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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  74             <em>29/01/2019</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77     <td><div align="left">
  78         <em></em>
  79         <ul>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
  82             or the overview updates with large alignments.
  83           </li>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-2865 -->Tree and PCA calculation fails for selected
  86             region if columns were selected by dragging right-to-left
  87             and the mouse moved to the left of the first column.
  88           </li>
  89         </ul>
  90       </div></td>
  91     <td><div align="left">
  92         <em></em>
  93         <ul>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
  96             capabilities removed from the Jalview Desktop
  97           </li>
  98         </ul>
  99         <em>Editing</em>
 100         <ul>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 103             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 104             via 'Edit' sequence
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 108             sequence features correctly when start of sequence is
 109             removed (Known defect since 2.10)
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL- -->
 113           </li>
 114         </ul>
 115       </div></td>
 116     </tr>
 117     <tr>
 118     <td width="60" nowrap>
 119       <div align="center">
 120         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 121       </div>
 122     </td>
 123     <td><div align="left">
 124         <em></em>
 125         <ul>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 128               InstallAnywhere increased to 1G.
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 132               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 133               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 134                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 135                 properties file.</em>
 136             </li>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 139               API and sequence data now imported as JSON.
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 143               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 144               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 145               property.
 146             </li>
 147           </ul>
 148           <em>Development</em>
 149           <ul>
 150             <li>
 151               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 152               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 153                 Clover</a>
 154             </li>
 155           </ul>
 156         </div></td>
 157     <td><div align="left">
 158         <em></em>
 159         <ul>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 162               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 163               alignment.
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 167               annotation displayed.
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 171               for newly created group when 'Apply to all groups'
 172               selected
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 176               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 177               visible.
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 181               when sequences are selected in exported view.</em>
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 185               aren't rendered with correct colour.
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 189               types of knotted RNA secondary structure.
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 193               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 194               do not start at 1.
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 198               annotation when columns are inserted into an alignment,
 199               and when exporting as Stockholm flatfile.
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 203               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 204               treated as RNA secondary structure.
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 208               (not .jar) when saving a jalview project file.
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 212               transfers focus to previous window on OSX
 213             </li>
 214           </ul>
 215           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 216           <ul>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 219               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 220               box.
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 224               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 225               'look and feel' which has improved compatibility with the
 226               latest version of OSX.
 227             </li>
 228           </ul>
 229         </div>
 230     </td>
 231     </tr>
 232     <tr>
 233       <td width="60" nowrap>
 234         <div align="center">
 235           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 236             <em>7/06/2018</em></strong>
 237         </div>
 238       </td>
 239       <td><div align="left">
 240           <em></em>
 241           <ul>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 244               annotation retrieved from Uniprot
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 248               onto the Jalview Desktop
 249             </li>
 250           </ul>
 251         </div></td>
 252       <td><div align="left">
 253           <em></em>
 254           <ul>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 257               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 261               right-hand column parsed correctly
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 265               not alignment area in exported graphic
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 269               window has input focus
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 273               annotation added to view (Windows)
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 277               network connectivity is poor
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 281               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 282                 the currently open URL and links from a page viewed in
 283                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 284                 you are using Edge, only links in the page can be
 285                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 286                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 287             </li>
 288           </ul>
 289         </div></td>
 290     </tr>
 291     <tr>
 292       <td width="60" nowrap>
 293         <div align="center">
 294           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 295         </div>
 296       </td>
 297       <td><div align="left">
 298           <em></em>
 299           <ul>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 302               for disabling automatic superposition of multiple
 303               structures and open structures in existing views
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 307               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 308               adjust them.
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 312               Ensembl services
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 316               and lots of hidden columns
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 320               of features (particularly when transparency is disabled)
 321             </li>
 322           </ul>
 323           </div>
 324       </td>
 325       <td><div align="left">
 326           <ul>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 329               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 333               overlapping alignment panel
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 337               sequence as gaps
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 341               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 342               UTR
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 346               factor annotation not added to sequence when local PDB
 347               file associated with it by drag'n'drop or structure
 348               chooser
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 352               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 356               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 360               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 364               columns in annotation row
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 368               honored in batch mode
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 372               for structures added to existing Jmol view
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 376               entries after importing project with multiple views
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 380               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 381               with negative residue numbers or missing residues fails
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 385               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 386               as generated by CONSURF)
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 390               tooltip doesn't include a text description of mutation
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 394               structure and/or overview windows are also shown
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 398               very slow for alignments with large numbers of sequences
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 402               with 'StringIndexOutOfBounds'
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 406               platforms running Java 10
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 410               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 411             </li>
 412           </ul>
 413           <em>Applet</em>
 414           <ul>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 417               should copy the group consensus when popup is opened on it
 418             </li>
 419           </ul>
 420           <em>Batch Mode</em>
 421           <ul>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 424           </li>
 425           </ul>
 426           <em>New Known Defects</em>
 427           <ul>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 430               editing a large alignment and overview is displayed
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 434               repeatedly after a series of edits even when the overview
 435               is no longer reflecting updates
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 439               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 440               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 441               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 442             </li>
 443           </ul>
 444         </div>
 445           </td>
 446     </tr>
 447     <tr>
 448       <td width="60" nowrap>
 449         <div align="center">
 450           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 451         </div>
 452       </td>
 453       <td><div align="left">
 454           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 455               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 456       <td><div align="left">
 457           <em>Desktop</em><ul>
 458           <ul>
 459             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 460             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 461             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 462             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 463             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 464             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 465             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 466           </ul>
 467           </div>
 468       </td>
 469     </tr>
 470     <tr>
 471       <td width="60" nowrap>
 472         <div align="center">
 473           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 474         </div>
 475       </td>
 476       <td><div align="left">
 477           <em></em>
 478           <ul>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 481               rendering of sequence features
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 485               429 rate limit request hander
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 489               their colours have changed
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 493               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 497               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 501               view from Ensembl locus cross-references
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 505               Alignment report
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 509               feature can be disabled
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 513               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 517               Uniprot
 518             </li>
 519           </ul>
 520           <em>Scripting</em>
 521           <ul>
 522             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 523             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 524               percent identity scores for current alignment.</li>
 525           </ul>
 526           <em>Testing and Deployment</em>
 527           <ul>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 530             </li>
 531           </ul>
 532         </div></td>
 533       <td><div align="left">
 534           <em>General</em>
 535           <ul>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 538               threshold text field doesn't trigger an update to the
 539               alignment view
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 543               strings in parallel
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 547               alignment window is closed
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 551               group visibility
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 555               takes a long time in Cursor mode
 556             </li>
 557           </ul>
 558           <em>Desktop</em>
 559           <ul>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 562               cannot be viewed in Chimera
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 566               CDS/Protein view
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 570               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 571               Search Dialogs
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 581               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 585               scrolling right in unwapped alignment view
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 589               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 590               database
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 594               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 598               features of same type and group to be selected for
 599               amending
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 603               alignments when hidden columns are present
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 607               displaying several structures
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 611               moving a window
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 615               within the Jalview desktop on OSX
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 619               when in wrapped alignment mode
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 623               hand end of alignment
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 627               each selected sequence do not have correct start/end
 628               positions
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 632               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 636               restoring project until a new view is created
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 640               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 641               configured (since 2.10.2b2)
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 645               position is adjusted
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 649               in a multi-chain structure when viewing alignment
 650               involving more than one chain (since 2.10)
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 654               if new selection moves alignment window
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 658               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 662               that produces correctly annotated transcripts and products
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 666               doesn't update associated structure view
 667             </li>
 668           </ul>
 669           <em>Applet</em><br />
 670           <ul>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 673               closing alignment panel
 674             </li>
 675           </ul>
 676           <em>BioJSON</em><br />
 677           <ul>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 680               non-positional features
 681             </li>
 682           </ul>
 683           <em>New Known Issues</em>
 684           <ul>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 687               sequence features correctly (for many previous versions of
 688               Jalview)
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 692               using cursor in wrapped panel other than top
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 696               graduated colour threshold
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 700               always preserve numbering and sequence features
 701             </li>
 702           </ul>
 703           <em>Known Java 9 Issues</em>
 704           <ul>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 707               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 708               9.01, OSX 10.10)
 709             </li>
 710           </ul>
 711         </div></td>
 712     </tr>
 713     <tr>
 714       <td width="60" nowrap>
 715         <div align="center">
 716           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 717             <em>2/10/2017</em></strong>
 718         </div>
 719       </td>
 720       <td><div align="left">
 721           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 722           <ul>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 725             </li>
 726             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 727             </li>
 728           </ul>
 729         </div></td>
 730       <td><div align="left">
 731         </div></td>
 732     </tr>
 733     <tr>
 734       <td width="60" nowrap>
 735         <div align="center">
 736           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 737             <em>7/9/2017</em></strong>
 738         </div>
 739       </td>
 740       <td><div align="left">
 741           <em></em>
 742           <ul>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 745               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 746               white)
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 750               Preferences
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 754               in size and progress bar shown as higher resolution
 755               overview is recalculated
 756             </li>
 757
 758           </ul>
 759         </div></td>
 760       <td><div align="left">
 761           <em></em>
 762           <ul>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 765               column region row by row
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 769               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 773               format setting is unticked
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 777               if group has show boxes format setting unticked
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 781               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 782               include sequences and columns not currently displayed
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 786               assemblies are imported via CIF file
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 790               displayed when threshold or conservation colouring is also
 791               enabled.
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 795               server version
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 799               dragging a selected region off the visible region of the
 800               alignment
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 804               colourscheme to all groups in a view
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 808               initially after font size change using the Font chooser or
 809               middle-mouse zoom
 810             </li>
 811           </ul>
 812         </div></td>
 813     </tr>
 814     <tr>
 815       <td width="60" nowrap>
 816         <div align="center">
 817           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 818         </div>
 819       </td>
 820       <td><div align="left">
 821           <em>Calculations</em>
 822           <ul>
 823
 824             <li>
 825               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 826               ungapped positions in each column of the alignment.
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 830               a calculation dialog box
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 834               and memory efficiency (~30x faster)
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 838               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 839               and other calculations
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 843               files within the Jalview codebase
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 847               Similarity may have different topology due to increased
 848               precision
 849             </li>
 850           </ul>
 851           <em>Rendering</em>
 852           <ul>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 855               model for alignments and groups
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 859               scripts
 860             </li>
 861           </ul>
 862           <em>Overview</em>
 863           <ul>
 864             <li>
 865               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 866               with alignment and overview windows
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 870               overview
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 874               omitted in Overview
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 878               adjustment of visible position
 879             </li>
 880           </ul>
 881
 882           <em>Data import/export</em>
 883           <ul>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 886               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 890               annotation input/output via stockholm flatfile
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 894               extension when importing structure files without embedded
 895               names or PDB accessions
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 899               format sequence substitution matrices
 900             </li>
 901           </ul>
 902           <em>User Interface</em>
 903           <ul>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 906               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 907               the application.
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 911               via Overview or sequence motif search operations
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 915               opened by double clicking gaps within sequence feature
 916               extent
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 920               aligned positions were available to create a 3D structure
 921               superposition.
 922             </li>
 923           </ul>
 924           <em>3D Structure</em>
 925           <ul>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 928               coloured in linked structure views
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 932               file-based command exchange
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 936               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 937               structures are already available for sequences
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 941               the Jalview project rather than downloaded again when the
 942               project is reopened.
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 946               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 947               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 948                 Feature</strong>)
 949             </li>
 950           </ul>
 951           <em>Web Services</em>
 952           <ul>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 958               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 959               Analysis services
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 963               cross-references provided by identifiers.org and the
 964               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 965             </li>
 966           </ul>
 967
 968           <em>Scripting</em>
 969           <ul>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 972               identifying file formats (instead of String constants)
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 976               efficiency when counting all displayed features (not
 977               backwards compatible with 2.10.1)
 978             </li>
 979           </ul>
 980           <em>Example files</em>
 981           <ul>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 984               included in the example feature file
 985             </li>
 986           </ul>
 987           <em>Documentation</em>
 988           <ul>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 991               with the built-in Java help viewer
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 995               sequence description' option
 996             </li>
 997           </ul>
 998           <em>Test Suite</em>
 999           <ul>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1002               Uniprot REST Free Text Search Client
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1009               during tests
1010             </li>
1011           </ul>
1012         </div></td>
1013       <td><div align="left">
1014           <em>Calculations</em>
1015           <ul>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1018               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1019               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1020             </li>
1021             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1022               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1023               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1024               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1025               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1026               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1027               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1028               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1029               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1030               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1031               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1032               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1033               // for 2.10.1 mode <br />
1034               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1035               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1036                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1037                 calculations (not recommended)</em></li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1040               scaling of branch lengths for trees computed using
1041               Sequence Feature Similarity.
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1045               generating output report when working with highly
1046               redundant alignments
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1050               right of selected region when gaps present on right-hand
1051               boundary
1052             </li>
1053           </ul>
1054           <em>User Interface</em>
1055           <ul>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1058               doesn't reselect a specific sequence's associated
1059               annotation after it was used for colouring a view
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1063               opened on a region of alignment without groups
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1067               of an alignment with overlapping groups
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1071               name and description match
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1075               hidden regions results in incorrect hidden regions
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1079               changing colour does not apply Conservation slider value
1080               to all groups
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1084               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1088               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1092               gaps before start of features
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1096               restored to UI when feature colour is edited
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1100               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1104               as graduate feature colour settings are modified via the
1105               dialog box
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1109               when a group defined on the alignment is resized
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1113               wrapped view result in positional status updates
1114             </li>
1115
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1118               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1122               alignment included gapped columns
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1126               widgets don't permanently disappear
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1130               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1131               T-Coffee column reliability scores)
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1135               sequence feature on gaps only
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1139               button from a Find inherit previously defined feature type
1140               rather than the Find query string
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1144               exporting tree calculated in Jalview
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1148               and then revealing them reorders sequences on the
1149               alignment
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1153               doesn't update to reflect available set of groups after
1154               interactively adding or modifying features
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1158               Linux
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1162               only excluded gaps in current sequence and ignored
1163               selection.
1164             </li>
1165           </ul>
1166           <em>Rendering</em>
1167           <ul>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1170               erratically when hidden rows or columns are present
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1174               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1175               sequence colouring
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1179               colour and group colour menu for protein alignments
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1183               reflect currently selected view or group's shading
1184               thresholds
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1188               when rendered on overview and structures when opacity at
1189               100%
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1193               overview when features overlaid on alignment
1194             </li>
1195           </ul>
1196           <em>Data import/export</em>
1197           <ul>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1200               load
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1204               added after a sequence was imported are not written to
1205               Stockholm File
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1209               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1213               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1217               with lightGray or darkGray via features file (but can
1218               specify lightgray)
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1222               when alignment view imported from project
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1226               structure and sequences extracted from structure files
1227               imported via URL and viewed in Jmol
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1231               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1232               the project is loaded and the structure viewed
1233             </li>
1234           </ul>
1235           <em>Web Services</em>
1236           <ul>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1239               release of Ensembl v.88
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1243               appear enabled in Preferences->Connections
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1247               removed from console output
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1251               Ensembl by Peptide ID
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1255               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1256               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1257               due to 'null' string rather than empty string used for
1258               residues with no corresponding PDB mapping).
1259             </li>
1260           </ul>
1261           <em>Application UI</em>
1262           <ul>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1265               menu
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1269               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1270               new documentation and tooltips added)
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1274               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1278               new features are added to alignment
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1282               changes to feature colours via the Amend features dialog
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1286               edit graduated feature colour via amend features dialog
1287               box
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1291               selection menu changes colours of alignment views
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1295               from alignment calculation workers after alignment has
1296               been closed
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1300               groups now 'Create Group'
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1304               Create/Undefine group doesn't always work
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1308               shown again after pressing 'Cancel'
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1312               adjusts start position in wrap mode
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1316               ambiguous amino acids
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1320               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1321               proteins
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1325               Defined' don't appear in Colours menu
1326             </li>
1327           </ul>
1328           <em>Applet</em>
1329           <ul>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1332               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1336               overview or linked structure view
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1340               work (since 2.8)
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1344               user-defined colourscheme doesn't restore original
1345               colourscheme
1346             </li>
1347           </ul>
1348           <em>Test Suite</em>
1349           <ul>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1352               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1356               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1357               problems with deep array comparison equality asserts in
1358               successive versions of TestNG
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1362               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1363             </li>
1364           </ul>
1365           <em>New Known Issues</em>
1366           <ul>
1367             <li>
1368               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1369               phase after a sequence motif find operation
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1373               containing just upper and lower case letters are
1374               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1378               reliably from eggnog Ortholog database
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1382               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1383               to mark columns containing highlighted regions.
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1387               doesn't always add secondary structure annotation.
1388             </li>
1389           </ul>
1390         </div>
1391     <tr>
1392       <td width="60" nowrap>
1393         <div align="center">
1394           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1395         </div>
1396       </td>
1397       <td><div align="left">
1398           <em>General</em>
1399           <ul>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1402               for all consensus calculations
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1406               3rd Oct 2016)
1407             </li>
1408             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1409               for 2016-2017</li>
1410           </ul>
1411           <em>Application</em>
1412           <ul>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1415               set of database cross-references, sorted alphabetically
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1419               from database cross references. Users with custom links
1420               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1421                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1425               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1426               Chimera session
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1430               the Chimera it is connected to is shut down
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1434               columns menu item to mark columns containing highlighted
1435               regions (e.g. from structure selections or results of a
1436               Find operation)
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1440               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1441               MSAviewer
1442             </li>
1443           </ul>
1444         </div></td>
1445       <td>
1446         <div align="left">
1447           <em>General</em>
1448           <ul>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1451               are not coloured or thresholded according to percent
1452               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1456               hydrophobic
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1460               threshold, amino acid properties)
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1464               reported as mapped to residues in a structure file in the
1465               View Mapping report
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1469               could be added multiple times to a sequence
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1473               bond features shown as two highlighted residues rather
1474               than a range in linked structure views, and treated
1475               correctly when selecting and computing trees from features
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1479               cross-references are matched to database name regardless
1480               of case
1481             </li>
1482
1483           </ul>
1484           <em>Application</em>
1485           <ul>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1488               names without regular expressions also offer links from
1489               Sequence ID
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1493               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1494               update Jalview configuration
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1498               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1502               files with similarly named sequences if dropped onto the
1503               alignment
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1507               entries where more chains exist in the PDB accession than
1508               are reported in the SIFTS file
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1512               the structure view when displayed with Chimera
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1516               panel's View->Show Chains submenu
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1520               work for wrapped alignment views
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1524               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1528               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1529               first annotation row
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1533               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1537               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1538             </li>
1539             <!-- JAL-2319 -->
1540             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1541             coordindate data
1542             </li>
1543           </ul>
1544           <!--           <em>New Known Issues</em>
1545           <ul>
1546             <li></li>
1547           </ul> -->
1548         </div>
1549       </td>
1550     </tr>
1551     <td width="60" nowrap>
1552       <div align="center">
1553         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1554           <em>25/10/2016</em></strong>
1555       </div>
1556     </td>
1557     <td><em>Application</em>
1558       <ul>
1559         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1560           view if structures already loaded</li>
1561         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1562           structure views</li>
1563       </ul></td>
1564     <td>
1565       <div align="left">
1566         <em>General</em>
1567         <ul>
1568           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1569             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1570           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1571             example sequences/projects/trees</li>
1572         </ul>
1573         <em>Application</em>
1574         <ul>
1575           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1576             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1577           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1578             without timeout for structures with multiple models or
1579             multiple sequences in alignment</li>
1580           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1581             PDB ID HEADER line</li>
1582           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1583             is performed</li>
1584           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1585             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1586           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1587           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1588             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1589             option</li>
1590           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1591             is created on the alignment</li>
1592           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1593             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1594             pop-up menu</li>
1595         </ul>
1596         <em>Build and deployment</em>
1597         <ul>
1598           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1599             tags</li>
1600         </ul>
1601         <em>New Known Issues</em>
1602         <ul>
1603           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1604             on Windows</li>
1605         </ul>
1606       </div>
1607     </td>
1608     </tr>
1609     <tr>
1610       <td width="60" nowrap>
1611         <div align="center">
1612           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1613         </div>
1614       </td>
1615       <td><em>General</em>
1616         <ul>
1617           <li>
1618             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1619           </li>
1620           <li>
1621             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1622             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1623             better PDB parsing.
1624           </li>
1625           <li>
1626             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1627             reference sequence
1628           </li>
1629           <li>
1630             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1631             mousing over sequence associated annotation
1632           </li>
1633           <li>
1634             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1635             for manual entry
1636           </li>
1637           <li>
1638             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1639             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1640             for each column
1641           </li>
1642           <li>
1643             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1644             showing or hiding columns containing a feature
1645           </li>
1646           <li>
1647             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1648             group and sequence associated annotation labels
1649           </li>
1650           <li>
1651             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1652             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1653             dialogs
1654           </li>
1655
1656         </ul> <em>Application</em>
1657         <ul>
1658           <li>
1659             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1660             gene/transcript view
1661           </li>
1662           <li>
1663             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1664             dialog
1665           </li>
1666           <li>
1667             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1668             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1669           </li>
1670           <li>
1671             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1672             Pfam sources to xfam.org
1673           </li>
1674           <li>
1675             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1676           </li>
1677           <li>
1678             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1679             over sequences in Jalview
1680           </li>
1681           <li>
1682             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1683             regions in ENA and EMBL
1684           </li>
1685           <li>
1686             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1687             for record retrieval via ENA rest API
1688           </li>
1689           <li>
1690             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1691             complement operator
1692           </li>
1693           <li>
1694             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1695             groovy script execution
1696           </li>
1697           <li>
1698             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1699             alignment window's Calculate menu
1700           </li>
1701           <li>
1702             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1703             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1704           </li>
1705           <li>
1706             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1707             calculation workers from groovy scripts
1708           </li>
1709           <li>
1710             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1711             Jalview projects
1712           </li>
1713           <li>
1714             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1715             associations are now saved/restored from project
1716           </li>
1717           <li>
1718             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1719             before sequence fetcher is opened
1720           </li>
1721           <li>
1722             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1723             database chooser opens a sequence fetcher
1724           </li>
1725           <li>
1726             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1727             the UniProt REST API
1728           </li>
1729           <li>
1730             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1731             the news reader opening
1732           </li>
1733           <li>
1734             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1735             querying stored in preferences
1736           </li>
1737           <li>
1738             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1739             search results
1740           </li>
1741           <li>
1742             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1743           </li>
1744           <li>
1745             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1746             menu for nucleotide sequences
1747           </li>
1748           <li>
1749             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1750             and feature counts preserves alignment ordering (and
1751             debugged for complex feature sets).
1752           </li>
1753           <li>
1754             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1755             viewing structures with Jalview 2.10
1756           </li>
1757           <li>
1758             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1759             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1760             Ensembl Genomes REST API
1761           </li>
1762           <li>
1763             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1764             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1765             (Ensembl)
1766           </li>
1767           <li>
1768             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1769             sequences
1770           </li>
1771           <li>
1772             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1773             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1774             data from external database records.
1775           </li>
1776           <li>
1777             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1778             efficient recovery of sequence coding and alignment
1779             annotation relationships.
1780           </li>
1781         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1782         <ul>
1783           <li>
1784             -- JAL---
1785           </li>
1786         </ul> --></td>
1787       <td>
1788         <div align="left">
1789           <em>General</em>
1790           <ul>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1793               menu on OSX
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1797               includes graduated colourschemes
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1801               working with big alignments and lots of hidden columns
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1805               at right of alignment window
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1809               contents
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1813               for DNA alignments
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1817               based tree calculation
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1821               unconserved enabled for group on alignment
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1825               set as reference
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1829               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1830               annotation
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1834               hidden columns present
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1838               user created annotation added to alignment
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1842               '()' base pair annotation
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1846               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1847               Consensus
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1851               feature not working
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1855               beginning of sequence
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1859               entry 3a6s
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1863               from a tree when t-coffee scores are shown
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1867               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1871               some structures
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1875               to Clustal, PIR and PileUp output
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1879               not visible causes alignment window to repaint
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1883               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1884               scores associated with features and annotation rows
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1888               calculation should be case independent
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1892               columns
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1896               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1897               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1901               problems when reference sequence defined and 'show
1902               non-conserved' enabled
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1906               load even when Consensus calculation is disabled
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1910               alignment does nothing
1911             </li>
1912           </ul>
1913           <em>Application</em>
1914           <ul>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1917               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1918               yet fixed for El Capitan)
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1922               output when running on non-gb/us i18n platforms
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1926               hidden sequences as flat-file alignment
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1930               launching Chimera
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1934               (also hotfix for 2.9.0b2)
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1938               reference sequence defined
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1942               alignments and views when revealing hidden columns
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1946               view in a cDNA/Protein splitframe
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1950               sequence from project when only one sequence is
1951               represented
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1955               in Structure Chooser
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1959               structure consensus didn't refresh annotation panel
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1963               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1967               dialogs format columns correctly, don't display array
1968               data, sort columns according to type
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1972               file chooser is cancelled during an image export
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1976               sequence name containing special characters
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1980               case insensitive
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1984               formatting don't wrap
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1988               truncated so L looks like I in consensus annotation
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1992               currently displayed features for the current selection or
1993               view
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1997               after fetching cross-references, and restoring from
1998               project
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2002               followed in the structure viewer
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2006               splitframe not restored from project
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2010               trailing end of protein alignment in transcript/product
2011               splitview when pad-gaps not enabled by default
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2015               is case dependent
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2019               article has been read (reopened issue due to
2020               internationalisation problems)
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2024               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2025               cross-references
2026             </li>
2027
2028             <li>
2029               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2030               alignment as HTML
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2034               multiple structures are shown for one or more sequences.
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2038               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2039               is enabled.
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2043               specific PDB id for sequence
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2047               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2048               columns' is disabled.
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2052               selects lowest rather than highest resolution structures
2053               for each sequence
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2057               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2061               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2065               after clicking on it to create new annotation for a
2066               column.
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2070               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2071             </li>
2072             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2073             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2074           </ul>
2075           <em>Applet</em>
2076           <ul>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2079               hidden columns present before start of sequence
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2083               (JSON jars)
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2087               sequences are hidden in applet
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2091               deployment on examples pages.
2092             </li>
2093           </ul>
2094         </div>
2095       </td>
2096     </tr>
2097     <tr>
2098       <td width="60" nowrap>
2099         <div align="center">
2100           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2101             <em>16/10/2015</em></strong>
2102         </div>
2103       </td>
2104       <td><em>General</em>
2105         <ul>
2106           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2107             jars</li>
2108         </ul></td>
2109       <td>
2110         <div align="left">
2111           <em>Application</em>
2112           <ul>
2113             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2114               shown when tree is partitioned</li>
2115             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2116               multiple cDNA/Protein split views</li>
2117           </ul>
2118         </div>
2119       </td>
2120     </tr>
2121     <tr>
2122       <td width="60" nowrap>
2123         <div align="center">
2124           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2125             <em>8/10/2015</em></strong>
2126         </div>
2127       </td>
2128       <td><em>General</em>
2129         <ul>
2130           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2131             2.9</li>
2132         </ul> <em>Application</em>
2133         <ul>
2134           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2135           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2136           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2137         </ul> <em>Applet</em>
2138         <ul>
2139           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2140         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2141         <ul>
2142           <li>
2143             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2144             suite
2145           </li>
2146         </ul></td>
2147       <td>
2148         <div align="left">
2149           <em>General</em>
2150           <ul>
2151             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2152               incorrect when sequence start > 1</li>
2153             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2154               documentation</li>
2155             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2156             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2157               loading a features file containing HTML tags in feature
2158               description</li>
2159
2160           </ul>
2161           <em>Application</em>
2162           <ul>
2163             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2164               reimport</li>
2165             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2166               with 'trim retrieved sequences'</li>
2167             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2168               deleting selected columns</li>
2169             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2170               JNLP templates for webstart launch</li>
2171             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2172               unreleased structures for download or viewing</li>
2173             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2174               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2175             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2176               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2177             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2178               recovered from jalview project</li>
2179             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2180               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2181               alignment view</li>
2182             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2183               color schemes from BioJSON</li>
2184           </ul>
2185           <em>Applet</em>
2186           <ul>
2187             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2188               frame</li>
2189             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2190           </ul>
2191         </div>
2192       </td>
2193     </tr>
2194     <tr>
2195       <td><div align="center">
2196           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2197         </div></td>
2198       <td><em>General</em>
2199         <ul>
2200           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2201             alignments:
2202             <ul>
2203               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2204                 and DNA alignment views</li>
2205               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2206                 cDNA alignment views</li>
2207               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2208                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2209               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2210                 protein sequences</li>
2211             </ul>
2212           </li>
2213           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2214           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2215             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2216           <li>New alignment annotation file statements for
2217             reference sequences and marking hidden columns</li>
2218           <li>Reference sequence based alignment shading to
2219             highlight variation</li>
2220           <li>Select or hide columns according to alignment
2221             annotation</li>
2222           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2223           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2224             acid conservation row</li>
2225           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2226         </ul> <em>Application</em>
2227         <ul>
2228           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2229             <ul>
2230               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2231                 view with cDNA/Protein</li>
2232               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2233                 sequences are placed in the same alignment</li>
2234               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2235                 projects</li>
2236             </ul>
2237           </li>
2238
2239           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2240           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2241             Jalview windows</li>
2242
2243           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2244           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2245           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2246             be shown in VARNA</li>
2247
2248           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2249             as the active selected region</li>
2250
2251           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2252             similarity</li>
2253           <li>New Export options
2254             <ul>
2255               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2256                 region export in flat file generation</li>
2257
2258               <li>Export alignment views for display with the <a
2259                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2260
2261               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2262               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2263                 alignment figures to HTML</li>
2264           </li>
2265           <li>3D structure retrieval and display
2266             <ul>
2267               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2268                 Search API</li>
2269               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2270                 PDB structures for a sequence set</li>
2271             </ul>
2272           </li>
2273
2274           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2275             predictions</li>
2276           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2277             for one or a group of sequences</li>
2278           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2279             from the JPred4 web server</li>
2280           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2281             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2282             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2283           </li>
2284           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2285             VARNA 2D Structure'</li>
2286           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2287             Structure ..."</li>
2288
2289         </ul> <em>Applet</em>
2290         <ul>
2291           <li>New layout for applet example pages</li>
2292           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2293             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2294           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2295             Protein alignments</li>
2296         </ul> <em>Development and deployment</em>
2297         <ul>
2298           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2299           <li>Include installation type and git revision in build
2300             properties and console log output</li>
2301           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2302             storing BioJsMSA Templates</li>
2303           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2304         </ul></td>
2305       <td>
2306         <!-- <em>General</em>
2307         <ul>
2308         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2309         <ul>
2310           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2311           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2312           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2313             predictions are not highlighted in amber</li>
2314           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2315             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2316           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2317             associated structure views</li>
2318           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2319             width checkbox not enabled</li>
2320           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2321             creating user defined colours</li>
2322           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2323             mappings for just that viewer's sequences</li>
2324           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2325             multiple models in Chimera</li>
2326           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2327             over Jmol structure</li>
2328           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2329             output to text box</li>
2330           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2331             have incorrect sequence start/end</li>
2332           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2333             Jalview fails</li>
2334           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2335             work for nucleotide</li>
2336           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2337             to a grey/invisible alignment window</li>
2338           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2339             imports to different position</li>
2340           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2341             on some platforms</li>
2342           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2343             populated</li>
2344           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2345             console if Chimera has been opened</li>
2346           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2347           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2348             retrieved</li>
2349           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2350           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2351             either sequence shows on first structure</li>
2352           <li>'Show annotations' options should not make
2353             non-positional annotations visible</li>
2354           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2355             in right place after 'view flanking regions'</li>
2356           <li>File Save As type unset when current file format is
2357             unknown</li>
2358           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2359             projects</li>
2360           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2361             responsive</li>
2362           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2363             several views on same alignment</li>
2364           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2365           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2366             spaces</li>
2367         </ul> <em>Applet</em>
2368         <ul>
2369           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2370           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2371             descriptions containing angle brackets</li>
2372         </ul> <em>General</em>
2373         <ul>
2374           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2375             via jalview annotation file</li>
2376           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2377             with RNA secondary structure</li>
2378           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2379             translation doesn't work.</li>
2380           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2381           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2382             positions</li>
2383           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2384             choosing 1pt font</li>
2385           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2386             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2387             'h'</li>
2388           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2389             new feature</li>
2390           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2391             order dependent</li>
2392           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2393             sequences</li>
2394           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2395         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2396         <ul>
2397           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2398             www.jalview.org</li>
2399         </ul> <em>Application Known issues</em>
2400         <ul>
2401           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2402           <li>Misleading message appears after trying to delete
2403             solid column.</li>
2404           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2405             version launches</li>
2406           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2407             fails with a sequence mismatch</li>
2408           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2409             scrolling alignment to right</li>
2410           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2411             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2412           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2413             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2414           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2415             ultra-high resolution</li>
2416           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2417             quality and conservation</li>
2418           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2419             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2420         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2421         <ul>
2422           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2423           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2424             window is being resized</li>
2425
2426         </ul>
2427       </td>
2428     </tr>
2429     <tr>
2430       <td><div align="center">
2431           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2432         </div></td>
2433       <td><em>General</em>
2434         <ul>
2435           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2436             Certum.PL.</li>
2437           <li>Features and annotation preserved when performing
2438             pairwise alignment</li>
2439           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2440             imported/exported/displayed</li>
2441           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2442             protein secondary structure</li>
2443           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2444               post-hoc with 2.9 release</em>)
2445           </li>
2446
2447         </ul> <em>Application</em>
2448         <ul>
2449           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2450             with 3D structures</li>
2451           <li>Support for parsing RNAML</li>
2452           <li>Annotations menu for layout
2453             <ul>
2454               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2455               <li>place sequence annotation above/below alignment
2456                 annotation</li>
2457             </ul>
2458           <li>Output in Stockholm format</li>
2459           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2460             translation</li>
2461           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2462           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2463             shared between alignments</li>
2464           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2465             Jalview</li>
2466           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2467             all or current selection</li>
2468           <li>disorder and secondary structure predictions
2469             available as dataset annotation</li>
2470           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2471
2472
2473           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2474             alignments from Rfam</li>
2475           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2476
2477           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2478             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2479           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2480           <li>include installation type in build properties and
2481             console log output</li>
2482           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2483             annotation</li>
2484         </ul></td>
2485       <td>
2486         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2487         <ul>
2488           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2489             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2490           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2491             alignment</li>
2492           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2493           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2494           <li>Double click on sequence associated annotation
2495             selects only first column</li>
2496           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2497             leaves shown in tree</li>
2498           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2499             properly</li>
2500           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2501           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2502             screen and buttons not visible</li>
2503           <li>author list isn't updated if already written to
2504             Jalview properties</li>
2505           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2506             from database</li>
2507           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2508           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2509             browser search window</li>
2510           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2511             in feature settings dialog</li>
2512           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2513             desktop</li>
2514           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2515             pass validation</li>
2516           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2517             fit on screen</li>
2518           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2519             tooltip</li>
2520           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2521             defined user preset</li>
2522           <li>MSA web services warns user if they were launched
2523             with invalid input</li>
2524           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2525             Java 8</li>
2526           <li>
2527             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2528             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2529             created
2530           </li>
2531
2532         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2533         <ul>
2534         </ul> <em>General</em>
2535         <ul>
2536         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2537         <ul>
2538           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2539             memory allocation</li>
2540           <li>launchApp service doesn't automatically open
2541             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2542           <li>
2543             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2544             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2545             1.7_055 is available
2546           </li>
2547         </ul> <em>Application Known issues</em>
2548         <ul>
2549           <li>
2550             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2551             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2552             alignment to right
2553           </li>
2554           <li>
2555             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2556             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2557             with large number of ID
2558           </li>
2559           <li>
2560             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2561             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2562             start/end
2563           </li>
2564           <li>
2565             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2566             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2567             structure tracks are rearranged
2568           </li>
2569           <li>
2570             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2571             invalid rna structure positional highlighting does not
2572             highlight position of invalid base pairs
2573           </li>
2574           <li>
2575             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2576             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2577             project from alignment window file menu
2578           </li>
2579           <li>
2580             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2581             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2582             structures
2583           </li>
2584           <li>
2585             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2586             colour by RNA Helices not enabled when user created
2587             annotation added to alignment
2588           </li>
2589           <li>
2590             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2591             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2592           </li>
2593         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2594         <ul>
2595           <li>
2596             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2597             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2598           </li>
2599           <li>
2600             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2601             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2602           </li>
2603
2604           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2605             when selected</li>
2606         </ul>
2607       </td>
2608     </tr>
2609     <tr>
2610       <td><div align="center">
2611           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2612         </div></td>
2613       <td>
2614         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2615         <em>General</em>
2616         <ul>
2617           <li>Internationalisation of user interface (usually
2618             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2619           <li>Define/Undefine group on current selection with
2620             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2621           <li>Improved group creation/removal options in
2622             alignment/sequence Popup menu</li>
2623           <li>Sensible precision for symbol distribution
2624             percentages shown in logo tooltip.</li>
2625           <li>Annotation panel height set according to amount of
2626             annotation when alignment first opened</li>
2627         </ul> <em>Application</em>
2628         <ul>
2629           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2630             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2631           <li>Select columns containing particular features from
2632             Feature Settings dialog</li>
2633           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2634             sequences</li>
2635           <li>Update Jalview project format:
2636             <ul>
2637               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2638               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2639                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2640               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2641                 colouring</li>
2642             </ul>
2643           </li>
2644           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2645             (PAM250)</li>
2646           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2647             flanking regions for an alignment</li>
2648         </ul>
2649       </td>
2650       <td>
2651         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2652         <ul>
2653           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2654             running after job is cancelled</li>
2655           <li>cannot export features from alignments imported from
2656             Jalview/VAMSAS projects</li>
2657           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2658             float values</li>
2659           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2660             have 'display all symbols' flag set</li>
2661           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2662             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2663           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2664             Jalview</li>
2665           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2666             Lion/Webstart</li>
2667           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2668           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2669           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2670             alignment onto desktop</li>
2671           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2672             'extract scores' function</li>
2673           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2674             alignment window</li>
2675           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2676             performing IUPred disorder prediction</li>
2677           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2678             changing 'normalise logo' display setting</li>
2679           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2680             nothing matches query</li>
2681           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2682             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2683           </li>
2684           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2685             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2686           </li>
2687           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2688             Jalview's menu</li>
2689           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2690             'invalid literal/length code'</li>
2691           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2692             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2693           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2694             colourscheme</li>
2695
2696         </ul> <em>Applet</em>
2697         <ul>
2698           <li>Remove group option is shown even when selection is
2699             not a group</li>
2700           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2701             don't affect groups</li>
2702           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2703             colourscheme name</li>
2704           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2705             Annotation panel is not displayed</li>
2706           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2707             embedded windows</li>
2708         </ul> <em>Other</em>
2709         <ul>
2710           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2711             single sequence were not calculated</li>
2712           <li>annotation files that contain only groups imported as
2713             annotation and junk sequences</li>
2714           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2715             recognised as PFAM or BLC</li>
2716           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2717             doesn't affect background (2.8.0b1)
2718           <li></li>
2719           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2720           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2721             trailing gaps</li>
2722           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2723             registered correctly on import</li>
2724           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2725             certain alignments</li>
2726           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2727             existing annotation based 'use original colours'
2728             colourscheme loses original colours setting</li>
2729         </ul>
2730       </td>
2731     </tr>
2732     <tr>
2733       <td><div align="center">
2734           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2735             <em>30/1/2014</em></strong>
2736         </div></td>
2737       <td>
2738         <ul>
2739           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2740             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2741             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2742             open source project).
2743           </li>
2744           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2745           <li>Output in Stockholm format</li>
2746           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2747           <li>Export/import group and sequence associated line
2748             graph thresholds</li>
2749           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2750             ambiguity codes</li>
2751           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2752             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2753             works</li>
2754           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2755         </ul> <em>Other improvements</em>
2756         <ul>
2757           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2758           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2759             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2760           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2761             files</li>
2762           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2763           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2764             link but no description</li>
2765           <li>Select primary source when selecting authority in
2766             database fetcher GUI</li>
2767           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2768             Jalview</li>
2769           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2770         </ul>
2771       </td>
2772       <td>
2773         <ul>
2774           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2775             displayed</li>
2776           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2777             secondary structure annotation line</li>
2778           <li>Sequence database accessions not imported when
2779             fetching alignments from Rfam</li>
2780           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2781             identical IDs</li>
2782           <li>View all structures does not always superpose
2783             structures</li>
2784           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2785             reflect user or preset settings</li>
2786           <li>Null pointer exceptions for some services without
2787             presets or adjustable parameters</li>
2788           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2789             discover PDB xRefs</li>
2790           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2791             features with DAS</li>
2792           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2793             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2794           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2795             residue follows a gap</li>
2796           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2797             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2798           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2799             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2800           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2801             annotation already exists on alignment</li>
2802           <li>oninit javascript function should be called after
2803             initialisation completes</li>
2804           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2805             alignment window display</li>
2806           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2807           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2808             to annotation file</li>
2809           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2810             groups created</li>
2811           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2812             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2813           <li>Pressing return several times causes Number Format
2814             exceptions in keyboard mode</li>
2815           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2816             correct partitions for input data</li>
2817           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2818           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2819           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2820           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2821             mode</li>
2822           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2823             changes one row&#39;s threshold</li>
2824           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2825             doesn&#39;t open</li>
2826           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2827             quality histograms</li>
2828         </ul>
2829       </td>
2830     </tr>
2831     <tr>
2832       <td><div align="center">
2833           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2834         </div></td>
2835       <td><em>Application</em>
2836         <ul>
2837           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2838             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2839           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2840             preferences</li>
2841           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2842             in Jalview alignment window</li>
2843           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2844             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2845           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2846             RNA and ambiguity codes</li>
2847
2848           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2849           <li>Support fetching and database reference look up
2850             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2851             refs')</li>
2852           <li>Jalview project improvements
2853             <ul>
2854               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2855                 flag for annotation</li>
2856               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2857                 alignment</li>
2858               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2859                 Jalview project</li>
2860
2861             </ul>
2862           </li>
2863           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2864           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2865             running</li>
2866           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2867           <li>visual indication that web service results are still
2868             being retrieved from server</li>
2869           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2870             starts up for first time</li>
2871           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2872             services</li>
2873           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2874             client library</li>
2875           <li>Examples directory and Groovy library included in
2876             InstallAnywhere distribution</li>
2877         </ul> <em>Applet</em>
2878         <ul>
2879           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2880             visualization applet example</li>
2881         </ul> <em>General</em>
2882         <ul>
2883           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2884           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2885             defaults</li>
2886           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2887             calculation</li>
2888           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2889             matrices
2890           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2891             in HTML</li>
2892           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2893             structure contacts</li>
2894           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2895           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2896           <li>Parse sequence associated secondary structure
2897             information in Stockholm files</li>
2898           <li>HTML Export database accessions and annotation
2899             information presented in tooltip for sequences</li>
2900           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2901             style RNA alignment files</li>
2902           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2903             alignment</li>
2904           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2905             shade each sequence according to its associated alignment
2906             annotation</li>
2907           <li>New Jalview Logo</li>
2908         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2909         <ul>
2910           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2911           <li>New Website!</li>
2912         </ul></td>
2913       <td><em>Application</em>
2914         <ul>
2915           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2916             wsdbfetch REST service</li>
2917           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2918           <li>Filetype associations not installed for webstart
2919             launch</li>
2920           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2921             job execution in full once it is complete</li>
2922           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2923             uploaded via ali_file parameter</li>
2924           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2925           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2926           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2927             submitted for prediction</li>
2928           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2929             desktop window</li>
2930           <li>Putting fractional value into integer text box in
2931             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2932           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2933             windows 7</li>
2934           <li>View all structures fails with exception shown in
2935             structure view</li>
2936           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2937             escaped in a platform independent way</li>
2938           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2939             using proxy</li>
2940           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2941             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2942           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2943             failure when java web start temporary file caching is
2944             disabled</li>
2945           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2946             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2947           <li>Errors during processing of command line arguments
2948             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2949           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2950             DAS sources in sequence fetcher</li>
2951           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2952             dialog is shown</li>
2953           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2954           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2955           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2956           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2957             on OSX Mountain Lion</li>
2958           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2959             sequences with alignment annotation are pasted into the
2960             alignment</li>
2961           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2962             when loaded from Jalview project</li>
2963           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2964           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2965             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2966           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2967             associated with all views</li>
2968           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2969             annotation rows to new window</li>
2970         </ul> <em>Applet</em>
2971         <ul>
2972           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2973             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2974           <li>loading features via javascript API automatically
2975             enables feature display</li>
2976           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2977             work</li>
2978         </ul> <em>General</em>
2979         <ul>
2980           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2981           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2982             and then deselected</li>
2983           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2984           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2985             coloured with clustalx</li>
2986           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2987             exceptions and redraw errors</li>
2988           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2989             reconfigured view</li>
2990           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2991             colour</li>
2992           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2993             for lots of labels</li>
2994         </ul>
2995     </tr>
2996     <tr>
2997       <td>
2998         <div align="center">
2999           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3000         </div>
3001       </td>
3002       <td><em>Application</em>
3003         <ul>
3004           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3005           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3006           <li>View/alignment association menu to enable user to
3007             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3008             its colours/correspondences from</li>
3009           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3010           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3011             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3012           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3013           <li>Annotation row column label formatting attributes
3014             stored in project file</li>
3015           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3016             rows preserved in Jalview project file</li>
3017           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3018             saved using Desktop window menu</li>
3019           <li>Visual indication that command line arguments are
3020             still being processed</li>
3021           <li>Groovy script execution from URL</li>
3022           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3023             preferences</li>
3024           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3025             alignment with sequences that have high similarity and
3026             matching IDs</li>
3027           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3028           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3029             structures in same window</li>
3030           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3031           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3032             analysis function in its own submenu</li>
3033         </ul> <em>Applet</em>
3034         <ul>
3035           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3036             groups</li>
3037           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3038           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3039           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3040           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3041           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3042             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3043           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3044           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3045             parameters are treated as such</li>
3046           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3047             <ul>
3048               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3049               <li>Javascript callbacks for
3050                 <ul>
3051                   <li>Applet initialisation</li>
3052                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3053                 </ul>
3054               </li>
3055               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3056                 functions</li>
3057               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3058               <li>javascript structure viewer harness to pass
3059                 messages between Jmol and Jalview when running as
3060                 distinct applets</li>
3061               <li>sortBy method</li>
3062               <li>Set of applet and application examples shipped
3063                 with documentation</li>
3064               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3065                 javascript message exchange</li>
3066             </ul>
3067         </ul> <em>General</em>
3068         <ul>
3069           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3070             multiple alignments</li>
3071           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3072           <li>User configurable link to enable redirects to a
3073             www.Jalview.org mirror</li>
3074           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3075           <li>Configurable newline string when writing alignment
3076             and other flat files</li>
3077           <li>Allow alignment annotation description lines to
3078             contain html tags</li>
3079         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3080         <ul>
3081           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3082             examples</li>
3083           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3084             using a web service before displaying the result in the
3085             Jalview desktop</li>
3086           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3087           <li>Ant target to publish example html files with applet
3088             archive</li>
3089           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3090           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3091         </ul></td>
3092       <td><em>Application</em>
3093         <ul>
3094           <li>User defined colourscheme throws exception when
3095             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3096           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3097             dialog for valid filename/format</li>
3098           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3099           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3100             P37173</li>
3101           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3102             which sequence is to be associated with the file</li>
3103           <li>Find All raises null pointer exception when query
3104             only matches sequence IDs</li>
3105           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3106           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3107             2.4 cannot be loaded</li>
3108           <li>Filetype associations not installed for webstart
3109             launch</li>
3110           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3111             with sequences in different alignments do not get coloured
3112             by their associated sequence</li>
3113           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3114             not preserved when project is loaded</li>
3115           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3116             stored in Jalview project</li>
3117           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3118             Jalview project</li>
3119           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3120           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3121             by conservation</li>
3122           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3123             created on new view</li>
3124           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3125             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3126           <li>Alignment quality not updated after alignment
3127             annotation row is hidden then shown</li>
3128           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3129             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3130           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3131             properly</li>
3132           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3133             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3134           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3135           <li>Structures imported from file and saved in project
3136             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3137           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3138             job execution in full once it is complete</li>
3139         </ul> <em>Applet</em>
3140         <ul>
3141           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3142             annotation rows are displayed</li>
3143           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3144             codebase</li>
3145           <li>View follows highlighting does not work for positions
3146             in sequences</li>
3147           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3148           <li>Export features raises exception when no features
3149             exist</li>
3150           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3151             for javascript api is modified when separator string
3152             provided as parameter</li>
3153           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3154             alignment with no existing selection</li>
3155           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3156             to applet&#39;s codebase</li>
3157           <li>Status bar not updated after finished searching and
3158             search wraps around to first result</li>
3159           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3160             several Jalview applets causes race conditions and memory
3161             leaks</li>
3162           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3163             not sent from Jmol in applet</li>
3164           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3165             applet API fatally hang browser</li>
3166         </ul> <em>General</em>
3167         <ul>
3168           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3169             position with wrapped view and hidden regions</li>
3170           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3171             with/without hidden columns</li>
3172           <li>Sequence length given in alignment properties window
3173             is off by 1</li>
3174           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3175             import PDB like structure files</li>
3176           <li>Positional search results are only highlighted
3177             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3178           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3179           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3180             given sequence position</li>
3181           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3182             output</li>
3183           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3184             from nucleotide chains correctly</li>
3185           <li>Structure colours not updated when tree partition
3186             changed in alignment</li>
3187           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3188             parsed in interleaved stockholm</li>
3189           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3190             state</li>
3191           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3192             properly</li>
3193           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3194             properly associated with their pdb files</li>
3195         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3196         <ul>
3197           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3198             ApplyCopyright tool</li>
3199         </ul></td>
3200     </tr>
3201     <tr>
3202       <td>
3203         <div align="center">
3204           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3205         </div>
3206       </td>
3207       <td><em>Application</em>
3208         <ul>
3209           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3210             contact web services</li>
3211           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3212             service job window</li>
3213           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3214         </ul></td>
3215       <td>
3216         <ul>
3217           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3218             pir file emitted by Jalview</li>
3219           <li>Existing feature settings transferred to new
3220             alignment view created from cut'n'paste</li>
3221           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3222             parsing PDB files</li>
3223           <li>Consensus and conservation annotation rows
3224             occasionally become blank for all new windows</li>
3225           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3226             in wrapped view mode</li>
3227         </ul> <em>Application</em>
3228         <ul>
3229           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3230             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3231           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3232             parameter names</li>
3233           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3234             is down</li>
3235         </ul>
3236       </td>
3237     </tr>
3238     <tr>
3239       <td>
3240         <div align="center">
3241           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3242         </div>
3243       </td>
3244       <td><em>Application</em>
3245         <ul>
3246           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3247             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3248             (JABAWS)
3249           </li>
3250           <li>Web Services preference tab</li>
3251           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3252             preferences</li>
3253           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3254           <li>Superpose structures using associated sequence
3255             alignment</li>
3256           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3257             viewer</li>
3258         </ul> <em>Applet</em>
3259         <ul>
3260           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3261             link out mechanism</li>
3262         </ul> <em>Other</em>
3263         <ul>
3264           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3265             series 12</li>
3266           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3267             require Java 1.5</li>
3268           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3269             sequence annotation files</li>
3270           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3271             type colour specification</li>
3272           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3273             script to check if it being run in an interactive session or
3274             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3275         </ul></td>
3276       <td>
3277         <ul>
3278           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3279             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3280         </ul> <em>Application</em>
3281         <ul>
3282           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3283             selected Regions menu item</li>
3284           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3285             part of a valid accession ID</li>
3286           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3287             runs out of memory</li>
3288           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3289             analysis results</li>
3290           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3291             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3292           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3293         </ul> <em>Applet</em>
3294         <ul>
3295           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3296             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3297             defined.</li>
3298         </ul>
3299       </td>
3300     </tr>
3301     <tr>
3302       <td>
3303         <div align="center">
3304           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3305         </div>
3306       </td>
3307       <td></td>
3308       <td>
3309         <ul>
3310           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3311             sequence IDs</li>
3312           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3313             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3314           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3315             import correctly</li>
3316           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3317             number of columns are hidden</li>
3318           <li>annotation label popup menu not providing correct
3319             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3320             present</li>
3321           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3322             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3323           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3324             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3325
3326         </ul> <em>Applet</em>
3327         <ul>
3328           <li>annotation panel disappears when annotation is
3329             hidden/removed</li>
3330         </ul> <em>Application</em>
3331         <ul>
3332           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3333             alignment opened where annotation panel is visible but no
3334             annotations are present on alignment</li>
3335           <li>pasted region containing hidden columns is
3336             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3337           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3338             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3339           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3340             selected Rregions menu item.</li>
3341           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3342             'Un' or 'Non'conserved</li>
3343           <li>Sequence feature settings are being shared by
3344             multiple distinct alignments</li>
3345           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3346             changed</li>
3347           <li>double click on group annotation to select sequences
3348             does not propagate to associated trees</li>
3349           <li>Mac OSX specific issues:
3350             <ul>
3351               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3352                 window background</li>
3353               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3354                 name set correctly</li>
3355               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3356                 save feature colourscheme button</li>
3357             </ul>
3358           </li>
3359         </ul>
3360       </td>
3361     </tr>
3362     <tr>
3363
3364       <td>
3365         <div align="center">
3366           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3367         </div>
3368       </td>
3369       <td><em>New Capabilities</em>
3370         <ul>
3371           <li>URL links generated from description line for
3372             regular-expression based URL links (applet and application)
3373
3374           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3375             menu</li>
3376           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3377             structures</li>
3378           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3379             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3380           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3381             average score or total feature count for each sequence.</li>
3382           <li>Shading features by score or associated description</li>
3383           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3384             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3385           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3386             hide everything but the currently selected region.</li>
3387           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3388         </ul> <em>Application</em>
3389         <ul>
3390           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3391             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3392           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3393             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3394           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3395             database references and protein_name is parsed as
3396             description line (BioSapiens terms).</li>
3397           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3398             references in sequence ID tooltip from View menu in
3399             application.</li>
3400           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3401       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3402           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3403             conservation plots</li>
3404           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3405             and visualized as sequence logos</li>
3406           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3407             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3408           </li>
3409           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3410             when a new tree is opened.</li>
3411           <li>Jalview Java Console</li>
3412           <li>Better placement of desktop window when moving
3413             between different screens.</li>
3414           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3415             consensus annotation</li>
3416           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3417             Workflows</li>
3418           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3419             <ul>
3420               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3421                 used to preserve views, structures, and tree display
3422                 settings)</li>
3423               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3424                 command line</li>
3425               <li>Sharing of selected regions between views and
3426                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3427               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3428             </ul></li>
3429         </ul> <em>Applet</em>
3430         <ul>
3431           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3432           <li>New Parameters
3433             <ul>
3434               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3435                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3436                 opened.</li>
3437               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3438                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3439               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3440                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3441               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3442                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3443                 view</li>
3444               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3445                 increase the height or width of a cell in the alignment
3446                 grid relative to the current font size.</li>
3447             </ul>
3448           </li>
3449           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3450             tooltip</li>
3451         </ul> <em>Other</em>
3452         <ul>
3453           <li>Features format: graduated colour definitions and
3454             specification of feature scores</li>
3455           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3456             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3457             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3458           <li>XML formats extended to support graduated feature
3459             colourschemes, group associated annotation, and profile
3460             visualization settings.</li></td>
3461       <td>
3462         <ul>
3463           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3464             rather than description</li>
3465           <li>Non-positional features are now included in sequence
3466             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3467             visibility in tooltip).</li>
3468           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3469           <li>Added URL embedding instructions to features file
3470             documentation.</li>
3471           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3472             'X' in peptide product</li>
3473           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3474             sequence ID and sequence string and query strings do not
3475             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3476           <li>AMSA files only contain first column of
3477             multi-character column annotation labels</li>
3478           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3479             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3480             exported and re-imported)</li>
3481           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3482             name</li>
3483           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3484             as subsequence matches, and correctly reports total number
3485             of both.</li>
3486           <li>Application:
3487             <ul>
3488               <li>Better handling of exceptions during sequence
3489                 retrieval</li>
3490               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3491                 link text excludes the start_end suffix</li>
3492               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3493                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3494               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3495               <li>Sequence description lines properly shared via
3496                 VAMSAS</li>
3497               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3498                 data sources</li>
3499               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3500                 completes before alignment figures are generated.</li>
3501               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3502                 first time.</li>
3503               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3504                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3505               <li>User defined group colours properly recovered
3506                 from Jalview projects.</li>
3507             </ul>
3508           </li>
3509         </ul>
3510       </td>
3511
3512     </tr>
3513     <tr>
3514       <td>
3515         <div align="center">
3516           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3517         </div>
3518       </td>
3519       <td>
3520         <ul>
3521           <li>Experimental support for google analytics usage
3522             tracking.</li>
3523           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3524         </ul>
3525       </td>
3526       <td>
3527         <ul>
3528           <li>Race condition in applet preventing startup in
3529             jre1.6.0u12+.</li>
3530           <li>Exception when feature created from selection beyond
3531             length of sequence.</li>
3532           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3533           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3534             all sequences with a given id</li>
3535           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3536             ID string searches</li>
3537           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3538             alignment to fail with exception</li>
3539         </ul> <em>Application Issues</em>
3540         <ul>
3541           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3542           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3543             data sources</li>
3544         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3545         <ul>
3546           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3547             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3548           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3549             version (java class versioning error fixed)</li>
3550         </ul>
3551       </td>
3552     </tr>
3553     <tr>
3554       <td>
3555
3556         <div align="center">
3557           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3558         </div>
3559       </td>
3560       <td><em>User Interface</em>
3561         <ul>
3562           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3563             translation and protein products</li>
3564           <li>Linked highlighting of structure associated with
3565             residue mapping to codon position</li>
3566           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3567             and 'clear' button</li>
3568           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3569             Tools menu</li>
3570           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3571             numeric data in description line</li>
3572           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3573           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3574             of sequence</li>
3575         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3576         <ul>
3577           <li>JPred3 web service</li>
3578           <li>Prototype sequence search client (no public services
3579             available yet)</li>
3580           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3581             PFAM</li>
3582           <li>URL Links created for matching database cross
3583             references as well as sequence ID</li>
3584           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3585         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3586         <ul>
3587           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3588             databases</li>
3589           <li>Generalised database reference retrieval and
3590             validation to all fetchable databases</li>
3591           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3592             sequence command</li>
3593         </ul> <em>Import and Export</em>
3594         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3595         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3596           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3597         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3598           File</li>
3599         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3600           triplet as name of colourscheme</li>
3601         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3602         <ul>
3603           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3604           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3605             alignments (experimental)</li>
3606           <li>Create new or select existing session to join</li>
3607           <li>load and save of vamsas documents</li>
3608         </ul> <em>Application command line</em>
3609         <ul>
3610           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3611             from applet)</li>
3612           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3613             of DAS servers to query for alignment features</li>
3614           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3615             that are also automatically queried for features</li>
3616           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3617             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3618         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3619         <ul>
3620           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3621             application (when using &quot;View in full
3622             application&quot;)</li>
3623         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3624         <ul>
3625           <li>feature group display control parameter</li>
3626           <li>debug parameter</li>
3627           <li>showbutton parameter</li>
3628         </ul> <em>Applet API methods</em>
3629         <ul>
3630           <li>newView public method</li>
3631           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3632           <li>Feature display control methods</li>
3633           <li>get list of currently selected sequences</li>
3634         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3635         <ul>
3636           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3637           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3638             Jalview release.</li>
3639           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3640             property controls execution of obfuscator</li>
3641           <li>Build target for generating source distribution</li>
3642           <li>Debug flag for javacc</li>
3643           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3644             jalview.bin.Cache</li>
3645           <li>Continuous Build Integration for stable and
3646             development version of Application, Applet and source
3647             distribution</li>
3648         </ul></td>
3649       <td>
3650         <ul>
3651           <li>selected region output includes visible annotations
3652             (for certain formats)</li>
3653           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3654             for editing</li>
3655           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3656           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3657           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3658           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3659             comments</li>
3660           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3661             filenames containing a ':'</li>
3662           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3663             global sequence features</li>
3664           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3665             references from alignment sequences goes to zero</li>
3666           <li>Close of tree branch colour box without colour
3667             selection causes cascading exceptions</li>
3668           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3669           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3670             file parsing fails.</li>
3671           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3672           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3673             not a valid output format</li>
3674           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3675             vamsas</li>
3676           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3677           <li>error messages passed up and output when data read
3678             fails</li>
3679           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3680             sequence is edited</li>
3681           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3682             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3683           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3684             filetype</li>
3685           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3686             import fixed for PFAM records</li>
3687           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3688             window list</li>
3689           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3690             can be read and written correctly to annotation file</li>
3691           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3692             correctly</li>
3693           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3694             non-italic font for representatives in Applet</li>
3695           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3696             Macs.</li>
3697           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3698             Applet)</li>
3699           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3700             due to null pointer exceptions</li>
3701           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3702             first column of alignment</li>
3703           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3704             July 2008</li>
3705           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3706             file is case-insensitive</li>
3707           <li>Sequence features read from Features file appended to
3708             all sequences with matching IDs</li>
3709           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3710             containing a sub-sequence</li>
3711           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3712           <li>feature and annotation file applet parameters
3713             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3714           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3715           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3716             splash-screen version check to complete</li>
3717           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3718             when passing them to the launchApp service</li>
3719           <li>display name and local features preserved in results
3720             retrieved from web service</li>
3721           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3722             sequence fetcher initialisation</li>
3723           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3724             dasobert DAS client</li>
3725           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3726             association</li>
3727           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3728             sequences
3729           </li>
3730         </ul>
3731       </td>
3732     </tr>
3733     <tr>
3734       <td>
3735         <div align="center">
3736           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3737         </div>
3738       </td>
3739       <td>
3740         <ul>
3741           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3742           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3743           <li>Slide sequences</li>
3744           <li>Edit sequence in place</li>
3745           <li>EMBL CDS features</li>
3746           <li>DAS Feature mapping</li>
3747           <li>Feature ordering</li>
3748           <li>Alignment Properties</li>
3749           <li>Annotation Scores</li>
3750           <li>Sort by scores</li>
3751           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3752         </ul>
3753       </td>
3754       <td>
3755         <ul>
3756           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3757           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3758           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3759           <li>Feature group display state in XML</li>
3760           <li>Feature ordering in XML</li>
3761           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3762           <li>Stockholm alignment properties</li>
3763           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3764           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3765           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3766           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3767         </ul>
3768       </td>
3769
3770     </tr>
3771     <tr>
3772       <td>
3773         <div align="center">
3774           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3775         </div>
3776       </td>
3777       <td>
3778         <ul>
3779           <li>Non standard characters can be read and displayed
3780           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3781             applet via textbox
3782           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3783             name &amp; description
3784           <li>Preference setting to display sequence name in
3785             italics
3786           <li>Annotation file format extended to allow
3787             Sequence_groups to be defined
3788           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3789             specified in preferences
3790           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3791             sequences
3792         </ul>
3793       </td>
3794       <td>
3795         <ul>
3796           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3797             installed
3798           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3799           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3800         </ul>
3801       </td>
3802     </tr>
3803     <tr>
3804       <td>
3805         <div align="center">
3806           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3807         </div>
3808       </td>
3809       <td>
3810         <ul>
3811           <li>Multiple views on alignment
3812           <li>Sequence feature editing
3813           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3814           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3815           <li>Background dependent text colour
3816           <li>Right align sequence ids
3817           <li>User-defined lower case residue colours
3818           <li>Format Menu
3819           <li>Select Menu
3820           <li>Menu item accelerator keys
3821           <li>Control-V pastes to current alignment
3822           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3823           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3824           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3825
3826           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3827         </ul>
3828       </td>
3829       <td>
3830         <ul>
3831           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3832           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3833             calculations
3834           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3835             edits
3836           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3837             of alignment)
3838           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3839
3840           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3841             display correctly
3842           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3843           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3844             analysis results
3845           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3846             &#8739;
3847           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3848           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3849           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3850
3851         </ul>
3852       </td>
3853     </tr>
3854     <tr>
3855       <td>
3856         <div align="center">
3857           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3858         </div>
3859       </td>
3860       <td>
3861         <ul>
3862           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3863         </ul>
3864       </td>
3865       <td>
3866         <ul>
3867           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3868             sequence id panel has been resized</li>
3869           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3870             rendered</li>
3871           <li>Annotation files with sequence references - all
3872             elements in file are relative to sequence position</li>
3873           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3874         </ul>
3875       </td>
3876     </tr>
3877     <tr>
3878       <td>
3879         <div align="center">
3880           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3881         </div>
3882       </td>
3883       <td>
3884         <ul>
3885           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3886           <li>DAS Feature fetching</li>
3887           <li>Hide sequences and columns</li>
3888           <li>Export Annotations and Features</li>
3889           <li>GFF file reading / writing</li>
3890           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3891             files</li>
3892           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3893           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3894           <li>Applet can launch the full application</li>
3895           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3896             required)</li>
3897           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3898           <li>Applet can load sequences from parameter
3899             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3900           </li>
3901         </ul>
3902       </td>
3903       <td>
3904         <ul>
3905           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3906           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3907           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3908         </ul>
3909       </td>
3910     </tr>
3911     <tr>
3912       <td>
3913         <div align="center">
3914           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3915         </div>
3916       </td>
3917       <td>
3918         <ul>
3919           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3920           <li>Choose to match case when searching</li>
3921           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3922             expand the visible width and height of the alignment</li>
3923         </ul>
3924       </td>
3925       <td>
3926         <ul>
3927           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3928         </ul>
3929       </td>
3930     </tr>
3931     <tr>
3932       <td>
3933         <div align="center">
3934           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3935         </div>
3936       </td>
3937       <td>&nbsp;</td>
3938       <td>
3939         <ul>
3940           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3941           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3942             value</li>
3943         </ul>
3944       </td>
3945     </tr>
3946     <tr>
3947       <td>
3948         <div align="center">
3949           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3950         </div>
3951       </td>
3952       <td>
3953         <ul>
3954           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3955           <li>Keyboard editing</li>
3956           <li>Create sequence features from searches</li>
3957           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3958             alignments</li>
3959           <li>Features file allows grouping of features</li>
3960           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3961           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3962           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3963         </ul>
3964       </td>
3965       <td>
3966         <ul>
3967           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3968           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3969             descriptions saved.</li>
3970         </ul>
3971       </td>
3972     </tr>
3973     <tr>
3974       <td>
3975         <div align="center">
3976           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3977         </div>
3978       </td>
3979       <td>
3980         <ul>
3981           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3982           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3983           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3984             name for file output</li>
3985           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3986           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3987             used for HTML form input</li>
3988         </ul>
3989       </td>
3990       <td>
3991         <ul>
3992           <li>HTML output writes groups and features</li>
3993           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3994           <li>File IO bugs</li>
3995         </ul>
3996       </td>
3997     </tr>
3998     <tr>
3999       <td>
4000         <div align="center">
4001           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4002         </div>
4003       </td>
4004       <td>
4005         <ul>
4006           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4007           <li>More options for PCA viewer</li>
4008         </ul>
4009       </td>
4010       <td>
4011         <ul>
4012           <li>GUI bugs resolved</li>
4013           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4014         </ul>
4015       </td>
4016     </tr>
4017     <tr>
4018       <td height="63">
4019         <div align="center">
4020           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4021         </div>
4022       </td>
4023       <td>
4024         <ul>
4025           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4026           <li>Jar files are executable</li>
4027           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4028         </ul>
4029       </td>
4030       <td>
4031         <ul>
4032           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4033           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4034           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4035         </ul>
4036       </td>
4037     </tr>
4038     <tr>
4039       <td>
4040         <div align="center">
4041           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4042         </div>
4043       </td>
4044       <td>
4045         <ul>
4046           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4047         </ul>
4048       </td>
4049       <td>
4050         <ul>
4051           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4052         </ul>
4053       </td>
4054     </tr>
4055     <tr>
4056       <td>
4057         <div align="center">
4058           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4059         </div>
4060       </td>
4061       <td>
4062         <ul>
4063           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4064             size</li>
4065         </ul>
4066       </td>
4067       <td>
4068         <ul>
4069           <li>Improved JPred client reliability</li>
4070           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4071         </ul>
4072       </td>
4073     </tr>
4074     <tr>
4075       <td>
4076         <div align="center">
4077           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4078         </div>
4079       </td>
4080       <td>
4081         <ul>
4082           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4083           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4084           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4085             to Colour Menu</li>
4086           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4087           <li>Unix users can set default web browser</li>
4088           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4089           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4090         </ul>
4091       </td>
4092       <td>
4093         <ul>
4094           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4095         </ul>
4096       </td>
4097     </tr>
4098     <tr>
4099       <td>
4100         <div align="center">
4101           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4102         </div>
4103       </td>
4104       <td>&nbsp;</td>
4105       <td>
4106         <ul>
4107           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4108             alignment order.</li>
4109         </ul>
4110       </td>
4111     </tr>
4112     <tr>
4113       <td>
4114         <div align="center">
4115           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4116         </div>
4117       </td>
4118       <td>
4119         <ul>
4120           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4121           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4122           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4123             annotations.</li>
4124           <li>Version and build date written to build properties
4125             file.</li>
4126           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4127             at launch of Jalview.</li>
4128         </ul>
4129       </td>
4130       <td>
4131         <ul>
4132           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4133           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4134           <li>Can remove groups one by one.</li>
4135           <li>Filechooser icons installed.</li>
4136           <li>Finder ignores return character when searching.
4137             Return key will initiate a search.<br>
4138           </li>
4139         </ul>
4140       </td>
4141     </tr>
4142     <tr>
4143       <td>
4144         <div align="center">
4145           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4146         </div>
4147       </td>
4148       <td>
4149         <ul>
4150           <li>New codebase</li>
4151         </ul>
4152       </td>
4153       <td>&nbsp;</td>
4154     </tr>
4155   </table>
4156   <p>&nbsp;</p>
4157 </body>
4158 </html>