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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <td width="60" nowrap>
  71       <div align="center">
  72         <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.5</a><br /> <em>4/09/2018</em></strong>
  73       </div>
  74     </td>
  75     <td><div align="left">
  76         <em></em>
  77         <ul>
  78         </ul>
  79       </div></td>
  80     <td><div align="left">
  81         <em></em>
  82         <ul>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  85             sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  86             SVG, PNG or HTML. <em>Display of these can be
  87               configured via the Format menu or in batch mode with a
  88               jalview properties file.</em>
  89           </li>
  90         </ul>
  91       </div></td>
  92     </tr>
  93     <tr>
  94       <td width="60" nowrap>
  95         <div align="center">
  96           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
  97             <em>7/06/2018</em></strong>
  98         </div>
  99       </td>
 100       <td><div align="left">
 101           <em></em>
 102           <ul>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 105               annotation retrieved from Uniprot
 106             </li>
 107             <li>
 108               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 109               onto the Jalview Desktop
 110             </li>
 111           </ul>
 112         </div></td>
 113       <td><div align="left">
 114           <em></em>
 115           <ul>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 118               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 119             </li>
 120             <li>
 121               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 122               right-hand column parsed correctly
 123             </li>
 124             <li>
 125               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 126               not alignment area in exported graphic
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 130               window has input focus
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 134               annotation added to view (Windows)
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 138               network connectivity is poor
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 142               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 143                 the currently open URL and links from a page viewed in
 144                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 145                 you are using Edge, only links in the page can be
 146                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 147                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 148             </li>
 149           </ul>
 150         </div></td>
 151     </tr>
 152     <tr>
 153       <td width="60" nowrap>
 154         <div align="center">
 155           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 156         </div>
 157       </td>
 158       <td><div align="left">
 159           <em></em>
 160           <ul>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 163               for disabling automatic superposition of multiple
 164               structures and open structures in existing views
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 168               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 169               adjust them.
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 173               Ensembl services
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 177               and lots of hidden columns
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 181               of features (particularly when transparency is disabled)
 182             </li>
 183           </ul>
 184           </div>
 185       </td>
 186       <td><div align="left">
 187           <ul>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 190               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 194               overlapping alignment panel
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 198               sequence as gaps
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 202               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 203               UTR
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 207               factor annotation not added to sequence when local PDB
 208               file associated with it by drag'n'drop or structure
 209               chooser
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 213               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 217               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 221               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 225               columns in annotation row
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 229               honored in batch mode
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 233               for structures added to existing Jmol view
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 237               entries after importing project with multiple views
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 241               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 242               with negative residue numbers or missing residues fails
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 246               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 247               as generated by CONSURF)
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 251               tooltip doesn't include a text description of mutation
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 255               structure and/or overview windows are also shown
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 259               very slow for alignments with large numbers of sequences
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 263               with 'StringIndexOutOfBounds'
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 267               platforms running Java 10
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 271               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 272             </li>
 273           </ul>
 274           <em>Applet</em>
 275           <ul>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 278               should copy the group consensus when popup is opened on it
 279             </li>
 280           </ul>
 281           <em>Batch Mode</em>
 282           <ul>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 285           </li>
 286           </ul>
 287           <em>New Known Defects</em>
 288           <ul>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 291               editing a large alignment and overview is displayed
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 295               repeatedly after a series of edits even when the overview
 296               is no longer reflecting updates
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 300               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 301               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 302               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 303             </li>
 304           </ul>
 305         </div>
 306           </td>
 307     </tr>
 308     <tr>
 309       <td width="60" nowrap>
 310         <div align="center">
 311           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 312         </div>
 313       </td>
 314       <td><div align="left">
 315           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 316               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 317       <td><div align="left">
 318           <em>Desktop</em><ul>
 319           <ul>
 320             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 321             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 322             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 323             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 324             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 325             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 326             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 327           </ul>
 328           </div>
 329       </td>
 330     </tr>
 331     <tr>
 332       <td width="60" nowrap>
 333         <div align="center">
 334           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 335         </div>
 336       </td>
 337       <td><div align="left">
 338           <em></em>
 339           <ul>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 342               rendering of sequence features
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 346               429 rate limit request hander
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 350               their colours have changed
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 354               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 358               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 362               view from Ensembl locus cross-references
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 366               Alignment report
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 370               feature can be disabled
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 374               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 378               Uniprot
 379             </li>
 380           </ul>
 381           <em>Scripting</em>
 382           <ul>
 383             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 384             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 385               percent identity scores for current alignment.</li>
 386           </ul>
 387           <em>Testing and Deployment</em>
 388           <ul>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 391             </li>
 392           </ul>
 393         </div></td>
 394       <td><div align="left">
 395           <em>General</em>
 396           <ul>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 399               threshold text field doesn't trigger an update to the
 400               alignment view
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 404               strings in parallel
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 408               alignment window is closed
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 412               group visibility
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 416               takes a long time in Cursor mode
 417             </li>
 418           </ul>
 419           <em>Desktop</em>
 420           <ul>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 423               cannot be viewed in Chimera
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 427               CDS/Protein view
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 431               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 432               Search Dialogs
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 442               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 446               scrolling right in unwapped alignment view
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 450               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 451               database
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 455               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 459               features of same type and group to be selected for
 460               amending
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 464               alignments when hidden columns are present
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 468               displaying several structures
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 472               moving a window
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 476               within the Jalview desktop on OSX
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 480               when in wrapped alignment mode
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 484               hand end of alignment
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 488               each selected sequence do not have correct start/end
 489               positions
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 493               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 497               restoring project until a new view is created
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 501               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 502               configured (since 2.10.2b2)
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 506               position is adjusted
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 510               in a multi-chain structure when viewing alignment
 511               involving more than one chain (since 2.10)
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 515               if new selection moves alignment window
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 519               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 523               that produces correctly annotated transcripts and products
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 527               doesn't update associated structure view
 528             </li>
 529           </ul>
 530           <em>Applet</em><br />
 531           <ul>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 534               closing alignment panel
 535             </li>
 536           </ul>
 537           <em>BioJSON</em><br />
 538           <ul>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 541               non-positional features
 542             </li>
 543           </ul>
 544           <em>New Known Issues</em>
 545           <ul>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 548               sequence features correctly (for many previous versions of
 549               Jalview)
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 553               using cursor in wrapped panel other than top
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 557               graduated colour threshold
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 561               always preserve numbering and sequence features
 562             </li>
 563           </ul>
 564           <em>Known Java 9 Issues</em>
 565           <ul>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 568               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 569               9.01, OSX 10.10)
 570             </li>
 571           </ul>
 572         </div></td>
 573     </tr>
 574     <tr>
 575       <td width="60" nowrap>
 576         <div align="center">
 577           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 578             <em>2/10/2017</em></strong>
 579         </div>
 580       </td>
 581       <td><div align="left">
 582           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 583           <ul>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 586             </li>
 587             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 588             </li>
 589           </ul>
 590         </div></td>
 591       <td><div align="left">
 592         </div></td>
 593     </tr>
 594     <tr>
 595       <td width="60" nowrap>
 596         <div align="center">
 597           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 598             <em>7/9/2017</em></strong>
 599         </div>
 600       </td>
 601       <td><div align="left">
 602           <em></em>
 603           <ul>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 606               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 607               white)
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 611               Preferences
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 615               in size and progress bar shown as higher resolution
 616               overview is recalculated
 617             </li>
 618
 619           </ul>
 620         </div></td>
 621       <td><div align="left">
 622           <em></em>
 623           <ul>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 626               column region row by row
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 630               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 634               format setting is unticked
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 638               if group has show boxes format setting unticked
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 642               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 643               include sequences and columns not currently displayed
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 647               assemblies are imported via CIF file
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 651               displayed when threshold or conservation colouring is also
 652               enabled.
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 656               server version
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 660               dragging a selected region off the visible region of the
 661               alignment
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 665               colourscheme to all groups in a view
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 669               initially after font size change using the Font chooser or
 670               middle-mouse zoom
 671             </li>
 672           </ul>
 673         </div></td>
 674     </tr>
 675     <tr>
 676       <td width="60" nowrap>
 677         <div align="center">
 678           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 679         </div>
 680       </td>
 681       <td><div align="left">
 682           <em>Calculations</em>
 683           <ul>
 684
 685             <li>
 686               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 687               ungapped positions in each column of the alignment.
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 691               a calculation dialog box
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 695               and memory efficiency (~30x faster)
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 699               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 700               and other calculations
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 704               files within the Jalview codebase
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 708               Similarity may have different topology due to increased
 709               precision
 710             </li>
 711           </ul>
 712           <em>Rendering</em>
 713           <ul>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 716               model for alignments and groups
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 720               scripts
 721             </li>
 722           </ul>
 723           <em>Overview</em>
 724           <ul>
 725             <li>
 726               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 727               with alignment and overview windows
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 731               overview
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 735               omitted in Overview
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 739               adjustment of visible position
 740             </li>
 741           </ul>
 742
 743           <em>Data import/export</em>
 744           <ul>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 747               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 751               annotation input/output via stockholm flatfile
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 755               extension when importing structure files without embedded
 756               names or PDB accessions
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 760               format sequence substitution matrices
 761             </li>
 762           </ul>
 763           <em>User Interface</em>
 764           <ul>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 767               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 768               the application.
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 772               via Overview or sequence motif search operations
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 776               opened by double clicking gaps within sequence feature
 777               extent
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 781               aligned positions were available to create a 3D structure
 782               superposition.
 783             </li>
 784           </ul>
 785           <em>3D Structure</em>
 786           <ul>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 789               coloured in linked structure views
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 793               file-based command exchange
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 797               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 798               structures are already available for sequences
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 802               the Jalview project rather than downloaded again when the
 803               project is reopened.
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 807               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 808               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 809                 Feature</strong>)
 810             </li>
 811           </ul>
 812           <em>Web Services</em>
 813           <ul>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 819               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 820               Analysis services
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 824               cross-references provided by identifiers.org and the
 825               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 826             </li>
 827           </ul>
 828
 829           <em>Scripting</em>
 830           <ul>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 833               identifying file formats (instead of String constants)
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 837               efficiency when counting all displayed features (not
 838               backwards compatible with 2.10.1)
 839             </li>
 840           </ul>
 841           <em>Example files</em>
 842           <ul>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 845               included in the example feature file
 846             </li>
 847           </ul>
 848           <em>Documentation</em>
 849           <ul>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 852               with the built-in Java help viewer
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 856               sequence description' option
 857             </li>
 858           </ul>
 859           <em>Test Suite</em>
 860           <ul>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 863               Uniprot REST Free Text Search Client
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 870               during tests
 871             </li>
 872           </ul>
 873         </div></td>
 874       <td><div align="left">
 875           <em>Calculations</em>
 876           <ul>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 879               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 880               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 881             </li>
 882             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 883               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 884               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 885               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 886               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 887               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 888               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 889               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 890               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 891               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 892               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 893               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 894               // for 2.10.1 mode <br />
 895               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 896               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 897                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 898                 calculations (not recommended)</em></li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 901               scaling of branch lengths for trees computed using
 902               Sequence Feature Similarity.
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 906               generating output report when working with highly
 907               redundant alignments
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 911               right of selected region when gaps present on right-hand
 912               boundary
 913             </li>
 914           </ul>
 915           <em>User Interface</em>
 916           <ul>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 919               doesn't reselect a specific sequence's associated
 920               annotation after it was used for colouring a view
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 924               opened on a region of alignment without groups
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 928               of an alignment with overlapping groups
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 932               name and description match
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 936               hidden regions results in incorrect hidden regions
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 940               changing colour does not apply Conservation slider value
 941               to all groups
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 945               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 949               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 953               gaps before start of features
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 957               restored to UI when feature colour is edited
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 961               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 965               as graduate feature colour settings are modified via the
 966               dialog box
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 970               when a group defined on the alignment is resized
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 974               wrapped view result in positional status updates
 975             </li>
 976
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 979               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 983               alignment included gapped columns
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 987               widgets don't permanently disappear
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 991               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 992               T-Coffee column reliability scores)
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 996               sequence feature on gaps only
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1000               button from a Find inherit previously defined feature type
1001               rather than the Find query string
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1005               exporting tree calculated in Jalview
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1009               and then revealing them reorders sequences on the
1010               alignment
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1014               doesn't update to reflect available set of groups after
1015               interactively adding or modifying features
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1019               Linux
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1023               only excluded gaps in current sequence and ignored
1024               selection.
1025             </li>
1026           </ul>
1027           <em>Rendering</em>
1028           <ul>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1031               erratically when hidden rows or columns are present
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1035               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1036               sequence colouring
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1040               colour and group colour menu for protein alignments
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1044               reflect currently selected view or group's shading
1045               thresholds
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1049               when rendered on overview and structures when opacity at
1050               100%
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1054               overview when features overlaid on alignment
1055             </li>
1056           </ul>
1057           <em>Data import/export</em>
1058           <ul>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1061               load
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1065               added after a sequence was imported are not written to
1066               Stockholm File
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1070               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1074               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1078               with lightGray or darkGray via features file (but can
1079               specify lightgray)
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1083               when alignment view imported from project
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1087               structure and sequences extracted from structure files
1088               imported via URL and viewed in Jmol
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1092               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1093               the project is loaded and the structure viewed
1094             </li>
1095           </ul>
1096           <em>Web Services</em>
1097           <ul>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1100               release of Ensembl v.88
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1104               appear enabled in Preferences->Connections
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1108               removed from console output
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1112               Ensembl by Peptide ID
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1116               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1117               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1118               due to 'null' string rather than empty string used for
1119               residues with no corresponding PDB mapping).
1120             </li>
1121           </ul>
1122           <em>Application UI</em>
1123           <ul>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1126               menu
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1130               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1131               new documentation and tooltips added)
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1135               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1139               new features are added to alignment
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1143               changes to feature colours via the Amend features dialog
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1147               edit graduated feature colour via amend features dialog
1148               box
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1152               selection menu changes colours of alignment views
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1156               from alignment calculation workers after alignment has
1157               been closed
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1161               groups now 'Create Group'
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1165               Create/Undefine group doesn't always work
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1169               shown again after pressing 'Cancel'
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1173               adjusts start position in wrap mode
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1177               ambiguous amino acids
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1181               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1182               proteins
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1186               Defined' don't appear in Colours menu
1187             </li>
1188           </ul>
1189           <em>Applet</em>
1190           <ul>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1193               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1197               overview or linked structure view
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1201               work (since 2.8)
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1205               user-defined colourscheme doesn't restore original
1206               colourscheme
1207             </li>
1208           </ul>
1209           <em>Test Suite</em>
1210           <ul>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1213               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1217               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1218               problems with deep array comparison equality asserts in
1219               successive versions of TestNG
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1223               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1224             </li>
1225           </ul>
1226           <em>New Known Issues</em>
1227           <ul>
1228             <li>
1229               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1230               phase after a sequence motif find operation
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1234               containing just upper and lower case letters are
1235               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1239               reliably from eggnog Ortholog database
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1243               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1244               to mark columns containing highlighted regions.
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1248               doesn't always add secondary structure annotation.
1249             </li>
1250           </ul>
1251         </div>
1252     <tr>
1253       <td width="60" nowrap>
1254         <div align="center">
1255           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1256         </div>
1257       </td>
1258       <td><div align="left">
1259           <em>General</em>
1260           <ul>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1263               for all consensus calculations
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1267               3rd Oct 2016)
1268             </li>
1269             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1270               for 2016-2017</li>
1271           </ul>
1272           <em>Application</em>
1273           <ul>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1276               set of database cross-references, sorted alphabetically
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1280               from database cross references. Users with custom links
1281               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1282                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1286               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1287               Chimera session
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1291               the Chimera it is connected to is shut down
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1295               columns menu item to mark columns containing highlighted
1296               regions (e.g. from structure selections or results of a
1297               Find operation)
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1301               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1302               MSAviewer
1303             </li>
1304           </ul>
1305         </div></td>
1306       <td>
1307         <div align="left">
1308           <em>General</em>
1309           <ul>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1312               are not coloured or thresholded according to percent
1313               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1317               hydrophobic
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1321               threshold, amino acid properties)
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1325               reported as mapped to residues in a structure file in the
1326               View Mapping report
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1330               could be added multiple times to a sequence
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1334               bond features shown as two highlighted residues rather
1335               than a range in linked structure views, and treated
1336               correctly when selecting and computing trees from features
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1340               cross-references are matched to database name regardless
1341               of case
1342             </li>
1343
1344           </ul>
1345           <em>Application</em>
1346           <ul>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1349               names without regular expressions also offer links from
1350               Sequence ID
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1354               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1355               update Jalview configuration
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1359               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1363               files with similarly named sequences if dropped onto the
1364               alignment
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1368               entries where more chains exist in the PDB accession than
1369               are reported in the SIFTS file
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1373               the structure view when displayed with Chimera
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1377               panel's View->Show Chains submenu
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1381               work for wrapped alignment views
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1385               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1389               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1390               first annotation row
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1394               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1398               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1399             </li>
1400             <!-- JAL-2319 -->
1401             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1402             coordindate data
1403             </li>
1404           </ul>
1405           <!--           <em>New Known Issues</em>
1406           <ul>
1407             <li></li>
1408           </ul> -->
1409         </div>
1410       </td>
1411     </tr>
1412     <td width="60" nowrap>
1413       <div align="center">
1414         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1415           <em>25/10/2016</em></strong>
1416       </div>
1417     </td>
1418     <td><em>Application</em>
1419       <ul>
1420         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1421           view if structures already loaded</li>
1422         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1423           structure views</li>
1424       </ul></td>
1425     <td>
1426       <div align="left">
1427         <em>General</em>
1428         <ul>
1429           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1430             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1431           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1432             example sequences/projects/trees</li>
1433         </ul>
1434         <em>Application</em>
1435         <ul>
1436           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1437             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1438           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1439             without timeout for structures with multiple models or
1440             multiple sequences in alignment</li>
1441           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1442             PDB ID HEADER line</li>
1443           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1444             is performed</li>
1445           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1446             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1447           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1448           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1449             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1450             option</li>
1451           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1452             is created on the alignment</li>
1453           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1454             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1455             pop-up menu</li>
1456         </ul>
1457         <em>Build and deployment</em>
1458         <ul>
1459           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1460             tags</li>
1461         </ul>
1462         <em>New Known Issues</em>
1463         <ul>
1464           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1465             on Windows</li>
1466         </ul>
1467       </div>
1468     </td>
1469     </tr>
1470     <tr>
1471       <td width="60" nowrap>
1472         <div align="center">
1473           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1474         </div>
1475       </td>
1476       <td><em>General</em>
1477         <ul>
1478           <li>
1479             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1480           </li>
1481           <li>
1482             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1483             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1484             better PDB parsing.
1485           </li>
1486           <li>
1487             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1488             reference sequence
1489           </li>
1490           <li>
1491             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1492             mousing over sequence associated annotation
1493           </li>
1494           <li>
1495             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1496             for manual entry
1497           </li>
1498           <li>
1499             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1500             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1501             for each column
1502           </li>
1503           <li>
1504             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1505             showing or hiding columns containing a feature
1506           </li>
1507           <li>
1508             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1509             group and sequence associated annotation labels
1510           </li>
1511           <li>
1512             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1513             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1514             dialogs
1515           </li>
1516
1517         </ul> <em>Application</em>
1518         <ul>
1519           <li>
1520             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1521             gene/transcript view
1522           </li>
1523           <li>
1524             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1525             dialog
1526           </li>
1527           <li>
1528             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1529             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1530           </li>
1531           <li>
1532             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1533             Pfam sources to xfam.org
1534           </li>
1535           <li>
1536             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1537           </li>
1538           <li>
1539             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1540             over sequences in Jalview
1541           </li>
1542           <li>
1543             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1544             regions in ENA and EMBL
1545           </li>
1546           <li>
1547             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1548             for record retrieval via ENA rest API
1549           </li>
1550           <li>
1551             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1552             complement operator
1553           </li>
1554           <li>
1555             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1556             groovy script execution
1557           </li>
1558           <li>
1559             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1560             alignment window's Calculate menu
1561           </li>
1562           <li>
1563             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1564             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1565           </li>
1566           <li>
1567             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1568             calculation workers from groovy scripts
1569           </li>
1570           <li>
1571             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1572             Jalview projects
1573           </li>
1574           <li>
1575             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1576             associations are now saved/restored from project
1577           </li>
1578           <li>
1579             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1580             before sequence fetcher is opened
1581           </li>
1582           <li>
1583             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1584             database chooser opens a sequence fetcher
1585           </li>
1586           <li>
1587             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1588             the UniProt REST API
1589           </li>
1590           <li>
1591             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1592             the news reader opening
1593           </li>
1594           <li>
1595             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1596             querying stored in preferences
1597           </li>
1598           <li>
1599             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1600             search results
1601           </li>
1602           <li>
1603             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1604           </li>
1605           <li>
1606             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1607             menu for nucleotide sequences
1608           </li>
1609           <li>
1610             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1611             and feature counts preserves alignment ordering (and
1612             debugged for complex feature sets).
1613           </li>
1614           <li>
1615             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1616             viewing structures with Jalview 2.10
1617           </li>
1618           <li>
1619             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1620             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1621             Ensembl Genomes REST API
1622           </li>
1623           <li>
1624             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1625             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1626             (Ensembl)
1627           </li>
1628           <li>
1629             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1630             sequences
1631           </li>
1632           <li>
1633             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1634             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1635             data from external database records.
1636           </li>
1637           <li>
1638             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1639             efficient recovery of sequence coding and alignment
1640             annotation relationships.
1641           </li>
1642         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1643         <ul>
1644           <li>
1645             -- JAL---
1646           </li>
1647         </ul> --></td>
1648       <td>
1649         <div align="left">
1650           <em>General</em>
1651           <ul>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1654               menu on OSX
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1658               includes graduated colourschemes
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1662               working with big alignments and lots of hidden columns
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1666               at right of alignment window
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1670               contents
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1674               for DNA alignments
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1678               based tree calculation
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1682               unconserved enabled for group on alignment
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1686               set as reference
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1690               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1691               annotation
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1695               hidden columns present
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1699               user created annotation added to alignment
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1703               '()' base pair annotation
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1707               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1708               Consensus
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1712               feature not working
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1716               beginning of sequence
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1720               entry 3a6s
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1724               from a tree when t-coffee scores are shown
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1728               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1732               some structures
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1736               to Clustal, PIR and PileUp output
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1740               not visible causes alignment window to repaint
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1744               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1745               scores associated with features and annotation rows
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1749               calculation should be case independent
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1753               columns
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1757               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1758               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1762               problems when reference sequence defined and 'show
1763               non-conserved' enabled
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1767               load even when Consensus calculation is disabled
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1771               alignment does nothing
1772             </li>
1773           </ul>
1774           <em>Application</em>
1775           <ul>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1778               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1779               yet fixed for El Capitan)
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1783               output when running on non-gb/us i18n platforms
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1787               hidden sequences as flat-file alignment
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1791               launching Chimera
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1795               (also hotfix for 2.9.0b2)
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1799               reference sequence defined
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1803               alignments and views when revealing hidden columns
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1807               view in a cDNA/Protein splitframe
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1811               sequence from project when only one sequence is
1812               represented
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1816               in Structure Chooser
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1820               structure consensus didn't refresh annotation panel
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1824               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1828               dialogs format columns correctly, don't display array
1829               data, sort columns according to type
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1833               file chooser is cancelled during an image export
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1837               sequence name containing special characters
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1841               case insensitive
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1845               formatting don't wrap
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1849               truncated so L looks like I in consensus annotation
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1853               currently displayed features for the current selection or
1854               view
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1858               after fetching cross-references, and restoring from
1859               project
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1863               followed in the structure viewer
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1867               splitframe not restored from project
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1871               trailing end of protein alignment in transcript/product
1872               splitview when pad-gaps not enabled by default
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1876               is case dependent
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1880               article has been read (reopened issue due to
1881               internationalisation problems)
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1885               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1886               cross-references
1887             </li>
1888
1889             <li>
1890               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1891               alignment as HTML
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1895               multiple structures are shown for one or more sequences.
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1899               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1900               is enabled.
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1904               specific PDB id for sequence
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1908               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1909               columns' is disabled.
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1913               selects lowest rather than highest resolution structures
1914               for each sequence
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1918               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1922               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1926               after clicking on it to create new annotation for a
1927               column.
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1931               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1932             </li>
1933             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1934             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1935           </ul>
1936           <em>Applet</em>
1937           <ul>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1940               hidden columns present before start of sequence
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1944               (JSON jars)
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1948               sequences are hidden in applet
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1952               deployment on examples pages.
1953             </li>
1954           </ul>
1955         </div>
1956       </td>
1957     </tr>
1958     <tr>
1959       <td width="60" nowrap>
1960         <div align="center">
1961           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1962             <em>16/10/2015</em></strong>
1963         </div>
1964       </td>
1965       <td><em>General</em>
1966         <ul>
1967           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1968             jars</li>
1969         </ul></td>
1970       <td>
1971         <div align="left">
1972           <em>Application</em>
1973           <ul>
1974             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1975               shown when tree is partitioned</li>
1976             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1977               multiple cDNA/Protein split views</li>
1978           </ul>
1979         </div>
1980       </td>
1981     </tr>
1982     <tr>
1983       <td width="60" nowrap>
1984         <div align="center">
1985           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1986             <em>8/10/2015</em></strong>
1987         </div>
1988       </td>
1989       <td><em>General</em>
1990         <ul>
1991           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1992             2.9</li>
1993         </ul> <em>Application</em>
1994         <ul>
1995           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1996           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1997           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1998         </ul> <em>Applet</em>
1999         <ul>
2000           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2001         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2002         <ul>
2003           <li>
2004             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2005             suite
2006           </li>
2007         </ul></td>
2008       <td>
2009         <div align="left">
2010           <em>General</em>
2011           <ul>
2012             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2013               incorrect when sequence start > 1</li>
2014             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2015               documentation</li>
2016             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2017             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2018               loading a features file containing HTML tags in feature
2019               description</li>
2020
2021           </ul>
2022           <em>Application</em>
2023           <ul>
2024             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2025               reimport</li>
2026             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2027               with 'trim retrieved sequences'</li>
2028             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2029               deleting selected columns</li>
2030             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2031               JNLP templates for webstart launch</li>
2032             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2033               unreleased structures for download or viewing</li>
2034             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2035               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2036             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2037               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2038             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2039               recovered from jalview project</li>
2040             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2041               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2042               alignment view</li>
2043             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2044               color schemes from BioJSON</li>
2045           </ul>
2046           <em>Applet</em>
2047           <ul>
2048             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2049               frame</li>
2050             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2051           </ul>
2052         </div>
2053       </td>
2054     </tr>
2055     <tr>
2056       <td><div align="center">
2057           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2058         </div></td>
2059       <td><em>General</em>
2060         <ul>
2061           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2062             alignments:
2063             <ul>
2064               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2065                 and DNA alignment views</li>
2066               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2067                 cDNA alignment views</li>
2068               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2069                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2070               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2071                 protein sequences</li>
2072             </ul>
2073           </li>
2074           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2075           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2076             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2077           <li>New alignment annotation file statements for
2078             reference sequences and marking hidden columns</li>
2079           <li>Reference sequence based alignment shading to
2080             highlight variation</li>
2081           <li>Select or hide columns according to alignment
2082             annotation</li>
2083           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2084           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2085             acid conservation row</li>
2086           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2087         </ul> <em>Application</em>
2088         <ul>
2089           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2090             <ul>
2091               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2092                 view with cDNA/Protein</li>
2093               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2094                 sequences are placed in the same alignment</li>
2095               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2096                 projects</li>
2097             </ul>
2098           </li>
2099
2100           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2101           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2102             Jalview windows</li>
2103
2104           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2105           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2106           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2107             be shown in VARNA</li>
2108
2109           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2110             as the active selected region</li>
2111
2112           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2113             similarity</li>
2114           <li>New Export options
2115             <ul>
2116               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2117                 region export in flat file generation</li>
2118
2119               <li>Export alignment views for display with the <a
2120                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2121
2122               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2123               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2124                 alignment figures to HTML</li>
2125           </li>
2126           <li>3D structure retrieval and display
2127             <ul>
2128               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2129                 Search API</li>
2130               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2131                 PDB structures for a sequence set</li>
2132             </ul>
2133           </li>
2134
2135           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2136             predictions</li>
2137           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2138             for one or a group of sequences</li>
2139           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2140             from the JPred4 web server</li>
2141           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2142             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2143             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2144           </li>
2145           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2146             VARNA 2D Structure'</li>
2147           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2148             Structure ..."</li>
2149
2150         </ul> <em>Applet</em>
2151         <ul>
2152           <li>New layout for applet example pages</li>
2153           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2154             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2155           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2156             Protein alignments</li>
2157         </ul> <em>Development and deployment</em>
2158         <ul>
2159           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2160           <li>Include installation type and git revision in build
2161             properties and console log output</li>
2162           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2163             storing BioJsMSA Templates</li>
2164           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2165         </ul></td>
2166       <td>
2167         <!-- <em>General</em>
2168         <ul>
2169         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2170         <ul>
2171           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2172           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2173           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2174             predictions are not highlighted in amber</li>
2175           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2176             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2177           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2178             associated structure views</li>
2179           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2180             width checkbox not enabled</li>
2181           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2182             creating user defined colours</li>
2183           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2184             mappings for just that viewer's sequences</li>
2185           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2186             multiple models in Chimera</li>
2187           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2188             over Jmol structure</li>
2189           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2190             output to text box</li>
2191           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2192             have incorrect sequence start/end</li>
2193           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2194             Jalview fails</li>
2195           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2196             work for nucleotide</li>
2197           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2198             to a grey/invisible alignment window</li>
2199           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2200             imports to different position</li>
2201           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2202             on some platforms</li>
2203           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2204             populated</li>
2205           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2206             console if Chimera has been opened</li>
2207           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2208           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2209             retrieved</li>
2210           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2211           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2212             either sequence shows on first structure</li>
2213           <li>'Show annotations' options should not make
2214             non-positional annotations visible</li>
2215           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2216             in right place after 'view flanking regions'</li>
2217           <li>File Save As type unset when current file format is
2218             unknown</li>
2219           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2220             projects</li>
2221           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2222             responsive</li>
2223           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2224             several views on same alignment</li>
2225           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2226           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2227             spaces</li>
2228         </ul> <em>Applet</em>
2229         <ul>
2230           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2231           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2232             descriptions containing angle brackets</li>
2233         </ul> <em>General</em>
2234         <ul>
2235           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2236             via jalview annotation file</li>
2237           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2238             with RNA secondary structure</li>
2239           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2240             translation doesn't work.</li>
2241           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2242           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2243             positions</li>
2244           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2245             choosing 1pt font</li>
2246           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2247             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2248             'h'</li>
2249           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2250             new feature</li>
2251           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2252             order dependent</li>
2253           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2254             sequences</li>
2255           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2256         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2257         <ul>
2258           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2259             www.jalview.org</li>
2260         </ul> <em>Application Known issues</em>
2261         <ul>
2262           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2263           <li>Misleading message appears after trying to delete
2264             solid column.</li>
2265           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2266             version launches</li>
2267           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2268             fails with a sequence mismatch</li>
2269           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2270             scrolling alignment to right</li>
2271           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2272             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2273           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2274             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2275           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2276             ultra-high resolution</li>
2277           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2278             quality and conservation</li>
2279           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2280             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2281         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2282         <ul>
2283           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2284           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2285             window is being resized</li>
2286
2287         </ul>
2288       </td>
2289     </tr>
2290     <tr>
2291       <td><div align="center">
2292           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2293         </div></td>
2294       <td><em>General</em>
2295         <ul>
2296           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2297             Certum.PL.</li>
2298           <li>Features and annotation preserved when performing
2299             pairwise alignment</li>
2300           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2301             imported/exported/displayed</li>
2302           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2303             protein secondary structure</li>
2304           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2305               post-hoc with 2.9 release</em>)
2306           </li>
2307
2308         </ul> <em>Application</em>
2309         <ul>
2310           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2311             with 3D structures</li>
2312           <li>Support for parsing RNAML</li>
2313           <li>Annotations menu for layout
2314             <ul>
2315               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2316               <li>place sequence annotation above/below alignment
2317                 annotation</li>
2318             </ul>
2319           <li>Output in Stockholm format</li>
2320           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2321             translation</li>
2322           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2323           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2324             shared between alignments</li>
2325           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2326             Jalview</li>
2327           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2328             all or current selection</li>
2329           <li>disorder and secondary structure predictions
2330             available as dataset annotation</li>
2331           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2332
2333
2334           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2335             alignments from Rfam</li>
2336           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2337
2338           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2339             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2340           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2341           <li>include installation type in build properties and
2342             console log output</li>
2343           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2344             annotation</li>
2345         </ul></td>
2346       <td>
2347         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2348         <ul>
2349           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2350             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2351           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2352             alignment</li>
2353           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2354           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2355           <li>Double click on sequence associated annotation
2356             selects only first column</li>
2357           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2358             leaves shown in tree</li>
2359           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2360             properly</li>
2361           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2362           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2363             screen and buttons not visible</li>
2364           <li>author list isn't updated if already written to
2365             Jalview properties</li>
2366           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2367             from database</li>
2368           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2369           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2370             browser search window</li>
2371           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2372             in feature settings dialog</li>
2373           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2374             desktop</li>
2375           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2376             pass validation</li>
2377           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2378             fit on screen</li>
2379           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2380             tooltip</li>
2381           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2382             defined user preset</li>
2383           <li>MSA web services warns user if they were launched
2384             with invalid input</li>
2385           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2386             Java 8</li>
2387           <li>
2388             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2389             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2390             created
2391           </li>
2392
2393         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2394         <ul>
2395         </ul> <em>General</em>
2396         <ul>
2397         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2398         <ul>
2399           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2400             memory allocation</li>
2401           <li>launchApp service doesn't automatically open
2402             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2403           <li>
2404             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2405             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2406             1.7_055 is available
2407           </li>
2408         </ul> <em>Application Known issues</em>
2409         <ul>
2410           <li>
2411             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2412             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2413             alignment to right
2414           </li>
2415           <li>
2416             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2417             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2418             with large number of ID
2419           </li>
2420           <li>
2421             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2422             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2423             start/end
2424           </li>
2425           <li>
2426             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2427             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2428             structure tracks are rearranged
2429           </li>
2430           <li>
2431             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2432             invalid rna structure positional highlighting does not
2433             highlight position of invalid base pairs
2434           </li>
2435           <li>
2436             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2437             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2438             project from alignment window file menu
2439           </li>
2440           <li>
2441             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2442             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2443             structures
2444           </li>
2445           <li>
2446             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2447             colour by RNA Helices not enabled when user created
2448             annotation added to alignment
2449           </li>
2450           <li>
2451             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2452             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2453           </li>
2454         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2455         <ul>
2456           <li>
2457             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2458             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2459           </li>
2460           <li>
2461             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2462             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2463           </li>
2464
2465           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2466             when selected</li>
2467         </ul>
2468       </td>
2469     </tr>
2470     <tr>
2471       <td><div align="center">
2472           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2473         </div></td>
2474       <td>
2475         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2476         <em>General</em>
2477         <ul>
2478           <li>Internationalisation of user interface (usually
2479             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2480           <li>Define/Undefine group on current selection with
2481             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2482           <li>Improved group creation/removal options in
2483             alignment/sequence Popup menu</li>
2484           <li>Sensible precision for symbol distribution
2485             percentages shown in logo tooltip.</li>
2486           <li>Annotation panel height set according to amount of
2487             annotation when alignment first opened</li>
2488         </ul> <em>Application</em>
2489         <ul>
2490           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2491             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2492           <li>Select columns containing particular features from
2493             Feature Settings dialog</li>
2494           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2495             sequences</li>
2496           <li>Update Jalview project format:
2497             <ul>
2498               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2499               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2500                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2501               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2502                 colouring</li>
2503             </ul>
2504           </li>
2505           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2506             (PAM250)</li>
2507           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2508             flanking regions for an alignment</li>
2509         </ul>
2510       </td>
2511       <td>
2512         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2513         <ul>
2514           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2515             running after job is cancelled</li>
2516           <li>cannot export features from alignments imported from
2517             Jalview/VAMSAS projects</li>
2518           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2519             float values</li>
2520           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2521             have 'display all symbols' flag set</li>
2522           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2523             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2524           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2525             Jalview</li>
2526           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2527             Lion/Webstart</li>
2528           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2529           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2530           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2531             alignment onto desktop</li>
2532           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2533             'extract scores' function</li>
2534           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2535             alignment window</li>
2536           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2537             performing IUPred disorder prediction</li>
2538           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2539             changing 'normalise logo' display setting</li>
2540           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2541             nothing matches query</li>
2542           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2543             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2544           </li>
2545           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2546             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2547           </li>
2548           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2549             Jalview's menu</li>
2550           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2551             'invalid literal/length code'</li>
2552           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2553             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2554           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2555             colourscheme</li>
2556
2557         </ul> <em>Applet</em>
2558         <ul>
2559           <li>Remove group option is shown even when selection is
2560             not a group</li>
2561           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2562             don't affect groups</li>
2563           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2564             colourscheme name</li>
2565           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2566             Annotation panel is not displayed</li>
2567           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2568             embedded windows</li>
2569         </ul> <em>Other</em>
2570         <ul>
2571           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2572             single sequence were not calculated</li>
2573           <li>annotation files that contain only groups imported as
2574             annotation and junk sequences</li>
2575           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2576             recognised as PFAM or BLC</li>
2577           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2578             doesn't affect background (2.8.0b1)
2579           <li></li>
2580           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2581           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2582             trailing gaps</li>
2583           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2584             registered correctly on import</li>
2585           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2586             certain alignments</li>
2587           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2588             existing annotation based 'use original colours'
2589             colourscheme loses original colours setting</li>
2590         </ul>
2591       </td>
2592     </tr>
2593     <tr>
2594       <td><div align="center">
2595           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2596             <em>30/1/2014</em></strong>
2597         </div></td>
2598       <td>
2599         <ul>
2600           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2601             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2602             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2603             open source project).
2604           </li>
2605           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2606           <li>Output in Stockholm format</li>
2607           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2608           <li>Export/import group and sequence associated line
2609             graph thresholds</li>
2610           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2611             ambiguity codes</li>
2612           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2613             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2614             works</li>
2615           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2616         </ul> <em>Other improvements</em>
2617         <ul>
2618           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2619           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2620             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2621           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2622             files</li>
2623           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2624           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2625             link but no description</li>
2626           <li>Select primary source when selecting authority in
2627             database fetcher GUI</li>
2628           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2629             Jalview</li>
2630           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2631         </ul>
2632       </td>
2633       <td>
2634         <ul>
2635           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2636             displayed</li>
2637           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2638             secondary structure annotation line</li>
2639           <li>Sequence database accessions not imported when
2640             fetching alignments from Rfam</li>
2641           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2642             identical IDs</li>
2643           <li>View all structures does not always superpose
2644             structures</li>
2645           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2646             reflect user or preset settings</li>
2647           <li>Null pointer exceptions for some services without
2648             presets or adjustable parameters</li>
2649           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2650             discover PDB xRefs</li>
2651           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2652             features with DAS</li>
2653           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2654             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2655           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2656             residue follows a gap</li>
2657           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2658             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2659           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2660             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2661           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2662             annotation already exists on alignment</li>
2663           <li>oninit javascript function should be called after
2664             initialisation completes</li>
2665           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2666             alignment window display</li>
2667           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2668           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2669             to annotation file</li>
2670           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2671             groups created</li>
2672           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2673             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2674           <li>Pressing return several times causes Number Format
2675             exceptions in keyboard mode</li>
2676           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2677             correct partitions for input data</li>
2678           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2679           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2680           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2681           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2682             mode</li>
2683           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2684             changes one row&#39;s threshold</li>
2685           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2686             doesn&#39;t open</li>
2687           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2688             quality histograms</li>
2689         </ul>
2690       </td>
2691     </tr>
2692     <tr>
2693       <td><div align="center">
2694           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2695         </div></td>
2696       <td><em>Application</em>
2697         <ul>
2698           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2699             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2700           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2701             preferences</li>
2702           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2703             in Jalview alignment window</li>
2704           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2705             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2706           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2707             RNA and ambiguity codes</li>
2708
2709           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2710           <li>Support fetching and database reference look up
2711             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2712             refs')</li>
2713           <li>Jalview project improvements
2714             <ul>
2715               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2716                 flag for annotation</li>
2717               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2718                 alignment</li>
2719               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2720                 Jalview project</li>
2721
2722             </ul>
2723           </li>
2724           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2725           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2726             running</li>
2727           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2728           <li>visual indication that web service results are still
2729             being retrieved from server</li>
2730           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2731             starts up for first time</li>
2732           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2733             services</li>
2734           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2735             client library</li>
2736           <li>Examples directory and Groovy library included in
2737             InstallAnywhere distribution</li>
2738         </ul> <em>Applet</em>
2739         <ul>
2740           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2741             visualization applet example</li>
2742         </ul> <em>General</em>
2743         <ul>
2744           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2745           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2746             defaults</li>
2747           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2748             calculation</li>
2749           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2750             matrices
2751           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2752             in HTML</li>
2753           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2754             structure contacts</li>
2755           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2756           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2757           <li>Parse sequence associated secondary structure
2758             information in Stockholm files</li>
2759           <li>HTML Export database accessions and annotation
2760             information presented in tooltip for sequences</li>
2761           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2762             style RNA alignment files</li>
2763           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2764             alignment</li>
2765           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2766             shade each sequence according to its associated alignment
2767             annotation</li>
2768           <li>New Jalview Logo</li>
2769         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2770         <ul>
2771           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2772           <li>New Website!</li>
2773         </ul></td>
2774       <td><em>Application</em>
2775         <ul>
2776           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2777             wsdbfetch REST service</li>
2778           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2779           <li>Filetype associations not installed for webstart
2780             launch</li>
2781           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2782             job execution in full once it is complete</li>
2783           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2784             uploaded via ali_file parameter</li>
2785           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2786           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2787           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2788             submitted for prediction</li>
2789           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2790             desktop window</li>
2791           <li>Putting fractional value into integer text box in
2792             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2793           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2794             windows 7</li>
2795           <li>View all structures fails with exception shown in
2796             structure view</li>
2797           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2798             escaped in a platform independent way</li>
2799           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2800             using proxy</li>
2801           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2802             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2803           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2804             failure when java web start temporary file caching is
2805             disabled</li>
2806           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2807             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2808           <li>Errors during processing of command line arguments
2809             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2810           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2811             DAS sources in sequence fetcher</li>
2812           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2813             dialog is shown</li>
2814           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2815           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2816           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2817           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2818             on OSX Mountain Lion</li>
2819           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2820             sequences with alignment annotation are pasted into the
2821             alignment</li>
2822           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2823             when loaded from Jalview project</li>
2824           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2825           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2826             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2827           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2828             associated with all views</li>
2829           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2830             annotation rows to new window</li>
2831         </ul> <em>Applet</em>
2832         <ul>
2833           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2834             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2835           <li>loading features via javascript API automatically
2836             enables feature display</li>
2837           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2838             work</li>
2839         </ul> <em>General</em>
2840         <ul>
2841           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2842           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2843             and then deselected</li>
2844           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2845           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2846             coloured with clustalx</li>
2847           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2848             exceptions and redraw errors</li>
2849           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2850             reconfigured view</li>
2851           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2852             colour</li>
2853           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2854             for lots of labels</li>
2855         </ul>
2856     </tr>
2857     <tr>
2858       <td>
2859         <div align="center">
2860           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2861         </div>
2862       </td>
2863       <td><em>Application</em>
2864         <ul>
2865           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2866           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2867           <li>View/alignment association menu to enable user to
2868             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2869             its colours/correspondences from</li>
2870           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2871           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2872             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2873           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2874           <li>Annotation row column label formatting attributes
2875             stored in project file</li>
2876           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2877             rows preserved in Jalview project file</li>
2878           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2879             saved using Desktop window menu</li>
2880           <li>Visual indication that command line arguments are
2881             still being processed</li>
2882           <li>Groovy script execution from URL</li>
2883           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2884             preferences</li>
2885           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2886             alignment with sequences that have high similarity and
2887             matching IDs</li>
2888           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2889           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2890             structures in same window</li>
2891           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2892           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2893             analysis function in its own submenu</li>
2894         </ul> <em>Applet</em>
2895         <ul>
2896           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2897             groups</li>
2898           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2899           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2900           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2901           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2902           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2903             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2904           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2905           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2906             parameters are treated as such</li>
2907           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2908             <ul>
2909               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2910               <li>Javascript callbacks for
2911                 <ul>
2912                   <li>Applet initialisation</li>
2913                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2914                 </ul>
2915               </li>
2916               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2917                 functions</li>
2918               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2919               <li>javascript structure viewer harness to pass
2920                 messages between Jmol and Jalview when running as
2921                 distinct applets</li>
2922               <li>sortBy method</li>
2923               <li>Set of applet and application examples shipped
2924                 with documentation</li>
2925               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2926                 javascript message exchange</li>
2927             </ul>
2928         </ul> <em>General</em>
2929         <ul>
2930           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2931             multiple alignments</li>
2932           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2933           <li>User configurable link to enable redirects to a
2934             www.Jalview.org mirror</li>
2935           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2936           <li>Configurable newline string when writing alignment
2937             and other flat files</li>
2938           <li>Allow alignment annotation description lines to
2939             contain html tags</li>
2940         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2941         <ul>
2942           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2943             examples</li>
2944           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2945             using a web service before displaying the result in the
2946             Jalview desktop</li>
2947           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2948           <li>Ant target to publish example html files with applet
2949             archive</li>
2950           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2951           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2952         </ul></td>
2953       <td><em>Application</em>
2954         <ul>
2955           <li>User defined colourscheme throws exception when
2956             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2957           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2958             dialog for valid filename/format</li>
2959           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2960           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2961             P37173</li>
2962           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2963             which sequence is to be associated with the file</li>
2964           <li>Find All raises null pointer exception when query
2965             only matches sequence IDs</li>
2966           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2967           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2968             2.4 cannot be loaded</li>
2969           <li>Filetype associations not installed for webstart
2970             launch</li>
2971           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2972             with sequences in different alignments do not get coloured
2973             by their associated sequence</li>
2974           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2975             not preserved when project is loaded</li>
2976           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2977             stored in Jalview project</li>
2978           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2979             Jalview project</li>
2980           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2981           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2982             by conservation</li>
2983           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2984             created on new view</li>
2985           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2986             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2987           <li>Alignment quality not updated after alignment
2988             annotation row is hidden then shown</li>
2989           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2990             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2991           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2992             properly</li>
2993           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2994             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2995           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2996           <li>Structures imported from file and saved in project
2997             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2998           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2999             job execution in full once it is complete</li>
3000         </ul> <em>Applet</em>
3001         <ul>
3002           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3003             annotation rows are displayed</li>
3004           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3005             codebase</li>
3006           <li>View follows highlighting does not work for positions
3007             in sequences</li>
3008           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3009           <li>Export features raises exception when no features
3010             exist</li>
3011           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3012             for javascript api is modified when separator string
3013             provided as parameter</li>
3014           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3015             alignment with no existing selection</li>
3016           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3017             to applet&#39;s codebase</li>
3018           <li>Status bar not updated after finished searching and
3019             search wraps around to first result</li>
3020           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3021             several Jalview applets causes race conditions and memory
3022             leaks</li>
3023           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3024             not sent from Jmol in applet</li>
3025           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3026             applet API fatally hang browser</li>
3027         </ul> <em>General</em>
3028         <ul>
3029           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3030             position with wrapped view and hidden regions</li>
3031           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3032             with/without hidden columns</li>
3033           <li>Sequence length given in alignment properties window
3034             is off by 1</li>
3035           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3036             import PDB like structure files</li>
3037           <li>Positional search results are only highlighted
3038             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3039           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3040           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3041             given sequence position</li>
3042           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3043             output</li>
3044           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3045             from nucleotide chains correctly</li>
3046           <li>Structure colours not updated when tree partition
3047             changed in alignment</li>
3048           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3049             parsed in interleaved stockholm</li>
3050           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3051             state</li>
3052           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3053             properly</li>
3054           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3055             properly associated with their pdb files</li>
3056         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3057         <ul>
3058           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3059             ApplyCopyright tool</li>
3060         </ul></td>
3061     </tr>
3062     <tr>
3063       <td>
3064         <div align="center">
3065           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3066         </div>
3067       </td>
3068       <td><em>Application</em>
3069         <ul>
3070           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3071             contact web services</li>
3072           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3073             service job window</li>
3074           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3075         </ul></td>
3076       <td>
3077         <ul>
3078           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3079             pir file emitted by Jalview</li>
3080           <li>Existing feature settings transferred to new
3081             alignment view created from cut'n'paste</li>
3082           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3083             parsing PDB files</li>
3084           <li>Consensus and conservation annotation rows
3085             occasionally become blank for all new windows</li>
3086           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3087             in wrapped view mode</li>
3088         </ul> <em>Application</em>
3089         <ul>
3090           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3091             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3092           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3093             parameter names</li>
3094           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3095             is down</li>
3096         </ul>
3097       </td>
3098     </tr>
3099     <tr>
3100       <td>
3101         <div align="center">
3102           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3103         </div>
3104       </td>
3105       <td><em>Application</em>
3106         <ul>
3107           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3108             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3109             (JABAWS)
3110           </li>
3111           <li>Web Services preference tab</li>
3112           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3113             preferences</li>
3114           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3115           <li>Superpose structures using associated sequence
3116             alignment</li>
3117           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3118             viewer</li>
3119         </ul> <em>Applet</em>
3120         <ul>
3121           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3122             link out mechanism</li>
3123         </ul> <em>Other</em>
3124         <ul>
3125           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3126             series 12</li>
3127           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3128             require Java 1.5</li>
3129           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3130             sequence annotation files</li>
3131           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3132             type colour specification</li>
3133           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3134             script to check if it being run in an interactive session or
3135             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3136         </ul></td>
3137       <td>
3138         <ul>
3139           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3140             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3141         </ul> <em>Application</em>
3142         <ul>
3143           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3144             selected Regions menu item</li>
3145           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3146             part of a valid accession ID</li>
3147           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3148             runs out of memory</li>
3149           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3150             analysis results</li>
3151           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3152             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3153           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3154         </ul> <em>Applet</em>
3155         <ul>
3156           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3157             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3158             defined.</li>
3159         </ul>
3160       </td>
3161     </tr>
3162     <tr>
3163       <td>
3164         <div align="center">
3165           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3166         </div>
3167       </td>
3168       <td></td>
3169       <td>
3170         <ul>
3171           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3172             sequence IDs</li>
3173           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3174             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3175           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3176             import correctly</li>
3177           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3178             number of columns are hidden</li>
3179           <li>annotation label popup menu not providing correct
3180             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3181             present</li>
3182           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3183             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3184           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3185             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3186
3187         </ul> <em>Applet</em>
3188         <ul>
3189           <li>annotation panel disappears when annotation is
3190             hidden/removed</li>
3191         </ul> <em>Application</em>
3192         <ul>
3193           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3194             alignment opened where annotation panel is visible but no
3195             annotations are present on alignment</li>
3196           <li>pasted region containing hidden columns is
3197             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3198           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3199             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3200           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3201             selected Rregions menu item.</li>
3202           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3203             'Un' or 'Non'conserved</li>
3204           <li>Sequence feature settings are being shared by
3205             multiple distinct alignments</li>
3206           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3207             changed</li>
3208           <li>double click on group annotation to select sequences
3209             does not propagate to associated trees</li>
3210           <li>Mac OSX specific issues:
3211             <ul>
3212               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3213                 window background</li>
3214               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3215                 name set correctly</li>
3216               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3217                 save feature colourscheme button</li>
3218             </ul>
3219           </li>
3220         </ul>
3221       </td>
3222     </tr>
3223     <tr>
3224
3225       <td>
3226         <div align="center">
3227           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3228         </div>
3229       </td>
3230       <td><em>New Capabilities</em>
3231         <ul>
3232           <li>URL links generated from description line for
3233             regular-expression based URL links (applet and application)
3234
3235           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3236             menu</li>
3237           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3238             structures</li>
3239           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3240             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3241           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3242             average score or total feature count for each sequence.</li>
3243           <li>Shading features by score or associated description</li>
3244           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3245             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3246           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3247             hide everything but the currently selected region.</li>
3248           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3249         </ul> <em>Application</em>
3250         <ul>
3251           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3252             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3253           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3254             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3255           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3256             database references and protein_name is parsed as
3257             description line (BioSapiens terms).</li>
3258           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3259             references in sequence ID tooltip from View menu in
3260             application.</li>
3261           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3262       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3263           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3264             conservation plots</li>
3265           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3266             and visualized as sequence logos</li>
3267           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3268             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3269           </li>
3270           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3271             when a new tree is opened.</li>
3272           <li>Jalview Java Console</li>
3273           <li>Better placement of desktop window when moving
3274             between different screens.</li>
3275           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3276             consensus annotation</li>
3277           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3278             Workflows</li>
3279           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3280             <ul>
3281               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3282                 used to preserve views, structures, and tree display
3283                 settings)</li>
3284               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3285                 command line</li>
3286               <li>Sharing of selected regions between views and
3287                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3288               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3289             </ul></li>
3290         </ul> <em>Applet</em>
3291         <ul>
3292           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3293           <li>New Parameters
3294             <ul>
3295               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3296                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3297                 opened.</li>
3298               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3299                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3300               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3301                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3302               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3303                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3304                 view</li>
3305               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3306                 increase the height or width of a cell in the alignment
3307                 grid relative to the current font size.</li>
3308             </ul>
3309           </li>
3310           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3311             tooltip</li>
3312         </ul> <em>Other</em>
3313         <ul>
3314           <li>Features format: graduated colour definitions and
3315             specification of feature scores</li>
3316           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3317             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3318             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3319           <li>XML formats extended to support graduated feature
3320             colourschemes, group associated annotation, and profile
3321             visualization settings.</li></td>
3322       <td>
3323         <ul>
3324           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3325             rather than description</li>
3326           <li>Non-positional features are now included in sequence
3327             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3328             visibility in tooltip).</li>
3329           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3330           <li>Added URL embedding instructions to features file
3331             documentation.</li>
3332           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3333             'X' in peptide product</li>
3334           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3335             sequence ID and sequence string and query strings do not
3336             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3337           <li>AMSA files only contain first column of
3338             multi-character column annotation labels</li>
3339           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3340             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3341             exported and re-imported)</li>
3342           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3343             name</li>
3344           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3345             as subsequence matches, and correctly reports total number
3346             of both.</li>
3347           <li>Application:
3348             <ul>
3349               <li>Better handling of exceptions during sequence
3350                 retrieval</li>
3351               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3352                 link text excludes the start_end suffix</li>
3353               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3354                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3355               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3356               <li>Sequence description lines properly shared via
3357                 VAMSAS</li>
3358               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3359                 data sources</li>
3360               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3361                 completes before alignment figures are generated.</li>
3362               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3363                 first time.</li>
3364               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3365                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3366               <li>User defined group colours properly recovered
3367                 from Jalview projects.</li>
3368             </ul>
3369           </li>
3370         </ul>
3371       </td>
3372
3373     </tr>
3374     <tr>
3375       <td>
3376         <div align="center">
3377           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3378         </div>
3379       </td>
3380       <td>
3381         <ul>
3382           <li>Experimental support for google analytics usage
3383             tracking.</li>
3384           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387       <td>
3388         <ul>
3389           <li>Race condition in applet preventing startup in
3390             jre1.6.0u12+.</li>
3391           <li>Exception when feature created from selection beyond
3392             length of sequence.</li>
3393           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3394           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3395             all sequences with a given id</li>
3396           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3397             ID string searches</li>
3398           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3399             alignment to fail with exception</li>
3400         </ul> <em>Application Issues</em>
3401         <ul>
3402           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3403           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3404             data sources</li>
3405         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3406         <ul>
3407           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3408             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3409           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3410             version (java class versioning error fixed)</li>
3411         </ul>
3412       </td>
3413     </tr>
3414     <tr>
3415       <td>
3416
3417         <div align="center">
3418           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3419         </div>
3420       </td>
3421       <td><em>User Interface</em>
3422         <ul>
3423           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3424             translation and protein products</li>
3425           <li>Linked highlighting of structure associated with
3426             residue mapping to codon position</li>
3427           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3428             and 'clear' button</li>
3429           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3430             Tools menu</li>
3431           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3432             numeric data in description line</li>
3433           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3434           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3435             of sequence</li>
3436         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3437         <ul>
3438           <li>JPred3 web service</li>
3439           <li>Prototype sequence search client (no public services
3440             available yet)</li>
3441           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3442             PFAM</li>
3443           <li>URL Links created for matching database cross
3444             references as well as sequence ID</li>
3445           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3446         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3447         <ul>
3448           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3449             databases</li>
3450           <li>Generalised database reference retrieval and
3451             validation to all fetchable databases</li>
3452           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3453             sequence command</li>
3454         </ul> <em>Import and Export</em>
3455         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3456         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3457           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3458         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3459           File</li>
3460         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3461           triplet as name of colourscheme</li>
3462         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3463         <ul>
3464           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3465           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3466             alignments (experimental)</li>
3467           <li>Create new or select existing session to join</li>
3468           <li>load and save of vamsas documents</li>
3469         </ul> <em>Application command line</em>
3470         <ul>
3471           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3472             from applet)</li>
3473           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3474             of DAS servers to query for alignment features</li>
3475           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3476             that are also automatically queried for features</li>
3477           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3478             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3479         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3480         <ul>
3481           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3482             application (when using &quot;View in full
3483             application&quot;)</li>
3484         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3485         <ul>
3486           <li>feature group display control parameter</li>
3487           <li>debug parameter</li>
3488           <li>showbutton parameter</li>
3489         </ul> <em>Applet API methods</em>
3490         <ul>
3491           <li>newView public method</li>
3492           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3493           <li>Feature display control methods</li>
3494           <li>get list of currently selected sequences</li>
3495         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3496         <ul>
3497           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3498           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3499             Jalview release.</li>
3500           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3501             property controls execution of obfuscator</li>
3502           <li>Build target for generating source distribution</li>
3503           <li>Debug flag for javacc</li>
3504           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3505             jalview.bin.Cache</li>
3506           <li>Continuous Build Integration for stable and
3507             development version of Application, Applet and source
3508             distribution</li>
3509         </ul></td>
3510       <td>
3511         <ul>
3512           <li>selected region output includes visible annotations
3513             (for certain formats)</li>
3514           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3515             for editing</li>
3516           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3517           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3518           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3519           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3520             comments</li>
3521           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3522             filenames containing a ':'</li>
3523           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3524             global sequence features</li>
3525           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3526             references from alignment sequences goes to zero</li>
3527           <li>Close of tree branch colour box without colour
3528             selection causes cascading exceptions</li>
3529           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3530           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3531             file parsing fails.</li>
3532           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3533           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3534             not a valid output format</li>
3535           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3536             vamsas</li>
3537           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3538           <li>error messages passed up and output when data read
3539             fails</li>
3540           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3541             sequence is edited</li>
3542           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3543             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3544           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3545             filetype</li>
3546           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3547             import fixed for PFAM records</li>
3548           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3549             window list</li>
3550           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3551             can be read and written correctly to annotation file</li>
3552           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3553             correctly</li>
3554           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3555             non-italic font for representatives in Applet</li>
3556           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3557             Macs.</li>
3558           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3559             Applet)</li>
3560           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3561             due to null pointer exceptions</li>
3562           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3563             first column of alignment</li>
3564           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3565             July 2008</li>
3566           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3567             file is case-insensitive</li>
3568           <li>Sequence features read from Features file appended to
3569             all sequences with matching IDs</li>
3570           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3571             containing a sub-sequence</li>
3572           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3573           <li>feature and annotation file applet parameters
3574             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3575           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3576           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3577             splash-screen version check to complete</li>
3578           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3579             when passing them to the launchApp service</li>
3580           <li>display name and local features preserved in results
3581             retrieved from web service</li>
3582           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3583             sequence fetcher initialisation</li>
3584           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3585             dasobert DAS client</li>
3586           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3587             association</li>
3588           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3589             sequences
3590           </li>
3591         </ul>
3592       </td>
3593     </tr>
3594     <tr>
3595       <td>
3596         <div align="center">
3597           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3598         </div>
3599       </td>
3600       <td>
3601         <ul>
3602           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3603           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3604           <li>Slide sequences</li>
3605           <li>Edit sequence in place</li>
3606           <li>EMBL CDS features</li>
3607           <li>DAS Feature mapping</li>
3608           <li>Feature ordering</li>
3609           <li>Alignment Properties</li>
3610           <li>Annotation Scores</li>
3611           <li>Sort by scores</li>
3612           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3613         </ul>
3614       </td>
3615       <td>
3616         <ul>
3617           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3618           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3619           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3620           <li>Feature group display state in XML</li>
3621           <li>Feature ordering in XML</li>
3622           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3623           <li>Stockholm alignment properties</li>
3624           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3625           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3626           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3627           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3628         </ul>
3629       </td>
3630
3631     </tr>
3632     <tr>
3633       <td>
3634         <div align="center">
3635           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3636         </div>
3637       </td>
3638       <td>
3639         <ul>
3640           <li>Non standard characters can be read and displayed
3641           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3642             applet via textbox
3643           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3644             name &amp; description
3645           <li>Preference setting to display sequence name in
3646             italics
3647           <li>Annotation file format extended to allow
3648             Sequence_groups to be defined
3649           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3650             specified in preferences
3651           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3652             sequences
3653         </ul>
3654       </td>
3655       <td>
3656         <ul>
3657           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3658             installed
3659           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3660           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3661         </ul>
3662       </td>
3663     </tr>
3664     <tr>
3665       <td>
3666         <div align="center">
3667           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3668         </div>
3669       </td>
3670       <td>
3671         <ul>
3672           <li>Multiple views on alignment
3673           <li>Sequence feature editing
3674           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3675           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3676           <li>Background dependent text colour
3677           <li>Right align sequence ids
3678           <li>User-defined lower case residue colours
3679           <li>Format Menu
3680           <li>Select Menu
3681           <li>Menu item accelerator keys
3682           <li>Control-V pastes to current alignment
3683           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3684           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3685           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3686
3687           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3688         </ul>
3689       </td>
3690       <td>
3691         <ul>
3692           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3693           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3694             calculations
3695           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3696             edits
3697           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3698             of alignment)
3699           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3700
3701           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3702             display correctly
3703           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3704           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3705             analysis results
3706           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3707             &#8739;
3708           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3709           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3710           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3711
3712         </ul>
3713       </td>
3714     </tr>
3715     <tr>
3716       <td>
3717         <div align="center">
3718           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3719         </div>
3720       </td>
3721       <td>
3722         <ul>
3723           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3724         </ul>
3725       </td>
3726       <td>
3727         <ul>
3728           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3729             sequence id panel has been resized</li>
3730           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3731             rendered</li>
3732           <li>Annotation files with sequence references - all
3733             elements in file are relative to sequence position</li>
3734           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3735         </ul>
3736       </td>
3737     </tr>
3738     <tr>
3739       <td>
3740         <div align="center">
3741           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3742         </div>
3743       </td>
3744       <td>
3745         <ul>
3746           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3747           <li>DAS Feature fetching</li>
3748           <li>Hide sequences and columns</li>
3749           <li>Export Annotations and Features</li>
3750           <li>GFF file reading / writing</li>
3751           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3752             files</li>
3753           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3754           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3755           <li>Applet can launch the full application</li>
3756           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3757             required)</li>
3758           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3759           <li>Applet can load sequences from parameter
3760             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3761           </li>
3762         </ul>
3763       </td>
3764       <td>
3765         <ul>
3766           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3767           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3768           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3769         </ul>
3770       </td>
3771     </tr>
3772     <tr>
3773       <td>
3774         <div align="center">
3775           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3776         </div>
3777       </td>
3778       <td>
3779         <ul>
3780           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3781           <li>Choose to match case when searching</li>
3782           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3783             expand the visible width and height of the alignment</li>
3784         </ul>
3785       </td>
3786       <td>
3787         <ul>
3788           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3789         </ul>
3790       </td>
3791     </tr>
3792     <tr>
3793       <td>
3794         <div align="center">
3795           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3796         </div>
3797       </td>
3798       <td>&nbsp;</td>
3799       <td>
3800         <ul>
3801           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3802           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3803             value</li>
3804         </ul>
3805       </td>
3806     </tr>
3807     <tr>
3808       <td>
3809         <div align="center">
3810           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3811         </div>
3812       </td>
3813       <td>
3814         <ul>
3815           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3816           <li>Keyboard editing</li>
3817           <li>Create sequence features from searches</li>
3818           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3819             alignments</li>
3820           <li>Features file allows grouping of features</li>
3821           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3822           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3823           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3824         </ul>
3825       </td>
3826       <td>
3827         <ul>
3828           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3829           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3830             descriptions saved.</li>
3831         </ul>
3832       </td>
3833     </tr>
3834     <tr>
3835       <td>
3836         <div align="center">
3837           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3838         </div>
3839       </td>
3840       <td>
3841         <ul>
3842           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3843           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3844           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3845             name for file output</li>
3846           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3847           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3848             used for HTML form input</li>
3849         </ul>
3850       </td>
3851       <td>
3852         <ul>
3853           <li>HTML output writes groups and features</li>
3854           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3855           <li>File IO bugs</li>
3856         </ul>
3857       </td>
3858     </tr>
3859     <tr>
3860       <td>
3861         <div align="center">
3862           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3863         </div>
3864       </td>
3865       <td>
3866         <ul>
3867           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3868           <li>More options for PCA viewer</li>
3869         </ul>
3870       </td>
3871       <td>
3872         <ul>
3873           <li>GUI bugs resolved</li>
3874           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3875         </ul>
3876       </td>
3877     </tr>
3878     <tr>
3879       <td height="63">
3880         <div align="center">
3881           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3882         </div>
3883       </td>
3884       <td>
3885         <ul>
3886           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3887           <li>Jar files are executable</li>
3888           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3889         </ul>
3890       </td>
3891       <td>
3892         <ul>
3893           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3894           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3895           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3896         </ul>
3897       </td>
3898     </tr>
3899     <tr>
3900       <td>
3901         <div align="center">
3902           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3903         </div>
3904       </td>
3905       <td>
3906         <ul>
3907           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3908         </ul>
3909       </td>
3910       <td>
3911         <ul>
3912           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3913         </ul>
3914       </td>
3915     </tr>
3916     <tr>
3917       <td>
3918         <div align="center">
3919           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3920         </div>
3921       </td>
3922       <td>
3923         <ul>
3924           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3925             size</li>
3926         </ul>
3927       </td>
3928       <td>
3929         <ul>
3930           <li>Improved JPred client reliability</li>
3931           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3932         </ul>
3933       </td>
3934     </tr>
3935     <tr>
3936       <td>
3937         <div align="center">
3938           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3939         </div>
3940       </td>
3941       <td>
3942         <ul>
3943           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3944           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3945           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3946             to Colour Menu</li>
3947           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3948           <li>Unix users can set default web browser</li>
3949           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3950           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3951         </ul>
3952       </td>
3953       <td>
3954         <ul>
3955           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3956         </ul>
3957       </td>
3958     </tr>
3959     <tr>
3960       <td>
3961         <div align="center">
3962           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3963         </div>
3964       </td>
3965       <td>&nbsp;</td>
3966       <td>
3967         <ul>
3968           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3969             alignment order.</li>
3970         </ul>
3971       </td>
3972     </tr>
3973     <tr>
3974       <td>
3975         <div align="center">
3976           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3977         </div>
3978       </td>
3979       <td>
3980         <ul>
3981           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3982           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3983           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3984             annotations.</li>
3985           <li>Version and build date written to build properties
3986             file.</li>
3987           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3988             at launch of Jalview.</li>
3989         </ul>
3990       </td>
3991       <td>
3992         <ul>
3993           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3994           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3995           <li>Can remove groups one by one.</li>
3996           <li>Filechooser icons installed.</li>
3997           <li>Finder ignores return character when searching.
3998             Return key will initiate a search.<br>
3999           </li>
4000         </ul>
4001       </td>
4002     </tr>
4003     <tr>
4004       <td>
4005         <div align="center">
4006           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4007         </div>
4008       </td>
4009       <td>
4010         <ul>
4011           <li>New codebase</li>
4012         </ul>
4013       </td>
4014       <td>&nbsp;</td>
4015     </tr>
4016   </table>
4017   <p>&nbsp;</p>
4018 </body>
4019 </html>