correctly on import</li>
2039           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2040             certain alignments</li>
2041           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2042             existing annotation based 'use original colours'
2043             colourscheme loses original colours setting</li>
2044         </ul>
2045       </td>
2046     </tr>
2047     <tr>
2048       <td><div align="center">
2049           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2050             <em>30/1/2014</em></strong>
2051         </div></td>
2052       <td>
2053         <ul>
2054           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2055             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2056             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2057             open source project).
2058           </li>
2059           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2060           <li>Output in Stockholm format</li>
2061           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2062           <li>Export/import group and sequence associated line
2063             graph thresholds</li>
2064           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2065             ambiguity codes</li>
2066           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2067             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2068             works</li>
2069           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2070         </ul> <em>Other improvements</em>
2071         <ul>
2072           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2073           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2074             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2075           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2076             files</li>
2077           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2078           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2079             link but no description</li>
2080           <li>Select primary source when selecting authority in
2081             database fetcher GUI</li>
2082           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2083             Jalview</li>
2084           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2085         </ul>
2086       </td>
2087       <td>
2088         <ul>
2089           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2090             displayed</li>
2091           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2092             secondary structure annotation line</li>
2093           <li>Sequence database accessions not imported when
2094             fetching alignments from Rfam</li>
2095           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2096             identical IDs</li>
2097           <li>View all structures does not always superpose
2098             structures</li>
2099           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2100             reflect user or preset settings</li>
2101           <li>Null pointer exceptions for some services without
2102             presets or adjustable parameters</li>
2103           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2104             discover PDB xRefs</li>
2105           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2106             features with DAS</li>
2107           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2108             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2109           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2110             residue follows a gap</li>
2111           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2112             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2113           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2114             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2115           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2116             annotation already exists on alignment</li>
2117           <li>oninit javascript function should be called after
2118             initialisation completes</li>
2119           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2120             alignment window display</li>
2121           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2122           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2123             to annotation file</li>
2124           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2125             groups created</li>
2126           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2127             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2128           <li>Pressing return several times causes Number Format
2129             exceptions in keyboard mode</li>
2130           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2131             correct partitions for input data</li>
2132           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2133           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2134           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2135           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2136             mode</li>
2137           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2138             changes one row&#39;s threshold</li>
2139           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2140             doesn&#39;t open</li>
2141           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2142             quality histograms</li>
2143         </ul>
2144       </td>
2145     </tr>
2146     <tr>
2147       <td><div align="center">
2148           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2149         </div></td>
2150       <td><em>Application</em>
2151         <ul>
2152           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2153             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2154           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2155             preferences</li>
2156           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2157             in Jalview alignment window</li>
2158           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2159             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2160           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2161             RNA and ambiguity codes</li>
2162
2163           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2164           <li>Support fetching and database reference look up
2165             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2166             refs')</li>
2167           <li>Jalview project improvements
2168             <ul>
2169               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2170                 flag for annotation</li>
2171               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2172                 alignment</li>
2173               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2174                 Jalview project</li>
2175
2176             </ul>
2177           </li>
2178           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2179           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2180             running</li>
2181           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2182           <li>visual indication that web service results are still
2183             being retrieved from server</li>
2184           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2185             starts up for first time</li>
2186           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2187             services</li>
2188           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2189             client library</li>
2190           <li>Examples directory and Groovy library included in
2191             InstallAnywhere distribution</li>
2192         </ul> <em>Applet</em>
2193         <ul>
2194           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2195             visualization applet example</li>
2196         </ul> <em>General</em>
2197         <ul>
2198           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2199           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2200             defaults</li>
2201           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2202             calculation</li>
2203           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2204             matrices
2205           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2206             in HTML</li>
2207           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2208             structure contacts</li>
2209           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2210           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2211           <li>Parse sequence associated secondary structure
2212             information in Stockholm files</li>
2213           <li>HTML Export database accessions and annotation
2214             information presented in tooltip for sequences</li>
2215           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2216             style RNA alignment files</li>
2217           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2218             alignment</li>
2219           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2220             shade each sequence according to its associated alignment
2221             annotation</li>
2222           <li>New Jalview Logo</li>
2223         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2224         <ul>
2225           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2226           <li>New Website!</li>
2227         </ul></td>
2228       <td><em>Application</em>
2229         <ul>
2230           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2231             wsdbfetch REST service</li>
2232           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2233           <li>Filetype associations not installed for webstart
2234             launch</li>
2235           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2236             job execution in full once it is complete</li>
2237           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2238             uploaded via ali_file parameter</li>
2239           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2240           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2241           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2242             submitted for prediction</li>
2243           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2244             desktop window</li>
2245           <li>Putting fractional value into integer text box in
2246             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2247           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2248             windows 7</li>
2249           <li>View all structures fails with exception shown in
2250             structure view</li>
2251           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2252             escaped in a platform independent way</li>
2253           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2254             using proxy</li>
2255           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2256             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2257           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2258             failure when java web start temporary file caching is
2259             disabled</li>
2260           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2261             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2262           <li>Errors during processing of command line arguments
2263             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2264           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2265             DAS sources in sequence fetcher</li>
2266           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2267             dialog is shown</li>
2268           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2269           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2270           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2271           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2272             on OSX Mountain Lion</li>
2273           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2274             sequences with alignment annotation are pasted into the
2275             alignment</li>
2276           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2277             when loaded from Jalview project</li>
2278           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2279           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2280             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2281           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2282             associated with all views</li>
2283           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2284             annotation rows to new window</li>
2285         </ul> <em>Applet</em>
2286         <ul>
2287           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2288             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2289           <li>loading features via javascript API automatically
2290             enables feature display</li>
2291           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2292             work</li>
2293         </ul> <em>General</em>
2294         <ul>
2295           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2296           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2297             and then deselected</li>
2298           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2299           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2300             coloured with clustalx</li>
2301           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2302             exceptions and redraw errors</li>
2303           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2304             reconfigured view</li>
2305           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2306             colour</li>
2307           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2308             for lots of labels</li>
2309         </ul>
2310     </tr>
2311     <tr>
2312       <td>
2313         <div align="center">
2314           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2315         </div>
2316       </td>
2317       <td><em>Application</em>
2318         <ul>
2319           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2320           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2321           <li>View/alignment association menu to enable user to
2322             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2323             its colours/correspondences from</li>
2324           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2325           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2326             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2327           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2328           <li>Annotation row column label formatting attributes
2329             stored in project file</li>
2330           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2331             rows preserved in Jalview project file</li>
2332           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2333             saved using Desktop window menu</li>
2334           <li>Visual indication that command line arguments are
2335             still being processed</li>
2336           <li>Groovy script execution from URL</li>
2337           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2338             preferences</li>
2339           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2340             alignment with sequences that have high similarity and
2341             matching IDs</li>
2342           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2343           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2344             structures in same window</li>
2345           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2346           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2347             analysis function in its own submenu</li>
2348         </ul> <em>Applet</em>
2349         <ul>
2350           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2351             groups</li>
2352           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2353           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2354           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2355           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2356           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2357             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2358           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2359           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2360             parameters are treated as such</li>
2361           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2362             <ul>
2363               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2364               <li>Javascript callbacks for
2365                 <ul>
2366                   <li>Applet initialisation</li>
2367                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2368                 </ul>
2369               </li>
2370               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2371                 functions</li>
2372               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2373               <li>javascript structure viewer harness to pass
2374                 messages between Jmol and Jalview when running as
2375                 distinct applets</li>
2376               <li>sortBy method</li>
2377               <li>Set of applet and application examples shipped
2378                 with documentation</li>
2379               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2380                 javascript message exchange</li>
2381             </ul>
2382         </ul> <em>General</em>
2383         <ul>
2384           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2385             multiple alignments</li>
2386           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2387           <li>User configurable link to enable redirects to a
2388             www.Jalview.org mirror</li>
2389           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2390           <li>Configurable newline string when writing alignment
2391             and other flat files</li>
2392           <li>Allow alignment annotation description lines to
2393             contain html tags</li>
2394         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2395         <ul>
2396           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2397             examples</li>
2398           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2399             using a web service before displaying the result in the
2400             Jalview desktop</li>
2401           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2402           <li>Ant target to publish example html files with applet
2403             archive</li>
2404           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2405           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2406         </ul></td>
2407       <td><em>Application</em>
2408         <ul>
2409           <li>User defined colourscheme throws exception when
2410             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2411           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2412             dialog for valid filename/format</li>
2413           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2414           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2415             P37173</li>
2416           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2417             which sequence is to be associated with the file</li>
2418           <li>Find All raises null pointer exception when query
2419             only matches sequence IDs</li>
2420           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2421           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2422             2.4 cannot be loaded</li>
2423           <li>Filetype associations not installed for webstart
2424             launch</li>
2425           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2426             with sequences in different alignments do not get coloured
2427             by their associated sequence</li>
2428           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2429             not preserved when project is loaded</li>
2430           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2431             stored in Jalview project</li>
2432           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2433             Jalview project</li>
2434           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2435           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2436             by conservation</li>
2437           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2438             created on new view</li>
2439           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2440             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2441           <li>Alignment quality not updated after alignment
2442             annotation row is hidden then shown</li>
2443           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2444             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2445           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2446             properly</li>
2447           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2448             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2449           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2450           <li>Structures imported from file and saved in project
2451             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2452           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2453             job execution in full once it is complete</li>
2454         </ul> <em>Applet</em>
2455         <ul>
2456           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2457             annotation rows are displayed</li>
2458           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2459             codebase</li>
2460           <li>View follows highlighting does not work for positions
2461             in sequences</li>
2462           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2463           <li>Export features raises exception when no features
2464             exist</li>
2465           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2466             for javascript api is modified when separator string
2467             provided as parameter</li>
2468           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2469             alignment with no existing selection</li>
2470           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2471             to applet&#39;s codebase</li>
2472           <li>Status bar not updated after finished searching and
2473             search wraps around to first result</li>
2474           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2475             several Jalview applets causes race conditions and memory
2476             leaks</li>
2477           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2478             not sent from Jmol in applet</li>
2479           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2480             applet API fatally hang browser</li>
2481         </ul> <em>General</em>
2482         <ul>
2483           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2484             position with wrapped view and hidden regions</li>
2485           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2486             with/without hidden columns</li>
2487           <li>Sequence length given in alignment properties window
2488             is off by 1</li>
2489           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2490             import PDB like structure files</li>
2491           <li>Positional search results are only highlighted
2492             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2493           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2494           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2495             given sequence position</li>
2496           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2497             output</li>
2498           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2499             from nucleotide chains correctly</li>
2500           <li>Structure colours not updated when tree partition
2501             changed in alignment</li>
2502           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2503             parsed in interleaved stockholm</li>
2504           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2505             state</li>
2506           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2507             properly</li>
2508           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2509             properly associated with their pdb files</li>
2510         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2511         <ul>
2512           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2513             ApplyCopyright tool</li>
2514         </ul></td>
2515     </tr>
2516     <tr>
2517       <td>
2518         <div align="center">
2519           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2520         </div>
2521       </td>
2522       <td><em>Application</em>
2523         <ul>
2524           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2525             contact web services</li>
2526           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2527             service job window</li>
2528           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2529         </ul></td>
2530       <td>
2531         <ul>
2532           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2533             pir file emitted by Jalview</li>
2534           <li>Existing feature settings transferred to new
2535             alignment view created from cut'n'paste</li>
2536           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2537             parsing PDB files</li>
2538           <li>Consensus and conservation annotation rows
2539             occasionally become blank for all new windows</li>
2540           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2541             in wrapped view mode</li>
2542         </ul> <em>Application</em>
2543         <ul>
2544           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2545             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2546           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2547             parameter names</li>
2548           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2549             is down</li>
2550         </ul>
2551       </td>
2552     </tr>
2553     <tr>
2554       <td>
2555         <div align="center">
2556           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2557         </div>
2558       </td>
2559       <td><em>Application</em>
2560         <ul>
2561           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2562             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2563             (JABAWS)
2564           </li>
2565           <li>Web Services preference tab</li>
2566           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2567             preferences</li>
2568           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2569           <li>Superpose structures using associated sequence
2570             alignment</li>
2571           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2572             viewer</li>
2573         </ul> <em>Applet</em>
2574         <ul>
2575           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2576             link out mechanism</li>
2577         </ul> <em>Other</em>
2578         <ul>
2579           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2580             series 12</li>
2581           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2582             require Java 1.5</li>
2583           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2584             sequence annotation files</li>
2585           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2586             type colour specification</li>
2587           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2588             script to check if it being run in an interactive session or
2589             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2590         </ul></td>
2591       <td>
2592         <ul>
2593           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2594             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2595         </ul> <em>Application</em>
2596         <ul>
2597           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2598             selected Regions menu item</li>
2599           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2600             part of a valid accession ID</li>
2601           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2602             runs out of memory</li>
2603           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2604             analysis results</li>
2605           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2606             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2607           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2608         </ul> <em>Applet</em>
2609         <ul>
2610           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2611             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2612             defined.</li>
2613         </ul>
2614       </td>
2615     </tr>
2616     <tr>
2617       <td>
2618         <div align="center">
2619           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2620         </div>
2621       </td>
2622       <td></td>
2623       <td>
2624         <ul>
2625           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2626             sequence IDs</li>
2627           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2628             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2629           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2630             import correctly</li>
2631           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2632             number of columns are hidden</li>
2633           <li>annotation label popup menu not providing correct
2634             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2635             present</li>
2636           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2637             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2638           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2639             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2640
2641         </ul> <em>Applet</em>
2642         <ul>
2643           <li>annotation panel disappears when annotation is
2644             hidden/removed</li>
2645         </ul> <em>Application</em>
2646         <ul>
2647           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2648             alignment opened where annotation panel is visible but no
2649             annotations are present on alignment</li>
2650           <li>pasted region containing hidden columns is
2651             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2652           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2653             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2654           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2655             selected Rregions menu item.</li>
2656           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2657             'Un' or 'Non'conserved</li>
2658           <li>Sequence feature settings are being shared by
2659             multiple distinct alignments</li>
2660           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2661             changed</li>
2662           <li>double click on group annotation to select sequences
2663             does not propagate to associated trees</li>
2664           <li>Mac OSX specific issues:
2665             <ul>
2666               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2667                 window background</li>
2668               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2669                 name set correctly</li>
2670               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2671                 save feature colourscheme button</li>
2672             </ul>
2673           </li>
2674         </ul>
2675       </td>
2676     </tr>
2677     <tr>
2678
2679       <td>
2680         <div align="center">
2681           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2682         </div>
2683       </td>
2684       <td><em>New Capabilities</em>
2685         <ul>
2686           <li>URL links generated from description line for
2687             regular-expression based URL links (applet and application)
2688
2689           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2690             menu</li>
2691           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2692             structures</li>
2693           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2694             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2695           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2696             average score or total feature count for each sequence.</li>
2697           <li>Shading features by score or associated description</li>
2698           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2699             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2700           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2701             hide everything but the currently selected region.</li>
2702           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2703         </ul> <em>Application</em>
2704         <ul>
2705           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2706             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2707           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2708             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2709           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2710             database references and protein_name is parsed as
2711             description line (BioSapiens terms).</li>
2712           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2713             references in sequence ID tooltip from View menu in
2714             application.</li>
2715           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2716       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2717           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2718             conservation plots</li>
2719           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2720             and visualized as sequence logos</li>
2721           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2722             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2723           </li>
2724           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2725             when a new tree is opened.</li>
2726           <li>Jalview Java Console</li>
2727           <li>Better placement of desktop window when moving
2728             between different screens.</li>
2729           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2730             consensus annotation</li>
2731           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2732             Workflows</li>
2733           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2734             <ul>
2735               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2736                 used to preserve views, structures, and tree display
2737                 settings)</li>
2738               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2739                 command line</li>
2740               <li>Sharing of selected regions between views and
2741                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2742               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2743             </ul></li>
2744         </ul> <em>Applet</em>
2745         <ul>
2746           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2747           <li>New Parameters
2748             <ul>
2749               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2750                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2751                 opened.</li>
2752               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2753                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2754               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2755                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2756               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2757                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2758                 view</li>
2759               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2760                 increase the height or width of a cell in the alignment
2761                 grid relative to the current font size.</li>
2762             </ul>
2763           </li>
2764           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2765             tooltip</li>
2766         </ul> <em>Other</em>
2767         <ul>
2768           <li>Features format: graduated colour definitions and
2769             specification of feature scores</li>
2770           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2771             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2772             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2773           <li>XML formats extended to support graduated feature
2774             colourschemes, group associated annotation, and profile
2775             visualization settings.</li></td>
2776       <td>
2777         <ul>
2778           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2779             rather than description</li>
2780           <li>Non-positional features are now included in sequence
2781             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2782             visibility in tooltip).</li>
2783           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2784           <li>Added URL embedding instructions to features file
2785             documentation.</li>
2786           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2787             'X' in peptide product</li>
2788           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2789             sequence ID and sequence string and query strings do not
2790             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2791           <li>AMSA files only contain first column of
2792             multi-character column annotation labels</li>
2793           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2794             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2795             exported and re-imported)</li>
2796           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2797             name</li>
2798           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2799             as subsequence matches, and correctly reports total number
2800             of both.</li>
2801           <li>Application:
2802             <ul>
2803               <li>Better handling of exceptions during sequence
2804                 retrieval</li>
2805               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2806                 link text excludes the start_end suffix</li>
2807               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2808                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2809               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2810               <li>Sequence description lines properly shared via
2811                 VAMSAS</li>
2812               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2813                 data sources</li>
2814               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2815                 completes before alignment figures are generated.</li>
2816               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2817                 first time.</li>
2818               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2819                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2820               <li>User defined group colours properly recovered
2821                 from Jalview projects.</li>
2822             </ul>
2823           </li>
2824         </ul>
2825       </td>
2826
2827     </tr>
2828     <tr>
2829       <td>
2830         <div align="center">
2831           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2832         </div>
2833       </td>
2834       <td>
2835         <ul>
2836           <li>Experimental support for google analytics usage
2837             tracking.</li>
2838           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2839         </ul>
2840       </td>
2841       <td>
2842         <ul>
2843           <li>Race condition in applet preventing startup in
2844             jre1.6.0u12+.</li>
2845           <li>Exception when feature created from selection beyond
2846             length of sequence.</li>
2847           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2848           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2849             all sequences with a given id</li>
2850           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2851             ID string searches</li>
2852           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2853             alignment to fail with exception</li>
2854         </ul> <em>Application Issues</em>
2855         <ul>
2856           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2857           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2858             data sources</li>
2859         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2860         <ul>
2861           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2862             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2863           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2864             version (java class versioning error fixed)</li>
2865         </ul>
2866       </td>
2867     </tr>
2868     <tr>
2869       <td>
2870
2871         <div align="center">
2872           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2873         </div>
2874       </td>
2875       <td><em>User Interface</em>
2876         <ul>
2877           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2878             translation and protein products</li>
2879           <li>Linked highlighting of structure associated with
2880             residue mapping to codon position</li>
2881           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2882             and 'clear' button</li>
2883           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2884             Tools menu</li>
2885           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2886             numeric data in description line</li>
2887           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2888           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2889             of sequence</li>
2890         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2891         <ul>
2892           <li>JPred3 web service</li>
2893           <li>Prototype sequence search client (no public services
2894             available yet)</li>
2895           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2896             PFAM</li>
2897           <li>URL Links created for matching database cross
2898             references as well as sequence ID</li>
2899           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2900         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2901         <ul>
2902           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2903             databases</li>
2904           <li>Generalised database reference retrieval and
2905             validation to all fetchable databases</li>
2906           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2907             sequence command</li>
2908         </ul> <em>Import and Export</em>
2909         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2910         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2911           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2912         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2913           File</li>
2914         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2915           triplet as name of colourscheme</li>
2916         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2917         <ul>
2918           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2919           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2920             alignments (experimental)</li>
2921           <li>Create new or select existing session to join</li>
2922           <li>load and save of vamsas documents</li>
2923         </ul> <em>Application command line</em>
2924         <ul>
2925           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2926             from applet)</li>
2927           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2928             of DAS servers to query for alignment features</li>
2929           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2930             that are also automatically queried for features</li>
2931           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2932             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2933         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2934         <ul>
2935           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2936             application (when using &quot;View in full
2937             application&quot;)</li>
2938         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2939         <ul>
2940           <li>feature group display control parameter</li>
2941           <li>debug parameter</li>
2942           <li>showbutton parameter</li>
2943         </ul> <em>Applet API methods</em>
2944         <ul>
2945           <li>newView public method</li>
2946           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2947           <li>Feature display control methods</li>
2948           <li>get list of currently selected sequences</li>
2949         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2950         <ul>
2951           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2952           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2953             Jalview release.</li>
2954           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2955             property controls execution of obfuscator</li>
2956           <li>Build target for generating source distribution</li>
2957           <li>Debug flag for javacc</li>
2958           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2959             jalview.bin.Cache</li>
2960           <li>Continuous Build Integration for stable and
2961             development version of Application, Applet and source
2962             distribution</li>
2963         </ul></td>
2964       <td>
2965         <ul>
2966           <li>selected region output includes visible annotations
2967             (for certain formats)</li>
2968           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2969             for editing</li>
2970           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2971           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2972           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2973           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2974             comments</li>
2975           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2976             filenames containing a ':'</li>
2977           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2978             global sequence features</li>
2979           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2980             references from alignment sequences goes to zero</li>
2981           <li>Close of tree branch colour box without colour
2982             selection causes cascading exceptions</li>
2983           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2984           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2985             file parsing fails.</li>
2986           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2987           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2988             not a valid output format</li>
2989           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2990             vamsas</li>
2991           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2992           <li>error messages passed up and output when data read
2993             fails</li>
2994           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2995             sequence is edited</li>
2996           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2997             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2998           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2999             filetype</li>
3000           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3001             import fixed for PFAM records</li>
3002           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3003             window list</li>
3004           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3005             can be read and written correctly to annotation file</li>
3006           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3007             correctly</li>
3008           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3009             non-italic font for representatives in Applet</li>
3010           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3011             Macs.</li>
3012           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3013             Applet)</li>
3014           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3015             due to null pointer exceptions</li>
3016           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3017             first column of alignment</li>
3018           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3019             July 2008</li>
3020           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3021             file is case-insensitive</li>
3022           <li>Sequence features read from Features file appended to
3023             all sequences with matching IDs</li>
3024           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3025             containing a sub-sequence</li>
3026           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3027           <li>feature and annotation file applet parameters
3028             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3029           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3030           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3031             splash-screen version check to complete</li>
3032           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3033             when passing them to the launchApp service</li>
3034           <li>display name and local features preserved in results
3035             retrieved from web service</li>
3036           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3037             sequence fetcher initialisation</li>
3038           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3039             dasobert DAS client</li>
3040           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3041             association</li>
3042           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3043             sequences
3044           </li>
3045         </ul>
3046       </td>
3047     </tr>
3048     <tr>
3049       <td>
3050         <div align="center">
3051           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3052         </div>
3053       </td>
3054       <td>
3055         <ul>
3056           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3057           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3058           <li>Slide sequences</li>
3059           <li>Edit sequence in place</li>
3060           <li>EMBL CDS features</li>
3061           <li>DAS Feature mapping</li>
3062           <li>Feature ordering</li>
3063           <li>Alignment Properties</li>
3064           <li>Annotation Scores</li>
3065           <li>Sort by scores</li>
3066           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3067         </ul>
3068       </td>
3069       <td>
3070         <ul>
3071           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3072           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3073           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3074           <li>Feature group display state in XML</li>
3075           <li>Feature ordering in XML</li>
3076           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3077           <li>Stockholm alignment properties</li>
3078           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3079           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3080           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3081           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3082         </ul>
3083       </td>
3084
3085     </tr>
3086     <tr>
3087       <td>
3088         <div align="center">
3089           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3090         </div>
3091       </td>
3092       <td>
3093         <ul>
3094           <li>Non standard characters can be read and displayed
3095           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3096             applet via textbox
3097           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3098             name &amp; description
3099           <li>Preference setting to display sequence name in
3100             italics
3101           <li>Annotation file format extended to allow
3102             Sequence_groups to be defined
3103           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3104             specified in preferences
3105           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3106             sequences
3107         </ul>
3108       </td>
3109       <td>
3110         <ul>
3111           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3112             installed
3113           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3114           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3115         </ul>
3116       </td>
3117     </tr>
3118     <tr>
3119       <td>
3120         <div align="center">
3121           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3122         </div>
3123       </td>
3124       <td>
3125         <ul>
3126           <li>Multiple views on alignment
3127           <li>Sequence feature editing
3128           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3129           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3130           <li>Background dependent text colour
3131           <li>Right align sequence ids
3132           <li>User-defined lower case residue colours
3133           <li>Format Menu
3134           <li>Select Menu
3135           <li>Menu item accelerator keys
3136           <li>Control-V pastes to current alignment
3137           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3138           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3139           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3140
3141           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3142         </ul>
3143       </td>
3144       <td>
3145         <ul>
3146           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3147           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3148             calculations
3149           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3150             edits
3151           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3152             of alignment)
3153           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3154
3155           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3156             display correctly
3157           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3158           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3159             analysis results
3160           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3161             &#8739;
3162           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3163           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3164           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3165
3166         </ul>
3167       </td>
3168     </tr>
3169     <tr>
3170       <td>
3171         <div align="center">
3172           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3173         </div>
3174       </td>
3175       <td>
3176         <ul>
3177           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3178         </ul>
3179       </td>
3180       <td>
3181         <ul>
3182           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3183             sequence id panel has been resized</li>
3184           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3185             rendered</li>
3186           <li>Annotation files with sequence references - all
3187             elements in file are relative to sequence position</li>
3188           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3189         </ul>
3190       </td>
3191     </tr>
3192     <tr>
3193       <td>
3194         <div align="center">
3195           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3196         </div>
3197       </td>
3198       <td>
3199         <ul>
3200           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3201           <li>DAS Feature fetching</li>
3202           <li>Hide sequences and columns</li>
3203           <li>Export Annotations and Features</li>
3204           <li>GFF file reading / writing</li>
3205           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3206             files</li>
3207           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3208           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3209           <li>Applet can launch the full application</li>
3210           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3211             required)</li>
3212           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3213           <li>Applet can load sequences from parameter
3214             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3215           </li>
3216         </ul>
3217       </td>
3218       <td>
3219         <ul>
3220           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3221           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3222           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3223         </ul>
3224       </td>
3225     </tr>
3226     <tr>
3227       <td>
3228         <div align="center">
3229           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3230         </div>
3231       </td>
3232       <td>
3233         <ul>
3234           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3235           <li>Choose to match case when searching</li>
3236           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3237             expand the visible width and height of the alignment</li>
3238         </ul>
3239       </td>
3240       <td>
3241         <ul>
3242           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3243         </ul>
3244       </td>
3245     </tr>
3246     <tr>
3247       <td>
3248         <div align="center">
3249           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3250         </div>
3251       </td>
3252       <td>&nbsp;</td>
3253       <td>
3254         <ul>
3255           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3256           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3257             value</li>
3258         </ul>
3259       </td>
3260     </tr>
3261     <tr>
3262       <td>
3263         <div align="center">
3264           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3265         </div>
3266       </td>
3267       <td>
3268         <ul>
3269           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3270           <li>Keyboard editing</li>
3271           <li>Create sequence features from searches</li>
3272           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3273             alignments</li>
3274           <li>Features file allows grouping of features</li>
3275           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3276           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3277           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3278         </ul>
3279       </td>
3280       <td>
3281         <ul>
3282           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3283           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3284             descriptions saved.</li>
3285         </ul>
3286       </td>
3287     </tr>
3288     <tr>
3289       <td>
3290         <div align="center">
3291           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3292         </div>
3293       </td>
3294       <td>
3295         <ul>
3296           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3297           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3298           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3299             name for file output</li>
3300           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3301           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3302             used for HTML form input</li>
3303         </ul>
3304       </td>
3305       <td>
3306         <ul>
3307           <li>HTML output writes groups and features</li>
3308           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3309           <li>File IO bugs</li>
3310         </ul>
3311       </td>
3312     </tr>
3313     <tr>
3314       <td>
3315         <div align="center">
3316           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3317         </div>
3318       </td>
3319       <td>
3320         <ul>
3321           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3322           <li>More options for PCA viewer</li>
3323         </ul>
3324       </td>
3325       <td>
3326         <ul>
3327           <li>GUI bugs resolved</li>
3328           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3329         </ul>
3330       </td>
3331     </tr>
3332     <tr>
3333       <td height="63">
3334         <div align="center">
3335           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3336         </div>
3337       </td>
3338       <td>
3339         <ul>
3340           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3341           <li>Jar files are executable</li>
3342           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3343         </ul>
3344       </td>
3345       <td>
3346         <ul>
3347           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3348           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3349           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3350         </ul>
3351       </td>
3352     </tr>
3353     <tr>
3354       <td>
3355         <div align="center">
3356           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3357         </div>
3358       </td>
3359       <td>
3360         <ul>
3361           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3362         </ul>
3363       </td>
3364       <td>
3365         <ul>
3366           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3367         </ul>
3368       </td>
3369     </tr>
3370     <tr>
3371       <td>
3372         <div align="center">
3373           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3374         </div>
3375       </td>
3376       <td>
3377         <ul>
3378           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3379             size</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382       <td>
3383         <ul>
3384           <li>Improved JPred client reliability</li>
3385           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3386         </ul>
3387       </td>
3388     </tr>
3389     <tr>
3390       <td>
3391         <div align="center">
3392           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3393         </div>
3394       </td>
3395       <td>
3396         <ul>
3397           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3398           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3399           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3400             to Colour Menu</li>
3401           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3402           <li>Unix users can set default web browser</li>
3403           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3404           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3405         </ul>
3406       </td>
3407       <td>
3408         <ul>
3409           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3410         </ul>
3411       </td>
3412     </tr>
3413     <tr>
3414       <td>
3415         <div align="center">
3416           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3417         </div>
3418       </td>
3419       <td>&nbsp;</td>
3420       <td>
3421         <ul>
3422           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3423             alignment order.</li>
3424         </ul>
3425       </td>
3426     </tr>
3427     <tr>
3428       <td>
3429         <div align="center">
3430           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3431         </div>
3432       </td>
3433       <td>
3434         <ul>
3435           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3436           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3437           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3438             annotations.</li>
3439           <li>Version and build date written to build properties
3440             file.</li>
3441           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3442             at launch of Jalview.</li>
3443         </ul>
3444       </td>
3445       <td>
3446         <ul>
3447           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3448           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3449           <li>Can remove groups one by one.</li>
3450           <li>Filechooser icons installed.</li>
3451           <li>Finder ignores return character when searching.
3452             Return key will initiate a search.<br>
3453           </li>
3454         </ul>
3455       </td>
3456     </tr>
3457     <tr>
3458       <td>
3459         <div align="center">
3460           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3461         </div>
3462       </td>
3463       <td>
3464         <ul>
3465           <li>New codebase</li>
3466         </ul>
3467       </td>
3468       <td>&nbsp;</td>
3469     </tr>
3470   </table>
3471   <p>&nbsp;</p>
3472 </body>
3473 </html>