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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>14/11/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98             <li><!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch' feature can be disabled</li>
  99             <li><!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs</li>
 100             <li><!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from Uniprot</li>
 101           </ul>
 102           <em>Scripting</em>
 103           <ul>
 104             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 105             <li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li>
 106           </ul>
 107           <em>Testing and Deployment</em>
 108           <ul>
 109             <li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li>
 110           </ul>
 111         </div>
 112       </td>
 113       <td><div align="left">
 114           <em>General</em>
 115           <ul>
 116             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 117             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 118             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 119             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 120           </ul>
 121           <em>Desktop</em>
 122           <ul>
 123             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 124             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 125             </li>
 126             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 127             </li>
 128             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 129             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 130             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 131             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 132             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 133             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 134             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 135             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 136             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 137             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 138             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 139             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 140             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 141             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 142             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 143             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 144             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 145             <li><!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box position is adjusted</li>
 146             <li><!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains in a multi-chain structure when viewing alignment involving more than one chain (since 2.10)</li>
 147            </ul>
 148           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 149            <ul>
 150             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 151           </ul>
 152           <strong><em>BioJSON</em></strong><br/>
 153           <ul>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 156           </li>
 157           </ul>
 158           <strong>Known Java 9 Issues</strong>
 159           <ul>
 160             <li><!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 161             not responsive when entering characters (Webstart, Java 9.01,
 162             OSX 10.10)
 163             </li>
 164           </ul>
 165           <strong>New Known Issues</strong>
 166           <ul>
 167           <li><!-- JAL- --></li>
 168           </ul>
 169           </div>
 170       </td>
 171     </tr>
 172     <tr>
 173       <td width="60" nowrap>
 174         <div align="center">
 175           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 176             <em>2/10/2017</em></strong>
 177         </div>
 178       </td>
 179       <td><div align="left">
 180           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 181           <ul>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 184             </li>
 185             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 186             </li>
 187           </ul>
 188         </div></td>
 189       <td><div align="left">
 190         </div></td>
 191     </tr>
 192     <tr>
 193       <td width="60" nowrap>
 194         <div align="center">
 195           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 196             <em>7/9/2017</em></strong>
 197         </div>
 198       </td>
 199       <td><div align="left">
 200           <em></em>
 201           <ul>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 204               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 205               white)
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 209               Preferences
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 213               in size and progress bar shown as higher resolution
 214               overview is recalculated
 215             </li>
 216
 217           </ul>
 218         </div></td>
 219       <td><div align="left">
 220           <em></em>
 221           <ul>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 224               column region row by row
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 228               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 232               format setting is unticked
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 236               if group has show boxes format setting unticked
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 240               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 241               include sequences and columns not currently displayed
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 245               assemblies are imported via CIF file
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 249               displayed when threshold or conservation colouring is also
 250               enabled.
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 254               server version
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 258               dragging a selected region off the visible region of the
 259               alignment
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 263               colourscheme to all groups in a view
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 267               initially after font size change using the Font chooser or
 268               middle-mouse zoom
 269             </li>
 270           </ul>
 271         </div></td>
 272     </tr>
 273     <tr>
 274       <td width="60" nowrap>
 275         <div align="center">
 276           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 277         </div>
 278       </td>
 279       <td><div align="left">
 280           <em>Calculations</em>
 281           <ul>
 282
 283             <li>
 284               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 285               ungapped positions in each column of the alignment.
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 289               a calculation dialog box
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 293               and memory efficiency (~30x faster)
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 297               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 298               and other calculations
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 302               files within the Jalview codebase
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 306               Similarity may have different topology due to increased
 307               precision
 308             </li>
 309           </ul>
 310           <em>Rendering</em>
 311           <ul>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 314               model for alignments and groups
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 318               scripts
 319             </li>
 320           </ul>
 321           <em>Overview</em>
 322           <ul>
 323             <li>
 324               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 325               with alignment and overview windows
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 329               overview
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 333               omitted in Overview
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 337               adjustment of visible position
 338             </li>
 339           </ul>
 340
 341           <em>Data import/export</em>
 342           <ul>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 345               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 349               annotation input/output via stockholm flatfile
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 353               extension when importing structure files without embedded
 354               names or PDB accessions
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 358               format sequence substitution matrices
 359             </li>
 360           </ul>
 361           <em>User Interface</em>
 362           <ul>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 365               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 366               the application.
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 370               via Overview or sequence motif search operations
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 374               opened by double clicking gaps within sequence feature
 375               extent
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 379               aligned positions were available to create a 3D structure
 380               superposition.
 381             </li>
 382           </ul>
 383           <em>3D Structure</em>
 384           <ul>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 387               coloured in linked structure views
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 391               file-based command exchange
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 395               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 396               structures are already available for sequences
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 400               the Jalview project rather than downloaded again when the
 401               project is reopened.
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 405               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 406               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 407                 Feature</strong>)
 408             </li>
 409           </ul>
 410           <em>Web Services</em>
 411           <ul>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 417               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 418               Analysis services
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 422               cross-references provided by identifiers.org and the
 423               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 424             </li>
 425           </ul>
 426
 427           <em>Scripting</em>
 428           <ul>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 431               identifying file formats (instead of String constants)
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 435               efficiency when counting all displayed features (not
 436               backwards compatible with 2.10.1)
 437             </li>
 438           </ul>
 439           <em>Example files</em>
 440           <ul>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 443               included in the example feature file
 444             </li>
 445           </ul>
 446           <em>Documentation</em>
 447           <ul>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 450               with the built-in Java help viewer
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 454               sequence description' option
 455             </li>
 456           </ul>
 457           <em>Test Suite</em>
 458           <ul>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 461               Uniprot REST Free Text Search Client
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 468               during tests
 469             </li>
 470           </ul>
 471         </div></td>
 472       <td><div align="left">
 473           <em>Calculations</em>
 474           <ul>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 477               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 478               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 479             </li>
 480             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 481               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 482               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 483               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 484               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 485               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 486               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 487               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 488               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 489               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 490               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 491               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 492               // for 2.10.1 mode <br />
 493               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 494               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 495                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 496                 calculations (not recommended)</em></li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 499               scaling of branch lengths for trees computed using
 500               Sequence Feature Similarity.
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 504               generating output report when working with highly
 505               redundant alignments
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 509               right of selected region when gaps present on right-hand
 510               boundary
 511             </li>
 512           </ul>
 513           <em>User Interface</em>
 514           <ul>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 517               doesn't reselect a specific sequence's associated
 518               annotation after it was used for colouring a view
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 522               opened on a region of alignment without groups
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 526               of an alignment with overlapping groups
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 530               name and description match
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 534               hidden regions results in incorrect hidden regions
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 538               changing colour does not apply Conservation slider value
 539               to all groups
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 543               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 547               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 551               gaps before start of features
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 555               restored to UI when feature colour is edited
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 559               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 563               as graduate feature colour settings are modified via the
 564               dialog box
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 568               when a group defined on the alignment is resized
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 572               wrapped view result in positional status updates
 573             </li>
 574
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 577               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 581               alignment included gapped columns
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 585               widgets don't permanently disappear
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 589               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 590               T-Coffee column reliability scores)
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 594               sequence feature on gaps only
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 598               button from a Find inherit previously defined feature type
 599               rather than the Find query string
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 603               exporting tree calculated in Jalview
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 607               and then revealing them reorders sequences on the
 608               alignment
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 612               doesn't update to reflect available set of groups after
 613               interactively adding or modifying features
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 617               Linux
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 621               only excluded gaps in current sequence and ignored
 622               selection.
 623             </li>
 624           </ul>
 625           <em>Rendering</em>
 626           <ul>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 629               erratically when hidden rows or columns are present
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 633               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 634               sequence colouring
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 638               colour and group colour menu for protein alignments
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 642               reflect currently selected view or group's shading
 643               thresholds
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 647               when rendered on overview and structures when opacity at
 648               100%
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 652               overview when features overlaid on alignment
 653             </li>
 654           </ul>
 655           <em>Data import/export</em>
 656           <ul>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 659               load
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 663               added after a sequence was imported are not written to
 664               Stockholm File
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 668               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 672               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 676               with lightGray or darkGray via features file (but can
 677               specify lightgray)
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 681               when alignment view imported from project
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 685               structure and sequences extracted from structure files
 686               imported via URL and viewed in Jmol
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 690               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 691               the project is loaded and the structure viewed
 692             </li>
 693           </ul>
 694           <em>Web Services</em>
 695           <ul>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 698               release of Ensembl v.88
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 702               appear enabled in Preferences->Connections
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 706               removed from console output
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 710               Ensembl by Peptide ID
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 714               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 715               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 716               due to 'null' string rather than empty string used for
 717               residues with no corresponding PDB mapping).
 718             </li>
 719           </ul>
 720           <em>Application UI</em>
 721           <ul>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 724               menu
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 728               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 729               new documentation and tooltips added)
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 733               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 737               new features are added to alignment
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 741               changes to feature colours via the Amend features dialog
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 745               edit graduated feature colour via amend features dialog
 746               box
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 750               selection menu changes colours of alignment views
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 754               from alignment calculation workers after alignment has
 755               been closed
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 759               groups now 'Create Group'
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 763               Create/Undefine group doesn't always work
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 767               shown again after pressing 'Cancel'
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 771               adjusts start position in wrap mode
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 775               ambiguous amino acids
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 779               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 780               proteins
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 784               Defined' don't appear in Colours menu
 785             </li>
 786           </ul>
 787           <em>Applet</em>
 788           <ul>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 791               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 795               overview or linked structure view
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 799               work (since 2.8)
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 803               user-defined colourscheme doesn't restore original
 804               colourscheme
 805             </li>
 806           </ul>
 807           <em>Test Suite</em>
 808           <ul>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 811               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 815               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 816               problems with deep array comparison equality asserts in
 817               successive versions of TestNG
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 821               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 822             </li>
 823           </ul>
 824           <em>New Known Issues</em>
 825           <ul>
 826             <li>
 827               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 828               phase after a sequence motif find operation
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 832               containing just upper and lower case letters are
 833               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 837               reliably from eggnog Ortholog database
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 841               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 842               to mark columns containing highlighted regions.
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 846               doesn't always add secondary structure annotation.
 847             </li>
 848           </ul>
 849         </div>
 850     <tr>
 851       <td width="60" nowrap>
 852         <div align="center">
 853           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 854         </div>
 855       </td>
 856       <td><div align="left">
 857           <em>General</em>
 858           <ul>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 861               for all consensus calculations
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 865               3rd Oct 2016)
 866             </li>
 867             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 868               for 2016-2017</li>
 869           </ul>
 870           <em>Application</em>
 871           <ul>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 874               set of database cross-references, sorted alphabetically
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 878               from database cross references. Users with custom links
 879               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 880                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 884               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 885               Chimera session
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 889               the Chimera it is connected to is shut down
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 893               columns menu item to mark columns containing highlighted
 894               regions (e.g. from structure selections or results of a
 895               Find operation)
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 899               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 900               MSAviewer
 901             </li>
 902           </ul>
 903         </div></td>
 904       <td>
 905         <div align="left">
 906           <em>General</em>
 907           <ul>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 910               are not coloured or thresholded according to percent
 911               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 915               hydrophobic
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 919               threshold, amino acid properties)
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 923               reported as mapped to residues in a structure file in the
 924               View Mapping report
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 928               could be added multiple times to a sequence
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 932               bond features shown as two highlighted residues rather
 933               than a range in linked structure views, and treated
 934               correctly when selecting and computing trees from features
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 938               cross-references are matched to database name regardless
 939               of case
 940             </li>
 941
 942           </ul>
 943           <em>Application</em>
 944           <ul>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 947               names without regular expressions also offer links from
 948               Sequence ID
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 952               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 953               update Jalview configuration
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 957               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 961               files with similarly named sequences if dropped onto the
 962               alignment
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 966               entries where more chains exist in the PDB accession than
 967               are reported in the SIFTS file
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 971               the structure view when displayed with Chimera
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 975               panel's View->Show Chains submenu
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 979               work for wrapped alignment views
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 983               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 987               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 988               first annotation row
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 992               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 996               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 997             </li>
 998             <!-- JAL-2319 -->
 999             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1000             coordindate data
1001             </li>
1002           </ul>
1003           <!--           <em>New Known Issues</em>
1004           <ul>
1005             <li></li>
1006           </ul> -->
1007         </div>
1008       </td>
1009     </tr>
1010     <td width="60" nowrap>
1011       <div align="center">
1012         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1013           <em>25/10/2016</em></strong>
1014       </div>
1015     </td>
1016     <td><em>Application</em>
1017       <ul>
1018         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1019           view if structures already loaded</li>
1020         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1021           structure views</li>
1022       </ul></td>
1023     <td>
1024       <div align="left">
1025         <em>General</em>
1026         <ul>
1027           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1028             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1029           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1030             example sequences/projects/trees</li>
1031         </ul>
1032         <em>Application</em>
1033         <ul>
1034           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1035             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1036           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1037             without timeout for structures with multiple models or
1038             multiple sequences in alignment</li>
1039           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1040             PDB ID HEADER line</li>
1041           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1042             is performed</li>
1043           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1044             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1045           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1046           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1047             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1048             option</li>
1049           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1050             is created on the alignment</li>
1051           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1052             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1053             pop-up menu</li>
1054         </ul>
1055         <em>Build and deployment</em>
1056         <ul>
1057           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1058             tags</li>
1059         </ul>
1060         <em>New Known Issues</em>
1061         <ul>
1062           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1063             on Windows</li>
1064         </ul>
1065       </div>
1066     </td>
1067     </tr>
1068     <tr>
1069       <td width="60" nowrap>
1070         <div align="center">
1071           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1072         </div>
1073       </td>
1074       <td><em>General</em>
1075         <ul>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1081             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1082             better PDB parsing.
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1086             reference sequence
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1090             mousing over sequence associated annotation
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1094             for manual entry
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1098             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1099             for each column
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1103             showing or hiding columns containing a feature
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1107             group and sequence associated annotation labels
1108           </li>
1109           <li>
1110             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1111             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1112             dialogs
1113           </li>
1114
1115         </ul> <em>Application</em>
1116         <ul>
1117           <li>
1118             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1119             gene/transcript view
1120           </li>
1121           <li>
1122             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1123             dialog
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1127             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1131             Pfam sources to xfam.org
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1138             over sequences in Jalview
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1142             regions in ENA and EMBL
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1146             for record retrieval via ENA rest API
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1150             complement operator
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1154             groovy script execution
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1158             alignment window's Calculate menu
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1162             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1166             calculation workers from groovy scripts
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1170             Jalview projects
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1174             associations are now saved/restored from project
1175           </li>
1176           <li>
1177             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1178             before sequence fetcher is opened
1179           </li>
1180           <li>
1181             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1182             database chooser opens a sequence fetcher
1183           </li>
1184           <li>
1185             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1186             the UniProt REST API
1187           </li>
1188           <li>
1189             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1190             the news reader opening
1191           </li>
1192           <li>
1193             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1194             querying stored in preferences
1195           </li>
1196           <li>
1197             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1198             search results
1199           </li>
1200           <li>
1201             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1202           </li>
1203           <li>
1204             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1205             menu for nucleotide sequences
1206           </li>
1207           <li>
1208             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1209             and feature counts preserves alignment ordering (and
1210             debugged for complex feature sets).
1211           </li>
1212           <li>
1213             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1214             viewing structures with Jalview 2.10
1215           </li>
1216           <li>
1217             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1218             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1219             Ensembl Genomes REST API
1220           </li>
1221           <li>
1222             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1223             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1224             (Ensembl)
1225           </li>
1226           <li>
1227             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1228             sequences
1229           </li>
1230           <li>
1231             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1232             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1233             data from external database records.
1234           </li>
1235           <li>
1236             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1237             efficient recovery of sequence coding and alignment
1238             annotation relationships.
1239           </li>
1240         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1241         <ul>
1242           <li>
1243             -- JAL---
1244           </li>
1245         </ul> --></td>
1246       <td>
1247         <div align="left">
1248           <em>General</em>
1249           <ul>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1252               menu on OSX
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1256               includes graduated colourschemes
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1260               working with big alignments and lots of hidden columns
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1264               at right of alignment window
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1268               contents
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1272               for DNA alignments
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1276               based tree calculation
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1280               unconserved enabled for group on alignment
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1284               set as reference
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1288               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1289               annotation
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1293               hidden columns present
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1297               user created annotation added to alignment
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1301               '()' base pair annotation
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1305               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1306               Consensus
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1310               feature not working
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1314               beginning of sequence
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1318               entry 3a6s
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1322               from a tree when t-coffee scores are shown
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1326               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1330               some structures
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1334               to Clustal, PIR and PileUp output
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1338               not visible causes alignment window to repaint
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1342               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1343               scores associated with features and annotation rows
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1347               calculation should be case independent
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1351               columns
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1355               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1356               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1360               problems when reference sequence defined and 'show
1361               non-conserved' enabled
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1365               load even when Consensus calculation is disabled
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1369               alignment does nothing
1370             </li>
1371           </ul>
1372           <em>Application</em>
1373           <ul>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1376               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1377               yet fixed for El Capitan)
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1381               output when running on non-gb/us i18n platforms
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1385               hidden sequences as flat-file alignment
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1389               launching Chimera
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1393               (also hotfix for 2.9.0b2)
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1397               reference sequence defined
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1401               alignments and views when revealing hidden columns
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1405               view in a cDNA/Protein splitframe
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1409               sequence from project when only one sequence is
1410               represented
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1414               in Structure Chooser
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1418               structure consensus didn't refresh annotation panel
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1422               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1426               dialogs format columns correctly, don't display array
1427               data, sort columns according to type
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1431               file chooser is cancelled during an image export
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1435               sequence name containing special characters
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1439               case insensitive
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1443               formatting don't wrap
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1447               truncated so L looks like I in consensus annotation
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1451               currently displayed features for the current selection or
1452               view
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1456               after fetching cross-references, and restoring from
1457               project
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1461               followed in the structure viewer
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1465               splitframe not restored from project
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1469               trailing end of protein alignment in transcript/product
1470               splitview when pad-gaps not enabled by default
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1474               is case dependent
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1478               article has been read (reopened issue due to
1479               internationalisation problems)
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1483               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1484               cross-references
1485             </li>
1486
1487             <li>
1488               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1489               alignment as HTML
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1493               multiple structures are shown for one or more sequences.
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1497               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1498               is enabled.
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1502               specific PDB id for sequence
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1506               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1507               columns' is disabled.
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1511               selects lowest rather than highest resolution structures
1512               for each sequence
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1516               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1520               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1524               after clicking on it to create new annotation for a
1525               column.
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1529               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1530             </li>
1531             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1532             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1533           </ul>
1534           <em>Applet</em>
1535           <ul>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1538               hidden columns present before start of sequence
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1542               (JSON jars)
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1546               sequences are hidden in applet
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1550               deployment on examples pages.
1551             </li>
1552           </ul>
1553         </div>
1554       </td>
1555     </tr>
1556     <tr>
1557       <td width="60" nowrap>
1558         <div align="center">
1559           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1560             <em>16/10/2015</em></strong>
1561         </div>
1562       </td>
1563       <td><em>General</em>
1564         <ul>
1565           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1566             jars</li>
1567         </ul></td>
1568       <td>
1569         <div align="left">
1570           <em>Application</em>
1571           <ul>
1572             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1573               shown when tree is partitioned</li>
1574             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1575               multiple cDNA/Protein split views</li>
1576           </ul>
1577         </div>
1578       </td>
1579     </tr>
1580     <tr>
1581       <td width="60" nowrap>
1582         <div align="center">
1583           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1584             <em>8/10/2015</em></strong>
1585         </div>
1586       </td>
1587       <td><em>General</em>
1588         <ul>
1589           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1590             2.9</li>
1591         </ul> <em>Application</em>
1592         <ul>
1593           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1594           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1595           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1596         </ul> <em>Applet</em>
1597         <ul>
1598           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1599         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1600         <ul>
1601           <li>
1602             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1603             suite
1604           </li>
1605         </ul></td>
1606       <td>
1607         <div align="left">
1608           <em>General</em>
1609           <ul>
1610             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1611               incorrect when sequence start > 1</li>
1612             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1613               documentation</li>
1614             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1615             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1616               loading a features file containing HTML tags in feature
1617               description</li>
1618
1619           </ul>
1620           <em>Application</em>
1621           <ul>
1622             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1623               reimport</li>
1624             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1625               with 'trim retrieved sequences'</li>
1626             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1627               deleting selected columns</li>
1628             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1629               JNLP templates for webstart launch</li>
1630             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1631               unreleased structures for download or viewing</li>
1632             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1633               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1634             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1635               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1636             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1637               recovered from jalview project</li>
1638             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1639               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1640               alignment view</li>
1641             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1642               color schemes from BioJSON</li>
1643           </ul>
1644           <em>Applet</em>
1645           <ul>
1646             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1647               frame</li>
1648             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1649           </ul>
1650         </div>
1651       </td>
1652     </tr>
1653     <tr>
1654       <td><div align="center">
1655           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1656         </div></td>
1657       <td><em>General</em>
1658         <ul>
1659           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1660             alignments:
1661             <ul>
1662               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1663                 and DNA alignment views</li>
1664               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1665                 cDNA alignment views</li>
1666               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1667                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1668               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1669                 protein sequences</li>
1670             </ul>
1671           </li>
1672           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1673           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1674             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1675           <li>New alignment annotation file statements for
1676             reference sequences and marking hidden columns</li>
1677           <li>Reference sequence based alignment shading to
1678             highlight variation</li>
1679           <li>Select or hide columns according to alignment
1680             annotation</li>
1681           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1682           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1683             acid conservation row</li>
1684           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1685         </ul> <em>Application</em>
1686         <ul>
1687           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1688             <ul>
1689               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1690                 view with cDNA/Protein</li>
1691               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1692                 sequences are placed in the same alignment</li>
1693               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1694                 projects</li>
1695             </ul>
1696           </li>
1697
1698           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1699           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1700             Jalview windows</li>
1701
1702           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1703           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1704           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1705             be shown in VARNA</li>
1706
1707           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1708             as the active selected region</li>
1709
1710           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1711             similarity</li>
1712           <li>New Export options
1713             <ul>
1714               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1715                 region export in flat file generation</li>
1716
1717               <li>Export alignment views for display with the <a
1718                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1719
1720               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1721               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1722                 alignment figures to HTML</li>
1723           </li>
1724           <li>3D structure retrieval and display
1725             <ul>
1726               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1727                 Search API</li>
1728               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1729                 PDB structures for a sequence set</li>
1730             </ul>
1731           </li>
1732
1733           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1734             predictions</li>
1735           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1736             for one or a group of sequences</li>
1737           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1738             from the JPred4 web server</li>
1739           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1740             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1741             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1742           </li>
1743           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1744             VARNA 2D Structure'</li>
1745           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1746             Structure ..."</li>
1747
1748         </ul> <em>Applet</em>
1749         <ul>
1750           <li>New layout for applet example pages</li>
1751           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1752             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1753           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1754             Protein alignments</li>
1755         </ul> <em>Development and deployment</em>
1756         <ul>
1757           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1758           <li>Include installation type and git revision in build
1759             properties and console log output</li>
1760           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1761             storing BioJsMSA Templates</li>
1762           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1763         </ul></td>
1764       <td>
1765         <!-- <em>General</em>
1766         <ul>
1767         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1768         <ul>
1769           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1770           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1771           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1772             predictions are not highlighted in amber</li>
1773           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1774             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1775           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1776             associated structure views</li>
1777           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1778             width checkbox not enabled</li>
1779           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1780             creating user defined colours</li>
1781           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1782             mappings for just that viewer's sequences</li>
1783           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1784             multiple models in Chimera</li>
1785           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1786             over Jmol structure</li>
1787           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1788             output to text box</li>
1789           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1790             have incorrect sequence start/end</li>
1791           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1792             Jalview fails</li>
1793           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1794             work for nucleotide</li>
1795           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1796             to a grey/invisible alignment window</li>
1797           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1798             imports to different position</li>
1799           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1800             on some platforms</li>
1801           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1802             populated</li>
1803           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1804             console if Chimera has been opened</li>
1805           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1806           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1807             retrieved</li>
1808           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1809           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1810             either sequence shows on first structure</li>
1811           <li>'Show annotations' options should not make
1812             non-positional annotations visible</li>
1813           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1814             in right place after 'view flanking regions'</li>
1815           <li>File Save As type unset when current file format is
1816             unknown</li>
1817           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1818             projects</li>
1819           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1820             responsive</li>
1821           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1822             several views on same alignment</li>
1823           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1824           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1825             spaces</li>
1826         </ul> <em>Applet</em>
1827         <ul>
1828           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1829           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1830             descriptions containing angle brackets</li>
1831         </ul> <em>General</em>
1832         <ul>
1833           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1834             via jalview annotation file</li>
1835           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1836             with RNA secondary structure</li>
1837           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1838             translation doesn't work.</li>
1839           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1840           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1841             positions</li>
1842           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1843             choosing 1pt font</li>
1844           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1845             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1846             'h'</li>
1847           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1848             new feature</li>
1849           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1850             order dependent</li>
1851           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1852             sequences</li>
1853           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1854         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1855         <ul>
1856           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1857             www.jalview.org</li>
1858         </ul> <em>Application Known issues</em>
1859         <ul>
1860           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1861           <li>Misleading message appears after trying to delete
1862             solid column.</li>
1863           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1864             version launches</li>
1865           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1866             fails with a sequence mismatch</li>
1867           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1868             scrolling alignment to right</li>
1869           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1870             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1871           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1872             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1873           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1874             ultra-high resolution</li>
1875           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1876             quality and conservation</li>
1877           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1878             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1879         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1880         <ul>
1881           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1882           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1883             window is being resized</li>
1884
1885         </ul>
1886       </td>
1887     </tr>
1888     <tr>
1889       <td><div align="center">
1890           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1891         </div></td>
1892       <td><em>General</em>
1893         <ul>
1894           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1895             Certum.PL.</li>
1896           <li>Features and annotation preserved when performing
1897             pairwise alignment</li>
1898           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1899             imported/exported/displayed</li>
1900           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1901             protein secondary structure</li>
1902           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1903               post-hoc with 2.9 release</em>)
1904           </li>
1905
1906         </ul> <em>Application</em>
1907         <ul>
1908           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1909             with 3D structures</li>
1910           <li>Support for parsing RNAML</li>
1911           <li>Annotations menu for layout
1912             <ul>
1913               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1914               <li>place sequence annotation above/below alignment
1915                 annotation</li>
1916             </ul>
1917           <li>Output in Stockholm format</li>
1918           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1919             translation</li>
1920           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1921           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1922             shared between alignments</li>
1923           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1924             Jalview</li>
1925           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1926             all or current selection</li>
1927           <li>disorder and secondary structure predictions
1928             available as dataset annotation</li>
1929           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1930
1931
1932           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1933             alignments from Rfam</li>
1934           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1935
1936           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1937             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1938           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1939           <li>include installation type in build properties and
1940             console log output</li>
1941           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1942             annotation</li>
1943         </ul></td>
1944       <td>
1945         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1946         <ul>
1947           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1948             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1949           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1950             alignment</li>
1951           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1952           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1953           <li>Double click on sequence associated annotation
1954             selects only first column</li>
1955           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1956             leaves shown in tree</li>
1957           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1958             properly</li>
1959           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1960           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1961             screen and buttons not visible</li>
1962           <li>author list isn't updated if already written to
1963             Jalview properties</li>
1964           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1965             from database</li>
1966           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1967           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1968             browser search window</li>
1969           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1970             in feature settings dialog</li>
1971           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1972             desktop</li>
1973           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1974             pass validation</li>
1975           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1976             fit on screen</li>
1977           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1978             tooltip</li>
1979           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1980             defined user preset</li>
1981           <li>MSA web services warns user if they were launched
1982             with invalid input</li>
1983           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1984             Java 8</li>
1985           <li>
1986             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1987             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1988             created
1989           </li>
1990
1991         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1992         <ul>
1993         </ul> <em>General</em>
1994         <ul>
1995         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1996         <ul>
1997           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1998             memory allocation</li>
1999           <li>launchApp service doesn't automatically open
2000             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2001           <li>
2002             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2003             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2004             1.7_055 is available
2005           </li>
2006         </ul> <em>Application Known issues</em>
2007         <ul>
2008           <li>
2009             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2010             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2011             alignment to right
2012           </li>
2013           <li>
2014             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2015             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2016             with large number of ID
2017           </li>
2018           <li>
2019             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2020             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2021             start/end
2022           </li>
2023           <li>
2024             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2025             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2026             structure tracks are rearranged
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2030             invalid rna structure positional highlighting does not
2031             highlight position of invalid base pairs
2032           </li>
2033           <li>
2034             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2035             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2036             project from alignment window file menu
2037           </li>
2038           <li>
2039             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2040             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2041             structures
2042           </li>
2043           <li>
2044             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2045             colour by RNA Helices not enabled when user created
2046             annotation added to alignment
2047           </li>
2048           <li>
2049             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2050             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2051           </li>
2052         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2053         <ul>
2054           <li>
2055             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2056             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2057           </li>
2058           <li>
2059             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2060             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2061           </li>
2062
2063           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2064             when selected</li>
2065         </ul>
2066       </td>
2067     </tr>
2068     <tr>
2069       <td><div align="center">
2070           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2071         </div></td>
2072       <td>
2073         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2074         <em>General</em>
2075         <ul>
2076           <li>Internationalisation of user interface (usually
2077             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2078           <li>Define/Undefine group on current selection with
2079             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2080           <li>Improved group creation/removal options in
2081             alignment/sequence Popup menu</li>
2082           <li>Sensible precision for symbol distribution
2083             percentages shown in logo tooltip.</li>
2084           <li>Annotation panel height set according to amount of
2085             annotation when alignment first opened</li>
2086         </ul> <em>Application</em>
2087         <ul>
2088           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2089             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2090           <li>Select columns containing particular features from
2091             Feature Settings dialog</li>
2092           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2093             sequences</li>
2094           <li>Update Jalview project format:
2095             <ul>
2096               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2097               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2098                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2099               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2100                 colouring</li>
2101             </ul>
2102           </li>
2103           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2104             (PAM250)</li>
2105           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2106             flanking regions for an alignment</li>
2107         </ul>
2108       </td>
2109       <td>
2110         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2111         <ul>
2112           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2113             running after job is cancelled</li>
2114           <li>cannot export features from alignments imported from
2115             Jalview/VAMSAS projects</li>
2116           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2117             float values</li>
2118           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2119             have 'display all symbols' flag set</li>
2120           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2121             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2122           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2123             Jalview</li>
2124           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2125             Lion/Webstart</li>
2126           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2127           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2128           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2129             alignment onto desktop</li>
2130           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2131             'extract scores' function</li>
2132           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2133             alignment window</li>
2134           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2135             performing IUPred disorder prediction</li>
2136           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2137             changing 'normalise logo' display setting</li>
2138           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2139             nothing matches query</li>
2140           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2141             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2142           </li>
2143           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2144             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2145           </li>
2146           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2147             Jalview's menu</li>
2148           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2149             'invalid literal/length code'</li>
2150           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2151             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2152           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2153             colourscheme</li>
2154
2155         </ul> <em>Applet</em>
2156         <ul>
2157           <li>Remove group option is shown even when selection is
2158             not a group</li>
2159           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2160             don't affect groups</li>
2161           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2162             colourscheme name</li>
2163           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2164             Annotation panel is not displayed</li>
2165           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2166             embedded windows</li>
2167         </ul> <em>Other</em>
2168         <ul>
2169           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2170             single sequence were not calculated</li>
2171           <li>annotation files that contain only groups imported as
2172             annotation and junk sequences</li>
2173           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2174             recognised as PFAM or BLC</li>
2175           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2176             doesn't affect background (2.8.0b1)
2177           <li></li>
2178           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2179           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2180             trailing gaps</li>
2181           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2182             registered correctly on import</li>
2183           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2184             certain alignments</li>
2185           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2186             existing annotation based 'use original colours'
2187             colourscheme loses original colours setting</li>
2188         </ul>
2189       </td>
2190     </tr>
2191     <tr>
2192       <td><div align="center">
2193           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2194             <em>30/1/2014</em></strong>
2195         </div></td>
2196       <td>
2197         <ul>
2198           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2199             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2200             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2201             open source project).
2202           </li>
2203           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2204           <li>Output in Stockholm format</li>
2205           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2206           <li>Export/import group and sequence associated line
2207             graph thresholds</li>
2208           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2209             ambiguity codes</li>
2210           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2211             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2212             works</li>
2213           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2214         </ul> <em>Other improvements</em>
2215         <ul>
2216           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2217           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2218             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2219           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2220             files</li>
2221           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2222           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2223             link but no description</li>
2224           <li>Select primary source when selecting authority in
2225             database fetcher GUI</li>
2226           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2227             Jalview</li>
2228           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2229         </ul>
2230       </td>
2231       <td>
2232         <ul>
2233           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2234             displayed</li>
2235           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2236             secondary structure annotation line</li>
2237           <li>Sequence database accessions not imported when
2238             fetching alignments from Rfam</li>
2239           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2240             identical IDs</li>
2241           <li>View all structures does not always superpose
2242             structures</li>
2243           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2244             reflect user or preset settings</li>
2245           <li>Null pointer exceptions for some services without
2246             presets or adjustable parameters</li>
2247           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2248             discover PDB xRefs</li>
2249           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2250             features with DAS</li>
2251           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2252             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2253           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2254             residue follows a gap</li>
2255           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2256             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2257           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2258             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2259           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2260             annotation already exists on alignment</li>
2261           <li>oninit javascript function should be called after
2262             initialisation completes</li>
2263           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2264             alignment window display</li>
2265           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2266           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2267             to annotation file</li>
2268           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2269             groups created</li>
2270           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2271             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2272           <li>Pressing return several times causes Number Format
2273             exceptions in keyboard mode</li>
2274           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2275             correct partitions for input data</li>
2276           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2277           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2278           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2279           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2280             mode</li>
2281           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2282             changes one row&#39;s threshold</li>
2283           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2284             doesn&#39;t open</li>
2285           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2286             quality histograms</li>
2287         </ul>
2288       </td>
2289     </tr>
2290     <tr>
2291       <td><div align="center">
2292           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2293         </div></td>
2294       <td><em>Application</em>
2295         <ul>
2296           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2297             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2298           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2299             preferences</li>
2300           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2301             in Jalview alignment window</li>
2302           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2303             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2304           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2305             RNA and ambiguity codes</li>
2306
2307           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2308           <li>Support fetching and database reference look up
2309             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2310             refs')</li>
2311           <li>Jalview project improvements
2312             <ul>
2313               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2314                 flag for annotation</li>
2315               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2316                 alignment</li>
2317               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2318                 Jalview project</li>
2319
2320             </ul>
2321           </li>
2322           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2323           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2324             running</li>
2325           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2326           <li>visual indication that web service results are still
2327             being retrieved from server</li>
2328           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2329             starts up for first time</li>
2330           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2331             services</li>
2332           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2333             client library</li>
2334           <li>Examples directory and Groovy library included in
2335             InstallAnywhere distribution</li>
2336         </ul> <em>Applet</em>
2337         <ul>
2338           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2339             visualization applet example</li>
2340         </ul> <em>General</em>
2341         <ul>
2342           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2343           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2344             defaults</li>
2345           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2346             calculation</li>
2347           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2348             matrices
2349           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2350             in HTML</li>
2351           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2352             structure contacts</li>
2353           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2354           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2355           <li>Parse sequence associated secondary structure
2356             information in Stockholm files</li>
2357           <li>HTML Export database accessions and annotation
2358             information presented in tooltip for sequences</li>
2359           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2360             style RNA alignment files</li>
2361           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2362             alignment</li>
2363           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2364             shade each sequence according to its associated alignment
2365             annotation</li>
2366           <li>New Jalview Logo</li>
2367         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2368         <ul>
2369           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2370           <li>New Website!</li>
2371         </ul></td>
2372       <td><em>Application</em>
2373         <ul>
2374           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2375             wsdbfetch REST service</li>
2376           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2377           <li>Filetype associations not installed for webstart
2378             launch</li>
2379           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2380             job execution in full once it is complete</li>
2381           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2382             uploaded via ali_file parameter</li>
2383           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2384           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2385           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2386             submitted for prediction</li>
2387           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2388             desktop window</li>
2389           <li>Putting fractional value into integer text box in
2390             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2391           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2392             windows 7</li>
2393           <li>View all structures fails with exception shown in
2394             structure view</li>
2395           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2396             escaped in a platform independent way</li>
2397           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2398             using proxy</li>
2399           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2400             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2401           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2402             failure when java web start temporary file caching is
2403             disabled</li>
2404           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2405             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2406           <li>Errors during processing of command line arguments
2407             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2408           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2409             DAS sources in sequence fetcher</li>
2410           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2411             dialog is shown</li>
2412           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2413           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2414           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2415           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2416             on OSX Mountain Lion</li>
2417           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2418             sequences with alignment annotation are pasted into the
2419             alignment</li>
2420           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2421             when loaded from Jalview project</li>
2422           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2423           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2424             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2425           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2426             associated with all views</li>
2427           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2428             annotation rows to new window</li>
2429         </ul> <em>Applet</em>
2430         <ul>
2431           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2432             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2433           <li>loading features via javascript API automatically
2434             enables feature display</li>
2435           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2436             work</li>
2437         </ul> <em>General</em>
2438         <ul>
2439           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2440           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2441             and then deselected</li>
2442           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2443           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2444             coloured with clustalx</li>
2445           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2446             exceptions and redraw errors</li>
2447           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2448             reconfigured view</li>
2449           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2450             colour</li>
2451           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2452             for lots of labels</li>
2453         </ul>
2454     </tr>
2455     <tr>
2456       <td>
2457         <div align="center">
2458           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2459         </div>
2460       </td>
2461       <td><em>Application</em>
2462         <ul>
2463           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2464           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2465           <li>View/alignment association menu to enable user to
2466             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2467             its colours/correspondences from</li>
2468           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2469           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2470             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2471           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2472           <li>Annotation row column label formatting attributes
2473             stored in project file</li>
2474           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2475             rows preserved in Jalview project file</li>
2476           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2477             saved using Desktop window menu</li>
2478           <li>Visual indication that command line arguments are
2479             still being processed</li>
2480           <li>Groovy script execution from URL</li>
2481           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2482             preferences</li>
2483           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2484             alignment with sequences that have high similarity and
2485             matching IDs</li>
2486           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2487           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2488             structures in same window</li>
2489           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2490           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2491             analysis function in its own submenu</li>
2492         </ul> <em>Applet</em>
2493         <ul>
2494           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2495             groups</li>
2496           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2497           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2498           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2499           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2500           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2501             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2502           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2503           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2504             parameters are treated as such</li>
2505           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2506             <ul>
2507               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2508               <li>Javascript callbacks for
2509                 <ul>
2510                   <li>Applet initialisation</li>
2511                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2512                 </ul>
2513               </li>
2514               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2515                 functions</li>
2516               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2517               <li>javascript structure viewer harness to pass
2518                 messages between Jmol and Jalview when running as
2519                 distinct applets</li>
2520               <li>sortBy method</li>
2521               <li>Set of applet and application examples shipped
2522                 with documentation</li>
2523               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2524                 javascript message exchange</li>
2525             </ul>
2526         </ul> <em>General</em>
2527         <ul>
2528           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2529             multiple alignments</li>
2530           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2531           <li>User configurable link to enable redirects to a
2532             www.Jalview.org mirror</li>
2533           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2534           <li>Configurable newline string when writing alignment
2535             and other flat files</li>
2536           <li>Allow alignment annotation description lines to
2537             contain html tags</li>
2538         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2539         <ul>
2540           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2541             examples</li>
2542           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2543             using a web service before displaying the result in the
2544             Jalview desktop</li>
2545           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2546           <li>Ant target to publish example html files with applet
2547             archive</li>
2548           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2549           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2550         </ul></td>
2551       <td><em>Application</em>
2552         <ul>
2553           <li>User defined colourscheme throws exception when
2554             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2555           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2556             dialog for valid filename/format</li>
2557           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2558           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2559             P37173</li>
2560           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2561             which sequence is to be associated with the file</li>
2562           <li>Find All raises null pointer exception when query
2563             only matches sequence IDs</li>
2564           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2565           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2566             2.4 cannot be loaded</li>
2567           <li>Filetype associations not installed for webstart
2568             launch</li>
2569           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2570             with sequences in different alignments do not get coloured
2571             by their associated sequence</li>
2572           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2573             not preserved when project is loaded</li>
2574           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2575             stored in Jalview project</li>
2576           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2577             Jalview project</li>
2578           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2579           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2580             by conservation</li>
2581           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2582             created on new view</li>
2583           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2584             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2585           <li>Alignment quality not updated after alignment
2586             annotation row is hidden then shown</li>
2587           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2588             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2589           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2590             properly</li>
2591           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2592             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2593           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2594           <li>Structures imported from file and saved in project
2595             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2596           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2597             job execution in full once it is complete</li>
2598         </ul> <em>Applet</em>
2599         <ul>
2600           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2601             annotation rows are displayed</li>
2602           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2603             codebase</li>
2604           <li>View follows highlighting does not work for positions
2605             in sequences</li>
2606           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2607           <li>Export features raises exception when no features
2608             exist</li>
2609           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2610             for javascript api is modified when separator string
2611             provided as parameter</li>
2612           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2613             alignment with no existing selection</li>
2614           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2615             to applet&#39;s codebase</li>
2616           <li>Status bar not updated after finished searching and
2617             search wraps around to first result</li>
2618           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2619             several Jalview applets causes race conditions and memory
2620             leaks</li>
2621           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2622             not sent from Jmol in applet</li>
2623           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2624             applet API fatally hang browser</li>
2625         </ul> <em>General</em>
2626         <ul>
2627           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2628             position with wrapped view and hidden regions</li>
2629           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2630             with/without hidden columns</li>
2631           <li>Sequence length given in alignment properties window
2632             is off by 1</li>
2633           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2634             import PDB like structure files</li>
2635           <li>Positional search results are only highlighted
2636             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2637           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2638           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2639             given sequence position</li>
2640           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2641             output</li>
2642           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2643             from nucleotide chains correctly</li>
2644           <li>Structure colours not updated when tree partition
2645             changed in alignment</li>
2646           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2647             parsed in interleaved stockholm</li>
2648           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2649             state</li>
2650           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2651             properly</li>
2652           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2653             properly associated with their pdb files</li>
2654         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2655         <ul>
2656           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2657             ApplyCopyright tool</li>
2658         </ul></td>
2659     </tr>
2660     <tr>
2661       <td>
2662         <div align="center">
2663           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2664         </div>
2665       </td>
2666       <td><em>Application</em>
2667         <ul>
2668           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2669             contact web services</li>
2670           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2671             service job window</li>
2672           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2673         </ul></td>
2674       <td>
2675         <ul>
2676           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2677             pir file emitted by Jalview</li>
2678           <li>Existing feature settings transferred to new
2679             alignment view created from cut'n'paste</li>
2680           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2681             parsing PDB files</li>
2682           <li>Consensus and conservation annotation rows
2683             occasionally become blank for all new windows</li>
2684           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2685             in wrapped view mode</li>
2686         </ul> <em>Application</em>
2687         <ul>
2688           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2689             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2690           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2691             parameter names</li>
2692           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2693             is down</li>
2694         </ul>
2695       </td>
2696     </tr>
2697     <tr>
2698       <td>
2699         <div align="center">
2700           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2701         </div>
2702       </td>
2703       <td><em>Application</em>
2704         <ul>
2705           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2706             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2707             (JABAWS)
2708           </li>
2709           <li>Web Services preference tab</li>
2710           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2711             preferences</li>
2712           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2713           <li>Superpose structures using associated sequence
2714             alignment</li>
2715           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2716             viewer</li>
2717         </ul> <em>Applet</em>
2718         <ul>
2719           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2720             link out mechanism</li>
2721         </ul> <em>Other</em>
2722         <ul>
2723           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2724             series 12</li>
2725           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2726             require Java 1.5</li>
2727           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2728             sequence annotation files</li>
2729           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2730             type colour specification</li>
2731           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2732             script to check if it being run in an interactive session or
2733             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2734         </ul></td>
2735       <td>
2736         <ul>
2737           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2738             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2739         </ul> <em>Application</em>
2740         <ul>
2741           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2742             selected Regions menu item</li>
2743           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2744             part of a valid accession ID</li>
2745           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2746             runs out of memory</li>
2747           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2748             analysis results</li>
2749           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2750             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2751           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2752         </ul> <em>Applet</em>
2753         <ul>
2754           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2755             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2756             defined.</li>
2757         </ul>
2758       </td>
2759     </tr>
2760     <tr>
2761       <td>
2762         <div align="center">
2763           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2764         </div>
2765       </td>
2766       <td></td>
2767       <td>
2768         <ul>
2769           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2770             sequence IDs</li>
2771           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2772             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2773           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2774             import correctly</li>
2775           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2776             number of columns are hidden</li>
2777           <li>annotation label popup menu not providing correct
2778             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2779             present</li>
2780           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2781             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2782           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2783             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2784
2785         </ul> <em>Applet</em>
2786         <ul>
2787           <li>annotation panel disappears when annotation is
2788             hidden/removed</li>
2789         </ul> <em>Application</em>
2790         <ul>
2791           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2792             alignment opened where annotation panel is visible but no
2793             annotations are present on alignment</li>
2794           <li>pasted region containing hidden columns is
2795             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2796           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2797             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2798           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2799             selected Rregions menu item.</li>
2800           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2801             'Un' or 'Non'conserved</li>
2802           <li>Sequence feature settings are being shared by
2803             multiple distinct alignments</li>
2804           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2805             changed</li>
2806           <li>double click on group annotation to select sequences
2807             does not propagate to associated trees</li>
2808           <li>Mac OSX specific issues:
2809             <ul>
2810               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2811                 window background</li>
2812               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2813                 name set correctly</li>
2814               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2815                 save feature colourscheme button</li>
2816             </ul>
2817           </li>
2818         </ul>
2819       </td>
2820     </tr>
2821     <tr>
2822
2823       <td>
2824         <div align="center">
2825           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2826         </div>
2827       </td>
2828       <td><em>New Capabilities</em>
2829         <ul>
2830           <li>URL links generated from description line for
2831             regular-expression based URL links (applet and application)
2832
2833           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2834             menu</li>
2835           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2836             structures</li>
2837           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2838             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2839           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2840             average score or total feature count for each sequence.</li>
2841           <li>Shading features by score or associated description</li>
2842           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2843             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2844           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2845             hide everything but the currently selected region.</li>
2846           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2847         </ul> <em>Application</em>
2848         <ul>
2849           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2850             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2851           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2852             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2853           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2854             database references and protein_name is parsed as
2855             description line (BioSapiens terms).</li>
2856           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2857             references in sequence ID tooltip from View menu in
2858             application.</li>
2859           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2860       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2861           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2862             conservation plots</li>
2863           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2864             and visualized as sequence logos</li>
2865           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2866             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2867           </li>
2868           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2869             when a new tree is opened.</li>
2870           <li>Jalview Java Console</li>
2871           <li>Better placement of desktop window when moving
2872             between different screens.</li>
2873           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2874             consensus annotation</li>
2875           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2876             Workflows</li>
2877           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2878             <ul>
2879               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2880                 used to preserve views, structures, and tree display
2881                 settings)</li>
2882               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2883                 command line</li>
2884               <li>Sharing of selected regions between views and
2885                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2886               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2887             </ul></li>
2888         </ul> <em>Applet</em>
2889         <ul>
2890           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2891           <li>New Parameters
2892             <ul>
2893               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2894                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2895                 opened.</li>
2896               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2897                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2898               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2899                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2900               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2901                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2902                 view</li>
2903               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2904                 increase the height or width of a cell in the alignment
2905                 grid relative to the current font size.</li>
2906             </ul>
2907           </li>
2908           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2909             tooltip</li>
2910         </ul> <em>Other</em>
2911         <ul>
2912           <li>Features format: graduated colour definitions and
2913             specification of feature scores</li>
2914           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2915             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2916             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2917           <li>XML formats extended to support graduated feature
2918             colourschemes, group associated annotation, and profile
2919             visualization settings.</li></td>
2920       <td>
2921         <ul>
2922           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2923             rather than description</li>
2924           <li>Non-positional features are now included in sequence
2925             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2926             visibility in tooltip).</li>
2927           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2928           <li>Added URL embedding instructions to features file
2929             documentation.</li>
2930           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2931             'X' in peptide product</li>
2932           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2933             sequence ID and sequence string and query strings do not
2934             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2935           <li>AMSA files only contain first column of
2936             multi-character column annotation labels</li>
2937           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2938             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2939             exported and re-imported)</li>
2940           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2941             name</li>
2942           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2943             as subsequence matches, and correctly reports total number
2944             of both.</li>
2945           <li>Application:
2946             <ul>
2947               <li>Better handling of exceptions during sequence
2948                 retrieval</li>
2949               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2950                 link text excludes the start_end suffix</li>
2951               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2952                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2953               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2954               <li>Sequence description lines properly shared via
2955                 VAMSAS</li>
2956               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2957                 data sources</li>
2958               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2959                 completes before alignment figures are generated.</li>
2960               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2961                 first time.</li>
2962               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2963                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2964               <li>User defined group colours properly recovered
2965                 from Jalview projects.</li>
2966             </ul>
2967           </li>
2968         </ul>
2969       </td>
2970
2971     </tr>
2972     <tr>
2973       <td>
2974         <div align="center">
2975           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2976         </div>
2977       </td>
2978       <td>
2979         <ul>
2980           <li>Experimental support for google analytics usage
2981             tracking.</li>
2982           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2983         </ul>
2984       </td>
2985       <td>
2986         <ul>
2987           <li>Race condition in applet preventing startup in
2988             jre1.6.0u12+.</li>
2989           <li>Exception when feature created from selection beyond
2990             length of sequence.</li>
2991           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2992           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2993             all sequences with a given id</li>
2994           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2995             ID string searches</li>
2996           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2997             alignment to fail with exception</li>
2998         </ul> <em>Application Issues</em>
2999         <ul>
3000           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3001           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3002             data sources</li>
3003         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3004         <ul>
3005           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3006             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3007           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3008             version (java class versioning error fixed)</li>
3009         </ul>
3010       </td>
3011     </tr>
3012     <tr>
3013       <td>
3014
3015         <div align="center">
3016           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3017         </div>
3018       </td>
3019       <td><em>User Interface</em>
3020         <ul>
3021           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3022             translation and protein products</li>
3023           <li>Linked highlighting of structure associated with
3024             residue mapping to codon position</li>
3025           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3026             and 'clear' button</li>
3027           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3028             Tools menu</li>
3029           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3030             numeric data in description line</li>
3031           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3032           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3033             of sequence</li>
3034         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3035         <ul>
3036           <li>JPred3 web service</li>
3037           <li>Prototype sequence search client (no public services
3038             available yet)</li>
3039           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3040             PFAM</li>
3041           <li>URL Links created for matching database cross
3042             references as well as sequence ID</li>
3043           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3044         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3045         <ul>
3046           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3047             databases</li>
3048           <li>Generalised database reference retrieval and
3049             validation to all fetchable databases</li>
3050           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3051             sequence command</li>
3052         </ul> <em>Import and Export</em>
3053         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3054         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3055           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3056         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3057           File</li>
3058         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3059           triplet as name of colourscheme</li>
3060         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3061         <ul>
3062           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3063           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3064             alignments (experimental)</li>
3065           <li>Create new or select existing session to join</li>
3066           <li>load and save of vamsas documents</li>
3067         </ul> <em>Application command line</em>
3068         <ul>
3069           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3070             from applet)</li>
3071           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3072             of DAS servers to query for alignment features</li>
3073           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3074             that are also automatically queried for features</li>
3075           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3076             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3077         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3078         <ul>
3079           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3080             application (when using &quot;View in full
3081             application&quot;)</li>
3082         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3083         <ul>
3084           <li>feature group display control parameter</li>
3085           <li>debug parameter</li>
3086           <li>showbutton parameter</li>
3087         </ul> <em>Applet API methods</em>
3088         <ul>
3089           <li>newView public method</li>
3090           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3091           <li>Feature display control methods</li>
3092           <li>get list of currently selected sequences</li>
3093         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3094         <ul>
3095           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3096           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3097             Jalview release.</li>
3098           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3099             property controls execution of obfuscator</li>
3100           <li>Build target for generating source distribution</li>
3101           <li>Debug flag for javacc</li>
3102           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3103             jalview.bin.Cache</li>
3104           <li>Continuous Build Integration for stable and
3105             development version of Application, Applet and source
3106             distribution</li>
3107         </ul></td>
3108       <td>
3109         <ul>
3110           <li>selected region output includes visible annotations
3111             (for certain formats)</li>
3112           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3113             for editing</li>
3114           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3115           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3116           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3117           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3118             comments</li>
3119           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3120             filenames containing a ':'</li>
3121           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3122             global sequence features</li>
3123           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3124             references from alignment sequences goes to zero</li>
3125           <li>Close of tree branch colour box without colour
3126             selection causes cascading exceptions</li>
3127           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3128           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3129             file parsing fails.</li>
3130           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3131           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3132             not a valid output format</li>
3133           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3134             vamsas</li>
3135           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3136           <li>error messages passed up and output when data read
3137             fails</li>
3138           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3139             sequence is edited</li>
3140           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3141             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3142           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3143             filetype</li>
3144           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3145             import fixed for PFAM records</li>
3146           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3147             window list</li>
3148           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3149             can be read and written correctly to annotation file</li>
3150           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3151             correctly</li>
3152           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3153             non-italic font for representatives in Applet</li>
3154           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3155             Macs.</li>
3156           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3157             Applet)</li>
3158           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3159             due to null pointer exceptions</li>
3160           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3161             first column of alignment</li>
3162           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3163             July 2008</li>
3164           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3165             file is case-insensitive</li>
3166           <li>Sequence features read from Features file appended to
3167             all sequences with matching IDs</li>
3168           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3169             containing a sub-sequence</li>
3170           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3171           <li>feature and annotation file applet parameters
3172             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3173           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3174           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3175             splash-screen version check to complete</li>
3176           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3177             when passing them to the launchApp service</li>
3178           <li>display name and local features preserved in results
3179             retrieved from web service</li>
3180           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3181             sequence fetcher initialisation</li>
3182           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3183             dasobert DAS client</li>
3184           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3185             association</li>
3186           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3187             sequences
3188           </li>
3189         </ul>
3190       </td>
3191     </tr>
3192     <tr>
3193       <td>
3194         <div align="center">
3195           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3196         </div>
3197       </td>
3198       <td>
3199         <ul>
3200           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3201           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3202           <li>Slide sequences</li>
3203           <li>Edit sequence in place</li>
3204           <li>EMBL CDS features</li>
3205           <li>DAS Feature mapping</li>
3206           <li>Feature ordering</li>
3207           <li>Alignment Properties</li>
3208           <li>Annotation Scores</li>
3209           <li>Sort by scores</li>
3210           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3211         </ul>
3212       </td>
3213       <td>
3214         <ul>
3215           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3216           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3217           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3218           <li>Feature group display state in XML</li>
3219           <li>Feature ordering in XML</li>
3220           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3221           <li>Stockholm alignment properties</li>
3222           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3223           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3224           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3225           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3226         </ul>
3227       </td>
3228
3229     </tr>
3230     <tr>
3231       <td>
3232         <div align="center">
3233           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3234         </div>
3235       </td>
3236       <td>
3237         <ul>
3238           <li>Non standard characters can be read and displayed
3239           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3240             applet via textbox
3241           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3242             name &amp; description
3243           <li>Preference setting to display sequence name in
3244             italics
3245           <li>Annotation file format extended to allow
3246             Sequence_groups to be defined
3247           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3248             specified in preferences
3249           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3250             sequences
3251         </ul>
3252       </td>
3253       <td>
3254         <ul>
3255           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3256             installed
3257           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3258           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3259         </ul>
3260       </td>
3261     </tr>
3262     <tr>
3263       <td>
3264         <div align="center">
3265           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3266         </div>
3267       </td>
3268       <td>
3269         <ul>
3270           <li>Multiple views on alignment
3271           <li>Sequence feature editing
3272           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3273           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3274           <li>Background dependent text colour
3275           <li>Right align sequence ids
3276           <li>User-defined lower case residue colours
3277           <li>Format Menu
3278           <li>Select Menu
3279           <li>Menu item accelerator keys
3280           <li>Control-V pastes to current alignment
3281           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3282           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3283           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3284
3285           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3286         </ul>
3287       </td>
3288       <td>
3289         <ul>
3290           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3291           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3292             calculations
3293           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3294             edits
3295           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3296             of alignment)
3297           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3298
3299           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3300             display correctly
3301           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3302           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3303             analysis results
3304           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3305             &#8739;
3306           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3307           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3308           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3309
3310         </ul>
3311       </td>
3312     </tr>
3313     <tr>
3314       <td>
3315         <div align="center">
3316           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3317         </div>
3318       </td>
3319       <td>
3320         <ul>
3321           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3322         </ul>
3323       </td>
3324       <td>
3325         <ul>
3326           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3327             sequence id panel has been resized</li>
3328           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3329             rendered</li>
3330           <li>Annotation files with sequence references - all
3331             elements in file are relative to sequence position</li>
3332           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3333         </ul>
3334       </td>
3335     </tr>
3336     <tr>
3337       <td>
3338         <div align="center">
3339           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3340         </div>
3341       </td>
3342       <td>
3343         <ul>
3344           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3345           <li>DAS Feature fetching</li>
3346           <li>Hide sequences and columns</li>
3347           <li>Export Annotations and Features</li>
3348           <li>GFF file reading / writing</li>
3349           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3350             files</li>
3351           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3352           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3353           <li>Applet can launch the full application</li>
3354           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3355             required)</li>
3356           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3357           <li>Applet can load sequences from parameter
3358             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3359           </li>
3360         </ul>
3361       </td>
3362       <td>
3363         <ul>
3364           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3365           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3366           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3367         </ul>
3368       </td>
3369     </tr>
3370     <tr>
3371       <td>
3372         <div align="center">
3373           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3374         </div>
3375       </td>
3376       <td>
3377         <ul>
3378           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3379           <li>Choose to match case when searching</li>
3380           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3381             expand the visible width and height of the alignment</li>
3382         </ul>
3383       </td>
3384       <td>
3385         <ul>
3386           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389     </tr>
3390     <tr>
3391       <td>
3392         <div align="center">
3393           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3394         </div>
3395       </td>
3396       <td>&nbsp;</td>
3397       <td>
3398         <ul>
3399           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3400           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3401             value</li>
3402         </ul>
3403       </td>
3404     </tr>
3405     <tr>
3406       <td>
3407         <div align="center">
3408           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3409         </div>
3410       </td>
3411       <td>
3412         <ul>
3413           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3414           <li>Keyboard editing</li>
3415           <li>Create sequence features from searches</li>
3416           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3417             alignments</li>
3418           <li>Features file allows grouping of features</li>
3419           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3420           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3421           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3422         </ul>
3423       </td>
3424       <td>
3425         <ul>
3426           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3427           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3428             descriptions saved.</li>
3429         </ul>
3430       </td>
3431     </tr>
3432     <tr>
3433       <td>
3434         <div align="center">
3435           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3436         </div>
3437       </td>
3438       <td>
3439         <ul>
3440           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3441           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3442           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3443             name for file output</li>
3444           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3445           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3446             used for HTML form input</li>
3447         </ul>
3448       </td>
3449       <td>
3450         <ul>
3451           <li>HTML output writes groups and features</li>
3452           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3453           <li>File IO bugs</li>
3454         </ul>
3455       </td>
3456     </tr>
3457     <tr>
3458       <td>
3459         <div align="center">
3460           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3461         </div>
3462       </td>
3463       <td>
3464         <ul>
3465           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3466           <li>More options for PCA viewer</li>
3467         </ul>
3468       </td>
3469       <td>
3470         <ul>
3471           <li>GUI bugs resolved</li>
3472           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3473         </ul>
3474       </td>
3475     </tr>
3476     <tr>
3477       <td height="63">
3478         <div align="center">
3479           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3480         </div>
3481       </td>
3482       <td>
3483         <ul>
3484           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3485           <li>Jar files are executable</li>
3486           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3487         </ul>
3488       </td>
3489       <td>
3490         <ul>
3491           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3492           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3493           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3494         </ul>
3495       </td>
3496     </tr>
3497     <tr>
3498       <td>
3499         <div align="center">
3500           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3501         </div>
3502       </td>
3503       <td>
3504         <ul>
3505           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3506         </ul>
3507       </td>
3508       <td>
3509         <ul>
3510           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3511         </ul>
3512       </td>
3513     </tr>
3514     <tr>
3515       <td>
3516         <div align="center">
3517           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3518         </div>
3519       </td>
3520       <td>
3521         <ul>
3522           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3523             size</li>
3524         </ul>
3525       </td>
3526       <td>
3527         <ul>
3528           <li>Improved JPred client reliability</li>
3529           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3530         </ul>
3531       </td>
3532     </tr>
3533     <tr>
3534       <td>
3535         <div align="center">
3536           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3537         </div>
3538       </td>
3539       <td>
3540         <ul>
3541           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3542           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3543           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3544             to Colour Menu</li>
3545           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3546           <li>Unix users can set default web browser</li>
3547           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3548           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3549         </ul>
3550       </td>
3551       <td>
3552         <ul>
3553           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3554         </ul>
3555       </td>
3556     </tr>
3557     <tr>
3558       <td>
3559         <div align="center">
3560           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3561         </div>
3562       </td>
3563       <td>&nbsp;</td>
3564       <td>
3565         <ul>
3566           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3567             alignment order.</li>
3568         </ul>
3569       </td>
3570     </tr>
3571     <tr>
3572       <td>
3573         <div align="center">
3574           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3575         </div>
3576       </td>
3577       <td>
3578         <ul>
3579           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3580           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3581           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3582             annotations.</li>
3583           <li>Version and build date written to build properties
3584             file.</li>
3585           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3586             at launch of Jalview.</li>
3587         </ul>
3588       </td>
3589       <td>
3590         <ul>
3591           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3592           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3593           <li>Can remove groups one by one.</li>
3594           <li>Filechooser icons installed.</li>
3595           <li>Finder ignores return character when searching.
3596             Return key will initiate a search.<br>
3597           </li>
3598         </ul>
3599       </td>
3600     </tr>
3601     <tr>
3602       <td>
3603         <div align="center">
3604           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3605         </div>
3606       </td>
3607       <td>
3608         <ul>
3609           <li>New codebase</li>
3610         </ul>
3611       </td>
3612       <td>&nbsp;</td>
3613     </tr>
3614   </table>
3615   <p>&nbsp;</p>
3616 </body>
3617 </html>