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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
  51             <em>25/10/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><em>Application</em>
  55         <ul>
  56           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures' view if structures already loaded</li>
  57           <li>Progress bar reports models as they are loaded to structure views</li>
  58         </ul></td>
  59       <td>
  60         <div align="left">
  61           <em>General</em>
  62           <ul>
  63             <li>Colour by conservation always enabled and no tick shown in menu when PID shading applied</li>
  64           </ul>
  65           <em>Application</em>
  66           <ul>
  67             <li>Multiple structure views can be opened and superposed without timeout for structures with multiple models or multiple sequences in alignment</li>
  68             <li>Cannot import or associated local PDB files without a PDB ID HEADER line</li>
  69             <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition is performed</li>
  70             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and OSX versions earlier than El Capitan</li>
  71             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
  72             <li>Exceptions are not raised in console when ENA client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI option</li>
  73             <li>Exceptions are not raised in console when a new view is created on the alignment</li>
  74           </ul>
  75           <em>New Known Issues</em>
  76           <ul><li>Drag and drop from URL links in browsers do not work on Windows</li></ul>
  77           <em>Build and deployment</em>
  78           <ul><li>URL link checker now copes with multi-line anchor tags</li></ul>
  79         </div>
  80       </td>
  81     </tr>
  82     <tr>
  83       <td width="60" nowrap>
  84         <div align="center">
  85           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
  86         </div>
  87       </td>
  88       <td><em>General</em>
  89         <ul>
  90           <li>
  91           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
  95             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
  96             better PDB parsing.
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 100             reference sequence
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 104             mousing over sequence associated annotation
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 108             for manual entry
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 112             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 113             for each column
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 117             showing or hiding columns containing a feature
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 121             group and sequence associated annotation labels
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 125             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 126             dialogs
 127           </li>
 128
 129         </ul> <em>Application</em>
 130         <ul>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 133             gene/transcript view
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 137             dialog
 138           </li>
 139           <li>
 140             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 141             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 145             Pfam sources to xfam.org
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 152             over sequences in Jalview
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 156             regions in ENA and EMBL
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 160             for record retrieval via ENA rest API
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 164             complement operator
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 168             groovy script execution
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 172             alignment window's Calculate menu
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 176             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 180             calculation workers from groovy scripts
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 184             Jalview projects
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 188             associations are now saved/restored from project
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 192             before sequence fetcher is opened
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 196             database chooser opens a sequence fetcher
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 200             the UniProt REST API
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 204             the news reader opening
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 208             querying stored in preferences
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 212             search results
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 216           </li>
 217           <li>
 218             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 219             menu for nucleotide sequences
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 223             and feature counts preserves alignment ordering (and
 224             debugged for complex feature sets).
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 228             viewing structures with Jalview 2.10
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 232             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 233             Ensembl Genomes REST API
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 237             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 238             (Ensembl)
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 242             sequences
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 246             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 247             data from external database records.
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 251             efficient recovery of sequence coding and alignment
 252             annotation relationships.
 253           </li>
 254         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 255         <ul>
 256           <li>
 257             -- JAL---
 258           </li>
 259         </ul> --></td>
 260       <td>
 261         <div align="left">
 262           <em>General</em>
 263           <ul>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 266               menu on OSX
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 270               includes graduated colourschemes
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 274               working with big alignments and lots of hidden columns
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 278               at right of alignment window
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 282               contents
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 286               for DNA alignments
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 290               based tree calculation
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 294               unconserved enabled for group on alignment
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 298               set as reference
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 302               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 303               annotation
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 307               hidden columns present
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 311               user created annotation added to alignment
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 315               '()' base pair annotation
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 319               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 320               Consensus
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 324               feature not working
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 328               beginning of sequence
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 332               entry 3a6s
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 336               from a tree when t-coffee scores are shown
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 340               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 344               some structures
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 348               to Clustal, PIR and PileUp output
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 352               not visible causes alignment window to repaint
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 356               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 357               scores associated with features and annotation rows
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 361               calculation should be case independent
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 365               columns
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 369               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 370               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 374               problems when reference sequence defined and 'show
 375               non-conserved' enabled
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 379               load even when Consensus calculation is disabled
 380             </li>
 381           </ul>
 382           <em>Application</em>
 383           <ul>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 386               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 387               yet fixed for El Capitan)
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 391               output when running on non-gb/us i18n platforms
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 395               hidden sequences as flat-file alignment
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 399               launching Chimera
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 403               (also hotfix for 2.9.0b2)
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 407               reference sequence defined
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 411               alignments and views when revealing hidden columns
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 415               view in a cDNA/Protein splitframe
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 419               sequence from project when only one sequence is
 420               represented
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 424               in Structure Chooser
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 428               structure consensus didn't refresh annotation panel
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 432               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 436               dialogs format columns correctly, don't display array
 437               data, sort columns according to type
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 441               file chooser is cancelled during an image export
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 445               sequence name containing special characters
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 449               case insensitive
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 453               formatting don't wrap
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 457               truncated so L looks like I in consensus annotation
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 461               currently displayed features for the current selection or
 462               view
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 466               after fetching cross-references, and restoring from project
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 470               followed in the structure viewer
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 474               splitframe not restored from project
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 478               trailing end of protein alignment in transcript/product
 479               splitview when pad-gaps not enabled by default
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 483               is case dependent
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 487               article has been read (reopened issue due to
 488               internationalisation problems)
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 492               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 493               cross-references
 494             </li>
 495
 496             <li>
 497               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 498               alignment as HTML
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 502               multiple structures are shown for one or more sequences.
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 506               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 507               is enabled.
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 511               specific PDB id for sequence
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 515               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 516               columns' is disabled.
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 520               selects lowest rather than highest resolution structures
 521               for each sequence
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 525               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 526             </li>
 527             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 528             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 529           </ul>
 530           <em>Applet</em>
 531           <ul>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 534               hidden columns present before start of sequence
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 538               (JSON jars)
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 542               sequences are hidden in applet
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 546               deployment on examples pages.
 547             </li>
 548           </ul>
 549         </div>
 550       </td>
 551     </tr>
 552     <tr>
 553       <td width="60" nowrap>
 554         <div align="center">
 555           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 556             <em>16/10/2015</em></strong>
 557         </div>
 558       </td>
 559       <td><em>General</em>
 560         <ul>
 561           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 562             jars</li>
 563         </ul></td>
 564       <td>
 565         <div align="left">
 566           <em>Application</em>
 567           <ul>
 568             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 569               shown when tree is partitioned</li>
 570             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 571               multiple cDNA/Protein split views</li>
 572           </ul>
 573         </div>
 574       </td>
 575     </tr>
 576     <tr>
 577       <td width="60" nowrap>
 578         <div align="center">
 579           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 580             <em>8/10/2015</em></strong>
 581         </div>
 582       </td>
 583       <td><em>General</em>
 584         <ul>
 585           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 586             2.9</li>
 587         </ul> <em>Application</em>
 588         <ul>
 589           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 590           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 591           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 592         </ul> <em>Applet</em>
 593         <ul>
 594           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 595         </ul></td>
 596       <td>
 597         <div align="left">
 598           <em>General</em>
 599           <ul>
 600             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 601               incorrect when sequence start > 1</li>
 602             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 603               documentation</li>
 604             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 605             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 606               loading a features file containing HTML tags in feature
 607               description</li>
 608
 609           </ul>
 610           <em>Application</em>
 611           <ul>
 612             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 613               reimport</li>
 614             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 615               with 'trim retrieved sequences'</li>
 616             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 617               deleting selected columns</li>
 618             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 619               JNLP templates for webstart launch</li>
 620             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 621               unreleased structures for download or viewing</li>
 622             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 623               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 624             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 625               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 626             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 627               recovered from jalview project</li>
 628             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 629               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 630               alignment view</li>
 631             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 632               color schemes from BioJSON</li>
 633           </ul>
 634           <em>Applet</em>
 635           <ul>
 636             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 637               frame</li>
 638             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 639           </ul>
 640         </div>
 641       </td>
 642     </tr>
 643     <tr>
 644       <td><div align="center">
 645           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 646         </div></td>
 647       <td><em>General</em>
 648         <ul>
 649           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 650             alignments:
 651             <ul>
 652               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 653                 and DNA alignment views</li>
 654               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 655                 cDNA alignment views</li>
 656               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 657                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 658               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 659                 protein sequences</li>
 660             </ul>
 661           </li>
 662           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 663           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 664             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 665           <li>New alignment annotation file statements for
 666             reference sequences and marking hidden columns</li>
 667           <li>Reference sequence based alignment shading to
 668             highlight variation</li>
 669           <li>Select or hide columns according to alignment
 670             annotation</li>
 671           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 672           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 673             acid conservation row</li>
 674           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 675         </ul> <em>Application</em>
 676         <ul>
 677           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 678             <ul>
 679               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 680                 view with cDNA/Protein</li>
 681               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 682                 sequences are placed in the same alignment</li>
 683               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 684                 projects</li>
 685             </ul>
 686           </li>
 687
 688           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 689           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 690             Jalview windows</li>
 691
 692           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 693           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 694           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 695             be shown in VARNA</li>
 696
 697           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 698             as the active selected region</li>
 699
 700           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 701             similarity</li>
 702           <li>New Export options
 703             <ul>
 704               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 705                 region export in flat file generation</li>
 706
 707               <li>Export alignment views for display with the <a
 708                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 709
 710               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 711               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 712                 alignment figures to HTML</li>
 713           </li>
 714           <li>3D structure retrieval and display
 715             <ul>
 716               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 717                 Search API</li>
 718               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 719                 PDB structures for a sequence set</li>
 720             </ul>
 721           </li>
 722
 723           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 724             predictions</li>
 725           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 726             for one or a group of sequences</li>
 727           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 728             from the JPred4 web server</li>
 729           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 730             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 731             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 732           </li>
 733           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 734             VARNA 2D Structure'</li>
 735           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 736             Structure ..."</li>
 737
 738         </ul> <em>Applet</em>
 739         <ul>
 740           <li>New layout for applet example pages</li>
 741           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 742             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 743           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 744             Protein alignments</li>
 745         </ul> <em>Development and deployment</em>
 746         <ul>
 747           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 748           <li>Include installation type and git revision in build
 749             properties and console log output</li>
 750           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 751             storing BioJsMSA Templates</li>
 752           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 753         </ul></td>
 754       <td>
 755         <!-- <em>General</em>
 756         <ul>
 757         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 758         <ul>
 759           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 760           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 761           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 762             predictions are not highlighted in amber</li>
 763           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 764             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 765           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 766             associated structure views</li>
 767           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 768             width checkbox not enabled</li>
 769           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 770             creating user defined colours</li>
 771           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 772             mappings for just that viewer's sequences</li>
 773           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 774             multiple models in Chimera</li>
 775           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 776             over Jmol structure</li>
 777           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 778             output to text box</li>
 779           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 780             have incorrect sequence start/end</li>
 781           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 782             Jalview fails</li>
 783           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 784             work for nucleotide</li>
 785           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 786             to a grey/invisible alignment window</li>
 787           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 788             imports to different position</li>
 789           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 790             on some platforms</li>
 791           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 792             populated</li>
 793           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 794             console if Chimera has been opened</li>
 795           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 796           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 797             retrieved</li>
 798           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 799           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 800             either sequence shows on first structure</li>
 801           <li>'Show annotations' options should not make
 802             non-positional annotations visible</li>
 803           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 804             in right place after 'view flanking regions'</li>
 805           <li>File Save As type unset when current file format is
 806             unknown</li>
 807           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 808             projects</li>
 809           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 810             responsive</li>
 811           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 812             several views on same alignment</li>
 813           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 814           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 815             spaces</li>
 816         </ul> <em>Applet</em>
 817         <ul>
 818           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 819           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 820             descriptions containing angle brackets</li>
 821         </ul> <em>General</em>
 822         <ul>
 823           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 824             via jalview annotation file</li>
 825           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 826             with RNA secondary structure</li>
 827           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 828             translation doesn't work.</li>
 829           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 830           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 831             positions</li>
 832           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 833             choosing 1pt font</li>
 834           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 835             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 836             'h'</li>
 837           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 838             new feature</li>
 839           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 840             order dependent</li>
 841           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 842             sequences</li>
 843           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 844         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 845         <ul>
 846           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 847             www.jalview.org</li>
 848         </ul> <em>Application Known issues</em>
 849         <ul>
 850           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 851           <li>Misleading message appears after trying to delete
 852             solid column.</li>
 853           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 854             version launches</li>
 855           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 856             fails with a sequence mismatch</li>
 857           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 858             scrolling alignment to right</li>
 859           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 860             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 861           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 862             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 863           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 864             ultra-high resolution</li>
 865           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 866             quality and conservation</li>
 867           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 868             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 869         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 870         <ul>
 871           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 872           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 873             window is being resized</li>
 874
 875         </ul>
 876       </td>
 877     </tr>
 878     <tr>
 879       <td><div align="center">
 880           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 881         </div></td>
 882       <td><em>General</em>
 883         <ul>
 884           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 885             Certum.PL.</li>
 886           <li>Features and annotation preserved when performing
 887             pairwise alignment</li>
 888           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 889             imported/exported/displayed</li>
 890           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 891             protein secondary structure</li>
 892           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 893               post-hoc with 2.9 release</em>)
 894           </li>
 895
 896         </ul> <em>Application</em>
 897         <ul>
 898           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 899             with 3D structures</li>
 900           <li>Support for parsing RNAML</li>
 901           <li>Annotations menu for layout
 902             <ul>
 903               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 904               <li>place sequence annotation above/below alignment
 905                 annotation</li>
 906             </ul>
 907           <li>Output in Stockholm format</li>
 908           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 909             translation</li>
 910           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 911           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 912             shared between alignments</li>
 913           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 914             Jalview</li>
 915           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 916             all or current selection</li>
 917           <li>disorder and secondary structure predictions
 918             available as dataset annotation</li>
 919           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 920
 921
 922           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 923             alignments from Rfam</li>
 924           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 925
 926           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 927             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 928           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 929           <li>include installation type in build properties and
 930             console log output</li>
 931           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 932             annotation</li>
 933         </ul></td>
 934       <td>
 935         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 936         <ul>
 937           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 938             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 939           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 940             alignment</li>
 941           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 942           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 943           <li>Double click on sequence associated annotation
 944             selects only first column</li>
 945           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 946             leaves shown in tree</li>
 947           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 948             properly</li>
 949           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 950           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 951             screen and buttons not visible</li>
 952           <li>author list isn't updated if already written to
 953             Jalview properties</li>
 954           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 955             from database</li>
 956           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 957           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 958             browser search window</li>
 959           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 960             in feature settings dialog</li>
 961           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 962             desktop</li>
 963           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 964             pass validation</li>
 965           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 966             fit on screen</li>
 967           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 968             tooltip</li>
 969           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 970             defined user preset</li>
 971           <li>MSA web services warns user if they were launched
 972             with invalid input</li>
 973           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 974             Java 8</li>
 975           <li>
 976             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 977             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 978             created
 979           </li>
 980
 981         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 982                                 <ul>
 983                                 </ul> <em>General</em>
 984                                 <ul>
 985                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 986         <ul>
 987           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 988             memory allocation</li>
 989           <li>launchApp service doesn't automatically open
 990             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 991           <li>
 992             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 993             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 994             1.7_055 is available
 995           </li>
 996         </ul> <em>Application Known issues</em>
 997         <ul>
 998           <li>
 999             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1000             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1001             alignment to right
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1005             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1006             with large number of ID
1007           </li>
1008           <li>
1009             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1010             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1011             start/end
1012           </li>
1013           <li>
1014             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1015             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1016             structure tracks are rearranged
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1020             invalid rna structure positional highlighting does not
1021             highlight position of invalid base pairs
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1025             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1026             project from alignment window file menu
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1030             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1031             structures
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1035             colour by RNA Helices not enabled when user created
1036             annotation added to alignment
1037           </li>
1038           <li>
1039             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1040             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1041           </li>
1042         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1043         <ul>
1044           <li>
1045             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1046             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1047           </li>
1048           <li>
1049             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1050             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1051           </li>
1052
1053           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1054             when selected</li>
1055         </ul>
1056       </td>
1057     </tr>
1058     <tr>
1059       <td><div align="center">
1060           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1061         </div></td>
1062       <td>
1063         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1064         <em>General</em>
1065         <ul>
1066           <li>Internationalisation of user interface (usually
1067             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1068           <li>Define/Undefine group on current selection with
1069             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1070           <li>Improved group creation/removal options in
1071             alignment/sequence Popup menu</li>
1072           <li>Sensible precision for symbol distribution
1073             percentages shown in logo tooltip.</li>
1074           <li>Annotation panel height set according to amount of
1075             annotation when alignment first opened</li>
1076         </ul> <em>Application</em>
1077         <ul>
1078           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1079             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1080           <li>Select columns containing particular features from
1081             Feature Settings dialog</li>
1082           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1083             sequences</li>
1084           <li>Update Jalview project format:
1085             <ul>
1086               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1087               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1088                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1089               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1090                 colouring</li>
1091             </ul>
1092           </li>
1093           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1094             (PAM250)</li>
1095           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1096             flanking regions for an alignment</li>
1097         </ul>
1098       </td>
1099       <td>
1100         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1101         <ul>
1102           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1103             running after job is cancelled</li>
1104           <li>cannot export features from alignments imported from
1105             Jalview/VAMSAS projects</li>
1106           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1107             float values</li>
1108           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1109             have 'display all symbols' flag set</li>
1110           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1111             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1112           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1113             Jalview</li>
1114           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1115             Lion/Webstart</li>
1116           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1117           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1118           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1119             alignment onto desktop</li>
1120           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1121             'extract scores' function</li>
1122           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1123             alignment window</li>
1124           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1125             performing IUPred disorder prediction</li>
1126           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1127             changing 'normalise logo' display setting</li>
1128           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1129             nothing matches query</li>
1130           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1131             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1132           </li>
1133           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1134             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1135           </li>
1136           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1137             Jalview's menu</li>
1138           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1139             'invalid literal/length code'</li>
1140           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1141             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1142           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1143             colourscheme</li>
1144
1145         </ul> <em>Applet</em>
1146         <ul>
1147           <li>Remove group option is shown even when selection is
1148             not a group</li>
1149           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1150             don't affect groups</li>
1151           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1152             colourscheme name</li>
1153           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1154             Annotation panel is not displayed</li>
1155           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1156             embedded windows</li>
1157         </ul> <em>Other</em>
1158         <ul>
1159           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1160             single sequence were not calculated</li>
1161           <li>annotation files that contain only groups imported as
1162             annotation and junk sequences</li>
1163           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1164             recognised as PFAM or BLC</li>
1165           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1166             doesn't affect background (2.8.0b1)
1167           <li></li>
1168           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1169           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1170             trailing gaps</li>
1171           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1172             registered correctly on import</li>
1173           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1174             certain alignments</li>
1175           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1176             existing annotation based 'use original colours'
1177             colourscheme loses original colours setting</li>
1178         </ul>
1179       </td>
1180     </tr>
1181     <tr>
1182       <td><div align="center">
1183           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1184             <em>30/1/2014</em></strong>
1185         </div></td>
1186       <td>
1187         <ul>
1188           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1189             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1190             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1191             open source project).
1192           </li>
1193           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1194           </li>
1195           <li>Output in Stockholm format</li>
1196           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1197           <li>Export/import group and sequence associated line
1198             graph thresholds</li>
1199           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1200             ambiguity codes</li>
1201           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1202             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1203             works</li>
1204           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1205         </ul> <em>Other improvements</em>
1206         <ul>
1207           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1208           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1209             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1210           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1211             files</li>
1212           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1213           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1214             link but no description</li>
1215           <li>Select primary source when selecting authority in
1216             database fetcher GUI</li>
1217           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1218             Jalview</li>
1219           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1220         </ul>
1221       </td>
1222       <td>
1223         <ul>
1224           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1225             displayed</li>
1226           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1227             secondary structure annotation line</li>
1228           <li>Sequence database accessions not imported when
1229             fetching alignments from Rfam</li>
1230           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1231             identical IDs</li>
1232           <li>View all structures does not always superpose
1233             structures</li>
1234           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1235             reflect user or preset settings</li>
1236           <li>Null pointer exceptions for some services without
1237             presets or adjustable parameters</li>
1238           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1239             discover PDB xRefs</li>
1240           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1241             features with DAS</li>
1242           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1243             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1244           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1245             residue follows a gap</li>
1246           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1247             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1248           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1249             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1250           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1251             annotation already exists on alignment</li>
1252           <li>oninit javascript function should be called after
1253             initialisation completes</li>
1254           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1255             alignment window display</li>
1256           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1257           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1258             to annotation file</li>
1259           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1260             groups created</li>
1261           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1262             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1263           <li>Pressing return several times causes Number Format
1264             exceptions in keyboard mode</li>
1265           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1266             correct partitions for input data</li>
1267           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1268           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1269           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1270           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1271             mode</li>
1272           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1273             changes one row&#39;s threshold</li>
1274           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1275             doesn&#39;t open</li>
1276           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1277             quality histograms</li>
1278         </ul>
1279       </td>
1280     </tr>
1281     <tr>
1282       <td><div align="center">
1283           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1284         </div></td>
1285       <td><em>Application</em>
1286         <ul>
1287           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1288             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1289           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1290             preferences</li>
1291           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1292             in Jalview alignment window</li>
1293           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1294             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1295           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1296             RNA and ambiguity codes</li>
1297
1298           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1299           <li>Support fetching and database reference look up
1300             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1301             refs')</li>
1302           <li>Jalview project improvements
1303             <ul>
1304               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1305                 flag for annotation</li>
1306               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1307                 alignment</li>
1308               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1309                 Jalview project</li>
1310
1311             </ul>
1312           </li>
1313           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1314           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1315             running</li>
1316           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1317           <li>visual indication that web service results are still
1318             being retrieved from server</li>
1319           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1320             starts up for first time</li>
1321           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1322             services</li>
1323           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1324             client library</li>
1325           <li>Examples directory and Groovy library included in
1326             InstallAnywhere distribution</li>
1327         </ul> <em>Applet</em>
1328         <ul>
1329           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1330             visualization applet example</li>
1331         </ul> <em>General</em>
1332         <ul>
1333           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1334           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1335             defaults</li>
1336           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1337             calculation</li>
1338           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1339             matrices
1340           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1341             in HTML</li>
1342           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1343             structure contacts</li>
1344           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1345           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1346           <li>Parse sequence associated secondary structure
1347             information in Stockholm files</li>
1348           <li>HTML Export database accessions and annotation
1349             information presented in tooltip for sequences</li>
1350           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1351             style RNA alignment files</li>
1352           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1353             alignment</li>
1354           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1355             shade each sequence according to its associated alignment
1356             annotation</li>
1357           <li>New Jalview Logo</li>
1358         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1359         <ul>
1360           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1361           <li>New Website!</li>
1362         </ul></td>
1363       <td><em>Application</em>
1364         <ul>
1365           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1366             wsdbfetch REST service</li>
1367           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1368           <li>Filetype associations not installed for webstart
1369             launch</li>
1370           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1371             job execution in full once it is complete</li>
1372           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1373             uploaded via ali_file parameter</li>
1374           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1375           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1376           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1377             submitted for prediction</li>
1378           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1379             desktop window</li>
1380           <li>Putting fractional value into integer text box in
1381             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1382           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1383             windows 7</li>
1384           <li>View all structures fails with exception shown in
1385             structure view</li>
1386           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1387             escaped in a platform independent way</li>
1388           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1389             using proxy</li>
1390           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1391             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1392           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1393             failure when java web start temporary file caching is
1394             disabled</li>
1395           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1396             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1397           <li>Errors during processing of command line arguments
1398             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1399           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1400             DAS sources in sequence fetcher</li>
1401           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1402             dialog is shown</li>
1403           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1404           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1405           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1406           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1407             on OSX Mountain Lion</li>
1408           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1409             sequences with alignment annotation are pasted into the
1410             alignment</li>
1411           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1412             when loaded from Jalview project</li>
1413           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1414           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1415             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1416           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1417             associated with all views</li>
1418           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1419             annotation rows to new window</li>
1420         </ul> <em>Applet</em>
1421         <ul>
1422           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1423             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1424           <li>loading features via javascript API automatically
1425             enables feature display</li>
1426           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1427             work</li>
1428         </ul> <em>General</em>
1429         <ul>
1430           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1431           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1432             and then deselected</li>
1433           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1434           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1435             coloured with clustalx</li>
1436           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1437             exceptions and redraw errors</li>
1438           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1439             reconfigured view</li>
1440           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1441             colour</li>
1442           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1443             for lots of labels</li>
1444         </ul>
1445     </tr>
1446     <tr>
1447       <td>
1448         <div align="center">
1449           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1450         </div>
1451       </td>
1452       <td><em>Application</em>
1453         <ul>
1454           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1455           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1456           <li>View/alignment association menu to enable user to
1457             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1458             its colours/correspondences from</li>
1459           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1460           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1461             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1462           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1463           <li>Annotation row column label formatting attributes
1464             stored in project file</li>
1465           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1466             rows preserved in Jalview project file</li>
1467           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1468             saved using Desktop window menu</li>
1469           <li>Visual indication that command line arguments are
1470             still being processed</li>
1471           <li>Groovy script execution from URL</li>
1472           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1473             preferences</li>
1474           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1475             alignment with sequences that have high similarity and
1476             matching IDs</li>
1477           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1478           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1479             structures in same window</li>
1480           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1481           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1482             analysis function in its own submenu</li>
1483         </ul> <em>Applet</em>
1484         <ul>
1485           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1486             groups</li>
1487           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1488           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1489           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1490           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1491           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1492             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1493           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1494           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1495             parameters are treated as such</li>
1496           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1497             <ul>
1498               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1499               <li>Javascript callbacks for
1500                 <ul>
1501                   <li>Applet initialisation</li>
1502                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1503                 </ul>
1504               </li>
1505               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1506                 functions</li>
1507               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1508               <li>javascript structure viewer harness to pass
1509                 messages between Jmol and Jalview when running as
1510                 distinct applets</li>
1511               <li>sortBy method</li>
1512               <li>Set of applet and application examples shipped
1513                 with documentation</li>
1514               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1515                 javascript message exchange</li>
1516             </ul>
1517         </ul> <em>General</em>
1518         <ul>
1519           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1520             multiple alignments</li>
1521           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1522           <li>User configurable link to enable redirects to a
1523             www.Jalview.org mirror</li>
1524           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1525           <li>Configurable newline string when writing alignment
1526             and other flat files</li>
1527           <li>Allow alignment annotation description lines to
1528             contain html tags</li>
1529         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1530         <ul>
1531           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1532             examples</li>
1533           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1534             using a web service before displaying the result in the
1535             Jalview desktop</li>
1536           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1537           <li>Ant target to publish example html files with applet
1538             archive</li>
1539           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1540           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1541         </ul></td>
1542       <td><em>Application</em>
1543         <ul>
1544           <li>User defined colourscheme throws exception when
1545             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1546           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1547             dialog for valid filename/format</li>
1548           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1549           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1550             P37173</li>
1551           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1552             which sequence is to be associated with the file</li>
1553           <li>Find All raises null pointer exception when query
1554             only matches sequence IDs</li>
1555           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1556           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1557             2.4 cannot be loaded</li>
1558           <li>Filetype associations not installed for webstart
1559             launch</li>
1560           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1561             with sequences in different alignments do not get coloured
1562             by their associated sequence</li>
1563           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1564             not preserved when project is loaded</li>
1565           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1566             stored in Jalview project</li>
1567           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1568             Jalview project</li>
1569           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1570           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1571             by conservation</li>
1572           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1573             created on new view</li>
1574           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1575             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1576           <li>Alignment quality not updated after alignment
1577             annotation row is hidden then shown</li>
1578           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1579             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1580           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1581             properly</li>
1582           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1583             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1584           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1585           <li>Structures imported from file and saved in project
1586             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1587           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1588             job execution in full once it is complete</li>
1589         </ul> <em>Applet</em>
1590         <ul>
1591           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1592             annotation rows are displayed</li>
1593           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1594             codebase</li>
1595           <li>View follows highlighting does not work for positions
1596             in sequences</li>
1597           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1598           <li>Export features raises exception when no features
1599             exist</li>
1600           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1601             for javascript api is modified when separator string
1602             provided as parameter</li>
1603           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1604             alignment with no existing selection</li>
1605           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1606             to applet&#39;s codebase</li>
1607           <li>Status bar not updated after finished searching and
1608             search wraps around to first result</li>
1609           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1610             several Jalview applets causes race conditions and memory
1611             leaks</li>
1612           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1613             not sent from Jmol in applet</li>
1614           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1615             applet API fatally hang browser</li>
1616         </ul> <em>General</em>
1617         <ul>
1618           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1619             position with wrapped view and hidden regions</li>
1620           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1621             with/without hidden columns</li>
1622           <li>Sequence length given in alignment properties window
1623             is off by 1</li>
1624           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1625             import PDB like structure files</li>
1626           <li>Positional search results are only highlighted
1627             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1628           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1629           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1630             given sequence position</li>
1631           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1632             output</li>
1633           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1634             from nucleotide chains correctly</li>
1635           <li>Structure colours not updated when tree partition
1636             changed in alignment</li>
1637           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1638             parsed in interleaved stockholm</li>
1639           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1640             state</li>
1641           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1642             properly</li>
1643           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1644             properly associated with their pdb files</li>
1645         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1646         <ul>
1647           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1648             ApplyCopyright tool</li>
1649         </ul></td>
1650     </tr>
1651     <tr>
1652       <td>
1653         <div align="center">
1654           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1655         </div>
1656       </td>
1657       <td><em>Application</em>
1658         <ul>
1659           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1660             contact web services</li>
1661           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1662             service job window</li>
1663           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1664         </ul></td>
1665       <td>
1666         <ul>
1667           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1668             pir file emitted by Jalview</li>
1669           <li>Existing feature settings transferred to new
1670             alignment view created from cut'n'paste</li>
1671           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1672             parsing PDB files</li>
1673           <li>Consensus and conservation annotation rows
1674             occasionally become blank for all new windows</li>
1675           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1676             in wrapped view mode</li>
1677         </ul> <em>Application</em>
1678         <ul>
1679           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1680             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1681           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1682             parameter names</li>
1683           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1684             is down</li>
1685         </ul>
1686       </td>
1687     </tr>
1688     <tr>
1689       <td>
1690         <div align="center">
1691           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1692         </div>
1693       </td>
1694       <td><em>Application</em>
1695         <ul>
1696           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1697             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1698             (JABAWS)
1699           </li>
1700           <li>Web Services preference tab</li>
1701           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1702             preferences</li>
1703           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1704           <li>Superpose structures using associated sequence
1705             alignment</li>
1706           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1707             viewer</li>
1708         </ul> <em>Applet</em>
1709         <ul>
1710           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1711             link out mechanism</li>
1712         </ul> <em>Other</em>
1713         <ul>
1714           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1715             series 12</li>
1716           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1717             require Java 1.5</li>
1718           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1719             sequence annotation files</li>
1720           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1721             type colour specification</li>
1722           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1723             script to check if it being run in an interactive session or
1724             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1725         </ul></td>
1726       <td>
1727         <ul>
1728           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1729             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1730         </ul> <em>Application</em>
1731         <ul>
1732           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1733             selected Regions menu item</li>
1734           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1735             part of a valid accession ID</li>
1736           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1737             runs out of memory</li>
1738           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1739             analysis results</li>
1740           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1741             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1742           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1743         </ul> <em>Applet</em>
1744         <ul>
1745           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1746             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1747             defined.</li>
1748         </ul>
1749       </td>
1750     </tr>
1751     <tr>
1752       <td>
1753         <div align="center">
1754           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1755         </div>
1756       </td>
1757       <td></td>
1758       <td>
1759         <ul>
1760           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1761             sequence IDs</li>
1762           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1763             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1764           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1765             import correctly</li>
1766           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1767             number of columns are hidden</li>
1768           <li>annotation label popup menu not providing correct
1769             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1770             present</li>
1771           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1772             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1773           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1774             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1775
1776         </ul> <em>Applet</em>
1777         <ul>
1778           <li>annotation panel disappears when annotation is
1779             hidden/removed</li>
1780         </ul> <em>Application</em>
1781         <ul>
1782           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1783             alignment opened where annotation panel is visible but no
1784             annotations are present on alignment</li>
1785           <li>pasted region containing hidden columns is
1786             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1787           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1788             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1789           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1790             selected Rregions menu item.</li>
1791           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1792             'Un' or 'Non'conserved</li>
1793           <li>Sequence feature settings are being shared by
1794             multiple distinct alignments</li>
1795           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1796             changed</li>
1797           <li>double click on group annotation to select sequences
1798             does not propagate to associated trees</li>
1799           <li>Mac OSX specific issues:
1800             <ul>
1801               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1802                 window background</li>
1803               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1804                 name set correctly</li>
1805               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1806                 save feature colourscheme button</li>
1807             </ul>
1808           </li>
1809         </ul>
1810       </td>
1811     </tr>
1812     <tr>
1813
1814       <td>
1815         <div align="center">
1816           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1817         </div>
1818       </td>
1819       <td><em>New Capabilities</em>
1820         <ul>
1821           <li>URL links generated from description line for
1822             regular-expression based URL links (applet and application)
1823
1824
1825
1826
1827
1828
1829           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1830             menu</li>
1831           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1832             structures</li>
1833           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1834             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1835           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1836             average score or total feature count for each sequence.</li>
1837           <li>Shading features by score or associated description</li>
1838           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1839             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1840           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1841             hide everything but the currently selected region.</li>
1842           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1843         </ul> <em>Application</em>
1844         <ul>
1845           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1846             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1847           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1848             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1849           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1850             database references and protein_name is parsed as
1851             description line (BioSapiens terms).</li>
1852           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1853             references in sequence ID tooltip from View menu in
1854             application.</li>
1855           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1856                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1857           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1858             conservation plots</li>
1859           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1860             and visualized as sequence logos</li>
1861           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1862             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1863           </li>
1864           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1865             when a new tree is opened.</li>
1866           <li>Jalview Java Console</li>
1867           <li>Better placement of desktop window when moving
1868             between different screens.</li>
1869           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1870             consensus annotation</li>
1871           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1872             Workflows</li>
1873           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1874             <ul>
1875               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1876                 used to preserve views, structures, and tree display
1877                 settings)</li>
1878               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1879                 command line</li>
1880               <li>Sharing of selected regions between views and
1881                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1882               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1883             </ul></li>
1884         </ul> <em>Applet</em>
1885         <ul>
1886           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1887           <li>New Parameters
1888             <ul>
1889               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1890                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1891                 opened.</li>
1892               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1893                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1894               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1895                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1896               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1897                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1898                 view</li>
1899               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1900                 increase the height or width of a cell in the alignment
1901                 grid relative to the current font size.</li>
1902             </ul>
1903           </li>
1904           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1905             tooltip</li>
1906         </ul> <em>Other</em>
1907         <ul>
1908           <li>Features format: graduated colour definitions and
1909             specification of feature scores</li>
1910           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1911             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1912             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1913           <li>XML formats extended to support graduated feature
1914             colourschemes, group associated annotation, and profile
1915             visualization settings.</li></td>
1916       <td>
1917         <ul>
1918           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1919             rather than description</li>
1920           <li>Non-positional features are now included in sequence
1921             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1922             visibility in tooltip).</li>
1923           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1924           <li>Added URL embedding instructions to features file
1925             documentation.</li>
1926           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1927             'X' in peptide product</li>
1928           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1929             sequence ID and sequence string and query strings do not
1930             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1931           <li>AMSA files only contain first column of
1932             multi-character column annotation labels</li>
1933           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1934             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1935             exported and re-imported)</li>
1936           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1937             name</li>
1938           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1939             as subsequence matches, and correctly reports total number
1940             of both.</li>
1941           <li>Application:
1942             <ul>
1943               <li>Better handling of exceptions during sequence
1944                 retrieval</li>
1945               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1946                 link text excludes the start_end suffix</li>
1947               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1948                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1949               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1950               <li>Sequence description lines properly shared via
1951                 VAMSAS</li>
1952               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1953                 data sources</li>
1954               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1955                 completes before alignment figures are generated.</li>
1956               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1957                 first time.</li>
1958               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1959                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1960               <li>User defined group colours properly recovered
1961                 from Jalview projects.</li>
1962             </ul>
1963           </li>
1964         </ul>
1965       </td>
1966
1967     </tr>
1968     <tr>
1969       <td>
1970         <div align="center">
1971           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1972         </div>
1973       </td>
1974       <td>
1975         <ul>
1976           <li>Experimental support for google analytics usage
1977             tracking.</li>
1978           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1979         </ul>
1980       </td>
1981       <td>
1982         <ul>
1983           <li>Race condition in applet preventing startup in
1984             jre1.6.0u12+.</li>
1985           <li>Exception when feature created from selection beyond
1986             length of sequence.</li>
1987           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1988           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1989             all sequences with a given id</li>
1990           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1991             ID string searches</li>
1992           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1993             alignment to fail with exception</li>
1994         </ul> <em>Application Issues</em>
1995         <ul>
1996           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1997           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1998             data sources</li>
1999         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2000         <ul>
2001           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2002             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2003           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2004             version (java class versioning error fixed)</li>
2005         </ul>
2006       </td>
2007     </tr>
2008     <tr>
2009       <td>
2010
2011         <div align="center">
2012           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2013         </div>
2014       </td>
2015       <td><em>User Interface</em>
2016         <ul>
2017           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2018             translation and protein products</li>
2019           <li>Linked highlighting of structure associated with
2020             residue mapping to codon position</li>
2021           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2022             and 'clear' button</li>
2023           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2024             Tools menu</li>
2025           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2026             numeric data in description line</li>
2027           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2028           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2029             of sequence</li>
2030         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2031         <ul>
2032           <li>JPred3 web service</li>
2033           <li>Prototype sequence search client (no public services
2034             available yet)</li>
2035           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2036             PFAM</li>
2037           <li>URL Links created for matching database cross
2038             references as well as sequence ID</li>
2039           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2040         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2041         <ul>
2042           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2043             databases</li>
2044           <li>Generalised database reference retrieval and
2045             validation to all fetchable databases</li>
2046           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2047             sequence command</li>
2048         </ul> <em>Import and Export</em>
2049         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2050         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2051           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2052         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2053           File</li>
2054         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2055           triplet as name of colourscheme</li>
2056         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2057         <ul>
2058           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2059           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2060             alignments (experimental)</li>
2061           <li>Create new or select existing session to join</li>
2062           <li>load and save of vamsas documents</li>
2063         </ul> <em>Application command line</em>
2064         <ul>
2065           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2066             from applet)</li>
2067           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2068             of DAS servers to query for alignment features</li>
2069           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2070             that are also automatically queried for features</li>
2071           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2072             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2073         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2074         <ul>
2075           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2076             application (when using &quot;View in full
2077             application&quot;)</li>
2078         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2079         <ul>
2080           <li>feature group display control parameter</li>
2081           <li>debug parameter</li>
2082           <li>showbutton parameter</li>
2083         </ul> <em>Applet API methods</em>
2084         <ul>
2085           <li>newView public method</li>
2086           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2087           <li>Feature display control methods</li>
2088           <li>get list of currently selected sequences</li>
2089         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2090         <ul>
2091           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2092           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2093             Jalview release.</li>
2094           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2095             property controls execution of obfuscator</li>
2096           <li>Build target for generating source distribution</li>
2097           <li>Debug flag for javacc</li>
2098           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2099             jalview.bin.Cache</li>
2100           <li>Continuous Build Integration for stable and
2101             development version of Application, Applet and source
2102             distribution</li>
2103         </ul></td>
2104       <td>
2105         <ul>
2106           <li>selected region output includes visible annotations
2107             (for certain formats)</li>
2108           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2109             for editing</li>
2110           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2111           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2112           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2113           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2114             comments</li>
2115           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2116             filenames containing a ':'</li>
2117           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2118             global sequence features</li>
2119           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2120             references from alignment sequences goes to zero</li>
2121           <li>Close of tree branch colour box without colour
2122             selection causes cascading exceptions</li>
2123           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2124           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2125             file parsing fails.</li>
2126           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2127           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2128             not a valid output format</li>
2129           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2130             vamsas</li>
2131           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2132           <li>error messages passed up and output when data read
2133             fails</li>
2134           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2135             sequence is edited</li>
2136           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2137             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2138           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2139             filetype</li>
2140           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2141             import fixed for PFAM records</li>
2142           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2143             window list</li>
2144           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2145             can be read and written correctly to annotation file</li>
2146           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2147             correctly</li>
2148           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2149             non-italic font for representatives in Applet</li>
2150           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2151             Macs.</li>
2152           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2153             Applet)</li>
2154           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2155             due to null pointer exceptions</li>
2156           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2157             first column of alignment</li>
2158           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2159             July 2008</li>
2160           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2161             file is case-insensitive</li>
2162           <li>Sequence features read from Features file appended to
2163             all sequences with matching IDs</li>
2164           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2165             containing a sub-sequence</li>
2166           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2167           <li>feature and annotation file applet parameters
2168             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2169           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2170           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2171             splash-screen version check to complete</li>
2172           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2173             when passing them to the launchApp service</li>
2174           <li>display name and local features preserved in results
2175             retrieved from web service</li>
2176           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2177             sequence fetcher initialisation</li>
2178           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2179             dasobert DAS client</li>
2180           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2181             association</li>
2182           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2183             sequences
2184           </li>
2185         </ul>
2186       </td>
2187     </tr>
2188     <tr>
2189       <td>
2190         <div align="center">
2191           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2192         </div>
2193       </td>
2194       <td>
2195         <ul>
2196           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2197           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2198           <li>Slide sequences</li>
2199           <li>Edit sequence in place</li>
2200           <li>EMBL CDS features</li>
2201           <li>DAS Feature mapping</li>
2202           <li>Feature ordering</li>
2203           <li>Alignment Properties</li>
2204           <li>Annotation Scores</li>
2205           <li>Sort by scores</li>
2206           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2207         </ul>
2208       </td>
2209       <td>
2210         <ul>
2211           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2212           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2213           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2214           <li>Feature group display state in XML</li>
2215           <li>Feature ordering in XML</li>
2216           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2217           <li>Stockholm alignment properties</li>
2218           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2219           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2220           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2221           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2222         </ul>
2223       </td>
2224
2225     </tr>
2226     <tr>
2227       <td>
2228         <div align="center">
2229           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2230         </div>
2231       </td>
2232       <td>
2233         <ul>
2234           <li>Non standard characters can be read and displayed
2235           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2236             applet via textbox
2237           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2238             name &amp; description
2239           <li>Preference setting to display sequence name in
2240             italics
2241           <li>Annotation file format extended to allow
2242             Sequence_groups to be defined
2243           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2244             specified in preferences
2245           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2246             sequences
2247         </ul>
2248       </td>
2249       <td>
2250         <ul>
2251           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2252             installed
2253           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2254           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2255         </ul>
2256       </td>
2257     </tr>
2258     <tr>
2259       <td>
2260         <div align="center">
2261           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2262         </div>
2263       </td>
2264       <td>
2265         <ul>
2266           <li>Multiple views on alignment
2267           <li>Sequence feature editing
2268           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2269           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2270           <li>Background dependent text colour
2271           <li>Right align sequence ids
2272           <li>User-defined lower case residue colours
2273           <li>Format Menu
2274           <li>Select Menu
2275           <li>Menu item accelerator keys
2276           <li>Control-V pastes to current alignment
2277           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2278           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2279           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2280
2281
2282
2283
2284
2285
2286           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2287         </ul>
2288       </td>
2289       <td>
2290         <ul>
2291           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2292           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2293             calculations
2294           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2295             edits
2296           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2297             of alignment)
2298           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2299
2300
2301
2302
2303
2304
2305           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2306             display correctly
2307           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2308           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2309             analysis results
2310           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2311             &#8739;
2312           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2313           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2314           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2315
2316
2317
2318
2319
2320
2321         </ul>
2322       </td>
2323     </tr>
2324     <tr>
2325       <td>
2326         <div align="center">
2327           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2328         </div>
2329       </td>
2330       <td>
2331         <ul>
2332           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2333         </ul>
2334       </td>
2335       <td>
2336         <ul>
2337           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2338             sequence id panel has been resized</li>
2339           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2340             rendered</li>
2341           <li>Annotation files with sequence references - all
2342             elements in file are relative to sequence position</li>
2343           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2344         </ul>
2345       </td>
2346     </tr>
2347     <tr>
2348       <td>
2349         <div align="center">
2350           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2351         </div>
2352       </td>
2353       <td>
2354         <ul>
2355           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2356           <li>DAS Feature fetching</li>
2357           <li>Hide sequences and columns</li>
2358           <li>Export Annotations and Features</li>
2359           <li>GFF file reading / writing</li>
2360           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2361             files</li>
2362           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2363           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2364           <li>Applet can launch the full application</li>
2365           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2366             required)</li>
2367           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2368           <li>Applet can load sequences from parameter
2369             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2370           </li>
2371         </ul>
2372       </td>
2373       <td>
2374         <ul>
2375           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2376           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2377           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2378         </ul>
2379       </td>
2380     </tr>
2381     <tr>
2382       <td>
2383         <div align="center">
2384           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2385         </div>
2386       </td>
2387       <td>
2388         <ul>
2389           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2390           <li>Choose to match case when searching</li>
2391           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2392             expand the visible width and height of the alignment</li>
2393         </ul>
2394       </td>
2395       <td>
2396         <ul>
2397           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2398         </ul>
2399       </td>
2400     </tr>
2401     <tr>
2402       <td>
2403         <div align="center">
2404           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2405         </div>
2406       </td>
2407       <td>&nbsp;</td>
2408       <td>
2409         <ul>
2410           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2411           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2412             value</li>
2413         </ul>
2414       </td>
2415     </tr>
2416     <tr>
2417       <td>
2418         <div align="center">
2419           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2420         </div>
2421       </td>
2422       <td>
2423         <ul>
2424           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2425           <li>Keyboard editing</li>
2426           <li>Create sequence features from searches</li>
2427           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2428             alignments</li>
2429           <li>Features file allows grouping of features</li>
2430           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2431           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2432           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2433         </ul>
2434       </td>
2435       <td>
2436         <ul>
2437           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2438           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2439             descriptions saved.</li>
2440         </ul>
2441       </td>
2442     </tr>
2443     <tr>
2444       <td>
2445         <div align="center">
2446           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2447         </div>
2448       </td>
2449       <td>
2450         <ul>
2451           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2452           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2453           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2454             name for file output</li>
2455           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2456           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2457             used for HTML form input</li>
2458         </ul>
2459       </td>
2460       <td>
2461         <ul>
2462           <li>HTML output writes groups and features</li>
2463           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2464           <li>File IO bugs</li>
2465         </ul>
2466       </td>
2467     </tr>
2468     <tr>
2469       <td>
2470         <div align="center">
2471           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2472         </div>
2473       </td>
2474       <td>
2475         <ul>
2476           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2477           <li>More options for PCA viewer</li>
2478         </ul>
2479       </td>
2480       <td>
2481         <ul>
2482           <li>GUI bugs resolved</li>
2483           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2484         </ul>
2485       </td>
2486     </tr>
2487     <tr>
2488       <td height="63">
2489         <div align="center">
2490           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2491         </div>
2492       </td>
2493       <td>
2494         <ul>
2495           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2496           <li>Jar files are executable</li>
2497           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2498         </ul>
2499       </td>
2500       <td>
2501         <ul>
2502           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2503           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2504           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2505         </ul>
2506       </td>
2507     </tr>
2508     <tr>
2509       <td>
2510         <div align="center">
2511           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2512         </div>
2513       </td>
2514       <td>
2515         <ul>
2516           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2517         </ul>
2518       </td>
2519       <td>
2520         <ul>
2521           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2522         </ul>
2523       </td>
2524     </tr>
2525     <tr>
2526       <td>
2527         <div align="center">
2528           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2529         </div>
2530       </td>
2531       <td>
2532         <ul>
2533           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2534             size</li>
2535         </ul>
2536       </td>
2537       <td>
2538         <ul>
2539           <li>Improved JPred client reliability</li>
2540           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2541         </ul>
2542       </td>
2543     </tr>
2544     <tr>
2545       <td>
2546         <div align="center">
2547           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2548         </div>
2549       </td>
2550       <td>
2551         <ul>
2552           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2553           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2554           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2555             to Colour Menu</li>
2556           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2557           <li>Unix users can set default web browser</li>
2558           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2559           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2560         </ul>
2561       </td>
2562       <td>
2563         <ul>
2564           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2565         </ul>
2566       </td>
2567     </tr>
2568     <tr>
2569       <td>
2570         <div align="center">
2571           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2572         </div>
2573       </td>
2574       <td>&nbsp;</td>
2575       <td>
2576         <ul>
2577           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2578             alignment order.</li>
2579         </ul>
2580       </td>
2581     </tr>
2582     <tr>
2583       <td>
2584         <div align="center">
2585           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2586         </div>
2587       </td>
2588       <td>
2589         <ul>
2590           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2591           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2592           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2593             annotations.</li>
2594           <li>Version and build date written to build properties
2595             file.</li>
2596           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2597             at launch of Jalview.</li>
2598         </ul>
2599       </td>
2600       <td>
2601         <ul>
2602           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2603           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2604           <li>Can remove groups one by one.</li>
2605           <li>Filechooser icons installed.</li>
2606           <li>Finder ignores return character when searching.
2607             Return key will initiate a search.<br>
2608           </li>
2609         </ul>
2610       </td>
2611     </tr>
2612     <tr>
2613       <td>
2614         <div align="center">
2615           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2616         </div>
2617       </td>
2618       <td>
2619         <ul>
2620           <li>New codebase</li>
2621         </ul>
2622       </td>
2623       <td>&nbsp;</td>
2624     </tr>
2625   </table>
2626   <p>&nbsp;</p>
2627 </body>
2628 </html>