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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>04/10/2016</em></strong>
  51         </div>
  52       </td>
  53       <td><em>General</em>
  54         <ul>
  55           <li>
  56             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
  57             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
  58             better PDB parsing.
  59           </li>
  60           <li>
  61             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
  62             reference sequence
  63           </li>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
  66             mousing over sequence associated annotation
  67           </li>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
  70             for manual entry
  71           </li>
  72           <li>
  73             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
  74             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
  75             for each column
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
  79             showing or hiding columns containing a feature
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
  83             group and sequence associated annotation labels
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
  87             select/hide columns by annotation and colour by annotation
  88             dialogs
  89           </li>
  90
  91         </ul> <em>Application</em>
  92         <ul>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
  95             gene/transcript view
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
  99             dialog
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 103             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 107             Pfam sources to xfam.org
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 114             over sequences in Jalview
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 118             regions in ENA and EMBL
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 122             for record retrieval via ENA rest API
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 126             complement operator
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 130             groovy script execution
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 134             alignment window's Calculate menu
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 138             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 142             calculation workers from groovy scripts
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 146             Jalview projects
 147           </li>
 148           <li>
 149             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 150             associations are now saved/restored from project
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 154             before sequence fetcher is opened
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 158             database chooser opens a sequence fetcher
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 162             the UniProt REST API
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 166             the news reader opening
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 170             querying stored in preferences
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 174             search results
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 181             menu for nucleotide sequences
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 185             and feature counts preserves alignment ordering (and
 186             debugged for complex feature sets).
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 190             viewing structures with Jalview 2.10
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 194             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 195             Ensembl Genomes REST API
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 199             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 200             (Ensembl)
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 204             sequences
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL- -->
 208           </li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL- -->
 211           </li>
 212
 213
 214         </ul> <em>Applet</em>
 215         <ul>
 216           <li>
 217             <!-- JAL--->
 218           </li>
 219         </ul></td>
 220       <td>
 221         <div align="left">
 222           <em>General</em>
 223           <ul>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 226               menu on OSX
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 230               includes graduated colourschemes
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 234               working with big alignments and lots of hidden columns
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 238               at right of alignment window
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 242               contents
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 246               for DNA alignments
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 250               based tree calculation
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 254               unconserved enabled for group on alignment
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 258               set as reference
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 262               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 263               annotation
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 267               hidden columns present
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 271               user created annotation added to alignment
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 275               '()' base pair annotation
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 279               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 280               Consensus
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 284               feature not working
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 288               beginning of sequence
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 292               entry 3a6s
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 296               from a tree when t-coffee scores are shown
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 300               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 304               some structures
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 308               to Clustal, PIR and PileUp output
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 312               not visible causes alignment window to repaint
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 316               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 317               scores associated with features and annotation rows
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 321               calculation should be case independent
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 325               columns
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 329               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 330               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 334               problems when reference sequence defined and 'show
 335               non-conserved' enabled
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 339               load even when Consensus calculation is disabled
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!--  -->
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL- -->
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL- -->
 349             </li>
 350           </ul>
 351           <em>Application</em>
 352           <ul>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-1944 not yet fixed Error thrown when exporting a view with hidden sequences as flat-file alignment-->
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 358               output when running on non-gb/us i18n platforms
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-1552-->URLs and links can imported by drag'n'drop
 362               on OSX webstart
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 366               launching Chimera
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 370               (also hotfix for 2.9.0b2)
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 374               reference sequence defined
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 378               alignments and views when revealing hidden columns
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 382               view in a cDNA/Protein splitframe
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 386               sequence from project when only one sequence is
 387               represented
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 391               in Structure Chooser
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 395               structure consensus didn't refresh annotation panel
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 399               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 403               dialogs format columns correctly, don't display array
 404               data, sort columns according to type
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 408               file chooser is cancelled during an image export
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 412               sequence name containing special characters
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 416               case insensitive
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 420               formatting don't wrap
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 424               truncated so L looks like I in consensus annotation
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 428               currently displayed features for the current selection or
 429               view
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 433               after fetching cross-references
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 437               followed in the structure viewer
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 441               splitframe not restored from project
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 445               trailing end of protein alignment in transcript/product
 446               splitview when pad-gaps not enabled by default
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 450               is case dependent
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 454               article has been read (reopened issue due to
 455               internationalisation problems)
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 459               viewer based on sequence name, PDB and Uniprot
 460               cross-references
 461             </li>
 462
 463             <li>
 464               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 465               alignment as HTML
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when
 469               DB Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates
 470               sequence data from external database records.
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 474               multiple structures are shown for one or more sequences.
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 478               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 479               is enabled.
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 483               specific PDB id for sequence
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 487               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 488               columns' is disabled.
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 492               selects lowest rather than highest resolution structures
 493               for each sequence
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 497               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL- -->
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL- -->
 504             </li>
 505
 506             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941 /> RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 507           </ul>
 508           <em>Applet</em>
 509           <ul>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 512               hidden columns present before start of sequence
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 516               (JSON jars)
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 520               sequences are hidden in applet
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 524               deployment on examples pages.
 525             </li>
 526           </ul>
 527         </div>
 528       </td>
 529     </tr>
 530     <tr>
 531       <td width="60" nowrap>
 532         <div align="center">
 533           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 534             <em>16/10/2015</em></strong>
 535         </div>
 536       </td>
 537       <td><em>General</em>
 538         <ul>
 539           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 540             jars</li>
 541         </ul></td>
 542       <td>
 543         <div align="left">
 544           <em>Application</em>
 545           <ul>
 546             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 547               shown when tree is partitioned</li>
 548             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 549               multiple cDNA/Protein split views</li>
 550           </ul>
 551         </div>
 552       </td>
 553     </tr>
 554     <tr>
 555       <td width="60" nowrap>
 556         <div align="center">
 557           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 558             <em>8/10/2015</em></strong>
 559         </div>
 560       </td>
 561       <td><em>General</em>
 562         <ul>
 563           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 564             2.9</li>
 565         </ul> <em>Application</em>
 566         <ul>
 567           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 568           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 569           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 570         </ul> <em>Applet</em>
 571         <ul>
 572           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 573         </ul></td>
 574       <td>
 575         <div align="left">
 576           <em>General</em>
 577           <ul>
 578             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 579               incorrect when sequence start > 1</li>
 580             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 581               documentation</li>
 582             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 583             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 584               loading a features file containing HTML tags in feature
 585               description</li>
 586
 587           </ul>
 588           <em>Application</em>
 589           <ul>
 590             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 591               reimport</li>
 592             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 593               with 'trim retrieved sequences'</li>
 594             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 595               deleting selected columns</li>
 596             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 597               JNLP templates for webstart launch</li>
 598             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 599               unreleased structures for download or viewing</li>
 600             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 601               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 602             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 603               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 604             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 605               recovered from jalview project</li>
 606             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 607               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 608               alignment view</li>
 609             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 610               color schemes from BioJSON</li>
 611           </ul>
 612           <em>Applet</em>
 613           <ul>
 614             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 615               frame</li>
 616             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 617           </ul>
 618         </div>
 619       </td>
 620     </tr>
 621     <tr>
 622       <td><div align="center">
 623           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 624         </div></td>
 625       <td><em>General</em>
 626         <ul>
 627           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 628             alignments:
 629             <ul>
 630               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 631                 and DNA alignment views</li>
 632               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 633                 cDNA alignment views</li>
 634               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 635                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 636               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 637                 protein sequences</li>
 638             </ul>
 639           </li>
 640           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 641           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 642             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 643           <li>New alignment annotation file statements for
 644             reference sequences and marking hidden columns</li>
 645           <li>Reference sequence based alignment shading to
 646             highlight variation</li>
 647           <li>Select or hide columns according to alignment
 648             annotation</li>
 649           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 650           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 651             acid conservation row</li>
 652           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 653         </ul> <em>Application</em>
 654         <ul>
 655           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 656             <ul>
 657               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 658                 view with cDNA/Protein</li>
 659               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 660                 sequences are placed in the same alignment</li>
 661               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 662                 projects</li>
 663             </ul>
 664           </li>
 665
 666           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 667           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 668             Jalview windows</li>
 669
 670           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 671           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 672           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 673             be shown in VARNA</li>
 674
 675           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 676             as the active selected region</li>
 677
 678           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 679             similarity</li>
 680           <li>New Export options
 681             <ul>
 682               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 683                 region export in flat file generation</li>
 684
 685               <li>Export alignment views for display with the <a
 686                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 687
 688               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 689               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 690                 alignment figures to HTML</li>
 691           </li>
 692           <li>3D structure retrieval and display
 693             <ul>
 694               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 695                 Search API</li>
 696               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 697                 PDB structures for a sequence set</li>
 698             </ul>
 699           </li>
 700
 701           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 702             predictions</li>
 703           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 704             for one or a group of sequences</li>
 705           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 706             from the JPred4 web server</li>
 707           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 708             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 709             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 710           </li>
 711           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 712             VARNA 2D Structure'</li>
 713           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 714             Structure ..."</li>
 715
 716         </ul> <em>Applet</em>
 717         <ul>
 718           <li>New layout for applet example pages</li>
 719           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 720             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 721           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 722             Protein alignments</li>
 723         </ul> <em>Development and deployment</em>
 724         <ul>
 725           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 726           <li>Include installation type and git revision in build
 727             properties and console log output</li>
 728           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 729             storing BioJsMSA Templates</li>
 730           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 731         </ul></td>
 732       <td>
 733         <!-- <em>General</em>
 734         <ul>
 735         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 736         <ul>
 737           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 738           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 739           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 740             predictions are not highlighted in amber</li>
 741           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 742             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 743           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 744             associated structure views</li>
 745           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 746             width checkbox not enabled</li>
 747           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 748             creating user defined colours</li>
 749           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 750             mappings for just that viewer's sequences</li>
 751           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 752             multiple models in Chimera</li>
 753           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 754             over Jmol structure</li>
 755           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 756             output to text box</li>
 757           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 758             have incorrect sequence start/end</li>
 759           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 760             Jalview fails</li>
 761           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 762             work for nucleotide</li>
 763           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 764             to a grey/invisible alignment window</li>
 765           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 766             imports to different position</li>
 767           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 768             on some platforms</li>
 769           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 770             populated</li>
 771           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 772             console if Chimera has been opened</li>
 773           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 774           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 775             retrieved</li>
 776           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 777           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 778             either sequence shows on first structure</li>
 779           <li>'Show annotations' options should not make
 780             non-positional annotations visible</li>
 781           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 782             in right place after 'view flanking regions'</li>
 783           <li>File Save As type unset when current file format is
 784             unknown</li>
 785           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 786             projects</li>
 787           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 788             responsive</li>
 789           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 790             several views on same alignment</li>
 791           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 792           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 793             spaces</li>
 794         </ul> <em>Applet</em>
 795         <ul>
 796           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 797           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 798             descriptions containing angle brackets</li>
 799         </ul> <em>General</em>
 800         <ul>
 801           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 802             via jalview annotation file</li>
 803           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 804             with RNA secondary structure</li>
 805           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 806             translation doesn't work.</li>
 807           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 808           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 809             positions</li>
 810           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 811             choosing 1pt font</li>
 812           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 813             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 814             'h'</li>
 815           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 816             new feature</li>
 817           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 818             order dependent</li>
 819           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 820             sequences</li>
 821           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 822         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 823         <ul>
 824           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 825             www.jalview.org</li>
 826         </ul> <em>Application Known issues</em>
 827         <ul>
 828           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 829           <li>Misleading message appears after trying to delete
 830             solid column.</li>
 831           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 832             version launches</li>
 833           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 834             fails with a sequence mismatch</li>
 835           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 836             scrolling alignment to right</li>
 837           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 838             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 839           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 840             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 841           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 842             ultra-high resolution</li>
 843           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 844             quality and conservation</li>
 845           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 846             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 847         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 848         <ul>
 849           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 850           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 851             window is being resized</li>
 852
 853         </ul>
 854       </td>
 855     </tr>
 856     <tr>
 857       <td><div align="center">
 858           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 859         </div></td>
 860       <td><em>General</em>
 861         <ul>
 862           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 863             Certum.PL.</li>
 864           <li>Features and annotation preserved when performing
 865             pairwise alignment</li>
 866           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 867             imported/exported/displayed</li>
 868           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 869             protein secondary structure</li>
 870           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 871               post-hoc with 2.9 release</em>)
 872           </li>
 873
 874         </ul> <em>Application</em>
 875         <ul>
 876           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 877             with 3D structures</li>
 878           <li>Support for parsing RNAML</li>
 879           <li>Annotations menu for layout
 880             <ul>
 881               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 882               <li>place sequence annotation above/below alignment
 883                 annotation</li>
 884             </ul>
 885           <li>Output in Stockholm format</li>
 886           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 887             translation</li>
 888           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 889           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 890             shared between alignments</li>
 891           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 892             Jalview</li>
 893           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 894             all or current selection</li>
 895           <li>disorder and secondary structure predictions
 896             available as dataset annotation</li>
 897           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 898
 899
 900           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 901             alignments from Rfam</li>
 902           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 903
 904           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 905             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 906           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 907           <li>include installation type in build properties and
 908             console log output</li>
 909           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 910             annotation</li>
 911         </ul></td>
 912       <td>
 913         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 914         <ul>
 915           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 916             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 917           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 918             alignment</li>
 919           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 920           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 921           <li>Double click on sequence associated annotation
 922             selects only first column</li>
 923           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 924             leaves shown in tree</li>
 925           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 926             properly</li>
 927           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 928           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 929             screen and buttons not visible</li>
 930           <li>author list isn't updated if already written to
 931             Jalview properties</li>
 932           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 933             from database</li>
 934           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 935           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 936             browser search window</li>
 937           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 938             in feature settings dialog</li>
 939           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 940             desktop</li>
 941           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 942             pass validation</li>
 943           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 944             fit on screen</li>
 945           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 946             tooltip</li>
 947           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 948             defined user preset</li>
 949           <li>MSA web services warns user if they were launched
 950             with invalid input</li>
 951           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 952             Java 8</li>
 953           <li>
 954             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 955             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 956             created
 957           </li>
 958
 959         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 960                                 <ul>
 961                                 </ul> <em>General</em>
 962                                 <ul>
 963                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 964         <ul>
 965           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 966             memory allocation</li>
 967           <li>launchApp service doesn't automatically open
 968             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 969           <li>
 970             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 971             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 972             1.7_055 is available
 973           </li>
 974         </ul> <em>Application Known issues</em>
 975         <ul>
 976           <li>
 977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 978             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 979             alignment to right
 980           </li>
 981           <li>
 982             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 983             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 984             with large number of ID
 985           </li>
 986           <li>
 987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 988             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 989             start/end
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 993             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 994             structure tracks are rearranged
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 998             invalid rna structure positional highlighting does not
 999             highlight position of invalid base pairs
1000           </li>
1001           <li>
1002             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1003             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1004             project from alignment window file menu
1005           </li>
1006           <li>
1007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1008             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1009             structures
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1013             colour by RNA Helices not enabled when user created
1014             annotation added to alignment
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1018             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1019           </li>
1020         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1021         <ul>
1022           <li>
1023             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1024             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1025           </li>
1026           <li>
1027             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1028             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1029           </li>
1030
1031           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1032             when selected</li>
1033         </ul>
1034       </td>
1035     </tr>
1036     <tr>
1037       <td><div align="center">
1038           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1039         </div></td>
1040       <td>
1041         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1042         <em>General</em>
1043         <ul>
1044           <li>Internationalisation of user interface (usually
1045             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1046           <li>Define/Undefine group on current selection with
1047             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1048           <li>Improved group creation/removal options in
1049             alignment/sequence Popup menu</li>
1050           <li>Sensible precision for symbol distribution
1051             percentages shown in logo tooltip.</li>
1052           <li>Annotation panel height set according to amount of
1053             annotation when alignment first opened</li>
1054         </ul> <em>Application</em>
1055         <ul>
1056           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1057             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1058           <li>Select columns containing particular features from
1059             Feature Settings dialog</li>
1060           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1061             sequences</li>
1062           <li>Update Jalview project format:
1063             <ul>
1064               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1065               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1066                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1067               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1068                 colouring</li>
1069             </ul>
1070           </li>
1071           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1072             (PAM250)</li>
1073           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1074             flanking regions for an alignment</li>
1075         </ul>
1076       </td>
1077       <td>
1078         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1079         <ul>
1080           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1081             running after job is cancelled</li>
1082           <li>cannot export features from alignments imported from
1083             Jalview/VAMSAS projects</li>
1084           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1085             float values</li>
1086           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1087             have 'display all symbols' flag set</li>
1088           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1089             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1090           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1091             Jalview</li>
1092           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1093             Lion/Webstart</li>
1094           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1095           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1096           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1097             alignment onto desktop</li>
1098           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1099             'extract scores' function</li>
1100           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1101             alignment window</li>
1102           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1103             performing IUPred disorder prediction</li>
1104           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1105             changing 'normalise logo' display setting</li>
1106           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1107             nothing matches query</li>
1108           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1109             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1110           </li>
1111           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1112             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1113           </li>
1114           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1115             Jalview's menu</li>
1116           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1117             'invalid literal/length code'</li>
1118           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1119             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1120           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1121             colourscheme</li>
1122
1123         </ul> <em>Applet</em>
1124         <ul>
1125           <li>Remove group option is shown even when selection is
1126             not a group</li>
1127           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1128             don't affect groups</li>
1129           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1130             colourscheme name</li>
1131           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1132             Annotation panel is not displayed</li>
1133           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1134             embedded windows</li>
1135         </ul> <em>Other</em>
1136         <ul>
1137           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1138             single sequence were not calculated</li>
1139           <li>annotation files that contain only groups imported as
1140             annotation and junk sequences</li>
1141           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1142             recognised as PFAM or BLC</li>
1143           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1144             doesn't affect background (2.8.0b1)
1145           <li></li>
1146           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1147           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1148             trailing gaps</li>
1149           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1150             registered correctly on import</li>
1151           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1152             certain alignments</li>
1153           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1154             existing annotation based 'use original colours'
1155             colourscheme loses original colours setting</li>
1156         </ul>
1157       </td>
1158     </tr>
1159     <tr>
1160       <td><div align="center">
1161           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1162             <em>30/1/2014</em></strong>
1163         </div></td>
1164       <td>
1165         <ul>
1166           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1167             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1168             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1169             open source project).
1170           </li>
1171           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1172           </li>
1173           <li>Output in Stockholm format</li>
1174           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1175           <li>Export/import group and sequence associated line
1176             graph thresholds</li>
1177           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1178             ambiguity codes</li>
1179           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1180             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1181             works</li>
1182           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1183         </ul> <em>Other improvements</em>
1184         <ul>
1185           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1186           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1187             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1188           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1189             files</li>
1190           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1191           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1192             link but no description</li>
1193           <li>Select primary source when selecting authority in
1194             database fetcher GUI</li>
1195           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1196             Jalview</li>
1197           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1198         </ul>
1199       </td>
1200       <td>
1201         <ul>
1202           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1203             displayed</li>
1204           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1205             secondary structure annotation line</li>
1206           <li>Sequence database accessions not imported when
1207             fetching alignments from Rfam</li>
1208           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1209             identical IDs</li>
1210           <li>View all structures does not always superpose
1211             structures</li>
1212           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1213             reflect user or preset settings</li>
1214           <li>Null pointer exceptions for some services without
1215             presets or adjustable parameters</li>
1216           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1217             discover PDB xRefs</li>
1218           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1219             features with DAS</li>
1220           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1221             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1222           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1223             residue follows a gap</li>
1224           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1225             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1226           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1227             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1228           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1229             annotation already exists on alignment</li>
1230           <li>oninit javascript function should be called after
1231             initialisation completes</li>
1232           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1233             alignment window display</li>
1234           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1235           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1236             to annotation file</li>
1237           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1238             groups created</li>
1239           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1240             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1241           <li>Pressing return several times causes Number Format
1242             exceptions in keyboard mode</li>
1243           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1244             correct partitions for input data</li>
1245           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1246           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1247           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1248           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1249             mode</li>
1250           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1251             changes one row&#39;s threshold</li>
1252           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1253             doesn&#39;t open</li>
1254           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1255             quality histograms</li>
1256         </ul>
1257       </td>
1258     </tr>
1259     <tr>
1260       <td><div align="center">
1261           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1262         </div></td>
1263       <td><em>Application</em>
1264         <ul>
1265           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1266             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1267           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1268             preferences</li>
1269           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1270             in Jalview alignment window</li>
1271           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1272             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1273           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1274             RNA and ambiguity codes</li>
1275
1276           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1277           <li>Support fetching and database reference look up
1278             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1279             refs')</li>
1280           <li>Jalview project improvements
1281             <ul>
1282               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1283                 flag for annotation</li>
1284               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1285                 alignment</li>
1286               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1287                 Jalview project</li>
1288
1289             </ul>
1290           </li>
1291           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1292           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1293             running</li>
1294           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1295           <li>visual indication that web service results are still
1296             being retrieved from server</li>
1297           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1298             starts up for first time</li>
1299           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1300             services</li>
1301           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1302             client library</li>
1303           <li>Examples directory and Groovy library included in
1304             InstallAnywhere distribution</li>
1305         </ul> <em>Applet</em>
1306         <ul>
1307           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1308             visualization applet example</li>
1309         </ul> <em>General</em>
1310         <ul>
1311           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1312           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1313             defaults</li>
1314           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1315             calculation</li>
1316           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1317             matrices
1318           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1319             in HTML</li>
1320           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1321             structure contacts</li>
1322           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1323           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1324           <li>Parse sequence associated secondary structure
1325             information in Stockholm files</li>
1326           <li>HTML Export database accessions and annotation
1327             information presented in tooltip for sequences</li>
1328           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1329             style RNA alignment files</li>
1330           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1331             alignment</li>
1332           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1333             shade each sequence according to its associated alignment
1334             annotation</li>
1335           <li>New Jalview Logo</li>
1336         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1337         <ul>
1338           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1339           <li>New Website!</li>
1340         </ul></td>
1341       <td><em>Application</em>
1342         <ul>
1343           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1344             wsdbfetch REST service</li>
1345           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1346           <li>Filetype associations not installed for webstart
1347             launch</li>
1348           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1349             job execution in full once it is complete</li>
1350           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1351             uploaded via ali_file parameter</li>
1352           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1353           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1354           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1355             submitted for prediction</li>
1356           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1357             desktop window</li>
1358           <li>Putting fractional value into integer text box in
1359             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1360           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1361             windows 7</li>
1362           <li>View all structures fails with exception shown in
1363             structure view</li>
1364           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1365             escaped in a platform independent way</li>
1366           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1367             using proxy</li>
1368           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1369             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1370           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1371             failure when java web start temporary file caching is
1372             disabled</li>
1373           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1374             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1375           <li>Errors during processing of command line arguments
1376             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1377           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1378             DAS sources in sequence fetcher</li>
1379           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1380             dialog is shown</li>
1381           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1382           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1383           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1384           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1385             on OSX Mountain Lion</li>
1386           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1387             sequences with alignment annotation are pasted into the
1388             alignment</li>
1389           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1390             when loaded from Jalview project</li>
1391           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1392           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1393             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1394           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1395             associated with all views</li>
1396           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1397             annotation rows to new window</li>
1398         </ul> <em>Applet</em>
1399         <ul>
1400           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1401             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1402           <li>loading features via javascript API automatically
1403             enables feature display</li>
1404           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1405             work</li>
1406         </ul> <em>General</em>
1407         <ul>
1408           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1409           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1410             and then deselected</li>
1411           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1412           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1413             coloured with clustalx</li>
1414           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1415             exceptions and redraw errors</li>
1416           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1417             reconfigured view</li>
1418           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1419             colour</li>
1420           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1421             for lots of labels</li>
1422         </ul>
1423     </tr>
1424     <tr>
1425       <td>
1426         <div align="center">
1427           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1428         </div>
1429       </td>
1430       <td><em>Application</em>
1431         <ul>
1432           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1433           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1434           <li>View/alignment association menu to enable user to
1435             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1436             its colours/correspondences from</li>
1437           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1438           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1439             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1440           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1441           <li>Annotation row column label formatting attributes
1442             stored in project file</li>
1443           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1444             rows preserved in Jalview project file</li>
1445           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1446             saved using Desktop window menu</li>
1447           <li>Visual indication that command line arguments are
1448             still being processed</li>
1449           <li>Groovy script execution from URL</li>
1450           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1451             preferences</li>
1452           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1453             alignment with sequences that have high similarity and
1454             matching IDs</li>
1455           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1456           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1457             structures in same window</li>
1458           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1459           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1460             analysis function in its own submenu</li>
1461         </ul> <em>Applet</em>
1462         <ul>
1463           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1464             groups</li>
1465           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1466           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1467           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1468           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1469           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1470             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1471           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1472           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1473             parameters are treated as such</li>
1474           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1475             <ul>
1476               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1477               <li>Javascript callbacks for
1478                 <ul>
1479                   <li>Applet initialisation</li>
1480                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1481                 </ul>
1482               </li>
1483               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1484                 functions</li>
1485               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1486               <li>javascript structure viewer harness to pass
1487                 messages between Jmol and Jalview when running as
1488                 distinct applets</li>
1489               <li>sortBy method</li>
1490               <li>Set of applet and application examples shipped
1491                 with documentation</li>
1492               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1493                 javascript message exchange</li>
1494             </ul>
1495         </ul> <em>General</em>
1496         <ul>
1497           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1498             multiple alignments</li>
1499           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1500           <li>User configurable link to enable redirects to a
1501             www.Jalview.org mirror</li>
1502           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1503           <li>Configurable newline string when writing alignment
1504             and other flat files</li>
1505           <li>Allow alignment annotation description lines to
1506             contain html tags</li>
1507         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1508         <ul>
1509           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1510             examples</li>
1511           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1512             using a web service before displaying the result in the
1513             Jalview desktop</li>
1514           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1515           <li>Ant target to publish example html files with applet
1516             archive</li>
1517           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1518           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1519         </ul></td>
1520       <td><em>Application</em>
1521         <ul>
1522           <li>User defined colourscheme throws exception when
1523             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1524           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1525             dialog for valid filename/format</li>
1526           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1527           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1528             P37173</li>
1529           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1530             which sequence is to be associated with the file</li>
1531           <li>Find All raises null pointer exception when query
1532             only matches sequence IDs</li>
1533           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1534           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1535             2.4 cannot be loaded</li>
1536           <li>Filetype associations not installed for webstart
1537             launch</li>
1538           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1539             with sequences in different alignments do not get coloured
1540             by their associated sequence</li>
1541           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1542             not preserved when project is loaded</li>
1543           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1544             stored in Jalview project</li>
1545           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1546             Jalview project</li>
1547           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1548           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1549             by conservation</li>
1550           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1551             created on new view</li>
1552           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1553             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1554           <li>Alignment quality not updated after alignment
1555             annotation row is hidden then shown</li>
1556           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1557             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1558           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1559             properly</li>
1560           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1561             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1562           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1563           <li>Structures imported from file and saved in project
1564             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1565           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1566             job execution in full once it is complete</li>
1567         </ul> <em>Applet</em>
1568         <ul>
1569           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1570             annotation rows are displayed</li>
1571           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1572             codebase</li>
1573           <li>View follows highlighting does not work for positions
1574             in sequences</li>
1575           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1576           <li>Export features raises exception when no features
1577             exist</li>
1578           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1579             for javascript api is modified when separator string
1580             provided as parameter</li>
1581           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1582             alignment with no existing selection</li>
1583           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1584             to applet&#39;s codebase</li>
1585           <li>Status bar not updated after finished searching and
1586             search wraps around to first result</li>
1587           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1588             several Jalview applets causes race conditions and memory
1589             leaks</li>
1590           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1591             not sent from Jmol in applet</li>
1592           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1593             applet API fatally hang browser</li>
1594         </ul> <em>General</em>
1595         <ul>
1596           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1597             position with wrapped view and hidden regions</li>
1598           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1599             with/without hidden columns</li>
1600           <li>Sequence length given in alignment properties window
1601             is off by 1</li>
1602           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1603             import PDB like structure files</li>
1604           <li>Positional search results are only highlighted
1605             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1606           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1607           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1608             given sequence position</li>
1609           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1610             output</li>
1611           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1612             from nucleotide chains correctly</li>
1613           <li>Structure colours not updated when tree partition
1614             changed in alignment</li>
1615           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1616             parsed in interleaved stockholm</li>
1617           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1618             state</li>
1619           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1620             properly</li>
1621           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1622             properly associated with their pdb files</li>
1623         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1624         <ul>
1625           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1626             ApplyCopyright tool</li>
1627         </ul></td>
1628     </tr>
1629     <tr>
1630       <td>
1631         <div align="center">
1632           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1633         </div>
1634       </td>
1635       <td><em>Application</em>
1636         <ul>
1637           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1638             contact web services</li>
1639           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1640             service job window</li>
1641           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1642         </ul></td>
1643       <td>
1644         <ul>
1645           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1646             pir file emitted by Jalview</li>
1647           <li>Existing feature settings transferred to new
1648             alignment view created from cut'n'paste</li>
1649           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1650             parsing PDB files</li>
1651           <li>Consensus and conservation annotation rows
1652             occasionally become blank for all new windows</li>
1653           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1654             in wrapped view mode</li>
1655         </ul> <em>Application</em>
1656         <ul>
1657           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1658             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1659           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1660             parameter names</li>
1661           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1662             is down</li>
1663         </ul>
1664       </td>
1665     </tr>
1666     <tr>
1667       <td>
1668         <div align="center">
1669           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1670         </div>
1671       </td>
1672       <td><em>Application</em>
1673         <ul>
1674           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1675             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1676             (JABAWS)
1677           </li>
1678           <li>Web Services preference tab</li>
1679           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1680             preferences</li>
1681           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1682           <li>Superpose structures using associated sequence
1683             alignment</li>
1684           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1685             viewer</li>
1686         </ul> <em>Applet</em>
1687         <ul>
1688           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1689             link out mechanism</li>
1690         </ul> <em>Other</em>
1691         <ul>
1692           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1693             series 12</li>
1694           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1695             require Java 1.5</li>
1696           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1697             sequence annotation files</li>
1698           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1699             type colour specification</li>
1700           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1701             script to check if it being run in an interactive session or
1702             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1703         </ul></td>
1704       <td>
1705         <ul>
1706           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1707             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1708         </ul> <em>Application</em>
1709         <ul>
1710           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1711             selected Regions menu item</li>
1712           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1713             part of a valid accession ID</li>
1714           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1715             runs out of memory</li>
1716           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1717             analysis results</li>
1718           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1719             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1720           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1721         </ul> <em>Applet</em>
1722         <ul>
1723           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1724             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1725             defined.</li>
1726         </ul>
1727       </td>
1728     </tr>
1729     <tr>
1730       <td>
1731         <div align="center">
1732           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1733         </div>
1734       </td>
1735       <td></td>
1736       <td>
1737         <ul>
1738           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1739             sequence IDs</li>
1740           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1741             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1742           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1743             import correctly</li>
1744           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1745             number of columns are hidden</li>
1746           <li>annotation label popup menu not providing correct
1747             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1748             present</li>
1749           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1750             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1751           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1752             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1753
1754         </ul> <em>Applet</em>
1755         <ul>
1756           <li>annotation panel disappears when annotation is
1757             hidden/removed</li>
1758         </ul> <em>Application</em>
1759         <ul>
1760           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1761             alignment opened where annotation panel is visible but no
1762             annotations are present on alignment</li>
1763           <li>pasted region containing hidden columns is
1764             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1765           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1766             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1767           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1768             selected Rregions menu item.</li>
1769           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1770             'Un' or 'Non'conserved</li>
1771           <li>Sequence feature settings are being shared by
1772             multiple distinct alignments</li>
1773           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1774             changed</li>
1775           <li>double click on group annotation to select sequences
1776             does not propagate to associated trees</li>
1777           <li>Mac OSX specific issues:
1778             <ul>
1779               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1780                 window background</li>
1781               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1782                 name set correctly</li>
1783               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1784                 save feature colourscheme button</li>
1785             </ul>
1786           </li>
1787         </ul>
1788       </td>
1789     </tr>
1790     <tr>
1791
1792       <td>
1793         <div align="center">
1794           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1795         </div>
1796       </td>
1797       <td><em>New Capabilities</em>
1798         <ul>
1799           <li>URL links generated from description line for
1800             regular-expression based URL links (applet and application)
1801
1802
1803
1804           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1805             menu</li>
1806           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1807             structures</li>
1808           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1809             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1810           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1811             average score or total feature count for each sequence.</li>
1812           <li>Shading features by score or associated description</li>
1813           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1814             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1815           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1816             hide everything but the currently selected region.</li>
1817           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1818         </ul> <em>Application</em>
1819         <ul>
1820           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1821             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1822           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1823             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1824           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1825             database references and protein_name is parsed as
1826             description line (BioSapiens terms).</li>
1827           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1828             references in sequence ID tooltip from View menu in
1829             application.</li>
1830           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1831                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1832           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1833             conservation plots</li>
1834           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1835             and visualized as sequence logos</li>
1836           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1837             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1838           </li>
1839           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1840             when a new tree is opened.</li>
1841           <li>Jalview Java Console</li>
1842           <li>Better placement of desktop window when moving
1843             between different screens.</li>
1844           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1845             consensus annotation</li>
1846           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1847             Workflows</li>
1848           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1849             <ul>
1850               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1851                 used to preserve views, structures, and tree display
1852                 settings)</li>
1853               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1854                 command line</li>
1855               <li>Sharing of selected regions between views and
1856                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1857               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1858             </ul></li>
1859         </ul> <em>Applet</em>
1860         <ul>
1861           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1862           <li>New Parameters
1863             <ul>
1864               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1865                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1866                 opened.</li>
1867               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1868                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1869               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1870                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1871               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1872                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1873                 view</li>
1874               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1875                 increase the height or width of a cell in the alignment
1876                 grid relative to the current font size.</li>
1877             </ul>
1878           </li>
1879           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1880             tooltip</li>
1881         </ul> <em>Other</em>
1882         <ul>
1883           <li>Features format: graduated colour definitions and
1884             specification of feature scores</li>
1885           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1886             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1887             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1888           <li>XML formats extended to support graduated feature
1889             colourschemes, group associated annotation, and profile
1890             visualization settings.</li></td>
1891       <td>
1892         <ul>
1893           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1894             rather than description</li>
1895           <li>Non-positional features are now included in sequence
1896             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1897             visibility in tooltip).</li>
1898           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1899           <li>Added URL embedding instructions to features file
1900             documentation.</li>
1901           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1902             'X' in peptide product</li>
1903           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1904             sequence ID and sequence string and query strings do not
1905             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1906           <li>AMSA files only contain first column of
1907             multi-character column annotation labels</li>
1908           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1909             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1910             exported and re-imported)</li>
1911           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1912             name</li>
1913           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1914             as subsequence matches, and correctly reports total number
1915             of both.</li>
1916           <li>Application:
1917             <ul>
1918               <li>Better handling of exceptions during sequence
1919                 retrieval</li>
1920               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1921                 link text excludes the start_end suffix</li>
1922               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1923                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1924               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1925               <li>Sequence description lines properly shared via
1926                 VAMSAS</li>
1927               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1928                 data sources</li>
1929               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1930                 completes before alignment figures are generated.</li>
1931               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1932                 first time.</li>
1933               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1934                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1935               <li>User defined group colours properly recovered
1936                 from Jalview projects.</li>
1937             </ul>
1938           </li>
1939         </ul>
1940       </td>
1941
1942     </tr>
1943     <tr>
1944       <td>
1945         <div align="center">
1946           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1947         </div>
1948       </td>
1949       <td>
1950         <ul>
1951           <li>Experimental support for google analytics usage
1952             tracking.</li>
1953           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1954         </ul>
1955       </td>
1956       <td>
1957         <ul>
1958           <li>Race condition in applet preventing startup in
1959             jre1.6.0u12+.</li>
1960           <li>Exception when feature created from selection beyond
1961             length of sequence.</li>
1962           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1963           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1964             all sequences with a given id</li>
1965           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1966             ID string searches</li>
1967           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1968             alignment to fail with exception</li>
1969         </ul> <em>Application Issues</em>
1970         <ul>
1971           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1972           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1973             data sources</li>
1974         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1975         <ul>
1976           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1977             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1978           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1979             version (java class versioning error fixed)</li>
1980         </ul>
1981       </td>
1982     </tr>
1983     <tr>
1984       <td>
1985
1986         <div align="center">
1987           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1988         </div>
1989       </td>
1990       <td><em>User Interface</em>
1991         <ul>
1992           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1993             translation and protein products</li>
1994           <li>Linked highlighting of structure associated with
1995             residue mapping to codon position</li>
1996           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1997             and 'clear' button</li>
1998           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1999             Tools menu</li>
2000           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2001             numeric data in description line</li>
2002           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2003           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2004             of sequence</li>
2005         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2006         <ul>
2007           <li>JPred3 web service</li>
2008           <li>Prototype sequence search client (no public services
2009             available yet)</li>
2010           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2011             PFAM</li>
2012           <li>URL Links created for matching database cross
2013             references as well as sequence ID</li>
2014           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2015         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2016         <ul>
2017           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2018             databases</li>
2019           <li>Generalised database reference retrieval and
2020             validation to all fetchable databases</li>
2021           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2022             sequence command</li>
2023         </ul> <em>Import and Export</em>
2024         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2025         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2026           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2027         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2028           File</li>
2029         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2030           triplet as name of colourscheme</li>
2031         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2032         <ul>
2033           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2034           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2035             alignments (experimental)</li>
2036           <li>Create new or select existing session to join</li>
2037           <li>load and save of vamsas documents</li>
2038         </ul> <em>Application command line</em>
2039         <ul>
2040           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2041             from applet)</li>
2042           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2043             of DAS servers to query for alignment features</li>
2044           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2045             that are also automatically queried for features</li>
2046           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2047             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2048         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2049         <ul>
2050           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2051             application (when using &quot;View in full
2052             application&quot;)</li>
2053         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2054         <ul>
2055           <li>feature group display control parameter</li>
2056           <li>debug parameter</li>
2057           <li>showbutton parameter</li>
2058         </ul> <em>Applet API methods</em>
2059         <ul>
2060           <li>newView public method</li>
2061           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2062           <li>Feature display control methods</li>
2063           <li>get list of currently selected sequences</li>
2064         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2065         <ul>
2066           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2067           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2068             Jalview release.</li>
2069           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2070             property controls execution of obfuscator</li>
2071           <li>Build target for generating source distribution</li>
2072           <li>Debug flag for javacc</li>
2073           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2074             jalview.bin.Cache</li>
2075           <li>Continuous Build Integration for stable and
2076             development version of Application, Applet and source
2077             distribution</li>
2078         </ul></td>
2079       <td>
2080         <ul>
2081           <li>selected region output includes visible annotations
2082             (for certain formats)</li>
2083           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2084             for editing</li>
2085           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2086           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2087           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2088           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2089             comments</li>
2090           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2091             filenames containing a ':'</li>
2092           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2093             global sequence features</li>
2094           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2095             references from alignment sequences goes to zero</li>
2096           <li>Close of tree branch colour box without colour
2097             selection causes cascading exceptions</li>
2098           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2099           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2100             file parsing fails.</li>
2101           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2102           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2103             not a valid output format</li>
2104           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2105             vamsas</li>
2106           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2107           <li>error messages passed up and output when data read
2108             fails</li>
2109           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2110             sequence is edited</li>
2111           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2112             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2113           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2114             filetype</li>
2115           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2116             import fixed for PFAM records</li>
2117           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2118             window list</li>
2119           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2120             can be read and written correctly to annotation file</li>
2121           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2122             correctly</li>
2123           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2124             non-italic font for representatives in Applet</li>
2125           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2126             Macs.</li>
2127           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2128             Applet)</li>
2129           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2130             due to null pointer exceptions</li>
2131           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2132             first column of alignment</li>
2133           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2134             July 2008</li>
2135           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2136             file is case-insensitive</li>
2137           <li>Sequence features read from Features file appended to
2138             all sequences with matching IDs</li>
2139           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2140             containing a sub-sequence</li>
2141           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2142           <li>feature and annotation file applet parameters
2143             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2144           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2145           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2146             splash-screen version check to complete</li>
2147           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2148             when passing them to the launchApp service</li>
2149           <li>display name and local features preserved in results
2150             retrieved from web service</li>
2151           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2152             sequence fetcher initialisation</li>
2153           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2154             dasobert DAS client</li>
2155           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2156             association</li>
2157           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2158             sequences
2159           </li>
2160         </ul>
2161       </td>
2162     </tr>
2163     <tr>
2164       <td>
2165         <div align="center">
2166           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2167         </div>
2168       </td>
2169       <td>
2170         <ul>
2171           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2172           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2173           <li>Slide sequences</li>
2174           <li>Edit sequence in place</li>
2175           <li>EMBL CDS features</li>
2176           <li>DAS Feature mapping</li>
2177           <li>Feature ordering</li>
2178           <li>Alignment Properties</li>
2179           <li>Annotation Scores</li>
2180           <li>Sort by scores</li>
2181           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2182         </ul>
2183       </td>
2184       <td>
2185         <ul>
2186           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2187           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2188           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2189           <li>Feature group display state in XML</li>
2190           <li>Feature ordering in XML</li>
2191           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2192           <li>Stockholm alignment properties</li>
2193           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2194           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2195           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2196           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2197         </ul>
2198       </td>
2199
2200     </tr>
2201     <tr>
2202       <td>
2203         <div align="center">
2204           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2205         </div>
2206       </td>
2207       <td>
2208         <ul>
2209           <li>Non standard characters can be read and displayed
2210           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2211             applet via textbox
2212           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2213             name &amp; description
2214           <li>Preference setting to display sequence name in
2215             italics
2216           <li>Annotation file format extended to allow
2217             Sequence_groups to be defined
2218           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2219             specified in preferences
2220           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2221             sequences
2222         </ul>
2223       </td>
2224       <td>
2225         <ul>
2226           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2227             installed
2228           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2229           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2230         </ul>
2231       </td>
2232     </tr>
2233     <tr>
2234       <td>
2235         <div align="center">
2236           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2237         </div>
2238       </td>
2239       <td>
2240         <ul>
2241           <li>Multiple views on alignment
2242           <li>Sequence feature editing
2243           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2244           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2245           <li>Background dependent text colour
2246           <li>Right align sequence ids
2247           <li>User-defined lower case residue colours
2248           <li>Format Menu
2249           <li>Select Menu
2250           <li>Menu item accelerator keys
2251           <li>Control-V pastes to current alignment
2252           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2253           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2254           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2255
2256
2257
2258           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2259         </ul>
2260       </td>
2261       <td>
2262         <ul>
2263           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2264           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2265             calculations
2266           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2267             edits
2268           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2269             of alignment)
2270           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2271
2272
2273
2274           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2275             display correctly
2276           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2277           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2278             analysis results
2279           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2280             &#8739;
2281           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2282           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2283           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2284
2285
2286
2287         </ul>
2288       </td>
2289     </tr>
2290     <tr>
2291       <td>
2292         <div align="center">
2293           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2294         </div>
2295       </td>
2296       <td>
2297         <ul>
2298           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2299         </ul>
2300       </td>
2301       <td>
2302         <ul>
2303           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2304             sequence id panel has been resized</li>
2305           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2306             rendered</li>
2307           <li>Annotation files with sequence references - all
2308             elements in file are relative to sequence position</li>
2309           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2310         </ul>
2311       </td>
2312     </tr>
2313     <tr>
2314       <td>
2315         <div align="center">
2316           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2317         </div>
2318       </td>
2319       <td>
2320         <ul>
2321           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2322           <li>DAS Feature fetching</li>
2323           <li>Hide sequences and columns</li>
2324           <li>Export Annotations and Features</li>
2325           <li>GFF file reading / writing</li>
2326           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2327             files</li>
2328           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2329           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2330           <li>Applet can launch the full application</li>
2331           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2332             required)</li>
2333           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2334           <li>Applet can load sequences from parameter
2335             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2336           </li>
2337         </ul>
2338       </td>
2339       <td>
2340         <ul>
2341           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2342           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2343           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2344         </ul>
2345       </td>
2346     </tr>
2347     <tr>
2348       <td>
2349         <div align="center">
2350           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2351         </div>
2352       </td>
2353       <td>
2354         <ul>
2355           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2356           <li>Choose to match case when searching</li>
2357           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2358             expand the visible width and height of the alignment</li>
2359         </ul>
2360       </td>
2361       <td>
2362         <ul>
2363           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2364         </ul>
2365       </td>
2366     </tr>
2367     <tr>
2368       <td>
2369         <div align="center">
2370           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2371         </div>
2372       </td>
2373       <td>&nbsp;</td>
2374       <td>
2375         <ul>
2376           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2377           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2378             value</li>
2379         </ul>
2380       </td>
2381     </tr>
2382     <tr>
2383       <td>
2384         <div align="center">
2385           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2386         </div>
2387       </td>
2388       <td>
2389         <ul>
2390           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2391           <li>Keyboard editing</li>
2392           <li>Create sequence features from searches</li>
2393           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2394             alignments</li>
2395           <li>Features file allows grouping of features</li>
2396           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2397           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2398           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2399         </ul>
2400       </td>
2401       <td>
2402         <ul>
2403           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2404           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2405             descriptions saved.</li>
2406         </ul>
2407       </td>
2408     </tr>
2409     <tr>
2410       <td>
2411         <div align="center">
2412           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2413         </div>
2414       </td>
2415       <td>
2416         <ul>
2417           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2418           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2419           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2420             name for file output</li>
2421           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2422           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2423             used for HTML form input</li>
2424         </ul>
2425       </td>
2426       <td>
2427         <ul>
2428           <li>HTML output writes groups and features</li>
2429           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2430           <li>File IO bugs</li>
2431         </ul>
2432       </td>
2433     </tr>
2434     <tr>
2435       <td>
2436         <div align="center">
2437           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2438         </div>
2439       </td>
2440       <td>
2441         <ul>
2442           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2443           <li>More options for PCA viewer</li>
2444         </ul>
2445       </td>
2446       <td>
2447         <ul>
2448           <li>GUI bugs resolved</li>
2449           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2450         </ul>
2451       </td>
2452     </tr>
2453     <tr>
2454       <td height="63">
2455         <div align="center">
2456           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2457         </div>
2458       </td>
2459       <td>
2460         <ul>
2461           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2462           <li>Jar files are executable</li>
2463           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2464         </ul>
2465       </td>
2466       <td>
2467         <ul>
2468           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2469           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2470           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2471         </ul>
2472       </td>
2473     </tr>
2474     <tr>
2475       <td>
2476         <div align="center">
2477           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2478         </div>
2479       </td>
2480       <td>
2481         <ul>
2482           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2483         </ul>
2484       </td>
2485       <td>
2486         <ul>
2487           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2488         </ul>
2489       </td>
2490     </tr>
2491     <tr>
2492       <td>
2493         <div align="center">
2494           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2495         </div>
2496       </td>
2497       <td>
2498         <ul>
2499           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2500             size</li>
2501         </ul>
2502       </td>
2503       <td>
2504         <ul>
2505           <li>Improved JPred client reliability</li>
2506           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2507         </ul>
2508       </td>
2509     </tr>
2510     <tr>
2511       <td>
2512         <div align="center">
2513           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2514         </div>
2515       </td>
2516       <td>
2517         <ul>
2518           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2519           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2520           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2521             to Colour Menu</li>
2522           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2523           <li>Unix users can set default web browser</li>
2524           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2525           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2526         </ul>
2527       </td>
2528       <td>
2529         <ul>
2530           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2531         </ul>
2532       </td>
2533     </tr>
2534     <tr>
2535       <td>
2536         <div align="center">
2537           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2538         </div>
2539       </td>
2540       <td>&nbsp;</td>
2541       <td>
2542         <ul>
2543           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2544             alignment order.</li>
2545         </ul>
2546       </td>
2547     </tr>
2548     <tr>
2549       <td>
2550         <div align="center">
2551           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2552         </div>
2553       </td>
2554       <td>
2555         <ul>
2556           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2557           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2558           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2559             annotations.</li>
2560           <li>Version and build date written to build properties
2561             file.</li>
2562           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2563             at launch of Jalview.</li>
2564         </ul>
2565       </td>
2566       <td>
2567         <ul>
2568           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2569           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2570           <li>Can remove groups one by one.</li>
2571           <li>Filechooser icons installed.</li>
2572           <li>Finder ignores return character when searching.
2573             Return key will initiate a search.<br>
2574           </li>
2575         </ul>
2576       </td>
2577     </tr>
2578     <tr>
2579       <td>
2580         <div align="center">
2581           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2582         </div>
2583       </td>
2584       <td>
2585         <ul>
2586           <li>New codebase</li>
2587         </ul>
2588       </td>
2589       <td>&nbsp;</td>
2590     </tr>
2591   </table>
2592   <p>&nbsp;</p>
2593 </body>
2594 </html>