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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   6  * This file is part of Jalview.
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
  51         </div>
  52       </td>
  53       <td><em>General</em>
  54         <ul>
  55           <li>
  56           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
  57           </li>
  58           <li>
  59             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
  60             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
  61             better PDB parsing.
  62           </li>
  63           <li>
  64             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
  65             reference sequence
  66           </li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
  69             mousing over sequence associated annotation
  70           </li>
  71           <li>
  72             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
  73             for manual entry
  74           </li>
  75           <li>
  76             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
  77             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
  78             for each column
  79           </li>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
  82             showing or hiding columns containing a feature
  83           </li>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
  86             group and sequence associated annotation labels
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
  90             select/hide columns by annotation and colour by annotation
  91             dialogs
  92           </li>
  93
  94         </ul> <em>Application</em>
  95         <ul>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
  98             gene/transcript view
  99           </li>
 100           <li>
 101             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 102             dialog
 103           </li>
 104           <li>
 105             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 106             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 107           </li>
 108           <li>
 109             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 110             Pfam sources to xfam.org
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 117             over sequences in Jalview
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 121             regions in ENA and EMBL
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 125             for record retrieval via ENA rest API
 126           </li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 129             complement operator
 130           </li>
 131           <li>
 132             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 133             groovy script execution
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 137             alignment window's Calculate menu
 138           </li>
 139           <li>
 140             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 141             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 145             calculation workers from groovy scripts
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 149             Jalview projects
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 153             associations are now saved/restored from project
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 157             before sequence fetcher is opened
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 161             database chooser opens a sequence fetcher
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 165             the UniProt REST API
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 169             the news reader opening
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 173             querying stored in preferences
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 177             search results
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 184             menu for nucleotide sequences
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 188             and feature counts preserves alignment ordering (and
 189             debugged for complex feature sets).
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 193             viewing structures with Jalview 2.10
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 197             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 198             Ensembl Genomes REST API
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 202             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 203             (Ensembl)
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 207             sequences
 208           </li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 211             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 212             data from external database records.
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 216             efficient recovery of sequence coding and alignment
 217             annotation relationships.
 218           </li>
 219         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 220         <ul>
 221           <li>
 222             -- JAL---
 223           </li>
 224         </ul> --></td>
 225       <td>
 226         <div align="left">
 227           <em>General</em>
 228           <ul>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 231               menu on OSX
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 235               includes graduated colourschemes
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 239               working with big alignments and lots of hidden columns
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 243               at right of alignment window
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 247               contents
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 251               for DNA alignments
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 255               based tree calculation
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 259               unconserved enabled for group on alignment
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 263               set as reference
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 267               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 268               annotation
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 272               hidden columns present
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 276               user created annotation added to alignment
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 280               '()' base pair annotation
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 284               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 285               Consensus
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 289               feature not working
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 293               beginning of sequence
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 297               entry 3a6s
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 301               from a tree when t-coffee scores are shown
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 305               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 309               some structures
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 313               to Clustal, PIR and PileUp output
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 317               not visible causes alignment window to repaint
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 321               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 322               scores associated with features and annotation rows
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 326               calculation should be case independent
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 330               columns
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 334               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 335               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 339               problems when reference sequence defined and 'show
 340               non-conserved' enabled
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 344               load even when Consensus calculation is disabled
 345             </li>
 346           </ul>
 347           <em>Application</em>
 348           <ul>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 351               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 352               yet fixed for El Capitan)
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 356               output when running on non-gb/us i18n platforms
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 360               hidden sequences as flat-file alignment
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 364               launching Chimera
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 368               (also hotfix for 2.9.0b2)
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 372               reference sequence defined
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 376               alignments and views when revealing hidden columns
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 380               view in a cDNA/Protein splitframe
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 384               sequence from project when only one sequence is
 385               represented
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 389               in Structure Chooser
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 393               structure consensus didn't refresh annotation panel
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 397               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 401               dialogs format columns correctly, don't display array
 402               data, sort columns according to type
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 406               file chooser is cancelled during an image export
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 410               sequence name containing special characters
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 414               case insensitive
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 418               formatting don't wrap
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 422               truncated so L looks like I in consensus annotation
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 426               currently displayed features for the current selection or
 427               view
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 431               after fetching cross-references, and restoring from project
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 435               followed in the structure viewer
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 439               splitframe not restored from project
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 443               trailing end of protein alignment in transcript/product
 444               splitview when pad-gaps not enabled by default
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 448               is case dependent
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 452               article has been read (reopened issue due to
 453               internationalisation problems)
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 457               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 458               cross-references
 459             </li>
 460
 461             <li>
 462               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 463               alignment as HTML
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 467               multiple structures are shown for one or more sequences.
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 471               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 472               is enabled.
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 476               specific PDB id for sequence
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 480               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 481               columns' is disabled.
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 485               selects lowest rather than highest resolution structures
 486               for each sequence
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 490               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 491             </li>
 492             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 493             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 494           </ul>
 495           <em>Applet</em>
 496           <ul>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 499               hidden columns present before start of sequence
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 503               (JSON jars)
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 507               sequences are hidden in applet
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 511               deployment on examples pages.
 512             </li>
 513           </ul>
 514         </div>
 515       </td>
 516     </tr>
 517     <tr>
 518       <td width="60" nowrap>
 519         <div align="center">
 520           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 521             <em>16/10/2015</em></strong>
 522         </div>
 523       </td>
 524       <td><em>General</em>
 525         <ul>
 526           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 527             jars</li>
 528         </ul></td>
 529       <td>
 530         <div align="left">
 531           <em>Application</em>
 532           <ul>
 533             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 534               shown when tree is partitioned</li>
 535             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 536               multiple cDNA/Protein split views</li>
 537           </ul>
 538         </div>
 539       </td>
 540     </tr>
 541     <tr>
 542       <td width="60" nowrap>
 543         <div align="center">
 544           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 545             <em>8/10/2015</em></strong>
 546         </div>
 547       </td>
 548       <td><em>General</em>
 549         <ul>
 550           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 551             2.9</li>
 552         </ul> <em>Application</em>
 553         <ul>
 554           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 555           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 556           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 557         </ul> <em>Applet</em>
 558         <ul>
 559           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 560         </ul></td>
 561       <td>
 562         <div align="left">
 563           <em>General</em>
 564           <ul>
 565             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 566               incorrect when sequence start > 1</li>
 567             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 568               documentation</li>
 569             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 570             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 571               loading a features file containing HTML tags in feature
 572               description</li>
 573
 574           </ul>
 575           <em>Application</em>
 576           <ul>
 577             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 578               reimport</li>
 579             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 580               with 'trim retrieved sequences'</li>
 581             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 582               deleting selected columns</li>
 583             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 584               JNLP templates for webstart launch</li>
 585             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 586               unreleased structures for download or viewing</li>
 587             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 588               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 589             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 590               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 591             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 592               recovered from jalview project</li>
 593             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 594               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 595               alignment view</li>
 596             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 597               color schemes from BioJSON</li>
 598           </ul>
 599           <em>Applet</em>
 600           <ul>
 601             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 602               frame</li>
 603             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 604           </ul>
 605         </div>
 606       </td>
 607     </tr>
 608     <tr>
 609       <td><div align="center">
 610           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 611         </div></td>
 612       <td><em>General</em>
 613         <ul>
 614           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 615             alignments:
 616             <ul>
 617               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 618                 and DNA alignment views</li>
 619               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 620                 cDNA alignment views</li>
 621               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 622                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 623               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 624                 protein sequences</li>
 625             </ul>
 626           </li>
 627           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 628           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 629             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 630           <li>New alignment annotation file statements for
 631             reference sequences and marking hidden columns</li>
 632           <li>Reference sequence based alignment shading to
 633             highlight variation</li>
 634           <li>Select or hide columns according to alignment
 635             annotation</li>
 636           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 637           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 638             acid conservation row</li>
 639           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 640         </ul> <em>Application</em>
 641         <ul>
 642           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 643             <ul>
 644               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 645                 view with cDNA/Protein</li>
 646               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 647                 sequences are placed in the same alignment</li>
 648               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 649                 projects</li>
 650             </ul>
 651           </li>
 652
 653           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 654           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 655             Jalview windows</li>
 656
 657           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 658           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 659           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 660             be shown in VARNA</li>
 661
 662           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 663             as the active selected region</li>
 664
 665           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 666             similarity</li>
 667           <li>New Export options
 668             <ul>
 669               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 670                 region export in flat file generation</li>
 671
 672               <li>Export alignment views for display with the <a
 673                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 674
 675               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 676               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 677                 alignment figures to HTML</li>
 678           </li>
 679           <li>3D structure retrieval and display
 680             <ul>
 681               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 682                 Search API</li>
 683               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 684                 PDB structures for a sequence set</li>
 685             </ul>
 686           </li>
 687
 688           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 689             predictions</li>
 690           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 691             for one or a group of sequences</li>
 692           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 693             from the JPred4 web server</li>
 694           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 695             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 696             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 697           </li>
 698           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 699             VARNA 2D Structure'</li>
 700           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 701             Structure ..."</li>
 702
 703         </ul> <em>Applet</em>
 704         <ul>
 705           <li>New layout for applet example pages</li>
 706           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 707             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 708           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 709             Protein alignments</li>
 710         </ul> <em>Development and deployment</em>
 711         <ul>
 712           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 713           <li>Include installation type and git revision in build
 714             properties and console log output</li>
 715           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 716             storing BioJsMSA Templates</li>
 717           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 718         </ul></td>
 719       <td>
 720         <!-- <em>General</em>
 721         <ul>
 722         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 723         <ul>
 724           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 725           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 726           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 727             predictions are not highlighted in amber</li>
 728           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 729             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 730           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 731             associated structure views</li>
 732           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 733             width checkbox not enabled</li>
 734           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 735             creating user defined colours</li>
 736           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 737             mappings for just that viewer's sequences</li>
 738           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 739             multiple models in Chimera</li>
 740           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 741             over Jmol structure</li>
 742           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 743             output to text box</li>
 744           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 745             have incorrect sequence start/end</li>
 746           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 747             Jalview fails</li>
 748           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 749             work for nucleotide</li>
 750           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 751             to a grey/invisible alignment window</li>
 752           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 753             imports to different position</li>
 754           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 755             on some platforms</li>
 756           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 757             populated</li>
 758           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 759             console if Chimera has been opened</li>
 760           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 761           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 762             retrieved</li>
 763           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 764           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 765             either sequence shows on first structure</li>
 766           <li>'Show annotations' options should not make
 767             non-positional annotations visible</li>
 768           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 769             in right place after 'view flanking regions'</li>
 770           <li>File Save As type unset when current file format is
 771             unknown</li>
 772           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 773             projects</li>
 774           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 775             responsive</li>
 776           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 777             several views on same alignment</li>
 778           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 779           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 780             spaces</li>
 781         </ul> <em>Applet</em>
 782         <ul>
 783           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 784           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 785             descriptions containing angle brackets</li>
 786         </ul> <em>General</em>
 787         <ul>
 788           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 789             via jalview annotation file</li>
 790           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 791             with RNA secondary structure</li>
 792           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 793             translation doesn't work.</li>
 794           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 795           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 796             positions</li>
 797           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 798             choosing 1pt font</li>
 799           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 800             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 801             'h'</li>
 802           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 803             new feature</li>
 804           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 805             order dependent</li>
 806           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 807             sequences</li>
 808           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 809         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 810         <ul>
 811           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 812             www.jalview.org</li>
 813         </ul> <em>Application Known issues</em>
 814         <ul>
 815           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 816           <li>Misleading message appears after trying to delete
 817             solid column.</li>
 818           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 819             version launches</li>
 820           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 821             fails with a sequence mismatch</li>
 822           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 823             scrolling alignment to right</li>
 824           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 825             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 826           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 827             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 828           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 829             ultra-high resolution</li>
 830           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 831             quality and conservation</li>
 832           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 833             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 834         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 835         <ul>
 836           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 837           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 838             window is being resized</li>
 839
 840         </ul>
 841       </td>
 842     </tr>
 843     <tr>
 844       <td><div align="center">
 845           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 846         </div></td>
 847       <td><em>General</em>
 848         <ul>
 849           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 850             Certum.PL.</li>
 851           <li>Features and annotation preserved when performing
 852             pairwise alignment</li>
 853           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 854             imported/exported/displayed</li>
 855           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 856             protein secondary structure</li>
 857           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 858               post-hoc with 2.9 release</em>)
 859           </li>
 860
 861         </ul> <em>Application</em>
 862         <ul>
 863           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 864             with 3D structures</li>
 865           <li>Support for parsing RNAML</li>
 866           <li>Annotations menu for layout
 867             <ul>
 868               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 869               <li>place sequence annotation above/below alignment
 870                 annotation</li>
 871             </ul>
 872           <li>Output in Stockholm format</li>
 873           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 874             translation</li>
 875           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 876           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 877             shared between alignments</li>
 878           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 879             Jalview</li>
 880           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 881             all or current selection</li>
 882           <li>disorder and secondary structure predictions
 883             available as dataset annotation</li>
 884           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 885
 886
 887           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 888             alignments from Rfam</li>
 889           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 890
 891           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 892             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 893           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 894           <li>include installation type in build properties and
 895             console log output</li>
 896           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 897             annotation</li>
 898         </ul></td>
 899       <td>
 900         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 901         <ul>
 902           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 903             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 904           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 905             alignment</li>
 906           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 907           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 908           <li>Double click on sequence associated annotation
 909             selects only first column</li>
 910           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 911             leaves shown in tree</li>
 912           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 913             properly</li>
 914           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 915           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 916             screen and buttons not visible</li>
 917           <li>author list isn't updated if already written to
 918             Jalview properties</li>
 919           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 920             from database</li>
 921           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 922           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 923             browser search window</li>
 924           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 925             in feature settings dialog</li>
 926           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 927             desktop</li>
 928           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 929             pass validation</li>
 930           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 931             fit on screen</li>
 932           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 933             tooltip</li>
 934           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 935             defined user preset</li>
 936           <li>MSA web services warns user if they were launched
 937             with invalid input</li>
 938           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 939             Java 8</li>
 940           <li>
 941             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 942             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 943             created
 944           </li>
 945
 946         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 947                                 <ul>
 948                                 </ul> <em>General</em>
 949                                 <ul>
 950                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 951         <ul>
 952           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 953             memory allocation</li>
 954           <li>launchApp service doesn't automatically open
 955             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 956           <li>
 957             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 958             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 959             1.7_055 is available
 960           </li>
 961         </ul> <em>Application Known issues</em>
 962         <ul>
 963           <li>
 964             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 965             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 966             alignment to right
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 970             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 971             with large number of ID
 972           </li>
 973           <li>
 974             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 975             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 976             start/end
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 980             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 981             structure tracks are rearranged
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 985             invalid rna structure positional highlighting does not
 986             highlight position of invalid base pairs
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 990             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 991             project from alignment window file menu
 992           </li>
 993           <li>
 994             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 995             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 996             structures
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1000             colour by RNA Helices not enabled when user created
1001             annotation added to alignment
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1005             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1006           </li>
1007         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1008         <ul>
1009           <li>
1010             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1011             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1012           </li>
1013           <li>
1014             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1015             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1016           </li>
1017
1018           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1019             when selected</li>
1020         </ul>
1021       </td>
1022     </tr>
1023     <tr>
1024       <td><div align="center">
1025           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1026         </div></td>
1027       <td>
1028         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1029         <em>General</em>
1030         <ul>
1031           <li>Internationalisation of user interface (usually
1032             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1033           <li>Define/Undefine group on current selection with
1034             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1035           <li>Improved group creation/removal options in
1036             alignment/sequence Popup menu</li>
1037           <li>Sensible precision for symbol distribution
1038             percentages shown in logo tooltip.</li>
1039           <li>Annotation panel height set according to amount of
1040             annotation when alignment first opened</li>
1041         </ul> <em>Application</em>
1042         <ul>
1043           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1044             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1045           <li>Select columns containing particular features from
1046             Feature Settings dialog</li>
1047           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1048             sequences</li>
1049           <li>Update Jalview project format:
1050             <ul>
1051               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1052               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1053                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1054               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1055                 colouring</li>
1056             </ul>
1057           </li>
1058           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1059             (PAM250)</li>
1060           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1061             flanking regions for an alignment</li>
1062         </ul>
1063       </td>
1064       <td>
1065         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1066         <ul>
1067           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1068             running after job is cancelled</li>
1069           <li>cannot export features from alignments imported from
1070             Jalview/VAMSAS projects</li>
1071           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1072             float values</li>
1073           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1074             have 'display all symbols' flag set</li>
1075           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1076             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1077           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1078             Jalview</li>
1079           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1080             Lion/Webstart</li>
1081           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1082           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1083           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1084             alignment onto desktop</li>
1085           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1086             'extract scores' function</li>
1087           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1088             alignment window</li>
1089           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1090             performing IUPred disorder prediction</li>
1091           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1092             changing 'normalise logo' display setting</li>
1093           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1094             nothing matches query</li>
1095           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1096             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1097           </li>
1098           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1099             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1100           </li>
1101           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1102             Jalview's menu</li>
1103           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1104             'invalid literal/length code'</li>
1105           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1106             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1107           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1108             colourscheme</li>
1109
1110         </ul> <em>Applet</em>
1111         <ul>
1112           <li>Remove group option is shown even when selection is
1113             not a group</li>
1114           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1115             don't affect groups</li>
1116           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1117             colourscheme name</li>
1118           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1119             Annotation panel is not displayed</li>
1120           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1121             embedded windows</li>
1122         </ul> <em>Other</em>
1123         <ul>
1124           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1125             single sequence were not calculated</li>
1126           <li>annotation files that contain only groups imported as
1127             annotation and junk sequences</li>
1128           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1129             recognised as PFAM or BLC</li>
1130           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1131             doesn't affect background (2.8.0b1)
1132           <li></li>
1133           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1134           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1135             trailing gaps</li>
1136           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1137             registered correctly on import</li>
1138           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1139             certain alignments</li>
1140           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1141             existing annotation based 'use original colours'
1142             colourscheme loses original colours setting</li>
1143         </ul>
1144       </td>
1145     </tr>
1146     <tr>
1147       <td><div align="center">
1148           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1149             <em>30/1/2014</em></strong>
1150         </div></td>
1151       <td>
1152         <ul>
1153           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1154             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1155             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1156             open source project).
1157           </li>
1158           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1159           </li>
1160           <li>Output in Stockholm format</li>
1161           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1162           <li>Export/import group and sequence associated line
1163             graph thresholds</li>
1164           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1165             ambiguity codes</li>
1166           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1167             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1168             works</li>
1169           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1170         </ul> <em>Other improvements</em>
1171         <ul>
1172           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1173           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1174             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1175           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1176             files</li>
1177           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1178           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1179             link but no description</li>
1180           <li>Select primary source when selecting authority in
1181             database fetcher GUI</li>
1182           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1183             Jalview</li>
1184           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1185         </ul>
1186       </td>
1187       <td>
1188         <ul>
1189           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1190             displayed</li>
1191           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1192             secondary structure annotation line</li>
1193           <li>Sequence database accessions not imported when
1194             fetching alignments from Rfam</li>
1195           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1196             identical IDs</li>
1197           <li>View all structures does not always superpose
1198             structures</li>
1199           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1200             reflect user or preset settings</li>
1201           <li>Null pointer exceptions for some services without
1202             presets or adjustable parameters</li>
1203           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1204             discover PDB xRefs</li>
1205           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1206             features with DAS</li>
1207           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1208             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1209           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1210             residue follows a gap</li>
1211           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1212             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1213           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1214             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1215           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1216             annotation already exists on alignment</li>
1217           <li>oninit javascript function should be called after
1218             initialisation completes</li>
1219           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1220             alignment window display</li>
1221           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1222           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1223             to annotation file</li>
1224           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1225             groups created</li>
1226           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1227             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1228           <li>Pressing return several times causes Number Format
1229             exceptions in keyboard mode</li>
1230           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1231             correct partitions for input data</li>
1232           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1233           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1234           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1235           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1236             mode</li>
1237           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1238             changes one row&#39;s threshold</li>
1239           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1240             doesn&#39;t open</li>
1241           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1242             quality histograms</li>
1243         </ul>
1244       </td>
1245     </tr>
1246     <tr>
1247       <td><div align="center">
1248           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1249         </div></td>
1250       <td><em>Application</em>
1251         <ul>
1252           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1253             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1254           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1255             preferences</li>
1256           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1257             in Jalview alignment window</li>
1258           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1259             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1260           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1261             RNA and ambiguity codes</li>
1262
1263           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1264           <li>Support fetching and database reference look up
1265             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1266             refs')</li>
1267           <li>Jalview project improvements
1268             <ul>
1269               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1270                 flag for annotation</li>
1271               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1272                 alignment</li>
1273               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1274                 Jalview project</li>
1275
1276             </ul>
1277           </li>
1278           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1279           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1280             running</li>
1281           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1282           <li>visual indication that web service results are still
1283             being retrieved from server</li>
1284           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1285             starts up for first time</li>
1286           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1287             services</li>
1288           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1289             client library</li>
1290           <li>Examples directory and Groovy library included in
1291             InstallAnywhere distribution</li>
1292         </ul> <em>Applet</em>
1293         <ul>
1294           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1295             visualization applet example</li>
1296         </ul> <em>General</em>
1297         <ul>
1298           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1299           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1300             defaults</li>
1301           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1302             calculation</li>
1303           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1304             matrices
1305           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1306             in HTML</li>
1307           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1308             structure contacts</li>
1309           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1310           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1311           <li>Parse sequence associated secondary structure
1312             information in Stockholm files</li>
1313           <li>HTML Export database accessions and annotation
1314             information presented in tooltip for sequences</li>
1315           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1316             style RNA alignment files</li>
1317           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1318             alignment</li>
1319           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1320             shade each sequence according to its associated alignment
1321             annotation</li>
1322           <li>New Jalview Logo</li>
1323         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1324         <ul>
1325           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1326           <li>New Website!</li>
1327         </ul></td>
1328       <td><em>Application</em>
1329         <ul>
1330           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1331             wsdbfetch REST service</li>
1332           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1333           <li>Filetype associations not installed for webstart
1334             launch</li>
1335           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1336             job execution in full once it is complete</li>
1337           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1338             uploaded via ali_file parameter</li>
1339           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1340           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1341           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1342             submitted for prediction</li>
1343           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1344             desktop window</li>
1345           <li>Putting fractional value into integer text box in
1346             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1347           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1348             windows 7</li>
1349           <li>View all structures fails with exception shown in
1350             structure view</li>
1351           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1352             escaped in a platform independent way</li>
1353           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1354             using proxy</li>
1355           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1356             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1357           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1358             failure when java web start temporary file caching is
1359             disabled</li>
1360           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1361             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1362           <li>Errors during processing of command line arguments
1363             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1364           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1365             DAS sources in sequence fetcher</li>
1366           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1367             dialog is shown</li>
1368           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1369           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1370           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1371           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1372             on OSX Mountain Lion</li>
1373           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1374             sequences with alignment annotation are pasted into the
1375             alignment</li>
1376           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1377             when loaded from Jalview project</li>
1378           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1379           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1380             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1381           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1382             associated with all views</li>
1383           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1384             annotation rows to new window</li>
1385         </ul> <em>Applet</em>
1386         <ul>
1387           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1388             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1389           <li>loading features via javascript API automatically
1390             enables feature display</li>
1391           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1392             work</li>
1393         </ul> <em>General</em>
1394         <ul>
1395           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1396           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1397             and then deselected</li>
1398           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1399           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1400             coloured with clustalx</li>
1401           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1402             exceptions and redraw errors</li>
1403           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1404             reconfigured view</li>
1405           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1406             colour</li>
1407           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1408             for lots of labels</li>
1409         </ul>
1410     </tr>
1411     <tr>
1412       <td>
1413         <div align="center">
1414           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1415         </div>
1416       </td>
1417       <td><em>Application</em>
1418         <ul>
1419           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1420           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1421           <li>View/alignment association menu to enable user to
1422             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1423             its colours/correspondences from</li>
1424           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1425           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1426             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1427           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1428           <li>Annotation row column label formatting attributes
1429             stored in project file</li>
1430           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1431             rows preserved in Jalview project file</li>
1432           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1433             saved using Desktop window menu</li>
1434           <li>Visual indication that command line arguments are
1435             still being processed</li>
1436           <li>Groovy script execution from URL</li>
1437           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1438             preferences</li>
1439           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1440             alignment with sequences that have high similarity and
1441             matching IDs</li>
1442           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1443           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1444             structures in same window</li>
1445           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1446           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1447             analysis function in its own submenu</li>
1448         </ul> <em>Applet</em>
1449         <ul>
1450           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1451             groups</li>
1452           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1453           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1454           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1455           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1456           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1457             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1458           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1459           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1460             parameters are treated as such</li>
1461           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1462             <ul>
1463               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1464               <li>Javascript callbacks for
1465                 <ul>
1466                   <li>Applet initialisation</li>
1467                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1468                 </ul>
1469               </li>
1470               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1471                 functions</li>
1472               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1473               <li>javascript structure viewer harness to pass
1474                 messages between Jmol and Jalview when running as
1475                 distinct applets</li>
1476               <li>sortBy method</li>
1477               <li>Set of applet and application examples shipped
1478                 with documentation</li>
1479               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1480                 javascript message exchange</li>
1481             </ul>
1482         </ul> <em>General</em>
1483         <ul>
1484           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1485             multiple alignments</li>
1486           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1487           <li>User configurable link to enable redirects to a
1488             www.Jalview.org mirror</li>
1489           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1490           <li>Configurable newline string when writing alignment
1491             and other flat files</li>
1492           <li>Allow alignment annotation description lines to
1493             contain html tags</li>
1494         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1495         <ul>
1496           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1497             examples</li>
1498           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1499             using a web service before displaying the result in the
1500             Jalview desktop</li>
1501           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1502           <li>Ant target to publish example html files with applet
1503             archive</li>
1504           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1505           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1506         </ul></td>
1507       <td><em>Application</em>
1508         <ul>
1509           <li>User defined colourscheme throws exception when
1510             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1511           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1512             dialog for valid filename/format</li>
1513           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1514           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1515             P37173</li>
1516           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1517             which sequence is to be associated with the file</li>
1518           <li>Find All raises null pointer exception when query
1519             only matches sequence IDs</li>
1520           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1521           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1522             2.4 cannot be loaded</li>
1523           <li>Filetype associations not installed for webstart
1524             launch</li>
1525           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1526             with sequences in different alignments do not get coloured
1527             by their associated sequence</li>
1528           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1529             not preserved when project is loaded</li>
1530           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1531             stored in Jalview project</li>
1532           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1533             Jalview project</li>
1534           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1535           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1536             by conservation</li>
1537           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1538             created on new view</li>
1539           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1540             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1541           <li>Alignment quality not updated after alignment
1542             annotation row is hidden then shown</li>
1543           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1544             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1545           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1546             properly</li>
1547           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1548             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1549           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1550           <li>Structures imported from file and saved in project
1551             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1552           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1553             job execution in full once it is complete</li>
1554         </ul> <em>Applet</em>
1555         <ul>
1556           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1557             annotation rows are displayed</li>
1558           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1559             codebase</li>
1560           <li>View follows highlighting does not work for positions
1561             in sequences</li>
1562           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1563           <li>Export features raises exception when no features
1564             exist</li>
1565           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1566             for javascript api is modified when separator string
1567             provided as parameter</li>
1568           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1569             alignment with no existing selection</li>
1570           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1571             to applet&#39;s codebase</li>
1572           <li>Status bar not updated after finished searching and
1573             search wraps around to first result</li>
1574           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1575             several Jalview applets causes race conditions and memory
1576             leaks</li>
1577           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1578             not sent from Jmol in applet</li>
1579           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1580             applet API fatally hang browser</li>
1581         </ul> <em>General</em>
1582         <ul>
1583           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1584             position with wrapped view and hidden regions</li>
1585           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1586             with/without hidden columns</li>
1587           <li>Sequence length given in alignment properties window
1588             is off by 1</li>
1589           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1590             import PDB like structure files</li>
1591           <li>Positional search results are only highlighted
1592             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1593           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1594           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1595             given sequence position</li>
1596           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1597             output</li>
1598           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1599             from nucleotide chains correctly</li>
1600           <li>Structure colours not updated when tree partition
1601             changed in alignment</li>
1602           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1603             parsed in interleaved stockholm</li>
1604           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1605             state</li>
1606           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1607             properly</li>
1608           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1609             properly associated with their pdb files</li>
1610         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1611         <ul>
1612           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1613             ApplyCopyright tool</li>
1614         </ul></td>
1615     </tr>
1616     <tr>
1617       <td>
1618         <div align="center">
1619           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1620         </div>
1621       </td>
1622       <td><em>Application</em>
1623         <ul>
1624           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1625             contact web services</li>
1626           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1627             service job window</li>
1628           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1629         </ul></td>
1630       <td>
1631         <ul>
1632           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1633             pir file emitted by Jalview</li>
1634           <li>Existing feature settings transferred to new
1635             alignment view created from cut'n'paste</li>
1636           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1637             parsing PDB files</li>
1638           <li>Consensus and conservation annotation rows
1639             occasionally become blank for all new windows</li>
1640           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1641             in wrapped view mode</li>
1642         </ul> <em>Application</em>
1643         <ul>
1644           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1645             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1646           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1647             parameter names</li>
1648           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1649             is down</li>
1650         </ul>
1651       </td>
1652     </tr>
1653     <tr>
1654       <td>
1655         <div align="center">
1656           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1657         </div>
1658       </td>
1659       <td><em>Application</em>
1660         <ul>
1661           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1662             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1663             (JABAWS)
1664           </li>
1665           <li>Web Services preference tab</li>
1666           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1667             preferences</li>
1668           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1669           <li>Superpose structures using associated sequence
1670             alignment</li>
1671           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1672             viewer</li>
1673         </ul> <em>Applet</em>
1674         <ul>
1675           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1676             link out mechanism</li>
1677         </ul> <em>Other</em>
1678         <ul>
1679           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1680             series 12</li>
1681           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1682             require Java 1.5</li>
1683           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1684             sequence annotation files</li>
1685           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1686             type colour specification</li>
1687           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1688             script to check if it being run in an interactive session or
1689             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1690         </ul></td>
1691       <td>
1692         <ul>
1693           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1694             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1695         </ul> <em>Application</em>
1696         <ul>
1697           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1698             selected Regions menu item</li>
1699           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1700             part of a valid accession ID</li>
1701           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1702             runs out of memory</li>
1703           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1704             analysis results</li>
1705           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1706             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1707           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1708         </ul> <em>Applet</em>
1709         <ul>
1710           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1711             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1712             defined.</li>
1713         </ul>
1714       </td>
1715     </tr>
1716     <tr>
1717       <td>
1718         <div align="center">
1719           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1720         </div>
1721       </td>
1722       <td></td>
1723       <td>
1724         <ul>
1725           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1726             sequence IDs</li>
1727           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1728             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1729           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1730             import correctly</li>
1731           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1732             number of columns are hidden</li>
1733           <li>annotation label popup menu not providing correct
1734             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1735             present</li>
1736           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1737             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1738           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1739             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1740
1741         </ul> <em>Applet</em>
1742         <ul>
1743           <li>annotation panel disappears when annotation is
1744             hidden/removed</li>
1745         </ul> <em>Application</em>
1746         <ul>
1747           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1748             alignment opened where annotation panel is visible but no
1749             annotations are present on alignment</li>
1750           <li>pasted region containing hidden columns is
1751             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1752           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1753             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1754           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1755             selected Rregions menu item.</li>
1756           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1757             'Un' or 'Non'conserved</li>
1758           <li>Sequence feature settings are being shared by
1759             multiple distinct alignments</li>
1760           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1761             changed</li>
1762           <li>double click on group annotation to select sequences
1763             does not propagate to associated trees</li>
1764           <li>Mac OSX specific issues:
1765             <ul>
1766               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1767                 window background</li>
1768               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1769                 name set correctly</li>
1770               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1771                 save feature colourscheme button</li>
1772             </ul>
1773           </li>
1774         </ul>
1775       </td>
1776     </tr>
1777     <tr>
1778
1779       <td>
1780         <div align="center">
1781           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1782         </div>
1783       </td>
1784       <td><em>New Capabilities</em>
1785         <ul>
1786           <li>URL links generated from description line for
1787             regular-expression based URL links (applet and application)
1788
1789
1790
1791
1792
1793
1794           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1795             menu</li>
1796           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1797             structures</li>
1798           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1799             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1800           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1801             average score or total feature count for each sequence.</li>
1802           <li>Shading features by score or associated description</li>
1803           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1804             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1805           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1806             hide everything but the currently selected region.</li>
1807           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1808         </ul> <em>Application</em>
1809         <ul>
1810           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1811             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1812           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1813             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1814           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1815             database references and protein_name is parsed as
1816             description line (BioSapiens terms).</li>
1817           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1818             references in sequence ID tooltip from View menu in
1819             application.</li>
1820           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1821                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1822           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1823             conservation plots</li>
1824           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1825             and visualized as sequence logos</li>
1826           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1827             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1828           </li>
1829           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1830             when a new tree is opened.</li>
1831           <li>Jalview Java Console</li>
1832           <li>Better placement of desktop window when moving
1833             between different screens.</li>
1834           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1835             consensus annotation</li>
1836           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1837             Workflows</li>
1838           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1839             <ul>
1840               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1841                 used to preserve views, structures, and tree display
1842                 settings)</li>
1843               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1844                 command line</li>
1845               <li>Sharing of selected regions between views and
1846                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1847               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1848             </ul></li>
1849         </ul> <em>Applet</em>
1850         <ul>
1851           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1852           <li>New Parameters
1853             <ul>
1854               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1855                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1856                 opened.</li>
1857               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1858                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1859               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1860                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1861               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1862                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1863                 view</li>
1864               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1865                 increase the height or width of a cell in the alignment
1866                 grid relative to the current font size.</li>
1867             </ul>
1868           </li>
1869           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1870             tooltip</li>
1871         </ul> <em>Other</em>
1872         <ul>
1873           <li>Features format: graduated colour definitions and
1874             specification of feature scores</li>
1875           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1876             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1877             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1878           <li>XML formats extended to support graduated feature
1879             colourschemes, group associated annotation, and profile
1880             visualization settings.</li></td>
1881       <td>
1882         <ul>
1883           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1884             rather than description</li>
1885           <li>Non-positional features are now included in sequence
1886             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1887             visibility in tooltip).</li>
1888           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1889           <li>Added URL embedding instructions to features file
1890             documentation.</li>
1891           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1892             'X' in peptide product</li>
1893           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1894             sequence ID and sequence string and query strings do not
1895             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1896           <li>AMSA files only contain first column of
1897             multi-character column annotation labels</li>
1898           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1899             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1900             exported and re-imported)</li>
1901           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1902             name</li>
1903           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1904             as subsequence matches, and correctly reports total number
1905             of both.</li>
1906           <li>Application:
1907             <ul>
1908               <li>Better handling of exceptions during sequence
1909                 retrieval</li>
1910               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1911                 link text excludes the start_end suffix</li>
1912               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1913                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1914               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1915               <li>Sequence description lines properly shared via
1916                 VAMSAS</li>
1917               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1918                 data sources</li>
1919               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1920                 completes before alignment figures are generated.</li>
1921               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1922                 first time.</li>
1923               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1924                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1925               <li>User defined group colours properly recovered
1926                 from Jalview projects.</li>
1927             </ul>
1928           </li>
1929         </ul>
1930       </td>
1931
1932     </tr>
1933     <tr>
1934       <td>
1935         <div align="center">
1936           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1937         </div>
1938       </td>
1939       <td>
1940         <ul>
1941           <li>Experimental support for google analytics usage
1942             tracking.</li>
1943           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1944         </ul>
1945       </td>
1946       <td>
1947         <ul>
1948           <li>Race condition in applet preventing startup in
1949             jre1.6.0u12+.</li>
1950           <li>Exception when feature created from selection beyond
1951             length of sequence.</li>
1952           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1953           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1954             all sequences with a given id</li>
1955           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1956             ID string searches</li>
1957           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1958             alignment to fail with exception</li>
1959         </ul> <em>Application Issues</em>
1960         <ul>
1961           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1962           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1963             data sources</li>
1964         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1965         <ul>
1966           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1967             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1968           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1969             version (java class versioning error fixed)</li>
1970         </ul>
1971       </td>
1972     </tr>
1973     <tr>
1974       <td>
1975
1976         <div align="center">
1977           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1978         </div>
1979       </td>
1980       <td><em>User Interface</em>
1981         <ul>
1982           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1983             translation and protein products</li>
1984           <li>Linked highlighting of structure associated with
1985             residue mapping to codon position</li>
1986           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1987             and 'clear' button</li>
1988           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1989             Tools menu</li>
1990           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1991             numeric data in description line</li>
1992           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1993           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1994             of sequence</li>
1995         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1996         <ul>
1997           <li>JPred3 web service</li>
1998           <li>Prototype sequence search client (no public services
1999             available yet)</li>
2000           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2001             PFAM</li>
2002           <li>URL Links created for matching database cross
2003             references as well as sequence ID</li>
2004           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2005         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2006         <ul>
2007           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2008             databases</li>
2009           <li>Generalised database reference retrieval and
2010             validation to all fetchable databases</li>
2011           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2012             sequence command</li>
2013         </ul> <em>Import and Export</em>
2014         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2015         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2016           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2017         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2018           File</li>
2019         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2020           triplet as name of colourscheme</li>
2021         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2022         <ul>
2023           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2024           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2025             alignments (experimental)</li>
2026           <li>Create new or select existing session to join</li>
2027           <li>load and save of vamsas documents</li>
2028         </ul> <em>Application command line</em>
2029         <ul>
2030           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2031             from applet)</li>
2032           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2033             of DAS servers to query for alignment features</li>
2034           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2035             that are also automatically queried for features</li>
2036           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2037             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2038         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2039         <ul>
2040           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2041             application (when using &quot;View in full
2042             application&quot;)</li>
2043         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2044         <ul>
2045           <li>feature group display control parameter</li>
2046           <li>debug parameter</li>
2047           <li>showbutton parameter</li>
2048         </ul> <em>Applet API methods</em>
2049         <ul>
2050           <li>newView public method</li>
2051           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2052           <li>Feature display control methods</li>
2053           <li>get list of currently selected sequences</li>
2054         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2055         <ul>
2056           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2057           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2058             Jalview release.</li>
2059           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2060             property controls execution of obfuscator</li>
2061           <li>Build target for generating source distribution</li>
2062           <li>Debug flag for javacc</li>
2063           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2064             jalview.bin.Cache</li>
2065           <li>Continuous Build Integration for stable and
2066             development version of Application, Applet and source
2067             distribution</li>
2068         </ul></td>
2069       <td>
2070         <ul>
2071           <li>selected region output includes visible annotations
2072             (for certain formats)</li>
2073           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2074             for editing</li>
2075           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2076           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2077           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2078           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2079             comments</li>
2080           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2081             filenames containing a ':'</li>
2082           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2083             global sequence features</li>
2084           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2085             references from alignment sequences goes to zero</li>
2086           <li>Close of tree branch colour box without colour
2087             selection causes cascading exceptions</li>
2088           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2089           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2090             file parsing fails.</li>
2091           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2092           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2093             not a valid output format</li>
2094           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2095             vamsas</li>
2096           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2097           <li>error messages passed up and output when data read
2098             fails</li>
2099           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2100             sequence is edited</li>
2101           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2102             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2103           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2104             filetype</li>
2105           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2106             import fixed for PFAM records</li>
2107           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2108             window list</li>
2109           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2110             can be read and written correctly to annotation file</li>
2111           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2112             correctly</li>
2113           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2114             non-italic font for representatives in Applet</li>
2115           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2116             Macs.</li>
2117           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2118             Applet)</li>
2119           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2120             due to null pointer exceptions</li>
2121           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2122             first column of alignment</li>
2123           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2124             July 2008</li>
2125           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2126             file is case-insensitive</li>
2127           <li>Sequence features read from Features file appended to
2128             all sequences with matching IDs</li>
2129           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2130             containing a sub-sequence</li>
2131           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2132           <li>feature and annotation file applet parameters
2133             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2134           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2135           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2136             splash-screen version check to complete</li>
2137           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2138             when passing them to the launchApp service</li>
2139           <li>display name and local features preserved in results
2140             retrieved from web service</li>
2141           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2142             sequence fetcher initialisation</li>
2143           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2144             dasobert DAS client</li>
2145           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2146             association</li>
2147           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2148             sequences
2149           </li>
2150         </ul>
2151       </td>
2152     </tr>
2153     <tr>
2154       <td>
2155         <div align="center">
2156           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2157         </div>
2158       </td>
2159       <td>
2160         <ul>
2161           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2162           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2163           <li>Slide sequences</li>
2164           <li>Edit sequence in place</li>
2165           <li>EMBL CDS features</li>
2166           <li>DAS Feature mapping</li>
2167           <li>Feature ordering</li>
2168           <li>Alignment Properties</li>
2169           <li>Annotation Scores</li>
2170           <li>Sort by scores</li>
2171           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2172         </ul>
2173       </td>
2174       <td>
2175         <ul>
2176           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2177           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2178           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2179           <li>Feature group display state in XML</li>
2180           <li>Feature ordering in XML</li>
2181           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2182           <li>Stockholm alignment properties</li>
2183           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2184           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2185           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2186           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2187         </ul>
2188       </td>
2189
2190     </tr>
2191     <tr>
2192       <td>
2193         <div align="center">
2194           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2195         </div>
2196       </td>
2197       <td>
2198         <ul>
2199           <li>Non standard characters can be read and displayed
2200           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2201             applet via textbox
2202           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2203             name &amp; description
2204           <li>Preference setting to display sequence name in
2205             italics
2206           <li>Annotation file format extended to allow
2207             Sequence_groups to be defined
2208           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2209             specified in preferences
2210           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2211             sequences
2212         </ul>
2213       </td>
2214       <td>
2215         <ul>
2216           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2217             installed
2218           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2219           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2220         </ul>
2221       </td>
2222     </tr>
2223     <tr>
2224       <td>
2225         <div align="center">
2226           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2227         </div>
2228       </td>
2229       <td>
2230         <ul>
2231           <li>Multiple views on alignment
2232           <li>Sequence feature editing
2233           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2234           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2235           <li>Background dependent text colour
2236           <li>Right align sequence ids
2237           <li>User-defined lower case residue colours
2238           <li>Format Menu
2239           <li>Select Menu
2240           <li>Menu item accelerator keys
2241           <li>Control-V pastes to current alignment
2242           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2243           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2244           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2245
2246
2247
2248
2249
2250
2251           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2252         </ul>
2253       </td>
2254       <td>
2255         <ul>
2256           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2257           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2258             calculations
2259           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2260             edits
2261           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2262             of alignment)
2263           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2264
2265
2266
2267
2268
2269
2270           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2271             display correctly
2272           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2273           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2274             analysis results
2275           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2276             &#8739;
2277           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2278           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2279           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2280
2281
2282
2283
2284
2285
2286         </ul>
2287       </td>
2288     </tr>
2289     <tr>
2290       <td>
2291         <div align="center">
2292           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2293         </div>
2294       </td>
2295       <td>
2296         <ul>
2297           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2298         </ul>
2299       </td>
2300       <td>
2301         <ul>
2302           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2303             sequence id panel has been resized</li>
2304           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2305             rendered</li>
2306           <li>Annotation files with sequence references - all
2307             elements in file are relative to sequence position</li>
2308           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2309         </ul>
2310       </td>
2311     </tr>
2312     <tr>
2313       <td>
2314         <div align="center">
2315           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2316         </div>
2317       </td>
2318       <td>
2319         <ul>
2320           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2321           <li>DAS Feature fetching</li>
2322           <li>Hide sequences and columns</li>
2323           <li>Export Annotations and Features</li>
2324           <li>GFF file reading / writing</li>
2325           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2326             files</li>
2327           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2328           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2329           <li>Applet can launch the full application</li>
2330           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2331             required)</li>
2332           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2333           <li>Applet can load sequences from parameter
2334             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2335           </li>
2336         </ul>
2337       </td>
2338       <td>
2339         <ul>
2340           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2341           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2342           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2343         </ul>
2344       </td>
2345     </tr>
2346     <tr>
2347       <td>
2348         <div align="center">
2349           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2350         </div>
2351       </td>
2352       <td>
2353         <ul>
2354           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2355           <li>Choose to match case when searching</li>
2356           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2357             expand the visible width and height of the alignment</li>
2358         </ul>
2359       </td>
2360       <td>
2361         <ul>
2362           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2363         </ul>
2364       </td>
2365     </tr>
2366     <tr>
2367       <td>
2368         <div align="center">
2369           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2370         </div>
2371       </td>
2372       <td>&nbsp;</td>
2373       <td>
2374         <ul>
2375           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2376           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2377             value</li>
2378         </ul>
2379       </td>
2380     </tr>
2381     <tr>
2382       <td>
2383         <div align="center">
2384           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2385         </div>
2386       </td>
2387       <td>
2388         <ul>
2389           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2390           <li>Keyboard editing</li>
2391           <li>Create sequence features from searches</li>
2392           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2393             alignments</li>
2394           <li>Features file allows grouping of features</li>
2395           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2396           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2397           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2398         </ul>
2399       </td>
2400       <td>
2401         <ul>
2402           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2403           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2404             descriptions saved.</li>
2405         </ul>
2406       </td>
2407     </tr>
2408     <tr>
2409       <td>
2410         <div align="center">
2411           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2412         </div>
2413       </td>
2414       <td>
2415         <ul>
2416           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2417           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2418           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2419             name for file output</li>
2420           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2421           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2422             used for HTML form input</li>
2423         </ul>
2424       </td>
2425       <td>
2426         <ul>
2427           <li>HTML output writes groups and features</li>
2428           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2429           <li>File IO bugs</li>
2430         </ul>
2431       </td>
2432     </tr>
2433     <tr>
2434       <td>
2435         <div align="center">
2436           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2437         </div>
2438       </td>
2439       <td>
2440         <ul>
2441           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2442           <li>More options for PCA viewer</li>
2443         </ul>
2444       </td>
2445       <td>
2446         <ul>
2447           <li>GUI bugs resolved</li>
2448           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2449         </ul>
2450       </td>
2451     </tr>
2452     <tr>
2453       <td height="63">
2454         <div align="center">
2455           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2456         </div>
2457       </td>
2458       <td>
2459         <ul>
2460           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2461           <li>Jar files are executable</li>
2462           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2463         </ul>
2464       </td>
2465       <td>
2466         <ul>
2467           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2468           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2469           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2470         </ul>
2471       </td>
2472     </tr>
2473     <tr>
2474       <td>
2475         <div align="center">
2476           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2477         </div>
2478       </td>
2479       <td>
2480         <ul>
2481           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2482         </ul>
2483       </td>
2484       <td>
2485         <ul>
2486           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2487         </ul>
2488       </td>
2489     </tr>
2490     <tr>
2491       <td>
2492         <div align="center">
2493           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2494         </div>
2495       </td>
2496       <td>
2497         <ul>
2498           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2499             size</li>
2500         </ul>
2501       </td>
2502       <td>
2503         <ul>
2504           <li>Improved JPred client reliability</li>
2505           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2506         </ul>
2507       </td>
2508     </tr>
2509     <tr>
2510       <td>
2511         <div align="center">
2512           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2513         </div>
2514       </td>
2515       <td>
2516         <ul>
2517           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2518           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2519           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2520             to Colour Menu</li>
2521           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2522           <li>Unix users can set default web browser</li>
2523           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2524           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2525         </ul>
2526       </td>
2527       <td>
2528         <ul>
2529           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2530         </ul>
2531       </td>
2532     </tr>
2533     <tr>
2534       <td>
2535         <div align="center">
2536           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2537         </div>
2538       </td>
2539       <td>&nbsp;</td>
2540       <td>
2541         <ul>
2542           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2543             alignment order.</li>
2544         </ul>
2545       </td>
2546     </tr>
2547     <tr>
2548       <td>
2549         <div align="center">
2550           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2551         </div>
2552       </td>
2553       <td>
2554         <ul>
2555           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2556           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2557           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2558             annotations.</li>
2559           <li>Version and build date written to build properties
2560             file.</li>
2561           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2562             at launch of Jalview.</li>
2563         </ul>
2564       </td>
2565       <td>
2566         <ul>
2567           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2568           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2569           <li>Can remove groups one by one.</li>
2570           <li>Filechooser icons installed.</li>
2571           <li>Finder ignores return character when searching.
2572             Return key will initiate a search.<br>
2573           </li>
2574         </ul>
2575       </td>
2576     </tr>
2577     <tr>
2578       <td>
2579         <div align="center">
2580           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2581         </div>
2582       </td>
2583       <td>
2584         <ul>
2585           <li>New codebase</li>
2586         </ul>
2587       </td>
2588       <td>&nbsp;</td>
2589     </tr>
2590   </table>
2591   <p>&nbsp;</p>
2592 </body>
2593 </html>