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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
  74             <em>2/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL- -->
  82             </li>
  83
  84           </ul>
  85         </div></td>
  86       <td><div align="left">
  87           <em></em>
  88           <ul>
  89             <li>
  90               <!--  -->
  91             </li>
  92           </ul>
  93         </div></td>
  94     </tr>
  95     <tr>
  96       <td width="60" nowrap>
  97         <div align="center">
  98           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  99             <em>7/9/2017</em></strong>
 100         </div>
 101       </td>
 102       <td><div align="left">
 103           <em></em>
 104           <ul>
 105             <li>
 106               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 107               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 108               white)
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 112               Preferences
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 116               in size and progress bar shown as higher resolution
 117               overview is recalculated
 118             </li>
 119
 120           </ul>
 121         </div></td>
 122       <td><div align="left">
 123           <em></em>
 124           <ul>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 127               column region row by row
 128             </li>
 129             <li>
 130               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 131               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 135               format setting is unticked
 136             </li>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 139               if group has show boxes format setting unticked
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 143               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 144               include sequences and columns not currently displayed
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 148               assemblies are imported via CIF file
 149             </li>
 150             <li>
 151               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 152               displayed when threshold or conservation colouring is also
 153               enabled.
 154             </li>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 157               server version
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 161               dragging a selected region off the visible region of the
 162               alignment
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 166               colourscheme to all groups in a view
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 170               initially after font size change using the Font chooser or
 171               middle-mouse zoom
 172             </li>
 173           </ul>
 174         </div></td>
 175     </tr>
 176     <tr>
 177       <td width="60" nowrap>
 178         <div align="center">
 179           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 180         </div>
 181       </td>
 182       <td><div align="left">
 183           <em>Calculations</em>
 184           <ul>
 185
 186             <li>
 187               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 188               ungapped positions in each column of the alignment.
 189             </li>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 192               a calculation dialog box
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 196               and memory efficiency (~30x faster)
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 200               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 201               and other calculations
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 205               files within the Jalview codebase
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 209               Similarity may have different topology due to increased
 210               precision
 211             </li>
 212           </ul>
 213           <em>Rendering</em>
 214           <ul>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 217               model for alignments and groups
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 221               scripts
 222             </li>
 223           </ul>
 224           <em>Overview</em>
 225           <ul>
 226             <li>
 227               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 228               with alignment and overview windows
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 232               overview
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 236               omitted in Overview
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 240               adjustment of visible position
 241             </li>
 242           </ul>
 243
 244           <em>Data import/export</em>
 245           <ul>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 248               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 252               annotation input/output via stockholm flatfile
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 256               extension when importing structure files without embedded
 257               names or PDB accessions
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 261               format sequence substitution matrices
 262             </li>
 263           </ul>
 264           <em>User Interface</em>
 265           <ul>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 268               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 269               the application.
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 273               via Overview or sequence motif search operations
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 277               opened by double clicking gaps within sequence feature
 278               extent
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 282               aligned positions were available to create a 3D structure
 283               superposition.
 284             </li>
 285           </ul>
 286           <em>3D Structure</em>
 287           <ul>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 290               coloured in linked structure views
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 294               file-based command exchange
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 298               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 299               structures are already available for sequences
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 303               the Jalview project rather than downloaded again when the
 304               project is reopened.
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 308               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 309               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 310                 Feature</strong>)
 311             </li>
 312           </ul>
 313           <em>Web Services</em>
 314           <ul>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 320               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 321               Analysis services
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 325               cross-references provided by identifiers.org and the
 326               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 327             </li>
 328           </ul>
 329
 330           <em>Scripting</em>
 331           <ul>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 334               identifying file formats (instead of String constants)
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 338               efficiency when counting all displayed features (not
 339               backwards compatible with 2.10.1)
 340             </li>
 341           </ul>
 342           <em>Example files</em>
 343           <ul>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 346               included in the example feature file
 347             </li>
 348           </ul>
 349           <em>Documentation</em>
 350           <ul>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 353               with the built-in Java help viewer
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 357               sequence description' option
 358             </li>
 359           </ul>
 360           <em>Test Suite</em>
 361           <ul>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 364               Uniprot REST Free Text Search Client
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 371               during tests
 372             </li>
 373           </ul>
 374         </div></td>
 375       <td><div align="left">
 376           <em>Calculations</em>
 377           <ul>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 380               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 381               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 382             </li>
 383             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 384               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 385               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 386               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 387               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 388               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 389               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 390               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 391               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 392               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 393               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 394               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 395               // for 2.10.1 mode <br />
 396               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 397               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 398                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 399                 calculations (not recommended)</em></li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 402               scaling of branch lengths for trees computed using
 403               Sequence Feature Similarity.
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 407               generating output report when working with highly
 408               redundant alignments
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 412               right of selected region when gaps present on right-hand
 413               boundary
 414             </li>
 415           </ul>
 416           <em>User Interface</em>
 417           <ul>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 420               doesn't reselect a specific sequence's associated
 421               annotation after it was used for colouring a view
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 425               opened on a region of alignment without groups
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 429               of an alignment with overlapping groups
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 433               name and description match
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 437               hidden regions results in incorrect hidden regions
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 441               changing colour does not apply Conservation slider value
 442               to all groups
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 446               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 450               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 454               gaps before start of features
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 458               restored to UI when feature colour is edited
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 462               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 466               as graduate feature colour settings are modified via the
 467               dialog box
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 471               when a group defined on the alignment is resized
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 475               wrapped view result in positional status updates
 476             </li>
 477
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 480               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 484               alignment included gapped columns
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 488               widgets don't permanently disappear
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 492               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 493               T-Coffee column reliability scores)
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 497               sequence feature on gaps only
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 501               button from a Find inherit previously defined feature type
 502               rather than the Find query string
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 506               exporting tree calculated in Jalview
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 510               and then revealing them reorders sequences on the
 511               alignment
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 515               doesn't update to reflect available set of groups after
 516               interactively adding or modifying features
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 520               Linux
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 524               only excluded gaps in current sequence and ignored
 525               selection.
 526             </li>
 527           </ul>
 528           <em>Rendering</em>
 529           <ul>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 532               erratically when hidden rows or columns are present
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 536               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 537               sequence colouring
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 541               colour and group colour menu for protein alignments
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 545               reflect currently selected view or group's shading
 546               thresholds
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 550               when rendered on overview and structures when opacity at
 551               100%
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 555               overview when features overlaid on alignment
 556             </li>
 557           </ul>
 558           <em>Data import/export</em>
 559           <ul>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 562               load
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 566               added after a sequence was imported are not written to
 567               Stockholm File
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 571               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 575               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 579               with lightGray or darkGray via features file (but can
 580               specify lightgray)
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 584               when alignment view imported from project
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 588               structure and sequences extracted from structure files
 589               imported via URL and viewed in Jmol
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 593               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 594               the project is loaded and the structure viewed
 595             </li>
 596           </ul>
 597           <em>Web Services</em>
 598           <ul>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 601               release of Ensembl v.88
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 605               appear enabled in Preferences->Connections
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 609               removed from console output
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 613               Ensembl by Peptide ID
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 617               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 618               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 619               due to 'null' string rather than empty string used for
 620               residues with no corresponding PDB mapping).
 621             </li>
 622           </ul>
 623           <em>Application UI</em>
 624           <ul>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 627               menu
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 631               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 632               new documentation and tooltips added)
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 636               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 640               new features are added to alignment
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 644               changes to feature colours via the Amend features dialog
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 648               edit graduated feature colour via amend features dialog
 649               box
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 653               selection menu changes colours of alignment views
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 657               from alignment calculation workers after alignment has
 658               been closed
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 662               groups now 'Create Group'
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 666               Create/Undefine group doesn't always work
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 670               shown again after pressing 'Cancel'
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 674               adjusts start position in wrap mode
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 678               ambiguous amino acids
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 682               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 683               proteins
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 687               Defined' don't appear in Colours menu
 688             </li>
 689           </ul>
 690           <em>Applet</em>
 691           <ul>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 694               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 698               overview or linked structure view
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 702               work (since 2.8)
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 706               user-defined colourscheme doesn't restore original
 707               colourscheme
 708             </li>
 709           </ul>
 710           <em>Test Suite</em>
 711           <ul>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 714               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 718               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 719               problems with deep array comparison equality asserts in
 720               successive versions of TestNG
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 724               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 725             </li>
 726           </ul>
 727           <em>New Known Issues</em>
 728           <ul>
 729             <li>
 730               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 731               phase after a sequence motif find operation
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 735               containing just upper and lower case letters are
 736               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 740               reliably from eggnog Ortholog database
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 744               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 745               to mark columns containing highlighted regions.
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 749               doesn't always add secondary structure annotation.
 750             </li>
 751           </ul>
 752         </div>
 753     <tr>
 754       <td width="60" nowrap>
 755         <div align="center">
 756           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 757         </div>
 758       </td>
 759       <td><div align="left">
 760           <em>General</em>
 761           <ul>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 764               for all consensus calculations
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 768               3rd Oct 2016)
 769             </li>
 770             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 771               for 2016-2017</li>
 772           </ul>
 773           <em>Application</em>
 774           <ul>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 777               set of database cross-references, sorted alphabetically
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 781               from database cross references. Users with custom links
 782               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 783                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 787               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 788               Chimera session
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 792               the Chimera it is connected to is shut down
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 796               columns menu item to mark columns containing highlighted
 797               regions (e.g. from structure selections or results of a
 798               Find operation)
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 802               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 803               MSAviewer
 804             </li>
 805           </ul>
 806         </div></td>
 807       <td>
 808         <div align="left">
 809           <em>General</em>
 810           <ul>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 813               are not coloured or thresholded according to percent
 814               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 818               hydrophobic
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 822               threshold, amino acid properties)
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 826               reported as mapped to residues in a structure file in the
 827               View Mapping report
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 831               could be added multiple times to a sequence
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 835               bond features shown as two highlighted residues rather
 836               than a range in linked structure views, and treated
 837               correctly when selecting and computing trees from features
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 841               cross-references are matched to database name regardless
 842               of case
 843             </li>
 844
 845           </ul>
 846           <em>Application</em>
 847           <ul>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 850               names without regular expressions also offer links from
 851               Sequence ID
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 855               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 856               update Jalview configuration
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 860               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 864               files with similarly named sequences if dropped onto the
 865               alignment
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 869               entries where more chains exist in the PDB accession than
 870               are reported in the SIFTS file
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 874               the structure view when displayed with Chimera
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 878               panel's View->Show Chains submenu
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 882               work for wrapped alignment views
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 886               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 890               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 891               first annotation row
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 895               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 899               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 900             </li>
 901             <!-- JAL-2319 -->
 902             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 903             coordindate data
 904             </li>
 905           </ul>
 906           <!--           <em>New Known Issues</em>
 907           <ul>
 908             <li></li>
 909           </ul> -->
 910         </div>
 911       </td>
 912     </tr>
 913     <td width="60" nowrap>
 914       <div align="center">
 915         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 916           <em>25/10/2016</em></strong>
 917       </div>
 918     </td>
 919     <td><em>Application</em>
 920       <ul>
 921         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 922           view if structures already loaded</li>
 923         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 924           structure views</li>
 925       </ul></td>
 926     <td>
 927       <div align="left">
 928         <em>General</em>
 929         <ul>
 930           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 931             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 932           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 933             example sequences/projects/trees</li>
 934         </ul>
 935         <em>Application</em>
 936         <ul>
 937           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 938             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 939           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 940             without timeout for structures with multiple models or
 941             multiple sequences in alignment</li>
 942           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 943             PDB ID HEADER line</li>
 944           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 945             is performed</li>
 946           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 947             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 948           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 949           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 950             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 951             option</li>
 952           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 953             is created on the alignment</li>
 954           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 955             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 956             pop-up menu</li>
 957         </ul>
 958         <em>Build and deployment</em>
 959         <ul>
 960           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 961             tags</li>
 962         </ul>
 963         <em>New Known Issues</em>
 964         <ul>
 965           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 966             on Windows</li>
 967         </ul>
 968       </div>
 969     </td>
 970     </tr>
 971     <tr>
 972       <td width="60" nowrap>
 973         <div align="center">
 974           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 975         </div>
 976       </td>
 977       <td><em>General</em>
 978         <ul>
 979           <li>
 980             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 984             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 985             better PDB parsing.
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 989             reference sequence
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 993             mousing over sequence associated annotation
 994           </li>
 995           <li>
 996             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 997             for manual entry
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1001             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1002             for each column
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1006             showing or hiding columns containing a feature
1007           </li>
1008           <li>
1009             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1010             group and sequence associated annotation labels
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1014             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1015             dialogs
1016           </li>
1017
1018         </ul> <em>Application</em>
1019         <ul>
1020           <li>
1021             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1022             gene/transcript view
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1026             dialog
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1030             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1034             Pfam sources to xfam.org
1035           </li>
1036           <li>
1037             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1038           </li>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1041             over sequences in Jalview
1042           </li>
1043           <li>
1044             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1045             regions in ENA and EMBL
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1049             for record retrieval via ENA rest API
1050           </li>
1051           <li>
1052             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1053             complement operator
1054           </li>
1055           <li>
1056             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1057             groovy script execution
1058           </li>
1059           <li>
1060             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1061             alignment window's Calculate menu
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1065             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1069             calculation workers from groovy scripts
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1073             Jalview projects
1074           </li>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1077             associations are now saved/restored from project
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1081             before sequence fetcher is opened
1082           </li>
1083           <li>
1084             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1085             database chooser opens a sequence fetcher
1086           </li>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1089             the UniProt REST API
1090           </li>
1091           <li>
1092             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1093             the news reader opening
1094           </li>
1095           <li>
1096             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1097             querying stored in preferences
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1101             search results
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1108             menu for nucleotide sequences
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1112             and feature counts preserves alignment ordering (and
1113             debugged for complex feature sets).
1114           </li>
1115           <li>
1116             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1117             viewing structures with Jalview 2.10
1118           </li>
1119           <li>
1120             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1121             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1122             Ensembl Genomes REST API
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1126             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1127             (Ensembl)
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1131             sequences
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1135             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1136             data from external database records.
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1140             efficient recovery of sequence coding and alignment
1141             annotation relationships.
1142           </li>
1143         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1144         <ul>
1145           <li>
1146             -- JAL---
1147           </li>
1148         </ul> --></td>
1149       <td>
1150         <div align="left">
1151           <em>General</em>
1152           <ul>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1155               menu on OSX
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1159               includes graduated colourschemes
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1163               working with big alignments and lots of hidden columns
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1167               at right of alignment window
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1171               contents
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1175               for DNA alignments
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1179               based tree calculation
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1183               unconserved enabled for group on alignment
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1187               set as reference
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1191               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1192               annotation
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1196               hidden columns present
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1200               user created annotation added to alignment
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1204               '()' base pair annotation
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1208               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1209               Consensus
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1213               feature not working
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1217               beginning of sequence
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1221               entry 3a6s
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1225               from a tree when t-coffee scores are shown
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1229               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1233               some structures
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1237               to Clustal, PIR and PileUp output
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1241               not visible causes alignment window to repaint
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1245               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1246               scores associated with features and annotation rows
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1250               calculation should be case independent
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1254               columns
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1258               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1259               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1263               problems when reference sequence defined and 'show
1264               non-conserved' enabled
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1268               load even when Consensus calculation is disabled
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1272               alignment does nothing
1273             </li>
1274           </ul>
1275           <em>Application</em>
1276           <ul>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1279               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1280               yet fixed for El Capitan)
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1284               output when running on non-gb/us i18n platforms
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1288               hidden sequences as flat-file alignment
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1292               launching Chimera
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1296               (also hotfix for 2.9.0b2)
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1300               reference sequence defined
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1304               alignments and views when revealing hidden columns
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1308               view in a cDNA/Protein splitframe
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1312               sequence from project when only one sequence is
1313               represented
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1317               in Structure Chooser
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1321               structure consensus didn't refresh annotation panel
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1325               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1329               dialogs format columns correctly, don't display array
1330               data, sort columns according to type
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1334               file chooser is cancelled during an image export
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1338               sequence name containing special characters
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1342               case insensitive
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1346               formatting don't wrap
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1350               truncated so L looks like I in consensus annotation
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1354               currently displayed features for the current selection or
1355               view
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1359               after fetching cross-references, and restoring from
1360               project
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1364               followed in the structure viewer
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1368               splitframe not restored from project
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1372               trailing end of protein alignment in transcript/product
1373               splitview when pad-gaps not enabled by default
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1377               is case dependent
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1381               article has been read (reopened issue due to
1382               internationalisation problems)
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1386               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1387               cross-references
1388             </li>
1389
1390             <li>
1391               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1392               alignment as HTML
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1396               multiple structures are shown for one or more sequences.
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1400               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1401               is enabled.
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1405               specific PDB id for sequence
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1409               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1410               columns' is disabled.
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1414               selects lowest rather than highest resolution structures
1415               for each sequence
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1419               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1423               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1427               after clicking on it to create new annotation for a
1428               column.
1429             </li>
1430             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1431             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1432           </ul>
1433           <em>Applet</em>
1434           <ul>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1437               hidden columns present before start of sequence
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1441               (JSON jars)
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1445               sequences are hidden in applet
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1449               deployment on examples pages.
1450             </li>
1451           </ul>
1452         </div>
1453       </td>
1454     </tr>
1455     <tr>
1456       <td width="60" nowrap>
1457         <div align="center">
1458           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1459             <em>16/10/2015</em></strong>
1460         </div>
1461       </td>
1462       <td><em>General</em>
1463         <ul>
1464           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1465             jars</li>
1466         </ul></td>
1467       <td>
1468         <div align="left">
1469           <em>Application</em>
1470           <ul>
1471             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1472               shown when tree is partitioned</li>
1473             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1474               multiple cDNA/Protein split views</li>
1475           </ul>
1476         </div>
1477       </td>
1478     </tr>
1479     <tr>
1480       <td width="60" nowrap>
1481         <div align="center">
1482           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1483             <em>8/10/2015</em></strong>
1484         </div>
1485       </td>
1486       <td><em>General</em>
1487         <ul>
1488           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1489             2.9</li>
1490         </ul> <em>Application</em>
1491         <ul>
1492           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1493           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1494           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1495         </ul> <em>Applet</em>
1496         <ul>
1497           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1498         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1499         <ul>
1500           <li>
1501             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1502             suite
1503           </li>
1504         </ul></td>
1505       <td>
1506         <div align="left">
1507           <em>General</em>
1508           <ul>
1509             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1510               incorrect when sequence start > 1</li>
1511             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1512               documentation</li>
1513             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1514             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1515               loading a features file containing HTML tags in feature
1516               description</li>
1517
1518           </ul>
1519           <em>Application</em>
1520           <ul>
1521             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1522               reimport</li>
1523             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1524               with 'trim retrieved sequences'</li>
1525             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1526               deleting selected columns</li>
1527             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1528               JNLP templates for webstart launch</li>
1529             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1530               unreleased structures for download or viewing</li>
1531             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1532               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1533             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1534               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1535             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1536               recovered from jalview project</li>
1537             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1538               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1539               alignment view</li>
1540             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1541               color schemes from BioJSON</li>
1542           </ul>
1543           <em>Applet</em>
1544           <ul>
1545             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1546               frame</li>
1547             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1548           </ul>
1549         </div>
1550       </td>
1551     </tr>
1552     <tr>
1553       <td><div align="center">
1554           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1555         </div></td>
1556       <td><em>General</em>
1557         <ul>
1558           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1559             alignments:
1560             <ul>
1561               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1562                 and DNA alignment views</li>
1563               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1564                 cDNA alignment views</li>
1565               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1566                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1567               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1568                 protein sequences</li>
1569             </ul>
1570           </li>
1571           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1572           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1573             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1574           <li>New alignment annotation file statements for
1575             reference sequences and marking hidden columns</li>
1576           <li>Reference sequence based alignment shading to
1577             highlight variation</li>
1578           <li>Select or hide columns according to alignment
1579             annotation</li>
1580           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1581           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1582             acid conservation row</li>
1583           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1584         </ul> <em>Application</em>
1585         <ul>
1586           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1587             <ul>
1588               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1589                 view with cDNA/Protein</li>
1590               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1591                 sequences are placed in the same alignment</li>
1592               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1593                 projects</li>
1594             </ul>
1595           </li>
1596
1597           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1598           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1599             Jalview windows</li>
1600
1601           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1602           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1603           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1604             be shown in VARNA</li>
1605
1606           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1607             as the active selected region</li>
1608
1609           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1610             similarity</li>
1611           <li>New Export options
1612             <ul>
1613               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1614                 region export in flat file generation</li>
1615
1616               <li>Export alignment views for display with the <a
1617                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1618
1619               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1620               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1621                 alignment figures to HTML</li>
1622           </li>
1623           <li>3D structure retrieval and display
1624             <ul>
1625               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1626                 Search API</li>
1627               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1628                 PDB structures for a sequence set</li>
1629             </ul>
1630           </li>
1631
1632           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1633             predictions</li>
1634           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1635             for one or a group of sequences</li>
1636           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1637             from the JPred4 web server</li>
1638           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1639             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1640             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1641           </li>
1642           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1643             VARNA 2D Structure'</li>
1644           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1645             Structure ..."</li>
1646
1647         </ul> <em>Applet</em>
1648         <ul>
1649           <li>New layout for applet example pages</li>
1650           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1651             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1652           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1653             Protein alignments</li>
1654         </ul> <em>Development and deployment</em>
1655         <ul>
1656           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1657           <li>Include installation type and git revision in build
1658             properties and console log output</li>
1659           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1660             storing BioJsMSA Templates</li>
1661           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1662         </ul></td>
1663       <td>
1664         <!-- <em>General</em>
1665         <ul>
1666         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1667         <ul>
1668           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1669           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1670           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1671             predictions are not highlighted in amber</li>
1672           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1673             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1674           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1675             associated structure views</li>
1676           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1677             width checkbox not enabled</li>
1678           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1679             creating user defined colours</li>
1680           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1681             mappings for just that viewer's sequences</li>
1682           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1683             multiple models in Chimera</li>
1684           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1685             over Jmol structure</li>
1686           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1687             output to text box</li>
1688           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1689             have incorrect sequence start/end</li>
1690           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1691             Jalview fails</li>
1692           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1693             work for nucleotide</li>
1694           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1695             to a grey/invisible alignment window</li>
1696           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1697             imports to different position</li>
1698           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1699             on some platforms</li>
1700           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1701             populated</li>
1702           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1703             console if Chimera has been opened</li>
1704           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1705           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1706             retrieved</li>
1707           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1708           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1709             either sequence shows on first structure</li>
1710           <li>'Show annotations' options should not make
1711             non-positional annotations visible</li>
1712           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1713             in right place after 'view flanking regions'</li>
1714           <li>File Save As type unset when current file format is
1715             unknown</li>
1716           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1717             projects</li>
1718           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1719             responsive</li>
1720           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1721             several views on same alignment</li>
1722           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1723           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1724             spaces</li>
1725         </ul> <em>Applet</em>
1726         <ul>
1727           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1728           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1729             descriptions containing angle brackets</li>
1730         </ul> <em>General</em>
1731         <ul>
1732           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1733             via jalview annotation file</li>
1734           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1735             with RNA secondary structure</li>
1736           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1737             translation doesn't work.</li>
1738           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1739           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1740             positions</li>
1741           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1742             choosing 1pt font</li>
1743           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1744             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1745             'h'</li>
1746           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1747             new feature</li>
1748           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1749             order dependent</li>
1750           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1751             sequences</li>
1752           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1753         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1754         <ul>
1755           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1756             www.jalview.org</li>
1757         </ul> <em>Application Known issues</em>
1758         <ul>
1759           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1760           <li>Misleading message appears after trying to delete
1761             solid column.</li>
1762           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1763             version launches</li>
1764           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1765             fails with a sequence mismatch</li>
1766           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1767             scrolling alignment to right</li>
1768           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1769             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1770           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1771             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1772           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1773             ultra-high resolution</li>
1774           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1775             quality and conservation</li>
1776           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1777             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1778         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1779         <ul>
1780           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1781           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1782             window is being resized</li>
1783
1784         </ul>
1785       </td>
1786     </tr>
1787     <tr>
1788       <td><div align="center">
1789           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1790         </div></td>
1791       <td><em>General</em>
1792         <ul>
1793           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1794             Certum.PL.</li>
1795           <li>Features and annotation preserved when performing
1796             pairwise alignment</li>
1797           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1798             imported/exported/displayed</li>
1799           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1800             protein secondary structure</li>
1801           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1802               post-hoc with 2.9 release</em>)
1803           </li>
1804
1805         </ul> <em>Application</em>
1806         <ul>
1807           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1808             with 3D structures</li>
1809           <li>Support for parsing RNAML</li>
1810           <li>Annotations menu for layout
1811             <ul>
1812               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1813               <li>place sequence annotation above/below alignment
1814                 annotation</li>
1815             </ul>
1816           <li>Output in Stockholm format</li>
1817           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1818             translation</li>
1819           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1820           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1821             shared between alignments</li>
1822           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1823             Jalview</li>
1824           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1825             all or current selection</li>
1826           <li>disorder and secondary structure predictions
1827             available as dataset annotation</li>
1828           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1829
1830
1831           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1832             alignments from Rfam</li>
1833           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1834
1835           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1836             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1837           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1838           <li>include installation type in build properties and
1839             console log output</li>
1840           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1841             annotation</li>
1842         </ul></td>
1843       <td>
1844         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1845         <ul>
1846           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1847             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1848           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1849             alignment</li>
1850           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1851           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1852           <li>Double click on sequence associated annotation
1853             selects only first column</li>
1854           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1855             leaves shown in tree</li>
1856           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1857             properly</li>
1858           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1859           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1860             screen and buttons not visible</li>
1861           <li>author list isn't updated if already written to
1862             Jalview properties</li>
1863           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1864             from database</li>
1865           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1866           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1867             browser search window</li>
1868           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1869             in feature settings dialog</li>
1870           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1871             desktop</li>
1872           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1873             pass validation</li>
1874           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1875             fit on screen</li>
1876           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1877             tooltip</li>
1878           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1879             defined user preset</li>
1880           <li>MSA web services warns user if they were launched
1881             with invalid input</li>
1882           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1883             Java 8</li>
1884           <li>
1885             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1886             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1887             created
1888           </li>
1889
1890         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1891         <ul>
1892         </ul> <em>General</em>
1893         <ul>
1894         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1895         <ul>
1896           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1897             memory allocation</li>
1898           <li>launchApp service doesn't automatically open
1899             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1900           <li>
1901             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1902             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1903             1.7_055 is available
1904           </li>
1905         </ul> <em>Application Known issues</em>
1906         <ul>
1907           <li>
1908             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1909             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1910             alignment to right
1911           </li>
1912           <li>
1913             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1914             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1915             with large number of ID
1916           </li>
1917           <li>
1918             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1919             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1920             start/end
1921           </li>
1922           <li>
1923             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1924             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1925             structure tracks are rearranged
1926           </li>
1927           <li>
1928             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1929             invalid rna structure positional highlighting does not
1930             highlight position of invalid base pairs
1931           </li>
1932           <li>
1933             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1934             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1935             project from alignment window file menu
1936           </li>
1937           <li>
1938             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1939             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1940             structures
1941           </li>
1942           <li>
1943             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1944             colour by RNA Helices not enabled when user created
1945             annotation added to alignment
1946           </li>
1947           <li>
1948             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1949             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1950           </li>
1951         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1952         <ul>
1953           <li>
1954             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1955             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1956           </li>
1957           <li>
1958             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1959             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1960           </li>
1961
1962           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1963             when selected</li>
1964         </ul>
1965       </td>
1966     </tr>
1967     <tr>
1968       <td><div align="center">
1969           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1970         </div></td>
1971       <td>
1972         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1973         <em>General</em>
1974         <ul>
1975           <li>Internationalisation of user interface (usually
1976             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1977           <li>Define/Undefine group on current selection with
1978             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1979           <li>Improved group creation/removal options in
1980             alignment/sequence Popup menu</li>
1981           <li>Sensible precision for symbol distribution
1982             percentages shown in logo tooltip.</li>
1983           <li>Annotation panel height set according to amount of
1984             annotation when alignment first opened</li>
1985         </ul> <em>Application</em>
1986         <ul>
1987           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1988             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1989           <li>Select columns containing particular features from
1990             Feature Settings dialog</li>
1991           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1992             sequences</li>
1993           <li>Update Jalview project format:
1994             <ul>
1995               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1996               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1997                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1998               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1999                 colouring</li>
2000             </ul>
2001           </li>
2002           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2003             (PAM250)</li>
2004           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2005             flanking regions for an alignment</li>
2006         </ul>
2007       </td>
2008       <td>
2009         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2010         <ul>
2011           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2012             running after job is cancelled</li>
2013           <li>cannot export features from alignments imported from
2014             Jalview/VAMSAS projects</li>
2015           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2016             float values</li>
2017           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2018             have 'display all symbols' flag set</li>
2019           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2020             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2021           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2022             Jalview</li>
2023           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2024             Lion/Webstart</li>
2025           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2026           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2027           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2028             alignment onto desktop</li>
2029           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2030             'extract scores' function</li>
2031           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2032             alignment window</li>
2033           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2034             performing IUPred disorder prediction</li>
2035           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2036             changing 'normalise logo' display setting</li>
2037           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2038             nothing matches query</li>
2039           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2040             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2041           </li>
2042           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2043             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2044           </li>
2045           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2046             Jalview's menu</li>
2047           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2048             'invalid literal/length code'</li>
2049           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2050             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2051           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2052             colourscheme</li>
2053
2054         </ul> <em>Applet</em>
2055         <ul>
2056           <li>Remove group option is shown even when selection is
2057             not a group</li>
2058           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2059             don't affect groups</li>
2060           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2061             colourscheme name</li>
2062           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2063             Annotation panel is not displayed</li>
2064           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2065             embedded windows</li>
2066         </ul> <em>Other</em>
2067         <ul>
2068           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2069             single sequence were not calculated</li>
2070           <li>annotation files that contain only groups imported as
2071             annotation and junk sequences</li>
2072           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2073             recognised as PFAM or BLC</li>
2074           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2075             doesn't affect background (2.8.0b1)
2076           <li></li>
2077           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2078           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2079             trailing gaps</li>
2080           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2081             registered correctly on import</li>
2082           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2083             certain alignments</li>
2084           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2085             existing annotation based 'use original colours'
2086             colourscheme loses original colours setting</li>
2087         </ul>
2088       </td>
2089     </tr>
2090     <tr>
2091       <td><div align="center">
2092           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2093             <em>30/1/2014</em></strong>
2094         </div></td>
2095       <td>
2096         <ul>
2097           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2098             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2099             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2100             open source project).
2101           </li>
2102           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2103           <li>Output in Stockholm format</li>
2104           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2105           <li>Export/import group and sequence associated line
2106             graph thresholds</li>
2107           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2108             ambiguity codes</li>
2109           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2110             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2111             works</li>
2112           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2113         </ul> <em>Other improvements</em>
2114         <ul>
2115           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2116           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2117             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2118           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2119             files</li>
2120           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2121           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2122             link but no description</li>
2123           <li>Select primary source when selecting authority in
2124             database fetcher GUI</li>
2125           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2126             Jalview</li>
2127           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2128         </ul>
2129       </td>
2130       <td>
2131         <ul>
2132           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2133             displayed</li>
2134           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2135             secondary structure annotation line</li>
2136           <li>Sequence database accessions not imported when
2137             fetching alignments from Rfam</li>
2138           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2139             identical IDs</li>
2140           <li>View all structures does not always superpose
2141             structures</li>
2142           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2143             reflect user or preset settings</li>
2144           <li>Null pointer exceptions for some services without
2145             presets or adjustable parameters</li>
2146           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2147             discover PDB xRefs</li>
2148           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2149             features with DAS</li>
2150           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2151             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2152           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2153             residue follows a gap</li>
2154           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2155             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2156           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2157             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2158           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2159             annotation already exists on alignment</li>
2160           <li>oninit javascript function should be called after
2161             initialisation completes</li>
2162           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2163             alignment window display</li>
2164           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2165           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2166             to annotation file</li>
2167           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2168             groups created</li>
2169           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2170             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2171           <li>Pressing return several times causes Number Format
2172             exceptions in keyboard mode</li>
2173           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2174             correct partitions for input data</li>
2175           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2176           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2177           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2178           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2179             mode</li>
2180           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2181             changes one row&#39;s threshold</li>
2182           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2183             doesn&#39;t open</li>
2184           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2185             quality histograms</li>
2186         </ul>
2187       </td>
2188     </tr>
2189     <tr>
2190       <td><div align="center">
2191           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2192         </div></td>
2193       <td><em>Application</em>
2194         <ul>
2195           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2196             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2197           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2198             preferences</li>
2199           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2200             in Jalview alignment window</li>
2201           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2202             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2203           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2204             RNA and ambiguity codes</li>
2205
2206           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2207           <li>Support fetching and database reference look up
2208             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2209             refs')</li>
2210           <li>Jalview project improvements
2211             <ul>
2212               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2213                 flag for annotation</li>
2214               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2215                 alignment</li>
2216               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2217                 Jalview project</li>
2218
2219             </ul>
2220           </li>
2221           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2222           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2223             running</li>
2224           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2225           <li>visual indication that web service results are still
2226             being retrieved from server</li>
2227           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2228             starts up for first time</li>
2229           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2230             services</li>
2231           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2232             client library</li>
2233           <li>Examples directory and Groovy library included in
2234             InstallAnywhere distribution</li>
2235         </ul> <em>Applet</em>
2236         <ul>
2237           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2238             visualization applet example</li>
2239         </ul> <em>General</em>
2240         <ul>
2241           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2242           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2243             defaults</li>
2244           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2245             calculation</li>
2246           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2247             matrices
2248           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2249             in HTML</li>
2250           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2251             structure contacts</li>
2252           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2253           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2254           <li>Parse sequence associated secondary structure
2255             information in Stockholm files</li>
2256           <li>HTML Export database accessions and annotation
2257             information presented in tooltip for sequences</li>
2258           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2259             style RNA alignment files</li>
2260           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2261             alignment</li>
2262           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2263             shade each sequence according to its associated alignment
2264             annotation</li>
2265           <li>New Jalview Logo</li>
2266         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2267         <ul>
2268           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2269           <li>New Website!</li>
2270         </ul></td>
2271       <td><em>Application</em>
2272         <ul>
2273           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2274             wsdbfetch REST service</li>
2275           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2276           <li>Filetype associations not installed for webstart
2277             launch</li>
2278           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2279             job execution in full once it is complete</li>
2280           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2281             uploaded via ali_file parameter</li>
2282           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2283           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2284           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2285             submitted for prediction</li>
2286           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2287             desktop window</li>
2288           <li>Putting fractional value into integer text box in
2289             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2290           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2291             windows 7</li>
2292           <li>View all structures fails with exception shown in
2293             structure view</li>
2294           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2295             escaped in a platform independent way</li>
2296           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2297             using proxy</li>
2298           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2299             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2300           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2301             failure when java web start temporary file caching is
2302             disabled</li>
2303           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2304             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2305           <li>Errors during processing of command line arguments
2306             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2307           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2308             DAS sources in sequence fetcher</li>
2309           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2310             dialog is shown</li>
2311           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2312           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2313           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2314           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2315             on OSX Mountain Lion</li>
2316           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2317             sequences with alignment annotation are pasted into the
2318             alignment</li>
2319           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2320             when loaded from Jalview project</li>
2321           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2322           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2323             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2324           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2325             associated with all views</li>
2326           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2327             annotation rows to new window</li>
2328         </ul> <em>Applet</em>
2329         <ul>
2330           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2331             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2332           <li>loading features via javascript API automatically
2333             enables feature display</li>
2334           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2335             work</li>
2336         </ul> <em>General</em>
2337         <ul>
2338           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2339           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2340             and then deselected</li>
2341           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2342           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2343             coloured with clustalx</li>
2344           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2345             exceptions and redraw errors</li>
2346           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2347             reconfigured view</li>
2348           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2349             colour</li>
2350           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2351             for lots of labels</li>
2352         </ul>
2353     </tr>
2354     <tr>
2355       <td>
2356         <div align="center">
2357           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2358         </div>
2359       </td>
2360       <td><em>Application</em>
2361         <ul>
2362           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2363           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2364           <li>View/alignment association menu to enable user to
2365             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2366             its colours/correspondences from</li>
2367           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2368           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2369             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2370           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2371           <li>Annotation row column label formatting attributes
2372             stored in project file</li>
2373           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2374             rows preserved in Jalview project file</li>
2375           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2376             saved using Desktop window menu</li>
2377           <li>Visual indication that command line arguments are
2378             still being processed</li>
2379           <li>Groovy script execution from URL</li>
2380           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2381             preferences</li>
2382           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2383             alignment with sequences that have high similarity and
2384             matching IDs</li>
2385           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2386           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2387             structures in same window</li>
2388           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2389           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2390             analysis function in its own submenu</li>
2391         </ul> <em>Applet</em>
2392         <ul>
2393           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2394             groups</li>
2395           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2396           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2397           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2398           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2399           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2400             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2401           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2402           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2403             parameters are treated as such</li>
2404           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2405             <ul>
2406               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2407               <li>Javascript callbacks for
2408                 <ul>
2409                   <li>Applet initialisation</li>
2410                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2411                 </ul>
2412               </li>
2413               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2414                 functions</li>
2415               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2416               <li>javascript structure viewer harness to pass
2417                 messages between Jmol and Jalview when running as
2418                 distinct applets</li>
2419               <li>sortBy method</li>
2420               <li>Set of applet and application examples shipped
2421                 with documentation</li>
2422               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2423                 javascript message exchange</li>
2424             </ul>
2425         </ul> <em>General</em>
2426         <ul>
2427           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2428             multiple alignments</li>
2429           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2430           <li>User configurable link to enable redirects to a
2431             www.Jalview.org mirror</li>
2432           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2433           <li>Configurable newline string when writing alignment
2434             and other flat files</li>
2435           <li>Allow alignment annotation description lines to
2436             contain html tags</li>
2437         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2438         <ul>
2439           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2440             examples</li>
2441           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2442             using a web service before displaying the result in the
2443             Jalview desktop</li>
2444           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2445           <li>Ant target to publish example html files with applet
2446             archive</li>
2447           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2448           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2449         </ul></td>
2450       <td><em>Application</em>
2451         <ul>
2452           <li>User defined colourscheme throws exception when
2453             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2454           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2455             dialog for valid filename/format</li>
2456           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2457           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2458             P37173</li>
2459           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2460             which sequence is to be associated with the file</li>
2461           <li>Find All raises null pointer exception when query
2462             only matches sequence IDs</li>
2463           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2464           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2465             2.4 cannot be loaded</li>
2466           <li>Filetype associations not installed for webstart
2467             launch</li>
2468           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2469             with sequences in different alignments do not get coloured
2470             by their associated sequence</li>
2471           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2472             not preserved when project is loaded</li>
2473           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2474             stored in Jalview project</li>
2475           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2476             Jalview project</li>
2477           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2478           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2479             by conservation</li>
2480           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2481             created on new view</li>
2482           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2483             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2484           <li>Alignment quality not updated after alignment
2485             annotation row is hidden then shown</li>
2486           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2487             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2488           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2489             properly</li>
2490           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2491             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2492           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2493           <li>Structures imported from file and saved in project
2494             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2495           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2496             job execution in full once it is complete</li>
2497         </ul> <em>Applet</em>
2498         <ul>
2499           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2500             annotation rows are displayed</li>
2501           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2502             codebase</li>
2503           <li>View follows highlighting does not work for positions
2504             in sequences</li>
2505           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2506           <li>Export features raises exception when no features
2507             exist</li>
2508           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2509             for javascript api is modified when separator string
2510             provided as parameter</li>
2511           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2512             alignment with no existing selection</li>
2513           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2514             to applet&#39;s codebase</li>
2515           <li>Status bar not updated after finished searching and
2516             search wraps around to first result</li>
2517           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2518             several Jalview applets causes race conditions and memory
2519             leaks</li>
2520           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2521             not sent from Jmol in applet</li>
2522           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2523             applet API fatally hang browser</li>
2524         </ul> <em>General</em>
2525         <ul>
2526           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2527             position with wrapped view and hidden regions</li>
2528           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2529             with/without hidden columns</li>
2530           <li>Sequence length given in alignment properties window
2531             is off by 1</li>
2532           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2533             import PDB like structure files</li>
2534           <li>Positional search results are only highlighted
2535             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2536           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2537           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2538             given sequence position</li>
2539           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2540             output</li>
2541           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2542             from nucleotide chains correctly</li>
2543           <li>Structure colours not updated when tree partition
2544             changed in alignment</li>
2545           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2546             parsed in interleaved stockholm</li>
2547           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2548             state</li>
2549           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2550             properly</li>
2551           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2552             properly associated with their pdb files</li>
2553         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2554         <ul>
2555           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2556             ApplyCopyright tool</li>
2557         </ul></td>
2558     </tr>
2559     <tr>
2560       <td>
2561         <div align="center">
2562           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2563         </div>
2564       </td>
2565       <td><em>Application</em>
2566         <ul>
2567           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2568             contact web services</li>
2569           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2570             service job window</li>
2571           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2572         </ul></td>
2573       <td>
2574         <ul>
2575           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2576             pir file emitted by Jalview</li>
2577           <li>Existing feature settings transferred to new
2578             alignment view created from cut'n'paste</li>
2579           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2580             parsing PDB files</li>
2581           <li>Consensus and conservation annotation rows
2582             occasionally become blank for all new windows</li>
2583           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2584             in wrapped view mode</li>
2585         </ul> <em>Application</em>
2586         <ul>
2587           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2588             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2589           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2590             parameter names</li>
2591           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2592             is down</li>
2593         </ul>
2594       </td>
2595     </tr>
2596     <tr>
2597       <td>
2598         <div align="center">
2599           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2600         </div>
2601       </td>
2602       <td><em>Application</em>
2603         <ul>
2604           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2605             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2606             (JABAWS)
2607           </li>
2608           <li>Web Services preference tab</li>
2609           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2610             preferences</li>
2611           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2612           <li>Superpose structures using associated sequence
2613             alignment</li>
2614           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2615             viewer</li>
2616         </ul> <em>Applet</em>
2617         <ul>
2618           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2619             link out mechanism</li>
2620         </ul> <em>Other</em>
2621         <ul>
2622           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2623             series 12</li>
2624           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2625             require Java 1.5</li>
2626           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2627             sequence annotation files</li>
2628           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2629             type colour specification</li>
2630           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2631             script to check if it being run in an interactive session or
2632             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2633         </ul></td>
2634       <td>
2635         <ul>
2636           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2637             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2638         </ul> <em>Application</em>
2639         <ul>
2640           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2641             selected Regions menu item</li>
2642           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2643             part of a valid accession ID</li>
2644           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2645             runs out of memory</li>
2646           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2647             analysis results</li>
2648           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2649             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2650           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2651         </ul> <em>Applet</em>
2652         <ul>
2653           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2654             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2655             defined.</li>
2656         </ul>
2657       </td>
2658     </tr>
2659     <tr>
2660       <td>
2661         <div align="center">
2662           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2663         </div>
2664       </td>
2665       <td></td>
2666       <td>
2667         <ul>
2668           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2669             sequence IDs</li>
2670           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2671             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2672           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2673             import correctly</li>
2674           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2675             number of columns are hidden</li>
2676           <li>annotation label popup menu not providing correct
2677             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2678             present</li>
2679           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2680             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2681           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2682             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2683
2684         </ul> <em>Applet</em>
2685         <ul>
2686           <li>annotation panel disappears when annotation is
2687             hidden/removed</li>
2688         </ul> <em>Application</em>
2689         <ul>
2690           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2691             alignment opened where annotation panel is visible but no
2692             annotations are present on alignment</li>
2693           <li>pasted region containing hidden columns is
2694             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2695           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2696             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2697           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2698             selected Rregions menu item.</li>
2699           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2700             'Un' or 'Non'conserved</li>
2701           <li>Sequence feature settings are being shared by
2702             multiple distinct alignments</li>
2703           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2704             changed</li>
2705           <li>double click on group annotation to select sequences
2706             does not propagate to associated trees</li>
2707           <li>Mac OSX specific issues:
2708             <ul>
2709               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2710                 window background</li>
2711               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2712                 name set correctly</li>
2713               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2714                 save feature colourscheme button</li>
2715             </ul>
2716           </li>
2717         </ul>
2718       </td>
2719     </tr>
2720     <tr>
2721
2722       <td>
2723         <div align="center">
2724           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2725         </div>
2726       </td>
2727       <td><em>New Capabilities</em>
2728         <ul>
2729           <li>URL links generated from description line for
2730             regular-expression based URL links (applet and application)
2731
2732           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2733             menu</li>
2734           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2735             structures</li>
2736           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2737             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2738           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2739             average score or total feature count for each sequence.</li>
2740           <li>Shading features by score or associated description</li>
2741           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2742             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2743           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2744             hide everything but the currently selected region.</li>
2745           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2746         </ul> <em>Application</em>
2747         <ul>
2748           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2749             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2750           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2751             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2752           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2753             database references and protein_name is parsed as
2754             description line (BioSapiens terms).</li>
2755           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2756             references in sequence ID tooltip from View menu in
2757             application.</li>
2758           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2759       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2760           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2761             conservation plots</li>
2762           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2763             and visualized as sequence logos</li>
2764           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2765             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2766           </li>
2767           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2768             when a new tree is opened.</li>
2769           <li>Jalview Java Console</li>
2770           <li>Better placement of desktop window when moving
2771             between different screens.</li>
2772           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2773             consensus annotation</li>
2774           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2775             Workflows</li>
2776           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2777             <ul>
2778               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2779                 used to preserve views, structures, and tree display
2780                 settings)</li>
2781               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2782                 command line</li>
2783               <li>Sharing of selected regions between views and
2784                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2785               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2786             </ul></li>
2787         </ul> <em>Applet</em>
2788         <ul>
2789           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2790           <li>New Parameters
2791             <ul>
2792               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2793                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2794                 opened.</li>
2795               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2796                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2797               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2798                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2799               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2800                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2801                 view</li>
2802               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2803                 increase the height or width of a cell in the alignment
2804                 grid relative to the current font size.</li>
2805             </ul>
2806           </li>
2807           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2808             tooltip</li>
2809         </ul> <em>Other</em>
2810         <ul>
2811           <li>Features format: graduated colour definitions and
2812             specification of feature scores</li>
2813           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2814             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2815             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2816           <li>XML formats extended to support graduated feature
2817             colourschemes, group associated annotation, and profile
2818             visualization settings.</li></td>
2819       <td>
2820         <ul>
2821           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2822             rather than description</li>
2823           <li>Non-positional features are now included in sequence
2824             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2825             visibility in tooltip).</li>
2826           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2827           <li>Added URL embedding instructions to features file
2828             documentation.</li>
2829           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2830             'X' in peptide product</li>
2831           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2832             sequence ID and sequence string and query strings do not
2833             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2834           <li>AMSA files only contain first column of
2835             multi-character column annotation labels</li>
2836           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2837             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2838             exported and re-imported)</li>
2839           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2840             name</li>
2841           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2842             as subsequence matches, and correctly reports total number
2843             of both.</li>
2844           <li>Application:
2845             <ul>
2846               <li>Better handling of exceptions during sequence
2847                 retrieval</li>
2848               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2849                 link text excludes the start_end suffix</li>
2850               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2851                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2852               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2853               <li>Sequence description lines properly shared via
2854                 VAMSAS</li>
2855               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2856                 data sources</li>
2857               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2858                 completes before alignment figures are generated.</li>
2859               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2860                 first time.</li>
2861               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2862                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2863               <li>User defined group colours properly recovered
2864                 from Jalview projects.</li>
2865             </ul>
2866           </li>
2867         </ul>
2868       </td>
2869
2870     </tr>
2871     <tr>
2872       <td>
2873         <div align="center">
2874           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2875         </div>
2876       </td>
2877       <td>
2878         <ul>
2879           <li>Experimental support for google analytics usage
2880             tracking.</li>
2881           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2882         </ul>
2883       </td>
2884       <td>
2885         <ul>
2886           <li>Race condition in applet preventing startup in
2887             jre1.6.0u12+.</li>
2888           <li>Exception when feature created from selection beyond
2889             length of sequence.</li>
2890           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2891           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2892             all sequences with a given id</li>
2893           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2894             ID string searches</li>
2895           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2896             alignment to fail with exception</li>
2897         </ul> <em>Application Issues</em>
2898         <ul>
2899           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2900           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2901             data sources</li>
2902         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2903         <ul>
2904           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2905             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2906           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2907             version (java class versioning error fixed)</li>
2908         </ul>
2909       </td>
2910     </tr>
2911     <tr>
2912       <td>
2913
2914         <div align="center">
2915           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2916         </div>
2917       </td>
2918       <td><em>User Interface</em>
2919         <ul>
2920           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2921             translation and protein products</li>
2922           <li>Linked highlighting of structure associated with
2923             residue mapping to codon position</li>
2924           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2925             and 'clear' button</li>
2926           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2927             Tools menu</li>
2928           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2929             numeric data in description line</li>
2930           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2931           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2932             of sequence</li>
2933         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2934         <ul>
2935           <li>JPred3 web service</li>
2936           <li>Prototype sequence search client (no public services
2937             available yet)</li>
2938           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2939             PFAM</li>
2940           <li>URL Links created for matching database cross
2941             references as well as sequence ID</li>
2942           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2943         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2944         <ul>
2945           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2946             databases</li>
2947           <li>Generalised database reference retrieval and
2948             validation to all fetchable databases</li>
2949           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2950             sequence command</li>
2951         </ul> <em>Import and Export</em>
2952         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2953         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2954           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2955         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2956           File</li>
2957         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2958           triplet as name of colourscheme</li>
2959         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2960         <ul>
2961           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2962           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2963             alignments (experimental)</li>
2964           <li>Create new or select existing session to join</li>
2965           <li>load and save of vamsas documents</li>
2966         </ul> <em>Application command line</em>
2967         <ul>
2968           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2969             from applet)</li>
2970           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2971             of DAS servers to query for alignment features</li>
2972           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2973             that are also automatically queried for features</li>
2974           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2975             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2976         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2977         <ul>
2978           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2979             application (when using &quot;View in full
2980             application&quot;)</li>
2981         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2982         <ul>
2983           <li>feature group display control parameter</li>
2984           <li>debug parameter</li>
2985           <li>showbutton parameter</li>
2986         </ul> <em>Applet API methods</em>
2987         <ul>
2988           <li>newView public method</li>
2989           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2990           <li>Feature display control methods</li>
2991           <li>get list of currently selected sequences</li>
2992         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2993         <ul>
2994           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2995           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2996             Jalview release.</li>
2997           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2998             property controls execution of obfuscator</li>
2999           <li>Build target for generating source distribution</li>
3000           <li>Debug flag for javacc</li>
3001           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3002             jalview.bin.Cache</li>
3003           <li>Continuous Build Integration for stable and
3004             development version of Application, Applet and source
3005             distribution</li>
3006         </ul></td>
3007       <td>
3008         <ul>
3009           <li>selected region output includes visible annotations
3010             (for certain formats)</li>
3011           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3012             for editing</li>
3013           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3014           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3015           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3016           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3017             comments</li>
3018           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3019             filenames containing a ':'</li>
3020           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3021             global sequence features</li>
3022           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3023             references from alignment sequences goes to zero</li>
3024           <li>Close of tree branch colour box without colour
3025             selection causes cascading exceptions</li>
3026           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3027           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3028             file parsing fails.</li>
3029           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3030           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3031             not a valid output format</li>
3032           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3033             vamsas</li>
3034           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3035           <li>error messages passed up and output when data read
3036             fails</li>
3037           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3038             sequence is edited</li>
3039           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3040             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3041           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3042             filetype</li>
3043           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3044             import fixed for PFAM records</li>
3045           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3046             window list</li>
3047           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3048             can be read and written correctly to annotation file</li>
3049           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3050             correctly</li>
3051           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3052             non-italic font for representatives in Applet</li>
3053           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3054             Macs.</li>
3055           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3056             Applet)</li>
3057           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3058             due to null pointer exceptions</li>
3059           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3060             first column of alignment</li>
3061           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3062             July 2008</li>
3063           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3064             file is case-insensitive</li>
3065           <li>Sequence features read from Features file appended to
3066             all sequences with matching IDs</li>
3067           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3068             containing a sub-sequence</li>
3069           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3070           <li>feature and annotation file applet parameters
3071             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3072           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3073           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3074             splash-screen version check to complete</li>
3075           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3076             when passing them to the launchApp service</li>
3077           <li>display name and local features preserved in results
3078             retrieved from web service</li>
3079           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3080             sequence fetcher initialisation</li>
3081           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3082             dasobert DAS client</li>
3083           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3084             association</li>
3085           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3086             sequences
3087           </li>
3088         </ul>
3089       </td>
3090     </tr>
3091     <tr>
3092       <td>
3093         <div align="center">
3094           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3095         </div>
3096       </td>
3097       <td>
3098         <ul>
3099           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3100           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3101           <li>Slide sequences</li>
3102           <li>Edit sequence in place</li>
3103           <li>EMBL CDS features</li>
3104           <li>DAS Feature mapping</li>
3105           <li>Feature ordering</li>
3106           <li>Alignment Properties</li>
3107           <li>Annotation Scores</li>
3108           <li>Sort by scores</li>
3109           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3110         </ul>
3111       </td>
3112       <td>
3113         <ul>
3114           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3115           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3116           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3117           <li>Feature group display state in XML</li>
3118           <li>Feature ordering in XML</li>
3119           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3120           <li>Stockholm alignment properties</li>
3121           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3122           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3123           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3124           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3125         </ul>
3126       </td>
3127
3128     </tr>
3129     <tr>
3130       <td>
3131         <div align="center">
3132           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3133         </div>
3134       </td>
3135       <td>
3136         <ul>
3137           <li>Non standard characters can be read and displayed
3138           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3139             applet via textbox
3140           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3141             name &amp; description
3142           <li>Preference setting to display sequence name in
3143             italics
3144           <li>Annotation file format extended to allow
3145             Sequence_groups to be defined
3146           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3147             specified in preferences
3148           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3149             sequences
3150         </ul>
3151       </td>
3152       <td>
3153         <ul>
3154           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3155             installed
3156           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3157           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3158         </ul>
3159       </td>
3160     </tr>
3161     <tr>
3162       <td>
3163         <div align="center">
3164           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3165         </div>
3166       </td>
3167       <td>
3168         <ul>
3169           <li>Multiple views on alignment
3170           <li>Sequence feature editing
3171           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3172           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3173           <li>Background dependent text colour
3174           <li>Right align sequence ids
3175           <li>User-defined lower case residue colours
3176           <li>Format Menu
3177           <li>Select Menu
3178           <li>Menu item accelerator keys
3179           <li>Control-V pastes to current alignment
3180           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3181           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3182           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3183
3184           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3185         </ul>
3186       </td>
3187       <td>
3188         <ul>
3189           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3190           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3191             calculations
3192           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3193             edits
3194           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3195             of alignment)
3196           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3197
3198           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3199             display correctly
3200           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3201           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3202             analysis results
3203           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3204             &#8739;
3205           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3206           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3207           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3208
3209         </ul>
3210       </td>
3211     </tr>
3212     <tr>
3213       <td>
3214         <div align="center">
3215           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3216         </div>
3217       </td>
3218       <td>
3219         <ul>
3220           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3221         </ul>
3222       </td>
3223       <td>
3224         <ul>
3225           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3226             sequence id panel has been resized</li>
3227           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3228             rendered</li>
3229           <li>Annotation files with sequence references - all
3230             elements in file are relative to sequence position</li>
3231           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3232         </ul>
3233       </td>
3234     </tr>
3235     <tr>
3236       <td>
3237         <div align="center">
3238           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3239         </div>
3240       </td>
3241       <td>
3242         <ul>
3243           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3244           <li>DAS Feature fetching</li>
3245           <li>Hide sequences and columns</li>
3246           <li>Export Annotations and Features</li>
3247           <li>GFF file reading / writing</li>
3248           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3249             files</li>
3250           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3251           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3252           <li>Applet can launch the full application</li>
3253           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3254             required)</li>
3255           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3256           <li>Applet can load sequences from parameter
3257             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3258           </li>
3259         </ul>
3260       </td>
3261       <td>
3262         <ul>
3263           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3264           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3265           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3266         </ul>
3267       </td>
3268     </tr>
3269     <tr>
3270       <td>
3271         <div align="center">
3272           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3273         </div>
3274       </td>
3275       <td>
3276         <ul>
3277           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3278           <li>Choose to match case when searching</li>
3279           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3280             expand the visible width and height of the alignment</li>
3281         </ul>
3282       </td>
3283       <td>
3284         <ul>
3285           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3286         </ul>
3287       </td>
3288     </tr>
3289     <tr>
3290       <td>
3291         <div align="center">
3292           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3293         </div>
3294       </td>
3295       <td>&nbsp;</td>
3296       <td>
3297         <ul>
3298           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3299           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3300             value</li>
3301         </ul>
3302       </td>
3303     </tr>
3304     <tr>
3305       <td>
3306         <div align="center">
3307           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3308         </div>
3309       </td>
3310       <td>
3311         <ul>
3312           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3313           <li>Keyboard editing</li>
3314           <li>Create sequence features from searches</li>
3315           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3316             alignments</li>
3317           <li>Features file allows grouping of features</li>
3318           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3319           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3320           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3321         </ul>
3322       </td>
3323       <td>
3324         <ul>
3325           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3326           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3327             descriptions saved.</li>
3328         </ul>
3329       </td>
3330     </tr>
3331     <tr>
3332       <td>
3333         <div align="center">
3334           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3335         </div>
3336       </td>
3337       <td>
3338         <ul>
3339           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3340           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3341           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3342             name for file output</li>
3343           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3344           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3345             used for HTML form input</li>
3346         </ul>
3347       </td>
3348       <td>
3349         <ul>
3350           <li>HTML output writes groups and features</li>
3351           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3352           <li>File IO bugs</li>
3353         </ul>
3354       </td>
3355     </tr>
3356     <tr>
3357       <td>
3358         <div align="center">
3359           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3360         </div>
3361       </td>
3362       <td>
3363         <ul>
3364           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3365           <li>More options for PCA viewer</li>
3366         </ul>
3367       </td>
3368       <td>
3369         <ul>
3370           <li>GUI bugs resolved</li>
3371           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3372         </ul>
3373       </td>
3374     </tr>
3375     <tr>
3376       <td height="63">
3377         <div align="center">
3378           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3379         </div>
3380       </td>
3381       <td>
3382         <ul>
3383           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3384           <li>Jar files are executable</li>
3385           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3386         </ul>
3387       </td>
3388       <td>
3389         <ul>
3390           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3391           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3392           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3393         </ul>
3394       </td>
3395     </tr>
3396     <tr>
3397       <td>
3398         <div align="center">
3399           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3400         </div>
3401       </td>
3402       <td>
3403         <ul>
3404           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3405         </ul>
3406       </td>
3407       <td>
3408         <ul>
3409           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3410         </ul>
3411       </td>
3412     </tr>
3413     <tr>
3414       <td>
3415         <div align="center">
3416           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3417         </div>
3418       </td>
3419       <td>
3420         <ul>
3421           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3422             size</li>
3423         </ul>
3424       </td>
3425       <td>
3426         <ul>
3427           <li>Improved JPred client reliability</li>
3428           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3429         </ul>
3430       </td>
3431     </tr>
3432     <tr>
3433       <td>
3434         <div align="center">
3435           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3436         </div>
3437       </td>
3438       <td>
3439         <ul>
3440           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3441           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3442           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3443             to Colour Menu</li>
3444           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3445           <li>Unix users can set default web browser</li>
3446           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3447           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3448         </ul>
3449       </td>
3450       <td>
3451         <ul>
3452           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3453         </ul>
3454       </td>
3455     </tr>
3456     <tr>
3457       <td>
3458         <div align="center">
3459           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3460         </div>
3461       </td>
3462       <td>&nbsp;</td>
3463       <td>
3464         <ul>
3465           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3466             alignment order.</li>
3467         </ul>
3468       </td>
3469     </tr>
3470     <tr>
3471       <td>
3472         <div align="center">
3473           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3474         </div>
3475       </td>
3476       <td>
3477         <ul>
3478           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3479           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3480           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3481             annotations.</li>
3482           <li>Version and build date written to build properties
3483             file.</li>
3484           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3485             at launch of Jalview.</li>
3486         </ul>
3487       </td>
3488       <td>
3489         <ul>
3490           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3491           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3492           <li>Can remove groups one by one.</li>
3493           <li>Filechooser icons installed.</li>
3494           <li>Finder ignores return character when searching.
3495             Return key will initiate a search.<br>
3496           </li>
3497         </ul>
3498       </td>
3499     </tr>
3500     <tr>
3501       <td>
3502         <div align="center">
3503           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3504         </div>
3505       </td>
3506       <td>
3507         <ul>
3508           <li>New codebase</li>
3509         </ul>
3510       </td>
3511       <td>&nbsp;</td>
3512     </tr>
3513   </table>
3514   <p>&nbsp;</p>
3515 </body>
3516 </html>