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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.10.0b1</a><br />
  51             <em>20/10/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><em>Application</em>
  55         <ul>
  56           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures' view if structures already loaded</li>
  57         </ul></td>
  58       <td>
  59         <div align="left">
  60           <em>Application</em>
  61           <ul>
  62             <li>Cannot import or associated local PDB files without a PDB ID HEADER line</li>
  63             <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition is performed</li>
  64             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and OSX versions earlier than El Capitan</li>
  65             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
  66             <li>Exceptions are not raised when ENA client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI option</li>
  67             <li>Exceptions are not raised when a new view is created on the alignment</li>
  68           </ul>
  69           <em>New Known Issues</em>
  70           <ul><li>Drag and drop from URL links in browsers do not work on Windows</li></ul>
  71           <em>Build and deployment</em>
  72           <ul><li>URL link checker now copes with multi-line anchor tags</li></ul>
  73         </div>
  74       </td>
  75     </tr>
  76     <tr>
  77       <td width="60" nowrap>
  78         <div align="center">
  79           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
  80         </div>
  81       </td>
  82       <td><em>General</em>
  83         <ul>
  84           <li>
  85           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
  89             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
  90             better PDB parsing.
  91           </li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
  94             reference sequence
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
  98             mousing over sequence associated annotation
  99           </li>
 100           <li>
 101             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 102             for manual entry
 103           </li>
 104           <li>
 105             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 106             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 107             for each column
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 111             showing or hiding columns containing a feature
 112           </li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 115             group and sequence associated annotation labels
 116           </li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 119             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 120             dialogs
 121           </li>
 122
 123         </ul> <em>Application</em>
 124         <ul>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 127             gene/transcript view
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 131             dialog
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 135             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 139             Pfam sources to xfam.org
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 146             over sequences in Jalview
 147           </li>
 148           <li>
 149             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 150             regions in ENA and EMBL
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 154             for record retrieval via ENA rest API
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 158             complement operator
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 162             groovy script execution
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 166             alignment window's Calculate menu
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 170             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 174             calculation workers from groovy scripts
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 178             Jalview projects
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 182             associations are now saved/restored from project
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 186             before sequence fetcher is opened
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 190             database chooser opens a sequence fetcher
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 194             the UniProt REST API
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 198             the news reader opening
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 202             querying stored in preferences
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 206             search results
 207           </li>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 213             menu for nucleotide sequences
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 217             and feature counts preserves alignment ordering (and
 218             debugged for complex feature sets).
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 222             viewing structures with Jalview 2.10
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 226             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 227             Ensembl Genomes REST API
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 231             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 232             (Ensembl)
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 236             sequences
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 240             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 241             data from external database records.
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 245             efficient recovery of sequence coding and alignment
 246             annotation relationships.
 247           </li>
 248         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 249         <ul>
 250           <li>
 251             -- JAL---
 252           </li>
 253         </ul> --></td>
 254       <td>
 255         <div align="left">
 256           <em>General</em>
 257           <ul>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 260               menu on OSX
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 264               includes graduated colourschemes
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 268               working with big alignments and lots of hidden columns
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 272               at right of alignment window
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 276               contents
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 280               for DNA alignments
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 284               based tree calculation
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 288               unconserved enabled for group on alignment
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 292               set as reference
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 296               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 297               annotation
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 301               hidden columns present
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 305               user created annotation added to alignment
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 309               '()' base pair annotation
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 313               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 314               Consensus
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 318               feature not working
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 322               beginning of sequence
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 326               entry 3a6s
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 330               from a tree when t-coffee scores are shown
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 334               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 338               some structures
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 342               to Clustal, PIR and PileUp output
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 346               not visible causes alignment window to repaint
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 350               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 351               scores associated with features and annotation rows
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 355               calculation should be case independent
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 359               columns
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 363               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 364               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 368               problems when reference sequence defined and 'show
 369               non-conserved' enabled
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 373               load even when Consensus calculation is disabled
 374             </li>
 375           </ul>
 376           <em>Application</em>
 377           <ul>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 380               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 381               yet fixed for El Capitan)
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 385               output when running on non-gb/us i18n platforms
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 389               hidden sequences as flat-file alignment
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 393               launching Chimera
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 397               (also hotfix for 2.9.0b2)
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 401               reference sequence defined
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 405               alignments and views when revealing hidden columns
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 409               view in a cDNA/Protein splitframe
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 413               sequence from project when only one sequence is
 414               represented
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 418               in Structure Chooser
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 422               structure consensus didn't refresh annotation panel
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 426               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 430               dialogs format columns correctly, don't display array
 431               data, sort columns according to type
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 435               file chooser is cancelled during an image export
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 439               sequence name containing special characters
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 443               case insensitive
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 447               formatting don't wrap
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 451               truncated so L looks like I in consensus annotation
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 455               currently displayed features for the current selection or
 456               view
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 460               after fetching cross-references, and restoring from project
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 464               followed in the structure viewer
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 468               splitframe not restored from project
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 472               trailing end of protein alignment in transcript/product
 473               splitview when pad-gaps not enabled by default
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 477               is case dependent
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 481               article has been read (reopened issue due to
 482               internationalisation problems)
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 486               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 487               cross-references
 488             </li>
 489
 490             <li>
 491               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 492               alignment as HTML
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 496               multiple structures are shown for one or more sequences.
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 500               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 501               is enabled.
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 505               specific PDB id for sequence
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 509               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 510               columns' is disabled.
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 514               selects lowest rather than highest resolution structures
 515               for each sequence
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 519               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 520             </li>
 521             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 522             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 523           </ul>
 524           <em>Applet</em>
 525           <ul>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 528               hidden columns present before start of sequence
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 532               (JSON jars)
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 536               sequences are hidden in applet
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 540               deployment on examples pages.
 541             </li>
 542           </ul>
 543         </div>
 544       </td>
 545     </tr>
 546     <tr>
 547       <td width="60" nowrap>
 548         <div align="center">
 549           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 550             <em>16/10/2015</em></strong>
 551         </div>
 552       </td>
 553       <td><em>General</em>
 554         <ul>
 555           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 556             jars</li>
 557         </ul></td>
 558       <td>
 559         <div align="left">
 560           <em>Application</em>
 561           <ul>
 562             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 563               shown when tree is partitioned</li>
 564             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 565               multiple cDNA/Protein split views</li>
 566           </ul>
 567         </div>
 568       </td>
 569     </tr>
 570     <tr>
 571       <td width="60" nowrap>
 572         <div align="center">
 573           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 574             <em>8/10/2015</em></strong>
 575         </div>
 576       </td>
 577       <td><em>General</em>
 578         <ul>
 579           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 580             2.9</li>
 581         </ul> <em>Application</em>
 582         <ul>
 583           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 584           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 585           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 586         </ul> <em>Applet</em>
 587         <ul>
 588           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 589         </ul></td>
 590       <td>
 591         <div align="left">
 592           <em>General</em>
 593           <ul>
 594             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 595               incorrect when sequence start > 1</li>
 596             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 597               documentation</li>
 598             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 599             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 600               loading a features file containing HTML tags in feature
 601               description</li>
 602
 603           </ul>
 604           <em>Application</em>
 605           <ul>
 606             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 607               reimport</li>
 608             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 609               with 'trim retrieved sequences'</li>
 610             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 611               deleting selected columns</li>
 612             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 613               JNLP templates for webstart launch</li>
 614             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 615               unreleased structures for download or viewing</li>
 616             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 617               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 618             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 619               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 620             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 621               recovered from jalview project</li>
 622             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 623               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 624               alignment view</li>
 625             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 626               color schemes from BioJSON</li>
 627           </ul>
 628           <em>Applet</em>
 629           <ul>
 630             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 631               frame</li>
 632             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 633           </ul>
 634         </div>
 635       </td>
 636     </tr>
 637     <tr>
 638       <td><div align="center">
 639           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 640         </div></td>
 641       <td><em>General</em>
 642         <ul>
 643           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 644             alignments:
 645             <ul>
 646               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 647                 and DNA alignment views</li>
 648               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 649                 cDNA alignment views</li>
 650               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 651                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 652               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 653                 protein sequences</li>
 654             </ul>
 655           </li>
 656           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 657           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 658             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 659           <li>New alignment annotation file statements for
 660             reference sequences and marking hidden columns</li>
 661           <li>Reference sequence based alignment shading to
 662             highlight variation</li>
 663           <li>Select or hide columns according to alignment
 664             annotation</li>
 665           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 666           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 667             acid conservation row</li>
 668           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 669         </ul> <em>Application</em>
 670         <ul>
 671           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 672             <ul>
 673               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 674                 view with cDNA/Protein</li>
 675               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 676                 sequences are placed in the same alignment</li>
 677               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 678                 projects</li>
 679             </ul>
 680           </li>
 681
 682           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 683           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 684             Jalview windows</li>
 685
 686           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 687           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 688           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 689             be shown in VARNA</li>
 690
 691           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 692             as the active selected region</li>
 693
 694           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 695             similarity</li>
 696           <li>New Export options
 697             <ul>
 698               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 699                 region export in flat file generation</li>
 700
 701               <li>Export alignment views for display with the <a
 702                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 703
 704               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 705               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 706                 alignment figures to HTML</li>
 707           </li>
 708           <li>3D structure retrieval and display
 709             <ul>
 710               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 711                 Search API</li>
 712               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 713                 PDB structures for a sequence set</li>
 714             </ul>
 715           </li>
 716
 717           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 718             predictions</li>
 719           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 720             for one or a group of sequences</li>
 721           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 722             from the JPred4 web server</li>
 723           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 724             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 725             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 726           </li>
 727           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 728             VARNA 2D Structure'</li>
 729           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 730             Structure ..."</li>
 731
 732         </ul> <em>Applet</em>
 733         <ul>
 734           <li>New layout for applet example pages</li>
 735           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 736             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 737           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 738             Protein alignments</li>
 739         </ul> <em>Development and deployment</em>
 740         <ul>
 741           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 742           <li>Include installation type and git revision in build
 743             properties and console log output</li>
 744           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 745             storing BioJsMSA Templates</li>
 746           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 747         </ul></td>
 748       <td>
 749         <!-- <em>General</em>
 750         <ul>
 751         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 752         <ul>
 753           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 754           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 755           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 756             predictions are not highlighted in amber</li>
 757           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 758             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 759           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 760             associated structure views</li>
 761           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 762             width checkbox not enabled</li>
 763           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 764             creating user defined colours</li>
 765           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 766             mappings for just that viewer's sequences</li>
 767           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 768             multiple models in Chimera</li>
 769           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 770             over Jmol structure</li>
 771           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 772             output to text box</li>
 773           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 774             have incorrect sequence start/end</li>
 775           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 776             Jalview fails</li>
 777           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 778             work for nucleotide</li>
 779           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 780             to a grey/invisible alignment window</li>
 781           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 782             imports to different position</li>
 783           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 784             on some platforms</li>
 785           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 786             populated</li>
 787           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 788             console if Chimera has been opened</li>
 789           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 790           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 791             retrieved</li>
 792           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 793           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 794             either sequence shows on first structure</li>
 795           <li>'Show annotations' options should not make
 796             non-positional annotations visible</li>
 797           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 798             in right place after 'view flanking regions'</li>
 799           <li>File Save As type unset when current file format is
 800             unknown</li>
 801           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 802             projects</li>
 803           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 804             responsive</li>
 805           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 806             several views on same alignment</li>
 807           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 808           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 809             spaces</li>
 810         </ul> <em>Applet</em>
 811         <ul>
 812           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 813           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 814             descriptions containing angle brackets</li>
 815         </ul> <em>General</em>
 816         <ul>
 817           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 818             via jalview annotation file</li>
 819           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 820             with RNA secondary structure</li>
 821           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 822             translation doesn't work.</li>
 823           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 824           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 825             positions</li>
 826           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 827             choosing 1pt font</li>
 828           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 829             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 830             'h'</li>
 831           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 832             new feature</li>
 833           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 834             order dependent</li>
 835           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 836             sequences</li>
 837           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 838         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 839         <ul>
 840           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 841             www.jalview.org</li>
 842         </ul> <em>Application Known issues</em>
 843         <ul>
 844           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 845           <li>Misleading message appears after trying to delete
 846             solid column.</li>
 847           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 848             version launches</li>
 849           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 850             fails with a sequence mismatch</li>
 851           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 852             scrolling alignment to right</li>
 853           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 854             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 855           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 856             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 857           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 858             ultra-high resolution</li>
 859           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 860             quality and conservation</li>
 861           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 862             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 863         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 864         <ul>
 865           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 866           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 867             window is being resized</li>
 868
 869         </ul>
 870       </td>
 871     </tr>
 872     <tr>
 873       <td><div align="center">
 874           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 875         </div></td>
 876       <td><em>General</em>
 877         <ul>
 878           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 879             Certum.PL.</li>
 880           <li>Features and annotation preserved when performing
 881             pairwise alignment</li>
 882           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 883             imported/exported/displayed</li>
 884           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 885             protein secondary structure</li>
 886           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 887               post-hoc with 2.9 release</em>)
 888           </li>
 889
 890         </ul> <em>Application</em>
 891         <ul>
 892           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 893             with 3D structures</li>
 894           <li>Support for parsing RNAML</li>
 895           <li>Annotations menu for layout
 896             <ul>
 897               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 898               <li>place sequence annotation above/below alignment
 899                 annotation</li>
 900             </ul>
 901           <li>Output in Stockholm format</li>
 902           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 903             translation</li>
 904           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 905           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 906             shared between alignments</li>
 907           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 908             Jalview</li>
 909           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 910             all or current selection</li>
 911           <li>disorder and secondary structure predictions
 912             available as dataset annotation</li>
 913           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 914
 915
 916           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 917             alignments from Rfam</li>
 918           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 919
 920           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 921             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 922           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 923           <li>include installation type in build properties and
 924             console log output</li>
 925           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 926             annotation</li>
 927         </ul></td>
 928       <td>
 929         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 930         <ul>
 931           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 932             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 933           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 934             alignment</li>
 935           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 936           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 937           <li>Double click on sequence associated annotation
 938             selects only first column</li>
 939           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 940             leaves shown in tree</li>
 941           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 942             properly</li>
 943           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 944           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 945             screen and buttons not visible</li>
 946           <li>author list isn't updated if already written to
 947             Jalview properties</li>
 948           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 949             from database</li>
 950           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 951           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 952             browser search window</li>
 953           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 954             in feature settings dialog</li>
 955           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 956             desktop</li>
 957           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 958             pass validation</li>
 959           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 960             fit on screen</li>
 961           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 962             tooltip</li>
 963           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 964             defined user preset</li>
 965           <li>MSA web services warns user if they were launched
 966             with invalid input</li>
 967           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 968             Java 8</li>
 969           <li>
 970             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 971             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 972             created
 973           </li>
 974
 975         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 976                                 <ul>
 977                                 </ul> <em>General</em>
 978                                 <ul>
 979                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 980         <ul>
 981           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 982             memory allocation</li>
 983           <li>launchApp service doesn't automatically open
 984             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 985           <li>
 986             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 987             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 988             1.7_055 is available
 989           </li>
 990         </ul> <em>Application Known issues</em>
 991         <ul>
 992           <li>
 993             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 994             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 995             alignment to right
 996           </li>
 997           <li>
 998             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 999             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1000             with large number of ID
1001           </li>
1002           <li>
1003             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1004             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1005             start/end
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1009             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1010             structure tracks are rearranged
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1014             invalid rna structure positional highlighting does not
1015             highlight position of invalid base pairs
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1019             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1020             project from alignment window file menu
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1024             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1025             structures
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1029             colour by RNA Helices not enabled when user created
1030             annotation added to alignment
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1034             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1035           </li>
1036         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1037         <ul>
1038           <li>
1039             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1040             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1044             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1045           </li>
1046
1047           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1048             when selected</li>
1049         </ul>
1050       </td>
1051     </tr>
1052     <tr>
1053       <td><div align="center">
1054           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1055         </div></td>
1056       <td>
1057         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1058         <em>General</em>
1059         <ul>
1060           <li>Internationalisation of user interface (usually
1061             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1062           <li>Define/Undefine group on current selection with
1063             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1064           <li>Improved group creation/removal options in
1065             alignment/sequence Popup menu</li>
1066           <li>Sensible precision for symbol distribution
1067             percentages shown in logo tooltip.</li>
1068           <li>Annotation panel height set according to amount of
1069             annotation when alignment first opened</li>
1070         </ul> <em>Application</em>
1071         <ul>
1072           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1073             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1074           <li>Select columns containing particular features from
1075             Feature Settings dialog</li>
1076           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1077             sequences</li>
1078           <li>Update Jalview project format:
1079             <ul>
1080               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1081               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1082                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1083               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1084                 colouring</li>
1085             </ul>
1086           </li>
1087           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1088             (PAM250)</li>
1089           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1090             flanking regions for an alignment</li>
1091         </ul>
1092       </td>
1093       <td>
1094         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1095         <ul>
1096           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1097             running after job is cancelled</li>
1098           <li>cannot export features from alignments imported from
1099             Jalview/VAMSAS projects</li>
1100           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1101             float values</li>
1102           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1103             have 'display all symbols' flag set</li>
1104           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1105             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1106           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1107             Jalview</li>
1108           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1109             Lion/Webstart</li>
1110           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1111           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1112           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1113             alignment onto desktop</li>
1114           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1115             'extract scores' function</li>
1116           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1117             alignment window</li>
1118           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1119             performing IUPred disorder prediction</li>
1120           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1121             changing 'normalise logo' display setting</li>
1122           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1123             nothing matches query</li>
1124           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1125             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1126           </li>
1127           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1128             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1129           </li>
1130           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1131             Jalview's menu</li>
1132           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1133             'invalid literal/length code'</li>
1134           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1135             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1136           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1137             colourscheme</li>
1138
1139         </ul> <em>Applet</em>
1140         <ul>
1141           <li>Remove group option is shown even when selection is
1142             not a group</li>
1143           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1144             don't affect groups</li>
1145           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1146             colourscheme name</li>
1147           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1148             Annotation panel is not displayed</li>
1149           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1150             embedded windows</li>
1151         </ul> <em>Other</em>
1152         <ul>
1153           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1154             single sequence were not calculated</li>
1155           <li>annotation files that contain only groups imported as
1156             annotation and junk sequences</li>
1157           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1158             recognised as PFAM or BLC</li>
1159           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1160             doesn't affect background (2.8.0b1)
1161           <li></li>
1162           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1163           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1164             trailing gaps</li>
1165           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1166             registered correctly on import</li>
1167           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1168             certain alignments</li>
1169           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1170             existing annotation based 'use original colours'
1171             colourscheme loses original colours setting</li>
1172         </ul>
1173       </td>
1174     </tr>
1175     <tr>
1176       <td><div align="center">
1177           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1178             <em>30/1/2014</em></strong>
1179         </div></td>
1180       <td>
1181         <ul>
1182           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1183             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1184             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1185             open source project).
1186           </li>
1187           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1188           </li>
1189           <li>Output in Stockholm format</li>
1190           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1191           <li>Export/import group and sequence associated line
1192             graph thresholds</li>
1193           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1194             ambiguity codes</li>
1195           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1196             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1197             works</li>
1198           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1199         </ul> <em>Other improvements</em>
1200         <ul>
1201           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1202           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1203             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1204           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1205             files</li>
1206           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1207           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1208             link but no description</li>
1209           <li>Select primary source when selecting authority in
1210             database fetcher GUI</li>
1211           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1212             Jalview</li>
1213           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1214         </ul>
1215       </td>
1216       <td>
1217         <ul>
1218           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1219             displayed</li>
1220           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1221             secondary structure annotation line</li>
1222           <li>Sequence database accessions not imported when
1223             fetching alignments from Rfam</li>
1224           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1225             identical IDs</li>
1226           <li>View all structures does not always superpose
1227             structures</li>
1228           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1229             reflect user or preset settings</li>
1230           <li>Null pointer exceptions for some services without
1231             presets or adjustable parameters</li>
1232           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1233             discover PDB xRefs</li>
1234           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1235             features with DAS</li>
1236           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1237             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1238           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1239             residue follows a gap</li>
1240           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1241             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1242           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1243             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1244           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1245             annotation already exists on alignment</li>
1246           <li>oninit javascript function should be called after
1247             initialisation completes</li>
1248           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1249             alignment window display</li>
1250           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1251           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1252             to annotation file</li>
1253           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1254             groups created</li>
1255           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1256             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1257           <li>Pressing return several times causes Number Format
1258             exceptions in keyboard mode</li>
1259           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1260             correct partitions for input data</li>
1261           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1262           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1263           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1264           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1265             mode</li>
1266           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1267             changes one row&#39;s threshold</li>
1268           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1269             doesn&#39;t open</li>
1270           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1271             quality histograms</li>
1272         </ul>
1273       </td>
1274     </tr>
1275     <tr>
1276       <td><div align="center">
1277           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1278         </div></td>
1279       <td><em>Application</em>
1280         <ul>
1281           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1282             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1283           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1284             preferences</li>
1285           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1286             in Jalview alignment window</li>
1287           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1288             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1289           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1290             RNA and ambiguity codes</li>
1291
1292           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1293           <li>Support fetching and database reference look up
1294             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1295             refs')</li>
1296           <li>Jalview project improvements
1297             <ul>
1298               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1299                 flag for annotation</li>
1300               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1301                 alignment</li>
1302               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1303                 Jalview project</li>
1304
1305             </ul>
1306           </li>
1307           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1308           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1309             running</li>
1310           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1311           <li>visual indication that web service results are still
1312             being retrieved from server</li>
1313           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1314             starts up for first time</li>
1315           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1316             services</li>
1317           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1318             client library</li>
1319           <li>Examples directory and Groovy library included in
1320             InstallAnywhere distribution</li>
1321         </ul> <em>Applet</em>
1322         <ul>
1323           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1324             visualization applet example</li>
1325         </ul> <em>General</em>
1326         <ul>
1327           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1328           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1329             defaults</li>
1330           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1331             calculation</li>
1332           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1333             matrices
1334           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1335             in HTML</li>
1336           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1337             structure contacts</li>
1338           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1339           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1340           <li>Parse sequence associated secondary structure
1341             information in Stockholm files</li>
1342           <li>HTML Export database accessions and annotation
1343             information presented in tooltip for sequences</li>
1344           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1345             style RNA alignment files</li>
1346           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1347             alignment</li>
1348           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1349             shade each sequence according to its associated alignment
1350             annotation</li>
1351           <li>New Jalview Logo</li>
1352         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1353         <ul>
1354           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1355           <li>New Website!</li>
1356         </ul></td>
1357       <td><em>Application</em>
1358         <ul>
1359           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1360             wsdbfetch REST service</li>
1361           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1362           <li>Filetype associations not installed for webstart
1363             launch</li>
1364           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1365             job execution in full once it is complete</li>
1366           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1367             uploaded via ali_file parameter</li>
1368           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1369           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1370           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1371             submitted for prediction</li>
1372           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1373             desktop window</li>
1374           <li>Putting fractional value into integer text box in
1375             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1376           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1377             windows 7</li>
1378           <li>View all structures fails with exception shown in
1379             structure view</li>
1380           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1381             escaped in a platform independent way</li>
1382           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1383             using proxy</li>
1384           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1385             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1386           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1387             failure when java web start temporary file caching is
1388             disabled</li>
1389           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1390             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1391           <li>Errors during processing of command line arguments
1392             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1393           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1394             DAS sources in sequence fetcher</li>
1395           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1396             dialog is shown</li>
1397           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1398           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1399           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1400           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1401             on OSX Mountain Lion</li>
1402           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1403             sequences with alignment annotation are pasted into the
1404             alignment</li>
1405           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1406             when loaded from Jalview project</li>
1407           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1408           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1409             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1410           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1411             associated with all views</li>
1412           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1413             annotation rows to new window</li>
1414         </ul> <em>Applet</em>
1415         <ul>
1416           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1417             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1418           <li>loading features via javascript API automatically
1419             enables feature display</li>
1420           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1421             work</li>
1422         </ul> <em>General</em>
1423         <ul>
1424           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1425           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1426             and then deselected</li>
1427           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1428           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1429             coloured with clustalx</li>
1430           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1431             exceptions and redraw errors</li>
1432           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1433             reconfigured view</li>
1434           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1435             colour</li>
1436           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1437             for lots of labels</li>
1438         </ul>
1439     </tr>
1440     <tr>
1441       <td>
1442         <div align="center">
1443           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1444         </div>
1445       </td>
1446       <td><em>Application</em>
1447         <ul>
1448           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1449           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1450           <li>View/alignment association menu to enable user to
1451             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1452             its colours/correspondences from</li>
1453           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1454           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1455             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1456           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1457           <li>Annotation row column label formatting attributes
1458             stored in project file</li>
1459           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1460             rows preserved in Jalview project file</li>
1461           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1462             saved using Desktop window menu</li>
1463           <li>Visual indication that command line arguments are
1464             still being processed</li>
1465           <li>Groovy script execution from URL</li>
1466           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1467             preferences</li>
1468           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1469             alignment with sequences that have high similarity and
1470             matching IDs</li>
1471           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1472           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1473             structures in same window</li>
1474           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1475           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1476             analysis function in its own submenu</li>
1477         </ul> <em>Applet</em>
1478         <ul>
1479           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1480             groups</li>
1481           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1482           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1483           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1484           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1485           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1486             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1487           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1488           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1489             parameters are treated as such</li>
1490           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1491             <ul>
1492               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1493               <li>Javascript callbacks for
1494                 <ul>
1495                   <li>Applet initialisation</li>
1496                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1497                 </ul>
1498               </li>
1499               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1500                 functions</li>
1501               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1502               <li>javascript structure viewer harness to pass
1503                 messages between Jmol and Jalview when running as
1504                 distinct applets</li>
1505               <li>sortBy method</li>
1506               <li>Set of applet and application examples shipped
1507                 with documentation</li>
1508               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1509                 javascript message exchange</li>
1510             </ul>
1511         </ul> <em>General</em>
1512         <ul>
1513           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1514             multiple alignments</li>
1515           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1516           <li>User configurable link to enable redirects to a
1517             www.Jalview.org mirror</li>
1518           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1519           <li>Configurable newline string when writing alignment
1520             and other flat files</li>
1521           <li>Allow alignment annotation description lines to
1522             contain html tags</li>
1523         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1524         <ul>
1525           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1526             examples</li>
1527           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1528             using a web service before displaying the result in the
1529             Jalview desktop</li>
1530           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1531           <li>Ant target to publish example html files with applet
1532             archive</li>
1533           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1534           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1535         </ul></td>
1536       <td><em>Application</em>
1537         <ul>
1538           <li>User defined colourscheme throws exception when
1539             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1540           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1541             dialog for valid filename/format</li>
1542           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1543           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1544             P37173</li>
1545           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1546             which sequence is to be associated with the file</li>
1547           <li>Find All raises null pointer exception when query
1548             only matches sequence IDs</li>
1549           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1550           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1551             2.4 cannot be loaded</li>
1552           <li>Filetype associations not installed for webstart
1553             launch</li>
1554           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1555             with sequences in different alignments do not get coloured
1556             by their associated sequence</li>
1557           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1558             not preserved when project is loaded</li>
1559           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1560             stored in Jalview project</li>
1561           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1562             Jalview project</li>
1563           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1564           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1565             by conservation</li>
1566           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1567             created on new view</li>
1568           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1569             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1570           <li>Alignment quality not updated after alignment
1571             annotation row is hidden then shown</li>
1572           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1573             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1574           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1575             properly</li>
1576           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1577             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1578           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1579           <li>Structures imported from file and saved in project
1580             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1581           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1582             job execution in full once it is complete</li>
1583         </ul> <em>Applet</em>
1584         <ul>
1585           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1586             annotation rows are displayed</li>
1587           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1588             codebase</li>
1589           <li>View follows highlighting does not work for positions
1590             in sequences</li>
1591           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1592           <li>Export features raises exception when no features
1593             exist</li>
1594           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1595             for javascript api is modified when separator string
1596             provided as parameter</li>
1597           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1598             alignment with no existing selection</li>
1599           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1600             to applet&#39;s codebase</li>
1601           <li>Status bar not updated after finished searching and
1602             search wraps around to first result</li>
1603           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1604             several Jalview applets causes race conditions and memory
1605             leaks</li>
1606           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1607             not sent from Jmol in applet</li>
1608           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1609             applet API fatally hang browser</li>
1610         </ul> <em>General</em>
1611         <ul>
1612           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1613             position with wrapped view and hidden regions</li>
1614           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1615             with/without hidden columns</li>
1616           <li>Sequence length given in alignment properties window
1617             is off by 1</li>
1618           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1619             import PDB like structure files</li>
1620           <li>Positional search results are only highlighted
1621             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1622           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1623           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1624             given sequence position</li>
1625           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1626             output</li>
1627           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1628             from nucleotide chains correctly</li>
1629           <li>Structure colours not updated when tree partition
1630             changed in alignment</li>
1631           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1632             parsed in interleaved stockholm</li>
1633           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1634             state</li>
1635           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1636             properly</li>
1637           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1638             properly associated with their pdb files</li>
1639         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1640         <ul>
1641           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1642             ApplyCopyright tool</li>
1643         </ul></td>
1644     </tr>
1645     <tr>
1646       <td>
1647         <div align="center">
1648           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1649         </div>
1650       </td>
1651       <td><em>Application</em>
1652         <ul>
1653           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1654             contact web services</li>
1655           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1656             service job window</li>
1657           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1658         </ul></td>
1659       <td>
1660         <ul>
1661           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1662             pir file emitted by Jalview</li>
1663           <li>Existing feature settings transferred to new
1664             alignment view created from cut'n'paste</li>
1665           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1666             parsing PDB files</li>
1667           <li>Consensus and conservation annotation rows
1668             occasionally become blank for all new windows</li>
1669           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1670             in wrapped view mode</li>
1671         </ul> <em>Application</em>
1672         <ul>
1673           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1674             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1675           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1676             parameter names</li>
1677           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1678             is down</li>
1679         </ul>
1680       </td>
1681     </tr>
1682     <tr>
1683       <td>
1684         <div align="center">
1685           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1686         </div>
1687       </td>
1688       <td><em>Application</em>
1689         <ul>
1690           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1691             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1692             (JABAWS)
1693           </li>
1694           <li>Web Services preference tab</li>
1695           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1696             preferences</li>
1697           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1698           <li>Superpose structures using associated sequence
1699             alignment</li>
1700           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1701             viewer</li>
1702         </ul> <em>Applet</em>
1703         <ul>
1704           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1705             link out mechanism</li>
1706         </ul> <em>Other</em>
1707         <ul>
1708           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1709             series 12</li>
1710           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1711             require Java 1.5</li>
1712           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1713             sequence annotation files</li>
1714           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1715             type colour specification</li>
1716           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1717             script to check if it being run in an interactive session or
1718             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1719         </ul></td>
1720       <td>
1721         <ul>
1722           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1723             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1724         </ul> <em>Application</em>
1725         <ul>
1726           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1727             selected Regions menu item</li>
1728           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1729             part of a valid accession ID</li>
1730           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1731             runs out of memory</li>
1732           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1733             analysis results</li>
1734           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1735             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1736           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1737         </ul> <em>Applet</em>
1738         <ul>
1739           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1740             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1741             defined.</li>
1742         </ul>
1743       </td>
1744     </tr>
1745     <tr>
1746       <td>
1747         <div align="center">
1748           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1749         </div>
1750       </td>
1751       <td></td>
1752       <td>
1753         <ul>
1754           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1755             sequence IDs</li>
1756           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1757             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1758           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1759             import correctly</li>
1760           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1761             number of columns are hidden</li>
1762           <li>annotation label popup menu not providing correct
1763             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1764             present</li>
1765           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1766             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1767           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1768             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1769
1770         </ul> <em>Applet</em>
1771         <ul>
1772           <li>annotation panel disappears when annotation is
1773             hidden/removed</li>
1774         </ul> <em>Application</em>
1775         <ul>
1776           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1777             alignment opened where annotation panel is visible but no
1778             annotations are present on alignment</li>
1779           <li>pasted region containing hidden columns is
1780             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1781           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1782             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1783           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1784             selected Rregions menu item.</li>
1785           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1786             'Un' or 'Non'conserved</li>
1787           <li>Sequence feature settings are being shared by
1788             multiple distinct alignments</li>
1789           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1790             changed</li>
1791           <li>double click on group annotation to select sequences
1792             does not propagate to associated trees</li>
1793           <li>Mac OSX specific issues:
1794             <ul>
1795               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1796                 window background</li>
1797               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1798                 name set correctly</li>
1799               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1800                 save feature colourscheme button</li>
1801             </ul>
1802           </li>
1803         </ul>
1804       </td>
1805     </tr>
1806     <tr>
1807
1808       <td>
1809         <div align="center">
1810           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1811         </div>
1812       </td>
1813       <td><em>New Capabilities</em>
1814         <ul>
1815           <li>URL links generated from description line for
1816             regular-expression based URL links (applet and application)
1817
1818
1819
1820
1821
1822
1823           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1824             menu</li>
1825           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1826             structures</li>
1827           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1828             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1829           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1830             average score or total feature count for each sequence.</li>
1831           <li>Shading features by score or associated description</li>
1832           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1833             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1834           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1835             hide everything but the currently selected region.</li>
1836           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1837         </ul> <em>Application</em>
1838         <ul>
1839           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1840             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1841           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1842             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1843           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1844             database references and protein_name is parsed as
1845             description line (BioSapiens terms).</li>
1846           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1847             references in sequence ID tooltip from View menu in
1848             application.</li>
1849           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1850                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1851           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1852             conservation plots</li>
1853           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1854             and visualized as sequence logos</li>
1855           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1856             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1857           </li>
1858           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1859             when a new tree is opened.</li>
1860           <li>Jalview Java Console</li>
1861           <li>Better placement of desktop window when moving
1862             between different screens.</li>
1863           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1864             consensus annotation</li>
1865           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1866             Workflows</li>
1867           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1868             <ul>
1869               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1870                 used to preserve views, structures, and tree display
1871                 settings)</li>
1872               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1873                 command line</li>
1874               <li>Sharing of selected regions between views and
1875                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1876               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1877             </ul></li>
1878         </ul> <em>Applet</em>
1879         <ul>
1880           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1881           <li>New Parameters
1882             <ul>
1883               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1884                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1885                 opened.</li>
1886               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1887                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1888               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1889                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1890               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1891                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1892                 view</li>
1893               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1894                 increase the height or width of a cell in the alignment
1895                 grid relative to the current font size.</li>
1896             </ul>
1897           </li>
1898           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1899             tooltip</li>
1900         </ul> <em>Other</em>
1901         <ul>
1902           <li>Features format: graduated colour definitions and
1903             specification of feature scores</li>
1904           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1905             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1906             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1907           <li>XML formats extended to support graduated feature
1908             colourschemes, group associated annotation, and profile
1909             visualization settings.</li></td>
1910       <td>
1911         <ul>
1912           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1913             rather than description</li>
1914           <li>Non-positional features are now included in sequence
1915             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1916             visibility in tooltip).</li>
1917           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1918           <li>Added URL embedding instructions to features file
1919             documentation.</li>
1920           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1921             'X' in peptide product</li>
1922           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1923             sequence ID and sequence string and query strings do not
1924             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1925           <li>AMSA files only contain first column of
1926             multi-character column annotation labels</li>
1927           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1928             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1929             exported and re-imported)</li>
1930           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1931             name</li>
1932           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1933             as subsequence matches, and correctly reports total number
1934             of both.</li>
1935           <li>Application:
1936             <ul>
1937               <li>Better handling of exceptions during sequence
1938                 retrieval</li>
1939               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1940                 link text excludes the start_end suffix</li>
1941               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1942                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1943               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1944               <li>Sequence description lines properly shared via
1945                 VAMSAS</li>
1946               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1947                 data sources</li>
1948               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1949                 completes before alignment figures are generated.</li>
1950               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1951                 first time.</li>
1952               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1953                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1954               <li>User defined group colours properly recovered
1955                 from Jalview projects.</li>
1956             </ul>
1957           </li>
1958         </ul>
1959       </td>
1960
1961     </tr>
1962     <tr>
1963       <td>
1964         <div align="center">
1965           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1966         </div>
1967       </td>
1968       <td>
1969         <ul>
1970           <li>Experimental support for google analytics usage
1971             tracking.</li>
1972           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1973         </ul>
1974       </td>
1975       <td>
1976         <ul>
1977           <li>Race condition in applet preventing startup in
1978             jre1.6.0u12+.</li>
1979           <li>Exception when feature created from selection beyond
1980             length of sequence.</li>
1981           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1982           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1983             all sequences with a given id</li>
1984           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1985             ID string searches</li>
1986           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1987             alignment to fail with exception</li>
1988         </ul> <em>Application Issues</em>
1989         <ul>
1990           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1991           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1992             data sources</li>
1993         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1994         <ul>
1995           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1996             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1997           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1998             version (java class versioning error fixed)</li>
1999         </ul>
2000       </td>
2001     </tr>
2002     <tr>
2003       <td>
2004
2005         <div align="center">
2006           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2007         </div>
2008       </td>
2009       <td><em>User Interface</em>
2010         <ul>
2011           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2012             translation and protein products</li>
2013           <li>Linked highlighting of structure associated with
2014             residue mapping to codon position</li>
2015           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2016             and 'clear' button</li>
2017           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2018             Tools menu</li>
2019           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2020             numeric data in description line</li>
2021           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2022           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2023             of sequence</li>
2024         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2025         <ul>
2026           <li>JPred3 web service</li>
2027           <li>Prototype sequence search client (no public services
2028             available yet)</li>
2029           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2030             PFAM</li>
2031           <li>URL Links created for matching database cross
2032             references as well as sequence ID</li>
2033           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2034         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2035         <ul>
2036           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2037             databases</li>
2038           <li>Generalised database reference retrieval and
2039             validation to all fetchable databases</li>
2040           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2041             sequence command</li>
2042         </ul> <em>Import and Export</em>
2043         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2044         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2045           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2046         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2047           File</li>
2048         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2049           triplet as name of colourscheme</li>
2050         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2051         <ul>
2052           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2053           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2054             alignments (experimental)</li>
2055           <li>Create new or select existing session to join</li>
2056           <li>load and save of vamsas documents</li>
2057         </ul> <em>Application command line</em>
2058         <ul>
2059           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2060             from applet)</li>
2061           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2062             of DAS servers to query for alignment features</li>
2063           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2064             that are also automatically queried for features</li>
2065           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2066             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2067         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2068         <ul>
2069           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2070             application (when using &quot;View in full
2071             application&quot;)</li>
2072         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2073         <ul>
2074           <li>feature group display control parameter</li>
2075           <li>debug parameter</li>
2076           <li>showbutton parameter</li>
2077         </ul> <em>Applet API methods</em>
2078         <ul>
2079           <li>newView public method</li>
2080           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2081           <li>Feature display control methods</li>
2082           <li>get list of currently selected sequences</li>
2083         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2084         <ul>
2085           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2086           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2087             Jalview release.</li>
2088           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2089             property controls execution of obfuscator</li>
2090           <li>Build target for generating source distribution</li>
2091           <li>Debug flag for javacc</li>
2092           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2093             jalview.bin.Cache</li>
2094           <li>Continuous Build Integration for stable and
2095             development version of Application, Applet and source
2096             distribution</li>
2097         </ul></td>
2098       <td>
2099         <ul>
2100           <li>selected region output includes visible annotations
2101             (for certain formats)</li>
2102           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2103             for editing</li>
2104           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2105           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2106           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2107           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2108             comments</li>
2109           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2110             filenames containing a ':'</li>
2111           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2112             global sequence features</li>
2113           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2114             references from alignment sequences goes to zero</li>
2115           <li>Close of tree branch colour box without colour
2116             selection causes cascading exceptions</li>
2117           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2118           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2119             file parsing fails.</li>
2120           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2121           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2122             not a valid output format</li>
2123           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2124             vamsas</li>
2125           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2126           <li>error messages passed up and output when data read
2127             fails</li>
2128           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2129             sequence is edited</li>
2130           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2131             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2132           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2133             filetype</li>
2134           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2135             import fixed for PFAM records</li>
2136           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2137             window list</li>
2138           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2139             can be read and written correctly to annotation file</li>
2140           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2141             correctly</li>
2142           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2143             non-italic font for representatives in Applet</li>
2144           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2145             Macs.</li>
2146           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2147             Applet)</li>
2148           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2149             due to null pointer exceptions</li>
2150           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2151             first column of alignment</li>
2152           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2153             July 2008</li>
2154           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2155             file is case-insensitive</li>
2156           <li>Sequence features read from Features file appended to
2157             all sequences with matching IDs</li>
2158           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2159             containing a sub-sequence</li>
2160           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2161           <li>feature and annotation file applet parameters
2162             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2163           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2164           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2165             splash-screen version check to complete</li>
2166           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2167             when passing them to the launchApp service</li>
2168           <li>display name and local features preserved in results
2169             retrieved from web service</li>
2170           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2171             sequence fetcher initialisation</li>
2172           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2173             dasobert DAS client</li>
2174           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2175             association</li>
2176           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2177             sequences
2178           </li>
2179         </ul>
2180       </td>
2181     </tr>
2182     <tr>
2183       <td>
2184         <div align="center">
2185           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2186         </div>
2187       </td>
2188       <td>
2189         <ul>
2190           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2191           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2192           <li>Slide sequences</li>
2193           <li>Edit sequence in place</li>
2194           <li>EMBL CDS features</li>
2195           <li>DAS Feature mapping</li>
2196           <li>Feature ordering</li>
2197           <li>Alignment Properties</li>
2198           <li>Annotation Scores</li>
2199           <li>Sort by scores</li>
2200           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2201         </ul>
2202       </td>
2203       <td>
2204         <ul>
2205           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2206           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2207           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2208           <li>Feature group display state in XML</li>
2209           <li>Feature ordering in XML</li>
2210           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2211           <li>Stockholm alignment properties</li>
2212           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2213           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2214           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2215           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2216         </ul>
2217       </td>
2218
2219     </tr>
2220     <tr>
2221       <td>
2222         <div align="center">
2223           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2224         </div>
2225       </td>
2226       <td>
2227         <ul>
2228           <li>Non standard characters can be read and displayed
2229           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2230             applet via textbox
2231           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2232             name &amp; description
2233           <li>Preference setting to display sequence name in
2234             italics
2235           <li>Annotation file format extended to allow
2236             Sequence_groups to be defined
2237           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2238             specified in preferences
2239           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2240             sequences
2241         </ul>
2242       </td>
2243       <td>
2244         <ul>
2245           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2246             installed
2247           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2248           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2249         </ul>
2250       </td>
2251     </tr>
2252     <tr>
2253       <td>
2254         <div align="center">
2255           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2256         </div>
2257       </td>
2258       <td>
2259         <ul>
2260           <li>Multiple views on alignment
2261           <li>Sequence feature editing
2262           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2263           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2264           <li>Background dependent text colour
2265           <li>Right align sequence ids
2266           <li>User-defined lower case residue colours
2267           <li>Format Menu
2268           <li>Select Menu
2269           <li>Menu item accelerator keys
2270           <li>Control-V pastes to current alignment
2271           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2272           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2273           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2274
2275
2276
2277
2278
2279
2280           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2281         </ul>
2282       </td>
2283       <td>
2284         <ul>
2285           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2286           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2287             calculations
2288           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2289             edits
2290           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2291             of alignment)
2292           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2293
2294
2295
2296
2297
2298
2299           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2300             display correctly
2301           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2302           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2303             analysis results
2304           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2305             &#8739;
2306           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2307           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2308           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2309
2310
2311
2312
2313
2314
2315         </ul>
2316       </td>
2317     </tr>
2318     <tr>
2319       <td>
2320         <div align="center">
2321           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2322         </div>
2323       </td>
2324       <td>
2325         <ul>
2326           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2327         </ul>
2328       </td>
2329       <td>
2330         <ul>
2331           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2332             sequence id panel has been resized</li>
2333           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2334             rendered</li>
2335           <li>Annotation files with sequence references - all
2336             elements in file are relative to sequence position</li>
2337           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2338         </ul>
2339       </td>
2340     </tr>
2341     <tr>
2342       <td>
2343         <div align="center">
2344           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2345         </div>
2346       </td>
2347       <td>
2348         <ul>
2349           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2350           <li>DAS Feature fetching</li>
2351           <li>Hide sequences and columns</li>
2352           <li>Export Annotations and Features</li>
2353           <li>GFF file reading / writing</li>
2354           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2355             files</li>
2356           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2357           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2358           <li>Applet can launch the full application</li>
2359           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2360             required)</li>
2361           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2362           <li>Applet can load sequences from parameter
2363             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2364           </li>
2365         </ul>
2366       </td>
2367       <td>
2368         <ul>
2369           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2370           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2371           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2372         </ul>
2373       </td>
2374     </tr>
2375     <tr>
2376       <td>
2377         <div align="center">
2378           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2379         </div>
2380       </td>
2381       <td>
2382         <ul>
2383           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2384           <li>Choose to match case when searching</li>
2385           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2386             expand the visible width and height of the alignment</li>
2387         </ul>
2388       </td>
2389       <td>
2390         <ul>
2391           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2392         </ul>
2393       </td>
2394     </tr>
2395     <tr>
2396       <td>
2397         <div align="center">
2398           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2399         </div>
2400       </td>
2401       <td>&nbsp;</td>
2402       <td>
2403         <ul>
2404           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2405           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2406             value</li>
2407         </ul>
2408       </td>
2409     </tr>
2410     <tr>
2411       <td>
2412         <div align="center">
2413           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2414         </div>
2415       </td>
2416       <td>
2417         <ul>
2418           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2419           <li>Keyboard editing</li>
2420           <li>Create sequence features from searches</li>
2421           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2422             alignments</li>
2423           <li>Features file allows grouping of features</li>
2424           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2425           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2426           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2427         </ul>
2428       </td>
2429       <td>
2430         <ul>
2431           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2432           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2433             descriptions saved.</li>
2434         </ul>
2435       </td>
2436     </tr>
2437     <tr>
2438       <td>
2439         <div align="center">
2440           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2441         </div>
2442       </td>
2443       <td>
2444         <ul>
2445           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2446           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2447           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2448             name for file output</li>
2449           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2450           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2451             used for HTML form input</li>
2452         </ul>
2453       </td>
2454       <td>
2455         <ul>
2456           <li>HTML output writes groups and features</li>
2457           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2458           <li>File IO bugs</li>
2459         </ul>
2460       </td>
2461     </tr>
2462     <tr>
2463       <td>
2464         <div align="center">
2465           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2466         </div>
2467       </td>
2468       <td>
2469         <ul>
2470           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2471           <li>More options for PCA viewer</li>
2472         </ul>
2473       </td>
2474       <td>
2475         <ul>
2476           <li>GUI bugs resolved</li>
2477           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2478         </ul>
2479       </td>
2480     </tr>
2481     <tr>
2482       <td height="63">
2483         <div align="center">
2484           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2485         </div>
2486       </td>
2487       <td>
2488         <ul>
2489           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2490           <li>Jar files are executable</li>
2491           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2492         </ul>
2493       </td>
2494       <td>
2495         <ul>
2496           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2497           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2498           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2499         </ul>
2500       </td>
2501     </tr>
2502     <tr>
2503       <td>
2504         <div align="center">
2505           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2506         </div>
2507       </td>
2508       <td>
2509         <ul>
2510           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2511         </ul>
2512       </td>
2513       <td>
2514         <ul>
2515           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2516         </ul>
2517       </td>
2518     </tr>
2519     <tr>
2520       <td>
2521         <div align="center">
2522           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2523         </div>
2524       </td>
2525       <td>
2526         <ul>
2527           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2528             size</li>
2529         </ul>
2530       </td>
2531       <td>
2532         <ul>
2533           <li>Improved JPred client reliability</li>
2534           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2535         </ul>
2536       </td>
2537     </tr>
2538     <tr>
2539       <td>
2540         <div align="center">
2541           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2542         </div>
2543       </td>
2544       <td>
2545         <ul>
2546           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2547           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2548           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2549             to Colour Menu</li>
2550           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2551           <li>Unix users can set default web browser</li>
2552           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2553           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2554         </ul>
2555       </td>
2556       <td>
2557         <ul>
2558           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2559         </ul>
2560       </td>
2561     </tr>
2562     <tr>
2563       <td>
2564         <div align="center">
2565           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2566         </div>
2567       </td>
2568       <td>&nbsp;</td>
2569       <td>
2570         <ul>
2571           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2572             alignment order.</li>
2573         </ul>
2574       </td>
2575     </tr>
2576     <tr>
2577       <td>
2578         <div align="center">
2579           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2580         </div>
2581       </td>
2582       <td>
2583         <ul>
2584           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2585           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2586           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2587             annotations.</li>
2588           <li>Version and build date written to build properties
2589             file.</li>
2590           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2591             at launch of Jalview.</li>
2592         </ul>
2593       </td>
2594       <td>
2595         <ul>
2596           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2597           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2598           <li>Can remove groups one by one.</li>
2599           <li>Filechooser icons installed.</li>
2600           <li>Finder ignores return character when searching.
2601             Return key will initiate a search.<br>
2602           </li>
2603         </ul>
2604       </td>
2605     </tr>
2606     <tr>
2607       <td>
2608         <div align="center">
2609           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2610         </div>
2611       </td>
2612       <td>
2613         <ul>
2614           <li>New codebase</li>
2615         </ul>
2616       </td>
2617       <td>&nbsp;</td>
2618     </tr>
2619   </table>
2620   <p>&nbsp;</p>
2621 </body>
2622 </html>