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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
  51             <em>25/10/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><em>Application</em>
  55         <ul>
  56           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
  57             view if structures already loaded</li>
  58           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
  59             structure views</li>
  60         </ul></td>
  61       <td>
  62         <div align="left">
  63           <em>General</em>
  64           <ul>
  65             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
  66               shown in menu when PID shading applied</li>
  67           </ul>
  68           <em>Application</em>
  69           <ul>
  70             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
  71               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
  72             <li>Multiple structure views can be opened and
  73               superposed without timeout for structures with multiple
  74               models or multiple sequences in alignment</li>
  75             <li>Cannot import or associated local PDB files without
  76               a PDB ID HEADER line</li>
  77             <li>RMSD is not output in Jmol console when
  78               superposition is performed</li>
  79             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
  80               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
  81             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
  82             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
  83               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
  84               Refs UI option</li>
  85             <li>Exceptions are not raised in console when a new
  86               view is created on the alignment</li>
  87             <li>OSX right-click fixed for group selections:
  88               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
  89               to open group pop-up menu</li>
  90           </ul>
  91           <em>Build and deployment</em>
  92           <ul>
  93             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
  94               tags</li>
  95           </ul>
  96           <em>New Known Issues</em>
  97           <ul>
  98             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
  99               work on Windows</li>
 100           </ul>
 101         </div>
 102       </td>
 103     </tr>
 104     <tr>
 105       <td width="60" nowrap>
 106         <div align="center">
 107           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 108         </div>
 109       </td>
 110       <td><em>General</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 117             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 118             better PDB parsing.
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 122             reference sequence
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 126             mousing over sequence associated annotation
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 130             for manual entry
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 134             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 135             for each column
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 139             showing or hiding columns containing a feature
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 143             group and sequence associated annotation labels
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 147             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 148             dialogs
 149           </li>
 150
 151         </ul> <em>Application</em>
 152         <ul>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 155             gene/transcript view
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 159             dialog
 160           </li>
 161           <li>
 162             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 163             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 167             Pfam sources to xfam.org
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 174             over sequences in Jalview
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 178             regions in ENA and EMBL
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 182             for record retrieval via ENA rest API
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 186             complement operator
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 190             groovy script execution
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 194             alignment window's Calculate menu
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 198             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 202             calculation workers from groovy scripts
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 206             Jalview projects
 207           </li>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 210             associations are now saved/restored from project
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 214             before sequence fetcher is opened
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 218             database chooser opens a sequence fetcher
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 222             the UniProt REST API
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 226             the news reader opening
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 230             querying stored in preferences
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 234             search results
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 241             menu for nucleotide sequences
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 245             and feature counts preserves alignment ordering (and
 246             debugged for complex feature sets).
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 250             viewing structures with Jalview 2.10
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 254             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 255             Ensembl Genomes REST API
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 259             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 260             (Ensembl)
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 264             sequences
 265           </li>
 266           <li>
 267             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 268             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 269             data from external database records.
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 273             efficient recovery of sequence coding and alignment
 274             annotation relationships.
 275           </li>
 276         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 277         <ul>
 278           <li>
 279             -- JAL---
 280           </li>
 281         </ul> --></td>
 282       <td>
 283         <div align="left">
 284           <em>General</em>
 285           <ul>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 288               menu on OSX
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 292               includes graduated colourschemes
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 296               working with big alignments and lots of hidden columns
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 300               at right of alignment window
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 304               contents
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 308               for DNA alignments
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 312               based tree calculation
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 316               unconserved enabled for group on alignment
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 320               set as reference
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 324               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 325               annotation
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 329               hidden columns present
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 333               user created annotation added to alignment
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 337               '()' base pair annotation
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 341               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 342               Consensus
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 346               feature not working
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 350               beginning of sequence
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 354               entry 3a6s
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 358               from a tree when t-coffee scores are shown
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 362               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 366               some structures
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 370               to Clustal, PIR and PileUp output
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 374               not visible causes alignment window to repaint
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 378               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 379               scores associated with features and annotation rows
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 383               calculation should be case independent
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 387               columns
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 391               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 392               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 396               problems when reference sequence defined and 'show
 397               non-conserved' enabled
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 401               load even when Consensus calculation is disabled
 402             </li>
 403           </ul>
 404           <em>Application</em>
 405           <ul>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 408               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 409               yet fixed for El Capitan)
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 413               output when running on non-gb/us i18n platforms
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 417               hidden sequences as flat-file alignment
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 421               launching Chimera
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 425               (also hotfix for 2.9.0b2)
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 429               reference sequence defined
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 433               alignments and views when revealing hidden columns
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 437               view in a cDNA/Protein splitframe
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 441               sequence from project when only one sequence is
 442               represented
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 446               in Structure Chooser
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 450               structure consensus didn't refresh annotation panel
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 454               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 458               dialogs format columns correctly, don't display array
 459               data, sort columns according to type
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 463               file chooser is cancelled during an image export
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 467               sequence name containing special characters
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 471               case insensitive
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 475               formatting don't wrap
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 479               truncated so L looks like I in consensus annotation
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 483               currently displayed features for the current selection or
 484               view
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 488               after fetching cross-references, and restoring from project
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 492               followed in the structure viewer
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 496               splitframe not restored from project
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 500               trailing end of protein alignment in transcript/product
 501               splitview when pad-gaps not enabled by default
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 505               is case dependent
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 509               article has been read (reopened issue due to
 510               internationalisation problems)
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 514               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 515               cross-references
 516             </li>
 517
 518             <li>
 519               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 520               alignment as HTML
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 524               multiple structures are shown for one or more sequences.
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 528               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 529               is enabled.
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 533               specific PDB id for sequence
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 537               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 538               columns' is disabled.
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 542               selects lowest rather than highest resolution structures
 543               for each sequence
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 547               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 548             </li>
 549             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 550             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 551           </ul>
 552           <em>Applet</em>
 553           <ul>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 556               hidden columns present before start of sequence
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 560               (JSON jars)
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 564               sequences are hidden in applet
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 568               deployment on examples pages.
 569             </li>
 570           </ul>
 571         </div>
 572       </td>
 573     </tr>
 574     <tr>
 575       <td width="60" nowrap>
 576         <div align="center">
 577           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 578             <em>16/10/2015</em></strong>
 579         </div>
 580       </td>
 581       <td><em>General</em>
 582         <ul>
 583           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 584             jars</li>
 585         </ul></td>
 586       <td>
 587         <div align="left">
 588           <em>Application</em>
 589           <ul>
 590             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 591               shown when tree is partitioned</li>
 592             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 593               multiple cDNA/Protein split views</li>
 594           </ul>
 595         </div>
 596       </td>
 597     </tr>
 598     <tr>
 599       <td width="60" nowrap>
 600         <div align="center">
 601           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 602             <em>8/10/2015</em></strong>
 603         </div>
 604       </td>
 605       <td><em>General</em>
 606         <ul>
 607           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 608             2.9</li>
 609         </ul> <em>Application</em>
 610         <ul>
 611           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 612           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 613           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 614         </ul> <em>Applet</em>
 615         <ul>
 616           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 617         </ul></td>
 618       <td>
 619         <div align="left">
 620           <em>General</em>
 621           <ul>
 622             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 623               incorrect when sequence start > 1</li>
 624             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 625               documentation</li>
 626             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 627             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 628               loading a features file containing HTML tags in feature
 629               description</li>
 630
 631           </ul>
 632           <em>Application</em>
 633           <ul>
 634             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 635               reimport</li>
 636             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 637               with 'trim retrieved sequences'</li>
 638             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 639               deleting selected columns</li>
 640             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 641               JNLP templates for webstart launch</li>
 642             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 643               unreleased structures for download or viewing</li>
 644             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 645               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 646             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 647               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 648             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 649               recovered from jalview project</li>
 650             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 651               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 652               alignment view</li>
 653             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 654               color schemes from BioJSON</li>
 655           </ul>
 656           <em>Applet</em>
 657           <ul>
 658             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 659               frame</li>
 660             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 661           </ul>
 662         </div>
 663       </td>
 664     </tr>
 665     <tr>
 666       <td><div align="center">
 667           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 668         </div></td>
 669       <td><em>General</em>
 670         <ul>
 671           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 672             alignments:
 673             <ul>
 674               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 675                 and DNA alignment views</li>
 676               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 677                 cDNA alignment views</li>
 678               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 679                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 680               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 681                 protein sequences</li>
 682             </ul>
 683           </li>
 684           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 685           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 686             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 687           <li>New alignment annotation file statements for
 688             reference sequences and marking hidden columns</li>
 689           <li>Reference sequence based alignment shading to
 690             highlight variation</li>
 691           <li>Select or hide columns according to alignment
 692             annotation</li>
 693           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 694           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 695             acid conservation row</li>
 696           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 697         </ul> <em>Application</em>
 698         <ul>
 699           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 700             <ul>
 701               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 702                 view with cDNA/Protein</li>
 703               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 704                 sequences are placed in the same alignment</li>
 705               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 706                 projects</li>
 707             </ul>
 708           </li>
 709
 710           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 711           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 712             Jalview windows</li>
 713
 714           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 715           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 716           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 717             be shown in VARNA</li>
 718
 719           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 720             as the active selected region</li>
 721
 722           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 723             similarity</li>
 724           <li>New Export options
 725             <ul>
 726               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 727                 region export in flat file generation</li>
 728
 729               <li>Export alignment views for display with the <a
 730                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 731
 732               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 733               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 734                 alignment figures to HTML</li>
 735           </li>
 736           <li>3D structure retrieval and display
 737             <ul>
 738               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 739                 Search API</li>
 740               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 741                 PDB structures for a sequence set</li>
 742             </ul>
 743           </li>
 744
 745           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 746             predictions</li>
 747           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 748             for one or a group of sequences</li>
 749           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 750             from the JPred4 web server</li>
 751           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 752             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 753             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 754           </li>
 755           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 756             VARNA 2D Structure'</li>
 757           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 758             Structure ..."</li>
 759
 760         </ul> <em>Applet</em>
 761         <ul>
 762           <li>New layout for applet example pages</li>
 763           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 764             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 765           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 766             Protein alignments</li>
 767         </ul> <em>Development and deployment</em>
 768         <ul>
 769           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 770           <li>Include installation type and git revision in build
 771             properties and console log output</li>
 772           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 773             storing BioJsMSA Templates</li>
 774           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 775         </ul></td>
 776       <td>
 777         <!-- <em>General</em>
 778         <ul>
 779         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 780         <ul>
 781           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 782           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 783           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 784             predictions are not highlighted in amber</li>
 785           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 786             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 787           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 788             associated structure views</li>
 789           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 790             width checkbox not enabled</li>
 791           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 792             creating user defined colours</li>
 793           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 794             mappings for just that viewer's sequences</li>
 795           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 796             multiple models in Chimera</li>
 797           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 798             over Jmol structure</li>
 799           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 800             output to text box</li>
 801           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 802             have incorrect sequence start/end</li>
 803           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 804             Jalview fails</li>
 805           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 806             work for nucleotide</li>
 807           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 808             to a grey/invisible alignment window</li>
 809           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 810             imports to different position</li>
 811           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 812             on some platforms</li>
 813           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 814             populated</li>
 815           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 816             console if Chimera has been opened</li>
 817           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 818           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 819             retrieved</li>
 820           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 821           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 822             either sequence shows on first structure</li>
 823           <li>'Show annotations' options should not make
 824             non-positional annotations visible</li>
 825           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 826             in right place after 'view flanking regions'</li>
 827           <li>File Save As type unset when current file format is
 828             unknown</li>
 829           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 830             projects</li>
 831           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 832             responsive</li>
 833           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 834             several views on same alignment</li>
 835           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 836           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 837             spaces</li>
 838         </ul> <em>Applet</em>
 839         <ul>
 840           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 841           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 842             descriptions containing angle brackets</li>
 843         </ul> <em>General</em>
 844         <ul>
 845           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 846             via jalview annotation file</li>
 847           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 848             with RNA secondary structure</li>
 849           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 850             translation doesn't work.</li>
 851           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 852           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 853             positions</li>
 854           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 855             choosing 1pt font</li>
 856           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 857             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 858             'h'</li>
 859           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 860             new feature</li>
 861           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 862             order dependent</li>
 863           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 864             sequences</li>
 865           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 866         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 867         <ul>
 868           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 869             www.jalview.org</li>
 870         </ul> <em>Application Known issues</em>
 871         <ul>
 872           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 873           <li>Misleading message appears after trying to delete
 874             solid column.</li>
 875           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 876             version launches</li>
 877           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 878             fails with a sequence mismatch</li>
 879           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 880             scrolling alignment to right</li>
 881           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 882             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 883           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 884             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 885           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 886             ultra-high resolution</li>
 887           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 888             quality and conservation</li>
 889           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 890             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 891         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 892         <ul>
 893           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 894           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 895             window is being resized</li>
 896
 897         </ul>
 898       </td>
 899     </tr>
 900     <tr>
 901       <td><div align="center">
 902           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 903         </div></td>
 904       <td><em>General</em>
 905         <ul>
 906           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 907             Certum.PL.</li>
 908           <li>Features and annotation preserved when performing
 909             pairwise alignment</li>
 910           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 911             imported/exported/displayed</li>
 912           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 913             protein secondary structure</li>
 914           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 915               post-hoc with 2.9 release</em>)
 916           </li>
 917
 918         </ul> <em>Application</em>
 919         <ul>
 920           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 921             with 3D structures</li>
 922           <li>Support for parsing RNAML</li>
 923           <li>Annotations menu for layout
 924             <ul>
 925               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 926               <li>place sequence annotation above/below alignment
 927                 annotation</li>
 928             </ul>
 929           <li>Output in Stockholm format</li>
 930           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 931             translation</li>
 932           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 933           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 934             shared between alignments</li>
 935           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 936             Jalview</li>
 937           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 938             all or current selection</li>
 939           <li>disorder and secondary structure predictions
 940             available as dataset annotation</li>
 941           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 942
 943
 944           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 945             alignments from Rfam</li>
 946           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 947
 948           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 949             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 950           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 951           <li>include installation type in build properties and
 952             console log output</li>
 953           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 954             annotation</li>
 955         </ul></td>
 956       <td>
 957         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 958         <ul>
 959           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 960             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 961           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 962             alignment</li>
 963           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 964           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 965           <li>Double click on sequence associated annotation
 966             selects only first column</li>
 967           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 968             leaves shown in tree</li>
 969           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 970             properly</li>
 971           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 972           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 973             screen and buttons not visible</li>
 974           <li>author list isn't updated if already written to
 975             Jalview properties</li>
 976           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 977             from database</li>
 978           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 979           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 980             browser search window</li>
 981           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 982             in feature settings dialog</li>
 983           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 984             desktop</li>
 985           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 986             pass validation</li>
 987           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 988             fit on screen</li>
 989           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 990             tooltip</li>
 991           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 992             defined user preset</li>
 993           <li>MSA web services warns user if they were launched
 994             with invalid input</li>
 995           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 996             Java 8</li>
 997           <li>
 998             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 999             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1000             created
1001           </li>
1002
1003         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1004                                 <ul>
1005                                 </ul> <em>General</em>
1006                                 <ul>
1007                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1008         <ul>
1009           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1010             memory allocation</li>
1011           <li>launchApp service doesn't automatically open
1012             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1013           <li>
1014             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1015             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1016             1.7_055 is available
1017           </li>
1018         </ul> <em>Application Known issues</em>
1019         <ul>
1020           <li>
1021             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1022             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1023             alignment to right
1024           </li>
1025           <li>
1026             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1027             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1028             with large number of ID
1029           </li>
1030           <li>
1031             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1032             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1033             start/end
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1037             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1038             structure tracks are rearranged
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1042             invalid rna structure positional highlighting does not
1043             highlight position of invalid base pairs
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1047             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1048             project from alignment window file menu
1049           </li>
1050           <li>
1051             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1052             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1053             structures
1054           </li>
1055           <li>
1056             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1057             colour by RNA Helices not enabled when user created
1058             annotation added to alignment
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1062             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1063           </li>
1064         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1065         <ul>
1066           <li>
1067             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1068             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1072             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1073           </li>
1074
1075           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1076             when selected</li>
1077         </ul>
1078       </td>
1079     </tr>
1080     <tr>
1081       <td><div align="center">
1082           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1083         </div></td>
1084       <td>
1085         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1086         <em>General</em>
1087         <ul>
1088           <li>Internationalisation of user interface (usually
1089             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1090           <li>Define/Undefine group on current selection with
1091             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1092           <li>Improved group creation/removal options in
1093             alignment/sequence Popup menu</li>
1094           <li>Sensible precision for symbol distribution
1095             percentages shown in logo tooltip.</li>
1096           <li>Annotation panel height set according to amount of
1097             annotation when alignment first opened</li>
1098         </ul> <em>Application</em>
1099         <ul>
1100           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1101             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1102           <li>Select columns containing particular features from
1103             Feature Settings dialog</li>
1104           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1105             sequences</li>
1106           <li>Update Jalview project format:
1107             <ul>
1108               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1109               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1110                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1111               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1112                 colouring</li>
1113             </ul>
1114           </li>
1115           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1116             (PAM250)</li>
1117           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1118             flanking regions for an alignment</li>
1119         </ul>
1120       </td>
1121       <td>
1122         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1123         <ul>
1124           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1125             running after job is cancelled</li>
1126           <li>cannot export features from alignments imported from
1127             Jalview/VAMSAS projects</li>
1128           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1129             float values</li>
1130           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1131             have 'display all symbols' flag set</li>
1132           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1133             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1134           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1135             Jalview</li>
1136           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1137             Lion/Webstart</li>
1138           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1139           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1140           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1141             alignment onto desktop</li>
1142           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1143             'extract scores' function</li>
1144           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1145             alignment window</li>
1146           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1147             performing IUPred disorder prediction</li>
1148           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1149             changing 'normalise logo' display setting</li>
1150           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1151             nothing matches query</li>
1152           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1153             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1154           </li>
1155           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1156             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1157           </li>
1158           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1159             Jalview's menu</li>
1160           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1161             'invalid literal/length code'</li>
1162           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1163             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1164           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1165             colourscheme</li>
1166
1167         </ul> <em>Applet</em>
1168         <ul>
1169           <li>Remove group option is shown even when selection is
1170             not a group</li>
1171           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1172             don't affect groups</li>
1173           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1174             colourscheme name</li>
1175           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1176             Annotation panel is not displayed</li>
1177           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1178             embedded windows</li>
1179         </ul> <em>Other</em>
1180         <ul>
1181           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1182             single sequence were not calculated</li>
1183           <li>annotation files that contain only groups imported as
1184             annotation and junk sequences</li>
1185           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1186             recognised as PFAM or BLC</li>
1187           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1188             doesn't affect background (2.8.0b1)
1189           <li></li>
1190           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1191           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1192             trailing gaps</li>
1193           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1194             registered correctly on import</li>
1195           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1196             certain alignments</li>
1197           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1198             existing annotation based 'use original colours'
1199             colourscheme loses original colours setting</li>
1200         </ul>
1201       </td>
1202     </tr>
1203     <tr>
1204       <td><div align="center">
1205           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1206             <em>30/1/2014</em></strong>
1207         </div></td>
1208       <td>
1209         <ul>
1210           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1211             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1212             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1213             open source project).
1214           </li>
1215           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1216           </li>
1217           <li>Output in Stockholm format</li>
1218           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1219           <li>Export/import group and sequence associated line
1220             graph thresholds</li>
1221           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1222             ambiguity codes</li>
1223           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1224             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1225             works</li>
1226           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1227         </ul> <em>Other improvements</em>
1228         <ul>
1229           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1230           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1231             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1232           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1233             files</li>
1234           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1235           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1236             link but no description</li>
1237           <li>Select primary source when selecting authority in
1238             database fetcher GUI</li>
1239           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1240             Jalview</li>
1241           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1242         </ul>
1243       </td>
1244       <td>
1245         <ul>
1246           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1247             displayed</li>
1248           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1249             secondary structure annotation line</li>
1250           <li>Sequence database accessions not imported when
1251             fetching alignments from Rfam</li>
1252           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1253             identical IDs</li>
1254           <li>View all structures does not always superpose
1255             structures</li>
1256           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1257             reflect user or preset settings</li>
1258           <li>Null pointer exceptions for some services without
1259             presets or adjustable parameters</li>
1260           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1261             discover PDB xRefs</li>
1262           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1263             features with DAS</li>
1264           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1265             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1266           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1267             residue follows a gap</li>
1268           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1269             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1270           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1271             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1272           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1273             annotation already exists on alignment</li>
1274           <li>oninit javascript function should be called after
1275             initialisation completes</li>
1276           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1277             alignment window display</li>
1278           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1279           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1280             to annotation file</li>
1281           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1282             groups created</li>
1283           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1284             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1285           <li>Pressing return several times causes Number Format
1286             exceptions in keyboard mode</li>
1287           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1288             correct partitions for input data</li>
1289           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1290           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1291           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1292           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1293             mode</li>
1294           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1295             changes one row&#39;s threshold</li>
1296           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1297             doesn&#39;t open</li>
1298           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1299             quality histograms</li>
1300         </ul>
1301       </td>
1302     </tr>
1303     <tr>
1304       <td><div align="center">
1305           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1306         </div></td>
1307       <td><em>Application</em>
1308         <ul>
1309           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1310             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1311           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1312             preferences</li>
1313           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1314             in Jalview alignment window</li>
1315           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1316             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1317           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1318             RNA and ambiguity codes</li>
1319
1320           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1321           <li>Support fetching and database reference look up
1322             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1323             refs')</li>
1324           <li>Jalview project improvements
1325             <ul>
1326               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1327                 flag for annotation</li>
1328               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1329                 alignment</li>
1330               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1331                 Jalview project</li>
1332
1333             </ul>
1334           </li>
1335           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1336           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1337             running</li>
1338           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1339           <li>visual indication that web service results are still
1340             being retrieved from server</li>
1341           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1342             starts up for first time</li>
1343           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1344             services</li>
1345           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1346             client library</li>
1347           <li>Examples directory and Groovy library included in
1348             InstallAnywhere distribution</li>
1349         </ul> <em>Applet</em>
1350         <ul>
1351           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1352             visualization applet example</li>
1353         </ul> <em>General</em>
1354         <ul>
1355           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1356           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1357             defaults</li>
1358           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1359             calculation</li>
1360           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1361             matrices
1362           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1363             in HTML</li>
1364           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1365             structure contacts</li>
1366           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1367           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1368           <li>Parse sequence associated secondary structure
1369             information in Stockholm files</li>
1370           <li>HTML Export database accessions and annotation
1371             information presented in tooltip for sequences</li>
1372           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1373             style RNA alignment files</li>
1374           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1375             alignment</li>
1376           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1377             shade each sequence according to its associated alignment
1378             annotation</li>
1379           <li>New Jalview Logo</li>
1380         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1381         <ul>
1382           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1383           <li>New Website!</li>
1384         </ul></td>
1385       <td><em>Application</em>
1386         <ul>
1387           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1388             wsdbfetch REST service</li>
1389           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1390           <li>Filetype associations not installed for webstart
1391             launch</li>
1392           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1393             job execution in full once it is complete</li>
1394           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1395             uploaded via ali_file parameter</li>
1396           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1397           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1398           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1399             submitted for prediction</li>
1400           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1401             desktop window</li>
1402           <li>Putting fractional value into integer text box in
1403             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1404           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1405             windows 7</li>
1406           <li>View all structures fails with exception shown in
1407             structure view</li>
1408           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1409             escaped in a platform independent way</li>
1410           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1411             using proxy</li>
1412           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1413             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1414           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1415             failure when java web start temporary file caching is
1416             disabled</li>
1417           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1418             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1419           <li>Errors during processing of command line arguments
1420             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1421           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1422             DAS sources in sequence fetcher</li>
1423           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1424             dialog is shown</li>
1425           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1426           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1427           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1428           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1429             on OSX Mountain Lion</li>
1430           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1431             sequences with alignment annotation are pasted into the
1432             alignment</li>
1433           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1434             when loaded from Jalview project</li>
1435           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1436           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1437             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1438           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1439             associated with all views</li>
1440           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1441             annotation rows to new window</li>
1442         </ul> <em>Applet</em>
1443         <ul>
1444           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1445             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1446           <li>loading features via javascript API automatically
1447             enables feature display</li>
1448           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1449             work</li>
1450         </ul> <em>General</em>
1451         <ul>
1452           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1453           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1454             and then deselected</li>
1455           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1456           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1457             coloured with clustalx</li>
1458           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1459             exceptions and redraw errors</li>
1460           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1461             reconfigured view</li>
1462           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1463             colour</li>
1464           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1465             for lots of labels</li>
1466         </ul>
1467     </tr>
1468     <tr>
1469       <td>
1470         <div align="center">
1471           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1472         </div>
1473       </td>
1474       <td><em>Application</em>
1475         <ul>
1476           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1477           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1478           <li>View/alignment association menu to enable user to
1479             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1480             its colours/correspondences from</li>
1481           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1482           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1483             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1484           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1485           <li>Annotation row column label formatting attributes
1486             stored in project file</li>
1487           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1488             rows preserved in Jalview project file</li>
1489           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1490             saved using Desktop window menu</li>
1491           <li>Visual indication that command line arguments are
1492             still being processed</li>
1493           <li>Groovy script execution from URL</li>
1494           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1495             preferences</li>
1496           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1497             alignment with sequences that have high similarity and
1498             matching IDs</li>
1499           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1500           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1501             structures in same window</li>
1502           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1503           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1504             analysis function in its own submenu</li>
1505         </ul> <em>Applet</em>
1506         <ul>
1507           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1508             groups</li>
1509           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1510           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1511           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1512           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1513           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1514             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1515           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1516           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1517             parameters are treated as such</li>
1518           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1519             <ul>
1520               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1521               <li>Javascript callbacks for
1522                 <ul>
1523                   <li>Applet initialisation</li>
1524                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1525                 </ul>
1526               </li>
1527               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1528                 functions</li>
1529               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1530               <li>javascript structure viewer harness to pass
1531                 messages between Jmol and Jalview when running as
1532                 distinct applets</li>
1533               <li>sortBy method</li>
1534               <li>Set of applet and application examples shipped
1535                 with documentation</li>
1536               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1537                 javascript message exchange</li>
1538             </ul>
1539         </ul> <em>General</em>
1540         <ul>
1541           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1542             multiple alignments</li>
1543           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1544           <li>User configurable link to enable redirects to a
1545             www.Jalview.org mirror</li>
1546           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1547           <li>Configurable newline string when writing alignment
1548             and other flat files</li>
1549           <li>Allow alignment annotation description lines to
1550             contain html tags</li>
1551         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1552         <ul>
1553           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1554             examples</li>
1555           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1556             using a web service before displaying the result in the
1557             Jalview desktop</li>
1558           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1559           <li>Ant target to publish example html files with applet
1560             archive</li>
1561           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1562           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1563         </ul></td>
1564       <td><em>Application</em>
1565         <ul>
1566           <li>User defined colourscheme throws exception when
1567             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1568           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1569             dialog for valid filename/format</li>
1570           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1571           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1572             P37173</li>
1573           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1574             which sequence is to be associated with the file</li>
1575           <li>Find All raises null pointer exception when query
1576             only matches sequence IDs</li>
1577           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1578           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1579             2.4 cannot be loaded</li>
1580           <li>Filetype associations not installed for webstart
1581             launch</li>
1582           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1583             with sequences in different alignments do not get coloured
1584             by their associated sequence</li>
1585           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1586             not preserved when project is loaded</li>
1587           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1588             stored in Jalview project</li>
1589           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1590             Jalview project</li>
1591           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1592           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1593             by conservation</li>
1594           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1595             created on new view</li>
1596           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1597             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1598           <li>Alignment quality not updated after alignment
1599             annotation row is hidden then shown</li>
1600           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1601             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1602           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1603             properly</li>
1604           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1605             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1606           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1607           <li>Structures imported from file and saved in project
1608             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1609           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1610             job execution in full once it is complete</li>
1611         </ul> <em>Applet</em>
1612         <ul>
1613           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1614             annotation rows are displayed</li>
1615           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1616             codebase</li>
1617           <li>View follows highlighting does not work for positions
1618             in sequences</li>
1619           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1620           <li>Export features raises exception when no features
1621             exist</li>
1622           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1623             for javascript api is modified when separator string
1624             provided as parameter</li>
1625           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1626             alignment with no existing selection</li>
1627           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1628             to applet&#39;s codebase</li>
1629           <li>Status bar not updated after finished searching and
1630             search wraps around to first result</li>
1631           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1632             several Jalview applets causes race conditions and memory
1633             leaks</li>
1634           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1635             not sent from Jmol in applet</li>
1636           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1637             applet API fatally hang browser</li>
1638         </ul> <em>General</em>
1639         <ul>
1640           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1641             position with wrapped view and hidden regions</li>
1642           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1643             with/without hidden columns</li>
1644           <li>Sequence length given in alignment properties window
1645             is off by 1</li>
1646           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1647             import PDB like structure files</li>
1648           <li>Positional search results are only highlighted
1649             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1650           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1651           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1652             given sequence position</li>
1653           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1654             output</li>
1655           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1656             from nucleotide chains correctly</li>
1657           <li>Structure colours not updated when tree partition
1658             changed in alignment</li>
1659           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1660             parsed in interleaved stockholm</li>
1661           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1662             state</li>
1663           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1664             properly</li>
1665           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1666             properly associated with their pdb files</li>
1667         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1668         <ul>
1669           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1670             ApplyCopyright tool</li>
1671         </ul></td>
1672     </tr>
1673     <tr>
1674       <td>
1675         <div align="center">
1676           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1677         </div>
1678       </td>
1679       <td><em>Application</em>
1680         <ul>
1681           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1682             contact web services</li>
1683           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1684             service job window</li>
1685           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1686         </ul></td>
1687       <td>
1688         <ul>
1689           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1690             pir file emitted by Jalview</li>
1691           <li>Existing feature settings transferred to new
1692             alignment view created from cut'n'paste</li>
1693           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1694             parsing PDB files</li>
1695           <li>Consensus and conservation annotation rows
1696             occasionally become blank for all new windows</li>
1697           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1698             in wrapped view mode</li>
1699         </ul> <em>Application</em>
1700         <ul>
1701           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1702             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1703           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1704             parameter names</li>
1705           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1706             is down</li>
1707         </ul>
1708       </td>
1709     </tr>
1710     <tr>
1711       <td>
1712         <div align="center">
1713           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1714         </div>
1715       </td>
1716       <td><em>Application</em>
1717         <ul>
1718           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1719             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1720             (JABAWS)
1721           </li>
1722           <li>Web Services preference tab</li>
1723           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1724             preferences</li>
1725           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1726           <li>Superpose structures using associated sequence
1727             alignment</li>
1728           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1729             viewer</li>
1730         </ul> <em>Applet</em>
1731         <ul>
1732           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1733             link out mechanism</li>
1734         </ul> <em>Other</em>
1735         <ul>
1736           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1737             series 12</li>
1738           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1739             require Java 1.5</li>
1740           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1741             sequence annotation files</li>
1742           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1743             type colour specification</li>
1744           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1745             script to check if it being run in an interactive session or
1746             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1747         </ul></td>
1748       <td>
1749         <ul>
1750           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1751             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1752         </ul> <em>Application</em>
1753         <ul>
1754           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1755             selected Regions menu item</li>
1756           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1757             part of a valid accession ID</li>
1758           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1759             runs out of memory</li>
1760           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1761             analysis results</li>
1762           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1763             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1764           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1765         </ul> <em>Applet</em>
1766         <ul>
1767           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1768             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1769             defined.</li>
1770         </ul>
1771       </td>
1772     </tr>
1773     <tr>
1774       <td>
1775         <div align="center">
1776           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1777         </div>
1778       </td>
1779       <td></td>
1780       <td>
1781         <ul>
1782           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1783             sequence IDs</li>
1784           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1785             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1786           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1787             import correctly</li>
1788           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1789             number of columns are hidden</li>
1790           <li>annotation label popup menu not providing correct
1791             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1792             present</li>
1793           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1794             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1795           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1796             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1797
1798         </ul> <em>Applet</em>
1799         <ul>
1800           <li>annotation panel disappears when annotation is
1801             hidden/removed</li>
1802         </ul> <em>Application</em>
1803         <ul>
1804           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1805             alignment opened where annotation panel is visible but no
1806             annotations are present on alignment</li>
1807           <li>pasted region containing hidden columns is
1808             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1809           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1810             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1811           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1812             selected Rregions menu item.</li>
1813           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1814             'Un' or 'Non'conserved</li>
1815           <li>Sequence feature settings are being shared by
1816             multiple distinct alignments</li>
1817           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1818             changed</li>
1819           <li>double click on group annotation to select sequences
1820             does not propagate to associated trees</li>
1821           <li>Mac OSX specific issues:
1822             <ul>
1823               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1824                 window background</li>
1825               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1826                 name set correctly</li>
1827               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1828                 save feature colourscheme button</li>
1829             </ul>
1830           </li>
1831         </ul>
1832       </td>
1833     </tr>
1834     <tr>
1835
1836       <td>
1837         <div align="center">
1838           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1839         </div>
1840       </td>
1841       <td><em>New Capabilities</em>
1842         <ul>
1843           <li>URL links generated from description line for
1844             regular-expression based URL links (applet and application)
1845
1846
1847
1848
1849
1850
1851           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1852             menu</li>
1853           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1854             structures</li>
1855           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1856             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1857           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1858             average score or total feature count for each sequence.</li>
1859           <li>Shading features by score or associated description</li>
1860           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1861             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1862           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1863             hide everything but the currently selected region.</li>
1864           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1865         </ul> <em>Application</em>
1866         <ul>
1867           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1868             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1869           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1870             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1871           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1872             database references and protein_name is parsed as
1873             description line (BioSapiens terms).</li>
1874           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1875             references in sequence ID tooltip from View menu in
1876             application.</li>
1877           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1878                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1879           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1880             conservation plots</li>
1881           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1882             and visualized as sequence logos</li>
1883           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1884             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1885           </li>
1886           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1887             when a new tree is opened.</li>
1888           <li>Jalview Java Console</li>
1889           <li>Better placement of desktop window when moving
1890             between different screens.</li>
1891           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1892             consensus annotation</li>
1893           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1894             Workflows</li>
1895           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1896             <ul>
1897               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1898                 used to preserve views, structures, and tree display
1899                 settings)</li>
1900               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1901                 command line</li>
1902               <li>Sharing of selected regions between views and
1903                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1904               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1905             </ul></li>
1906         </ul> <em>Applet</em>
1907         <ul>
1908           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1909           <li>New Parameters
1910             <ul>
1911               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1912                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1913                 opened.</li>
1914               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1915                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1916               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1917                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1918               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1919                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1920                 view</li>
1921               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1922                 increase the height or width of a cell in the alignment
1923                 grid relative to the current font size.</li>
1924             </ul>
1925           </li>
1926           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1927             tooltip</li>
1928         </ul> <em>Other</em>
1929         <ul>
1930           <li>Features format: graduated colour definitions and
1931             specification of feature scores</li>
1932           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1933             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1934             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1935           <li>XML formats extended to support graduated feature
1936             colourschemes, group associated annotation, and profile
1937             visualization settings.</li></td>
1938       <td>
1939         <ul>
1940           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1941             rather than description</li>
1942           <li>Non-positional features are now included in sequence
1943             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1944             visibility in tooltip).</li>
1945           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1946           <li>Added URL embedding instructions to features file
1947             documentation.</li>
1948           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1949             'X' in peptide product</li>
1950           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1951             sequence ID and sequence string and query strings do not
1952             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1953           <li>AMSA files only contain first column of
1954             multi-character column annotation labels</li>
1955           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1956             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1957             exported and re-imported)</li>
1958           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1959             name</li>
1960           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1961             as subsequence matches, and correctly reports total number
1962             of both.</li>
1963           <li>Application:
1964             <ul>
1965               <li>Better handling of exceptions during sequence
1966                 retrieval</li>
1967               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1968                 link text excludes the start_end suffix</li>
1969               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1970                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1971               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1972               <li>Sequence description lines properly shared via
1973                 VAMSAS</li>
1974               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1975                 data sources</li>
1976               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1977                 completes before alignment figures are generated.</li>
1978               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1979                 first time.</li>
1980               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1981                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1982               <li>User defined group colours properly recovered
1983                 from Jalview projects.</li>
1984             </ul>
1985           </li>
1986         </ul>
1987       </td>
1988
1989     </tr>
1990     <tr>
1991       <td>
1992         <div align="center">
1993           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1994         </div>
1995       </td>
1996       <td>
1997         <ul>
1998           <li>Experimental support for google analytics usage
1999             tracking.</li>
2000           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2001         </ul>
2002       </td>
2003       <td>
2004         <ul>
2005           <li>Race condition in applet preventing startup in
2006             jre1.6.0u12+.</li>
2007           <li>Exception when feature created from selection beyond
2008             length of sequence.</li>
2009           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2010           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2011             all sequences with a given id</li>
2012           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2013             ID string searches</li>
2014           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2015             alignment to fail with exception</li>
2016         </ul> <em>Application Issues</em>
2017         <ul>
2018           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2019           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2020             data sources</li>
2021         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2022         <ul>
2023           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2024             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2025           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2026             version (java class versioning error fixed)</li>
2027         </ul>
2028       </td>
2029     </tr>
2030     <tr>
2031       <td>
2032
2033         <div align="center">
2034           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2035         </div>
2036       </td>
2037       <td><em>User Interface</em>
2038         <ul>
2039           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2040             translation and protein products</li>
2041           <li>Linked highlighting of structure associated with
2042             residue mapping to codon position</li>
2043           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2044             and 'clear' button</li>
2045           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2046             Tools menu</li>
2047           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2048             numeric data in description line</li>
2049           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2050           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2051             of sequence</li>
2052         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2053         <ul>
2054           <li>JPred3 web service</li>
2055           <li>Prototype sequence search client (no public services
2056             available yet)</li>
2057           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2058             PFAM</li>
2059           <li>URL Links created for matching database cross
2060             references as well as sequence ID</li>
2061           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2062         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2063         <ul>
2064           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2065             databases</li>
2066           <li>Generalised database reference retrieval and
2067             validation to all fetchable databases</li>
2068           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2069             sequence command</li>
2070         </ul> <em>Import and Export</em>
2071         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2072         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2073           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2074         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2075           File</li>
2076         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2077           triplet as name of colourscheme</li>
2078         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2079         <ul>
2080           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2081           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2082             alignments (experimental)</li>
2083           <li>Create new or select existing session to join</li>
2084           <li>load and save of vamsas documents</li>
2085         </ul> <em>Application command line</em>
2086         <ul>
2087           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2088             from applet)</li>
2089           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2090             of DAS servers to query for alignment features</li>
2091           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2092             that are also automatically queried for features</li>
2093           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2094             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2095         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2096         <ul>
2097           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2098             application (when using &quot;View in full
2099             application&quot;)</li>
2100         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2101         <ul>
2102           <li>feature group display control parameter</li>
2103           <li>debug parameter</li>
2104           <li>showbutton parameter</li>
2105         </ul> <em>Applet API methods</em>
2106         <ul>
2107           <li>newView public method</li>
2108           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2109           <li>Feature display control methods</li>
2110           <li>get list of currently selected sequences</li>
2111         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2112         <ul>
2113           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2114           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2115             Jalview release.</li>
2116           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2117             property controls execution of obfuscator</li>
2118           <li>Build target for generating source distribution</li>
2119           <li>Debug flag for javacc</li>
2120           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2121             jalview.bin.Cache</li>
2122           <li>Continuous Build Integration for stable and
2123             development version of Application, Applet and source
2124             distribution</li>
2125         </ul></td>
2126       <td>
2127         <ul>
2128           <li>selected region output includes visible annotations
2129             (for certain formats)</li>
2130           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2131             for editing</li>
2132           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2133           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2134           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2135           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2136             comments</li>
2137           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2138             filenames containing a ':'</li>
2139           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2140             global sequence features</li>
2141           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2142             references from alignment sequences goes to zero</li>
2143           <li>Close of tree branch colour box without colour
2144             selection causes cascading exceptions</li>
2145           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2146           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2147             file parsing fails.</li>
2148           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2149           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2150             not a valid output format</li>
2151           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2152             vamsas</li>
2153           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2154           <li>error messages passed up and output when data read
2155             fails</li>
2156           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2157             sequence is edited</li>
2158           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2159             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2160           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2161             filetype</li>
2162           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2163             import fixed for PFAM records</li>
2164           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2165             window list</li>
2166           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2167             can be read and written correctly to annotation file</li>
2168           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2169             correctly</li>
2170           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2171             non-italic font for representatives in Applet</li>
2172           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2173             Macs.</li>
2174           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2175             Applet)</li>
2176           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2177             due to null pointer exceptions</li>
2178           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2179             first column of alignment</li>
2180           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2181             July 2008</li>
2182           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2183             file is case-insensitive</li>
2184           <li>Sequence features read from Features file appended to
2185             all sequences with matching IDs</li>
2186           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2187             containing a sub-sequence</li>
2188           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2189           <li>feature and annotation file applet parameters
2190             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2191           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2192           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2193             splash-screen version check to complete</li>
2194           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2195             when passing them to the launchApp service</li>
2196           <li>display name and local features preserved in results
2197             retrieved from web service</li>
2198           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2199             sequence fetcher initialisation</li>
2200           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2201             dasobert DAS client</li>
2202           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2203             association</li>
2204           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2205             sequences
2206           </li>
2207         </ul>
2208       </td>
2209     </tr>
2210     <tr>
2211       <td>
2212         <div align="center">
2213           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2214         </div>
2215       </td>
2216       <td>
2217         <ul>
2218           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2219           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2220           <li>Slide sequences</li>
2221           <li>Edit sequence in place</li>
2222           <li>EMBL CDS features</li>
2223           <li>DAS Feature mapping</li>
2224           <li>Feature ordering</li>
2225           <li>Alignment Properties</li>
2226           <li>Annotation Scores</li>
2227           <li>Sort by scores</li>
2228           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2229         </ul>
2230       </td>
2231       <td>
2232         <ul>
2233           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2234           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2235           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2236           <li>Feature group display state in XML</li>
2237           <li>Feature ordering in XML</li>
2238           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2239           <li>Stockholm alignment properties</li>
2240           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2241           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2242           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2243           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2244         </ul>
2245       </td>
2246
2247     </tr>
2248     <tr>
2249       <td>
2250         <div align="center">
2251           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2252         </div>
2253       </td>
2254       <td>
2255         <ul>
2256           <li>Non standard characters can be read and displayed
2257           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2258             applet via textbox
2259           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2260             name &amp; description
2261           <li>Preference setting to display sequence name in
2262             italics
2263           <li>Annotation file format extended to allow
2264             Sequence_groups to be defined
2265           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2266             specified in preferences
2267           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2268             sequences
2269         </ul>
2270       </td>
2271       <td>
2272         <ul>
2273           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2274             installed
2275           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2276           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2277         </ul>
2278       </td>
2279     </tr>
2280     <tr>
2281       <td>
2282         <div align="center">
2283           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2284         </div>
2285       </td>
2286       <td>
2287         <ul>
2288           <li>Multiple views on alignment
2289           <li>Sequence feature editing
2290           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2291           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2292           <li>Background dependent text colour
2293           <li>Right align sequence ids
2294           <li>User-defined lower case residue colours
2295           <li>Format Menu
2296           <li>Select Menu
2297           <li>Menu item accelerator keys
2298           <li>Control-V pastes to current alignment
2299           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2300           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2301           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2302
2303
2304
2305
2306
2307
2308           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2309         </ul>
2310       </td>
2311       <td>
2312         <ul>
2313           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2314           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2315             calculations
2316           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2317             edits
2318           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2319             of alignment)
2320           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2321
2322
2323
2324
2325
2326
2327           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2328             display correctly
2329           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2330           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2331             analysis results
2332           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2333             &#8739;
2334           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2335           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2336           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2337
2338
2339
2340
2341
2342
2343         </ul>
2344       </td>
2345     </tr>
2346     <tr>
2347       <td>
2348         <div align="center">
2349           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2350         </div>
2351       </td>
2352       <td>
2353         <ul>
2354           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2355         </ul>
2356       </td>
2357       <td>
2358         <ul>
2359           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2360             sequence id panel has been resized</li>
2361           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2362             rendered</li>
2363           <li>Annotation files with sequence references - all
2364             elements in file are relative to sequence position</li>
2365           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2366         </ul>
2367       </td>
2368     </tr>
2369     <tr>
2370       <td>
2371         <div align="center">
2372           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2373         </div>
2374       </td>
2375       <td>
2376         <ul>
2377           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2378           <li>DAS Feature fetching</li>
2379           <li>Hide sequences and columns</li>
2380           <li>Export Annotations and Features</li>
2381           <li>GFF file reading / writing</li>
2382           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2383             files</li>
2384           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2385           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2386           <li>Applet can launch the full application</li>
2387           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2388             required)</li>
2389           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2390           <li>Applet can load sequences from parameter
2391             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2392           </li>
2393         </ul>
2394       </td>
2395       <td>
2396         <ul>
2397           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2398           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2399           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2400         </ul>
2401       </td>
2402     </tr>
2403     <tr>
2404       <td>
2405         <div align="center">
2406           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2407         </div>
2408       </td>
2409       <td>
2410         <ul>
2411           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2412           <li>Choose to match case when searching</li>
2413           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2414             expand the visible width and height of the alignment</li>
2415         </ul>
2416       </td>
2417       <td>
2418         <ul>
2419           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2420         </ul>
2421       </td>
2422     </tr>
2423     <tr>
2424       <td>
2425         <div align="center">
2426           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2427         </div>
2428       </td>
2429       <td>&nbsp;</td>
2430       <td>
2431         <ul>
2432           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2433           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2434             value</li>
2435         </ul>
2436       </td>
2437     </tr>
2438     <tr>
2439       <td>
2440         <div align="center">
2441           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2442         </div>
2443       </td>
2444       <td>
2445         <ul>
2446           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2447           <li>Keyboard editing</li>
2448           <li>Create sequence features from searches</li>
2449           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2450             alignments</li>
2451           <li>Features file allows grouping of features</li>
2452           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2453           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2454           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2455         </ul>
2456       </td>
2457       <td>
2458         <ul>
2459           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2460           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2461             descriptions saved.</li>
2462         </ul>
2463       </td>
2464     </tr>
2465     <tr>
2466       <td>
2467         <div align="center">
2468           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2469         </div>
2470       </td>
2471       <td>
2472         <ul>
2473           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2474           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2475           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2476             name for file output</li>
2477           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2478           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2479             used for HTML form input</li>
2480         </ul>
2481       </td>
2482       <td>
2483         <ul>
2484           <li>HTML output writes groups and features</li>
2485           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2486           <li>File IO bugs</li>
2487         </ul>
2488       </td>
2489     </tr>
2490     <tr>
2491       <td>
2492         <div align="center">
2493           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2494         </div>
2495       </td>
2496       <td>
2497         <ul>
2498           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2499           <li>More options for PCA viewer</li>
2500         </ul>
2501       </td>
2502       <td>
2503         <ul>
2504           <li>GUI bugs resolved</li>
2505           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2506         </ul>
2507       </td>
2508     </tr>
2509     <tr>
2510       <td height="63">
2511         <div align="center">
2512           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2513         </div>
2514       </td>
2515       <td>
2516         <ul>
2517           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2518           <li>Jar files are executable</li>
2519           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2520         </ul>
2521       </td>
2522       <td>
2523         <ul>
2524           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2525           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2526           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2527         </ul>
2528       </td>
2529     </tr>
2530     <tr>
2531       <td>
2532         <div align="center">
2533           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2534         </div>
2535       </td>
2536       <td>
2537         <ul>
2538           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2539         </ul>
2540       </td>
2541       <td>
2542         <ul>
2543           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2544         </ul>
2545       </td>
2546     </tr>
2547     <tr>
2548       <td>
2549         <div align="center">
2550           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2551         </div>
2552       </td>
2553       <td>
2554         <ul>
2555           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2556             size</li>
2557         </ul>
2558       </td>
2559       <td>
2560         <ul>
2561           <li>Improved JPred client reliability</li>
2562           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2563         </ul>
2564       </td>
2565     </tr>
2566     <tr>
2567       <td>
2568         <div align="center">
2569           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2570         </div>
2571       </td>
2572       <td>
2573         <ul>
2574           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2575           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2576           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2577             to Colour Menu</li>
2578           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2579           <li>Unix users can set default web browser</li>
2580           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2581           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2582         </ul>
2583       </td>
2584       <td>
2585         <ul>
2586           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2587         </ul>
2588       </td>
2589     </tr>
2590     <tr>
2591       <td>
2592         <div align="center">
2593           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2594         </div>
2595       </td>
2596       <td>&nbsp;</td>
2597       <td>
2598         <ul>
2599           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2600             alignment order.</li>
2601         </ul>
2602       </td>
2603     </tr>
2604     <tr>
2605       <td>
2606         <div align="center">
2607           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2608         </div>
2609       </td>
2610       <td>
2611         <ul>
2612           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2613           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2614           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2615             annotations.</li>
2616           <li>Version and build date written to build properties
2617             file.</li>
2618           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2619             at launch of Jalview.</li>
2620         </ul>
2621       </td>
2622       <td>
2623         <ul>
2624           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2625           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2626           <li>Can remove groups one by one.</li>
2627           <li>Filechooser icons installed.</li>
2628           <li>Finder ignores return character when searching.
2629             Return key will initiate a search.<br>
2630           </li>
2631         </ul>
2632       </td>
2633     </tr>
2634     <tr>
2635       <td>
2636         <div align="center">
2637           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2638         </div>
2639       </td>
2640       <td>
2641         <ul>
2642           <li>New codebase</li>
2643         </ul>
2644       </td>
2645       <td>&nbsp;</td>
2646     </tr>
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